SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1972 FitnessBrowser__Marino:GFF1972 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

Q8EJW4 2-methyl-aconitate isomerase; Cis-trans isomerase; EC 5.3.3.- from Shewanella oneidensis (strain ATCC 700550 / JCM 31522 / CIP 106686 / LMG 19005 / NCIMB 14063 / MR-1) (see paper)
80% identity, 99% coverage: 1:375/379 of query aligns to 17:395/397 of Q8EJW4

query
sites
Q8EJW4
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
|
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
F
 
F
F
 
F
R
 
R
L
 
L
K
 
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
C
 
A
Q
 
Q
S
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
P
A
 
A
R
 
R
D
 
D
K
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
L
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
A
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
T
S
|
S
S
|
S
T
|
T
S
|
S
K
|
K
T
 
T
V
 
V
I
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
H
P
 
S
T
 
S
Q
 
K
P
 
A
D
 
N
H
 
H
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
D
K
 
K
P
 
P
F
 
F
V
 
V
D
 
D
W
 
W
S
 
S
G
 
G
N
 
N
C
|
C
G
 
G
N
|
N
L
 
L
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
N
 
S
S
 
N
G
 
G
F
 
L
V
 
I
A
 
D
K
 
A
D
 
A
R
 
R
I
 
I
P
 
P
E
 
R
N
 
N
G
 
G
T
 
V
C
 
C
T
 
T
V
 
V
R
 
R
I
 
I
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
I
 
I
K
 
G
K
 
K
T
 
T
I
 
I
V
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
P
 
P
I
 
I
T
 
T
N
 
D
G
 
G
E
 
A
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
G
 
G
D
 
D
F
 
F
E
 
E
L
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
F
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
E
 
E
F
 
F
M
 
M
D
 
N
P
 
P
A
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
D
D
 
D
G
 
G
E
 
E
G
 
G
-
 
G
S
 
C
M
 
M
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
V
 
V
D
 
D
D
 
V
L
 
L
E
 
E
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
I
G
 
G
T
 
R
L
 
F
K
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
I
 
I
F
 
F
V
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
E
D
 
D
I
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
T
G
 
G
T
 
T
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
D
 
D
I
 
I
N
 
N
S
 
S
D
 
D
P
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
F
 
F
E
 
E
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
A
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
L
K
 
R
M
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
Q
 
K
N
 
H
I
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
S
R
 
R
Q
 
Q
H
 
H
T
 
T
P
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
P
P
 
P
S
 
K
D
 
S
Y
 
Y
V
 
A
S
 
S
S
 
S
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
T
I
 
V
G
 
A
A
 
A
E
 
E
D
 
D
V
 
V
D
 
D
V
 
L
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
|
S
M
 
M
G
 
G
K
 
K
L
 
L
H
|
H
H
 
H
A
 
A
M
 
M
M
 
M
G
|
G
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
G
T
 
T
A
 
A
S
 
A
A
 
A
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
V
N
 
N
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
D
 
E
R
 
K
T
 
E
H
 
A
V
 
V
T
 
R
F
 
F
G
 
G
H
 
H
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
K
 
V
E
 
Q
V
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
W
 
W
T
 
T
A
 
V
T
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
S
R
 
R
S
 
S
A
 
A
R
 
R
V
 
V
L
 
L
M
 
M
E
 
E
G
 
G
W
 
F
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P

5k87A Crystal structure of malonate bound to methylaconitate isomerase prpf from shewanella oneidensis (see paper)
80% identity, 99% coverage: 1:375/379 of query aligns to 13:387/389 of 5k87A

query
sites
5k87A
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
|
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
F
 
F
F
 
F
R
 
R
L
 
L
K
 
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
C
 
A
Q
 
Q
S
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
P
A
 
A
R
 
R
D
 
D
K
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
L
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
A
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
|
T
S
|
S
S
|
S
T
 
T
S
 
S
K
x
E
T
 
T
V
 
V
I
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
H
P
 
S
T
 
S
Q
 
K
P
 
A
D
 
N
H
 
H
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
D
K
 
K
P
 
P
F
 
F
V
 
V
D
 
D
W
 
W
S
 
S
G
 
G
N
 
N
C
|
C
G
|
G
N
|
N
L
 
L
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
N
 
S
S
 
N
G
 
G
F
 
L
V
 
I
A
 
D
K
 
A
D
 
A
R
 
R
I
 
I
P
 
P
E
 
R
N
 
N
G
 
G
T
 
V
C
 
C
T
 
T
V
 
V
R
 
R
I
 
I
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
I
 
I
K
 
G
K
 
K
T
 
T
I
 
I
V
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
P
 
P
I
 
I
T
 
T
N
 
D
G
 
G
E
 
A
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
G
 
G
D
 
D
F
 
F
E
 
E
L
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
F
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
E
 
E
F
 
F
M
 
M
D
 
N
P
 
P
A
 
A
D
 
A
G
 
D
E
 
G
G
 
G
S
 
C
M
 
M
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
V
 
V
D
 
D
D
 
V
L
 
L
E
 
E
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
I
G
 
G
T
 
R
L
 
F
K
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
I
 
I
F
 
F
V
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
E
D
 
D
I
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
T
G
 
G
T
 
T
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
D
 
D
I
 
I
N
 
N
S
 
S
D
 
D
P
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
F
 
F
E
 
E
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
A
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
L
K
 
R
M
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
Q
 
K
N
 
H
I
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
S
R
 
R
Q
 
Q
H
 
H
T
 
T
P
 
P
K
 
K
V
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
P
P
 
P
S
 
K
D
 
S
Y
 
Y
V
 
A
S
 
S
S
 
S
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
T
I
 
V
G
 
A
A
 
A
E
 
E
D
 
D
V
 
V
D
 
D
V
 
L
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
S
M
 
M
G
 
G
K
 
K
L
 
L
H
|
H
H
|
H
A
 
A
M
 
M
M
|
M
G
|
G
T
|
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
G
T
 
T
A
 
A
S
 
A
A
 
A
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
V
N
 
N
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
D
 
E
R
 
K
T
 
E
H
 
A
V
 
V
T
 
R
F
 
F
G
 
G
H
 
H
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
K
 
V
E
 
Q
V
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
W
 
W
T
 
T
A
 
V
T
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
S
R
 
R
S
 
S
A
 
A
R
 
R
V
 
V
L
 
L
M
 
M
E
 
E
G
 
G
W
 
F
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P

2pw0A Crystal structure of trans-aconitate bound to methylaconitate isomerase prpf from shewanella oneidensis (see paper)
80% identity, 99% coverage: 1:375/379 of query aligns to 12:383/385 of 2pw0A

query
sites
2pw0A
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
|
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
F
 
F
F
 
F
R
 
R
L
 
L
K
 
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
C
 
A
Q
 
Q
S
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
P
A
 
A
R
 
R
D
 
D
K
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
L
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
A
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
T
S
|
S
S
|
S
T
 
T
S
 
S
K
|
K
T
 
T
V
 
V
I
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
H
P
 
S
T
 
S
Q
 
K
P
 
A
D
 
N
H
 
H
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
D
K
 
K
P
 
P
F
 
F
V
 
V
D
 
D
W
 
W
S
 
S
G
 
G
N
 
N
C
|
C
G
 
G
N
|
N
L
 
L
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
N
 
S
S
 
N
G
 
G
F
 
L
V
 
I
A
 
D
K
 
A
D
 
A
R
 
R
I
 
I
P
 
P
E
 
R
N
 
N
G
 
G
T
 
V
C
 
C
T
 
T
V
 
V
R
 
R
I
 
I
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
I
 
I
K
 
G
K
 
K
T
 
T
I
 
I
V
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
P
 
P
I
 
I
T
 
T
N
 
D
G
 
G
E
 
A
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
G
 
G
D
 
D
F
 
F
E
 
E
L
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
F
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
E
 
E
F
 
F
M
 
M
D
 
N
P
 
P
A
 
A
D
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
A
S
 
D
M
 
M
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
V
 
V
D
 
D
D
 
V
L
 
L
E
 
E
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
I
G
 
G
T
 
R
L
 
F
K
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
I
 
I
F
 
F
V
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
E
D
 
D
I
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
T
G
 
G
T
 
T
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
D
 
D
I
 
I
N
 
N
S
 
S
D
 
D
P
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
F
 
F
E
 
E
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
A
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
L
K
 
R
M
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
Q
 
K
N
 
H
I
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
S
R
 
R
Q
 
Q
H
 
H
T
 
T
P
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
P
P
 
P
S
 
K
D
 
S
Y
 
Y
V
 
A
S
 
S
S
 
S
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
T
I
 
V
G
 
A
A
 
A
E
 
E
D
 
D
V
 
V
D
 
D
V
 
L
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
|
S
M
 
M
G
 
G
K
 
K
L
 
L
H
|
H
H
 
H
A
 
A
M
 
M
M
|
M
G
|
G
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
G
T
 
T
A
 
A
S
 
A
A
 
A
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
V
N
 
N
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
D
 
E
R
 
K
T
 
E
H
 
A
V
 
V
T
 
R
F
 
F
G
 
G
H
 
H
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
K
 
V
E
 
Q
V
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
W
 
W
T
 
T
A
 
V
T
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
S
R
 
R
S
 
S
A
 
A
R
 
R
V
 
V
L
 
L
M
 
M
E
 
E
G
 
G
W
 
F
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P

2pvzA Crystal structure of methylaconitate isomerase prpf from shewanella oneidensis (see paper)
80% identity, 99% coverage: 1:375/379 of query aligns to 13:385/387 of 2pvzA

query
sites
2pvzA
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
F
 
F
F
 
F
R
|
R
L
|
L
K
x
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
C
 
A
Q
 
Q
S
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
P
A
 
A
R
 
R
D
 
D
K
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
L
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
A
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
T
S
|
S
S
|
S
T
 
T
S
 
S
K
|
K
T
 
T
V
 
V
I
 
I
L
 
L
A
x
S
E
 
H
P
 
S
T
 
S
Q
 
K
P
 
A
D
 
N
H
 
H
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
D
K
 
K
P
 
P
F
 
F
V
 
V
D
 
D
W
 
W
S
 
S
G
 
G
N
 
N
C
 
C
G
 
G
N
 
N
L
 
L
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
N
 
S
S
 
N
G
 
G
F
 
L
V
 
I
A
 
D
K
 
A
D
 
A
R
 
R
I
 
I
P
 
P
E
 
R
N
 
N
G
 
G
T
 
V
C
 
C
T
 
T
V
 
V
R
 
R
I
 
I
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
I
 
I
K
 
G
K
 
K
T
 
T
I
 
I
V
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
P
 
P
I
 
I
T
 
T
N
 
D
G
 
G
E
 
A
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
G
 
G
D
 
D
F
 
F
E
 
E
L
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
F
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
E
 
E
F
 
F
M
 
M
D
 
N
P
 
P
A
 
A
D
 
-
G
 
-
E
 
A
G
 
D
S
 
C
M
 
M
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
V
 
V
D
 
D
D
 
V
L
 
L
E
 
E
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
I
G
 
G
T
 
R
L
 
F
K
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
I
 
I
F
 
F
V
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
E
D
 
D
I
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
T
G
 
G
T
 
T
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
D
 
D
I
 
I
N
 
N
S
 
S
D
 
D
P
 
N
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
F
 
F
E
 
E
T
 
T
I
 
I
R
 
R
A
 
A
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
L
K
 
R
M
 
M
G
 
G
L
 
L
I
 
I
Q
 
K
N
 
H
I
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
A
N
 
S
R
 
R
Q
 
Q
H
 
H
T
 
T
P
 
P
K
 
K
V
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
P
P
 
P
S
 
K
D
 
S
Y
 
Y
V
 
A
S
 
S
S
 
S
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
T
I
 
V
G
 
A
A
 
A
E
 
E
D
 
D
V
 
V
D
 
D
V
 
L
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
|
S
M
 
M
G
 
G
K
 
K
L
 
L
H
|
H
H
 
H
A
 
A
M
 
M
M
 
M
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
G
T
 
T
A
 
A
S
 
A
A
 
A
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
V
N
 
N
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
D
 
E
R
 
K
T
 
E
H
 
A
V
 
V
T
 
R
F
 
F
G
 
G
H
 
H
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
K
 
V
E
 
Q
V
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
W
 
W
T
 
T
A
 
V
T
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
S
R
 
R
S
 
S
A
 
A
R
 
R
V
 
V
L
 
L
M
 
M
E
 
E
G
 
G
W
 
F
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P

2pw0B Crystal structure of trans-aconitate bound to methylaconitate isomerase prpf from shewanella oneidensis (see paper)
70% identity, 99% coverage: 1:375/379 of query aligns to 13:339/341 of 2pw0B

query
sites
2pw0B
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
V
F
 
F
F
 
F
R
 
R
L
 
L
K
 
Q
D
 
D
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
C
 
A
Q
 
Q
S
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
P
A
 
A
R
 
R
D
 
D
K
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
L
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
A
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
T
S
|
S
S
|
S
T
 
T
S
 
S
K
|
K
T
 
T
V
 
V
I
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
H
P
 
S
T
 
S
Q
 
K
P
 
A
D
 
N
H
 
H
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
D
K
 
K
P
 
P
F
 
F
V
 
V
D
 
D
W
 
W
S
 
S
G
 
G
N
 
N
C
 
C
G
 
G
N
|
N
L
 
L
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
I
N
 
S
S
 
N
G
 
G
F
 
L
V
 
I
A
 
D
K
 
A
D
 
A
R
 
R
I
 
I
P
 
P
E
 
R
N
 
N
G
 
G
T
 
V
C
 
C
T
 
T
V
 
V
R
 
R
I
 
I
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
I
 
I
K
 
G
K
 
K
T
 
T
I
 
I
V
 
I
A
 
A
H
 
H
V
 
V
P
 
P
I
 
I
T
 
T
N
 
D
G
 
G
E
 
A
V
 
V
Q
 
Q
E
 
E
T
 
T
G
 
G
D
 
D
F
 
F
E
 
E
L
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
T
F
 
F
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
V
 
I
E
 
E
F
 
F
M
 
M
D
 
N
P
 
P
A
 
A
D
 
-
G
 
-
E
 
A
G
 
D
S
 
C
M
 
M
F
 
F
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
V
 
V
D
 
D
D
 
-
L
 
-
E
 
-
V
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
V
K
 
N
A
 
A
T
 
T
M
 
M
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
T
I
 
I
F
 
F
V
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
E
D
 
D
I
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
T
G
 
G
T
 
T
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
D
 
D
I
 
I
N
 
N
S
 
S
D
 
D
P
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
R
 
-
F
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
-
A
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
M
 
-
G
 
-
L
 
-
I
 
-
Q
 
-
N
 
-
I
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
-
N
 
-
R
 
-
Q
 
-
H
 
-
T
 
-
P
 
-
K
|
K
V
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
K
 
P
P
 
P
S
 
K
D
 
S
Y
 
Y
V
 
A
S
 
S
S
 
S
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
T
I
 
V
G
 
A
A
 
A
E
 
E
D
 
D
V
 
V
D
 
D
V
 
L
L
 
L
V
 
V
R
 
R
A
 
A
L
 
L
S
 
-
M
 
-
G
 
-
K
 
K
L
 
L
H
|
H
H
 
H
A
 
A
M
 
M
M
|
M
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
G
T
 
T
A
 
A
S
 
A
A
 
A
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
V
N
 
N
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
D
 
E
R
 
K
T
 
E
H
 
A
V
 
V
T
 
R
F
 
F
G
 
G
H
 
H
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
K
 
V
E
 
Q
V
 
E
D
 
N
G
 
G
Q
 
E
W
 
W
T
 
T
A
 
V
T
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
S
R
 
R
S
 
S
A
 
A
R
 
R
V
 
V
L
 
L
M
 
M
E
 
E
G
 
G
W
 
F
V
 
V
R
 
R
V
 
V
P
 
P

6p3hC Crystal structure of ligu(k66m) bound to substrate (see paper)
36% identity, 99% coverage: 1:374/379 of query aligns to 10:351/352 of 6p3hC

query
sites
6p3hC
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
|
S
K
 
K
G
 
G
V
 
G
F
 
Y
F
 
F
R
 
L
L
 
R
K
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
C
 
-
Q
 
-
S
 
A
P
 
D
G
 
T
E
 
A
A
 
A
R
 
R
D
 
D
K
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
L
R
 
A
V
 
V
I
 
M
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
P
 
P
Y
 
-
Q
 
-
K
 
R
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
D
S
 
P
S
 
L
T
 
T
S
 
S
K
 
M
T
 
V
V
 
A
I
 
V
L
 
V
A
 
S
E
 
K
P
 
S
T
 
E
Q
 
R
P
 
P
D
 
G
H
 
I
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
G
 
L
Q
 
Q
V
 
V
S
 
F
I
 
V
D
 
D
K
 
Q
P
 
A
F
 
I
V
 
V
D
 
T
W
 
D
S
 
A
G
x
Q
N
 
N
C
|
C
G
|
G
N
|
N
L
 
I
T
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
P
F
 
F
A
 
A
I
 
I
N
 
E
S
 
R
G
 
G
F
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
A
D
 
-
R
 
-
I
 
-
P
 
-
E
 
S
N
 
G
G
 
D
T
 
E
C
 
T
T
 
R
V
 
V
R
 
A
I
 
I
W
 
F
Q
 
M
A
 
E
N
 
N
I
 
T
K
 
G
K
 
Q
T
 
V
I
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
T
V
 
V
P
 
R
I
 
T
T
 
P
N
 
G
G
 
G
E
 
S
V
 
V
Q
 
T
E
 
Y
T
 
A
G
 
G
D
 
D
F
 
A
E
 
A
L
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
P
F
 
G
P
 
T
A
 
H
A
 
A
E
 
P
V
 
I
Q
 
P
V
 
T
E
 
E
F
 
F
M
 
R
D
 
D
P
 
T
A
 
A
D
 
G
G
 
S
E
 
S
-
 
C
G
 
G
S
 
A
M
 
L
F
 
L
P
 
P
T
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
A
V
 
V
D
 
D
D
 
V
L
 
V
E
 
N
V
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
T
 
G
L
 
L
K
 
P
A
 
V
T
 
T
M
 
L
I
 
I
N
 
D
A
 
N
G
 
G
I
 
M
P
 
P
T
 
C
I
 
V
F
 
V
V
 
M
N
 
K
A
 
A
G
 
A
D
 
D
I
 
V
G
 
G
Y
 
I
K
 
T
G
 
G
T
 
Y
E
 
E
L
 
D
Q
 
R
D
 
D
D
 
S
I
 
L
N
 
D
S
 
A
D
 
N
P
 
A
A
 
E
A
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
F
 
I
E
 
E
T
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
L
K
 
A
M
 
V
G
 
G
L
 
E
I
 
L
Q
 
M
N
 
N
I
 
L
E
 
G
E
 
D
A
 
V
A
 
T
N
 
E
R
 
K
Q
 
S
H
 
-
T
 
V
P
 
P
K
|
K
V
 
M
A
 
M
F
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
P
P
 
P
S
 
R
D
 
D
Y
 
G
V
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
S
 
-
I
 
-
G
 
G
A
 
A
E
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
V
L
 
C
V
 
V
R
 
R
A
 
S
L
 
F
S
 
I
M
 
P
G
 
H
K
 
R
L
 
A
H
|
H
H
 
A
A
 
T
M
 
I
M
x
G
G
x
V
T
x
L
A
 
G
A
 
A
V
 
V
A
 
S
I
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
A
S
 
C
A
 
L
V
 
I
P
 
P
G
 
G
T
 
S
L
 
P
V
 
A
N
 
A
L
 
E
A
 
V
A
 
A
-
 
V
-
 
V
G
 
P
G
 
E
G
 
G
D
 
A
R
 
R
T
 
K
H
 
T
V
 
L
T
 
S
F
 
I
G
 
E
H
 
H
P
 
P
S
 
T
G
 
G
T
 
E
L
 
M
R
 
S
V
 
C
G
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
V
K
 
L
E
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
D
Q
 
A
W
 
G
T
 
N
A
 
V
T
 
V
K
 
S
A
 
A
I
 
A
M
 
L
S
 
L
R
 
R
S
 
T
A
 
A
R
 
R
V
 
K
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
W
 
V
V
 
V
R
 
F
V
 
V

6p3jB Crystal structure of ligu (see paper)
36% identity, 99% coverage: 1:374/379 of query aligns to 15:348/352 of 6p3jB

query
sites
6p3jB
M
 
M
R
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
T
S
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
G
F
 
Y
F
 
F
R
 
L
L
 
R
K
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
C
 
-
Q
 
-
S
 
A
P
 
D
G
 
T
E
 
A
A
 
A
R
 
R
D
 
D
K
 
A
L
 
F
L
 
L
L
 
L
R
 
A
V
 
V
I
 
M
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
P
 
P
Y
 
-
Q
 
-
K
 
R
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
G
 
G
M
 
M
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
D
S
 
P
S
 
L
T
 
T
S
 
S
K
 
K
T
 
V
V
 
A
I
 
V
L
 
V
A
 
S
E
 
K
P
 
S
T
 
E
Q
 
R
P
 
P
D
 
G
H
 
I
D
 
D
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
G
 
L
Q
 
Q
V
 
V
S
 
F
I
 
V
D
 
D
K
 
Q
P
 
A
F
 
I
V
 
V
D
 
T
W
 
D
S
 
A
G
 
Q
N
 
N
C
 
C
G
 
G
N
 
N
L
 
I
T
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
P
F
 
F
A
 
A
I
 
I
N
 
E
S
 
R
G
 
G
F
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
A
D
 
-
R
 
-
I
 
-
P
 
-
E
 
S
N
 
G
G
 
D
T
 
E
C
 
T
T
 
R
V
 
V
R
 
A
I
 
I
W
 
F
Q
 
M
A
 
E
N
 
N
I
 
T
K
 
G
K
 
Q
T
 
V
I
 
A
V
 
V
A
 
A
H
 
T
V
 
V
P
 
R
I
 
T
T
 
P
N
 
G
G
 
G
E
 
S
V
 
V
Q
 
T
E
 
Y
T
 
A
G
 
G
D
 
D
F
 
A
E
 
A
L
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
P
F
 
G
P
 
T
A
 
H
A
 
A
E
 
P
V
 
I
Q
 
P
V
 
T
E
 
E
F
 
F
M
 
R
D
 
D
P
 
T
A
 
A
D
 
G
G
 
S
E
 
S
-
 
C
G
 
G
S
 
A
M
 
L
F
 
L
P
 
P
T
 
S
G
 
G
N
 
N
L
 
A
V
 
V
D
 
D
D
 
V
L
 
V
E
 
N
V
 
-
P
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
T
 
G
L
 
L
K
 
P
A
 
V
T
 
T
M
 
L
I
 
I
N
 
D
A
 
N
G
 
G
I
 
M
P
 
P
T
 
C
I
 
V
F
 
V
V
 
M
N
 
K
A
 
A
G
 
A
D
 
D
I
 
V
G
 
G
Y
 
I
K
 
T
G
 
G
T
 
Y
E
 
E
L
 
D
Q
 
R
D
 
D
D
 
S
I
 
L
N
 
D
S
 
A
D
 
N
P
 
A
A
 
E
A
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
F
 
I
E
 
E
T
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
-
H
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
L
K
 
A
M
 
V
G
 
G
L
 
E
I
 
L
Q
 
M
N
 
N
I
 
L
E
 
G
E
 
D
A
 
V
A
 
T
N
 
E
R
 
K
Q
 
S
H
 
-
T
 
V
P
 
P
K
 
K
V
 
M
A
 
M
F
 
L
V
 
V
A
 
A
K
 
P
P
 
P
S
 
R
D
 
D
Y
 
G
V
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
-
S
 
-
I
 
-
G
 
G
A
 
A
E
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
V
L
 
C
V
 
V
R
 
R
A
 
S
L
 
F
S
 
I
M
 
P
G
 
H
K
 
R
L
 
A
H
 
H
H
 
A
A
 
T
M
 
I
M
 
G
G
 
V
T
 
L
A
 
G
A
 
A
V
 
V
A
 
S
I
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
A
S
 
C
A
 
S
V
 
-
P
 
P
G
 
A
T
 
A
L
 
E
V
 
V
N
 
A
L
 
V
A
 
V
A
 
P
G
 
E
G
 
G
G
 
A
D
 
R
R
 
K
T
 
T
H
 
-
V
 
L
T
 
S
F
 
I
G
 
E
H
 
H
P
 
P
S
 
T
G
 
G
T
 
E
L
 
M
R
 
S
V
 
C
G
 
V
A
 
L
E
 
E
A
 
V
K
 
N
E
 
V
V
 
V
D
 
-
G
 
-
Q
 
-
W
 
-
T
 
-
A
 
-
T
 
-
K
 
S
A
 
A
I
 
A
M
 
L
S
 
L
R
 
R
S
 
T
A
 
A
R
 
R
V
 
K
L
 
L
M
 
M
E
 
D
G
 
G
W
 
V
V
 
V
R
 
F
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF1972 FitnessBrowser__Marino:GFF1972
MRGGTSKGVFFRLKDLPEACQSPGEARDKLLLRVIGSPDPYQKQIDGMGGATSSTSKTVI
LAEPTQPDHDVDYLFGQVSIDKPFVDWSGNCGNLTAAVGAFAINSGFVAKDRIPENGTCT
VRIWQANIKKTIVAHVPITNGEVQETGDFELDGVTFPAAEVQVEFMDPADGEGSMFPTGN
LVDDLEVPGEGTLKATMINAGIPTIFVNAGDIGYKGTELQDDINSDPAALARFETIRAHG
AVKMGLIQNIEEAANRQHTPKVAFVAKPSDYVSSSGKSIGAEDVDVLVRALSMGKLHHAM
MGTAAVAIATASAVPGTLVNLAAGGGDRTHVTFGHPSGTLRVGAEAKEVDGQWTATKAIM
SRSARVLMEGWVRVPGDSI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory