SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2309 FitnessBrowser__psRCH2:GFF2309 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5yssB Crystal structure of aminocaproic acid cyclase in complex with NAD (+) (see paper)
35% identity, 97% coverage: 6:260/262 of query aligns to 1:253/255 of 5yssB

query
sites
5yssB
D
 
N
Y
 
L
S
 
T
G
 
G
R
 
K
C
 
T
V
 
A
V
 
L
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
S
A
x
T
G
x
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
A
Q
 
Q
S
 
V
F
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
I
L
 
L
-
 
N
-
x
G
-
x
F
-
 
G
-
 
D
L
 
V
D
 
D
R
 
A
D
 
A
A
 
K
D
 
D
A
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
Q
L
 
Y
A
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
G
D
 
K
A
 
T
P
 
P
L
 
G
R
 
Y
C
 
H
T
 
G
A
 
A
L
 
-
D
 
D
L
|
L
G
 
S
D
 
D
R
 
E
Q
 
A
A
 
Q
V
 
I
-
 
A
-
 
D
-
 
M
Q
 
M
R
 
R
Y
 
Y
A
 
A
D
 
E
D
 
S
L
 
-
A
 
E
C
 
F
R
 
G
G
 
G
L
 
V
H
 
-
A
 
-
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
I
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
|
G
V
x
I
E
 
Q
Y
 
H
A
 
V
T
 
S
P
 
P
L
 
I
D
 
E
E
 
-
C
 
-
S
 
T
F
 
F
E
 
P
A
 
V
D
 
D
Q
 
K
C
 
-
W
 
W
S
 
N
T
 
A
L
 
I
L
 
I
E
 
A
N
 
I
N
 
N
V
 
L
G
 
S
S
 
S
M
 
V
Q
 
F
R
 
H
L
 
T
T
 
T
R
 
R
A
 
L
L
 
A
L
 
L
P
 
P
R
 
G
L
 
M
R
 
R
A
 
A
-
 
R
-
 
N
G
 
W
A
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
 
I
A
|
A
S
 
S
I
 
V
W
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
G
 
A
V
 
S
P
 
K
G
 
E
F
 
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
R
 
K
S
 
T
L
 
I
A
 
A
W
 
L
E
 
E
L
 
T
G
 
A
P
 
Q
R
 
T
R
 
E
I
 
I
R
 
T
V
 
C
N
 
N
A
 
A
V
 
L
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
 
W
I
x
V
A
 
L
T
|
T
D
 
P
A
 
L
A
 
V
M
 
Q
R
 
Q
S
 
Q
L
 
I
Q
 
D
V
 
K
M
 
R
A
 
I
D
 
A
A
 
E
N
 
G
G
 
A
R
 
E
S
 
P
D
 
E
S
 
A
A
 
A
E
 
R
L
 
D
A
 
A
T
 
L
I
 
L
L
 
A
S
 
E
N
 
K
Q
 
Q
A
 
P
I
 
S
P
 
R
E
 
E
L
 
F
L
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
N
T
 
L
F
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
C
S
 
S
P
 
D
L
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
L
 
V
T
 
R
G
 
G
Q
 
V
A
 
A
L
 
W
S
 
N
V
 
M
S
 
D
H
 
G
G
 
G
E
 
W
V
 
V

2ztlA Closed conformation of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase complexed with NAD+ and l-3-hydroxybutyrate (see paper)
34% identity, 96% coverage: 8:258/262 of query aligns to 3:256/260 of 2ztlA

query
sites
2ztlA
S
 
K
G
 
G
R
 
K
C
 
V
V
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
S
A
 
T
G
 
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
A
Q
 
T
S
 
A
F
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
D
L
 
I
E
 
V
L
 
L
L
 
N
D
 
G
R
x
F
-
 
G
D
 
D
A
 
A
D
 
A
A
 
E
L
 
I
A
 
E
R
 
K
L
 
V
A
 
R
D
 
A
E
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
A
D
 
Q
A
 
H
P
 
G
L
 
V
R
 
K
C
 
V
-
 
L
-
 
Y
T
 
D
A
 
G
L
 
A
D
 
D
L
|
L
G
 
S
D
 
K
R
 
G
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
Q
 
R
R
 
G
Y
 
L
A
 
V
D
 
D
D
 
N
L
 
A
A
 
V
C
 
R
R
 
Q
G
 
M
L
 
G
H
 
R
A
 
I
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
V
 
I
E
x
Q
Y
 
H
A
 
T
T
 
A
P
 
L
L
 
I
D
 
E
E
 
D
C
 
F
S
 
P
F
 
T
E
 
E
A
 
K
D
 
-
Q
 
-
C
 
-
W
 
W
S
 
D
T
 
A
L
 
I
L
 
L
E
 
A
N
x
L
N
|
N
V
 
L
G
 
S
S
 
A
M
 
V
Q
 
F
R
 
H
L
 
G
T
 
T
R
 
A
A
 
A
L
 
A
L
 
L
P
 
P
R
 
H
L
 
M
R
 
K
A
 
K
G
 
Q
A
 
G
-
 
F
-
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
 
I
A
 
A
S
|
S
I
 
A
W
x
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
G
 
A
V
 
S
P
 
A
G
 
N
F
x
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
F
T
 
T
R
 
K
S
 
V
L
 
T
A
 
A
W
 
L
E
 
E
L
 
T
G
 
A
P
 
G
R
 
Q
R
 
G
I
 
I
R
 
T
V
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
C
 
C
P
|
P
G
 
G
W
|
W
I
x
V
A
 
R
T
|
T
D
 
P
A
 
L
A
x
V
M
 
E
R
 
K
S
x
Q
L
 
I
Q
 
S
V
 
A
M
x
L
A
 
A
D
 
E
A
 
K
N
 
N
G
 
G
R
 
V
S
 
D
D
 
Q
S
 
E
A
 
T
E
 
A
L
 
A
A
 
R
T
 
E
I
 
L
L
 
L
S
 
S
-
 
E
N
 
K
Q
 
Q
A
 
P
I
 
S
P
 
L
E
 
Q
L
 
F
L
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
F
 
A
L
 
V
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
S
P
 
D
L
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
L
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
T
A
 
T
L
 
V
S
 
S
V
 
V
S
 
D
H
 
G
G
 
G

1wmbA Crystal structure of NAD dependent d-3-hydroxybutylate dehydrogenase (see paper)
34% identity, 96% coverage: 8:258/262 of query aligns to 3:256/260 of 1wmbA

query
sites
1wmbA
S
 
K
G
 
G
R
 
K
C
 
V
V
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
 
G
A
 
S
A
 
T
G
 
S
G
|
G
I
 
I
G
 
G
R
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
A
Q
 
T
S
 
A
F
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
D
L
 
I
E
 
V
L
 
L
L
 
N
D
 
G
R
 
F
-
 
G
D
 
D
A
 
A
D
 
A
A
 
E
L
 
I
A
 
E
R
 
K
L
 
V
A
 
R
D
 
A
E
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
A
D
 
Q
A
 
H
P
 
G
L
 
V
R
 
K
C
 
V
-
 
L
-
 
Y
T
 
D
A
 
G
L
 
A
D
 
D
L
 
L
G
 
S
D
 
K
R
 
G
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
Q
 
R
R
 
G
Y
 
L
A
 
V
D
 
D
D
 
N
L
 
A
A
 
V
C
 
R
R
 
Q
G
 
M
L
 
G
H
 
R
A
 
I
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
I
E
 
Q
Y
 
H
A
 
T
T
 
A
P
 
L
L
 
I
D
 
E
E
 
D
C
 
F
S
 
P
F
 
T
E
 
E
A
 
K
D
 
-
Q
 
-
C
 
-
W
 
W
S
 
D
T
 
A
L
 
I
L
 
L
E
 
A
N
 
L
N
|
N
V
 
L
G
 
S
S
 
A
M
 
V
Q
 
F
R
 
H
L
 
G
T
 
T
R
 
A
A
 
A
L
 
A
L
 
L
P
 
P
R
 
H
L
 
M
R
 
K
A
 
K
G
 
Q
A
 
G
-
 
F
-
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
 
I
A
 
A
S
|
S
I
 
A
W
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
G
 
A
V
 
S
P
 
A
G
 
N
F
 
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
F
T
 
T
R
 
K
S
 
V
L
 
T
A
 
A
W
 
L
E
 
E
L
 
T
G
 
A
P
 
G
R
 
Q
R
 
G
I
 
I
R
 
T
V
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
C
 
C
P
 
P
G
 
G
W
 
W
I
 
V
A
 
R
T
 
T
D
 
P
A
 
L
A
 
V
M
 
E
R
 
K
S
 
Q
L
 
I
Q
 
S
V
 
A
M
x
L
A
 
A
D
 
E
A
 
K
N
 
N
G
 
G
R
 
V
S
 
D
D
 
Q
S
 
E
A
 
T
E
 
A
L
 
A
A
 
R
T
 
E
I
 
L
L
 
L
S
 
S
-
 
E
N
 
K
Q
 
Q
A
 
P
I
 
S
P
 
L
E
 
Q
L
 
F
L
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
F
 
A
L
 
V
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
S
P
 
D
L
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
L
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
T
A
 
T
L
 
V
S
 
S
V
 
V
S
 
D
H
 
G
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3uf0A Crystal structure of a putative NAD(p) dependent gluconate 5- dehydrogenase from beutenbergia cavernae(efi target efi-502044) with bound NADP (low occupancy)
35% identity, 97% coverage: 5:258/262 of query aligns to 3:245/249 of 3uf0A

query
sites
3uf0A
L
 
F
D
 
S
Y
 
L
S
 
A
G
 
G
R
 
R
C
 
T
V
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
A
A
 
G
G
x
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
R
G
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
H
S
 
G
F
 
Y
A
 
A
A
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
H
L
 
V
E
 
L
L
 
A
L
 
W
D
 
G
R
|
R
D
 
T
A
 
-
D
 
D
A
 
G
L
 
V
A
 
K
R
 
E
L
 
V
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
I
A
 
A
-
 
D
G
 
G
D
 
G
A
 
G
P
 
S
L
 
A
R
 
E
C
 
A
T
 
V
A
 
V
L
 
A
D
|
D
L
|
L
G
 
A
D
 
D
R
 
L
Q
 
E
A
 
G
V
 
A
Q
 
A
R
 
N
Y
 
V
A
 
A
D
 
E
D
 
E
L
 
L
A
 
A
C
 
A
R
 
T
G
 
-
L
 
R
H
 
R
A
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
|
G
V
x
I
E
 
I
Y
 
A
A
 
R
T
 
A
P
 
P
L
 
A
D
 
E
E
 
E
C
 
V
S
 
S
F
 
L
E
 
-
A
 
-
D
 
-
Q
 
G
C
 
R
W
 
W
S
 
R
T
 
E
L
 
V
L
 
L
E
 
T
N
 
V
N
 
N
V
 
L
G
 
D
S
 
A
M
 
A
Q
 
W
R
 
V
L
 
L
T
 
S
R
 
R
A
 
S
L
 
F
L
 
G
P
 
T
R
 
A
L
 
M
R
 
L
A
 
A
G
 
H
A
 
G
S
 
S
-
 
G
-
 
R
V
 
I
I
 
V
N
 
T
Q
x
I
A
|
A
S
|
S
I
 
M
W
 
L
G
 
S
L
 
F
K
 
Q
G
 
G
V
 
G
P
 
R
G
 
N
F
x
V
S
 
A
A
 
A
Y
|
Y
V
 
A
A
 
A
S
 
S
K
|
K
H
 
H
A
 
A
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
W
 
S
E
 
E
L
 
W
G
 
A
P
 
G
R
 
R
R
 
G
I
 
V
R
 
G
V
 
V
N
 
N
A
 
A
V
 
L
C
 
A
P
|
P
G
|
G
W
 
Y
I
x
V
A
 
V
T
|
T
-
 
A
-
x
N
D
x
T
A
 
A
A
 
A
M
 
L
R
 
-
S
 
-
L
 
-
Q
 
-
V
 
-
M
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
R
 
R
S
 
A
D
 
D
S
 
D
A
 
E
E
 
R
L
 
A
A
 
A
T
 
E
I
 
I
L
 
T
S
 
A
N
 
R
Q
 
I
A
 
P
I
 
A
P
 
G
E
 
R
L
 
W
L
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
D
L
 
M
G
 
V
G
 
G
T
 
P
F
 
A
L
 
V
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
S
P
 
D
L
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
Y
L
 
V
T
 
H
G
 
G
Q
 
Q
A
 
V
L
 
L
S
 
A
V
 
V
S
 
D
H
 
G
G
 
G

2q2qD Structure of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from pseudomonas putida (see paper)
34% identity, 96% coverage: 8:258/262 of query aligns to 3:251/255 of 2q2qD

query
sites
2q2qD
S
 
K
G
 
G
R
 
K
C
 
T
V
 
A
V
 
L
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
S
A
x
T
G
x
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
A
Q
 
Q
S
 
V
F
 
L
A
 
A
A
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
N
L
 
I
E
 
V
L
 
L
-
 
N
-
 
G
L
x
F
D
 
G
R
 
D
D
 
P
A
 
A
D
 
P
A
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
E
L
 
I
A
 
A
D
 
R
E
 
H
L
 
-
A
 
-
G
 
G
D
 
V
A
 
K
P
 
A
L
 
V
R
 
H
C
 
H
T
 
P
A
 
A
L
 
-
D
|
D
L
|
L
G
 
S
D
 
D
R
 
V
Q
 
A
A
 
Q
V
 
I
Q
 
E
R
 
A
Y
 
L
A
 
F
D
 
A
D
 
-
L
 
L
A
 
A
C
 
E
R
 
R
G
 
E
L
 
F
H
 
G
A
 
G
-
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
|
G
V
 
I
E
 
Q
Y
 
H
A
 
V
T
 
A
P
 
P
L
 
V
D
 
E
E
 
Q
C
 
F
S
 
P
F
 
L
E
 
E
A
 
S
D
 
-
Q
 
-
C
 
-
W
 
W
S
 
D
T
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
A
N
x
L
N
 
N
V
 
L
G
 
S
S
 
A
M
 
V
Q
 
F
R
 
H
L
 
G
T
 
T
R
 
R
A
 
L
L
 
A
L
 
L
P
 
P
R
 
G
L
 
M
R
 
R
A
 
A
-
 
R
-
 
N
G
 
W
A
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
x
I
A
 
A
S
|
S
I
 
V
W
 
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
G
 
G
V
 
S
P
 
T
G
 
G
F
 
K
S
 
A
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
R
 
K
S
 
V
L
 
V
A
 
G
W
 
L
E
 
E
L
 
T
G
 
A
P
 
T
R
 
S
R
 
N
I
 
V
R
 
T
V
 
C
N
 
N
A
 
A
V
 
I
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
|
W
I
x
V
A
 
L
T
|
T
D
 
P
A
x
L
A
x
V
M
 
Q
R
 
K
S
 
Q
L
 
I
Q
 
D
V
 
D
M
x
R
A
 
A
D
 
A
A
 
N
N
 
G
G
 
G
R
 
D
S
 
P
D
 
L
S
 
Q
A
 
A
E
 
Q
L
 
H
A
 
D
T
 
L
I
 
L
L
 
A
S
 
E
N
 
K
Q
 
Q
A
 
P
I
 
S
P
 
L
E
 
A
L
 
F
L
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
H
L
 
L
G
 
G
G
 
E
T
 
L
F
 
V
L
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
C
S
 
S
P
 
E
L
 
A
A
 
G
A
 
S
A
 
Q
L
 
V
T
 
R
G
 
G
Q
 
A
A
 
A
L
 
W
S
 
N
V
 
V
S
 
D
H
 
G
G
 
G

8dt1C Crystal structure of a putative d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase from burkholderia cenocepacia j2315 in complex with NAD
33% identity, 98% coverage: 6:262/262 of query aligns to 1:259/259 of 8dt1C

query
sites
8dt1C
D
 
N
Y
 
L
S
 
N
G
 
G
R
 
K
C
 
T
V
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
A
A
 
A
G
x
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
K
G
 
E
L
 
I
A
 
A
Q
 
L
S
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
A
L
 
V
E
 
A
L
 
I
L
 
A
D
|
D
R
x
L
D
 
N
A
 
Q
D
 
D
A
 
G
L
 
A
A
 
N
R
 
A
L
 
V
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
I
-
 
N
-
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
G
A
 
K
P
 
A
L
 
I
R
 
G
C
 
V
T
 
-
A
 
A
L
x
M
D
 
D
L
x
V
G
 
T
D
 
N
R
 
E
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
Q
 
N
R
 
T
Y
 
G
A
 
I
D
 
D
D
 
K
L
 
V
A
 
A
C
 
E
R
 
A
G
 
F
L
 
G
H
 
S
A
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
S
N
|
N
A
|
A
G
 
G
V
 
I
E
 
Q
Y
 
I
A
 
V
T
 
N
P
 
P
L
 
I
D
 
E
E
 
N
C
 
Y
S
 
S
F
 
F
E
 
-
A
 
A
D
 
D
Q
 
-
C
 
-
W
 
W
S
 
K
T
 
K
L
 
M
L
 
Q
E
 
A
N
 
I
N
 
H
V
 
V
G
 
D
S
 
G
M
 
A
Q
 
F
R
 
L
L
 
T
T
 
T
R
 
K
A
 
A
L
 
A
L
 
L
P
 
K
R
 
H
L
 
M
R
 
Y
A
 
K
-
 
D
-
 
D
-
 
R
G
 
G
A
 
G
S
 
V
V
 
V
I
 
I
N
 
Y
Q
x
M
A
 
G
S
 
S
I
 
V
W
 
H
G
 
S
L
 
H
K
 
E
G
 
A
V
 
S
P
 
P
G
 
L
F
 
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
T
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
A
R
 
R
S
 
V
L
 
L
A
 
A
W
 
K
E
 
E
L
 
G
G
 
A
P
 
K
R
 
H
R
 
N
I
 
V
R
 
R
V
 
S
N
 
H
A
 
V
V
 
V
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
x
F
I
x
V
A
 
R
T
|
T
D
 
P
A
 
L
A
 
V
M
 
D
R
 
K
S
 
Q
L
 
I
Q
 
P
V
 
E
M
 
Q
A
 
A
D
 
K
A
 
E
N
 
L
G
 
G
R
 
I
S
 
S
D
 
E
S
 
E
A
 
E
E
 
V
L
 
I
A
 
K
T
 
K
I
 
V
L
 
M
S
 
L
N
 
G
Q
 
N
A
 
T
I
 
V
P
 
D
E
 
G
L
 
V
L
 
F
T
 
T
P
 
T
A
 
V
-
 
Q
D
 
D
L
 
V
G
 
A
G
 
Q
T
 
T
F
 
V
L
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
S
S
 
A
P
 
F
L
 
P
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
S
L
 
F
S
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
G
 
G
E
 
W
V
 
F
M
 
M
H
 
Q

5b4tA Crystal structure of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from alcaligenes faecalis complexed with NAD+ and a substrate d-3- hydroxybutyrate (see paper)
33% identity, 96% coverage: 8:258/262 of query aligns to 3:256/260 of 5b4tA

query
sites
5b4tA
S
 
K
G
 
G
R
 
K
C
 
K
V
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
S
A
x
T
G
 
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
L
G
 
A
L
 
M
A
 
A
Q
 
T
S
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
L
 
V
E
 
V
L
 
I
-
 
N
-
 
G
L
x
F
D
 
G
R
 
Q
D
 
P
A
 
E
D
 
D
A
 
-
L
 
I
A
 
E
R
 
R
L
 
E
A
 
R
D
 
S
E
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
S
D
 
K
A
 
F
P
 
G
L
 
V
R
 
K
C
 
A
T
 
Y
A
 
Y
L
 
L
-
 
N
-
 
A
D
|
D
L
|
L
G
 
S
D
 
D
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
T
Q
 
R
R
 
D
Y
 
F
A
 
I
D
 
A
D
 
K
L
 
A
A
 
A
C
 
E
R
 
A
G
 
L
L
 
G
H
 
G
A
 
L
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
|
G
V
 
I
E
x
Q
Y
 
H
A
 
T
T
 
A
P
 
P
L
 
I
D
 
E
E
 
E
C
 
-
S
 
-
F
 
F
E
 
P
A
 
V
D
 
D
Q
 
K
C
 
-
W
 
W
S
 
N
T
 
A
L
 
I
L
 
I
E
 
A
N
x
L
N
|
N
V
 
L
G
 
S
S
 
A
M
 
V
Q
 
F
R
 
H
L
 
G
T
 
T
R
 
A
A
 
A
L
 
A
L
 
L
P
 
P
R
 
I
L
 
M
R
 
Q
A
 
K
G
 
Q
A
 
G
-
 
W
-
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
x
I
A
 
A
S
|
S
I
 
A
W
x
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
G
 
A
V
 
S
P
 
V
G
 
N
F
x
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
R
 
K
S
 
V
L
 
T
A
 
A
W
 
L
E
 
E
L
 
N
G
 
A
P
 
G
R
 
K
R
 
G
I
 
I
R
 
T
V
 
C
N
 
N
A
 
A
V
 
I
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
|
W
I
x
V
A
 
R
T
|
T
D
 
P
A
x
L
A
x
V
M
 
E
R
 
K
S
x
Q
L
 
I
Q
 
E
V
 
A
M
x
I
A
 
S
D
 
Q
A
 
Q
N
 
K
G
 
G
R
 
I
S
 
D
D
 
I
S
 
E
A
 
A
E
 
A
L
 
A
A
 
R
T
 
E
I
 
L
L
 
L
S
 
A
-
 
E
N
 
K
Q
 
Q
A
 
P
I
 
S
P
 
L
E
 
Q
L
 
F
L
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
A
F
 
A
L
 
V
F
 
F
L
 
L
G
 
S
S
 
S
P
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
D
A
 
Q
L
 
M
T
 
T
G
 
G
Q
 
T
A
 
T
L
 
L
S
 
S
V
 
L
S
 
D
H
 
G
G
 
G

3w8dA Crystal structure of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from alcaligenes faecalis complexed with NAD+ and an inhibitor methylmalonate
33% identity, 96% coverage: 8:258/262 of query aligns to 3:256/260 of 3w8dA

query
sites
3w8dA
S
 
K
G
 
G
R
 
K
C
 
K
V
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
S
A
x
T
G
x
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
L
G
 
A
L
 
M
A
 
A
Q
 
T
S
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
L
 
V
E
 
V
L
 
I
-
 
N
-
 
G
L
x
F
D
 
G
R
 
Q
D
 
P
A
 
E
D
 
D
A
 
-
L
 
I
A
 
E
R
 
R
L
 
E
A
 
R
D
 
S
E
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
S
D
 
K
A
 
F
P
 
G
L
 
V
R
 
K
C
 
A
T
 
Y
A
 
Y
L
 
L
-
 
N
-
x
A
D
|
D
L
|
L
G
 
S
D
 
D
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
T
Q
 
R
R
 
D
Y
 
F
A
 
I
D
 
A
D
 
K
L
 
A
A
 
A
C
 
E
R
 
A
G
 
L
L
 
G
H
 
G
A
 
L
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
V
 
I
E
x
Q
Y
 
H
A
 
T
T
 
A
P
 
P
L
 
I
D
 
E
E
 
E
C
 
-
S
 
-
F
 
F
E
 
P
A
 
V
D
 
D
Q
 
K
C
 
-
W
 
W
S
 
N
T
 
A
L
 
I
L
 
I
E
 
A
N
x
L
N
|
N
V
 
L
G
 
S
S
 
A
M
 
V
Q
 
F
R
 
H
L
 
G
T
 
T
R
 
A
A
 
A
L
 
A
L
 
L
P
 
P
R
 
I
L
 
M
R
 
Q
A
 
K
G
 
Q
A
 
G
-
 
W
-
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
 
I
A
 
A
S
|
S
I
 
A
W
x
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
G
 
A
V
 
S
P
 
V
G
 
N
F
x
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
R
 
K
S
 
V
L
 
T
A
 
A
W
 
L
E
 
E
L
 
N
G
 
A
P
 
G
R
 
K
R
 
G
I
 
I
R
 
T
V
 
C
N
 
N
A
 
A
V
 
I
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
|
W
I
x
V
A
 
R
T
|
T
D
 
P
A
x
L
A
x
V
M
 
E
R
 
K
S
x
Q
L
 
I
Q
 
E
V
 
A
M
x
I
A
 
S
D
 
Q
A
 
Q
N
 
K
G
 
G
R
 
I
S
 
D
D
 
I
S
 
E
A
 
A
E
 
A
L
 
A
A
 
R
T
 
E
I
 
L
L
 
L
S
 
A
-
 
E
N
 
K
Q
 
Q
A
 
P
I
 
S
P
 
L
E
 
Q
L
 
F
L
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
A
F
 
A
L
 
V
F
 
F
L
 
L
G
 
S
S
 
S
P
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
D
A
 
Q
L
 
M
T
 
T
G
 
G
Q
 
T
A
 
T
L
 
L
S
 
S
V
 
L
S
 
D
H
 
G
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3vdrA Crystal structure of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase, prepared in the presence of the substrate d-3-hydroxybutyrate and NAD(+) (see paper)
33% identity, 96% coverage: 8:258/262 of query aligns to 3:256/260 of 3vdrA

query
sites
3vdrA
S
 
K
G
 
G
R
 
K
C
 
K
V
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
S
A
x
T
G
 
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
L
G
 
A
L
 
M
A
 
A
Q
 
T
S
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
L
 
V
E
 
V
L
 
I
-
 
N
-
 
G
L
x
F
D
 
G
R
 
Q
D
 
P
A
 
E
D
 
D
A
 
-
L
 
I
A
 
E
R
 
R
L
 
E
A
 
R
D
 
S
E
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
S
D
 
K
A
 
F
P
 
G
L
 
V
R
 
K
C
 
A
T
 
Y
A
 
Y
L
 
L
-
 
N
-
 
A
D
|
D
L
|
L
G
 
S
D
 
D
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
T
Q
 
R
R
 
D
Y
 
F
A
 
I
D
 
A
D
 
K
L
 
A
A
 
A
C
 
E
R
 
A
G
 
L
L
 
G
H
 
G
A
 
L
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
V
 
I
E
x
Q
Y
 
H
A
 
T
T
 
A
P
 
P
L
 
I
D
 
E
E
 
E
C
 
-
S
 
-
F
 
F
E
 
P
A
 
V
D
 
D
Q
 
K
C
 
-
W
 
W
S
 
N
T
 
A
L
 
I
L
 
I
E
 
A
N
x
L
N
|
N
V
 
L
G
 
S
S
 
A
M
 
V
Q
 
F
R
 
H
L
 
G
T
 
T
R
 
A
A
 
A
L
 
A
L
 
L
P
 
P
R
 
I
L
 
M
R
 
Q
A
 
K
G
 
Q
A
 
G
-
 
W
-
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
 
I
A
 
A
S
|
S
I
 
A
W
x
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
G
 
A
V
 
S
P
 
V
G
 
N
F
x
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
R
 
K
S
 
V
L
 
T
A
 
A
W
 
L
E
 
E
L
 
N
G
 
A
P
 
G
R
 
K
R
 
G
I
 
I
R
 
T
V
 
C
N
 
N
A
 
A
V
 
I
C
 
C
P
 
P
G
|
G
W
|
W
I
x
V
A
 
R
T
|
T
D
 
P
A
x
L
A
x
V
M
 
E
R
 
K
S
x
Q
L
 
I
Q
 
E
V
 
A
M
x
I
A
 
S
D
 
Q
A
 
Q
N
 
K
G
 
G
R
 
I
S
 
D
D
 
I
S
 
E
A
 
A
E
 
A
L
 
A
A
 
R
T
 
E
I
 
L
L
 
L
S
 
A
-
 
E
N
 
K
Q
 
Q
A
 
P
I
 
S
P
 
L
E
 
Q
L
 
F
L
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
A
F
 
A
L
 
V
F
 
F
L
 
L
G
 
S
S
 
S
P
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
D
A
 
Q
L
 
M
T
 
T
G
 
G
Q
 
T
A
 
T
L
 
L
S
 
S
V
 
L
S
 
D
H
 
G
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3vdqA Crystal structure of alcaligenes faecalis d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase in complex with NAD(+) and acetate (see paper)
33% identity, 96% coverage: 8:258/262 of query aligns to 3:256/260 of 3vdqA

query
sites
3vdqA
S
 
K
G
 
G
R
 
K
C
 
K
V
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
S
A
 
T
G
x
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
L
G
 
A
L
 
M
A
 
A
Q
 
T
S
 
E
F
 
L
A
 
A
A
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
D
L
 
V
E
 
V
L
 
I
-
 
N
-
 
G
L
x
F
D
 
G
R
 
Q
D
 
P
A
 
E
D
 
D
A
 
-
L
 
I
A
 
E
R
 
R
L
 
E
A
 
R
D
 
S
E
 
T
L
 
L
A
 
E
G
 
S
D
 
K
A
 
F
P
 
G
L
 
V
R
 
K
C
 
A
T
 
Y
A
 
Y
L
 
L
-
 
N
-
 
A
D
|
D
L
|
L
G
 
S
D
 
D
R
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
T
Q
 
R
R
 
D
Y
 
F
A
 
I
D
 
A
D
 
K
L
 
A
A
 
A
C
 
E
R
 
A
G
 
L
L
 
G
H
 
G
A
 
L
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
V
 
I
E
x
Q
Y
 
H
A
 
T
T
 
A
P
 
P
L
 
I
D
 
E
E
 
E
C
 
-
S
 
-
F
 
F
E
 
P
A
 
V
D
 
D
Q
 
K
C
 
-
W
 
W
S
 
N
T
 
A
L
 
I
L
 
I
E
 
A
N
x
L
N
|
N
V
 
L
G
 
S
S
 
A
M
 
V
Q
 
F
R
 
H
L
 
G
T
 
T
R
 
A
A
 
A
L
 
A
L
 
L
P
 
P
R
 
I
L
 
M
R
 
Q
A
 
K
G
 
Q
A
 
G
-
 
W
-
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
x
I
A
 
A
S
|
S
I
 
A
W
x
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
G
 
A
V
 
S
P
 
V
G
 
N
F
x
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
R
 
K
S
 
V
L
 
T
A
 
A
W
 
L
E
 
E
L
 
N
G
 
A
P
 
G
R
 
K
R
 
G
I
 
I
R
 
T
V
 
C
N
 
N
A
 
A
V
 
I
C
 
C
P
|
P
G
|
G
W
|
W
I
x
V
A
 
R
T
|
T
D
 
P
A
x
L
A
x
V
M
 
E
R
 
K
S
x
Q
L
 
I
Q
 
E
V
 
A
M
x
I
A
 
S
D
 
Q
A
 
Q
N
 
K
G
 
G
R
 
I
S
 
D
D
 
I
S
 
E
A
 
A
E
 
A
L
 
A
A
 
R
T
 
E
I
 
L
L
 
L
S
 
A
-
 
E
N
 
K
Q
 
Q
A
 
P
I
 
S
P
 
L
E
 
Q
L
 
F
L
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
A
F
 
A
L
 
V
F
 
F
L
 
L
G
 
S
S
 
S
P
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
D
A
 
Q
L
 
M
T
 
T
G
 
G
Q
 
T
A
 
T
L
 
L
S
 
S
V
 
L
S
 
D
H
 
G
G
 
G

Q5P5I4 (S)-1-Phenylethanol dehydrogenase; EC 1.1.1.311 from Aromatoleum aromaticum (strain EbN1) (Azoarcus sp. (strain EbN1)) (see 2 papers)
34% identity, 97% coverage: 10:262/262 of query aligns to 8:249/249 of Q5P5I4

query
sites
Q5P5I4
R
 
K
C
 
L
V
 
A
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
 
G
A
 
G
A
 
A
G
x
N
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
R
G
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
S
 
R
F
 
F
A
 
A
A
 
V
A
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
D
L
 
I
E
 
A
L
 
I
L
 
A
D
|
D
R
 
L
D
 
V
A
 
P
D
 
A
A
 
P
L
 
E
A
 
A
R
 
E
L
 
A
A
 
A
D
 
I
E
 
R
L
 
N
A
 
L
G
 
G
D
 
R
A
 
R
P
 
V
L
 
L
-
 
T
-
 
V
R
 
K
C
|
C
T
x
D
A
x
V
L
 
S
D
 
Q
L
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
V
Q
 
E
R
 
A
Y
 
F
A
 
G
D
 
K
D
 
Q
L
 
V
A
 
I
C
 
S
R
 
T
G
 
F
L
 
G
H
 
R
A
 
C
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
 
G
V
 
I
E
x
Y
Y
 
P
A
 
L
T
 
I
P
 
P
L
 
F
D
 
D
E
 
E
C
 
L
S
 
T
F
 
F
E
 
E
A
 
Q
D
 
-
Q
 
-
C
 
-
W
 
W
S
 
K
T
 
K
L
 
T
L
 
F
E
 
E
N
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
D
S
 
S
M
 
G
Q
 
F
R
 
L
L
 
M
T
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
F
L
 
V
P
 
P
R
 
G
L
 
M
R
 
K
A
 
R
G
 
N
A
 
G
-
 
W
-
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
 
L
A
 
T
S
 
S
I
 
T
W
 
T
G
 
Y
L
 
W
K
 
L
G
 
K
V
 
I
P
 
E
G
 
A
F
 
Y
S
 
T
A
 
H
Y
 
Y
V
 
I
A
 
S
S
 
T
K
|
K
H
 
A
A
 
A
V
 
N
V
 
I
G
 
G
L
 
F
T
 
T
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
W
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
G
P
 
K
R
 
D
R
 
G
I
 
I
R
 
T
V
 
V
N
 
N
A
 
A
V
 
I
C
 
A
P
|
P
G
x
S
W
x
L
I
x
V
A
 
R
T
 
T
D
 
A
A
x
T
A
 
T
M
 
E
R
 
A
S
 
S
-
 
A
L
 
L
Q
 
S
V
 
A
M
 
M
A
 
F
D
 
D
A
 
-
N
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
V
L
 
L
S
 
P
N
 
N
-
 
M
-
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
P
 
P
E
 
R
L
 
L
L
 
Q
T
 
V
P
 
P
A
 
L
D
 
D
L
 
L
G
 
T
G
 
G
T
 
A
F
 
A
L
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
S
P
 
D
L
 
D
A
 
A
A
 
S
A
 
F
L
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
T
L
 
L
S
 
A
V
 
V
S
 
D
H
 
G
G
 
G
E
 
M
V
 
V
M
 
R
H
 
H

Sites not aligning to the query:

2ewmB Crystal structure of the (s)-specific 1-phenylethanol dehydrogenase of the denitrifying bacterium strain ebn1 (see paper)
34% identity, 97% coverage: 10:262/262 of query aligns to 6:247/247 of 2ewmB

query
sites
2ewmB
R
 
K
C
 
L
V
 
A
V
 
V
I
 
I
T
 
T
G
|
G
A
 
G
A
 
A
G
x
N
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
R
G
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
S
 
R
F
 
F
A
 
A
A
 
V
A
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
D
L
 
I
E
 
A
L
 
I
L
 
A
D
|
D
R
x
L
D
 
V
A
 
P
D
 
A
A
 
P
L
 
E
A
 
A
R
 
E
L
 
A
A
 
A
D
 
I
E
 
R
L
 
N
A
 
L
G
 
G
D
 
R
A
 
R
P
 
V
L
 
L
-
 
T
-
 
V
R
 
K
C
|
C
T
x
D
A
x
V
L
 
S
D
 
Q
L
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
V
Q
 
E
R
 
A
Y
 
F
A
 
G
D
 
K
D
 
Q
L
 
V
A
 
I
C
 
S
R
 
T
G
 
F
L
 
G
H
 
R
A
 
C
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
 
G
V
 
I
E
 
Y
Y
 
P
A
 
L
T
 
I
P
 
P
L
 
F
D
 
D
E
 
E
C
 
L
S
 
T
F
 
F
E
 
E
A
 
Q
D
 
-
Q
 
-
C
 
-
W
 
W
S
 
K
T
 
K
L
 
T
L
 
F
E
 
E
N
 
I
N
 
N
V
 
V
G
 
D
S
 
S
M
 
G
Q
 
F
R
 
L
L
 
M
T
 
A
R
 
K
A
 
A
L
 
F
L
 
V
P
 
P
R
 
G
L
 
M
R
 
K
A
 
R
G
 
N
A
 
G
-
 
W
-
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
 
L
A
 
T
S
|
S
I
 
T
W
 
T
G
 
Y
L
 
W
K
 
L
G
 
K
V
 
I
P
 
E
G
 
A
F
x
Y
S
 
T
A
 
H
Y
|
Y
V
 
I
A
 
S
S
 
T
K
|
K
H
 
A
A
 
A
V
 
N
V
 
I
G
 
G
L
 
F
T
 
T
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
A
W
 
S
E
 
D
L
 
L
G
 
G
P
 
K
R
 
D
R
 
G
I
 
I
R
 
T
V
 
V
N
 
N
A
 
A
V
 
I
C
 
A
P
|
P
G
x
S
W
x
L
I
x
V
A
 
R
T
 
T
D
 
A
A
x
T
A
 
T
M
 
E
R
 
A
S
 
S
-
 
A
L
 
L
Q
 
S
V
 
A
M
 
M
A
 
F
D
 
D
A
 
-
N
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
V
L
 
L
S
 
P
N
 
N
-
 
M
-
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
P
 
P
E
 
R
L
 
L
L
 
Q
T
 
V
P
 
P
A
 
L
D
 
D
L
 
L
G
 
T
G
 
G
T
 
A
F
 
A
L
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
S
P
 
D
L
 
D
A
 
A
A
 
S
A
 
F
L
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
T
L
 
L
S
 
A
V
 
V
S
 
D
H
 
G
G
 
G
E
 
M
V
 
V
M
 
R
H
 
H

8hi6A Crystal structure of the NADP+ and msa bound n terminal domain of bi- functional malonyl-coa reductase from roseiflexus castenholzii (see paper)
34% identity, 96% coverage: 8:258/262 of query aligns to 4:284/534 of 8hi6A

query
sites
8hi6A
S
 
E
G
 
G
R
 
K
C
 
V
V
 
A
V
 
L
I
 
I
T
 
T
G
|
G
A
 
G
A
 
A
G
|
G
G
x
N
I
|
I
G
 
G
R
 
E
G
 
V
L
 
I
A
 
T
Q
 
R
S
 
R
F
 
F
A
 
L
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
V
E
 
V
L
 
I
L
 
T
D
 
G
R
|
R
D
x
N
A
 
A
D
 
E
A
 
K
L
 
L
A
 
A
-
 
V
-
 
Y
-
 
R
-
 
R
R
 
R
L
 
L
A
 
I
D
 
D
E
 
E
L
 
-
A
 
E
G
 
R
D
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
E
R
 
R
C
 
V
T
 
V
A
 
A
L
 
L
D
 
R
L
x
M
G
x
D
D
 
G
R
 
S
Q
 
D
A
 
I
V
 
A
Q
 
Q
R
 
V
Y
 
R
A
 
A
-
 
G
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
I
-
 
V
-
 
H
-
 
G
-
 
G
D
 
T
D
 
D
L
 
V
A
 
P
C
 
I
R
 
P
G
 
L
L
 
H
H
 
R
A
 
I
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
|
G
-
 
S
-
 
A
-
 
G
-
 
P
-
 
R
-
 
R
-
 
R
-
 
L
V
 
V
E
 
D
Y
 
I
A
 
P
T
 
L
P
 
E
L
 
P
D
 
S
E
 
E
C
 
V
S
 
Q
F
 
P
E
 
P
A
 
D
D
 
S
Q
 
E
C
 
T
W
 
L
S
 
A
T
 
Q
L
 
A
L
 
V
E
 
G
N
 
N
N
 
L
V
 
V
G
 
G
S
x
I
M
 
T
Q
 
W
R
 
N
L
 
L
T
 
T
R
 
R
A
 
A
L
 
A
L
 
A
P
 
P
R
 
H
L
 
M
R
 
P
A
 
S
G
 
G
A
 
S
S
 
S
V
 
V
I
 
I
N
 
N
Q
x
I
A
 
S
S
x
T
I
 
I
W
 
F
G
 
S
L
 
R
K
 
T
G
 
D
V
x
Y
P
 
Y
G
 
G
F
x
R
S
 
I
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
P
K
|
K
H
 
A
A
 
A
V
 
L
V
 
N
G
 
A
L
 
L
T
 
S
R
 
D
S
 
G
L
 
L
A
 
A
W
 
R
E
 
E
L
 
L
G
 
G
P
 
V
R
 
R
R
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
N
 
N
A
 
T
V
 
I
C
 
Y
P
|
P
G
|
G
W
 
P
I
|
I
A
 
E
T
 
S
D
 
E
A
x
R
A
x
I
M
 
Y
R
 
T
S
x
M
L
 
F
Q
 
Q
V
 
A
M
 
M
A
 
D
D
 
A
A
 
L
N
 
K
G
 
G
R
 
Q
S
 
P
-
 
E
-
 
G
D
 
D
S
 
T
A
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
F
-
 
L
-
 
R
-
 
M
-
 
M
E
 
R
L
 
L
A
 
S
T
 
R
I
 
I
L
 
D
S
 
Q
N
 
N
-
 
G
Q
 
E
A
 
V
I
 
V
P
 
K
E
 
R
L
 
F
L
 
P
T
 
S
P
 
P
A
 
V
D
 
D
L
 
V
G
 
A
G
 
N
T
 
T
F
 
A
L
 
V
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
S
P
 
D
L
 
E
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
F
T
 
T
G
 
G
Q
 
H
A
 
A
L
 
F
S
 
E
V
 
V
S
 
T
H
 
H
G
 
G

2d1yA Crystal structure of tt0321 from thermus thermophilus hb8 (see paper)
35% identity, 96% coverage: 7:258/262 of query aligns to 3:235/240 of 2d1yA

query
sites
2d1yA
Y
 
F
S
 
A
G
 
G
R
 
K
C
 
G
V
 
V
V
 
L
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
G
A
 
A
G
x
R
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
R
G
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
Q
S
 
A
F
 
F
A
 
A
A
 
R
A
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
L
L
 
V
E
 
A
L
 
L
L
 
C
D
|
D
R
x
L
D
x
R
A
 
P
D
 
E
A
 
G
L
 
-
A
 
K
R
 
E
L
 
V
A
 
A
D
 
E
E
 
A
L
 
I
A
 
G
G
 
G
D
 
A
A
 
-
P
 
-
L
 
-
R
 
-
C
 
F
T
 
F
A
 
Q
L
x
V
D
|
D
L
|
L
G
 
E
D
 
D
R
 
E
Q
 
R
A
 
E
V
 
R
Q
 
V
R
 
R
Y
 
F
A
 
V
D
 
E
D
 
E
L
 
A
A
 
A
C
 
Y
R
 
A
G
 
L
L
 
G
H
 
R
A
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
x
A
V
x
I
E
 
-
Y
 
-
A
 
A
T
 
A
P
 
P
L
 
G
D
 
S
E
 
A
C
 
L
S
 
T
F
 
V
E
 
R
A
 
L
D
 
P
Q
 
E
C
 
-
W
 
W
S
 
R
T
 
R
L
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
V
N
 
N
V
 
L
G
 
T
S
 
A
M
 
P
Q
 
M
R
 
H
L
 
L
T
 
S
R
 
A
A
 
L
L
 
A
L
 
A
P
 
R
R
 
E
L
 
M
R
 
R
-
 
K
-
 
V
A
 
G
G
 
G
A
 
G
S
 
A
V
 
I
I
 
V
N
 
N
Q
x
V
A
 
A
S
|
S
I
 
V
W
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
F
G
 
A
V
 
E
P
 
Q
G
 
E
F
x
N
S
 
A
A
 
A
Y
|
Y
V
 
N
A
 
A
S
 
S
K
|
K
H
 
G
A
 
G
V
 
L
V
 
V
G
 
N
L
 
L
T
 
T
R
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
A
W
 
L
E
 
D
L
 
L
G
 
A
P
 
P
R
 
L
R
 
R
I
 
I
R
 
R
V
 
V
N
 
N
A
 
A
V
 
V
C
 
A
P
|
P
G
|
G
W
 
A
I
|
I
A
 
A
T
|
T
D
 
E
A
|
A
A
x
V
M
 
L
R
 
-
S
 
-
L
 
-
Q
 
-
V
 
-
M
 
-
A
 
-
D
 
E
A
 
A
N
 
I
G
 
A
R
 
R
S
 
R
D
 
D
S
 
W
A
 
E
E
 
D
L
 
L
A
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
Q
 
H
A
 
A
I
 
L
P
 
R
E
 
R
L
 
L
L
 
G
T
 
K
P
 
P
A
 
E
D
 
E
L
 
V
G
 
A
G
 
E
T
 
A
F
 
V
L
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
S
P
 
E
L
 
K
A
 
A
A
 
S
A
 
F
L
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
A
A
 
I
L
 
L
S
 
P
V
 
V
S
 
D
H
 
G
G
 
G

1x1tA Crystal structure of d-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from pseudomonas fragi complexed with NAD+ (see paper)
32% identity, 96% coverage: 8:258/262 of query aligns to 3:232/236 of 1x1tA

query
sites
1x1tA
S
 
K
G
 
G
R
 
K
C
 
V
V
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
S
A
x
T
G
x
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
L
G
 
G
L
 
I
A
 
A
Q
 
T
S
 
A
F
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
D
L
 
I
E
 
V
L
 
L
L
 
N
D
x
G
R
x
F
-
 
G
D
 
D
A
 
A
D
 
A
A
 
E
L
 
I
A
 
E
R
 
K
L
 
V
A
 
R
D
 
A
E
 
G
L
 
L
A
 
A
G
 
A
D
 
Q
A
 
H
P
 
G
L
 
V
R
 
K
C
 
V
-
 
L
-
 
Y
T
 
D
A
 
G
L
 
A
D
|
D
L
|
L
G
 
S
D
 
K
R
 
G
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
Q
 
R
R
 
G
Y
 
L
A
 
V
D
 
D
D
 
N
L
 
A
A
 
V
C
 
R
R
 
Q
G
 
M
L
 
G
H
 
R
A
 
I
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
 
A
G
|
G
V
 
I
E
 
Q
Y
 
H
A
 
T
T
 
A
P
 
L
L
 
I
D
 
E
E
 
D
C
 
F
S
 
P
F
 
T
E
 
E
A
 
K
D
 
-
Q
 
-
C
 
-
W
 
W
S
 
D
T
 
A
L
 
I
L
 
L
E
 
A
N
x
L
N
|
N
V
 
L
G
 
S
S
 
A
M
 
V
Q
 
F
R
 
H
L
 
G
T
 
T
R
 
A
A
 
A
L
 
A
L
 
L
P
 
P
R
 
H
L
 
M
R
 
K
A
 
K
G
 
Q
A
 
G
-
 
F
-
 
G
S
 
R
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
 
I
A
 
A
S
|
S
I
 
A
W
x
H
G
 
G
L
 
L
K
 
V
G
 
A
V
 
S
P
 
A
G
 
N
F
 
K
S
 
S
A
 
A
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
F
T
 
T
R
 
K
S
 
V
L
 
T
A
 
A
W
 
L
E
 
E
L
 
T
G
 
A
P
 
G
R
 
Q
R
 
G
I
 
I
R
 
T
V
 
A
N
 
N
A
 
A
V
 
I
C
 
C
P
|
P
G
 
G
W
|
W
I
x
V
A
 
-
T
 
-
D
 
-
A
 
-
A
 
-
M
 
-
R
 
R
S
x
T
L
 
L
Q
 
-
V
 
-
M
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
N
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
L
L
 
S
S
 
E
N
 
K
Q
 
Q
A
 
P
I
 
S
P
 
L
E
 
Q
L
 
F
L
 
V
T
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
F
 
A
L
 
V
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
S
P
 
D
L
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
Q
L
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
T
A
 
T
L
 
V
S
 
S
V
 
V
S
 
D
H
 
G
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6zzpA Crystal structure of (r)-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from psychrobacter arcticus complexed with NAD+ and 3-oxovalerate (see paper)
30% identity, 98% coverage: 6:262/262 of query aligns to 7:265/265 of 6zzpA

query
sites
6zzpA
D
 
D
Y
 
L
S
 
T
G
 
G
R
 
K
C
 
V
V
 
A
V
 
L
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
A
A
 
A
G
x
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
R
G
 
D
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
S
 
T
F
 
Y
A
 
A
A
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
A
L
 
V
E
 
G
L
 
I
L
 
A
D
|
D
R
x
I
D
 
N
A
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
A
A
 
Q
R
 
K
L
 
T
A
 
V
D
 
D
-
 
A
-
 
I
E
 
E
L
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
G
A
 
R
P
 
A
L
 
L
R
 
-
C
 
A
T
 
I
A
 
A
L
x
M
D
|
D
L
x
V
G
 
T
D
 
S
R
 
E
Q
 
A
A
 
A
V
 
V
-
 
N
-
 
D
-
 
G
-
 
V
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
L
A
 
V
D
 
D
D
 
T
L
 
F
A
 
G
C
 
-
R
 
-
G
 
G
L
 
I
H
 
-
A
 
-
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
S
N
|
N
A
|
A
G
|
G
V
 
I
E
x
Q
Y
 
I
A
 
I
T
 
D
P
 
P
L
 
I
D
 
H
E
 
K
C
 
M
S
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
D
D
 
-
Q
 
-
C
 
-
W
 
W
S
 
K
T
 
K
L
 
M
L
 
L
E
 
A
N
 
I
N
 
H
V
 
L
G
 
D
S
 
G
M
 
A
Q
 
F
R
 
L
L
 
T
T
 
T
R
 
K
A
 
A
L
 
A
L
 
I
P
 
Q
R
 
H
L
 
M
R
 
Y
A
 
K
-
 
D
-
 
D
-
 
K
G
 
G
A
 
G
S
 
T
V
 
V
I
 
I
N
 
Y
Q
x
M
A
 
G
S
|
S
I
 
V
W
x
H
G
 
S
L
 
H
K
 
E
G
 
A
V
 
S
P
 
L
G
 
F
F
x
K
S
 
A
A
 
P
Y
|
Y
V
 
V
A
 
T
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
C
R
 
R
S
 
V
L
 
L
A
 
A
W
 
K
E
 
E
L
 
G
G
 
A
P
 
V
R
 
H
R
 
N
I
 
V
R
 
R
V
 
S
N
 
H
A
 
V
V
 
I
C
 
C
P
|
P
G
 
G
W
x
F
I
x
V
A
 
K
T
|
T
D
 
P
A
x
L
A
x
V
M
 
E
R
 
K
S
x
Q
L
 
I
Q
 
P
V
 
Q
M
 
Q
A
 
A
D
 
A
A
 
E
N
 
K
G
 
G
R
 
I
S
 
S
D
 
E
S
 
E
A
 
S
E
 
V
L
 
V
A
 
N
T
 
D
I
 
I
-
 
M
L
 
L
S
 
V
N
 
N
Q
 
T
A
 
V
I
 
D
P
 
K
E
 
E
L
 
F
L
 
T
T
 
T
P
 
V
A
 
D
D
 
D
L
 
I
G
 
A
G
 
Q
T
 
L
F
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
A
P
 
F
L
 
P
A
 
T
A
 
N
A
 
V
L
 
F
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
S
L
 
I
S
 
V
V
 
A
S
 
S
H
 
H
G
 
G
E
 
W
V
 
F
M
 
M
H
 
N

6zzoC Crystal structure of (r)-3-hydroxybutyrate dehydrogenase from psychrobacter arcticus complexed with NAD+ and acetoacetate (see paper)
30% identity, 98% coverage: 6:262/262 of query aligns to 7:265/265 of 6zzoC

query
sites
6zzoC
D
 
D
Y
 
L
S
 
T
G
 
G
R
 
K
C
 
V
V
 
A
V
 
L
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
A
A
 
A
G
x
S
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
R
G
 
D
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
S
 
T
F
 
Y
A
 
A
A
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
A
L
 
V
E
 
G
L
 
I
L
 
A
D
|
D
R
x
I
D
 
N
A
 
L
D
 
E
A
 
A
L
 
A
A
 
Q
R
 
K
L
 
T
A
 
V
D
 
D
-
 
A
-
 
I
E
 
E
L
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
G
A
 
R
P
 
A
L
 
L
R
 
-
C
 
A
T
 
I
A
 
A
L
x
M
D
|
D
L
x
V
G
 
T
D
 
S
R
 
E
Q
 
A
A
 
A
V
 
V
-
 
N
-
 
D
-
 
G
-
 
V
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
L
A
 
V
D
 
D
D
 
T
L
 
F
A
 
G
C
 
-
R
 
-
G
 
G
L
 
I
H
 
-
A
 
-
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
S
N
|
N
A
|
A
G
|
G
V
 
I
E
x
Q
Y
 
I
A
 
I
T
 
D
P
 
P
L
 
I
D
 
H
E
 
K
C
 
M
S
 
A
F
 
F
E
 
E
A
 
D
D
 
-
Q
 
-
C
 
-
W
 
W
S
 
K
T
 
K
L
 
M
L
 
L
E
 
A
N
 
I
N
 
H
V
 
L
G
 
D
S
 
G
M
 
A
Q
 
F
R
 
L
L
 
T
T
 
T
R
 
K
A
 
A
L
 
A
L
 
I
P
 
Q
R
 
H
L
 
M
R
 
Y
A
 
K
-
 
D
-
 
D
-
 
K
G
 
G
A
 
G
S
 
T
V
 
V
I
 
I
N
 
Y
Q
x
M
A
 
G
S
 
S
I
 
V
W
x
H
G
 
S
L
 
H
K
 
E
G
 
A
V
 
S
P
 
L
G
 
F
F
x
K
S
 
A
A
 
P
Y
|
Y
V
 
V
A
 
T
S
 
A
K
|
K
H
 
H
A
 
G
V
 
L
V
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
C
R
 
R
S
 
V
L
 
L
A
 
A
W
 
K
E
 
E
L
 
G
G
 
A
P
 
V
R
 
H
R
 
N
I
 
V
R
 
R
V
 
S
N
 
H
A
 
V
V
 
I
C
 
C
P
|
P
G
 
G
W
x
F
I
x
V
A
 
K
T
|
T
D
 
P
A
x
L
A
x
V
M
 
E
R
 
K
S
x
Q
L
 
I
Q
 
P
V
 
Q
M
 
Q
A
 
A
D
 
A
A
 
E
N
 
K
G
 
G
R
 
I
S
 
S
D
 
E
S
 
E
A
 
S
E
 
V
L
 
V
A
 
N
T
 
D
I
 
I
-
 
M
L
 
L
S
 
V
N
 
N
Q
 
T
A
 
V
I
 
D
P
 
K
E
 
E
L
 
F
L
 
T
T
 
T
P
 
V
A
 
D
D
 
D
L
 
I
G
 
A
G
 
Q
T
 
L
F
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
A
P
 
F
L
 
P
A
 
T
A
 
N
A
 
V
L
 
F
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
S
L
 
I
S
 
V
V
 
A
S
 
S
H
 
H
G
 
G
E
 
W
V
 
F
M
 
M
H
 
N

4jroC Crystal structure of 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]reductase (fabg) from listeria monocytogenes in complex with NADP+
32% identity, 98% coverage: 5:261/262 of query aligns to 1:247/247 of 4jroC

query
sites
4jroC
L
 
M
D
 
T
Y
 
L
S
 
Q
G
 
G
R
 
K
C
 
V
V
 
A
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
G
A
x
S
G
x
R
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
R
G
 
D
L
 
I
A
 
A
Q
 
I
S
 
N
F
 
L
A
 
A
A
 
K
A
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
N
L
 
I
E
 
F
L
 
F
L
x
N
D
x
Y
R
x
N
D
x
G
A
x
S
D
 
P
A
 
E
L
 
A
A
 
A
R
 
E
L
 
E
A
 
T
D
 
A
E
 
K
L
 
L
A
 
V
G
 
A
D
 
E
A
 
H
P
 
G
L
 
V
R
 
E
C
 
V
T
 
E
A
 
A
L
 
M
-
 
K
-
 
A
-
x
N
-
x
V
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
E
-
 
D
-
 
V
D
 
D
L
 
A
G
 
F
D
 
F
R
 
K
Q
 
Q
A
 
A
V
 
I
Q
 
E
R
 
R
Y
 
F
A
 
G
D
 
-
D
 
-
L
 
-
A
 
-
C
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
H
 
R
A
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
N
|
N
A
|
A
G
 
G
V
x
I
E
 
T
Y
 
R
A
 
D
T
 
N
P
 
L
L
 
L
D
 
-
E
 
-
C
 
M
S
 
R
F
 
M
E
 
K
A
 
E
D
 
D
Q
 
E
C
 
-
W
 
W
S
 
D
T
 
D
L
 
V
L
 
I
E
 
N
N
x
I
N
 
N
V
 
L
G
 
K
S
 
G
M
 
T
Q
 
F
R
 
L
L
 
C
T
 
T
R
 
K
A
 
A
L
 
V
-
 
S
-
 
R
-
 
T
L
 
M
P
 
M
R
 
K
L
 
Q
R
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
-
S
 
K
V
 
I
I
 
I
N
 
N
Q
 
M
A
 
A
S
|
S
I
 
V
W
 
V
G
 
G
L
 
L
K
 
I
G
 
G
V
 
N
P
 
A
G
 
G
F
x
Q
S
 
A
A
 
N
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
S
 
S
K
|
K
H
 
A
A
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
L
 
L
T
 
T
R
 
K
S
 
T
L
 
T
A
 
A
W
 
R
E
 
E
L
 
L
G
 
A
P
 
P
R
 
R
R
 
G
I
 
I
R
 
N
V
 
V
N
 
N
A
 
A
V
 
V
C
 
A
P
|
P
G
 
G
W
 
F
I
|
I
A
 
T
T
|
T
D
 
D
A
 
-
A
 
-
M
 
-
R
 
-
S
 
-
L
 
-
Q
 
-
V
 
-
M
 
M
A
 
T
D
 
D
A
 
-
N
 
-
G
 
-
R
 
K
S
 
L
D
 
D
S
 
E
A
 
K
E
 
T
L
 
K
A
 
E
T
 
A
I
 
M
L
 
L
S
 
A
N
 
Q
Q
 
I
A
 
P
I
 
L
P
 
G
E
 
A
L
 
Y
L
 
G
T
 
T
P
 
T
A
 
E
D
 
D
L
 
I
G
 
A
G
 
N
T
 
A
F
 
V
L
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
A
S
 
S
P
 
D
L
 
A
A
 
S
A
 
K
A
 
Y
L
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
T
L
 
L
S
 
S
V
 
V
S
 
D
H
 
G
G
 
G
E
 
M
V
 
V
M
 
M

5t5qC Crystal structure of short-chain dehydrogenase/reductase sdr:glucose/ribitol dehydrogenase from brucella melitensis
30% identity, 98% coverage: 5:261/262 of query aligns to 3:244/245 of 5t5qC

query
sites
5t5qC
L
 
F
D
 
E
Y
 
F
S
 
E
G
 
N
R
 
R
C
 
T
V
 
L
V
 
V
I
 
L
T
 
T
G
 
G
A
 
A
A
x
N
G
|
G
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
R
G
 
A
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
S
 
L
F
 
F
A
 
H
A
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
A
T
 
N
L
 
L
E
 
V
L
 
L
L
 
T
D
|
D
R
x
L
D
 
D
A
 
R
D
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
D
R
 
A
L
 
F
A
 
A
D
 
A
E
 
S
L
 
L
A
 
G
G
 
S
D
 
P
A
 
E
P
 
R
L
 
I
R
 
A
C
 
T
T
 
I
A
 
K
L
 
A
D
|
D
L
x
A
G
 
S
D
 
S
R
 
A
Q
 
D
A
 
D
V
 
A
Q
 
E
R
 
K
Y
 
T
A
 
V
D
 
A
D
 
L
L
 
A
A
 
M
C
 
E
R
 
R
G
 
F
L
 
G
H
 
G
A
 
I
D
 
D
V
 
F
L
 
L
V
 
V
N
 
P
N
x
S
A
 
A
G
 
G
V
 
I
E
 
Y
Y
 
Q
A
 
A
T
 
K
P
 
P
L
 
F
D
 
A
E
 
E
C
 
M
S
 
S
F
 
-
E
 
-
A
 
-
D
 
D
Q
 
A
C
 
D
W
 
W
S
 
H
T
 
R
L
 
T
L
 
I
E
 
S
N
x
I
N
 
N
V
 
L
G
 
D
S
 
G
M
 
V
Q
 
F
R
 
Y
L
 
L
T
 
C
R
 
K
A
 
R
L
 
A
L
 
L
P
 
P
R
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
E
G
 
D
A
 
S
S
 
S
V
 
I
I
 
V
N
 
T
Q
 
L
A
 
A
S
|
S
I
 
L
W
 
A
G
 
A
L
 
Y
K
 
R
G
 
G
V
 
A
P
 
Y
G
 
V
F
x
N
S
 
A
A
 
H
Y
|
Y
V
 
G
A
 
A
S
 
T
K
|
K
H
 
G
A
 
A
V
 
M
V
 
V
G
 
S
L
 
M
T
 
T
R
 
R
S
 
A
L
 
L
A
 
S
W
 
R
E
 
E
L
 
L
G
 
A
P
 
P
R
 
-
R
 
K
I
 
T
R
 
R
V
 
V
N
 
N
A
 
G
V
 
V
C
 
S
P
|
P
G
 
G
W
 
I
I
|
I
A
 
E
T
|
T
D
 
P
A
x
M
A
 
T
M
 
S
R
 
E
S
 
L
L
 
L
Q
 
K
V
 
T
M
 
R
A
 
M
D
 
D
A
 
E
N
 
T
G
 
-
R
 
-
S
 
-
D
 
-
S
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
M
S
 
T
N
 
Q
Q
 
T
A
 
P
I
 
L
P
 
K
E
 
R
L
 
L
L
 
G
T
 
K
P
 
P
A
 
S
D
 
E
L
 
I
G
 
A
G
 
S
T
 
V
F
 
I
L
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
C
S
 
S
P
 
P
L
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
F
L
 
V
T
 
T
G
 
G
Q
 
E
A
 
T
L
 
I
S
 
Q
V
 
V
S
 
N
H
 
G
G
 
G
E
 
I
V
 
Y
M
 
M

6ci9D Rmm microcompartment-associated aminopropanol dehydrogenase NADP + aminoacetone holo-structure (see paper)
33% identity, 99% coverage: 2:261/262 of query aligns to 2:251/259 of 6ci9D

query
sites
6ci9D
H
 
H
K
 
M
A
 
F
L
 
T
D
 
S
Y
 
L
S
 
E
G
 
G
R
 
R
C
 
S
V
 
A
V
 
I
I
 
V
T
 
T
G
|
G
A
 
G
A
x
S
G
 
K
G
|
G
I
|
I
G
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
S
 
T
F
 
F
A
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
V
T
 
D
L
 
V
E
 
V
L
 
I
L
 
T
D
x
G
R
|
R
D
x
N
A
 
Q
D
 
D
A
 
D
L
 
L
A
 
D
R
 
R
L
 
T
A
 
V
D
 
A
E
 
D
L
 
L
A
 
S
G
 
G
D
 
T
A
 
R
P
 
G
L
 
-
R
 
K
C
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
V
-
 
R
-
 
A
D
|
D
L
x
V
G
 
T
D
 
D
R
 
P
Q
 
E
A
 
D
V
 
A
Q
 
R
R
 
R
Y
 
T
A
 
V
D
 
A
D
 
E
L
 
T
A
 
V
C
 
S
R
 
R
G
 
H
L
 
G
H
 
G
A
 
L
D
 
D
V
 
I
L
 
V
V
 
C
N
 
A
N
|
N
A
 
A
G
|
G
V
 
I
E
x
F
Y
 
P
A
 
S
T
 
G
P
 
R
L
 
L
D
 
E
E
 
D
C
 
L
S
 
T
F
 
-
E
 
-
A
 
P
D
 
D
Q
 
D
C
 
I
W
 
E
S
 
Q
T
 
V
L
 
L
L
 
G
E
 
V
N
 
N
N
 
F
V
 
K
G
 
G
S
 
T
M
 
V
Q
 
Y
R
 
I
L
 
V
T
 
Q
R
 
A
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
P
 
A
R
 
L
L
 
T
R
 
A
A
 
S
G
 
G
-
 
H
A
 
G
S
 
R
V
 
V
I
 
V
N
 
V
Q
x
T
A
 
S
S
|
S
I
 
I
W
x
T
G
 
G
-
 
P
L
 
I
K
 
T
G
 
G
V
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
x
W
S
 
S
A
 
H
Y
|
Y
V
 
G
A
 
A
S
 
S
K
|
K
H
 
A
A
 
A
V
 
Q
V
 
L
G
 
G
L
 
F
T
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
A
A
 
A
W
 
M
E
 
E
L
 
L
G
 
A
P
 
P
R
 
K
R
 
K
I
 
I
R
 
T
V
 
I
N
 
N
A
 
A
V
 
V
C
 
L
P
|
P
G
|
G
W
x
N
I
|
I
A
 
M
T
|
T
D
 
E
A
x
G
A
 
-
M
 
-
R
 
-
S
 
-
L
 
-
Q
 
-
V
 
-
M
 
-
A
x
L
D
 
D
A
 
E
N
 
M
G
 
G
R
 
Q
S
 
D
D
 
Y
S
 
L
A
 
D
E
 
Q
L
 
M
A
 
A
T
 
S
I
 
-
L
 
-
S
 
-
N
 
-
Q
 
-
A
 
A
I
 
I
P
 
P
-
 
A
-
 
G
E
 
R
L
 
L
L
 
G
T
 
S
P
 
V
A
 
A
D
 
D
L
 
I
G
 
G
G
 
N
T
 
A
F
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
F
G
 
A
S
 
T
P
 
D
L
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
Y
L
 
V
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
A
 
T
L
 
L
S
 
V
V
 
V
S
 
D
H
 
G
G
 
G
E
 
Q
V
 
V
M
 
L

Query Sequence

>GFF2309 FitnessBrowser__psRCH2:GFF2309
MHKALDYSGRCVVITGAAGGIGRGLAQSFAAAGATLELLDRDADALARLADELAGDAPLR
CTALDLGDRQAVQRYADDLACRGLHADVLVNNAGVEYATPLDECSFEADQCWSTLLENNV
GSMQRLTRALLPRLRAGASVINQASIWGLKGVPGFSAYVASKHAVVGLTRSLAWELGPRR
IRVNAVCPGWIATDAAMRSLQVMADANGRSDSAELATILSNQAIPELLTPADLGGTFLFL
GSPLAAALTGQALSVSHGEVMH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory