SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2277 FitnessBrowser__WCS417:GFF2277 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 95% coverage: 12:251/252 of query aligns to 4:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
V
 
I
L
 
L
A
 
R
I
 
T
E
 
E
G
 
N
L
 
I
T
 
V
V
 
K
S
 
Y
F
|
F
D
 
G
G
 
E
F
|
F
K
 
K
A
 
A
V
 
L
D
 
D
N
 
G
L
 
V
N
 
S
L
 
I
Y
 
S
I
 
V
D
 
N
R
 
K
N
 
G
E
 
D
V
 
V
R
 
T
V
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
D
 
N
L
 
V
I
 
I
C
 
T
G
 
G
K
 
F
T
 
L
R
 
K
A
 
A
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
V
Q
 
Y
F
 
F
D
 
E
G
 
N
Q
 
K
E
 
D
L
 
I
T
 
T
N
 
N
M
 
K
R
 
E
E
 
P
Y
 
A
N
 
E
I
 
L
V
 
Y
R
 
H
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
G
 
V
R
 
R
K
 
T
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
P
 
P
S
 
Q
I
 
P
Y
 
L
E
 
K
N
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
F
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
M
 
I
-
 
G
S
 
E
Y
 
I
P
 
C
A
 
P
G
 
G
R
 
E
K
 
S
V
 
P
W
 
L
G
 
N
A
 
S
L
 
L
F
 
F
F
 
Y
K
 
K
R
 
K
N
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
W
I
 
I
A
 
P
R
 
K
V
 
E
E
 
E
E
 
E
V
 
M
A
 
V
R
 
E
E
 
K
I
 
A
F
 
F
-
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
L
-
 
K
L
 
L
G
 
S
D
 
H
L
 
L
L
 
Y
Q
 
D
Q
 
R
Q
 
K
A
 
A
D
 
G
L
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
M
Q
 
K
W
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
M
Q
 
T
D
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
A
V
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
P
A
 
G
Q
 
L
T
 
A
A
 
H
E
 
D
L
 
I
L
 
F
N
 
N
R
 
H
I
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
K
S
 
A
Q
 
K
G
 
G
R
 
I
S
 
T
V
 
F
L
 
L
V
 
I
I
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
E
 
D
F
 
I
V
 
V
K
 
L
S
 
N
I
 
Y
A
 
I
H
 
D
K
 
H
V
 
L
T
 
Y
V
 
V
L
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
S
 
E
M
 
I
A
 
K
S
 
N
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
N
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
31% identity, 95% coverage: 12:251/252 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
V
 
I
L
 
L
A
 
R
I
 
T
E
 
E
G
 
N
L
 
I
T
 
V
V
 
K
S
 
Y
F
|
F
D
 
G
G
 
E
F
|
F
K
 
K
A
 
A
V
 
L
D
 
D
N
 
G
L
 
V
N
 
S
L
 
I
Y
 
S
I
 
V
D
 
C
R
 
K
N
 
G
E
 
D
V
 
V
R
 
T
V
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
D
 
N
L
 
V
I
 
I
C
 
T
G
 
G
K
 
F
T
 
L
R
 
K
A
 
A
T
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
V
Q
 
Y
F
 
F
D
 
E
G
 
N
Q
 
K
E
 
D
L
 
I
T
 
T
N
 
N
M
 
K
R
 
E
E
 
P
Y
 
A
N
 
E
I
 
L
V
 
Y
R
 
H
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
G
 
V
R
 
R
K
 
T
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
P
 
P
S
 
Q
I
 
P
Y
 
L
E
 
K
N
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
F
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
M
 
I
-
 
G
S
 
E
Y
 
I
P
 
N
A
 
P
G
 
G
R
 
E
K
 
S
V
 
P
W
 
L
G
 
N
A
 
S
L
 
L
F
 
F
F
 
Y
K
 
K
R
 
K
N
 
-
A
 
-
Q
 
-
V
 
W
I
 
I
A
 
P
R
 
K
V
 
E
E
 
E
E
 
E
V
 
M
A
 
V
R
 
E
E
 
K
I
 
A
F
 
F
-
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
L
-
 
K
L
 
L
G
 
S
D
 
H
L
 
L
L
 
Y
Q
 
D
Q
 
R
Q
 
K
A
 
A
D
 
G
L
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
M
Q
 
K
W
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
M
Q
 
T
D
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
A
V
 
-
N
 
-
E
 
-
R
 
P
A
 
G
Q
 
L
T
 
A
A
 
H
E
 
D
L
 
I
L
 
F
N
 
N
R
 
H
I
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
L
-
 
K
S
 
A
Q
 
K
G
 
G
R
 
I
S
 
T
V
 
F
L
 
L
V
 
I
I
 
I
E
 
E
H
 
H
D
 
R
M
 
L
E
 
D
F
 
I
V
 
V
K
 
L
S
 
N
I
 
Y
A
 
I
H
 
D
K
 
H
V
 
L
T
 
Y
V
 
V
L
 
M
H
 
F
Q
 
N
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
L
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
E
S
 
E
M
 
I
A
 
K
S
 
N
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
N
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
34% identity, 95% coverage: 12:251/252 of query aligns to 6:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
V
 
V
L
 
L
A
 
E
I
 
V
E
 
Q
G
 
S
L
 
L
T
 
H
V
 
V
S
 
Y
F
x
Y
D
 
G
G
 
A
F
 
I
K
 
H
A
 
A
V
 
I
D
 
K
N
 
G
L
 
I
N
 
D
L
 
L
Y
 
K
I
 
V
D
 
P
R
 
R
N
 
G
E
 
Q
V
 
I
R
 
V
V
 
T
V
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
T
L
 
L
D
 
S
L
 
A
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
Q
S
 
K
G
 
G
S
 
K
I
 
I
Q
 
I
F
 
F
D
 
N
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
L
 
I
T
 
T
N
 
N
M
 
K
R
 
P
E
 
A
Y
 
H
N
 
V
I
 
I
V
 
N
R
 
R
A
 
M
G
 
G
V
 
I
G
 
A
R
 
L
K
 
V
F
 
P
Q
x
E
N
 
G
P
 
R
S
 
R
I
 
I
Y
 
F
E
 
P
N
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
M
S
 
-
Y
 
-
P
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
W
 
-
G
 
G
A
 
A
L
 
-
F
 
Y
F
 
N
K
 
R
R
 
K
N
 
D
A
 
K
Q
 
E
V
 
G
I
 
I
A
 
K
R
 
R
V
 
D
E
 
L
E
 
E
V
 
W
A
 
I
R
 
F
E
 
S
I
 
L
F
 
F
-
 
P
-
 
R
L
 
L
G
 
K
D
 
E
L
 
R
L
 
L
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
L
A
 
G
D
 
G
L
 
T
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
Q
W
 
M
L
 
L
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
M
Q
 
S
D
 
R
P
 
P
E
 
K
L
 
L
L
 
L
M
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
S
A
 
L
G
 
G
M
 
L
S
 
A
V
 
P
N
 
I
E
 
L
R
 
V
A
 
S
Q
 
E
T
 
V
A
 
F
E
 
E
L
 
V
L
 
I
N
 
Q
R
 
K
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
-
 
E
G
 
G
R
 
T
S
 
T
V
 
I
L
 
L
V
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
Q
D
 
N
M
 
A
E
 
L
F
 
G
V
 
A
K
 
L
S
 
K
I
 
V
A
 
A
H
 
H
K
 
Y
V
 
G
T
 
Y
V
 
V
L
 
L
H
 
E
Q
 
T
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
L
 
V
A
 
L
E
 
E
G
 
G
S
 
K
M
 
A
A
 
S
S
 
E
V
 
L
Q
 
L
S
 
D
N
 
N
P
 
E
K
 
M
V
 
V
I
 
R
E
 
K
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
32% identity, 92% coverage: 11:242/252 of query aligns to 3:230/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
P
 
P
V
 
I
L
 
L
A
 
A
I
 
A
E
 
E
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
Y
S
 
A
F
|
F
D
 
P
G
 
G
-
 
G
F
x
V
K
 
K
A
|
A
V
 
L
D
 
D
N
 
D
L
 
L
N
 
S
L
 
L
Y
 
A
I
 
V
D
 
P
R
 
K
N
 
G
E
 
E
V
 
S
R
 
L
V
 
A
V
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
L
D
 
L
L
 
H
I
 
L
C
 
N
G
 
G
K
 
T
T
 
L
R
 
R
A
 
P
T
 
Q
S
 
S
G
 
G
S
 
R
I
 
V
Q
 
L
F
 
L
D
 
G
G
 
G
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
H
-
 
S
-
 
R
Q
 
K
E
 
D
L
 
L
T
 
T
N
 
G
M
 
W
R
 
R
E
 
R
Y
 
-
N
 
-
I
 
-
V
 
-
R
 
R
A
 
V
G
 
G
V
 
L
G
 
V
R
 
L
K
x
Q
F
 
D
Q
 
A
N
 
D
P
 
D
S
 
Q
I
 
L
Y
 
F
E
 
A
N
 
T
L
 
-
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
E
N
 
D
L
 
V
E
 
S
M
 
-
S
 
-
Y
 
-
P
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
W
 
F
G
 
G
A
 
P
L
 
L
F
 
N
F
 
L
K
 
G
-
 
L
R
 
S
N
 
E
A
 
A
Q
 
E
V
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
A
A
 
L
R
 
A
E
 
A
I
 
L
F
 
S
L
 
I
G
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
R
Q
 
D
Q
 
R
Q
 
P
A
 
T
D
x
H
L
x
M
L
|
L
S
|
S
H
 
G
G
|
G
Q
|
Q
K
 
K
Q
 
R
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
G
L
 
A
L
 
V
M
 
A
Q
 
M
D
 
R
P
 
P
E
 
E
L
 
V
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
V
 
T
A
 
A
G
 
G
M
 
L
S
 
D
V
 
L
N
 
A
E
 
G
R
 
T
A
 
E
Q
 
Q
T
 
L
A
 
L
E
 
T
L
 
L
L
 
L
N
 
R
R
 
G
I
 
L
-
 
R
S
 
A
Q
 
A
G
 
G
R
 
M
S
 
T
V
 
L
L
 
V
V
 
F
I
 
S
E
 
T
H
|
H
D
 
D
M
 
V
E
 
E
F
 
L
V
 
A
K
 
A
S
 
A
I
 
L
A
 
A
H
 
D
K
 
R
V
 
V
T
 
A
V
 
L
L
 
F
H
 
R
Q
 
T
G
 
G
K
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
G
S
 
A
M
 
A
A
 
E
S
 
A
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
N
 
D

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
29% identity, 93% coverage: 11:244/252 of query aligns to 16:240/378 of P69874

query
sites
P69874
P
 
P
V
 
L
L
 
V
A
 
Q
I
 
L
E
 
A
G
 
G
L
 
I
T
 
R
V
 
K
S
x
C
F
|
F
D
 
D
G
 
G
F
 
K
K
 
E
A
 
V
V
 
I
D
 
P
N
 
Q
L
 
L
N
 
D
L
 
L
Y
 
T
I
 
I
D
 
N
R
 
N
N
 
G
E
 
E
V
x
F
R
 
L
V
 
T
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
V
 
V
L
|
L
D
 
R
L
 
L
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
E
R
 
T
A
 
V
T
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
R
I
 
I
Q
 
M
F
x
L
D
 
D
G
 
N
Q
 
E
E
 
D
L
 
I
T
 
T
N
 
H
M
 
V
R
 
P
E
 
A
Y
 
E
N
 
N
I
 
-
V
 
-
R
 
-
A
 
R
G
 
Y
V
 
V
G
 
N
R
 
T
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
P
 
Y
S
 
A
I
 
L
Y
 
F
E
 
P
N
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
-
M
 
-
S
 
-
Y
 
-
P
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
A
W
 
F
G
 
G
A
 
L
L
 
R
F
 
M
F
 
Q
K
 
K
R
 
T
N
 
P
-
 
A
A
 
A
Q
 
E
V
 
I
I
 
T
A
 
P
R
 
R
V
 
V
E
 
M
E
 
E
V
 
A
A
 
L
R
 
R
E
 
M
I
x
V
F
 
Q
L
 
L
G
 
E
D
 
T
L
 
F
L
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
Q
 
K
A
 
P
D
 
H
L
 
Q
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
V
M
 
V
Q
 
N
D
 
K
P
 
P
E
 
R
L
 
L
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
V
 
L
A
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
V
 
Y
N
 
K
E
 
L
R
 
R
A
 
K
Q
 
Q
T
 
M
A
 
Q
E
 
N
L
 
E
L
 
L
N
 
K
R
 
A
I
 
L
S
 
Q
Q
 
R
-
 
K
-
 
L
G
 
G
R
 
I
S
 
T
V
 
F
L
 
V
V
 
F
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
E
 
E
F
 
E
V
 
A
K
 
L
S
 
T
I
 
M
A
 
S
H
 
D
K
 
R
V
 
I
T
 
V
V
 
V
L
 
M
H
 
R
Q
 
D
G
 
G
K
 
R
V
 
I
L
 
E
A
 
Q
E
 
D
G
 
G
S
 
T
M
 
P
A
 
R
S
 
E
V
 
I
Q
 
Y
S
 
E
N
 
E
P
 
P
K
 
K

Sites not aligning to the query:

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
31% identity, 88% coverage: 27:248/252 of query aligns to 20:237/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
A
 
A
V
 
L
D
 
D
N
 
N
L
 
V
N
 
N
L
 
I
Y
 
N
I
 
I
D
 
E
R
 
N
N
 
G
E
 
E
V
 
R
R
 
F
V
 
G
V
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
F
L
 
M
D
 
R
L
 
I
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
R
 
V
A
 
P
T
 
S
S
 
T
G
 
G
S
 
E
I
 
L
Q
 
Y
F
 
F
D
 
D
G
 
D
Q
 
R
E
 
L
L
 
V
T
 
A
N
 
S
M
 
N
R
 
G
E
 
K
Y
 
L
N
 
I
I
 
V
V
 
P
R
 
P
A
 
E
G
 
D
-
 
R
-
 
K
V
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
T
P
 
W
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
-
M
 
-
S
 
A
Y
 
F
P
 
P
A
 
L
G
 
T
R
 
N
K
 
M
V
 
K
W
 
M
G
 
S
A
 
-
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
-
N
 
K
A
 
E
Q
 
E
V
 
I
I
 
R
A
 
K
R
 
R
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
R
 
K
E
 
I
I
 
L
F
 
D
L
 
I
G
 
H
D
 
H
L
 
V
L
 
L
Q
 
N
Q
 
H
Q
 
F
A
 
P
D
 
R
L
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
V
Q
 
K
D
 
D
P
 
P
E
 
S
L
 
L
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
D
V
 
A
N
 
R
E
 
M
R
 
R
A
 
D
Q
 
S
T
 
A
A
 
R
E
 
A
L
 
L
L
 
V
N
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
Q
Q
 
S
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
V
S
 
T
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
E
 
A
F
 
D
V
 
I
K
 
F
S
 
A
I
 
I
A
 
A
H
 
D
K
 
R
V
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
H
 
V
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
P
A
 
E
S
 
D
V
 
L
Q
 
Y
S
 
D
N
 
N
P
 
P
K
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1oxvA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
31% identity, 88% coverage: 27:248/252 of query aligns to 20:237/353 of 1oxvA

query
sites
1oxvA
A
 
A
V
 
L
D
 
D
N
 
N
L
 
V
N
 
N
L
 
I
Y
 
N
I
 
I
D
 
E
R
 
N
N
 
G
E
 
E
V
 
R
R
 
F
V
 
G
V
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
F
L
 
M
D
 
R
L
 
I
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
R
 
V
A
 
P
T
 
S
S
 
T
G
 
G
S
 
E
I
 
L
Q
 
Y
F
 
F
D
 
D
G
 
D
Q
 
R
E
 
L
L
 
V
T
 
A
N
 
S
M
 
N
R
 
G
E
 
K
Y
 
L
N
 
I
I
 
V
V
 
P
R
 
P
A
 
E
G
 
D
-
 
R
-
 
K
V
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
P
 
W
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
-
M
 
-
S
 
A
Y
 
F
P
 
P
A
 
L
G
 
T
R
 
N
K
 
M
V
 
K
W
 
M
G
 
S
A
 
-
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
-
N
 
K
A
 
E
Q
 
E
V
 
I
I
 
R
A
 
K
R
 
R
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
R
 
K
E
 
I
I
 
L
F
 
D
L
 
I
G
 
H
D
 
H
L
 
V
L
 
L
Q
 
N
Q
 
H
Q
 
F
A
 
P
D
 
R
L
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
V
Q
 
K
D
 
D
P
 
P
E
 
S
L
 
L
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
D
V
 
A
N
 
R
E
 
M
R
 
R
A
 
D
Q
 
S
T
 
A
A
 
R
E
 
A
L
 
L
L
 
V
N
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
Q
Q
 
S
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
V
S
 
T
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
E
 
A
F
 
D
V
 
I
K
 
F
S
 
A
I
 
I
A
 
A
H
 
D
K
 
R
V
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
H
 
V
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
P
A
 
E
S
 
D
V
 
L
Q
 
Y
S
 
D
N
 
N
P
 
P
K
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1oxuA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
31% identity, 88% coverage: 27:248/252 of query aligns to 20:237/353 of 1oxuA

query
sites
1oxuA
A
|
A
V
 
L
D
 
D
N
 
N
L
 
V
N
 
N
L
 
I
Y
 
N
I
 
I
D
 
E
R
 
N
N
 
G
E
 
E
V
 
R
R
 
F
V
 
G
V
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
V
 
F
L
 
M
D
 
R
L
 
I
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
R
 
V
A
 
P
T
 
S
S
 
T
G
 
G
S
 
E
I
 
L
Q
 
Y
F
 
F
D
 
D
G
 
D
Q
 
R
E
 
L
L
 
V
T
 
A
N
 
S
M
 
N
R
 
G
E
 
K
Y
 
L
N
 
I
I
 
V
V
 
P
R
 
P
A
 
E
G
 
D
-
 
R
-
 
K
V
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
P
 
W
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
-
M
 
-
S
 
A
Y
 
F
P
 
P
A
 
L
G
 
T
R
 
N
K
 
M
V
 
K
W
 
M
G
 
S
A
 
-
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
-
N
 
K
A
 
E
Q
 
E
V
 
I
I
 
R
A
 
K
R
 
R
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
R
 
K
E
 
I
I
 
L
F
 
D
L
 
I
G
 
H
D
 
H
L
 
V
L
 
L
Q
 
N
Q
 
H
Q
 
F
A
 
P
D
 
R
L
 
E
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
V
Q
 
K
D
 
D
P
 
P
E
 
S
L
 
L
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
D
V
 
A
N
 
R
E
 
M
R
 
R
A
 
D
Q
 
S
T
 
A
A
 
R
E
 
A
L
 
L
L
 
V
N
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
Q
Q
 
S
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
V
S
 
T
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
E
 
A
F
 
D
V
 
I
K
 
F
S
 
A
I
 
I
A
 
A
H
 
D
K
 
R
V
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
H
 
V
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
P
A
 
E
S
 
D
V
 
L
Q
 
Y
S
 
D
N
 
N
P
 
P
K
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Q97UY8 Glucose import ATP-binding protein GlcV; EC 7.5.2.- from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
31% identity, 88% coverage: 27:248/252 of query aligns to 20:237/353 of Q97UY8

query
sites
Q97UY8
A
 
A
V
 
L
D
 
D
N
 
N
L
 
V
N
 
N
L
 
I
Y
 
N
I
 
I
D
 
E
R
 
N
N
 
G
E
 
E
V
 
R
R
 
F
V
 
G
V
 
I
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
V
 
F
L
 
M
D
 
R
L
 
I
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
D
R
 
V
A
 
P
T
 
S
S
 
T
G
 
G
S
 
E
I
 
L
Q
 
Y
F
 
F
D
 
D
G
 
D
Q
 
R
E
 
L
L
 
V
T
 
A
N
 
S
M
 
N
R
 
G
E
 
K
Y
 
L
N
 
I
I
 
V
V
 
P
R
 
P
A
 
E
G
 
D
-
 
R
-
 
K
V
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
T
P
 
W
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
N
L
 
L
T
 
T
V
 
A
F
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
-
M
 
-
S
 
A
Y
 
F
P
 
P
A
 
L
G
 
T
R
 
N
K
 
M
V
 
K
W
 
M
G
 
S
A
 
-
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
-
N
 
K
A
 
E
Q
 
E
V
 
I
I
 
R
A
 
K
R
 
R
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
V
A
 
A
R
 
K
E
 
I
I
 
L
F
 
D
L
 
I
G
 
H
D
 
H
L
 
V
L
 
L
Q
 
N
Q
 
H
Q
 
F
A
 
P
D
 
R
L
 
E
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
|
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
L
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
V
Q
 
K
D
 
D
P
 
P
E
 
S
L
 
L
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
F
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
D
V
 
A
N
 
R
E
 
M
R
 
R
A
 
D
Q
 
S
T
 
A
A
 
R
E
 
A
L
 
L
L
 
V
N
 
K
R
 
E
I
 
V
S
 
Q
Q
 
S
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
V
S
 
T
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
V
E
 
S
H
 
H
D
 
D
M
 
P
E
 
A
F
 
D
V
 
I
K
 
F
S
 
A
I
 
I
A
 
A
H
 
D
K
 
R
V
 
V
T
 
G
V
 
V
L
 
L
H
 
V
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
V
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
P
A
 
E
S
 
D
V
 
L
Q
 
Y
S
 
D
N
 
N
P
 
P
K
 
V
V
 
S
I
 
I
E
 
Q
V
 
V

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
31% identity, 88% coverage: 25:245/252 of query aligns to 18:234/343 of P30750

query
sites
P30750
F
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
H
I
 
V
D
 
P
R
 
A
N
 
G
E
 
Q
V
 
I
R
 
Y
V
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
D
 
R
L
 
C
I
 
V
C
 
N
G
 
L
K
 
L
T
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
S
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
Q
 
L
F
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
T
 
T
N
 
T
M
 
L
R
 
S
E
 
E
Y
 
S
N
 
E
I
 
L
V
 
T
R
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
P
 
F
S
 
N
I
 
L
Y
 
L
E
 
S
N
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
E
 
A
M
 
L
S
 
P
Y
 
L
P
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
W
 
-
G
 
-
A
 
E
L
 
L
F
 
D
F
 
N
K
 
T
R
 
P
N
 
K
A
 
D
Q
 
E
V
 
V
I
 
K
A
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
L
R
 
S
E
 
L
I
 
V
F
 
G
L
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
K
L
 
H
Q
 
D
Q
 
S
Q
 
Y
A
 
P
D
 
S
L
 
N
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
S
D
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
M
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
V
 
P
N
 
A
E
 
T
R
 
T
A
 
R
Q
 
S
T
 
I
A
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
N
 
K
R
 
D
I
 
I
S
 
N
Q
 
R
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
L
S
 
T
V
 
I
L
 
L
V
 
L
I
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
E
 
D
F
 
V
V
 
V
K
 
K
S
 
R
I
 
I
A
 
C
H
 
D
K
 
C
V
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
K
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
S
 
T
M
 
V
A
 
S
S
 
E
V
 
V
Q
 
F
S
 
S
N
 
H
P
 
P
K
 
K
V
 
T

Sites not aligning to the query:

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
33% identity, 85% coverage: 30:243/252 of query aligns to 21:225/369 of P19566

query
sites
P19566
N
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
D
I
 
I
D
 
H
R
 
D
N
 
G
E
 
E
V
 
F
R
 
V
V
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
V
 
L
L
 
L
D
 
R
L
 
M
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
E
R
 
T
A
 
I
T
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
Q
 
-
F
 
F
D
 
I
G
 
G
Q
 
E
E
 
-
L
 
-
T
 
T
N
 
R
M
 
M
R
 
N
E
 
D
Y
 
I
N
 
P
I
 
P
V
 
A
R
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
V
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
P
 
Y
S
 
A
I
x
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
-
E
 
-
M
 
M
S
 
S
Y
 
F
P
 
-
A
 
-
G
 
G
R
 
L
K
 
K
V
 
L
W
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
K
N
 
K
A
 
E
Q
 
V
V
 
M
I
 
N
A
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
N
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
R
 
E
E
 
V
I
 
L
F
 
Q
L
 
L
G
 
A
D
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
K
A
 
P
D
 
K
L
 
A
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
T
L
 
L
M
 
V
Q
 
A
D
 
E
P
 
P
E
 
R
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
V
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
x
D
V
 
A
N
 
A
E
 
L
R
 
R
A
 
V
Q
 
Q
T
 
M
A
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
N
 
S
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Q
 
K
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
R
S
 
T
V
 
M
L
 
I
V
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
E
 
V
F
 
E
V
 
A
K
 
M
S
 
T
I
 
L
A
 
A
H
 
D
K
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
L
 
L
H
 
D
Q
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
P
A
 
L
S
 
E
V
 
L
Q
 
Y
S
 
H
N
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
30% identity, 88% coverage: 25:245/252 of query aligns to 19:235/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
F
x
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
H
I
 
V
D
 
P
R
 
A
N
 
G
E
 
Q
V
 
I
R
 
Y
V
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
D
 
R
L
 
C
I
 
V
C
 
N
G
 
L
K
 
L
T
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
S
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
Q
 
L
F
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
T
 
T
N
 
T
M
 
L
R
 
S
E
 
E
Y
 
S
N
 
E
I
 
L
V
 
T
R
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
P
 
F
S
 
N
I
 
L
Y
 
L
E
 
S
N
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
E
 
A
M
 
L
S
 
P
Y
 
L
P
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
W
 
-
G
 
-
A
 
E
L
 
L
F
 
D
F
 
N
K
 
T
R
 
P
N
 
K
A
 
D
Q
 
E
V
 
V
I
 
K
A
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
L
R
 
S
E
 
L
I
 
V
F
 
G
L
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
K
L
 
H
Q
 
D
Q
 
S
Q
 
Y
A
 
P
D
 
S
L
x
N
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
 
G
Q
|
Q
K
 
K
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
S
D
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
M
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
V
 
P
N
 
A
E
 
T
R
 
T
A
 
R
Q
 
S
T
 
I
A
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
N
 
K
R
 
D
I
 
I
S
 
N
Q
 
R
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
L
S
 
T
V
 
I
L
 
L
V
 
L
I
 
I
E
 
T
H
|
H
D
 
E
M
 
M
E
 
D
F
 
V
V
 
V
K
 
K
S
 
R
I
 
I
A
 
C
H
 
D
K
 
C
V
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
K
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
S
 
T
M
 
V
A
 
S
S
 
E
V
 
V
Q
 
F
S
 
S
N
 
H
P
 
P
K
 
K
V
 
T

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
30% identity, 88% coverage: 25:245/252 of query aligns to 19:235/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
F
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
H
I
 
V
D
 
P
R
 
A
N
 
G
E
 
Q
V
 
I
R
 
Y
V
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
D
 
R
L
 
C
I
 
V
C
 
N
G
 
L
K
 
L
T
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
S
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
Q
 
L
F
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
T
 
T
N
 
T
M
 
L
R
 
S
E
 
E
Y
 
S
N
 
E
I
 
L
V
 
T
R
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
P
 
F
S
 
N
I
 
L
Y
 
L
E
 
S
N
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
E
 
A
M
 
L
S
 
P
Y
 
L
P
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
W
 
-
G
 
-
A
 
E
L
 
L
F
 
D
F
 
N
K
 
T
R
 
P
N
 
K
A
 
D
Q
 
E
V
 
V
I
 
K
A
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
L
R
 
S
E
 
L
I
 
V
F
 
G
L
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
K
L
 
H
Q
 
D
Q
 
S
Q
 
Y
A
 
P
D
 
S
L
 
N
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
S
D
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
M
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
V
 
P
N
 
A
E
 
T
R
 
T
A
 
R
Q
 
S
T
 
I
A
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
N
 
K
R
 
D
I
 
I
S
 
N
Q
 
R
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
L
S
 
T
V
 
I
L
 
L
V
 
L
I
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
E
 
D
F
 
V
V
 
V
K
 
K
S
 
R
I
 
I
A
 
C
H
 
D
K
 
C
V
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
K
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
S
 
T
M
 
V
A
 
S
S
 
E
V
 
V
Q
 
F
S
 
S
N
 
H
P
 
P
K
 
K
V
 
T

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
30% identity, 88% coverage: 25:245/252 of query aligns to 19:235/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
F
 
I
K
 
Q
A
 
A
V
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
V
N
 
S
L
 
L
Y
 
H
I
 
V
D
 
P
R
 
A
N
 
G
E
 
Q
V
 
I
R
 
Y
V
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
D
 
R
L
 
C
I
 
V
C
 
N
G
 
L
K
 
L
T
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
S
 
E
G
 
G
S
 
S
I
 
V
Q
 
L
F
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
L
 
L
T
 
T
N
 
T
M
 
L
R
 
S
E
 
E
Y
 
S
N
 
E
I
 
L
V
 
T
R
 
K
A
 
A
-
 
R
-
 
R
G
 
Q
V
 
I
G
 
G
R
 
M
K
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
P
 
F
S
 
N
I
 
L
Y
 
L
E
 
S
N
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
G
N
 
N
L
 
V
E
 
A
M
 
L
S
 
P
Y
 
L
P
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
K
 
-
V
 
-
W
 
-
G
 
-
A
 
E
L
 
L
F
 
D
F
 
N
K
 
T
R
 
P
N
 
K
A
 
D
Q
 
E
V
 
V
I
 
K
A
 
R
R
 
R
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
L
A
 
L
R
 
S
E
 
L
I
 
V
F
 
G
L
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
K
L
 
H
Q
 
D
Q
 
S
Q
 
Y
A
 
P
D
 
S
L
 
N
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
A
M
 
R
L
 
A
L
 
L
M
 
A
Q
 
S
D
 
N
P
 
P
E
 
K
L
 
V
L
 
L
M
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
V
 
T
A
 
S
G
 
A
M
 
L
S
 
D
V
 
P
N
 
A
E
 
T
R
 
T
A
 
R
Q
 
S
T
 
I
A
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
N
 
K
R
 
D
I
 
I
S
 
N
Q
 
R
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
L
S
 
T
V
 
I
L
 
L
V
 
L
I
 
I
E
 
T
H
 
H
D
 
E
M
 
M
E
 
D
F
 
V
V
 
V
K
 
K
S
 
R
I
 
I
A
 
C
H
 
D
K
 
C
V
 
V
T
 
A
V
 
V
L
 
I
H
 
S
Q
 
N
G
 
G
K
 
E
V
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
Q
G
 
D
S
 
T
M
 
V
A
 
S
S
 
E
V
 
V
Q
 
F
S
 
S
N
 
H
P
 
P
K
 
K
V
 
T

Sites not aligning to the query:

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
33% identity, 85% coverage: 30:243/252 of query aligns to 21:225/371 of P68187

query
sites
P68187
N
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
D
I
 
I
D
 
H
R
 
E
N
 
G
E
 
E
V
 
F
R
 
V
V
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
V
 
L
L
 
L
D
 
R
L
 
M
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
E
R
 
T
A
 
I
T
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
Q
 
-
F
 
F
D
 
I
G
 
G
Q
 
E
E
 
K
L
 
-
T
 
-
N
 
R
M
 
M
R
 
N
E
 
D
Y
 
T
N
 
P
I
 
P
V
 
A
R
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
V
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
P
 
Y
S
x
A
I
 
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
-
E
 
-
M
 
M
S
 
S
Y
 
F
P
 
-
A
 
-
G
 
G
R
 
L
K
 
K
V
 
L
W
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
x
K
N
 
K
A
 
E
Q
 
V
V
 
I
I
 
N
A
 
Q
R
 
R
V
|
V
E
 
N
E
 
Q
V
|
V
A
 
A
R
x
E
E
 
V
I
 
L
F
 
Q
L
 
L
G
x
A
D
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
Q
 
R
Q
 
K
A
 
P
D
 
K
L
 
A
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
|
G
Q
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
T
L
 
L
M
 
V
Q
 
A
D
 
E
P
 
P
E
 
S
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
V
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
D
V
 
A
N
 
A
E
 
L
R
 
R
A
 
V
Q
 
Q
T
 
M
A
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
N
 
S
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Q
 
K
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
R
S
 
T
V
 
M
L
 
I
V
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
E
 
V
F
 
E
V
 
A
K
 
M
S
 
T
I
 
L
A
 
A
H
 
D
K
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
L
 
L
H
 
D
Q
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
P
A
 
L
S
 
E
V
 
L
Q
 
Y
S
 
H
N
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
33% identity, 85% coverage: 30:243/252 of query aligns to 20:224/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
N
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
D
I
 
I
D
 
H
R
 
E
N
 
G
E
 
E
V
 
F
R
 
V
V
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
L
D
 
R
L
 
M
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
E
R
 
T
A
 
I
T
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
Q
 
-
F
 
F
D
 
I
G
 
G
Q
 
E
E
 
K
L
 
-
T
 
-
N
 
R
M
 
M
R
 
N
E
 
D
Y
 
T
N
 
P
I
 
P
V
 
A
R
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
V
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
P
 
Y
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
-
E
 
-
M
 
M
S
 
S
Y
 
F
P
 
-
A
 
-
G
 
G
R
 
L
K
 
K
V
 
L
W
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
K
N
 
K
A
 
E
Q
 
V
V
 
I
I
 
N
A
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
N
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
R
 
E
E
 
V
I
 
L
F
 
Q
L
 
L
G
 
A
D
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
Q
x
R
Q
 
K
A
 
P
D
 
K
L
x
A
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
|
G
Q
|
Q
K
 
R
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
T
L
 
L
M
 
V
Q
 
A
D
 
E
P
 
P
E
 
S
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
D
V
 
A
N
 
A
E
 
L
R
 
R
A
 
V
Q
 
Q
T
 
M
A
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
N
 
S
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Q
 
K
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
R
S
 
T
V
 
M
L
 
I
V
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
D
M
 
Q
E
 
V
F
 
E
V
 
A
K
 
M
S
 
T
I
 
L
A
 
A
H
 
D
K
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
L
 
L
H
 
D
Q
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
P
A
 
L
S
 
E
V
 
L
Q
 
Y
S
 
H
N
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
33% identity, 85% coverage: 30:243/252 of query aligns to 20:224/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
N
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
D
I
 
I
D
 
H
R
 
E
N
 
G
E
 
E
V
 
F
R
 
V
V
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
L
D
 
R
L
 
M
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
E
R
 
T
A
 
I
T
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
Q
 
-
F
 
F
D
 
I
G
 
G
Q
 
E
E
 
K
L
 
-
T
 
-
N
 
R
M
 
M
R
 
N
E
 
D
Y
 
T
N
 
P
I
 
P
V
 
A
R
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
V
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
P
 
Y
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
-
E
 
-
M
 
M
S
 
S
Y
 
F
P
 
-
A
 
-
G
 
G
R
 
L
K
 
K
V
 
L
W
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
K
N
 
K
A
 
E
Q
 
V
V
 
I
I
 
N
A
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
N
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
R
 
E
E
 
V
I
 
L
F
 
Q
L
 
L
G
 
A
D
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
Q
x
R
Q
 
K
A
 
P
D
 
K
L
 
A
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
|
G
Q
|
Q
K
 
R
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
T
L
 
L
M
 
V
Q
 
A
D
 
E
P
 
P
E
 
S
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
D
V
 
A
N
 
A
E
 
L
R
 
R
A
 
V
Q
 
Q
T
 
M
A
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
N
 
S
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Q
 
K
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
R
S
 
T
V
 
M
L
 
I
V
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
D
M
 
Q
E
 
V
F
 
E
V
 
A
K
 
M
S
 
T
I
 
L
A
 
A
H
 
D
K
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
L
 
L
H
 
D
Q
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
P
A
 
L
S
 
E
V
 
L
Q
 
Y
S
 
H
N
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3puwA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-alf4 (see paper)
33% identity, 85% coverage: 30:243/252 of query aligns to 20:224/371 of 3puwA

query
sites
3puwA
N
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
D
I
 
I
D
 
H
R
 
E
N
 
G
E
 
E
V
 
F
R
 
V
V
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
L
D
 
R
L
 
M
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
E
R
 
T
A
 
I
T
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
Q
 
-
F
 
F
D
 
I
G
 
G
Q
 
E
E
 
K
L
 
-
T
 
-
N
 
R
M
 
M
R
 
N
E
 
D
Y
 
T
N
 
P
I
 
P
V
 
A
R
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
V
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
P
 
Y
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
-
E
 
-
M
 
M
S
 
S
Y
 
F
P
 
-
A
 
-
G
 
G
R
 
L
K
 
K
V
 
L
W
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
K
N
 
K
A
 
E
Q
 
V
V
 
I
I
 
N
A
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
N
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
R
 
E
E
 
V
I
 
L
F
 
Q
L
 
L
G
 
A
D
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
Q
x
R
Q
 
K
A
 
P
D
 
K
L
x
A
L
 
L
S
|
S
H
x
G
G
|
G
Q
|
Q
K
 
R
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
T
L
 
L
M
 
V
Q
 
A
D
 
E
P
 
P
E
 
S
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
V
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
D
V
 
A
N
 
A
E
 
L
R
 
R
A
 
V
Q
 
Q
T
 
M
A
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
N
 
S
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Q
 
K
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
R
S
 
T
V
 
M
L
 
I
V
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
|
H
D
 
D
M
 
Q
E
 
V
F
 
E
V
 
A
K
 
M
S
 
T
I
 
L
A
 
A
H
 
D
K
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
L
 
L
H
 
D
Q
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
P
A
 
L
S
 
E
V
 
L
Q
 
Y
S
 
H
N
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3puvA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-vo4 (see paper)
33% identity, 85% coverage: 30:243/252 of query aligns to 20:224/371 of 3puvA

query
sites
3puvA
N
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
D
I
 
I
D
 
H
R
 
E
N
 
G
E
 
E
V
 
F
R
 
V
V
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
L
D
 
R
L
 
M
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
E
R
 
T
A
 
I
T
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
Q
 
-
F
 
F
D
 
I
G
 
G
Q
 
E
E
 
K
L
 
-
T
 
-
N
 
R
M
 
M
R
 
N
E
 
D
Y
 
T
N
 
P
I
 
P
V
 
A
R
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
V
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
S
P
 
Y
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
-
E
 
-
M
 
M
S
 
S
Y
 
F
P
 
-
A
 
-
G
 
G
R
 
L
K
 
K
V
 
L
W
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
K
N
 
K
A
 
E
Q
 
V
V
 
I
I
 
N
A
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
N
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
R
 
E
E
 
V
I
 
L
F
 
Q
L
 
L
G
 
A
D
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
Q
x
R
Q
 
K
A
 
P
D
 
K
L
x
A
L
 
L
S
|
S
H
 
G
G
 
G
Q
|
Q
K
 
R
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
T
L
 
L
M
 
V
Q
 
A
D
 
E
P
 
P
E
 
S
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
D
V
 
A
N
 
A
E
 
L
R
 
R
A
 
V
Q
 
Q
T
 
M
A
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
N
 
S
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Q
 
K
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
R
S
 
T
V
 
M
L
 
I
V
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
E
 
V
F
 
E
V
 
A
K
 
M
S
 
T
I
 
L
A
 
A
H
 
D
K
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
L
 
L
H
 
D
Q
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
S
 
K
M
 
P
A
 
L
S
 
E
V
 
L
Q
 
Y
S
 
H
N
 
Y
P
 
P

Sites not aligning to the query:

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
34% identity, 81% coverage: 30:234/252 of query aligns to 20:215/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
N
 
D
L
 
I
N
 
N
L
 
L
Y
 
D
I
 
I
D
 
H
R
 
E
N
 
G
E
 
E
V
 
F
R
 
V
V
 
V
V
 
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
V
 
L
L
 
L
D
 
R
L
 
M
I
 
I
C
 
A
G
 
G
K
 
L
T
 
E
R
 
T
A
 
I
T
 
T
S
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
Q
 
-
F
 
F
D
 
I
G
 
G
Q
 
E
E
 
K
L
 
-
T
 
-
N
 
R
M
 
M
R
 
N
E
 
D
Y
 
T
N
 
P
I
 
P
V
 
A
R
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
V
G
 
G
R
 
M
K
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
P
 
Y
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
E
 
P
N
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
F
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
-
E
 
-
M
 
M
S
 
S
Y
 
F
P
 
-
A
 
-
G
 
G
R
 
L
K
 
K
V
 
L
W
 
A
G
 
G
A
 
A
L
 
-
F
 
-
F
 
-
K
 
-
R
 
K
N
 
K
A
 
E
Q
 
V
V
 
I
I
 
N
A
 
Q
R
 
R
V
 
V
E
 
N
E
 
Q
V
 
V
A
 
A
R
 
E
E
 
V
I
 
L
F
 
Q
L
 
L
G
 
A
D
 
H
L
 
L
L
 
L
Q
 
D
Q
 
R
Q
 
K
A
 
P
D
 
K
L
 
A
L
 
L
S
 
S
H
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
R
Q
 
Q
W
 
R
L
 
V
E
 
A
I
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
T
L
 
L
M
 
V
Q
 
A
D
 
E
P
 
P
E
 
S
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
V
 
L
A
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
D
V
 
A
N
 
A
E
 
L
R
 
R
A
 
V
Q
 
Q
T
 
M
A
 
R
E
 
I
L
 
E
L
 
I
N
 
S
R
 
R
I
 
L
S
 
H
Q
 
K
-
 
R
-
 
L
G
 
G
R
 
R
S
 
T
V
 
M
L
 
I
V
 
Y
I
 
V
E
 
T
H
 
H
D
 
D
M
 
Q
E
 
V
F
 
E
V
 
A
K
 
M
S
 
T
I
 
L
A
 
A
H
 
D
K
 
K
V
 
I
T
 
V
V
 
V
L
 
L
H
 
D
Q
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
L
 
A
A
 
Q
E
 
V
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF2277 FitnessBrowser__WCS417:GFF2277
MTAVGFEMKKPVLAIEGLTVSFDGFKAVDNLNLYIDRNEVRVVIGPNGAGKTTVLDLICG
KTRATSGSIQFDGQELTNMREYNIVRAGVGRKFQNPSIYENLTVFENLEMSYPAGRKVWG
ALFFKRNAQVIARVEEVAREIFLGDLLQQQADLLSHGQKQWLEIGMLLMQDPELLMLDEP
VAGMSVNERAQTAELLNRISQGRSVLVIEHDMEFVKSIAHKVTVLHQGKVLAEGSMASVQ
SNPKVIEVYLGH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory