SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF290 FitnessBrowser__psRCH2:GFF290 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6pnzA The structure of the aspartate transcarbamoylase trimer from staphylococcus aureus complexed with pala at 2.27 resolution.
38% identity, 88% coverage: 18:315/338 of query aligns to 1:288/293 of 6pnzA

query
sites
6pnzA
L
 
M
R
 
N
H
 
H
F
 
L
L
 
L
S
 
S
L
 
M
D
 
E
G
 
H
L
 
L
P
 
S
R
 
T
E
 
D
L
 
Q
L
 
I
T
 
Y
E
 
K
I
 
L
L
 
I
D
 
Q
T
 
K
A
 
A
D
 
S
S
 
Q
F
 
F
L
 
-
E
 
K
V
 
S
G
 
G
A
 
E
R
 
R
A
 
-
V
 
-
K
 
-
K
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
N
L
 
F
R
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
Y
V
 
V
C
 
A
N
 
N
V
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
N
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
K
T
 
C
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
M
A
 
A
A
 
E
Q
 
L
R
 
K
L
 
L
S
 
G
A
 
L
D
 
K
V
 
T
I
 
I
T
 
S
L
 
F
N
 
E
V
 
T
S
 
S
T
 
T
S
 
S
S
|
S
T
 
V
S
 
S
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
L
T
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
C
R
 
K
N
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
S
M
 
I
A
 
G
A
 
C
D
 
D
M
 
L
F
 
L
V
 
V
V
 
I
R
|
R
H
 
H
A
 
P
D
 
F
S
 
N
G
 
N
A
 
Y
A
 
Y
H
 
E
F
 
K
I
 
L
A
 
A
E
 
-
H
 
-
V
 
-
S
 
N
P
 
I
Q
 
N
V
 
I
A
 
P
V
 
I
I
 
A
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
G
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
 
Q
G
 
S
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
I
R
 
Y
R
 
E
H
 
E
K
 
Y
G
 
G
S
 
Y
F
 
F
E
 
E
N
 
G
L
 
L
S
 
N
V
 
V
A
 
L
I
 
I
V
 
C
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
K
H
 
N
S
 
S
R
|
R
V
 
V
A
 
A
R
 
R
S
 
S
N
 
N
M
 
Y
L
 
H
A
 
S
L
 
L
K
 
K
T
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
A
P
 
-
D
 
N
I
 
V
R
 
M
V
 
F
I
 
N
A
 
S
P
 
P
K
 
N
T
 
A
L
 
W
L
 
I
P
 
D
E
 
D
G
 
S
I
 
L
E
 
E
Q
 
A
Y
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
-
V
 
P
F
 
Y
T
 
V
D
 
N
M
 
I
N
 
D
E
 
D
G
 
V
L
 
I
R
 
E
D
 
T
V
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
V
I
 
M
M
 
L
L
 
L
R
|
R
L
 
I
Q
|
Q
R
 
H
E
 
E
R
 
R
M
 
H
Q
 
-
G
 
-
G
 
G
L
 
L
L
 
A
P
 
E
-
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
F
S
 
A
E
 
A
G
 
D
E
 
D
F
 
Y
Y
 
H
K
 
Q
L
 
K
Y
 
H
G
 
G
L
 
L
N
 
N
T
 
E
Q
 
V
R
 
R
L
 
Y
A
 
N
L
 
K
A
 
L
K
 
Q
P
 
E
D
 
H
A
 
A
I
 
I
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
x
A
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
E
 
Q
S
 
S
A
 
D
V
 
L
A
 
V
D
 
E
G
 
A
P
 
S
Q
 
K
S
 
S
V
 
R
I
 
I
L
 
F
N
 
K
Q
 
Q
V
 
M
T
 
E
Y
 
N
G
 
G
I
 
V
A
 
Y
I
 
L
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
I

P05654 Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit; Aspartate transcarbamylase; ATCase; EC 2.1.3.2 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
39% identity, 89% coverage: 18:319/338 of query aligns to 1:289/304 of P05654

query
sites
P05654
L
 
M
R
 
K
H
 
H
F
 
L
L
 
T
S
 
T
L
 
M
D
 
S
G
 
E
L
 
L
P
 
S
R
 
T
E
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
K
E
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
A
 
A
D
 
Q
S
 
E
F
 
L
L
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
K
A
 
S
V
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
D
P
 
N
L
 
Q
L
 
L
R
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
F
V
 
A
C
 
A
N
 
N
V
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
P
S
 
S
T
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
R
T
 
F
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
E
Q
 
K
R
 
K
L
 
L
S
 
G
A
 
M
D
 
N
V
 
V
I
 
L
T
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
G
S
 
T
T
 
S
S
 
T
S
 
S
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
T
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
R
N
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
S
M
 
I
A
 
G
A
 
V
D
 
D
M
 
V
F
 
C
V
 
V
V
 
I
R
 
R
H
 
H
A
 
S
D
 
E
S
 
D
G
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
E
F
 
Y
I
 
Y
A
 
E
E
 
E
H
 
L
V
 
V
S
 
S
P
 
Q
-
 
V
Q
 
N
V
 
I
A
 
P
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
C
H
 
G
A
 
Q
H
 
H
P
 
P
T
 
T
Q
 
Q
G
 
S
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
I
R
 
Y
R
 
E
H
 
E
K
 
F
G
 
N
S
 
T
F
 
F
E
 
K
N
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
H
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
 
R
V
 
V
A
 
A
R
 
R
S
 
S
N
 
N
M
 
A
L
 
E
A
 
V
L
 
L
K
 
T
T
 
R
L
 
L
G
 
G
C
 
A
P
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
R
V
 
V
I
 
L
-
 
F
-
 
S
A
 
G
P
 
P
K
 
S
T
 
E
L
 
W
L
 
Q
P
 
D
E
 
E
G
 
E
I
 
-
E
 
N
Q
 
T
Y
 
F
G
 
G
V
 
-
R
 
-
V
 
T
F
 
Y
T
 
V
D
 
S
M
 
M
N
 
D
E
 
E
G
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
S
V
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
R
 
N
E
 
E
R
 
R
M
 
H
Q
 
Q
G
 
S
G
 
A
L
 
-
L
 
V
P
 
S
S
 
Q
E
 
E
G
 
G
E
 
Y
F
 
L
Y
 
N
K
 
K
L
 
-
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
N
 
T
T
 
V
Q
 
E
R
 
R
L
 
A
A
 
E
L
 
R
A
 
M
K
 
K
P
 
R
D
 
H
A
 
A
I
 
I
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
 
A
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
E
 
D
S
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
V
D
 
E
G
 
S
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
R
I
 
I
L
 
F
N
 
K
Q
 
Q
V
 
M
T
 
K
Y
 
N
G
 
G
I
 
V
A
 
F
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
I
S
 
Q
M
 
R
A
 
A
M
 
L

Sites not aligning to the query:

3r7fA Crystal structure of cp-bound aspartate transcarbamoylase from bacillus subtilis (see paper)
39% identity, 89% coverage: 18:319/338 of query aligns to 1:289/291 of 3r7fA

query
sites
3r7fA
L
 
M
R
 
K
H
 
H
F
 
L
L
 
T
S
 
T
L
 
M
D
 
S
G
 
E
L
 
L
P
x
S
R
x
T
E
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
K
E
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
A
 
A
D
x
Q
S
 
E
F
 
L
L
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
R
x
K
A
 
S
V
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
D
P
 
N
L
 
Q
L
 
L
R
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
F
V
 
A
C
 
A
N
 
N
V
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
P
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
T
 
F
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
E
Q
 
K
R
 
K
L
 
L
S
 
G
A
 
M
D
 
N
V
 
V
I
 
L
T
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
G
S
 
T
T
 
S
S
 
T
S
 
S
T
 
V
S
 
Q
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
T
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
R
N
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
S
M
 
I
A
 
G
A
 
V
D
 
D
M
 
V
F
 
C
V
 
V
V
 
I
R
|
R
H
 
H
A
 
S
D
 
E
S
 
D
G
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
E
F
 
Y
I
 
Y
A
 
E
E
 
E
H
 
L
V
 
V
S
 
S
P
 
Q
-
 
V
Q
 
N
V
 
I
A
 
P
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
C
H
 
G
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
S
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
I
R
 
Y
R
x
E
H
 
E
K
 
F
G
 
N
S
 
T
F
 
F
E
 
K
N
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
H
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
 
R
V
 
V
A
 
A
R
 
R
S
 
S
N
 
N
M
 
A
L
 
E
A
 
V
L
 
L
K
 
T
T
x
R
L
 
L
G
 
G
C
 
A
P
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
R
V
 
V
I
 
L
-
 
F
-
 
S
A
 
G
P
 
P
K
 
S
T
 
E
L
 
W
L
 
Q
P
 
D
E
 
E
G
 
E
I
 
-
E
 
N
Q
 
T
Y
 
F
G
 
G
V
 
-
R
 
-
V
 
T
F
 
Y
T
 
V
D
 
S
M
 
M
N
 
D
E
 
E
G
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
S
V
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
L
L
|
L
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
R
 
N
E
 
E
R
 
R
M
 
H
Q
 
Q
G
 
S
G
 
A
L
 
-
L
 
V
P
 
S
S
 
Q
E
 
E
G
 
G
E
 
Y
F
 
L
Y
 
N
K
 
K
L
 
-
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
N
 
T
T
 
V
Q
 
E
R
 
R
L
 
A
A
 
E
L
 
R
A
 
M
K
|
K
P
 
R
D
x
H
A
 
A
I
 
I
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
x
A
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
E
 
D
S
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
V
D
 
E
G
 
S
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
R
I
 
I
L
 
F
N
x
K
Q
 
Q
V
 
M
T
x
K
Y
 
N
G
|
G
I
 
V
A
 
F
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
I
S
 
Q
M
 
R
A
 
A
M
 
L

3r7dA Crystal structure of unliganded aspartate transcarbamoylase from bacillus subtilis (see paper)
39% identity, 89% coverage: 18:319/338 of query aligns to 1:289/291 of 3r7dA

query
sites
3r7dA
L
 
M
R
 
K
H
 
H
F
 
L
L
 
T
S
 
T
L
 
M
D
 
S
G
 
E
L
 
L
P
x
S
R
x
T
E
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
K
E
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
A
 
A
D
 
Q
S
 
E
F
 
L
L
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
K
A
 
S
V
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
D
P
 
N
L
 
Q
L
 
L
R
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
F
V
 
A
C
 
A
N
 
N
V
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
P
S
 
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
T
 
F
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
E
Q
 
K
R
 
K
L
 
L
S
 
G
A
 
M
D
 
N
V
 
V
I
 
L
T
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
G
S
 
T
T
 
S
S
x
T
S
|
S
T
 
V
S
 
Q
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
T
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
R
N
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
S
M
 
I
A
 
G
A
 
V
D
 
D
M
 
V
F
 
C
V
 
V
V
 
I
R
|
R
H
 
H
A
 
S
D
 
E
S
 
D
G
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
E
F
 
Y
I
 
Y
A
 
E
E
 
E
H
 
L
V
 
V
S
 
S
P
 
Q
-
 
V
Q
 
N
V
 
I
A
 
P
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
C
H
 
G
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
S
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
I
R
 
Y
R
 
E
H
 
E
K
 
F
G
 
N
S
 
T
F
 
F
E
 
K
N
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
H
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
 
R
V
 
V
A
 
A
R
 
R
S
 
S
N
 
N
M
 
A
L
 
E
A
 
V
L
 
L
K
 
T
T
x
R
L
 
L
G
 
G
C
 
A
P
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
R
V
 
V
I
 
L
-
 
F
-
 
S
A
 
G
P
 
P
K
 
S
T
 
E
L
 
W
L
 
Q
P
 
D
E
 
E
G
 
E
I
 
-
E
 
N
Q
 
T
Y
 
F
G
 
G
V
 
-
R
 
-
V
 
T
F
 
Y
T
 
V
D
 
S
M
 
M
N
 
D
E
 
E
G
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
S
V
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
L
L
|
L
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
R
 
N
E
 
E
R
 
R
M
 
H
Q
 
Q
G
 
S
G
 
A
L
 
-
L
 
V
P
 
S
S
 
Q
E
 
E
G
 
G
E
 
Y
F
 
L
Y
 
N
K
 
K
L
 
-
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
N
 
T
T
 
V
Q
 
E
R
 
R
L
 
A
A
 
E
L
 
R
A
 
M
K
 
K
P
 
R
D
 
H
A
 
A
I
 
I
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
 
A
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
E
 
D
S
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
V
D
 
E
G
 
S
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
R
I
 
I
L
 
F
N
 
K
Q
 
Q
V
 
M
T
 
K
Y
 
N
G
|
G
I
 
V
A
 
F
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
I
S
 
Q
M
 
R
A
 
A
M
 
L

3r7lA Crystal structure of pala-bound aspartate transcarbamoylase from bacillus subtilis (see paper)
39% identity, 89% coverage: 18:319/338 of query aligns to 1:289/290 of 3r7lA

query
sites
3r7lA
L
 
M
R
 
K
H
 
H
F
 
L
L
 
T
S
 
T
L
 
M
D
 
S
G
 
E
L
 
L
P
 
S
R
 
T
E
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
K
E
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
A
 
A
D
 
Q
S
 
E
F
 
L
L
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
K
A
 
S
V
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
D
P
 
N
L
 
Q
L
 
L
R
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
F
V
 
A
C
 
A
N
 
N
V
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
P
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
T
 
F
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
E
Q
 
K
R
 
K
L
 
L
S
 
G
A
 
M
D
 
N
V
 
V
I
 
L
T
 
N
L
 
L
N
 
D
V
 
G
S
 
T
T
 
S
S
 
T
S
|
S
T
 
V
S
 
Q
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
T
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
R
N
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
S
M
 
I
A
 
G
A
 
V
D
 
D
M
 
V
F
 
C
V
 
V
V
 
I
R
|
R
H
 
H
A
 
S
D
 
E
S
 
D
G
 
-
A
 
-
A
 
-
H
 
E
F
 
Y
I
 
Y
A
 
E
E
 
E
H
 
L
V
 
V
S
 
S
P
 
Q
-
 
V
Q
 
N
V
 
I
A
 
P
V
 
I
I
 
L
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
C
H
 
G
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
S
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
I
R
 
Y
R
 
E
H
 
E
K
 
F
G
 
N
S
 
T
F
 
F
E
 
K
N
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
H
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
|
R
V
 
V
A
 
A
R
 
R
S
 
S
N
 
N
M
 
A
L
 
E
A
 
V
L
 
L
K
 
T
T
 
R
L
 
L
G
 
G
C
 
A
P
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
R
V
 
V
I
 
L
-
 
F
-
 
S
A
 
G
P
 
P
K
 
S
T
 
E
L
 
W
L
 
Q
P
 
D
E
 
E
G
 
E
I
 
-
E
 
N
Q
 
T
Y
 
F
G
 
G
V
 
-
R
 
-
V
 
T
F
 
Y
T
 
V
D
 
S
M
 
M
N
 
D
E
 
E
G
 
A
L
 
V
R
 
E
D
 
S
V
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
L
L
|
L
R
|
R
L
 
I
Q
|
Q
R
 
N
E
 
E
R
 
R
M
 
H
Q
 
Q
G
 
S
G
 
A
L
 
-
L
 
V
P
 
S
S
 
Q
E
 
E
G
 
G
E
 
Y
F
 
L
Y
 
N
K
 
K
L
 
-
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
N
 
T
T
 
V
Q
 
E
R
 
R
L
 
A
A
 
E
L
 
R
A
 
M
K
 
K
P
 
R
D
 
H
A
 
A
I
 
I
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
x
A
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
E
 
D
S
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
V
D
 
E
G
 
S
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
R
I
 
I
L
 
F
N
 
K
Q
 
Q
V
 
M
T
 
K
Y
 
N
G
|
G
I
 
V
A
 
F
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
V
L
 
I
S
 
Q
M
 
R
A
 
A
M
 
L

4bjhB Crystal structure of the aquifex reactor complex formed by dihydroorotase (h180a, h232a) with dihydroorotate and aspartate transcarbamoylase with n-(phosphonacetyl)-l-aspartate (pala) (see paper)
39% identity, 90% coverage: 18:320/338 of query aligns to 1:291/291 of 4bjhB

query
sites
4bjhB
L
 
M
R
 
R
H
 
S
F
 
L
L
 
I
S
 
S
L
 
S
D
 
L
G
 
D
L
 
L
P
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
E
L
 
V
T
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
K
T
 
Y
A
 
A
D
 
K
S
 
E
F
 
F
L
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
K
A
 
E
R
 
E
A
 
T
V
 
I
K
 
K
K
 
A
V
 
S
P
 
A
L
 
V
L
 
L
R
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
V
 
-
C
 
-
N
 
-
V
 
F
F
 
F
F
 
S
E
 
E
N
 
P
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
T
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
L
 
L
S
 
G
A
 
I
D
 
E
V
 
T
I
 
Y
T
 
L
L
 
V
N
 
S
V
 
G
S
 
S
T
 
E
S
 
S
S
 
S
T
 
T
S
 
V
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
F
T
 
F
D
 
D
T
 
T
L
 
L
R
 
K
N
 
T
L
 
F
E
 
E
A
 
G
M
 
L
A
 
G
A
 
F
D
 
D
M
 
Y
F
 
V
V
 
V
V
 
F
R
|
R
H
 
V
A
 
P
D
 
F
S
 
V
G
 
F
A
 
F
A
 
P
H
 
Y
F
 
-
I
 
-
A
 
K
E
 
E
H
 
I
V
 
V
-
 
K
S
 
S
P
 
L
Q
 
N
V
 
L
A
 
R
V
 
L
I
 
V
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
T
H
 
H
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
S
Q
|
Q
G
 
G
M
 
L
L
 
I
D
 
D
M
 
F
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
K
R
 
E
H
 
H
K
 
F
G
 
G
S
 
E
F
 
V
E
 
K
N
 
D
L
 
L
S
 
R
V
 
V
A
 
L
I
 
Y
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
|
R
V
|
V
A
 
F
R
 
R
S
 
S
N
 
G
M
 
A
L
 
P
A
 
L
L
 
L
K
 
N
T
 
M
L
 
F
G
 
G
C
 
A
P
 
K
D
 
-
I
 
I
R
 
G
V
 
V
I
 
C
A
 
G
P
 
P
K
 
K
T
 
T
L
 
L
L
 
I
P
 
P
E
 
R
G
 
D
I
 
V
E
 
E
Q
 
V
Y
 
F
G
 
K
V
 
V
R
 
D
V
 
V
F
 
F
T
 
D
D
 
D
M
 
V
N
 
D
E
 
K
G
 
G
L
 
I
R
 
D
D
 
W
V
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
M
 
W
L
 
L
R
|
R
L
 
L
Q
|
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
Q
Q
 
K
G
 
E
G
 
N
L
 
Y
L
 
I
P
 
P
S
 
S
E
 
E
G
 
S
E
 
S
F
 
Y
Y
 
F
K
 
K
L
 
Q
Y
 
F
G
 
G
L
 
L
N
 
T
T
 
K
Q
 
E
R
 
R
L
 
F
A
 
E
L
 
K
A
 
V
K
 
K
P
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
L
V
 
Y
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
|
G
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
N
V
 
V
E
 
D
I
 
I
E
 
D
S
 
H
A
 
E
V
 
L
A
 
V
D
 
Y
G
 
T
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
L
I
 
I
L
 
Q
N
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
K
Y
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
P
I
 
V
R
 
R
M
 
K
A
 
A
V
 
I
L
 
Y
S
 
K
M
 
F
A
 
L
M
 
W
S
 
T

3d6nB Crystal structure of aquifex dihydroorotase activated by aspartate transcarbamoylase (see paper)
39% identity, 90% coverage: 18:320/338 of query aligns to 1:291/291 of 3d6nB

query
sites
3d6nB
L
 
M
R
 
R
H
 
S
F
 
L
L
 
I
S
 
S
L
 
S
D
 
L
G
 
D
L
 
L
P
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
E
L
 
V
T
 
E
E
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
K
T
 
Y
A
 
A
D
 
K
S
 
E
F
 
F
L
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
K
A
 
E
R
 
E
A
 
T
V
 
I
K
 
K
K
 
A
V
 
S
P
 
A
L
 
V
L
 
L
R
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
V
 
-
C
 
-
N
 
-
V
 
F
F
 
F
F
 
S
E
 
E
N
 
P
S
 
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
T
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
R
 
E
L
 
L
S
 
G
A
 
I
D
 
E
V
 
T
I
 
Y
T
 
L
L
 
V
N
 
S
V
 
G
S
 
S
T
 
E
S
 
S
S
 
S
T
 
T
S
 
V
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
F
T
 
F
D
 
D
T
 
T
L
 
L
R
 
K
N
 
T
L
 
F
E
 
E
A
 
G
M
 
L
A
 
G
A
 
F
D
 
D
M
 
Y
F
 
V
V
 
V
V
 
F
R
|
R
H
 
V
A
 
P
D
 
F
S
 
V
G
 
F
A
 
F
A
 
P
H
 
Y
F
 
-
I
 
-
A
 
K
E
 
E
H
 
I
V
 
V
-
 
K
S
 
S
P
 
L
Q
 
N
V
 
L
A
 
R
V
 
L
I
 
V
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
T
H
 
H
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
S
Q
|
Q
G
 
G
M
 
L
L
 
I
D
 
D
M
 
F
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
K
R
 
E
H
 
H
K
 
F
G
 
G
S
 
E
F
 
V
E
 
K
N
 
D
L
 
L
S
 
R
V
 
V
A
 
L
I
 
Y
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
|
R
V
|
V
A
 
F
R
 
R
S
 
S
N
 
G
M
 
A
L
 
P
A
 
L
L
 
L
K
 
N
T
 
M
L
 
F
G
 
G
C
 
A
P
 
K
D
 
-
I
 
I
R
 
G
V
 
V
I
 
C
A
 
G
P
 
P
K
 
K
T
 
T
L
 
L
L
 
I
P
 
P
E
 
R
G
 
D
I
 
V
E
 
E
Q
 
V
Y
 
F
G
 
K
V
 
V
R
 
D
V
 
V
F
 
F
T
 
D
D
 
D
M
 
V
N
 
D
E
 
K
G
 
G
L
 
I
R
 
D
D
 
W
V
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
M
 
W
L
 
L
R
|
R
L
 
L
Q
 
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
Q
Q
 
K
G
 
E
G
 
N
L
 
Y
L
 
I
P
 
P
S
 
S
E
 
E
G
 
S
E
 
S
F
 
Y
Y
 
F
K
 
K
L
 
Q
Y
 
F
G
 
G
L
 
L
N
 
T
T
 
K
Q
 
E
R
 
R
L
 
F
A
 
E
L
 
K
A
 
V
K
 
K
P
 
-
D
 
-
A
 
-
I
 
L
V
 
Y
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
|
G
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
N
V
 
V
E
 
D
I
 
I
E
 
D
S
 
H
A
 
E
V
 
L
A
 
V
D
 
Y
G
 
T
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
L
I
 
I
L
 
Q
N
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
K
Y
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
P
I
 
V
R
 
R
M
 
K
A
 
A
V
 
I
L
 
Y
S
 
K
M
 
F
A
 
L
M
 
W
S
 
T

8bplA Aspartate transcarbamoylase mutant (n2045c, r2238c) from chaetomium thermophilum cad-like bound to carbamoyl phosphate (see paper)
36% identity, 89% coverage: 20:320/338 of query aligns to 17:316/316 of 8bplA

query
sites
8bplA
H
 
H
F
 
V
L
 
L
S
 
S
L
 
V
D
 
T
G
 
Q
L
 
F
P
 
T
R
 
R
E
 
A
L
 
D
L
 
L
T
 
H
E
 
L
I
 
L
L
 
F
D
 
Q
T
 
I
A
 
A
D
 
Q
S
 
E
F
 
-
L
 
M
E
 
R
V
 
L
G
 
G
A
 
V
R
 
Q
A
 
R
V
 
E
K
 
G
K
 
V
V
 
L
P
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
K
 
K
T
 
V
V
 
L
C
 
C
N
 
T
V
 
L
F
 
F
F
 
Y
E
 
E
N
 
P
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
S
T
 
A
T
 
S
F
 
F
E
 
D
L
 
A
A
 
A
A
 
M
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
R
V
 
T
I
 
I
T
 
P
L
 
I
N
 
Q
V
 
T
S
 
S
T
 
T
S
 
S
S
 
S
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
T
 
Q
D
 
D
T
 
T
L
 
L
R
 
R
N
 
T
L
 
L
E
 
-
A
 
A
M
 
C
A
 
Y
A
 
S
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
L
R
|
R
H
 
H
A
 
P
D
 
D
S
 
E
G
 
K
A
 
C
A
 
V
H
 
D
F
 
-
I
 
V
A
 
A
E
 
K
H
 
K
V
 
Y
S
 
C
P
 
P
Q
 
-
V
 
V
A
 
P
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
G
 
G
D
 
N
G
 
G
R
 
S
H
 
K
A
 
E
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
A
M
 
F
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
E
H
 
E
K
 
L
G
 
G
S
 
T
F
 
M
E
 
Q
N
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
I
A
 
T
I
 
F
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
L
H
 
Y
S
 
G
R
 
R
V
 
P
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
L
M
 
V
L
 
Y
A
 
L
L
 
L
K
 
R
T
 
H
L
 
Y
G
 
Q
C
 
V
P
 
-
D
 
K
I
 
V
R
 
Q
V
 
L
I
 
V
A
 
S
P
 
P
K
 
K
T
 
A
L
 
L
-
 
R
L
 
L
P
 
P
E
 
P
G
 
A
I
 
V
E
 
R
Q
 
Q
Y
 
Q
G
 
L
V
 
V
R
 
D
V
 
A
F
 
G
T
 
Q
D
 
L
M
 
L
N
 
C
E
 
E
G
 
S
-
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
I
L
 
L
R
 
G
D
 
R
V
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
C
L
 
T
R
 
R
L
 
V
Q
 
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
F
P
 
P
S
 
S
E
 
L
G
 
A
E
 
E
F
 
F
Y
 
E
K
 
A
L
 
V
-
 
K
-
 
D
-
 
S
Y
 
Y
G
 
R
L
 
I
N
 
D
T
 
Y
Q
 
S
R
 
T
L
 
L
A
 
K
L
 
Y
A
 
A
K
 
K
P
 
P
D
 
T
A
 
T
I
 
V
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
x
L
P
 
P
I
 
R
N
 
N
R
 
E
G
 
-
V
 
-
E
 
E
I
 
V
E
 
A
S
 
E
A
 
E
V
 
V
A
 
D
D
 
F
G
 
D
P
 
Q
Q
 
R
S
 
A
V
 
A
I
 
Y
L
 
F
N
 
R
Q
 
Q
V
 
M
T
 
C
Y
 
Y
G
 
G
I
 
L
A
 
Y
I
 
C
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
M
S
 
S

4eknB Structure of the catalytic chain of methanococcus jannaschii aspartate transcarbamoylase in a hexagonal crystal form (see paper)
36% identity, 88% coverage: 18:316/338 of query aligns to 1:297/304 of 4eknB

query
sites
4eknB
L
 
M
R
 
K
H
 
H
F
 
L
L
 
I
S
 
S
L
 
M
D
 
K
G
 
D
L
 
I
P
 
G
R
 
K
E
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
L
E
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
D
T
 
E
A
 
A
D
 
R
S
 
K
F
 
M
L
 
E
E
 
E
V
 
L
G
 
-
A
 
L
R
 
N
A
 
T
V
 
K
K
 
R
K
 
P
V
 
L
P
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
I
V
 
L
C
 
A
N
 
T
V
 
V
F
 
F
F
 
Y
E
 
E
N
 
P
S
 
S
T
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
R
T
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
A
A
 
M
Q
 
K
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
E
V
 
V
I
 
I
T
 
T
L
 
M
-
 
T
N
 
D
V
 
L
S
 
K
T
 
S
S
 
S
S
 
S
T
 
V
S
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
L
T
 
I
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
R
N
 
V
L
 
I
E
 
S
A
 
G
M
 
Y
A
 
A
A
 
-
D
 
D
M
 
I
F
 
I
V
 
V
V
 
L
R
 
R
H
 
H
A
 
P
D
 
S
S
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
H
 
R
F
 
L
I
 
A
A
 
S
E
 
E
H
 
Y
V
 
-
S
 
-
P
 
S
Q
 
Q
V
 
V
A
 
P
V
 
I
I
 
I
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
 
H
P
 
P
T
 
T
Q
 
Q
G
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
Y
T
 
T
I
 
I
R
 
M
R
 
R
H
 
E
K
 
I
G
 
G
S
 
R
F
 
I
E
 
D
N
 
G
L
 
I
S
 
K
V
 
I
A
 
A
I
 
F
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
x
G
R
|
R
V
x
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
L
M
 
V
L
 
Y
A
 
A
L
 
L
K
 
S
T
 
L
L
 
F
G
 
E
C
 
N
P
 
V
D
 
E
I
 
M
R
 
Y
V
 
F
I
 
V
A
 
S
P
 
P
K
 
K
T
 
E
L
 
L
-
 
R
L
 
L
P
 
P
-
 
K
-
 
D
-
 
I
-
 
I
E
 
E
G
 
D
I
 
L
E
 
K
Q
 
A
Y
 
K
G
 
N
V
 
I
R
 
K
V
 
F
F
 
Y
T
 
E
D
 
K
M
 
E
N
 
S
-
 
L
-
 
D
E
 
D
G
 
L
L
 
D
R
 
D
D
 
D
V
 
I
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
V
L
x
T
R
|
R
L
 
I
Q
 
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
F
P
 
P
S
 
D
E
 
P
G
 
N
E
 
E
F
 
Y
Y
 
E
K
 
K
L
 
V
Y
 
K
G
 
G
-
 
S
L
 
Y
N
 
K
T
 
I
Q
 
K
R
 
R
L
 
E
A
 
Y
L
 
V
A
 
E
K
 
G
P
 
K
D
 
K
A
 
F
I
 
I
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
 
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
D
S
 
Y
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
D
G
 
L
P
 
P
Q
 
Q
S
 
A
V
 
K
I
 
Y
L
 
F
N
 
K
Q
 
Q
V
 
S
T
 
F
Y
 
Y
G
|
G
I
 
I
A
 
P
I
 
V
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
I
L
 
L
S
 
K

1ml4A The pala-liganded aspartate transcarbamoylase catalytic subunit from pyrococcus abyssi (see paper)
34% identity, 89% coverage: 19:319/338 of query aligns to 5:304/307 of 1ml4A

query
sites
1ml4A
R
 
R
H
 
D
F
 
V
L
 
I
S
 
S
L
 
I
D
 
R
G
 
D
L
 
F
P
 
S
R
 
K
E
 
E
L
 
D
L
 
I
T
 
E
E
 
T
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
E
S
 
R
F
 
-
L
 
L
E
 
E
V
 
R
G
 
E
A
 
L
R
 
K
A
 
E
V
 
K
K
 
G
K
 
Q
V
 
L
P
 
E
L
 
Y
L
 
A
R
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
I
V
 
L
C
 
A
N
 
T
V
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
P
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
T
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
S
A
 
A
A
 
M
Q
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
A
V
 
V
I
 
I
T
 
G
L
 
F
-
 
A
N
 
E
V
 
A
S
 
S
T
 
T
S
 
S
S
 
S
T
 
V
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
L
T
 
R
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
K
N
 
T
L
 
V
E
 
E
A
 
Q
M
 
Y
A
 
C
A
 
-
D
 
D
M
 
V
F
 
I
V
 
V
V
 
I
R
|
R
H
 
H
A
 
P
D
 
K
S
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
H
 
R
F
 
L
I
 
A
A
 
A
E
 
E
H
 
-
V
 
-
S
 
V
P
 
A
Q
 
E
V
 
V
A
 
P
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
Y
T
 
T
I
 
I
R
 
K
R
 
K
H
 
E
K
 
F
G
 
G
S
 
R
F
 
I
E
 
D
N
 
G
L
 
L
S
 
K
V
 
I
A
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
x
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
L
M
 
A
L
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
-
T
 
T
L
 
F
G
 
Y
C
 
D
P
 
V
D
 
E
I
 
L
R
 
Y
V
 
L
I
 
I
A
 
S
P
 
P
K
 
E
T
 
L
L
 
L
-
 
R
-
 
M
-
 
P
-
 
R
-
 
H
L
 
I
P
 
V
E
 
E
G
 
E
I
 
L
E
 
R
Q
 
E
Y
 
K
G
 
G
V
 
M
R
 
K
V
 
V
F
 
V
-
 
E
-
 
T
T
 
T
D
 
T
M
 
L
N
 
E
E
 
D
G
 
V
L
 
I
R
 
G
D
 
K
V
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
V
L
x
T
R
|
R
L
 
I
Q
 
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
F
P
 
P
S
 
D
E
 
E
G
 
Q
E
 
E
F
 
Y
Y
 
L
K
 
K
L
 
V
-
 
K
-
 
G
-
 
S
Y
 
Y
G
 
Q
L
 
V
N
 
N
T
 
L
Q
 
K
R
 
V
L
 
L
A
 
E
L
 
K
A
 
A
K
 
K
P
 
D
D
 
E
A
 
L
I
 
R
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
x
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
H
S
 
P
A
 
E
V
 
V
A
 
D
D
 
N
G
 
T
P
 
K
Q
 
H
S
 
A
V
 
I
I
 
Y
L
 
F
N
 
R
Q
 
Q
V
 
V
T
 
F
Y
 
N
G
|
G
I
 
V
A
 
P
I
 
V
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L

P08955 Multifunctional protein CAD; Carbamoyl phosphate synthetase 2-aspartate transcarbamylase-dihydroorotase; EC 6.3.5.5; EC 3.5.1.2; EC 6.3.4.16; EC 2.1.3.2; EC 3.5.2.3 from Mesocricetus auratus (Golden hamster) (see paper)
32% identity, 89% coverage: 19:319/338 of query aligns to 1924:2222/2225 of P08955

query
sites
P08955
R
 
Q
H
 
H
F
 
I
L
 
L
S
 
S
L
 
V
D
 
K
G
 
Q
L
 
F
P
 
T
R
 
K
E
 
D
L
 
Q
L
 
M
T
 
S
E
 
H
I
 
L
L
 
F
D
 
N
T
 
V
A
 
A
D
 
H
S
 
T
F
 
-
L
 
L
E
 
R
V
 
M
G
 
M
A
 
V
R
 
Q
A
 
K
V
 
E
K
 
R
K
 
S
V
 
L
P
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
V
V
 
M
C
 
A
N
 
S
V
 
M
F
 
F
F
 
Y
E
 
E
N
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
S
T
 
S
T
 
S
F
 
F
E
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
M
Q
 
A
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
A
V
 
V
I
 
L
T
 
S
L
 
F
N
 
S
V
 
E
S
 
A
T
 
T
S
 
S
S
 
S
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
L
T
 
A
D
 
D
T
 
S
L
 
V
R
 
Q
N
 
T
L
 
M
E
 
S
A
 
C
M
 
Y
A
 
-
A
 
A
D
 
D
M
 
V
F
 
V
V
 
V
V
 
L
R
 
R
H
 
H
A
 
P
D
 
Q
S
 
P
G
 
G
A
 
A
A
 
V
H
 
E
F
 
L
I
 
A
A
 
A
E
 
K
H
 
H
V
 
C
S
 
-
P
 
-
Q
 
R
V
 
R
A
 
P
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
V
H
 
G
A
 
E
H
 
H
P
 
P
T
 
T
Q
 
Q
G
 
A
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
I
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
E
H
 
E
K
 
L
G
 
G
S
 
T
F
 
V
E
 
N
N
 
G
L
 
M
S
 
T
V
 
I
A
 
T
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
H
S
 
G
R
 
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
-
M
 
L
L
 
A
A
 
C
L
 
L
K
 
L
T
 
T
L
 
Q
G
 
Y
C
 
R
P
 
V
D
 
S
I
 
L
R
 
R
V
 
Y
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
P
T
 
S
L
 
L
-
 
R
L
 
M
P
 
P
E
 
P
G
 
S
I
 
V
E
 
W
Q
 
D
Y
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
R
G
 
G
V
 
T
R
 
K
V
 
Q
-
 
E
-
 
E
F
 
F
T
 
E
D
 
S
M
 
I
N
 
E
E
 
E
G
 
A
L
 
L
R
 
P
D
 
D
V
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
 
T
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
F
Q
 
G
G
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
S
 
S
E
 
T
G
 
Q
E
 
E
F
 
Y
Y
 
E
K
 
A
L
 
C
Y
 
F
G
 
G
-
 
Q
-
 
F
-
 
I
L
 
L
N
 
T
T
 
P
Q
 
H
R
 
I
L
 
M
A
 
T
L
 
R
A
 
A
K
 
K
P
 
K
D
 
K
A
 
M
I
 
V
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
 
M
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
N
E
 
E
I
 
I
E
 
S
S
 
V
A
 
E
V
 
V
A
 
D
D
 
S
G
 
D
P
 
P
Q
 
R
S
 
A
V
 
A
I
 
Y
L
 
F
N
 
R
Q
 
Q
V
 
A
T
 
E
Y
 
N
G
 
G
I
 
M
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A
M
 
T
A
 
V
M
 
L

Sites not aligning to the query:

5g1nE Aspartate transcarbamoylase domain of human cad bound to pala (see paper)
32% identity, 88% coverage: 19:316/338 of query aligns to 6:301/307 of 5g1nE

query
sites
5g1nE
R
 
Q
H
 
H
F
 
I
L
 
L
S
 
S
L
 
V
D
 
Q
G
 
Q
L
 
F
P
 
T
R
 
K
E
 
D
L
 
Q
L
 
M
T
 
S
E
 
H
I
 
L
L
 
F
D
 
N
T
 
V
A
 
A
D
 
H
S
 
T
F
 
-
L
 
L
E
 
R
V
 
M
G
 
M
A
 
V
R
 
Q
A
 
K
V
 
E
K
 
R
K
 
S
V
 
L
P
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
V
V
 
M
C
 
A
N
 
S
V
 
M
F
 
F
F
 
Y
E
 
E
N
 
V
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
S
T
 
S
T
 
S
F
 
F
E
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
M
Q
 
A
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
A
V
 
V
I
 
L
T
 
S
L
 
F
N
 
S
V
 
E
S
 
A
T
 
T
S
 
S
S
|
S
T
 
V
S
 
Q
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
L
T
 
A
D
 
D
T
 
S
L
 
V
R
 
Q
N
 
T
L
 
M
E
 
S
A
 
C
M
 
Y
A
 
-
A
 
A
D
 
D
M
 
V
F
 
V
V
 
V
V
 
L
R
|
R
H
 
H
A
 
P
D
 
Q
S
 
P
G
 
G
A
 
A
A
 
V
H
 
E
F
 
L
I
 
A
A
 
A
E
 
K
H
 
H
V
 
C
S
 
-
P
 
-
Q
 
R
V
 
R
A
 
P
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
V
H
 
G
A
 
E
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
A
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
I
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
E
H
 
E
K
 
L
G
 
G
S
 
T
F
 
V
E
 
N
N
 
G
L
 
M
S
 
T
V
 
I
A
 
T
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
H
S
 
G
R
|
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
-
M
 
L
L
 
A
A
 
C
L
 
L
K
 
L
T
 
T
L
 
Q
G
 
Y
C
 
R
P
 
V
D
 
S
I
 
L
R
 
R
V
 
Y
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
P
T
 
S
L
 
L
-
 
R
L
 
M
P
 
P
E
 
P
G
 
T
I
 
V
E
 
R
Q
 
A
Y
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
R
G
 
G
V
 
T
R
 
K
V
 
Q
-
 
E
-
 
E
F
 
F
T
 
E
D
 
S
M
 
I
N
 
E
E
 
E
G
 
A
L
 
L
R
 
P
D
 
D
V
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
|
R
L
 
I
Q
|
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
F
P
 
G
S
 
S
E
 
T
G
 
Q
E
 
E
F
 
Y
Y
 
E
K
 
A
L
 
C
Y
 
F
G
 
G
-
 
Q
-
 
F
-
 
I
L
 
L
N
 
T
T
 
P
Q
 
H
R
 
I
L
 
M
A
 
T
L
 
R
A
 
A
K
 
K
P
 
K
D
 
K
A
 
M
I
 
V
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
x
M
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
N
E
 
E
I
 
I
E
 
S
S
 
V
A
 
E
V
 
V
A
 
D
D
 
S
G
 
D
P
 
P
Q
 
R
S
 
A
V
 
A
I
 
Y
L
 
F
N
 
R
Q
 
Q
V
 
A
T
 
E
Y
 
N
G
|
G
I
 
M
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A

P05990 Multifunctional protein r; Protein rudimentary; EC 6.3.5.5; EC 3.5.1.2; EC 6.3.4.16; EC 2.1.3.2; EC 3.5.2.3 from Drosophila melanogaster (Fruit fly) (see 2 papers)
34% identity, 90% coverage: 19:323/338 of query aligns to 1918:2221/2224 of P05990

query
sites
P05990
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
L
S
 
A
L
 
V
D
 
D
G
 
M
L
 
F
P
 
N
R
 
K
E
 
D
L
 
H
L
 
L
T
 
N
E
 
D
I
 
I
L
 
F
D
 
N
T
 
L
A
 
A
D
 
Q
S
 
L
F
 
L
L
 
K
E
 
L
V
 
R
G
 
G
A
 
T
R
 
K
A
 
D
V
 
R
K
 
P
K
 
V
V
 
D
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
P
G
 
G
K
 
K
T
 
I
V
 
M
C
 
A
N
 
S
V
 
V
F
 
F
F
 
Y
E
 
E
N
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
Q
T
 
C
T
 
S
F
 
F
E
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
M
Q
 
L
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
R
V
 
V
I
 
I
T
 
S
L
 
M
N
 
D
V
 
N
S
 
I
T
 
T
S
 
S
S
 
S
T
 
V
S
 
K
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
L
T
 
E
D
 
D
T
 
S
L
 
I
R
 
K
N
 
V
L
 
V
E
 
S
A
 
S
M
 
Y
A
 
-
A
 
A
D
 
D
M
 
V
F
 
V
V
 
V
V
 
L
R
 
R
H
 
H
A
 
P
D
 
S
S
 
P
G
 
G
A
 
A
A
 
V
H
 
A
F
 
R
I
 
A
A
 
A
E
 
-
H
 
-
V
 
T
S
 
F
P
 
S
Q
 
R
V
 
K
A
 
P
V
 
L
I
 
I
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
V
H
 
G
A
 
E
H
 
H
P
 
P
T
 
T
Q
 
Q
G
 
A
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
I
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
E
H
 
E
K
 
F
G
 
G
S
 
T
F
 
V
E
 
N
N
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
I
A
 
T
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
N
S
 
G
R
 
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
-
M
 
L
L
 
A
A
 
R
L
 
L
K
 
L
T
 
T
L
 
L
G
 
Y
C
 
N
P
 
V
D
 
N
I
 
L
R
 
Q
V
 
Y
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
N
T
 
S
L
 
L
-
 
Q
L
 
M
P
 
P
E
 
D
G
 
E
I
 
V
E
 
V
Q
 
Q
Y
 
F
-
 
V
-
 
H
-
 
Q
-
 
R
G
 
G
V
 
V
R
 
K
-
 
Q
V
 
L
F
 
F
T
 
A
-
 
R
D
 
D
M
 
L
N
 
K
E
 
N
G
 
V
L
 
L
R
 
P
D
 
D
V
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
 
T
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
R
 
R
E
 
E
R
 
R
M
 
F
Q
 
D
G
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
S
 
N
E
 
V
G
 
E
E
 
D
F
 
Y
Y
 
E
K
 
K
L
 
C
Y
 
C
G
 
G
-
 
H
-
 
L
-
 
V
L
 
L
N
 
T
T
 
P
Q
 
E
R
 
H
L
 
M
A
 
M
L
 
R
A
 
A
K
 
K
P
 
K
D
 
R
A
 
S
I
 
I
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
 
P
G
 
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
L
V
 
N
E
 
E
I
 
I
E
 
S
S
 
R
A
 
E
V
 
I
A
 
D
D
 
S
G
 
D
P
 
P
Q
 
R
S
 
A
V
 
A
I
 
Y
L
 
F
N
 
R
Q
 
Q
V
 
A
T
 
E
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A
M
 
M
A
 
V
M
 
V
S
 
G
G
 
G
Q
 
R
T
 
N

Sites not aligning to the query:

P27708 Multifunctional protein CAD; Carbamoyl phosphate synthetase 2-aspartate transcarbamylase-dihydroorotase; EC 6.3.5.5; EC 3.5.1.2; EC 6.3.4.16; EC 2.1.3.2; EC 3.5.2.3 from Homo sapiens (Human) (see 7 papers)
32% identity, 89% coverage: 19:319/338 of query aligns to 1924:2222/2225 of P27708

query
sites
P27708
R
x
Q
H
|
H
F
x
I
L
|
L
S
|
S
L
x
V
D
x
Q
G
x
Q
L
x
F
P
x
T
R
x
K
E
x
D
L
x
Q
L
x
M
T
x
S
E
x
H
I
x
L
L
x
F
D
x
N
T
x
V
A
|
A
D
x
H
S
x
T
F
 
-
L
|
L
E
x
R
V
x
M
G
x
M
A
x
V
R
x
Q
A
x
K
V
x
E
K
x
R
K
x
S
V
x
L
P
x
D
L
x
I
L
|
L
R
x
K
G
|
G
K
|
K
T
x
V
V
x
M
C
x
A
N
x
S
V
x
M
F
|
F
F
x
Y
E
|
E
N
x
V
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
x
S
T
x
S
T
x
S
F
|
F
E
x
A
L
x
A
A
|
A
A
x
M
Q
x
A
R
|
R
L
|
L
S
x
G
A
x
G
D
x
A
V
|
V
I
x
L
T
x
S
L
x
F
N
x
S
V
x
E
S
x
A
T
|
T
S
|
S
S
|
S
T
x
V
S
x
Q
K
|
K
G
|
G
E
|
E
T
x
S
L
|
L
T
x
A
D
|
D
T
x
S
L
x
V
R
x
Q
N
x
T
L
x
M
E
x
S
A
x
C
M
x
Y
A
 
-
A
|
A
D
|
D
M
x
V
F
x
V
V
|
V
V
x
L
R
|
R
H
|
H
A
x
P
D
x
Q
S
x
P
G
|
G
A
|
A
A
x
V
H
x
E
F
x
L
I
x
A
A
|
A
E
x
K
H
|
H
V
x
C
S
 
-
P
 
-
Q
x
R
V
x
R
A
x
P
V
|
V
I
|
I
N
|
N
G
x
A
G
|
G
D
|
D
G
|
G
R
x
V
H
x
G
A
x
E
H
|
H
P
|
P
T
|
T
Q
|
Q
G
x
A
M
x
L
L
|
L
D
|
D
M
x
I
L
x
F
T
|
T
I
|
I
R
|
R
R
x
E
H
x
E
K
x
L
G
|
G
S
x
T
F
x
V
E
x
N
N
x
G
L
x
M
S
x
T
V
x
I
A
x
T
I
x
M
V
|
V
G
|
G
D
|
D
I
x
L
L
x
K
H
|
H
S
x
G
R
|
R
V
x
T
A
x
V
R
x
H
S
|
S
N
 
-
M
x
L
L
x
A
A
x
C
L
|
L
K
x
L
T
|
T
L
x
Q
G
x
Y
C
x
R
P
x
V
D
x
S
I
x
L
R
|
R
V
x
Y
I
x
V
A
|
A
P
|
P
K
x
P
T
x
S
L
|
L
-
x
R
L
x
M
P
|
P
E
x
P
G
x
T
I
x
V
E
x
R
Q
x
A
Y
x
F
-
x
V
-
x
A
-
x
S
-
x
R
G
|
G
V
x
T
R
x
K
V
x
Q
-
x
E
-
x
E
F
|
F
T
x
E
D
x
S
M
x
I
N
x
E
E
|
E
G
x
A
L
|
L
R
x
P
D
|
D
V
x
T
D
|
D
V
|
V
V
x
L
I
x
Y
M
|
M
L
x
T
R
|
R
L
x
I
Q
|
Q
R
x
K
E
|
E
R
|
R
M
x
F
Q
x
G
G
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
-
S
|
S
E
x
T
G
x
Q
E
|
E
F
x
Y
Y
x
E
K
x
A
L
x
C
Y
x
F
G
|
G
-
x
Q
-
x
F
-
x
I
L
|
L
N
x
T
T
x
P
Q
x
H
R
x
I
L
x
M
A
x
T
L
x
R
A
|
A
K
|
K
P
x
K
D
x
K
A
x
M
I
x
V
V
|
V
M
|
M
H
|
H
P
|
P
G
x
M
P
|
P
I
 
-
N
 
-
R
|
R
G
x
V
V
x
N
E
|
E
I
|
I
E
x
S
S
x
V
A
x
E
V
|
V
A
x
D
D
x
S
G
x
D
P
|
P
Q
x
R
S
x
A
V
x
A
I
x
Y
L
x
F
N
x
R
Q
|
Q
V
x
A
T
x
E
Y
x
N
G
|
G
I
x
M
A
x
Y
I
|
I
R
|
R
M
|
M
A
|
A
V
x
L
L
|
L
S
x
A
M
x
T
A
x
V
M
x
L

Sites not aligning to the query:

5g1pA Aspartate transcarbamoylase domain of human cad bound to carbamoyl phosphate (see paper)
33% identity, 88% coverage: 19:316/338 of query aligns to 3:286/292 of 5g1pA

query
sites
5g1pA
R
 
Q
H
 
H
F
 
I
L
 
L
S
 
S
L
 
V
D
 
Q
G
 
Q
L
 
F
P
 
T
R
 
K
E
 
D
L
 
Q
L
 
M
T
 
S
E
 
H
I
 
L
L
 
F
D
 
N
T
 
V
A
 
A
D
 
H
S
 
T
F
 
-
L
 
L
E
 
R
V
 
M
G
 
M
A
 
V
R
 
Q
A
 
K
V
 
E
K
 
R
K
 
S
V
 
L
P
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
V
V
 
M
C
 
A
N
 
S
V
 
M
F
 
F
F
 
Y
E
 
E
N
 
V
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
S
T
 
S
T
 
S
F
 
F
E
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
M
Q
 
A
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
A
V
 
V
I
 
L
T
 
S
L
 
F
N
 
S
V
 
E
S
 
A
T
 
T
S
 
S
S
 
S
T
 
V
S
 
Q
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
L
T
 
A
D
 
D
T
 
S
L
 
V
R
 
Q
N
 
T
L
 
M
E
 
S
A
 
C
M
 
Y
A
 
-
A
 
A
D
 
D
M
 
V
F
 
V
V
 
V
V
 
L
R
|
R
H
 
H
A
 
P
D
 
Q
S
 
P
G
 
G
A
 
A
A
 
V
H
 
E
F
 
L
I
 
A
A
 
A
E
 
K
H
 
H
V
 
C
S
 
-
P
 
-
Q
 
R
V
 
R
A
 
P
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
V
H
 
G
A
 
E
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
A
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
I
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
E
H
 
E
K
 
L
G
 
G
S
 
T
F
 
V
E
 
N
N
 
G
L
 
M
S
 
T
V
 
I
A
 
T
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
H
S
 
G
R
 
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
-
M
 
L
L
 
A
A
 
C
L
 
L
K
 
L
T
 
T
L
 
Q
G
 
Y
C
 
R
P
 
V
D
 
S
I
 
L
R
 
R
V
 
Y
I
 
V
A
 
A
P
 
P
K
 
P
T
 
S
L
 
L
-
 
R
L
 
M
P
 
P
E
 
P
G
 
T
I
 
V
E
 
R
Q
 
A
Y
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
S
G
 
G
V
 
T
R
 
K
V
 
Q
-
 
E
-
 
E
F
 
F
T
 
E
D
 
S
M
 
I
N
 
E
E
 
E
G
 
A
L
 
L
R
 
P
D
 
D
V
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
F
Q
 
Q
G
 
F
G
 
I
L
 
L
L
 
T
P
 
P
S
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
F
 
-
Y
 
-
K
 
-
L
 
-
Y
 
-
G
 
-
L
 
-
N
 
-
T
 
-
Q
 
H
R
 
I
L
 
M
A
 
T
L
 
R
A
 
A
K
 
K
P
 
K
D
 
K
A
 
M
I
 
V
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
x
M
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
N
E
 
E
I
 
I
E
 
S
S
 
V
A
 
E
V
 
V
A
 
D
D
 
S
G
 
D
P
 
P
Q
 
R
S
 
A
V
 
A
I
 
Y
L
 
F
N
 
R
Q
 
Q
V
 
A
T
 
E
Y
 
N
G
|
G
I
 
M
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A

Q09794 Multifunctional protein ura1; Pyrimidine-specific carbamoyl phosphate synthase-aspartate carbamoyl transferase; CPSase-ATCase; EC 6.3.5.5; EC 3.5.1.2; EC 6.3.4.16; EC 2.1.3.2 from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
36% identity, 79% coverage: 53:319/338 of query aligns to 1970:2237/2244 of Q09794

query
sites
Q09794
V
 
I
P
 
D
L
 
L
L
 
C
R
 
Y
G
 
G
K
 
K
T
 
L
V
 
L
C
 
C
N
 
T
V
 
M
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
P
S
 
S
T
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
S
T
 
S
T
 
S
F
 
F
E
 
D
L
 
A
A
 
A
A
 
M
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
K
V
 
V
I
 
V
T
 
A
L
 
V
N
 
T
V
 
A
S
 
S
T
 
A
S
 
S
S
 
S
T
 
V
S
 
N
K
 
K
G
 
G
E
 
E
T
 
S
L
 
L
T
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
R
N
 
T
L
 
L
E
 
-
A
 
G
M
 
C
A
 
Y
A
 
G
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
L
R
 
R
H
 
H
A
 
P
D
 
S
S
 
I
G
 
E
A
 
S
A
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
I
A
 
A
E
 
A
H
 
N
V
 
F
S
 
S
P
 
P
Q
 
-
V
 
V
A
 
P
V
 
I
I
 
I
N
 
N
G
 
G
G
 
G
D
 
N
G
 
G
R
 
S
H
 
K
A
 
E
H
 
H
P
 
P
T
 
T
Q
 
Q
G
 
A
M
 
F
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
Y
T
 
T
I
 
I
R
 
R
R
 
E
H
 
E
K
 
L
G
 
G
S
 
S
F
 
V
E
 
N
N
 
G
L
 
L
S
 
T
V
 
I
A
 
T
I
 
F
V
 
I
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
 
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
-
M
 
L
L
 
A
A
 
R
L
 
L
K
 
L
T
 
A
L
 
F
G
 
W
C
 
H
P
 
V
D
 
E
I
 
L
R
 
H
V
 
L
I
 
V
A
 
S
P
 
P
K
 
E
T
 
Q
L
 
L
-
 
A
L
 
L
P
 
P
E
 
D
G
 
D
I
 
V
E
 
K
Q
 
D
Y
 
-
G
 
D
V
 
I
R
 
R
V
 
A
-
 
N
-
 
G
-
 
L
-
 
N
F
 
F
T
 
I
D
 
E
M
 
H
N
 
R
E
 
E
G
 
L
L
 
T
R
 
K
D
 
E
V
 
V
-
 
V
-
 
A
-
 
Q
-
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
C
L
 
T
R
 
R
L
 
V
Q
 
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
F
P
 
A
S
 
S
E
 
V
G
 
D
E
 
E
F
 
Y
Y
 
E
K
 
K
L
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
S
Y
 
F
G
 
I
L
 
V
N
 
D
T
 
N
Q
 
S
R
 
V
L
 
L
A
 
A
L
 
S
A
 
A
K
 
K
P
 
S
D
 
H
A
 
C
I
 
I
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
 
L
P
 
P
I
 
R
N
 
N
R
 
R
G
 
E
V
 
I
E
 
S
I
 
-
E
 
E
S
 
E
A
 
V
V
 
D
A
 
F
D
 
D
G
 
Q
P
 
R
Q
 
R
S
 
A
V
 
A
I
 
Y
L
 
F
N
 
R
Q
 
Q
V
 
M
T
 
R
Y
 
Y
G
 
G
I
 
L
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A
M
 
C
A
 
V
M
 
M

Sites not aligning to the query:

2at1A Crystal structures of phosphonoacetamide ligated t and phosphonoacetamide and malonate ligated r states of aspartate carbamoyltransferase at 2.8-angstroms resolution and neutral ph (see paper)
35% identity, 89% coverage: 19:320/338 of query aligns to 7:305/310 of 2at1A

query
sites
2at1A
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
S
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
P
 
S
R
 
R
E
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
E
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
L
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
K
A
 
A
V
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
K
 
K
T
 
V
V
 
I
C
 
A
N
 
S
V
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
A
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
T
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
Q
L
 
T
A
 
S
A
 
M
Q
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
I
 
V
T
 
G
L
 
F
N
 
S
V
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
S
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
T
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
S
N
 
V
L
 
I
E
 
S
A
 
T
M
 
Y
A
 
V
A
 
-
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
A
 
P
D
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
H
 
E
V
 
F
S
 
S
P
 
G
Q
 
N
V
 
V
A
 
P
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
R
 
Q
H
 
T
K
 
E
G
 
G
S
 
R
F
 
L
E
 
D
N
 
N
L
 
L
S
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
L
M
 
T
L
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
A
T
 
K
L
 
F
G
 
D
C
 
G
P
 
N
D
 
R
I
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
E
 
E
G
 
Y
I
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
E
 
D
Q
 
E
Y
 
K
G
 
G
V
 
I
-
 
A
-
 
W
R
 
S
V
 
L
F
 
H
T
 
S
D
 
S
M
 
I
N
 
E
E
 
E
G
 
V
L
 
M
R
 
A
D
 
E
V
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
|
R
L
 
V
Q
 
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
Q
 
D
G
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
G
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
K
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
T
 
A
Q
 
S
R
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
K
 
K
P
 
A
D
 
N
A
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
 
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
Y
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
S
 
N

1at1A Crystal structures of phosphonoacetamide ligated t and phosphonoacetamide and malonate ligated r states of aspartate carbamoyltransferase at 2.8-angstroms resolution and neutral p H (see paper)
35% identity, 89% coverage: 19:320/338 of query aligns to 7:305/310 of 1at1A

query
sites
1at1A
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
S
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
P
 
S
R
 
R
E
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
E
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
L
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
K
A
 
A
V
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
K
 
K
T
 
V
V
 
I
C
 
A
N
 
S
V
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
A
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
T
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
Q
L
 
T
A
 
S
A
 
M
Q
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
I
 
V
T
 
G
L
 
F
N
 
S
V
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
S
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
T
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
S
N
 
V
L
 
I
E
 
S
A
 
T
M
 
Y
A
 
V
A
 
-
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
A
 
P
D
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
H
 
E
V
 
F
S
 
S
P
 
G
Q
 
N
V
 
V
A
 
P
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
R
 
Q
H
 
T
K
 
E
G
 
G
S
 
R
F
 
L
E
 
D
N
 
N
L
 
L
S
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
L
M
 
T
L
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
A
T
 
K
L
 
F
G
 
D
C
 
G
P
 
N
D
 
R
I
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
E
 
E
G
 
Y
I
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
E
 
D
Q
 
E
Y
 
K
G
 
G
V
 
I
-
 
A
-
 
W
R
 
S
V
 
L
F
 
H
T
 
S
D
 
S
M
 
I
N
 
E
E
 
E
G
 
V
L
 
M
R
 
A
D
 
E
V
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
|
R
L
 
V
Q
|
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
Q
 
D
G
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
G
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
K
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
T
 
A
Q
 
S
R
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
K
 
K
P
 
A
D
 
N
A
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
 
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
Y
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
S
 
N

2hseA Structure of d236a e. Coli aspartate transcarbamoylase in the presence of phosphonoacetamide and l-aspartate at 2.60 a resolution
35% identity, 89% coverage: 19:320/338 of query aligns to 7:305/310 of 2hseA

query
sites
2hseA
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
S
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
P
 
S
R
 
R
E
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
E
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
L
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
K
A
 
A
V
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
K
 
K
T
 
V
V
 
I
C
 
A
N
 
S
V
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
A
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
T
 
L
T
x
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
Q
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
I
 
V
T
 
G
L
 
F
N
 
S
V
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
S
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
T
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
S
N
 
V
L
 
I
E
 
S
A
 
T
M
 
Y
A
 
V
A
 
-
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
A
 
P
D
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
H
 
E
V
 
F
S
 
S
P
 
G
Q
 
N
V
 
V
A
 
P
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
R
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
S
 
R
F
 
L
E
 
D
N
 
N
L
 
L
S
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
L
M
 
T
L
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
A
T
 
K
L
 
F
G
 
D
C
 
G
P
 
N
D
 
R
I
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
E
 
Q
G
 
Y
I
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
E
 
D
Q
 
E
Y
 
K
G
 
G
V
 
I
-
 
A
-
 
W
R
 
S
V
 
L
F
 
H
T
 
S
D
 
S
M
 
I
N
 
E
E
 
E
G
 
V
L
 
M
R
 
A
D
 
E
V
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
|
R
L
 
V
Q
|
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
L
L
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
E
G
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
K
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
T
 
A
Q
 
S
R
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
K
 
K
P
 
A
D
 
N
A
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
x
L
P
|
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
x
A
T
 
G
Y
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
|
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
S
 
N

2a0fA Structure of d236a mutant e. Coli aspartate transcarbamoylase in presence of phosphonoacetamide at 2.90 a resolution (see paper)
35% identity, 89% coverage: 19:320/338 of query aligns to 7:305/310 of 2a0fA

query
sites
2a0fA
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
S
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
P
 
S
R
 
R
E
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
E
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
L
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
R
 
K
A
 
A
V
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
K
 
K
T
 
V
V
 
I
C
 
A
N
 
S
V
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
N
 
A
S
 
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
T
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
Q
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
I
 
V
T
 
G
L
 
F
N
 
S
V
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
S
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
T
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
R
 
S
N
 
V
L
 
I
E
 
S
A
 
T
M
 
Y
A
 
V
A
 
-
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
A
 
P
D
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
H
 
E
V
 
F
S
 
S
P
 
G
Q
 
N
V
 
V
A
 
P
V
 
V
I
 
L
N
 
N
G
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
G
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
R
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
S
 
R
F
 
L
E
 
D
N
 
N
L
 
L
S
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
 
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
N
 
L
M
 
T
L
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
A
T
 
K
L
 
F
G
 
D
C
 
G
P
 
N
D
 
R
I
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
K
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
E
 
Q
G
 
Y
I
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
E
 
D
Q
 
E
Y
 
K
G
 
G
V
 
I
-
 
A
-
 
W
R
 
S
V
 
L
F
 
H
T
 
S
D
 
S
M
 
I
N
 
E
E
 
E
G
 
V
L
 
M
R
 
A
D
 
E
V
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
 
R
L
 
V
Q
 
Q
R
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
-
Q
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
L
L
 
A
P
 
P
S
 
S
E
 
E
G
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
K
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
T
 
A
Q
 
S
R
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
K
 
K
P
 
A
D
 
N
A
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
x
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
Y
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
S
 
N

Query Sequence

>GFF290 FitnessBrowser__psRCH2:GFF290
MTPTDAKRPLQLNDQGQLRHFLSLDGLPRELLTEILDTADSFLEVGARAVKKVPLLRGKT
VCNVFFENSTRTRTTFELAAQRLSADVITLNVSTSSTSKGETLTDTLRNLEAMAADMFVV
RHADSGAAHFIAEHVSPQVAVINGGDGRHAHPTQGMLDMLTIRRHKGSFENLSVAIVGDI
LHSRVARSNMLALKTLGCPDIRVIAPKTLLPEGIEQYGVRVFTDMNEGLRDVDVVIMLRL
QRERMQGGLLPSEGEFYKLYGLNTQRLALAKPDAIVMHPGPINRGVEIESAVADGPQSVI
LNQVTYGIAIRMAVLSMAMSGQTAQRQIDSESVSEEQQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory