SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2974 FitnessBrowser__Marino:GFF2974 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8eyzA Engineered glutamine binding protein bound to gln and a cobaloxime ligand (see paper)
46% identity, 90% coverage: 25:250/252 of query aligns to 3:226/226 of 8eyzA

query
sites
8eyzA
E
 
K
T
 
K
L
 
L
R
 
V
V
 
V
V
 
A
T
 
T
D
|
D
P
 
T
S
 
A
F
|
F
V
 
V
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
M
 
-
D
 
-
Q
 
-
E
 
K
T
 
Q
G
 
G
E
 
D
M
 
I
-
 
Y
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
W
R
 
A
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
K
R
 
E
A
 
L
G
 
K
F
 
L
E
 
D
I
 
Y
D
 
E
L
 
L
N
 
K
T
 
P
M
 
M
D
 
D
F
|
F
N
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
K
N
 
N
V
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
A
I
 
L
A
|
A
G
|
G
I
 
I
T
|
T
I
 
I
T
x
C
E
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
K
I
 
A
V
 
I
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
K
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
L
I
 
V
L
 
M
V
 
V
R
 
K
E
 
A
G
 
N
N
 
N
D
 
N
D
 
D
V
 
V
S
 
K
E
 
S
F
 
V
D
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
D
G
 
G
K
 
K
K
 
V
I
 
V
G
 
A
T
 
V
K
 
K
I
 
S
G
 
G
S
 
T
T
x
G
S
 
S
Y
 
V
D
|
D
Y
 
Y
L
 
A
V
 
K
K
 
A
N
 
N
L
 
I
D
 
K
A
 
T
D
 
K
D
 
D
G
 
-
V
 
L
T
 
R
P
 
Q
Y
 
F
P
 
P
G
 
N
S
 
I
S
 
D
D
 
N
M
 
A
Y
 
Y
M
 
M
A
 
E
L
 
L
M
 
G
S
 
T
R
 
N
A
 
R
I
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
L
Y
 
H
D
|
D
A
 
T
P
 
P
N
 
N
V
 
I
G
 
L
Y
 
Y
F
 
F
A
 
I
R
 
K
T
 
T
K
 
A
G
 
G
E
 
N
G
 
G
K
 
Q
V
 
F
T
 
K
T
 
A
V
 
V
G
 
G
P
 
D
L
 
S
Y
 
L
E
 
E
G
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
F
K
 
P
S
 
K
G
 
G
S
 
S
-
 
D
E
 
E
W
 
L
V
 
R
D
 
D
D
 
K
V
 
V
N
 
N
E
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
T
M
 
L
K
 
R
E
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
N
T
 
E
I
 
I
Y
 
Y
E
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
P
 
T
M
 
E
P
 
P
E
 
K

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
44% identity, 88% coverage: 26:246/252 of query aligns to 5:224/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
V
 
G
T
 
T
D
x
E
P
 
A
S
 
T
F
|
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
M
 
F
M
 
K
D
 
D
Q
 
-
E
 
E
T
 
N
G
 
G
E
 
K
M
 
L
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
I
E
 
D
I
 
L
I
 
A
R
 
K
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
K
R
 
K
A
 
L
G
 
G
F
 
V
E
 
K
I
 
V
D
 
E
L
 
F
N
 
K
T
 
P
M
 
M
D
 
D
F
|
F
N
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
I
D
 
D
I
 
V
A
 
V
I
 
I
A
 
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
K
I
 
Q
V
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
E
S
 
A
G
 
G
L
 
Q
R
 
A
I
 
I
L
 
V
V
 
V
R
 
K
E
 
K
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
S
V
 
I
S
 
K
E
 
S
F
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
I
 
V
G
 
G
T
 
V
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
S
|
S
T
|
T
S
 
S
Y
 
E
D
 
Q
Y
 
H
L
 
-
V
 
V
K
 
K
N
 
K
L
 
V
D
 
A
A
 
A
D
 
G
D
 
V
G
 
K
V
 
V
T
 
K
P
 
K
Y
 
F
P
 
D
G
 
N
S
 
F
S
 
S
D
 
E
M
 
A
Y
 
F
M
 
Q
A
 
E
L
 
L
M
 
K
S
 
S
R
 
G
A
 
R
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
V
Y
 
T
D
|
D
A
 
N
P
 
A
N
 
V
V
 
A
G
 
L
Y
 
A
F
 
Y
A
 
V
R
 
K
T
 
Q
K
 
N
G
 
P
E
 
N
G
 
A
K
 
G
V
 
V
T
 
K
T
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
E
L
 
T
Y
 
F
E
 
S
G
 
G
Q
 
E
Q
 
P
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
V
K
 
R
S
 
K
G
 
G
-
 
N
S
 
S
E
 
E
W
 
L
V
 
L
D
 
E
D
 
K
V
 
I
N
 
N
E
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
E
M
 
M
K
 
K
E
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
T
 
K
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
44% identity, 88% coverage: 26:246/252 of query aligns to 5:226/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
V
 
G
T
 
T
D
x
E
P
 
A
S
 
T
F
|
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
M
 
F
M
 
K
D
 
D
Q
 
-
E
 
E
T
 
N
G
 
G
E
 
K
M
 
L
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
I
E
 
D
I
 
L
I
 
A
R
 
K
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
K
R
 
K
A
 
L
G
 
G
F
 
V
E
 
K
I
 
V
D
 
E
L
 
F
N
 
K
T
 
P
M
 
M
D
 
D
F
|
F
N
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
I
D
 
D
I
 
V
A
 
V
I
 
I
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
K
I
 
Q
V
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
E
S
 
A
G
 
G
L
 
Q
R
 
A
I
 
I
L
 
V
V
 
V
R
 
K
E
 
K
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
S
V
 
I
S
 
K
E
 
S
F
 
L
D
 
E
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
I
 
V
G
 
G
T
 
V
K
x
Q
I
 
L
G
 
G
S
|
S
T
|
T
S
 
S
Y
 
E
D
 
Q
Y
 
H
L
 
-
V
 
V
K
 
K
N
 
K
L
 
V
D
 
A
A
 
K
D
 
D
D
 
A
G
 
G
-
 
V
-
 
K
V
 
V
T
 
K
P
 
K
Y
 
F
P
 
D
G
 
N
S
 
F
S
 
S
D
 
E
M
 
A
Y
 
F
M
 
Q
A
 
E
L
 
L
M
 
K
S
 
S
R
 
G
A
 
R
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
V
Y
 
T
D
|
D
A
 
N
P
 
A
N
 
V
V
 
A
G
 
L
Y
 
A
F
 
Y
A
 
V
R
 
K
T
 
Q
K
 
N
G
 
P
E
 
N
G
 
A
K
 
G
V
 
V
T
 
K
T
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
E
L
 
T
Y
 
F
E
 
S
G
 
G
Q
 
E
Q
 
P
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
V
K
 
R
S
 
K
G
 
G
-
 
N
S
 
S
E
 
E
W
 
L
V
 
L
D
 
E
D
 
K
V
 
I
N
 
N
E
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
E
M
 
M
K
 
K
E
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
T
 
K
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G

4g4pA Crystal structure of glutamine-binding protein from enterococcus faecalis at 1.5 a (see paper)
37% identity, 85% coverage: 31:245/252 of query aligns to 20:234/235 of 4g4pA

query
sites
4g4pA
T
 
T
D
 
D
P
 
L
S
 
T
F
|
F
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
M
 
Q
D
 
D
Q
 
S
E
 
K
T
 
-
G
 
G
E
 
K
M
 
Y
I
 
I
G
 
G
F
 
I
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
L
R
 
D
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
K
R
 
D
A
 
Q
G
 
D
F
 
F
E
 
E
I
 
V
D
 
D
L
 
L
N
 
K
T
 
P
M
 
L
D
 
G
F
|
F
N
 
D
G
 
S
I
 
A
I
 
V
P
 
Q
A
 
A
L
 
I
Q
 
Q
T
 
S
G
 
K
N
 
Q
V
 
I
D
 
D
I
 
G
A
 
M
I
 
I
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
x
S
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
K
I
 
S
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
Q
I
 
L
L
 
A
V
 
V
R
 
K
E
 
K
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
K
V
 
I
S
 
K
E
 
S
F
 
Y
D
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
T
I
 
V
G
 
A
T
 
A
K
|
K
I
 
V
G
 
G
S
x
T
T
x
E
S
 
S
Y
 
A
D
 
N
Y
 
F
L
 
L
V
 
E
K
 
K
N
 
N
L
 
K
D
 
E
A
 
K
-
 
Y
D
 
D
D
 
Y
G
 
T
V
 
I
T
 
K
P
 
N
Y
 
F
P
 
D
G
 
D
S
 
A
S
 
T
D
 
G
M
 
L
Y
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
L
M
 
E
S
 
N
R
 
G
A
 
E
I
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
I
F
 
V
Y
 
D
D
|
D
A
 
Y
P
 
P
N
 
V
V
 
L
G
 
G
Y
 
Y
F
 
-
A
 
-
R
 
A
T
 
V
K
 
K
G
 
N
E
 
G
G
 
Q
K
 
K
V
 
L
T
 
Q
T
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
D
L
 
K
Y
 
E
E
 
T
G
 
G
Q
 
S
Q
 
S
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
L
 
V
K
 
K
S
 
K
G
 
G
S
 
Q
-
 
N
-
 
P
E
 
E
W
 
L
V
 
I
D
 
K
D
 
K
V
 
F
N
 
N
E
 
A
A
 
G
L
 
L
A
 
K
A
 
N
M
 
L
K
 
K
E
 
D
D
 
N
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
T
 
K
I
 
I
Y
 
L
E
 
N
K
 
N
W
 
Y
F
 
L

4zefA Crystal structure of substrate binding domain 2 (sbd2) of abc transporter glnpq from enterococcus faecalis
36% identity, 87% coverage: 21:240/252 of query aligns to 12:231/239 of 4zefA

query
sites
4zefA
T
 
T
V
 
P
S
 
K
A
 
K
E
 
E
T
 
K
L
 
Y
R
 
V
V
 
I
V
 
A
T
 
S
D
 
D
P
 
S
S
 
T
F
|
F
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
M
 
Q
D
 
N
Q
 
A
E
 
Q
T
 
-
G
 
G
E
 
D
M
 
Y
I
 
V
G
 
G
F
 
I
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
V
R
 
K
E
 
R
V
 
A
A
 
A
D
 
E
R
 
L
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
T
I
 
V
D
 
E
L
 
F
N
 
K
T
 
F
M
 
I
D
 
G
F
|
F
N
 
S
G
 
S
I
 
A
I
 
V
P
 
Q
A
 
A
L
 
V
Q
 
E
T
 
S
G
 
G
N
 
Q
V
 
A
D
 
D
I
 
G
A
 
M
I
 
V
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
D
R
|
R
E
 
K
E
 
K
I
 
A
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
I
R
 
Q
I
 
I
L
 
A
V
 
V
R
 
K
E
 
K
G
 
G
N
 
N
D
 
D
D
 
K
V
 
I
S
 
K
E
 
S
F
 
Y
D
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
I
 
V
G
 
G
T
 
V
K
|
K
I
 
I
G
 
G
S
x
T
T
x
E
S
 
S
Y
 
A
D
 
D
Y
 
F
L
 
L
V
 
E
K
 
K
N
 
N
L
 
K
D
 
K
A
 
K
D
 
Y
D
 
D
G
 
Y
V
 
S
T
 
I
P
 
K
Y
 
Y
P
 
L
G
 
D
S
 
T
S
 
T
D
 
D
-
 
A
M
 
L
Y
 
Y
M
 
S
A
 
A
L
 
L
M
 
E
S
 
I
R
 
G
A
 
E
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
M
F
 
M
Y
 
D
D
|
D
A
 
Y
P
 
P
N
 
V
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
-
 
G
F
 
V
A
 
A
R
 
Q
T
 
N
K
 
Q
G
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
P
V
 
L
T
 
A
T
 
T
V
 
P
G
 
I
P
 
P
L
 
R
Y
 
E
E
 
K
G
 
G
Q
 
G
Q
 
S
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
L
 
V
K
 
K
S
 
K
G
 
G
S
 
Q
-
 
N
-
 
P
E
 
E
W
 
L
V
 
L
D
 
E
D
 
M
V
 
F
N
 
N
E
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
K
A
 
E
M
 
M
K
 
K
E
 
R
D
 
T
G
 
G
T
 
E
Y
 
Y
K
 
D
T
 
K
I
 
I

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
36% identity, 87% coverage: 26:245/252 of query aligns to 11:228/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
T
 
T
L
 
L
R
 
R
V
 
V
V
 
G
T
 
T
D
|
D
P
 
A
S
 
D
F
x
Y
V
 
K
P
 
P
F
 
F
E
 
S
M
 
F
M
 
K
D
 
D
Q
 
K
E
 
-
T
 
N
G
 
G
E
 
Q
M
 
Y
I
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
I
E
 
D
I
 
L
I
 
A
R
 
K
E
 
A
V
 
L
A
 
A
D
 
K
R
 
E
A
 
L
G
 
G
F
 
V
E
 
K
I
 
V
D
 
E
L
 
F
N
 
V
T
 
P
M
 
T
D
 
T
F
x
W
N
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
N
 
K
V
 
F
D
 
D
I
 
I
A
 
V
I
 
M
A
x
S
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
P
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
K
I
 
K
V
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
M
D
 
T
S
 
A
G
 
G
L
 
Q
R
 
T
I
 
I
L
 
L
V
 
V
R
 
K
E
 
K
G
 
D
N
 
N
-
 
A
D
 
D
D
 
K
V
 
I
S
 
K
E
 
S
F
 
F
D
 
E
D
 
D
L
 
L
E
 
N
G
 
K
K
 
P
-
 
D
-
 
V
K
 
K
I
 
V
G
 
A
T
 
V
K
x
Q
I
 
L
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
S
Y
 
-
D
 
E
Y
 
Q
L
 
A
V
 
A
K
 
K
N
 
E
L
 
F
D
 
L
A
 
P
D
 
K
D
 
A
G
 
K
V
 
I
T
 
R
P
 
T
Y
 
F
P
 
E
G
 
N
S
 
N
S
 
A
D
 
E
M
 
A
Y
 
F
M
 
Q
A
 
E
L
 
V
M
 
V
S
 
S
R
 
G
A
 
R
I
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
M
F
 
V
Y
 
T
D
|
D
A
 
S
P
 
P
N
 
V
V
 
A
G
 
A
Y
 
Y
F
 
Y
A
 
A
R
 
K
T
 
L
K
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
A
V
 
V
T
 
V
T
 
V
V
 
V
G
 
D
P
 
E
L
 
P
Y
 
F
E
 
T
G
 
H
Q
 
E
Q
 
P
Y
 
L
G
 
G
I
 
F
A
 
A
L
 
I
K
 
R
S
 
K
G
 
G
-
 
D
S
 
P
E
 
E
W
 
L
V
 
L
D
 
N
D
 
W
V
 
V
N
 
N
E
 
N
A
 
W
L
 
L
A
 
K
A
 
Q
M
 
M
K
 
K
E
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
D
T
 
K
I
 
L
Y
 
Y
E
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

2pyyB Crystal structure of the glur0 ligand-binding core from nostoc punctiforme in complex with (l)-glutamate (see paper)
38% identity, 79% coverage: 50:247/252 of query aligns to 19:212/217 of 2pyyB

query
sites
2pyyB
G
 
G
F
 
F
D
 
S
M
 
I
E
 
D
I
 
L
I
 
W
R
 
R
E
 
S
V
 
I
A
 
A
D
 
T
R
 
Q
A
 
I
G
 
G
F
 
I
E
 
E
I
 
S
D
 
K
L
 
L
N
 
-
T
 
-
M
 
I
D
 
E
F
 
Y
N
 
S
G
 
S
I
x
V
-
 
P
-
 
E
-
 
L
I
 
I
P
 
S
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
T
 
D
G
 
N
N
 
K
V
 
V
D
 
N
I
 
L
A
 
G
I
 
I
A
 
A
G
x
A
I
|
I
T
x
S
I
 
I
T
 
T
E
 
A
E
 
E
R
|
R
E
 
E
E
 
Q
I
 
N
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
L
P
 
P
Y
 
I
Y
 
F
D
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
Q
I
 
I
L
 
M
V
 
V
R
 
R
E
 
N
G
 
G
N
 
-
D
 
-
D
 
D
V
 
I
S
 
R
E
 
S
F
 
I
D
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
P
G
 
G
K
 
K
K
 
V
I
 
V
G
 
A
T
 
T
K
x
T
I
 
A
G
 
G
S
|
S
T
|
T
S
 
A
Y
 
A
D
 
T
Y
 
Y
L
 
L
V
 
R
K
 
E
N
 
H
L
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
H
D
 
I
G
 
S
V
 
V
T
 
L
P
 
E
Y
 
V
P
 
P
G
 
K
S
 
I
S
 
E
D
 
E
M
 
A
Y
 
Y
M
 
K
A
 
A
L
 
L
M
 
Q
S
 
T
R
 
K
A
 
K
I
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
V
Y
 
F
D
|
D
A
 
A
P
 
P
N
 
V
V
 
L
G
 
L
Y
 
F
F
 
Y
A
 
A
R
 
A
T
 
N
K
 
E
G
 
G
E
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
V
T
 
E
T
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
S
L
 
I
Y
 
L
E
 
R
G
 
E
Q
 
E
Q
 
S
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
I
L
 
L
K
 
P
S
 
N
G
 
N
S
 
S
E
 
P
W
 
Y
V
 
R
D
 
K
D
 
P
V
 
I
N
 
N
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
L
A
 
N
M
 
L
K
 
K
E
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
Q
T
 
S
I
 
L
Y
 
Y
E
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
38% identity, 84% coverage: 35:245/252 of query aligns to 20:227/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
F
|
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
M
 
V
D
 
D
Q
 
-
E
 
E
T
 
N
G
 
G
E
 
N
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
A
R
 
K
E
 
E
V
 
I
A
 
A
D
 
R
R
 
R
A
 
L
G
 
G
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
K
L
 
I
N
 
V
T
 
D
M
 
M
D
 
T
F
|
F
N
 
D
G
 
G
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
Q
 
L
T
 
T
G
 
K
N
 
K
V
 
I
D
 
D
I
 
V
A
 
I
I
 
I
A
x
S
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
K
I
 
V
V
 
V
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
D
S
 
A
G
 
G
L
 
Q
R
 
V
I
 
I
L
 
V
V
 
V
R
 
R
E
 
K
G
 
D
N
 
S
D
 
D
-
 
F
D
 
R
V
 
P
S
 
K
E
 
T
F
 
Y
D
 
E
D
 
D
L
 
L
E
 
V
G
 
G
K
 
K
K
 
T
I
 
V
G
 
A
T
 
V
K
x
Q
I
 
I
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
G
Y
 
-
D
 
D
Y
 
I
L
 
E
V
 
V
K
 
S
N
 
K
L
 
Y
D
 
D
A
 
G
D
 
-
D
 
I
G
 
K
V
 
V
T
 
V
P
 
R
Y
 
F
P
 
D
G
 
K
S
 
F
S
 
T
D
 
D
M
 
A
Y
 
F
M
 
L
A
 
E
L
 
L
M
 
K
S
 
R
R
 
G
A
 
R
I
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
V
Y
 
L
D
|
D
A
 
S
P
 
A
N
 
T
V
 
A
G
 
R
Y
 
A
F
 
F
A
 
V
R
 
-
T
 
A
K
 
K
G
 
N
E
 
P
G
 
D
K
 
L
V
 
V
T
 
I
T
 
S
V
 
S
G
 
G
P
 
V
L
 
L
Y
 
-
E
 
S
G
 
S
Q
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
V
-
 
R
K
 
K
S
 
E
G
 
D
S
 
T
E
 
D
W
 
L
V
 
L
D
 
E
D
 
F
V
 
I
N
 
N
E
 
S
A
 
V
L
 
L
A
 
R
A
 
E
M
 
L
K
 
K
E
 
K
D
 
S
G
 
G
T
 
K
Y
 
Y
K
 
D
T
 
V
I
 
L
Y
 
I
E
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

4kqpA Crystal structure of lactococcus lactis glnp substrate binding domain 2 (sbd2) in complex with glutamine at 0.95 a resolution (see paper)
31% identity, 90% coverage: 20:245/252 of query aligns to 1:226/230 of 4kqpA

query
sites
4kqpA
G
 
A
T
 
T
V
 
P
S
 
K
A
 
K
E
 
D
T
 
V
L
 
Y
R
 
T
V
 
I
V
 
A
T
 
S
D
 
D
P
 
N
S
 
S
F
|
F
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
M
 
Q
D
 
N
Q
 
D
E
 
D
T
 
K
G
 
-
E
 
Q
M
 
F
I
 
T
G
 
G
F
 
I
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
L
R
 
N
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
K
R
 
N
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
K
I
 
L
D
 
K
L
 
W
N
 
N
T
 
F
M
 
I
D
 
G
F
|
F
N
 
Q
G
 
A
I
 
A
I
 
V
P
 
D
A
 
S
L
 
V
Q
 
Q
T
 
S
G
 
G
N
 
H
V
 
A
D
 
D
I
 
G
A
 
M
I
 
M
A
 
S
G
|
G
I
x
M
T
x
S
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
A
R
|
R
E
 
K
E
 
Q
I
 
V
V
 
F
D
 
D
F
 
Y
S
 
G
D
 
S
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
S
S
 
S
G
 
N
L
 
L
R
 
T
I
 
I
L
 
A
V
 
T
R
 
S
E
 
S
G
 
T
N
 
D
D
 
D
D
 
S
V
 
I
S
 
K
E
 
S
F
 
W
D
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
T
I
 
L
G
 
G
T
 
A
K
|
K
I
 
N
G
 
G
S
x
T
T
x
A
S
 
S
Y
 
F
D
 
D
Y
 
Y
L
 
L
V
 
-
K
 
-
N
 
N
L
 
A
D
 
H
A
 
A
D
 
K
D
 
E
-
 
Y
-
 
G
-
 
Y
G
 
T
V
 
V
T
 
K
P
 
T
Y
 
F
P
 
T
G
 
D
S
 
A
S
 
T
D
 
T
M
 
M
Y
 
Y
M
 
S
A
 
S
L
 
L
M
 
N
S
 
N
R
 
G
A
 
S
I
 
I
D
 
N
A
 
A
V
 
L
F
 
M
Y
 
D
D
|
D
A
 
E
P
 
P
N
 
V
V
 
I
G
 
K
Y
 
Y
F
 
-
A
 
A
R
 
I
T
 
K
K
 
Q
G
 
G
E
 
Q
G
 
K
K
 
F
V
 
A
T
 
T
T
 
P
V
 
I
G
 
K
P
 
P
L
 
I
Y
 
P
E
 
D
G
 
G
Q
 
-
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
L
 
V
K
 
K
S
 
K
G
 
G
S
 
S
-
 
N
-
 
P
E
 
E
W
 
L
V
 
I
D
 
E
D
 
M
V
 
F
N
 
N
E
 
N
A
 
G
L
 
L
A
 
A
A
 
N
M
 
L
K
 
R
E
 
A
D
 
N
G
 
G
T
 
E
Y
 
Y
K
 
D
T
 
K
I
 
I
Y
 
I
E
 
D
K
 
K
W
 
Y
F
 
L

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
34% identity, 85% coverage: 31:245/252 of query aligns to 7:222/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
T
 
T
D
x
S
P
 
A
S
x
D
F
|
F
V
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
M
 
H
D
 
K
Q
 
V
E
 
E
T
 
G
G
 
G
-
 
K
-
 
D
E
 
E
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
I
E
 
D
I
 
I
I
 
A
R
 
N
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
K
R
 
K
A
 
L
G
 
G
F
 
V
E
 
K
I
 
L
D
 
E
L
 
I
N
 
K
T
 
D
M
 
M
D
 
D
F
|
F
N
 
K
G
 
G
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
T
 
A
G
 
G
N
 
R
V
 
V
D
 
D
I
 
M
A
 
V
I
 
I
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
P
T
 
T
E
 
A
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
K
I
 
S
V
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
S
 
S
G
 
R
L
 
-
R
 
Q
I
 
V
L
 
V
V
 
V
R
 
V
E
 
K
G
 
N
N
 
D
D
 
S
D
 
P
V
 
I
S
 
S
E
 
K
F
 
F
D
 
D
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
V
K
 
K
K
 
T
I
 
I
G
 
A
T
 
V
K
x
Q
I
 
I
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
S
Y
 
E
D
 
E
Y
 
A
L
 
A
V
 
K
K
 
K
N
 
I
L
 
P
D
 
N
A
 
V
D
 
-
D
 
-
G
 
K
V
 
L
T
 
K
P
 
Q
Y
 
L
P
 
N
G
 
R
S
 
V
S
 
S
D
 
D
M
 
E
Y
 
F
M
 
M
A
 
D
L
 
L
M
 
Q
S
 
N
R
 
G
A
 
R
I
 
C
D
 
D
A
 
A
V
 
I
F
 
V
Y
 
V
D
x
E
A
 
D
P
 
T
N
 
V
V
 
A
G
 
K
Y
 
A
F
 
Y
A
 
L
R
 
K
T
 
E
K
 
Y
G
 
K
E
 
D
G
 
M
K
 
K
V
 
I
T
 
L
-
 
Y
-
 
M
-
 
D
T
 
E
V
 
I
G
 
N
P
 
N
L
 
V
Y
 
E
E
 
N
G
 
G
Q
 
S
Q
 
A
Y
 
V
G
 
A
I
 
V
A
 
A
L
 
-
K
 
K
S
 
G
G
 
N
S
 
K
E
 
S
W
 
L
V
 
L
D
 
D
D
 
V
V
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
V
L
 
I
A
 
K
A
 
E
M
 
L
K
 
K
E
 
Q
D
 
S
G
 
G
T
 
E
Y
 
Y
K
 
D
T
 
K
I
 
L
Y
 
V
E
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F

2q2aA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
31% identity, 92% coverage: 20:250/252 of query aligns to 6:235/241 of 2q2aA

query
sites
2q2aA
G
 
G
T
 
G
V
 
A
S
 
T
A
 
K
E
 
K
T
 
K
L
 
V
R
 
V
V
 
V
V
 
G
T
 
T
D
|
D
P
 
A
S
 
A
F
|
F
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
Y
M
 
M
D
 
-
Q
 
-
E
 
Q
T
 
K
G
 
G
E
 
K
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
L
R
 
D
E
 
A
V
 
V
A
 
M
D
 
K
R
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
L
E
 
D
I
 
Y
D
 
E
L
 
L
N
 
K
T
 
N
M
 
I
D
 
G
F
x
W
N
 
D
G
 
P
I
 
L
I
 
F
P
 
A
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
S
G
 
K
N
 
E
V
 
V
D
 
D
I
 
M
A
 
G
I
 
I
A
x
S
G
|
G
I
|
I
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
Q
I
 
S
V
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
E
S
 
A
G
 
T
L
 
Q
R
 
V
I
 
I
L
 
L
V
 
V
R
 
K
E
 
Q
G
 
G
N
 
S
D
 
-
D
 
P
V
 
V
S
 
K
E
 
N
F
 
A
D
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
T
I
 
I
G
 
G
T
 
V
K
x
Q
I
 
N
G
 
A
S
x
T
T
|
T
S
 
G
Y
 
Q
D
 
E
Y
 
A
L
 
A
V
 
E
K
 
K
N
 
L
L
 
F
D
 
G
A
 
K
D
 
G
D
 
P
G
 
H
V
 
I
T
 
K
P
 
K
Y
 
F
P
 
E
G
 
T
S
 
T
S
 
V
D
 
V
M
 
A
Y
 
I
M
 
M
A
 
E
L
 
L
M
 
L
S
 
N
R
 
G
A
 
G
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
I
Y
 
T
D
|
D
A
 
N
P
 
A
N
 
V
V
 
A
G
 
N
Y
 
E
F
 
Y
A
 
V
R
 
K
T
 
N
K
 
N
G
 
P
E
 
N
G
 
K
K
 
K
V
 
L
T
 
Q
T
 
V
V
 
I
-
 
E
-
 
D
G
 
P
P
 
K
L
 
N
Y
 
F
E
 
A
G
 
S
Q
 
E
Q
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M
A
 
I
L
 
F
K
 
P
S
 
K
G
 
N
S
 
S
E
 
E
W
 
L
V
 
K
D
 
A
D
 
K
V
 
V
N
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
N
M
 
V
K
 
I
E
 
N
D
 
S
G
 
G
T
 
K
Y
 
Y
K
 
T
T
 
E
I
 
I
Y
 
Y
E
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
P
 
K
M
 
E
P
 
P
E
 
K

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
33% identity, 87% coverage: 27:245/252 of query aligns to 6:226/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
L
 
L
R
 
R
V
 
V
V
 
G
T
 
L
D
x
E
P
 
P
S
 
G
F
x
Y
V
 
L
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
M
M
 
K
D
 
D
Q
 
K
E
 
K
T
 
-
G
 
G
E
 
N
M
 
V
I
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
A
R
 
R
E
 
E
V
 
M
A
 
A
D
 
K
R
 
A
A
 
M
G
 
G
F
 
V
E
 
K
I
 
L
D
 
K
L
 
L
N
 
V
T
 
P
M
 
T
D
 
S
F
x
W
N
 
D
G
 
G
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
G
L
 
L
Q
 
V
T
 
T
G
 
E
N
 
K
V
 
F
D
 
D
I
 
I
A
 
I
I
 
I
A
 
S
G
|
G
I
 
M
T
|
T
I
 
I
T
 
S
E
 
Q
E
 
E
R
|
R
E
 
N
E
 
L
I
 
R
V
 
V
D
 
N
F
 
F
S
 
V
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
I
D
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
Q
R
 
S
I
 
L
L
 
L
V
 
V
R
 
K
E
 
K
G
 
G
N
 
L
D
 
E
D
 
K
-
 
G
V
 
V
S
 
K
E
 
S
F
 
Y
D
 
K
D
 
D
L
 
L
E
 
D
G
 
K
K
 
P
K
 
E
I
 
L
G
 
T
-
 
L
-
 
V
T
 
T
K
|
K
I
 
F
G
 
G
S
 
-
T
x
V
S
|
S
Y
 
A
D
 
E
Y
 
Y
L
 
A
V
 
A
K
 
K
N
 
R
L
 
L
D
 
F
A
 
K
D
 
N
D
 
A
G
 
K
V
 
L
T
 
K
P
 
T
Y
 
Y
P
 
D
G
 
T
S
x
E
S
 
A
D
 
E
M
 
A
Y
 
V
M
 
Q
A
 
E
L
 
V
M
 
L
S
 
N
R
 
G
A
 
K
I
 
A
D
 
D
A
 
M
V
 
F
F
 
I
Y
 
F
D
|
D
A
 
L
P
 
P
-
 
F
N
 
N
V
 
V
G
 
A
Y
 
F
F
 
M
A
 
A
R
 
Q
T
 
-
K
 
K
G
 
G
E
 
Q
G
 
G
K
 
Y
V
 
L
T
 
V
T
 
H
V
 
L
G
 
D
P
 
T
L
 
S
Y
 
L
E
 
T
G
 
Y
Q
 
E
Q
 
P
Y
 
L
G
 
G
I
 
W
A
 
A
L
 
I
K
 
K
S
 
K
G
 
G
-
 
D
S
 
P
E
 
D
W
 
F
V
 
L
D
 
N
D
 
W
V
 
L
N
 
N
E
 
H
A
 
F
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
M
 
I
K
 
K
E
 
H
D
 
D
G
 
G
T
 
S
Y
 
Y
K
 
D
T
 
E
I
 
L
Y
 
Y
E
 
E
K
 
R
W
 
W
F
 
F

2pvuA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
32% identity, 88% coverage: 29:250/252 of query aligns to 9:229/235 of 2pvuA

query
sites
2pvuA
V
 
V
V
 
G
T
 
T
D
 
D
P
 
A
S
 
A
F
|
F
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
Y
M
 
M
D
 
-
Q
 
-
E
 
Q
T
 
K
G
 
G
E
 
K
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
L
R
 
D
E
 
A
V
 
V
A
 
M
D
 
K
R
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
L
E
 
D
I
 
Y
D
 
E
L
 
L
N
 
K
T
 
N
M
 
I
D
 
G
F
x
W
N
 
D
G
 
P
I
 
L
I
 
F
P
 
A
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
S
G
 
K
N
 
E
V
 
V
D
 
D
I
 
M
A
 
G
I
 
I
A
 
S
G
|
G
I
|
I
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
Q
I
 
S
V
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
E
S
 
A
G
 
T
L
 
Q
R
 
V
I
 
I
L
 
L
V
 
V
R
 
K
E
 
Q
G
 
G
N
 
S
D
 
-
D
 
P
V
 
V
S
 
K
E
 
N
F
 
A
D
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
T
I
 
I
G
 
G
T
 
V
K
x
Q
I
 
N
G
 
A
S
x
T
T
|
T
S
 
G
Y
 
Q
D
 
E
Y
 
A
L
 
A
V
 
E
K
 
K
N
 
L
L
 
F
D
 
G
A
 
K
D
 
G
D
 
P
G
 
H
V
 
I
T
 
K
P
 
K
Y
 
F
P
 
E
G
 
T
S
 
T
S
 
V
D
 
V
M
 
A
Y
 
I
M
 
M
A
 
E
L
 
L
M
 
L
S
 
N
R
 
G
A
 
G
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
I
Y
 
T
D
|
D
A
 
N
P
 
A
N
 
V
V
 
A
G
 
N
Y
 
E
F
 
Y
A
 
V
R
 
K
T
 
N
K
 
N
G
 
P
E
 
N
G
 
K
K
 
K
V
 
L
T
 
Q
T
 
V
V
 
I
-
 
E
-
 
D
G
 
P
P
 
K
L
 
N
Y
 
F
E
 
A
G
 
S
Q
 
E
Q
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M
A
 
I
L
 
F
K
 
P
S
 
K
G
 
N
S
 
S
E
 
E
W
 
L
V
 
K
D
 
A
D
 
K
V
 
V
N
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
N
M
 
V
K
 
I
E
 
N
D
 
S
G
 
G
T
 
K
Y
 
Y
K
 
T
T
 
E
I
 
I
Y
 
Y
E
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
P
 
K
M
 
E
P
 
P
E
 
K

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
32% identity, 88% coverage: 29:250/252 of query aligns to 5:225/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
V
 
V
V
 
G
T
 
T
D
 
D
P
 
A
S
 
A
F
|
F
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
Y
M
 
M
D
 
-
Q
 
-
E
 
Q
T
 
K
G
 
G
E
 
K
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
L
I
 
L
R
 
D
E
 
A
V
 
V
A
 
M
D
 
K
R
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
L
E
 
D
I
 
Y
D
 
E
L
 
L
N
 
K
T
 
N
M
 
I
D
 
G
F
x
W
N
 
D
G
 
P
I
 
L
I
 
F
P
 
A
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
S
G
 
K
N
 
E
V
 
V
D
 
D
I
 
M
A
 
G
I
 
I
A
x
S
G
|
G
I
|
I
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
Q
I
 
S
V
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
D
 
E
S
 
A
G
 
T
L
 
Q
R
 
V
I
 
I
L
 
L
V
 
V
R
 
K
E
 
Q
G
 
G
N
 
S
D
 
-
D
 
P
V
 
V
S
 
K
E
 
N
F
 
A
D
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
T
I
 
I
G
 
G
T
 
V
K
x
Q
I
 
N
G
 
A
S
x
T
T
|
T
S
 
G
Y
 
Q
D
 
E
Y
 
A
L
 
A
V
 
E
K
 
K
N
 
L
L
 
F
D
 
G
A
 
K
D
 
G
D
 
P
G
 
H
V
 
I
T
 
K
P
 
K
Y
 
F
P
 
E
G
 
T
S
 
T
S
 
V
D
 
V
M
 
A
Y
 
I
M
 
M
A
 
E
L
 
L
M
 
L
S
 
N
R
 
G
A
 
G
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
I
Y
 
T
D
|
D
A
 
N
P
 
A
N
 
V
V
 
A
G
 
N
Y
 
E
F
 
Y
A
 
V
R
 
K
T
 
N
K
 
N
G
 
P
E
 
N
G
 
K
K
 
K
V
 
L
T
 
Q
T
 
V
V
 
I
-
 
E
-
 
D
G
 
P
P
 
K
L
 
N
Y
 
F
E
 
A
G
 
S
Q
 
E
Q
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M
A
 
I
L
 
F
K
 
P
S
 
K
G
 
N
S
 
S
E
 
E
W
 
L
V
 
K
D
 
A
D
 
K
V
 
V
N
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
K
A
 
N
M
 
V
K
 
I
E
 
N
D
 
S
G
 
G
T
 
K
Y
 
Y
K
 
T
T
 
E
I
 
I
Y
 
Y
E
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
P
 
K
M
 
E
P
 
P
E
 
K

8b5dA Exploring the ligand binding and conformational dynamics of receptor domain 1 of the abc transporter glnpq
33% identity, 87% coverage: 26:244/252 of query aligns to 1:219/223 of 8b5dA

query
sites
8b5dA
T
 
T
L
 
V
R
 
K
V
 
I
V
 
A
T
 
S
D
|
D
P
 
S
S
 
S
F
x
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
M
 
Q
D
 
N
Q
 
G
E
 
Q
T
 
K
G
 
-
E
 
K
M
 
W
I
 
V
G
 
G
F
 
I
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
I
I
 
M
R
 
Q
E
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
K
R
 
I
A
 
N
G
 
D
F
 
W
E
 
K
I
 
L
D
 
E
L
 
M
N
 
S
T
 
Y
M
 
P
D
 
G
F
|
F
N
 
D
G
 
A
I
 
A
I
 
L
P
 
Q
A
 
N
L
 
L
Q
 
K
T
 
A
G
 
G
N
 
Q
V
 
V
D
 
D
I
 
G
A
 
I
I
 
I
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
E
I
 
T
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
T
S
 
S
G
 
A
L
 
L
R
 
T
I
 
I
L
 
A
V
 
T
R
 
T
E
 
K
G
 
-
N
 
D
D
 
S
D
 
K
V
 
L
S
 
S
E
 
D
F
 
Y
D
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
A
K
|
K
I
 
N
G
 
G
S
x
T
T
x
A
S
 
A
Y
 
Q
D
 
T
Y
 
W
L
 
L
V
 
Q
K
 
E
N
 
N
L
 
Q
D
 
K
A
 
K
-
 
Y
D
 
G
D
 
Y
G
 
T
V
 
I
T
 
K
P
 
T
Y
 
Y
P
 
S
G
 
D
S
 
G
S
 
V
D
 
H
M
 
M
Y
 
F
M
 
A
A
 
A
L
 
L
M
 
S
S
 
S
R
 
G
A
 
N
I
 
I
D
 
A
A
 
G
V
 
A
F
 
M
Y
 
D
D
|
D
A
 
V
P
 
P
N
 
V
V
 
I
G
 
S
Y
 
Y
F
 
-
A
 
A
R
 
M
T
 
K
K
 
Q
G
 
G
E
 
Q
G
 
D
K
 
L
V
 
A
T
 
M
T
 
N
V
 
F
G
 
P
P
 
S
L
 
I
Y
 
S
E
 
L
G
 
P
Q
 
G
Q
 
G
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
L
 
V
K
 
M
S
 
K
G
 
G
-
 
K
-
 
N
S
 
S
E
 
T
W
 
L
V
 
V
D
 
D
D
 
G
V
 
F
N
 
N
E
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
E
M
 
M
K
 
K
E
 
S
D
 
N
G
 
G
T
 
D
Y
 
Y
K
 
D
T
 
K
I
 
I
Y
 
L
E
 
K
K
 
K
W
 
Y

6fxgB Crystal structure of substrate binding domain 1 (sbd1) of abc transporter glnpq in complex with asparagine
32% identity, 87% coverage: 26:244/252 of query aligns to 4:222/226 of 6fxgB

query
sites
6fxgB
T
 
T
L
 
V
R
 
K
V
 
I
V
 
A
T
 
S
D
 
D
P
 
S
S
 
S
F
x
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
M
 
Q
D
 
N
Q
 
G
E
 
Q
T
 
K
G
 
-
E
 
K
M
 
W
I
 
V
G
 
G
F
 
I
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
I
I
 
M
R
 
Q
E
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
K
R
 
I
A
 
N
G
 
D
F
 
W
E
 
K
I
 
L
D
 
E
L
 
M
N
 
S
T
 
Y
M
 
P
D
 
G
F
|
F
N
 
D
G
 
A
I
 
A
I
 
L
P
 
Q
A
 
N
L
 
L
Q
 
K
T
 
A
G
 
G
N
 
Q
V
 
V
D
 
D
I
 
G
A
 
I
I
 
I
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
E
I
 
T
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
T
S
 
S
G
 
A
L
 
L
R
 
T
I
 
I
L
 
A
V
 
T
R
 
T
E
 
K
G
 
-
N
 
D
D
 
S
D
 
K
V
 
L
S
 
S
E
 
D
F
 
Y
D
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
A
K
|
K
I
 
N
G
 
G
S
 
T
T
 
A
S
 
A
Y
 
Q
D
 
T
Y
 
W
L
 
L
V
 
Q
K
 
E
N
 
N
L
 
Q
D
 
K
A
 
K
-
 
Y
D
 
G
D
 
Y
G
 
T
V
 
I
T
 
K
P
 
T
Y
 
Y
P
 
S
G
 
D
S
 
G
S
 
V
D
 
H
M
 
M
Y
 
F
M
 
A
A
 
A
L
 
L
M
 
S
S
 
S
R
 
G
A
 
N
I
 
I
D
 
A
A
 
G
V
 
A
F
 
M
Y
 
D
D
 
E
A
 
V
P
 
P
N
 
V
V
 
I
G
 
S
Y
 
Y
F
 
-
A
 
A
R
 
M
T
 
K
K
 
Q
G
 
G
E
 
Q
G
 
D
K
 
L
V
 
A
T
 
M
T
 
N
V
 
F
G
 
P
P
 
S
L
 
I
Y
 
S
E
 
L
G
 
P
Q
 
G
Q
 
G
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
L
 
V
K
 
M
S
 
K
G
 
G
-
 
K
-
 
N
S
 
S
E
 
T
W
 
L
V
 
V
D
 
D
D
 
G
V
 
F
N
 
N
E
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
E
M
 
M
K
 
K
E
 
S
D
 
N
G
 
G
T
 
D
Y
 
Y
K
 
D
T
 
K
I
 
I
Y
 
L
E
 
K
K
 
K
W
 
Y

8b5eA Exploring the ligand binding and conformational dynamics of receptor domain 1 of the abc transporter glnpq
32% identity, 87% coverage: 26:244/252 of query aligns to 3:221/225 of 8b5eA

query
sites
8b5eA
T
 
T
L
 
V
R
 
K
V
 
I
V
 
A
T
 
S
D
 
D
P
 
S
S
 
S
F
x
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
M
 
Q
D
 
N
Q
 
G
E
 
Q
T
 
K
G
 
-
E
 
K
M
 
W
I
 
V
G
 
G
F
 
I
D
 
D
M
 
V
E
 
D
I
 
I
I
 
M
R
 
Q
E
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
K
R
 
I
A
 
N
G
 
D
F
 
W
E
 
K
I
 
L
D
 
E
L
 
M
N
 
S
T
 
Y
M
 
P
D
 
G
F
 
F
N
 
D
G
 
A
I
 
A
I
 
L
P
 
Q
A
 
N
L
 
L
Q
 
K
T
 
A
G
 
G
N
 
Q
V
 
V
D
 
D
I
 
G
A
 
I
I
 
I
A
 
A
G
|
G
I
 
M
T
|
T
I
 
I
T
 
T
E
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
E
I
 
T
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
N
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
T
S
 
S
G
 
A
L
 
L
R
 
T
I
 
I
L
 
A
V
 
T
R
 
T
E
 
K
G
 
-
N
 
D
D
 
S
D
 
K
V
 
L
S
 
S
E
 
D
F
 
Y
D
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
A
K
 
K
I
 
N
G
 
G
S
 
T
T
 
A
S
 
A
Y
 
Q
D
 
T
Y
 
W
L
 
L
V
 
Q
K
 
E
N
 
N
L
 
Q
D
 
K
A
 
K
-
 
Y
D
 
G
D
 
Y
G
 
T
V
 
I
T
 
K
P
 
T
Y
 
Y
P
 
S
G
 
D
S
 
G
S
 
V
D
 
H
M
 
M
Y
 
F
M
 
A
A
 
A
L
 
L
M
 
S
S
 
S
R
 
G
A
 
N
I
 
I
D
 
A
A
 
G
V
 
A
F
 
M
Y
 
D
D
 
E
A
 
V
P
 
P
N
 
V
V
 
I
G
 
S
Y
 
Y
F
 
-
A
 
A
R
 
M
T
 
K
K
 
Q
G
 
G
E
 
Q
G
 
D
K
 
L
V
 
A
T
 
M
T
 
N
V
 
F
G
 
P
P
 
S
L
 
I
Y
 
S
E
 
L
G
 
P
Q
 
G
Q
 
G
Y
|
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
L
 
V
K
 
M
S
 
K
G
 
G
-
 
K
-
 
N
S
 
S
E
 
T
W
 
L
V
 
V
D
 
D
D
 
G
V
 
F
N
 
N
E
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
E
M
 
M
K
 
K
E
 
S
D
 
N
G
 
G
T
 
D
Y
 
Y
K
 
D
T
 
K
I
 
I
Y
 
L
E
 
K
K
 
K
W
 
Y

4h5fA Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l- arginine, form 1
31% identity, 86% coverage: 27:243/252 of query aligns to 13:233/240 of 4h5fA

query
sites
4h5fA
L
 
L
R
 
V
V
 
V
V
 
A
T
 
T
D
x
S
P
 
P
S
x
D
F
x
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
F
M
 
Q
D
 
S
Q
 
L
E
 
V
T
 
D
G
 
G
-
 
K
-
 
N
E
 
Q
M
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
A
D
 
D
M
 
I
E
 
D
I
 
M
I
 
A
R
 
Q
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
E
A
 
L
G
 
G
F
 
V
E
 
K
I
 
L
D
 
E
L
 
I
N
 
L
T
 
S
M
 
M
D
 
S
F
|
F
N
 
D
G
 
N
I
 
V
I
 
L
P
 
T
A
 
S
L
 
L
Q
 
Q
T
 
T
G
 
G
N
 
K
V
 
A
D
 
D
I
 
L
A
 
A
I
 
V
A
|
A
G
|
G
I
|
I
T
x
S
I
 
A
T
 
T
E
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
K
E
 
E
I
 
V
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
I
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
E
S
 
N
G
 
K
L
 
I
R
 
S
I
 
F
L
 
L
V
 
V
R
 
H
E
 
K
G
 
A
N
 
-
D
 
-
D
 
D
V
 
V
S
 
E
E
 
K
F
 
Y
D
 
K
D
 
D
-
 
L
-
 
T
-
 
S
L
 
L
E
 
E
G
 
S
K
 
A
K
 
N
I
 
I
G
 
A
T
 
A
K
x
Q
I
 
K
G
 
G
S
 
-
T
|
T
S
 
V
Y
 
P
D
 
E
Y
 
S
L
 
M
V
 
V
K
 
K
N
 
E
L
 
Q
D
 
L
A
 
P
D
 
K
D
 
A
G
 
Q
V
 
L
T
 
T
P
 
S
Y
 
L
P
 
T
G
 
N
S
 
M
S
 
G
D
 
E
M
 
A
Y
 
V
M
 
N
A
 
E
L
 
L
M
 
Q
S
 
A
R
 
G
A
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
F
 
H
Y
 
M
D
|
D
A
 
E
P
 
P
-
 
V
N
 
A
V
 
L
G
 
S
Y
 
Y
F
 
A
A
 
A
R
 
K
T
 
N
K
 
A
G
 
G
E
 
L
G
 
A
K
 
V
V
 
A
T
 
T
T
 
V
V
 
S
G
 
L
P
 
K
L
 
M
Y
 
K
E
 
D
G
 
G
Q
 
D
Q
 
A
Y
 
N
G
 
A
I
 
V
A
 
A
L
 
L
K
 
R
S
 
K
G
 
N
S
 
S
E
 
D
W
 
D
V
 
L
D
 
K
D
 
E
-
 
V
V
 
V
N
 
D
E
 
K
A
 
V
L
 
I
A
 
Q
A
 
K
M
 
L
K
 
K
E
 
D
D
 
E
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
K
 
Q
T
 
S
I
 
Y
Y
 
L
E
 
E
K
 
K

2y7iA Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351. (see paper)
30% identity, 90% coverage: 20:245/252 of query aligns to 1:227/228 of 2y7iA

query
sites
2y7iA
G
 
A
T
 
S
V
 
V
S
 
S
A
 
A
E
 
R
T
 
T
L
 
L
R
x
H
V
 
F
V
 
G
T
 
T
D
 
S
P
 
A
S
 
T
F
x
Y
V
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
|
E
M
 
F
M
 
V
D
|
D
Q
 
A
E
x
D
T
 
N
G
 
-
E
 
K
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
M
 
I
E
 
D
I
 
V
I
 
A
R
 
N
E
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
K
R
 
E
A
 
M
G
 
Q
F
 
A
E
 
E
I
 
C
D
 
S
L
 
F
N
 
T
T
 
N
M
 
Q
D
 
S
F
|
F
N
x
D
G
 
S
I
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
Q
 
R
T
 
F
G
 
K
N
 
K
V
 
F
D
|
D
I
 
A
A
 
V
I
 
I
A
|
A
G
|
G
I
 
M
T
x
D
I
 
M
T
 
T
E
 
P
E
 
K
R
|
R
E
 
E
E
 
Q
I
 
Q
V
 
V
D
 
S
F
 
F
S
 
S
D
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
E
S
 
-
G
 
G
L
 
L
R
 
S
I
 
A
L
 
V
V
 
V
R
 
V
E
 
T
G
 
R
N
 
K
D
 
G
D
 
A
V
 
Y
S
 
H
E
 
T
F
 
F
D
 
A
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
K
 
K
I
 
V
G
 
G
T
 
L
K
x
E
I
 
N
G
 
G
S
x
T
T
|
T
S
 
H
Y
 
Q
D
 
R
Y
 
Y
L
 
L
V
 
-
K
 
-
N
 
-
L
 
Q
D
 
D
A
 
K
D
 
Q
D
 
Q
G
 
A
V
 
I
T
 
T
P
 
P
-
 
V
-
 
A
Y
 
Y
P
x
D
G
 
S
S
 
Y
S
 
L
D
 
N
M
 
A
Y
 
F
M
 
T
A
 
D
L
 
L
M
 
K
S
 
N
R
 
N
A
 
R
I
 
L
D
 
E
A
 
G
V
 
V
F
 
F
Y
 
G
D
|
D
A
 
V
P
 
A
N
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
K
F
 
W
A
 
L
R
 
K
T
 
N
K
 
N
G
 
P
E
 
D
G
 
Y
K
 
A
V
 
I
-
 
M
-
 
D
-
 
E
T
 
R
T
 
A
V
 
S
G
 
D
P
 
P
L
 
D
Y
 
Y
E
 
Y
G
 
G
Q
 
K
Q
 
G
Y
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
V
K
 
R
S
 
K
G
 
D
S
 
N
E
 
D
-
 
A
W
 
L
V
 
L
D
 
Q
D
 
E
V
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
D
A
 
K
M
 
V
K
 
K
E
 
A
D
 
S
G
 
P
T
 
E
Y
 
Y
K
 
A
T
 
Q
I
 
M
Y
 
Q
E
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

4i62A 1.05 angstrom crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein abpa from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine
28% identity, 87% coverage: 27:245/252 of query aligns to 10:231/237 of 4i62A

query
sites
4i62A
L
 
L
R
 
V
V
 
V
V
 
A
T
 
L
D
x
N
P
 
P
S
 
D
F
|
F
V
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
M
 
Y
M
 
Q
D
 
K
Q
 
V
E
 
V
T
 
D
G
 
G
-
 
K
-
 
N
E
 
Q
M
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
S
D
 
D
M
 
I
E
 
E
I
 
L
I
 
A
R
 
K
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
T
R
 
E
A
 
L
G
 
G
F
 
V
E
 
E
I
 
L
D
 
E
L
 
L
N
 
S
T
 
P
M
 
M
D
 
S
F
|
F
N
 
D
G
 
N
I
 
V
I
 
L
P
 
A
A
 
S
L
 
V
Q
 
Q
T
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
A
D
 
D
I
 
L
A
 
A
I
 
I
A
x
S
G
|
G
I
x
V
T
x
S
I
 
K
T
 
T
E
 
D
E
 
E
R
|
R
E
 
S
E
 
K
I
 
V
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
T
S
 
A
G
 
K
L
 
N
R
 
K
I
 
L
L
 
I
V
 
V
R
 
K
E
 
K
G
 
S
N
 
-
D
 
-
D
 
D
V
 
L
S
 
A
E
 
T
F
 
Y
-
 
Q
-
 
S
-
 
V
D
 
N
D
 
D
L
 
L
E
 
A
G
 
Q
K
 
K
K
 
K
I
 
V
G
 
G
T
 
A
K
x
Q
I
 
K
G
 
G
S
|
S
T
x
I
S
x
Q
Y
 
-
D
 
E
Y
 
T
L