SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2854 PS417_14575 MFS transporter to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

Q8NLB7 Gentisate transporter from Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (see paper)
26% identity, 55% coverage: 30:272/445 of query aligns to 56:283/444 of Q8NLB7

query
sites
Q8NLB7
F
 
Y
D
|
D
F
 
L
A
 
I
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
F
 
T
L
 
V
A
 
Q
T
 
S
T
 
A
I
 
L
A
 
A
Q
 
K
Q
 
E
F
 
W
F
 
-
P
 
-
S
 
-
G
 
-
D
 
N
A
 
L
S
 
S
A
 
S
A
 
A
L
 
T
L
 
L
K
 
G
T
 
T
F
 
I
A
 
G
V
 
-
F
 
-
A
 
S
V
 
T
A
 
A
F
 
F
A
 
F
F
 
G
R
 
M
P
 
A
L
 
I
G
 
G
G
 
A
I
 
V
F
 
F
F
 
I
G
 
G
M
 
R
L
 
L
G
 
S
D
 
D
R
|
R
I
 
V
G
 
G
R
 
R
K
 
K
R
 
A
T
 
A
L
 
V
A
 
I
M
 
G
T
 
S
I
 
V
L
 
L
L
 
I
M
 
L
A
 
S
G
 
V
A
 
F
T
 
T
T
 
M
L
 
L
I
 
C
G
 
A
L
 
F
L
 
A
P
 
P
T
 
N
Y
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
W
L
 
V
L
 
F
S
 
G
L
 
A
I
 
F
R
 
R
C
 
F
A
 
I
Q
 
A
G
 
G
F
 
L
S
 
G
A
 
L
G
 
G
G
 
G
E
 
L
Y
 
V
A
 
P
G
 
S
A
 
V
C
 
N
A
 
A
Y
 
M
L
 
T
M
 
S
E
 
D
H
 
-
A
 
-
P
 
-
S
 
-
D
 
-
K
 
-
R
 
-
A
 
-
W
 
-
Y
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
L
V
 
V
P
 
P
V
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
M
S
 
S
A
 
A
F
 
W
A
 
A
A
 
T
A
 
V
A
 
M
V
 
M
V
 
S
A
 
G
Y
 
V
A
 
P
L
 
I
E
 
G
A
 
G
S
 
S
L
 
I
S
 
A
A
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
V
-
 
V
E
 
P
A
 
S
M
 
S
G
 
E
S
 
E
W
 
W
G
 
G
W
 
W
R
 
R
L
 
F
P
 
M
F
 
F
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
L
P
 
I
L
 
P
G
 
L
L
 
V
V
 
V
G
 
G
L
 
L
Y
 
P
L
 
I
R
 
A
W
 
M
K
 
K
L
 
V
D
 
-
E
 
-
T
 
I
P
 
P
A
 
S
F
 
D
Q
 
K
A
 
A
V
 
I
K
 
K
E
 
A
E
 
D
H
 
H
T
 
D
V
 
I
-
 
R
-
 
E
A
 
G
H
 
H
S
 
D
P
 
E
-
 
P
-
 
A
-
 
G
L
 
F
K
 
K
E
 
D
T
 
L
L
 
L
R
 
V
N
 
D
H
 
R
G
 
Y
A
 
R
A
 
W
I
 
I
S
 
S
-
 
I
-
 
W
-
 
F
C
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
T
F
 
F
V
 
V
S
 
T
L
 
L
T
 
-
A
 
-
L
 
L
S
 
A
F
 
W
Y
 
Y
M
 
G
F
 
L
T
 
G
T
 
T
Y
 
W
F
 
L
A
 
P
T
 
R
Y
 
L
L
 
M
Q
 
E
V
 
T
A
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

A0A0H2VG78 Glucose transporter GlcP; Glucose/H(+) symporter from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 12228 / FDA PCI 1200) (see paper)
25% identity, 81% coverage: 78:438/445 of query aligns to 63:439/446 of A0A0H2VG78

query
sites
A0A0H2VG78
G
 
G
M
 
P
L
 
L
G
 
A
D
 
D
R
 
K
I
 
L
G
 
G
R
 
R
K
 
R
R
 
R
T
 
-
L
 
-
A
 
-
M
 
-
T
 
-
I
 
L
L
 
V
L
 
M
M
 
L
A
 
I
G
 
A
A
 
I
T
 
V
T
 
F
L
 
I
I
 
I
G
 
G
L
 
A
L
 
L
P
 
I
T
 
L
Y
 
A
A
 
A
A
 
S
I
 
T
G
 
N
V
 
L
A
 
A
A
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
L
L
 
L
S
 
I
L
 
I
I
 
G
R
|
R
C
 
L
A
 
I
Q
x
I
G
 
G
F
 
L
S
 
A
A
 
V
G
 
G
G
 
G
E
 
S
Y
 
M
A
 
S
G
 
T
A
 
V
C
 
P
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
M
 
S
E
|
E
H
 
M
A
 
A
P
 
P
S
 
T
D
 
E
K
 
Y
R
 
R
A
 
G
W
 
S
Y
 
L
G
 
G
S
 
S
F
 
L
V
 
N
P
x
Q
V
 
L
S
 
M
T
 
I
F
 
T
S
 
I
A
 
G
F
 
I
A
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
Y
 
Y
A
 
A
L
 
F
E
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
A
E
 
D
A
 
I
M
 
E
G
 
G
S
 
-
W
 
W
G
 
R
W
 
W
R
 
M
L
 
L
P
 
G
F
 
L
-
 
A
L
 
V
I
 
V
A
 
P
A
 
S
P
 
V
L
 
I
G
 
L
L
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
I
Y
 
Y
L
 
F
-
 
M
-
 
P
-
 
E
-
 
S
-
 
P
R
 
R
W
 
W
-
 
L
-
 
L
-
 
E
-
 
N
-
 
R
-
 
N
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
-
 
V
-
 
M
-
 
K
-
 
I
-
 
T
-
 
Y
-
 
D
-
 
D
-
 
S
-
 
E
-
 
I
-
 
D
-
 
K
K
 
E
L
 
L
D
 
K
E
 
E
T
 
M
P
 
K
A
 
E
F
 
I
Q
 
N
A
 
A
V
 
I
K
 
S
E
 
E
E
 
S
-
 
T
H
 
W
T
 
T
V
 
V
A
 
I
H
 
K
S
 
S
P
 
P
L
 
W
K
 
L
E
 
G
T
 
R
L
 
I
R
 
L
N
 
I
H
 
V
G
 
G
A
 
C
A
 
I
I
 
F
S
 
A
C
 
I
L
 
F
G
x
Q
A
x
Q
F
 
F
V
 
I
S
 
G
L
 
I
T
x
N
A
 
A
L
 
V
S
 
I
F
 
F
Y
 
Y
M
 
S
F
 
-
T
 
S
T
 
S
Y
 
I
F
 
F
A
 
A
T
 
K
Y
 
-
L
 
-
Q
 
-
V
 
-
A
 
-
G
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
G
R
 
E
A
 
A
M
 
A
A
 
S
L
 
I
L
 
L
V
 
G
S
 
S
L
 
V
I
 
G
A
 
I
L
 
G
I
 
T
F
 
I
A
 
N
A
 
V
A
 
L
I
 
V
C
 
T
P
 
I
L
 
V
A
 
A
G
 
I
L
 
F
Y
 
V
S
 
V
D
 
D
R
 
K
V
 
I
G
 
D
R
 
R
R
 
K
A
 
K
T
 
L
V
 
L
-
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
N
-
 
I
-
 
G
M
 
M
T
 
I
A
 
A
C
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
I
M
 
M
V
 
A
V
 
I
V
 
L
Y
 
I
P
 
W
S
 
T
F
 
I
L
 
G
M
 
I
A
 
A
S
 
S
S
 
S
G
 
A
S
 
W
F
 
I
A
 
I
A
 
I
S
 
V
I
 
C
V
 
L
G
 
S
V
 
L
M
 
F
L
 
I
L
 
V
A
 
F
V
 
F
G
 
G
A
 
-
V
 
I
L
 
S
C
 
W
G
 
G
V
 
P
V
 
V
T
 
L
A
x
W
A
 
V
L
 
M
L
 
L
S
 
P
E
 
E
T
 
L
F
 
F
P
 
P
T
 
M
R
 
R
T
 
A
R
 
R
Y
 
G
T
 
A
A
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
I
S
 
S
A
 
A
I
 
L
T
 
V
Y
 
L
N
 
N
L
 
I
A
 
G
Y
 
T
T
 
L
I
 
I
F
 
V
G
 
S
G
 
L
T
 
F
A
 
F
P
 
P
L
 
I
M
 
L
A
 
S
T
 
D
W
 
A
L
 
L
I
 
-
S
 
S
T
 
T
T
 
E
G
 
W
S
 
V
N
 
F
L
 
L
S
 
I
P
 
F
A
 
A
F
 
F
Y
 
-
L
 
-
I
 
-
A
 
-
V
 
I
A
 
G
L
 
V
L
 
L
A
 
A
L
 
M
A
 
I
G
 
F
G
 
V
L
 
I
A
 
K
-
 
F
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
T
S
 
R
R
 
G
I
 
R
S
 
S
L
 
L
H
 
E
D
 
E
V
 
I
G
 
E
A
 
Y
E
 
E
D
 
L
K
 
R
S
 
E

Sites not aligning to the query:

Q9Y7Q9 Probable metabolite transporter C2H8.02 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
23% identity, 49% coverage: 16:233/445 of query aligns to 40:266/583 of Q9Y7Q9

query
sites
Q9Y7Q9
K
 
K
V
 
L
I
 
L
I
 
A
A
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
T
G
 
G
N
 
F
F
 
L
V
 
L
E
 
D
W
 
S
F
 
Y
D
 
D
F
 
L
A
 
F
V
 
I
Y
 
I
G
 
N
F
 
L
L
 
V
A
 
S
T
 
P
T
 
I
I
 
L
A
 
A
-
 
Y
-
 
L
-
 
Y
-
 
W
-
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
T
-
 
G
Q
 
H
Q
 
Q
F
 
D
F
 
Y
P
 
P
S
 
S
G
 
G
D
 
I
A
 
R
S
 
G
A
 
V
A
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
T
 
-
F
 
-
A
 
-
V
 
V
F
 
N
A
 
A
V
 
A
A
 
T
F
 
N
A
 
I
F
 
G
R
 
N
P
 
I
L
 
M
G
 
G
G
 
Q
I
 
L
F
 
L
F
 
F
G
 
G
M
 
F
L
 
L
G
 
G
D
 
D
R
 
F
I
 
F
G
 
G
R
 
R
K
 
K
R
 
F
T
 
V
L
 
Y
A
 
G
M
 
K
T
 
E
I
 
M
L
 
M
L
 
V
M
 
V
A
 
I
G
 
I
A
 
A
T
 
T
T
 
I
L
 
L
I
 
I
G
 
I
L
 
C
L
 
L
P
 
P
T
 
D
Y
 
R
A
 
I
A
 
P
I
 
T
G
 
P
V
 
T
A
 
A
A
 
K
P
 
M
I
 
M
L
 
W
L
 
L
S
 
F
L
 
A
I
 
F
R
 
R
C
 
V
A
 
M
Q
 
L
G
 
G
F
 
I
S
 
G
A
 
I
G
 
G
G
 
G
E
 
D
Y
 
Y
A
 
P
G
 
M
A
 
S
C
 
A
A
 
S
Y
 
I
L
 
T
M
 
S
E
 
E
H
 
Q
A
 
S
P
 
L
S
 
I
D
 
N
K
 
R
R
 
R
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
L
A
 
A
W
 
W
Y
 
I
G
 
F
S
 
S
F
 
N
V
 
Q
P
 
G
V
 
W
S
 
G
T
 
T
F
 
L
S
 
A
A
 
G
F
 
C
A
 
V
A
 
A
A
 
T
A
 
L
V
 
I
V
 
I
A
 
L
Y
 
A
A
 
C
L
 
F
E
 
E
A
 
K
S
 
P
L
 
L
S
 
N
A
 
D
E
 
R
A
 
-
M
 
-
G
 
G
S
 
E
W
 
Y
G
 
T
-
 
K
-
 
L
-
 
N
-
 
G
-
 
V
W
 
W
R
 
R
L
 
I
P
 
Q
F
 
F
L
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
L
P
 
F
L
 
P
G
 
A
L
 
V
V
 
I
G
 
V
L
 
L
Y
 
I
L
 
P
R
 
R
W
 
L
K
 
R
L
 
M
D
 
Q
E
 
E
T
 
S
P
 
E
A
 
Q
F
 
F
Q
 
K
A
 
N
V
 
S
K
 
K
E
 
N
E
 
M
H
 
K
T
 
S
V
 
P
A
 
G
H
 
E
S
 
G
P
 
D
L
 
L
K
 
D

Sites not aligning to the query:

O15244 Solute carrier family 22 member 2; Organic cation transporter 2; hOCT2 from Homo sapiens (Human) (see 8 papers)
25% identity, 39% coverage: 72:243/445 of query aligns to 162:314/555 of O15244

query
sites
O15244
L
 
I
G
 
G
G
 
S
I
x
M
F
 
S
F
 
I
G
 
G
M
x
Y
L
 
I
G
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
F
G
 
G
R
 
R
K
 
K
R
 
L
T
 
C
L
 
L
A
 
L
M
 
T
T
 
T
I
 
V
L
 
L
L
 
I
M
 
N
A
 
A
G
 
A
A
 
A
T
 
G
T
 
V
L
 
L
I
 
M
G
 
A
L
 
I
L
 
S
P
 
P
T
 
T
Y
 
Y
A
x
T
A
 
-
I
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
W
L
 
M
S
 
L
L
 
I
I
 
F
R
 
R
C
 
L
A
 
I
Q
 
Q
G
 
G
F
 
L
S
 
V
A
 
S
G
 
K
G
 
A
E
 
G
Y
 
W
A
 
L
G
 
I
A
 
G
C
 
Y
A
 
I
Y
 
L
L
 
I
M
 
T
E
 
E
H
 
F
A
 
V
P
 
G
S
 
R
D
 
R
K
 
Y
R
 
R
A
 
R
W
 
T
Y
 
V
G
 
G
S
 
I
F
 
F
V
x
Y
P
 
Q
V
 
V
S
 
A
T
 
Y
F
 
T
S
 
V
A
 
G
F
 
L
A
 
L
A
 
V
A
 
L
A
 
A
V
 
G
V
 
V
A
 
A
Y
|
Y
A
 
A
L
 
L
E
 
P
A
 
-
S
 
-
L
 
-
S
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
-
M
 
-
G
 
-
S
 
H
W
 
W
G
 
R
W
 
W
R
 
-
L
 
L
P
 
Q
F
 
F
L
 
T
I
 
V
A
x
S
A
 
L
P
 
P
L
 
N
G
 
F
L
 
F
V
 
F
G
 
L
L
 
L
Y
|
Y
L
x
Y
R
 
-
W
 
W
K
 
C
L
 
I
D
x
P
E
|
E
T
x
S
P
|
P
A
x
R
F
 
W
Q
 
L
A
 
I
V
 
S
K
 
Q
E
 
N
E
 
K
H
 
N
T
 
A
V
 
E
A
 
A
H
 
M
S
 
R
P
 
I
L
 
I
K
 
K
E
 
H
T
 
I
L
 
A
R
 
K
N
 
K
H
 
N
G
 
G
A
 
K
A
 
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF2854 PS417_14575 MFS transporter
MTSPSTEQVSPQTLRKVIIAAGIGNFVEWFDFAVYGFLATTIAQQFFPSGDASAALLKTF
AVFAVAFAFRPLGGIFFGMLGDRIGRKRTLAMTILLMAGATTLIGLLPTYAAIGVAAPIL
LSLIRCAQGFSAGGEYAGACAYLMEHAPSDKRAWYGSFVPVSTFSAFAAAAVVAYALEAS
LSAEAMGSWGWRLPFLIAAPLGLVGLYLRWKLDETPAFQAVKEEHTVAHSPLKETLRNHG
AAISCLGAFVSLTALSFYMFTTYFATYLQVAGGLSRAMALLVSLIALIFAAAICPLAGLY
SDRVGRRATVMTACVLLMVVVYPSFLMASSGSFAASIVGVMLLAVGAVLCGVVTAALLSE
TFPTRTRYTASAITYNLAYTIFGGTAPLMATWLISTTGSNLSPAFYLIAVALLALAGGLA
LPETSRISLHDVGAEDKSSAPVLSR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory