SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2744 FitnessBrowser__Phaeo:GFF2744 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5yx6A Crystal structure of rv3272 from m. Tuberculosis orthorhombic form (see paper)
31% identity, 92% coverage: 3:348/375 of query aligns to 5:335/360 of 5yx6A

query
sites
5yx6A
P
 
P
L
 
L
A
 
D
G
 
G
L
 
F
K
 
R
V
 
V
V
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
T
R
 
Q
I
 
N
L
x
V
A
 
A
G
 
G
P
 
P
W
 
L
I
 
A
G
 
G
Q
 
Q
S
 
V
L
 
L
A
 
V
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
V
E
 
E
S
 
A
P
 
P
E
 
G
G
 
G
D
 
E
D
 
A
T
 
A
R
 
R
R
 
Q
W
 
I
G
 
T
P
 
S
P
 
V
F
 
L
I
 
P
E
 
G
R
 
R
D
 
P
G
 
-
D
 
-
K
 
P
T
 
L
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
L
A
 
P
A
 
N
N
 
N
R
 
R
G
 
G
K
 
K
S
 
K
C
 
S
V
 
V
T
 
T
A
 
V
D
 
D
F
 
L
R
 
T
T
 
T
K
 
E
D
 
Q
G
 
A
K
 
K
Q
 
Q
T
 
Q
V
 
M
L
 
L
E
 
R
L
 
L
I
 
A
R
 
D
D
 
T
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
V
I
 
L
E
 
E
N
x
A
F
|
F
K
x
R
V
 
P
G
 
G
G
 
T
L
 
M
A
 
E
K
 
K
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
D
 
D
S
 
D
L
 
L
K
 
R
A
 
S
V
 
R
N
 
N
P
 
P
R
 
N
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
C
 
A
S
 
R
V
 
L
T
 
T
G
 
A
F
 
Y
G
 
G
Q
 
G
D
 
N
G
 
G
P
 
P
Y
 
H
A
 
G
A
 
S
R
 
R
A
x
P
G
 
G
Y
 
I
D
|
D
F
 
L
L
 
V
L
 
V
Q
 
A
G
 
A
M
 
E
S
 
A
G
 
G
L
 
M
M
 
T
S
 
T
I
 
G
T
 
M
G
 
P
A
 
T
P
 
P
E
 
E
G
 
G
E
 
K
P
 
P
Q
 
Q
K
 
I
V
 
I
G
 
P
V
 
F
A
 
Q
I
 
L
T
 
V
D
|
D
I
 
N
V
 
A
T
 
S
G
 
G
L
 
H
Y
 
V
G
 
L
T
 
A
I
 
Q
G
 
A
I
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
L
Q
 
H
R
 
R
H
 
E
S
 
R
T
 
N
G
 
G
R
 
V
G
 
A
Q
 
D
H
 
V
I
 
V
D
 
Q
M
 
V
S
 
A
L
 
M
L
 
Y
D
 
D
C
 
V
A
 
A
T
 
V
A
 
G
V
 
L
L
 
Q
A
 
A
N
 
N
Q
 
Q
N
 
L
M
 
M
N
 
M
Y
 
H
L
 
L
A
 
N
T
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
-
P
 
-
T
 
-
R
 
-
M
 
-
G
 
-
N
 
-
E
 
-
H
 
-
P
 
-
N
 
R
I
x
T
A
 
Q
P
 
P
Y
 
S
Q
 
D
V
 
A
M
 
F
A
 
R
V
 
T
R
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
Y
V
 
I
I
 
V
L
 
I
A
 
S
V
 
A
G
 
Y
N
 
V
D
 
P
G
 
K
Q
x
H
F
 
W
A
 
Q
R
x
K
L
 
L
C
 
C
A
 
Y
V
 
L
L
 
I
N
 
G
M
 
R
A
 
P
G
 
D
L
 
L
A
 
V
D
 
E
D
 
D
P
 
Q
R
 
R
F
 
F
A
 
A
S
 
E
N
 
Q
Q
 
R
L
 
S
R
 
R
V
 
S
A
 
I
N
 
N
R
 
Y
V
 
A
E
 
E
L
 
L
T
 
T
P
 
A
M
 
E
L
 
L
A
 
E
A
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
S
W
 
K
G
 
T
Q
 
A
A
 
T
D
 
E
L
 
W
L
 
V
A
 
Q
A
 
L
L
 
L
E
 
Q
A
 
A
A
 
N
T
 
G
V
 
L
P
 
M
A
 
A
G
 
C
P
 
L
I
 
A
N
 
H
T
 
T
I
 
W
G
 
K
Q
 
Q
A
 
V
F
 
V
D
 
D
D
 
T
P
 
P
Q
 
L
I
 
F
K
 
A
H
 
E
R
 
N
Q
 
D
M
 
L
Q
 
T
I
 
L
A
 
E
P
 
V
E
 
G
D
 
T
V
 
I
P
 
T
G
 
V
V
 
I
R
 
R
G
 
T
P
 
P

1q6yA Hypothetical protein yfdw from e. Coli bound to coenzyme a (see paper)
36% identity, 58% coverage: 2:218/375 of query aligns to 3:221/417 of 1q6yA

query
sites
1q6yA
T
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
L
E
 
D
L
x
F
A
 
T
R
 
G
I
x
V
L
x
Q
A
x
S
G
 
G
P
 
P
W
 
S
I
 
C
G
 
T
Q
 
Q
S
 
M
L
 
L
A
 
A
D
 
W
L
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
I
E
|
E
S
x
R
P
 
P
-
 
G
E
 
V
G
 
G
D
 
D
D
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
H
W
 
Q
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
L
E
 
R
R
 
D
D
 
I
G
 
P
D
 
D
K
 
I
T
 
D
A
 
A
A
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
T
A
 
M
A
 
L
N
 
N
R
 
S
G
 
N
K
 
K
S
 
R
C
 
S
V
 
I
T
 
E
A
x
L
D
x
N
F
x
T
R
x
K
T
 
T
K
 
A
D
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
V
V
 
M
L
 
E
E
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
E
A
 
A
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
V
E
 
E
N
|
N
F
|
F
K
x
H
V
 
P
G
 
G
G
x
A
L
 
I
A
 
D
K
 
H
Y
x
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
D
 
E
S
 
H
L
 
I
K
 
Q
A
 
E
V
 
I
N
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Y
 
F
C
 
G
S
 
S
V
x
I
T
x
K
G
|
G
F
 
F
G
 
D
Q
 
E
D
 
C
G
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
V
A
 
N
R
 
V
A
x
K
G
x
A
Y
|
Y
D
x
E
F
 
N
L
 
V
L
 
A
Q
 
Q
G
 
A
M
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
A
M
 
A
S
 
S
I
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
F
P
 
W
E
 
D
G
 
G
E
 
P
P
 
P
Q
 
L
K
 
V
V
 
S
G
 
A
V
 
A
A
 
A
I
 
L
T
 
G
D
|
D
I
 
S
V
 
N
T
 
T
G
 
G
L
 
M
Y
 
H
G
 
L
T
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
L
Q
 
H
R
 
R
H
 
E
S
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
H
 
R
I
 
V
D
 
T
M
 
M
S
 
S
L
x
M
L
 
Q
D
 
D
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
N
-
 
L
C
 
C
A
 
R
T
 
V
A
 
K
V
 
L
L
 
R
A
 
D
N
 
Q
Q
 
Q
N
 
R
M
 
L
N
 
D
Y
 
K
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1pt8A Crystal structure of the yfdw gene product of e. Coli, in complex with oxalate and acetyl-coa (see paper)
36% identity, 58% coverage: 2:218/375 of query aligns to 3:221/416 of 1pt8A

query
sites
1pt8A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
T
R
 
G
I
x
V
L
x
Q
A
x
S
G
 
G
P
 
P
W
 
S
I
 
C
G
 
T
Q
 
Q
S
 
M
L
 
L
A
 
A
D
 
W
L
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
I
E
|
E
S
x
R
P
 
P
-
 
G
E
 
V
G
 
G
D
 
D
D
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
H
W
x
Q
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
x
L
E
 
R
R
 
D
D
 
I
G
 
P
D
 
D
K
 
I
T
 
D
A
 
A
A
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
T
A
 
M
A
 
L
N
 
N
R
 
S
G
 
N
K
 
K
S
 
R
C
 
S
V
 
I
T
 
E
A
x
L
D
x
N
F
x
T
R
x
K
T
 
T
K
 
A
D
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
V
V
 
M
L
 
E
E
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
E
A
 
A
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
V
E
 
E
N
|
N
F
|
F
K
x
H
V
 
P
G
 
G
G
x
A
L
 
I
A
 
D
K
 
H
Y
 
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
D
 
E
S
 
H
L
 
I
K
 
Q
A
 
E
V
 
I
N
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Y
 
F
C
 
G
S
 
S
V
x
I
T
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
D
Q
 
E
D
 
C
G
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
V
A
 
N
R
 
V
A
x
K
G
x
A
Y
|
Y
D
x
E
F
 
N
L
 
V
L
 
A
Q
 
Q
G
 
A
M
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
A
M
 
A
S
 
S
I
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
F
P
 
W
E
 
D
G
 
G
E
 
P
P
 
P
Q
 
L
K
 
V
V
 
S
G
 
A
V
 
A
A
 
A
I
 
L
T
 
G
D
|
D
I
 
S
V
 
N
T
 
T
G
 
G
L
 
M
Y
 
H
G
 
L
T
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
L
Q
 
H
R
 
R
H
 
E
S
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
H
 
R
I
 
V
D
 
T
M
 
M
S
 
S
L
x
M
L
 
Q
D
 
D
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
N
-
 
L
C
 
C
A
 
R
T
 
V
A
 
K
V
 
L
L
 
R
A
 
D
N
 
Q
Q
 
Q
N
 
R
M
 
L
N
 
D
Y
 
K
L
 
L

Sites not aligning to the query:

P69902 Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase; FCOCT; Formyl-coenzyme A transferase; Formyl-CoA transferase; EC 2.8.3.16 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
36% identity, 58% coverage: 2:218/375 of query aligns to 3:221/416 of P69902

query
sites
P69902
T
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
T
R
 
G
I
 
V
L
 
Q
A
 
S
G
 
G
P
 
P
W
 
S
I
 
C
G
 
T
Q
 
Q
S
 
M
L
 
L
A
 
A
D
 
W
L
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
I
E
 
E
S
x
R
P
 
P
-
 
G
E
 
V
G
 
G
D
 
D
D
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
H
W
 
Q
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
L
E
 
R
R
 
D
D
 
I
G
 
P
D
 
D
K
 
I
T
 
D
A
 
A
A
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
T
A
 
M
A
 
L
N
 
N
R
 
S
G
 
N
K
 
K
S
 
R
C
 
S
V
 
I
T
 
E
A
 
L
D
 
N
F
 
T
R
 
K
T
 
T
K
 
A
D
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
V
V
 
M
L
 
E
E
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
E
A
 
A
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
V
E
 
E
N
 
N
F
 
F
K
 
H
V
 
P
G
 
G
G
 
A
L
 
I
A
 
D
K
 
H
Y
 
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
D
 
E
S
 
H
L
 
I
K
 
Q
A
 
E
V
 
I
N
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Y
 
F
C
 
G
S
 
S
V
 
I
T
 
K
G
 
G
F
 
F
G
 
D
Q
 
E
D
 
C
G
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
V
A
 
N
R
 
V
A
 
K
G
 
A
Y
 
Y
D
 
E
F
 
N
L
 
V
L
 
A
Q
 
Q
G
 
A
M
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
A
M
 
A
S
 
S
I
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
F
P
 
W
E
 
D
G
 
G
E
 
P
P
 
P
Q
 
L
K
 
V
V
 
S
G
 
A
V
 
A
A
 
A
I
 
L
T
 
G
D
 
D
I
 
S
V
 
N
T
 
T
G
 
G
L
 
M
Y
 
H
G
 
L
T
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
L
Q
 
H
R
 
R
H
 
E
S
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
H
 
R
I
 
V
D
 
T
M
 
M
S
 
S
L
 
M
L
 
Q
D
 
D
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
N
-
 
L
C
 
C
A
 
R
T
 
V
A
 
K
V
 
L
L
 
R
A
 
D
N
 
Q
Q
 
Q
N
 
R
M
 
L
N
 
D
Y
 
K
L
 
L

1pt5A Crystal structure of gene yfdw of e. Coli (see paper)
36% identity, 58% coverage: 2:218/375 of query aligns to 2:220/415 of 1pt5A

query
sites
1pt5A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
L
E
 
D
L
x
F
A
 
T
R
 
G
I
x
V
L
x
Q
A
x
S
G
 
G
P
 
P
W
 
S
I
 
C
G
 
T
Q
 
Q
S
 
M
L
 
L
A
 
A
D
 
W
L
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
I
E
|
E
S
x
R
P
 
P
-
 
G
E
 
V
G
 
G
D
 
D
D
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
H
W
 
Q
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
L
E
 
R
R
 
D
D
 
I
G
 
P
D
 
D
K
 
I
T
 
D
A
 
A
A
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
T
A
 
M
A
 
L
N
 
N
R
 
S
G
 
N
K
 
K
S
 
R
C
 
S
V
 
I
T
 
E
A
x
L
D
x
N
F
x
T
R
x
K
T
 
T
K
 
A
D
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
V
V
 
M
L
 
E
E
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
E
A
 
A
D
 
D
I
 
I
L
 
L
I
 
V
E
 
E
N
|
N
F
|
F
K
x
H
V
 
P
G
 
G
G
x
A
L
 
I
A
 
D
K
 
H
Y
 
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
D
 
E
S
 
H
L
 
I
K
 
Q
A
 
E
V
 
I
N
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Y
 
F
C
 
G
S
 
S
V
x
I
T
x
K
G
 
G
F
 
F
G
 
D
Q
 
E
D
 
C
G
 
S
P
 
P
Y
 
Y
A
 
V
A
 
N
R
 
V
A
x
K
G
x
A
Y
|
Y
D
x
E
F
 
N
L
 
V
L
 
A
Q
 
Q
G
 
A
M
 
A
S
 
G
G
 
G
L
 
A
M
 
A
S
 
S
I
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
F
P
 
W
E
 
D
G
 
G
E
 
P
P
 
P
Q
 
L
K
 
V
V
 
S
G
 
A
V
 
A
A
 
A
I
 
L
T
 
G
D
|
D
I
 
S
V
 
N
T
 
T
G
 
G
L
 
M
Y
 
H
G
 
L
T
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
L
Q
 
H
R
 
R
H
 
E
S
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
H
 
R
I
 
V
D
 
T
M
 
M
S
 
S
L
x
M
L
 
Q
D
 
D
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
N
-
 
L
C
 
C
A
 
R
T
 
V
A
 
K
V
 
L
L
 
R
A
 
D
N
 
Q
Q
 
Q
N
 
R
M
 
L
N
 
D
Y
 
K
L
 
L

Sites not aligning to the query:

O06543 Alpha-methylacyl-CoA racemase; AMACR; MtMCR; EC 5.1.99.4 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 3 papers)
32% identity, 89% coverage: 3:334/375 of query aligns to 4:317/360 of O06543

query
sites
O06543
P
 
P
L
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
L
K
 
R
V
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
G
I
 
I
L
 
G
A
 
P
G
 
G
P
 
P
W
 
H
I
 
A
G
 
A
Q
 
M
S
 
I
L
 
L
A
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
I
 
V
K
 
R
V
 
I
E
 
D
S
x
R
P
 
P
E
 
S
G
 
S
D
 
V
D
 
D
T
 
G
R
 
-
R
 
-
W
 
-
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
I
E
 
S
R
 
R
D
 
D
G
 
-
D
 
-
K
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
Y
 
-
Y
 
-
A
 
A
A
 
M
N
 
L
R
|
R
G
 
N
K
 
R
S
 
R
C
x
I
V
 
V
T
 
T
A
|
A
D
|
D
F
x
L
R
x
K
T
 
S
K
 
D
D
 
Q
G
 
G
K
 
L
Q
 
E
T
 
L
V
 
A
L
 
L
E
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
A
D
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
L
I
 
I
E
|
E
N
x
G
F
x
Y
K
x
R
V
 
P
G
 
G
G
 
V
L
 
T
A
 
E
K
x
R
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
D
 
E
S
 
E
L
 
C
K
 
A
A
 
K
V
 
V
N
 
N
P
 
D
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
C
 
A
S
 
R
V
x
M
T
 
T
G
 
G
F
 
W
G
 
G
Q
 
Q
D
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
R
A
 
S
A
 
Q
R
 
Q
A
 
A
G
|
G
Y
x
H
D
|
D
F
x
I
L
x
N
L
x
Y
Q
 
I
G
 
S
M
 
L
S
 
N
G
 
G
L
 
I
M
 
L
S
 
H
I
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
R
P
 
G
E
 
D
G
 
E
E
 
R
P
 
P
Q
 
V
K
 
P
V
 
P
G
 
L
V
 
N
A
 
L
I
 
V
T
 
G
D
|
D
I
 
F
V
 
G
T
 
G
G
 
G
-
 
S
L
 
M
Y
 
F
G
 
L
T
 
L
I
 
V
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
W
Q
 
E
R
 
R
H
 
Q
S
 
S
T
 
S
G
 
G
R
 
K
G
 
G
Q
 
Q
H
 
V
I
 
V
D
 
D
M
 
A
S
 
A
L
 
M
L
 
V
D
|
D
C
 
-
A
 
G
T
 
S
A
 
S
V
 
V
L
 
L
A
 
I
N
 
Q
Q
 
M
N
 
M
M
 
W
N
 
A
Y
 
M
L
 
R
A
 
A
T
 
T
G
 
G
T
 
M
-
 
W
S
 
T
P
 
D
T
 
T
R
 
R
M
 
G
G
 
A
N
 
N
E
 
M
H
 
L
P
 
D
N
 
G
I
 
G
A
 
A
P
 
P
-
 
Y
Y
 
Y
Q
 
D
V
 
T
M
 
Y
A
 
E
V
 
C
R
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
R
V
 
Y
I
 
V
L
 
A
A
 
V
V
 
G
G
 
A
N
 
I
D
x
E
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
A
 
-
R
 
-
L
 
Y
C
 
A
A
 
A
V
 
M
L
 
L
N
 
-
M
 
-
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
G
D
 
L
D
 
D
P
 
A
R
 
A
F
 
E
A
 
L
S
 
P
N
 
P
Q
 
Q
L
 
N
R
 
D
V
 
R
A
 
A
N
 
R
R
 
W
V
 
P
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
A
M
 
L
L
 
L
A
 
T
A
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
A
Q
 
S
W
 
H
G
 
D
Q
 
R
A
 
D
D
 
H
L
 
W
L
 
G
A
 
A
A
 
V
L
 
F
E
 
A
A
 
N
A
 
S
T
 
D
V
 
A
P
x
C
A
 
V
G
 
T
P
 
P
I
 
V
N
 
L
T
 
A
I
 
F
G
 
G
Q
 
E
A
 
V
F
 
H
D
 
N
D
 
E
P
 
P
Q
x
H
I
 
I
K
 
I
H
 
E
R
 
R
Q
 
N

1p5rA Formyl-coa transferase in complex with coenzyme a (see paper)
26% identity, 97% coverage: 3:365/375 of query aligns to 3:400/427 of 1p5rA

query
sites
1p5rA
P
 
P
L
 
L
A
 
D
G
 
G
L
 
I
K
 
N
V
 
V
V
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
T
R
x
H
I
x
V
L
x
Q
A
|
A
G
 
G
P
 
P
W
 
A
I
 
C
G
 
T
Q
 
Q
S
 
M
L
 
M
A
 
G
D
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
N
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
I
E
|
E
S
x
R
P
 
R
-
 
G
E
 
S
G
 
G
D
 
D
D
 
M
T
 
T
R
 
R
R
 
G
W
 
W
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
L
E
 
Q
R
 
D
D
 
K
G
 
P
D
 
N
K
 
V
T
 
D
A
 
S
A
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
T
A
 
M
A
 
F
N
 
N
R
 
C
G
 
N
K
 
K
S
 
R
C
 
S
V
 
I
T
 
E
A
x
L
D
|
D
F
x
M
R
x
K
T
 
T
K
 
P
D
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
L
V
 
L
L
 
E
E
 
Q
L
 
M
I
 
I
R
 
K
D
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
M
I
 
V
E
 
E
N
|
N
F
|
F
K
 
G
V
 
P
G
 
G
G
x
A
L
 
L
A
 
D
K
x
R
Y
x
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
D
 
E
S
 
Y
L
 
I
K
 
Q
A
 
E
V
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
V
I
 
I
Y
 
L
C
 
A
S
 
S
V
|
V
T
 
K
G
 
G
F
 
Y
G
 
A
Q
 
E
D
 
G
G
 
H
P
 
A
Y
 
N
A
 
E
A
 
H
R
 
L
A
x
K
G
x
V
Y
|
Y
D
x
E
F
 
N
L
 
V
L
 
A
Q
 
Q
G
 
C
M
 
S
S
 
G
G
 
G
L
 
A
M
 
A
S
 
A
I
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
F
P
 
W
E
 
D
G
 
G
E
 
P
P
 
P
Q
 
T
K
 
V
V
 
S
G
 
G
V
 
A
A
 
A
I
 
L
T
 
G
D
|
D
I
 
S
V
 
N
T
 
S
G
 
G
L
 
M
Y
 
H
G
 
L
T
 
M
I
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
E
Q
 
M
R
 
R
H
 
H
S
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
H
 
K
I
 
V
D
 
A
M
 
V
S
 
A
L
x
M
L
 
Q
D
 
D
C
 
A
A
 
V
-
 
L
-
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
R
-
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
Q
-
 
Q
-
 
R
-
 
L
-
 
E
-
 
R
T
 
T
A
 
G
V
 
I
L
 
L
A
 
A
N
 
E
Q
 
Y
-
 
P
-
 
Q
-
 
A
-
 
Q
-
 
P
N
 
N
M
 
F
N
 
A
Y
 
F
L
 
D
A
 
R
T
 
D
G
 
G
-
 
N
-
 
P
-
 
L
-
 
S
-
 
F
-
 
D
-
 
N
-
 
I
T
 
T
S
 
S
P
 
V
T
 
P
R
 
R
M
 
G
G
 
G
N
 
N
E
 
A
H
 
G
P
 
G
N
x
G
I
x
G
A
 
Q
P
 
P
Y
 
G
Q
 
W
V
 
M
M
 
L
A
 
K
V
 
C
R
 
K
-
 
G
-
 
W
-
 
E
-
 
T
-
 
D
-
 
A
D
 
D
G
 
S
H
 
Y
V
 
V
I
 
Y
L
 
F
A
 
T
V
 
I
G
 
A
N
 
A
D
 
N
G
 
-
Q
 
M
F
 
W
A
 
P
R
 
Q
L
 
I
C
 
C
A
 
D
V
 
M
L
 
I
N
 
D
M
 
K
A
 
P
G
 
E
L
 
W
A
 
K
D
 
D
D
 
D
P
 
P
R
 
A
F
 
Y
A
 
N
S
 
T
N
 
F
Q
 
E
L
 
G
R
 
R
V
 
V
A
 
D
N
 
K
R
 
L
V
 
M
E
 
D
L
 
I
T
 
F
P
 
S
M
 
F
L
 
I
A
 
E
A
 
T
A
 
K
L
 
F
A
 
A
Q
 
D
W
 
K
G
 
D
Q
 
K
A
 
F
D
 
E
L
 
V
L
 
T
A
 
E
A
 
W
L
 
A
E
 
A
A
 
Q
A
 
Y
T
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
C
G
 
G
P
 
P
I
 
V
N
 
M
T
 
S
I
 
M
G
 
K
Q
 
E
A
 
L
F
 
A
D
 
H
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
I
 
L
K
 
Q
H
 
-
R
 
-
Q
 
K
M
 
V
Q
 
G
I
 
T
A
 
V
P
 
V
E
 
E
D
 
V
V
 
V
P
 
D
G
 
E
V
 
I
R
 
R
G
 
G
-
 
N
-
 
H
-
 
L
-
 
T
-
 
V
-
 
G
-
 
A
P
 
P
W
 
F
V
 
K
F
 
F
S
 
S
D
 
G
A
 
F
E
 
Q
L
 
P
A
 
E
L
 
I
E
 
T
K
 
R
S
 
-
A
 
A
P
 
P
I
 
L
L
 
L

O06644 Formyl-CoA:oxalate CoA-transferase; FCOCT; Formyl-coenzyme A transferase; EC 2.8.3.16 from Oxalobacter formigenes (see 4 papers)
26% identity, 97% coverage: 3:365/375 of query aligns to 4:401/428 of O06644

query
sites
O06644
P
 
P
L
 
L
A
 
D
G
 
G
L
 
I
K
 
N
V
 
V
V
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
T
R
 
H
I
 
V
L
x
Q
A
 
A
G
 
G
P
 
P
W
 
A
I
 
C
G
 
T
Q
 
Q
S
 
M
L
 
M
A
 
G
D
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
N
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
I
E
 
E
S
x
R
P
 
R
-
 
G
E
 
S
G
 
G
D
 
D
D
 
M
T
 
T
R
 
R
R
 
G
W
|
W
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
L
E
 
Q
R
 
D
D
 
K
G
 
P
D
 
N
K
 
V
T
 
D
A
 
S
A
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
T
A
 
M
A
 
F
N
 
N
R
 
C
G
 
N
K
 
K
S
 
R
C
 
S
V
 
I
T
 
E
A
 
L
D
 
D
F
 
M
R
 
K
T
 
T
K
 
P
D
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
L
V
 
L
L
 
E
E
 
Q
L
 
M
I
 
I
R
 
K
D
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
M
I
 
V
E
 
E
N
 
N
F
 
F
K
 
G
V
 
P
G
 
G
G
 
A
L
 
L
A
 
D
K
x
R
Y
 
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
D
 
E
S
 
Y
L
 
I
K
 
Q
A
 
E
V
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
V
I
 
I
Y
 
L
C
 
A
S
 
S
V
 
V
T
 
K
G
 
G
F
 
Y
G
 
A
Q
 
E
D
 
G
G
 
H
P
 
A
Y
 
N
A
 
E
A
 
H
R
 
L
A
 
K
G
 
V
Y
 
Y
D
 
E
F
 
N
L
 
V
L
 
A
Q
 
Q
G
 
C
M
 
S
S
 
G
G
 
G
L
 
A
M
 
A
S
 
A
I
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
F
P
 
W
E
 
D
G
 
G
E
 
P
P
 
P
Q
 
T
K
 
V
V
 
S
G
 
G
V
 
A
A
 
A
I
 
L
T
 
G
D
|
D
I
 
S
V
 
N
T
 
S
G
 
G
L
 
M
Y
 
H
G
 
L
T
 
M
I
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
E
Q
 
M
R
 
R
H
 
H
S
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
H
 
K
I
 
V
D
 
A
M
 
V
S
 
A
L
 
M
L
 
Q
D
 
D
C
 
A
A
 
V
-
 
L
-
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
R
-
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
Q
-
 
Q
-
 
R
-
 
L
-
 
E
-
 
R
T
 
T
A
 
G
V
 
I
L
 
L
A
 
A
N
 
E
Q
 
Y
-
 
P
-
 
Q
-
 
A
-
 
Q
-
 
P
N
 
N
M
 
F
N
 
A
Y
 
F
L
 
D
A
 
R
T
 
D
G
 
G
-
 
N
-
 
P
-
 
L
-
 
S
-
 
F
-
 
D
-
 
N
-
 
I
T
 
T
S
 
S
P
 
V
T
 
P
R
 
R
M
 
G
G
 
G
N
 
N
E
 
A
H
 
G
P
x
G
N
x
G
I
 
G
A
 
Q
P
 
P
Y
 
G
Q
 
W
V
 
M
M
 
L
A
 
K
V
 
C
R
 
K
-
 
G
-
 
W
-
 
E
-
 
T
-
 
D
-
 
A
D
 
D
G
 
S
H
 
Y
V
 
V
I
 
Y
L
 
F
A
 
T
V
 
I
G
 
A
N
 
A
D
 
N
G
 
-
Q
 
M
F
 
W
A
 
P
R
 
Q
L
 
I
C
 
C
A
 
D
V
 
M
L
 
I
N
 
D
M
 
K
A
 
P
G
 
E
L
 
W
A
 
K
D
 
D
D
 
D
P
 
P
R
 
A
F
 
Y
A
 
N
S
 
T
N
 
F
Q
 
E
L
 
G
R
 
R
V
 
V
A
 
D
N
 
K
R
 
L
V
 
M
E
 
D
L
 
I
T
 
F
P
 
S
M
 
F
L
 
I
A
 
E
A
 
T
A
 
K
L
 
F
A
 
A
Q
 
D
W
 
K
G
 
D
Q
 
K
A
 
F
D
 
E
L
 
V
L
 
T
A
 
E
A
 
W
L
 
A
E
 
A
A
 
Q
A
 
Y
T
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
C
G
 
G
P
 
P
I
 
V
N
 
M
T
 
S
I
 
M
G
 
K
Q
 
E
A
 
L
F
 
A
D
 
H
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
I
 
L
K
 
Q
H
 
-
R
 
-
Q
 
K
M
 
V
Q
 
G
I
 
T
A
 
V
P
 
V
E
 
E
D
 
V
V
 
V
P
 
D
G
 
E
V
 
I
R
 
R
G
 
G
-
 
N
-
 
H
-
 
L
-
 
T
-
 
V
-
 
G
-
 
A
P
 
P
W
 
F
V
 
K
F
 
F
S
 
S
D
 
G
A
 
F
E
 
Q
L
 
P
A
 
E
L
 
I
E
 
T
K
 
R
S
 
-
A
 
A
P
 
P
I
 
L
L
 
L

2vjoA Formyl-coa transferase mutant variant q17a with aspartyl-coa thioester intermediates and oxalate (see paper)
26% identity, 97% coverage: 3:365/375 of query aligns to 3:400/427 of 2vjoA

query
sites
2vjoA
P
 
P
L
 
L
A
 
D
G
 
G
L
 
I
K
 
N
V
 
V
V
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
T
R
x
H
I
x
V
L
x
A
A
|
A
G
 
G
P
 
P
W
 
A
I
 
C
G
 
T
Q
 
Q
S
 
M
L
 
M
A
 
G
D
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
N
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
I
E
|
E
S
x
R
P
 
R
-
 
G
E
 
S
G
 
G
D
 
D
D
x
M
T
 
T
R
 
R
R
 
G
W
 
W
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
L
E
 
Q
R
 
D
D
 
K
G
 
P
D
 
N
K
 
V
T
 
D
A
 
S
A
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
T
A
 
M
A
 
F
N
 
N
R
 
C
G
 
N
K
 
K
S
 
R
C
 
S
V
 
I
T
 
E
A
x
L
D
|
D
F
x
M
R
x
K
T
 
T
K
 
P
D
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
L
V
 
L
L
 
E
E
 
Q
L
 
M
I
 
I
R
 
K
D
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
M
I
 
V
E
 
E
N
|
N
F
|
F
K
x
G
V
 
P
G
 
G
G
x
A
L
 
L
A
 
D
K
x
R
Y
x
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
D
 
E
S
 
Y
L
 
I
K
 
Q
A
 
E
V
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
V
I
 
I
Y
 
L
C
 
A
S
 
S
V
|
V
T
x
K
G
 
G
F
 
Y
G
 
A
Q
 
E
D
 
G
G
 
H
P
 
A
Y
 
N
A
 
E
A
 
H
R
 
L
A
x
K
G
x
V
Y
|
Y
D
x
E
F
 
N
L
 
V
L
 
A
Q
 
Q
G
 
C
M
 
S
S
 
G
G
 
G
L
 
A
M
 
A
S
 
A
I
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
F
P
 
W
E
 
D
G
 
G
E
 
P
P
 
P
Q
 
T
K
 
V
V
 
S
G
 
G
V
 
A
A
 
A
I
 
L
T
 
G
D
|
D
I
 
S
V
 
N
T
 
S
G
 
G
L
 
M
Y
 
H
G
 
L
T
 
M
I
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
E
Q
 
I
R
 
R
H
 
H
S
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
H
 
K
I
 
V
D
 
A
M
 
V
S
 
A
L
x
M
L
 
Q
D
 
D
C
 
A
A
 
V
-
 
L
-
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
R
-
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
Q
-
 
Q
-
 
R
-
 
L
-
 
E
-
 
R
T
 
T
A
 
G
V
 
I
L
 
L
A
 
A
N
 
E
Q
 
Y
-
 
P
-
 
Q
-
 
A
-
 
Q
-
 
P
N
 
N
M
 
F
N
 
A
Y
 
F
L
 
D
A
 
R
T
 
D
G
 
G
-
 
N
-
 
P
-
 
L
-
 
S
-
 
F
-
 
D
-
 
N
-
 
I
T
 
T
S
 
S
P
 
V
T
 
P
R
 
R
M
 
G
G
 
G
N
 
N
E
 
A
H
x
G
P
x
G
N
x
G
I
x
G
A
x
Q
P
 
P
Y
 
G
Q
 
W
V
 
M
M
 
L
A
 
K
V
 
C
R
 
K
-
 
G
-
 
W
-
 
E
-
 
T
-
 
D
-
 
A
D
 
D
G
 
S
H
 
Y
V
 
V
I
 
Y
L
 
F
A
 
T
V
 
I
G
 
A
N
 
A
D
 
N
G
 
-
Q
 
M
F
 
W
A
 
P
R
 
Q
L
 
I
C
 
C
A
 
D
V
 
M
L
 
I
N
 
D
M
 
K
A
 
P
G
 
E
L
 
W
A
 
K
D
 
D
D
 
D
P
 
P
R
 
A
F
 
Y
A
 
N
S
 
T
N
 
F
Q
 
E
L
 
G
R
 
R
V
 
V
A
 
D
N
 
K
R
 
L
V
 
M
E
 
D
L
 
I
T
 
F
P
 
S
M
 
F
L
 
I
A
 
E
A
 
T
A
 
K
L
 
F
A
 
A
Q
 
D
W
 
K
G
 
D
Q
 
K
A
 
F
D
 
E
L
 
V
L
 
T
A
 
E
A
 
W
L
 
A
E
 
A
A
 
Q
A
 
Y
T
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
C
G
 
G
P
 
P
I
 
V
N
 
M
T
 
S
I
 
M
G
 
K
Q
 
E
A
 
L
F
 
A
D
 
H
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
I
 
L
K
 
Q
H
 
-
R
 
-
Q
 
K
M
 
V
Q
 
G
I
 
T
A
 
V
P
 
V
E
 
E
D
 
V
V
 
V
P
 
D
G
 
E
V
 
I
R
 
R
G
 
G
-
 
N
-
 
H
-
 
L
-
 
T
-
 
V
-
 
G
-
 
A
P
 
P
W
 
F
V
 
K
F
 
F
S
 
S
D
 
G
A
 
F
E
 
Q
L
 
P
A
 
E
L
 
I
E
 
T
K
 
R
S
 
-
A
 
A
P
 
P
I
 
L
L
 
L

2vjkA Formyl-coa transferase with aspartyl-coa thioester intermediate derived from oxalyl-coa (see paper)
26% identity, 97% coverage: 3:365/375 of query aligns to 3:400/427 of 2vjkA

query
sites
2vjkA
P
 
P
L
 
L
A
 
D
G
 
G
L
 
I
K
 
N
V
 
V
V
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
T
R
x
H
I
x
V
L
x
Q
A
|
A
G
 
G
P
 
P
W
 
A
I
 
C
G
 
T
Q
 
Q
S
 
M
L
 
M
A
 
G
D
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
N
V
 
V
I
 
I
K
 
K
V
 
I
E
|
E
S
x
R
P
 
R
-
 
G
E
 
S
G
 
G
D
 
D
D
 
M
T
 
T
R
 
R
R
 
G
W
 
W
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
L
E
 
Q
R
 
D
D
 
K
G
 
P
D
 
N
K
 
V
T
 
D
A
 
S
A
 
L
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
T
A
 
M
A
 
F
N
 
N
R
 
C
G
 
N
K
 
K
S
 
R
C
 
S
V
 
I
T
 
E
A
x
L
D
|
D
F
x
M
R
x
K
T
 
T
K
 
P
D
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
T
 
L
V
 
L
L
 
E
E
 
Q
L
 
M
I
 
I
R
 
K
D
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
M
I
 
V
E
 
E
N
|
N
F
|
F
K
x
G
V
 
P
G
 
G
G
x
A
L
 
L
A
 
D
K
x
R
Y
x
M
G
 
G
L
 
F
D
 
T
Y
 
W
D
 
E
S
 
Y
L
 
I
K
 
Q
A
 
E
V
 
L
N
 
N
P
 
P
R
 
R
L
 
V
I
 
I
Y
 
L
C
 
A
S
 
S
V
|
V
T
 
K
G
 
G
F
 
Y
G
 
A
Q
 
E
D
 
G
G
 
H
P
 
A
Y
 
N
A
 
E
A
 
H
R
 
L
A
x
K
G
x
V
Y
|
Y
D
x
E
F
 
N
L
 
V
L
 
A
Q
 
Q
G
 
C
M
 
S
S
 
G
G
 
G
L
 
A
M
 
A
S
 
A
I
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
F
P
 
W
E
 
D
G
 
G
E
 
P
P
 
P
Q
 
T
K
 
V
V
 
S
G
 
G
V
 
A
A
 
A
I
 
L
T
 
G
D
|
D
I
 
S
V
 
N
T
 
S
G
 
G
L
 
M
Y
 
H
G
 
L
T
 
M
I
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
E
Q
 
I
R
 
R
H
 
H
S
 
K
T
 
T
G
 
G
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
H
 
K
I
 
V
D
 
A
M
 
V
S
 
A
L
x
M
L
 
Q
D
 
D
C
 
A
A
 
V
-
 
L
-
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
R
-
 
I
-
 
K
-
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
Q
-
 
Q
-
 
R
-
 
L
-
 
E
-
 
R
T
 
T
A
 
G
V
 
I
L
 
L
A
 
A
N
 
E
Q
 
Y
-
 
P
-
 
Q
-
 
A
-
 
Q
-
 
P
N
 
N
M
 
F
N
 
A
Y
 
F
L
 
D
A
 
R
T
 
D
G
 
G
-
 
N
-
 
P
-
 
L
-
 
S
-
 
F
-
 
D
-
 
N
-
 
I
T
 
T
S
 
S
P
 
V
T
 
P
R
 
R
M
 
G
G
 
G
N
 
N
E
 
A
H
 
G
P
 
G
N
x
G
I
x
G
A
 
Q
P
 
P
Y
 
G
Q
 
W
V
 
M
M
 
L
A
 
K
V
 
C
R
 
K
-
 
G
-
 
W
-
 
E
-
 
T
-
 
D
-
 
A
D
 
D
G
 
S
H
 
Y
V
 
V
I
 
Y
L
 
F
A
 
T
V
 
I
G
 
A
N
 
A
D
 
N
G
 
-
Q
 
M
F
 
W
A
 
P
R
 
Q
L
 
I
C
 
C
A
x
D
V
 
M
L
 
I
N
x
D
M
 
K
A
 
P
G
 
E
L
 
W
A
 
K
D
 
D
D
 
D
P
 
P
R
 
A
F
 
Y
A
 
N
S
 
T
N
 
F
Q
 
E
L
 
G
R
 
R
V
 
V
A
 
D
N
 
K
R
 
L
V
 
M
E
 
D
L
 
I
T
 
F
P
 
S
M
 
F
L
 
I
A
 
E
A
 
T
A
 
K
L
 
F
A
 
A
Q
 
D
W
 
K
G
 
D
Q
 
K
A
 
F
D
 
E
L
 
V
L
 
T
A
 
E
A
 
W
L
 
A
E
 
A
A
 
Q
A
 
Y
T
 
G
V
 
I
P
 
P
A
 
C
G
 
G
P
 
P
I
 
V
N
 
M
T
 
S
I
 
M
G
 
K
Q
 
E
A
 
L
F
 
A
D
 
H
D
 
D
P
 
P
Q
 
S
I
 
L
K
 
Q
H
 
-
R
 
-
Q
 
K
M
 
V
Q
 
G
I
 
T
A
 
V
P
 
V
E
 
E
D
 
V
V
 
V
P
 
D
G
 
E
V
 
I
R
 
R
G
 
G
-
 
N
-
 
H
-
 
L
-
 
T
-
 
V
-
 
G
-
 
A
P
 
P
W
 
F
V
 
K
F
 
F
S
 
S
D
 
G
A
 
F
E
 
Q
L
 
P
A
 
E
L
 
I
E
 
T
K
 
R
S
 
-
A
 
A
P
 
P
I
 
L
L
 
L

2yimA The enolisation chemistry of a thioester-dependent racemase: the 1.4 a crystal structure of a complex with a planar reaction intermediate analogue (see paper)
32% identity, 89% coverage: 3:334/375 of query aligns to 3:312/355 of 2yimA

query
sites
2yimA
P
 
P
L
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
L
K
 
R
V
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
G
I
|
I
L
x
G
A
x
P
G
 
G
P
 
P
W
 
H
I
 
A
G
 
A
Q
 
M
S
 
I
L
 
L
A
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
I
 
V
K
 
R
V
 
I
E
x
D
S
x
R
P
 
P
E
 
S
G
 
-
D
 
-
D
 
-
T
 
-
R
 
-
R
 
-
W
 
-
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
I
E
 
S
R
 
R
D
 
D
G
 
-
D
 
-
K
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
Y
 
-
Y
 
-
A
 
A
A
 
M
N
 
L
R
 
R
G
 
N
K
 
R
S
 
R
C
 
I
V
 
V
T
 
T
A
|
A
D
|
D
F
x
L
R
x
K
T
 
S
K
 
D
D
 
Q
G
 
G
K
 
L
Q
 
E
T
 
L
V
 
A
L
 
L
E
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
A
D
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
L
I
 
I
E
 
E
N
x
G
F
x
Y
K
x
R
V
 
P
G
 
G
G
x
V
L
 
T
A
 
E
K
x
R
Y
x
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
D
 
E
S
 
E
L
 
C
K
 
A
A
 
K
V
 
V
N
 
N
P
 
D
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
C
 
A
S
 
R
V
 
M
T
|
T
G
 
G
F
 
W
G
 
G
Q
 
Q
D
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
R
A
 
S
A
 
Q
R
 
Q
A
|
A
G
|
G
Y
x
H
D
|
D
F
 
I
L
 
N
L
x
Y
Q
 
I
G
 
S
M
 
L
S
 
N
G
 
G
L
 
I
M
 
L
S
 
H
I
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
R
P
 
G
E
 
D
G
 
E
E
 
R
P
 
P
Q
 
V
K
 
P
V
 
P
G
 
L
V
x
N
A
 
L
I
 
V
T
 
G
D
|
D
I
 
F
V
 
G
T
 
G
G
 
G
-
 
S
L
 
M
Y
 
F
G
 
L
T
 
L
I
 
V
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
W
Q
 
E
R
 
R
H
 
Q
S
 
S
T
 
S
G
 
G
R
 
K
G
 
G
Q
 
Q
H
 
V
I
 
V
D
 
D
M
 
A
S
 
A
L
x
M
L
 
V
D
 
D
C
 
-
A
 
G
T
 
S
A
 
S
V
 
V
L
 
L
A
 
I
N
 
Q
Q
 
M
N
 
M
M
 
W
N
 
A
Y
 
M
L
 
R
A
 
A
T
 
T
G
 
G
T
 
M
-
 
W
S
 
T
P
 
D
T
 
T
R
 
R
M
 
G
G
 
A
N
 
N
E
 
M
H
x
L
P
 
D
N
x
G
I
x
G
A
 
A
P
 
P
-
 
Y
Y
|
Y
Q
 
D
V
 
T
M
 
Y
A
 
E
V
 
C
R
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
R
V
 
Y
I
 
V
L
 
A
A
 
V
V
 
G
G
 
A
N
 
I
D
 
E
G
 
P
Q
 
Q
F
|
F
A
 
-
R
 
-
L
 
Y
C
 
A
A
 
A
V
 
M
L
 
L
N
 
-
M
 
-
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
G
D
 
L
D
 
D
P
 
A
R
 
A
F
 
E
A
 
L
S
 
P
N
 
P
Q
 
Q
L
 
N
R
 
D
V
 
R
A
 
A
N
 
R
R
 
W
V
 
P
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
A
M
 
L
L
 
L
A
 
T
A
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
A
Q
 
S
W
 
H
G
 
D
Q
 
R
A
 
D
D
 
H
L
 
W
L
 
G
A
 
A
A
 
V
L
 
F
E
 
A
A
 
N
A
 
S
T
 
D
V
 
A
P
 
C
A
 
V
G
 
T
P
 
P
I
 
V
N
 
L
T
 
A
I
 
F
G
 
G
Q
 
E
A
 
V
F
 
H
D
 
N
D
 
E
P
 
P
Q
 
H
I
 
I
K
 
I
H
 
E
R
 
R
Q
 
N

2gd6A The 1,1-proton transfer reaction mechanism by alpha-methylacyl-coa racemase is catalyzed by an aspartate/histidine pair and involves a smooth, methionine-rich surface for binding the fatty acyl moiety (see paper)
32% identity, 89% coverage: 3:334/375 of query aligns to 3:311/354 of 2gd6A

query
sites
2gd6A
P
 
P
L
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
L
K
 
R
V
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
G
I
|
I
L
x
G
A
x
P
G
 
G
P
 
P
W
 
H
I
 
A
G
 
A
Q
 
M
S
 
I
L
 
L
A
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
I
 
V
K
 
R
V
 
I
E
 
D
S
x
R
P
 
P
E
 
-
G
 
-
D
 
-
D
 
-
T
 
-
R
 
-
R
 
-
W
 
-
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
I
E
 
S
R
 
R
D
 
D
G
 
-
D
 
-
K
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
Y
 
-
Y
 
-
A
 
A
A
 
M
N
 
L
R
 
R
G
 
N
K
 
R
S
 
R
C
 
I
V
 
V
T
 
T
A
|
A
D
|
D
F
x
L
R
x
K
T
 
S
K
 
D
D
 
Q
G
 
G
K
 
L
Q
 
E
T
 
L
V
 
A
L
 
L
E
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
A
D
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
L
I
 
I
E
 
E
N
x
G
F
x
Y
K
x
R
V
 
P
G
 
G
G
x
V
L
 
T
A
 
E
K
x
R
Y
x
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
D
 
E
S
 
E
L
 
C
K
 
A
A
 
K
V
 
V
N
 
N
P
 
D
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
C
 
A
S
 
R
V
 
M
T
 
T
G
 
G
F
 
W
G
 
G
Q
 
Q
D
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
R
A
 
S
A
 
Q
R
 
Q
A
|
A
G
|
G
Y
x
H
D
|
D
F
 
I
L
 
N
L
x
Y
Q
 
I
G
 
S
M
 
L
S
 
N
G
 
G
L
 
I
M
 
L
S
 
H
I
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
R
P
 
G
E
 
D
G
 
E
E
 
R
P
 
P
Q
 
V
K
 
P
V
 
P
G
 
L
V
x
N
A
 
L
I
 
V
T
 
G
D
|
D
I
 
F
V
 
G
T
 
G
G
 
G
-
 
S
L
 
M
Y
 
F
G
 
L
T
 
L
I
 
V
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
W
Q
 
E
R
 
R
H
 
Q
S
 
S
T
 
S
G
 
G
R
 
K
G
 
G
Q
 
Q
H
 
V
I
 
V
D
 
D
M
 
A
S
 
A
L
x
M
L
 
V
D
 
D
C
 
-
A
 
G
T
 
S
A
 
S
V
 
V
L
 
L
A
 
I
N
 
Q
Q
 
M
N
 
M
M
 
W
N
 
A
Y
 
M
L
 
R
A
 
A
T
 
T
G
 
G
T
 
M
-
 
W
S
 
T
P
 
D
T
 
T
R
 
R
M
 
G
G
 
A
N
 
N
E
 
M
H
 
L
P
 
D
N
x
G
I
x
G
A
 
A
P
 
P
-
 
Y
Y
 
Y
Q
 
D
V
 
T
M
 
Y
A
 
E
V
 
C
R
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
R
V
 
Y
I
 
V
L
 
A
A
 
V
V
 
G
G
 
A
N
 
I
D
 
E
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
A
 
-
R
 
-
L
 
Y
C
 
A
A
 
A
V
 
M
L
 
L
N
 
-
M
 
-
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
G
D
 
L
D
 
D
P
 
A
R
 
A
F
 
E
A
 
L
S
 
P
N
 
P
Q
 
Q
L
 
N
R
 
D
V
 
R
A
 
A
N
 
R
R
 
W
V
 
P
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
A
M
 
L
L
 
L
A
 
T
A
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
A
Q
 
S
W
 
H
G
 
D
Q
 
R
A
 
D
D
 
H
L
 
W
L
 
G
A
 
A
A
 
V
L
 
F
E
 
A
A
 
N
A
 
S
T
 
D
V
 
A
P
 
C
A
 
V
G
 
T
P
 
P
I
 
V
N
 
L
T
 
A
I
 
F
G
 
G
Q
 
E
A
 
V
F
 
H
D
 
N
D
 
E
P
 
P
Q
 
H
I
 
I
K
 
I
H
 
E
R
 
R
Q
 
N

2gd2A The 1,1-proton transfer reaction mechanism by alpha-methylacyl-coa racemase is catalyzed by an aspartate/histidine pair and involves a smooth, methionine-rich surface for binding the fatty acyl moiety (see paper)
32% identity, 89% coverage: 3:334/375 of query aligns to 3:311/354 of 2gd2A

query
sites
2gd2A
P
 
P
L
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
L
K
 
R
V
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
G
I
|
I
L
x
G
A
x
P
G
 
G
P
 
P
W
 
H
I
 
A
G
 
A
Q
 
M
S
 
I
L
 
L
A
 
G
D
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
I
 
V
K
 
R
V
 
I
E
x
D
S
x
R
P
 
P
E
 
-
G
 
-
D
 
-
D
 
-
T
 
-
R
 
-
R
 
-
W
 
-
G
 
-
P
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
I
E
 
S
R
 
R
D
 
D
G
 
-
D
 
-
K
 
-
T
 
-
A
 
-
A
 
-
Y
 
-
Y
 
-
Y
 
-
A
 
A
A
 
M
N
 
L
R
 
R
G
 
N
K
 
R
S
 
R
C
 
I
V
 
V
T
 
T
A
|
A
D
|
D
F
x
L
R
x
K
T
 
S
K
 
D
D
 
Q
G
 
G
K
 
L
Q
 
E
T
 
L
V
 
A
L
 
L
E
 
K
L
 
L
I
 
I
R
 
A
D
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
V
L
 
L
I
 
I
E
 
E
N
x
G
F
x
Y
K
x
R
V
 
P
G
 
G
G
x
V
L
 
T
A
 
E
K
x
R
Y
x
L
G
 
G
L
 
L
D
 
G
Y
 
P
D
 
E
S
 
E
L
 
C
K
 
A
A
 
K
V
 
V
N
 
N
P
 
D
R
 
R
L
 
L
I
 
I
Y
 
Y
C
 
A
S
 
R
V
 
M
T
|
T
G
 
G
F
 
W
G
 
G
Q
 
Q
D
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
R
A
 
S
A
 
Q
R
 
Q
A
|
A
G
|
G
Y
x
H
D
|
D
F
 
I
L
 
N
L
x
Y
Q
 
I
G
 
S
M
 
L
S
 
N
G
 
G
L
 
I
M
 
L
S
 
H
I
 
A
T
 
I
G
 
G
A
 
R
P
 
G
E
 
D
G
 
E
E
 
R
P
 
P
Q
 
V
K
 
P
V
 
P
G
 
L
V
 
N
A
 
L
I
 
V
T
 
G
D
|
D
I
 
F
V
 
G
T
 
G
G
 
G
-
 
S
L
 
M
Y
 
F
G
 
L
T
 
L
I
 
V
G
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
L
E
 
W
Q
 
E
R
 
R
H
 
Q
S
 
S
T
 
S
G
 
G
R
 
K
G
 
G
Q
 
Q
H
 
V
I
 
V
D
 
D
M
 
A
S
 
A
L
x
M
L
 
V
D
 
D
C
 
-
A
 
G
T
 
S
A
 
S
V
 
V
L
 
L
A
 
I
N
 
Q
Q
 
M
N
 
M
M
 
W
N
 
A
Y
 
M
L
 
R
A
 
A
T
 
T
G
 
G
T
 
M
-
 
W
S
 
T
P
 
D
T
 
T
R
 
R
M
 
G
G
 
A
N
 
N
E
 
M
H
 
L
P
 
D
N
x
G
I
x
G
A
 
A
P
 
P
-
 
Y
Y
 
Y
Q
 
D
V
 
T
M
 
Y
A
 
E
V
 
C
R
 
A
D
 
D
G
 
G
H
 
R
V
 
Y
I
 
V
L
 
A
A
 
V
V
 
G
G
 
A
N
 
I
D
 
E
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
A
 
-
R
 
-
L
 
Y
C
 
A
A
 
A
V
 
M
L
 
L
N
 
-
M
 
-
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
G
D
 
L
D
 
D
P
 
A
R
 
A
F
 
E
A
 
L
S
 
P
N
 
P
Q
 
Q
L
 
N
R
 
D
V
 
R
A
 
A
N
 
R
R
 
W
V
 
P
E
 
E
L
 
L
T
 
R
P
 
A
M
 
L
L
 
L
A
 
T
A
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
A
Q
 
S
W
 
H
G
 
D
Q
 
R
A
 
D
D
 
H
L
 
W
L
 
G
A
 
A
A
 
V
L
 
F
E
 
A
A
 
N
A
 
S
T
 
D
V
 
A
P
 
C
A
 
V
G
 
T
P
 
P
I
 
V
N
 
L
T
 
A
I
 
F
G
 
G
Q
 
E
A
 
V
F
 
H
D
 
N
D
 
E
P
 
P
Q
 
H
I
 
I
K
 
I
H
 
E
R
 
R
Q
 
N

2gd0A The 1,1-proton transfer reaction mechanism by alpha-methylacyl-coa racemase is catalyzed by an aspartate/histidine pair and involves a smooth, methionine-rich surface for binding the fatty acyl moiety (see paper)
32% identity, 89% coverage: 3:334/375 of query aligns to 3:311/354 of 2gd0A

query
sites
2gd0A
P
 
P
L
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
L
K
 
R
V
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
G
I
|
I
L
x
G
A