SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2364 FitnessBrowser__WCS417:GFF2364 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
38% identity, 87% coverage: 1:293/335 of query aligns to 1:296/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
M
 
M
K
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
A
A
 
F
A
 
A
T
 
I
A
 
A
A
 
S
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
L
-
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
L
L
 
T
A
 
A
C
 
C
S
 
G
I
 
A
A
 
G
-
 
D
M
 
P
A
 
A
A
 
A
D
 
N
G
 
S
K
 
D
T
 
T
Y
 
T
K
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
T
V
 
V
Y
|
Y
G
 
D
L
 
-
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
M
Q
 
S
N
 
S
W
 
F
V
 
I
R
 
T
E
 
A
L
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
G
-
 
M
H
 
D
P
 
A
A
 
Y
V
 
A
K
 
K
D
 
D
G
 
N
T
 
N
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
T
 
I
V
 
W
F
 
N
D
 
S
G
 
A
N
 
N
Y
 
L
D
 
D
A
 
V
L
 
S
T
 
T
Q
 
Q
N
 
A
N
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
S
M
 
M
V
 
I
T
 
N
Q
 
Q
R
 
G
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
Q
T
 
A
K
 
D
A
 
S
G
 
L
V
 
A
G
 
P
T
 
Q
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
M
 
K
S
 
A
N
 
K
D
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
S
 
V
N
|
N
T
 
A
K
 
A
V
 
L
A
 
D
D
 
S
A
 
K
S
 
D
V
 
I
P
 
A
-
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
N
 
P
D
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
A
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
Q
Q
 
E
A
 
M
Q
 
Q
A
 
M
M
 
M
V
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
G
 
G
P
 
P
I
 
L
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
A
 
G
Q
 
E
I
 
L
D
 
D
R
|
R
E
 
S
K
 
K
G
 
G
E
 
I
L
 
E
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
E
 
A
K
 
K
K
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
 
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
N
L
 
K
T
 
M
E
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
N
 
S
A
 
G
H
 
F
P
 
G
K
 
P
G
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
E
H
 
S
G
 
G
L
 
R
T
 
T
S
 
G
K
 
-
D
 
-
V
 
V
P
 
P
V
 
I
T
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
M
 
I
P
 
E
D
 
D
A
 
G
I
 
L
Q
 
N
A
 
A
A
 
V
K
 
K
K
 
S
-
 
G
D
 
D
E
 
F
V
 
I
T
 
G
T
 
T
F
 
S
L
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
Q
 
T
A
 
V
Q
 
E
S
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
N
R
 
R
A
 
L
L
 
A
A
 
K
G
 
G
K
 
E
D
 
P
Y
 
V
K
 
N
P
 
K
Q
 
E
S
 
P
V
 
V

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
37% identity, 79% coverage: 28:293/335 of query aligns to 2:264/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
T
 
T
Y
 
T
K
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
T
V
 
V
Y
|
Y
G
 
D
L
 
-
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
M
Q
 
S
N
 
S
W
 
F
V
 
I
R
 
T
E
 
A
L
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
G
-
 
M
H
 
D
P
 
A
A
 
Y
V
 
A
K
 
K
D
 
D
G
 
N
T
 
N
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
T
 
I
V
 
W
F
 
N
D
 
S
G
 
A
N
 
N
Y
 
L
D
 
D
A
 
V
L
 
S
T
 
T
Q
 
Q
N
 
A
N
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
S
M
 
M
V
 
I
T
 
N
Q
 
Q
R
 
G
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
Q
T
 
A
K
 
D
A
 
S
G
 
L
V
 
A
G
 
P
T
 
Q
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
M
 
K
S
 
A
N
 
K
D
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
S
 
V
N
|
N
T
 
A
K
 
A
V
 
L
A
 
D
D
 
S
A
 
K
S
 
D
V
 
I
P
 
A
-
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
N
 
P
D
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
A
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
Q
Q
 
E
A
 
M
Q
 
Q
A
 
M
M
 
M
V
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
G
 
G
P
 
P
I
 
L
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
A
 
G
Q
 
E
I
 
L
D
 
D
R
|
R
E
 
S
K
 
K
G
 
G
E
 
I
L
 
E
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
E
 
A
K
 
K
K
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
N
L
 
K
T
 
M
E
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
N
 
S
A
 
G
H
 
F
P
 
G
K
 
P
G
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
E
H
 
S
G
 
G
L
 
R
T
 
T
S
 
G
K
 
-
D
 
-
V
 
V
P
 
P
V
 
I
T
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
M
 
I
P
 
E
D
 
D
A
 
G
I
 
L
Q
 
N
A
 
A
A
 
V
K
 
K
K
 
S
-
 
G
D
 
D
E
 
F
V
 
I
T
 
G
T
 
T
F
 
S
L
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
Q
 
T
A
 
V
Q
 
E
S
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
N
R
 
R
A
 
L
L
 
A
A
 
K
G
 
G
K
 
E
D
 
P
Y
 
V
K
 
N
P
 
K
Q
 
E
S
 
P
V
 
V

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
38% identity, 83% coverage: 17:293/335 of query aligns to 22:296/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
A
 
A
C
 
C
S
 
G
I
 
A
A
 
G
-
 
D
M
 
T
A
 
A
A
 
A
D
 
N
G
 
S
K
 
D
T
 
T
Y
 
K
K
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
T
V
 
V
Y
|
Y
G
 
D
L
 
-
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
M
Q
 
S
N
 
S
W
 
F
V
 
I
R
 
T
E
 
E
L
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
G
-
 
M
H
 
D
P
 
T
A
 
Y
V
 
A
K
 
K
D
 
A
G
 
N
T
 
N
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
T
 
V
V
 
W
F
 
N
D
 
S
G
 
A
N
 
N
Y
 
N
D
 
D
A
 
V
L
 
S
T
 
T
Q
 
Q
N
 
A
N
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
S
M
 
L
V
 
I
T
 
N
Q
 
Q
R
 
G
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
Q
T
 
A
K
 
D
A
 
S
G
 
L
V
 
G
G
 
P
T
 
Q
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
M
 
K
S
 
S
N
 
K
D
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
S
 
V
N
|
N
T
 
A
K
 
A
V
 
L
A
 
E
D
 
T
A
 
P
S
 
D
V
 
L
P
 
A
-
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
N
 
P
D
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
A
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
Q
Q
 
E
A
 
M
Q
 
Q
A
 
M
M
 
M
V
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
G
 
G
P
 
P
I
 
L
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
A
 
G
Q
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
E
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
I
L
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
E
 
A
K
 
K
K
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
 
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
N
L
 
K
T
 
M
E
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
N
 
S
A
 
S
H
 
F
P
 
G
K
 
P
G
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
E
H
 
A
G
 
G
L
 
R
T
 
T
S
 
G
K
 
-
D
 
-
V
 
V
P
 
P
V
 
I
T
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
M
 
I
P
 
E
D
 
D
A
 
G
I
 
L
Q
 
N
A
 
A
A
 
V
K
 
K
K
 
S
-
 
G
D
 
D
E
 
F
V
 
I
T
 
G
T
 
T
F
 
S
L
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
Q
 
T
A
 
V
Q
 
E
S
 
L
Q
 
S
G
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
D
R
 
A
A
 
L
L
 
V
A
 
K
G
 
G
K
 
E
D
 
D
Y
 
V
K
 
K
P
 
T
Q
 
D
S
 
P
V
 
V

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
38% identity, 79% coverage: 28:293/335 of query aligns to 1:263/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
T
 
T
Y
 
K
K
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
T
V
|
V
Y
|
Y
G
 
D
L
 
-
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
M
Q
 
S
N
 
S
W
 
F
V
 
I
R
 
T
E
|
E
L
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
G
-
 
M
H
 
D
P
 
T
A
 
Y
V
 
A
K
 
K
D
 
A
G
 
N
T
 
N
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
T
 
V
V
 
W
F
 
N
D
 
S
G
 
A
N
 
N
Y
 
N
D
|
D
A
 
V
L
x
S
T
 
T
Q
 
Q
N
 
A
N
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
S
M
 
L
V
 
I
T
 
N
Q
 
Q
R
 
G
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
Q
T
 
A
K
 
D
A
 
S
G
 
L
V
 
G
G
 
P
T
 
Q
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
M
 
K
S
 
S
N
 
K
D
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
S
 
V
N
|
N
T
x
A
K
 
A
V
 
L
A
 
E
D
 
T
A
 
P
S
 
D
V
 
L
P
 
A
-
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
N
 
P
D
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
A
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
Q
Q
 
E
A
 
M
Q
 
Q
A
 
M
M
 
M
V
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
G
 
G
P
 
P
I
 
L
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
A
 
G
Q
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
E
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
I
L
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
E
 
A
K
 
K
K
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
N
L
 
K
T
 
M
E
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
N
 
S
A
 
S
H
 
F
P
 
G
K
 
P
G
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
E
H
 
A
G
 
G
L
 
R
T
 
T
S
 
G
K
 
-
D
 
-
V
 
V
P
 
P
V
 
I
T
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
M
 
I
P
x
E
D
 
D
A
 
G
I
 
L
Q
 
N
A
 
A
A
 
V
K
 
K
K
 
S
-
 
G
D
 
D
E
 
F
V
 
I
T
 
G
T
 
T
F
 
S
L
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
Q
 
T
A
 
V
Q
 
E
S
 
L
Q
 
S
G
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
D
R
 
A
A
 
L
L
 
V
A
 
K
G
 
G
K
 
E
D
 
D
Y
 
V
K
 
K
P
 
T
Q
 
D
S
 
P
V
 
V

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
38% identity, 79% coverage: 28:293/335 of query aligns to 1:263/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
T
 
T
Y
 
K
K
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
T
V
 
V
Y
|
Y
G
 
D
L
 
-
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
F
 
-
M
 
M
Q
 
S
N
 
S
W
 
F
V
 
I
R
 
T
E
|
E
L
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
G
-
 
M
H
 
D
P
 
T
A
 
Y
V
 
A
K
 
K
D
 
A
G
 
N
T
 
N
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
T
 
V
V
 
W
F
 
N
D
 
S
G
 
A
N
 
N
Y
 
N
D
 
D
A
 
V
L
 
S
T
 
T
Q
 
Q
N
 
A
N
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
S
M
 
L
V
 
I
T
 
N
Q
 
Q
R
 
G
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
Q
T
 
A
K
 
D
A
 
S
G
 
L
V
 
G
G
 
P
T
 
Q
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
M
 
K
S
 
S
N
 
K
D
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
S
 
V
N
|
N
T
 
A
K
 
A
V
 
L
A
 
E
D
 
T
A
 
P
S
 
D
V
 
L
P
 
A
-
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
N
 
P
D
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
A
G
 
A
G
 
G
R
 
A
L
 
Q
Q
 
E
A
 
M
Q
 
Q
A
 
M
M
 
M
V
 
A
D
 
D
K
 
R
L
 
L
N
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
I
I
 
L
Q
 
Q
G
 
G
P
 
P
I
 
L
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
A
 
G
Q
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
E
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
I
L
 
D
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
E
 
A
K
 
K
K
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
D
 
K
R
 
R
A
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
N
L
 
K
T
 
M
E
 
K
D
 
N
W
 
W
L
 
I
N
 
S
A
 
S
H
 
F
P
 
G
K
 
P
G
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
E
H
 
A
G
 
G
L
 
R
T
 
T
S
 
G
K
 
-
D
 
-
V
 
V
P
 
P
V
 
I
T
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
M
 
I
P
x
E
D
 
D
A
 
G
I
 
L
Q
 
N
A
 
A
A
 
V
K
 
K
K
 
S
-
 
G
D
 
D
E
 
F
V
 
I
T
 
G
T
 
T
F
 
S
L
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
Q
 
T
A
 
V
Q
 
E
S
 
L
Q
 
S
G
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
V
 
V
A
 
A
L
 
D
R
 
A
A
 
L
L
 
V
A
 
K
G
 
G
K
 
E
D
 
D
Y
 
V
K
 
K
P
 
T
Q
 
D
S
 
P
V
 
V

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
32% identity, 78% coverage: 42:301/335 of query aligns to 22:278/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
F
 
Y
M
 
M
Q
 
Q
N
 
D
W
 
A
V
 
M
R
 
K
E
 
E
L
 
-
K
 
-
E
 
-
H
 
-
P
 
E
A
 
A
V
 
A
K
 
N
D
 
Y
G
 
P
T
 
D
V
 
F
Q
 
E
L
 
F
T
 
I
V
 
F
F
 
S
D
 
D
G
 
A
N
 
Q
Y
 
N
D
 
D
A
 
S
L
 
T
T
 
Q
Q
 
Q
N
 
M
N
 
A
Q
 
Q
I
 
V
E
 
E
N
 
N
M
 
F
V
 
I
T
 
S
Q
 
R
R
 
N
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
F
 
V
V
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
D
T
 
T
K
 
T
A
 
S
G
 
A
V
 
V
G
 
D
T
 
I
V
 
V
K
 
N
A
 
-
A
 
-
M
 
M
S
 
V
N
 
N
D
 
D
V
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
P
V
 
I
V
 
I
I
 
I
A
 
A
S
x
N
N
x
R
T
 
T
-
 
F
K
 
D
V
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
Q
S
 
A
V
 
T
P
 
A
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
N
 
S
D
 
E
D
 
S
V
 
I
E
 
Q
G
 
S
G
 
G
R
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
M
Q
 
E
A
 
E
M
 
V
V
 
A
D
 
K
K
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
N
K
 
E
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
A
I
 
I
I
 
M
Q
 
D
G
 
G
P
 
E
I
 
L
G
 
G
Q
 
H
S
 
E
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
D
 
M
R
|
R
E
 
T
K
 
E
G
 
G
E
 
N
L
 
K
E
 
Q
V
 
I
L
 
I
G
 
E
K
 
E
H
 
H
P
 
D
D
 
G
I
 
L
K
 
E
I
 
V
I
 
V
E
 
L
K
 
Q
K
 
G
T
 
T
A
 
A
N
 
K
W
 
F
D
 
D
R
 
R
A
 
S
Q
 
E
A
 
G
L
 
M
A
 
R
L
 
L
T
 
M
E
 
E
D
 
N
W
 
W
L
 
L
N
 
N
A
 
S
H
 
G
P
 
T
K
 
E
G
 
-
I
 
I
N
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
V
A
 
A
Q
 
N
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
L
A
 
A
L
 
L
K
 
E
S
 
A
H
 
V
G
 
G
L
 
-
T
 
K
S
x
L
K
 
D
D
 
D
V
|
V
P
 
I
V
 
V
T
 
A
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
A
M
 
T
P
 
P
D
 
A
A
 
A
I
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
M
K
 
K
K
 
E
D
 
G
E
 
K
V
 
L
-
 
D
T
 
V
T
 
T
F
 
V
L
 
F
Q
|
Q
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
A
 
G
Q
 
Q
S
 
G
Q
 
A
G
 
T
A
 
S
L
 
V
D
 
K
V
 
V
A
 
A
L
 
V
R
 
Q
A
 
A
L
 
A
A
 
N
G
 
G
K
 
E
D
 
D
Y
 
V
K
 
E
P
 
D
Q
 
A
S
 
M
V
 
I
I
 
P
W
 
Y
E
 
E
R
 
L
Y
 
V
A
 
T
K
 
P
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
37% identity, 59% coverage: 62:258/335 of query aligns to 32:226/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
Q
 
K
L
 
I
T
 
I
V
 
V
F
 
E
D
 
D
G
 
S
N
 
Q
Y
 
N
D
 
D
A
 
S
L
 
S
T
 
K
Q
 
E
N
 
L
N
 
S
Q
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
V
 
I
T
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
Y
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
I
V
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
D
T
 
S
K
 
D
A
 
A
G
 
V
V
 
V
G
 
T
T
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
A
M
 
N
S
 
S
N
 
K
D
 
N
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
S
 
I
N
x
D
T
x
R
K
 
S
V
 
A
A
 
N
D
 
G
A
 
G
S
 
D
V
 
V
-
 
V
P
 
C
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
N
 
S
D
 
D
D
 
N
V
 
V
E
 
K
G
 
G
G
 
G
R
 
E
L
 
M
Q
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
F
M
 
I
V
 
A
D
 
K
K
 
A
L
 
L
N
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
V
I
 
E
I
 
L
Q
 
E
G
 
G
P
 
I
I
 
P
G
 
G
Q
 
A
S
 
S
A
|
A
Q
 
A
I
 
R
D
 
D
R
|
R
E
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
F
L
 
D
E
 
E
V
 
A
L
 
I
G
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
V
E
 
A
K
 
K
K
 
Q
T
 
A
A
 
A
N
 
D
W
x
F
D
 
D
R
 
R
A
 
S
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
A
 
S
L
 
V
T
 
M
E
 
E
D
 
N
W
 
I
L
 
L
N
 
Q
A
 
A
H
 
Q
P
 
P
K
 
K
G
 
-
I
 
I
N
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
F
A
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
I
K
 
E
S
 
A
H
 
A
G
 
-
L
 
-
T
 
N
S
 
R
K
 
Q
D
 
G
V
 
I
P
 
I
V
 
V
T
 
V
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
M
 
T
P
 
E
D
 
D
A
 
A
I
 
L
Q
 
K
A
 
A
A
 
I
K
 
K
K
 
E

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
36% identity, 61% coverage: 79:283/335 of query aligns to 53:263/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
I
 
V
E
 
E
N
 
N
M
 
M
V
 
I
T
 
A
Q
 
K
R
 
K
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
F
 
V
V
 
T
P
 
P
I
 
N
D
 
D
T
 
S
K
 
I
A
 
A
G
 
F
V
 
I
G
 
P
T
 
A
V
 
F
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
P
-
 
I
M
 
I
S
 
D
N
 
L
D
|
D
V
 
V
V
 
R
V
 
L
I
 
D
A
 
A
S
 
K
N
 
A
T
 
A
K
 
E
V
 
A
A
 
A
D
 
G
A
 
L
S
 
K
V
 
F
P
 
N
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
N
 
V
D
 
D
D
 
N
V
 
F
E
 
N
G
 
G
G
 
G
R
 
Y
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
Q
 
K
A
 
N
M
 
L
V
 
A
D
 
E
K
 
A
L
 
I
N
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
A
I
 
I
I
 
L
Q
 
E
G
 
G
P
 
I
I
 
P
G
 
G
Q
 
V
S
 
D
A
x
N
Q
 
G
I
 
E
D
 
Q
R
|
R
E
 
K
K
 
G
G
 
G
E
 
A
L
 
L
E
 
K
V
 
A
L
 
F
G
 
A
K
 
E
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
V
E
 
A
K
 
S
K
 
Q
T
 
S
A
 
A
N
 
N
W
|
W
D
 
E
R
 
T
A
 
E
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
N
L
 
V
T
 
T
E
 
T
D
 
N
W
 
I
L
 
L
N
 
T
A
 
A
H
 
N
P
 
P
K
 
-
G
 
N
I
 
I
N
 
N
G
 
G
V
 
I
I
 
F
A
 
A
Q
 
A
N
 
N
D
 
D
D
 
N
M
 
M
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
T
A
 
A
L
 
V
K
 
E
S
 
N
H
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
A
S
 
G
K
 
K
D
 
-
V
 
V
P
 
L
V
 
V
T
 
S
S
 
G
I
 
Y
D
|
D
G
 
G
M
 
I
P
 
P
D
 
L
A
 
A
I
 
I
Q
 
E
A
 
Y
A
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
E
 
K
V
 
M
-
 
Q
T
 
N
T
 
T
F
 
I
L
 
D
Q
|
Q
D
 
L
A
 
P
Q
 
K
A
 
K
Q
 
Q
S
 
V
Q
 
A
G
 
I
A
 
A
L
 
I
D
 
E
V
 
H
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
L
 
I

Sites not aligning to the query:

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
34% identity, 71% coverage: 55:293/335 of query aligns to 25:268/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
A
 
A
V
 
M
K
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
I
-
 
D
-
 
K
-
 
Y
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
K
-
 
K
V
 
I
Q
 
S
L
 
I
T
 
K
V
 
V
F
 
A
D
 
D
G
 
A
N
 
Q
Y
 
D
D
 
D
A
 
A
L
 
A
T
 
R
Q
 
Q
N
 
A
N
 
D
Q
 
D
I
 
V
E
 
Q
N
 
N
M
 
F
V
 
I
T
 
S
Q
 
Q
R
 
N
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
F
 
I
V
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
D
T
 
S
K
 
K
A
 
A
G
 
I
V
 
V
G
 
T
T
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
S
A
 
A
M
 
N
S
 
N
N
 
A
D
 
N
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
S
 
M
N
x
D
T
x
R
K
 
G
V
 
S
A
 
E
D
 
G
A
 
G
S
 
K
V
 
V
-
 
L
P
 
T
Y
 
T
V
 
V
G
 
A
N
 
S
D
 
D
D
 
N
V
 
V
E
 
A
G
 
A
G
 
G
R
 
K
L
 
M
Q
 
A
A
 
A
Q
 
D
A
 
Y
M
 
A
V
 
V
D
 
K
K
 
K
L
 
L
N
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
A
N
 
K
V
 
A
V
 
F
I
 
E
I
 
L
Q
 
S
G
 
G
P
 
V
I
 
P
G
 
G
Q
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
T
I
 
V
D
 
D
R
|
R
E
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
F
L
 
H
E
 
S
V
 
V
L
 
A
G
 
K
K
 
S
H
 
K
P
 
L
D
 
D
I
 
-
K
 
-
I
 
M
I
 
L
E
 
S
K
 
S
K
 
Q
T
 
S
A
 
A
N
 
N
W
x
F
D
 
D
R
 
R
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
N
L
 
T
T
 
T
E
 
Q
D
 
N
W
 
M
L
 
I
N
 
Q
A
 
G
H
 
H
P
 
-
K
 
K
G
 
D
I
 
V
N
 
Q
G
 
I
V
 
I
I
 
F
A
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
K
S
 
S
H
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
-
S
 
-
K
 
Q
D
 
N
V
 
V
P
 
L
V
 
I
T
 
V
S
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
M
 
Q
P
 
P
D
 
D
A
 
A
I
 
H
Q
 
D
A
 
A
A
 
I
K
 
K
K
 
K
D
 
G
E
 
D
V
 
I
T
 
S
-
 
A
T
 
T
F
 
I
L
 
A
Q
|
Q
D
 
Q
A
 
P
Q
 
A
A
 
K
Q
 
M
S
 
G
Q
 
E
G
 
I
A
 
A
L
 
I
D
 
Q
V
 
A
A
 
A
L
 
I
R
 
D
A
 
Y
L
 
Y
A
 
K
G
 
G
K
 
K
D
 
K
Y
 
V
K
 
E
P
 
K
Q
 
E
S
 
T
V
 
I

Sites not aligning to the query:

4rxmA Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
29% identity, 72% coverage: 61:300/335 of query aligns to 35:289/291 of 4rxmA

query
sites
4rxmA
V
x
I
Q
 
K
L
 
L
T
 
Q
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
Y
 
S
D
 
S
A
 
S
L
 
T
T
 
K
Q
 
Q
N
 
A
N
 
S
Q
 
D
I
 
L
E
 
E
N
 
N
M
 
A
V
 
I
T
 
T
Q
 
R
R
 
G
Y
 
A
D
 
K
A
 
G
I
 
I
L
 
I
F
 
I
V
 
S
P
 
P
I
 
N
D
 
D
T
 
V
K
 
N
A
 
A
G
 
I
V
 
S
G
 
G
T
 
A
V
 
V
K
 
E
A
 
E
A
 
I
M
 
I
S
 
K
N
 
E
D
 
K
V
 
I
V
 
P
V
 
A
I
 
A
A
 
T
S
 
L
N
x
D
T
x
R
K
 
K
V
 
V
A
 
E
D
 
S
A
 
S
S
 
K
-
 
P
V
 
V
P
 
P
Y
 
H
V
 
F
G
 
G
N
 
A
D
 
N
D
 
N
V
 
Y
E
 
T
G
 
G
G
 
G
R
 
Q
L
 
E
Q
 
V
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
M
 
V
V
 
K
D
 
A
K
 
K
L
 
Y
N
 
P
G
 
N
K
 
G
G
 
A
N
 
K
V
 
I
V
 
I
I
 
L
I
 
L
Q
 
T
G
 
G
P
 
Q
I
 
P
G
 
G
Q
 
S
S
 
T
A
x
S
Q
 
N
I
 
I
D
 
E
R
|
R
E
 
T
K
 
K
G
 
G
E
 
I
L
 
R
E
 
D
V
 
E
L
 
L
G
 
A
K
 
A
H
 
G
P
 
G
D
 
D
-
 
K
I
 
Y
K
 
K
I
 
I
I
 
V
E
 
V
K
 
D
K
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
N
W
|
W
D
 
L
R
 
R
A
 
S
Q
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
R
L
 
I
T
 
I
E
 
E
D
 
S
W
 
V
L
 
L
N
 
P
A
 
T
H
 
L
P
 
K
K
 
E
G
 
K
I
 
P
N
 
E
G
 
V
V
 
I
I
 
I
A
 
S
Q
 
A
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
S
 
S
H
 
Q
G
 
G
L
 
L
T
 
K
S
 
A
K
 
G
D
 
D
V
 
I
P
 
L
V
 
V
T
 
T
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
S
M
 
T
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
L
Q
 
A
A
 
R
A
 
V
K
 
K
K
 
D
-
 
G
-
 
W
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
T
-
 
A
D
 
D
E
x
Q
V
 
R
T
 
P
T
 
S
F
 
F
-
 
A
L
 
V
Q
 
S
D
 
T
A
 
A
Q
 
L
A
 
E
Q
 
Q
S
 
V
Q
 
V
G
 
G
A
 
N
L
 
I
D
 
R
V
 
E
A
 
S
L
 
-
R
 
K
A
 
E
L
 
V
A
 
S
G
 
G
K
 
A
D
 
D
Y
 
Y
K
 
P
P
 
P
Q
 
K
S
 
I
V
 
I
I
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
Q
-
 
E
W
 
A
E
 
E
R
 
R
Y
 
F
A
 
A
K
 
E

Sites not aligning to the query:

4rxmB Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
29% identity, 72% coverage: 61:300/335 of query aligns to 33:287/288 of 4rxmB

query
sites
4rxmB
V
 
I
Q
 
K
L
 
L
T
 
Q
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
Y
 
S
D
 
S
A
 
S
L
 
T
T
 
K
Q
 
Q
N
 
A
N
 
S
Q
 
D
I
 
L
E
 
E
N
 
N
M
 
A
V
 
I
T
 
T
Q
 
R
R
 
G
Y
 
A
D
 
K
A
 
G
I
 
I
L
 
I
F
 
I
V
 
S
P
 
P
I
 
N
D
 
D
T
 
V
K
 
N
A
 
A
G
 
I
V
 
S
G
 
G
T
 
A
V
 
V
K
 
E
A
 
E
A
 
I
M
 
I
S
 
K
N
 
E
D
 
K
V
 
I
V
 
P
V
 
A
I
 
A
A
 
T
S
 
L
N
x
D
T
x
R
K
 
K
V
 
V
A
 
E
D
 
S
A
 
S
S
 
K
-
 
P
V
 
V
P
 
P
Y
 
H
V
 
F
G
 
G
N
 
A
D
 
N
D
 
N
V
 
Y
E
 
T
G
 
G
G
 
G
R
 
Q
L
 
E
Q
 
V
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
M
 
V
V
 
K
D
 
A
K
 
K
L
 
Y
N
 
P
G
 
N
K
 
G
G
 
A
N
 
K
V
 
I
V
 
I
I
 
L
I
 
L
Q
 
T
G
 
G
P
 
Q
I
 
P
G
 
G
Q
 
S
S
 
T
A
x
S
Q
 
N
I
 
I
D
 
E
R
|
R
E
 
T
K
 
K
G
 
G
E
 
I
L
 
R
E
 
D
V
 
E
L
 
L
G
 
A
K
 
A
H
 
G
P
 
G
D
 
D
-
 
K
I
 
Y
K
 
K
I
 
I
I
 
V
E
 
V
K
 
D
K
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
N
W
|
W
D
 
L
R
 
R
A
 
S
Q
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
R
L
 
I
T
 
I
E
 
E
D
 
S
W
 
V
L
 
L
N
 
P
A
 
T
H
x
L
P
x
K
K
x
E
G
 
K
I
 
P
N
 
E
G
 
V
V
 
I
I
 
I
A
 
S
Q
 
A
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
S
 
S
H
 
Q
G
 
G
L
 
L
T
 
K
S
 
A
K
 
G
D
 
D
V
 
I
P
 
L
V
 
V
T
 
T
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
S
M
 
T
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
L
Q
 
A
A
 
R
A
 
V
K
 
K
K
 
D
-
 
G
-
 
W
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
T
-
 
A
D
 
D
E
x
Q
V
 
R
T
 
P
T
 
S
F
 
F
-
 
A
L
 
V
Q
 
S
D
 
T
A
 
A
Q
 
L
A
 
E
Q
 
Q
S
 
V
Q
 
V
G
 
G
A
 
N
L
 
I
D
 
R
V
 
E
A
 
S
L
 
-
R
 
K
A
 
E
L
 
V
A
 
S
G
 
G
K
 
A
D
 
D
Y
 
Y
K
 
P
P
 
P
Q
 
K
S
 
I
V
 
I
I
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
Q
-
 
E
W
 
A
E
 
E
R
 
R
Y
 
F
A
 
A
K
 
E

Sites not aligning to the query:

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
32% identity, 75% coverage: 26:276/335 of query aligns to 6:259/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
G
 
G
K
 
S
T
 
H
Y
 
M
K
 
E
V
 
V
G
 
V
A
 
V
A
 
S
V
 
F
Y
 
N
G
 
D
L
 
L
K
 
S
G
x
Q
Q
 
P
F
|
F
M
 
F
Q
 
V
N
 
A
W
 
M
V
 
R
R
 
R
E
 
E
L
 
L
K
 
-
E
 
E
H
 
D
P
 
E
A
 
A
V
 
A
K
 
K
D
 
L
G
 
G
T
 
-
V
 
V
Q
 
K
L
 
V
T
 
Q
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
A
N
 
Q
Y
 
N
D
 
N
A
 
S
L
 
S
T
 
K
Q
 
Q
N
 
I
N
 
S
Q
 
D
I
 
L
E
 
Q
N
 
A
M
 
A
V
 
A
T
 
V
Q
 
Q
R
 
G
Y
 
A
D
 
K
A
 
V
I
 
V
L
 
I
F
 
V
V
 
A
P
 
P
I
 
T
D
 
D
T
 
S
K
 
K
A
 
A
G
 
L
V
 
A
G
 
G
T
 
A
V
 
A
K
 
D
A
 
D
A
 
L
M
 
V
S
 
E
N
 
Q
D
 
G
V
 
V
V
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
S
S
 
V
N
x
D
T
x
R
K
 
N
V
 
I
A
 
A
-
 
G
-
 
G
D
 
K
A
 
T
S
 
A
V
 
V
P
 
P
Y
 
H
V
 
V
G
 
G
N
 
A
D
 
D
D
 
N
V
 
V
E
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
A
Q
 
M
A
 
A
Q
 
D
A
 
W
M
 
V
V
 
V
D
 
K
K
 
T
L
 
Y
N
 
P
G
 
A
K
 
G
G
 
A
N
 
R
V
 
V
V
 
V
I
 
V
I
 
I
Q
 
T
G
x
N
P
x
D
I
 
P
G
 
G
Q
 
S
S
 
S
A
x
S
Q
 
S
I
 
I
D
 
E
R
|
R
E
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
V
L
 
H
E
 
D
V
 
G
L
 
L
G
 
A
K
 
A
H
 
G
-
 
G
P
 
P
D
 
A
I
 
F
K
 
K
I
 
I
I
 
V
E
 
T
K
 
E
K
 
Q
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
x
S
D
 
K
R
 
R
A
 
D
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
Q
D
 
N
W
 
I
L
 
L
N
 
T
A
 
S
H
 
M
-
 
R
-
 
D
-
 
T
P
 
P
K
 
P
G
 
D
I
 
V
N
 
-
G
 
-
V
 
I
I
 
L
A
 
C
Q
 
L
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
K
 
R
S
 
A
H
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
D
S
 
S
K
 
A
D
 
K
V
 
V
P
 
K
V
 
V
T
 
I
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
A
M
 
I
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
L
Q
 
A
A
 
R
A
 
I
K
 
K
K
 
A
D
 
G
E
 
E
-
 
M
V
 
V
T
 
A
T
 
T
F
 
V
L
 
E
Q
|
Q
D
 
N
A
 
P
Q
 
G
A
 
L
Q
 
Q
S
 
I
Q
 
R
G
 
T
A
 
A
L
 
L

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
35% identity, 54% coverage: 75:255/335 of query aligns to 42:231/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
Q
 
Q
N
 
E
N
 
N
Q
 
Q
I
 
I
E
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
R
N
 
S
M
 
F
V
 
I
T
 
A
Q
 
Q
R
 
G
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
F
 
I
V
 
A
P
 
P
I
 
V
D
 
V
T
 
E
K
 
T
A
 
G
G
 
W
V
 
K
G
 
P
T
 
V
V
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
A
M
 
K
S
 
R
N
 
A
D
 
K
-
 
I
-
 
P
V
 
V
V
 
V
V
 
I
I
 
V
A
x
D
S
x
R
N
 
N
T
 
I
K
 
K
V
 
V
A
 
D
D
 
D
A
 
D
S
 
S
V
 
L
-
 
F
-
 
L
P
 
T
Y
 
R
V
 
I
G
 
A
N
 
S
D
 
D
D
 
F
V
 
S
E
 
E
G
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
K
Q
 
I
A
 
G
Q
 
Q
A
 
W
M
 
L
V
 
M
D
 
D
K
 
K
L
 
T
N
 
Q
G
 
G
K
 
N
G
 
C
N
 
D
V
 
I
V
 
A
I
 
E
I
 
L
Q
 
Q
G
 
G
P
 
T
I
 
V
G
 
G
Q
 
A
S
 
T
A
 
A
Q
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
E
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
F
L
 
N
E
 
Q
V
 
V
L
 
I
G
 
A
K
 
N
H
 
Y
P
 
P
D
 
N
I
 
A
K
 
K
I
 
I
I
 
V
E
 
R
K
 
S
K
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
E
W
x
F
D
 
T
R
 
R
A
 
A
Q
 
K
A
 
G
L
 
K
A
 
E
L
 
V
T
 
M
E
 
E
D
 
G
W
 
F
L
 
L
N
 
K
A
 
A
-
 
Q
H
 
N
P
 
G
K
 
Q
G
 
P
I
 
L
N
 
C
G
 
A
V
 
V
I
 
W
A
 
S
Q
 
H
N
|
N
D
 
D
D
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
K
 
K
S
 
E
H
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
K
-
 
P
S
 
G
K
 
K
D
 
D
V
 
I
P
 
L
V
 
I
T
 
V
S
 
S
I
 
V
D
|
D
G
 
G
M
 
V
P
 
P
D
 
D
A
 
Y
I
 
F
Q
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

P39325 Galactofuranose-binding protein YtfQ from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
34% identity, 58% coverage: 61:255/335 of query aligns to 54:256/318 of P39325

query
sites
P39325
V
 
I
Q
 
T
L
 
L
T
 
K
V
 
I
F
 
A
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
Y
 
Q
D
 
K
A
 
Q
L
 
E
T
 
N
Q
 
Q
N
 
I
N
 
K
Q
 
A
I
 
V
E
 
R
N
 
S
M
 
F
V
 
V
T
 
A
Q
 
Q
R
 
G
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
F
F
 
I
V
 
A
P
 
P
I
 
V
D
 
V
T
 
A
K
 
T
A
 
G
G
 
W
V
 
E
G
 
P
T
 
V
V
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
A
M
 
K
S
 
D
N
 
A
D
 
E
-
 
I
-
 
P
V
 
V
V
 
F
V
 
L
I
 
L
A
x
D
S
x
R
N
 
S
T
 
I
K
 
D
V
 
V
A
 
K
D
 
D
A
 
K
S
 
S
V
 
L
-
 
Y
-
 
M
P
 
T
Y
 
T
V
 
V
G
 
T
N
 
A
D
 
D
D
 
N
V
 
I
E
 
L
G
 
E
G
 
G
R
 
K
L
 
L
Q
 
I
A
 
G
Q
 
D
A
 
W
M
 
L
V
 
V
D
 
K
K
 
E
L
 
V
N
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
G
x
C
N
 
N
V
 
V
V
 
V
I
 
E
I
 
L
Q
 
Q
G
 
G
P
 
T
I
 
V
G
 
G
Q
 
A
S
 
S
A
 
V
Q
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
E
 
K
K
 
K
G
 
G
E
 
F
L
 
A
E
 
E
V
 
A
L
 
I
G
 
K
K
 
N
H
 
A
P
 
P
D
 
N
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
R
K
 
S
K
 
Q
T
 
S
A
 
G
N
 
D
W
 
F
D
 
T
R
 
R
A
 
S
Q
 
K
A
 
G
L
 
K
A
 
E
L
 
V
T
 
M
E
 
E
D
 
S
W
 
F
L
 
I
N
 
K
A
 
A
H
 
E
P
 
N
K
 
N
G
 
G
I
 
K
N
 
N
-
 
I
-
x
C
G
 
M
V
 
V
I
 
Y
A
 
A
Q
 
H
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
K
 
K
S
 
E
H
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
K
-
 
P
S
 
G
K
 
K
D
 
D
V
 
I
P
 
L
V
 
T
T
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
G
 
G
M
 
V
P
 
P
D
 
D
A
 
I
I
 
Y
Q
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

2vk2A Crystal structure of a galactofuranose binding protein (see paper)
34% identity, 58% coverage: 61:255/335 of query aligns to 32:234/296 of 2vk2A

query
sites
2vk2A
V
 
I
Q
 
T
L
 
L
T
 
K
V
 
I
F
 
A
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
Y
 
Q
D
 
K
A
 
Q
L
 
E
T
 
N
Q
 
Q
N
 
I
N
 
K
Q
 
A
I
 
V
E
 
R
N
 
S
M
 
F
V
 
V
T
 
A
Q
 
Q
R
 
G
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
F
F
 
I
V
 
A
P
 
P
I
 
V
D
 
V
T
 
A
K
 
T
A
 
G
G
 
W
V
 
E
G
 
P
T
 
V
V
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
A
M
 
K
S
 
D
N
 
A
D
 
E
-
 
I
-
 
P
V
 
V
V
 
F
V
 
L
I
 
L
A
x
D
S
x
R
N
 
S
T
 
I
K
 
D
V
 
V
A
 
K
D
 
D
A
 
K
S
 
S
V
 
L
-
 
Y
-
 
M
P
 
T
Y
 
T
V
 
V
G
 
T
N
 
A
D
 
D
D
 
N
V
 
I
E
 
L
G
 
E
G
 
G
R
 
K
L
 
L
Q
 
I
A
 
G
Q
 
D
A
 
W
M
 
L
V
 
V
D
 
K
K
 
E
L
 
V
N
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
G
 
C
N
 
N
V
 
V
V
 
V
I
 
E
I
 
L
Q
 
Q
G
 
G
P
 
T
I
 
V
G
 
G
Q
 
A
S
 
S
A
 
V
Q
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
E
 
K
K
 
K
G
 
G
E
 
F
L
 
A
E
 
E
V
 
A
L
 
I
G
 
K
K
 
N
H
 
A
P
 
P
D
 
N
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
I
E
 
R
K
 
S
K
 
Q
T
 
S
A
 
G
N
 
D
W
x
F
D
 
T
R
 
R
A
 
S
Q
 
K
A
 
G
L
 
K
A
 
E
L
 
V
T
 
M
E
 
E
D
 
S
W
 
F
L
 
I
N
 
K
A
 
A
H
 
E
P
 
N
K
 
N
G
 
G
I
 
K
N
 
N
-
 
I
-
 
C
G
 
M
V
 
V
I
 
Y
A
 
A
Q
 
H
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
K
 
K
S
 
E
H
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
K
-
 
P
S
 
G
K
 
K
D
 
D
V
 
I
P
 
L
V
 
T
T
 
G
S
 
S
I
 
I
D
|
D
G
 
G
M
 
V
P
 
P
D
 
D
A
 
I
I
 
Y
Q
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8fxuA Thermoanaerobacter thermosaccharolyticum periplasmic glucose-binding protein glucose complex: badan conjugate attached at f17c (see paper)
32% identity, 77% coverage: 27:285/335 of query aligns to 2:276/310 of 8fxuA

query
sites
8fxuA
K
 
K
T
 
Q
Y
 
L
K
 
N
V
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
A
V
 
I
Y
 
Y
G
 
K
L
 
F
K
 
D
G
x
D
Q
 
T
F
x
C
M
 
M
Q
 
T
N
 
G
W
 
-
V
 
V
R
 
R
E
 
N
L
 
A
K
 
M
E
 
T
H
 
A
P
 
E
A
 
A
V
 
-
K
 
-
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
V
 
A
Q
 
K
L
 
L
T
 
N
V
 
M
F
 
V
D
 
D
G
 
S
N
 
Q
Y
 
N
D
 
S
A
 
Q
L
 
P
T
 
T
Q
 
Q
N
 
N
N
 
D
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
L
M
 
F
V
 
I
T
 
T
Q
 
K
R
 
K
Y
 
M
D
 
N
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
I
V
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
D
-
 
R
T
 
T
K
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
I
T
 
I
V
 
D
K
 
K
A
 
A
A
 
K
M
 
Q
S
 
A
N
 
N
D
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
V
I
 
F
A
 
F
S
x
N
N
x
R
T
 
E
K
 
P
V
 
L
A
 
P
D
 
E
A
 
D
-
 
M
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
D
S
 
K
V
 
V
P
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
N
 
A
D
 
K
D
 
A
V
 
E
E
 
Q
G
 
S
G
 
G
R
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
Q
A
 
I
M
 
M
V
 
A
D
 
D
-
 
Y
-
 
W
-
 
K
-
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
E
-
 
A
-
x
D
-
 
K
K
x
N
L
 
H
N
x
D
G
 
G
K
x
V
G
 
M
N
x
Q
V
 
Y
V
 
V
I
 
M
I
 
L
Q
 
M
G
 
G
P
 
Q
I
 
P
G
 
G
Q
 
H
S
 
Q
A
x
D
Q
 
A
I
 
I
D
 
L
R
|
R
E
 
T
K
 
Q
G
 
Y
E
 
S
L
 
I
E
 
Q
V
 
T
L
 
V
G
 
-
K
 
K
H
 
D
P
 
A
D
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
Q
E
 
E
-
 
L
-
 
A
K
 
K
K
 
D
T
 
Y
A
 
A
N
 
N
W
|
W
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Q
 
T
A
 
A
L
 
H
A
 
D
L
 
K
T
 
M
E
 
A
D
 
A
W
 
W
L
 
L
N
 
S
A
 
S
H
 
F
P
 
G
K
 
D
G
 
K
I
 
I
N
x
E
G
 
A
V
 
V
I
 
F
A
 
A
Q
 
N
N
|
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
S
H
 
A
G
 
G
-
 
Y
L
 
F
T
 
T
S
 
G
K
 
K
D
 
Y
V
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
V
S
 
G
I
 
V
D
|
D
G
x
A
M
x
T
P
 
A
D
 
P
A
 
G
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
A
 
I
K
 
K
K
 
D
D
 
G
E
 
T
V
 
L
T
 
L
-
 
G
T
 
T
F
 
V
L
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
A
 
N
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
K
G
 
A
A
 
T
L
 
F
D
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
Y
R
 
E
A
 
L
L
 
A
A
 
Q
G
 
G

5kwsA Crystal structure of galactose binding protein from yersinia pestis in the complex with beta d glucose
30% identity, 77% coverage: 30:286/335 of query aligns to 4:276/307 of 5kwsA

query
sites
5kwsA
K
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
T
V
 
I
Y
 
Y
G
 
K
L
 
Y
K
 
D
G
x
D
Q
 
N
F
 
F
M
 
M
Q
 
-
N
 
S
W
 
V
V
 
V
R
 
R
E
 
K
L
 
A
K
 
I
E
 
E
H
 
K
P
 
D
A
 
A
V
 
K
K
 
A
D
 
S
G
 
P
T
 
E
V
 
I
Q
 
T
L
 
L
T
 
L
V
 
M
F
 
N
D
 
D
G
 
S
N
 
Q
Y
 
N
D
 
D
A
 
Q
L
 
S
T
 
K
Q
 
Q
N
 
N
N
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
V
 
L
T
 
A
Q
 
K
R
 
G
Y
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
I
V
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
D
T
 
P
K
 
A
A
 
A
G
 
A
V
 
P
G
 
V
T
 
V
V
 
I
K
 
D
A
 
K
A
 
A
M
 
R
S
 
S
N
 
N
D
 
D
V
 
I
V
 
P
V
 
I
I
 
V
A
 
F
S
 
Y
N
|
N
T
x
K
K
 
E
V
 
P
A
 
S
D
 
R
A
 
K
S
 
A
V
 
L
P
 
D
-
 
S
-
 
Y
-
 
D
-
 
K
-
 
A
-
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
N
 
T
D
 
D
D
 
S
V
 
K
E
 
E
G
 
S
G
 
G
R
 
V
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
E
A
 
L
M
 
I
V
 
A
D
 
K
K
 
H
-
 
W
-
 
Q
-
 
A
-
 
N
-
 
P
-
 
E
-
 
W
-
x
D
L
 
L
N
|
N
-
 
K
-
x
D
G
 
G
K
|
K
G
 
I
N
x
Q
V
 
F
V
 
V
I
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
G
P
 
E
I
 
P
G
 
G
Q
x
H
S
 
P
A
x
D
Q
 
A
I
 
E
D
 
A
R
|
R
E
 
T
K
 
T
G
 
Y
E
 
V
L
 
I
E
 
K
V
 
T
L
 
L
G
 
N
-
 
E
K
 
K
H
 
G
P
 
L
D
 
P
I
 
T
K
 
Q
I
 
Q
I
 
L
E
 
Q
K
 
L
K
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
M
W
|
W
D
 
D
R
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
K
A
 
D
L
 
K
T
 
M
E
 
D
D
 
A
W
 
W
L
 
L
N
 
S
A
 
G
-
 
P
H
 
N
P
 
A
K
 
N
G
 
K
I
 
I
N
x
E
G
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Q
 
N
N
|
N
D
 
D
D
 
A
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
A
H
 
H
G
 
N
L
 
K
T
 
T
S
 
S
K
 
-
D
 
-
V
 
V
P
 
P
V
 
V
T
 
F
S
 
G
I
 
V
D
|
D
G
 
A
M
 
L
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
L
Q
 
A
A
 
L
A
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
E
 
Q
V
 
M
T
 
A
-
 
G
T
 
T
F
 
V
L
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
Q
 
N
A
 
N
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
K
G
 
A
A
 
T
L
 
F
D
 
D
V
 
L
A
 
A
L
 
K
R
 
N
A
 
L
L
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
28% identity, 69% coverage: 62:293/335 of query aligns to 33:271/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
Q
 
E
L
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
F
D
 
D
G
 
S
N
 
Q
Y
 
N
D
 
D
A
 
T
L
 
A
T
 
K
Q
 
E
N
 
S
N
 
A
Q
 
H
I
 
F
E
 
D
N
 
A
M
 
I
V
 
I
T
 
A
Q
 
A
R
 
G
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
I
F
 
F
V
 
N
P
 
P
I
 
T
D
 
D
T
 
A
K
 
D
A
 
G
G
 
S
V
 
I
G
 
A
T
 
N
V
 
V
K
 
K
A
 
R
A
 
A
M
 
K
S
 
E
N
 
A
D
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
F
A
 
C
S
 
V
N
x
D
T
x
R
K
 
G
V
 
I
-
 
N
-
 
A
A
 
R
D
 
G
A
 
L
S
 
A
V
 
V
P
 
A
Y
 
Q
V
 
I
G
 
Y
N
 
S
D
 
D
D
 
N
V
 
Y
E
 
Y
G
 
G
G
 
G
R
 
V
L
 
L
Q
 
M
A
 
G
Q
 
E
A
 
Y
M
 
F
V
 
V
D
 
K
K
 
F
L
 
L
N
 
K
G
 
E
K
 
K
G
 
Y
N
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
V
 
Y
V
 
A
I
 
E
I
 
L
Q
 
L
G
 
G
P
 
I
I
 
L
G
 
S
Q
 
A
S
 
Q
A
 
P
Q
 
T
I
 
W
D
 
D
R
|
R
E
 
S
K
 
N
G
 
G
E
 
F
L
 
H
E
 
S
V
 
V
L
 
V
G
 
D
K
 
Q
H
 
Y
P
 
P
D
 
E
I
 
F
K
 
K
I
 
M
I
 
V
E
 
A
K
 
Q
K
 
Q
T
 
S
A
 
A
N
 
E
W
x
F
D
 
D
R
 
R
A
 
D
Q
 
T
A
 
A
L
 
Y
A
 
K
L
 
V
T
 
T
E
 
E
D
 
Q
W
 
I
L
 
L
N
 
Q
A
 
A
H
 
H
P
 
P
K
 
E
G
 
-
I
 
I
N
 
K
G
 
A
V
 
I
I
 
W
A
 
C
Q
 
G
N
|
N
D
 
D
D
 
A
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
M
Q
 
K
A
 
A
L
 
C
K
 
E
S
 
A
H
 
A
G
 
G
L
 
R
T
 
T
S
 
-
K
 
-
D
 
D
V
 
I
P
 
Y
V
 
I
T
 
F
S
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
M
 
A
P
 
E
D
 
D
A
 
V
I
 
I
Q
 
N
A
 
A
A
 
I
K
 
K
-
 
E
-
 
G
K
 
K
D
 
Q
E
 
I
V
 
V
T
 
A
T
 
T
F
 
I
L
 
M
Q
|
Q
D
 
F
A
 
P
Q
 
K
A
 
L
Q
 
M
S
 
A
Q
 
R
G
 
L
A
 
A
L
 
V
D
 
E
V
 
W
A
 
A
L
 
D
R
 
Q
A
 
Y
L
 
L
A
 
R
G
 
G
K
 
E
D
 
R
Y
 
S
K
 
F
P
 
P
Q
 
E
S
 
I
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P0AEE5 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
30% identity, 84% coverage: 6:286/335 of query aligns to 7:299/332 of P0AEE5

query
sites
P0AEE5
T
|
T
L
|
L
A
x
S
A
|
A
T
x
V
A
x
M
A
|
A
L
 
-
S
|
S
L
x
M
L
|
L
A
x
F
C
x
G
S
x
A
I
x
A
A
|
A
M
x
H
A
|
A
A
 
A
D
 
D
G
 
-
K
 
-
T
 
-
Y
 
T
K
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
T
V
 
I
Y
 
Y
G
 
K
L
 
Y
K
 
D
G
x
D
Q
 
N
F
 
F
M
 
M
Q
 
-
N
 
S
W
 
V
V
 
V
R
 
R
E
 
K
L
 
A
K
 
I
E
 
E
H
 
Q
P
 
D
A
 
A
V
 
K
K
 
A
D
 
A
G
 
P
T
 
D
V
 
V
Q
 
Q
L
 
L
T
 
L
V
 
M
F
 
N
D
 
D
G
 
S
N
 
Q
Y
 
N
D
 
D
A
 
Q
L
 
S
T
 
K
Q
 
Q
N
 
N
N
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
V
 
L
T
 
A
Q
 
K
R
 
G
Y
 
V
D
 
K
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
I
V
 
N
P
 
L
I
 
V
D
 
D
T
 
P
K
 
A
A
 
A
G
 
A
V
 
G
G
 
T
T
 
V
V
 
I
K
 
E
A
 
K
A
 
A
M
 
R
S
 
G
N
 
Q
D
 
N
V
 
V
V
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
S
 
F
N
|
N
T
 
K
K
 
E
V
 
P
A
 
S
D
 
R
A
 
K
S
 
A
V
 
L
P
 
D
-
 
S
-
 
Y
-
 
D
-
 
K
-
 
A
-
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
N
 
T
D
 
D
D
 
S
V
 
K
E
 
E
G
 
S
G
 
G
R
 
I
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
D
A
 
L
M
 
I
V
 
A
D
 
K
K
 
H
-
 
W
-
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
G
-
 
W
-
x
D
L
 
L
N
|
N
G
 
K
K
x
D
G
 
G
N
x
Q
V
 
I
-
x
Q
-
 
F
V
 
V
I
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
G
P
 
E
I
 
P
G
 
G
Q
x
H
S
 
P
A
 
-
Q
 
-
I
 
-
D
|
D
R
 
A
E
 
E
K
 
A
G
x
R
E
 
T
L
 
T
E
 
Y
V
 
V
L
 
I
G
 
K
K
 
E
H
 
L
P
 
N
D
 
D
I
 
K
K
 
G
I
 
I
-
 
K
-
 
T
-
 
E
-
 
Q
I
 
L
E
 
Q
K
 
L
K
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
M
W
 
W
D
 
D
R
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
L
 
K
A
 
D
L
 
K
T
 
M
E
 
D
D
 
A
W
 
W
L
 
L
N
 
S
A
 
G
-
 
P
H
 
N
P
 
A
K
 
N
G
 
K
I
 
I
N
x
E
G
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Q
 
N
N
|
N
D
 
D
D
 
A
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
S
 
A
H
 
H
G
 
N
L
 
K
T
 
S
S
 
S
K
 
-
D
 
-
V
 
I
P
 
P
V
 
V
T
 
F
S
 
G
I
 
V
D
|
D
G
 
A
M
 
L
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
L
Q
 
A
A
 
L
A
 
V
K
 
K
K
 
S
D
 
G
E
 
A
V
 
L
T
 
A
-
 
G
T
 
T
F
 
V
L
 
L
Q
x
N
D
 
D
A
 
A
Q
 
N
A
 
N
Q
 
Q
S
 
A
Q
 
K
G
 
A
A
 
T
L
 
F
D
 
D
V
 
L
A
 
A
L
 
K
R
 
N
A
 
L
L
 
A
A
 
D
G
 
G
K
 
K

Sites not aligning to the query:

6hbdA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-galactofuranose (see paper)
29% identity, 60% coverage: 55:255/335 of query aligns to 27:234/305 of 6hbdA

query
sites
6hbdA
A
 
A
V
 
A
K
 
E
D
 
E
G
 
A
T
 
G
V
 
V
Q
 
N
L
 
L
T
 
K
V
 
F
F
 
A
D
 
D
G
 
A
N
 
N
Y
 
G
D
 
E
A
 
Q
L
 
E
T
 
K
Q
 
Q
N
 
I
N
 
S
Q
 
A
I
 
I
E
 
R
N
 
S
M
 
F
V
 
I
T
 
Q
Q
 
Q
R
 
G
Y
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
I
L
 
A
F
 
F
V
 
S
P
 
P
I
 
V
D
 
V
T
 
R
K
 
T
A
 
G
G
 
W
V
x
D
G
 
A
T
 
V
V
 
L
K
 
Q
A
 
E
A
 
T
M
 
K
S
 
N
N
 
A
D
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
I
 
I
-
 
L
-
 
T
-
x
D
-
x
R
A
 
A
S
 
V
N
 
D
T
 
T
K
 
Q
V
x
D
A
 
T
D
 
D
A
 
V
S
 
Y
V
 
K
P
 
T
Y
 
F
V
 
I
G
 
G
N
 
A
D
 
D
D
x
F
V
 
I
E
 
E
G
 
E
G
 
G
R
 
R
L
 
R
Q
 
A
A
 
G
Q
 
Q
A
 
W
M
 
V
V
 
A
D
 
D
K
 
Q
L
 
Y
-
 
A
-
 
S
-
 
A
N
 
T
G
 
G
K
 
P
G
 
V
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
Q
I
 
L
Q
 
E
G
 
G
P
 
T
I
 
T
G
 
G
Q
 
A
S
x
D
A
 
P
Q
 
A
I
 
I
D
|
D
R
|
R
E
 
K
K
 
T
G
 
G
E
 
F
L
 
A
E
 
E
V
 
G
L
 
I
G
 
S
K
 
K
H
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
K
 
K
I
 
I
I
 
V
E
 
A
K
 
S
K
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
D
W
x
F
D
 
T
R
 
R
A
 
S
Q
 
G
A
 
G
L
 
K
A
 
Q
L
 
V
T
 
M
E
 
E
D
 
A
W
 
F
L
 
L
N
 
K
A
 
S
H
 
T
P
 
P
K
 
Q
G
 
-
I
 
I
N
 
D
G
 
V
V
 
V
I
 
F
A
 
A
Q
 
Q
N
 
N
D
 
D
D
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
M
Q
 
E
A
 
A
L
 
I
K
 
E
S
 
A
H
 
A
G
 
G
-
 
K
L
 
K
T
 
P
S
 
G
K
 
T
D
 
D
V
 
I
P
 
K
V
 
I
T
 
V
S
 
A
I
 
V
D
|
D
G
 
A
M
 
T
P
 
H
D
 
D
A
 
G
I
 
M
Q
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF2364 FitnessBrowser__WCS417:GFF2364
MKLGTTLAATAALSLLACSIAMAADGKTYKVGAAVYGLKGQFMQNWVRELKEHPAVKDGT
VQLTVFDGNYDALTQNNQIENMVTQRYDAILFVPIDTKAGVGTVKAAMSNDVVVIASNTK
VADASVPYVGNDDVEGGRLQAQAMVDKLNGKGNVVIIQGPIGQSAQIDREKGELEVLGKH
PDIKIIEKKTANWDRAQALALTEDWLNAHPKGINGVIAQNDDMALGAVQALKSHGLTSKD
VPVTSIDGMPDAIQAAKKDEVTTFLQDAQAQSQGALDVALRALAGKDYKPQSVIWERYAK
EVKWGDGTAKNYILPWVPVTNANADALYKQVSGGK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory