SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF202 FitnessBrowser__WCS417:GFF202 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
54% identity, 90% coverage: 12:242/258 of query aligns to 9:239/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
K
 
K
F
 
N
F
|
F
G
 
G
E
 
S
A
 
L
Q
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
V
D
 
T
L
 
L
S
 
K
V
 
V
Q
 
N
R
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
C
 
C
L
 
I
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
E
A
 
P
H
 
T
S
 
K
G
 
G
S
 
E
L
 
V
R
 
F
F
 
I
A
 
D
G
 
G
N
 
V
E
 
K
L
 
I
L
 
N
D
 
N
K
 
G
Q
 
K
T
 
V
D
 
N
W
 
I
R
 
N
Q
 
K
V
 
V
R
 
R
Q
 
Q
D
 
K
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
M
 
L
S
 
T
V
 
A
L
 
I
D
 
E
N
 
N
I
 
I
L
 
T
L
 
L
G
 
A
P
 
P
L
 
V
K
 
K
V
 
V
Q
 
K
Q
 
K
R
 
M
D
 
N
P
 
K
R
 
K
E
 
E
A
 
A
R
 
E
E
 
E
Q
 
L
A
 
A
E
 
V
K
 
D
L
 
L
L
 
L
E
 
A
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
L
E
 
D
K
 
K
R
 
K
D
 
D
A
 
Q
F
 
Y
P
 
P
R
 
I
Q
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
L
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
M
N
 
Q
P
 
P
Q
 
E
V
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
|
E
V
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
N
V
 
V
I
 
M
Q
 
K
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
N
D
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
I
F
 
F
M
 
M
E
 
D
A
 
D
G
 
G
R
 
V
I
 
I
L
 
V
E
 
E
Q
 
E
N
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
E
A
 
E
F
 
I
F
 
F
T
 
Y
N
 
R
P
 
A
Q
 
K
T
 
N
A
 
E
R
 
R
A
 
T
Q
 
R
Q
 
E
F
 
F
L
 
L
E
 
S
K
 
K
F
 
I

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
53% identity, 92% coverage: 4:241/258 of query aligns to 3:240/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
L
 
M
I
 
I
E
 
D
F
 
V
Q
 
H
G
 
Q
F
 
L
N
 
K
K
 
K
F
 
S
F
|
F
G
 
G
E
 
S
A
 
L
Q
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
Q
 
R
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
L
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
D
A
 
F
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
L
 
I
R
 
I
F
 
I
A
 
D
G
 
G
N
 
I
E
 
N
L
 
L
L
 
K
D
 
A
K
 
K
Q
 
D
T
 
T
D
 
N
W
 
L
R
 
N
Q
 
K
V
 
V
R
 
R
Q
 
E
D
 
E
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
N
N
 
N
I
 
I
L
 
T
L
 
L
G
 
A
P
 
P
L
 
M
K
 
K
V
 
V
Q
 
R
Q
 
K
R
 
W
D
 
P
P
 
R
R
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
Q
 
K
A
 
A
E
 
M
K
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
K
E
 
D
K
 
K
R
 
A
D
 
H
A
 
A
F
 
Y
P
 
P
R
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
M
N
 
E
P
 
P
Q
 
K
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
S
V
 
V
I
 
M
Q
 
K
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
N
D
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
L
F
 
F
M
 
M
E
 
D
A
 
G
G
 
G
R
 
Y
I
 
I
L
 
I
E
 
E
Q
 
E
N
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
E
A
 
D
F
 
L
F
 
F
T
 
D
N
 
R
P
 
P
Q
 
Q
T
 
H
A
 
E
R
 
R
A
 
T
Q
 
K
Q
 
A
F
 
F
L
 
L
E
 
S
K
 
K

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
53% identity, 92% coverage: 4:241/258 of query aligns to 3:240/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
L
 
M
I
 
I
E
 
D
F
 
V
Q
 
H
G
 
Q
F
 
L
N
 
K
K
 
K
F
 
S
F
|
F
G
 
G
E
 
S
A
 
L
Q
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
Q
 
R
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
L
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
D
A
 
F
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
L
 
I
R
 
I
F
 
I
A
 
D
G
 
G
N
 
I
E
 
N
L
 
L
L
 
K
D
 
A
K
 
K
Q
 
D
T
 
T
D
 
N
W
 
L
R
 
N
Q
 
K
V
 
V
R
 
R
Q
 
E
D
 
E
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
N
N
 
N
I
 
I
L
 
T
L
 
L
G
 
A
P
 
P
L
 
M
K
 
K
V
 
V
Q
 
R
Q
 
K
R
 
W
D
 
P
P
 
R
R
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
Q
 
K
A
 
A
E
 
M
K
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
K
E
 
D
K
 
K
R
 
A
D
 
H
A
 
A
F
 
Y
P
 
P
R
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
M
N
 
E
P
 
P
Q
 
K
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
|
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
S
V
 
V
I
 
M
Q
 
K
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
N
D
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
L
F
 
F
M
 
M
E
 
D
A
 
G
G
 
G
R
 
Y
I
 
I
L
 
I
E
 
E
Q
 
E
N
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
E
A
 
D
F
 
L
F
 
F
T
 
D
N
 
R
P
 
P
Q
 
Q
T
 
H
A
 
E
R
 
R
A
 
T
Q
 
K
Q
 
A
F
 
F
L
 
L
E
 
S
K
 
K

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
53% identity, 92% coverage: 4:241/258 of query aligns to 3:240/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
L
 
M
I
 
I
E
 
D
F
 
V
Q
 
H
G
 
Q
F
 
L
N
 
K
K
 
K
F
 
S
F
|
F
G
 
G
E
 
S
A
 
L
Q
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
Q
 
R
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
L
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
D
A
 
F
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
L
 
I
R
 
I
F
 
I
A
 
D
G
 
G
N
 
I
E
 
N
L
 
L
L
 
K
D
 
A
K
 
K
Q
 
D
T
 
T
D
 
N
W
 
L
R
 
N
Q
 
K
V
 
V
R
 
R
Q
 
E
D
 
E
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
N
N
 
N
I
 
I
L
 
T
L
 
L
G
 
A
P
 
P
L
 
M
K
 
K
V
 
V
Q
 
R
Q
 
K
R
 
W
D
 
P
P
 
R
R
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
Q
 
K
A
 
A
E
 
M
K
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
K
E
 
D
K
 
K
R
 
A
D
 
H
A
 
A
F
 
Y
P
 
P
R
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
M
N
 
E
P
 
P
Q
 
K
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
S
V
 
V
I
 
M
Q
 
K
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
N
D
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
L
F
 
F
M
 
M
E
 
D
A
 
G
G
 
G
R
 
Y
I
 
I
L
 
I
E
 
E
Q
 
E
N
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
E
A
 
D
F
 
L
F
 
F
T
 
D
N
 
R
P
 
P
Q
 
Q
T
 
H
A
 
E
R
 
R
A
 
T
Q
 
K
Q
 
A
F
 
F
L
 
L
E
 
S
K
 
K

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
53% identity, 92% coverage: 4:241/258 of query aligns to 3:240/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
L
 
M
I
 
I
E
 
D
F
 
V
Q
 
H
G
 
Q
F
 
L
N
 
K
K
 
K
F
 
S
F
|
F
G
 
G
E
 
S
A
 
L
Q
 
E
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
Q
 
R
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
V
 
V
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
L
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
D
A
 
F
H
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
L
 
I
R
 
I
F
 
I
A
 
D
G
 
G
N
 
I
E
 
N
L
 
L
L
 
K
D
 
A
K
 
K
Q
 
D
T
 
T
D
 
N
W
 
L
R
 
N
Q
 
K
V
 
V
R
 
R
Q
 
E
D
 
E
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
N
N
 
N
I
 
I
L
 
T
L
 
L
G
 
A
P
 
P
L
 
M
K
 
K
V
 
V
Q
 
R
Q
 
K
R
 
W
D
 
P
P
 
R
R
 
E
E
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
A
Q
 
K
A
 
A
E
 
M
K
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
K
E
 
D
K
 
K
R
 
A
D
 
H
A
 
A
F
 
Y
P
 
P
R
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
M
N
 
E
P
 
P
Q
 
K
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
S
V
 
V
I
 
M
Q
 
K
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
N
D
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
L
F
 
F
M
 
M
E
 
D
A
 
G
G
 
G
R
 
Y
I
 
I
L
 
I
E
 
E
Q
 
E
N
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
E
A
 
D
F
 
L
F
 
F
T
 
D
N
 
R
P
 
P
Q
 
Q
T
 
H
A
 
E
R
 
R
A
 
T
Q
 
K
Q
 
A
F
 
F
L
 
L
E
 
S
K
 
K

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
53% identity, 92% coverage: 4:241/258 of query aligns to 2:238/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
L
 
I
I
 
I
E
 
R
F
 
I
Q
 
R
G
 
N
F
 
L
N
 
H
K
 
K
F
 
W
F
|
F
G
 
G
E
 
P
A
 
L
Q
 
H
V
|
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
H
L
 
L
S
 
E
V
 
V
Q
 
A
R
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
K
V
 
L
V
 
V
I
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
T
L
 
I
N
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
E
V
 
D
A
 
F
H
 
Q
S
 
E
G
 
G
S
 
E
L
 
V
R
 
V
F
 
V
A
 
D
G
 
G
N
 
L
E
 
S
L
 
V
L
 
K
D
 
D
K
 
D
Q
 
R
T
 
A
D
 
-
W
 
L
R
 
R
Q
 
E
V
 
I
R
 
R
Q
 
R
D
 
E
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
Q
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
E
N
 
N
I
 
V
L
 
T
L
 
L
G
 
A
P
 
P
L
 
M
K
 
R
V
 
V
Q
 
R
Q
 
-
R
 
R
D
 
W
P
 
P
R
 
R
E
 
E
-
 
K
A
 
A
R
 
E
E
 
K
Q
 
K
A
 
A
E
 
L
K
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
I
A
 
L
E
 
D
K
 
Q
R
 
A
D
 
R
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
R
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
M
N
 
E
P
 
P
Q
 
K
V
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
M
 
M
V
 
V
K
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
D
V
 
V
I
 
M
Q
 
R
G
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
Q
D
 
G
G
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
D
A
 
G
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
L
 
V
E
 
E
Q
 
E
N
 
G
T
 
R
P
 
P
E
 
E
A
 
E
F
 
I
F
 
F
T
 
T
N
 
R
P
 
P
Q
 
K
T
 
E
A
 
E
R
 
R
A
 
T
Q
 
R
Q
 
S
F
 
F
L
 
L
E
 
Q
K
 
R

P02915 Histidine/lysine/arginine/ornithine transport ATP-binding protein HisP; EC 7.4.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
45% identity, 90% coverage: 10:240/258 of query aligns to 12:254/258 of P02915

query
sites
P02915
F
 
L
N
 
H
K
 
K
F
 
R
F
 
Y
G
 
G
E
 
G
A
 
H
Q
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
Q
V
 
A
Q
 
R
R
 
A
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
S
I
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
S
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
L
 
I
N
 
N
G
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
K
A
 
P
H
 
S
S
 
E
G
 
G
S
 
A
L
 
I
R
 
I
F
 
V
A
 
N
G
 
G
-
 
Q
-
 
N
-
 
I
N
 
N
E
 
L
L
 
V
L
 
R
D
 
D
K
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
A
-
 
D
Q
 
K
T
 
N
D
 
Q
W
 
L
R
 
R
Q
 
L
V
 
L
R
 
R
Q
 
T
D
 
R
I
 
L
G
 
T
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
W
P
 
S
H
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
E
N
 
N
I
 
V
L
 
M
L
 
E
G
 
A
P
 
P
L
 
I
K
 
Q
V
 
V
Q
 
L
Q
 
G
R
 
L
D
 
S
P
 
K
R
 
H
E
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
E
Q
 
R
A
 
A
E
 
L
K
 
K
L
 
Y
L
 
L
E
 
A
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
I
A
 
D
E
 
E
K
 
R
-
 
A
R
 
Q
D
 
G
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
R
 
V
Q
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
M
N
 
E
P
 
P
Q
 
D
V
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
M
 
L
V
 
V
K
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
R
V
 
I
I
 
M
Q
 
Q
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
E
D
 
E
G
 
G
M
 
K
T
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
H
V
 
V
A
 
S
D
 
S
R
 
H
V
 
V
V
 
I
F
 
F
M
 
L
E
 
H
A
 
Q
G
 
G
R
 
K
I
 
I
L
 
E
E
 
E
Q
 
E
N
 
G
T
 
D
P
 
P
E
 
E
A
 
Q
F
 
V
F
 
F
T
 
G
N
 
N
P
 
P
Q
 
Q
T
 
S
A
 
P
R
 
R
A
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
E
 
K

1b0uA Atp-binding subunit of the histidine permease from salmonella typhimurium (see paper)
45% identity, 90% coverage: 10:240/258 of query aligns to 8:250/258 of 1b0uA

query
sites
1b0uA
F
 
L
N
 
H
K
 
K
F
 
R
F
x
Y
G
 
G
E
 
G
A
x
H
Q
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
Q
V
 
A
Q
 
R
R
 
A
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
S
I
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
S
S
|
S
G
|
G
C
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
R
 
R
C
 
C
L
 
I
N
 
N
G
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
K
A
 
P
H
 
S
S
 
E
G
 
G
S
 
A
L
 
I
R
 
I
F
 
V
A
 
N
G
 
G
-
 
Q
-
 
N
-
 
I
N
 
N
E
 
L
L
 
V
L
 
R
D
 
D
K
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
A
-
 
D
Q
 
K
T
 
N
D
 
Q
W
 
L
R
 
R
Q
 
L
V
 
L
R
 
R
Q
 
T
D
 
R
I
 
L
G
 
T
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
W
P
 
S
H
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
E
N
 
N
I
 
V
L
 
M
L
 
E
G
 
A
P
 
P
L
 
I
K
 
Q
V
 
V
Q
 
L
Q
 
G
R
 
L
D
 
S
P
 
K
R
 
H
E
 
D
A
 
A
R
 
R
E
 
E
Q
 
R
A
 
A
E
 
L
K
 
K
L
 
Y
L
 
L
E
 
A
R
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
I
A
 
D
E
 
E
K
 
R
-
 
A
R
 
Q
D
 
G
A
 
K
F
 
Y
P
 
P
R
 
V
Q
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
M
N
 
E
P
 
P
Q
 
D
V
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
M
 
L
V
 
V
K
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
R
V
 
I
I
 
M
Q
 
Q
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
E
D
 
E
G
 
G
M
 
K
T
 
T
L
 
M
L
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
H
V
 
V
A
 
S
D
 
S
R
 
H
V
 
V
V
 
I
F
 
F
M
 
L
E
 
H
A
 
Q
G
 
G
R
 
K
I
 
I
L
 
E
E
 
E
Q
 
E
N
 
G
T
 
D
P
 
P
E
 
E
A
 
Q
F
 
V
F
 
F
T
 
G
N
 
N
P
 
P
Q
 
Q
T
 
S
A
 
P
R
 
R
A
 
L
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
E
 
K

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
37% identity, 92% coverage: 4:241/258 of query aligns to 1:243/343 of P30750

query
sites
P30750
L
 
M
I
 
I
E
 
K
F
 
L
Q
 
S
G
 
N
F
 
I
N
 
T
K
 
K
F
 
V
F
 
F
G
 
H
E
 
Q
A
 
G
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
I
Q
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
Q
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
V
 
G
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
A
S
|
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
L
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
R
A
 
P
H
 
T
S
 
E
G
 
G
S
 
S
L
 
V
R
 
L
F
 
V
A
 
D
G
 
G
N
 
Q
E
 
E
L
 
L
L
 
T
D
 
T
-
 
L
K
 
S
Q
 
E
T
 
S
D
 
E
W
 
L
R
 
T
Q
 
K
V
 
A
R
 
R
Q
 
R
D
 
Q
I
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
M
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
G
N
 
N
I
 
V
L
 
A
L
 
L
G
 
-
P
 
P
L
 
L
K
 
E
V
 
L
Q
 
D
Q
 
N
R
 
T
D
 
P
P
 
K
R
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
E
 
R
Q
 
R
A
 
V
E
 
T
K
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
E
 
D
K
 
K
R
 
H
D
 
D
A
 
S
F
 
Y
P
 
P
R
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
S
N
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
|
E
V
 
A
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
M
 
T
V
 
T
K
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
E
 
E
V
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
D
L
 
I
A
 
N
R
 
R
D
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
D
F
 
V
A
 
V
R
 
K
A
 
R
V
 
I
A
 
C
D
 
D
R
 
C
V
 
V
V
 
A
F
 
V
M
 
I
E
 
S
A
 
N
G
 
G
R
 
E
I
 
L
L
 
I
E
 
E
Q
 
Q
N
 
D
T
 
T
P
 
V
E
 
S
A
 
E
F
 
V
F
 
F
T
 
S
N
 
H
P
 
P
Q
 
K
T
 
T
A
 
P
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
K
F
 
F
L
 
I
E
 
Q
K
 
S

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
37% identity, 92% coverage: 4:241/258 of query aligns to 2:244/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
L
 
M
I
 
I
E
 
K
F
 
L
Q
 
S
G
 
N
F
 
I
N
 
T
K
 
K
F
 
V
F
|
F
G
 
H
E
x
Q
A
 
G
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
x
I
Q
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
Q
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
V
 
G
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
A
S
|
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
L
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
R
A
 
P
H
 
T
S
 
E
G
 
G
S
 
S
L
 
V
R
 
L
F
 
V
A
 
D
G
 
G
N
 
Q
E
 
E
L
 
L
L
 
T
D
 
T
-
 
L
K
 
S
Q
 
E
T
 
S
D
 
E
W
 
L
R
 
T
Q
 
K
V
 
A
R
 
R
Q
 
R
D
 
Q
I
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
M
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
G
N
 
N
I
 
V
L
 
A
L
 
L
G
 
-
P
 
P
L
 
L
K
 
E
V
 
L
Q
 
D
Q
 
N
R
 
T
D
 
P
P
 
K
R
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
E
 
R
Q
 
R
A
 
V
E
 
T
K
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
E
 
D
K
 
K
R
 
H
D
 
D
A
 
S
F
 
Y
P
 
P
R
 
S
Q
x
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
|
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
S
N
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
M
 
T
V
 
T
K
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
E
 
E
V
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
D
L
 
I
A
 
N
R
 
R
D
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
V
 
I
T
 
T
H
|
H
E
 
E
M
 
M
A
 
D
F
 
V
A
 
V
R
 
K
A
 
R
V
 
I
A
 
C
D
 
D
R
 
C
V
 
V
V
 
A
F
 
V
M
 
I
E
 
S
A
 
N
G
 
G
R
 
E
I
 
L
L
 
I
E
 
E
Q
 
Q
N
 
D
T
 
T
P
 
V
E
 
S
A
 
E
F
 
V
F
 
F
T
 
S
N
 
H
P
 
P
Q
 
K
T
 
T
A
 
P
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
K
F
 
F
L
 
I
E
 
Q
K
 
S

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
37% identity, 92% coverage: 4:241/258 of query aligns to 2:244/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
L
 
M
I
 
I
E
 
K
F
 
L
Q
 
S
G
 
N
F
 
I
N
 
T
K
 
K
F
 
V
F
|
F
G
 
H
E
x
Q
A
 
G
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
I
Q
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
Q
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
V
 
G
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
A
S
 
S
G
|
G
C
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
L
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
R
A
 
P
H
 
T
S
 
E
G
 
G
S
 
S
L
 
V
R
 
L
F
 
V
A
 
D
G
 
G
N
 
Q
E
 
E
L
 
L
L
 
T
D
 
T
-
 
L
K
 
S
Q
 
E
T
 
S
D
 
E
W
 
L
R
 
T
Q
 
K
V
 
A
R
 
R
Q
 
R
D
 
Q
I
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
M
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
G
N
 
N
I
 
V
L
 
A
L
 
L
G
 
-
P
 
P
L
 
L
K
 
E
V
 
L
Q
 
D
Q
 
N
R
 
T
D
 
P
P
 
K
R
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
E
 
R
Q
 
R
A
 
V
E
 
T
K
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
E
 
D
K
 
K
R
 
H
D
 
D
A
 
S
F
 
Y
P
 
P
R
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
S
N
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
M
 
T
V
 
T
K
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
E
 
E
V
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
D
L
 
I
A
 
N
R
 
R
D
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
D
F
 
V
A
 
V
R
 
K
A
 
R
V
 
I
A
 
C
D
 
D
R
 
C
V
 
V
V
 
A
F
 
V
M
 
I
E
 
S
A
 
N
G
 
G
R
 
E
I
 
L
L
 
I
E
 
E
Q
 
Q
N
 
D
T
 
T
P
 
V
E
 
S
A
 
E
F
 
V
F
 
F
T
 
S
N
 
H
P
 
P
Q
 
K
T
 
T
A
 
P
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
K
F
 
F
L
 
I
E
 
Q
K
 
S

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
37% identity, 92% coverage: 4:241/258 of query aligns to 2:244/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
L
 
M
I
 
I
E
 
K
F
 
L
Q
 
S
G
 
N
F
 
I
N
 
T
K
 
K
F
 
V
F
|
F
G
 
H
E
 
Q
A
 
G
-
 
T
-
 
R
-
 
T
-
 
I
Q
 
Q
V
 
A
L
 
L
K
 
N
G
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
Q
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
V
 
G
I
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
A
S
 
S
G
|
G
C
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
C
 
C
L
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
R
A
 
P
H
 
T
S
 
E
G
 
G
S
 
S
L
 
V
R
 
L
F
 
V
A
 
D
G
 
G
N
 
Q
E
 
E
L
 
L
L
 
T
D
 
T
-
 
L
K
 
S
Q
 
E
T
 
S
D
 
E
W
 
L
R
 
T
Q
 
K
V
 
A
R
 
R
Q
 
R
D
 
Q
I
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
Y
 
F
H
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
M
 
R
S
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
G
N
 
N
I
 
V
L
 
A
L
 
L
G
 
-
P
 
P
L
 
L
K
 
E
V
 
L
Q
 
D
Q
 
N
R
 
T
D
 
P
P
 
K
R
 
D
E
 
E
A
 
V
R
 
K
E
 
R
Q
 
R
A
 
V
E
 
T
K
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
E
 
D
K
 
K
R
 
H
D
 
D
A
 
S
F
 
Y
P
 
P
R
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
L
C
 
A
M
 
S
N
 
N
P
 
P
Q
 
K
V
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
M
 
T
V
 
T
K
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
E
 
E
V
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
D
L
 
I
A
 
N
R
 
R
D
 
R
-
 
L
G
 
G
M
 
L
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
A
 
D
F
 
V
A
 
V
R
 
K
A
 
R
V
 
I
A
 
C
D
 
D
R
 
C
V
 
V
V
 
A
F
 
V
M
 
I
E
 
S
A
 
N
G
 
G
R
 
E
I
 
L
L
 
I
E
 
E
Q
 
Q
N
 
D
T
 
T
P
 
V
E
 
S
A
 
E
F
 
V
F
 
F
T
 
S
N
 
H
P
 
P
Q
 
K
T
 
T
A
 
P
R
 
L
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
K
F
 
F
L
 
I
E
 
Q
K
 
S

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
35% identity, 98% coverage: 1:254/258 of query aligns to 14:264/378 of P69874

query
sites
P69874
M
 
L
S
 
S
A
 
P
L
 
L
I
 
V
E
 
Q
F
 
L
Q
 
A
G
 
G
F
 
I
N
 
R
K
 
K
F
x
C
F
|
F
G
 
D
E
 
G
A
 
K
Q
 
E
V
 
V
L
 
I
K
 
P
G
 
Q
I
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
T
V
 
I
Q
 
N
R
 
N
G
 
G
E
 
E
V
x
F
V
 
L
V
 
T
I
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
C
|
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
L
|
L
R
 
R
C
 
L
L
 
I
N
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
T
A
 
V
H
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
R
L
 
I
R
 
M
F
x
L
A
 
D
G
 
N
N
 
E
E
 
D
L
 
I
L
 
T
D
 
H
K
 
V
Q
 
P
T
 
A
D
 
E
W
 
N
R
 
R
Q
 
Y
V
 
V
R
 
-
Q
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
N
M
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
Y
 
Y
H
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
M
 
M
S
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
E
N
 
N
I
 
V
L
 
A
L
 
F
G
 
G
P
 
-
L
 
L
K
 
R
V
 
M
Q
 
Q
Q
 
K
R
 
T
D
 
P
P
 
A
R
 
A
E
 
E
A
 
I
R
 
T
E
 
P
Q
 
R
A
 
V
E
 
M
K
 
E
L
 
A
L
 
L
E
 
R
R
 
M
V
|
V
G
 
Q
L
 
L
A
 
E
E
 
T
K
 
F
R
 
A
D
 
Q
A
 
R
F
 
K
P
 
P
R
 
H
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
R
 
R
S
 
A
L
 
V
C
 
V
M
 
N
N
 
K
P
 
P
Q
 
R
V
 
L
M
 
L
L
 
L
F
 
L
D
|
D
E
 
E
V
 
S
T
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
Y
E
 
K
M
 
L
V
 
R
K
 
K
E
 
Q
V
 
M
L
 
Q
E
 
N
V
 
E
I
 
L
Q
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
Q
R
 
R
D
 
K
-
 
L
G
 
G
M
 
I
T
 
T
L
 
F
L
 
V
I
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
Q
A
 
E
F
 
E
A
 
A
R
 
L
A
 
T
V
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
I
V
 
V
F
 
V
M
 
M
E
 
R
A
 
D
G
 
G
R
 
R
I
 
I
L
 
E
E
 
Q
Q
 
D
N
 
G
T
 
T
P
 
P
E
 
R
A
 
E
F
 
I
F
 
Y
T
 
E
N
 
E
P
 
P
Q
 
K
T
 
N
A
 
L
R
 
F
A
 
V
Q
 
A
Q
 
G
F
 
F
L
 
I
E
 
G
K
 
E
F
 
I
S
 
N
-
 
M
F
 
F
V
 
N
S
 
A
T
 
T
L
 
V
P
 
I
K
 
E
K
 
R
T
 
L
K
 
D
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
39% identity, 93% coverage: 3:242/258 of query aligns to 1:232/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
A
 
A
L
 
S
I
 
V
E
 
Q
F
 
L
Q
 
Q
G
 
N
F
 
V
N
 
T
K
 
K
F
 
A
F
x
W
G
 
G
E
 
E
A
 
V
Q
 
V
V
 
V
L
 
S
K
 
K
G
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
S
 
D
V
 
I
Q
 
H
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
V
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
C
 
M
L
 
I
N
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
T
A
 
I
H
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
L
 
L
R
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
N
 
E
E
 
K
L
 
-
L
 
-
D
 
-
K
 
R
Q
 
M
T
 
N
D
 
D
W
 
T
R
 
P
Q
 
P
V
 
A
R
 
E
Q
 
R
D
 
G
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
S
 
S
Y
 
Y
H
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
L
 
S
L
 
F
G
 
G
P
 
-
L
 
L
K
 
K
V
 
L
Q
 
A
Q
 
G
R
 
A
D
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
A
 
I
R
 
N
E
 
Q
Q
 
R
A
 
V
E
 
N
K
 
Q
L
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
V
V
 
L
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
K
 
L
R
 
L
D
 
D
A
x
R
F
 
K
P
 
P
R
 
K
Q
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
G
R
 
R
S
 
T
L
 
L
C
 
V
M
 
A
N
 
E
P
 
P
Q
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
F
 
L
D
 
D
E
|
E
V
 
P
T
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
E
 
A
M
 
L
-
 
R
V
 
V
K
 
Q
E
 
M
V
 
R
L
 
I
E
 
E
V
 
I
I
 
S
Q
 
R
G
 
L
L
 
H
A
 
K
R
 
R
D
 
L
G
 
G
M
 
R
T
 
T
L
 
M
L
 
I
I
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
D
M
 
Q
A
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
A
 
T
V
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
F
 
V
M
 
L
E
 
D
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
V
L
 
A
E
 
Q
Q
 
V
N
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
L
A
 
E
F
 
L
F
 
Y
T
 
H
N
 
Y
P
 
P
Q
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
A
Q
 
D
Q
 
R
F
 
F
L
 
V
E
 
A
K
 
G
F
 
F

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
39% identity, 93% coverage: 3:242/258 of query aligns to 1:232/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
A
 
A
L
 
S
I
 
V
E
 
Q
F
 
L
Q
 
Q
G
 
N
F
 
V
N
 
T
K
 
K
F
 
A
F
x
W
G
 
G
E
 
E
A
 
V
Q
 
V
V
 
V
L
 
S
K
 
K
G
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
S
 
D
V
 
I
Q
 
H
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
V
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
C
 
M
L
 
I
N
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
T
A
 
I
H
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
L
 
L
R
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
N
 
E
E
 
K
L
 
-
L
 
-
D
 
-
K
 
R
Q
 
M
T
 
N
D
 
D
W
 
T
R
 
P
Q
 
P
V
 
A
R
 
E
Q
 
R
D
 
G
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
S
 
S
Y
 
Y
H
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
L
 
S
L
 
F
G
 
G
P
 
-
L
 
L
K
 
K
V
 
L
Q
 
A
Q
 
G
R
 
A
D
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
A
 
I
R
 
N
E
 
Q
Q
 
R
A
 
V
E
 
N
K
 
Q
L
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
V
V
 
L
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
K
 
L
R
 
L
D
 
D
A
x
R
F
 
K
P
 
P
R
 
K
Q
 
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
G
R
 
R
S
 
T
L
 
L
C
 
V
M
 
A
N
 
E
P
 
P
Q
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
F
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
E
 
A
M
 
L
-
 
R
V
 
V
K
 
Q
E
 
M
V
 
R
L
 
I
E
 
E
V
 
I
I
 
S
Q
 
R
G
 
L
L
 
H
A
 
K
R
 
R
D
 
L
G
 
G
M
 
R
T
 
T
L
 
M
L
 
I
I
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
D
M
 
Q
A
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
A
 
T
V
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
F
 
V
M
 
L
E
 
D
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
V
L
 
A
E
 
Q
Q
 
V
N
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
L
A
 
E
F
 
L
F
 
Y
T
 
H
N
 
Y
P
 
P
Q
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
A
Q
 
D
Q
 
R
F
 
F
L
 
V
E
 
A
K
 
G
F
 
F

3puwA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-alf4 (see paper)
39% identity, 93% coverage: 3:242/258 of query aligns to 1:232/371 of 3puwA

query
sites
3puwA
A
 
A
L
 
S
I
 
V
E
 
Q
F
 
L
Q
 
Q
G
 
N
F
 
V
N
 
T
K
 
K
F
 
A
F
x
W
G
 
G
E
 
E
A
 
V
Q
 
V
V
|
V
L
 
S
K
 
K
G
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
S
 
D
V
 
I
Q
 
H
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
V
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
C
 
M
L
 
I
N
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
T
A
 
I
H
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
L
 
L
R
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
N
 
E
E
 
K
L
 
-
L
 
-
D
 
-
K
 
R
Q
 
M
T
 
N
D
 
D
W
 
T
R
 
P
Q
 
P
V
 
A
R
 
E
Q
 
R
D
 
G
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
S
 
S
Y
 
Y
H
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
L
 
S
L
 
F
G
 
G
P
 
-
L
 
L
K
 
K
V
 
L
Q
 
A
Q
 
G
R
 
A
D
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
A
 
I
R
 
N
E
 
Q
Q
 
R
A
 
V
E
 
N
K
 
Q
L
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
V
V
 
L
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
K
 
L
R
 
L
D
 
D
A
x
R
F
 
K
P
 
P
R
 
K
Q
x
A
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
G
R
 
R
S
 
T
L
 
L
C
 
V
M
 
A
N
 
E
P
 
P
Q
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
F
 
L
D
 
D
E
|
E
V
 
P
T
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
E
 
A
M
 
L
-
 
R
V
 
V
K
 
Q
E
 
M
V
 
R
L
 
I
E
 
E
V
 
I
I
 
S
Q
 
R
G
 
L
L
 
H
A
 
K
R
 
R
D
 
L
G
 
G
M
 
R
T
 
T
L
 
M
L
 
I
I
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
D
M
 
Q
A
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
A
 
T
V
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
F
 
V
M
 
L
E
 
D
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
V
L
 
A
E
 
Q
Q
 
V
N
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
L
A
 
E
F
 
L
F
 
Y
T
 
H
N
 
Y
P
 
P
Q
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
A
Q
 
D
Q
 
R
F
 
F
L
 
V
E
 
A
K
 
G
F
 
F

3puvA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-vo4 (see paper)
39% identity, 93% coverage: 3:242/258 of query aligns to 1:232/371 of 3puvA

query
sites
3puvA
A
 
A
L
 
S
I
 
V
E
 
Q
F
 
L
Q
 
Q
G
 
N
F
 
V
N
 
T
K
 
K
F
 
A
F
x
W
G
 
G
E
 
E
A
 
V
Q
 
V
V
|
V
L
 
S
K
 
K
G
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
S
 
D
V
 
I
Q
 
H
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
V
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
|
G
C
|
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
C
 
M
L
 
I
N
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
T
A
 
I
H
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
L
 
L
R
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
N
 
E
E
 
K
L
 
-
L
 
-
D
 
-
K
 
R
Q
 
M
T
 
N
D
 
D
W
 
T
R
 
P
Q
 
P
V
 
A
R
 
E
Q
 
R
D
 
G
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
S
 
S
Y
 
Y
H
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
L
 
S
L
 
F
G
 
G
P
 
-
L
 
L
K
 
K
V
 
L
Q
 
A
Q
 
G
R
 
A
D
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
A
 
I
R
 
N
E
 
Q
Q
 
R
A
 
V
E
 
N
K
 
Q
L
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
V
V
 
L
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
K
 
L
R
 
L
D
 
D
A
x
R
F
 
K
P
 
P
R
 
K
Q
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
|
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
G
R
 
R
S
 
T
L
 
L
C
 
V
M
 
A
N
 
E
P
 
P
Q
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
F
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
E
 
A
M
 
L
-
 
R
V
 
V
K
 
Q
E
 
M
V
 
R
L
 
I
E
 
E
V
 
I
I
 
S
Q
 
R
G
 
L
L
 
H
A
 
K
R
 
R
D
 
L
G
 
G
M
 
R
T
 
T
L
 
M
L
 
I
I
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
Q
A
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
A
 
T
V
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
F
 
V
M
 
L
E
 
D
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
V
L
 
A
E
 
Q
Q
 
V
N
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
L
A
 
E
F
 
L
F
 
Y
T
 
H
N
 
Y
P
 
P
Q
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
A
Q
 
D
Q
 
R
F
 
F
L
 
V
E
 
A
K
 
G
F
 
F

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
39% identity, 93% coverage: 3:242/258 of query aligns to 1:232/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
A
 
A
L
 
S
I
 
V
E
 
Q
F
 
L
Q
 
Q
G
 
N
F
 
V
N
 
T
K
 
K
F
 
A
F
x
W
G
 
G
E
 
E
A
 
V
Q
 
V
V
|
V
L
 
S
K
 
K
G
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
S
 
D
V
 
I
Q
 
H
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
V
 
V
I
 
F
L
 
V
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
C
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
C
 
M
L
 
I
N
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
T
A
 
I
H
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
L
 
L
R
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
N
 
E
E
 
K
L
 
-
L
 
-
D
 
-
K
 
R
Q
 
M
T
 
N
D
 
D
W
 
T
R
 
P
Q
 
P
V
 
A
R
 
E
Q
 
R
D
 
G
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
Y
 
Y
H
 
A
L
 
L
F
 
Y
P
 
P
H
 
H
M
 
L
S
 
S
V
 
V
L
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
M
L
 
S
L
 
F
G
 
G
P
 
-
L
 
L
K
 
K
V
 
L
Q
 
A
Q
 
G
R
 
A
D
 
K
P
 
K
R
 
E
E
 
V
A
 
I
R
 
N
E
 
Q
Q
 
R
A
 
V
E
 
N
K
 
Q
L
 
V
L
 
A
E
 
E
R
 
V
V
 
L
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
H
K
 
L
R
 
L
D
 
D
A
 
R
F
 
K
P
 
P
R
 
K
Q
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
G
R
 
R
S
 
T
L
 
L
C
 
V
M
 
A
N
 
E
P
 
P
Q
 
S
V
 
V
M
 
F
L
 
L
F
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
P
T
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
E
 
A
M
 
L
-
 
R
V
 
V
K
 
Q
E
 
M
V
 
R
L
 
I
E
 
E
V
 
I
I
 
S
Q
 
R
G
 
L
L
 
H
A
 
K
R
 
R
D
 
L
G
 
G
M
 
R
T
 
T
L
 
M
L
 
I
I
 
Y
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
Q
A
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
A
 
T
V
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
V
 
I
V
 
V
F
 
V
M
 
L
E
 
D
A
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
V
L
 
A
E
 
Q
Q
 
V
N
 
G
T
 
K
P
 
P
E
 
L
A
 
E
F
 
L
F
 
Y
T
 
H
N
 
Y
P
 
P
Q
 
-
T
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
A
Q
 
D
Q
 
R
F
 
F
L
 
V
E
 
A
K
 
G
F
 
F

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
39% identity, 93% coverage: 3:242/258 of query aligns to 2:233/371 of P68187

query
sites
P68187
A
 
A
L
 
S
I
 
V
E
 
Q
F
 
L
Q
 
Q
G
 
N
F
 
V
N
 
T
K
 
K
F
 
A
F
 
W
G
 
G
E
 
E
A
 
V
Q
 
V
V
 
V
L
 
S
K
 
K
G
 
D
I
 
I
D
 
N
L
 
L
S
 
D
V
 
I
Q
 
H
R
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F