SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2659 FitnessBrowser__WCS417:GFF2659 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

4ymtC Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines (see paper)
34% identity, 96% coverage: 3:227/234 of query aligns to 4:215/215 of 4ymtC

query
sites
4ymtC
D
 
D
L
 
F
L
 
L
S
 
S
F
 
M
D
 
V
E
 
K
Q
 
-
G
 
-
W
 
Y
G
 
T
N
 
P
A
 
L
L
 
F
L
 
I
K
 
S
G
 
G
L
 
L
W
 
I
M
 
M
T
 
T
L
 
L
Q
 
K
I
 
L
S
 
T
A
 
F
G
 
L
S
 
A
F
 
V
A
 
T
V
 
I
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
M
G
 
G
L
 
L
V
 
F
V
 
I
A
 
A
C
 
L
L
 
M
K
 
K
L
 
M
S
 
S
A
 
S
P
 
I
R
 
K
P
 
P
I
 
I
A
 
K
L
 
L
L
 
V
M
 
A
R
 
S
G
 
S
Y
 
Y
T
 
I
T
 
E
V
 
V
F
 
I
R
 
R
A
 
G
V
 
T
P
|
P
E
x
L
L
 
L
L
 
V
L
 
Q
I
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
M
 
-
G
 
-
L
 
-
N
 
N
A
 
G
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
W
 
F
M
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
-
Q
 
G
M
 
M
N
 
N
I
 
I
S
 
P
G
 
A
P
 
F
L
 
T
V
 
A
A
 
G
I
 
V
L
 
S
V
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
I
V
x
N
Q
 
S
G
 
S
A
 
A
Y
|
Y
A
 
V
S
 
A
E
 
E
I
 
I
F
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
G
I
 
I
L
 
Q
A
 
A
I
 
V
P
 
D
H
 
P
G
 
G
Q
 
Q
I
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
S
F
 
L
G
 
G
L
 
M
S
 
T
G
 
H
F
 
A
G
 
M
L
 
A
F
 
M
R
 
R
R
 
Y
V
 
V
T
 
I
L
 
I
P
 
P
I
 
Q
M
 
A
A
 
I
P
 
K
F
 
N
A
 
I
L
 
L
A
 
P
G
 
A
M
 
L
S
 
G
N
 
N
L
x
E
W
 
F
I
 
I
N
 
V
L
x
M
I
 
L
K
|
K
D
x
E
S
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
V
S
 
S
V
 
V
V
 
I
G
 
G
T
 
F
N
 
A
E
 
D
L
 
L
L
 
T
Y
 
R
T
 
Q
A
 
A
K
 
D
Q
 
I
A
 
I
A
 
Q
G
 
S
S
 
V
T
 
T
R
 
Y
Q
 
R
Y
 
Y
L
 
F
L
 
E
F
 
P
Y
 
Y
L
 
I
T
 
I
A
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
F
L
 
V
V
 
M
T
 
T
L
 
L
A
 
T
S
 
F
N
 
S
Y
 
K
L
 
L
S
 
L
G
 
S
R
 
L
L
 
F
E
 
E
R
 
R
R
 
R
I
 
L
R
 
R

4ymwC Crystal structure of an amino acid abc transporter with histidines (see paper)
33% identity, 96% coverage: 3:226/234 of query aligns to 4:214/214 of 4ymwC

query
sites
4ymwC
D
 
D
L
 
F
L
 
L
S
 
S
F
 
M
D
 
V
E
 
K
Q
 
-
G
 
-
W
 
Y
G
 
T
N
 
P
A
 
L
L
 
F
L
 
I
K
 
S
G
 
G
L
 
L
W
 
I
M
 
M
T
 
T
L
 
L
Q
 
K
I
 
L
S
 
T
A
 
F
G
 
L
S
 
A
F
 
V
A
 
T
V
 
I
G
 
G
V
 
V
L
 
L
I
 
M
G
 
G
L
 
L
V
 
F
V
 
I
A
 
A
C
 
L
L
 
M
K
 
K
L
 
M
S
 
S
A
 
S
P
 
I
R
 
K
P
 
P
I
 
I
A
 
K
L
 
L
L
 
V
M
 
A
R
 
S
G
 
S
Y
 
Y
T
 
I
T
 
E
V
 
V
F
 
I
R
 
R
A
 
G
V
 
T
P
 
P
E
 
L
L
 
L
L
 
V
L
 
Q
I
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
M
 
-
G
 
-
L
 
-
N
 
N
A
 
G
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
W
 
F
M
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
-
Q
 
G
M
 
M
N
 
N
I
 
I
S
 
P
G
 
A
P
 
F
L
 
T
V
 
A
A
 
G
I
 
V
L
 
S
V
 
A
L
 
L
G
 
A
L
 
I
V
x
N
Q
 
S
G
 
S
A
 
A
Y
|
Y
A
 
V
S
 
A
E
 
E
I
 
I
F
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
G
I
 
I
L
 
Q
A
 
A
I
 
V
P
 
D
H
 
P
G
 
G
Q
 
Q
I
 
N
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
S
F
 
L
G
 
G
L
 
M
S
 
T
G
 
H
F
 
A
G
 
M
L
 
A
F
 
M
R
 
R
R
 
Y
V
 
V
T
 
I
L
 
I
P
 
P
I
 
Q
M
 
A
A
 
I
P
 
K
F
 
N
A
 
I
L
 
L
A
 
P
G
 
A
M
 
L
S
 
G
N
 
N
L
x
E
W
 
F
I
 
I
N
 
V
L
 
M
I
 
L
K
 
K
D
x
E
S
 
S
A
 
A
L
 
I
I
 
V
S
 
S
V
 
V
V
 
I
G
 
G
T
 
F
N
 
A
E
 
D
L
 
L
L
 
T
Y
 
R
T
 
Q
A
 
A
K
 
D
Q
 
I
A
 
I
A
 
Q
G
 
S
S
 
V
T
 
T
R
 
Y
Q
 
R
Y
 
Y
L
 
F
L
 
E
F
 
P
Y
 
Y
L
 
I
T
 
I
A
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
I
Y
 
Y
Y
 
F
L
 
V
V
 
M
T
 
T
L
 
L
A
 
T
S
 
F
N
 
S
Y
 
K
L
 
L
S
 
L
G
 
S
R
 
L
L
 
F
E
 
E
R
 
R
R
 
R
I
 
L

Query Sequence

>GFF2659 FitnessBrowser__WCS417:GFF2659
MFDLLSFDEQGWGNALLKGLWMTLQISAGSFAVGVLIGLVVACLKLSAPRPIALLMRGYT
TVFRAVPELLLILLLYYAGSMGLNALMLWMGFAQMNISGPLVAILVLGLVQGAYASEIFR
AAILAIPHGQIEAARAFGLSGFGLFRRVTLPIMAPFALAGMSNLWINLIKDSALISVVGT
NELLYTAKQAAGSTRQYLLFYLTAAALYYLVTLASNYLSGRLERRIRRWMPVVE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory