SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2933 FitnessBrowser__Marino:GFF2933 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
45% identity, 98% coverage: 1:228/232 of query aligns to 6:234/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
V
L
 
L
K
 
E
I
 
V
E
 
Q
K
 
S
L
 
L
N
 
H
Q
 
V
F
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
E
 
A
S
 
I
H
 
H
T
 
A
L
 
I
W
 
K
D
 
G
L
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
K
V
 
V
P
 
P
Q
 
R
G
 
G
Q
 
Q
C
 
I
T
 
V
C
 
T
V
 
L
M
 
I
G
 
G
R
 
A
N
 
N
G
|
G
V
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
M
 
L
K
 
S
C
 
A
I
 
I
M
 
A
G
 
G
E
 
L
E
 
V
T
 
R
T
 
A
K
 
Q
N
 
K
G
 
G
S
 
K
I
 
I
E
 
I
F
 
F
A
 
N
G
 
G
D
 
Q
V
 
-
E
 
D
L
 
I
T
 
T
K
 
N
K
 
K
K
 
P
V
 
A
E
 
H
D
 
V
R
 
I
S
 
N
R
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
A
Y
 
L
V
 
V
P
 
P
Q
x
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
R
I
 
I
F
 
F
P
 
P
L
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
M
T
 
M
G
 
G
L
 
A
A
 
Y
V
 
N
R
 
R
K
 
K
D
 
D
-
 
K
-
 
E
G
 
G
S
 
I
K
 
K
K
 
R
I
 
D
P
 
L
E
 
E
R
 
W
V
 
I
Y
 
F
E
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
V
 
R
L
 
L
K
 
K
E
 
E
M
 
R
R
 
L
H
 
K
R
 
Q
R
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
I
 
S
E
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
L
L
 
L
I
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
G
 
S
E
 
L
G
 
G
I
 
L
Q
 
A
P
 
P
N
 
I
I
 
L
V
 
V
A
 
S
Q
 
E
I
 
V
G
 
F
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
Q
K
 
K
L
 
-
I
 
I
E
 
N
E
 
Q
D
 
E
G
 
G
L
 
T
T
 
T
V
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
K
 
N
L
 
A
P
 
L
F
 
G
A
 
A
R
 
L
K
 
K
Y
 
V
A
 
A
D
 
H
R
 
Y
F
 
G
A
 
Y
I
 
V
L
 
L
D
 
E
R
 
T
G
 
G
R
 
Q
R
 
I
V
 
V
A
 
L
E
 
E
G
 
G
E
 
K
I
 
A
A
 
S
G
 
E
L
 
L
T
 
L
D
 
D
-
 
N
E
 
E
L
 
M
I
 
V
K
 
R
K
 
K

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
33% identity, 93% coverage: 1:216/232 of query aligns to 2:218/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
M
 
I
L
 
I
K
 
R
I
 
I
E
 
R
K
 
N
L
 
L
N
 
H
Q
 
K
F
 
W
Y
x
F
G
 
G
E
 
P
S
 
L
H
 
H
T
x
V
L
 
L
W
 
K
D
 
G
L
 
I
D
 
H
L
 
L
D
 
E
V
 
V
P
 
A
Q
 
P
G
 
G
Q
 
E
C
 
K
T
 
L
C
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
K
 
R
C
 
T
I
 
I
M
 
N
G
 
R
E
 
L
E
 
E
T
 
D
T
 
F
K
 
Q
N
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
E
 
V
F
 
V
A
 
D
G
 
G
D
 
-
V
 
-
E
 
-
L
 
L
T
 
S
K
 
V
K
 
K
K
 
-
V
 
-
E
 
D
D
 
D
R
 
R
S
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
E
-
 
I
R
 
R
L
 
R
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
Q
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
R
 
T
T
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
A
 
R
V
 
V
R
 
R
K
 
R
D
 
W
G
 
P
S
 
R
K
 
E
K
 
K
I
 
A
P
 
E
E
 
K
R
 
K
V
 
A
Y
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
E
-
 
R
-
 
V
-
 
G
V
 
I
L
 
L
K
 
D
E
 
Q
M
 
A
R
 
R
H
 
-
R
 
K
R
 
Y
G
 
P
G
 
A
D
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
G
Q
 
E
I
 
V
G
 
L
E
 
D
V
 
V
I
 
M
R
 
R
K
 
D
L
 
L
I
 
-
E
 
A
E
 
Q
D
 
G
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
Y
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
F
 
V
A
 
V
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
G
G
 
G
R
 
Q
R
 
I
V
 
V
A
 
E
E
 
E
G
 
G

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
31% identity, 96% coverage: 1:223/232 of query aligns to 3:227/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
M
 
M
L
 
I
K
 
D
I
 
V
E
 
H
K
 
Q
L
 
L
N
 
K
Q
 
K
F
 
S
Y
x
F
G
 
G
E
 
S
S
 
L
H
 
E
T
x
V
L
 
L
W
 
K
D
 
G
L
 
I
D
 
N
L
 
V
D
 
H
V
 
I
P
 
R
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
V
T
 
V
C
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
M
 
L
K
 
R
C
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
E
 
L
E
 
E
T
 
D
T
 
F
K
 
D
N
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
E
 
I
F
 
I
A
 
D
G
 
G
D
 
-
V
 
I
E
 
N
L
 
L
T
 
K
K
 
A
K
 
K
K
 
D
V
 
T
E
 
N
-
 
L
D
 
N
R
 
K
S
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
R
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
R
 
T
T
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
A
 
K
V
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
W
G
 
P
S
 
R
K
 
E
K
 
K
I
 
A
P
 
E
E
 
A
R
 
K
V
 
A
Y
 
M
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
V
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
M
 
K
R
 
A
H
 
H
R
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
G
Q
 
E
I
 
V
G
 
L
E
 
S
V
 
V
I
 
M
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
I
 
A
E
 
N
E
 
E
D
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
Y
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
A
 
L
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
G
G
 
G
R
 
Y
R
 
I
V
 
I
A
 
E
E
 
E
G
 
G
E
 
K
I
 
P
A
 
E
G
 
D
L
 
L
T
 
F
D
 
D

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
31% identity, 96% coverage: 1:223/232 of query aligns to 3:227/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
M
 
M
L
 
I
K
 
D
I
 
V
E
 
H
K
 
Q
L
 
L
N
 
K
Q
 
K
F
 
S
Y
x
F
G
 
G
E
 
S
S
 
L
H
 
E
T
x
V
L
 
L
W
 
K
D
 
G
L
 
I
D
 
N
L
 
V
D
 
H
V
 
I
P
 
R
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
V
T
 
V
C
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
M
 
L
K
 
R
C
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
E
 
L
E
 
E
T
 
D
T
 
F
K
 
D
N
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
E
 
I
F
 
I
A
 
D
G
 
G
D
 
-
V
 
I
E
 
N
L
 
L
T
 
K
K
 
A
K
 
K
K
 
D
V
 
T
E
 
N
-
 
L
D
 
N
R
 
K
S
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
R
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
R
 
T
T
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
A
 
K
V
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
W
G
 
P
S
 
R
K
 
E
K
 
K
I
 
A
P
 
E
E
 
A
R
 
K
V
 
A
Y
 
M
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
V
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
M
 
K
R
 
A
H
 
H
R
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
G
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
G
Q
 
E
I
 
V
G
 
L
E
 
S
V
 
V
I
 
M
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
I
 
A
E
 
N
E
 
E
D
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
Y
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
A
 
L
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
G
G
 
G
R
 
Y
R
 
I
V
 
I
A
 
E
E
 
E
G
 
G
E
 
K
I
 
P
A
 
E
G
 
D
L
 
L
T
 
F
D
 
D

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
31% identity, 96% coverage: 1:223/232 of query aligns to 3:227/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
M
 
M
L
 
I
K
 
D
I
 
V
E
 
H
K
 
Q
L
 
L
N
 
K
Q
 
K
F
 
S
Y
x
F
G
 
G
E
 
S
S
 
L
H
 
E
T
x
V
L
 
L
W
 
K
D
 
G
L
 
I
D
 
N
L
 
V
D
 
H
V
 
I
P
 
R
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
V
T
 
V
C
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
M
 
L
K
 
R
C
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
E
 
L
E
 
E
T
 
D
T
 
F
K
 
D
N
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
E
 
I
F
 
I
A
 
D
G
 
G
D
 
-
V
 
I
E
 
N
L
 
L
T
 
K
K
 
A
K
 
K
K
 
D
V
 
T
E
 
N
-
 
L
D
 
N
R
 
K
S
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
R
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
R
 
T
T
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
A
 
K
V
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
W
G
 
P
S
 
R
K
 
E
K
 
K
I
 
A
P
 
E
E
 
A
R
 
K
V
 
A
Y
 
M
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
V
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
M
 
K
R
 
A
H
 
H
R
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
G
Q
 
E
I
 
V
G
 
L
E
 
S
V
 
V
I
 
M
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
I
 
A
E
 
N
E
 
E
D
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
Y
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
A
 
L
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
G
G
 
G
R
 
Y
R
 
I
V
 
I
A
 
E
E
 
E
G
 
G
E
 
K
I
 
P
A
 
E
G
 
D
L
 
L
T
 
F
D
 
D

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
31% identity, 96% coverage: 1:223/232 of query aligns to 3:227/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
M
 
M
L
 
I
K
 
D
I
 
V
E
 
H
K
 
Q
L
 
L
N
 
K
Q
 
K
F
 
S
Y
x
F
G
 
G
E
 
S
S
 
L
H
 
E
T
x
V
L
 
L
W
 
K
D
 
G
L
 
I
D
 
N
L
 
V
D
 
H
V
 
I
P
 
R
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
V
T
 
V
C
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
M
 
L
K
 
R
C
 
C
I
 
L
M
 
N
G
 
L
E
 
L
E
 
E
T
 
D
T
 
F
K
 
D
N
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
E
 
I
F
 
I
A
 
D
G
 
G
D
 
-
V
 
I
E
 
N
L
 
L
T
 
K
K
 
A
K
 
K
K
 
D
V
 
T
E
 
N
-
 
L
D
 
N
R
 
K
S
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
R
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
R
 
T
T
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
M
A
 
K
V
 
V
R
 
R
K
 
K
D
 
W
G
 
P
S
 
R
K
 
E
K
 
K
I
 
A
P
 
E
E
 
A
R
 
K
V
 
A
Y
 
M
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
V
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
M
 
K
R
 
A
H
 
H
R
 
A
R
 
Y
G
 
P
G
 
D
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
M
E
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
G
Q
 
E
I
 
V
G
 
L
E
 
S
V
 
V
I
 
M
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
I
 
A
E
 
N
E
 
E
D
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
Y
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
A
 
L
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
G
G
 
G
R
 
Y
R
 
I
V
 
I
A
 
E
E
 
E
G
 
G
E
 
K
I
 
P
A
 
E
G
 
D
L
 
L
T
 
F
D
 
D

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
33% identity, 93% coverage: 1:216/232 of query aligns to 2:218/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
M
 
I
L
 
L
K
 
K
I
 
A
E
 
Q
K
 
H
L
 
L
N
 
A
Q
 
K
F
 
S
Y
 
Y
G
 
K
E
 
K
S
 
R
H
 
K
T
 
V
L
 
V
W
 
S
D
 
D
L
 
V
D
 
S
L
 
L
D
 
Q
V
 
V
P
 
E
Q
 
S
G
 
G
Q
 
Q
C
 
I
T
 
V
C
 
G
V
 
L
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
 
G
V
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
S
M
 
F
K
 
Y
C
 
M
I
 
I
M
 
V
G
 
G
E
 
L
E
 
V
T
 
A
T
 
R
K
 
D
N
 
E
G
 
G
S
 
T
I
 
I
E
 
T
F
 
I
A
 
-
G
 
D
D
 
D
V
 
N
E
 
D
L
 
I
T
 
S
K
 
I
K
 
L
K
 
P
V
 
M
E
 
H
D
 
S
R
 
R
S
 
S
R
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
G
 
E
R
 
A
Q
 
S
I
 
I
F
 
F
P
 
R
L
 
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
R
 
M
T
 
A
G
 
V
L
 
L
A
 
Q
V
 
T
R
 
R
K
 
E
D
 
E
G
 
L
S
 
T
K
 
H
K
x
E
I
 
-
P
 
-
E
 
E
R
 
R
V
 
Q
Y
x
D
E
 
K
L
 
L
F
 
E
P
 
D
V
 
L
L
 
L
K
 
E
E
 
E
-
 
F
-
 
H
-
 
I
-
 
Q
-
 
H
M
 
I
R
 
R
H
 
K
R
 
S
R
 
A
G
 
G
G
 
M
D
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
R
Q
 
R
Q
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
A
E
 
N
P
 
P
R
 
Q
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
G
 
F
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
D
P
 
P
N
 
I
I
 
S
V
 
V
A
 
I
Q
 
D
I
 
I
G
 
K
E
 
K
V
 
I
I
 
I
R
 
E
K
 
H
L
 
L
I
 
-
E
 
R
E
 
D
D
 
R
G
 
G
L
 
L
T
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
K
 
N
L
 
V
P
 
R
F
 
E
A
 
T
R
 
L
K
 
D
Y
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
K
F
 
A
A
 
Y
I
 
I
L
 
V
D
 
S
R
 
Q
G
 
G
R
 
R
R
 
L
V
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
33% identity, 93% coverage: 1:216/232 of query aligns to 1:218/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
M
 
M
L
 
I
K
 
F
I
 
V
E
 
N
K
 
D
L
 
V
N
 
Y
Q
 
K
F
 
N
Y
x
F
G
 
G
E
 
S
S
 
L
H
 
E
T
x
V
L
 
L
W
 
K
D
 
G
L
 
V
D
 
T
L
 
L
D
 
K
V
 
V
P
 
N
Q
 
K
G
 
G
Q
 
E
C
 
V
T
 
V
C
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
K
 
R
C
 
C
I
 
I
-
 
N
M
 
L
G
 
L
E
 
E
E
 
E
T
 
P
T
 
T
K
 
K
N
 
-
G
 
G
S
 
E
I
 
V
E
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
D
D
 
G
V
 
V
E
 
K
L
 
I
T
 
N
K
 
N
K
 
G
K
 
K
V
 
V
E
 
N
-
 
I
D
 
N
R
 
K
S
 
V
R
 
R
L
 
Q
G
 
K
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
H
R
 
F
Q
 
N
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
E
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
R
 
T
T
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
V
A
 
K
V
 
V
R
 
K
K
 
K
D
 
M
G
 
N
S
 
K
K
 
K
K
 
E
I
 
A
P
 
E
E
 
E
R
 
L
V
 
A
Y
 
V
E
 
D
L
 
L
F
 
L
P
 
A
V
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
L
E
 
D
M
 
K
R
 
K
H
 
D
R
 
Q
R
 
Y
G
 
P
G
 
I
D
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
M
E
 
Q
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
G
 
T
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
E
I
 
M
V
 
V
A
 
K
Q
 
E
I
 
V
G
 
L
E
 
N
V
 
V
I
 
M
R
 
K
K
 
Q
L
 
L
I
 
A
E
 
N
E
 
E
D
 
-
G
 
G
L
 
M
T
 
T
V
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
K
 
E
L
 
M
P
 
G
F
 
F
A
 
A
R
 
R
K
 
E
Y
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
V
A
 
I
I
 
F
L
 
M
D
 
D
R
 
D
G
 
G
R
 
V
R
 
I
V
 
V
A
 
E
E
 
E
G
 
G

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
32% identity, 91% coverage: 2:211/232 of query aligns to 3:210/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
L
 
V
K
 
Q
I
 
L
E
 
Q
K
 
N
L
 
V
N
 
T
Q
 
K
F
 
A
Y
x
W
G
 
G
E
 
E
S
 
V
H
 
V
T
 
V
L
 
S
W
 
K
D
 
D
L
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
H
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
F
T
 
V
C
 
V
V
 
F
M
 
V
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
K
 
R
C
 
M
I
 
I
M
 
A
G
 
G
E
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
I
K
 
T
N
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
E
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
V
 
K
E
 
R
L
 
M
T
 
N
K
 
D
K
 
T
K
 
P
V
 
P
E
 
A
D
 
E
R
 
R
S
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
L
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
T
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
L
R
 
A
K
 
G
D
 
A
G
 
K
S
 
K
K
 
E
K
 
V
I
 
I
P
 
N
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
Y
 
N
E
 
Q
L
 
V
F
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
-
 
L
-
 
A
E
 
H
M
 
L
R
 
L
H
 
D
R
|
R
R
 
K
G
 
P
G
 
K
D
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
R
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
G
 
L
E
 
S
G
 
N
I
 
L
Q
 
D
P
 
A
N
 
A
I
 
L
V
 
R
A
 
V
Q
 
Q
I
 
M
G
 
R
E
 
I
V
 
E
I
 
I
R
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
H
E
 
K
E
 
R
D
 
L
G
 
G
L
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
K
 
T
Y
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
F
 
I
A
 
V
I
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
R

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
32% identity, 91% coverage: 2:211/232 of query aligns to 3:210/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
L
 
V
K
 
Q
I
 
L
E
 
Q
K
 
N
L
 
V
N
 
T
Q
 
K
F
 
A
Y
x
W
G
 
G
E
 
E
S
 
V
H
 
V
T
 
V
L
 
S
W
 
K
D
 
D
L
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
H
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
F
T
 
V
C
 
V
V
 
F
M
 
V
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
K
 
R
C
 
M
I
 
I
M
 
A
G
 
G
E
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
I
K
 
T
N
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
E
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
V
 
K
E
 
R
L
 
M
T
 
N
K
 
D
K
 
T
K
 
P
V
 
P
E
 
A
D
 
E
R
 
R
S
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
L
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
T
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
L
R
 
A
K
 
G
D
 
A
G
 
K
S
 
K
K
 
E
K
 
V
I
 
I
P
 
N
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
Y
 
N
E
 
Q
L
 
V
F
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
-
 
L
-
 
A
E
 
H
M
 
L
R
 
L
H
 
D
R
|
R
R
 
K
G
 
P
G
 
K
D
 
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
R
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
L
E
 
S
G
 
N
I
 
L
Q
 
D
P
 
A
N
 
A
I
 
L
V
 
R
A
 
V
Q
 
Q
I
 
M
G
 
R
E
 
I
V
 
E
I
 
I
R
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
H
E
 
K
E
 
R
D
 
L
G
 
G
L
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
K
 
T
Y
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
F
 
I
A
 
V
I
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
R

3puwA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-alf4 (see paper)
32% identity, 91% coverage: 2:211/232 of query aligns to 3:210/371 of 3puwA

query
sites
3puwA
L
 
V
K
 
Q
I
 
L
E
 
Q
K
 
N
L
 
V
N
 
T
Q
 
K
F
 
A
Y
x
W
G
 
G
E
 
E
S
 
V
H
 
V
T
x
V
L
 
S
W
 
K
D
 
D
L
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
H
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
F
T
 
V
C
 
V
V
 
F
M
 
V
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
K
 
R
C
 
M
I
 
I
M
 
A
G
 
G
E
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
I
K
 
T
N
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
E
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
V
 
K
E
 
R
L
 
M
T
 
N
K
 
D
K
 
T
K
 
P
V
 
P
E
 
A
D
 
E
R
 
R
S
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
L
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
T
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
L
R
 
A
K
 
G
D
 
A
G
 
K
S
 
K
K
 
E
K
 
V
I
 
I
P
 
N
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
Y
 
N
E
 
Q
L
 
V
F
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
-
 
L
-
 
A
E
 
H
M
 
L
R
 
L
H
 
D
R
|
R
R
 
K
G
 
P
G
 
K
D
x
A
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
R
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
G
 
L
E
 
S
G
 
N
I
 
L
Q
 
D
P
 
A
N
 
A
I
 
L
V
 
R
A
 
V
Q
 
Q
I
 
M
G
 
R
E
 
I
V
 
E
I
 
I
R
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
H
E
 
K
E
 
R
D
 
L
G
 
G
L
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
K
 
T
Y
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
F
 
I
A
 
V
I
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
R

3puvA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-vo4 (see paper)
32% identity, 91% coverage: 2:211/232 of query aligns to 3:210/371 of 3puvA

query
sites
3puvA
L
 
V
K
 
Q
I
 
L
E
 
Q
K
 
N
L
 
V
N
 
T
Q
 
K
F
 
A
Y
x
W
G
 
G
E
 
E
S
 
V
H
 
V
T
x
V
L
 
S
W
 
K
D
 
D
L
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
H
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
F
T
 
V
C
 
V
V
 
F
M
 
V
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
|
G
V
x
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
K
 
R
C
 
M
I
 
I
M
 
A
G
 
G
E
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
I
K
 
T
N
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
E
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
V
 
K
E
 
R
L
 
M
T
 
N
K
 
D
K
 
T
K
 
P
V
 
P
E
 
A
D
 
E
R
 
R
S
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
L
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
T
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
L
R
 
A
K
 
G
D
 
A
G
 
K
S
 
K
K
 
E
K
 
V
I
 
I
P
 
N
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
Y
 
N
E
 
Q
L
 
V
F
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
-
 
L
-
 
A
E
 
H
M
 
L
R
 
L
H
 
D
R
|
R
R
 
K
G
 
P
G
 
K
D
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
|
Q
Q
 
R
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
L
E
 
S
G
 
N
I
 
L
Q
 
D
P
 
A
N
 
A
I
 
L
V
 
R
A
 
V
Q
 
Q
I
 
M
G
 
R
E
 
I
V
 
E
I
 
I
R
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
H
E
 
K
E
 
R
D
 
L
G
 
G
L
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
K
 
T
Y
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
F
 
I
A
 
V
I
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
R

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
32% identity, 91% coverage: 2:211/232 of query aligns to 4:211/371 of P68187

query
sites
P68187
L
 
V
K
 
Q
I
 
L
E
 
Q
K
 
N
L
 
V
N
 
T
Q
 
K
F
 
A
Y
 
W
G
 
G
E
 
E
S
 
V
H
 
V
T
 
V
L
 
S
W
 
K
D
 
D
L
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
H
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
F
T
 
V
C
 
V
V
 
F
M
 
V
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
 
G
V
 
C
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
M
 
L
K
 
R
C
 
M
I
 
I
M
 
A
G
 
G
E
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
I
K
 
T
N
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
E
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
V
 
K
E
 
R
L
 
M
T
 
N
K
 
D
K
 
T
K
 
P
V
 
P
E
 
A
D
 
E
R
 
R
S
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
x
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
L
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
T
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
L
R
 
A
K
 
G
D
 
A
G
x
K
S
 
K
K
 
E
K
 
V
I
 
I
P
 
N
E
 
Q
R
 
R
V
|
V
Y
 
N
E
 
Q
L
x
V
F
 
A
P
x
E
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
-
 
L
-
x
A
E
 
H
M
 
L
R
 
L
H
 
D
R
 
R
R
 
K
G
 
P
G
 
K
D
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
|
G
Q
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
G
 
L
E
 
S
G
 
N
I
 
L
Q
 
D
P
 
A
N
 
A
I
 
L
V
 
R
A
 
V
Q
 
Q
I
 
M
G
 
R
E
 
I
V
 
E
I
 
I
R
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
H
E
 
K
E
 
R
D
 
L
G
 
G
L
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
K
 
T
Y
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
F
 
I
A
 
V
I
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
R

Sites not aligning to the query:

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
32% identity, 91% coverage: 2:211/232 of query aligns to 3:210/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
L
 
V
K
 
Q
I
 
L
E
 
Q
K
 
N
L
 
V
N
 
T
Q
 
K
F
 
A
Y
x
W
G
 
G
E
 
E
S
 
V
H
 
V
T
x
V
L
 
S
W
 
K
D
 
D
L
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
H
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
F
T
 
V
C
 
V
V
 
F
M
 
V
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
 
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
K
 
R
C
 
M
I
 
I
M
 
A
G
 
G
E
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
I
K
 
T
N
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
E
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
V
 
K
E
 
R
L
 
M
T
 
N
K
 
D
K
 
T
K
 
P
V
 
P
E
 
A
D
 
E
R
 
R
S
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
L
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
T
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
L
R
 
A
K
 
G
D
 
A
G
 
K
S
 
K
K
 
E
K
 
V
I
 
I
P
 
N
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
Y
 
N
E
 
Q
L
 
V
F
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
-
 
L
-
 
A
E
 
H
M
 
L
R
 
L
H
 
D
R
 
R
R
 
K
G
 
P
G
 
K
D
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
L
E
 
S
G
 
N
I
 
L
Q
 
D
P
 
A
N
 
A
I
 
L
V
 
R
A
 
V
Q
 
Q
I
 
M
G
 
R
E
 
I
V
 
E
I
 
I
R
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
H
E
 
K
E
 
R
D
 
L
G
 
G
L
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
K
 
T
Y
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
F
 
I
A
 
V
I
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
R

1q12A Crystal structure of the atp-bound e. Coli malk (see paper)
32% identity, 91% coverage: 2:211/232 of query aligns to 1:208/367 of 1q12A

query
sites
1q12A
L
 
V
K
 
Q
I
 
L
E
 
Q
K
 
N
L
 
V
N
 
T
Q
 
K
F
 
A
Y
x
W
G
 
G
E
 
E
S
 
V
H
 
V
T
 
V
L
 
S
W
 
K
D
 
D
L
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
H
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
C
 
F
T
 
V
C
 
V
V
 
F
M
 
V
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
V
x
C
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
L
K
 
R
C
 
M
I
 
I
M
 
A
G
 
G
E
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
I
K
 
T
N
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
E
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
V
 
K
E
 
R
L
 
M
T
 
N
K
 
D
K
 
T
K
 
P
V
 
P
E
 
A
D
 
E
R
 
R
S
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
 
L
F
 
Y
P
 
P
L
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
T
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
L
R
 
A
K
 
G
D
 
A
G
 
K
S
 
K
K
 
E
K
 
V
I
 
I
P
 
N
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
Y
 
N
E
 
Q
L
 
V
F
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
-
 
L
-
 
A
E
 
H
M
 
L
R
 
L
H
 
D
R
|
R
R
 
K
G
 
P
G
 
K
D
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
R
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
S
L
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
L
E
 
S
G
 
N
I
 
L
Q
 
D
P
 
A
N
 
A
I
 
L
V
 
R
A
 
V
Q
 
Q
I
 
M
G
 
R
E
 
I
V
 
E
I
 
I
R
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
H
E
 
K
E
 
R
D
 
L
G
 
G
L
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
K
 
T
Y
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
F
 
I
A
 
V
I
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
R

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
32% identity, 91% coverage: 2:211/232 of query aligns to 4:211/369 of P19566

query
sites
P19566
L
 
V
K
 
Q
I
 
L
E
 
R
K
 
N
L
 
V
N
 
T
Q
 
K
F
 
A
Y
 
W
G
 
G
E
 
D
S
 
V
H
 
V
T
 
V
L
 
S
W
 
K
D
 
D
L
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
H
Q
 
D
G
 
G
Q
 
E
C
 
F
T
 
V
C
 
V
V
 
F
M
 
V
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
 
G
V
 
C
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
M
 
L
K
 
R
C
 
M
I
 
I
M
 
A
G
 
G
E
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
I
K
 
T
N
 
S
G
 
G
S
 
D
I
 
L
E
 
-
F
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
V
 
T
E
 
R
L
 
M
T
 
N
K
 
D
K
 
I
K
 
P
V
 
P
E
 
A
D
 
E
R
 
R
S
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
G
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
S
R
 
Y
Q
 
A
I
x
L
F
 
Y
P
 
P
L
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
R
 
S
T
 
F
G
 
G
L
 
L
A
 
K
V
 
L
R
 
A
K
 
G
D
 
A
G
 
K
S
 
K
K
 
E
K
 
V
I
 
M
P
 
N
E
 
Q
R
 
R
V
 
V
Y
 
N
E
 
Q
L
 
V
F
 
A
P
 
E
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
-
 
L
-
 
A
E
 
H
M
 
L
R
 
L
H
 
E
R
 
R
R
 
K
G
 
P
G
 
K
D
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
A
E
 
E
P
 
P
R
 
R
L
 
V
L
 
F
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
G
 
L
E
 
S
G
 
N
I
 
L
Q
x
D
P
 
A
N
 
A
I
 
L
V
 
R
A
 
V
Q
 
Q
I
 
M
G
 
R
E
 
I
V
 
E
I
 
I
R
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
H
E
 
K
E
 
R
D
 
L
G
 
G
L
 
R
T
 
T
V
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
V
F
 
E
A
 
A
R
 
M
K
 
T
Y
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
F
 
I
A
 
V
I
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
A
G
 
G
R
 
R

Sites not aligning to the query:

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 93% coverage: 1:216/232 of query aligns to 4:232/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
M
 
I
L
 
L
K
 
R
I
 
T
E
 
E
K
 
N
L
 
I
N
 
V
Q
 
K
F
 
Y
Y
x
F
G
 
G
E
 
E
S
x
F
H
 
K
T
 
A
L
 
L
W
 
D
D
 
G
L
 
V
D
 
S
L
 
I
D
 
S
V
 
V
P
 
N
Q
 
K
G
 
G
Q
 
D
C
 
V
T
 
T
C
 
L
V
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
V
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
K
 
N
C
 
V
I
 
I
M
 
T
G
 
G
E
 
F
E
 
L
T
 
K
T
 
A
K
 
D
N
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
V
E
 
Y
F
 
F
A
 
E
G
 
N
D
 
K
V
 
-
E
 
D
L
 
I
T
 
T
K
 
N
K
 
K
K
 
E
V
 
P
E
 
A
D
 
E
R
 
L
S
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
V
Y
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
G
 
T
R
 
P
Q
 
Q
I
 
P
F
 
L
P
 
K
L
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
T
 
I
G
 
G
L
 
E
A
 
I
V
 
C
R
 
P
K
 
G
D
 
E
G
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
S
 
K
K
 
K
K
 
W
I
 
I
P
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
-
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
A
Y
 
F
E
 
K
L
 
I
F
 
L
P
 
E
V
 
F
L
 
L
K
 
K
-
 
L
-
 
S
E
 
H
M
 
L
R
 
Y
H
 
D
R
 
R
R
 
K
G
 
A
G
 
G
D
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
Q
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
I
 
T
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
I
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
I
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
A
P
 
P
N
 
G
I
 
L
V
 
A
A
 
H
Q
 
D
I
 
I
G
 
F
E
 
N
V
 
H
I
 
V
R
 
L
K
 
E
L
 
L
I
 
-
E
 
K
E
 
A
D
 
K
G
 
G
L
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
K
 
R
L
 
L
P
 
D
F
 
I
A
 
V
R
 
L
K
 
N
Y
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
F
 
L
A
 
Y
I
 
V
L
 
M
D
 
F
R
 
N
G
 
G
R
 
Q
R
 
I
V
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 93% coverage: 1:216/232 of query aligns to 4:232/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
M
 
I
L
 
L
K
 
R
I
 
T
E
 
E
K
 
N
L
 
I
N
 
V
Q
 
K
F
 
Y
Y
x
F
G
 
G
E
 
E
S
x
F
H
 
K
T
 
A
L
 
L
W
 
D
D
 
G
L
 
V
D
 
S
L
 
I
D
 
S
V
 
V
P
 
C
Q
 
K
G
 
G
Q
 
D
C
 
V
T
 
T
C
 
L
V
 
I
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
|
G
V
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
M
 
I
K
 
N
C
 
V
I
 
I
M
 
T
G
 
G
E
 
F
E
 
L
T
 
K
T
 
A
K
 
D
N
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
V
E
 
Y
F
 
F
A
 
E
G
 
N
D
 
K
V
 
-
E
 
D
L
 
I
T
 
T
K
 
N
K
 
K
K
 
E
V
 
P
E
 
A
D
 
E
R
 
L
S
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
V
Y
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
G
 
T
R
 
P
Q
 
Q
I
 
P
F
 
L
P
 
K
L
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
T
 
I
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
L
 
L
A
 
F
V
 
Y
R
 
K
K
 
K
D
 
W
G
 
I
S
 
P
K
 
K
K
 
E
-
 
E
-
 
E
I
 
M
P
 
V
E
 
E
R
 
K
V
 
A
Y
 
F
E
 
K
L
 
I
F
 
L
P
 
E
V
 
F
L
 
L
K
 
K
-
 
L
-
 
S
E
 
H
M
 
L
R
 
Y
H
 
D
R
 
R
R
 
K
G
 
A
G
 
G
D
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
Q
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
M
I
 
T
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
I
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
G
 
I
E
 
A
G
 
G
I
 
V
Q
 
A
P
 
P
N
 
G
I
 
L
V
 
A
A
 
H
Q
 
D
I
 
I
G
 
F
E
 
N
V
 
H
I
 
V
R
 
L
K
 
E
L
 
L
I
 
-
E
 
K
E
 
A
D
 
K
G
 
G
L
 
I
T
 
T
V
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
K
 
R
L
 
L
P
 
D
F
 
I
A
 
V
R
 
L
K
 
N
Y
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
F
 
L
A
 
Y
I
 
V
L
 
M
D
 
F
R
 
N
G
 
G
R
 
Q
R
 
I
V
 
I
A
 
A
E
 
E
G
 
G

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
33% identity, 94% coverage: 1:217/232 of query aligns to 1:211/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
M
 
M
L
 
I
K
 
E
I
 
I
E
 
E
K
 
S
L
 
L
N
 
S
Q
 
R
F
 
K
Y
 
W
G
 
-
E
 
K
S
 
N
H
 
F
T
 
S
L
 
L
W
 
D
D
 
N
L
 
L
D
 
S
L
 
L
D
 
K
V
 
V
P
 
E
Q
 
S
G
 
G
Q
 
E
C
 
Y
T
 
F
C
 
V
V
 
I
M
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
T
G
 
G
V
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
L
L
 
F
M
 
L
K
 
E
C
 
L
I
 
I
M
 
A
G
 
G
E
 
F
E
 
H
T
 
V
T
 
P
K
 
D
N
 
S
G
 
G
S
 
R
I
 
I
E
 
L
F
 
L
A
 
D
G
 
G
D
 
-
V
 
-
E
 
-
L
 
-
T
 
-
K
 
-
K
 
K
K
 
D
V
 
V
E
 
T
D
 
D
R
 
L
S
 
S
-
 
P
-
 
E
R
 
K
L
 
H
G
 
D
I
 
I
G
 
A
Y
 
F
V
 
V
P
 
Y
Q
 
Q
G
 
N
R
 
Y
Q
 
S
I
 
L
F
 
F
P
 
P
L
 
H
L
 
M
T
 
N
V
 
V
E
 
K
E
 
K
N
 
N
L
 
L
R
 
E
T
 
F
G
 
G
L
 
M
A
 
R
V
 
M
R
 
K
K
 
K
D
 
-
G
 
-
S
 
-
K
 
I
K
 
K
I
 
D
P
 
P
E
 
K
R
 
R
V
 
V
Y
 
L
E
 
D
L
 
T
F
 
A
P
 
R
V
 
D
L
 
L
K
 
K
-
 
I
-
 
E
E
 
H
M
 
L
R
 
L
H
 
D
R
 
R
R
 
N
G
 
P
G
 
L
D
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
V
 
V
I
 
T
E
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
L
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
L
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
R
I
 
T
V
 
Q
A
 
E
Q
 
N
I
 
A
G
 
R
E
 
E
V
 
M
I
 
L
R
 
S
K
 
V
L
 
L
I
 
H
E
 
K
E
 
K
D
 
N
G
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
V
L
 
L
L
 
H
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
K
 
D
L
 
Q
P
 
T
F
 
E
A
 
A
R
 
R
K
 
I
Y
 
M
A
 
A
D
 
D
R
 
R
F
 
I
A
 
A
I
 
V
L
 
V
D
 
M
R
 
D
G
 
G
R
 
K
R
 
L
V
 
I
A
 
Q
E
 
V
G
 
G
E
 
K

Sites not aligning to the query:

P0AAH0 Phosphate import ATP-binding protein PstB; ABC phosphate transporter; Phosphate-transporting ATPase; EC 7.3.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
31% identity, 98% coverage: 2:228/232 of query aligns to 11:242/257 of P0AAH0

query
sites
P0AAH0
L
 
I
K
 
Q
I
 
V
E
 
R
K
 
N
L
 
L
N
 
N
Q
 
F
F
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
E
 
K
S
 
F
H
 
H
T
 
A
L
 
L
W
 
K
D
 
N
L
 
I
D
 
N
L
 
L
D
 
D
V
 
I
P
 
A
Q
 
K
G
 
N
Q
 
Q
C
 
V
T
 
T
C
 
A
V
 
F
M
 
I
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
 
G
V
 
C
G
|
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
M
 
L
K
 
R
C
 
T
I
 
F
-
 
N
-
 
K
-
 
M
-
 
F
-
 
E
M
 
L
G
 
Y
E
 
P
E
 
E
T
 
Q
T
 
R
K
 
A
N
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
E
 
L
F
 
L
A
 
D
G
 
G
D
 
D
V
 
N
E
 
I
L
 
L
T
 
T
K
 
N
K
 
S
K
 
Q
V
 
D
E
 
I
D
 
A
R
 
L
S
 
L
R
 
R
L
 
A
G
 
K
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
G
 
K
R
 
P
Q
 
T
I
 
P
F
 
F
P
 
P
L
 
M
L
 
-
T
 
S
V
 
I
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
I
R
 
A
T
 
F
G
 
G
L
 
V
A
 
R
V
 
L
R
 
F
K
 
E
D
 
K
G
 
L
S
 
S
K
 
R
K
 
A
-
 
D
I
 
M
P
 
D
E
 
E
R
 
R
V
 
V
-
 
Q
-
 
W
-
 
A
-
 
L
-
 
T
-
 
K
Y
 
A
E
 
A
L
 
L
F
 
W
P
 
N
V
 
E
L
 
T
K
 
K
E
 
D
M
 
K
R
 
L
H
 
H
R
 
Q
R
 
S
G
 
G
G
 
Y
D
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
L
A
 
C
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
I
V
 
A
I
 
I
E
 
R
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
L
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
G
 
C
E
 
S
G
 
A
I
 
L
Q
 
D
P
 
P
N
 
I
I
 
S
V
 
T
A
 
G
Q
 
R
I
 
I
G
 
E
E
 
E
V
 
L
I
 
I
R
 
T
K
 
E
L
 
L
I
 
K
E
 
Q
E
 
D
D
 
-
G
 
-
L
 
Y
T
 
T
V
 
V
L
 
V
L
 
I
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
K
 
N
L
 
M
P
 
Q
F
 
Q
A
 
A
R
 
A
K
 
R
Y
 
C
A
 
S
D
 
D
R
 
H
F
 
T
A
 
A
I
 
F
L
 
M
D
 
Y
R
 
L
G
 
G
R
 
E
R
 
L
V
 
I
A
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
E
I
 
F
A
 
S
G
 
N
L
 
-
T
 
T
D
 
D
E
 
D
L
 
L
I
 
F
K
 
T
K
 
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF2933 FitnessBrowser__Marino:GFF2933
MLKIEKLNQFYGESHTLWDLDLDVPQGQCTCVMGRNGVGKTTLMKCIMGEETTKNGSIEF
AGDVELTKKKVEDRSRLGIGYVPQGRQIFPLLTVEENLRTGLAVRKDGSKKIPERVYELF
PVLKEMRHRRGGDLSGGQQQQLAIGRALVIEPRLLILDEPGEGIQPNIVAQIGEVIRKLI
EEDGLTVLLVEQKLPFARKYADRFAILDRGRRVAEGEIAGLTDELIKKHLTV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory