SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2064 FitnessBrowser__WCS417:GFF2064 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 13 hits to proteins with known functional sites (download)

Q29551 Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial; SCOT; 3-oxoacid CoA-transferase 1; Somatic-type succinyl-CoA:3-oxoacid CoA-transferase; SCOT-s; Succinate-coenzyme A transferase; Succinyl-CoA:3-oxoacid CoA transferase; EC 2.8.3.5 from Sus scrofa (Pig) (see 3 papers)
56% identity, 95% coverage: 13:232/232 of query aligns to 48:286/520 of Q29551

query
sites
Q29551
E
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
K
G
 
D
L
 
I
E
 
P
D
 
N
G
 
G
M
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
S
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
C
|
C
G
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
E
N
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
G
E
 
A
I
 
L
K
 
L
R
 
K
K
 
T
G
 
G
T
 
V
R
 
K
D
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
A
V
 
V
S
 
S
N
 
N
N
 
N
C
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
S
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
K
K
 
R
V
 
M
I
 
I
A
 
S
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
E
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
E
F
 
F
E
 
E
K
 
R
Q
 
Q
L
 
Y
L
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
E
L
 
L
T
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
M
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
T
 
T
A
 
S
T
 
T
G
 
G
V
 
Y
G
 
G
T
 
T
P
 
L
V
 
V
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
K
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
P
 
H
Y
 
F
L
 
I
M
 
L
E
 
E
E
 
E
S
 
A
I
 
I
T
 
R
G
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
L
V
 
V
K
 
K
G
 
A
W
 
W
K
 
K
A
 
A
D
 
D
H
 
Q
F
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
V
I
 
T
Y
 
F
R
 
R
H
 
K
T
 
S
A
 
A
Q
 
R
N
 
N
F
 
F
N
 
N
P
 
L
L
 
P
A
 
M
A
x
C
T
 
K
A
 
A
G
 
A
K
 
E
I
 
T
T
 
T
V
 
V
V
 
V
E
 
E
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
D
P
 
I
G
 
G
E
 
S
L
 
F
D
 
A
P
 
P
A
 
E
Q
 
D
I
 
I
H
 
H
T
 
I
P
 
P
G
 
K
I
 
I
Y
 
Y
V
 
V
D
 
H
R
 
R
I
 
L
I
 
V
C
 
K
G
 
G
-
 
E
T
 
K
F
 
Y
E
 
E
K
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
E
Q
 
R
R
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
R
K
 
K

Sites not aligning to the query:

1o9lA Succinate:coenzyme-a transferase (pig heart)
56% identity, 95% coverage: 13:232/232 of query aligns to 9:247/468 of 1o9lA

query
sites
1o9lA
E
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
K
G
 
D
L
 
I
E
 
P
D
 
N
G
 
G
M
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
S
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
C
 
C
G
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
E
N
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
G
E
 
A
I
 
L
K
 
L
R
 
K
K
 
T
G
 
G
T
 
V
R
 
K
D
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
A
V
 
V
S
 
S
N
 
N
N
 
N
C
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
S
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
K
K
 
R
V
 
M
I
 
I
A
 
S
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
E
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
E
F
 
F
E
 
E
K
 
R
Q
 
Q
L
x
Y
L
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
L
E
 
E
V
|
V
V
x
E
L
|
L
T
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
M
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
T
 
T
A
 
S
T
 
T
G
 
G
V
 
Y
G
 
G
T
 
T
P
 
L
V
 
V
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
-
 
G
-
x
S
-
x
P
-
x
I
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
x
S
-
 
K
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
P
 
H
Y
 
F
L
 
I
M
 
L
E
 
E
E
 
E
S
 
A
I
 
I
T
 
R
G
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
L
V
 
V
K
 
K
G
 
A
W
 
W
K
 
K
A
 
A
D
 
D
H
 
Q
F
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
V
I
 
T
Y
 
F
R
 
R
H
 
K
T
 
S
A
 
A
Q
 
R
N
 
N
F
 
F
N
 
N
P
 
L
L
 
P
A
 
M
A
 
C
T
 
K
A
 
A
G
 
A
K
 
E
I
 
T
T
 
T
V
 
V
V
 
V
E
 
E
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
D
P
 
I
G
 
G
E
 
S
L
 
F
D
 
A
P
 
P
A
 
E
Q
 
D
I
 
I
H
 
H
T
 
I
P
 
P
G
 
K
I
 
I
Y
 
Y
V
 
V
D
 
H
R
 
R
I
 
L
I
 
V
C
 
K
G
 
G
-
 
E
T
 
K
F
 
Y
E
 
E
K
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
E
Q
 
R
R
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
R
K
 
K

1o9lB Succinate:coenzyme-a transferase (pig heart)
56% identity, 95% coverage: 13:232/232 of query aligns to 9:247/425 of 1o9lB

query
sites
1o9lB
E
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
K
G
 
D
L
 
I
E
 
P
D
 
N
G
 
G
M
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
S
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
C
 
C
G
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
E
N
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
G
E
 
A
I
 
L
K
 
L
R
 
K
K
 
T
G
 
G
T
 
V
R
 
K
D
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
A
V
 
V
S
 
S
N
 
N
N
 
N
C
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
S
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
K
K
 
R
V
 
M
I
 
I
A
 
S
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
E
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
E
F
 
F
E
 
E
K
 
R
Q
 
Q
L
 
Y
L
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
E
L
 
L
T
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
M
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
T
 
T
A
 
S
T
 
T
G
 
G
V
 
Y
G
 
G
T
|
T
P
 
L
V
 
V
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
K
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
P
 
H
Y
 
F
L
 
I
M
 
L
E
 
E
E
 
E
S
 
A
I
 
I
T
 
R
G
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
L
V
 
V
K
 
K
G
 
A
W
 
W
K
 
K
A
 
A
D
 
D
H
 
Q
F
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
V
I
 
T
Y
 
F
R
 
R
H
 
K
T
 
S
A
 
A
Q
 
R
N
 
N
F
 
F
N
 
N
P
 
L
L
 
P
A
 
M
A
 
C
T
 
K
A
 
A
G
 
A
K
 
E
I
 
T
T
 
T
V
 
V
V
 
V
E
 
E
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
D
P
 
I
G
 
G
E
 
S
L
 
F
D
 
A
P
 
P
A
 
E
Q
 
D
I
 
I
H
 
H
T
 
I
P
 
P
G
 
K
I
 
I
Y
 
Y
V
 
V
D
 
H
R
 
R
I
 
L
I
 
V
C
 
K
G
 
G
-
 
E
T
 
K
F
 
Y
E
 
E
K
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
E
Q
 
R
R
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
R
K
 
K

Sites not aligning to the query:

3oxoE Succinyl-coa:3-ketoacid coa transferase from pig heart covalently bound to coa (see paper)
56% identity, 95% coverage: 13:232/232 of query aligns to 9:247/462 of 3oxoE

query
sites
3oxoE
E
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
K
G
 
D
L
 
I
E
 
P
D
 
N
G
 
G
M
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
S
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
L
C
 
C
G
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
E
N
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
G
E
 
A
I
 
L
K
 
L
R
 
K
K
 
T
G
 
G
T
 
V
R
 
K
D
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
A
V
 
V
S
 
S
N
 
N
N
 
N
C
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
S
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
K
K
 
R
V
 
M
I
 
I
A
 
S
S
 
S
Y
|
Y
V
 
V
G
 
G
E
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
E
F
 
F
E
 
E
K
 
R
Q
 
Q
L
 
Y
L
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
E
L
 
L
T
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
M
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
T
 
T
A
 
S
T
 
T
G
 
G
V
 
Y
G
 
G
T
 
T
P
 
L
V
 
V
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
K
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
P
 
H
Y
 
F
L
 
I
M
 
L
E
 
E
E
 
E
S
 
A
I
 
I
T
 
R
G
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
L
V
 
V
K
 
K
G
 
A
W
 
W
K
 
K
A
 
A
D
 
D
H
 
Q
F
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
V
I
 
T
Y
 
F
R
 
R
H
 
K
T
 
S
A
 
A
Q
 
R
N
 
N
F
 
F
N
 
N
P
 
L
L
 
P
A
 
M
A
 
C
T
 
K
A
 
A
G
 
A
K
 
E
I
 
T
T
 
T
V
 
V
V
 
V
E
 
E
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
D
P
 
I
G
 
G
E
 
S
L
 
F
D
 
A
P
 
P
A
 
E
Q
 
D
I
 
I
H
 
H
T
 
I
P
 
P
G
 
K
I
 
I
Y
 
Y
V
 
V
D
 
H
R
 
R
I
 
L
I
 
V
C
 
K
G
 
G
-
 
E
T
 
K
F
 
Y
E
 
E
K
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
E
Q
 
R
R
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
R
K
 
R

Sites not aligning to the query:

3k6mC Dynamic domains of succinyl-coa:3-ketoacid-coenzyme a transferase from pig heart. (see paper)
56% identity, 94% coverage: 13:231/232 of query aligns to 9:246/466 of 3k6mC

query
sites
3k6mC
E
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
K
G
 
D
L
 
I
E
 
P
D
 
N
G
 
G
M
 
A
T
 
T
V
 
V
L
 
L
S
 
V
G
 
G
G
 
G
F
|
F
G
 
G
L
 
L
C
 
C
G
 
G
I
 
I
P
 
P
E
 
E
N
 
N
L
 
L
I
 
I
A
 
G
E
 
A
I
 
L
K
 
L
R
 
K
K
 
T
G
 
G
T
 
V
R
 
K
D
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
A
V
 
V
S
 
S
N
 
N
N
|
N
C
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
N
F
 
F
G
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
S
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
K
K
 
R
V
 
M
I
 
I
A
 
S
S
 
S
Y
|
Y
V
 
V
G
 
G
E
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
E
F
 
F
E
 
E
K
 
R
Q
 
Q
L
 
Y
L
 
L
S
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
E
L
 
L
T
 
T
P
 
P
Q
|
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
M
 
I
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
T
 
T
A
 
S
T
 
T
G
 
G
V
 
Y
G
 
G
T
 
T
P
 
L
V
 
V
A
 
Q
E
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
Y
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
S
-
 
I
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
S
-
 
K
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
V
R
 
R
E
 
E
F
 
F
N
 
N
G
 
G
R
 
Q
P
 
H
Y
 
F
L
 
I
M
 
L
E
 
E
E
 
E
S
 
A
I
 
I
T
 
R
G
 
G
D
 
D
F
 
F
A
 
A
I
 
L
V
 
V
K
 
K
G
 
A
W
 
W
K
 
K
A
 
A
D
 
D
H
 
Q
F
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
V
I
 
T
Y
 
F
R
 
R
H
 
K
T
 
S
A
 
A
Q
 
R
N
 
N
F
 
F
N
 
N
P
 
L
L
 
P
A
 
M
A
 
C
T
 
K
A
 
A
G
 
A
K
 
E
I
 
T
T
 
T
V
 
V
V
 
V
E
 
E
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
D
P
 
I
G
 
G
E
 
S
L
 
F
D
 
A
P
 
P
A
 
E
Q
 
D
I
 
I
H
 
H
T
 
I
P
 
P
G
 
K
I
 
I
Y
 
Y
V
 
V
D
 
H
R
 
R
I
 
L
I
 
V
C
 
K
G
 
G
-
 
E
T
 
K
F
 
Y
E
 
E
K
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
E
Q
 
R
R
 
L
T
 
S
V
 
V
R
 
R

Sites not aligning to the query:

6lp1C Crystal structure of acetate:succinate coa transferase (asct) from trypanosoma brucei. (see paper)
46% identity, 99% coverage: 3:232/232 of query aligns to 2:249/469 of 6lp1C

query
sites
6lp1C
G
 
G
F
 
L
D
 
D
K
 
K
R
 
-
V
 
V
A
 
M
S
 
S
Y
 
L
E
 
S
E
 
S
A
 
A
L
 
V
A
 
Q
G
 
D
L
 
I
E
 
K
D
 
N
G
 
G
M
 
A
T
 
T
V
 
L
L
 
A
S
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
G
L
 
T
C
 
G
G
 
G
I
 
M
P
 
P
E
 
H
N
 
A
L
 
I
I
 
M
A
 
Q
E
 
E
I
 
I
K
 
K
R
 
K
K
 
M
G
 
G
T
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
L
T
 
I
V
 
I
V
 
Y
S
 
S
N
 
D
N
 
G
C
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
L
 
I
G
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
F
E
 
E
E
 
N
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
S
 
N
K
 
K
V
 
M
I
 
I
A
 
V
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
E
 
N
N
 
N
A
 
K
L
 
I
F
 
F
E
 
A
K
 
R
Q
 
Q
L
 
Y
L
 
L
S
 
E
G
 
G
E
 
D
I
 
V
E
 
E
V
 
L
V
 
E
L
 
F
T
 
C
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
T
 
S
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
M
 
M
R
 
R
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
T
 
T
A
 
P
T
 
T
G
 
A
V
 
V
G
 
G
T
 
T
P
 
V
V
 
L
A
 
Q
E
 
T
G
 
G
-
 
G
-
 
Q
-
 
I
-
 
T
-
 
K
-
 
Y
-
 
D
-
 
K
-
 
N
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
S
-
 
T
-
 
P
K
 
R
E
 
E
T
 
T
R
 
R
E
 
F
F
 
F
N
 
G
G
 
G
R
 
R
P
 
L
Y
 
Y
L
 
C
M
 
L
E
 
E
E
 
N
S
 
A
I
 
I
T
 
K
G
 
T
D
 
D
F
 
F
A
 
S
I
 
I
V
 
V
K
 
K
G
 
A
W
 
W
K
 
K
A
 
G
D
 
D
H
 
R
F
 
C
G
 
G
N
 
N
V
 
L
I
 
V
Y
 
F
R
 
R
H
 
G
T
 
T
A
 
A
Q
 
R
N
 
N
F
 
F
N
 
N
P
 
V
L
 
P
A
 
V
A
 
G
T
 
Q
A
 
C
G
 
G
K
x
Q
I
 
T
T
 
V
V
 
I
V
 
A
E
 
E
V
 
V
E
 
E
E
 
N
I
 
L
V
 
V
E
 
E
P
 
N
G
 
G
E
 
D
L
 
I
D
 
D
P
 
P
A
 
D
Q
 
E
I
 
V
H
 
H
T
 
L
P
 
P
G
 
G
I
 
V
Y
 
Y
V
 
V
D
|
D
R
 
R
I
 
V
I
 
V
C
 
V
G
 
P
-
 
E
T
 
R
F
 
Y
E
 
Q
K
 
T
R
 
L
I
 
I
E
 
E
Q
 
H
R
 
R
T
 
T
V
 
V
R
 
T
K
 
R

1k6dB Crystal structure of acetate coa-transferase alpha subunit (see paper)
43% identity, 91% coverage: 7:217/232 of query aligns to 4:214/219 of 1k6dB

query
sites
1k6dB
R
 
K
V
 
L
A
 
M
S
 
T
Y
 
L
E
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
T
A
 
G
G
 
F
L
 
F
E
 
R
D
 
D
G
 
G
M
 
M
T
 
T
V
 
I
L
 
M
S
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
x
M
L
 
G
C
 
I
G
 
G
I
 
T
P
 
P
E
 
S
N
 
R
L
 
L
I
 
V
A
 
E
E
 
A
I
 
L
K
 
L
R
 
E
K
 
S
G
 
G
T
 
V
R
 
R
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
L
V
 
I
S
 
A
N
 
N
N
 
D
C
 
T
G
 
A
V
 
F
D
 
V
G
 
D
F
 
T
G
 
G
L
 
I
G
 
G
V
 
P
L
 
L
L
 
I
E
 
V
E
 
N
K
 
G
Q
 
R
I
 
V
S
 
R
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
S
 
S
Y
x
H
V
x
I
G
 
G
E
x
T
N
 
N
A
 
P
L
 
E
F
 
T
E
 
G
K
 
R
Q
 
R
L
 
M
L
 
I
S
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
M
E
 
D
V
 
V
V
 
V
L
 
L
T
 
V
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
I
E
 
E
K
 
Q
M
 
I
R
 
R
A
 
C
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
G
A
 
G
F
 
F
F
 
L
T
 
T
A
 
P
T
 
T
G
 
G
V
 
V
G
 
G
T
 
T
P
 
V
V
 
V
A
 
E
E
 
E
G
 
G
K
 
K
E
 
Q
T
 
T
R
 
L
E
 
T
F
 
L
N
 
D
G
 
G
R
 
K
P
 
T
Y
 
W
L
 
L
M
 
L
E
 
E
E
 
R
S
 
P
I
 
L
T
 
R
G
 
A
D
 
D
F
 
L
A
 
A
I
 
L
V
 
I
K
 
R
G
 
A
W
 
H
K
 
R
A
 
C
D
 
D
H
 
T
F
 
L
G
 
G
N
 
N
V
 
L
I
 
T
Y
 
Y
R
 
Q
H
 
L
T
 
S
A
 
A
Q
 
R
N
 
N
F
 
F
N
 
N
P
 
P
L
 
L
A
 
I
A
 
A
T
 
L
A
 
A
G
 
A
K
 
D
I
 
I
T
 
T
V
 
L
V
 
V
E
 
E
V
 
P
E
 
D
E
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
E
P
 
T
G
 
G
E
 
E
L
 
L
D
 
Q
P
 
P
A
 
D
Q
 
H
I
 
I
H
 
V
T
 
T
P
 
P
G
 
G
I
 
A
Y
 
V
V
 
I
D
 
D
R
 
H
I
 
I
I
 
I

6co9A Crystal structure of rhodococcus jostii rha1 ipdab cochea-coa complex (see paper)
28% identity, 85% coverage: 5:201/232 of query aligns to 5:213/295 of 6co9A

query
sites
6co9A
D
 
D
K
 
K
R
 
R
V
 
I
A
 
-
S
 
S
Y
 
L
E
 
D
E
 
D
A
 
A
L
 
V
A
 
G
G
 
E
L
 
L
E
 
R
D
 
S
G
 
G
M
 
M
T
 
T
V
 
I
L
 
G
S
 
I
G
 
G
G
 
G
F
x
W
G
 
G
L
 
S
C
 
R
G
 
R
I
 
K
P
 
P
E
 
M
N
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
R
E
 
A
I
 
L
K
 
L
R
 
R
K
 
S
G
 
D
T
 
V
R
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
V
V
 
V
S
 
T
N
 
Y
N
 
G
C
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
G
F
 
P
G
 
D
L
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
L
 
C
E
 
S
E
 
A
K
 
G
Q
 
K
I
 
V
S
 
T
K
 
K
V
 
A
I
 
Y
A
 
Y
S
 
G
Y
 
F
V
 
V
G
 
S
E
 
L
N
 
D
A
 
S
-
 
A
-
 
P
-
 
F
-
x
Y
-
 
D
-
 
P
L
 
W
F
 
F
E
 
A
K
 
K
Q
 
A
L
 
R
L
 
T
S
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
I
E
 
A
V
 
V
V
 
R
L
 
E
T
 
M
P
 
D
Q
x
E
G
 
G
T
 
M
L
 
V
A
 
K
E
 
C
K
 
G
M
 
L
R
 
E
A
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
G
 
R
I
 
L
P
 
P
A
 
F
F
 
L
F
 
P
T
 
I
A
 
R
T
 
A
G
 
G
V
 
L
G
 
G
T
 
S
P
 
D
V
 
V
A
 
R
E
 
R
-
 
F
-
 
W
G
 
G
K
 
D
E
 
E
T
 
L
R
 
R
E
 
T
F
 
V
N
 
T
G
 
S
R
 
-
P
 
P
Y
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
E
-
 
T
-
 
L
L
 
I
M
 
A
E
 
M
E
 
P
S
 
A
I
 
L
T
 
N
G
 
L
D
 
D
F
 
A
A
 
A
I
 
L
V
 
V
K
 
H
G
 
L
W
 
N
K
 
L
A
 
G
D
 
D
H
 
K
F
 
H
G
 
G
N
 
N
V
 
A
I
 
A
Y
 
Y
R
 
T
H
 
G
T
 
V
A
 
D
Q
 
P
N
 
Y
F
 
F
N
 
D
P
 
D
L
 
L
A
 
Y
A
 
C
T
 
A
A
 
A
G
 
A
K
 
E
I
 
K
T
 
R
V
 
F
V
 
V
E
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
R
I
 
V
V
 
V
E
 
E
P
 
T
G
 
E
E
 
E
L
 
L

Q0S7P9 Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdA subunit; (3E)-2-(2-carboxylatoethyl)-3-methyl-6-oxocyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA hydrolase alpha subunit; COCHEA-CoA hydrolase alpha subunit; EC 4.1.99.- from Rhodococcus jostii (strain RHA1) (see paper)
28% identity, 85% coverage: 5:201/232 of query aligns to 6:214/296 of Q0S7P9

query
sites
Q0S7P9
D
 
D
K
 
K
R
 
R
V
 
I
A
 
-
S
 
S
Y
 
L
E
 
D
E
 
D
A
 
A
L
 
V
A
 
G
G
 
E
L
 
L
E
 
R
D
 
S
G
 
G
M
 
M
T
 
T
V
 
I
L
 
G
S
 
I
G
 
G
G
 
G
F
 
W
G
 
G
L
 
S
C
 
R
G
 
R
I
 
K
P
 
P
E
 
M
N
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
R
E
 
A
I
 
L
K
 
L
R
 
R
K
 
S
G
 
D
T
 
V
R
 
T
D
 
D
L
 
L
T
 
T
V
 
V
V
 
V
S
 
T
N
 
Y
N
 
G
C
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
G
F
 
P
G
 
D
L
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
L
 
C
E
 
S
E
 
A
K
 
G
Q
 
K
I
 
V
S
 
T
K
 
K
V
 
A
I
 
Y
A
 
Y
S
 
G
Y
 
F
V
 
V
G
 
S
E
 
L
N
 
D
A
 
S
-
 
A
-
 
P
-
 
F
-
 
Y
-
 
D
-
 
P
L
 
W
F
 
F
E
 
A
K
 
K
Q
 
A
L
 
R
L
 
T
S
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
I
E
 
A
V
 
V
V
 
R
L
 
E
T
 
M
P
 
D
Q
x
E
G
 
G
T
 
M
L
 
V
A
 
K
E
 
C
K
 
G
M
 
L
R
 
E
A
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
G
 
R
I
 
L
P
 
P
A
 
F
F
 
L
F
 
P
T
 
I
A
 
R
T
 
A
G
 
G
V
 
L
G
 
G
T
 
S
P
 
D
V
 
V
A
 
R
E
 
R
-
 
F
-
 
W
G
 
G
K
 
D
E
 
E
T
 
L
R
 
R
E
 
T
F
 
V
N
 
T
G
 
S
R
 
-
P
 
P
Y
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
E
-
 
T
-
 
L
L
 
I
M
 
A
E
 
M
E
 
P
S
 
A
I
 
L
T
 
N
G
 
L
D
 
D
F
 
A
A
 
A
I
 
L
V
 
V
K
 
H
G
 
L
W
 
N
K
 
L
A
 
G
D
 
D
H
 
K
F
 
H
G
 
G
N
 
N
V
 
A
I
 
A
Y
 
Y
R
 
T
H
 
G
T
 
V
A
 
D
Q
 
P
N
 
Y
F
 
F
N
 
D
P
 
D
L
 
L
A
 
Y
A
 
C
T
 
A
A
 
A
G
 
A
K
 
E
I
 
K
T
 
R
V
 
F
V
 
V
E
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
R
I
 
V
V
 
V
E
 
E
P
 
T
G
 
E
E
 
E
L
 
L

5mzyA Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with a possible transition state analog (see paper)
29% identity, 91% coverage: 7:217/232 of query aligns to 5:218/262 of 5mzyA

query
sites
5mzyA
R
 
R
V
 
W
A
 
C
S
 
S
Y
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
S
L
 
I
E
 
P
D
 
D
G
 
G
M
 
A
T
 
S
V
 
L
L
 
A
S
 
T
G
 
G
G
 
G
F
|
F
G
 
M
L
 
L
C
 
G
G
 
R
I
 
A
P
 
P
E
 
M
N
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
M
E
 
E
I
 
L
K
 
I
R
 
A
K
 
Q
G
 
G
T
 
K
R
 
R
D
 
D
L
 
L
T
 
G
V
 
L
V
 
I
S
 
S
-
 
L
-
x
P
N
 
N
N
 
P
C
 
L
G
 
P
V
 
A
D
 
E
G
 
F
F
 
L
G
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
G
L
 
C
L
 
L
E
 
A
E
 
R
K
 
L
Q
 
E
I
 
I
S
 
A
K
 
F
V
 
G
I
 
A
A
 
L
S
 
S
Y
 
L
V
 
Q
G
 
G
E
 
R
N
 
-
A
 
-
L
 
V
F
 
R
E
 
P
K
 
M
Q
 
P
L
 
C
L
 
L
S
 
K
G
 
R
E
 
A
I
 
M
E
 
E
V
 
-
V
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
W
-
 
R
-
 
E
-
 
H
-
 
D
-
 
G
-
 
Y
-
 
R
-
 
V
-
 
V
E
 
Q
K
 
R
M
 
L
R
 
R
A
 
A
G
 
A
G
 
S
A
 
M
G
 
G
I
 
L
P
 
P
A
 
-
F
 
F
F
 
I
T
 
P
A
 
A
T
 
P
G
 
D
V
 
A
-
 
D
-
 
V
-
 
S
G
 
G
T
 
L
P
 
A
V
 
R
A
 
T
E
 
E
G
 
P
K
 
P
E
 
P
T
 
T
R
 
V
E
 
E
-
 
D
-
 
P
F
 
F
N
 
T
G
 
G
R
 
L
P
 
R
Y
 
V
L
 
A
M
 
V
E
 
E
E
 
P
S
 
A
I
 
F
T
 
Y
G
 
P
D
 
D
F
 
V
A
 
A
I
 
L
V
 
L
K
 
H
G
 
A
W
 
R
K
 
A
A
 
A
D
 
D
H
 
E
F
 
R
G
 
G
N
 
N
V
 
L
I
 
Y
Y
 
M
R
 
E
H
 
D
T
 
P
A
 
T
Q
 
T
N
 
D
F
 
L
N
 
-
P
 
-
L
 
L
A
 
V
A
 
A
T
 
G
A
 
A
G
 
A
K
 
A
I
 
R
T
 
V
V
 
I
V
 
A
E
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
R
V
 
V
E
 
-
P
 
-
G
 
A
E
 
K
L
 
L
D
 
P
P
 
R
A
 
A
Q
 
T
I
 
L
H
 
-
T
 
-
P
 
P
G
 
G
I
 
F
Y
 
Q
V
 
V
D
 
D
R
 
R
I
 
I
I
 
V

5mzzC Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with 3- methylglutaconate (see paper)
29% identity, 91% coverage: 7:217/232 of query aligns to 5:218/263 of 5mzzC

query
sites
5mzzC
R
 
R
V
 
W
A
 
C
S
 
S
Y
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
S
L
 
I
E
 
P
D
 
D
G
 
G
M
 
A
T
 
S
V
 
L
L
 
A
S
 
T
G
 
G
G
 
G
F
|
F
G
 
M
L
 
L
C
 
G
G
 
R
I
 
A
P
 
P
E
 
M
N
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
M
E
 
E
I
 
L
K
 
I
R
 
A
K
 
Q
G
 
G
T
 
K
R
 
R
D
 
D
L
 
L
T
 
G
V
 
L
V
 
I
S
 
S
-
 
L
-
x
P
N
 
N
N
 
P
C
 
L
G
 
P
V
 
A
D
 
E
G
 
F
F
 
L
G
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
G
L
 
C
L
 
L
E
 
A
E
 
R
K
 
L
Q
 
E
I
 
I
S
 
A
K
 
F
V
 
G
I
 
A
A
 
L
S
 
S
Y
 
L
V
 
Q
G
 
G
E
 
R
N
 
-
A
 
-
L
 
V
F
 
R
E
 
P
K
 
M
Q
 
P
L
 
C
L
 
L
S
 
K
G
 
R
E
 
A
I
 
M
E
 
E
V
 
-
V
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
W
-
 
R
-
 
E
-
 
H
-
 
D
-
 
G
-
 
Y
-
 
R
-
 
V
-
 
V
E
 
Q
K
 
R
M
 
L
R
 
R
A
 
A
G
 
A
G
 
S
A
 
M
G
 
G
I
 
L
P
 
P
A
 
-
F
 
F
F
 
I
T
 
P
A
 
A
T
 
P
G
 
D
V
 
A
-
 
D
-
 
V
-
 
S
G
 
G
T
 
L
P
 
A
V
 
R
A
 
T
E
 
E
G
 
P
K
 
P
E
 
P
T
 
T
R
 
V
E
 
E
-
 
D
-
 
P
F
 
F
N
 
T
G
 
G
R
 
L
P
 
R
Y
 
V
L
 
A
M
 
V
E
 
E
E
 
P
S
 
A
I
 
F
T
 
Y
G
 
P
D
 
D
F
 
V
A
 
A
I
 
L
V
 
L
K
 
H
G
 
A
W
 
R
K
 
A
A
 
A
D
 
D
H
 
E
F
 
R
G
 
G
N
 
N
V
 
L
I
 
Y
Y
 
M
R
 
E
H
 
D
T
 
P
A
 
T
Q
 
T
N
 
D
F
 
L
N
 
-
P
 
-
L
 
L
A
 
V
A
 
A
T
 
G
A
 
A
G
 
A
K
 
A
I
 
R
T
 
V
V
 
I
V
 
A
E
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
R
V
 
V
E
 
-
P
 
-
G
 
A
E
 
K
L
 
L
D
 
P
P
 
R
A
 
A
Q
 
T
I
 
L
H
 
-
T
 
-
P
 
P
G
 
G
I
 
F
Y
 
Q
V
 
V
D
 
D
R
 
R
I
 
I
I
 
V

5mzxC Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with 4'- diphospho pantetheine (see paper)
29% identity, 91% coverage: 7:217/232 of query aligns to 5:218/263 of 5mzxC

query
sites
5mzxC
R
 
R
V
 
W
A
 
C
S
 
S
Y
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
S
L
 
I
E
 
P
D
 
D
G
 
G
M
 
A
T
 
S
V
 
L
L
 
A
S
 
T
G
 
G
G
 
G
F
 
F
G
 
M
L
 
L
C
 
G
G
 
R
I
 
A
P
 
P
E
 
M
N
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
M
E
 
E
I
 
L
K
 
I
R
 
A
K
 
Q
G
 
G
T
 
K
R
 
R
D
 
D
L
 
L
T
 
G
V
 
L
V
 
I
S
 
S
-
 
L
-
 
P
N
 
N
N
 
P
C
 
L
G
 
P
V
 
A
D
 
E
G
 
F
F
 
L
G
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
G
L
 
C
L
 
L
E
 
A
E
 
R
K
 
L
Q
 
E
I
 
I
S
 
A
K
x
F
V
 
G
I
 
A
A
 
L
S
 
S
Y
 
L
V
 
Q
G
 
G
E
 
R
N
 
-
A
 
-
L
x
V
F
 
R
E
 
P
K
 
M
Q
 
P
L
 
C
L
 
L
S
 
K
G
 
R
E
 
A
I
 
M
E
 
E
V
 
-
V
 
-
L
 
-
T
 
-
P
 
-
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
W
-
 
R
-
 
E
-
 
H
-
 
D
-
 
G
-
 
Y
-
 
R
-
 
V
-
 
V
E
 
Q
K
 
R
M
 
L
R
 
R
A
 
A
G
 
A
G
 
S
A
 
M
G
 
G
I
 
L
P
 
P
A
 
-
F
 
F
F
 
I
T
 
P
A
 
A
T
 
P
G
 
D
V
 
A
-
 
D
-
 
V
-
 
S
G
 
G
T
 
L
P
 
A
V
 
R
A
 
T
E
 
E
G
 
P
K
 
P
E
 
P
T
 
T
R
 
V
E
 
E
-
 
D
-
 
P
F
 
F
N
 
T
G
 
G
R
 
L
P
 
R
Y
 
V
L
 
A
M
 
V
E
 
E
E
 
P
S
 
A
I
 
F
T
 
Y
G
 
P
D
 
D
F
 
V
A
 
A
I
 
L
V
 
L
K
 
H
G
 
A
W
 
R
K
 
A
A
 
A
D
 
D
H
 
E
F
 
R
G
 
G
N
 
N
V
 
L
I
 
Y
Y
 
M
R
 
E
H
 
D
T
 
P
A
 
T
Q
 
T
N
 
D
F
 
L
N
 
-
P
 
-
L
 
L
A
 
V
A
 
A
T
 
G
A
 
A
G
 
A
K
 
A
I
 
R
T
 
V
V
 
I
V
 
A
E
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
I
 
R
V
 
V
E
 
-
P
 
-
G
 
A
E
 
K
L
 
L
D
 
P
P
 
R
A
 
A
Q
 
T
I
 
L
H
 
-
T
 
-
P
 
P
G
 
G
I
 
F
Y
 
Q
V
 
V
D
 
D
R
 
R
I
 
I
I
 
V

2ahvA Crystal structure of acyl-coa transferase from e. Coli o157:h7 (ydif)- thioester complex with coa- 1 (see paper)
22% identity, 67% coverage: 63:217/232 of query aligns to 75:248/512 of 2ahvA

query
sites
2ahvA
G
 
G
L
 
I
G
 
S
V
 
P
L
 
L
L
 
A
E
 
Q
E
 
E
K
 
G
Q
 
L
I
 
V
S
 
K
K
 
W
V
 
A
I
 
L
A
 
C
S
 
G
Y
 
H
V
 
W
G
 
G
E
 
Q
N
 
S
A
 
P
L
 
R
F
 
I
E
 
S
K
 
D
Q
 
L
L
 
A
L
 
E
S
 
Q
G
 
N
E
 
K
I
 
I
E
 
I
V
 
A
V
 
Y
L
 
N
T
 
Y
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
T
 
V
L
 
L
A
 
T
E
 
Q
K
 
T
M
 
L
R
 
R
A
 
A
G
 
A
G
 
A
A
 
A
G
 
H
I
 
Q
P
 
P
A
 
G
F
 
I
F
 
I
T
 
S
A
 
D
T
 
I
G
 
G
V
 
I
G
 
G
T
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
D
P
 
P
V
 
R
A
 
Q
E
 
Q
G
 
G
K
 
G
E
 
K
T
 
L
R
 
N
-
 
E
-
 
V
-
 
T
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
V
E
 
E
F
 
F
N
 
D
G
 
N
R
 
K
P
 
E
Y
 
Y
L
 
L
M
 
Y
E
 
Y
E
 
K
S
 
A
I
 
I
T
 
A
G
 
P
D
 
D
F
 
I
A
 
A
I
 
F
V
 
I
K
 
R
G
 
A
W
 
T
K
 
T
A
 
C
D
 
D
H
 
S
F
 
E
G
 
G
N
 
Y
V
 
A
I
 
T
Y
 
F
R
 
E
H
 
D
T
 
E
A
 
V
Q
 
M
N
 
Y
F
 
L
N
 
D
P
 
A
L
 
L
A
 
V
A
 
I
T
 
A
A
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
H
-
 
N
-
 
N
G
 
G
K
 
G
I
 
I
T
 
V
V
 
M
V
 
M
E
 
Q
V
 
V
E
 
Q
E
 
K
I
 
M
V
 
V
E
 
K
P
 
K
G
 
A
E
 
T
L
 
L
D
 
H
P
 
P
A
 
K
Q
 
S
I
 
V
H
 
R
T
 
I
P
 
P
G
 
G
I
 
Y
Y
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
I
I
 
V
I
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF2064 FitnessBrowser__WCS417:GFF2064
MAGFDKRVASYEEALAGLEDGMTVLSGGFGLCGIPENLIAEIKRKGTRDLTVVSNNCGVD
GFGLGVLLEEKQISKVIASYVGENALFEKQLLSGEIEVVLTPQGTLAEKMRAGGAGIPAF
FTATGVGTPVAEGKETREFNGRPYLMEESITGDFAIVKGWKADHFGNVIYRHTAQNFNPL
AATAGKITVVEVEEIVEPGELDPAQIHTPGIYVDRIICGTFEKRIEQRTVRK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory