SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2175 FitnessBrowser__psRCH2:GFF2175 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6cfoB Human pyruvate dehydrogenase e1 component complex with covalent tdp adduct acetyl phosphinate (see paper)
42% identity, 99% coverage: 4:323/324 of query aligns to 3:328/330 of 6cfoB

query
sites
6cfoB
R
 
Q
I
 
V
S
 
T
Y
 
V
R
 
R
E
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
N
E
 
Q
A
 
G
L
 
M
R
 
D
E
 
E
A
 
E
L
 
L
Q
 
E
R
 
R
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
V
F
 
F
L
 
L
M
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
E
V
 
V
G
 
A
R
 
Q
Y
 
Y
G
 
D
G
 
G
T
 
A
Y
 
Y
A
 
K
V
 
V
S
 
S
K
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
W
E
 
K
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
D
A
 
K
R
 
R
I
 
I
R
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
x
I
S
 
S
E
|
E
L
 
M
A
 
G
F
 
F
V
 
A
G
 
G
A
 
I
G
 
A
I
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
M
G
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
C
E
 
E
V
 
F
M
 
M
T
 
T
V
 
F
N
 
N
F
|
F
A
 
S
L
 
M
L
x
Q
A
 
A
L
 
I
D
 
D
P
 
Q
L
 
V
I
 
I
N
 
N
T
 
S
A
 
A
A
 
A
T
 
K
L
 
T
R
 
Y
H
 
Y
M
 
M
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
F
 
Q
S
 
P
V
 
V
P
 
P
L
 
I
V
 
V
L
 
F
R
 
R
M
 
G
A
 
P
T
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
S
R
 
A
Q
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
H
|
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
C
L
 
F
E
 
A
G
 
A
W
 
W
F
 
Y
A
 
G
H
 
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
S
P
 
P
A
 
W
T
 
N
V
 
S
E
 
E
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
I
W
 
K
P
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
N
D
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
V
I
 
V
F
 
L
E
 
E
H
 
N
A
 
E
Q
 
L
L
 
M
Y
 
Y
N
 
G
L
 
V
E
 
P
D
 
F
E
 
E
L
 
F
P
 
P
P
 
P
-
 
E
-
 
A
-
 
Q
-
 
S
-
 
K
S
 
D
M
 
F
A
 
L
V
 
I
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
K
V
 
I
R
 
E
R
 
R
P
 
Q
G
 
G
S
 
T
D
 
H
L
 
I
S
 
T
L
 
V
I
 
V
A
 
S
Y
 
H
G
 
S
G
 
R
T
 
P
L
 
V
H
 
G
K
 
H
A
 
C
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
V
L
 
L
A
 
S
E
 
K
E
 
E
G
 
G
I
 
V
A
 
E
A
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
M
R
 
R
V
 
T
L
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
M
D
 
D
E
 
M
V
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
E
D
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
M
K
 
K
T
 
T
R
 
N
R
 
H
A
 
L
L
 
V
V
 
T
V
 
V
D
 
E
E
 
G
G
 
G
W
 
W
R
 
P
S
 
Q
G
 
F
S
 
G
L
 
V
S
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
I
 
C
T
 
A
R
 
R
I
 
I
I
 
M
E
 
E
Q
 
G
G
 
P
F
 
A
F
 
F
E
 
N
-
 
F
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
P
 
A
A
 
V
R
 
R
V
 
V
C
 
T
S
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
P
 
P
I
 
M
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
R
 
K
H
 
I
L
 
L
E
 
E
E
 
D
A
 
N
A
 
S
L
 
I
P
 
P
Q
 
Q
V
 
V
P
 
K
T
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
F
A
 
A
A
 
I
R
 
K
Q
 
K
L
 
T
L
 
L

6cerD Human pyruvate dehydrogenase complex e1 component v138m mutation (see paper)
42% identity, 99% coverage: 4:323/324 of query aligns to 4:329/331 of 6cerD

query
sites
6cerD
R
 
Q
I
 
V
S
 
T
Y
 
V
R
 
R
E
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
N
E
 
Q
A
 
G
L
 
M
R
 
D
E
 
E
A
 
E
L
 
L
Q
 
E
R
 
R
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
V
F
 
F
L
 
L
M
 
L
G
 
G
E
 
E
D
 
E
V
 
V
G
 
A
R
 
Q
Y
 
Y
G
 
D
G
 
G
T
 
A
Y
 
Y
A
 
K
V
 
V
S
 
S
K
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
W
E
 
K
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
D
A
 
K
R
 
R
I
 
I
R
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
x
I
S
 
S
E
|
E
L
 
M
A
 
G
F
 
F
V
 
A
G
 
G
A
 
I
G
 
A
I
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
M
G
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
C
E
 
E
V
 
F
M
|
M
T
 
T
V
 
F
N
 
N
F
|
F
A
 
S
L
 
M
L
 
Q
A
 
A
L
 
I
D
 
D
P
 
Q
L
 
V
I
 
I
N
 
N
T
 
S
A
 
A
A
 
A
T
 
K
L
 
T
R
 
Y
H
 
Y
M
 
M
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
F
 
Q
S
 
P
V
 
V
P
 
P
L
 
I
V
 
V
L
 
F
R
 
R
M
 
G
A
 
P
T
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
S
R
 
A
Q
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
H
|
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
C
L
 
F
E
 
A
G
 
A
W
 
W
F
 
Y
A
 
G
H
 
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
S
P
 
P
A
 
W
T
 
N
V
 
S
E
 
E
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
I
W
 
K
P
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
N
D
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
V
I
 
V
F
 
L
E
 
E
H
 
N
A
 
E
Q
 
L
L
 
M
Y
 
Y
N
 
G
L
 
V
E
 
P
D
 
F
E
 
E
L
 
F
P
 
P
P
 
P
-
 
E
-
 
A
-
 
Q
-
 
S
-
 
K
S
 
D
M
 
F
A
 
L
V
 
I
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
K
V
 
I
R
 
E
R
 
R
P
 
Q
G
 
G
S
 
T
D
 
H
L
 
I
S
 
T
L
 
V
I
 
V
A
 
S
Y
 
H
G
 
S
G
 
R
T
 
P
L
 
V
H
 
G
K
 
H
A
 
C
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
V
L
 
L
A
 
S
E
 
K
E
 
E
G
 
G
I
 
V
A
 
E
A
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
M
R
 
R
V
 
T
L
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
M
D
 
D
E
 
M
V
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
E
D
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
M
K
 
K
T
 
T
R
 
N
R
 
H
A
 
L
L
 
V
V
 
T
V
 
V
D
 
E
E
 
G
G
 
G
W
 
W
R
 
P
S
 
Q
G
 
F
S
 
G
L
 
V
S
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
I
 
C
T
 
A
R
 
R
I
 
I
I
 
M
E
 
E
Q
 
G
G
 
P
F
 
A
F
 
F
E
 
N
-
 
F
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
P
 
A
A
 
V
R
 
R
V
 
V
C
 
T
S
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
P
 
P
I
 
M
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
R
 
K
H
 
I
L
 
L
E
 
E
E
 
D
A
 
N
A
 
S
L
 
I
P
 
P
Q
 
Q
V
 
V
P
 
K
T
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
F
A
 
A
A
 
I
R
 
K
Q
 
K
L
 
T
L
 
L

P11177 Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial; PDHE1-B; EC 1.2.4.1 from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
42% identity, 99% coverage: 4:323/324 of query aligns to 32:357/359 of P11177

query
sites
P11177
R
 
Q
I
 
V
S
 
T
Y
 
V
R
 
R
E
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
N
E
 
Q
A
 
G
L
 
M
R
 
D
E
 
E
A
 
E
L
 
L
Q
 
E
R
 
R
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
V
F
 
F
L
 
L
M
 
L
G
 
G
E
 
E
D
 
E
V
 
V
G
 
A
R
 
Q
Y
 
Y
G
 
D
G
 
G
T
 
A
Y
 
Y
A
 
K
V
 
V
S
 
S
K
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
W
E
 
K
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
D
A
 
K
R
 
R
I
 
I
R
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
 
I
S
 
S
E
|
E
L
 
M
A
 
G
F
 
F
V
 
A
G
 
G
A
 
I
G
 
A
I
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
M
G
 
A
G
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
C
E
 
E
V
 
F
M
 
M
T
 
T
V
 
F
N
 
N
F
 
F
A
 
S
L
 
M
L
 
Q
A
 
A
L
 
I
D
 
D
P
 
Q
L
 
V
I
 
I
N
 
N
T
 
S
A
 
A
A
 
A
T
 
K
L
 
T
R
 
Y
H
 
Y
M
 
M
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
F
 
Q
S
 
P
V
 
V
P
 
P
L
 
I
V
 
V
L
 
F
R
 
R
M
 
G
A
 
P
T
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
S
R
 
A
Q
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
H
 
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
C
L
 
F
E
 
A
G
 
A
W
 
W
F
 
Y
A
 
G
H
 
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
S
P
 
P
A
 
W
T
 
N
V
 
S
E
 
E
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
I
W
 
K
P
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
N
D
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
V
I
 
V
F
 
L
E
 
E
H
 
N
A
 
E
Q
 
L
L
 
M
Y
 
Y
N
 
G
L
 
V
E
 
P
D
 
F
E
 
E
L
 
F
P
 
P
P
 
P
-
 
E
-
 
A
-
 
Q
-
 
S
-
 
K
S
 
D
M
 
F
A
 
L
V
 
I
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
K
V
 
I
R
 
E
R
 
R
P
 
Q
G
 
G
S
 
T
D
 
H
L
 
I
S
 
T
L
 
V
I
 
V
A
 
S
Y
 
H
G
 
S
G
 
R
T
 
P
L
 
V
H
 
G
K
 
H
A
 
C
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
V
L
 
L
A
 
S
E
 
K
E
|
E
G
 
G
I
 
V
A
x
E
A
 
C
E
|
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
M
R
 
R
V
 
T
L
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
M
D
 
D
E
 
M
V
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
E
D
 
A
S
 
S
V
 
V
R
 
M
K
 
K
T
 
T
R
 
N
R
 
H
A
 
L
L
 
V
V
 
T
V
 
V
D
 
E
E
 
G
G
 
G
W
 
W
R
 
P
S
 
Q
G
 
F
S
 
G
L
 
V
S
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
I
 
C
T
 
A
R
 
R
I
 
I
I
 
M
E
 
E
Q
 
G
G
 
P
F
 
A
F
 
F
E
 
N
-
 
F
L
 
L
D
|
D
A
 
A
P
 
P
P
 
A
A
 
V
R
 
R
V
 
V
C
 
T
S
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
P
 
P
I
 
M
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
R
 
K
H
 
I
L
 
L
E
 
E
E
 
D
A
 
N
A
 
S
L
 
I
P
 
P
Q
 
Q
V
 
V
P
 
K
T
 
D
I
 
I
I
 
I
A
 
F
A
 
A
A
 
I
R
 
K
Q
 
K
L
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3dv0D Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
39% identity, 99% coverage: 4:323/324 of query aligns to 2:322/324 of 3dv0D

query
sites
3dv0D
R
 
Q
I
 
M
S
 
T
Y
 
M
R
 
V
E
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
I
A
 
E
L
 
L
Q
 
K
R
 
N
D
 
D
E
 
P
R
 
N
A
 
V
F
 
L
L
 
I
M
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
R
 
V
Y
 
N
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
R
V
 
A
S
 
T
K
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
E
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
E
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
S
 
A
E
|
E
L
 
S
A
 
G
F
 
I
V
 
G
G
 
G
A
 
L
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
L
A
 
A
L
 
L
G
 
Q
G
 
G
M
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
P
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
T
x
F
V
 
F
N
 
G
F
|
F
A
 
V
L
 
Y
L
x
E
A
 
V
L
 
M
D
 
D
P
 
S
L
 
I
I
 
C
N
 
G
T
 
Q
A
 
M
A
 
A
T
 
R
L
 
I
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
F
 
Y
S
 
H
V
 
M
P
 
P
L
 
I
V
 
T
L
 
I
R
 
R
M
 
S
A
 
P
T
 
F
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
V
Q
 
H
L
 
T
A
 
P
A
 
E
Q
 
L
H
|
H
S
 
S
H
 
D
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
W
 
L
F
 
V
A
 
A
H
 
Q
V
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
I
P
 
P
A
 
S
T
 
T
V
 
P
E
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
I
P
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
I
I
 
F
F
 
L
E
 
E
H
 
H
A
 
L
Q
 
K
L
 
L
Y
 
Y
-
 
R
N
 
S
L
 
F
E
 
R
D
 
Q
E
 
E
L
 
V
P
 
P
P
 
E
S
 
G
-
 
E
M
 
Y
A
 
T
V
 
I
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
D
V
 
I
R
 
K
R
 
R
P
 
E
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
I
S
 
T
L
 
I
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
A
T
 
M
L
 
V
H
 
H
K
 
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
K
E
 
E
G
 
G
I
 
I
A
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
V
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
D
 
D
E
 
I
V
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
I
D
 
G
S
 
S
V
 
V
R
 
E
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
V
D
 
Q
E
 
E
G
 
A
W
 
Q
R
 
R
S
 
Q
G
 
A
S
 
G
L
 
I
S
 
A
A
 
A
E
 
N
I
 
V
I
 
V
T
 
A
R
 
E
I
 
I
I
 
N
E
 
E
Q
 
R
G
 
A
F
 
I
F
 
L
E
 
S
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
V
A
 
L
R
 
R
V
 
V
C
 
A
S
 
A
A
 
P
E
 
D
V
 
T
P
 
V
I
 
Y
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
R
 
Q
H
 
A
L
 
-
E
 
E
E
 
S
A
 
V
A
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
N
V
 
F
P
 
K
T
 
D
I
 
V
I
 
I
A
 
E
A
 
T
A
 
A
R
 
K
Q
 
K
L
 
V
L
 
M

3dv0B Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
39% identity, 99% coverage: 4:323/324 of query aligns to 2:322/324 of 3dv0B

query
sites
3dv0B
R
 
Q
I
 
M
S
 
T
Y
 
M
R
 
V
E
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
I
A
 
E
L
 
L
Q
 
K
R
 
N
D
 
D
E
 
P
R
 
N
A
 
V
F
 
L
L
 
I
M
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
R
 
V
Y
 
N
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
R
V
 
A
S
 
T
K
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
E
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
E
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
S
 
A
E
|
E
L
 
S
A
 
G
F
 
I
V
 
G
G
 
G
A
 
L
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
L
A
 
A
L
 
L
G
 
Q
G
 
G
M
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
P
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
T
 
F
V
 
F
N
 
G
F
|
F
A
 
V
L
 
Y
L
x
E
A
 
V
L
 
M
D
 
D
P
 
S
L
 
I
I
 
C
N
 
G
T
 
Q
A
 
M
A
 
A
T
 
R
L
 
I
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
F
 
Y
S
 
H
V
 
M
P
 
P
L
 
I
V
 
T
L
 
I
R
 
R
M
 
S
A
 
P
T
 
F
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
V
Q
 
H
L
 
T
A
 
P
A
 
E
Q
 
L
H
|
H
S
 
S
H
 
D
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
W
 
L
F
 
V
A
 
A
H
 
Q
V
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
I
P
 
P
A
 
S
T
 
T
V
 
P
E
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
I
P
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
I
I
 
F
F
 
L
E
 
E
H
 
H
A
 
L
Q
 
K
L
 
L
Y
 
Y
-
 
R
N
 
S
L
 
F
E
 
R
D
 
Q
E
 
E
L
 
V
P
 
P
P
 
E
S
 
G
-
 
E
M
 
Y
A
 
T
V
 
I
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
D
V
 
I
R
 
K
R
 
R
P
 
E
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
I
S
 
T
L
 
I
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
A
T
 
M
L
 
V
H
 
H
K
 
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
K
E
 
E
G
 
G
I
 
I
A
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
V
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
D
 
D
E
 
I
V
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
I
D
 
G
S
 
S
V
 
V
R
 
E
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
V
D
 
Q
E
 
E
G
 
A
W
 
Q
R
 
R
S
 
Q
G
 
A
S
 
G
L
 
I
S
 
A
A
 
A
E
 
N
I
 
V
I
 
V
T
 
A
R
 
E
I
 
I
I
 
N
E
 
E
Q
 
R
G
 
A
F
 
I
F
 
L
E
 
S
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
V
A
 
L
R
 
R
V
 
V
C
 
A
S
 
A
A
 
P
E
 
D
V
 
T
P
 
V
I
 
Y
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
R
 
Q
H
 
A
L
 
-
E
 
E
E
 
S
A
 
V
A
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
N
V
 
F
P
 
K
T
 
D
I
 
V
I
 
I
A
 
E
A
 
T
A
 
A
R
 
K
Q
 
K
L
 
V
L
 
M

3dufD Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
39% identity, 99% coverage: 4:323/324 of query aligns to 2:322/324 of 3dufD

query
sites
3dufD
R
 
Q
I
 
M
S
 
T
Y
 
M
R
 
V
E
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
I
A
 
E
L
 
L
Q
 
K
R
 
N
D
 
D
E
 
P
R
 
N
A
 
V
F
 
L
L
 
I
M
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
R
 
V
Y
 
N
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
R
V
 
A
S
 
T
K
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
E
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
E
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
S
 
A
E
|
E
L
 
S
A
 
G
F
 
I
V
 
G
G
 
G
A
 
L
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
L
A
 
A
L
 
L
G
 
Q
G
 
G
M
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
P
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
T
 
F
V
 
F
N
 
G
F
|
F
A
 
V
L
 
Y
L
x
E
A
 
V
L
 
M
D
 
D
P
 
S
L
 
I
I
 
C
N
 
G
T
 
Q
A
 
M
A
 
A
T
 
R
L
 
I
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
F
 
Y
S
 
H
V
 
M
P
 
P
L
 
I
V
 
T
L
 
I
R
 
R
M
 
S
A
 
P
T
 
F
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
V
Q
 
H
L
 
T
A
 
P
A
 
E
Q
 
L
H
|
H
S
 
S
H
 
D
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
W
 
L
F
 
V
A
 
A
H
 
Q
V
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
I
P
 
P
A
 
S
T
 
T
V
 
P
E
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
I
P
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
I
I
 
F
F
 
L
E
 
E
H
 
H
A
 
L
Q
 
K
L
 
L
Y
 
Y
-
 
R
N
 
S
L
 
F
E
 
R
D
 
Q
E
 
E
L
 
V
P
 
P
P
 
E
S
 
G
-
 
E
M
 
Y
A
 
T
V
 
I
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
D
V
 
I
R
 
K
R
 
R
P
 
E
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
I
S
 
T
L
 
I
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
A
T
 
M
L
 
V
H
 
H
K
 
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
K
E
 
E
G
 
G
I
 
I
A
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
V
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
D
 
D
E
 
I
V
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
I
D
 
G
S
 
S
V
 
V
R
 
E
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
V
D
 
Q
E
 
E
G
 
A
W
 
Q
R
 
R
S
 
Q
G
 
A
S
 
G
L
 
I
S
 
A
A
 
A
E
 
N
I
 
V
I
 
V
T
 
A
R
 
E
I
 
I
I
 
N
E
 
E
Q
 
R
G
 
A
F
 
I
F
 
L
E
 
S
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
V
A
 
L
R
 
R
V
 
V
C
 
A
S
 
A
A
 
P
E
 
D
V
 
T
P
 
V
I
 
Y
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
R
 
Q
H
 
A
L
 
-
E
 
E
E
 
S
A
 
V
A
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
N
V
 
F
P
 
K
T
 
D
I
 
V
I
 
I
A
 
E
A
 
T
A
 
A
R
 
K
Q
 
K
L
 
V
L
 
M

1w85B The crystal structure of pyruvate dehydrogenase e1 bound to the peripheral subunit binding domain of e2 (see paper)
39% identity, 99% coverage: 4:323/324 of query aligns to 2:322/324 of 1w85B

query
sites
1w85B
R
 
Q
I
 
M
S
 
T
Y
 
M
R
 
V
E
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
I
A
 
E
L
 
L
Q
 
K
R
 
N
D
 
D
E
 
P
R
 
N
A
 
V
F
 
L
L
 
I
M
 
F
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
R
 
V
Y
 
N
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
R
V
 
A
S
 
T
K
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
E
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
E
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
S
 
A
E
|
E
L
 
S
A
 
G
F
 
I
V
 
G
G
 
G
A
 
L
G
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
L
A
 
A
L
 
L
G
 
Q
G
 
G
M
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
P
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
T
 
F
V
 
F
N
 
G
F
|
F
A
 
V
L
 
Y
L
x
E
A
 
V
L
 
M
D
 
D
P
 
S
L
 
I
I
 
C
N
 
G
T
 
Q
A
 
M
A
 
A
T
 
R
L
 
I
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
F
 
Y
S
 
H
V
 
M
P
 
P
L
 
I
V
 
T
L
 
I
R
 
R
M
 
S
A
 
P
T
 
F
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
V
Q
 
H
L
 
T
A
 
P
A
 
E
Q
 
L
H
|
H
S
 
S
H
 
D
S
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
G
W
 
L
F
 
V
A
 
A
H
 
Q
V
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
I
P
 
P
A
 
S
T
 
T
V
 
P
E
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
I
P
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
I
I
 
F
F
 
L
E
 
E
H
 
H
A
 
L
Q
 
K
L
 
L
Y
 
Y
-
 
R
N
 
S
L
 
F
E
 
R
D
 
Q
E
 
E
L
 
V
P
 
P
P
 
E
S
 
G
-
 
E
M
 
Y
A
 
T
V
 
I
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
D
V
 
I
R
 
K
R
 
R
P
 
E
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
I
S
 
T
L
 
I
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
G
 
A
T
 
M
L
 
V
H
 
H
K
 
E
A
 
S
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
K
E
 
E
G
 
G
I
 
I
A
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
V
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
D
 
D
E
 
I
V
 
E
T
 
T
I
 
I
L
 
I
D
 
G
S
 
S
V
 
V
R
 
E
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
V
V
 
V
D
 
Q
E
 
E
G
 
A
W
 
Q
R
 
R
S
 
Q
G
 
A
S
 
G
L
 
I
S
 
A
A
 
A
E
 
N
I
 
V
I
 
V
T
 
A
R
 
E
I
 
I
I
 
N
E
 
E
Q
 
R
G
 
A
F
 
I
F
 
L
E
 
S
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
V
A
 
L
R
 
R
V
 
V
C
 
A
S
 
A
A
 
P
E
 
D
V
 
T
P
 
V
I
 
Y
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
R
 
Q
H
 
A
L
 
-
E
 
E
E
 
S
A
 
V
A
 
W
L
 
L
P
 
P
Q
 
N
V
 
F
P
 
K
T
 
D
I
 
V
I
 
I
A
 
E
A
 
T
A
 
A
R
 
K
Q
 
K
L
 
V
L
 
M

1umdD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methyl-2-oxopentanoate as an intermediate (see paper)
42% identity, 97% coverage: 9:323/324 of query aligns to 7:321/323 of 1umdD

query
sites
1umdD
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
E
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
E
A
 
E
L
 
M
Q
 
A
R
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
R
A
 
V
F
 
V
L
 
V
M
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
R
 
K
Y
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
L
V
 
V
S
 
T
K
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
P
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
M
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
S
 
S
E
|
E
L
 
A
A
 
A
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
H
G
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
A
E
 
E
V
 
I
M
x
Q
T
 
F
V
 
A
N
 
D
F
x
Y
A
 
I
L
 
F
L
x
P
A
 
G
L
 
F
D
 
D
P
 
Q
L
 
L
I
 
V
N
 
S
T
 
Q
A
 
V
A
 
A
T
 
K
L
 
L
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
S
 
T
V
 
A
P
 
P
L
 
L
V
 
V
L
 
V
R
 
R
M
 
M
A
 
P
T
 
S
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
V
Q
 
R
L
 
G
A
 
G
A
 
H
Q
 
H
H
|
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
S
L
 
P
E
 
E
G
 
A
W
 
H
F
 
F
A
 
V
H
 
H
V
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
A
P
 
V
A
 
S
T
 
T
V
 
P
E
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
K
P
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
E
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
V
I
 
F
F
 
L
E
 
E
H
 
P
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
Y
 
Y
-
 
R
N
 
S
L
 
V
E
 
K
D
 
E
E
 
E
L
 
V
P
 
P
-
 
E
P
 
E
S
 
D
M
 
Y
A
 
T
V
 
L
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
A
V
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
E
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
L
S
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
C
Y
 
Y
G
 
G
G
 
T
T
 
V
L
 
M
H
 
P
K
 
E
A
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
K
E
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
L
R
 
M
P
 
P
L
 
W
D
 
D
E
 
Y
V
 
E
T
 
A
I
 
V
L
 
M
D
 
N
S
 
S
V
 
V
R
 
A
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
V
L
 
V
V
 
L
V
 
V
D
 
S
E
 
D
G
 
A
W
 
P
R
 
R
S
 
H
G
 
A
S
 
S
L
 
F
S
 
V
A
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
A
T
 
A
R
 
T
I
 
I
I
 
A
E
 
E
Q
 
D
G
 
L
F
 
L
F
 
D
E
 
M
L
 
L
D
 
L
A
 
A
P
 
P
P
 
P
A
 
I
R
 
R
V
 
V
C
 
T
S
 
G
A
 
F
E
 
D
V
 
T
P
 
P
I
 
Y
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
R
 
Q
H
 
-
L
 
-
E
 
D
E
 
K
A
 
L
A
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
P
 
T
T
 
R
I
 
I
I
 
L
A
 
N
A
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
R
L
 
A
L
 
L

1umcD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methylpentanoate (see paper)
42% identity, 97% coverage: 9:323/324 of query aligns to 7:321/323 of 1umcD

query
sites
1umcD
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
E
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
E
A
 
E
L
 
M
Q
 
A
R
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
R
A
 
V
F
 
V
L
 
V
M
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
R
 
K
Y
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
L
V
 
V
S
 
T
K
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
P
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
M
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
S
 
S
E
|
E
L
 
A
A
 
A
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
H
G
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
A
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
T
 
F
V
 
A
N
 
D
F
x
Y
A
 
I
L
 
F
L
x
P
A
 
G
L
 
F
D
 
D
P
 
Q
L
 
L
I
 
V
N
 
S
T
 
Q
A
 
V
A
 
A
T
 
K
L
 
L
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
S
 
T
V
 
A
P
 
P
L
 
L
V
 
V
L
 
V
R
 
R
M
 
M
A
 
P
T
 
S
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
V
Q
 
R
L
 
G
A
 
G
A
 
H
Q
x
H
H
|
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
S
L
 
P
E
 
E
G
 
A
W
 
H
F
 
F
A
 
V
H
 
H
V
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
A
P
 
V
A
 
S
T
 
T
V
 
P
E
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
K
P
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
E
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
V
I
 
F
F
 
L
E
 
E
H
 
P
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
Y
 
Y
-
 
R
N
 
S
L
 
V
E
 
K
D
 
E
E
 
E
L
 
V
P
 
P
-
 
E
P
 
E
S
 
D
M
 
Y
A
 
T
V
 
L
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
A
V
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
E
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
L
S
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
C
Y
 
Y
G
 
G
G
 
T
T
 
V
L
 
M
H
 
P
K
 
E
A
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
K
E
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
L
R
 
M
P
 
P
L
 
W
D
 
D
E
 
Y
V
 
E
T
 
A
I
 
V
L
 
M
D
 
N
S
 
S
V
 
V
R
 
A
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
V
L
 
V
V
 
L
V
 
V
D
 
S
E
 
D
G
 
A
W
 
P
R
 
R
S
 
H
G
 
A
S
 
S
L
 
F
S
 
V
A
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
A
T
 
A
R
 
T
I
 
I
I
 
A
E
 
E
Q
 
D
G
 
L
F
 
L
F
 
D
E
 
M
L
 
L
D
 
L
A
 
A
P
 
P
P
 
P
A
 
I
R
 
R
V
 
V
C
 
T
S
 
G
A
 
F
E
 
D
V
 
T
P
 
P
I
 
Y
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
R
 
Q
H
 
-
L
 
-
E
 
D
E
 
K
A
 
L
A
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
P
 
T
T
 
R
I
 
I
I
 
L
A
 
N
A
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
R
L
 
A
L
 
L

1umbD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 in holo-form (see paper)
42% identity, 97% coverage: 9:323/324 of query aligns to 7:321/323 of 1umbD

query
sites
1umbD
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
E
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
E
A
 
E
L
 
M
Q
 
A
R
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
R
A
 
V
F
 
V
L
 
V
M
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
R
 
K
Y
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
L
V
 
V
S
 
T
K
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
P
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
M
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
|
L
S
 
S
E
|
E
L
 
A
A
 
A
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
H
G
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
A
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
T
 
F
V
 
A
N
 
D
F
x
Y
A
 
I
L
 
F
L
x
P
A
 
G
L
 
F
D
 
D
P
 
Q
L
 
L
I
 
V
N
 
S
T
 
Q
A
 
V
A
 
A
T
 
K
L
 
L
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
S
 
T
V
 
A
P
 
P
L
 
L
V
 
V
L
 
V
R
 
R
M
 
M
A
 
P
T
 
S
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
V
Q
 
R
L
 
G
A
 
G
A
 
H
Q
 
H
H
|
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
S
L
 
P
E
 
E
G
 
A
W
 
H
F
 
F
A
 
V
H
 
H
V
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
A
P
 
V
A
 
S
T
 
T
V
 
P
E
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
K
P
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
E
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
V
I
 
F
F
 
L
E
 
E
H
 
P
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
Y
 
Y
-
 
R
N
 
S
L
 
V
E
 
K
D
 
E
E
 
E
L
 
V
P
 
P
-
 
E
P
 
E
S
 
D
M
 
Y
A
 
T
V
 
L
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
A
V
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
E
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
L
S
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
C
Y
 
Y
G
 
G
G
 
T
T
 
V
L
 
M
H
 
P
K
 
E
A
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
K
E
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
L
R
 
M
P
 
P
L
 
W
D
 
D
E
 
Y
V
 
E
T
 
A
I
 
V
L
 
M
D
 
N
S
 
S
V
 
V
R
 
A
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
V
L
 
V
V
 
L
V
 
V
D
 
S
E
 
D
G
 
A
W
 
P
R
 
R
S
 
H
G
 
A
S
 
S
L
 
F
S
 
V
A
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
A
T
 
A
R
 
T
I
 
I
I
 
A
E
 
E
Q
 
D
G
 
L
F
 
L
F
 
D
E
 
M
L
 
L
D
 
L
A
 
A
P
 
P
P
 
P
A
 
I
R
 
R
V
 
V
C
 
T
S
 
G
A
 
F
E
 
D
V
 
T
P
 
P
I
 
Y
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
R
 
Q
H
 
-
L
 
-
E
 
D
E
 
K
A
 
L
A
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
P
 
T
T
 
R
I
 
I
I
 
L
A
 
N
A
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
R
L
 
A
L
 
L

Q5SLR3 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta chain; BCKDH E1-beta; EC 1.2.4.4 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
42% identity, 97% coverage: 9:323/324 of query aligns to 8:322/324 of Q5SLR3

query
sites
Q5SLR3
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
E
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
E
A
 
E
L
 
M
Q
 
A
R
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
R
A
 
V
F
 
V
L
 
V
M
 
L
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
G
R
 
K
Y
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
L
V
 
V
S
 
T
K
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
P
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
M
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
 
L
S
 
S
E
 
E
L
 
A
A
 
A
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
M
A
 
A
L
 
A
G
 
H
G
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
A
E
 
E
V
 
I
M
x
Q
T
 
F
V
 
A
N
 
D
F
 
Y
A
 
I
L
 
F
L
 
P
A
 
G
L
 
F
D
 
D
P
 
Q
L
 
L
I
 
V
N
 
S
T
 
Q
A
 
V
A
 
A
T
 
K
L
 
L
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
S
 
T
V
 
A
P
 
P
L
 
L
V
 
V
L
 
V
R
 
R
M
 
M
A
 
P
T
 
S
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
V
Q
 
R
L
 
G
A
 
G
A
 
H
Q
 
H
H
 
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
S
L
 
P
E
 
E
G
 
A
W
 
H
F
 
F
A
 
V
H
 
H
V
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
A
P
 
V
A
 
S
T
 
T
V
 
P
E
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
K
P
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
D
 
D
P
 
E
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
V
I
 
F
F
 
L
E
 
E
H
 
P
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
Y
 
Y
-
 
R
N
 
S
L
 
V
E
 
K
D
 
E
E
 
E
L
 
V
P
 
P
-
 
E
P
 
E
S
 
D
M
 
Y
A
 
T
V
 
L
D
 
P
I
 
I
R
 
G
S
 
K
A
 
A
R
 
A
V
 
L
R
 
R
R
 
R
P
 
E
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
L
S
 
T
L
 
L
I
 
I
A
 
G
Y
 
Y
G
 
G
G
 
T
T
 
V
L
 
M
H
 
P
K
 
E
A
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
D
 
A
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
K
E
 
A
G
 
G
I
 
V
A
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
L
R
 
M
P
 
P
L
 
W
D
 
D
E
 
Y
V
 
E
T
 
A
I
 
V
L
 
M
D
 
N
S
 
S
V
 
V
R
 
A
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
V
L
 
V
V
 
L
V
 
V
D
 
S
E
 
D
G
 
A
W
 
P
R
 
R
S
 
H
G
 
A
S
 
S
L
 
F
S
 
V
A
 
S
E
 
E
I
 
V
I
 
A
T
 
A
R
 
T
I
 
I
I
 
A
E
 
E
Q
 
D
G
 
L
F
 
L
F
 
D
E
 
M
L
 
L
D
 
L
A
 
A
P
 
P
P
 
P
A
 
I
R
 
R
V
 
V
C
 
T
S
 
G
A
 
F
E
 
D
V
 
T
P
 
P
I
 
Y
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
R
 
Q
H
 
-
L
 
-
E
 
D
E
 
K
A
 
L
A
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
T
V
 
V
P
 
T
T
 
R
I
 
I
I
 
L
A
 
N
A
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
R
L
 
A
L
 
L

1qs0B Crystal structure of pseudomonas putida 2-oxoisovalerate dehydrogenase (branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase, e1b) (see paper)
36% identity, 97% coverage: 9:323/324 of query aligns to 9:336/338 of 1qs0B

query
sites
1qs0B
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
S
A
 
A
L
 
M
R
 
D
E
 
V
A
 
M
L
 
L
Q
 
E
R
 
R
D
 
D
E
 
D
R
 
N
A
 
V
F
 
V
L
 
V
M
 
Y
G
 
G
E
 
Q
D
 
D
V
 
V
G
 
G
R
 
Y
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
R
V
 
C
S
 
T
K
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
E
 
T
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
K
A
 
S
R
 
R
I
 
V
R
 
F
D
 
D
T
 
A
P
 
P
L
 
I
S
 
S
E
|
E
L
 
S
A
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
A
I
 
V
G
 
G
A
 
M
A
 
G
L
 
A
G
 
Y
G
 
G
M
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
V
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
T
 
F
V
 
A
N
 
D
F
x
Y
A
 
F
L
 
Y
L
 
P
A
 
A
L
 
S
D
 
D
P
 
Q
L
 
I
I
 
V
N
 
S
T
 
E
A
 
M
A
 
A
T
 
R
L
 
L
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
S
G
 
A
G
 
G
Q
 
E
F
 
F
S
 
I
V
 
A
P
 
P
L
 
L
V
 
T
L
 
L
R
 
R
M
 
M
A
 
P
T
 
C
G
 
G
A
 
G
G
 
G
R
 
I
Q
 
Y
L
 
G
A
 
G
A
 
Q
Q
 
T
H
|
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
S
L
 
P
E
 
E
G
 
A
W
 
M
F
 
F
A
 
T
H
 
Q
V
 
V
P
 
C
G
 
G
L
 
L
K
 
R
V
 
T
L
 
V
A
 
M
P
 
P
A
 
S
T
 
N
V
 
P
E
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
I
P
 
A
A
 
S
L
 
I
Q
 
E
D
 
C
P
 
D
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
I
I
 
F
F
 
L
E
 
E
H
 
P
A
 
K
Q
 
R
L
 
L
Y
 
Y
N
 
N
L
 
G
E
 
P
-
 
F
-
 
D
-
 
G
-
 
H
-
 
H
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
W
D
 
S
E
 
K
L
 
H
P
 
P
P
 
H
S
 
S
-
 
A
-
 
V
-
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
Y
M
 
Y
A
 
T
V
 
V
D
 
P
I
 
L
R
 
D
S
 
K
A
 
A
R
 
A
V
 
I
R
 
T
R
 
R
P
 
P
G
 
G
S
 
N
D
 
D
L
 
V
S
 
S
L
 
V
I
 
L
A
 
T
Y
 
Y
G
 
G
G
 
T
T
 
T
L
 
V
H
 
Y
K
 
V
A
 
A
L
 
Q
Q
 
V
A
 
A
A
 
A
D
 
E
Q
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
E
E
 
S
G
 
G
I
 
V
A
 
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
S
L
 
L
R
 
W
P
 
P
L
 
L
D
 
D
E
 
L
V
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
V
D
 
E
S
 
S
V
 
V
R
 
K
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
C
L
 
V
V
 
V
V
 
V
D
 
H
E
 
E
G
 
A
W
 
T
R
 
R
S
 
T
G
 
C
S
 
G
L
 
F
S
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
L
I
 
V
T
 
S
R
 
L
I
 
V
I
 
Q
E
 
E
Q
 
H
G
 
C
F
 
F
F
 
H
E
 
H
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
I
A
 
E
R
 
R
V
 
V
C
 
T
S
 
G
A
 
W
E
 
D
V
 
T
P
 
P
I
 
Y
P
 
P
Y
 
H
A
 
A
R
 
Q
H
 
-
L
 
-
E
 
E
E
 
W
A
 
A
A
 
Y
L
 
F
P
 
P
Q
 
G
V
 
P
P
 
S
T
 
R
I
 
V
I
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
L
R
 
K
Q
 
K
L
 
V
L
 
M

2j9fD Human branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase-decarboxylase e1b (see paper)
34% identity, 99% coverage: 2:323/324 of query aligns to 5:327/329 of 2j9fD

query
sites
2j9fD
N
 
T
N
 
Q
R
 
K
I
 
M
S
 
N
Y
 
L
R
 
F
E
 
Q
A
 
S
L
 
V
R
 
T
E
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
N
A
 
S
L
 
L
Q
 
A
R
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
T
A
 
A
F
 
V
L
 
I
M
 
F
G
 
G
E
|
E
D
 
D
V
 
V
G
 
A
R
 
-
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
R
V
 
C
S
 
T
K
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
R
E
 
D
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
K
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
F
D
 
N
T
 
T
P
 
P
L
|
L
S
 
C
E
|
E
L
 
Q
A
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
F
G
 
G
I
 
I
G
 
G
A
 
I
A
 
A
L
 
V
G
 
T
G
 
G
M
 
A
R
 
T
P
 
A
I
 
I
V
 
A
E
 
E
V
 
I
M
x
Q
T
 
F
V
 
A
N
 
D
F
x
Y
A
 
I
L
 
F
L
 
P
A
 
A
L
 
F
D
 
D
P
 
Q
L
 
I
I
 
V
N
 
N
T
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
K
L
 
Y
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
S
G
 
G
G
 
D
Q
 
L
F
 
F
S
 
N
V
 
C
-
 
G
P
 
S
L
 
L
V
 
T
L
 
I
R
 
R
M
 
S
A
 
P
T
 
W
G
 
G
A
 
C
G
 
V
R
 
G
Q
 
H
L
 
G
A
 
A
A
 
L
Q
 
Y
H
|
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
S
L
 
P
E
 
E
G
 
A
W
 
F
F
 
F
A
 
A
H
 
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
I
P
 
P
A
 
R
T
 
S
V
 
P
E
 
F
D
 
Q
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
L
P
 
S
A
 
C
L
 
I
Q
 
E
D
 
D
P
 
K
D
 
N
P
 
P
V
 
C
L
 
I
I
 
F
F
 
F
E
 
E
H
 
P
A
 
K
Q
 
I
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
L
 
A
E
 
A
D
 
A
E
 
E
L
 
E
P
 
V
P
 
P
S
 
I
M
 
E
A
 
P
V
 
Y
D
 
N
I
 
I
-
 
P
-
 
L
R
 
S
S
 
Q
A
 
A
R
 
E
V
 
V
R
 
I
R
 
Q
P
 
E
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
V
S
 
T
L
 
L
I
 
V
A
 
A
Y
 
W
G
 
G
G
 
T
T
 
Q
L
 
V
H
 
H
K
 
V
A
 
I
L
 
R
Q
 
E
A
 
V
A
 
A
D
 
S
Q
 
M
L
 
A
A
 
K
E
 
E
E
 
K
-
 
L
G
 
G
I
 
V
A
 
S
A
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
I
R
 
I
P
 
P
L
 
W
D
 
D
E
 
V
V
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
C
D
 
K
S
 
S
V
 
V
R
 
I
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
L
L
 
L
V
 
I
V
 
S
D
 
H
E
 
E
G
 
A
W
 
P
R
 
L
S
 
T
G
 
G
S
 
G
L
 
F
S
 
A
A
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
S
T
 
S
R
 
T
I
 
V
I
 
Q
E
 
E
Q
 
E
G
 
C
F
 
F
F
 
L
E
 
N
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
I
A
 
S
R
 
R
V
 
V
C
 
C
S
 
G
A
 
Y
E
 
D
V
 
T
P
 
P
I
 
F
P
 
P
Y
 
H
A
 
I
R
 
-
H
 
-
L
 
F
E
 
E
E
 
P
A
 
F
A
 
Y
L
 
I
P
 
P
Q
 
D
V
 
K
P
 
W
T
 
K
I
 
C
I
 
Y
A
 
D
A
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
K
L
 
M
L
 
I

1dtwB Human branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase (see paper)
34% identity, 99% coverage: 2:323/324 of query aligns to 2:324/326 of 1dtwB

query
sites
1dtwB
N
 
T
N
 
Q
R
 
K
I
 
M
S
 
N
Y
 
L
R
 
F
E
 
Q
A
 
S
L
 
V
R
 
T
E
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
N
A
 
S
L
 
L
Q
 
A
R
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
T
A
 
A
F
 
V
L
 
I
M
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
A
R
 
-
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
R
V
 
C
S
 
T
K
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
R
E
 
D
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
K
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
F
D
 
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
S
 
C
E
|
E
L
 
Q
A
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
F
G
 
G
I
 
I
G
 
G
A
 
I
A
 
A
L
 
V
G
 
T
G
 
G
M
 
A
R
 
T
P
 
A
I
 
I
V
 
A
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
T
 
F
V
 
A
N
 
D
F
 
Y
A
 
I
L
 
F
L
 
P
A
 
A
L
 
F
D
 
D
P
 
Q
L
 
I
I
 
V
N
 
N
T
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
K
L
 
Y
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
S
G
 
G
G
 
D
Q
 
L
F
 
F
S
 
N
V
 
C
-
x
G
P
x
S
L
|
L
V
x
T
L
 
I
R
 
R
M
 
S
A
 
P
T
 
W
G
 
G
A
 
C
G
 
V
R
 
G
Q
 
H
L
 
G
A
 
A
A
 
L
Q
 
Y
H
|
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
S
L
 
P
E
 
E
G
 
A
W
 
F
F
 
F
A
 
A
H
 
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
I
P
 
P
A
 
R
T
 
S
V
 
P
E
 
F
D
 
Q
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
L
P
 
S
A
x
C
L
x
I
Q
 
E
D
|
D
P
 
K
D
x
N
P
|
P
V
x
C
L
 
I
I
 
F
F
 
F
E
 
E
H
 
P
A
 
K
Q
 
I
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
L
 
A
E
 
A
D
 
A
E
 
E
L
 
E
P
 
V
P
 
P
S
 
I
M
 
E
A
 
P
V
 
Y
D
 
N
I
 
I
-
 
P
-
 
L
R
 
S
S
 
Q
A
 
A
R
 
E
V
 
V
R
 
I
R
 
Q
P
 
E
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
V
S
 
T
L
 
L
I
 
V
A
 
A
Y
 
W
G
 
G
G
 
T
T
 
Q
L
 
V
H
 
H
K
 
V
A
 
I
L
 
R
Q
 
E
A
 
V
A
 
A
D
 
S
Q
 
M
L
 
A
A
 
K
E
 
E
E
 
K
-
 
L
G
 
G
I
 
V
A
 
S
A
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
I
R
 
I
P
 
P
L
 
W
D
 
D
E
 
V
V
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
C
D
 
K
S
 
S
V
 
V
R
 
I
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
L
L
 
L
V
 
I
V
 
S
D
 
H
E
 
E
G
 
A
W
 
P
R
 
L
S
 
T
G
 
G
S
 
G
L
 
F
S
 
A
A
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
S
T
 
S
R
 
T
I
 
V
I
 
Q
E
 
E
Q
 
E
G
 
C
F
 
F
F
 
L
E
 
N
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
I
A
 
S
R
 
R
V
 
V
C
 
C
S
 
G
A
 
Y
E
 
D
V
 
T
P
 
P
I
 
F
P
 
P
Y
 
H
A
 
I
R
 
-
H
 
-
L
 
F
E
 
E
E
 
P
A
 
F
A
 
Y
L
 
I
P
 
P
Q
 
D
V
 
K
P
 
W
T
 
K
I
 
C
I
 
Y
A
 
D
A
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
K
L
 
M
L
 
I

P21953 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta, mitochondrial; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta chain; BCKDE1B; BCKDH E1-beta; EC 1.2.4.4 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
34% identity, 99% coverage: 2:323/324 of query aligns to 68:390/392 of P21953

query
sites
P21953
N
 
T
N
 
Q
R
 
K
I
 
M
S
 
N
Y
 
L
R
 
F
E
 
Q
A
 
S
L
 
V
R
 
T
E
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
N
A
 
S
L
 
L
Q
 
A
R
 
K
D
 
D
E
 
P
R
 
T
A
 
A
F
 
V
L
 
I
M
 
F
G
 
G
E
 
E
D
 
D
V
 
V
G
 
A
R
 
-
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
T
 
V
Y
 
F
A
 
R
V
 
C
S
 
T
K
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
R
E
 
D
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
K
A
 
D
R
 
R
I
 
V
R
 
F
D
 
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
S
 
C
E
 
E
L
 
Q
A
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
F
G
 
G
I
 
I
G
 
G
A
 
I
A
 
A
L
 
V
G
 
T
G
 
G
M
 
A
R
 
T
P
 
A
I
 
I
V
 
A
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
T
 
F
V
 
A
N
 
D
F
x
Y
A
 
I
L
 
F
L
 
P
A
 
A
L
 
F
D
 
D
P
 
Q
L
 
I
I
 
V
N
 
N
T
 
E
A
 
A
A
 
A
T
 
K
L
 
Y
R
 
R
H
 
Y
M
 
R
S
 
S
G
 
G
G
 
D
Q
 
L
F
 
F
S
x
N
V
 
C
-
x
G
P
 
S
L
|
L
V
x
T
L
 
I
R
 
R
M
 
S
A
 
P
T
 
W
G
 
G
A
 
C
G
 
V
R
 
G
Q
 
H
L
 
G
A
 
A
A
 
L
Q
 
Y
H
 
H
S
 
S
H
 
Q
S
 
S
L
 
P
E
 
E
G
 
A
W
 
F
F
 
F
A
 
A
H
|
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
I
P
 
P
A
 
R
T
 
S
V
 
P
E
 
F
D
 
Q
A
 
A
R
 
K
G
 
G
M
 
L
L
 
L
W
 
L
P
 
S
A
x
C
L
 
I
Q
 
E
D
|
D
P
 
K
D
x
N
P
 
P
V
 
C
L
 
I
I
 
F
F
 
F
E
 
E
H
 
P
A
 
K
Q
 
I
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
L
 
A
E
 
A
D
 
A
E
 
E
L
 
E
P
 
V
P
 
P
-
 
I
-
 
E
S
 
P
M
 
Y
A
 
N
V
 
I
D
 
P
I
 
L
R
 
S
S
 
Q
A
 
A
R
 
E
V
 
V
R
 
I
R
 
Q
P
 
E
G
 
G
S
 
S
D
 
D
L
 
V
S
 
T
L
 
L
I
 
V
A
 
A
Y
 
W
G
 
G
G
 
T
T
 
Q
L
 
V
H
 
H
K
 
V
A
 
I
L
 
R
Q
 
E
A
 
V
A
 
A
D
 
S
Q
 
M
L
 
A
A
 
K
E
 
E
E
 
K
-
 
L
G
 
G
I
 
V
A
 
S
A
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
V
 
T
L
 
I
R
 
I
P
 
P
L
 
W
D
 
D
E
 
V
V
 
D
T
 
T
I
 
I
L
 
C
D
 
K
S
 
S
V
 
V
R
 
I
K
 
K
T
 
T
R
 
G
R
 
R
A
 
L
L
 
L
V
 
I
V
 
S
D
 
H
E
 
E
G
 
A
W
 
P
R
 
L
S
 
T
G
 
G
S
 
G
L
 
F
S
 
A
A
 
S
E
 
E
I
 
I
I
 
S
T
 
S
R
 
T
I
 
V
I
 
Q
E
 
E
Q
 
E
G
 
C
F
 
F
F
 
L
E
 
N
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
I
A
 
S
R
 
R
V
 
V
C
 
C
S
 
G
A
 
Y
E
 
D
V
 
T
P
 
P
I
 
F
P
 
P
Y
 
H
A
 
I
R
 
-
H
 
-
L
 
F
E
 
E
E
 
P
A
 
F
A
 
Y
L
 
I
P
 
P
Q
 
D
V
 
K
P
 
W
T
 
K
I
 
C
I
 
Y
A
 
D
A
 
A
A
 
L
R
 
R
Q
 
K
L
 
M
L
 
I

6yakDDD C-terminal component of the split chain transketolase (see paper)
25% identity, 92% coverage: 5:302/324 of query aligns to 3:272/311 of 6yakDDD

query
sites
6yakDDD
I
 
I
S
 
A
Y
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
Y
R
 
G
E
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
V
E
 
E
A
 
L
L
 
G
Q
 
Q
R
 
E
D
 
N
E
 
P
R
 
K
A
 
I
F
 
V
L
 
V
M
 
L
G
 
D
E
 
A
D
|
D
V
 
L
G
 
S
R
 
K
Y
 
S
G
 
T
G
 
K
T
 
T
Y
 
S
A
 
D
V
 
F
S
 
A
K
 
K
G
 
A
L
 
F
L
 
P
E
 
E
E
 
R
F
 
F
G
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
I
 
-
R
 
F
D
 
N
T
 
M
P
 
G
L
x
I
S
 
A
E
|
E
L
 
Q
A
 
N
F
 
L
V
 
M
G
 
G
A
 
V
G
 
A
I
 
A
G
 
G
A
 
L
A
 
S
L
 
T
G
 
V
G
 
G
M
 
K
R
 
I
P
 
P
I
 
F
V
 
A
E
 
S
V
 
T
M
 
F
T
 
A
V
 
V
N
x
F
F
 
A
A
 
A
L
 
G
L
 
R
A
 
A
L
 
F
D
 
E
P
 
I
L
 
I
I
 
R
N
 
N
T
 
S
A
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
-
H
 
-
M
 
I
S
 
C
G
 
Y
G
 
P
Q
 
K
F
 
L
S
 
N
V
 
V
P
 
K
L
 
I
V
 
A
L
 
-
R
 
-
M
 
-
A
 
A
T
 
T
G
 
H
A
 
A
G
 
G
R
 
L
Q
 
T
L
 
V
A
 
G
-
 
E
-
 
D
-
 
G
A
 
A
Q
 
S
H
 
H
S
 
Q
H
 
A
S
 
I
L
 
E
E
 
D
G
 
L
W
 
A
F
 
L
A
 
M
H
 
R
V
 
V
-
 
L
P
 
P
G
 
N
L
 
M
K
 
Q
V
 
V
L
 
F
A
 
V
P
 
P
A
 
A
T
 
D
V
 
A
E
 
A
D
 
Q
A
 
T
R
 
R
G
 
A
M
 
I
L
 
V
W
 
K
P
 
K
A
 
A
L
 
A
Q
 
E
D
 
I
P
 
E
D
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
Y
I
 
I
F
 
-
E
 
-
H
 
R
A
 
L
Q
 
G
L
 
R
Y
 
S
N
 
G
L
 
V
E
 
P
D
 
E
E
 
V
L
 
F
P
 
S
P
 
P
S
 
D
M
 
I
A
 
R
V
 
F
D
 
E
I
 
P
R
 
G
S
 
R
A
 
G
R
 
T
V
 
V
R
 
L
R
 
K
P
 
E
G
 
G
S
 
K
D
 
D
L
 
V
S
 
T
L
 
I
I
 
V
A
 
A
Y
 
L
G
 
G
G
 
I
T
 
M
L
 
T
H
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
K
Q
 
M
L
 
L
A
 
E
E
 
A
E
 
E
G
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
A
E
 
R
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
M
R
 
A
V
 
S
L
 
L
R
 
K
P
 
P
L
 
I
D
 
D
E
 
R
V
 
E
T
 
L
I
 
L
L
 
V
D
 
E
S
 
S
V
 
A
R
 
R
K
 
L
T
 
T
R
 
G
R
 
A
A
 
V
L
 
V
V
 
T
V
 
A
D
 
E
E
 
E
G
 
H
W
 
S
R
 
V
S
 
I
G
 
G
S
 
G
L
 
L
S
 
G
A
 
S
E
 
A
I
 
V
I
 
-
T
 
-
R
 
-
I
 
-
I
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
F
 
-
E
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
A
R
 
E
V
 
V
C
 
L
S
 
S
A
 
E
E
 
E
V
 
Y
P
 
P
I
 
I
P
 
P
Y
 
V
A
 
V
R
 
K

6ha3A Human transketolase variant e160q in covalent complex with donor ketose d-fructose-6-phosphate (see paper)
30% identity, 32% coverage: 173:277/324 of query aligns to 475:576/620 of 6ha3A

query
sites
6ha3A
E
 
E
H
 
N
A
 
A
Q
 
I
L
 
I
Y
 
Y
N
 
N
L
 
N
E
 
N
D
 
E
E
 
D
L
 
F
P
 
Q
P
 
V
S
 
G
M
 
Q
A
 
A
V
 
K
D
 
V
I
 
V
R
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
L
R
 
K
R
 
S
P
 
K
G
 
D
S
 
D
D
 
Q
L
 
V
S
 
T
L
 
V
I
 
I
A
 
G
Y
 
A
G
 
G
G
 
V
T
 
T
L
 
L
H
 
H
K
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
E
Q
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
K
E
 
E
G
 
K
I
 
I
A
 
N
A
 
I
E
 
R
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
P
R
 
F
V
 
T
L
 
I
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
D
E
 
R
V
 
K
T
 
L
I
 
I
L
 
L
D
 
D
S
 
S
V
 
A
R
 
R
K
 
A
T
 
T
R
 
K
-
 
G
R
 
R
A
 
I
L
 
L
V
 
T
V
 
V
D
 
E
E
 
D
G
 
H
W
 
Y
R
 
Y
S
 
E
G
 
G
S
 
G
L
 
I
S
 
G
A
 
E
E
 
A
I
 
V
I
 
S
T
 
S
R
 
A
I
 
V
I
 
V

Sites not aligning to the query:

8waaA Human transketolase soaked with donor ketose d-xylulose
30% identity, 32% coverage: 173:277/324 of query aligns to 475:576/620 of 8waaA

query
sites
8waaA
E
 
E
H
 
N
A
 
A
Q
 
I
L
 
I
Y
 
Y
N
 
N
L
 
N
E
 
N
D
 
E
E
 
D
L
 
F
P
 
Q
P
 
V
S
 
G
M
 
Q
A
 
A
V
 
K
D
 
V
I
 
V
R
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
L
R
 
K
R
 
S
P
 
K
G
 
D
S
 
D
D
 
Q
L
 
V
S
 
T
L
 
V
I
 
I
A
 
G
Y
 
A
G
 
G
G
 
V
T
 
T
L
 
L
H
 
H
K
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
E
Q
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
K
E
 
E
G
 
K
I
 
I
A
 
N
A
 
I
E
 
R
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
P
R
 
F
V
 
T
L
 
I
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
D
E
 
R
V
 
K
T
 
L
I
 
I
L
 
L
D
 
D
S
 
S
V
 
A
R
 
R
K
 
A
T
 
T
R
 
K
-
 
G
R
 
R
A
 
I
L
 
L
V
 
T
V
 
V
D
 
E
E
 
D
G
 
H
W
 
Y
R
 
Y
S
 
E
G
 
G
S
 
G
L
 
I
S
 
G
A
 
E
E
 
A
I
 
V
I
 
S
T
 
S
R
 
A
I
 
V
I
 
V

Sites not aligning to the query:

8wa9A Human transketolase soaked with donor ketose d-fructose
30% identity, 32% coverage: 173:277/324 of query aligns to 475:576/620 of 8wa9A

query
sites
8wa9A
E
 
E
H
 
N
A
 
A
Q
 
I
L
 
I
Y
 
Y
N
 
N
L
 
N
E
 
N
D
 
E
E
 
D
L
 
F
P
 
Q
P
 
V
S
 
G
M
 
Q
A
 
A
V
 
K
D
 
V
I
 
V
R
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
L
R
 
K
R
 
S
P
 
K
G
 
D
S
 
D
D
 
Q
L
 
V
S
 
T
L
 
V
I
 
I
A
 
G
Y
 
A
G
 
G
G
 
V
T
 
T
L
 
L
H
 
H
K
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
E
Q
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
K
E
 
E
G
 
K
I
 
I
A
 
N
A
 
I
E
 
R
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
P
R
 
F
V
 
T
L
 
I
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
D
E
 
R
V
 
K
T
 
L
I
 
I
L
 
L
D
 
D
S
 
S
V
 
A
R
 
R
K
 
A
T
 
T
R
 
K
-
 
G
R
 
R
A
 
I
L
 
L
V
 
T
V
 
V
D
 
E
E
 
D
G
 
H
W
 
Y
R
 
Y
S
 
E
G
 
G
S
 
G
L
 
I
S
 
G
A
 
E
E
 
A
I
 
V
I
 
S
T
 
S
R
 
A
I
 
V
I
 
V

Sites not aligning to the query:

6rjbB Human transketolase variant t382e (see paper)
30% identity, 32% coverage: 173:277/324 of query aligns to 475:576/622 of 6rjbB

query
sites
6rjbB
E
 
E
H
 
N
A
 
A
Q
 
I
L
 
I
Y
 
Y
N
 
N
L
 
N
E
 
N
D
 
E
E
 
D
L
 
F
P
 
Q
P
 
V
S
 
G
M
 
Q
A
 
A
V
 
K
D
 
V
I
 
V
R
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
L
R
 
K
R
 
S
P
 
K
G
 
D
S
 
D
D
 
Q
L
 
V
S
 
T
L
 
V
I
 
I
A
 
G
Y
 
A
G
 
G
G
 
V
T
 
T
L
 
L
H
 
H
K
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
E
Q
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
K
E
 
E
G
 
K
I
 
I
A
 
N
A
 
I
E
 
R
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
P
R
 
F
V
 
T
L
 
I
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
D
E
 
R
V
 
K
T
 
L
I
 
I
L
 
L
D
 
D
S
 
S
V
 
A
R
 
R
K
 
A
T
 
T
R
 
K
-
 
G
R
 
R
A
 
I
L
 
L
V
 
T
V
 
V
D
 
E
E
 
D
G
 
H
W
 
Y
R
 
Y
S
 
E
G
 
G
S
 
G
L
 
I
S
 
G
A
 
E
E
 
A
I
 
V
I
 
S
T
 
S
R
 
A
I
 
V
I
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF2175 FitnessBrowser__psRCH2:GFF2175
MNNRISYREALREALREALQRDERAFLMGEDVGRYGGTYAVSKGLLEEFGEARIRDTPLS
ELAFVGAGIGAALGGMRPIVEVMTVNFALLALDPLINTAATLRHMSGGQFSVPLVLRMAT
GAGRQLAAQHSHSLEGWFAHVPGLKVLAPATVEDARGMLWPALQDPDPVLIFEHAQLYNL
EDELPPSMAVDIRSARVRRPGSDLSLIAYGGTLHKALQAADQLAEEGIAAEVIDLRVLRP
LDEVTILDSVRKTRRALVVDEGWRSGSLSAEIITRIIEQGFFELDAPPARVCSAEVPIPY
ARHLEEAALPQVPTIIAAARQLLC

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory