SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2614 FitnessBrowser__psRCH2:GFF2614 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 19 hits to proteins with known functional sites (download)

6as5A Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, acetoacetate and coenzyme a (see paper)
44% identity, 96% coverage: 10:272/275 of query aligns to 9:267/267 of 6as5A

query
sites
6as5A
L
 
L
F
|
F
V
x
C
P
|
P
A
 
A
T
 
D
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
|
R
I
 
F
P
 
-
K
 
A
A
 
K
L
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
A
L
 
Q
K
 
K
A
 
P
E
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
N
N
 
A
L
 
L
-
 
R
D
 
D
A
 
T
F
 
P
L
 
L
A
 
-
A
 
-
N
 
D
P
 
P
D
 
E
A
 
-
R
 
R
L
 
T
L
 
V
V
 
V
R
|
R
I
 
I
N
 
N
A
 
A
P
 
G
T
 
G
H
 
T
A
 
A
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
E
L
 
A
C
 
L
A
 
A
R
 
G
H
 
T
A
 
A
G
 
-
V
 
Y
V
 
T
G
 
T
V
 
V
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
A
E
 
E
S
 
S
A
 
A
V
 
A
Q
 
Q
V
 
V
A
 
I
L
 
E
A
 
L
A
 
A
S
 
P
C
 
-
G
 
-
K
 
R
P
 
D
V
 
V
W
 
I
P
 
A
I
 
L
V
 
V
E
|
E
S
 
T
A
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
A
A
 
V
N
 
C
L
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
H
 
A
A
 
A
Q
 
D
G
 
P
V
 
T
E
 
V
R
 
G
L
 
M
S
 
M
F
 
W
G
|
G
A
|
A
L
x
E
D
|
D
L
 
L
G
 
I
L
 
A
D
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
G
A
 
S
N
 
S
G
 
S
T
 
R
A
 
R
G
 
A
A
 
D
E
 
G
R
 
A
M
 
Y
L
 
R
D
 
D
Q
 
V
A
 
A
R
 
R
Y
 
H
A
 
V
-
 
R
-
 
S
-
 
T
-
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
A
Q
 
A
S
 
S
R
 
A
L
 
F
A
 
G
G
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
-
P
 
-
L
 
L
D
 
D
S
 
A
V
 
V
F
 
H
P
 
L
D
 
D
I
 
I
K
 
L
N
 
D
L
 
V
D
 
E
G
 
G
L
 
L
T
 
Q
R
 
E
A
 
E
A
 
A
A
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
A
D
 
A
M
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
D
G
 
V
L
 
T
L
 
V
C
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
S
 
S
Q
 
Q
V
 
I
A
 
P
V
 
V
V
 
V
H
 
R
E
 
K
T
 
A
L
 
Y
M
 
R
P
 
P
S
 
S
A
 
H
A
 
E
E
 
K
L
 
L
D
 
A
W
 
W
A
 
A
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
S
A
 
R
S
 
S
G
 
E
D
 
R
G
 
G
V
 
A
F
 
F
V
 
A
V
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
S
P
 
P
V
 
V
I
 
L
G
 
T
R
 
H
A
 
A
R
 
E
R
 
T
L
 
M
L
 
L
Q
 
R
R
 
R
A
 
A
G
 
G
Q
 
E

6arbA Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, pyruvate and coenzyme a (see paper)
44% identity, 96% coverage: 10:272/275 of query aligns to 10:268/268 of 6arbA

query
sites
6arbA
L
 
L
F
|
F
V
x
C
P
|
P
A
 
A
T
 
D
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
|
R
I
 
F
P
 
-
K
 
A
A
 
K
L
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
A
L
 
Q
K
 
K
A
 
P
E
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
N
N
 
A
L
 
L
-
 
R
D
 
D
A
 
T
F
 
P
L
 
L
A
 
-
A
 
-
N
 
D
P
 
P
D
 
E
A
 
-
R
 
R
L
 
T
L
 
V
V
 
V
R
|
R
I
 
I
N
 
N
A
 
A
P
 
G
T
 
G
H
 
T
A
 
A
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
E
L
 
A
C
 
L
A
 
A
R
 
G
H
 
T
A
 
A
G
 
-
V
 
Y
V
 
T
G
 
T
V
 
V
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
A
E
 
E
S
 
S
A
 
A
V
 
A
Q
 
Q
V
 
V
A
 
I
L
 
E
A
 
L
A
 
A
S
 
P
C
 
-
G
 
-
K
 
R
P
 
D
V
 
V
W
 
I
P
 
A
I
 
L
V
 
V
E
|
E
S
 
T
A
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
A
A
 
V
N
 
C
L
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
H
 
A
A
 
A
Q
 
D
G
 
P
V
 
T
E
 
V
R
 
G
L
 
M
S
 
M
F
 
W
G
|
G
A
 
A
L
x
E
D
|
D
L
 
L
G
 
I
L
 
A
D
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
G
A
 
S
N
 
S
G
 
S
T
 
R
A
 
R
G
 
A
A
 
D
E
 
G
R
 
A
M
 
Y
L
 
R
D
 
D
Q
 
V
A
 
A
R
 
R
Y
 
H
A
 
V
-
 
R
-
 
S
-
 
T
-
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
A
Q
 
A
S
 
S
R
 
A
L
 
F
A
 
G
G
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
-
P
 
-
L
 
L
D
 
D
S
 
A
V
 
V
F
 
H
P
 
L
D
 
D
I
 
I
K
 
L
N
 
D
L
 
V
D
 
E
G
 
G
L
 
L
T
 
Q
R
 
E
A
 
E
A
 
A
A
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
A
D
 
A
M
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
D
G
 
V
L
 
T
L
 
V
C
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
S
 
S
Q
 
Q
V
 
I
A
 
P
V
 
V
V
 
V
H
 
R
E
 
K
T
 
A
L
 
Y
M
 
R
P
 
P
S
 
S
A
 
H
A
 
E
E
 
K
L
 
L
D
 
A
W
 
W
A
 
A
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
S
A
 
R
S
 
S
G
 
E
D
 
R
G
 
G
V
 
A
F
 
F
V
 
A
V
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
S
P
 
P
V
 
V
I
 
L
G
 
T
R
 
H
A
 
A
R
 
E
R
 
T
L
 
M
L
 
L
Q
 
R
R
 
R
A
 
A
G
 
G
Q
 
E

6aq4B Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, pyruvate and citramalyl-coa (see paper)
45% identity, 95% coverage: 10:271/275 of query aligns to 11:268/268 of 6aq4B

query
sites
6aq4B
L
 
L
F
|
F
V
 
C
P
|
P
A
 
A
T
 
D
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
|
R
I
 
F
P
 
-
K
 
A
A
x
K
L
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
A
L
 
Q
K
 
K
A
 
P
E
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
N
N
 
A
L
 
L
-
 
R
D
 
D
A
 
T
F
 
P
L
 
L
A
 
-
A
 
-
N
 
D
P
 
P
D
 
E
A
 
-
R
 
R
L
 
T
L
 
V
V
 
V
R
|
R
I
 
I
N
 
N
A
 
A
P
 
G
T
 
G
H
 
T
A
 
A
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
E
L
 
A
C
 
L
A
 
A
R
 
G
H
 
T
A
 
A
G
 
-
V
 
Y
V
 
T
G
 
T
V
 
V
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
A
E
 
E
S
 
S
A
 
A
V
 
A
Q
 
Q
V
 
V
A
 
I
L
 
E
A
 
L
A
 
A
S
 
P
C
 
-
G
 
-
K
 
R
P
 
D
V
 
V
W
 
I
P
 
A
I
 
L
V
 
V
E
|
E
S
 
T
A
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
A
A
 
V
N
 
C
L
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
H
 
A
A
 
A
Q
 
D
G
 
P
V
 
T
E
 
V
R
 
G
L
 
M
S
 
M
F
 
W
G
|
G
A
 
A
L
x
E
D
|
D
L
 
L
G
 
I
L
 
A
D
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
G
A
 
S
N
 
S
G
 
S
T
 
R
A
 
R
G
 
A
A
 
D
E
 
G
R
 
A
M
 
Y
L
 
R
D
 
D
Q
 
V
A
 
A
R
 
R
Y
 
H
A
 
V
-
 
R
-
 
S
-
 
T
-
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
A
Q
 
A
S
 
S
R
 
A
L
 
F
A
 
G
G
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
-
P
 
-
L
 
L
D
 
D
S
 
A
V
 
V
F
 
H
P
 
L
D
 
D
I
 
I
K
 
L
N
 
D
L
 
V
D
 
E
G
 
G
L
 
L
T
 
Q
R
 
E
A
 
E
A
 
A
A
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
A
D
 
A
M
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
D
G
 
V
L
 
T
L
 
V
C
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
S
 
S
Q
 
Q
V
 
I
A
 
P
V
 
V
V
 
V
H
 
R
E
 
K
T
 
A
L
 
Y
M
 
R
P
 
P
S
 
S
A
 
H
A
 
E
E
 
K
L
 
L
D
 
A
W
 
W
A
 
A
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
S
A
 
R
S
 
S
G
 
E
D
 
R
G
 
G
V
 
A
F
 
F
V
 
A
V
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
S
P
 
P
V
 
V
I
 
L
G
 
T
R
 
H
A
 
A
R
 
E
R
 
T
L
 
M
L
 
L
Q
 
R
R
 
R
A
 
A
G
 
G

6aq4C Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, pyruvate and citramalyl-coa (see paper)
44% identity, 95% coverage: 10:270/275 of query aligns to 11:267/267 of 6aq4C

query
sites
6aq4C
L
 
L
F
 
F
V
 
C
P
 
P
A
 
A
T
 
D
R
 
R
P
 
P
E
 
E
R
 
R
I
 
F
P
 
-
K
 
A
A
 
K
L
 
A
A
 
A
S
 
A
G
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
A
L
 
Q
K
 
K
A
 
P
E
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
N
N
 
A
L
 
L
-
 
R
D
 
D
A
 
T
F
 
P
L
 
L
A
 
-
A
 
-
N
 
D
P
 
P
D
 
E
A
 
-
R
 
R
L
 
T
L
 
V
V
 
V
R
 
R
I
 
I
N
 
N
A
 
A
P
 
G
T
 
G
H
 
T
A
 
A
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
E
L
 
A
C
 
L
A
 
A
R
 
G
H
 
T
A
 
A
G
 
-
V
 
Y
V
 
T
G
 
T
V
 
V
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
A
E
 
E
S
 
S
A
 
A
V
 
A
Q
 
Q
V
 
V
A
 
I
L
 
E
A
 
L
A
 
A
S
 
P
C
 
-
G
 
-
K
 
R
P
 
D
V
 
V
W
 
I
P
 
A
I
 
L
V
 
V
E
|
E
S
 
T
A
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
A
A
 
V
N
 
C
L
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
H
 
A
A
 
A
Q
 
D
G
 
P
V
 
T
E
 
V
R
 
G
L
 
M
S
 
M
F
 
W
G
|
G
A
 
A
L
x
E
D
|
D
L
 
L
G
 
I
L
 
A
D
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
G
A
 
S
N
 
S
G
 
S
T
 
R
A
 
R
G
 
A
A
 
D
E
 
G
R
 
A
M
 
Y
L
 
R
D
 
D
Q
 
V
A
 
A
R
 
R
Y
 
H
A
 
V
-
 
R
-
 
S
-
 
T
-
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
A
Q
 
A
S
 
S
R
 
A
L
 
F
A
 
G
G
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
-
P
 
-
L
 
L
D
 
D
S
 
A
V
 
V
F
 
H
P
 
L
D
 
D
I
 
I
K
 
L
N
 
D
L
 
V
D
 
E
G
 
G
L
 
L
T
 
Q
R
 
E
A
 
E
A
 
A
A
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
A
D
 
A
M
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
D
G
 
V
L
 
T
L
 
V
C
 
C
I
 
I
H
 
H
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
V
 
I
A
 
P
V
 
V
V
 
V
H
 
R
E
 
K
T
 
A
L
 
Y
M
 
R
P
 
P
S
 
S
A
 
H
A
 
E
E
 
K
L
 
L
D
 
A
W
 
W
A
 
A
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
 
S
A
 
R
S
 
S
G
 
E
D
 
R
G
 
G
V
x
A
F
 
F
V
 
A
V
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
M
|
M
V
 
V
D
|
D
A
 
S
P
 
P
V
 
V
I
 
L
G
 
T
R
 
H
A
 
A
R
 
E
R
 
T
L
 
M
L
 
L
Q
 
R
R
 
R
A
 
A

Q9RUZ0 Citrate lyase subunit beta-like protein; EC 4.1.-.- from Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / CCUG 27074 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / VKM B-1422 / R1)
34% identity, 98% coverage: 1:269/275 of query aligns to 1:282/284 of Q9RUZ0

query
sites
Q9RUZ0
M
 
M
N
 
N
S
 
A
-
 
P
-
 
P
S
 
A
I
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
S
A
 
V
L
 
L
F
 
F
V
 
A
P
 
P
A
 
G
T
 
N
R
 
R
P
 
A
E
 
D
R
 
L
I
 
I
P
 
A
K
 
K
A
 
L
L
 
P
A
 
R
S
 
S
G
 
A
A
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
V
V
 
I
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
P
E
 
G
N
 
T
L
 
A
K
 
E
A
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
A
N
 
R
L
 
P
D
 
V
A
 
A
-
 
H
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
D
F
 
L
L
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
A
P
 
P
D
 
H
A
 
L
R
 
A
L
 
V
L
 
F
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
L
T
 
H
H
 
S
A
 
P
E
 
Y
Q
 
F
A
 
E
A
 
D
D
 
D
L
 
L
A
 
S
L
 
V
C
 
L
A
 
T
R
 
P
H
 
E
A
 
-
G
 
-
V
 
L
V
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
V
L
 
V
P
 
P
K
 
K
V
 
L
E
 
E
-
 
M
-
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
R
S
 
Q
A
 
V
V
 
A
Q
 
Q
V
 
M
A
 
L
L
 
Q
A
 
E
A
 
R
S
 
S
C
 
L
G
 
P
K
 
L
P
 
P
V
 
I
W
 
L
P
 
A
I
 
G
V
 
L
E
|
E
S
 
T
A
 
G
R
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
W
N
 
N
L
 
A
A
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
M
H
 
E
A
 
V
Q
 
P
G
 
E
V
 
V
E
 
A
R
 
W
L
 
A
S
 
Y
F
 
F
G
 
G
A
 
A
L
 
E
D
|
D
L
 
Y
G
 
T
L
 
T
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
G
A
 
K
N
 
R
G
 
T
T
 
P
A
 
G
G
 
G
A
 
L
E
 
E
R
 
V
M
 
L
L
 
Y
D
 
-
Q
 
-
A
 
A
R
 
R
Y
 
S
A
 
Q
L
 
V
L
 
A
L
 
L
Q
 
A
S
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
T
G
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
A
P
 
-
L
 
L
D
 
D
S
 
I
V
 
V
F
 
V
P
 
T
D
 
A
I
 
L
K
 
N
N
 
D
L
 
P
D
 
E
G
 
T
L
 
F
T
 
R
R
 
A
A
 
D
A
 
A
A
 
E
D
 
Q
A
 
G
R
 
R
D
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
K
L
 
L
C
 
C
I
 
I
H
 
H
P
 
P
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
L
V
 
A
H
 
H
E
 
E
T
 
Y
L
 
F
M
 
G
P
 
P
S
 
T
A
 
E
A
 
A
E
 
D
L
 
R
D
 
A
W
 
R
A
 
A
Q
 
R
R
 
A
I
 
L
L
 
L
A
 
D
A
 
A
G
 
A
A
 
A
S
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
R
G
 
G
D
 
H
G
 
G
V
 
A
F
 
F
V
 
S
V
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
E
P
 
P
V
 
M
I
 
L
G
 
A
R
 
K
A
 
A
R
 
R
R
 
T
L
 
L
L
 
L
Q
 
S
R
 
H

5vxoA Crystal structure analysis of human clybl in complex with propionyl- coa (see paper)
30% identity, 94% coverage: 7:264/275 of query aligns to 7:289/298 of 5vxoA

query
sites
5vxoA
R
 
R
S
 
A
A
 
V
L
 
L
F
x
Y
V
 
V
P
 
P
A
 
G
T
 
N
R
 
D
P
 
E
E
x
K
R
x
K
I
 
I
P
 
K
K
|
K
A
 
I
L
 
P
A
 
S
S
 
L
G
 
N
A
 
V
D
 
D
A
 
C
V
 
A
I
 
V
V
 
L
D
 
D
L
 
C
E
 
E
D
 
D
A
x
G
V
 
V
A
 
A
E
 
A
N
 
N
L
 
K
K
 
K
A
 
N
E
 
E
A
 
A
R
 
R
G
 
L
N
 
R
L
 
I
D
 
V
A
 
K
F
 
T
L
 
L
A
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
D
A
 
L
N
 
G
P
 
P
D
 
T
A
 
E
R
 
K
L
 
C
L
 
-
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
A
 
S
P
 
V
T
 
S
H
 
S
A
 
G
E
 
L
Q
 
A
A
 
E
A
 
E
D
 
D
L
 
L
-
 
E
A
 
T
L
 
L
C
 
L
A
 
Q
R
 
S
H
 
R
A
 
V
G
 
L
V
 
P
V
 
S
G
 
S
V
 
L
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
E
S
 
S
A
 
P
V
 
E
Q
 
E
V
 
I
A
 
Q
L
 
W
A
 
F
A
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
F
-
 
H
-
 
L
-
 
K
-
 
G
-
 
R
S
 
K
C
 
L
G
 
E
K
 
Q
P
 
P
V
 
M
-
 
N
-
 
L
W
 
I
P
 
P
I
 
F
V
 
V
E
 
E
S
 
T
A
 
A
R
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
L
N
 
N
L
 
F
A
 
K
E
 
A
I
 
V
A
 
C
H
 
E
A
 
-
Q
 
-
G
 
-
V
 
-
E
 
E
R
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
V
G
 
G
A
 
P
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
F
L
 
L
D
 
D
L
 
A
-
 
V
-
 
V
-
 
F
-
 
G
G
 
G
L
 
E
D
 
D
L
 
F
G
 
R
L
 
A
A
 
S
N
 
I
G
 
G
T
 
A
A
 
T
G
 
S
A
 
S
E
 
K
R
 
E
M
 
T
L
 
L
D
 
D
-
 
I
-
 
L
Q
 
Y
A
 
A
R
 
R
Y
 
Q
A
 
K
L
 
I
L
 
V
L
 
V
Q
 
I
S
 
A
R
 
K
L
 
A
A
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
P
 
-
L
 
I
D
 
D
S
 
L
V
 
V
F
 
Y
P
 
I
D
 
D
I
 
F
K
 
R
N
 
D
L
 
G
D
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
L
R
 
R
A
 
Q
A
 
S
A
 
R
D
 
E
A
 
G
R
 
A
D
 
A
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
T
G
 
G
L
 
K
L
 
Q
C
 
V
I
|
I
H
|
H
P
|
P
S
 
N
Q
 
Q
V
 
I
A
 
A
V
 
V
V
 
V
H
 
Q
E
 
E
T
 
Q
L
 
F
M
 
S
P
 
P
S
 
S
A
 
P
A
 
E
E
 
K
L
 
I
D
 
K
W
 
W
A
 
A
Q
 
E
R
 
E
I
 
L
L
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
F
A
 
K
S
 
E
-
 
H
-
 
Q
-
 
Q
-
 
L
G
 
G
D
 
K
G
 
G
V
 
A
F
 
F
V
 
T
V
 
F
D
 
Q
G
 
G
Q
 
S
M
 
M
V
 
I
D
 
D
A
 
M
P
 
P
V
 
L
I
 
L
G
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
Q

5vxcA Crystal structure analysis of human clybl in complex with free coash (see paper)
30% identity, 94% coverage: 7:264/275 of query aligns to 7:289/301 of 5vxcA

query
sites
5vxcA
R
 
R
S
 
A
A
 
V
L
 
L
F
x
Y
V
 
V
P
 
P
A
 
G
T
 
N
R
 
D
P
 
E
E
x
K
R
x
K
I
 
I
P
 
K
K
|
K
A
 
I
L
 
P
A
 
S
S
 
L
G
 
N
A
 
V
D
 
D
A
 
C
V
 
A
I
 
V
V
 
L
D
 
D
L
 
C
E
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
A
E
 
A
N
 
N
L
 
K
K
 
K
A
 
N
E
 
E
A
 
A
R
 
R
G
 
L
N
 
R
L
 
I
D
 
V
A
 
K
F
 
T
L
 
L
A
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
D
A
 
L
N
 
G
P
 
P
D
 
T
A
 
E
R
 
K
L
 
C
L
 
-
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
A
 
S
P
 
V
T
 
S
H
 
S
A
 
G
E
 
L
Q
 
A
A
 
E
A
 
E
D
 
D
L
 
L
-
 
E
A
 
T
L
 
L
C
 
L
A
 
Q
R
 
S
H
 
R
A
 
V
G
 
L
V
 
P
V
 
S
G
 
S
V
 
L
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
E
S
 
S
A
 
P
V
 
E
Q
 
E
V
 
I
A
 
Q
L
 
W
A
 
F
A
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
F
-
 
H
-
 
L
-
 
K
-
 
G
-
 
R
S
 
K
C
 
L
G
 
E
K
 
Q
P
 
P
V
 
M
-
 
N
-
 
L
W
 
I
P
 
P
I
 
F
V
 
V
E
|
E
S
 
T
A
 
A
R
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
L
N
 
N
L
 
F
A
 
K
E
 
A
I
 
V
A
 
C
H
 
E
A
 
-
Q
 
-
G
 
-
V
 
-
E
 
E
R
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
V
G
 
G
A
 
P
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
F
L
 
L
D
 
D
L
 
A
-
 
V
-
 
V
-
 
F
-
 
G
G
 
G
L
 
E
D
|
D
L
 
F
G
 
R
L
 
A
A
 
S
N
 
I
G
 
G
T
 
A
A
 
T
G
 
S
A
 
S
E
 
K
R
 
E
M
 
T
L
 
L
D
 
D
-
 
I
-
 
L
Q
 
Y
A
 
A
R
 
R
Y
 
Q
A
 
K
L
 
I
L
 
V
L
 
V
Q
 
I
S
 
A
R
 
K
L
 
A
A
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
P
 
-
L
 
I
D
 
D
S
 
L
V
 
V
F
 
Y
P
 
I
D
 
D
I
 
F
K
 
R
N
 
D
L
 
G
D
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
L
R
 
R
A
 
Q
A
 
S
A
 
R
D
 
E
A
 
G
R
 
A
D
 
A
M
 
M
G
 
G
F
 
F
G
 
T
G
 
G
L
 
K
L
 
Q
C
 
V
I
|
I
H
|
H
P
|
P
S
 
N
Q
 
Q
V
 
I
A
 
A
V
 
V
V
 
V
H
 
Q
E
 
E
T
 
Q
L
 
F
M
 
S
P
 
P
S
 
S
A
 
P
A
 
E
E
 
K
L
 
I
D
 
K
W
 
W
A
 
A
Q
 
E
R
 
E
I
 
L
L
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
F
A
 
K
S
 
E
-
 
H
-
 
Q
-
 
Q
-
 
L
G
 
G
D
 
K
G
 
G
V
 
A
F
 
F
V
 
T
V
 
F
D
 
Q
G
 
G
Q
 
S
M
 
M
V
 
I
D
 
D
A
 
M
P
 
P
V
 
L
I
 
L
G
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
Q

Q8N0X4 Citramalyl-CoA lyase, mitochondrial; (3S)-malyl-CoA thioesterase; Beta-methylmalate synthase; Citrate lyase subunit beta-like protein; Citrate lyase beta-like; Malate synthase; EC 4.1.3.25; EC 3.1.2.30; EC 2.3.3.-; EC 2.3.3.9 from Homo sapiens (Human) (see 5 papers)
30% identity, 94% coverage: 7:264/275 of query aligns to 46:328/340 of Q8N0X4

query
sites
Q8N0X4
R
 
R
S
 
A
A
 
V
L
 
L
F
x
Y
V
 
V
P
 
P
A
 
G
T
 
N
R
 
D
P
 
E
E
x
K
R
 
K
I
 
I
P
 
K
K
|
K
A
 
I
L
 
P
A
 
S
S
 
L
G
 
N
A
 
V
D
 
D
A
 
C
V
 
A
I
 
V
V
 
L
D
 
D
L
 
C
E
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
A
E
 
A
N
 
N
L
 
K
K
 
K
A
 
N
E
 
E
A
 
A
R
 
R
G
 
L
N
 
R
L
 
I
D
 
V
A
 
K
F
 
T
L
 
L
A
 
E
-
 
D
-
 
I
-
 
D
A
 
L
N
 
G
P
 
P
D
 
T
A
 
E
R
 
K
L
 
C
L
 
-
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
A
 
S
P
 
V
T
 
S
H
 
S
A
 
G
E
 
L
Q
 
A
A
 
E
A
 
E
D
 
D
L
 
L
-
 
E
A
 
T
L
 
L
C
 
L
A
 
Q
R
 
S
H
 
R
A
 
V
G
 
L
V
 
P
V
 
S
G
 
S
V
 
L
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
E
S
 
S
A
 
P
V
 
E
Q
 
E
V
 
I
A
 
Q
L
 
W
A
 
F
A
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
F
-
 
H
-
 
L
-
 
K
-
 
G
-
 
R
S
 
K
C
 
L
G
 
E
K
 
Q
P
 
P
V
 
M
-
 
N
-
 
L
W
 
I
P
 
P
I
 
F
V
 
V
E
|
E
S
 
T
A
 
A
R
 
M
G
 
G
L
 
L
A
 
L
N
 
N
L
 
F
A
 
K
E
 
A
I
 
V
A
 
C
H
 
E
A
 
-
Q
 
-
G
 
-
V
 
-
E
 
E
R
 
T
L
 
L
S
 
K
F
 
V
G
 
G
A
 
P
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
F
L
 
L
D
 
D
L
 
A
-
 
V
-
 
V
-
 
F
-
 
G
G
 
G
L
 
E
D
|
D
L
 
F
G
 
R
L
 
A
A
 
S
N
 
I
G
 
G
T
 
A
A
 
T
G
 
S
A
 
S
E
 
K
R
 
E
M
 
T
L
 
L
D
 
D
-
 
I
-
 
L
Q
 
Y
A
 
A
R
 
R
Y
 
Q
A
 
K
L
 
I
L
 
V
L
 
V
Q
 
I
S
 
A
R
 
K
L
 
A
A
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
P
 
-
L
x
I
D
 
D
S
 
L
V
 
V
F
 
Y
P
 
I
D
 
D
I
 
F
K
 
R
N
 
D
L
 
G
D
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
L
R
 
R
A
 
Q
A
 
S
A
x
R
D
x
E
A
x
G
R
x
A
D
x
A
M
|
M
G
|
G
F
|
F
G
x
T
G
|
G
L
x
K
L
x
Q
C
x
V
I
|
I
H
|
H
P
|
P
S
x
N
Q
|
Q
V
x
I
A
|
A
V
|
V
V
|
V
H
x
Q
E
|
E
T
x
Q
L
x
F
M
x
S
P
|
P
S
|
S
A
x
P
A
x
E
E
x
K
L
x
I
D
x
K
W
|
W
A
|
A
Q
x
E
R
x
E
I
x
L
L
x
I
A
|
A
A
|
A
G
x
F
A
x
K
S
x
E
-
x
H
-
x
Q
-
x
Q
-
x
L
G
|
G
D
x
K
G
|
G
V
x
A
F
|
F
V
x
T
V
x
F
D
x
Q
G
|
G
Q
x
S
M
|
M
V
x
I
D
|
D
A
x
M
P
|
P
V
x
L
I
x
L
G
x
K
R
x
Q
A
|
A
R
x
Q

Sites not aligning to the query:

5ugrA Malyl-coa lyase from methylobacterium extorquens (see paper)
31% identity, 96% coverage: 7:270/275 of query aligns to 14:317/323 of 5ugrA

query
sites
5ugrA
R
 
R
S
 
S
A
 
E
L
 
L
F
 
A
V
 
V
P
 
P
A
 
G
T
 
S
R
 
N
P
 
P
E
 
T
R
 
F
I
 
M
P
 
E
K
 
K
A
 
S
L
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
K
A
 
A
D
 
D
A
 
V
V
 
I
I
 
F
V
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
|
D
A
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
P
N
 
D
L
 
D
K
 
K
A
 
E
E
 
Q
A
 
A
R
 
R
G
 
K
N
 
N
L
 
I
D
 
-
A
 
-
F
 
I
L
 
Q
A
 
A
A
 
L
N
 
N
P
 
D
-
 
L
-
 
D
-
 
W
-
 
G
D
 
N
A
 
K
R
 
T
L
 
M
L
 
M
V
 
I
R
 
R
I
 
I
N
 
N
A
 
G
-
 
L
P
 
D
T
 
T
H
 
H
A
 
Y
E
 
M
Q
 
Y
A
 
R
A
 
D
D
 
V
L
 
V
A
 
D
L
 
I
C
 
V
A
 
E
R
 
A
H
 
C
A
 
P
G
 
R
V
 
L
V
 
D
G
 
M
V
 
I
L
 
L
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
G
S
 
V
-
 
P
-
 
A
-
 
D
-
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
I
-
 
D
-
 
V
-
 
L
A
 
T
V
 
T
Q
 
Q
V
 
I
A
 
E
L
 
Q
A
 
A
A
 
K
S
 
K
C
 
R
G
 
E
K
 
K
P
 
K
V
 
I
-
 
G
-
 
F
W
 
E
P
 
V
I
 
L
V
 
I
E
|
E
S
 
T
A
 
A
R
 
L
G
 
G
L
 
M
A
 
A
N
 
N
L
 
V
A
 
E
E
 
A
I
 
I
A
 
A
-
 
T
H
 
S
A
 
S
Q
 
K
G
 
R
V
 
L
E
 
E
R
 
A
L
 
M
S
 
S
F
 
F
G
 
G
A
 
V
L
 
A
D
|
D
L
 
Y
G
 
A
L
 
A
D
 
S
-
 
T
-
 
R
-
 
A
-
 
R
-
 
S
-
 
T
-
 
V
L
 
I
G
 
G
L
 
G
A
 
V
N
 
N
G
 
A
-
 
D
-
 
Y
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
D
-
 
K
-
 
D
T
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
N
E
 
R
R
 
Q
M
 
T
L
 
H
D
 
W
Q
 
Q
-
 
D
-
 
P
-
 
W
-
 
L
-
 
F
A
 
A
R
 
Q
Y
 
N
A
 
R
L
 
M
L
 
L
L
 
V
Q
 
A
S
 
C
R
 
R
L
 
A
A
 
Y
G
 
G
L
 
L
A
 
-
A
 
R
P
 
P
L
 
I
D
 
D
S
 
G
V
 
P
F
 
F
P
 
G
D
 
D
I
 
F
K
 
S
N
 
D
L
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
T
 
T
R
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
R
D
 
R
A
 
C
R
 
A
D
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
F
G
 
E
G
 
G
L
 
K
L
 
W
C
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
V
 
I
A
 
D
V
 
L
V
 
A
H
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
F
M
 
T
P
 
P
S
 
S
A
 
E
A
 
A
E
 
E
L
 
V
D
 
T
W
 
K
A
 
A
Q
 
R
R
 
R
I
 
I
L
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
M
-
 
E
A
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
K
S
 
A
G
 
G
D
 
R
G
 
G
V
 
A
F
 
V
V
 
S
V
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
R
M
 
L
V
 
I
D
 
D
A
 
I
P
 
A
V
 
S
I
 
I
G
 
R
R
 
M
A
 
A
R
 
E
R
 
A
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
R
 
K
A
 
A

1sgjB Crystal structure of citrate lyase beta subunit
33% identity, 80% coverage: 4:224/275 of query aligns to 3:230/231 of 1sgjB

query
sites
1sgjB
S
 
A
I
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
S
A
 
V
L
 
L
F
 
F
V
 
A
P
 
P
A
 
G
T
 
N
R
 
R
P
 
A
E
 
D
R
 
L
I
 
I
P
 
A
K
 
K
A
 
L
L
 
P
A
 
R
S
 
S
G
 
A
A
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
V
V
 
I
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
P
E
 
G
N
 
T
L
 
A
K
 
E
A
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
A
N
 
R
L
 
P
D
 
V
A
 
A
-
 
H
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
D
F
 
L
L
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
A
P
 
P
D
 
H
A
 
L
R
 
A
L
 
V
L
 
F
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
L
T
 
H
H
 
S
A
 
P
E
 
Y
Q
 
F
A
 
E
A
 
D
D
 
D
L
 
L
A
 
S
L
 
V
C
 
L
A
 
T
R
 
P
H
 
E
A
 
-
G
 
-
V
 
L
V
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
V
L
 
V
P
 
P
K
 
K
V
 
L
E
 
E
-
 
M
-
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
R
S
 
Q
A
 
V
V
 
A
Q
 
Q
V
 
M
A
 
L
L
 
Q
A
 
E
A
 
R
S
 
S
C
 
L
G
 
P
K
 
L
P
 
P
V
 
I
W
 
L
P
 
A
I
 
G
V
 
L
E
|
E
S
 
T
A
 
G
R
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
W
N
 
N
L
 
A
A
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
M
H
 
E
A
 
V
Q
 
P
G
 
E
V
 
V
E
 
A
R
 
W
L
 
A
S
x
Y
F
 
F
G
 
G
A
 
A
L
 
E
D
 
D
L
 
Y
G
 
T
L
 
T
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
G
A
 
K
N
 
R
G
 
T
T
 
P
A
 
G
G
 
G
A
 
L
E
 
E
R
 
V
M
 
L
L
 
Y
D
 
-
Q
 
-
A
 
A
R
 
R
Y
 
S
A
 
Q
L
 
V
L
 
A
L
 
L
Q
 
A
S
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
T
G
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
A
P
 
-
L
 
L
D
 
D
S
 
I
V
|
V
F
 
V
P
 
T
D
 
A
I
 
L
K
 
N
N
 
D
L
 
P
D
 
E
G
 
T
L
 
F
T
 
R
R
 
A
A
 
D
A
 
A
A
 
E
D
 
Q
A
 
G
R
 
R
D
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
K
L
 
L
C
 
C
I
|
I
H
 
H
P
 
P
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
L
V
 
A
H
 
H
E
 
E
T
 
Y
L
 
F

1sgjA Crystal structure of citrate lyase beta subunit
33% identity, 80% coverage: 4:224/275 of query aligns to 3:230/231 of 1sgjA

query
sites
1sgjA
S
 
A
I
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
S
A
 
V
L
 
L
F
 
F
V
 
A
P
 
P
A
 
G
T
 
N
R
 
R
P
 
A
E
 
D
R
 
L
I
 
I
P
 
A
K
 
K
A
 
L
L
 
P
A
 
R
S
 
S
G
 
A
A
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
V
I
 
V
V
 
I
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
P
E
 
G
N
 
T
L
 
A
K
 
E
A
 
A
E
 
K
A
 
A
R
 
A
G
 
A
N
 
R
L
 
P
D
 
V
A
 
A
-
 
H
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
D
F
 
L
L
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
A
P
 
P
D
 
H
A
 
L
R
 
A
L
 
V
L
 
F
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
L
T
 
H
H
 
S
A
 
P
E
 
Y
Q
 
F
A
 
E
A
 
D
D
 
D
L
 
L
A
 
S
L
 
V
C
 
L
A
 
T
R
 
P
H
 
E
A
 
-
G
 
-
V
 
L
V
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
V
L
 
V
P
 
P
K
 
K
V
 
L
E
 
E
-
 
M
-
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
R
S
 
Q
A
 
V
V
 
A
Q
 
Q
V
 
M
A
 
L
L
 
Q
A
 
E
A
 
R
S
 
S
C
 
L
G
 
P
K
 
L
P
 
P
V
 
I
W
 
L
P
 
A
I
 
G
V
 
L
E
 
E
S
 
T
A
 
G
R
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
W
N
 
N
L
 
A
A
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
M
H
 
E
A
 
V
Q
 
P
G
 
E
V
 
V
E
 
A
R
 
W
L
 
A
S
 
Y
F
 
F
G
 
G
A
 
A
L
 
E
D
 
D
L
 
Y
G
 
T
L
 
T
D
 
D
L
 
L
G
 
G
L
 
G
A
 
K
N
 
R
G
 
T
T
 
P
A
 
G
G
 
G
A
 
L
E
 
E
R
 
V
M
 
L
L
 
Y
D
 
-
Q
 
-
A
 
A
R
 
R
Y
 
S
A
 
Q
L
 
V
L
 
A
L
 
L
Q
 
A
S
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
T
G
 
G
L
 
V
A
 
A
A
 
A
P
 
-
L
 
L
D
 
D
S
 
I
V
|
V
F
 
V
P
 
T
D
 
A
I
 
L
K
 
N
N
 
D
L
 
P
D
 
E
G
 
T
L
 
F
T
 
R
R
 
A
A
 
D
A
 
A
A
 
E
D
 
Q
A
 
G
R
 
R
D
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
Y
G
 
S
G
 
G
L
 
K
L
 
L
C
 
C
I
|
I
H
 
H
P
 
P
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
L
V
 
A
H
 
H
E
 
E
T
 
Y
L
 
F

4l9yC Crystal structure of rhodobacter sphaeroides malyl-coa lyase in complex with magnesium, glyoxylate, and propionyl-coa (see paper)
31% identity, 96% coverage: 7:270/275 of query aligns to 14:312/316 of 4l9yC

query
sites
4l9yC
R
 
R
S
 
C
A
 
Q
L
 
L
F
 
F
V
 
G
P
 
P
A
 
G
T
 
S
R
 
R
P
 
P
E
 
A
R
 
L
I
 
F
P
 
E
K
 
K
A
 
M
L
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
V
V
 
I
I
 
N
V
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
P
N
 
D
L
 
D
K
 
K
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
R
 
R
G
 
A
N
 
N
L
 
I
D
 
I
A
 
E
F
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
G
N
 
L
P
 
D
D
 
W
A
 
G
R
 
R
-
 
K
-
 
Y
L
 
L
L
 
S
V
 
V
R
 
R
I
 
I
N
 
N
A
 
G
P
 
L
T
 
D
H
 
T
A
 
P
E
 
F
Q
 
W
A
 
Y
A
 
R
D
 
D
L
 
V
A
 
V
L
 
D
C
 
L
A
 
L
R
 
E
H
 
Q
A
 
A
G
 
G
-
 
D
-
 
R
V
 
L
V
 
D
G
 
Q
V
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
G
S
 
C
A
 
A
V
 
A
Q
 
D
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
E
A
 
R
S
 
A
C
 
K
G
 
G
-
 
R
-
 
T
K
 
K
P
 
P
V
 
L
-
 
S
-
 
F
W
 
E
P
 
V
I
 
I
V
 
I
E
|
E
S
 
S
A
 
A
R
 
A
G
 
G
L
 
I
A
 
A
N
 
H
L
 
V
A
 
E
E
 
E
I
 
I
-
 
A
A
 
A
H
 
S
A
 
S
Q
 
P
G
 
R
V
 
L
E
 
Q
R
 
A
L
 
M
S
 
S
F
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
A
D
|
D
L
 
F
G
 
A
L
 
A
D
 
S
L
 
M
G
 
G
L
 
M
A
 
Q
N
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
G
 
E
A
 
N
E
 
Y
R
 
Y
M
 
M
L
 
L
D
 
H
Q
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
-
 
H
-
 
W
-
 
S
-
 
D
-
 
P
-
 
W
-
 
H
-
 
W
A
 
A
R
 
Q
Y
 
A
A
 
A
L
 
I
L
 
V
L
 
A
Q
 
A
S
 
C
R
 
R
L
 
T
A
 
H
G
 
G
L
 
I
A
 
-
A
 
L
P
 
P
L
 
V
D
 
D
S
 
G
V
 
P
F
 
F
P
 
G
D
 
D
I
 
F
K
 
S
N
 
D
L
 
D
D
 
E
G
 
G
L
 
F
T
 
R
R
 
A
A
 
Q
A
 
A
A
 
R
D
 
R
A
 
S
R
 
A
D
 
T
M
 
L
G
 
G
F
 
M
G
 
V
G
 
G
L
 
K
L
 
W
C
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
S
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
L
V
 
A
H
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
F
M
 
T
P
 
P
S
 
S
A
 
E
A
 
T
E
 
A
L
 
V
D
 
T
W
 
E
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
I
 
I
L
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
M
-
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
K
A
 
A
S
 
R
G
 
G
D
 
E
G
 
G
V
 
A
F
 
T
V
 
V
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
Q
 
R
M
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
I
P
 
A
V
 
S
I
 
I
G
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
V
L
 
I
L
 
V
Q
 
R
R
 
Q
A
 
A

4l9zA Crystal structure of rhodobacter sphaeroides malyl-coa lyase in complex with magnesium, oxalate, and coa (see paper)
31% identity, 96% coverage: 7:270/275 of query aligns to 13:311/313 of 4l9zA

query
sites
4l9zA
R
 
R
S
 
C
A
 
Q
L
 
L
F
|
F
V
x
G
P
|
P
A
 
G
T
 
S
R
 
R
P
 
P
E
 
A
R
x
L
I
 
F
P
 
E
K
|
K
A
x
M
L
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
V
V
 
I
I
 
N
V
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
x
S
V
 
V
A
 
A
E
 
P
N
 
D
L
 
D
K
 
K
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
R
 
R
G
 
A
N
 
N
L
 
I
D
 
I
A
 
E
F
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
G
N
 
L
P
 
D
D
 
W
A
 
G
R
 
R
-
 
K
-
 
Y
L
 
L
L
 
S
V
 
V
R
 
R
I
 
I
N
 
N
A
 
G
P
 
L
T
 
D
H
 
T
A
 
P
E
 
F
Q
 
W
A
 
Y
A
 
R
D
 
D
L
 
V
A
 
V
L
 
D
C
 
L
A
 
L
R
 
E
H
 
Q
A
 
A
G
 
G
-
 
D
-
 
R
V
 
L
V
 
D
G
 
Q
V
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
G
S
 
C
A
 
A
V
 
A
Q
 
D
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
E
A
 
R
S
 
A
C
 
K
G
 
G
-
 
R
-
 
T
K
 
K
P
 
P
V
 
L
-
 
S
-
 
F
W
 
E
P
 
V
I
 
I
V
 
I
E
|
E
S
 
S
A
 
A
R
 
A
G
 
G
L
 
I
A
 
A
N
 
H
L
 
V
A
 
E
E
 
E
I
 
I
-
 
A
A
 
A
H
 
S
A
 
S
Q
 
P
G
 
R
V
 
L
E
 
Q
R
 
A
L
 
M
S
 
S
F
 
L
G
|
G
A
 
A
L
x
A
D
|
D
L
 
F
G
 
A
L
 
A
D
 
S
L
 
M
G
 
G
L
 
M
A
 
Q
N
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
G
 
E
A
 
N
E
 
Y
R
 
Y
M
 
M
L
 
L
D
 
H
Q
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
-
 
H
-
 
W
-
 
S
-
 
D
-
 
P
-
 
W
-
 
H
-
 
W
A
 
A
R
 
Q
Y
 
A
A
 
A
L
 
I
L
 
V
L
 
A
Q
 
A
S
 
C
R
 
R
L
 
T
A
 
H
G
 
G
L
 
I
A
 
-
A
 
L
P
 
P
L
 
V
D
 
D
S
 
G
V
x
P
F
 
F
P
 
G
D
 
D
I
 
F
K
 
S
N
 
D
L
 
D
D
 
E
G
 
G
L
 
F
T
 
R
R
 
A
A
 
Q
A
 
A
A
 
R
D
 
R
A
 
S
R
 
A
D
 
T
M
 
L
G
 
G
F
 
M
G
 
V
G
 
G
L
 
K
L
 
W
C
 
A
I
|
I
H
 
H
P
|
P
S
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
L
V
 
A
H
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
F
M
 
T
P
 
P
S
 
S
A
 
E
A
 
T
E
 
A
L
 
V
D
 
T
W
 
E
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
I
 
I
L
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
M
-
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
K
A
 
A
S
 
R
G
 
G
D
 
E
G
 
G
V
 
A
F
 
T
V
 
V
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
Q
 
R
M
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
I
P
 
A
V
 
S
I
 
I
G
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
V
L
 
I
L
 
V
Q
 
R
R
 
Q
A
 
A

4l9yA Crystal structure of rhodobacter sphaeroides malyl-coa lyase in complex with magnesium, glyoxylate, and propionyl-coa (see paper)
31% identity, 96% coverage: 7:270/275 of query aligns to 14:312/314 of 4l9yA

query
sites
4l9yA
R
 
R
S
 
C
A
 
Q
L
 
L
F
 
F
V
 
G
P
 
P
A
 
G
T
 
S
R
 
R
P
 
P
E
 
A
R
 
L
I
 
F
P
 
E
K
 
K
A
 
M
L
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
V
V
 
I
I
 
N
V
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
P
N
 
D
L
 
D
K
 
K
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
R
 
R
G
 
A
N
 
N
L
 
I
D
 
I
A
 
E
F
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
G
N
 
L
P
 
D
D
 
W
A
 
G
R
 
R
-
 
K
-
 
Y
L
 
L
L
 
S
V
 
V
R
 
R
I
 
I
N
 
N
A
 
G
P
 
L
T
 
D
H
 
T
A
 
P
E
 
F
Q
 
W
A
 
Y
A
 
R
D
 
D
L
 
V
A
 
V
L
 
D
C
 
L
A
 
L
R
 
E
H
 
Q
A
 
A
G
 
G
-
 
D
-
 
R
V
 
L
V
 
D
G
 
Q
V
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
G
S
 
C
A
 
A
V
 
A
Q
 
D
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
E
A
 
R
S
 
A
C
 
K
G
 
G
-
 
R
-
 
T
K
 
K
P
 
P
V
 
L
-
 
S
-
 
F
W
 
E
P
 
V
I
 
I
V
 
I
E
|
E
S
 
S
A
 
A
R
 
A
G
 
G
L
 
I
A
 
A
N
 
H
L
 
V
A
 
E
E
 
E
I
 
I
-
 
A
A
 
A
H
 
S
A
 
S
Q
 
P
G
 
R
V
 
L
E
 
Q
R
 
A
L
 
M
S
 
S
F
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
A
D
|
D
L
 
F
G
 
A
L
 
A
D
 
S
L
 
M
G
 
G
L
 
M
A
 
Q
N
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
G
 
E
A
 
N
E
 
Y
R
 
Y
M
 
M
L
 
L
D
 
H
Q
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
-
 
H
-
 
W
-
 
S
-
 
D
-
 
P
-
 
W
-
 
H
-
 
W
A
 
A
R
 
Q
Y
 
A
A
 
A
L
 
I
L
 
V
L
 
A
Q
 
A
S
 
C
R
 
R
L
 
T
A
 
H
G
 
G
L
 
I
A
 
-
A
 
L
P
 
P
L
 
V
D
 
D
S
 
G
V
 
P
F
 
F
P
 
G
D
 
D
I
 
F
K
 
S
N
 
D
L
 
D
D
 
E
G
 
G
L
 
F
T
 
R
R
 
A
A
 
Q
A
 
A
A
 
R
D
 
R
A
 
S
R
 
A
D
 
T
M
 
L
G
 
G
F
 
M
G
 
V
G
 
G
L
 
K
L
 
W
C
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
S
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
L
V
 
A
H
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
F
M
 
T
P
 
P
S
 
S
A
 
E
A
 
T
E
 
A
L
 
V
D
 
T
W
 
E
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
I
 
I
L
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
M
-
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
K
A
 
A
S
 
R
G
 
G
D
 
E
G
 
G
V
 
A
F
 
T
V
 
V
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
Q
 
R
M
x
L
V
 
V
D
|
D
A
 
I
P
 
A
V
 
S
I
 
I
G
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
V
L
 
I
L
 
V
Q
 
R
R
 
Q
A
 
A

Q3J5L6 L-malyl-CoA/beta-methylmalyl-CoA lyase; (3S)-malyl-CoA/beta-methylmalyl-CoA lyase; (S)-citramalyl-CoA lyase; EC 4.1.3.24; EC 4.1.3.25 from Cereibacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / CCUG 31486 / LMG 2827 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (Rhodobacter sphaeroides) (see paper)
31% identity, 96% coverage: 7:270/275 of query aligns to 15:313/318 of Q3J5L6

query
sites
Q3J5L6
R
 
R
S
 
C
A
 
Q
L
 
L
F
|
F
V
 
G
P
 
P
A
 
G
T
 
S
R
|
R
P
 
P
E
 
A
R
 
L
I
 
F
P
 
E
K
|
K
A
 
M
L
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
V
V
 
I
I
 
N
V
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
S
V
 
V
A
 
A
E
 
P
N
 
D
L
 
D
K
 
K
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
R
 
R
G
 
A
N
 
N
L
 
I
D
 
I
A
 
E
F
 
A
L
 
I
A
 
N
A
 
G
N
 
L
P
 
D
D
 
W
A
 
G
R
 
R
-
 
K
-
 
Y
L
 
L
L
 
S
V
 
V
R
|
R
I
 
I
N
 
N
A
 
G
P
 
L
T
 
D
H
 
T
A
 
P
E
 
F
Q
 
W
A
 
Y
A
 
R
D
 
D
L
 
V
A
 
V
L
 
D
C
 
L
A
 
L
R
 
E
H
 
Q
A
 
A
G
 
G
-
 
D
-
 
R
V
 
L
V
 
D
G
 
Q
V
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
G
S
 
C
A
 
A
V
 
A
Q
 
D
V
 
V
-
 
Y
-
 
A
-
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
T
A
 
A
L
 
I
A
 
E
A
 
R
S
 
A
C
 
K
G
 
G
-
 
R
-
 
T
K
 
K
P
 
P
V
 
L
-
 
S
-
 
F
W
 
E
P
 
V
I
 
I
V
 
I
E
|
E
S
 
S
A
 
A
R
 
A
G
 
G
L
 
I
A
 
A
N
 
H
L
 
V
A
 
E
E
 
E
I
 
I
-
 
A
A
 
A
H
 
S
A
 
S
Q
 
P
G
 
R
V
 
L
E
 
Q
R
 
A
L
 
M
S
 
S
F
 
L
G
 
G
A
 
A
L
x
A
D
|
D
L
 
F
G
 
A
L
 
A
D
 
S
L
 
M
G
 
G
L
 
M
A
 
Q
N
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
G
 
E
A
 
N
E
 
Y
R
 
Y
M
 
M
L
 
L
D
 
H
Q
 
D
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
-
 
H
-
 
W
-
 
S
-
 
D
-
 
P
-
 
W
-
 
H
-
 
W
A
 
A
R
 
Q
Y
 
A
A
 
A
L
 
I
L
 
V
L
 
A
Q
 
A
S
 
C
R
 
R
L
 
T
A
 
H
G
 
G
L
 
I
A
 
-
A
 
L
P
 
P
L
 
V
D
 
D
S
 
G
V
 
P
F
 
F
P
 
G
D
 
D
I
 
F
K
 
S
N
 
D
L
 
D
D
 
E
G
 
G
L
 
F
T
 
R
R
 
A
A
 
Q
A
 
A
A
 
R
D
 
R
A
 
S
R
 
A
D
 
T
M
 
L
G
 
G
F
 
M
G
 
V
G
 
G
L
 
K
L
 
W
C
 
A
I
|
I
H
|
H
P
 
P
S
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
V
 
L
V
 
A
H
 
N
E
 
E
T
 
V
L
 
F
M
 
T
P
 
P
S
 
S
A
 
E
A
 
T
E
 
A
L
 
V
D
 
T
W
 
E
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
I
 
I
L
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
M
-
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
K
A
 
A
S
 
R
G
 
G
D
 
E
G
 
G
V
 
A
F
 
T
V
 
V
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
Q
 
R
M
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
I
P
 
A
V
 
S
I
 
I
G
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
E
R
 
V
L
 
I
L
 
V
Q
 
R
R
 
Q
A
 
A

1u5vA Structure of cite complexed with triphosphate group of atp form mycobacterium tuberculosis
42% identity, 70% coverage: 31:222/275 of query aligns to 31:219/223 of 1u5vA

query
sites
1u5vA
V
 
V
I
 
I
V
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
A
E
 
A
N
 
A
L
 
Q
K
 
K
A
 
P
E
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
N
N
 
A
L
 
L
-
 
R
D
 
D
A
 
T
F
 
P
L
 
L
A
 
-
A
 
-
N
 
D
P
 
P
D
 
E
A
 
-
R
 
R
L
 
T
L
 
V
V
 
V
R
 
R
I
 
I
N
 
N
A
 
A
P
 
G
T
 
G
H
 
T
A
 
A
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
A
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
E
L
 
A
C
 
L
A
 
A
R
 
G
H
 
T
A
 
A
G
 
-
V
 
Y
V
 
T
G
 
T
V
 
V
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
A
E
 
E
S
 
S
A
 
A
V
 
A
Q
 
Q
V
 
V
A
 
I
L
 
E
A
 
L
A
 
A
S
 
P
C
 
-
G
 
-
K
 
R
P
 
D
V
 
V
W
 
I
P
 
A
I
 
L
V
 
V
E
 
E
S
 
T
A
 
A
R
 
R
G
 
G
L
 
A
A
 
V
N
 
C
L
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
A
H
 
A
A
 
A
Q
 
D
G
 
P
V
 
T
E
 
V
R
 
G
L
 
M
S
 
M
F
 
W
G
 
G
A
 
A
L
 
E
D
 
D
L
 
L
G
 
I
L
 
A
D
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
G
A
 
S
N
 
S
G
 
S
T
 
R
A
x
R
G
 
A
A
 
D
E
 
G
R
 
A
M
 
Y
L
 
R
D
 
D
Q
 
V
A
 
A
R
|
R
Y
 
H
A
 
V
-
 
R
-
 
S
-
 
T
-
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
A
Q
 
A
S
 
S
R
 
A
L
 
F
A
 
G
G
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
-
P
 
-
L
 
L
D
 
D
S
 
A
V
 
V
F
 
H
P
 
L
D
 
D
I
 
I
K
 
L
N
 
D
L
 
V
D
 
E
G
 
G
L
 
L
T
 
Q
R
 
E
A
 
E
A
 
A
A
 
R
D
 
D
A
 
A
R
 
A
D
 
A
M
 
V
G
 
G
F
 
F
G
 
D
G
 
V
L
 
T
L
 
V
C
 
C
I
 
I
H
 
H
P
 
P
S
 
S
Q
 
Q
V
 
I
A
 
P
V
 
V
V
 
V
H
 
R
E
 
K

4l80C Crystal structure of chloroflexus aurantiacus malyl-coa lyase in complex with magnesium, oxalate, and propionyl-coa (see paper)
26% identity, 92% coverage: 19:270/275 of query aligns to 43:331/347 of 4l80C

query
sites
4l80C
R
 
R
I
 
I
P
 
P
K
 
E
A
 
-
L
 
V
A
 
A
S
 
K
G
 
Q
A
 
V
D
 
D
A
 
V
V
 
L
I
 
C
V
 
G
D
 
N
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
|
A
V
 
I
A
 
P
E
 
M
N
 
D
L
 
A
K
 
K
A
 
E
E
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
N
N
 
G
L
 
F
D
 
I
A
 
E
F
 
V
L
 
V
A
 
K
A
 
A
N
 
T
P
 
D
-
 
F
-
 
G
D
 
D
A
 
T
R
 
A
L
 
L
L
 
W
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
L
T
 
N
H
 
S
A
 
P
E
 
W
Q
 
V
A
 
L
A
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
E
C
 
I
A
 
V
R
 
A
H
 
A
A
 
V
G
 
G
-
 
N
-
 
K
V
 
L
V
 
D
G
 
V
V
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
E
S
 
G
A
 
P
V
 
W
Q
 
D
V
 
I
A
 
H
L
 
F
A
 
V
-
 
D
-
 
Q
-
 
Y
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
R
A
 
H
S
 
Q
C
 
I
G
 
K
K
 
K
P
 
P
V
 
I
-
 
L
-
 
I
W
 
H
P
 
A
I
 
L
V
 
L
E
|
E
S
 
T
A
 
A
R
 
Q
G
 
G
L
 
M
A
 
V
N
 
N
L
 
L
A
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
H
 
G
A
 
A
Q
 
S
G
 
P
-
 
R
V
 
M
E
 
H
R
 
G
L
 
F
S
 
S
F
 
L
G
|
G
A
x
P
L
x
A
D
|
D
L
 
L
G
 
A
L
 
A
D
 
S
L
 
R
G
 
G
L
 
M
A
 
K
N
 
T
G
 
T
T
 
R
A
 
V
G
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
H
-
 
P
-
 
F
-
 
Y
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
G
-
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
R
M
 
P
L
 
F
D
 
Y
Q
 
Q
A
 
Q
R
 
D
Y
 
L
A
 
W
L
 
H
L
 
Y
L
 
T
Q
 
I
S
 
A
R
 
R
L
 
M
A
 
V
G
 
D
L
 
V
A
 
A
A
 
V
P
 
A
-
 
H
-
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
A
L
 
F
D
 
Y
S
 
G
V
x
P
F
 
F
P
 
G
D
 
D
I
 
I
K
 
K
N
 
D
L
 
E
D
 
A
G
 
A
L
 
C
T
 
E
R
 
A
A
 
Q
A
 
F
A
 
R
D
 
N
A
 
A
R
 
F
D
 
L
M
 
L
G
 
G
F
 
C
G
 
T
G
 
G
L
 
A
L
x
W
C
 
S
I
x
L
H
 
A
P
|
P
S
 
N
Q
 
Q
V
 
I
A
 
P
V
 
I
V
 
A
H
 
K
E
 
R
T
 
V
L
 
F
M
 
S
P
 
P
S
 
D
A
 
V
A
 
N
E
 
E
L
 
V
D
 
L
W
 
F
A
 
A
Q
 
K
R
 
R
I
 
I
L
 
L
A
 
E
A
 
A
G
 
M
A
 
P
S
 
D
G
 
G
D
 
S
G
 
G
V
 
V
F
 
A
V
 
M
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
K
M
|
M
V
 
Q
D
|
D
A
 
D
P
 
A
V
 
T
I
 
W
G
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
R
 
V
L
 
I
L
 
V
Q
 
D
R
 
L
A
 
A

Sites not aligning to the query:

S5N020 Malyl-CoA/beta-methylmalyl-CoA/citramalyl-CoA lyase; (3S)-3-carboxy-3-hydroxypropanoyl-CoA glyoxylate-lyase; (3S)-citramalyl-CoA pyruvate-lyase; (S)-citramalyl-CoA lyase; Erythro-beta-methylmalyl-CoA; L-malyl-CoA lyase; EC 4.1.3.24; EC 4.1.3.25 from Chloroflexus aurantiacus (see paper)
26% identity, 92% coverage: 19:270/275 of query aligns to 44:332/348 of S5N020

query
sites
S5N020
R
 
R
I
 
I
P
 
P
K
 
E
A
 
-
L
 
V
A
 
A
S
 
K
G
 
Q
A
 
V
D
 
D
A
 
V
V
 
L
I
 
C
V
 
G
D
 
N
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
I
A
 
P
E
 
M
N
 
D
L
 
A
K
 
K
A
 
E
E
 
A
A
 
A
R
 
R
G
 
N
N
 
G
L
 
F
D
 
I
A
 
E
F
 
V
L
 
V
A
 
K
A
 
A
N
 
T
P
 
D
-
 
F
-
 
G
D
 
D
A
 
T
R
 
A
L
 
L
L
 
W
V
 
V
R
 
R
I
 
V
N
 
N
A
 
A
P
 
L
T
 
N
H
 
S
A
 
P
E
 
W
Q
 
V
A
 
L
A
 
D
D
 
D
L
 
I
A
 
A
L
 
E
C
 
I
A
 
V
R
 
A
H
 
A
A
 
V
G
 
G
-
 
N
-
 
K
V
 
L
V
 
D
G
 
V
V
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
E
S
 
G
A
 
P
V
 
W
Q
 
D
V
 
I
A
 
H
L
 
F
A
 
V
-
 
D
-
 
Q
-
 
Y
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
R
A
 
H
S
 
Q
C
 
I
G
 
K
K
 
K
P
 
P
V
 
I
-
 
L
-
 
I
W
 
H
P
 
A
I
 
L
V
 
L
E
|
E
S
 
T
A
 
A
R
 
Q
G
 
G
L
 
M
A
 
V
N
 
N
L
 
L
A
 
E
E
 
E
I
 
I
A
 
A
H
 
G
A
 
A
Q
 
S
G
 
P
-
 
R
V
 
M
E
 
H
R
 
G
L
 
F
S
 
S
F
 
L
G
 
G
A
 
P
L
 
A
D
|
D
L
 
L
G
 
A
L
 
A
D
 
S
L
 
R
G
 
G
L
 
M
A
 
K
N
 
T
G
 
T
T
 
R
A
 
V
G
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
H
-
 
P
-
 
F
-
 
Y
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
G
-
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
R
M
 
P
L
 
F
D
 
Y
Q
 
Q
A
 
Q
R
 
D
Y
 
L
A
 
W
L
 
H
L
 
Y
L
 
T
Q
 
I
S
 
A
R
 
R
L
 
M
A
 
V
G
 
D
L
 
V
A
 
A
A
 
V
P
 
A
-
 
H
-
 
G
-
 
L
-
 
R
-
 
A
L
 
F
D
 
Y
S
 
G
V
 
P
F
 
F
P
 
G
D
 
D
I
 
I
K
 
K
N
 
D
L
 
E
D
 
A
G
 
A
L
 
C
T
 
E
R
 
A
A
 
Q
A
 
F
A
 
R
D
 
N
A
 
A
R
 
F
D
 
L
M
 
L
G
 
G
F
 
C
G
 
T
G
 
G
L
 
A
L
 
W
C
 
S
I
 
L
H
 
A
P
 
P
S
 
N
Q
 
Q
V
 
I
A
 
P
V
 
I
V
 
A
H
 
K
E
 
R
T
 
V
L
 
F
M
 
S
P
 
P
S
 
D
A
 
V
A
 
N
E
 
E
L
 
V
D
 
L
W
 
F
A
 
A
Q
 
K
R
 
R
I
 
I
L
 
L
A
 
E
A
 
A
G
 
M
A
 
P
S
 
D
G
 
G
D
 
S
G
 
G
V
 
V
F
 
A
V
 
M
V
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
K
M
 
M
V
 
Q
D
 
D
A
 
D
P
 
A
V
 
T
I
 
W
G
 
K
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
R
 
V
L
 
I
L
 
V
Q
 
D
R
 
L
A
 
A

3r4iA Crystal structure of a citrate lyase (bxe_b2899) from burkholderia xenovorans lb400 at 2.24 a resolution
26% identity, 77% coverage: 31:243/275 of query aligns to 43:278/321 of 3r4iA

query
sites
3r4iA
V
 
I
I
 
T
V
 
L
D
 
D
L
 
C
E
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
A
A
 
Q
E
 
V
N
 
G
L
 
R
K
 
E
A
 
A
E
 
Q
A
 
H
R
 
A
G
 
E
N
 
L
L
 
V
D
 
A
A
 
S
F
 
L
L
 
L
A
 
G
A
 
S
N
 
E
P
 
H
D
 
D
-
 
R
-
 
F
A
 
G
R
 
R
L
 
V
L
 
G
V
 
V
R
 
R
I
 
I
N
 
H
A
 
D
P
 
F
T
 
D
H
 
H
A
 
A
E
 
H
Q
 
W
A
 
R
A
 
D
D
 
D
L
 
V
A
 
R
L
 
L
C
 
I
A
 
L
R
 
R
H
 
A
A
 
A
-
 
K
-
 
R
G
 
A
V
 
P
V
 
A
G
 
Y
V
 
I
L
 
T
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
I
-
 
R
-
 
H
-
 
V
-
 
H
E
 
D
S
 
A
A
 
A
V
 
E
Q
 
M
V
 
V
A
 
A
L
 
F
A
 
I
A
 
E
S
 
A
C
 
T
G
 
R
K
 
R
-
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
I
-
 
A
-
 
Q
-
 
P
-
 
V
P
 
P
V
 
V
W
 
Q
P
 
L
I
 
L
V
 
V
E
|
E
S
 
T
A
 
H
R
 
G
G
 
A
L
 
L
A
 
T
N
 
R
L
 
V
A
 
F
E
 
D
I
 
L
A
 
A
H
 
A
A
 
L
Q
 
P
G
 
G
V
 
V
E
 
E
R
 
A
L
 
L
S
 
S
F
 
F
G
 
G
A
 
L
L
 
M
D
|
D
L
 
F
G
 
-
L
 
-
D
 
-
L
 
V
G
 
S
L
 
A
A
 
H
N
 
D
G
 
G
T
 
A
A
 
I
-
 
P
-
 
D
G
 
T
A
 
A
E
 
M
R
 
R
M
 
S
L
 
P
D
 
G
Q
 
Q
A
 
F
R
 
D
Y
 
H
A
 
P
L
 
L
L
 
V
L
 
R
Q
 
R
S
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
E
G
 
I
L
 
S
A
 
A
A
 
A
-
 
C
-
 
H
-
 
A
-
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
V
P
 
P
L
 
S
D
 
H
S
 
N
V
 
V
F
 
S
P
 
T
D
 
E
I
 
V
K
 
R
N
 
D
L
 
M
D
 
S
G
 
V
L
 
V
T
 
A
R
 
N
A
 
D
A
 
A
A
 
A
D
 
R
A
 
A
R
 
R
-
 
N
D
 
E
M
 
F
G
 
G
F
 
Y
G
 
T
G
 
R
L
 
M
L
 
W
C
 
S
I
 
I
H
 
H
P
 
P
S
 
A
Q
 
Q
V
 
I
A
 
E
V
 
A
V
 
I
H
 
V
E
 
A
T
 
A
L
 
F
M
 
A
P
 
P
S
 
R
A
 
D
A
 
E
E
 
E
L
 
I
D
 
T
W
 
T
A
 
A
Q
 
T
R
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
L
A
 
A
G
 
A
A
 
Q
S
 
S

Query Sequence

>GFF2614 FitnessBrowser__psRCH2:GFF2614
MNSSIIRSALFVPATRPERIPKALASGADAVIVDLEDAVAENLKAEARGNLDAFLAANPD
ARLLVRINAPTHAEQAADLALCARHAGVVGVLLPKVESAVQVALAASCGKPVWPIVESAR
GLANLAEIAHAQGVERLSFGALDLGLDLGLANGTAGAERMLDQARYALLLQSRLAGLAAP
LDSVFPDIKNLDGLTRAAADARDMGFGGLLCIHPSQVAVVHETLMPSAAELDWAQRILAA
GASGDGVFVVDGQMVDAPVIGRARRLLQRAGQAVP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory