SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2099 FitnessBrowser__psRCH2:GFF2099 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

9dsyA Crystal structure of c4-dicarboxylate-binding periplasmic protein (pa5167) of tripartite atp-independent periplasmic transporter family from pseudomonas aeruginosa pao1 in complex with succinic acid
64% identity, 92% coverage: 23:325/330 of query aligns to 1:303/303 of 9dsyA

query
sites
9dsyA
P
 
P
I
 
I
V
 
V
I
 
I
K
 
K
F
 
F
S
 
S
H
 
H
V
 
V
V
 
V
A
 
A
D
 
E
D
x
H
T
 
T
P
 
P
K
 
K
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
L
 
L
M
 
L
F
 
F
K
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
V
E
 
E
E
 
E
R
 
R
L
 
L
A
 
P
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
R
 
K
V
 
V
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
P
 
P
N
 
N
S
 
S
T
 
S
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
G
T
 
K
E
 
E
L
 
M
E
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
L
N
 
L
D
 
G
E
 
D
V
 
V
Q
 
Q
L
 
I
L
 
I
A
 
A
P
 
P
S
 
S
L
 
L
A
 
A
K
 
K
F
 
F
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
T
 
T
K
 
K
Q
 
K
L
 
L
Q
 
Q
V
 
I
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
D
D
 
N
I
 
I
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
N
x
D
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
K
 
Q
R
 
S
A
 
P
K
 
Q
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
T
S
 
S
M
 
M
E
 
Q
D
 
D
K
 
K
N
 
G
I
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
L
A
 
G
Y
 
Y
W
 
W
H
|
H
N
 
N
G
 
G
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
A
 
A
T
 
N
R
 
K
M
 
P
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
P
 
P
S
 
K
D
 
D
A
 
A
S
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
F
R
 
R
I
 
V
Q
 
Q
P
 
A
S
 
S
A
 
K
V
 
V
L
 
L
E
 
E
A
 
E
Q
 
Q
F
 
F
G
 
K
T
 
A
V
 
V
G
 
R
A
 
A
S
 
N
T
 
P
Q
 
R
K
 
K
I
 
M
P
 
S
F
 
F
A
 
A
D
 
E
V
 
V
Y
 
Y
D
 
Q
A
 
G
L
 
L
R
 
Q
A
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
V
Q
 
N
G
 
G
A
 
T
E
 
E
N
 
N
P
 
P
W
 
W
S
 
S
N
 
N
I
 
I
Y
 
Y
S
 
S
K
 
Q
K
 
K
M
 
M
H
 
H
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
K
Y
 
Y
I
 
I
I
 
T
E
 
E
T
 
S
D
 
D
H
 
H
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Y
 
Y
M
 
M
V
 
V
V
 
I
S
 
T
N
 
N
T
 
T
R
 
K
F
 
F
W
 
W
M
 
N
G
 
G
M
 
L
P
 
P
H
 
E
K
 
D
I
 
V
R
 
R
F
 
G
E
 
V
L
 
L
E
 
A
A
 
K
I
 
T
L
 
M
D
 
D
E
 
E
V
 
V
S
 
T
F
 
V
M
 
E
V
 
V
N
 
N
R
 
K
E
 
Q
A
 
A
D
 
E
E
 
A
L
 
L
N
 
N
R
 
Q
A
 
G
D
 
D
R
 
K
E
 
Q
R
|
R
I
 
I
R
 
V
Q
 
E
A
 
A
G
 
K
T
 
T
S
 
S
E
 
E
I
 
I
V
 
I
A
 
E
L
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
E
 
A
R
 
E
W
 
W
R
 
R
E
 
K
A
 
A
M
 
M
R
 
Q
P
 
P
V
 
V
W
 
W
Q
 
K
Q
 
K
F
 
F
E
 
E
P
 
G
V
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
I
 
I
K
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
E
T
 
A
V
 
A
N
 
N

A3QCW5 C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein DctP from Shewanella loihica (strain ATCC BAA-1088 / PV-4) (see paper)
51% identity, 98% coverage: 1:325/330 of query aligns to 10:335/336 of A3QCW5

query
sites
A3QCW5
M
 
I
K
 
K
P
 
Q
I
 
I
I
 
V
T
 
K
L
 
M
A
 
T
G
 
S
V
 
I
L
 
A
L
 
A
A
 
L
L
 
L
-
 
G
A
 
A
S
 
S
A
 
L
C
 
N
A
 
S
Q
 
W
A
 
A
E
 
A
P
 
P
I
 
T
V
 
E
I
 
I
K
 
K
F
 
F
S
 
S
H
 
H
V
 
V
V
 
V
A
 
A
D
 
E
D
 
N
T
 
T
P
 
P
K
|
K
G
 
G
K
 
Q
G
 
M
A
 
A
L
 
L
M
 
K
F
 
F
K
 
K
R
 
Q
L
 
L
A
 
V
E
 
E
E
 
E
R
 
R
L
 
L
A
 
P
G
 
G
Q
 
E
V
 
Y
R
 
Q
V
 
V
E
 
N
V
 
V
Y
 
F
P
 
P
N
 
N
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
F
 
F
G
 
G
D
 
D
A
 
N
T
 
N
E
 
E
L
 
L
E
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
L
N
 
L
D
 
N
E
 
D
V
 
V
Q
 
Q
L
 
F
L
 
V
A
 
A
P
 
P
S
 
S
L
 
L
A
 
S
K
|
K
F
 
F
E
 
E
Q
 
R
Y
 
Y
T
 
T
K
 
K
Q
 
K
L
 
L
Q
 
Q
V
 
L
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
K
D
 
D
I
 
M
E
 
D
A
 
A
V
 
V
N
 
N
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
K
 
Q
R
 
S
A
 
D
K
 
A
G
 
G
K
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
R
 
N
S
 
S
M
 
M
E
 
K
D
 
R
K
 
K
N
 
G
I
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
G
Y
 
Y
W
 
L
H
 
H
N
 
N
G
 
G
M
 
M
K
 
K
Q
 
Q
L
 
F
S
 
S
A
 
A
T
 
S
R
 
S
M
 
P
L
 
L
R
 
V
Q
 
L
P
 
P
S
 
E
D
 
D
A
 
A
S
 
Q
G
 
G
L
 
K
S
 
K
F
 
F
R
|
R
I
 
I
Q
 
M
P
 
A
S
 
S
A
 
D
V
 
V
L
 
L
E
 
A
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
G
 
Q
T
 
A
V
 
V
G
 
E
A
 
A
S
 
I
T
 
P
Q
 
V
K
 
K
I
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
S
D
 
E
V
 
V
Y
 
F
D
 
T
A
 
L
L
 
L
R
 
Q
A
 
T
G
 
R
T
 
A
V
 
I
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
T
W
 
W
S
 
S
N
|
N
I
 
I
Y
 
Y
S
 
S
K
 
K
K
 
K
M
 
F
H
 
Y
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
S
Y
 
N
I
 
I
I
 
T
E
 
E
T
 
S
D
 
N
H
 
H
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
Y
|
Y
M
 
M
V
 
V
V
 
V
S
 
T
N
 
S
T
 
N
R
 
T
F
 
F
W
 
W
M
 
K
G
 
S
M
 
L
P
 
P
H
 
A
K
 
D
I
 
K
R
 
R
F
 
K
E
 
V
L
 
I
E
 
K
A
 
A
I
 
S
L
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
A
S
 
I
F
 
A
M
 
Y
V
 
G
N
 
N
R
 
E
E
 
I
A
 
A
D
 
A
E
 
A
L
 
K
N
 
V
R
 
N
A
 
K
D
 
D
R
 
K
E
 
Q
R
 
A
I
 
I
R
 
I
Q
 
D
A
 
S
G
 
K
T
 
R
S
 
S
E
 
E
I
 
V
V
 
T
A
 
Y
L
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
E
 
A
R
 
A
W
 
W
R
 
V
E
 
N
A
 
A
M
 
M
R
 
K
P
 
P
V
 
V
W
 
W
Q
 
A
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
P
 
D
V
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
D
I
 
L
I
 
I
K
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
V
T
 
A
V
 
S
N
 
N

7bcrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with galactonate (see paper)
27% identity, 91% coverage: 22:320/330 of query aligns to 3:301/310 of 7bcrA

query
sites
7bcrA
E
 
K
P
 
P
I
 
R
V
 
I
I
 
I
K
 
R
F
 
F
S
 
G
H
 
Y
V
x
G
V
x
L
A
 
A
D
 
D
D
 
D
T
 
S
P
 
P
K
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
A
A
 
S
L
 
A
M
 
H
F
 
F
K
 
A
R
 
E
L
 
V
A
 
V
E
 
S
E
 
K
R
 
L
L
 
S
A
 
D
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
R
 
K
V
 
V
E
 
K
V
 
T
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
S
 
G
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
P
D
|
D
A
 
E
T
 
Q
E
 
L
L
 
I
E
 
N
A
 
S
L
 
L
R
 
I
N
 
S
D
 
G
E
 
S
V
 
G
Q
 
E
L
 
I
L
 
T
A
 
F
P
 
V
S
|
S
L
 
T
A
 
A
K
 
P
F
 
I
E
 
A
Q
 
S
Y
 
L
T
 
I
K
 
P
Q
 
E
L
 
F
Q
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
D
D
 
N
I
 
E
E
 
K
A
 
V
V
 
A
N
 
D
R
 
T
F
 
V
Q
 
L
K
 
D
R
 
G
A
 
P
K
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
D
S
 
K
M
 
L
E
 
P
D
 
A
K
 
K
N
 
G
I
 
L
T
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
N
Y
 
Y
W
 
W
H
 
E
N
|
N
G
 
G
M
 
F
K
x
R
Q
 
N
L
 
I
S
 
T
A
 
N
T
 
S
R
 
R
M
 
H
-
 
E
L
 
I
R
 
S
Q
 
K
P
 
L
S
 
D
D
 
D
A
 
I
S
 
G
G
 
G
L
 
I
S
 
K
F
 
L
R
|
R
I
 
V
Q
x
M
P
 
Q
S
 
N
A
 
Q
V
 
V
L
 
A
E
 
L
A
 
S
Q
 
V
F
 
F
G
 
K
T
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
N
T
 
A
Q
 
I
K
 
P
I
 
M
P
 
P
F
|
F
A
 
T
D
 
E
V
 
L
Y
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
L
S
 
S
N
 
T
I
 
I
Y
 
Q
S
 
T
K
 
S
K
 
K
M
 
F
H
 
Y
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
I
 
L
I
 
T
E
 
L
T
 
S
D
 
N
H
 
H
G
 
V
V
 
Y
L
 
T
D
 
P
Y
x
F
M
 
V
V
 
F
V
 
L
S
 
A
N
 
S
T
 
K
R
 
K
F
 
W
W
 
F
M
 
D
G
 
Q
M
 
L
P
 
S
H
 
Q
K
 
D
I
 
E
R
 
K
F
 
D
E
 
V
L
 
I
-
 
T
E
 
Q
A
 
A
I
 
A
L
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
Q
S
 
A
F
 
F
M
 
-
V
 
-
N
 
Q
R
 
R
E
 
K
A
 
A
D
 
S
E
 
R
L
 
Q
N
 
G
R
 
N
A
 
E
D
 
D
R
 
A
E
 
L
R
 
K
I
 
Y
R
 
L
Q
 
K
A
 
E
G
 
H
T
 
N
S
 
V
E
 
K
I
 
V
V
 
A
A
 
E
L
 
F
S
 
S
P
 
T
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
E
R
 
K
W
 
I
R
 
R
E
 
E
A
 
K
M
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
I
W
 
V
Q
 
E
Q
 
S
F
 
L
E
 
K
P
 
A
V
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
E
I
 
T
I
 
V
K
 
E
A
 
G

7bcpA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with gluconate (see paper)
27% identity, 91% coverage: 22:320/330 of query aligns to 3:301/310 of 7bcpA

query
sites
7bcpA
E
 
K
P
 
P
I
 
R
V
 
I
I
 
I
K
 
R
F
 
F
S
 
G
H
 
Y
V
x
G
V
x
L
A
 
A
D
 
D
D
 
D
T
 
S
P
 
P
K
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
A
A
 
S
L
 
A
M
 
H
F
 
F
K
 
A
R
 
E
L
 
V
A
 
V
E
 
S
E
 
K
R
 
L
L
 
S
A
 
D
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
R
 
K
V
 
V
E
 
K
V
 
T
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
S
 
G
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
P
D
|
D
A
 
E
T
 
Q
E
 
L
L
 
I
E
 
N
A
 
S
L
 
L
R
 
I
N
 
S
D
 
G
E
 
S
V
 
G
Q
 
E
L
 
I
L
 
T
A
x
F
P
 
V
S
|
S
L
 
T
A
 
A
K
 
P
F
 
I
E
 
A
Q
 
S
Y
 
L
T
 
I
K
 
P
Q
 
E
L
 
F
Q
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
D
D
 
N
I
 
E
E
 
K
A
 
V
V
 
A
N
 
D
R
 
T
F
 
V
Q
 
L
K
 
D
R
 
G
A
 
P
K
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
D
S
 
K
M
 
L
E
 
P
D
 
A
K
 
K
N
 
G
I
 
L
T
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
N
Y
 
Y
W
 
W
H
 
E
N
|
N
G
 
G
M
 
F
K
x
R
Q
 
N
L
 
I
S
 
T
A
 
N
T
 
S
R
 
R
M
 
H
-
 
E
L
 
I
R
 
S
Q
 
K
P
 
L
S
 
D
D
 
D
A
 
I
S
 
G
G
 
G
L
 
I
S
 
K
F
 
L
R
|
R
I
 
V
Q
x
M
P
 
Q
S
 
N
A
 
Q
V
 
V
L
 
A
E
 
L
A
 
S
Q
 
V
F
 
F
G
 
K
T
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
N
T
 
A
Q
 
I
K
 
P
I
 
M
P
 
P
F
|
F
A
 
T
D
 
E
V
 
L
Y
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
L
S
 
S
N
 
T
I
 
I
Y
 
Q
S
 
T
K
 
S
K
 
K
M
 
F
H
 
Y
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
I
 
L
I
 
T
E
 
L
T
 
S
D
 
N
H
 
H
G
 
V
V
 
Y
L
 
T
D
 
P
Y
x
F
M
 
V
V
 
F
V
 
L
S
 
A
N
 
S
T
 
K
R
 
K
F
 
W
W
 
F
M
 
D
G
 
Q
M
 
L
P
 
S
H
 
Q
K
 
D
I
 
E
R
 
K
F
 
D
E
 
V
L
 
I
-
 
T
E
 
Q
A
 
A
I
 
A
L
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
Q
S
 
A
F
 
F
M
 
-
V
 
-
N
 
Q
R
 
R
E
 
K
A
 
A
D
 
S
E
 
R
L
 
Q
N
 
G
R
 
N
A
 
E
D
 
D
R
 
A
E
 
L
R
 
K
I
 
Y
R
 
L
Q
 
K
A
 
E
G
 
H
T
 
N
S
 
V
E
 
K
I
 
V
V
 
A
A
 
E
L
 
F
S
 
S
P
 
T
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
E
R
 
K
W
 
I
R
 
R
E
 
E
A
 
K
M
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
I
W
 
V
Q
 
E
Q
 
S
F
 
L
E
 
K
P
 
A
V
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
E
I
 
T
I
 
V
K
 
E
A
 
G

7bcoA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with d-foconate (see paper)
27% identity, 91% coverage: 22:320/330 of query aligns to 3:301/310 of 7bcoA

query
sites
7bcoA
E
 
K
P
 
P
I
 
R
V
 
I
I
 
I
K
 
R
F
 
F
S
 
G
H
 
Y
V
 
G
V
x
L
A
 
A
D
 
D
D
 
D
T
 
S
P
 
P
K
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
A
A
 
S
L
 
A
M
 
H
F
 
F
K
 
A
R
 
E
L
 
V
A
 
V
E
 
S
E
 
K
R
 
L
L
 
S
A
 
D
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
R
 
K
V
 
V
E
 
K
V
 
T
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
S
 
G
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
P
D
|
D
A
 
E
T
 
Q
E
 
L
L
 
I
E
 
N
A
 
S
L
 
L
R
 
I
N
 
S
D
 
G
E
 
S
V
 
G
Q
 
E
L
 
I
L
 
T
A
 
F
P
 
V
S
|
S
L
 
T
A
 
A
K
 
P
F
 
I
E
 
A
Q
 
S
Y
 
L
T
 
I
K
 
P
Q
 
E
L
 
F
Q
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
D
D
 
N
I
 
E
E
 
K
A
 
V
V
 
A
N
 
D
R
 
T
F
 
V
Q
 
L
K
 
D
R
 
G
A
 
P
K
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
D
S
 
K
M
 
L
E
 
P
D
 
A
K
 
K
N
 
G
I
 
L
T
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
N
Y
 
Y
W
 
W
H
 
E
N
|
N
G
 
G
M
 
F
K
x
R
Q
 
N
L
 
I
S
 
T
A
 
N
T
 
S
R
 
R
M
 
H
-
 
E
L
 
I
R
 
S
Q
 
K
P
 
L
S
 
D
D
 
D
A
 
I
S
 
G
G
 
G
L
 
I
S
 
K
F
 
L
R
|
R
I
 
V
Q
x
M
P
 
Q
S
 
N
A
 
Q
V
 
V
L
 
A
E
 
L
A
 
S
Q
 
V
F
 
F
G
 
K
T
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
N
T
 
A
Q
 
I
K
 
P
I
 
M
P
 
P
F
|
F
A
 
T
D
 
E
V
 
L
Y
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
L
S
 
S
N
 
T
I
 
I
Y
 
Q
S
 
T
K
 
S
K
 
K
M
 
F
H
 
Y
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
I
 
L
I
 
T
E
 
L
T
 
S
D
 
N
H
 
H
G
 
V
V
 
Y
L
 
T
D
 
P
Y
 
F
M
 
V
V
 
F
V
 
L
S
 
A
N
 
S
T
 
K
R
 
K
F
 
W
W
 
F
M
 
D
G
 
Q
M
 
L
P
 
S
H
 
Q
K
 
D
I
 
E
R
 
K
F
 
D
E
 
V
L
 
I
-
 
T
E
 
Q
A
 
A
I
 
A
L
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
Q
S
 
A
F
 
F
M
 
-
V
 
-
N
 
Q
R
 
R
E
 
K
A
 
A
D
 
S
E
 
R
L
 
Q
N
 
G
R
 
N
A
 
E
D
 
D
R
 
A
E
 
L
R
 
K
I
 
Y
R
 
L
Q
 
K
A
 
E
G
 
H
T
 
N
S
 
V
E
 
K
I
 
V
V
 
A
A
 
E
L
 
F
S
 
S
P
 
T
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
E
R
 
K
W
 
I
R
 
R
E
 
E
A
 
K
M
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
I
W
 
V
Q
 
E
Q
 
S
F
 
L
E
 
K
P
 
A
V
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
E
I
 
T
I
 
V
K
 
E
A
 
G

7bcnA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t in complex with xylonic acid (see paper)
27% identity, 91% coverage: 22:320/330 of query aligns to 3:301/310 of 7bcnA

query
sites
7bcnA
E
 
K
P
 
P
I
 
R
V
 
I
I
 
I
K
 
R
F
 
F
S
 
G
H
 
Y
V
 
G
V
 
L
A
 
A
D
 
D
D
 
D
T
 
S
P
 
P
K
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
A
A
 
S
L
 
A
M
 
H
F
 
F
K
 
A
R
 
E
L
 
V
A
 
V
E
 
S
E
 
K
R
 
L
L
 
S
A
 
D
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
R
 
K
V
 
V
E
 
K
V
 
T
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
S
 
G
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
P
D
|
D
A
 
E
T
 
Q
E
 
L
L
 
I
E
 
N
A
 
S
L
 
L
R
 
I
N
 
S
D
 
G
E
 
S
V
 
G
Q
 
E
L
 
I
L
 
T
A
 
F
P
 
V
S
|
S
L
 
T
A
 
A
K
 
P
F
 
I
E
 
A
Q
 
S
Y
 
L
T
 
I
K
 
P
Q
 
E
L
 
F
Q
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
D
D
 
N
I
 
E
E
 
K
A
 
V
V
 
A
N
 
D
R
 
T
F
 
V
Q
 
L
K
 
D
R
 
G
A
 
P
K
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
D
S
 
K
M
 
L
E
 
P
D
 
A
K
 
K
N
 
G
I
 
L
T
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
N
Y
 
Y
W
 
W
H
 
E
N
|
N
G
 
G
M
 
F
K
x
R
Q
 
N
L
 
I
S
 
T
A
 
N
T
 
S
R
 
R
M
 
H
-
 
E
L
 
I
R
 
S
Q
 
K
P
 
L
S
 
D
D
 
D
A
 
I
S
 
G
G
 
G
L
 
I
S
 
K
F
 
L
R
|
R
I
 
V
Q
x
M
P
 
Q
S
 
N
A
 
Q
V
 
V
L
 
A
E
 
L
A
 
S
Q
 
V
F
 
F
G
 
K
T
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
N
T
 
A
Q
 
I
K
 
P
I
 
M
P
 
P
F
|
F
A
 
T
D
 
E
V
 
L
Y
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
L
S
 
S
N
 
T
I
 
I
Y
 
Q
S
 
T
K
 
S
K
 
K
M
 
F
H
 
Y
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
I
 
L
I
 
T
E
 
L
T
 
S
D
 
N
H
 
H
G
 
V
V
 
Y
L
 
T
D
 
P
Y
x
F
M
 
V
V
 
F
V
 
L
S
 
A
N
 
S
T
 
K
R
 
K
F
 
W
W
 
F
M
 
D
G
 
Q
M
 
L
P
 
S
H
 
Q
K
 
D
I
 
E
R
 
K
F
 
D
E
 
V
L
 
I
-
 
T
E
 
Q
A
 
A
I
 
A
L
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
Q
S
 
A
F
 
F
M
 
-
V
 
-
N
 
Q
R
 
R
E
 
K
A
 
A
D
 
S
E
 
R
L
 
Q
N
 
G
R
 
N
A
 
E
D
 
D
R
 
A
E
 
L
R
 
K
I
 
Y
R
 
L
Q
 
K
A
 
E
G
 
H
T
 
N
S
 
V
E
 
K
I
 
V
V
 
A
A
 
E
L
 
F
S
 
S
P
 
T
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
E
R
 
K
W
 
I
R
 
R
E
 
E
A
 
K
M
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
I
W
 
V
Q
 
E
Q
 
S
F
 
L
E
 
K
P
 
A
V
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
E
I
 
T
I
 
V
K
 
E
A
 
G

7bbrA Crystal structure of the sugar acid binding protein dctpam from advenella mimigardefordensis strain dpn7t (see paper)
27% identity, 91% coverage: 22:320/330 of query aligns to 4:302/310 of 7bbrA

query
sites
7bbrA
E
 
K
P
 
P
I
 
R
V
 
I
I
 
I
K
 
R
F
 
F
S
 
G
H
 
Y
V
x
G
V
x
L
A
 
A
D
 
D
D
 
D
T
 
S
P
 
P
K
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
A
A
 
S
L
 
A
M
 
H
F
 
F
K
 
A
R
 
E
L
 
V
A
 
V
E
 
S
E
 
K
R
 
L
L
 
S
A
 
D
G
 
G
Q
 
K
V
 
M
R
 
K
V
 
V
E
 
K
V
 
T
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
S
 
G
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
P
D
|
D
A
 
E
T
 
Q
E
 
L
L
 
I
E
 
N
A
 
S
L
 
L
R
 
I
N
 
S
D
 
G
E
 
S
V
 
G
Q
 
E
L
 
I
L
 
T
A
 
F
P
 
V
S
|
S
L
 
T
A
 
A
K
 
P
F
 
I
E
 
A
Q
 
S
Y
 
L
T
 
I
K
 
P
Q
 
E
L
 
F
Q
 
G
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
D
D
 
N
I
 
E
E
 
K
A
 
V
V
 
A
N
 
D
R
 
T
F
 
V
Q
 
L
K
 
D
R
 
G
A
 
P
K
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
D
S
 
K
M
 
L
E
 
P
D
 
A
K
 
K
N
 
G
I
 
L
T
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
N
Y
 
Y
W
 
W
H
 
E
N
|
N
G
 
G
M
 
F
K
x
R
Q
 
N
L
 
I
S
 
T
A
 
N
T
 
S
R
 
R
M
 
H
-
 
E
L
 
I
R
 
S
Q
 
K
P
 
L
S
 
D
D
 
D
A
 
I
S
 
G
G
 
G
L
 
I
S
 
K
F
 
L
R
|
R
I
 
V
Q
x
M
P
 
Q
S
 
N
A
 
Q
V
 
V
L
 
A
E
 
L
A
 
S
Q
 
V
F
 
F
G
 
K
T
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
N
T
 
A
Q
 
I
K
 
P
I
 
M
P
 
P
F
|
F
A
 
T
D
 
E
V
 
L
Y
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
E
A
 
T
G
 
K
T
 
T
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
L
S
 
S
N
 
T
I
 
I
Y
 
Q
S
 
T
K
 
S
K
 
K
M
 
F
H
 
Y
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
I
 
L
I
 
T
E
 
L
T
 
S
D
 
N
H
 
H
G
 
V
V
 
Y
L
 
T
D
 
P
Y
 
F
M
 
V
V
 
F
V
 
L
S
 
A
N
 
S
T
 
K
R
 
K
F
 
W
W
 
F
M
 
D
G
 
Q
M
 
L
P
 
S
H
 
Q
K
 
D
I
 
E
R
 
K
F
 
D
E
 
V
L
 
I
-
 
T
E
 
Q
A
 
A
I
 
A
L
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
Q
S
 
A
F
 
F
M
 
-
V
 
-
N
 
Q
R
 
R
E
 
K
A
 
A
D
 
S
E
 
R
L
 
Q
N
 
G
R
 
N
A
 
E
D
 
D
R
 
A
E
 
L
R
 
K
I
 
Y
R
 
L
Q
 
K
A
 
E
G
 
H
T
 
N
S
 
V
E
 
K
I
 
V
V
 
A
A
 
E
L
 
F
S
 
S
P
 
T
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
E
R
 
K
W
 
I
R
 
R
E
 
E
A
 
K
M
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
I
W
 
V
Q
 
E
Q
 
S
F
 
L
E
 
K
P
 
A
V
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
K
D
 
E
I
 
T
I
 
V
K
 
E
A
 
G

4p8bA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from ralstonia eutropha h16 (h16_a1328), target efi-510189, with bound (s)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((s)-2-acetolactate) (see paper)
27% identity, 90% coverage: 27:322/330 of query aligns to 6:308/314 of 4p8bA

query
sites
4p8bA
K
 
K
F
 
M
S
 
S
H
 
L
V
 
V
V
 
L
A
 
G
D
 
P
D
 
A
T
 
F
P
 
P
K
x
W
G
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
G
L
 
E
M
 
I
F
 
W
K
 
A
R
 
D
L
 
L
A
 
V
E
 
K
E
 
Q
R
 
R
L
 
T
A
 
N
G
 
G
Q
 
R
V
 
I
R
 
N
V
 
I
E
 
K
V
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
G
S
 
T
T
 
S
L
 
L
F
 
V
-
 
A
G
 
G
D
 
D
A
x
Q
T
 
T
-
 
R
E
 
E
L
 
F
E
 
S
A
 
A
L
 
I
R
 
R
N
 
Q
D
 
G
E
 
V
V
 
I
Q
 
D
L
 
M
L
 
A
A
 
V
P
 
G
S
 
S
L
 
T
A
 
I
K
 
N
F
 
W
E
 
S
Q
 
P
Y
 
Q
T
 
V
K
 
R
Q
 
E
L
 
L
Q
 
N
V
 
L
F
 
F
D
 
S
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
M
D
 
P
D
 
D
I
 
Y
E
 
K
A
 
A
V
 
L
N
 
D
R
 
A
F
 
L
Q
 
T
K
 
Q
R
 
G
A
 
E
K
 
V
G
 
G
K
 
K
Q
 
S
L
 
I
L
 
F
R
 
A
S
 
T
M
 
L
E
 
E
D
 
K
K
 
A
N
 
G
I
 
V
T
 
V
G
 
P
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
G
H
 
E
N
 
N
G
 
G
M
 
F
K
x
R
Q
 
E
L
 
V
S
 
S
-
 
N
A
 
S
T
 
K
R
 
R
M
 
E
L
 
I
R
 
R
Q
 
K
P
 
P
S
 
E
D
 
D
A
 
L
S
 
K
G
 
G
L
 
M
S
 
K
F
 
L
R
|
R
I
 
V
Q
 
V
P
 
G
S
 
S
A
 
P
V
 
L
L
 
Y
E
 
I
A
 
E
Q
 
T
F
 
F
G
 
N
T
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
N
T
 
P
Q
 
T
K
 
Q
I
 
M
P
 
S
F
 
W
A
 
A
D
 
D
V
 
A
Y
 
Q
D
 
P
A
 
A
L
 
M
R
 
A
A
 
S
G
 
G
T
 
A
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
Q
S
 
S
N
 
V
I
 
F
Y
 
A
S
 
A
K
 
A
K
 
K
M
 
L
H
 
Y
T
 
T
V
 
V
Q
 
G
P
 
Q
Y
 
K
I
 
F
I
 
V
E
 
T
T
 
T
D
 
W
H
 
G
G
 
Y
V
 
V
L
 
A
D
 
D
Y
 
P
M
 
L
V
 
I
-
 
F
V
 
V
S
 
V
N
 
N
T
 
K
R
 
Q
F
 
I
W
 
W
M
 
E
G
 
S
-
 
W
M
 
T
P
 
P
H
 
A
K
 
D
I
 
R
R
 
E
F
 
I
E
 
V
L
 
K
E
 
Q
A
 
A
I
 
A
L
 
V
D
 
D
-
 
A
-
 
G
E
 
K
V
 
Q
S
 
E
F
 
I
M
 
A
V
 
L
N
 
A
R
 
R
E
 
K
A
 
G
D
 
L
E
 
A
L
 
E
N
 
P
R
 
G
A
 
A
D
 
P
R
 
A
E
 
W
R
 
K
I
 
D
R
 
M
Q
 
E
A
 
A
G
 
H
T
 
G
S
 
V
E
 
K
I
 
V
V
 
T
A
 
H
L
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
A
E
 
E
R
 
H
E
 
D
R
 
A
W
 
F
R
 
R
E
 
K
A
 
A
M
 
T
R
 
A
P
 
K
V
 
V
W
 
Y
Q
 
D
Q
 
K
F
 
W
E
 
K
P
 
K
V
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
T
D
 
D
I
 
L
I
 
V
K
 
T
A
 
K
A
 
A
E
 
E

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
26% identity, 91% coverage: 25:324/330 of query aligns to 3:300/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
V
 
I
I
 
L
K
 
K
F
 
I
S
 
G
H
 
Y
V
x
T
V
 
P
A
 
P
D
 
K
D
 
D
T
 
S
P
 
H
K
x
Y
G
 
G
K
 
V
G
 
G
A
 
A
L
 
T
M
 
T
F
 
F
K
 
C
R
 
D
L
 
E
A
 
V
E
 
E
E
 
K
R
 
G
L
 
T
A
 
Q
G
 
E
Q
 
R
V
 
Y
R
 
K
V
 
C
E
 
Q
V
 
H
Y
 
F
P
 
P
N
 
S
S
 
S
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
G
D
x
E
A
 
R
T
 
E
E
 
M
L
 
I
E
 
E
A
 
S
L
 
V
R
 
Q
N
 
L
D
 
G
E
 
T
V
 
Q
Q
 
D
L
 
L
L
 
V
A
 
N
P
 
T
S
 
S
L
 
T
A
 
G
K
 
P
F
 
L
E
 
G
Q
 
N
Y
 
F
T
 
V
K
 
P
Q
 
E
L
 
T
Q
 
R
V
 
I
F
 
V
D
 
D
L
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
D
 
D
I
 
Y
E
 
E
A
 
H
V
 
A
N
 
R
R
 
K
F
 
V
Q
 
M
K
 
D
R
 
G
A
 
A
K
 
I
G
 
G
K
 
Q
Q
 
D
L
 
L
L
 
L
R
 
K
S
 
K
M
 
M
E
 
Q
D
 
A
K
 
K
N
 
G
I
 
L
T
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
T
H
 
E
N
|
N
G
 
G
M
 
F
K
x
R
Q
 
H
L
 
M
S
 
T
-
 
N
A
 
S
T
 
K
R
 
R
M
 
P
L
 
I
R
 
L
Q
 
Q
P
 
A
S
 
S
D
 
D
A
 
A
S
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
V
R
|
R
I
 
T
Q
x
M
P
 
E
S
 
N
A
 
K
V
 
V
L
 
H
E
 
M
A
 
D
Q
 
G
F
 
Y
G
 
K
T
 
T
V
 
F
G
 
G
A
 
L
S
 
L
T
 
P
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
A
F
|
F
A
 
P
D
 
E
V
 
L
Y
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
I
S
 
P
N
 
V
I
 
I
Y
 
L
S
 
S
K
 
S
K
 
K
M
 
F
H
 
S
T
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
P
 
K
Y
 
H
I
 
L
I
 
S
E
 
L
T
 
T
D
 
G
H
 
H
G
 
V
V
 
Y
L
 
S
D
 
P
Y
 
A
M
 
V
V
 
L
V
 
I
S
 
L
N
 
S
T
 
S
R
 
R
F
 
V
W
 
W
M
 
D
G
 
K
M
 
L
P
 
S
H
 
E
K
 
A
I
 
-
R
 
-
F
 
-
E
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
-
I
 
-
L
 
-
D
 
D
E
 
K
V
 
K
S
 
V
F
 
F
M
 
V
V
 
A
N
 
-
R
 
-
E
 
A
A
 
A
D
 
Q
E
 
K
L
 
A
N
 
T
R
 
V
A
 
A
D
 
Q
R
 
R
E
 
K
R
 
R
I
 
V
R
 
N
Q
 
D
A
 
D
G
 
E
T
 
A
S
 
N
E
 
G
I
 
I
V
 
T
A
 
Q
L
 
L
S
 
K
P
 
K
E
 
D
-
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
V
-
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
V
E
 
D
R
 
G
E
 
E
R
 
S
W
 
F
R
 
R
E
 
K
A
 
A
M
 
V
R
 
A
P
 
P
V
 
A
W
 
Y
Q
 
A
Q
 
G
F
 
F
E
 
A
P
 
K
V
 
E
I
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
E
I
 
R
I
 
I
K
 
A
A
 
A
A
 
I
E
 
Q
T
 
A
V
 
V

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
28% identity, 86% coverage: 32:314/330 of query aligns to 13:293/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
V
 
T
A
 
A
D
 
Q
D
 
N
T
 
S
P
 
H
K
x
Q
G
 
G
K
 
V
G
 
A
A
 
I
L
 
D
M
 
T
F
 
F
K
 
A
R
 
K
L
 
E
A
 
V
E
 
E
E
 
K
R
 
R
L
 
T
A
 
G
G
 
G
Q
 
R
V
 
Y
R
 
K
V
 
V
E
 
Q
V
 
T
Y
 
F
P
 
Y
N
 
N
S
 
A
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
A
D
x
E
A
 
R
T
 
E
E
 
S
L
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
V
R
 
Q
N
 
L
D
 
G
E
 
T
V
 
H
Q
 
E
L
 
L
L
 
T
A
 
F
P
 
S
S
 
S
L
 
S
A
 
G
K
 
P
F
 
I
E
 
P
Q
 
N
Y
 
F
T
 
V
K
 
P
Q
 
E
L
 
T
Q
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
D
 
D
I
 
K
E
 
A
A
 
H
V
 
A
N
 
R
R
 
A
F
 
V
Q
 
L
K
 
D
R
 
G
A
 
P
K
 
I
G
 
G
K
 
Q
Q
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
T
S
 
R
M
 
F
E
 
D
D
 
G
K
 
K
N
 
G
I
 
F
T
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
A
H
 
E
N
|
N
G
 
G
M
 
F
K
x
R
Q
 
H
L
 
M
S
 
S
-
 
N
A
 
S
T
 
K
R
 
R
M
 
A
L
 
V
R
 
K
Q
 
E
P
 
P
S
 
G
D
 
D
A
 
L
S
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
M
R
|
R
I
 
T
Q
x
M
P
 
E
S
 
N
A
 
P
V
 
V
L
 
H
E
 
I
A
 
A
Q
 
A
F
 
Y
G
 
K
T
 
G
V
 
F
G
 
G
A
 
I
S
 
V
T
 
T
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
A
F
|
F
A
 
S
D
 
E
V
 
V
Y
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
L
S
 
S
N
x
V
I
 
I
Y
 
I
S
 
S
K
 
A
K
 
K
M
 
F
H
 
D
T
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
P
 
K
Y
 
H
I
 
L
I
 
T
E
 
L
T
 
T
D
 
G
H
 
H
G
 
-
V
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
-
M
 
-
V
 
V
V
 
Y
S
 
S
N
 
P
T
 
A
R
 
L
F
 
F
W
 
L
M
 
M
G
 
-
M
 
-
P
 
-
H
 
N
K
 
K
I
 
A
R
 
L
F
 
F
E
 
D
L
 
K
E
 
L
A
 
P
I
 
A
L
 
A
D
 
D
E
 
Q
V
 
Q
S
 
A
F
 
F
M
 
I
-
 
D
V
 
A
N
 
A
R
 
R
E
 
Q
A
 
G
D
 
A
E
 
K
L
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
A
D
 
R
R
 
V
E
 
D
R
 
E
I
 
D
R
 
D
Q
 
A
A
 
K
G
 
G
T
 
V
S
 
A
E
 
D
I
 
L
V
 
R
A
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
M
-
 
T
-
 
V
L
 
I
S
 
D
P
 
N
E
 
I
E
 
D
R
 
K
E
 
A
R
 
R
W
 
F
R
 
V
E
 
A
A
 
A
M
 
L
R
 
A
P
 
P
V
 
V
W
 
N
Q
 
A
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
P
 
K
V
 
Q
I
 
F
G
 
G

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
28% identity, 86% coverage: 32:314/330 of query aligns to 12:292/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
V
 
T
A
 
A
D
 
Q
D
 
N
T
 
S
P
 
H
K
x
Q
G
 
G
K
 
V
G
 
A
A
 
I
L
 
D
M
 
T
F
 
F
K
 
A
R
 
K
L
 
E
A
 
V
E
 
E
E
 
K
R
 
R
L
 
T
A
 
G
G
 
G
Q
 
R
V
 
Y
R
 
K
V
 
V
E
 
Q
V
 
T
Y
 
F
P
 
Y
N
 
N
S
 
A
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
A
D
x
E
A
 
R
T
 
E
E
 
S
L
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
V
R
 
Q
N
 
L
D
 
G
E
 
T
V
 
H
Q
 
E
L
 
L
L
 
T
A
 
F
P
 
S
S
 
S
L
 
S
A
 
G
K
 
P
F
 
I
E
 
P
Q
 
N
Y
 
F
T
 
V
K
 
P
Q
 
E
L
 
T
Q
 
K
V
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
D
 
D
I
 
K
E
 
A
A
 
H
V
 
A
N
 
R
R
 
A
F
 
V
Q
 
L
K
 
D
R
 
G
A
 
P
K
 
I
G
 
G
K
 
Q
Q
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
T
S
 
R
M
 
F
E
 
D
D
 
G
K
 
K
N
 
G
I
 
F
T
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
A
Y
 
W
W
 
A
H
 
E
N
|
N
G
 
G
M
 
F
K
x
R
Q
 
H
L
 
M
S
 
S
-
 
N
A
 
S
T
 
K
R
 
R
M
 
A
L
 
V
R
 
K
Q
 
E
P
 
P
S
 
G
D
 
D
A
 
L
S
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
M
R
|
R
I
 
T
Q
x
M
P
 
E
S
 
N
A
 
P
V
 
V
L
 
H
E
 
I
A
 
A
Q
 
A
F
 
Y
G
 
K
T
 
G
V
 
F
G
 
G
A
 
I
S
 
V
T
 
T
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
A
F
|
F
A
 
S
D
 
E
V
 
V
Y
 
F
D
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
L
S
 
S
N
 
V
I
 
I
Y
 
I
S
 
S
K
 
A
K
 
K
M
 
F
H
 
D
T
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
P
 
K
Y
 
H
I
 
L
I
 
T
E
 
L
T
 
T
D
 
G
H
 
H
G
 
-
V
 
-
L
 
-
D
 
-
Y
 
-
M
 
-
V
 
V
V
 
Y
S
 
S
N
 
P
T
 
A
R
 
L
F
 
F
W
 
L
M
 
M
G
 
-
M
 
-
P
 
-
H
 
N
K
 
K
I
 
A
R
 
L
F
 
F
E
 
D
L
 
K
E
 
L
A
 
P
I
 
A
L
 
A
D
 
D
E
 
Q
V
 
Q
S
 
A
F
 
F
M
 
I
-
 
D
V
 
A
N
 
A
R
 
R
E
 
Q
A
 
G
D
 
A
E
 
K
L
 
L
N
 
N
R
 
R
A
 
A
D
 
R
R
 
V
E
 
D
R
 
E
I
 
D
R
 
D
Q
 
A
A
 
K
G
 
G
T
 
V
S
 
A
E
 
D
I
 
L
V
 
R
A
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
M
-
 
T
-
 
V
L
 
I
S
 
D
P
 
N
E
 
I
E
 
D
R
 
K
E
 
A
R
 
R
W
 
F
R
 
V
E
 
A
A
 
A
M
 
L
R
 
A
P
 
P
V
 
V
W
 
N
Q
 
A
Q
 
Q
F
 
F
E
 
E
P
 
K
V
 
Q
I
 
F
G
 
G

Q0B2F6 Solute-binding protein Bamb_6123 from Burkholderia ambifaria (strain ATCC BAA-244 / DSM 16087 / CCUG 44356 / LMG 19182 / AMMD) (Burkholderia cepacia (strain AMMD)) (see paper)
25% identity, 92% coverage: 7:310/330 of query aligns to 12:312/328 of Q0B2F6

query
sites
Q0B2F6
L
 
L
A
 
A
G
 
V
V
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
A
L
 
G
A
 
F
S
 
A
A
 
M
C
 
S
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
E
 
R
P
 
-
I
 
-
V
 
V
I
 
F
K
 
R
F
 
S
S
 
A
H
 
D
V
 
V
V
x
H
A
 
G
D
 
D
D
 
S
T
 
F
P
 
P
K
 
T
G
 
N
K
 
M
G
 
A
A
 
V
L
 
K
M
 
F
F
 
M
K
 
G
R
 
D
L
 
E
A
 
L
E
 
S
E
 
K
R
 
L
L
 
T
A
 
G
G
 
G
Q
 
K
V
 
D
R
 
S
V
 
I
E
 
K
V
 
V
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
S
 
S
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
S
D
x
E
A
 
K
T
 
D
E
 
T
L
 
V
E
 
D
A
 
Q
L
 
V
R
 
R
N
 
I
D
 
G
E
 
A
V
 
I
Q
 
D
L
 
M
L
 
A
A
x
R
P
 
V
S
 
N
L
 
G
A
 
A
K
 
S
F
 
F
E
 
N
Q
 
E
Y
 
I
T
 
V
K
 
P
Q
 
E
L
 
S
Q
 
L
V
 
I
F
 
P
D
 
S
L
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
D
 
D
I
 
V
E
 
D
A
 
H
V
 
F
N
 
R
R
 
K
F
 
A
Q
 
M
K
 
Y
R
 
G
A
 
P
K
 
A
G
 
G
K
 
Q
Q
 
K
L
 
I
L
 
L
R
 
D
S
 
A
M
 
F
E
 
A
D
 
A
K
 
K
N
 
G
I
 
M
T
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
T
Y
 
F
W
 
Y
H
 
E
N
 
S
G
 
G
M
 
A
K
x
R
Q
 
S
L
 
I
S
 
Y
A
 
A
T
 
K
R
 
R
M
 
P
L
 
V
R
 
R
Q
 
T
P
 
P
S
 
A
D
 
D
A
 
M
S
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
V
R
 
R
I
 
V
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
A
 
D
V
 
L
L
 
M
E
 
V
A
 
D
Q
 
E
F
 
I
G
 
R
T
 
A
V
 
M
G
 
G
A
 
G
S
 
T
T
 
P
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
P
F
 
F
A
 
A
D
 
E
V
 
V
Y
 
Y
D
 
T
A
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
W
 
L
S
 
P
N
 
S
I
 
Y
Y
 
E
S
 
E
K
 
T
K
 
K
M
 
H
H
 
F
T
 
E
V
 
V
Q
 
A
P
 
P
Y
 
D
I
 
Y
I
 
S
E
 
E
T
 
T
D
 
Q
H
 
H
G
 
A
V
 
M
L
 
T
D
 
P
Y
x
E
M
 
V
V
 
L
V
 
V
S
 
F
N
 
S
T
 
K
R
 
K
F
 
I
W
 
W
M
 
D
G
 
T
M
 
L
-
 
S
P
 
P
H
 
Q
K
 
E
I
 
Q
R
 
A
F
 
A
E
 
I
L
 
R
E
 
K
A
 
A
I
 
A
L
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
V
S
 
P
F
 
Y
M
 
Y
V
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
Q
E
 
K
L
 
L
N
 
W
R
 
T
A
 
A
D
 
R
R
 
E
E
 
A
R
 
S
I
 
A
R
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
-
 
V
-
 
T
-
 
K
G
 
G
T
 
G
S
 
A
E
 
N
I
 
I
V
 
L
A
 
P
L
 
A
S
 
A
P
 
Q
E
 
V
E
 
D
R
 
R
E
 
A
R
 
A
W
 
F
R
 
V
E
 
K
A
 
A
M
 
M
R
 
Q
P
 
P
V
 
L
W
 
W
Q
 
T
Q
 
K
F
 
Y
E
 
E

8te9B Crystal structure of an isethionate bound substrate binding protein (isep) from an isethionate trap transporter
27% identity, 91% coverage: 21:319/330 of query aligns to 1:302/309 of 8te9B

query
sites
8te9B
A
 
A
E
 
K
P
 
R
I
 
I
V
 
N
I
 
I
K
 
R
F
 
L
S
 
A
H
 
H
V
x
P
V
 
M
A
 
A
D
 
P
D
 
G
T
 
N
P
 
N
K
 
V
G
 
T
K
 
V
G
 
G
A
 
Y
L
 
E
M
 
K
F
 
F
K
 
K
R
 
E
L
 
L
A
 
V
E
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
S
A
 
N
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
R
 
R
V
 
I
E
 
Q
V
 
L
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
S
 
C
T
 
M
L
 
L
F
 
G
G
 
S
D
|
D
A
 
R
T
 
V
E
 
T
L
 
M
E
 
E
A
 
A
L
 
A
R
 
Q
N
 
R
D
 
G
E
 
T
V
 
L
Q
 
E
L
 
M
L
 
A
A
 
S
P
 
S
S
|
S
L
 
S
A
 
P
K
x
N
F
 
M
E
 
A
Q
 
N
Y
 
F
T
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
W
Q
 
M
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
-
F
 
-
D
 
-
D
 
-
I
 
I
E
 
T
A
 
S
V
 
P
N
 
E
R
 
H
F
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
R
 
L
A
 
Y
K
 
K
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
L
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
L
 
L
L
 
D
R
 
E
S
 
I
M
 
A
E
 
A
D
 
S
K
 
I
N
 
G
I
 
L
T
 
K
G
 
P
L
 
I
A
 
M
Y
 
Y
W
 
S
H
 
E
N
x
Y
G
 
G
M
 
Y
K
x
R
Q
 
N
L
 
F
S
 
V
A
 
T
T
 
T
R
 
K
M
 
K
-
 
P
L
 
I
R
 
K
Q
 
T
P
 
A
S
 
D
D
 
D
A
 
L
S
 
K
G
 
N
L
 
L
S
 
K
F
 
V
R
|
R
I
 
T
Q
x
T
P
 
D
S
 
S
A
 
P
V
 
I
L
 
E
E
 
V
A
 
A
Q
 
V
F
 
A
G
 
A
T
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
M
S
 
A
T
 
P
Q
 
T
K
 
P
I
 
I
P
 
S
F
x
W
A
 
G
D
 
E
V
 
T
Y
 
Y
D
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
E
E
 
G
N
 
N
P
 
T
W
 
F
S
 
S
N
 
L
I
 
L
Y
 
N
S
 
D
K
 
A
K
 
K
M
 
H
H
 
T
T
 
E
V
 
V
Q
 
L
P
 
K
Y
 
Y
I
 
A
I
 
I
E
 
D
T
 
S
D
 
A
H
 
H
G
 
N
V
 
Y
L
 
S
D
 
M
Y
x
H
M
 
L
V
 
L
V
 
M
S
 
M
N
 
N
T
 
K
R
 
A
F
 
Y
W
 
Y
M
 
D
G
 
S
M
 
L
P
 
P
H
 
A
K
 
N
I
 
V
R
 
Q
F
 
Q
E
 
I
L
 
L
-
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
G
L
 
R
D
 
E
E
 
A
V
 
L
S
 
T
F
 
Y
M
 
Q
V
 
R
N
 
S
R
 
I
E
 
T
A
 
S
D
 
E
E
 
L
L
 
E
N
 
K
R
 
K
A
 
A
D
 
E
R
 
D
E
 
A
R
 
F
I
 
I
R
 
E
Q
 
Q
A
 
G
G
 
I
T
 
T
S
 
-
E
 
-
I
 
V
V
 
T
A
 
R
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
A
R
 
K
W
 
L
R
 
V
E
 
E
A
 
R
M
 
T
R
 
R
P
 
P
V
 
V
W
 
W
Q
 
D
Q
 
K
F
 
F
E
 
K
P
 
D
V
 
D
I
 
I
G
 
P
A
 
A
D
 
E
I
 
L
I
 
I
K
 
K

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
25% identity, 81% coverage: 43:309/330 of query aligns to 21:284/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
L
 
F
M
 
M
F
 
G
K
 
K
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
A
E
 
A
R
 
S
L
 
-
A
 
G
G
 
G
Q
 
K
V
 
L
R
 
G
V
 
V
E
 
K
V
 
V
Y
 
F
P
 
P
N
 
N
S
 
G
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
S
D
x
E
A
 
K
T
 
D
E
 
T
L
 
I
E
 
E
A
 
Q
L
 
L
R
 
K
N
 
I
D
 
G
E
 
A
V
 
L
Q
 
D
L
 
M
L
 
M
A
x
R
P
 
I
S
 
N
L
 
S
A
 
S
K
 
P
F
 
L
E
 
N
Q
 
N
Y
 
F
T
 
V
K
 
P
Q
 
E
L
 
T
Q
 
V
V
 
A
F
 
L
D
 
C
L
 
L
P
 
P
F
 
F
L
 
V
F
 
F
D
 
R
D
 
D
I
 
T
E
 
Q
A
 
H
V
 
M
N
 
R
R
 
N
F
 
V
Q
 
L
K
 
D
R
 
G
A
 
P
K
 
I
G
 
G
K
 
D
Q
 
E
L
 
I
L
 
L
R
 
A
S
 
A
M
 
M
E
 
E
D
 
P
K
 
A
N
 
G
I
 
L
T
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
W
 
Y
H
 
D
N
 
S
G
 
G
M
 
A
K
x
R
Q
 
S
L
 
I
S
 
Y
A
 
T
T
 
V
R
 
K
M
 
A
-
 
P
L
 
V
R
 
K
Q
 
S
P
 
L
S
 
A
D
 
D
A
 
L
S
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
I
R
|
R
I
 
V
Q
|
Q
P
 
Q
S
 
S
A
 
D
V
 
L
L
 
W
E
 
V
A
 
G
Q
 
M
F
 
I
G
 
Q
T
 
S
V
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
N
T
 
P
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
P
F
x
Y
A
 
G
D
 
E
V
 
V
Y
 
Y
D
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
W
 
W
S
 
P
N
x
S
I
 
Y
Y
 
E
S
 
S
K
 
S
K
 
R
M
 
H
H
 
F
T
 
E
V
 
A
Q
 
A
P
 
K
Y
 
F
I
 
Y
I
 
N
E
 
I
T
 
T
D
 
E
H
 
H
G
 
S
V
 
L
L
 
A
D
 
P
Y
x
E
M
 
V
V
 
L
V
 
V
S
 
M
N
 
S
T
 
K
R
 
K
F
 
V
W
 
W
M
 
D
G
 
T
M
 
L
P
 
S
H
 
K
K
 
E
I
 
D
R
 
Q
F
 
A
E
 
L
L
 
V
-
 
R
E
 
K
A
 
A
I
 
A
L
 
K
D
 
D
E
 
S
V
 
V
S
 
P
F
 
V
M
 
M
V
 
-
N
 
R
R
 
K
E
 
L
A
 
W
D
 
D
E
 
E
L
 
R
N
 
E
R
 
Q
A
 
A
D
 
S
R
 
R
E
 
K
R
 
A
I
 
V
R
 
E
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
S
 
Q
E
 
V
I
 
V
V
 
T
A
 
V
L
 
A
S
 
N
P
 
K
E
 
Q
E
 
E
R
 
-
E
 
-
R
 
-
W
 
F
R
 
V
E
 
D
A
 
A
M
 
M
R
 
K
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
Q
 
Q
Q
 
K
F
 
F

Sites not aligning to the query:

4n17A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (bam_6123), target efi-510059, with bound beta-d-galacturonate (see paper)
25% identity, 78% coverage: 54:310/330 of query aligns to 31:286/301 of 4n17A

query
sites
4n17A
A
 
G
G
 
G
Q
 
K
V
 
D
R
 
S
V
 
I
E
 
K
V
 
V
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
S
 
S
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
S
D
x
E
A
 
K
T
 
D
E
 
T
L
 
V
E
 
D
A
 
Q
L
 
V
R
 
R
N
 
I
D
 
G
E
 
A
V
 
I
Q
 
D
L
 
M
L
 
A
A
x
R
P
 
V
S
x
N
L
 
G
A
 
A
K
 
S
F
 
F
E
 
N
Q
 
E
Y
 
I
T
 
V
K
 
P
Q
 
E
L
 
S
Q
 
L
V
 
I
F
 
P
D
 
S
L
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
D
 
D
I
 
V
E
 
D
A
 
H
V
 
F
N
 
R
R
 
K
F
 
A
Q
 
M
K
 
Y
R
 
G
A
 
P
K
 
A
G
 
G
K
 
Q
Q
 
K
L
 
I
L
 
L
R
 
D
S
 
A
M
 
F
E
 
A
D
 
A
K
 
K
N
 
G
I
 
M
T
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
T
Y
 
F
W
 
Y
H
 
E
N
 
S
G
 
G
M
 
A
K
x
R
Q
 
S
L
 
I
S
 
Y
A
 
A
T
 
K
R
 
R
M
 
P
L
 
V
R
 
R
Q
 
T
P
 
P
S
 
A
D
 
D
A
 
M
S
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
V
R
|
R
I
 
V
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
A
 
D
V
 
L
L
 
M
E
 
V
A
 
D
Q
 
E
F
 
I
G
 
R
T
 
A
V
 
M
G
 
G
A
 
G
S
 
T
T
 
P
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
P
F
|
F
A
 
A
D
 
E
V
 
V
Y
 
Y
D
 
T
A
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
W
 
L
S
 
P
N
 
S
I
 
Y
Y
 
E
S
 
E
K
 
T
K
 
K
M
 
H
H
 
F
T
 
E
V
 
V
Q
 
A
P
 
P
Y
 
D
I
 
Y
I
 
S
E
 
E
T
 
T
D
 
Q
H
 
H
G
 
A
V
 
M
L
 
T
D
 
P
Y
x
E
M
 
V
V
 
L
V
 
V
S
 
F
N
 
S
T
 
K
R
 
K
F
 
I
W
 
W
M
 
D
G
 
T
M
 
L
-
 
S
P
 
P
H
 
Q
K
 
E
I
 
Q
R
 
A
F
 
A
E
 
I
L
 
R
E
 
K
A
 
A
I
 
A
L
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
V
S
 
P
F
 
Y
M
 
Y
V
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
Q
E
 
K
L
 
L
N
 
W
R
 
T
A
 
A
D
 
R
R
 
E
E
 
A
R
 
S
I
 
A
R
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
-
 
V
-
 
T
-
 
K
G
 
G
T
 
G
S
 
A
E
 
N
I
 
I
V
 
L
A
 
P
L
 
A
S
 
A
P
 
Q
E
 
V
E
 
D
R
 
R
E
 
A
R
 
A
W
 
F
R
 
V
E
 
K
A
 
A
M
 
M
R
 
Q
P
 
P
V
 
L
W
 
W
Q
 
T
Q
 
K
F
 
Y
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4n15A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (bam_6123), target efi-510059, with bound beta-d-glucuronate (see paper)
25% identity, 78% coverage: 54:310/330 of query aligns to 31:286/301 of 4n15A

query
sites
4n15A
A
 
G
G
 
G
Q
 
K
V
 
D
R
 
S
V
 
I
E
 
K
V
 
V
Y
 
F
P
 
G
N
 
N
S
 
S
T
 
A
L
 
L
F
 
G
G
 
S
D
x
E
A
 
K
T
 
D
E
 
T
L
 
V
E
 
D
A
 
Q
L
 
V
R
 
R
N
 
I
D
 
G
E
 
A
V
 
I
Q
 
D
L
 
M
L
 
A
A
x
R
P
 
V
S
x
N
L
 
G
A
 
A
K
 
S
F
 
F
E
 
N
Q
 
E
Y
 
I
T
 
V
K
 
P
Q
 
E
L
 
S
Q
 
L
V
 
I
F
 
P
D
 
S
L
 
F
P
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
F
D
 
R
D
 
D
I
 
V
E
 
D
A
 
H
V
 
F
N
 
R
R
 
K
F
 
A
Q
 
M
K
 
Y
R
 
G
A
 
P
K
 
A
G
 
G
K
 
Q
Q
 
K
L
 
I
L
 
L
R
 
D
S
 
A
M
 
F
E
 
A
D
 
A
K
 
K
N
 
G
I
 
M
T
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
T
Y
 
F
W
 
Y
H
 
E
N
 
S
G
 
G
M
 
A
K
x
R
Q
 
S
L
 
I
S
 
Y
A
 
A
T
 
K
R
 
R
M
 
P
L
 
V
R
 
R
Q
 
T
P
 
P
S
 
A
D
 
D
A
 
M
S
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
V
R
|
R
I
 
V
Q
|
Q
P
 
P
S
 
S
A
 
D
V
 
L
L
 
M
E
 
V
A
 
D
Q
 
E
F
 
I
G
 
R
T
 
A
V
 
M
G
 
G
A
 
G
S
 
T
T
 
P
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
P
F
|
F
A
 
A
D
 
E
V
 
V
Y
 
Y
D
 
T
A
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
V
Q
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
P
 
N
W
 
L
S
 
P
N
 
S
I
 
Y
Y
 
E
S
 
E
K
 
T
K
 
K
M
 
H
H
 
F
T
 
E
V
 
V
Q
 
A
P
 
P
Y
 
D
I
 
Y
I
 
S
E
 
E
T
 
T
D
 
Q
H
 
H
G
 
A
V
 
M
L
 
T
D
 
P
Y
x
E
M
 
V
V
 
L
V
 
V
S
 
F
N
 
S
T
 
K
R
 
K
F
 
I
W
 
W
M
 
D
G
 
T
M
 
L
-
 
S
P
 
P
H
 
Q
K
 
E
I
 
Q
R
 
A
F
 
A
E
 
I
L
 
R
E
 
K
A
 
A
I
 
A
L
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
V
S
 
P
F
 
Y
M
 
Y
V
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
Q
E
 
K
L
 
L
N
 
W
R
 
T
A
 
A
D
 
R
R
 
E
E
 
A
R
 
S
I
 
A
R
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
-
 
V
-
 
T
-
 
K
G
 
G
T
 
G
S
 
A
E
 
N
I
 
I
V
 
L
A
 
P
L
 
A
S
 
A
P
 
Q
E
 
V
E
 
D
R
 
R
E
 
A
R
 
A
W
 
F
R
 
V
E
 
K
A
 
A
M
 
M
R
 
Q
P
 
P
V
 
L
W
 
W
Q
 
T
Q
 
K
F
 
Y
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P44542 Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP; Extracytoplasmic solute receptor protein SiaP; N-acetylneuraminic-binding protein; Neu5Ac-binding protein from Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (see 2 papers)
23% identity, 91% coverage: 9:309/330 of query aligns to 12:309/329 of P44542

query
sites
P44542
G
 
A
V
 
I
L
 
S
L
 
L
A
 
G
L
 
V
A
 
S
S
 
S
A
 
A
C
 
V
A
 
L
Q
 
A
A
 
A
E
 
D
P
 
-
I
 
Y
V
 
D
I
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
G
H
 
M
V
x
N
V
 
A
A
 
G
D
 
T
D
 
S
T
 
S
P
 
N
K
 
E
G
 
Y
K
 
K
G
 
A
A
 
A
L
 
E
M
 
M
F
 
F
K
 
A
R
 
K
L
 
E
A
 
V
E
 
K
E
 
E
R
 
K
L
 
S
A
 
Q
G
 
G
Q
 
K
V
 
I
R
 
E
V
 
I
E
 
S
V
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
F
 
G
G
 
D
D
|
D
A
 
R
T
 
A
E
 
M
L
 
L
E
 
K
A
 
Q
L
 
L
R
 
K
N
 
D
D
 
G
E
 
S
V
 
L
Q
 
D
L
 
F
L
x
T
A
 
F
P
 
A
S
x
E
L
 
S
A
 
A
K
 
R
F
 
F
E
 
Q
Q
 
L
Y
 
F
T
 
Y
K
 
P
Q
 
E
L
 
A
Q
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
D
 
S
D
 
N
I
 
Y
E
 
N
A
 
V
V
 
A
N
 
Q
R
 
K
-
 
A
-
 
L
F
 
F
Q
 
D
K
 
T
R
 
E
A
 
F
K
 
-
G
 
G
K
 
K
Q
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
K
S
 
K
M
 
M
E
 
D
-
 
K
D
 
D
K
 
L
N
 
G
I
 
V
T
 
T
G
 
L
L
 
L
A
 
S
Y
 
Q
W
 
A
H
 
Y
N
 
N
G
 
G
M
 
T
K
x
R
Q
 
Q
L
 
T
S
 
T
A
 
S
T
 
N
R
 
R
M
 
A
L
 
I
R
 
N
Q
 
S
P
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
M
S
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
L
R
|
R
I
 
V
Q
 
P
P
 
N
S
 
A
A
 
A
V
 
T
L
 
N
E
 
L
A
 
A
Q
 
Y
F
 
A
G
 
K
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
T
 
P
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
A
F
 
F
A
 
S
D
 
E
V
 
V
Y
 
Y
D
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
L
S
 
A
N
 
A
I
 
V
Y
 
Q
S
 
A
K
 
Q
K
 
K
M
 
F
H
 
Y
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
K
Y
 
F
I
 
L
I
 
A
E
 
M
T
 
T
D
 
N
H
 
H
G
 
I
V
 
L
L
 
N
D
 
D
Y
 
Q
M
 
L
V
 
Y
V
 
L
S
 
V
N
 
S
T
 
N
R
 
E
F
 
T
W
 
Y
M
 
K
G
 
E
M
 
L
P
 
P
H
 
E
K
 
D
I
 
L
R
 
Q
F
 
K
E
 
V
L
 
V
E
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
N
A
 
A
I
 
A
L
 
K
D
 
Y
E
 
H
V
 
T
S
 
K
F
 
L
M
 
F
V
 
V
N
 
D
R
 
G
E
 
E
A
 
K
D
 
D
E
 
L
L
 
V
N
 
T
R
 
F
A
 
F
D
 
E
R
 
K
E
 
Q
R
 
G
I
 
V
R
 
K
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
E
 
-
I
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
I
S
 
T
P
 
H
E
 
P
E
 
D
R
 
L
E
 
V
R
 
P
W
 
F
R
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
R
 
K
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
Q
 
A
Q
 
E
F
 
F

3b50A Structure of h. Influenzae sialic acid binding protein bound to neu5ac. (see paper)
23% identity, 92% coverage: 26:327/330 of query aligns to 5:307/310 of 3b50A

query
sites
3b50A
I
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
G
H
 
M
V
x
N
V
 
A
A
 
G
D
 
T
D
 
S
T
 
S
P
 
N
K
 
E
G
 
Y
K
 
K
G
 
A
A
 
A
L
 
E
M
 
M
F
 
F
K
 
A
R
 
K
L
 
E
A
 
V
E
 
K
E
 
E
R
 
K
L
 
S
A
 
Q
G
 
G
Q
 
K
V
 
I
R
 
E
V
 
I
E
 
S
V
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
F
 
G
G
 
D
D
|
D
A
 
R
T
 
A
E
 
M
L
 
L
E
 
K
A
 
Q
L
 
L
R
 
K
N
 
D
D
 
G
E
 
S
V
 
L
Q
 
D
L
 
F
L
 
T
A
x
F
P
 
A
S
x
E
L
 
S
A
 
A
K
x
R
F
 
F
E
 
Q
Q
 
L
Y
 
F
T
 
Y
K
 
P
Q
 
E
L
 
A
Q
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
D
 
S
D
 
N
I
 
Y
E
 
N
A
 
V
V
 
A
N
 
Q
R
 
K
-
 
A
-
 
L
F
 
F
Q
 
D
K
 
T
R
 
E
A
 
F
K
 
-
G
 
G
K
 
K
Q
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
K
S
 
K
M
 
M
E
 
D
-
 
K
D
 
D
K
 
L
N
 
G
I
 
V
T
 
T
G
 
L
L
 
L
A
 
S
Y
 
Q
W
 
A
H
 
Y
N
 
N
G
 
G
M
 
T
K
x
R
Q
 
Q
L
 
T
S
 
T
A
 
S
T
 
N
R
 
R
M
 
A
L
 
I
R
 
N
Q
 
S
P
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
M
S
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
L
R
|
R
I
 
V
Q
 
P
P
 
N
S
 
A
A
 
A
V
 
T
L
 
N
E
 
L
A
 
A
Q
 
Y
F
 
A
G
 
K
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
T
 
P
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
A
F
|
F
A
 
S
D
 
E
V
 
V
Y
 
Y
D
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
L
S
 
A
N
 
A
I
 
V
Y
 
Q
S
 
A
K
 
Q
K
 
K
M
 
F
H
 
Y
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
K
Y
 
F
I
 
L
I
 
A
E
 
M
T
 
T
D
 
N
H
 
H
G
 
I
V
 
L
L
 
N
D
 
D
Y
x
Q
M
 
L
V
 
Y
V
 
L
S
 
V
N
 
S
T
 
N
R
 
E
F
 
T
W
 
Y
M
 
K
G
 
E
M
 
L
P
 
P
H
 
E
K
 
D
I
 
L
R
 
Q
F
 
K
E
 
V
L
 
V
E
 
K
A
 
D
I
 
A
L
 
A
D
 
E
E
 
N
V
 
A
S
 
A
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
T
-
 
K
F
 
L
M
 
F
V
 
V
N
 
D
R
 
G
E
 
E
A
 
K
D
 
D
E
 
L
L
 
V
N
 
T
R
 
F
A
 
F
D
 
E
R
 
K
E
 
Q
R
 
G
I
 
V
R
 
K
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
E
 
-
I
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
I
S
 
T
P
 
H
E
 
P
E
 
D
R
 
L
E
 
V
R
 
P
W
 
F
R
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
R
 
K
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
Q
 
A
Q
 
E
F
 
F
E
 
V
P
 
K
V
 
Q
I
 
T
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
G
 
G
A
 
E
D
 
S
I
 
A
I
 
L
K
 
K
A
 
Q
A
 
I
E
 
E
T
 
A
V
 
I
N
 
N
R
 
P
K
 
K

2cexB Structure of a sialic acid binding protein (siap) in the presence of the sialic acid acid analogue neu5ac2en (see paper)
23% identity, 86% coverage: 26:309/330 of query aligns to 4:285/305 of 2cexB

query
sites
2cexB
I
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
G
H
 
M
V
x
N
V
 
A
A
 
G
D
 
T
D
 
S
T
 
S
P
 
N
K
 
E
G
 
Y
K
 
K
G
 
A
A
 
A
L
 
E
M
 
M
F
 
F
K
 
A
R
 
K
L
 
E
A
 
V
E
 
K
E
 
E
R
 
K
L
 
S
A
 
Q
G
 
G
Q
 
K
V
 
I
R
 
E
V
 
I
E
 
S
V
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
F
 
G
G
 
D
D
 
D
A
 
R
T
 
A
E
 
M
L
 
L
E
 
K
A
 
Q
L
 
L
R
 
K
N
 
D
D
 
G
E
 
S
V
 
L
Q
 
D
L
 
F
L
 
T
A
 
F
P
 
A
S
x
E
L
 
S
A
 
A
K
 
R
F
 
F
E
 
Q
Q
 
L
Y
 
F
T
 
Y
K
 
P
Q
 
E
L
 
A
Q
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
D
 
S
D
 
N
I
 
Y
E
 
N
A
 
V
V
 
A
N
 
Q
R
 
K
-
 
A
-
 
L
F
 
F
Q
 
D
K
 
T
R
 
E
A
 
F
K
 
-
G
 
G
K
 
K
Q
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
K
S
 
K
M
 
M
E
 
D
-
 
K
D
 
D
K
 
L
N
 
G
I
 
V
T
 
T
G
 
L
L
 
L
A
 
S
Y
 
Q
W
 
A
H
 
Y
N
 
N
G
 
G
M
 
T
K
 
R
Q
 
Q
L
 
T
S
 
T
A
 
S
T
 
N
R
 
R
M
 
A
L
 
I
R
 
N
Q
 
S
P
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
M
S
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
L
R
|
R
I
 
V
Q
 
P
P
 
N
S
 
A
A
 
A
V
 
T
L
 
N
E
 
L
A
 
A
Q
 
Y
F
 
A
G
 
K
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
T
 
P
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
A
F
|
F
A
 
S
D
 
E
V
 
V
Y
 
Y
D
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
|
N
P
 
P
W
 
L
S
 
A
N
 
A
I
 
V
Y
 
Q
S
 
A
K
 
Q
K
 
K
M
 
F
H
 
Y
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
K
Y
 
F
I
 
L
I
 
A
E
 
M
T
 
T
D
 
N
H
 
H
G
 
I
V
 
L
L
 
N
D
 
D
Y
 
Q
M
 
L
V
 
Y
V
 
L
S
 
V
N
 
S
T
 
N
R
 
E
F
 
T
W
 
Y
M
 
K
G
 
E
M
 
L
P
 
P
H
 
E
K
 
D
I
 
L
R
 
Q
F
 
K
E
 
V
L
 
V
E
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
N
A
 
A
I
 
A
L
 
K
D
 
Y
E
 
H
V
 
T
S
 
K
F
 
L
M
 
F
V
 
V
N
 
D
R
 
G
E
 
E
A
 
K
D
 
D
E
 
L
L
 
V
N
 
T
R
 
F
A
 
F
D
 
E
R
 
K
E
 
Q
R
 
G
I
 
V
R
 
K
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
E
 
-
I
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
I
S
 
T
P
 
H
E
 
P
E
 
D
R
 
L
E
 
V
R
 
P
W
 
F
R
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
R
 
K
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
Q
 
A
Q
 
E
F
 
F

Sites not aligning to the query:

2cexA Structure of a sialic acid binding protein (siap) in the presence of the sialic acid acid analogue neu5ac2en (see paper)
23% identity, 86% coverage: 26:309/330 of query aligns to 4:285/304 of 2cexA

query
sites
2cexA
I
 
L
K
 
K
F
 
F
S
 
G
H
 
M
V
 
N
V
 
A
A
 
G
D
 
T
D
 
S
T
 
S
P
 
N
K
 
E
G
 
Y
K
 
K
G
 
A
A
 
A
L
 
E
M
 
M
F
 
F
K
 
A
R
 
K
L
 
E
A
 
V
E
 
K
E
 
E
R
 
K
L
 
S
A
 
Q
G
 
G
Q
 
K
V
 
I
R
 
E
V
 
I
E
 
S
V
 
L
Y
 
Y
P
 
P
N
 
S
S
 
S
T
 
Q
L
 
L
F
 
G
G
 
D
D
 
D
A
 
R
T
 
A
E
 
M
L
 
L
E
 
K
A
 
Q
L
 
L
R
 
K
N
 
D
D
 
G
E
 
S
V
 
L
Q
 
D
L
 
F
L
 
T
A
 
F
P
 
A
S
 
E
L
 
S
A
 
A
K
 
R
F
 
F
E
 
Q
Q
 
L
Y
 
F
T
 
Y
K
 
P
Q
 
E
L
 
A
Q
 
A
V
 
V
F
 
F
D
 
A
L
 
L
P
 
P
F
 
Y
L
 
V
F
 
I
D
 
S
D
 
N
I
 
Y
E
 
N
A
 
V
V
 
A
N
 
Q
R
 
K
-
 
A
-
 
L
F
 
F
Q
 
D
K
 
T
R
 
E
A
 
F
K
 
-
G
 
G
K
 
K
Q
 
D
L
 
L
L
 
I
R
 
K
S
 
K
M
 
M
E
 
D
-
 
K
D
 
D
K
 
L
N
 
G
I
 
V
T
 
T
G
 
L
L
 
L
A
 
S
Y
 
Q
W
 
A
H
 
Y
N
 
N
G
 
G
M
 
T
K
 
R
Q
 
Q
L
 
T
S
 
T
A
 
S
T
 
N
R
 
R
M
 
A
L
 
I
R
 
N
Q
 
S
P
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
M
S
 
K
G
 
G
L
 
L
S
 
K
F
 
L
R
 
R
I
 
V
Q
 
P
P
 
N
S
 
A
A
 
A
V
 
T
L
 
N
E
 
L
A
 
A
Q
 
Y
F
 
A
G
 
K
T
 
Y
V
 
V
G
 
G
A
 
A
S
 
S
T
 
P
Q
 
T
K
 
P
I
 
M
P
 
A
F
 
F
A
 
S
D
 
E
V
 
V
Y
 
Y
D
 
L
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
T
G
 
N
T
 
A
V
 
V
Q
 
D
G
 
G
A
 
Q
E
 
E
N
 
N
P
 
P
W
 
L
S
 
A
N
 
A
I
 
V
Y
 
Q
S
 
A
K
 
Q
K
 
K
M
 
F
H
 
Y
T
 
E
V
 
V
Q
 
Q
P
 
K
Y
 
F
I
 
L
I
 
A
E
 
M
T
 
T
D
 
N
H
 
H
G
 
I
V
 
L
L
 
N
D
 
D
Y
 
Q
M
 
L
V
 
Y
V
 
L
S
 
V
N
 
S
T
 
N
R
 
E
F
 
T
W
 
Y
M
 
K
G
 
E
M
 
L
P
 
P
H
 
E
K
 
D
I
 
L
R
 
Q
F
 
K
E
 
V
L
 
V
E
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
N
A
 
A
I
 
A
L
 
K
D
 
Y
E
 
H
V
 
T
S
 
K
F
 
L
M
 
F
V
 
V
N
 
D
R
 
G
E
 
E
A
 
K
D
 
D
E
 
L
L
 
V
N
 
T
R
 
F
A
 
F
D
 
E
R
 
K
E
 
Q
R
 
G
I
 
V
R
 
K
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
E
 
-
I
 
-
V
 
-
A
 
-
L
 
I
S
 
T
P
 
H
E
 
P
E
 
D
R
 
L
E
 
V
R
 
P
W
 
F
R
 
K
E
 
E
A
 
S
M
 
M
R
 
K
P
 
P
V
 
Y
W
 
Y
Q
 
A
Q
 
E
F
 
F

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF2099 FitnessBrowser__psRCH2:GFF2099
MKPIITLAGVLLALASACAQAEPIVIKFSHVVADDTPKGKGALMFKRLAEERLAGQVRVE
VYPNSTLFGDATELEALRNDEVQLLAPSLAKFEQYTKQLQVFDLPFLFDDIEAVNRFQKR
AKGKQLLRSMEDKNITGLAYWHNGMKQLSATRMLRQPSDASGLSFRIQPSAVLEAQFGTV
GASTQKIPFADVYDALRAGTVQGAENPWSNIYSKKMHTVQPYIIETDHGVLDYMVVSNTR
FWMGMPHKIRFELEAILDEVSFMVNREADELNRADRERIRQAGTSEIVALSPEERERWRE
AMRPVWQQFEPVIGADIIKAAETVNRKQRN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory