SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2304 FitnessBrowser__psRCH2:GFF2304 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3va7A Crystal structure of the kluyveromyces lactis urea carboxylase (see paper)
43% identity, 83% coverage: 202:1196/1199 of query aligns to 133:1129/1130 of 3va7A

query
sites
3va7A
I
 
V
Q
 
P
R
 
N
A
 
A
R
 
R
H
|
H
L
 
V
E
 
E
V
 
I
Q
 
Q
V
 
M
F
 
M
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
F
G
 
G
E
 
K
V
 
A
I
 
I
A
 
A
L
 
I
G
 
G
V
 
E
R
 
R
D
 
D
C
 
C
S
 
S
V
 
L
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
N
 
N
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
L
 
I
E
 
E
E
 
E
T
 
T
P
 
P
A
 
A
P
 
P
N
 
N
L
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
A
M
 
T
A
 
R
E
 
A
A
 
K
L
 
M
C
 
R
E
 
A
A
 
A
A
 
S
V
 
E
K
 
R
L
 
L
A
 
G
K
 
S
A
 
L
V
 
L
S
 
K
Y
 
Y
R
 
K
S
 
C
A
 
A
G
 
G
T
 
T
V
 
V
E
|
E
F
 
F
V
 
I
Y
 
Y
D
 
D
A
 
E
E
 
Q
A
 
R
E
 
D
Q
 
E
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
E
|
E
V
 
V
N
|
N
T
 
A
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
V
|
V
E
|
E
H
 
H
G
 
P
V
 
I
T
 
T
E
 
E
Q
 
M
V
 
V
W
 
T
G
 
G
V
 
L
D
 
D
L
 
L
V
 
V
R
 
E
W
 
W
M
 
M
I
 
L
E
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
N
D
 
D
L
 
S
P
 
P
P
 
D
L
 
F
V
 
D
E
 
N
L
 
T
A
 
K
R
 
-
A
 
-
L
 
I
K
 
E
S
 
V
S
 
S
G
 
G
H
 
A
S
 
S
I
 
I
Q
 
E
A
 
A
R
|
R
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
D
 
N
P
 
P
G
 
V
R
 
K
D
 
D
F
 
F
Q
 
R
P
 
P
S
 
S
P
 
P
G
 
G
L
 
Q
L
 
L
T
 
T
V
 
S
V
 
V
D
 
S
F
 
F
P
 
P
K
 
S
G
 
W
D
 
-
G
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
A
R
 
R
I
 
V
D
 
D
T
 
T
W
 
W
V
 
V
E
 
K
A
 
K
G
 
G
C
 
T
E
 
N
I
 
V
P
 
S
P
 
A
Y
 
E
F
 
Y
D
 
D
P
 
P
M
 
T
V
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
I
I
 
I
T
 
V
W
 
H
A
 
G
P
 
K
D
 
D
R
 
R
E
 
N
S
 
D
A
 
A
R
 
I
A
 
M
A
 
K
L
 
L
D
 
N
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
N
E
 
E
T
 
T
L
 
A
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
V
 
C
E
 
I
S
 
T
N
 
N
R
 
I
A
 
D
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
I
 
I
L
 
A
G
 
S
Y
 
S
A
 
K
P
 
M
F
 
F
A
 
K
E
 
E
G
 
A
R
 
K
P
 
V
W
 
A
T
 
T
R
 
K
C
 
V
L
 
L
E
 
D
G
 
S
L
 
F
T
 
D
Y
 
Y
R
 
K
A
 
P
T
 
C
T
 
A
F
 
F
E
 
E
V
 
V
I
 
L
S
 
A
A
 
P
G
 
G
T
 
A
Q
 
N
T
 
T
T
 
S
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
F
 
Y
P
 
P
G
 
G
R
 
R
L
 
T
G
 
G
Y
 
Y
W
 
W
A
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
P
 
P
P
 
P
S
 
S
G
 
G
P
 
P
M
 
M
D
 
D
N
 
S
R
 
Y
A
 
S
L
 
F
R
 
R
L
 
L
G
 
A
N
 
N
A
 
R
L
 
V
L
 
V
G
 
G
N
 
N
P
 
N
E
 
S
D
 
K
A
 
S
A
 
P
G
 
A
L
 
L
E
 
E
I
 
I
T
 
T
M
 
L
S
 
N
G
 
G
P
 
P
I
 
K
L
 
L
R
 
L
F
 
F
N
 
H
T
 
T
D
 
E
A
 
T
V
 
V
V
 
I
A
 
A
I
 
V
T
 
S
G
 
G
A
 
G
E
 
T
I
 
V
P
 
S
V
 
C
K
 
T
L
 
L
D
 
N
D
 
D
A
 
A
P
 
Q
Q
 
I
P
 
A
M
 
Q
C
 
N
T
 
E
A
 
P
I
 
I
L
 
E
V
 
V
K
 
K
A
 
R
G
 
G
S
 
D
T
 
I
L
 
L
A
 
S
I
 
V
G
 
G
T
 
K
I
 
V
V
 
T
G
 
-
A
 
V
G
 
G
A
 
C
R
 
R
S
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
S
V
 
I
R
 
R
G
 
G
G
 
G
L
 
I
Q
 
D
V
 
V
P
 
P
D
 
E
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
S
 
S
K
 
R
S
 
S
T
 
T
F
 
F
T
 
A
L
 
M
G
 
G
Q
 
N
F
 
M
G
 
G
G
 
G
H
 
Y
A
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
I
L
 
L
R
 
K
A
 
L
G
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
F
L
 
L
A
 
N
P
 
Q
L
 
P
T
 
E
D
 
L
S
 
S
A
 
V
C
 
S
G
 
S
A
 
L
S
 
P
L
 
A
P
 
P
-
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
P
-
 
Q
A
|
A
A
 
A
L
 
P
C
 
K
S
 
S
A
 
L
L
 
L
P
 
P
A
 
T
V
 
L
R
 
S
-
 
T
-
 
N
-
 
K
-
 
D
-
 
W
E
 
K
L
 
I
R
 
G
V
 
V
I
 
T
Y
 
C
G
 
G
P
 
P
H
 
H
G
 
G
A
 
S
P
 
I
E
 
D
Y
 
L
F
 
F
T
 
K
E
 
E
G
 
E
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
E
T
 
Q
F
 
F
F
 
F
A
 
N
T
 
D
D
 
K
W
 
W
E
 
K
V
 
V
H
 
H
F
 
Y
N
 
N
S
 
S
S
 
N
R
 
R
T
 
F
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
P
K
 
K
P
 
P
E
 
K
W
 
W
V
 
A
R
 
R
E
 
S
S
 
D
G
 
G
G
 
G
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
H
 
H
P
 
P
S
 
S
N
 
N
I
 
A
H
 
H
D
 
D
N
 
Y
P
 
V
Y
|
Y
A
 
S
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
D
 
N
F
 
F
T
|
T
G
 
G
D
 
D
M
 
E
P
 
P
V
 
V
I
 
I
L
x
I
G
 
T
P
 
C
D
 
D
G
 
G
P
|
P
S
 
S
L
 
L
G
|
G
G
 
G
F
|
F
V
 
V
C
 
C
P
 
Q
V
 
A
T
 
V
I
 
V
I
 
A
E
 
E
A
 
A
D
 
E
L
 
L
W
 
W
Q
 
K
L
 
V
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
K
 
T
A
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
T
V
 
I
R
 
Q
F
 
F
V
 
V
P
 
P
V
 
L
D
 
S
V
 
Y
A
 
G
S
 
V
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
A
 
K
Q
 
E
A
 
S
A
 
Q
-
 
D
-
 
K
-
 
S
-
 
I
-
 
D
N
 
N
I
 
F
E
 
E
C
 
E
A
 
G
R
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
E
A
 
L
P
 
S
V
 
D
P
 
D
C
 
K
V
 
I
P
 
L
V
 
P
A
 
K
L
 
Y
Q
 
E
S
 
N
P
 
P
I
 
I
V
 
L
L
 
A
D
 
V
I
x
L
-
 
P
-
 
K
-
 
K
G
 
S
E
 
D
A
 
L
D
 
S
T
 
P
R
 
K
L
 
V
V
 
T
A
 
Y
R
 
R
L
 
Q
S
 
A
G
 
G
D
 
D
T
 
R
H
 
Y
L
 
I
L
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
Y
G
 
G
A
 
E
P
 
L
E
 
E
L
 
F
D
|
D
L
 
L
V
x
N
L
 
I
R
 
C
F
 
Y
R
 
R
G
 
I
H
 
N
A
 
R
L
 
L
M
 
I
Q
 
H
A
 
Q
L
 
V
E
 
E
A
 
R
K
 
H
Q
 
Q
L
 
T
D
 
V
G
 
G
V
 
I
I
 
V
D
 
E
L
 
M
T
 
S
P
 
Q
G
 
G
I
 
V
R
 
R
S
 
S
L
 
V
Q
 
L
V
 
I
H
 
E
Y
 
F
Q
 
D
P
 
G
E
 
S
T
 
K
L
 
I
A
 
N
L
 
Q
Q
 
K
T
 
A
L
 
L
L
 
L
D
 
K
I
 
C
V
 
L
A
 
I
G
 
A
E
 
Y
W
 
E
D
 
S
A
 
E
V
 
I
C
 
Q
A
 
F
A
 
D
Q
 
K
D
 
N
L
 
W
K
 
N
V
 
V
P
 
K
S
 
S
R
 
K
I
 
I
V
 
F
H
 
K
L
 
L
P
 
P
L
 
M
S
 
A
W
 
F
D
 
E
D
 
D
P
 
S
A
 
K
C
 
T
T
 
L
L
 
D
A
 
C
I
 
V
E
 
T
K
 
R
Y
 
Y
M
 
R
T
 
E
T
 
T
V
 
I
R
 
R
K
 
S
D
 
E
A
 
A
P
 
P
W
 
W
C
 
L
P
 
P
S
 
N
N
 
N
L
 
V
E
 
D
F
 
F
I
 
I
R
 
A
R
 
D
I
 
V
N
 
N
D
 
D
L
 
I
P
 
-
D
 
D
L
 
R
D
 
N
E
 
D
V
 
V
Y
 
K
R
 
N
T
 
M
V
 
L
F
 
Y
E
 
S
A
 
A
S
 
K
Y
 
F
L
 
M
V
 
V
M
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
G
D
|
D
V
 
V
Y
x
F
L
 
L
G
 
G
A
 
S
P
 
P
V
 
C
A
 
A
T
 
V
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
R
 
R
H
 
H
R
 
R
L
 
Y
V
 
L
T
 
G
T
 
T
K
 
K
Y
 
Y
N
 
N
P
 
P
A
 
S
R
 
R
T
 
T
W
 
Y
T
 
T
A
 
A
E
 
R
N
 
G
S
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
M
Y
 
Y
M
 
M
C
 
C
V
 
I
Y
|
Y
G
 
N
M
 
A
E
 
E
G
 
G
-
 
S
P
|
P
G
|
G
G
|
G
Y
|
Y
Q
 
Q
F
 
L
V
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
I
Q
 
T
M
 
A
W
 
W
N
 
D
R
 
K
Y
 
L
R
 
V
A
 
I
V
 
G
E
 
D
A
 
H
F
 
P
G
 
I
G
 
D
L
 
H
P
 
P
W
 
W
L
 
L
L
 
L
R
 
T
F
 
P
F
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
V
R
 
E
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
S
 
T
A
 
E
E
 
E
Q
 
E
L
 
L
L
 
E
K
 
V
I
 
I
R
 
I
R
 
E
D
 
D
F
 
N
P
 
D
L
 
N
G
 
G
R
 
K
Y
 
F
P
 
K
L
 
I
K
 
D
I
 
V
E
 
E
Q
 
E
T
 
S
E
 
-
L
 
-
R
 
-
L
 
I
S
 
F
D
 
D
Y
 
H
Q
 
K
D
 
E
F
 
Y
L
 
L
A
 
A
A
 
W
E
 
I
A
 
N
E
 
E
G
 
N
I
 
I
D
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
V
A
 
A
F
 
F
R
 
Q
R
 
E
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
G
A
 
G
A
 
E
F
 
K
D
 
A
A
 
D
E
 
E
R
 
F
Q
 
A
R
 
R
W
 
L
I
 
I
A
 
Q
S
 
V
G
 
A
Q
 
N
A
 
A
H
 
E
F
 
L
E
 
K
S
 
K
E
 
S
E
 
E
V
 
E
A
 
Y
A
 
P
D
 
D
L
 
-
G
 
-
E
 
-
D
 
D
A
 
A
P
 
E
L
 
L
G
 
-
S
 
-
G
 
-
L
 
-
H
 
-
G
 
-
I
 
L
E
 
Y
S
 
S
H
 
E
I
 
Y
A
 
T
G
 
G
N
 
R
L
 
F
W
 
W
Q
 
K
V
 
P
S
 
V
V
 
A
A
 
A
E
 
V
G
 
G
A
 
D
R
 
H
V
 
V
E
 
E
A
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
G
L
 
V
V
 
I
I
 
I
L
 
I
E
 
E
S
 
A
M
 
M
K
|
K
M
 
T
E
 
E
I
 
M
P
 
V
L
 
V
T
 
G
A
 
A
P
 
T
V
 
K
A
 
S
G
 
G
V
 
K
V
 
V
K
 
Y
E
 
K
V
 
I
R
 
L
A
 
H
Q
 
K
P
 
N
G
 
G
S
 
D
P
 
M
V
 
V
R
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
D
R
 
L
V
 
V
V
 
A
V
 
V
I
 
I

Q5LUF3 Propionyl-CoA carboxylase alpha chain; EC 6.4.1.3 from Ruegeria pomeroyi (strain ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3) (Silicibacter pomeroyi) (see paper)
47% identity, 37% coverage: 1:438/1199 of query aligns to 1:454/681 of Q5LUF3

query
sites
Q5LUF3
M
 
M
F
 
F
D
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
L
I
 
I
A
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
A
 
E
I
 
I
A
 
A
C
 
C
R
 
R
I
 
V
L
 
I
R
 
K
T
 
T
L
 
A
R
 
R
G
 
K
L
 
M
D
 
G
V
 
I
K
 
S
S
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
S
 
S
E
 
D
A
 
A
D
 
D
A
 
K
A
 
Q
S
 
A
L
 
L
H
 
H
I
 
V
Q
 
Q
Q
 
M
A
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
A
H
 
V
S
 
H
L
 
I
G
 
G
E
 
P
G
 
P
P
 
P
A
 
A
A
 
N
Q
 
Q
T
 
S
Y
 
Y
L
 
I
V
 
V
V
 
I
E
 
D
K
 
K
I
 
V
L
 
M
R
 
A
I
 
A
A
 
I
R
 
R
E
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
A
 
A
I
 
V
H
 
H
P
 
P
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
S
E
 
E
N
 
N
A
 
S
A
 
K
F
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
A
C
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
E
G
 
G
I
 
V
A
 
I
F
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
T
 
P
P
 
K
E
 
G
Q
 
A
L
 
I
R
 
E
M
 
A
F
 
M
G
 
G
L
 
D
K
 
K
H
 
I
T
 
T
A
 
S
R
 
K
A
 
K
L
 
I
A
 
A
K
 
Q
Q
 
E
R
 
A
G
 
N
V
 
V
P
 
S
M
 
T
L
 
V
E
 
P
G
 
G
-
 
Y
T
 
M
E
 
G
L
 
L
L
 
I
D
 
E
S
 
D
L
 
A
A
 
D
D
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
K
A
 
I
A
 
S
E
 
N
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
I
K
 
K
S
 
A
T
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
K
G
 
G
M
 
M
R
 
R
V
 
I
C
 
A
R
 
W
S
 
N
A
 
D
A
 
Q
E
 
E
L
 
A
A
 
R
E
 
E
A
 
G
F
 
F
D
 
Q
A
 
S
V
 
S
K
 
K
R
 
N
L
 
E
G
 
A
Q
 
A
N
 
N
N
 
S
F
 
F
S
 
G
D
 
D
A
 
D
G
 
R
V
 
I
F
 
F
I
 
I
E
 
E
K
 
K
Y
 
F
I
 
V
Q
 
T
R
 
Q
A
 
P
R
 
R
H
 
H
L
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
Q
V
 
V
F
 
L
G
 
C
D
 
D
G
 
S
R
 
H
G
 
G
E
 
N
V
 
G
I
 
I
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
E
R
 
R
D
 
E
C
 
C
S
 
S
V
 
I
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
N
 
N
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
L
 
V
E
 
E
E
 
E
T
 
A
P
 
P
A
 
S
P
 
P
N
 
F
L
 
L
P
 
D
A
 
E
G
 
A
M
 
T
A
 
R
E
 
R
A
 
A
L
 
M
C
 
G
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
V
 
V
K
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
V
S
 
G
Y
 
Y
R
 
A
S
 
S
A
 
A
G
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
I
Y
 
V
D
 
D
A
 
G
E
 
Q
A
 
-
E
 
K
Q
 
N
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
M
N
 
N
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
V
 
V
E
 
E
H
 
H
G
 
P
V
 
V
T
 
T
E
 
E
Q
 
L
V
 
I
W
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
V
R
 
E
W
 
Q
M
 
M
I
 
I
E
 
R
L
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
E
L
 
-
P
 
-
P
 
P
L
 
L
V
 
S
E
 
I
L
 
T
A
 
Q
R
 
G
A
 
D
L
 
V
K
 
K
S
 
L
S
 
T
G
 
G
H
 
W
S
 
A
I
 
I
Q
 
E
A
 
N
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
D
 
D
P
 
P
G
 
Y
R
 
R
D
 
G
F
|
F
Q
 
L
P
 
P
S
 
S
P
 
I
G
 
G
L
 
R
L
 
L
T
 
T
V
 
R
V
 
Y
-
 
R
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
E
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
V
-
 
N
-
 
G
-
 
K
-
 
W
-
 
Q
-
 
G
D
 
D
F
 
A
P
 
P
K
 
S
G
 
G
D
 
E
G
 
A
K
 
-
A
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
N
D
 
D
T
 
T
W
 
G
V
 
V
E
 
Y
A
 
E
G
 
G
C
 
G
E
 
E
I
 
I
P
 
S
P
 
M
Y
 
Y
F
 
Y
D
 
D
P
 
P
M
 
M
V
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
L
I
 
C
T
 
T
W
 
W
A
 
A
P
 
P
D
 
T
R
 
R
E
 
A
S
 
A
A
 
A
R
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
S
T
 
F
L
 
E
L
 
V
Y
 
E
G
 
G
V
 
I
E
 
G
S
 
H
N
 
N
R
 
L
A
 
P
Y
 
F
L
 
L
R
 
S
Q
 
A
I
 
V
L
 
M
G
 
D
Y
 
H
A
 
P
P
 
K
F
 
F
A
 
I
E
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3n6rG Crystal structure of the holoenzyme of propionyl-coa carboxylase (pcc) (see paper)
47% identity, 36% coverage: 2:438/1199 of query aligns to 1:419/646 of 3n6rG

query
sites
3n6rG
F
 
F
D
 
N
K
 
K
L
 
I
L
 
L
I
 
I
A
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
A
 
E
I
 
I
A
 
A
C
 
C
R
 
R
I
 
V
L
 
I
R
 
K
T
 
T
L
 
A
R
 
R
G
 
K
L
 
M
D
 
G
V
 
I
K
 
S
S
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
S
 
S
E
 
D
A
 
A
D
 
D
A
 
K
A
 
Q
S
 
A
L
 
L
H
 
H
I
 
V
Q
 
Q
Q
 
M
A
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
A
H
 
V
S
 
H
L
 
I
G
 
G
E
 
P
G
 
P
P
 
P
A
 
A
A
 
N
Q
 
Q
T
 
S
Y
 
Y
L
 
I
V
 
V
V
 
I
E
 
D
K
 
K
I
 
V
L
 
M
R
 
A
I
 
A
A
 
I
R
 
R
E
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
A
 
A
I
 
V
H
 
H
P
 
P
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
S
E
 
E
N
 
N
A
 
S
A
 
K
F
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
A
C
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
E
G
 
G
I
 
V
A
 
I
F
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
T
 
P
P
 
K
E
 
G
Q
 
A
L
 
I
R
 
E
M
 
A
F
 
M
G
 
G
L
 
D
K
|
K
H
 
I
T
 
T
A
 
S
R
 
K
A
 
K
L
 
I
A
 
A
K
 
Q
Q
 
E
R
 
A
G
 
N
V
 
V
P
 
S
M
 
T
L
 
V
E
 
P
G
 
G
-
 
Y
T
 
M
E
 
G
L
 
L
L
 
I
D
 
E
S
 
D
L
 
A
A
 
D
D
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
K
A
 
I
A
 
S
E
 
N
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
I
K
|
K
S
 
A
T
 
S
A
 
A
G
 
-
G
 
-
G
 
-
G
 
-
I
 
-
G
 
-
M
 
M
R
 
R
V
 
I
C
 
A
R
 
W
S
 
N
A
 
D
A
 
Q
E
 
E
L
 
A
A
 
R
E
 
E
A
 
G
F
 
F
D
 
Q
A
 
S
V
 
S
K
 
K
R
 
-
L
 
-
G
 
-
Q
 
-
N
 
-
N
 
-
F
 
-
S
 
-
D
 
N
A
x
D
G
 
R
V
 
I
F
 
F
I
 
I
E
 
E
K
 
K
Y
 
F
I
 
V
Q
 
T
R
 
Q
A
 
P
R
 
R
H
|
H
L
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
Q
V
 
V
F
 
L
G
 
C
D
 
D
G
 
S
R
 
H
G
 
G
E
 
N
V
 
G
I
 
I
A
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
E
R
 
R
D
 
E
C
 
C
S
 
S
V
 
I
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
N
 
N
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
L
 
V
E
 
E
E
 
E
T
 
A
P
 
P
A
 
S
P
 
P
N
 
F
L
 
L
P
 
D
A
 
E
G
 
A
M
 
T
A
 
R
E
 
R
A
 
A
L
 
M
C
 
G
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
V
 
V
K
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
V
S
 
G
Y
 
Y
R
 
A
S
 
S
A
 
A
G
 
G
T
|
T
V
 
V
E
|
E
F
 
F
V
 
I
Y
 
V
D
 
D
A
 
G
E
 
Q
A
 
-
E
 
K
Q
 
N
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
E
|
E
V
 
M
N
|
N
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
Q
V
 
V
E
|
E
H
 
H
G
 
P
V
 
V
T
 
T
E
 
E
Q
 
L
V
 
I
W
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
V
R
 
E
W
 
Q
M
 
M
I
 
I
E
 
R
L
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
E
L
 
-
P
 
-
P
 
P
L
 
L
V
 
S
E
 
I
L
 
T
A
 
Q
R
 
G
A
 
D
L
 
V
K
 
K
S
 
L
S
 
T
G
 
G
H
 
W
S
 
A
I
 
I
Q
 
E
A
 
N
R
|
R
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
D
 
D
P
 
P
G
 
Y
R
 
R
D
 
G
F
 
F
Q
 
L
P
 
P
S
 
S
P
 
I
G
 
G
L
 
R
L
 
L
T
 
T
V
 
R
V
 
Y
D
 
R
F
 
P
P
 
P
K
 
A
G
 
-
D
 
-
G
 
E
K
 
A
A
 
A
L
 
V
R
 
R
I
 
N
D
 
D
T
 
T
W
 
G
V
 
V
E
 
Y
A
 
E
G
 
G
C
 
G
E
 
E
I
 
I
P
 
S
P
 
M
Y
 
Y
F
 
Y
D
 
D
P
 
P
M
 
M
V
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
L
I
 
C
T
 
T
W
 
W
A
 
A
P
 
P
D
 
T
R
 
R
E
 
A
S
 
A
A
 
A
R
 
I
A
 
E
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
S
T
 
F
L
 
E
L
 
V
Y
 
E
G
 
G
V
 
I
E
 
G
S
 
H
N
 
N
R
 
L
A
 
P
Y
 
F
L
 
L
R
 
S
Q
 
A
I
 
V
L
 
M
G
 
D
Y
 
H
A
 
P
P
 
K
F
 
F
A
 
I
E
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2vpqB Crystal structure of biotin carboxylase from s. Aureus complexed with amppnp (see paper)
44% identity, 37% coverage: 4:446/1199 of query aligns to 2:441/448 of 2vpqB

query
sites
2vpqB
K
 
K
L
 
V
L
 
L
I
 
I
A
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
A
 
E
I
 
I
A
 
A
C
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
I
R
 
R
T
 
A
L
 
C
R
 
R
G
 
D
L
 
L
D
 
G
V
 
I
K
 
Q
S
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
S
 
S
E
 
E
A
 
G
D
 
D
A
 
K
A
 
D
S
 
A
L
 
L
H
 
H
I
 
T
Q
 
Q
Q
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
A
H
 
Y
S
 
C
L
 
V
G
 
G
E
 
P
G
 
T
P
 
L
A
 
S
A
 
K
Q
 
D
T
 
S
Y
 
Y
L
 
L
V
 
N
V
 
I
E
 
P
K
 
N
I
 
I
L
 
L
R
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
T
E
 
S
T
 
T
G
 
G
A
 
C
S
 
D
A
 
G
I
 
V
H
 
H
P
 
P
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
A
E
 
E
N
 
N
A
 
A
A
 
D
F
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
L
C
 
C
E
 
E
A
 
A
A
 
C
G
 
Q
I
 
L
A
 
K
F
 
F
V
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
S
P
 
Y
E
 
Q
Q
 
S
L
 
I
R
 
Q
M
 
K
F
 
M
G
 
G
L
 
I
K
|
K
H
 
D
T
x
V
A
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
E
A
 
M
K
 
I
Q
 
K
R
 
A
G
 
N
V
 
V
P
 
P
M
 
V
L
 
V
E
 
P
G
 
G
T
 
S
E
 
D
-
 
G
L
 
L
L
 
M
D
 
K
S
 
D
L
 
V
A
 
S
D
 
E
A
 
A
L
 
K
G
 
K
A
 
I
A
 
A
E
 
K
Q
 
K
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
M
x
I
L
 
I
K
|
K
S
 
A
T
 
T
A
 
A
G
 
G
G
|
G
G
 
G
G
|
G
I
 
K
G
 
G
M
x
I
R
 
R
V
 
V
C
 
A
R
 
R
S
 
D
A
 
E
A
 
K
E
 
E
L
 
L
A
 
E
E
 
T
A
 
G
F
 
F
D
 
R
A
 
M
V
 
T
K
 
E
R
 
Q
L
 
E
G
 
A
Q
 
Q
N
 
T
N
 
A
F
 
F
S
 
G
D
 
N
A
 
G
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
I
 
M
E
 
E
K
 
K
Y
x
F
I
|
I
Q
 
E
R
 
N
A
 
F
R
 
R
H
|
H
L
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
Q
V
 
I
F
 
V
G
 
G
D
 
D
G
 
S
R
 
Y
G
 
G
E
 
N
V
 
V
I
 
I
A
 
H
L
 
L
G
 
G
V
 
E
R
 
R
D
 
D
C
 
C
S
 
T
V
 
I
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
N
 
M
Q
 
Q
K
 
K
V
 
L
L
 
V
E
 
E
E
 
E
T
 
A
P
 
P
A
 
S
P
 
P
N
 
I
L
 
L
P
 
D
A
 
D
G
 
E
M
 
T
A
 
R
E
 
R
A
 
E
L
 
M
C
 
G
E
 
N
A
 
A
A
 
A
V
 
V
K
 
R
L
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
V
S
 
N
Y
 
Y
R
 
E
S
 
N
A
 
A
G
 
G
T
|
T
V
 
I
E
|
E
F
 
F
V
x
I
Y
 
Y
D
 
D
A
 
L
E
 
N
A
 
D
E
 
N
Q
 
K
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
L
x
M
E
|
E
V
 
M
N
|
N
T
 
T
R
|
R
L
 
I
Q
 
Q
V
 
V
E
|
E
H
 
H
G
 
P
V
 
V
T
 
T
E
 
E
Q
 
M
V
 
V
W
 
T
G
 
G
V
 
I
D
 
D
L
 
L
V
 
V
R
 
K
W
 
L
M
 
Q
I
 
L
E
 
Q
L
 
V
A
 
A
A
 
M
G
 
G
D
 
D
L
 
V
P
 
L
P
 
P
L
 
Y
V
 
K
E
 
Q
L
 
-
A
 
-
R
 
E
A
 
D
L
 
I
K
 
K
S
 
L
S
 
T
G
 
G
H
 
H
S
 
A
I
 
I
Q
 
E
A
 
F
R
|
R
L
 
I
Y
 
N
A
 
A
E
 
E
D
 
N
P
 
P
G
 
Y
R
 
K
D
 
N
F
 
F
Q
 
M
P
 
P
S
 
S
P
 
P
G
 
G
L
 
K
L
 
I
T
 
E
V
 
Q
V
 
Y
D
 
L
F
 
A
P
 
P
K
 
G
G
 
G
D
 
Y
G
 
G
K
 
-
A
 
-
L
 
V
R
 
R
I
 
I
D
 
E
T
 
S
W
 
A
V
 
C
E
 
Y
A
 
T
G
 
N
C
 
Y
E
 
T
I
 
I
P
 
P
P
 
P
Y
 
Y
F
 
Y
D
 
D
P
 
S
M
 
M
V
 
V
A
 
A
K
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
I
W
 
H
A
 
E
P
 
P
D
 
T
R
 
R
E
 
D
S
 
E
A
 
A
R
 
I
A
 
M
A
 
A
L
 
G
D
 
I
T
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
S
E
 
E
T
 
F
L
 
V
L
 
V
Y
 
L
G
 
G
V
 
I
E
 
D
S
 
T
N
 
T
R
 
I
A
 
P
Y
 
F
L
 
H
R
 
I
Q
 
K
I
 
L
L
 
L
G
 
N
Y
 
N
A
 
D
P
 
I
F
 
F
A
 
R
E
 
S
G
 
G
R
 
K
P
 
F
W
 
N
T
 
T
R
 
N
C
 
F
L
 
L
E
 
E

P9WPQ3 Biotin-dependent 3-methylcrotonyl-coenzyme A carboxylase alpha1 subunit; EC 6.3.4.14 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
45% identity, 36% coverage: 1:430/1199 of query aligns to 1:428/654 of P9WPQ3

query
sites
P9WPQ3
M
 
M
F
 
F
D
 
D
K
 
T
L
 
V
L
 
L
I
 
V
A
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
A
 
E
I
 
I
A
 
A
C
 
V
R
 
R
I
 
V
L
 
I
R
 
R
T
 
T
L
 
L
R
 
R
G
 
R
L
 
L
D
 
G
V
 
I
K
 
R
S
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
E
 
D
A
 
P
D
 
D
A
 
V
A
 
D
S
 
A
L
 
R
H
 
H
I
 
V
Q
 
L
Q
 
E
A
 
A
D
 
D
E
 
A
A
 
A
H
 
V
S
 
R
L
 
L
G
 
G
E
 
P
G
 
A
P
 
P
A
 
A
A
 
R
Q
 
E
T
 
S
Y
 
Y
L
 
L
V
 
D
V
 
I
E
 
G
K
 
K
I
 
V
L
 
L
R
 
D
I
 
A
A
 
A
R
 
A
E
 
R
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
Q
A
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
A
E
 
E
N
 
N
A
 
A
A
 
D
F
 
F
A
 
A
E
 
A
A
 
A
C
 
C
E
 
E
A
 
R
A
 
A
G
 
R
I
 
V
A
 
V
F
 
F
V
 
L
G
 
G
P
 
P
T
 
P
P
 
A
E
 
R
Q
 
A
L
 
I
R
 
E
M
 
V
F
 
M
G
 
G
L
 
D
K
 
K
H
 
I
T
 
A
A
 
A
R
 
K
A
 
N
L
 
A
A
 
V
K
 
A
Q
 
A
R
 
F
G
 
D
V
 
V
P
 
P
M
 
V
L
 
V
E
 
P
G
 
G
T
 
V
E
 
A
L
 
R
L
 
A
D
 
G
S
 
L
L
 
T
A
 
D
D
 
D
A
 
A
L
 
L
-
 
V
G
 
T
A
 
A
A
 
A
E
 
A
Q
 
E
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
M
 
L
L
 
I
K
 
K
S
 
P
T
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
K
G
 
G
M
 
M
R
 
R
V
 
L
C
 
V
R
 
Q
S
 
D
A
 
P
A
 
A
E
 
R
L
 
L
A
 
P
E
 
E
A
 
A
F
 
L
D
 
V
A
 
S
V
 
A
K
 
R
R
 
R
L
 
E
G
 
A
Q
 
M
N
 
S
N
 
S
F
 
F
S
 
G
D
 
D
A
 
D
G
 
T
V
 
L
F
 
F
I
 
L
E
 
E
K
 
R
Y
 
F
I
 
V
Q
 
L
R
 
R
A
 
P
R
 
R
H
 
H
L
 
I
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
V
 
V
F
 
L
G
 
A
D
 
D
G
 
A
R
 
H
G
 
G
E
 
N
V
 
V
I
 
V
A
 
H
L
 
L
G
 
G
V
 
E
R
 
R
D
 
E
C
 
C
S
 
S
V
 
L
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
N
 
H
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
L
 
I
E
 
E
E
 
E
T
 
A
P
 
P
A
 
S
P
 
P
N
 
L
L
 
L
P
 
D
A
 
P
G
 
Q
M
 
T
A
 
R
E
 
E
A
 
R
L
 
I
C
 
G
E
 
V
A
 
A
A
 
A
V
 
C
K
 
N
L
 
T
A
 
A
K
 
R
A
 
C
V
 
V
S
 
D
Y
 
Y
R
 
V
S
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
I
Y
 
V
D
 
S
A
 
A
E
 
Q
-
 
R
A
 
P
E
 
D
Q
 
E
F
 
F
Y
 
F
F
 
F
L
 
M
E
 
E
V
 
M
N
 
N
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
V
 
V
E
 
E
H
 
H
G
 
P
V
 
V
T
 
T
E
 
E
Q
 
A
V
 
I
W
 
T
G
 
G
V
 
L
D
 
D
L
 
L
V
 
V
R
 
E
W
 
W
M
 
Q
I
 
L
E
 
R
L
 
V
A
 
G
A
 
A
G
 
G
D
 
E
L
x
K
P
 
L
P
 
G
L
 
F
V
 
A
E
 
Q
L
 
-
A
 
-
R
 
N
A
 
D
L
 
I
K
 
E
S
 
L
S
 
R
G
 
G
H
 
H
S
 
A
I
 
I
Q
 
E
A
 
A
R
 
R
L
 
V
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
D
 
D
P
 
P
G
 
A
R
 
R
D
 
E
F
 
F
Q
 
L
P
 
P
S
 
T
P
 
G
G
 
G
L
 
R
L
 
V
T
 
L
V
 
A
V
 
V
D
 
F
F
 
E
P
 
P
K
 
A
G
 
G
D
 
P
G
 
G
K
 
-
A
 
-
L
 
V
R
 
R
I
 
V
D
 
D
T
 
S
W
 
S
V
 
L
E
 
L
A
 
G
G
 
G
C
 
T
E
 
V
I
 
V
P
 
G
P
 
S
Y
 
D
F
 
Y
D
 
D
P
 
P
M
 
L
V
 
L
A
 
T
K
 
K
L
 
V
I
 
I
T
 
A
W
 
H
A
 
G
P
 
A
D
 
D
R
 
R
E
 
E
S
 
E
A
 
A
R
 
L
A
 
D
A
 
R
L
 
L
D
 
D
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
D
 
A
E
 
R
T
 
T
L
 
A
L
 
V
Y
 
L
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
S
 
T
N
 
N
R
 
V
A
 
E
Y
 
F
L
 
L
R
 
R
Q
 
F
I
 
L
L
 
L

2vr1A Crystal structure of biotin carboxylase from e. Coli in complex with atp analog, adpcf2p. (see paper)
43% identity, 37% coverage: 1:446/1199 of query aligns to 1:439/444 of 2vr1A

query
sites
2vr1A
M
 
M
F
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
I
L
 
V
I
 
I
A
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
A
 
E
I
 
I
A
 
A
C
 
L
R
 
R
I
 
I
L
 
L
R
 
R
T
 
A
L
 
C
R
 
K
G
 
E
L
 
L
D
 
G
V
 
I
K
 
K
S
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
V
Y
 
H
S
 
S
E
 
S
A
 
A
D
 
D
A
 
R
A
 
D
S
 
L
L
 
K
H
 
H
I
 
V
Q
 
L
Q
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
T
H
 
V
S
 
C
L
 
I
G
 
G
E
 
P
G
 
A
P
 
P
A
 
S
A
 
V
Q
 
K
T
 
S
Y
 
Y
L
 
L
V
 
N
V
 
I
E
 
P
K
 
A
I
 
I
L
 
I
R
 
S
I
 
A
A
 
A
R
 
E
E
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
A
S
 
V
A
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
S
E
 
E
N
 
N
A
 
A
A
 
N
F
 
F
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
C
 
V
E
 
E
A
 
R
A
 
S
G
 
G
I
 
F
A
 
I
F
 
F
V
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
K
P
 
A
E
 
E
Q
 
T
L
 
I
R
 
R
M
 
L
F
 
M
G
 
G
L
 
D
K
|
K
H
 
V
T
 
S
A
 
A
R
 
I
A
 
A
L
 
A
A
 
M
K
 
K
Q
 
K
R
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
 
C
L
 
V
E
 
P
G
 
G
T
 
S
E
 
D
-
 
G
-
 
P
L
 
L
L
 
G
D
 
D
S
 
D
L
 
M
A
 
D
D
 
K
A
 
N
L
 
R
G
 
A
A
 
I
A
 
A
E
 
K
Q
 
R
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
M
 
I
L
 
I
K
|
K
S
 
-
T
 
-
A
 
A
G
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
x
R
G
 
G
M
|
M
R
 
R
V
 
V
C
 
V
R
 
R
S
 
G
A
 
D
A
 
A
E
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
Q
A
 
S
F
 
I
D
 
S
A
 
M
V
 
T
K
 
R
R
 
A
L
 
E
G
 
A
Q
 
K
N
 
A
N
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
N
A
x
D
G
 
M
V
 
V
F
 
Y
I
 
M
E
 
E
K
 
K
Y
|
Y
I
x
L
Q
 
E
R
 
N
A
 
P
R
 
R
H
|
H
L
 
V
E
 
E
V
 
I
Q
 
Q
V
 
V
F
 
L
G
 
A
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
G
 
G
E
 
N
V
 
A
I
 
I
A
 
Y
L
 
L
G
 
A
V
 
E
R
 
R
D
 
D
C
 
C
S
 
S
V
 
M
Q
 
Q
R
 
R
R
|
R
N
 
H
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
L
 
V
E
 
E
E
 
E
T
 
A
P
 
P
A
 
A
P
 
P
N
 
G
L
 
I
P
 
T
A
 
P
G
 
E
M
 
L
A
 
R
E
 
R
A
 
Y
L
 
I
C
 
G
E
 
E
A
 
R
A
 
C
V
 
A
K
 
K
L
 
A
A
 
C
K
 
V
A
 
D
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
R
 
R
S
 
G
A
 
A
G
 
G
T
|
T
V
 
F
E
|
E
F
 
F
V
x
L
Y
 
F
D
 
-
A
 
-
E
 
E
A
 
N
E
 
G
Q
 
E
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
L
 
I
E
|
E
V
 
M
N
|
N
T
 
T
R
|
R
L
 
I
Q
 
Q
V
 
V
E
|
E
H
 
H
G
 
P
V
 
V
T
 
T
E
 
E
Q
 
M
V
 
I
W
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
L
V
 
I
R
 
K
W
 
E
M
 
Q
I
 
L
E
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
Q
L
 
-
P
 
-
P
 
P
L
 
L
V
 
S
E
 
I
L
 
K
A
 
Q
R
 
E
A
 
E
L
 
V
K
 
H
S
 
V
S
 
R
G
 
G
H
 
H
S
 
A
I
 
V
Q
 
E
A
 
C
R
|
R
L
 
I
Y
 
N
A
 
A
E
 
E
D
 
D
P
 
P
G
 
N
R
 
-
D
 
T
F
 
F
Q
 
L
P
 
P
S
 
S
P
 
P
G
 
G
L
 
K
L
 
I
T
 
T
V
 
R
V
 
F
D
 
H
F
 
A
P
 
P
K
 
G
G
 
G
D
 
F
G
 
G
K
 
-
A
 
-
L
 
V
R
 
R
I
 
W
D
 
E
T
 
S
W
 
H
V
 
I
E
 
Y
A
 
A
G
 
G
C
 
Y
E
 
T
I
 
V
P
 
P
P
 
P
Y
 
Y
F
 
Y
D
 
D
P
 
S
M
 
M
V
 
I
A
 
G
K
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
C
W
 
Y
A
 
G
P
 
E
D
 
N
R
 
R
E
 
D
S
 
V
A
 
A
R
 
I
A
 
A
A
 
R
L
 
M
D
 
K
T
 
N
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
E
 
E
T
 
L
L
 
I
L
 
I
Y
 
D
G
 
G
V
 
I
E
 
K
S
 
T
N
 
N
R
 
V
A
 
D
Y
 
L
L
 
Q
R
 
I
Q
 
R
I
 
I
L
 
M
G
 
N
Y
 
D
A
 
E
P
 
N
F
 
F
A
 
Q
E
 
H
G
 
G
R
 
G
P
 
T
W
 
N
T
x
I
R
 
H
C
 
Y
L
 
L
E
 
E

7ybuA Human propionyl-coenzyme a carboxylase
42% identity, 37% coverage: 2:445/1199 of query aligns to 5:446/670 of 7ybuA

query
sites
7ybuA
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
I
L
 
L
I
 
V
A
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
A
 
E
I
 
I
A
 
A
C
 
C
R
 
R
I
 
V
L
 
I
R
 
R
T
 
T
L
 
C
R
 
K
G
 
K
L
 
M
D
 
G
V
 
I
K
 
K
S
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
I
Y
 
H
S
 
S
E
 
D
A
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
S
S
 
S
L
 
V
H
 
H
I
 
V
Q
 
K
Q
 
M
A
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
A
H
 
V
S
 
C
L
 
V
G
 
G
E
 
P
G
 
A
P
 
P
A
 
T
A
 
S
Q
 
K
T
 
S
Y
 
Y
L
 
L
V
 
N
V
 
M
E
 
D
K
 
A
I
 
I
L
 
M
R
 
E
I
 
A
A
 
I
R
 
K
E
 
K
T
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
Q
A
 
A
I
 
V
H
 
H
P
 
P
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
S
E
 
E
N
 
N
A
 
K
A
 
E
F
 
F
A
 
A
E
 
R
A
 
C
C
 
L
E
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
D
I
 
V
A
 
V
F
 
F
V
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
D
P
 
T
E
 
H
Q
 
A
L
 
I
R
 
Q
M
 
A
F
 
M
G
 
G
L
 
D
K
 
K
H
 
I
T
 
E
A
 
S
R
 
K
A
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
K
R
 
A
G
 
E
V
 
V
P
 
N
M
 
T
L
 
I
E
 
P
G
 
G
T
 
F
E
 
D
-
 
G
L
 
V
L
 
V
D
 
K
S
 
D
L
 
A
A
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
R
A
 
I
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
I
K
 
K
S
 
A
T
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
K
G
 
G
M
 
M
R
 
R
V
 
I
C
 
A
R
 
W
S
 
D
A
 
D
A
 
E
E
 
E
L
 
T
A
 
R
E
 
D
A
 
G
F
 
F
D
 
R
A
 
L
V
 
S
K
 
S
R
 
Q
L
 
E
G
 
A
Q
 
A
N
 
S
N
 
S
F
 
F
S
 
G
D
 
D
A
 
D
G
 
R
V
 
L
F
 
L
I
 
I
E
 
E
K
 
K
Y
 
F
I
 
I
Q
 
D
R
 
N
A
 
P
R
 
R
H
 
H
L
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
Q
V
 
V
F
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
K
R
 
H
G
 
G
E
 
N
V
 
A
I
 
L
A
 
W
L
 
L
G
 
N
V
 
E
R
 
R
D
 
E
C
 
C
S
 
S
V
 
I
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
N
 
N
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
L
 
V
E
 
E
E
 
E
T
 
A
P
 
P
A
 
S
P
 
I
N
 
F
L
 
L
P
 
D
A
 
A
G
 
E
M
 
T
A
 
R
E
 
R
A
 
A
L
 
M
C
 
G
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
V
 
V
K
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
R
A
 
A
V
 
V
S
 
K
Y
 
Y
R
 
S
S
 
S
A
 
A
G
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
L
Y
 
V
D
 
D
A
 
S
E
 
K
A
 
-
E
 
K
Q
 
N
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
M
N
 
N
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
V
 
V
E
 
E
H
 
H
G
 
P
V
 
V
T
 
T
E
 
E
Q
 
C
V
 
I
W
 
T
G
 
G
V
 
L
D
 
D
L
 
L
V
 
V
R
 
Q
W
 
E
M
 
M
I
 
I
E
 
R
L
 
V
A
 
A
A
 
K
G
 
G
D
 
-
L
 
-
P
 
Y
P
 
P
L
 
L
V
 
R
E
 
H
L
 
K
A
 
Q
R
 
A
A
 
D
L
 
I
K
 
R
S
 
I
S
 
N
G
 
G
H
 
W
S
 
A
I
 
V
Q
 
E
A
 
C
R
 
R
L
 
V
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
D
 
D
P
 
P
G
 
Y
R
 
K
D
 
S
F
 
F
-
 
G
Q
 
L
P
 
P
S
 
S
P
 
I
G
 
G
L
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
Q
V
 
Y
D
 
Q
F
 
E
P
 
P
K
 
L
G
 
-
D
 
H
G
 
L
K
 
P
A
 
G
L
 
V
R
 
R
I
 
V
D
 
D
T
 
S
W
 
G
V
 
I
E
 
Q
A
 
P
G
 
G
C
 
S
E
 
D
I
 
I
P
 
S
P
 
I
Y
 
Y
F
 
Y
D
 
D
P
 
P
M
 
M
V
 
I
A
 
S
K
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
W
 
Y
A
 
G
P
 
S
D
 
D
R
 
R
E
 
T
S
 
E
A
 
A
R
 
L
A
 
K
A
 
R
L
 
M
D
 
A
T
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
N
T
 
Y
L
 
V
L
 
I
Y
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
T
S
 
H
N
 
N
R
 
I
A
 
A
Y
 
L
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
I
 
V
L
 
I
G
 
I
Y
 
N
A
 
S
P
 
R
F
 
F
A
 
V
E
 
K
G
 
G
R
 
D
P
 
I
W
 
S
T
 
T
R
 
K
C
 
F
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3tw6B Structure of rhizobium etli pyruvate carboxylase t882a with the allosteric activator, acetyl coenzyme-a (see paper)
41% identity, 37% coverage: 4:446/1199 of query aligns to 5:454/1129 of 3tw6B

query
sites
3tw6B
K
 
K
L
 
I
L
 
L
I
 
V
A
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
S
A
 
E
I
 
I
A
 
A
C
 
I
R
 
R
I
 
V
L
 
F
R
 
R
T
 
A
L
 
A
R
 
N
G
 
E
L
 
L
D
 
G
V
 
I
K
 
K
S
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
I
Y
 
W
S
 
A
E
 
E
A
 
E
D
 
D
A
 
K
A
 
L
S
 
A
L
 
L
H
 
H
I
 
R
Q
 
F
Q
 
K
A
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
S
H
 
Y
S
 
Q
L
 
V
G
 
G
E
 
R
G
 
G
P
 
P
A
 
H
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
D
-
 
L
-
 
G
-
 
P
A
 
I
Q
 
E
T
 
S
Y
 
Y
L
 
L
V
 
S
V
 
I
E
 
D
K
 
E
I
 
V
L
 
I
R
 
R
I
 
V
A
 
A
R
 
K
E
 
L
T
 
S
G
 
G
A
 
A
S
 
D
A
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
F
 
L
L
 
L
S
 
S
E
 
E
N
 
S
A
 
P
A
 
E
F
 
F
A
 
V
E
 
D
A
 
A
C
 
C
E
 
N
A
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
I
F
 
F
V
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
K
P
 
A
E
 
D
Q
 
T
L
 
M
R
 
R
M
 
Q
F
 
L
G
 
G
L
 
N
K
|
K
H
 
V
T
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
N
L
 
L
A
 
A
K
 
I
Q
 
S
R
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
M
 
V
L
 
V
E
 
P
G
 
A
T
 
T
E
 
E
L
 
-
L
 
-
D
 
-
S
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
E
A
 
V
L
 
A
G
 
K
A
 
M
A
 
A
E
 
A
Q
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
L
K
|
K
S
 
A
T
 
S
A
 
W
G
 
G
G
|
G
G
 
G
G
|
G
I
 
R
G
 
G
M
|
M
R
 
R
V
 
V
C
 
I
R
 
R
S
 
S
A
 
E
A
 
A
E
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
E
F
 
V
D
 
T
A
 
E
V
 
A
K
 
K
R
 
R
L
 
E
G
 
A
Q
 
M
N
 
A
N
 
A
F
 
F
S
 
G
D
 
K
A
 
D
G
 
E
V
 
V
F
 
Y
I
 
L
E
|
E
K
 
K
Y
x
L
I
x
V
Q
 
E
R
 
R
A
 
A
R
 
R
H
|
H
L
 
V
E
 
E
V
 
S
Q
 
Q
V
 
I
F
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
T
R
 
H
G
 
G
E
 
N
V
 
V
I
 
V
A
 
H
L
 
L
G
 
F
V
 
E
R
 
R
D
 
D
C
 
C
S
 
S
V
 
V
Q
|
Q
R
 
R
R
|
R
N
|
N
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
L
 
V
E
 
E
E
 
R
T
 
A
P
 
P
A
 
A
P
 
P
N
 
Y
L
 
L
P
 
S
A
 
E
G
 
A
M
 
Q
A
 
R
E
 
Q
A
 
E
L
 
L
C
 
A
E
 
A
A
 
Y
A
 
S
V
 
L
K
 
K
L
 
I
A
 
A
K
 
G
A
 
A
V
 
T
S
 
N
Y
 
Y
R
 
I
S
 
G
A
 
A
G
 
G
T
|
T
V
 
V
E
|
E
F
 
Y
V
x
L
Y
 
M
D
 
D
A
 
A
E
 
D
A
 
T
E
 
G
Q
 
K
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
L
 
I
E
|
E
V
 
V
N
|
N
T
 
P
R
|
R
L
 
I
Q
 
Q
V
 
V
E
|
E
H
 
H
G
 
T
V
 
V
T
 
T
E
 
E
Q
 
V
V
 
V
W
 
T
G
 
G
V
 
I
D
 
D
L
 
I
V
 
V
R
 
K
W
 
A
M
 
Q
I
 
I
E
 
H
L
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
A
A
 
A
A
 
I
G
 
G
D
 
T
L
 
P
P
 
Q
P
 
S
L
 
G
V
 
V
E
 
P
L
 
N
A
 
Q
R
 
E
A
 
D
L
 
I
K
 
R
S
 
L
S
 
N
G
 
G
H
 
H
S
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
C
R
|
R
L
 
V
Y
 
T
A
 
T
E
 
E
D
 
D
P
 
P
G
 
E
R
 
H
D
 
N
F
 
F
Q
 
I
P
 
P
S
 
D
P
 
Y
G
 
G
L
 
R
L
 
I
T
 
T
V
 
A
V
 
-
D
 
-
F
 
Y
P
 
R
K
 
S
G
 
A
D
 
S
G
 
G
K
 
F
A
 
G
L
 
I
R
 
R
I
 
L
D
 
D
T
 
G
W
 
G
V
 
T
E
 
S
-
 
Y
A
 
S
G
 
G
C
 
A
E
 
I
I
 
I
P
 
T
P
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
D
|
D
P
 
P
M
 
L
V
 
L
A
 
V
K
 
K
L
 
V
I
 
T
T
 
A
W
 
W
A
 
A
P
 
P
D
 
N
R
 
P
E
 
L
S
 
E
A
 
A
R
 
I
A
 
S
A
 
R
L
 
M
D
 
D
T
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
R
E
 
E
T
 
F
L
 
R
L
 
I
Y
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
A
S
 
T
N
 
N
R
 
L
A
 
T
Y
 
F
L
 
L
R
 
E
Q
 
A
I
 
I
L
 
I
G
 
G
Y
 
H
A
 
P
P
 
K
F
 
F
A
 
R
E
 
D
G
 
N
R
 
S
P
 
Y
W
 
T
T
|
T
R
 
R
C
 
F
L
 
I
E
 
D

Sites not aligning to the query:

P05165 Propionyl-CoA carboxylase alpha chain, mitochondrial; PCCase subunit alpha; Propanoyl-CoA:carbon dioxide ligase subunit alpha; EC 6.4.1.3 from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
42% identity, 37% coverage: 2:445/1199 of query aligns to 63:504/728 of P05165

query
sites
P05165
F
 
F
D
 
D
K
 
K
L
 
I
L
 
L
I
 
V
A
 
A
N
 
N
R
 
R
G
 
G
A
 
E
I
 
I
A
|
A
C
 
C
R
|
R
I
 
V
L
 
I
R
 
R
T
 
T
L
 
C
R
 
K
G
 
K
L
 
M
D
 
G
V
 
I
K
 
K
S
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
I
Y
 
H
S
 
S
E
 
D
A
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
S
S
 
S
L
 
V
H
 
H
I
 
V
Q
 
K
Q
 
M
A
 
A
D
 
D
E
 
E
A
 
A
H
 
V
S
 
C
L
 
V
G
 
G
E
 
P
G
 
A
P
 
P
A
 
T
A
 
S
Q
 
K
T
 
S
Y
 
Y
L
 
L
V
 
N
V
 
M
E
 
D
K
 
A
I
 
I
L
 
M
R
 
E
I
 
A
A
 
I
R
 
K
E
 
K
T
 
T
G
 
R
A
 
A
S
 
Q
A
|
A
I
 
V
H
 
H
P
 
P
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
S
E
 
E
N
 
N
A
 
K
A
 
E
F
 
F
A
 
A
E
 
R
A
 
C
C
 
L
E
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
D
I
 
V
A
 
V
F
 
F
V
x
I
G
 
G
P
 
P
T
 
D
P
 
T
E
 
H
Q
 
A
L
 
I
R
 
Q
M
 
A
F
 
M
G
 
G
L
 
D
K
 
K
H
 
I
T
 
E
A
 
S
R
 
K
A
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
K
R
 
A
G
 
E
V
 
V
P
 
N
M
 
T
L
 
I
E
 
P
G
 
G
T
 
F
E
 
D
-
x
G
L
 
V
L
 
V
D
 
K
S
 
D
L
 
A
A
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
R
A
 
I
A
 
A
E
 
R
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
V
 
V
M
 
M
L
 
I
K
 
K
S
 
A
T
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
K
G
 
G
M
|
M
R
 
R
V
 
I
C
 
A
R
 
W
S
 
D
A
 
D
A
 
E
E
 
E
L
 
T
A
 
R
E
 
D
A
 
G
F
 
F
D
 
R
A
 
L
V
 
S
K
 
S
R
 
Q
L
 
E
G
 
A
Q
 
A
N
 
S
N
 
S
F
 
F
S
 
G
D
 
D
A
 
D
G
 
R
V
 
L
F
 
L
I
 
I
E
 
E
K
 
K
Y
 
F
I
 
I
Q
 
D
R
 
N
A
 
P
R
 
R
H
 
H
L
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
Q
V
 
V
F
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
K
R
 
H
G
 
G
E
 
N
V
 
A
I
 
L
A
 
W
L
 
L
G
 
N
V
 
E
R
 
R
D
 
E
C
 
C
S
 
S
V
 
I
Q
 
Q
R
 
R
R
 
R
N
 
N
Q
|
Q
K
 
K
V
 
V
L
 
V
E
 
E
E
 
E
T
 
A
P
 
P
A
 
S
P
 
I
N
 
F
L
 
L
P
 
D
A
 
A
G
 
E
M
 
T
A
 
R
E
 
R
A
 
A
L
 
M
C
 
G
E
 
E
A
 
Q
A
 
A
V
 
V
K
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
R
A
 
A
V
 
V
S
 
K
Y
 
Y
R
 
S
S
 
S
A
 
A
G
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
L
Y
 
V
D
 
D
A
 
S
E
 
K
A
 
-
E
 
K
Q
 
N
F
 
F
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
M
N
 
N
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
V
 
V
E
 
E
H
 
H
G
 
P
V
 
V
T
 
T
E
 
E
Q
 
C
V
 
I
W
 
T
G
 
G
V
 
L
D
|
D
L
 
L
V
 
V
R
 
Q
W
 
E
M
|
M
I
 
I
E
 
R
L
 
V
A
 
A
A
 
K
G
|
G
D
 
-
L
 
-
P
 
Y
P
 
P
L
 
L
V
 
R
E
 
H
L
 
K
A
 
Q
R
 
A
A
 
D
L
 
I
K
 
R
S
 
I
S
 
N
G
 
G
H
 
W
S
 
A
I
 
V
Q
 
E
A
x
C
R
|
R
L
 
V
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
D
 
D
P
 
P
G
 
Y
R
 
K
D
 
S
F
 
F
-
 
G
Q
 
L
P
 
P
S
 
S
P
 
I
G
 
G
L
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
Q
V
 
Y
D
 
Q
F
 
E
P
|
P
K
 
L
G
 
-
D
 
H
G
 
L
K
 
P
A
 
G
L
 
V
R
 
R
I
 
V
D
 
D
T
 
S
W
 
G
V
 
I
E
 
Q
A
 
P
G
 
G
C
 
S
E
 
D
I
 
I
P
 
S
P
 
I
Y
 
Y
F
 
Y
D
 
D
P
 
P
M
 
M
V
 
I
A
 
S
K
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
W
 
Y
A
 
G
P
 
S
D
 
D
R
 
R
E