SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2082 Psest_2125 tripartite ATP-independent periplasmic transporter solute receptor, DctP family to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

7bcrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with galactonate (see paper)
49% identity, 92% coverage: 28:337/338 of query aligns to 1:310/310 of 7bcrA

query
sites
7bcrA
D
 
D
I
 
I
R
 
K
P
 
P
R
 
R
M
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
|
G
L
|
L
N
 
A
E
 
D
D
 
D
S
 
S
N
 
P
Q
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
S
K
 
A
L
 
H
L
 
F
A
 
A
E
 
E
E
 
V
V
 
V
A
 
S
K
 
K
A
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
K
 
K
V
 
V
R
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
G
S
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
D
 
E
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
S
G
 
G
A
 
S
Q
 
G
E
 
E
M
 
I
M
 
T
V
x
F
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
A
T
 
P
L
 
I
V
 
A
G
 
S
I
 
L
S
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
A
 
G
V
 
V
W
 
F
D
 
D
T
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
D
D
 
N
P
 
E
R
 
K
Q
 
V
A
 
A
D
 
D
Q
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
K
Q
 
K
V
 
L
M
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
P
E
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
N
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
V
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
E
 
S
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
F
 
I
N
 
G
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
|
M
P
 
Q
N
 
N
P
 
Q
V
 
V
F
 
A
I
 
L
D
 
S
T
 
V
F
 
F
K
 
K
R
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
M
P
 
P
F
|
F
S
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
N
 
S
T
 
T
I
 
I
L
 
Q
S
 
T
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
P
 
P
W
x
F
I
 
V
V
 
F
T
 
L
V
 
A
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
W
W
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
T
 
D
E
 
E
Q
 
K
G
 
D
I
 
V
L
 
I
M
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
A
K
 
D
A
 
S
R
 
Q
D
 
A
A
 
F
E
 
Q
R
 
R
E
 
K
D
 
A
T
 
S
R
 
R
R
 
Q
E
 
G
A
 
N
S
 
E
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
Y
L
 
L
K
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
A
E
 
E
V
 
F
S
 
S
P
 
T
D
 
E
E
 
E
I
 
R
Q
 
E
R
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
K
 
K
A
 
V
Q
 
A
P
 
P
A
 
I
I
 
V
Q
 
E
T
 
S
V
 
L
I
 
K
D
 
A
A
 
K
V
 
I
G
 
G
Q
 
K
E
 
E
L
 
T
F
 
V
D
 
E
Q
 
G
V
 
V
Q
 
L
A
 
D
E
 
A
V
 
A
E
 
K
K
 
K
A
 
A
A
 
S

7bcpA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with gluconate (see paper)
49% identity, 92% coverage: 28:337/338 of query aligns to 1:310/310 of 7bcpA

query
sites
7bcpA
D
 
D
I
 
I
R
 
K
P
 
P
R
 
R
M
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
|
G
L
|
L
N
 
A
E
 
D
D
 
D
S
 
S
N
 
P
Q
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
S
K
 
A
L
 
H
L
 
F
A
 
A
E
 
E
E
 
V
V
 
V
A
 
S
K
 
K
A
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
K
 
K
V
 
V
R
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
G
S
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
D
 
E
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
S
G
 
G
A
 
S
Q
 
G
E
 
E
M
 
I
M
 
T
V
x
F
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
A
T
 
P
L
 
I
V
 
A
G
 
S
I
 
L
S
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
A
 
G
V
 
V
W
 
F
D
 
D
T
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
D
D
 
N
P
 
E
R
 
K
Q
 
V
A
 
A
D
 
D
Q
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
K
Q
 
K
V
 
L
M
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
P
E
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
N
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
V
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
E
 
S
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
F
 
I
N
 
G
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
|
M
P
 
Q
N
 
N
P
 
Q
V
 
V
F
 
A
I
 
L
D
 
S
T
 
V
F
 
F
K
 
K
R
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
M
P
 
P
F
|
F
S
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
N
 
S
T
 
T
I
 
I
L
 
Q
S
 
T
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
P
 
P
W
x
F
I
 
V
V
 
F
T
 
L
V
 
A
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
W
W
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
T
 
D
E
 
E
Q
 
K
G
 
D
I
 
V
L
 
I
M
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
A
K
 
D
A
 
S
R
 
Q
D
 
A
A
 
F
E
 
Q
R
 
R
E
 
K
D
 
A
T
 
S
R
 
R
R
 
Q
E
 
G
A
 
N
S
 
E
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
Y
L
 
L
K
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
A
E
 
E
V
 
F
S
 
S
P
 
T
D
 
E
E
 
E
I
 
R
Q
 
E
R
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
K
 
K
A
 
V
Q
 
A
P
 
P
A
 
I
I
 
V
Q
 
E
T
 
S
V
 
L
I
 
K
D
 
A
A
 
K
V
 
I
G
 
G
Q
 
K
E
 
E
L
 
T
F
 
V
D
 
E
Q
 
G
V
 
V
Q
 
L
A
 
D
E
 
A
V
 
A
E
 
K
K
 
K
A
 
A
A
 
S

7bcoA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with d-foconate (see paper)
49% identity, 92% coverage: 28:337/338 of query aligns to 1:310/310 of 7bcoA

query
sites
7bcoA
D
 
D
I
 
I
R
 
K
P
 
P
R
 
R
M
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
|
G
L
|
L
N
 
A
E
 
D
D
 
D
S
 
S
N
 
P
Q
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
S
K
 
A
L
 
H
L
 
F
A
 
A
E
 
E
E
 
V
V
 
V
A
 
S
K
 
K
A
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
K
 
K
V
 
V
R
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
G
S
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
D
 
E
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
S
G
 
G
A
 
S
Q
 
G
E
 
E
M
 
I
M
 
T
V
x
F
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
A
T
 
P
L
 
I
V
 
A
G
 
S
I
 
L
S
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
A
 
G
V
 
V
W
 
F
D
 
D
T
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
D
D
 
N
P
 
E
R
 
K
Q
 
V
A
 
A
D
 
D
Q
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
K
Q
 
K
V
 
L
M
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
P
E
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
N
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
V
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
E
 
S
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
F
 
I
N
 
G
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
|
M
P
 
Q
N
 
N
P
 
Q
V
 
V
F
 
A
I
 
L
D
 
S
T
 
V
F
 
F
K
 
K
R
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
M
P
 
P
F
|
F
S
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
N
 
S
T
 
T
I
 
I
L
 
Q
S
 
T
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
P
 
P
W
x
F
I
 
V
V
 
F
T
 
L
V
 
A
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
W
W
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
T
 
D
E
 
E
Q
 
K
G
 
D
I
 
V
L
 
I
M
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
A
K
 
D
A
 
S
R
 
Q
D
 
A
A
 
F
E
 
Q
R
 
R
E
 
K
D
 
A
T
 
S
R
 
R
R
 
Q
E
 
G
A
 
N
S
 
E
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
Y
L
 
L
K
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
A
E
 
E
V
 
F
S
 
S
P
 
T
D
 
E
E
 
E
I
 
R
Q
 
E
R
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
K
 
K
A
 
V
Q
 
A
P
 
P
A
 
I
I
 
V
Q
 
E
T
 
S
V
 
L
I
 
K
D
 
A
A
 
K
V
 
I
G
 
G
Q
 
K
E
 
E
L
 
T
F
 
V
D
 
E
Q
 
G
V
 
V
Q
 
L
A
 
D
E
 
A
V
 
A
E
 
K
K
 
K
A
 
A
A
 
S

7bcnA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with xylonic acid (see paper)
49% identity, 92% coverage: 28:337/338 of query aligns to 1:310/310 of 7bcnA

query
sites
7bcnA
D
 
D
I
 
I
R
 
K
P
 
P
R
 
R
M
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
|
G
L
|
L
N
 
A
E
 
D
D
 
D
S
 
S
N
 
P
Q
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
S
K
 
A
L
 
H
L
 
F
A
 
A
E
 
E
E
 
V
V
 
V
A
 
S
K
 
K
A
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
K
 
K
V
 
V
R
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
G
S
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
D
 
E
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
S
G
 
G
A
 
S
Q
 
G
E
 
E
M
 
I
M
 
T
V
 
F
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
A
T
 
P
L
 
I
V
 
A
G
 
S
I
 
L
S
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
A
 
G
V
 
V
W
 
F
D
 
D
T
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
D
D
 
N
P
 
E
R
 
K
Q
 
V
A
 
A
D
 
D
Q
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
K
Q
 
K
V
 
L
M
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
P
E
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
N
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
V
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
E
 
S
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
F
 
I
N
 
G
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
|
M
P
 
Q
N
 
N
P
 
Q
V
 
V
F
 
A
I
 
L
D
 
S
T
 
V
F
 
F
K
 
K
R
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
M
P
 
P
F
|
F
S
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
N
 
S
T
 
T
I
 
I
L
 
Q
S
 
T
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
P
 
P
W
x
F
I
 
V
V
 
F
T
 
L
V
 
A
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
W
W
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
T
 
D
E
 
E
Q
 
K
G
 
D
I
 
V
L
 
I
M
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
A
K
 
D
A
 
S
R
 
Q
D
 
A
A
 
F
E
 
Q
R
 
R
E
 
K
D
 
A
T
 
S
R
 
R
R
 
Q
E
 
G
A
 
N
S
 
E
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
Y
L
 
L
K
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
A
E
 
E
V
 
F
S
 
S
P
 
T
D
 
E
E
 
E
I
 
R
Q
 
E
R
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
K
 
K
A
 
V
Q
 
A
P
 
P
A
 
I
I
 
V
Q
 
E
T
 
S
V
 
L
I
 
K
D
 
A
A
 
K
V
 
I
G
 
G
Q
 
K
E
 
E
L
 
T
F
 
V
D
 
E
Q
 
G
V
 
V
Q
 
L
A
 
D
E
 
A
V
 
A
E
 
K
K
 
K
A
 
A
A
 
S

7bbrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t (see paper)
50% identity, 91% coverage: 28:336/338 of query aligns to 2:310/310 of 7bbrA

query
sites
7bbrA
D
 
D
I
 
I
R
 
K
P
 
P
R
 
R
M
 
I
I
 
I
R
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
|
G
L
|
L
N
 
A
E
 
D
D
 
D
S
 
S
N
 
P
Q
 
T
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
S
K
 
A
L
 
H
L
 
F
A
 
A
E
 
E
E
 
V
V
 
V
A
 
S
K
 
K
A
 
L
S
 
S
G
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
M
K
 
K
V
 
V
R
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
G
S
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
P
D
|
D
D
 
E
Q
 
Q
M
 
L
Q
 
I
N
 
N
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
S
G
 
G
A
 
S
Q
 
G
E
 
E
M
 
I
M
 
T
V
x
F
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
A
T
 
P
L
 
I
V
 
A
G
 
S
I
 
L
S
 
I
K
 
P
E
 
E
M
 
F
A
 
G
V
 
V
W
 
F
D
 
D
T
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
D
D
 
N
P
 
E
R
 
K
Q
 
V
A
 
A
D
 
D
Q
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
E
G
 
G
R
 
K
Q
 
K
V
 
L
M
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
P
E
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
N
Y
 
Y
W
 
W
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
N
V
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
R
R
 
H
P
 
E
I
 
I
E
 
S
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
F
 
I
N
 
G
G
 
G
V
 
I
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
|
M
P
 
Q
N
 
N
P
 
Q
V
 
V
F
 
A
I
 
L
D
 
S
T
 
V
F
 
F
K
 
K
R
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
M
P
 
P
F
|
F
S
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
T
K
 
K
A
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
N
 
S
T
 
T
I
 
I
L
 
Q
S
 
T
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
P
Y
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
P
 
P
W
x
F
I
 
V
V
 
F
T
 
L
V
 
A
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
W
W
 
F
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
T
 
D
E
 
E
Q
 
K
G
 
D
I
 
V
L
 
I
M
 
T
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
A
K
 
D
A
 
S
R
 
Q
D
 
A
A
 
F
E
 
Q
R
 
R
E
 
K
D
 
A
T
 
S
R
 
R
R
 
Q
E
 
G
A
 
N
S
 
E
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
Y
L
 
L
K
 
K
E
 
E
R
 
H
G
 
N
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
A
E
 
E
V
 
F
S
 
S
P
 
T
D
 
E
E
 
E
I
 
R
Q
 
E
R
 
K
M
 
I
R
 
R
E
 
E
K
 
K
A
 
V
Q
 
A
P
 
P
A
 
I
I
 
V
Q
 
E
T
 
S
V
 
L
I
 
K
D
 
A
A
 
K
V
 
I
G
 
G
Q
 
K
E
 
E
L
 
T
F
 
V
D
 
E
Q
 
G
V
 
V
Q
 
L
A
 
D
E
 
A
V
 
A
E
 
K
K
 
K
A
 
A

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
39% identity, 88% coverage: 33:331/338 of query aligns to 3:299/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
M
 
I
I
 
L
R
 
K
F
 
I
G
 
G
Y
 
Y
G
x
T
L
 
P
N
 
P
E
 
K
D
 
D
S
 
S
N
 
H
Q
x
Y
G
 
G
R
 
V
A
 
G
A
 
A
K
 
T
L
 
T
L
 
F
A
 
C
E
 
D
E
 
E
V
 
V
A
 
E
K
 
K
A
 
G
S
 
T
G
 
Q
G
 
E
K
 
R
L
 
Y
K
 
K
V
 
C
R
 
Q
T
 
H
F
 
F
A
 
P
S
 
S
A
 
S
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
D
 
R
Q
 
E
M
 
M
Q
 
I
N
 
E
A
 
S
L
 
V
I
 
Q
G
 
L
G
 
G
A
 
T
Q
 
Q
E
 
D
M
 
L
M
 
V
V
 
N
G
 
T
S
|
S
T
 
T
A
 
G
T
 
P
L
 
L
V
 
G
G
 
N
I
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
R
V
 
I
W
 
V
D
 
D
T
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
R
D
 
D
P
 
Y
R
 
E
Q
 
H
A
 
A
D
 
R
Q
 
K
V
 
V
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
A
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
Q
 
D
V
 
L
M
 
L
D
 
K
K
 
K
L
 
M
E
 
Q
E
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
T
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
V
 
M
T
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
K
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
L
K
 
Q
L
 
A
E
 
S
D
 
D
F
 
A
N
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
V
R
|
R
V
 
T
M
|
M
P
 
E
N
 
N
P
 
K
V
 
V
F
 
H
I
 
M
D
 
D
T
 
G
F
 
Y
K
 
K
R
 
T
M
 
F
G
 
G
A
 
L
N
 
L
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
P
 
A
F
|
F
S
 
P
E
 
E
L
 
L
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
T
 
Q
K
 
G
A
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
I
N
 
P
T
 
V
I
 
I
L
 
L
S
 
S
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
S
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
W
 
A
I
 
V
V
 
L
T
 
I
V
 
L
S
 
S
K
 
S
R
 
R
W
 
V
W
 
W
D
 
D
G
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
E
T
 
A
E
 
D
Q
 
K
G
 
K
I
 
V
L
 
F
M
 
V
E
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
K
 
K
A
 
A
R
 
T
D
 
V
A
 
A
E
 
Q
R
 
R
E
 
K
D
 
R
T
 
V
R
 
N
R
 
D
E
 
D
A
 
E
S
 
A
Q
 
N
A
 
G
L
 
I
A
 
T
A
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
K
R
 
D
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
I
 
V
N
 
V
E
 
E
V
 
K
S
 
V
P
 
D
D
 
G
E
 
E
I
 
-
Q
 
-
R
 
S
M
 
F
R
 
R
E
 
K
K
 
A
A
 
V
Q
 
A
P
 
P
A
 
A
I
 
Y
Q
 
A
T
 
G
V
 
F
I
 
A
D
 
K
A
 
E
V
 
F
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
L
 
R
F
 
I
D
 
A
Q
 
A
V
 
I
Q
 
Q
A
 
A

4pdhA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_1871, target efi-510164) bound to d- erythronate (see paper)
41% identity, 75% coverage: 41:295/338 of query aligns to 11:265/301 of 4pdhA

query
sites
4pdhA
N
 
S
E
 
Q
D
 
N
S
 
S
N
 
H
Q
|
Q
G
 
G
R
 
V
A
 
A
A
 
I
K
 
D
L
 
T
L
 
F
A
 
A
E
 
K
E
 
E
V
 
V
A
 
E
K
 
K
A
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
Y
K
 
K
V
 
V
R
 
Q
T
 
T
F
 
F
A
 
Y
S
 
S
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
D
 
R
Q
 
E
M
 
S
Q
 
I
N
 
E
A
 
A
L
 
V
I
 
Q
G
 
L
G
 
G
A
 
T
Q
 
Q
E
 
E
M
 
L
M
 
A
V
 
F
G
 
S
S
|
S
T
 
T
A
 
G
T
 
P
L
 
V
V
 
P
G
 
N
I
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
K
V
 
I
W
 
L
D
 
D
T
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
R
D
 
D
P
 
K
R
 
A
Q
 
H
A
 
A
D
 
R
Q
 
A
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
Q
 
D
V
 
L
M
 
L
D
 
G
K
 
K
L
 
F
E
 
D
E
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
G
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
V
 
M
T
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
K
R
 
R
P
 
D
I
 
V
E
 
K
K
 
G
L
 
P
E
 
E
D
 
D
F
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
M
|
M
P
 
E
N
 
N
P
 
P
V
 
V
F
 
H
I
 
I
D
 
A
T
 
A
F
 
Y
K
 
K
R
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
I
A
 
T
V
 
T
P
 
P
L
 
M
P
 
A
F
|
F
S
 
P
E
 
E
L
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
T
 
Q
K
 
G
A
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
N
 
S
T
 
V
I
 
I
L
 
I
S
 
A
S
 
S
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
W
 
C
I
 
I
V
 
W
T
 
V
V
 
M
S
 
N
K
 
K
R
 
A
W
 
V
W
 
F
D
 
D
G
 
K
L
 
L
S
 
S
A
 
A
T
 
A
E
 
D
Q
 
K
G
 
Q
I
 
A
L
 
F
M
 
L
E
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
K
K
 
E
A
 
G
R
 
T
D
 
K
A
 
A
E
 
N
R
 
R
E
 
A
D
 
R
T
 
V
R
 
D
R
 
E
E
 
D
A
 
D
S
 
A
Q
 
K
A
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
D
L
 
L
K
 
R
E
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
M
Q
 
T
I
 
V

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
38% identity, 78% coverage: 34:295/338 of query aligns to 6:267/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
I
 
M
R
 
R
F
 
I
G
 
N
Y
 
I
G
 
S
L
 
T
N
 
A
E
 
Q
D
 
N
S
 
S
N
 
H
Q
|
Q
G
 
G
R
 
V
A
 
A
A
 
I
K
 
D
L
 
T
L
 
F
A
 
A
E
 
K
E
 
E
V
 
V
A
 
E
K
 
K
A
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
Y
K
 
K
V
 
V
R
 
Q
T
 
T
F
 
F
A
 
Y
S
 
N
A
 
A
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
A
D
x
E
D
 
R
Q
 
E
M
 
S
Q
 
V
N
 
E
A
 
A
L
 
V
I
 
Q
G
 
L
G
 
G
A
 
T
Q
 
H
E
 
E
M
 
L
M
 
T
V
 
F
G
 
S
S
|
S
T
 
S
A
 
G
T
 
P
L
 
I
V
 
P
G
 
N
I
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
K
V
 
I
W
 
L
D
 
D
T
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
R
D
 
D
P
 
K
R
 
A
Q
 
H
A
 
A
D
 
R
Q
 
A
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
Q
 
E
V
 
L
M
 
L
D
 
T
K
 
R
L
 
F
E
 
D
E
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
A
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
V
 
M
T
 
S
N
 
N
S
 
S
A
 
K
R
 
R
P
 
A
I
 
V
E
 
K
K
 
E
L
 
P
E
 
G
D
 
D
F
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
M
|
M
P
 
E
N
 
N
P
 
P
V
 
V
F
 
H
I
 
I
D
 
A
T
 
A
F
 
Y
K
 
K
R
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
V
A
 
T
V
 
T
P
 
P
L
 
M
P
 
A
F
|
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
T
 
Q
K
 
G
A
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
N
 
S
T
 
V
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
A
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
W
 
A
I
 
L
V
 
F
T
 
L
V
 
M
S
 
N
K
 
K
R
 
A
W
 
L
W
 
F
D
 
D
G
 
K
L
 
L
S
 
P
A
 
A
T
 
A
E
 
D
Q
 
Q
G
 
Q
I
 
A
L
 
F
M
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
R
K
 
Q
A
 
G
R
 
A
D
 
K
A
 
L
E
 
N
R
 
R
E
 
A
D
 
R
T
 
V
R
 
D
R
 
E
E
 
D
A
 
D
S
 
A
Q
 
K
A
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
D
L
 
L
K
 
R
E
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
M
Q
 
T
I
 
V

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
38% identity, 78% coverage: 34:295/338 of query aligns to 7:268/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
I
 
M
R
 
R
F
 
I
G
 
N
Y
 
I
G
 
S
L
x
T
N
 
A
E
 
Q
D
 
N
S
 
S
N
 
H
Q
|
Q
G
 
G
R
 
V
A
 
A
A
 
I
K
 
D
L
 
T
L
 
F
A
 
A
E
 
K
E
 
E
V
 
V
A
 
E
K
 
K
A
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
R
L
 
Y
K
 
K
V
 
V
R
 
Q
T
 
T
F
 
F
A
 
Y
S
 
N
A
 
A
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
A
D
x
E
D
 
R
Q
 
E
M
 
S
Q
 
V
N
 
E
A
 
A
L
 
V
I
 
Q
G
 
L
G
 
G
A
 
T
Q
 
H
E
 
E
M
 
L
M
 
T
V
 
F
G
 
S
S
|
S
T
 
S
A
 
G
T
 
P
L
 
I
V
 
P
G
 
N
I
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
K
V
 
I
W
 
L
D
 
D
T
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
R
D
 
D
P
 
K
R
 
A
Q
 
H
A
 
A
D
 
R
Q
 
A
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
Q
 
E
V
 
L
M
 
L
D
 
T
K
 
R
L
 
F
E
 
D
E
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
A
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
V
 
M
T
 
S
N
 
N
S
 
S
A
 
K
R
 
R
P
 
A
I
 
V
E
 
K
K
 
E
L
 
P
E
 
G
D
 
D
F
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
M
R
|
R
V
 
T
M
|
M
P
 
E
N
 
N
P
 
P
V
 
V
F
 
H
I
 
I
D
 
A
T
 
A
F
 
Y
K
 
K
R
 
G
M
 
F
G
 
G
A
 
I
N
 
V
A
 
T
V
 
T
P
 
P
L
 
M
P
 
A
F
|
F
S
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
T
 
Q
K
 
G
A
 
T
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
N
 
S
T
x
V
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
A
K
 
K
F
 
F
Y
 
D
E
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
P
W
 
A
I
 
L
V
 
F
T
 
L
V
 
M
S
 
N
K
 
K
R
 
A
W
 
L
W
 
F
D
 
D
G
 
K
L
 
L
S
 
P
A
 
A
T
 
A
E
 
D
Q
 
Q
G
 
Q
I
 
A
L
 
F
M
 
I
E
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
R
K
 
Q
A
 
G
R
 
A
D
 
K
A
 
L
E
 
N
R
 
R
E
 
A
D
 
R
T
 
V
R
 
D
R
 
E
E
 
D
A
 
D
S
 
A
Q
 
K
A
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
D
L
 
L
K
 
R
E
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
M
Q
 
T
I
 
V

4nq8B Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bordetella bronchispeptica (bb3421), target efi-510039, with density modeled as pantoate (see paper)
35% identity, 78% coverage: 34:298/338 of query aligns to 4:268/301 of 4nq8B

query
sites
4nq8B
I
 
L
R
 
K
F
 
M
G
 
A
Y
 
Y
G
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
T
D
 
S
S
 
S
N
 
H
Q
x
Y
G
 
G
R
 
A
A
 
G
A
 
A
K
 
E
L
 
A
L
 
F
A
 
A
E
 
K
E
 
S
V
 
I
A
 
E
K
 
G
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
Y
K
 
K
V
 
V
R
 
Q
T
 
Q
F
 
F
A
 
A
S
 
N
A
 
S
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
D
 
R
Q
 
E
M
 
V
Q
 
I
N
 
E
A
 
G
L
 
L
I
 
Q
G
 
I
G
 
G
A
 
T
Q
 
I
E
 
D
M
 
L
M
 
A
V
 
I
G
 
V
S
|
S
T
 
T
A
 
G
T
 
A
L
 
T
V
 
L
G
 
N
I
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
G
V
 
V
W
 
F
D
 
D
T
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
L
T
 
R
D
 
D
P
 
L
R
 
P
Q
 
H
A
 
A
D
 
R
Q
 
A
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
S
P
 
K
V
 
I
G
 
G
R
 
Q
Q
 
D
V
 
M
M
 
L
D
 
A
K
 
K
L
 
F
E
 
P
E
 
D
K
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
I
G
 
A
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
G
E
 
E
N
x
Q
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
V
 
L
T
 
T
N
 
N
S
 
N
A
 
V
R
 
R
P
 
P
I
 
V
E
 
K
K
 
T
L
 
P
E
 
A
D
 
D
F
 
A
N
 
K
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
T
M
x
T
P
 
E
N
 
N
P
 
P
V
 
I
F
 
H
I
 
I
D
 
T
T
 
A
F
 
F
K
 
R
R
 
Q
M
 
I
G
 
G
A
 
I
N
 
L
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
P
 
A
F
x
W
S
 
P
E
 
E
L
 
V
F
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
T
 
Q
K
 
G
A
 
T
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
N
 
S
T
x
V
I
 
I
L
 
T
S
 
S
S
 
A
K
 
K
F
 
L
Y
 
S
E
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
L
 
L
S
 
S
V
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
G
P
 
P
W
 
A
I
 
L
V
 
V
T
 
L
V
 
M
S
 
S
K
 
A
R
 
N
W
 
V
W
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
S
 
S
A
 
D
T
 
A
E
 
E
Q
 
K
G
 
A
I
 
S
L
 
F
M
 
K
E
 
A
A
 
A
A
 
G
E
 
K
K
 
D
A
 
S
R
 
A
D
 
Q
A
 
A
E
 
M
R
 
R
E
 
A
D
 
Y
T
 
V
R
 
D
R
 
N
E
 
I
A
 
E
S
 
Q
Q
 
T
A
 
G
L
 
V
A
 
E
A
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
K
R
 
E
G
 
G
M
 
M
Q
 
E
I
 
V
N
 
S
E
 
E
V
 
V

4xeqB Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio vulgaris (deval_0042, target efi-510114) bound to copurified (r)-pantoic acid
38% identity, 80% coverage: 44:312/338 of query aligns to 14:279/304 of 4xeqB

query
sites
4xeqB
S
 
S
N
 
A
Q
|
Q
G
 
Y
R
 
V
A
 
C
A
 
A
K
 
E
L
 
R
L
 
F
A
 
A
E
 
Q
E
 
L
V
 
L
A
 
A
K
 
E
A
 
R
S
 
S
G
 
D
G
 
K
K
 
R
L
 
F
K
 
N
V
 
V
R
 
V
T
 
L
F
 
H
A
 
H
S
 
S
A
 
A
S
 
S
L
 
L
G
 
G
S
 
T
D
x
E
D
 
T
Q
 
D
M
 
I
Q
 
L
N
 
Q
A
 
Q
L
 
V
I
 
Q
G
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
V
E
 
Q
M
 
M
M
 
A
V
 
I
G
 
V
S
x
T
T
 
T
A
 
G
T
 
T
L
 
L
V
 
D
G
 
A
I
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
M
A
 
A
V
 
A
W
 
L
D
 
D
T
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
T
D
 
D
P
 
T
R
 
T
Q
 
T
A
 
A
D
 
D
Q
 
R
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
R
 
R
Q
 
G
V
 
L
M
 
L
D
 
D
K
 
R
L
 
L
E
 
S
E
 
T
K
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
H
Y
 
F
W
 
S
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
H
V
 
L
T
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
I
R
 
R
P
 
P
I
 
V
E
 
M
K
 
T
L
 
P
E
 
D
D
 
D
F
 
V
N
 
R
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
V
M
|
M
P
 
E
N
 
S
P
 
Q
V
 
V
F
 
H
I
 
R
D
 
E
T
 
L
F
 
W
K
 
R
R
 
T
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
P
 
G
F
x
W
S
 
P
E
 
-
L
 
I
F
 
Y
T
 
A
A
 
E
L
 
L
E
 
Q
T
 
Q
K
 
G
A
 
T
V
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
L
N
x
W
T
x
V
I
 
I
L
 
A
S
 
E
S
 
Y
K
 
R
F
 
L
Y
 
N
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
L
T
 
T
N
 
G
H
 
H
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
P
 
T
W
x
H
I
 
T
V
 
D
T
 
L
V
 
A
S
 
N
K
 
L
R
 
A
W
 
W
W
 
F
D
 
E
G
 
A
L
 
L
S
 
P
A
 
A
T
 
N
E
 
D
Q
 
R
G
 
R
I
 
L
L
 
L
M
 
A
E
 
S
A
 
C
A
 
M
E
 
Q
K
 
D
A
 
A
R
 
A
D
 
L
A
 
W
E
 
Q
R
 
R
E
 
T
D
 
W
T
 
S
R
 
R
R
 
Q
E
 
R
A
 
D
S
 
A
Q
 
A
A
 
Y
L
 
L
A
 
E
A
 
Q
L
 
L
K
 
R
E
 
T
R
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
I
 
V
N
 
I
E
 
E
V
 
-
S
 
R
P
 
P
D
 
D
E
 
-
I
 
I
Q
 
A
R
 
T
M
 
F
R
 
R
E
 
Q
K
 
R
A
 
V
Q
 
Q
P
 
P

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
34% identity, 74% coverage: 49:299/338 of query aligns to 18:268/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
A
 
A
A
 
V
K
 
K
L
 
F
L
 
M
A
 
G
E
 
K
E
 
Q
V
 
L
A
 
A
K
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
K
 
G
V
 
V
R
 
K
T
 
V
F
 
F
A
 
P
S
 
N
A
 
G
S
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
D
x
E
D
 
K
Q
 
D
M
 
T
Q
 
I
N
 
E
A
 
Q
L
 
L
I
 
K
G
 
I
G
 
G
A
 
A
Q
 
L
E
 
D
M
 
M
M
 
M
V
x
R
G
 
I
S
x
N
T
 
S
A
 
S
T
 
P
L
 
L
V
 
N
G
 
N
I
 
F
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
T
A
 
V
V
 
A
W
 
L
D
 
C
T
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
V
F
 
F
T
 
R
D
 
D
P
 
T
R
 
Q
Q
 
H
A
 
M
D
 
R
Q
 
N
V
 
V
L
 
L
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
 
G
R
 
D
Q
 
E
V
 
I
M
 
L
D
 
A
K
 
A
L
 
M
E
 
E
E
 
P
K
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
A
Y
 
Y
W
 
Y
E
 
D
N
x
S
G
 
G
F
 
A
R
|
R
N
 
S
V
 
I
T
 
Y
N
 
T
S
 
V
A
 
K
R
 
A
P
 
P
I
 
V
E
 
K
K
 
S
L
 
L
E
 
A
D
 
D
F
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
L
K
 
K
L
 
I
R
|
R
V
 
V
M
x
Q
P
 
Q
N
 
S
P
 
D
V
 
L
F
 
W
I
 
V
D
 
G
T
 
M
F
 
I
K
 
Q
R
 
S
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
P
V
 
T
P
 
P
L
 
M
P
 
P
F
x
Y
S
 
G
E
 
E
L
 
V
F
 
Y
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
K
T
 
T
K
 
G
A
 
L
V
 
V
D
 
D
G
 
A
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
x
N
F
 
W
N
 
P
T
x
S
I
 
Y
L
 
E
S
 
S
S
 
S
K
 
R
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
A
Q
 
A
K
 
K
Y
 
F
L
 
Y
S
 
N
V
 
I
T
 
T
N
 
E
H
 
H
V
 
S
Y
 
L
S
 
A
P
 
P
W
x
E
I
 
V
V
 
L
T
 
V
V
 
M
S
 
S
K
 
K
R
 
K
W
 
V
W
 
W
D
 
D
G
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
K
T
 
E
E
 
D
Q
 
Q
G
 
A
I
 
L
L
 
V
M
 
R
E
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
K
K
 
D
A
 
S
R
 
V
D
 
P
A
 
V
E
 
M
R
 
R
E
 
K
-
 
L
-
 
W
D
 
D
T
 
E
R
 
R
R
 
E
E
 
Q
A
 
A
S
 
S
Q
 
R
A
 
-
L
 
-
A
 
K
A
 
A
L
 
V
K
 
E
E
 
A
R
 
A
G
 
G
M
 
V
Q
 
Q
I
 
V
N
 
V
E
 
T
V
 
V
S
 
A

Sites not aligning to the query:

4pbqA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from haemophilus influenzae rdaw (hicg_00826, target efi-510123) with bound l-gulonate (see paper)
34% identity, 80% coverage: 33:302/338 of query aligns to 3:269/304 of 4pbqA

query
sites
4pbqA
M
 
I
I
 
I
R
 
K
F
 
L
G
 
G
Y
 
H
G
 
-
L
x
Y
N
 
N
E
 
S
D
 
D
S
 
I
N
 
H
Q
 
P
G
 
S
R
 
H
A
 
I
A
 
A
-
 
L
-
 
Q
K
 
E
L
 
Y
L
 
F
A
 
K
E
 
K
E
 
T
V
 
I
A
 
E
K
 
N
A
 
E
S
 
T
G
 
N
G
 
H
K
 
K
L
 
Y
K
 
E
V
 
I
R
 
R
T
 
L
F
 
Y
A
 
P
S
 
N
A
 
N
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
G
D
x
E
D
 
D
Q
 
Q
M
 
I
Q
 
V
N
 
N
A
 
G
L
 
L
I
 
R
G
 
N
G
 
G
A
 
T
Q
 
I
E
 
E
M
 
-
M
 
-
V
 
A
G
 
G
S
 
I
T
 
T
A
x
G
T
x
L
L
|
L
V
 
L
-
 
Q
G
 
N
I
 
V
S
 
D
K
 
P
E
 
I
M
 
F
A
 
G
V
 
V
W
 
W
D
x
E
T
 
W
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
F
 
F
T
 
K
D
 
D
P
 
N
R
 
Q
Q
 
E
A
 
A
D
 
K
Q
 
K
V
 
V
L
 
L
D
 
E
G
 
S
P
 
P
V
 
I
G
 
A
R
 
N
Q
 
K
V
 
I
M
 
G
D
 
Q
K
 
K
L
 
M
E
 
E
E
 
K
K
 
Y
G
 
G
L
 
I
V
 
K
G
 
L
L
 
L
V
 
A
Y
 
Y
W
 
G
E
 
M
N
 
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
-
V
 
V
T
 
I
N
 
S
S
 
S
A
 
N
R
 
K
P
 
K
I
 
L
E
 
E
K
 
K
L
 
F
E
 
D
D
 
D
F
 
F
N
 
K
G
 
G
V
 
L
K
 
R
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
x
P
P
 
L
N
|
N
P
 
S
V
 
L
F
|
F
I
 
V
D
 
D
T
 
W
F
 
A
K
 
K
R
 
A
M
 
M
G
 
N
A
 
I
N
 
N
A
 
P
V
 
Q
P
 
S
L
 
M
P
 
P
F
x
L
S
 
S
E
 
E
L
 
V
F
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
Q
K
 
K
A
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
Y
N
 
M
T
 
L
I
 
I
L
 
K
S
 
D
S
 
S
K
 
G
F
 
L
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
L
 
I
S
 
I
V
 
Q
T
 
S
N
 
N
H
 
H
V
 
I
Y
 
F
S
 
S
P
 
P
W
 
G
I
 
L
V
 
L
T
 
Q
V
 
I
S
 
S
K
 
L
R
 
K
W
 
T
W
 
W
D
 
N
G
 
K
L
 
I
S
 
P
A
 
K
T
 
E
E
 
D
Q
 
Q
G
 
I
I
 
I
L
 
F
M
 
E
E
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
K
K
 
L
A
 
Y
R
 
Q
D
 
E
A
 
K
E
 
E
R
 
W
E
 
E
D
 
L
T
 
A
R
 
I
R
 
K
E
 
T
A
 
E
S
 
L
Q
 
E
A
 
V
L
 
K
A
 
D
A
 
Y
L
 
L
K
 
A
E
 
K
R
 
H
G
 
G
M
 
N
Q
 
E
I
 
I
N
 
-
E
 
-
V
 
I
S
 
V
P
 
P
D
 
S
E
 
E

4x8rA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_2138, target efi-510205) with bound glucuronate
34% identity, 67% coverage: 51:275/338 of query aligns to 23:247/304 of 4x8rA

query
sites
4x8rA
K
 
K
L
 
F
L
 
M
A
 
A
E
 
E
E
 
R
V
 
A
A
 
K
K
 
E
A
 
L
S
 
S
G
 
N
G
 
G
K
 
R
L
 
I
K
 
C
V
 
I
R
 
E
T
 
V
F
 
F
A
 
P
S
 
S
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
E
D
x
E
D
 
K
Q
 
D
M
 
T
Q
 
I
N
 
E
A
 
Q
L
 
T
I
 
Q
G
 
F
G
 
G
A
 
V
Q
 
I
E
 
D
M
 
M
M
 
V
V
x
R
G
 
A
S
|
S
T
 
F
A
 
G
T
 
S
L
 
F
V
 
N
G
 
D
I
 
I
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
A
A
 
Q
V
 
L
W
 
L
D
 
S
T
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
L
F
 
F
T
 
R
D
 
S
P
 
E
R
 
E
Q
 
H
A
 
L
D
 
H
Q
x
N
V
 
V
L
 
M
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
I
G
|
G
R
 
D
Q
 
E
V
 
L
M
 
A
D
 
K
K
 
A
L
 
F
E
|
E
E
 
A
K
 
K
G
 
D
L
 
L
V
 
I
G
 
A
L
 
V
V
 
A
Y
 
Y
W
 
Y
E
 
D
N
 
G
G
 
G
F
 
S
R
|
R
N
 
S
V
 
F
T
 
Y
N
 
N
S
 
S
A
 
Q
R
 
K
P
 
P
I
 
I
E
 
T
K
 
K
L
 
V
E
 
E
D
 
D
F
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
F
R
|
R
V
 
V
M
|
M
P
 
Q
N
 
S
P
 
D
V
 
V
F
 
F
I
 
V
D
 
D
T
 
M
F
 
M
K
 
S
R
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
T
P
 
P
L
 
M
P
 
P
F
x
Y
S
 
G
E
 
E
L
 
V
F
 
Y
T
 
S
A
 
S
L
 
I
E
 
Q
T
 
T
K
 
G
A
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
E
 
E
N
|
N
P
x
N
F
 
W
N
 
P
T
x
S
I
 
Y
L
 
D
S
 
S
S
 
S
K
 
G
F
 
H
Y
 
F
E
 
E
V
 
V
Q
 
A
K
 
K
Y
 
Y
L
 
Y
S
 
T
V
 
L
T
 
D
N
 
Q
H
 
H
V
 
L
Y
 
M
S
 
V
P
 
P
W
x
E
I
x
L
V
 
V
T
 
A
V
 
I
S
 
S
K
 
K
R
 
I
W
 
K
W
 
W
D
 
D
G
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
P
T
 
E
E
 
D
Q
 
Q
G
 
Q
I
 
V
L
 
L
M
 
R
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
K
 
E
A
 
S
R
 
E
D
 
P
A
 
V
E
 
Q
R
 
R
E
 
K

Sites not aligning to the query:

4p8bA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from ralstonia eutropha h16 (h16_a1328), target efi-510189, with bound (s)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((s)-2-acetolactate) (see paper)
30% identity, 86% coverage: 47:335/338 of query aligns to 18:313/314 of 4p8bA

query
sites
4p8bA
G
 
G
R
 
K
A
 
G
A
 
G
K
 
E
L
 
I
L
 
W
A
 
A
E
 
D
E
 
L
V
 
V
A
 
K
K
 
Q
A
 
R
S
 
T
G
 
N
G
 
G
K
 
R
L
 
I
K
 
N
V
 
I
R
 
K
T
 
L
F
 
Y
A
 
P
S
 
G
A
 
T
S
 
S
L
 
L
G
 
V
S
 
A
D
 
G
D
 
D
Q
|
Q
M
 
T
Q
 
R
-
 
E
-
 
F
N
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
R
G
 
Q
G
 
G
A
 
V
Q
 
I
E
 
D
M
 
M
M
 
A
V
 
V
G
 
G
S
|
S
T
 
T
A
 
I
T
x
N
L
 
W
V
 
S
G
 
P
I
 
Q
S
 
V
K
 
R
E
 
E
M
 
L
A
 
N
V
 
L
W
 
F
D
 
S
T
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
M
T
 
P
D
 
D
P
 
Y
R
 
K
Q
 
A
A
 
L
D
 
D
Q
 
A
V
 
L
L
 
T
D
 
Q
G
 
G
P
 
E
V
 
V
G
 
G
R
 
K
Q
 
S
V
 
I
M
 
F
D
 
A
K
 
T
L
 
L
E
 
E
E
 
K
K
 
A
G
 
G
L
 
V
V
 
V
G
 
P
L
 
L
V
 
A
Y
 
W
W
 
G
E
 
E
N
|
N
G
 
G
F
 
F
R
|
R
N
 
E
V
 
V
T
 
S
N
 
N
S
 
S
A
 
K
R
 
R
P
 
E
I
 
I
E
 
R
K
 
K
L
 
P
E
 
E
D
 
D
F
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
M
K
 
K
L
 
L
R
|
R
V
 
V
M
x
V
P
 
G
N
 
S
P
 
P
V
 
L
F
 
Y
I
 
I
D
 
E
T
 
T
F
 
F
K
 
N
R
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
A
 
P
V
 
T
P
 
Q
L
 
M
P
 
S
F
x
W
S
 
A
E
 
D
L
 
A
F
 
Q
T
 
P
A
 
A
L
 
M
E
 
A
T
 
S
K
 
G
A
 
A
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
F
 
Q
N
 
S
T
 
V
I
 
F
L
 
A
S
 
A
S
 
A
K
 
K
F
 
L
Y
 
Y
E
 
T
V
 
V
-
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
F
L
 
V
S
 
T
V
 
T
T
 
W
N
 
G
H
 
Y
V
 
V
Y
 
A
S
 
D
P
 
P
W
 
L
I
 
I
V
 
F
T
 
V
V
 
V
S
 
N
K
 
K
R
 
Q
W
 
I
W
 
W
D
 
E
G
 
S
L
 
W
S
 
T
A
 
P
T
 
A
E
 
D
Q
 
R
G
 
E
I
 
I
L
 
V
M
 
K
E
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
V
K
 
D
A
 
A
R
 
G
D
 
K
A
 
Q
E
 
E
-
 
I
-
 
A
-
 
L
-
 
A
R
 
R
E
 
K
D
 
G
T
 
L
R
 
A
R
 
E
E
 
P
A
 
G
S
 
A
Q
 
P
A
 
A
L
 
W
A
 
K
A
 
D
L
 
M
K
 
E
E
 
A
R
 
H
G
 
G
M
 
V
Q
 
K
I
 
V
N
 
T
E
 
H
V
 
L
S
 
T
P
 
P
D
 
A
E
 
E
I
 
H
Q
 
D
R
 
A
M
 
F
R
 
R
E
 
K
K
 
A
A
 
T
Q
 
A
P
 
K
A
 
V
I
 
Y
Q
 
D
T
 
K
V
 
W
I
 
K
D
 
K
A
 
Q
V
 
I
G
 
G
Q
 
T
E
 
D
L
 
L
F
 
V
D
 
T
Q
 
K
V
 
A
Q
 
E
A
 
G
E
 
A
V
 
I
E
 
A
K
 
K

Sites not aligning to the query:

4n8gA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_0660), target efi-501075, with bound d-alanine-d-alanine (see paper)
33% identity, 79% coverage: 57:322/338 of query aligns to 30:297/325 of 4n8gA

query
sites
4n8gA
V
 
V
A
 
E
K
 
E
A
 
K
S
 
T
G
 
D
G
 
G
K
 
D
L
 
I
K
 
Q
V
 
L
R
 
K
T
 
L
F
 
Y
A
 
P
S
 
N
A
 
S
S
 
M
L
 
L
G
 
G
S
 
E
D
 
E
D
 
Q
Q
 
E
M
 
R
Q
 
M
N
 
E
A
 
Q
L
 
V
I
 
I
G
 
N
G
 
T
A
 
P
Q
 
S
E
 
-
M
 
L
M
 
N
V
 
I
G
 
A
S
 
S
T
 
F
A
 
A
T
 
G
L
 
L
V
 
S
G
 
P
I
 
I
S
 
V
K
 
P
E
 
E
M
 
I
A
 
Y
V
 
V
W
 
S
D
 
A
T
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
T
 
E
D
 
D
P
 
Y
R
 
E
Q
 
A
A
 
A
D
 
H
Q
 
Q
V
 
F
L
 
F
D
 
D
-
 
E
G
 
G
P
 
D
V
 
Y
G
 
W
R
 
N
Q
 
K
V
 
V
M
 
E
D
 
D
K
 
T
L
 
L
E
 
E
E
 
E
K
 
R
G
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
E
L
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
I
Y
 
E
W
 
-
E
|
E
N
 
G
G
 
G
F
 
F
R
x
L
N
 
D
V
 
F
T
 
T
N
 
N
S
 
S
A
 
K
R
 
R
P
 
P
I
 
I
E
 
S
K
 
S
L
 
P
E
 
E
D
 
D
F
 
F
N
 
E
G
 
G
V
 
L
K
 
R
L
 
F
R
|
R
V
 
A
M
|
M
P
 
-
N
 
D
P
 
P
V
 
S
F
 
Q
I
 
V
D
 
A
T
 
L
F
 
Y
K
 
E
R
 
A
M
 
F
G
 
G
A
 
A
N
 
S
A
 
G
V
 
T
P
 
P
L
 
I
P
 
P
F
x
W
S
 
T
E
 
D
L
 
T
F
 
Y
T
 
M
A
 
A
L
 
L
E
 
K
T
 
T
K
 
N
A
 
V
V
 
A
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
M
N
|
N
P
|
P
F
 
P
N
 
M
T
x
Y
I
 
I