SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1988 FitnessBrowser__psRCH2:GFF1988 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5vt3B High resolution structure of thioredoxin-disulfide reductase from vibrio vulnificus cmcp6 in complex with NADP and fad
74% identity, 100% coverage: 1:315/315 of query aligns to 3:317/319 of 5vt3B

query
sites
5vt3B
M
 
M
S
 
S
E
 
D
V
 
M
K
 
K
H
 
H
S
 
S
R
 
K
L
 
L
I
 
L
I
 
I
L
 
L
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
N
P
 
P
L
 
V
M
 
L
I
 
I
T
|
T
G
|
G
I
 
M
Q
|
Q
P
 
Q
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
|
L
T
 
T
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
V
 
V
D
 
E
N
|
N
W
 
W
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
P
E
 
E
G
 
G
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
G
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
R
M
 
M
Q
 
K
K
 
E
H
 
H
A
 
A
E
 
E
R
 
R
F
 
F
D
 
E
T
 
T
E
 
E
I
 
I
V
 
I
F
 
F
D
 
D
H
|
H
I
|
I
H
 
N
T
 
E
A
 
V
E
 
D
L
 
F
Q
 
S
Q
 
T
R
 
R
P
 
P
F
 
F
T
 
V
L
 
L
R
 
K
G
 
G
D
 
D
S
 
A
A
 
A
V
 
S
Y
 
Y
T
 
S
C
 
C
D
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
I
I
 
I
A
x
S
T
|
T
G
|
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
K
Y
 
Y
L
|
L
G
 
G
L
 
L
P
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
K
G
 
G
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
A
C
|
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
R
 
R
N
 
N
Q
 
Q
V
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
N
|
N
T
|
T
A
 
A
V
 
V
E
|
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
N
 
N
I
 
I
A
 
A
K
 
A
E
 
E
V
 
V
H
 
H
L
 
L
I
 
I
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
K
 
S
L
 
F
R
|
R
S
 
A
E
 
E
K
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
I
D
 
N
K
 
R
I
 
L
M
 
M
D
 
D
K
 
K
A
 
V
T
 
Q
N
 
N
G
 
G
N
 
N
I
 
I
R
 
V
L
 
L
H
 
H
W
 
T
N
 
D
H
 
R
T
 
V
L
 
L
E
 
D
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
E
S
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
K
 
K
S
 
D
T
 
V
L
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
G
E
 
T
N
 
E
R
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
M
G
 
G
V
 
A
F
 
F
I
 
I
A
 
A
I
|
I
G
|
G
H
|
H
K
 
S
P
 
P
N
 
N
T
 
T
D
 
Q
L
 
I
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
M
 
M
K
 
K
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
L
I
 
V
R
 
K
G
 
S
G
 
G
G
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
N
A
 
A
T
 
T
C
 
Q
T
 
T
S
 
S
I
 
V
P
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
A
 
M
D
 
D
H
 
H
V
 
N
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
C
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
N
 
S

P0A9P4 Thioredoxin reductase; TRXR; EC 1.8.1.9 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
73% identity, 100% coverage: 1:314/315 of query aligns to 1:315/321 of P0A9P4

query
sites
P0A9P4
M
|
M
S
 
G
E
 
T
V
 
T
K
 
K
H
 
H
S
 
S
R
 
K
L
 
L
I
 
L
I
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
Q
P
 
P
L
 
V
M
 
L
I
 
I
T
|
T
G
|
G
I
x
M
Q
x
E
P
x
K
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
L
 
L
T
 
T
T
 
T
T
 
T
T
 
T
E
 
E
V
 
V
D
 
E
N
 
N
W
 
W
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
P
E
 
N
G
 
D
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
L
L
 
L
M
 
M
V
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
 
H
K
 
E
H
 
H
A
 
A
E
 
T
R
 
K
F
 
F
D
 
E
T
 
T
E
 
E
I
 
I
V
 
I
F
 
F
D
 
D
H
 
H
I
 
I
H
 
N
T
 
K
A
 
V
E
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
N
R
 
R
P
 
P
F
 
F
T
 
R
L
 
L
R
 
N
G
 
G
D
 
D
S
 
N
A
 
G
V
 
E
Y
 
Y
T
 
T
C
 
C
D
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
R
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
S
 
S
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
K
G
 
G
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
A
C
|
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
R
 
R
N
 
N
Q
 
Q
V
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
N
 
N
I
 
I
A
 
A
K
 
S
E
 
E
V
 
V
H
 
H
L
 
L
I
 
I
H
 
H
R
 
R
R
 
R
D
 
D
K
 
G
L
 
F
R
 
R
S
 
A
E
 
E
K
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
I
D
 
K
K
 
R
I
 
L
M
 
M
D
 
D
K
 
K
A
 
V
T
 
E
N
 
N
G
 
G
N
 
N
I
 
I
R
 
I
L
 
L
H
 
H
W
 
T
N
 
N
H
 
R
T
 
T
L
 
L
E
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
D
A
 
Q
S
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
K
 
R
S
 
D
T
 
T
L
 
Q
T
 
N
G
 
S
E
 
D
E
 
N
-
 
I
N
 
E
R
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
K
 
S
P
 
P
N
 
N
T
 
T
D
 
A
L
 
I
F
 
F
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
E
M
 
L
K
 
E
D
 
N
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
K
I
 
V
R
 
Q
G
 
S
G
 
G
G
 
I
E
 
H
G
 
G
D
 
N
A
 
A
T
 
T
C
 
Q
T
 
T
S
 
S
I
 
I
P
 
P
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
|
D
V
|
V
A
x
M
D
|
D
H
|
H
V
x
I
Y
|
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
 
S
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
C
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D

1f6mA Crystal structure of a complex between thioredoxin reductase, thioredoxin, and the NADP+ analog, aadp+ (see paper)
73% identity, 98% coverage: 5:314/315 of query aligns to 4:314/320 of 1f6mA

query
sites
1f6mA
K
 
K
H
 
H
S
 
S
R
 
K
L
 
L
I
 
L
I
 
I
L
 
L
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
Q
P
 
P
L
 
V
M
 
L
I
 
I
T
|
T
G
|
G
I
 
M
Q
x
E
P
 
K
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
|
L
T
 
T
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
V
|
V
D
 
E
N
|
N
W
 
W
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
P
E
 
N
G
 
D
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
L
L
 
L
M
 
M
V
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
 
H
K
 
E
H
 
H
A
 
A
E
 
T
R
 
K
F
 
F
D
 
E
T
 
T
E
 
E
I
 
I
V
 
I
F
 
F
D
 
D
H
|
H
I
|
I
H
 
N
T
 
K
A
 
V
E
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
N
R
 
R
P
 
P
F
 
F
T
 
R
L
 
L
R
 
N
G
 
G
D
 
D
S
 
N
A
 
G
V
 
E
Y
 
Y
T
 
T
C
 
C
D
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
R
Y
 
Y
L
|
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
S
 
S
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
K
G
 
G
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
A
C
x
S
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
R
 
R
N
 
N
Q
 
Q
V
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
|
G
G
|
G
N
|
N
T
|
T
A
 
A
V
 
V
E
|
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
N
 
N
I
 
I
A
 
A
K
 
S
E
 
E
V
 
V
H
 
H
L
 
L
I
 
I
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
K
 
G
L
 
F
R
|
R
S
 
A
E
 
E
K
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
I
D
 
K
K
 
R
I
 
L
M
 
M
D
 
D
K
 
K
A
 
V
T
 
E
N
 
N
G
 
G
N
 
N
I
 
I
R
 
I
L
 
L
H
 
H
W
 
T
N
 
N
H
 
R
T
 
T
L
 
L
E
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
D
A
 
Q
S
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
K
 
R
S
 
D
T
 
T
L
 
Q
T
 
N
G
 
S
E
 
D
E
 
N
-
 
I
N
 
E
R
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
|
I
G
|
G
H
|
H
K
 
S
P
 
P
N
 
N
T
 
T
D
 
A
L
 
I
F
 
F
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
E
M
 
L
K
 
E
D
 
N
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
K
I
 
V
R
 
Q
G
 
S
G
 
G
G
 
I
E
 
H
G
 
G
D
 
N
A
 
A
T
 
T
C
 
Q
T
 
T
S
 
S
I
 
I
P
 
P
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
A
 
M
D
 
D
H
 
H
V
 
I
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
C
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D

1tdfA Crystal structure of escherichia coli thioredoxin reductase refined at 2 angstrom resolution: implications for a large conformational change during catalysis (see paper)
73% identity, 98% coverage: 5:314/315 of query aligns to 4:314/316 of 1tdfA

query
sites
1tdfA
K
 
K
H
 
H
S
 
S
R
 
K
L
 
L
I
 
L
I
 
I
L
 
L
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
Q
P
 
P
L
 
V
M
 
L
I
 
I
T
|
T
G
|
G
I
 
M
Q
x
E
P
 
K
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
|
L
T
 
T
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
V
|
V
D
 
E
N
|
N
W
 
W
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
P
E
 
N
G
 
D
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
L
L
 
L
M
 
M
V
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
 
H
K
 
E
H
 
H
A
 
A
E
 
T
R
 
K
F
 
F
D
 
E
T
 
T
E
 
E
I
 
I
V
 
I
F
 
F
D
 
D
H
|
H
I
|
I
H
 
N
T
 
K
A
 
V
E
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
N
R
 
R
P
 
P
F
 
F
T
 
R
L
 
L
R
 
N
G
 
G
D
 
D
S
 
N
A
 
G
V
 
E
Y
 
Y
T
 
T
C
 
C
D
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
|
T
G
 
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
R
Y
 
Y
L
|
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
S
 
S
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
K
G
 
G
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
A
C
|
C
A
 
A
T
 
T
C
x
S
D
|
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
R
 
R
N
 
N
Q
 
Q
V
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
I
|
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
N
T
|
T
A
 
A
V
 
V
E
|
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
N
 
N
I
 
I
A
 
A
K
 
S
E
 
E
V
 
V
H
 
H
L
 
L
I
 
I
H
|
H
R
|
R
R
 
R
D
 
D
K
 
G
L
 
F
R
|
R
S
 
A
E
|
E
K
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
I
D
 
K
K
 
R
I
 
L
M
 
M
D
 
D
K
 
K
A
 
V
T
 
E
N
 
N
G
 
G
N
 
N
I
 
I
R
 
I
L
 
L
H
 
H
W
 
T
N
 
N
H
 
R
T
 
T
L
 
L
E
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
D
A
 
Q
S
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
K
 
R
S
 
D
T
 
T
L
 
Q
T
 
N
G
 
S
E
 
D
E
 
N
-
 
I
N
 
E
R
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
|
I
G
|
G
H
 
H
K
 
S
P
 
P
N
 
N
T
 
T
D
 
A
L
 
I
F
 
F
Q
 
E
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
E
M
 
L
K
 
E
D
 
N
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
K
I
 
V
R
 
Q
G
 
S
G
 
G
G
 
I
E
 
H
G
 
G
D
 
N
A
 
A
T
 
T
C
 
Q
T
 
T
S
 
S
I
 
I
P
 
P
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
A
 
M
D
 
D
H
|
H
V
 
I
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
C
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D

5u63B Crystal structure of putative thioredoxin reductase from haemophilus influenzae
68% identity, 100% coverage: 1:314/315 of query aligns to 4:317/319 of 5u63B

query
sites
5u63B
M
 
M
S
 
S
E
 
D
V
 
I
K
 
K
H
 
H
S
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
L
I
 
I
L
 
L
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
V
M
 
L
I
 
V
T
|
T
G
|
G
I
 
L
Q
|
Q
P
 
Q
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
|
L
T
 
T
T
 
T
T
|
T
T
 
D
E
 
E
V
 
I
D
 
E
N
|
N
W
 
W
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
F
E
 
E
G
 
M
L
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
S
D
 
G
L
 
L
M
 
M
V
 
Q
R
 
R
M
 
M
Q
 
L
K
 
Q
H
 
H
A
 
A
E
 
E
R
 
K
F
 
F
D
 
E
T
 
T
E
 
E
I
 
I
V
 
V
F
 
F
D
 
D
H
|
H
I
|
I
H
 
N
T
 
R
A
 
V
E
 
D
L
 
L
Q
 
S
Q
 
S
R
 
R
P
 
P
F
 
F
T
 
K
L
 
L
R
 
F
G
 
G
D
 
D
S
 
V
A
 
Q
V
 
N
Y
 
F
T
 
T
C
 
C
D
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
x
R
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
L
 
L
P
 
P
S
 
S
E
 
E
E
 
E
A
 
N
F
 
Y
A
 
K
G
 
G
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
A
C
|
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
R
 
R
N
 
N
Q
 
K
V
 
P
V
 
V
A
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
|
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
S
 
A
N
 
N
I
 
I
A
 
A
K
 
S
E
 
T
V
 
V
H
 
H
L
 
L
I
 
I
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
K
 
S
L
 
F
R
 
R
S
 
A
E
 
E
K
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
I
D
 
D
K
 
R
I
 
L
M
 
Y
D
 
K
K
 
K
A
 
V
T
 
E
N
 
E
G
 
G
N
 
K
I
 
I
R
 
V
L
 
L
H
 
H
W
 
T
N
 
D
H
 
R
T
 
T
L
 
L
E
 
D
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
N
S
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
L
R
 
R
L
 
L
K
 
A
S
 
N
T
 
T
L
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
K
N
 
E
R
 
E
L
 
L
D
 
K
L
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
|
I
G
|
G
H
|
H
K
 
S
P
 
P
N
 
N
T
 
T
D
 
E
L
 
I
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
E
M
 
L
K
 
N
D
 
N
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
V
I
 
V
R
 
K
G
 
S
G
 
G
G
 
L
E
 
D
G
 
G
D
 
N
A
 
A
T
 
T
C
 
A
T
 
T
S
 
S
I
 
V
P
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
A
 
M
D
 
D
H
 
H
V
 
N
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
G
C
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D

4jnqA Crystal structure of a thioredoxin reductase from brucella melitensis
57% identity, 98% coverage: 5:313/315 of query aligns to 5:311/315 of 4jnqA

query
sites
4jnqA
K
 
R
H
 
H
S
 
A
R
 
P
L
 
V
I
 
I
I
 
V
L
x
I
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
M
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
V
M
 
V
I
 
I
T
x
A
G
|
G
I
 
L
Q
|
Q
P
 
Q
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
|
L
T
 
M
T
 
I
T
 
T
T
 
T
E
 
D
V
 
V
D
 
E
N
|
N
W
 
Y
P
 
P
G
 
G
D
 
Y
V
 
A
E
 
E
G
 
P
L
 
V
T
 
Q
G
 
G
P
 
P
D
 
W
L
 
M
M
 
M
V
 
E
R
 
Q
M
 
M
Q
 
A
K
 
R
H
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
N
F
 
V
D
 
G
T
 
A
E
 
Q
I
 
I
V
 
V
F
 
H
D
 
D
H
 
I
I
|
I
H
 
T
T
 
E
A
 
V
E
 
E
L
 
T
Q
 
T
Q
 
V
R
 
R
P
 
P
F
 
F
T
 
R
L
 
L
R
 
K
G
 
G
D
 
D
S
 
S
-
 
G
A
 
T
V
 
I
Y
 
Y
T
 
T
C
 
C
D
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
|
T
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
A
 
A
Q
 
K
Y
 
W
L
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
Q
A
 
T
F
 
F
A
 
M
G
 
G
R
 
G
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
A
C
|
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
R
 
R
N
 
G
Q
 
K
V
 
D
V
 
V
A
 
V
V
 
V
I
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
N
 
H
I
 
I
A
 
A
K
 
K
E
 
S
V
 
V
H
 
T
L
 
I
I
 
V
H
 
H
R
 
R
R
 
R
D
 
D
K
 
G
L
 
F
R
 
R
S
 
A
E
 
E
K
 
K
I
 
I
L
 
M
Q
 
Q
D
 
D
K
 
R
I
 
L
M
 
L
D
 
S
K
 
R
A
 
E
T
 
-
N
 
-
G
 
-
N
 
N
I
 
V
R
 
S
L
 
V
H
 
V
W
 
W
N
 
N
H
 
S
T
 
V
L
 
I
E
 
D
E
 
E
V
 
I
L
 
L
G
 
G
-
 
T
D
 
E
A
 
A
S
 
R
G
 
G
-
 
A
-
 
T
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
K
 
K
S
 
N
T
 
I
L
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
T
N
 
Q
R
 
E
L
 
R
D
 
A
L
 
T
A
 
H
G
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
K
 
A
P
 
P
N
 
A
T
 
V
D
 
S
L
 
L
F
 
F
Q
 
E
G
 
G
Q
 
K
L
 
L
D
 
K
M
 
Q
K
 
K
-
 
P
D
 
N
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
K
 
W
I
 
T
R
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
A
G
 
P
D
 
D
A
 
S
T
 
T
C
 
A
T
 
T
S
 
D
I
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
I
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
A
 
T
D
 
D
H
 
D
V
 
I
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
V
T
 
T
S
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
M
G
 
G
C
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
E
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
W
L
 
L

Q70G58 Thioredoxin reductase NTRC; NADPH-dependent thioredoxin reductase C; OsNTRC; EC 1.8.1.9 from Oryza sativa subsp. japonica (Rice) (see 2 papers)
51% identity, 97% coverage: 9:313/315 of query aligns to 72:377/515 of Q70G58

query
sites
Q70G58
L
 
L
I
 
V
I
 
I
L
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
V
M
 
V
I
 
F
T
 
E
G
 
G
I
 
Y
Q
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
V
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
T
 
M
T
 
T
T
 
T
T
 
T
E
 
E
V
 
V
D
 
E
N
 
N
W
 
F
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
P
E
 
D
G
 
G
L
 
V
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
D
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
K
M
 
M
Q
 
R
K
 
K
H
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
R
F
 
W
D
 
G
T
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
H
F
 
Q
D
 
E
H
 
D
I
 
V
H
 
E
T
 
F
A
 
V
E
 
N
L
 
V
Q
 
K
Q
 
S
R
 
R
P
 
P
F
 
F
T
 
V
L
 
I
R
 
R
G
 
S
D
 
S
S
 
D
A
 
R
V
 
E
Y
 
V
T
 
K
C
 
C
D
 
H
A
 
S
L
 
V
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
A
Q
 
K
Y
 
R
L
 
L
G
 
R
L
 
L
P
 
P
S
 
R
E
 
E
E
 
D
A
 
E
F
 
F
A
 
W
G
 
S
R
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
C
|
C
A
 
A
T
 
I
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
A
-
 
S
-
 
P
F
 
L
Y
 
F
R
 
K
N
 
G
Q
 
Q
V
 
V
V
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
T
A
|
A
V
 
T
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
I
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
N
 
K
I
 
Y
A
 
A
K
 
R
E
 
H
V
 
V
H
 
H
L
 
L
I
 
L
H
x
V
R
|
R
R
 
K
D
 
D
K
 
Q
L
 
L
R
 
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
A
L
 
M
Q
 
Q
D
 
D
K
 
R
I
 
V
M
 
L
D
 
N
K
 
-
A
 
-
T
 
-
N
 
N
G
 
P
N
 
N
I
 
I
R
 
T
L
 
V
H
 
H
W
 
F
N
 
N
H
 
T
T
 
E
L
 
A
E
 
V
E
 
D
V
 
V
L
 
V
G
 
S
D
 
N
A
 
P
S
 
K
G
 
G
-
 
Q
V
 
M
T
 
S
G
 
G
V
 
I
R
 
Q
L
 
L
K
 
K
S
 
R
T
 
T
L
 
D
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
S
R
 
V
L
 
L
D
 
E
L
 
V
A
 
K
G
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
Y
A
 
G
I
 
I
G
 
G
H
 
H
K
 
T
P
 
P
N
 
N
T
 
S
D
 
Q
L
 
L
F
 
L
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
L
 
I
D
 
D
M
 
L
K
 
D
D
 
D
-
 
A
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
L
I
 
V
R
 
E
G
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
E
G
 
G
D
 
T
A
 
A
T
 
K
C
 
-
T
 
T
S
 
S
I
 
V
P
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
V
A
 
Q
D
 
D
H
 
H
V
 
E
Y
 
W
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
T
 
T
S
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
S
A
 
V
E
 
E
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5uthA Crystal structure of thioredoxin reductase from mycobacterium smegmatis in complex with fad
50% identity, 97% coverage: 9:313/315 of query aligns to 6:303/306 of 5uthA

query
sites
5uthA
L
 
V
I
 
I
I
 
I
L
x
I
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
L
M
 
V
I
x
F
T
x
E
G
|
G
I
 
T
Q
|
Q
P
 
F
G
 
G
G
|
G
Q
x
A
L
|
L
T
 
M
T
 
T
T
 
T
T
 
T
E
 
E
V
 
V
D
 
E
N
|
N
W
 
Y
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
R
E
 
E
G
 
G
L
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
K
 
E
H
 
Q
A
 
A
E
 
L
R
 
R
F
 
F
D
 
G
T
 
A
E
 
D
I
 
L
V
 
R
F
 
M
D
 
E
H
x
D
I
x
V
H
 
D
T
 
A
A
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
Q
 
G
R
 
P
P
 
V
F
 
K
T
 
T
L
 
V
R
 
V
G
 
V
D
 
G
S
 
D
A
 
E
V
 
T
Y
 
H
T
 
Q
C
 
A
D
 
R
A
 
A
L
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
x
M
G
|
G
A
 
A
S
 
A
A
 
A
Q
 
R
Y
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
L
A
 
T
G
 
G
R
 
M
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
T
C
|
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
F
R
 
R
N
 
D
Q
 
Q
V
 
D
V
 
I
A
 
V
V
 
V
I
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
V
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
T
Y
 
F
L
 
L
S
 
T
N
 
R
I
 
F
A
 
A
K
 
R
E
 
S
V
 
V
H
 
T
L
 
L
I
 
I
H
 
H
R
 
R
R
 
R
D
 
D
K
 
E
L
 
F
R
 
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
I
L
 
M
Q
 
L
D
 
E
K
 
R
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
A
A
 
R
T
 
A
N
 
N
G
 
E
N
 
K
I
 
I
R
 
T
L
 
F
H
 
L
W
 
T
N
 
N
H
 
T
T
 
E
L
 
I
E
 
T
E
 
Q
V
 
I
L
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
P
S
 
K
G
 
-
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
K
 
R
S
 
D
T
 
T
L
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
S
R
 
K
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
K
 
D
P
 
P
N
 
R
T
 
S
D
 
E
L
 
L
F
 
V
Q
 
R
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
D
 
E
M
 
L
K
 
D
D
 
D
-
 
E
G
 
G
Y
 
Y
L
 
V
K
 
K
I
 
V
R
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
Q
G
 
G
D
 
R
A
 
T
T
 
T
C
 
Y
T
 
T
S
 
S
I
 
L
P
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
A
 
V
D
 
D
H
 
H
V
 
T
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
x
A
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
I
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
W
L
 
L

8ccmA Crystal structure of mycobacterium smegmatis thioredoxin reductase in complex with compound 2-06
50% identity, 97% coverage: 9:313/315 of query aligns to 5:302/305 of 8ccmA

query
sites
8ccmA
L
 
V
I
 
I
I
 
I
L
x
I
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
L
M
 
V
I
 
F
T
x
E
G
|
G
I
 
T
Q
|
Q
P
 
F
G
 
G
G
|
G
Q
x
A
L
|
L
T
 
M
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
V
 
V
D
 
E
N
|
N
W
 
Y
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
R
E
 
E
G
 
G
L
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
K
 
E
H
 
Q
A
 
A
E
 
L
R
 
R
F
 
F
D
 
G
T
 
A
E
 
D
I
 
L
V
 
R
F
 
M
D
 
E
H
x
D
I
x
V
H
 
D
T
 
A
A
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
Q
 
G
R
 
P
P
 
V
F
 
K
T
 
T
L
 
V
R
 
V
G
 
V
D
 
G
S
 
D
A
 
E
V
 
T
Y
 
H
T
 
Q
C
 
A
D
 
R
A
 
A
L
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
x
M
G
|
G
A
 
A
S
 
A
A
 
A
Q
x
R
Y
x
H
L
|
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
L
A
 
T
G
 
G
R
 
M
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
x
T
C
 
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
F
R
 
R
N
 
D
Q
 
Q
V
 
D
V
 
I
A
 
V
V
 
V
I
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
V
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
T
Y
 
F
L
 
L
S
 
T
N
 
R
I
 
F
A
 
A
K
 
R
E
 
S
V
 
V
H
 
T
L
 
L
I
 
I
H
 
H
R
|
R
R
 
R
D
 
D
K
 
E
L
 
F
R
 
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
I
L
 
M
Q
 
L
D
 
E
K
 
R
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
A
A
 
R
T
 
A
N
 
N
G
 
E
N
 
K
I
 
I
R
 
T
L
 
F
H
 
L
W
 
T
N
 
N
H
 
T
T
x
E
L
x
I
E
 
T
E
 
Q
V
 
I
L
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
P
S
 
K
G
 
-
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
K
 
R
S
 
D
T
 
T
L
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
S
R
 
K
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
|
I
G
 
G
H
 
H
K
 
D
P
 
P
N
 
R
T
 
S
D
 
E
L
 
L
F
 
V
Q
 
R
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
D
 
E
M
 
L
K
 
D
D
 
D
-
 
E
G
 
G
Y
 
Y
L
 
V
K
 
K
I
 
V
R
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
Q
G
 
G
D
 
R
A
 
T
T
 
T
C
 
Y
T
 
T
S
 
S
I
 
L
P
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
A
 
V
D
 
D
H
 
H
V
 
T
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
x
A
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
I
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
W
L
 
L

8cclA Crystal structure of mycobacterium smegmatis thioredoxin reductase in complex with fragment f2x-entry a09
50% identity, 97% coverage: 9:313/315 of query aligns to 5:302/305 of 8cclA

query
sites
8cclA
L
 
V
I
 
I
I
 
I
L
x
I
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
L
M
 
V
I
 
F
T
x
E
G
|
G
I
 
T
Q
|
Q
P
 
F
G
 
G
G
|
G
Q
x
A
L
|
L
T
 
M
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
V
 
V
D
 
E
N
|
N
W
 
Y
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
R
E
 
E
G
 
G
L
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
K
 
E
H
 
Q
A
 
A
E
 
L
R
 
R
F
 
F
D
 
G
T
 
A
E
 
D
I
 
L
V
 
R
F
 
M
D
 
E
H
x
D
I
x
V
H
 
D
T
 
A
A
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
Q
 
G
R
 
P
P
 
V
F
 
K
T
 
T
L
 
V
R
 
V
G
 
V
D
 
G
S
 
D
A
 
E
V
 
T
Y
 
H
T
 
Q
C
 
A
D
 
R
A
 
A
L
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
x
M
G
|
G
A
 
A
S
 
A
A
 
A
Q
 
R
Y
 
H
L
|
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
L
A
 
T
G
 
G
R
 
M
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
x
T
C
 
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
F
R
 
R
N
 
D
Q
 
Q
V
 
D
V
 
I
A
 
V
V
 
V
I
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
V
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
T
Y
 
F
L
 
L
S
 
T
N
 
R
I
 
F
A
 
A
K
 
R
E
 
S
V
 
V
H
 
T
L
 
L
I
 
I
H
 
H
R
|
R
R
 
R
D
 
D
K
 
E
L
 
F
R
 
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
I
L
 
M
Q
 
L
D
 
E
K
 
R
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
A
A
 
R
T
 
A
N
 
N
G
 
E
N
 
K
I
 
I
R
 
T
L
 
F
H
 
L
W
 
T
N
 
N
H
 
T
T
x
E
L
x
I
E
 
T
E
 
Q
V
 
I
L
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
P
S
 
K
G
 
-
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
K
 
R
S
 
D
T
 
T
L
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
S
R
 
K
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
K
 
D
P
 
P
N
 
R
T
 
S
D
 
E
L
 
L
F
 
V
Q
 
R
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
D
 
E
M
 
L
K
 
D
D
 
D
-
 
E
G
 
G
Y
 
Y
L
 
V
K
 
K
I
 
V
R
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
Q
G
 
G
D
 
R
A
 
T
T
 
T
C
 
Y
T
 
T
S
 
S
I
 
L
P
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
A
 
V
D
 
D
H
 
H
V
 
T
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
x
A
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
I
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
W
L
 
L

8cckA Crystal structure of mycobacterium smegmatis thioredoxin reductase in complex with fragment f2x-entry h07
50% identity, 97% coverage: 9:313/315 of query aligns to 5:302/305 of 8cckA

query
sites
8cckA
L
 
V
I
 
I
I
 
I
L
 
I
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
L
M
 
V
I
 
F
T
x
E
G
|
G
I
 
T
Q
|
Q
P
 
F
G
 
G
G
|
G
Q
x
A
L
|
L
T
 
M
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
V
 
V
D
 
E
N
|
N
W
 
Y
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
R
E
 
E
G
 
G
L
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
K
 
E
H
 
Q
A
 
A
E
 
L
R
 
R
F
 
F
D
 
G
T
 
A
E
 
D
I
 
L
V
 
R
F
 
M
D
 
E
H
x
D
I
x
V
H
 
D
T
 
A
A
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
Q
 
G
R
 
P
P
 
V
F
 
K
T
 
T
L
 
V
R
 
V
G
 
V
D
 
G
S
 
D
A
 
E
V
 
T
Y
 
H
T
 
Q
C
 
A
D
 
R
A
 
A
L
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
x
M
G
|
G
A
 
A
S
 
A
A
 
A
Q
x
R
Y
x
H
L
|
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
L
A
 
T
G
 
G
R
 
M
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
x
T
C
 
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
F
R
 
R
N
 
D
Q
 
Q
V
 
D
V
 
I
A
 
V
V
 
V
I
x
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
V
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
T
Y
 
F
L
 
L
S
 
T
N
 
R
I
 
F
A
 
A
K
 
R
E
 
S
V
 
V
H
 
T
L
 
L
I
 
I
H
 
H
R
|
R
R
 
R
D
 
D
K
 
E
L
 
F
R
 
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
I
L
 
M
Q
 
L
D
 
E
K
 
R
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
A
A
 
R
T
 
A
N
 
N
G
 
E
N
 
K
I
 
I
R
 
T
L
 
F
H
 
L
W
 
T
N
 
N
H
 
T
T
x
E
L
x
I
E
 
T
E
 
Q
V
 
I
L
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
P
S
 
K
G
 
-
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
K
 
R
S
 
D
T
 
T
L
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
S
R
 
K
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
K
 
D
P
 
P
N
 
R
T
 
S
D
 
E
L
 
L
F
 
V
Q
 
R
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
D
 
E
M
 
L
K
 
D
D
 
D
-
 
E
G
 
G
Y
 
Y
L
 
V
K
 
K
I
 
V
R
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
Q
G
 
G
D
 
R
A
 
T
T
 
T
C
 
Y
T
 
T
S
 
S
I
 
L
P
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
A
 
V
D
 
D
H
 
H
V
 
T
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
x
A
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
I
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
W
L
 
L

8ccjA Crystal structure of mycobacterium smegmatis thioredoxin reductase in complex with NADPH
50% identity, 97% coverage: 9:313/315 of query aligns to 5:302/305 of 8ccjA

query
sites
8ccjA
L
 
V
I
 
I
I
 
I
L
x
I
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
L
M
 
V
I
 
F
T
x
E
G
|
G
I
 
T
Q
|
Q
P
 
F
G
 
G
G
|
G
Q
x
A
L
|
L
T
 
M
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
V
 
V
D
 
E
N
|
N
W
 
Y
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
R
E
 
E
G
 
G
L
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
Q
M
 
M
Q
 
R
K
 
E
H
 
Q
A
 
A
E
 
L
R
 
R
F
 
F
D
 
G
T
 
A
E
 
D
I
 
L
V
 
R
F
 
M
D
 
E
H
x
D
I
x
V
H
 
D
T
 
A
A
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
Q
 
G
R
 
P
P
 
V
F
 
K
T
 
T
L
 
V
R
 
V
G
 
V
D
 
G
S
 
D
A
 
E
V
 
T
Y
 
H
T
 
Q
C
 
A
D
 
R
A
 
A
L
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
x
M
G
|
G
A
 
A
S
 
A
A
 
A
Q
 
R
Y
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
V
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
A
F
 
L
A
 
T
G
 
G
R
 
M
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
x
T
C
 
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
F
R
 
R
N
 
D
Q
 
Q
V
 
D
V
 
I
A
 
V
V
 
V
I
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
N
x
D
T
x
S
A
 
A
V
 
M
E
|
E
E
 
E
A
 
A
L
 
T
Y
 
F
L
 
L
S
 
T
N
 
R
I
 
F
A
 
A
K
 
R
E
 
S
V
 
V
H
 
T
L
 
L
I
 
I
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
K
 
E
L
 
F
R
|
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
I
L
 
M
Q
 
L
D
 
E
K
 
R
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
A
A
 
R
T
 
A
N
 
N
G
 
E
N
 
K
I
 
I
R
 
T
L
 
F
H
 
L
W
 
T
N
 
N
H
 
T
T
 
E
L
 
I
E
 
T
E
 
Q
V
 
I
L
 
E
G
 
G
D
 
D
A
 
P
S
 
K
G
 
-
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
K
 
R
S
 
D
T
 
T
L
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
S
R
 
K
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
|
I
G
 
G
H
 
H
K
 
D
P
 
P
N
 
R
T
 
S
D
 
E
L
 
L
F
 
V
Q
 
R
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
D
 
E
M
 
L
K
 
D
D
 
D
-
 
E
G
 
G
Y
 
Y
L
 
V
K
 
K
I
 
V
R
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
Q
G
 
G
D
 
R
A
 
T
T
 
T
C
 
Y
T
 
T
S
 
S
I
 
L
P
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
A
 
V
D
 
D
H
 
H
V
 
T
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
x
A
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
I
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
W
L
 
L

7p9eB Chlamydomonas reinhardtii NADPH dependent thioredoxin reductase 1 domain cs mutant (see paper)
49% identity, 97% coverage: 9:313/315 of query aligns to 4:304/316 of 7p9eB

query
sites
7p9eB
L
 
V
I
 
V
I
 
I
L
 
I
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
V
M
 
V
I
 
F
T
x
E
G
|
G
I
 
F
Q
 
R
P
x
N
G
|
G
-
 
R
-
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
|
L
T
 
M
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
V
 
V
D
 
E
N
|
N
W
 
F
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
P
E
 
E
G
 
G
L
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
D
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
R
M
 
M
Q
 
R
K
 
K
H
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
R
F
 
W
D
 
G
T
 
S
E
 
E
I
 
L
V
 
Y
F
 
T
D
 
E
H
x
D
I
x
V
H
 
E
T
 
Q
A
 
V
E
 
D
L
 
L
Q
 
S
Q
 
V
R
 
R
P
 
P
F
 
F
T
 
V
L
 
I
R
 
R
G
 
S
D
 
S
S
 
D
A
 
R
V
 
E
Y
 
L
T
 
R
C
 
A
D
 
H
A
 
S
L
 
V
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
|
T
G
 
G
A
 
A
S
 
T
A
 
A
Q
 
K
Y
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
L
P
 
P
S
 
S
E
 
E
E
 
N
A
 
T
F
 
F
A
x
W
G
 
S
R
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
C
 
C
A
 
A
T
 
I
C
x
S
D
 
D
G
 
G
F
 
A
-
 
S
-
 
P
F
 
L
Y
 
F
R
 
K
N
 
N
Q
 
A
V
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
V
 
T
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
V
Y
 
Y
L
 
V
S
 
T
N
 
K
I
 
Y
A
 
A
K
 
K
E
 
H
V
 
V
H
 
H
L
 
L
I
 
L
H
 
V
R
 
R
R
 
G
D
 
E
K
 
R
L
 
M
R
 
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
A
L
 
M
Q
 
Q
D
 
D
K
 
R
I
 
V
M
 
L
D
 
-
K
 
-
A
 
-
T
 
A
N
 
N
G
 
P
N
 
R
I
 
I
R
 
T
L
 
V
H
 
H
W
 
F
N
 
N
H
 
T
T
 
G
L
 
I
E
 
E
E
 
D
V
 
A
L
 
F
G
 
G
D
 
-
A
 
G
S
 
E
G
 
V
V
 
L
T
 
Q
G
 
G
V
 
L
R
 
R
L
 
L
K
 
F
S
 
D
T
 
T
L
 
R
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
K
N
 
R
R
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
V
A
 
Q
G
 
G
V
 
M
F
 
F
I
 
Y
A
 
G
I
 
I
G
 
G
H
 
H
K
 
T
P
 
P
N
 
N
T
 
S
D
 
K
L
 
L
F
 
V
Q
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
D
 
E
M
 
L
K
 
D
D
 
E
-
 
A
G
 
G
Y
 
Y
L
 
V
K
 
K
I
 
V
R
 
A
G
 
H
G
 
G
G
 
-
E
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
A
C
 
A
T
 
T
S
 
S
I
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
S
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
A
 
H
D
 
D
H
 
T
V
 
E
Y
 
W
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
x
A
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
S
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
Y
L
 
L

P9WHH1 Thioredoxin reductase; TR; TRXR; EC 1.8.1.9 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 2 papers)
48% identity, 97% coverage: 9:313/315 of query aligns to 17:315/335 of P9WHH1

query
sites
P9WHH1
L
 
V
I
 
I
I
 
V
L
 
I
G
 
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
L
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
K
 
A
P
 
P
L
 
L
M
 
V
I
 
F
T
x
E
G
|
G
I
x
T
Q
x
S
P
x
F
G
|
G
G
|
G
Q
x
A
L
 
L
T
 
M
T
 
T
T
 
T
T
 
T
E
 
D
V
 
V
D
 
E
N
|
N
W
 
Y
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
R
E
 
N
G
 
G
L
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
E
M
 
M
Q
 
R
K
 
E
H
 
Q
A
 
A
E
 
L
R
 
R
F
 
F
D
 
G
T
 
A
E
 
D
I
 
L
V
 
R
F
 
M
D
 
E
H
 
D
I
x
V
H
 
E
T
 
S
A
 
V
E
 
S
L
 
L
Q
 
H
Q
 
G
R
 
-
P
 
P
F
 
L
-
 
K
-
 
S
T
 
V
L
 
V
R
 
T
G
 
A
D
 
D
S
 
G
A
 
Q
V
 
T
Y
 
H
T
 
R
C
 
A
D
 
R
A
 
A
L
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
 
M
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
A
Q
 
R
Y
 
Y
L
 
L
G
 
Q
L
 
V
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
Q
A
 
E
F
 
L
A
 
L
G
 
G
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
S
C
|
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
F
R
 
R
N
 
D
Q
 
Q
V
 
D
V
 
I
A
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
x
S
A
 
A
V
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
T
Y
 
F
L
 
L
S
 
T
N
 
R
I
 
F
A
 
A
K
 
R
E
 
S
V
 
V
H
 
T
L
 
L
I
 
V
H
|
H
R
 
R
R
 
R
D
 
D
K
 
E
L
 
F
R
|
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
I
L
 
M
Q
 
L
D
 
D
K
 
R
I
 
A
M
 
R
D
 
N
K
 
-
A
 
-
T
 
-
N
 
N
G
 
D
N
 
K
I
 
I
R
 
R
L
 
F
H
 
L
W
 
T
N
 
N
H
 
H
T
 
T
L
 
V
E
 
V
E
 
A
V
 
V
L
 
D
G
 
G
D
 
D
A
 
T
S
 
T
G
 
-
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
L
R
 
R
L
 
V
K
 
R
S
 
D
T
 
T
L
 
N
T
 
T
G
 
G
E
 
A
E
 
E
N
 
T
R
 
T
L
 
L
D
 
P
L
 
V
A
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
|
I
G
 
G
H
 
H
K
 
E
P
 
P
N
 
R
T
 
S
D
 
G
L
 
L
F
 
V
Q
 
R
G
 
E
Q
 
A
L
 
I
D
 
D
M
 
V
-
 
D
K
 
P
D
 
D
G
 
G
Y
|
Y
L
 
V
K
 
L
I
 
V
R
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
Q
G
 
G
D
 
R
A
 
T
T
 
T
C
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
|
D
V
 
L
A
 
V
D
 
D
H
 
R
V
 
T
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
x
V
T
 
T
S
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
W
L
 
L

2a87A Crystal structure of m. Tuberculosis thioredoxin reductase (see paper)
48% identity, 97% coverage: 9:313/315 of query aligns to 8:306/313 of 2a87A

query
sites
2a87A
L
 
V
I
 
I
I
 
V
L
 
I
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
L
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
K
 
A
P
 
P
L
 
L
M
 
V
I
x
F
T
x
E
G
|
G
I
 
T
Q
 
S
P
x
F
G
|
G
G
|
G
Q
x
A
L
|
L
T
 
M
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
x
D
V
|
V
D
 
E
N
|
N
W
 
Y
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
R
E
 
N
G
 
G
L
 
I
T
 
T
G
 
G
P
 
P
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
E
M
 
M
Q
 
R
K
 
E
H
 
Q
A
 
A
E
 
L
R
 
R
F
 
F
D
 
G
T
 
A
E
 
D
I
 
L
V
 
R
F
 
M
D
 
E
H
x
D
I
x
V
H
 
E
T
 
S
A
 
V
E
 
S
L
 
L
Q
 
H
Q
 
G
R
 
-
P
 
P
F
 
L
-
 
K
-
 
S
T
 
V
L
 
V
R
 
T
G
 
A
D
 
D
S
 
G
A
 
Q
V
 
T
Y
 
H
T
 
R
C
 
A
D
 
R
A
 
A
L
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
x
M
G
 
G
A
 
A
S
 
A
A
 
A
Q
 
R
Y
 
Y
L
|
L
G
 
Q
L
 
V
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
Q
A
 
E
F
 
L
A
 
L
G
 
G
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
S
C
|
C
A
 
A
T
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
F
 
F
Y
 
F
R
 
R
N
 
D
Q
 
Q
V
 
D
V
 
I
A
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
N
x
D
T
x
S
A
 
A
V
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
T
Y
 
F
L
 
L
S
 
T
N
 
R
I
 
F
A
 
A
K
 
R
E
 
S
V
 
V
H
 
T
L
 
L
I
 
V
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
K
 
E
L
 
F
R
|
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
I
L
 
M
Q
 
L
D
 
D
K
 
R
I
 
A
M
 
R
D
 
N
K
 
-
A
 
-
T
 
-
N
 
N
G
 
D
N
 
K
I
 
I
R
 
R
L
 
F
H
 
L
W
 
T
N
 
N
H
 
H
T
 
T
L
 
V
E
 
V
E
 
A
V
 
V
L
 
D
G
 
G
D
 
D
A
 
T
S
 
T
G
 
-
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
L
R
 
R
L
 
V
K
 
R
S
 
D
T
 
T
L
 
N
T
 
T
G
 
G
E
 
A
E
 
E
N
 
T
R
 
T
L
 
L
D
 
P
L
 
V
A
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
V
A
 
A
I
|
I
G
 
G
H
 
H
K
 
E
P
 
P
N
 
R
T
 
S
D
 
G
L
 
L
F
 
V
Q
 
R
G
 
E
Q
 
A
L
 
I
D
 
D
M
 
V
-
 
D
K
 
P
D
 
D
G
 
G
Y
|
Y
L
 
V
K
 
L
I
 
V
R
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
E
 
Q
G
 
G
D
 
R
A
 
T
T
 
T
C
 
S
T
 
T
S
 
S
I
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
A
 
V
D
 
D
H
x
R
V
 
T
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
x
V
T
 
T
S
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
I
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
W
L
 
L

3d8xA Crystal structure of saccharomyces cerevisiae ndpph dependent thioredoxin reductase 1 (see paper)
47% identity, 98% coverage: 6:313/315 of query aligns to 2:314/318 of 3d8xA

query
sites
3d8xA
H
 
H
S
 
N
R
 
K
L
 
V
I
 
T
I
 
I
L
x
I
G
 
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
A
Y
 
H
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
E
L
 
I
K
 
K
P
 
P
-
 
I
-
 
L
-
x
Y
-
 
E
-
x
G
L
 
M
M
 
M
I
x
A
T
 
N
G
 
G
I
|
I
Q
 
A
P
 
A
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
 
L
T
 
T
T
 
T
T
 
T
T
 
T
E
 
E
V
x
I
D
 
E
N
|
N
W
 
F
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
P
E
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
S
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
R
M
 
M
Q
 
R
K
 
E
H
 
Q
A
 
S
E
 
T
R
 
K
F
 
F
D
 
G
T
 
T
E
 
E
I
 
I
V
 
I
F
 
T
D
 
E
H
x
T
I
x
V
H
 
S
T
 
K
A
 
V
E
 
D
L
 
L
Q
 
S
Q
 
S
R
 
K
P
 
P
F
 
F
T
 
K
L
 
L
-
 
W
-
 
T
-
 
E
-
 
F
R
 
N
G
 
E
D
 
D
S
 
A
A
 
E
V
 
P
Y
 
V
T
 
T
C
 
T
D
 
D
A
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
K
Y
 
R
L
x
M
G
 
H
L
 
L
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
T
F
 
Y
A
 
W
G
 
Q
R
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
C
|
C
A
 
A
T
 
V
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
A
-
 
V
-
 
P
F
 
I
Y
 
F
R
 
R
N
 
N
Q
 
K
V
 
P
V
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
I
G
|
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
x
S
A
 
A
V
 
C
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
Q
Y
 
F
L
 
L
S
 
T
N
 
K
I
 
Y
A
 
G
K
 
S
E
 
K
V
 
V
H
 
F
L
 
M
I
 
L
H
 
V
R
|
R
R
x
K
D
 
D
K
 
H
L
 
L
R
|
R
S
 
A
E
 
S
K
 
T
I
 
I
L
 
M
Q
 
Q
D
 
K
K
 
R
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
A
A
 
E
T
 
K
N
 
N
G
 
E
N
 
K
I
 
I
R
 
E
L
 
I
H
 
L
W
 
Y
N
 
N
H
 
T
T
 
V
L
 
A
E
 
L
E
 
E
V
 
A
L
 
K
G
 
G
D
 
D
A
 
G
S
 
K
G
 
L
V
 
L
T
 
N
G
 
A
V
 
L
R
 
R
L
 
I
K
 
K
S
 
N
T
 
T
L
 
K
T
 
K
G
 
N
E
 
E
E
 
E
N
 
T
R
 
D
L
 
L
D
 
P
L
 
V
A
 
S
G
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
Y
A
 
A
I
|
I
G
 
G
H
 
H
K
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
D
 
K
L
 
I
F
 
V
Q
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
D
 
D
M
 
T
K
 
D
D
 
E
-
 
A
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
K
I
 
T
R
 
V
G
 
P
G
 
G
G
 
-
E
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
S
T
 
S
C
 
L
T
 
T
S
 
S
I
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
F
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
A
 
Q
D
 
D
H
 
S
V
 
K
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
Y
 
Y
L
 
L

P29509 Thioredoxin reductase 1; TR; TrxR; Thioredoxin peroxidase 1; TPx; Thioredoxin-dependent peroxide reductase 1; EC 1.8.1.9 from Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (Baker's yeast) (see 3 papers)
47% identity, 98% coverage: 6:313/315 of query aligns to 3:315/319 of P29509

query
sites
P29509
H
 
H
S
 
N
R
 
K
L
 
V
I
 
T
I
 
I
L
 
I
G
 
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
A
Y
 
H
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
E
L
 
I
K
 
K
P
 
P
-
 
I
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
-
 
G
L
 
M
M
 
M
I
 
A
T
 
N
G
 
G
I
|
I
Q
x
A
P
 
A
G
 
G
G
 
G
Q
|
Q
L
 
L
T
 
T
T
 
T
T
 
T
T
 
T
E
 
E
V
 
I
D
 
E
N
|
N
W
 
F
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
P
E
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
S
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
R
M
 
M
Q
 
R
K
 
E
H
 
Q
A
 
S
E
 
T
R
 
K
F
 
F
D
 
G
T
 
T
E
 
E
I
 
I
V
 
I
F
 
T
D
 
E
H
 
T
I
x
V
H
 
S
T
 
K
A
 
V
E
 
D
L
 
L
Q
 
S
Q
 
S
R
 
K
P
 
P
F
 
F
T
 
K
L
 
L
-
 
W
-
 
T
-
 
E
-
 
F
R
 
N
G
 
E
D
 
D
S
 
A
A
 
E
V
 
P
Y
 
V
T
 
T
C
 
T
D
 
D
A
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
K
Y
 
R
L
 
M
G
 
H
L
 
L
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
T
F
 
Y
A
 
W
G
 
Q
R
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
C
|
C
A
 
A
T
 
V
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
A
-
 
V
-
 
P
F
 
I
Y
 
F
R
 
R
N
 
N
Q
 
K
V
 
P
V
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
V
 
C
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
Q
Y
 
F
L
 
L
S
 
T
N
 
K
I
 
Y
A
 
G
K
 
S
E
 
K
V
 
V
H
 
F
L
 
M
I
 
L
H
 
V
R
 
R
R
 
K
D
 
D
K
 
H
L
 
L
R
 
R
S
 
A
E
 
S
K
 
T
I
 
I
L
 
M
Q
 
Q
D
 
K
K
 
R
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
A
A
 
E
T
 
K
N
 
N
G
 
E
N
 
K
I
 
I
R
 
E
L
 
I
H
 
L
W
 
Y
N
 
N
H
 
T
T
 
V
L
 
A
E
 
L
E
 
E
V
 
A
L
 
K
G
 
G
D
 
D
A
 
G
S
 
K
G
 
L
V
 
L
T
 
N
G
 
A
V
 
L
R
 
R
L
 
I
K
 
K
S
 
N
T
 
T
L
 
K
T
 
K
G
 
N
E
 
E
E
 
E
N
 
T
R
 
D
L
 
L
D
 
P
L
 
V
A
 
S
G
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
K
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
D
 
K
L
 
I
F
 
V
Q
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
D
 
D
M
 
T
K
 
D
D
 
E
-
 
A
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
K
I
 
T
R
 
V
G
 
P
G
 
G
G
 
-
E
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
S
T
 
S
C
 
L
T
 
T
S
 
S
I
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
F
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
|
D
V
 
V
A
 
Q
D
 
D
H
 
S
V
 
K
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
 
S
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3itjB Crystal structure of saccharomyces cerevisiae thioredoxin reductase 1 (trr1) (see paper)
47% identity, 98% coverage: 6:313/315 of query aligns to 3:315/319 of 3itjB

query
sites
3itjB
H
 
H
S
 
N
R
 
K
L
 
V
I
 
T
I
 
I
L
x
I
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
A
Y
 
H
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
E
L
 
I
K
 
K
P
 
P
-
 
I
-
 
L
-
x
Y
-
x
E
-
x
G
L
 
M
M
 
M
I
x
A
T
 
N
G
 
G
I
|
I
Q
x
A
P
 
A
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
 
L
T
 
T
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
E
V
x
I
D
 
E
N
|
N
W
 
F
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
P
E
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
S
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
D
R
 
R
M
 
M
Q
 
R
K
 
E
H
 
Q
A
 
S
E
 
T
R
 
K
F
 
F
D
 
G
T
 
T
E
 
E
I
 
I
V
 
I
F
 
T
D
 
E
H
x
T
I
x
V
H
 
S
T
 
K
A
 
V
E
 
D
L
 
L
Q
 
S
Q
 
S
R
 
K
P
 
P
F
 
F
T
 
K
L
 
L
-
 
W
-
 
T
-
 
E
-
 
F
R
 
N
G
 
E
D
 
D
S
 
A
A
 
E
V
 
P
Y
 
V
T
 
T
C
 
T
D
 
D
A
 
A
L
 
I
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
K
Y
 
R
L
 
M
G
 
H
L
 
L
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
T
F
 
Y
A
x
W
G
 
Q
R
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
C
|
C
A
 
A
T
 
V
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
A
-
 
V
-
 
P
F
 
I
Y
 
F
R
 
R
N
 
N
Q
 
K
V
 
P
V
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
V
 
C
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
Q
Y
 
F
L
 
L
S
 
T
N
 
K
I
 
Y
A
 
G
K
 
S
E
 
K
V
 
V
H
 
F
L
 
M
I
 
L
H
 
V
R
 
R
R
 
K
D
 
D
K
 
H
L
 
L
R
 
R
S
 
A
E
 
S
K
 
T
I
 
I
L
 
M
Q
 
Q
D
 
K
K
 
R
I
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
A
A
 
E
T
 
K
N
 
N
G
 
E
N
 
K
I
 
I
R
 
E
L
 
I
H
 
L
W
 
Y
N
 
N
H
 
T
T
 
V
L
 
A
E
 
L
E
 
E
V
 
A
L
 
K
G
 
G
D
 
D
A
 
G
S
 
K
G
 
L
V
 
L
T
 
N
G
 
A
V
 
L
R
 
R
L
 
I
K
 
K
S
 
N
T
 
T
L
 
K
T
 
K
G
 
N
E
 
E
E
 
E
N
 
T
R
 
D
L
 
L
D
 
P
L
 
V
A
 
S
G
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
K
 
T
P
 
P
N
 
A
T
 
T
D
 
K
L
 
I
F
 
V
Q
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
D
 
D
M
 
T
K
 
D
D
 
E
-
 
A
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
K
I
 
T
R
 
V
G
 
P
G
 
G
G
 
-
E
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
S
T
 
S
C
 
L
T
 
T
S
 
S
I
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
F
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
A
 
Q
D
 
D
H
 
S
V
 
K
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
K
 
K
Y
 
Y
L
 
L

5w4cA Crystal structure of thioredoxin reductase from cryptococcus neoformans in complex with fad (fo conformation)
44% identity, 100% coverage: 1:315/315 of query aligns to 12:332/356 of 5w4cA

query
sites
5w4cA
M
 
V
S
 
S
E
 
K
V
 
K
K
 
M
H
 
H
S
 
S
R
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
I
L
x
I
G
|
G
S
|
S
G
 
G
P
|
P
A
x
G
G
 
G
Y
 
H
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
N
L
 
L
K
 
E
P
 
P
-
 
V
-
 
L
-
x
Y
-
 
E
-
x
G
L
 
M
M
 
L
I
x
A
T
 
N
G
 
G
I
x
F
Q
 
A
P
 
P
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
|
L
T
 
T
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
D
V
 
V
D
 
E
N
|
N
W
 
F
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
P
E
 
E
G
 
G
L
 
V
T
 
T
G
 
G
P
 
T
D
 
E
L
 
M
M
 
M
V
 
D
R
 
K
M
 
F
Q
 
R
K
 
A
H
 
Q
A
 
S
E
 
E
R
 
R
F
 
F
D
 
G
T
 
T
E
 
K
I
 
I
V
 
I
F
 
T
D
x
E
H
 
T
I
x
V
H
 
A
T
 
R
A
 
V
E
 
D
L
 
L
Q
 
S
Q
 
V
R
 
R
P
 
P
F
 
F
T
 
K
L
 
Y
-
 
W
-
 
T
-
x
E
-
 
G
-
x
E
R
 
E
G
 
E
D
 
E
S
 
H
A
 
E
V
 
F
Y
 
M
T
 
T
C
 
A
D
 
D
A
 
T
L
 
I
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
K
Y
 
R
L
 
L
G
 
F
L
 
L
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
T
F
 
Y
A
 
W
G
 
Q
R
 
S
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
C
 
C
A
 
A
T
 
V
C
 
C
D
 
D
G
 
G
F
 
A
-
 
V
-
 
P
F
 
I
Y
 
F
R
 
R
N
 
Q
Q
 
K
V
 
P
V
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
V
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
T
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
N
 
K
I
 
Y
A
 
G
K
 
S
E
 
H
V
 
V
H
 
Y
L
 
V
I
 
L
H
 
V
R
 
R
R
 
R
D
 
D
K
 
E
L
 
L
R
 
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
I
L
 
M
Q
 
A
D
 
K
K
 
R
I
 
L
M
 
-
D
 
-
K
 
-
A
 
T
T
 
S
N
 
H
G
 
P
N
 
K
I
 
V
R
 
T
L
 
V
H
 
L
W
 
W
N
 
N
H
 
T
T
 
V
L
 
A
E
 
T
E
 
E
V
 
A
L
 
K
G
 
G
D
 
D
A
 
G
S
 
E
G
 
V
V
 
L
T
 
T
G
 
S
V
 
L
R
 
T
L
 
I
K
 
K
S
 
N
T
 
T
L
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
T
N
 
G
R
 
D
L
 
L
D
 
P
L
 
V
A
 
N
G
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
K
 
E
P
 
P
N
 
A
T
 
T
D
 
S
L
 
L
F
 
V
Q
 
K
G
 
S
Q
 
Q
L
 
V
D
 
E
M
 
L
-
 
D
K
 
S
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
K
I
 
T
R
 
V
G
 
P
G
 
G
G
 
-
E
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
T
T
 
S
C
 
Q
T
 
T
S
 
S
I
 
V
P
 
H
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
A
 
Q
D
 
D
H
 
K
V
 
K
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
E
A
 
A
E
 
E
K
 
R
Y
 
L
L
 
I
D
 
S
N
 
E

Sites not aligning to the query:

6bpyA Aspergillus fumigatus thioredoxin reductase (see paper)
44% identity, 98% coverage: 6:313/315 of query aligns to 2:319/324 of 6bpyA

query
sites
6bpyA
H
 
H
S
 
T
R
 
K
L
 
V
I
 
V
I
 
I
L
x
I
G
|
G
S
|
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
A
Y
 
H
T
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
A
 
L
A
 
S
R
 
R
A
 
A
N
 
E
L
 
L
K
 
K
P
 
P
L
 
V
M
 
L
I
x
Y
T
x
E
G
|
G
I
 
M
-
 
L
-
x
A
-
 
N
-
x
T
Q
x
A
P
 
A
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
L
|
L
T
 
T
T
 
T
T
|
T
T
 
T
E
 
D
V
x
I
D
 
E
N
|
N
W
 
F
P
 
P
G
 
G
D
 
F
V
 
P
E
 
D
G
 
G
L
 
I
T
 
G
G
 
G
P
 
A
D
 
E
L
 
L
M
 
M
V
 
E
R
 
N
M
 
M
Q
 
R
K
 
K
H
 
Q
A
 
S
E
 
I
R
 
R
F
 
F
D
 
G
T
 
T
E
 
E
I
 
V
V
 
I
F
 
T
D
 
E
H
x
T
I
|
I
H
 
S
T
 
R
A
 
V
E
 
D
L
 
L
Q
 
S
Q
 
S
R
 
K
P
 
P
F
 
F
T
 
K
L
 
L
R
 
W
G
 
T
D
 
E
-
 
W
-
 
N
-
 
D
-
 
G
-
 
P
-
 
D
-
 
K
S
 
E
A
 
P
V
 
A
Y
 
C
T
 
T
C
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
V
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
S
 
N
A
 
A
Q
 
R
Y
 
R
L
 
L
G
 
N
L
 
L
P
 
P
S
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
T
F
 
Y
A
 
W
G
 
Q
R
 
N
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
C
 
C
A
 
A
T
 
V
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
A
-
 
V
-
 
P
F
 
I
Y
 
F
R
 
R
N
 
N
Q
 
K
V
 
P
V
 
L
A
 
Y
V
 
V
I
 
I
G
 
G
G
|
G
G
|
G
N
 
D
T
x
S
A
 
A
V
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
M
Y
 
F
L
 
L
S
 
A
N
 
K
I
 
Y
A
 
G
K
 
S
E
 
S
V
 
V
H
 
T
L
 
V
I
 
L
H
 
V
R
|
R
R
|
R
D
 
D
K
 
K
L
 
L
R
|
R
S
 
A
E
 
S
K
 
K
I
 
A
L
 
M
Q
 
A
D
 
K
K
 
R
I
 
L
M
 
L
D
 
-
K
 
-
A
 
-
T
 
A
N
 
H
G
 
P
N
 
K
I
 
V
R
 
T
L
 
V
H
 
R
W
 
F
N
 
N
H
 
T
T
 
V
L
 
A
E
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
E
A
 
K
S
 
K
G
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
L
V
 
M
T
 
T
G
 
H
V
 
L
R
 
R
L
 
I
K
 
K
S
 
N
T
 
T
L
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
E
 
E
N
 
E
R
 
I
L
 
V
D
 
D
L
 
A
A
 
N
G
 
G
V
 
L
F
 
F
I
 
Y
A
 
A
I
x
V
G
 
G
H
 
H
K
 
D
P
 
P
N
 
A
T
 
T
D
 
A
L
 
L
F
 
V
Q
 
K
G
 
G
Q
 
Q
L
 
I
D
 
D
M
 
L
-
 
D
K
 
E
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
K
 
I
I
 
T
R
 
K
G
 
P
G
 
G
G
 
-
E
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
T
T
 
S
C
 
Y
T
 
T
S
 
S
I
 
R
P
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
C
G
|
G
D
|
D
V
 
V
A
 
Q
D
 
D
H
 
K
V
 
R
Y
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
A
|
A
I
 
I
T
 
T
S
|
S
A
 
A
G
 
G
A
 
S
G
 
G
C
 
C
M
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
E
A
 
A
E
 
E
K
 
K
Y
 
F
L
 
I

Query Sequence

>GFF1988 FitnessBrowser__psRCH2:GFF1988
MSEVKHSRLIILGSGPAGYTAAVYAARANLKPLMITGIQPGGQLTTTTEVDNWPGDVEGL
TGPDLMVRMQKHAERFDTEIVFDHIHTAELQQRPFTLRGDSAVYTCDALIIATGASAQYL
GLPSEEAFAGRGVSACATCDGFFYRNQVVAVIGGGNTAVEEALYLSNIAKEVHLIHRRDK
LRSEKILQDKIMDKATNGNIRLHWNHTLEEVLGDASGVTGVRLKSTLTGEENRLDLAGVF
IAIGHKPNTDLFQGQLDMKDGYLKIRGGGEGDATCTSIPGVFAAGDVADHVYRQAITSAG
AGCMAALDAEKYLDN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory