SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2331 FitnessBrowser__WCS417:GFF2331 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
41% identity, 91% coverage: 28:309/309 of query aligns to 9:284/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
S
M
 
I
S
 
S
A
 
N
F
 
L
D
|
D
D
 
E
T
 
-
F
 
F
L
 
L
T
 
T
Y
 
Y
L
 
M
R
 
Q
E
 
D
D
 
A
M
 
M
D
 
K
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
N
Y
 
Y
P
 
P
K
 
D
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
F
Q
 
E
L
 
F
Q
 
I
F
 
F
E
 
S
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
A
 
N
D
 
D
V
 
S
V
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
E
 
E
N
 
N
F
 
F
I
 
I
S
 
S
Q
 
R
K
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
T
A
 
T
S
 
S
T
 
A
A
 
V
N
 
D
I
 
I
I
 
V
K
 
N
A
 
M
A
 
V
T
 
N
A
 
D
A
 
A
K
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
I
F
 
I
V
 
A
N
|
N
R
|
R
R
 
T
P
 
F
D
 
D
S
 
G
Q
 
-
T
 
-
L
 
V
A
 
D
P
 
Q
G
 
A
V
 
T
A
 
A
A
 
F
V
 
V
T
 
G
S
 
S
D
 
E
D
 
S
V
 
I
E
 
Q
A
 
S
G
 
G
K
 
L
L
 
L
Q
 
Q
M
 
M
Q
 
E
Y
 
E
I
 
V
A
 
A
E
 
K
K
 
L
L
 
L
G
 
N
G
 
N
K
 
E
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
A
I
 
I
L
 
M
L
 
D
G
 
G
D
 
E
L
 
L
A
 
G
N
 
H
N
 
E
S
 
A
T
 
Q
T
 
I
N
 
M
R
|
R
T
 
T
K
 
E
G
 
G
V
 
N
K
 
K
E
 
Q
V
 
I
L
 
I
T
 
E
K
 
E
Y
 
H
P
 
D
G
 
G
I
 
L
K
 
E
I
 
V
E
 
V
Q
 
L
E
 
Q
Q
 
G
T
 
T
G
 
A
I
 
K
W
 
F
L
 
D
R
 
R
D
 
S
R
 
E
G
 
G
M
 
M
T
 
R
L
 
L
V
 
M
N
 
E
D
 
N
W
 
W
L
 
L
T
 
N
Q
 
S
G
 
G
R
 
T
D
 
E
F
 
I
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
V
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
I
M
 
L
A
 
A
L
 
L
K
 
E
S
 
A
A
 
V
G
 
G
K
 
K
-
x
L
K
 
D
G
 
D
V
|
V
L
 
I
I
 
V
A
 
A
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
A
T
 
T
P
 
P
D
 
A
G
 
A
L
 
L
N
 
E
A
 
A
I
 
M
T
 
K
K
 
E
G
 
G
D
 
K
M
 
L
T
 
D
V
 
V
S
 
T
A
 
V
F
 
F
Q
|
Q
D
 
D
A
 
A
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
A
 
G
D
 
A
K
 
T
S
 
S
V
 
V
E
 
K
T
 
V
A
 
A
R
 
V
K
 
Q
M
 
A
A
 
A
K
 
N
N
 
G
E
 
E
P
 
D
I
 
V
E
 
E
Q
 
-
N
 
D
V
 
A
V
 
M
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
Q
 
E
L
 
L
I
 
V
T
 
T
P
 
P
D
 
E
N
 
N
V
 
V
K
 
E
D
 
E
F
 
Y
K
 
E

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
40% identity, 96% coverage: 8:305/309 of query aligns to 14:307/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
T
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
G
L
 
L
S
 
G
M
 
L
L
 
T
L
 
A
A
 
C
S
 
G
G
 
A
V
 
G
A
 
D
S
 
P
A
 
A
A
 
A
D
 
N
-
 
S
-
 
D
-
 
T
L
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
V
S
 
-
A
 
-
F
x
Y
D
 
D
-
 
M
D
 
S
T
 
S
F
 
F
L
 
I
T
 
T
Y
 
A
L
 
G
R
 
K
E
 
E
D
 
G
M
 
M
D
 
D
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
S
 
A
Y
 
Y
P
 
A
K
 
K
G
 
D
D
 
N
G
 
N
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
Q
 
I
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
A
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
S
K
 
T
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
N
 
S
F
 
M
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
S
 
S
T
 
L
A
 
A
N
 
P
I
 
Q
I
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
K
K
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
V
F
 
P
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
L
D
 
D
S
 
S
Q
 
K
T
 
D
L
 
I
A
 
A
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
G
A
 
N
V
 
V
T
 
Q
S
 
P
D
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
A
L
 
Q
Q
 
E
M
 
M
Q
 
Q
Y
 
M
I
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
P
L
 
L
A
 
G
N
 
Q
N
 
S
S
 
G
T
 
E
T
 
L
N
 
D
R
|
R
T
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
E
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
K
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
I
 
N
W
 
W
L
 
K
R
 
R
D
 
D
R
 
E
G
 
A
M
 
V
T
 
N
L
 
K
V
 
M
N
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
Q
 
G
-
 
F
G
 
G
R
 
P
D
 
Q
F
 
I
Q
 
D
A
 
G
V
 
V
L
 
V
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
E
A
 
S
G
 
G
K
 
R
K
 
T
G
 
G
V
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
D
M
 
F
T
 
I
V
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
D
 
A
K
 
A
S
 
G
V
 
L
E
 
A
T
 
V
A
 
A
R
 
N
K
 
R
M
 
L
A
 
A
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
P
I
 
V
E
 
N
Q
 
K
N
 
E
V
 
P
V
 
V
I
 
Y
P
 
I
F
 
M
Q
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
41% identity, 90% coverage: 27:305/309 of query aligns to 4:275/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
V
S
 
-
A
 
-
F
x
Y
D
 
D
-
 
M
D
 
S
T
 
S
F
 
F
L
 
I
T
 
T
Y
 
A
L
 
G
R
 
K
E
 
E
D
 
G
M
 
M
D
 
D
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
S
 
A
Y
 
Y
P
 
A
K
 
K
G
 
D
D
 
N
G
 
N
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
Q
 
I
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
A
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
S
K
 
T
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
N
 
S
F
 
M
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
S
 
S
T
 
L
A
 
A
N
 
P
I
 
Q
I
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
K
K
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
V
F
 
P
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
L
D
 
D
S
 
S
Q
 
K
T
 
D
L
 
I
A
 
A
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
G
A
 
N
V
 
V
T
 
Q
S
 
P
D
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
A
L
 
Q
Q
 
E
M
 
M
Q
 
Q
Y
 
M
I
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
P
L
 
L
A
 
G
N
 
Q
N
 
S
S
 
G
T
 
E
T
 
L
N
 
D
R
|
R
T
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
E
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
K
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
I
 
N
W
|
W
L
 
K
R
 
R
D
 
D
R
 
E
G
 
A
M
 
V
T
 
N
L
 
K
V
 
M
N
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
Q
 
G
-
 
F
G
 
G
R
 
P
D
 
Q
F
 
I
Q
 
D
A
 
G
V
 
V
L
 
V
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
E
A
 
S
G
 
G
K
 
R
K
 
T
G
 
G
V
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
D
M
 
F
T
 
I
V
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
D
 
A
K
 
A
S
 
G
V
 
L
E
 
A
T
 
V
A
 
A
R
 
N
K
 
R
M
 
L
A
 
A
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
P
I
 
V
E
 
N
Q
 
K
N
 
E
V
 
P
V
 
V
I
 
Y
P
 
I
F
 
M
Q
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
39% identity, 90% coverage: 27:305/309 of query aligns to 36:307/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
V
S
 
-
A
 
-
F
x
Y
D
 
D
-
 
M
D
 
S
T
 
S
F
 
F
L
 
I
T
 
T
Y
 
E
L
 
G
R
 
K
E
 
E
D
 
G
M
 
M
D
 
D
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
S
 
T
Y
 
Y
P
 
A
K
 
K
G
 
A
D
 
N
G
 
N
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
Q
 
V
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
A
 
N
D
 
D
V
 
V
V
 
S
K
 
T
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
N
 
S
F
 
L
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
S
 
S
T
 
L
A
 
G
N
 
P
I
 
Q
I
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
K
A
 
S
A
 
K
K
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
F
 
A
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
L
D
 
E
S
 
T
Q
 
P
T
 
D
L
 
L
A
 
A
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
G
A
 
N
V
 
V
T
 
Q
S
 
P
D
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
A
L
 
Q
Q
 
E
M
 
M
Q
 
Q
Y
 
M
I
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
P
L
 
L
A
 
G
N
 
G
N
 
S
S
 
G
T
 
E
T
 
I
N
 
N
R
|
R
T
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
K
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
I
 
N
W
 
W
L
 
K
R
 
R
D
 
D
R
 
E
G
 
A
M
 
V
T
 
N
L
 
K
V
 
M
N
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
Q
 
S
-
 
F
G
 
G
R
 
P
D
 
Q
F
 
I
Q
 
D
A
 
G
V
 
V
L
 
V
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
T
G
 
G
V
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
D
M
 
F
T
 
I
V
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
D
 
S
K
 
A
S
 
G
V
 
L
E
 
A
T
 
V
A
 
A
R
 
D
K
 
A
M
 
L
A
 
V
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
D
I
 
V
E
 
K
Q
 
T
N
 
D
V
 
P
V
 
V
I
 
Y
P
 
V
F
 
M
Q
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
39% identity, 90% coverage: 27:305/309 of query aligns to 3:274/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
V
S
 
-
A
 
-
F
x
Y
D
 
D
-
 
M
D
 
S
T
 
S
F
 
F
L
 
I
T
 
T
Y
x
E
L
 
G
R
 
K
E
 
E
D
 
G
M
 
M
D
 
D
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
S
 
T
Y
 
Y
P
 
A
K
 
K
G
 
A
D
 
N
G
 
N
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
Q
 
V
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
A
 
N
D
 
D
V
 
V
V
 
S
K
 
T
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
N
 
S
F
 
L
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
S
 
S
T
 
L
A
 
G
N
 
P
I
 
Q
I
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
K
A
 
S
A
 
K
K
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
F
 
A
V
 
V
N
|
N
R
 
A
R
 
A
P
 
L
D
 
E
S
 
T
Q
 
P
T
 
D
L
 
L
A
 
A
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
G
A
 
N
V
 
V
T
 
Q
S
 
P
D
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
A
L
 
Q
Q
 
E
M
 
M
Q
 
Q
Y
 
M
I
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
P
L
 
L
A
 
G
N
 
G
N
 
S
S
 
G
T
 
E
T
 
I
N
 
N
R
|
R
T
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
K
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
I
 
N
W
|
W
L
 
K
R
 
R
D
 
D
R
 
E
G
 
A
M
 
V
T
 
N
L
 
K
V
 
M
N
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
Q
 
S
-
 
F
G
 
G
R
 
P
D
 
Q
F
 
I
Q
 
D
A
 
G
V
 
V
L
 
V
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
T
G
 
G
V
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
x
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
D
M
 
F
T
 
I
V
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
D
 
S
K
 
A
S
 
G
V
 
L
E
 
A
T
 
V
A
 
A
R
 
D
K
 
A
M
 
L
A
 
V
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
D
I
 
V
E
 
K
Q
 
T
N
 
D
V
 
P
V
 
V
I
 
Y
P
 
V
F
 
M
Q
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
39% identity, 90% coverage: 27:305/309 of query aligns to 3:274/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
x
V
S
 
-
A
 
-
F
x
Y
D
 
D
-
 
M
D
 
S
T
 
S
F
 
F
L
 
I
T
 
T
Y
x
E
L
 
G
R
 
K
E
 
E
D
 
G
M
 
M
D
 
D
K
 
-
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
S
 
T
Y
 
Y
P
 
A
K
 
K
G
 
A
D
 
N
G
 
N
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
Q
 
V
F
 
W
E
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
A
 
N
D
|
D
V
 
V
V
x
S
K
 
T
Q
 
Q
L
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
E
 
D
N
 
S
F
 
L
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
K
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
V
 
V
N
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
Q
T
 
A
A
 
D
S
 
S
T
 
L
A
 
G
N
 
P
I
 
Q
I
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
K
A
 
S
A
 
K
K
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
F
 
A
V
 
V
N
|
N
R
x
A
R
 
A
P
 
L
D
 
E
S
 
T
Q
 
P
T
 
D
L
 
L
A
 
A
P
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
G
A
 
N
V
 
V
T
 
Q
S
 
P
D
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
A
L
 
Q
Q
 
E
M
 
M
Q
 
Q
Y
 
M
I
 
M
A
 
A
E
 
D
K
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
P
L
 
L
A
 
G
N
 
G
N
 
S
S
 
G
T
 
E
T
 
I
N
 
N
R
|
R
T
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
K
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
I
 
N
W
|
W
L
 
K
R
 
R
D
 
D
R
 
E
G
 
A
M
 
V
T
 
N
L
 
K
V
 
M
N
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
Q
 
S
-
 
F
G
 
G
R
 
P
D
 
Q
F
 
I
Q
 
D
A
 
G
V
 
V
L
 
V
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
R
K
 
T
G
 
G
V
 
V
L
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
I
P
x
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
D
M
 
F
T
 
I
V
 
G
S
 
T
A
 
S
F
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
K
 
T
G
 
V
Q
 
E
A
 
L
D
 
S
K
 
A
S
 
G
V
 
L
E
 
A
T
 
V
A
 
A
R
 
D
K
 
A
M
 
L
A
 
V
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
D
I
 
V
E
 
K
Q
 
T
N
 
D
V
 
P
V
 
V
I
 
Y
P
 
V
F
 
M
Q
 
P
L
 
A
I
 
I
T
 
T
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
33% identity, 93% coverage: 22:308/309 of query aligns to 5:282/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
S
 
S
A
 
A
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
K
I
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
S
M
 
I
S
 
S
A
 
T
F
 
T
D
 
N
D
x
N
T
 
P
F
x
Y
L
x
F
T
 
V
Y
 
A
L
 
M
R
 
K
E
 
D
D
 
G
M
 
I
D
 
D
K
 
K
Q
 
-
A
 
-
K
 
-
S
 
-
Y
 
Y
P
 
A
K
 
S
G
 
N
D
 
K
G
 
K
V
 
I
Q
 
S
L
 
I
Q
 
K
F
 
V
E
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
A
 
D
D
 
D
V
 
A
V
 
A
K
 
R
Q
 
Q
L
 
A
S
 
D
Q
 
D
V
 
V
E
 
Q
N
 
N
F
 
F
I
 
I
S
 
S
Q
 
Q
K
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
K
S
 
A
T
 
I
A
 
V
N
 
T
I
 
A
I
 
I
K
 
K
A
 
S
A
 
A
T
 
N
A
 
N
A
 
A
K
 
N
I
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
F
 
L
V
 
M
N
x
D
R
|
R
R
 
G
P
 
S
D
 
E
S
 
G
Q
 
G
T
 
K
L
 
V
A
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
L
A
 
T
A
 
T
V
 
V
T
 
A
S
 
S
D
 
D
D
 
N
V
 
V
E
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
L
 
M
Q
 
A
M
 
A
Q
 
D
Y
 
Y
I
 
A
A
 
V
E
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
A
N
 
K
I
 
A
V
 
F
I
 
E
L
 
L
L
 
S
G
 
G
D
 
V
L
 
P
A
 
G
N
 
A
N
 
S
S
 
A
T
 
T
T
 
V
N
 
D
R
|
R
T
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
F
K
 
H
E
 
S
V
 
V
L
 
A
T
 
K
K
 
-
Y
 
-
P
 
S
G
 
K
I
 
L
K
 
D
I
 
M
E
 
L
Q
 
S
E
 
S
Q
 
Q
T
 
S
G
 
A
I
 
N
W
x
F
L
 
D
R
 
R
D
 
A
R
 
K
G
 
A
M
 
L
T
 
N
L
 
T
V
 
T
N
 
Q
D
 
N
W
 
M
L
 
I
T
 
Q
Q
 
G
G
 
H
R
 
K
D
 
D
F
 
V
Q
 
Q
A
 
I
V
 
I
L
 
F
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
M
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
K
S
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
L
K
 
Q
G
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
T
 
Q
P
 
P
D
 
D
G
 
A
L
 
H
N
 
D
A
 
A
I
 
I
T
 
K
K
 
K
G
 
G
D
 
D
M
 
I
T
 
S
V
 
A
S
 
T
A
 
I
F
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
A
 
P
K
 
A
G
 
K
Q
 
M
A
 
G
D
 
E
K
 
I
S
 
A
V
 
I
E
 
Q
T
 
A
A
 
A
R
 
I
K
 
D
M
 
Y
A
 
Y
K
 
K
N
 
G
E
 
K
P
 
K
I
 
V
E
 
E
Q
 
K
N
 
E
V
 
T
V
 
I
I
 
S
P
 
P
F
 
I
Q
 
Y
L
 
L
I
 
V
T
 
T
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
Y

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
34% identity, 90% coverage: 28:306/309 of query aligns to 3:274/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
G
 
G
V
 
L
S
 
V
M
 
I
S
 
S
A
 
T
F
 
L
D
 
N
D
x
N
T
 
P
F
|
F
L
x
F
T
 
V
Y
 
T
L
 
L
R
 
K
E
 
N
D
 
G
M
 
A
D
 
E
K
 
E
Q
 
K
A
 
A
K
 
K
S
 
E
Y
 
L
P
 
-
K
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
Y
Q
 
K
L
 
I
Q
 
I
F
 
V
E
 
E
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
A
 
N
D
 
D
V
 
S
V
 
S
K
 
K
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
Q
 
N
V
 
V
E
 
E
N
 
D
F
 
L
I
 
I
S
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
I
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
S
A
 
D
S
 
A
T
 
V
A
 
V
N
 
T
I
 
A
I
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
A
T
 
N
A
 
S
A
 
K
K
 
N
I
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
F
 
T
V
 
I
N
x
D
R
|
R
R
 
S
P
 
A
D
 
N
S
 
G
Q
 
G
T
 
D
L
 
V
A
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
V
A
 
C
A
 
H
V
 
I
T
 
A
S
 
S
D
 
D
D
 
N
V
 
V
E
 
K
A
 
G
G
 
G
K
 
E
L
 
M
Q
 
A
M
 
A
Q
 
E
Y
 
F
I
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
A
L
 
L
G
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
V
V
 
V
I
 
E
L
 
L
L
 
E
G
 
G
D
 
I
L
 
P
A
 
G
N
 
A
N
 
S
S
x
A
T
 
A
T
 
R
N
 
D
R
|
R
T
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
F
K
 
D
E
 
E
V
 
A
L
 
I
T
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
E
 
V
Q
 
A
E
 
K
Q
 
Q
T
 
A
G
 
A
I
 
D
W
x
F
L
 
D
R
 
R
D
 
S
R
 
K
G
 
G
M
 
L
T
 
S
L
 
V
V
 
M
N
 
E
D
 
N
W
 
I
L
 
L
T
 
Q
Q
 
A
G
 
Q
R
 
P
D
 
K
F
 
I
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
F
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
I
M
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
E
S
 
A
A
 
A
G
 
N
K
 
R
K
 
Q
G
 
G
V
 
I
L
 
I
I
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
T
 
T
P
 
E
D
 
D
G
 
A
L
 
L
N
 
K
A
 
A
I
 
I
T
 
K
K
 
E
G
 
G
D
 
K
M
 
M
T
 
A
V
 
A
S
 
T
A
 
I
F
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
A
 
P
K
 
A
G
 
L
Q
 
M
A
 
G
D
 
S
K
 
L
S
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
M
A
 
A
R
 
D
K
 
K
M
 
Y
A
 
L
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
K
I
 
I
E
 
P
Q
 
N
N
 
F
V
 
I
V
 
P
I
 
A
P
 
E
F
 
L
Q
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
P
 
K
D
 
E
N
 
N
V
 
V
K
 
Q

P0AEE5 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
30% identity, 99% coverage: 2:308/309 of query aligns to 3:329/332 of P0AEE5

query
sites
P0AEE5
K
|
K
T
x
K
P
x
V
I
x
L
R
x
T
F
x
L
T
x
S
A
|
A
L
x
V
A
x
M
L
x
A
S
|
S
M
|
M
L
|
L
L
x
F
A
x
G
S
x
A
G
x
A
V
 
-
A
|
A
S
x
H
A
|
A
A
 
A
D
 
D
L
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
I
S
 
Y
A
 
K
F
 
Y
D
 
D
D
|
D
T
 
N
F
 
F
L
 
M
T
 
S
Y
 
V
L
 
V
R
 
R
E
 
K
D
 
A
M
 
I
D
 
E
K
 
Q
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
S
 
A
Y
 
A
P
 
P
K
 
D
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
A
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
N
 
V
F
 
L
I
 
L
S
 
A
Q
 
K
K
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
I
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
S
 
A
T
 
A
A
 
G
N
 
T
I
 
V
I
 
I
K
 
E
A
 
K
A
 
A
T
 
R
A
 
G
A
 
Q
K
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
F
 
F
V
 
F
N
|
N
R
 
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
S
 
R
Q
 
K
T
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
S
G
 
Y
V
 
D
A
 
K
A
 
A
-
 
Y
-
 
Y
V
 
V
T
 
G
S
 
T
D
 
D
D
 
S
V
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
K
 
I
L
 
I
Q
 
Q
M
 
G
Q
 
D
Y
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
H
L
 
W
G
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
-
x
D
G
 
G
K
x
Q
G
 
I
N
x
Q
I
 
F
V
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
K
G
 
G
D
 
E
L
 
P
A
 
G
N
x
H
N
 
P
S
x
D
T
 
A
T
 
E
N
 
A
R
|
R
T
 
T
K
 
T
G
 
Y
V
 
V
-
 
I
K
 
K
E
 
E
V
 
L
L
 
N
T
 
D
K
 
K
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
T
E
 
E
Q
 
Q
E
 
L
Q
 
Q
-
 
L
-
 
D
T
 
T
G
 
A
I
 
M
W
 
W
L
 
D
R
 
T
D
 
A
R
 
Q
G
 
A
M
 
K
T
 
D
L
 
K
V
 
M
N
 
D
D
 
A
W
 
W
L
 
L
T
 
S
-
 
G
-
 
P
Q
 
N
G
 
A
R
 
N
D
 
K
F
 
I
Q
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
A
A
 
H
G
 
N
K
 
K
K
 
S
G
 
S
V
 
I
L
 
P
I
 
V
A
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
G
 
A
T
 
L
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
L
N
 
A
A
 
L
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
A
M
 
L
T
 
A
V
 
G
S
 
T
A
 
V
F
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
D
 
K
K
 
A
S
 
T
V
 
F
E
 
D
T
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
N
M
 
L
A
 
A
K
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
T
N
 
N
E
 
W
P
 
K
I
 
I
E
 
D
Q
 
N
N
 
K
V
 
V
V
 
V
-
 
R
I
 
V
P
 
P
F
 
Y
Q
 
V
L
 
G
I
 
V
T
 
D
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
A
D
 
E
F
 
F

Sites not aligning to the query:

P23905 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
30% identity, 99% coverage: 2:308/309 of query aligns to 3:329/332 of P23905

query
sites
P23905
K
 
K
T
 
K
P
 
V
I
 
L
R
 
T
F
 
L
T
 
S
A
 
A
L
 
V
A
 
M
L
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
L
L
 
F
A
 
G
S
 
A
G
 
H
V
 
-
A
 
A
S
 
H
A
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
I
S
 
Y
A
 
K
F
 
Y
D
 
D
D
|
D
T
 
N
F
 
F
L
 
M
T
 
S
Y
 
V
L
 
V
R
 
R
E
 
K
D
 
A
M
 
I
D
 
E
K
 
K
Q
 
D
A
 
G
K
 
K
S
 
S
Y
 
A
P
 
P
K
 
D
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
A
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
N
 
V
F
 
L
I
 
L
S
 
A
Q
 
K
K
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
I
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
S
 
A
T
 
A
A
 
G
N
 
T
I
 
V
I
 
I
K
 
E
A
 
K
A
 
A
T
 
R
A
 
G
A
 
Q
K
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
F
 
F
V
 
F
N
|
N
R
 
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
S
 
R
Q
 
K
T
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
S
G
 
Y
V
 
D
A
 
K
A
 
A
-
 
Y
-
 
Y
V
 
V
T
 
G
S
 
T
D
 
D
D
 
S
V
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
K
 
V
L
 
I
Q
 
Q
M
 
G
Q
 
D
Y
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
H
L
 
W
-
 
Q
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
G
x
D
G
 
G
K
|
K
G
 
I
N
x
Q
I
 
Y
V
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
K
G
 
G
D
 
E
L
 
P
A
 
G
N
x
H
N
 
P
S
x
D
T
 
A
T
 
E
N
 
A
R
|
R
T
 
T
K
 
T
G
 
Y
V
 
V
-
 
V
K
 
K
E
 
E
V
 
L
L
 
N
T
 
D
K
 
K
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
I
 
I
K
 
Q
I
 
T
E
 
E
Q
 
Q
E
 
L
-
 
A
-
 
L
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
I
 
M
W
 
W
L
 
D
R
 
T
D
 
A
R
 
Q
G
 
A
M
 
K
T
 
D
L
 
K
V
 
M
N
 
D
D
 
A
W
 
W
L
 
L
T
 
S
-
 
G
-
 
P
Q
 
N
G
 
A
R
 
N
D
 
K
F
 
I
Q
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
A
A
 
H
G
 
N
K
 
K
K
 
S
G
 
S
V
 
I
L
 
P
I
 
V
A
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
G
 
A
T
 
L
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
L
N
 
A
A
 
L
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
A
M
 
M
T
 
A
V
 
G
S
 
T
A
 
V
F
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
D
 
K
K
 
A
S
 
T
V
 
F
E
 
D
T
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
N
M
 
L
A
 
A
K
 
E
N
 
G
E
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
W
P
 
K
I
 
I
E
 
E
Q
 
N
N
 
K
V
 
I
V
 
V
-
 
R
I
 
V
P
 
P
F
 
Y
Q
 
V
L
 
G
I
 
V
T
 
D
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
S
D
 
E
F
 
F

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
29% identity, 89% coverage: 28:301/309 of query aligns to 5:269/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
I
 
I
G
 
A
V
 
L
S
 
T
M
 
V
S
 
S
A
 
T
F
 
L
D
 
D
D
x
N
T
 
P
F
|
F
L
x
F
T
 
V
Y
 
S
L
 
L
R
 
K
E
 
D
D
 
G
M
 
A
D
 
Q
K
 
K
Q
 
K
A
 
A
K
 
T
S
 
E
Y
 
L
P
 
-
K
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
Y
Q
 
K
L
 
L
Q
 
V
F
 
V
E
 
L
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
A
 
N
D
 
D
V
 
P
V
 
S
K
 
K
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
Q
 
N
V
 
V
E
 
E
N
 
D
F
 
L
I
 
T
S
 
V
Q
 
R
K
 
G
V
 
A
D
 
K
A
 
V
I
 
L
I
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
T
D
 
D
T
 
S
A
 
A
S
 
A
T
 
V
A
 
S
N
 
N
I
 
A
I
 
V
K
 
A
A
 
I
A
 
A
T
 
N
A
 
R
A
 
N
K
 
K
I
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
F
 
T
V
 
L
N
x
D
R
|
R
R
 
G
P
 
A
D
 
A
S
 
K
Q
 
G
T
 
E
L
 
V
A
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
V
A
 
S
A
 
H
V
 
I
T
 
A
S
 
S
D
 
D
D
 
N
V
 
V
E
 
A
A
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
M
Q
 
A
M
 
G
Q
 
D
Y
 
F
I
 
I
A
 
A
E
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
G
 
D
K
 
G
G
 
A
N
 
K
I
 
V
V
 
I
I
 
Q
L
 
L
L
 
E
G
 
G
D
 
L
L
 
A
A
 
G
N
 
T
N
 
S
S
 
A
T
 
A
T
 
R
N
 
E
R
|
R
T
 
G
K
 
E
G
 
G
V
 
F
K
 
K
E
 
Q
V
 
A
L
 
I
T
 
E
K
 
A
Y
 
H
P
 
K
G
 
-
I
 
F
K
 
D
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
T
 
P
G
 
A
I
 
D
W
x
F
L
 
D
R
 
R
D
 
T
R
 
K
G
 
G
M
 
L
T
 
N
L
 
V
V
 
T
N
 
E
D
 
N
W
 
L
L
 
L
T
 
A
Q
 
S
G
 
K
R
 
G
D
 
S
F
 
V
Q
 
Q
A
 
A
V
 
I
L
 
F
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
R
A
 
A
L
 
I
K
 
S
S
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
K
 
K
G
 
-
V
 
V
L
 
L
I
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
T
 
T
P
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
V
N
 
K
A
 
A
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
K
M
 
L
T
 
A
V
 
A
S
 
T
A
 
V
F
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
A
 
P
K
 
E
G
 
L
Q
 
I
A
 
G
D
 
S
K
 
L
S
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
A
 
A
R
 
D
K
 
K
M
 
I
A
 
L
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
K
I
 
V
E
 
D
Q
 
A
N
 
K
V
 
I
V
 
P
I
 
V
P
 
A
F
 
L
Q
 
K
L
 
V
I
 
V
T
 
T

5kwsA Crystal structure of galactose binding protein from yersinia pestis in the complex with beta d glucose
30% identity, 92% coverage: 24:308/309 of query aligns to 1:306/307 of 5kwsA

query
sites
5kwsA
A
 
A
D
 
E
L
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
I
S
 
Y
A
 
K
F
 
Y
D
 
D
D
|
D
T
 
N
F
 
F
L
 
M
T
 
S
Y
 
V
L
 
V
R
 
R
E
 
K
D
 
A
M
 
I
D
 
E
K
 
K
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
S
 
A
Y
 
S
P
 
P
K
 
E
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
I
Q
 
T
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
A
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
N
 
V
F
 
L
I
 
L
S
 
A
Q
 
K
K
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
I
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
S
 
A
T
 
A
A
 
P
N
 
V
I
 
V
I
 
I
K
 
D
A
 
K
A
 
A
T
 
R
A
 
S
A
 
N
K
 
D
I
 
I
P
 
P
L
 
I
V
 
V
F
 
F
V
 
Y
N
|
N
R
x
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
S
 
R
Q
 
K
T
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
S
G
 
Y
V
 
D
A
 
K
A
 
A
-
 
Y
-
 
Y
V
 
V
T
 
G
S
 
T
D
 
D
D
 
S
V
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
K
 
V
L
 
I
Q
 
Q
M
 
G
Q
 
E
Y
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
H
L
 
W
-
 
Q
-
 
A
-
 
N
-
 
P
-
 
E
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
G
x
D
G
 
G
K
|
K
G
 
I
N
x
Q
I
 
F
V
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
K
G
 
G
D
 
E
L
 
P
A
 
G
N
x
H
N
 
P
S
x
D
T
 
A
T
 
E
N
 
A
R
|
R
T
 
T
K
 
T
G
 
Y
V
 
V
K
 
I
E
 
K
V
 
T
L
 
L
T
 
N
K
 
E
Y
 
-
P
 
K
G
 
G
I
 
L
K
 
P
I
 
T
E
 
Q
Q
 
Q
E
 
L
Q
 
Q
-
 
L
-
 
D
T
 
T
G
 
A
I
 
M
W
|
W
L
 
D
R
 
T
D
 
A
R
 
Q
G
 
A
M
 
K
T
 
D
L
 
K
V
 
M
N
 
D
D
 
A
W
 
W
L
 
L
T
 
S
-
 
G
-
 
P
Q
 
N
G
 
A
R
 
N
D
 
K
F
 
I
Q
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
A
A
 
H
G
 
N
K
 
K
K
 
T
G
 
S
V
 
V
L
 
P
I
 
V
A
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
G
 
A
T
 
L
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
L
N
 
A
A
 
L
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
Q
M
 
M
T
 
A
V
 
G
S
 
T
A
 
V
F
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
D
 
K
K
 
A
S
 
T
V
 
F
E
 
D
T
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
N
M
 
L
A
 
A
K
 
A
N
 
G
E
 
K
P
 
P
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
G
-
 
T
-
 
T
-
 
W
-
 
K
I
 
I
E
 
E
Q
 
N
N
 
K
V
 
I
V
 
V
-
 
R
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
Q
 
V
L
 
G
I
 
V
T
 
D
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
A
D
 
E
F
 
F

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
29% identity, 88% coverage: 28:300/309 of query aligns to 4:268/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
I
 
I
G
 
A
V
 
L
S
 
V
M
 
V
S
 
S
A
 
T
F
 
L
D
 
N
D
x
N
T
 
P
F
|
F
L
 
F
T
 
V
Y
 
S
L
 
L
R
 
K
E
 
D
D
 
G
M
 
A
D
 
Q
K
 
K
Q
 
E
A
 
A
K
 
D
S
 
K
Y
 
L
P
 
-
K
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
Y
Q
 
N
L
 
L
Q
 
V
F
 
V
E
 
L
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
A
 
N
D
 
N
V
 
P
V
 
A
K
 
K
Q
 
E
L
 
L
S
 
A
Q
 
N
V
 
V
E
 
Q
N
 
D
F
 
L
I
 
T
S
 
V
Q
 
R
K
 
G
V
 
T
D
 
K
A
 
I
I
 
L
I
 
L
V
 
I
N
 
N
P
 
P
V
 
T
D
 
D
T
 
S
A
 
D
S
 
A
T
 
V
A
 
D
N
 
N
I
 
A
I
 
V
K
 
K
A
 
M
A
 
A
T
 
N
A
 
Q
A
 
A
K
 
N
I
 
I
P
 
P
L
 
V
V
 
I
F
 
T
V
 
L
N
x
D
R
|
R
R
 
Q
P
 
A
D
 
-
S
 
-
Q
 
-
T
 
T
L
 
K
A
 
G
P
 
E
G
 
V
V
 
V
A
 
S
A
 
H
V
 
I
T
 
A
S
 
S
D
 
D
D
 
N
V
 
V
E
 
L
A
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
I
Q
 
A
M
 
G
Q
 
D
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
K
L
 
A
G
 
G
G
 
E
K
 
G
G
 
A
N
 
K
I
 
V
V
 
I
I
 
E
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
D
 
I
L
 
A
A
 
G
N
 
T
N
 
S
S
 
A
T
 
A
T
 
R
N
 
E
R
|
R
T
 
G
K
 
E
G
 
G
V
 
F
K
 
Q
E
 
Q
V
 
A
L
 
V
T
 
A
K
 
A
Y
 
H
P
 
K
G
 
-
I
 
F
K
 
N
I
 
V
E
 
L
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
T
 
P
G
 
A
I
 
D
W
x
F
L
 
D
R
 
R
D
 
I
R
 
K
G
 
G
M
 
L
T
 
N
L
 
V
V
 
M
N
 
Q
D
 
N
W
 
L
L
 
L
T
 
T
Q
 
A
G
 
H
R
 
P
D
 
D
F
 
V
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
L
 
F
S
 
A
N
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
L
M
 
R
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
S
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
K
K
 
S
G
 
D
V
 
V
L
 
M
I
 
V
A
 
V
G
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
T
 
T
P
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
E
N
 
K
A
 
A
I
 
V
T
 
N
K
 
D
G
 
G
D
 
K
M
 
L
T
 
A
V
 
A
S
 
T
A
 
I
F
 
A
Q
 
Q
D
 
L
A
 
P
K
 
D
G
 
Q
Q
 
I
A
 
G
D
 
A
K
 
K
S
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
A
 
A
R
 
D
K
 
K
M
 
V
A
 
L
K
 
K
N
 
G
E
 
E
P
 
K
I
 
V
E
 
Q
Q
 
A
N
 
K
V
 
Y
V
 
P
I
 
V
P
 
D
F
 
L
Q
 
K
L
 
L
I
 
V

2gbpA Sugar and signal-transducer binding sites of the escherichia coli galactose chemoreceptor protein (see paper)
30% identity, 92% coverage: 24:308/309 of query aligns to 1:306/309 of 2gbpA

query
sites
2gbpA
A
 
A
D
 
D
L
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
I
S
 
Y
A
 
K
F
 
Y
D
 
D
D
|
D
T
 
N
F
 
F
L
 
M
T
 
S
Y
 
V
L
 
V
R
 
R
E
 
K
D
 
A
M
 
I
D
 
E
K
 
Q
Q
 
D
A
 
A
K
 
K
S
 
A
Y
 
A
P
 
P
K
 
D
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
A
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
N
 
V
F
 
L
I
 
L
S
 
A
Q
 
K
K
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
I
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
S
 
A
T
 
A
A
 
G
N
 
T
I
 
V
I
 
I
K
 
E
A
 
K
A
 
A
T
 
R
A
 
G
A
 
Q
K
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
F
 
F
V
 
F
N
|
N
R
x
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
S
 
R
Q
 
K
T
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
S
G
 
Y
V
 
D
A
 
K
A
 
A
-
 
Y
-
 
Y
V
 
V
T
 
G
S
 
T
D
 
D
D
 
S
V
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
K
 
I
L
 
I
Q
 
Q
M
 
G
Q
 
D
Y
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
H
L
 
W
G
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
-
x
D
G
 
G
K
x
Q
G
 
I
N
x
Q
I
 
F
V
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
K
G
 
G
D
 
E
L
 
P
A
 
G
N
x
H
N
 
P
S
x
D
T
 
A
T
 
E
N
 
A
R
|
R
T
 
T
K
 
T
G
 
Y
V
 
V
-
 
I
K
 
K
E
 
E
V
 
L
L
 
N
T
 
D
K
 
K
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
T
E
 
E
Q
 
Q
E
 
L
Q
 
Q
-
 
L
-
 
D
T
 
T
G
 
A
I
 
M
W
|
W
L
 
D
R
 
T
D
 
A
R
 
Q
G
 
A
M
 
K
T
 
D
L
 
K
V
 
M
N
 
D
D
 
A
W
 
W
L
 
L
T
 
S
-
 
G
-
 
P
Q
 
N
G
 
A
R
 
N
D
 
K
F
 
I
Q
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
A
A
 
H
G
 
N
K
 
K
K
 
S
G
 
S
V
 
I
L
 
P
I
 
V
A
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
G
 
A
T
 
L
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
L
N
 
A
A
 
L
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
A
M
 
L
T
 
A
V
 
G
S
 
T
A
 
V
F
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
D
 
K
K
 
A
S
 
T
V
 
F
E
 
D
T
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
N
M
 
L
A
 
A
K
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
T
N
 
N
E
 
W
P
 
K
I
 
I
E
 
D
Q
 
N
N
 
K
V
 
V
V
 
V
-
 
R
I
 
V
P
 
P
F
 
Y
Q
 
V
L
 
G
I
 
V
T
 
D
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
A
D
 
E
F
 
F

1gcaA The 1.7 angstroms refined x-ray structure of the periplasmic glucose(slash)galactose receptor from salmonella typhimurium (see paper)
30% identity, 92% coverage: 24:308/309 of query aligns to 1:306/309 of 1gcaA

query
sites
1gcaA
A
 
A
D
 
D
L
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
S
 
T
M
 
I
S
 
Y
A
 
K
F
 
Y
D
 
D
D
|
D
T
 
N
F
|
F
L
 
M
T
 
S
Y
 
V
L
 
V
R
 
R
E
 
K
D
 
A
M
 
I
D
 
E
K
 
K
Q
 
D
A
 
G
K
 
K
S
 
S
Y
 
A
P
 
P
K
 
D
G
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
L
F
 
M
E
 
N
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
A
 
N
D
 
D
V
 
Q
V
 
S
K
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
V
 
I
E
 
D
N
 
V
F
 
L
I
 
L
S
 
A
Q
 
K
K
 
G
V
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
I
 
A
V
 
I
N
 
N
P
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
P
A
 
A
S
 
A
T
 
A
A
 
G
N
 
T
I
 
V
I
 
I
K
 
E
A
 
K
A
 
A
T
 
R
A
 
G
A
 
Q
K
 
N
I
 
V
P
 
P
L
 
V
V
 
V
F
 
F
V
 
F
N
|
N
R
x
K
R
 
E
P
 
P
D
 
S
S
 
R
Q
 
K
T
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
S
G
 
Y
V
 
D
A
 
K
A
 
A
-
 
Y
-
 
Y
V
 
V
T
 
G
S
 
T
D
 
D
D
 
S
V
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
K
 
V
L
 
I
Q
 
Q
M
 
G
Q
 
D
Y
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
K
K
 
H
L
 
W
-
 
Q
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
G
x
D
G
 
G
K
|
K
G
 
I
N
x
Q
I
 
Y
V
 
V
I
 
L
L
 
L
L
 
K
G
 
G
D
 
E
L
 
P
A
 
G
N
x
H
N
 
P
S
x
D
T
 
A
T
 
E
N
 
A
R
|
R
T
 
T
K
 
T
G
 
Y
V
 
V
-
 
V
K
 
K
E
 
E
V
 
L
L
 
N
T
 
D
K
 
K
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
I
 
I
K
 
Q
I
 
T
E
 
E
Q
 
Q
E
 
L
-
 
A
-
 
L
Q
 
D
T
 
T
G
 
A
I
 
M
W
 
W
L
 
D
R
 
T
D
 
A
R
 
Q
G
 
A
M
 
K
T
 
D
L
 
K
V
 
M
N
 
D
D
 
A
W
 
W
L
 
L
T
 
S
-
 
G
-
 
P
Q
 
N
G
 
A
R
 
N
D
 
K
F
 
I
Q
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
N
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
V
M
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
A
A
 
H
G
 
N
K
 
K
K
 
S
G
 
S
V
 
I
L
 
P
I
 
V
A
 
F
G
 
G
V
 
V
D
|
D
G
 
A
T
 
L
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
L
N
 
A
A
 
L
I
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
D
 
A
M
 
M
T
 
A
V
 
G
S
 
T
A
 
V
F
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
K
 
N
G
 
N
Q
 
Q
A
 
A
D
 
K
K
 
A
S
 
T
V
 
F
E
 
D
T
 
L
A
 
A
R
 
K
K
 
N
M
 
L
A
 
A
K
 
E
N
 
G
E
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
W
P
 
K
I
 
I
E
 
E
Q
 
N
N
 
K
V
 
I
V
 
V
-
 
R
I
 
V
P
 
P
F
 
Y
Q
 
V
L
 
G
I
 
V
T
 
D
P
 
K
D
 
D
N
 
N
V
 
L
K
 
S
D
 
E
F
 
F

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
34% identity, 77% coverage: 28:264/309 of query aligns to 3:240/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
I
 
V
G
 
G
V
 
F
S
 
S
M
 
Q
S
 
V
A
 
G
F
 
S
D
x
E
D
x
S
T
 
G
F
x
W
L
x
R
T
 
T
Y
 
S
L
 
F
R
 
S
E
 
E
D
 
A
M
 
V
D
 
K
K
 
A
Q
 
E
A
 
A
K
 
K
S
 
Q
Y
 
R
P
 
-
K
 
-
G
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
I
Q
 
D
L
 
L
Q
 
K
F
 
F
E
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
A
 
Q