SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1775 PGA1_c17990 D-malate dehydrogenase to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3flkA Crystal structure of tartrate dehydrogenase from pseudomonas putida in complex with nadh, oxalate and metal ion (see paper)
57% identity, 99% coverage: 4:354/354 of query aligns to 1:357/359 of 3flkA

query
sites
3flkA
T
 
S
Y
 
F
R
 
R
I
 
I
A
 
A
A
 
A
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
K
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
I
R
 
R
V
 
V
I
 
L
D
 
E
L
 
A
V
 
A
A
 
A
Q
 
L
K
 
K
H
 
H
N
 
G
F
 
L
T
 
A
V
 
L
D
 
E
W
 
F
T
 
D
E
 
T
F
 
F
D
 
E
W
 
W
-
 
A
S
 
S
C
 
C
E
 
D
R
 
Y
Y
 
Y
H
 
L
D
 
Q
T
 
H
G
 
G
R
 
K
M
 
M
M
 
M
P
 
P
E
 
D
D
 
D
G
 
W
I
 
A
E
 
E
Q
 
Q
M
 
L
K
 
K
A
 
Q
F
 
Y
D
 
D
S
 
A
I
 
I
Y
 
Y
L
 
F
G
|
G
A
|
A
V
|
V
G
|
G
F
 
W
P
|
P
-
 
D
G
 
K
V
 
V
P
 
P
D
|
D
H
 
H
V
 
I
S
 
S
L
 
L
W
 
W
G
 
G
L
 
S
L
|
L
I
 
L
P
 
K
L
 
F
R
|
R
R
 
R
E
 
E
L
 
F
D
 
D
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
V
N
 
N
V
 
I
R
|
R
P
 
P
V
 
V
R
 
R
L
 
L
L
 
F
K
 
P
G
 
G
I
 
V
S
 
P
S
 
C
P
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
N
R
 
R
G
 
K
A
 
V
D
 
G
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
F
I
 
V
I
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
|
Y
S
 
S
E
 
S
I
 
L
G
 
G
G
 
G
R
 
I
V
 
M
Y
 
F
Q
 
E
G
 
N
T
 
T
E
 
E
H
 
N
E
 
E
A
 
I
A
 
V
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
S
 
S
I
 
I
L
 
F
T
 
T
R
 
R
R
 
R
G
 
G
T
 
V
D
 
D
R
 
R
I
 
I
M
 
L
D
 
K
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
N
 
D
V
 
L
A
 
A
K
 
E
T
 
K
R
 
R
K
 
E
R
 
R
K
 
K
H
 
H
V
 
V
S
 
T
S
 
S
A
 
A
T
 
T
K
|
K
S
 
S
N
|
N
G
 
G
I
 
M
I
 
A
H
 
I
T
 
S
M
 
M
P
 
P
F
 
Y
W
 
W
D
 
D
E
 
K
R
 
R
F
 
T
A
 
E
A
 
A
A
 
M
A
 
A
E
 
A
R
 
H
H
 
Y
P
 
P
A
 
H
I
 
V
G
 
S
T
 
W
A
 
D
Q
 
K
F
 
Q
H
|
H
I
 
I
D
|
D
I
|
I
M
 
L
T
 
C
A
 
A
N
x
R
F
 
F
V
 
V
L
 
L
H
 
Q
P
 
P
D
 
E
W
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
G
 
G
P
 
P
A
 
A
V
 
C
A
 
A
G
 
G
S
 
T
I
|
I
G
|
G
I
 
I
A
 
A
P
 
P
S
 
S
A
 
A
N
 
N
I
 
L
N
 
N
P
 
P
E
 
E
G
 
R
K
 
N
Y
 
F
P
 
P
S
 
S
M
 
L
F
 
F
E
|
E
P
|
P
V
|
V
H
|
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
|
P
D
 
D
I
|
I
A
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
N
V
 
I
A
|
A
N
|
N
P
 
P
V
 
I
A
 
A
A
 
M
V
 
I
W
 
W
T
 
S
A
 
G
A
 
A
M
 
L
M
 
M
L
 
L
E
 
E
H
 
F
L
 
L
G
 
G
E
 
Q
A
 
G
N
 
D
-
 
E
-
 
R
-
 
Y
-
 
Q
-
 
R
A
 
A
A
 
H
A
 
D
D
 
D
I
 
M
E
 
L
Q
 
N
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
R
S
 
V
L
 
I
A
 
A
S
 
D
P
 
-
D
 
G
T
 
S
K
 
V
T
 
T
R
 
P
D
|
D
L
 
M
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
L
D
 
S
T
 
T
A
 
Q
G
 
Q
S
 
V
E
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
I
L
 
S
A
 
D
A
 
T
L
 
L
S
 
A

2g4oD Anomalous substructure of 3-isopropylmalate dehydrogenase (see paper)
42% identity, 94% coverage: 6:337/354 of query aligns to 3:330/337 of 2g4oD

query
sites
2g4oD
R
 
K
I
 
L
A
 
A
A
 
I
I
 
I
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
K
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
T
P
 
A
V
 
E
G
 
A
R
 
V
R
 
K
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
A
V
 
V
A
 
V
Q
 
P
K
 
G
H
 
-
N
 
-
F
 
-
T
 
-
V
 
V
D
 
Q
W
 
K
T
 
T
E
 
S
F
 
Y
D
 
D
W
 
L
S
 
G
C
 
A
E
 
R
R
 
R
Y
 
F
H
 
H
D
 
A
T
 
T
G
 
G
R
 
E
M
 
V
M
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
S
G
 
V
I
 
V
E
 
A
Q
 
E
M
 
L
K
 
R
A
 
N
F
 
H
D
 
D
S
 
A
I
 
I
Y
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
G
 
G
F
 
D
P
 
P
G
 
S
V
 
V
P
 
P
D
 
S
H
 
G
V
 
V
S
 
L
L
 
E
W
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
L
I
 
L
P
 
R
L
 
L
R
 
R
R
 
F
E
 
E
L
 
L
D
 
D
Q
 
H
Y
 
H
A
 
I
N
 
N
V
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
R
 
R
L
 
L
L
 
Y
K
x
P
G
|
G
I
x
V
S
 
A
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
S
G
 
G
R
x
N
G
 
P
A
 
G
D
 
-
D
 
-
I
 
I
D
 
D
M
 
F
I
 
V
I
 
V
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
G
V
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
P
Y
|
Y
S
 
T
E
 
G
I
 
N
G
 
G
G
 
G
R
 
A
V
 
I
Y
 
R
Q
 
V
G
 
G
T
 
T
E
 
P
H
 
N
E
 
E
A
 
V
A
 
A
I
 
T
Q
 
E
E
 
V
S
 
S
I
 
V
L
 
N
T
 
T
R
 
A
R
 
F
G
 
G
T
 
V
D
 
R
R
 
R
I
 
V
M
 
V
D
 
A
Y
 
D
A
 
A
F
 
F
N
 
E
V
 
R
A
 
A
K
 
R
T
 
-
R
 
R
K
 
R
R
 
R
K
 
K
H
 
H
V
 
L
S
 
T
S
 
L
A
 
V
T
 
H
K
|
K
S
 
T
N
 
N
G
 
V
I
 
L
I
 
T
H
 
F
T
 
A
M
 
G
P
 
G
F
 
L
W
 
W
D
 
L
E
 
R
R
 
T
F
 
V
A
 
D
A
 
E
A
 
V
A
 
G
E
 
E
R
 
C
H
 
Y
P
 
P
A
 
D
I
 
V
G
 
E
T
 
V
A
 
A
Q
 
Y
F
 
Q
H
 
H
I
 
V
D
|
D
I
 
A
M
 
A
T
 
T
A
 
I
N
 
H
F
 
M
V
 
I
L
 
T
H
 
D
P
 
P
D
 
G
W
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
A
 
T
S
 
D
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
I
S
 
T
D
|
D
L
 
L
G
 
A
P
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
C
G
 
G
S
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
A
S
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
N
 
D
P
 
A
E
 
T
G
 
R
K
 
A
Y
 
N
P
 
P
S
 
S
M
 
M
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
V
 
I
A
 
A
N
 
D
P
 
P
V
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
W
 
M
T
 
S
A
 
V
A
 
A
M
 
L
M
 
L
L
 
L
E
 
S
H
 
H
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
H
N
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
R
I
 
V
E
 
D
Q
 
R
A
 
A
I
 
V
E
 
E
T
 
A
S
 
H
L
 
L
A
 
A
S
 
T
P
 
R
D
 
G
T
 
S
K
 
E
-
 
R
-
 
L
-
 
A
T
 
T
R
 
S
D
 
D
L
 
V
G
 
G

Q72IW9 Isocitrate/homoisocitrate dehydrogenase; Homoisocitrate dehydrogenase; HICDH; EC 1.1.1.286 from Thermus thermophilus (strain ATCC BAA-163 / DSM 7039 / HB27) (see 4 papers)
38% identity, 99% coverage: 5:354/354 of query aligns to 3:332/334 of Q72IW9

query
sites
Q72IW9
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
A
 
C
A
 
L
I
 
I
P
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
K
 
H
E
 
E
V
 
V
L
 
I
P
 
P
V
 
A
G
 
A
R
 
R
R
 
R
V
 
V
I
 
L
D
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
-
Q
 
E
K
 
A
H
 
T
N
 
G
F
 
L
T
 
P
V
 
L
D
 
E
W
 
F
T
 
V
E
 
E
F
 
A
D
 
E
W
 
A
S
 
G
C
 
W
E
 
E
R
 
T
Y
 
F
H
 
E
D
 
R
T
 
R
G
 
G
R
 
T
M
 
S
M
 
V
P
 
P
E
 
E
D
 
E
G
 
T
I
 
V
E
|
E
Q
 
K
M
 
I
K
 
L
A
 
S
F
 
C
D
 
H
S
 
A
I
 
T
Y
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
A
V
x
A
G
x
T
F
x
S
P
 
P
-
 
T
-
 
R
G
 
K
V
 
V
P
 
P
D
 
-
H
 
-
V
 
-
S
 
G
L
 
F
W
 
F
G
 
G
L
 
A
L
 
I
I
x
R
P
x
Y
L
 
L
R
|
R
R
 
R
E
 
R
L
 
L
D
 
D
Q
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
|
R
P
 
P
V
 
A
R
 
K
L
 
-
L
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
S
 
S
S
 
R
P
 
P
L
 
V
A
 
P
G
 
G
R
 
-
G
 
S
A
 
R
D
 
P
D
 
G
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
V
I
 
I
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
L
Y
|
Y
S
 
V
E
 
E
I
 
Q
G
 
E
G
 
R
R
 
R
V
 
Y
Y
 
L
Q
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
H
 
-
E
 
D
A
x
V
A
 
A
I
 
I
Q
 
A
E
 
D
S
 
A
I
 
V
L
 
I
T
 
S
R
 
K
R
 
K
G
 
A
T
 
S
D
 
E
R
 
R
I
 
I
M
 
G
D
 
R
Y
 
A
A
 
A
F
 
L
N
 
R
V
 
I
A
 
A
K
 
E
T
 
G
R
 
R
K
 
P
R
 
R
K
 
K
H
 
T
V
 
L
S
 
H
S
 
I
A
 
A
T
 
H
K
|
K
S
 
A
N
|
N
G
 
V
I
 
L
I
 
P
H
 
L
T
 
T
M
 
Q
P
 
G
F
 
L
W
 
F
D
 
L
E
 
D
R
 
T
F
 
V
A
 
K
A
 
E
A
 
V
A
 
A
E
 
K
R
 
D
H
 
F
P
 
P
A
 
L
I
 
V
G
 
N
T
 
V
A
 
Q
Q
 
D
F
 
I
H
 
I
I
 
V
D
|
D
I
 
N
M
 
C
T
 
A
A
x
M
N
 
Q
F
 
L
V
 
V
L
 
M
H
 
R
P
 
P
D
 
E
W
 
R
F
|
F
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
A
 
T
S
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
L
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
G
 
A
P
 
A
A
 
G
V
 
L
A
x
V
G
 
G
S
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
P
S
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
N
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
G
K
 
D
Y
 
T
P
 
T
S
 
A
M
 
V
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
V
H
 
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
|
P
D
|
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
A
N
|
N
P
 
P
V
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
W
 
L
T
 
S
A
 
A
A
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
D
H
 
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
K
D
 
R
I
 
V
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
I
 
V
E
 
D
T
 
L
S
 
V
L
 
L
A
 
E
S
 
R
P
 
-
D
 
G
T
 
P
K
x
R
T
 
T
R
 
P
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
D
A
 
A
D
 
T
T
 
T
A
 
E
G
 
A
S
 
F
E
 
T
A
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
K

4yb4A Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase from thermus thermophilus in complex with homoisocitrate, magnesium ion (ii) and nadh
38% identity, 99% coverage: 5:354/354 of query aligns to 2:331/333 of 4yb4A

query
sites
4yb4A
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
A
 
C
A
 
L
I
 
I
P
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
K
 
H
E
 
E
V
 
V
L
 
I
P
 
P
V
 
A
G
 
A
R
 
R
R
 
R
V
 
V
I
 
L
D
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
-
Q
 
E
K
 
A
H
 
T
N
 
G
F
 
L
T
 
P
V
 
L
D
 
E
W
 
F
T
 
V
E
 
E
F
 
A
D
 
E
W
 
A
S
 
G
C
 
W
E
 
E
R
 
T
Y
 
F
H
 
E
D
 
R
T
 
R
G
 
G
R
 
T
M
 
S
M
 
V
P
 
P
E
 
E
D
 
E
G
 
T
I
 
V
E
 
E
Q
 
K
M
 
I
K
 
L
A
 
S
F
 
C
D
 
H
S
 
A
I
 
T
Y
 
L
L
x
F
G
 
G
A
|
A
V
x
A
G
x
T
F
x
S
P
 
P
-
 
T
-
 
R
G
 
K
V
 
V
P
 
P
D
 
-
H
 
-
V
 
-
S
 
G
L
 
F
W
 
F
G
 
G
L
 
A
L
x
I
I
x
R
P
 
Y
L
 
L
R
|
R
R
 
R
E
 
R
L
 
L
D
 
D
Q
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
|
R
P
 
P
V
 
A
R
 
K
L
 
-
L
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
S
 
S
S
 
R
P
 
P
L
 
V
A
 
P
G
 
G
R
 
-
G
 
S
A
 
R
D
 
P
D
 
G
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
V
I
 
I
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
L
Y
|
Y
S
 
V
E
 
E
I
 
Q
G
 
E
G
 
R
R
 
R
V
 
Y
Y
 
L
Q
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
H
 
-
E
 
D
A
 
V
A
 
A
I
 
I
Q
 
A
E
 
D
S
 
A
I
 
V
L
 
I
T
 
S
R
 
K
R
 
K
G
 
A
T
 
S
D
 
E
R
 
R
I
 
I
M
 
G
D
 
R
Y
 
A
A
 
A
F
 
L
N
 
R
V
 
I
A
 
A
K
 
E
T
 
G
R
 
R
K
 
P
R
 
R
K
 
K
H
 
T
V
 
L
S
 
H
S
 
I
A
 
A
T
 
H
K
|
K
S
 
A
N
|
N
G
x
V
I
 
L
I
 
P
H
 
L
T
 
T
M
 
Q
P
 
G
F
 
L
W
 
F
D
 
L
E
 
D
R
 
T
F
 
V
A
 
K
A
 
E
A
 
V
A
 
A
E
 
K
R
 
D
H
 
F
P
 
P
A
 
L
I
 
V
G
 
N
T
 
V
A
 
Q
Q
 
D
F
 
I
H
x
I
I
 
V
D
|
D
I
x
N
M
 
C
T
 
A
A
x
M
N
 
Q
F
 
L
V
 
V
L
 
M
H
 
R
P
 
P
D
 
E
W
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
A
 
T
S
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
L
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
G
 
A
P
 
A
A
 
G
V
 
L
A
 
V
G
 
G
S
 
G
I
x
L
G
|
G
I
 
L
A
 
A
P
 
P
S
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
N
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
G
K
 
D
Y
 
T
P
 
T
S
 
A
M
 
V
F
 
F
E
|
E
P
 
P
V
|
V
H
|
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
A
|
A
N
|
N
P
 
P
V
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
W
 
L
T
 
S
A
 
A
A
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
D
H
 
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
K
D
 
R
I
 
V
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
I
 
V
E
 
D
T
 
L
S
 
V
L
 
L
A
 
E
S
 
R
P
 
-
D
 
G
T
 
P
K
 
R
T
 
T
R
 
P
D
|
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
D
A
 
A
D
 
T
T
 
T
A
 
E
G
 
A
S
 
F
E
 
T
A
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
K

3asjA Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase in complex with a designed inhibitor (see paper)
38% identity, 99% coverage: 5:354/354 of query aligns to 2:331/333 of 3asjA

query
sites
3asjA
Y
 
Y
R
 
R
I
 
I
A
 
C
A
 
L
I
 
I
P
 
E
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
K
 
H
E
 
E
V
 
V
L
 
I
P
 
P
V
 
A
G
 
A
R
 
R
R
 
R
V
 
V
I
 
L
D
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
-
Q
 
E
K
 
A
H
 
T
N
 
G
F
 
L
T
 
P
V
 
L
D
 
E
W
 
F
T
 
V
E
 
E
F
 
A
D
 
E
W
 
A
S
 
G
C
 
W
E
 
E
R
 
T
Y
 
F
H
 
E
D
 
R
T
 
R
G
 
G
R
 
T
M
 
S
M
 
V
P
 
P
E
 
E
D
 
E
G
 
T
I
 
V
E
 
E
Q
 
K
M
 
I
K
 
L
A
 
S
F
 
C
D
 
H
S
 
A
I
 
T
Y
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
A
V
 
A
G
 
T
F
 
S
P
 
P
-
 
T
-
 
R
G
 
K
V
 
V
P
 
P
D
 
-
H
 
-
V
 
-
S
 
G
L
 
F
W
 
F
G
 
G
L
 
A
L
 
I
I
x
R
P
 
Y
L
 
L
R
|
R
R
 
R
E
 
R
L
 
L
D
 
D
Q
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
|
R
P
 
P
V
 
A
R
 
K
L
 
-
L
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
S
 
S
S
 
R
P
 
P
L
 
V
A
 
P
G
 
G
R
 
-
G
 
S
A
 
R
D
 
P
D
 
G
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
V
I
 
I
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
L
Y
|
Y
S
 
V
E
 
E
I
 
Q
G
 
E
G
 
R
R
 
R
V
 
Y
Y
 
L
Q
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
H
 
-
E
 
D
A
 
V
A
 
A
I
 
I
Q
 
A
E
 
D
S
 
A
I
 
V
L
 
I
T
 
S
R
 
K
R
 
K
G
 
A
T
 
S
D
 
E
R
 
R
I
 
I
M
 
G
D
 
R
Y
 
A
A
 
A
F
 
L
N
 
R
V
 
I
A
 
A
K
 
E
T
 
G
R
 
R
K
 
P
R
 
R
K
 
K
H
 
T
V
 
L
S
 
H
S
 
I
A
 
A
T
 
H
K
|
K
S
 
A
N
 
N
G
 
V
I
 
L
I
 
P
H
 
L
T
 
T
M
 
Q
P
 
G
F
 
L
W
 
F
D
 
L
E
 
D
R
 
T
F
 
V
A
 
K
A
 
E
A
 
V
A
 
A
E
 
K
R
 
D
H
 
F
P
 
P
A
 
L
I
 
V
G
 
N
T
 
V
A
 
Q
Q
 
D
F
 
I
H
 
I
I
 
V
D
|
D
I
 
N
M
 
C
T
 
A
A
 
M
N
 
Q
F
 
L
V
 
V
L
 
M
H
 
R
P
 
P
D
 
E
W
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
A
 
T
S
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
L
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
G
 
A
P
 
A
A
 
G
V
 
L
A
 
V
G
 
G
S
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
P
S
 
S
A
 
G
N
 
N
I
 
I
N
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
G
K
 
D
Y
 
T
P
 
T
S
 
A
M
 
V
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
|
V
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
V
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
W
 
L
T
 
S
A
 
A
A
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
D
H
 
Y
L
 
L
G
 
G
E
 
E
A
 
K
N
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
K
D
 
R
I
 
V
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
I
 
V
E
 
D
T
 
L
S
 
V
L
 
L
A
 
E
S
 
R
P
 
-
D
 
G
T
 
P
K
 
R
T
 
T
R
 
P
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
D
A
 
A
D
 
T
T
 
T
A
 
E
G
 
A
S
 
F
E
 
T
A
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
K

P40495 Homoisocitrate dehydrogenase, mitochondrial; HIcDH; EC 1.1.1.87 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see paper)
36% identity, 96% coverage: 3:342/354 of query aligns to 22:360/371 of P40495

query
sites
P40495
K
 
K
T
 
S
Y
 
L
R
 
T
I
 
I
A
 
G
A
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
K
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
I
P
 
P
V
 
A
G
 
G
R
 
K
R
 
Q
V
 
V
I
 
L
D
 
E
L
 
N
V
 
L
A
 
N
Q
 
S
K
 
K
H
 
H
N
 
G
F
 
L
T
 
S
V
 
F
D
 
N
W
 
F
T
 
I
E
 
D
F
 
L
D
 
Y
W
 
A
S
 
G
C
 
F
E
 
Q
R
 
T
Y
 
F
H
 
Q
D
 
E
T
 
T
G
 
G
R
 
K
M
 
A
M
 
L
P
 
P
E
 
D
D
 
E
G
 
T
I
 
V
E
 
K
Q
 
V
M
 
L
K
 
K
-
 
E
A
 
Q
F
 
C
D
 
Q
S
 
G
I
 
A
Y
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
Q
F
 
S
P
 
P
G
 
T
V
 
T
P
 
K
D
 
V
H
 
E
V
 
-
S
 
G
L
 
Y
W
 
S
G
 
S
L
 
P
L
 
I
I
 
V
P
 
A
L
 
L
R
 
R
R
 
R
E
 
E
L
 
M
D
 
G
Q
 
L
Y
 
F
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
K
L
 
-
L
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
S
 
-
S
 
-
P
 
S
L
 
V
A
 
E
G
 
G
R
 
E
G
 
K
A
 
G
D
 
K
D
 
P
I
 
I
D
 
D
M
 
M
I
 
V
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
G
 
D
E
 
L
Y
|
Y
S
 
I
E
 
K
I
 
I
-
 
E
-
 
K
-
 
T
-
 
Y
-
 
I
-
 
D
-
 
K
-
 
A
-
 
T
G
 
G
G
 
T
R
 
R
V
 
V
Y
 
A
Q
 
D
G
 
A
T
 
T
E
 
K
H
 
R
E
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
I
Q
 
S
E
 
E
S
 
-
I
 
I
L
 
A
T
 
T
R
 
R
R
 
R
G
 
I
T
 
A
D
 
T
R
 
I
I
 
A
M
 
L
D
 
D
Y
 
I
A
 
A
F
 
L
N
 
K
V
 
R
A
 
L
K
 
Q
T
 
T
R
 
R
K
 
G
R
 
Q
K
 
A
H
 
T
V
 
L
S
 
T
S
 
V
A
 
T
T
 
H
K
|
K
S
 
S
N
 
N
G
 
V
I
 
L
I
 
S
H
 
Q
T
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
F
M
 
R
P
 
E
F
 
I
W
 
C
D
 
K
E
 
E
R
 
V
F
 
Y
A
 
E
A
 
S
A
 
N
A
 
K
E
 
D
R
 
K
H
 
Y
P
 
G
A
 
Q
I
 
I
G
 
K
T
 
Y
A
 
N
Q
 
E
F
 
Q
H
 
I
I
 
V
D
 
D
I
 
S
M
 
M
T
 
V
A
 
Y
N
 
R
F
 
L
V
 
F
L
 
R
H
 
E
P
 
P
D
 
Q
W
 
C
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
V
A
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
L
 
G
G
 
A
P
 
A
A
 
A
V
 
L
A
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
V
A
 
V
P
 
P
S
 
S
A
 
A
N
 
N
I
 
V
N
 
G
P
 
P
E
 
E
G
 
-
K
 
-
Y
 
-
P
 
I
S
 
V
M
 
I
F
 
G
E
 
E
P
 
P
V
 
C
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
V
 
I
A
 
A
A
 
T
V
 
I
W
 
R
T
 
S
A
 
T
A
 
A
M
 
L
M
 
M
L
 
L
E
 
E
H
 
F
L
 
L
G
 
G
E
 
H
A
 
N
N
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
D
 
D
I
 
I
E
 
Y
Q
 
K
A
 
A
I
 
V
E
 
D
T
 
A
S
 
N
L
 
L
A
 
R
S
 
E
P
 
G
D
 
S
T
 
I
K
 
K
T
 
T
R
 
P
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
K
A
 
A
D
 
S
T
 
T

6m3sB Dimeric isocitrate dehydrogenase from xanthomonas campestris pv. Campestris 8004
37% identity, 100% coverage: 1:353/354 of query aligns to 4:338/338 of 6m3sB

query
sites
6m3sB
M
 
M
T
 
T
K
 
Q
T
 
T
Y
 
-
R
 
-
I
 
I
A
 
T
A
 
V
I
 
I
P
 
R
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
K
 
P
E
 
E
V
 
I
L
 
M
P
 
D
V
 
A
G
 
T
R
 
L
R
 
F
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
-
V
 
-
A
 
A
Q
 
L
K
 
Q
H
 
A
N
 
G
F
 
L
T
 
T
V
 
Y
D
 
E
W
 
Y
T
 
A
E
 
D
F
 
A
D
 
G
W
 
L
S
 
V
C
 
A
E
 
L
R
 
E
Y
 
K
H
 
H
D
 
-
T
 
-
G
 
G
R
 
D
M
 
L
M
 
L
P
 
P
E
 
E
D
 
S
G
 
T
I
 
L
E
 
A
Q
 
-
M
 
-
K
 
-
A
 
-
F
 
-
D
 
-
S
 
S
I
 
I
Y
 
T
L
 
K
G
 
N
A
 
K
V
 
V
G
 
A
F
 
L
P
x
K
G
 
S
-
x
P
-
x
L
-
x
T
V
x
T
P
 
P
D
 
V
H
 
G
V
 
E
S
 
G
L
 
F
W
 
S
G
x
S
L
 
I
L
x
N
I
 
V
P
 
A
L
 
M
R
|
R
R
 
R
E
 
K
L
 
F
D
 
D
Q
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
|
R
P
 
P
V
 
A
R
 
K
L
 
S
L
 
F
K
 
P
G
 
N
I
 
T
S
 
K
S
 
S
P
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
R
G
 
F
A
 
A
D
 
D
D
 
G
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
I
I
 
T
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
A
Y
|
Y
S
 
L
E
 
S
I
 
E
G
 
G
G
 
Q
R
 
E
V
 
V
Y
 
-
Q
 
-
G
 
S
T
 
A
E
 
D
H
 
G
E
 
E
A
 
V
A
 
A
I
 
V
Q
 
S
E
 
G
S
 
A
I
 
R
L
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
K
G
 
G
T
 
S
D
 
E
R
 
R
I
 
I
M
 
V
D
 
R
Y
 
Y
A
 
A
F
 
F
N
 
D
V
 
L
A
 
A
K
 
R
T
 
A
R
 
T
K
 
G
R
 
R
K
 
K
H
 
K
V
 
V
S
 
T
S
 
A
A
 
V
T
 
H
K
|
K
S
 
A
N
 
N
G
 
I
I
 
I
I
 
K
H
 
S
T
 
T
M
 
S
P
 
G
F
 
L
W
 
F
D
 
L
E
 
K
R
 
V
F
 
A
A
 
R
A
 
D
A
 
V
A
 
A
E
 
T
R
 
Q
H
 
Y
P
 
P
A
 
E
I
 
I
G
 
E
T
 
F
A
 
Q
Q
 
E
F
 
M
H
 
I
I
 
V
D
|
D
I
 
N
M
 
T
T
 
C
A
 
M
N
 
Q
F
 
L
V
 
V
L
 
M
H
 
R
P
 
P
D
 
E
W
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
I
V
 
I
V
 
V
A
 
T
S
 
T
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
I
S
 
S
D
|
D
L
 
L
G
 
C
P
 
A
A
 
G
V
 
L
A
 
V
G
 
G
S
 
G
I
x
L
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
P
S
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
I
N
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
G
K
 
V
Y
 
D
P
 
A
S
 
A
M
 
I
F
 
F
E
|
E
P
 
A
V
|
V
H
|
H
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
 
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
V
 
K
A
|
A
N
|
N
P
 
P
V
 
C
A
 
A
A
 
L
V
 
L
W
 
L
T
 
G
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
M
 
M
L
 
L
E
 
D
H
 
H
L
 
I
G
 
G
E
 
Q
A
 
P
N
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
E
D
 
R
I
 
L
E
 
R
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
V
T
 
A
S
 
T
L
 
L
A
 
E
S
 
A
P
 
K
D
 
D
T
 
S
K
 
L
T
 
T
R
 
P
D
|
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
G
D
 
N
T
 
T
A
 
M
G
 
G
S
 
F
E
 
A
A
 
K
A
 
A
I
 
I
L
 
A
A
 
S
A
 
R
L
 
L

6xxyA Crystal structure of haemophilus influenzae 3-isopropylmalate dehydrogenase in complex with o-isobutenyl oxalylhydroxamate. (see paper)
37% identity, 94% coverage: 3:336/354 of query aligns to 2:338/358 of 6xxyA

query
sites
6xxyA
K
 
E
T
 
S
Y
 
Y
R
 
N
I
 
I
A
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
K
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
M
P
 
A
V
 
E
G
 
A
R
 
I
R
 
K
V
 
V
I
 
L
D
 
N
L
 
R
V
 
V
A
 
Q
Q
 
E
K
 
K
H
 
F
N
 
G
F
 
F
T
 
K
V
 
L
D
 
N
W
 
F
T
 
N
E
 
E
F
 
F
D
 
F
W
 
V
S
 
G
C
 
G
E
 
A
R
 
A
Y
 
I
H
 
E
D
 
H
T
 
C
G
 
G
R
 
Y
M
 
P
M
 
L
P
 
P
E
 
A
D
 
E
G
 
T
I
 
L
E
 
K
Q
 
G
M
 
C
K
 
D
A
 
Q
F
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
I
Y
 
L
L
 
F
G
 
G
A
x
S
V
|
V
G
|
G
F
x
G
P
 
P
G
 
K
-
 
W
-
 
T
-
 
N
-
 
L
V
 
P
P
 
P
D
 
D
H
 
Q
V
 
Q
S
 
P
L
x
E
W
 
R
G
 
G
L
 
A
L
|
L
I
x
L
P
 
P
L
 
L
R
|
R
R
 
K
E
 
H
L
 
F
D
 
K
Q
 
L
Y
 
F
A
 
C
N
 
N
V
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
A
R
 
T
L
 
L
L
 
Y
K
 
K
G
 
G
I
 
L
S
 
E
-
 
K
-
 
F
S
 
C
P
 
P
L
 
L
-
 
R
A
 
A
G
 
D
R
 
I
G
 
A
A
 
A
D
 
K
D
 
G
I
 
F
D
 
D
M
 
M
I
 
V
I
 
V
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
L
V
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
I
Y
|
Y
-
 
F
S
 
G
E
 
Q
I
 
P
G
 
K
G
 
G
R
 
R
V
 
E
Y
 
G
Q
 
D
G
 
G
T
 
V
E
 
Q
H
 
T
E
 
K
A
 
A
A
 
F
I
 
D
Q
 
T
E
 
E
S
 
-
I
 
V
L
 
Y
T
 
Y
R
 
K
R
 
Y
G
 
E
T
 
I
D
 
E
R
 
R
I
 
I
M
 
A
D
 
R
Y
 
A
A
 
A
F
 
F
N
 
E
V
 
A
A
 
A
K
 
M
T
 
K
R
 
R
K
 
N
R
 
K
K
 
K
H
 
-
V
 
V
S
 
T
S
 
S
A
 
V
T
 
D
K
|
K
S
 
A
N
|
N
G
 
-
I
x
V
I
 
L
H
 
Q
T
 
S
M
 
S
P
 
I
F
 
L
W
 
W
D
 
R
E
 
E
R
 
T
F
 
V
A
 
T
A
 
E
A
 
M
A
 
A
E
 
K
R
 
D
H
 
Y
P
 
P
A
 
E
I
 
V
G
 
T
T
 
L
A
 
E
Q
 
H
F
 
I
H
x
Y
I
 
I
D
|
D
I
x
N
M
 
A
T
 
T
A
x
M
N
 
Q
F
 
L
V
 
I
L
 
K
H
 
S
P
 
P
D
 
E
W
 
S
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
L
V
 
L
A
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
I
S
 
S
D
|
D
L
 
E
G
 
A
P
 
A
A
 
M
V
 
I
A
 
T
G
 
G
S
 
S
I
x
M
G
|
G
I
 
M
A
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
N
P
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
F
Y
 
-
P
 
-
S
 
G
M
 
L
F
 
Y
E
|
E
P
 
P
V
x
A
H
x
G
G
|
G
S
|
S
A
|
A
P
|
P
D
|
D
I
|
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
A
|
A
N
|
N
P
 
P
V
 
I
A
 
A
A
 
Q
V
 
I
W
 
L
T
 
S
A
 
A
A
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
L
 
S
G
 
F
E
 
N
A
 
L
N
 
N
A
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
D
-
 
A
I
 
I
E
 
E
Q
 
S
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
T
 
K
S
 
V
L
 
L
A
 
A
S
 
S
P
 
-
D
 
G
T
 
H
K
 
R
T
 
T
R
 
A
D
|
D
L
 
L

O14104 Homoisocitrate dehydrogenase; HICDH; EC 1.1.1.87 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
36% identity, 100% coverage: 1:353/354 of query aligns to 1:360/362 of O14104

query
sites
O14104
M
 
M
T
 
S
K
 
A
T
 
T
Y
 
R
R
 
R
I
 
I
A
 
V
A
 
L
-
 
G
-
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
A
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
K
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
V
P
 
P
V
 
A
G
 
A
R
 
R
R
 
R
V
 
L
I
 
M
D
 
E
L
 
N
V
 
L
A
 
P
Q
 
A
K
 
K
H
 
H
N
 
K
F
 
L
T
 
K
V
 
F
D
 
D
W
 
F
T
 
I
E
 
D
F
 
L
D
 
D
W
 
A
S
 
G
C
 
W
E
 
G
R
 
T
Y
 
F
H
 
E
D
 
R
T
 
T
G
 
G
R
 
K
M
 
A
M
 
L
P
 
P
E
 
E
D
 
R
G
 
T
I
 
V
E
 
E
Q
 
R
M
 
L
K
 
K
A
 
T
-
 
E
F
 
C
D
 
N
S
 
A
I
 
A
Y
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
Q
F
x
S
P
 
P
G
 
-
V
 
T
P
 
H
D
 
K
H
 
V
V
 
A
S
 
G
L
 
Y
W
 
S
G
x
S
L
 
P
L
 
I
I
 
V
P
 
A
L
 
L
R
 
R
R
 
K
E
 
K
L
 
M
D
 
G
Q
 
L
Y
 
Y
A
 
A
N
 
N
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
V
R
 
K
L
 
S
L
 
L
K
 
D
G
 
G
I
 
A
S
 
K
S
 
-
P
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
G
 
-
A
 
G
D
 
K
D
 
P
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
V
I
 
I
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
N
V
 
T
E
 
E
G
 
C
E
 
L
Y
 
Y
S
 
V
E
 
K
I
 
-
G
 
E
G
 
E
R
 
R
V
 
M
Y
 
V
Q
 
Q
G
 
N
T
 
T
E
 
P
H
 
G
E
 
K
A
 
R
A
 
-
I
 
V
Q
 
A
E
 
E
S
 
A
I
 
I
-
 
R
-
 
R
L
 
I
T
 
S
R
 
E
R
 
E
G
 
A
T
 
S
D
 
T
R
 
K
I
 
I
M
 
G
D
 
K
Y
 
M
A
 
A
F
 
F
N
 
E
V
 
I
A
 
A
K
 
K
T
 
S
R
 
R
-
 
Q
-
 
K
-
 
I
-
 
R
-
 
E
-
 
S
-
 
G
-
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
I
-
 
H
K
 
K
R
 
K
K
 
P
H
 
L
V
 
V
S
 
T
S
 
I
A
 
I
T
 
H
K
 
K
S
 
S
N
 
N
G
 
V
I
 
M
I
 
S
H
 
V
T
 
T
M
 
D
P
 
G
F
 
L
W
 
F
D
 
R
E
 
E
R
 
S
F
 
C
A
 
R
A
 
H
A
 
A
A
 
Q
E
 
S
R
 
L
H
 
D
P
 
P
A
 
S
-
 
Y
-
 
A
-
 
S
I
 
I
G
 
N
T
 
V
A
 
D
Q
 
E
F
 
Q
H
 
I
I
 
V
D
 
D
I
 
S
M
 
M
T
 
V
A
 
Y
N
 
R
F
 
L
V
 
F
L
 
R
H
 
E
P
 
P
D
 
E
W
 
C
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
 
D
L
 
G
G
 
A
P
 
A
A
 
S
V
 
L
A
 
I
G
 
G
S
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
V
P
 
P
S
 
S
A
 
A
N
 
N
I
 
V
N
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
G
K
 
D
Y
 
N
P
 
F
S
 
V
M
 
M
F
 
S
E
 
E
P
 
P
V
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
R
G
 
G
V
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
T
V
 
F
W
 
R
T
 
S
A
 
V
A
 
A
M
 
L
M
 
M
L
 
L
E
 
E
H
 
F
L
 
M
G
 
G
E
 
H
A
 
Q
N
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
I
E
 
Y
Q
 
T
A
 
A
I
 
V
E
 
D
T
 
K
S
 
V
L
 
L
A
 
T
S
 
E
P
 
G
D
 
K
T
 
V
K
 
L
T
 
T
R
 
P
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
K
A
 
S
D
 
G
T
 
T
A
 
N
G
 
E
S
 
I
E
 
T
A
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
N
L
 
I

1cnzA 3-isopropylmalate dehydrogenase (ipmdh) from salmonella typhimurium (see paper)
36% identity, 92% coverage: 1:326/354 of query aligns to 1:330/363 of 1cnzA

query
sites
1cnzA
M
 
M
T
 
S
K
 
K
T
 
N
Y
 
Y
R
 
H
I
 
I
A
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
K
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
M
P
 
A
V
 
Q
G
 
A
R
 
L
R
 
K
V
 
V
I
 
M
D
 
D
L
 
A
V
 
V
A
 
R
Q
 
S
K
 
R
H
 
F
N
 
D
F
 
M
T
 
R
V
 
I
D
 
T
W
 
T
T
 
S
E
 
H
F
 
Y
D
 
D
W
 
V
S
 
G
C
 
G
E
 
I
R
 
A
Y
 
I
H
 
D
D
 
N
T
 
H
G
 
G
R
 
H
M
 
P
M
 
L
P
 
P
E
 
K
D
 
A
G
 
T
I
 
V
E
 
E
Q
 
G
M
 
C
K
 
E
A
 
Q
F
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
I
Y
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
S
V
 
V
G
 
G
F
 
G
P
 
P
G
 
K
-
 
W
-
 
E
-
 
N
-
 
L
V
 
P
P
 
P
D
 
E
H
 
S
V
 
Q
S
 
P
L
 
E
W
 
R
G
 
G
L
 
A
L
 
L
I
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
R
R
 
K
E
 
H
L
 
F
D
 
K
Q
 
L
Y
 
F
A
 
S
N
 
N
V
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
R
 
K
L
 
L
L
 
Y
K
 
Q
G
 
G
I
 
L
S
 
E
S
 
A
-
 
F
-
 
C
P
 
P
L
 
L
-
 
R
A
 
A
G
 
D
R
 
I
G
 
A
A
 
A
D
 
N
D
 
G
I
 
F
D
 
D
M
 
I
I
 
L
I
 
C
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
L
V
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
I
Y
|
Y
-
 
F
S
 
G
E
 
Q
I
 
P
G
 
K
G
 
G
R
 
R
V
 
E
Y
 
G
Q
 
S
G
 
G
T
 
-
E
 
Q
H
 
Y
E
 
E
A
 
K
A
 
A
I
 
F
Q
 
D
E
 
T
S
 
E
I
 
V
L
 
Y
T
 
H
R
 
R
R
 
F
G
 
E
T
 
I
D
 
E
R
 
R
I
 
I
M
 
A
D
 
R
Y
 
I
A
 
A
F
 
F
N
 
E
V
 
S
A
 
A
K
 
R
T
 
K
R
 
R
K
 
R
R
 
R
K
 
K
H
 
-
V
 
V
S
 
T
S
 
S
A
 
I
T
 
D
K
|
K
S
 
A
N
 
N
G
 
-
I
 
V
I
 
L
H
 
Q
T
 
S
M
 
S
P
 
I
F
 
L
W
 
W
D
 
R
E
 
E
R
 
I
F
 
V
A
 
N
A
 
D
A
 
V
A
 
A
E
 
K
R
 
T
H
 
Y
P
 
P
A
 
D
I
 
V
G
 
E
T
 
L
A
 
A
Q
 
H
F
 
M
H
 
Y
I
 
I
D
|
D
I
 
N
M
 
A
T
 
T
A
 
M
N
 
Q
F
 
L
V
 
I
L
 
K
H
 
D
P
 
P
D
 
S
W
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
L
V
 
L
A
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
E
G
 
C
P
 
A
A
 
M
V
 
I
A
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
M
G
 
G
I
 
M
A
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
N
P
 
E
E
 
Q
G
 
G
K
 
F
Y
 
-
P
 
-
S
 
G
M
 
L
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
V
 
A
H
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
N
V
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
V
 
I
A
 
A
A
 
Q
V
 
I
W
 
L
T
 
S
A
 
L
A
 
A
M
 
L
M
 
L
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
L
 
S
G
 
L
E
 
D
A
 
A
N
 
N
-
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
T
D
 
A
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
N
T
 
R
S
 
A
L
 
L

P37412 3-isopropylmalate dehydrogenase; 3-IPM-DH; Beta-IPM dehydrogenase; IMDH; EC 1.1.1.85 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
36% identity, 92% coverage: 1:326/354 of query aligns to 1:330/363 of P37412

query
sites
P37412
M
 
M
T
 
S
K
 
K
T
 
N
Y
 
Y
R
 
H
I
 
I
A
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
K
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
M
P
 
A
V
 
Q
G
 
A
R
 
L
R
 
K
V
 
V
I
 
M
D
 
D
L
 
A
V
 
V
A
 
R
Q
 
S
K
 
R
H
 
F
N
 
D
F
 
M
T
 
R
V
 
I
D
 
T
W
 
T
T
 
S
E
 
H
F
 
Y
D
 
D
W
 
V
S
 
G
C
 
G
E
 
I
R
 
A
Y
 
I
H
 
D
D
 
N
T
 
H
G
 
G
R
 
H
M
 
P
M
 
L
P
 
P
E
 
K
D
 
A
G
 
T
I
 
V
E
 
E
Q
 
G
M
 
C
K
 
E
A
 
Q
F
 
A
D
 
D
S
 
A
I
 
I
Y
 
L
L
 
F
G
 
G
A
 
S
V
 
V
G
 
G
F
 
G
P
 
P
G
 
K
-
 
W
-
 
E
-
 
N
-
 
L
V
 
P
P
 
P
D
 
E
H
 
S
V
 
Q
S
 
P
L
 
E
W
 
R
G
 
G
L
 
A
L
 
L
I
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
R
R
 
K
E
 
H
L
 
F
D
 
K
Q
 
L
Y
 
F
A
 
S
N
 
N
V
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
R
 
K
L
 
L
L
 
Y
K
 
Q
G
 
G
I
 
L
S
 
E
S
 
A
-
 
F
-
 
C
P
 
P
L
 
L
-
 
R
A
 
A
G
 
D
R
 
I
G
 
A
A
 
A
D
 
N
D
 
G
I
 
F
D
 
D
M
 
I
I
 
L
I
 
C
V
 
V
R
 
R
E
 
E
N
 
L
V
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
I
Y
 
Y
-
 
F
S
 
G
E
 
Q
I
 
P
G
 
K
G
 
G
R
 
R
V
 
E
Y
 
G
Q
 
S
G
 
G
T
 
-
E
 
Q
H
 
Y
E
 
E
A
 
K
A
 
A
I
 
F
Q
 
D
E
 
T
S
 
E
I
 
V
L
 
Y
T
 
H
R
 
R
R
 
F
G
 
E
T
 
I
D
 
E
R
 
R
I
 
I
M
 
A
D
 
R
Y
 
I
A
 
A
F
 
F
N
 
E
V
 
S
A
 
A
K
 
R
T
 
K
R
 
R
K
 
R
R
 
R
K
 
K
H
 
-
V
 
V
S
 
T
S
 
S
A
 
I
T
 
D
K
 
K
S
 
A
N
 
N
G
 
-
I
 
V
I
 
L
H
 
Q
T
 
S
M
 
S
P
 
I
F
 
L
W
 
W
D
 
R
E
 
E
R
 
I
F
 
V
A
 
N
A
 
D
A
 
V
A
 
A
E
 
K
R
 
T
H
 
Y
P
 
P
A
 
D
I
 
V
G
 
E
T
 
L
A
 
A
Q
 
H
F
 
M
H
 
Y
I
 
I
D
|
D
I
 
N
M
 
A
T
 
T
A
 
M
N
 
Q
F
 
L
V
 
I
L
 
K
H
 
D
P
 
P
D
 
S
W
 
Q
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
L
V
 
L
A
 
C
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
E
G
 
C
P
 
A
A
 
M
V
 
I
A
 
T
G
 
G
S
 
S
I
 
M
G
 
G
I
 
M
A
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
N
P
 
E
E
 
Q
G
 
G
K
 
F
Y
 
-
P
 
-
S
 
G
M
 
L
F
 
Y
E
 
E
P
 
P
V
 
A
H
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
N
V
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
V
 
I
A
 
A
A
 
Q
V
 
I
W
 
L
T
 
S
A
 
L
A
 
A
M
 
L
M
 
L
L
 
L
E
 
R
H
 
Y
L
 
S
G
 
L
E
 
D
A
 
A
N
 
N
-
 
D
A
 
A
A
 
A
A
 
T
D
 
A
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
N
T
 
R
S
 
A
L
 
L

2y41A Structure of isopropylmalate dehydrogenase from thermus thermophilus - complex with ipm and mn (see paper)
36% identity, 99% coverage: 4:354/354 of query aligns to 1:346/346 of 2y41A

query
sites
2y41A
T
 
S
Y
 
M
R
 
K
I
 
V
A
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
 
I
G
 
G
K
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
T
P
 
E
V
 
A
G
 
A
R
 
L
R
 
K
V
 
V
I
 
L
D
 
R
L
 
A
V
 
L
A
 
D
Q
 
E
K
 
A
H
 
E
N
 
G
F
 
L
T
 
G
V
 
L
D
 
A
W
 
Y
T
 
E
E
 
V
F
 
F
D
 
P
W
 
F
S
 
G
C
 
G
E
 
A
R
 
A
Y
 
I
H
 
D
D
 
A
T
 
F
G
 
G
R
 
E
M
 
P
M
 
F
P
 
P
E
 
E
D
 
P
G
 
T
I
 
R
E
 
K
Q
 
G
M
 
V
K
 
E
A
 
E
F
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
V
Y
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
S
V
 
V
G
 
G
F
 
G
P
 
P
-
 
K
-
 
W
-
 
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
D
 
R
H
 
K
V
 
I
S
 
R
L
 
P
W
x
E
G
 
T
L
 
G
L
 
L
I
 
L
P
 
S
L
 
L
R
|
R
R
 
K
E
 
S
L
 
Q
D
 
D
Q
 
L
Y
 
F
A
 
A
N
 
N
V
 
L
R
|
R
P
 
P
V
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
F
K
 
P
G
 
G
I
 
L
S
 
E
-
 
R
-
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
K
G
 
E
R
 
E
G
 
I
A
 
A
D
 
R
D
 
G
I
 
V
D
 
D
M
 
V
I
 
L
I
 
I
V
 
V
R
|
R
E
 
E
N
 
L
V
 
T
E
 
G
G
 
G
E
 
I
Y
|
Y
S
 
F
E
 
-
I
 
-
G
 
-
G
 
G
R
 
E
V
 
P
Y
 
R
Q
 
G
G
 
M
T
 
S
E
 
E
H
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
W
I
 
N
Q
 
T
E
 
E
S
 
R
I
 
Y
L
 
-
T
 
S
R
 
K
R
 
P
G
 
E
T
 
V
D
 
E
R
 
R
I
 
V
M
 
A
D
 
R
Y
 
V
A
 
A
F
 
F
N
 
E
V
 
A
A
 
A
K
 
R
T
 
K
R
 
R
K
 
-
R
 
R
K
 
K
H
 
H
V
 
V
S
 
V
S
 
S
A
 
V
T
 
D
K
|
K
S
 
A
N
|
N
G
 
-
I
x
V
I
 
L
H
 
E
T
 
V
M
 
G
P
 
E
F
 
F
W
 
W
D
 
R
E
 
K
R
 
T
F
 
V
A
 
E
A
 
E
A
 
V
A
 
G
E
 
R
R
 
G
H
 
Y
P
 
P
A
 
D
I
 
V
G
 
A
T
 
L
A
 
E
Q
 
H
F
 
Q
H
 
Y
I
 
V
D
|
D
I
 
A
M
 
M
T
 
A
A
 
M
N
 
H
F
 
L
V
 
V
L
 
R
H
 
S
P
 
P
D
 
A
W
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
A
 
T
S
 
G
N
 
N
L
 
I
F
 
F
G
 
G
D
|
D
I
 
I
L
 
L
S
 
S
D
|
D
L
 
L
G
 
A
P
 
S
A
 
V
V
 
L
A
 
P
G
 
G
S
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
A
N
 
S
I
 
L
N
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
G
K
 
R
Y
 
G
P
 
T
S
 
P
M
 
V
F
 
F
E
 
E
P
 
P
V
 
V
H
 
H
G
 
G
S
 
S
A
 
A
P
 
P
D
 
D
I
 
I
A
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
A
N
 
N
P
 
P
V
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
W
 
L
T
 
S
A
 
A
A
 
A
M
 
M
M
 
M
L
 
L
E
 
E
H
 
H
-
 
A
L
 
F
G
 
G
E
 
L
A
 
V
N
 
E
A
 
L
A
 
A
A
 
R
D
 
K
I
 
V
E
 
E
Q
 
D
A
 
A
I
 
V
E
 
A
T
 
K
S
 
A
L
 
L
A
 
L
S
 
-
P
 
-
D
 
E
T
 
T
K
 
P
T
 
P
R
 
P
D
 
D
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
S
A
 
A
D
 
G
T
 
T
A
 
E
G
 
A
S
 
F
E
 
T
A
 
A
A
 
T
I
 
V
L
 
L
A
 
R
A
 
H
L
 
L
S
 
A

2y42D Structure of isopropylmalate dehydrogenase from thermus thermophilus - complex with nadh and mn (see paper)
36% identity, 98% coverage: 4:350/354 of query aligns to 1:342/355 of 2y42D

query
sites
2y42D
T
 
S
Y
 
M
R
 
K
I
 
V
A
 
A
A
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
G
 
G
I
|
I
G
 
G
K
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
T
P
 
E
V
 
A
G
 
A
R
 
L
R
 
K
V
 
V
I
 
L
D
 
R
L
 
A
V
 
L
A
 
D
Q
 
E
K
 
A
H
 
E
N
 
G
F
 
L
T
 
G
V
 
L
D
 
A
W
 
Y
T
 
E
E
 
V
F
 
F
D
 
P
W
 
F
S
 
G
C
 
G
E
 
A
R
 
A
Y
 
I
H
 
D
D
 
A
T
 
F
G
 
G
R
 
E
M
 
P
M
 
F
P
 
P
E
 
E
D
 
P
G
 
T
I
 
R
E
 
K
Q
 
G
M
 
V
K
 
E
A
 
E
F
 
A
D
 
E
S
 
A
I
 
V
Y
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
S
V
|
V
G
 
G
F
 
G
P
 
P
-
 
K
-
 
W
-
x
D
G
 
G
V
 
L
P
 
P
D
 
R
H
 
K
V
 
I
S
 
R
L
 
P
W
x
E
G
 
T
L
 
G
L
 
L
I
 
L
P
 
S
L
 
L
R
 
R
R
 
K
E
 
S
L
 
Q
D
 
D
Q
 
L
Y
 
F
A
 
A
N
 
N
V
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
R
 
K
L
 
V
L
 
F
K
 
P
G
 
G
I
 
L
S
 
E
-
 
R
-
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
K
G
 
E
R
 
E
G
 
I