SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3028 FitnessBrowser__WCS417:GFF3028 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

5i39A High resolution structure of l-amino acid deaminase from proteus vulgaris with the deletion of the specific insertion sequence (see paper)
25% identity, 79% coverage: 23:356/422 of query aligns to 24:344/383 of 5i39A

query
sites
5i39A
K
 
Q
V
 
A
D
 
D
V
 
V
A
 
V
I
 
V
V
|
V
G
|
G
A
 
A
G
|
G
Y
x
I
T
x
L
G
 
G
L
 
I
S
 
M
T
 
T
A
 
A
L
 
I
H
 
N
L
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
L
S
 
S
V
 
V
C
 
V
V
 
I
L
x
V
E
|
E
A
x
K
N
 
G
E
 
N
P
 
I
G
 
A
W
 
G
G
 
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
 
R
N
x
F
G
x
Y
G
 
G
Q
|
Q
V
x
A
N
 
I
P
 
S
T
 
Y
L
 
K
K
 
M
Y
 
P
D
 
D
P
 
E
E
 
T
Q
 
F
L
 
L
V
 
L
Q
 
H
M
 
H
F
 
L
G
 
G
P
 
K
E
 
H
R
 
R
A
 
W
E
 
R
P
 
E
L
 
M
I
 
N
S
 
A
T
 
K
V
 
V
S
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
-
F
 
-
K
 
-
L
 
-
I
 
-
E
 
-
K
 
-
H
 
-
G
 
G
I
 
I
D
 
D
C
 
T
A
 
T
P
 
Y
V
 
R
R
 
T
K
 
Q
G
 
G
W
 
R
M
 
V
Q
 
E
V
 
V
S
 
P
Y
 
L
T
 
D
E
 
E
K
 
E
G
 
D
V
 
L
A
 
V
G
 
N
L
 
V
H
 
R
A
 
K
R
 
W
A
 
I
D
 
D
Q
 
E
W
 
R
A
 
S
R
 
K
R
 
N
-
 
V
-
 
G
-
 
S
G
 
D
V
 
I
P
 
P
V
 
F
-
 
K
-
 
T
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
N
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
D
 
R
A
 
G
S
 
A
T
 
T
V
 
T
A
 
D
S
 
W
R
 
K
M
 
I
G
 
A
S
 
G
D
 
F
A
 
E
F
 
E
A
 
D
G
 
S
G
 
G
W
 
S
L
 
F
D
 
D
G
 
P
R
 
E
A
 
V
G
 
A
A
 
T
I
 
F
Q
 
V
P
 
M
L
 
A
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
R
 
K
G
 
K
L
 
M
V
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
G
V
 
V
R
 
R
I
 
I
H
 
Y
G
 
T
Q
 
Q
S
 
C
A
|
A
V
x
A
T
 
R
D
 
G
L
 
L
R
 
E
R
 
T
Q
 
Q
-
 
A
G
 
G
A
 
V
G
 
I
W
 
S
Q
 
D
L
 
V
Q
 
V
T
 
T
A
 
E
S
 
K
G
 
G
A
 
A
R
 
-
V
 
I
M
 
K
A
 
T
D
 
S
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
L
 
V
A
 
A
T
 
-
N
 
-
G
 
-
Y
 
-
S
 
-
G
|
G
N
x
G
L
 
V
W
|
W
P
 
-
G
 
-
M
 
-
A
 
-
Q
 
-
S
 
S
V
 
R
L
 
L
A
 
F
A
 
M
N
 
Q
S
 
N
F
 
L
I
 
N
V
 
V
A
 
D
T
 
V
T
 
P
P
 
T
L
 
L
S
 
P
G
 
A
S
 
Y
V
x
Q
A
 
S
E
x
Q
R
 
Q
I
 
L
L
 
I
P
 
S
G
 
G
Q
 
S
E
 
P
T
 
T
V
 
A
S
 
P
T
 
G
A
 
G
Q
 
N
R
 
V
L
 
A
L
 
L
-
x
P
-
 
G
-
 
G
L
 
I
Y
 
F
F
 
F
R
 
R
K
 
E
D
 
Q
S
 
A
H
 
D
G
 
G
R
 
T
L
 
Y
L
 
A
M
 
T
G
 
S
G
 
P
R
 
R
G
 
V
L
 
I
F
 
V
N
 
A
D
 
L
P
 
P
T
 
D
S
 
L
P
 
P
T
 
E
D
 
L
F
 
N
A
 
A
H
 
S
L
 
L
E
 
E
R
 
K
S
 
-
L
 
L
A
 
K
L
 
A
L
 
E
F
 
F
P
 
P
Q
 
A
L
 
F
G
 
K
P
 
E
L
 
S
Q
 
K
F
 
L
E
 
I
Y
 
D
R
 
Q
W
 
W
A
 
S
G
|
G
R
 
A
I
x
M
A
 
A
I
 
I
T
 
A
R
 
P
D
 
D
F
 
E
M
 
N
P
 
P
H
 
I
V
 
I
H
 
S
Q
 
E
-
 
V
-
 
K
P
 
E
A
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
T
 
V
L
 
I

Sites not aligning to the query:

7cyxA Crystal strcuture of glycine oxidase from bacillus cereus atcc 14579 (see paper)
25% identity, 84% coverage: 23:376/422 of query aligns to 1:341/363 of 7cyxA

query
sites
7cyxA
K
 
K
V
 
Y
D
 
D
V
 
V
A
 
A
I
 
I
V
x
I
G
|
G
A
 
G
G
|
G
Y
x
V
T
x
I
G
 
G
L
 
S
S
 
S
T
 
V
A
 
A
L
 
H
H
 
F
L
 
L
A
 
A
E
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
H
S
 
K
V
 
V
C
 
A
V
 
I
L
x
V
E
|
E
-
x
K
-
 
Q
-
 
S
-
 
I
A
 
A
N
 
S
E
|
E
P
x
A
G
x
S
W
 
K
G
 
A
A
|
A
S
 
A
G
|
G
R
x
L
N
 
L
G
 
G
G
 
V
Q
 
A
V
 
Y
N
 
N
P
 
P
T
 
-
L
 
-
K
 
-
Y
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
L
 
L
V
 
F
Q
 
E
M
 
L
F
 
A
G
 
R
P
 
E
E
 
S
R
 
R
A
 
A
-
 
I
E
 
F
P
 
P
L
 
Q
I
 
L
S
 
A
T
 
A
V
 
V
S
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
-
F
 
-
K
 
-
L
 
L
I
 
R
E
 
E
K
 
K
H
 
T
G
 
G
I
 
V
D
 
D
C
 
I
A
 
G
P
 
Y
V
 
E
R
 
E
K
 
K
G
 
G
W
 
I
M
 
Y
Q
 
R
V
 
I
S
 
A
Y
 
Q
T
 
N
E
 
E
K
 
D
G
 
E
V
 
K
A
 
E
G
 
R
L
 
I
H
 
L
A
 
H
R
 
I
A
 
M
D
 
D
Q
 
W
W
 
Q
A
 
Q
R
 
K
R
 
T
G
 
G
V
 
E
P
 
D
V
 
S
Q
 
Y
R
 
F
L
 
L
D
 
T
A
 
G
S
 
D
T
 
H
V
 
V
A
 
R
S
 
E
R
 
K
-
 
E
-
 
P
M
 
Y
G
 
L
S
 
S
D
 
E
A
 
S
F
 
I
A
 
I
G
 
G
G
 
A
W
 
V
L
 
Y
D
 
Y
G
 
P
R
 
K
A
 
D
G
 
G
A
 
H
I
 
V
Q
 
I
P
 
A
L
 
P
A
 
E
Y
 
L
A
 
T
R
 
K
G
 
A
L
 
F
V
 
A
G
 
H
A
 
S
A
 
A
L
 
A
A
 
I
A
 
S
G
 
G
V
 
A
R
 
D
I
 
I
H
 
Y
G
 
E
Q
 
Q
S
 
T
A
 
E
V
|
V
T
 
F
D
 
D
L
 
I
R
 
R
R
 
I
Q
 
E
G
 
N
A
 
N
G
 
K
W
 
V
Q
 
T
L
 
G
Q
 
V
T
 
I
A
 
T
S
 
S
G
 
E
A
 
G
R
 
I
V
 
V
M
 
T
A
 
C
D
 
E
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
A
T
x
G
N
x
G
G
 
S
Y
x
W
S
 
S
G
 
T
N
 
K
L
 
L
W
 
L
P
 
S
G
 
Y
M
 
F
A
 
H
Q
 
R
S
 
D
V
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
N
 
-
S
 
-
F
 
-
I
 
-
V
 
W
A
 
G
T
 
T
T
 
Y
P
 
P
L
 
V
S
 
K
G
 
G
S
 
E
V
 
V
A
 
V
E
 
-
R
 
-
I
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
-
T
 
A
V
 
V
S
 
R
T
 
S
A
 
R
Q
 
K
R
 
Q
L
 
L
L
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
P
-
 
I
-
 
F
-
 
Q
-
 
E
-
 
R
L
 
F
Y
 
Y
F
 
I
R
 
T
K
 
P
D
 
K
S
 
R
H
 
G
G
 
G
R
 
R
L
 
Y
L
 
V
M
 
I
G
 
G
G
 
A
R
 
T
-
 
M
-
 
K
-
 
P
G
 
H
L
 
T
F
 
F
N
 
N
D
 
K
P
 
T
T
 
V
S
 
Q
P
 
P
T
 
E
D
 
S
F
 
I
A
 
T
H
 
S
-
 
I
L
 
L
E
 
E
R
 
R
S
 
A
L
 
Y
A
 
T
L
 
I
L
 
L
F
 
-
P
 
P
Q
 
A
L
 
L
G
 
K
P
 
E
L
 
A
Q
 
E
F
 
W
E
 
E
Y
 
S
R
 
T
W
 
W
A
 
A
G
|
G
R
 
L
I
x
R
A
x
P
I
 
Q
T
 
S
R
 
N
D
 
H
F
 
E
M
 
A
P
 
P
H
 
Y
V
 
M
-
 
G
-
 
E
H
 
H
Q
 
E
P
 
E
A
 
I
P
 
K
G
 
G
L
 
L
T
 
Y
L
 
A
A
 
C
L
 
T
G
 
G
C
 
H
N
x
Y
G
x
R
R
x
N
G
|
G
I
|
I
A
 
L
L
 
L
C
 
S
T
 
P
S
 
I
L
 
S
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Y
L
 
M
A
 
A

5hxwA L-amino acid deaminase from proteus vulgaris (see paper)
24% identity, 71% coverage: 23:320/422 of query aligns to 16:298/433 of 5hxwA

query
sites
5hxwA
K
 
Q
V
 
A
D
 
D
V
 
V
A
 
V
I
 
V
V
|
V
G
|
G
A
 
A
G
|
G
Y
x
I
T
x
L
G
 
G
L
 
I
S
 
M
T
 
T
A
 
A
L
 
I
H
 
N
L
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
L
S
 
S
V
 
V
C
 
V
V
 
I
L
 
V
E
|
E
A
x
K
N
 
G
E
 
N
P
 
I
G
 
A
W
 
G
G
x
E
A
x
Q
S
|
S
G
 
S
R
|
R
N
x
F
G
x
Y
G
|
G
Q
|
Q
V
x
A
N
 
I
P
 
S
T
 
Y
L
 
K
K
 
M
Y
 
P
D
 
D
P
 
E
E
 
T
Q
 
F
L
 
L
V
 
L
Q
 
H
M
 
H
F
 
L
G
 
G
P
 
K
E
 
H
R
 
R
A
 
W
E
 
R
P
 
E
L
 
M
I
 
N
S
 
A
T
 
K
V
 
V
S
 
-
S
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
V
 
-
F
 
-
K
 
-
L
 
-
I
 
-
E
 
-
K
 
-
H
 
-
G
 
G
I
 
I
D
 
D
C
 
T
A
 
T
P
 
Y
V
 
R
R
 
T
K
 
Q
G
 
G
W
 
R
M
 
V
Q
 
E
V
 
V
S
 
P
Y
 
L
T
 
D
E
 
E
K
 
E
G
 
D
V
 
L
A
 
V
G
 
N
L
 
V
H
 
R
A
 
K
R
 
W
A
 
I
D
 
D
Q
 
E
W
 
R
A
 
S
R
 
K
R
 
N
-
 
V
-
 
G
-
 
S
G
 
D
V
 
I
P
 
P
V
 
F
-
 
K
-
 
T
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
G
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
N
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
D
 
R
A
 
G
S
 
A
T
 
T
V
 
T
A
 
D
S
 
W
R
 
K
M
 
I
G
 
A
S
 
G
D
 
F
A
 
E
F
 
E
A
 
D
G
 
S
G
 
G
W
 
S
L
 
F
D
 
D
G
 
P
R
 
E
A
 
V
G
 
A
A
 
T
I
 
F
Q
 
V
P
 
M
L
 
A
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
R
 
K
G
 
K
L
 
M
V
 
-
G
 
-
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
G
V
 
V
R
 
R
I
 
I
H
 
Y
G
 
T
Q
 
Q
S
 
C
A
|
A
V
x
A
T
 
R
D
 
G
L
 
L
R
 
E
R
 
T
Q
 
Q
-
 
A
G
 
G
A
 
V
G
 
I
W
 
S
Q
 
D
L
 
V
Q
 
V
T
 
T
A
 
E
S
 
K
G
 
G
A
 
A
R
 
-
V
 
I
M
 
K
A
 
T
D
 
S
Q
 
Q
V
 
V
V
 
V
L
 
V
A
 
A
T
 
-
N
 
-
G
 
-
Y
 
-
S
 
-
G
|
G
N
x
G
L
 
V
W
|
W
P
 
-
G
 
-
M
 
-
A
 
-
Q
 
-
S
 
S
V
 
R
L
 
L
A
 
F
A
 
M
N
 
Q
S
 
N
F
 
L
I
 
N
V
 
V
A
 
D
T
 
V
T
 
P
P
 
T
L
 
L
S
 
P
G
 
A
S
 
Y
V
x
Q
A
 
S
E
x
Q
R
 
Q
I
 
L
L
 
I
P
 
S
G
 
G
Q
 
S
E
 
P
T
 
T
V
 
A
S
 
P
T
 
G
A
 
G
Q
 
N
R
 
V
L
 
A
L
 
L
-
 
P
-
 
G
-
 
G
L
 
I
Y
 
F
F
 
F
R
 
R
K
 
E
D
 
Q
S
 
A
H
 
D
G
 
G
R
 
T
L
 
Y
L
 
A
M
 
T
G
 
S
G
 
P
R
 
R
G
 
V
L
 
I
F
 
V
N
 
A
D
 
-
P
 
P
T
 
V
S
x
V
P
 
K
T
 
E
D
 
S
F
|
F
A
 
T
H
 
Y
L
x
G
E
 
Y
R
 
K
S
x
Y
L
 
L
A
 
P
L
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Q8GAI3 4-methylaminobutanoate oxidase (formaldehyde-forming); MABO; Demethylating gamma-N-methylaminobutyrate oxidase; Gamma-N-methylaminobutyrate oxidase 1; EC 1.5.3.19 from Paenarthrobacter nicotinovorans (Arthrobacter nicotinovorans) (see paper)
24% identity, 96% coverage: 3:408/422 of query aligns to 12:412/824 of Q8GAI3

query
sites
Q8GAI3
S
 
S
L
 
M
W
 
F
S
 
T
A
 
A
T
 
T
A
 
S
P
 
H
S
 
D
V
 
P
V
 
L
P
 
P
T
 
T
P
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
E
 
-
S
 
-
V
 
-
K
 
H
V
 
V
D
 
R
V
 
T
A
 
V
I
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
G
G
 
G
Y
 
I
T
 
I
G
 
G
L
 
A
S
 
S
T
 
I
A
 
A
L
 
Y
H
 
H
L
 
L
A
 
S
E
 
A
R
 
A
G
 
G
V
 
E
S
 
N
-
 
D
V
 
T
C
 
L
V
 
L
L
 
L
E
 
E
A
 
S
N
 
N
E
 
V
P
 
L
G
 
G
W
 
S
G
 
G
A
 
T
S
 
S
G
x
W
R
x
H
N
 
A
G
 
A
G
 
G
Q
 
L
V
 
V
N
 
T
P
 
-
T
 
-
L
 
-
K
 
-
Y
 
-
D
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
M
 
-
F
 
-
G
 
G
P
 
A
E
 
R
R
 
G
A
 
T
E
 
T
P
 
T
L
 
M
I
 
T
S
 
K
T
 
L
V
 
A
S
 
K
S
 
Y
S
 
G
A
 
L
D
 
D
L
 
F
V
 
Y
F
 
S
K
 
R
L
 
L
I
 
E
E
 
Q
K
 
M
H
 
S
G
 
G
I
 
L
D
 
D
C
 
V
A
 
S
P
 
F
V
 
Q
R
 
R
K
 
C
G
 
G
W
 
S
M
 
L
Q
 
S
V
 
V
S
 
A
Y
 
R
T
 
T
E
 
A
K
 
G
G
 
R
V
 
V
A
 
D
G
 
E
L
 
L
H
 
L
A
 
Y
R
 
A
A
 
K
D
 
D
Q
 
V
W
 
A
A
 
D
R
 
Q
R
 
Q
G
 
G
V
 
V
P
 
R
V
 
T
Q
 
E
R
 
W
L
 
L
D
 
T
A
 
E
S
 
D
T
 
R
-
 
Y
-
 
K
-
 
E
-
 
L
-
 
W
-
 
P
V
 
L
A
 
A
S
 
T
R
 
Y
M
 
S
G
 
G
S
 
-
D
 
-
A
 
-
F
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
A
W
 
L
L
 
L
D
 
L
G
 
P
R
 
D
A
 
D
G
 
G
A
 
H
I
 
I
Q
 
N
P
 
P
L
 
G
A
 
H
Y
 
A
A
 
T
R
 
V
G
 
A
L
 
L
V
 
A
G
 
K
A
 
L
A
 
A
L
 
H
A
 
S
A
 
L
G
 
G
V
 
T
R
 
Q
I
 
I
H
 
R
G
 
E
Q
 
N
S
 
V
A
 
A
V
 
V
T
 
H
D
 
K
L
 
V
R
 
L
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
A
 
D
G
 
L
W
 
V
Q
 
V
L
 
G
Q
 
V
T
 
L
A
 
T
S
 
D
G
 
Q
A
 
G
R
 
I
V
 
V
M
 
H
A
 
C
D
 
D
Q
 
R
V
 
V
V
 
I
L
 
L
A
 
A
T
 
C
N
 
G
G
 
L
Y
 
W
S
 
T
G
 
R
N
 
D
L
 
L
-
 
A
-
 
A
W
 
T
P
 
A
G
 
G
M
 
V
A
 
K
Q
 
V
S
 
P
V
 
L
L
 
Y
A
 
A
A
 
A
N
 
E
S
 
H
F
 
I
I
 
H
V
 
V
A
 
R
T
 
S
T
 
A
P
 
E
L
 
I
S
 
D
G
 
G
S
 
A
V
 
V
A
 
P
E
 
E
R
 
-
I
 
-
L
 
L
P
 
P
G
 
V
Q
 
Y
E
 
R
T
 
D
V
 
L
S
 
D
T
 
N
A
 
S
Q
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
-
Y
 
Y
F
 
Y
R
 
I
K
 
R
D
 
H
S
 
E
H
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
L
 
L
M
 
V
G
 
G
G
 
A
-
 
F
-
 
E
-
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
P
R
 
R
G
 
P
L
 
V
F
 
E
N
 
E
D
 
I
P
 
P
T
 
S
S
 
N
P
 
G
-
 
F
-
 
A
-
 
E
-
 
F
-
 
G
-
 
P
-
 
E
-
 
W
T
 
E
D
 
H
F
 
F
A
 
A
H
 
P
L
 
I
E
 
R
R
 
A
S
 
K
L
 
A
A
 
E
L
 
G
L
 
V
F
 
V
P
 
P
Q
 
A
L
 
L
G
 
A
P
 
S
L
 
A
Q
 
G
F
 
F
E
 
D
Y
 
R
R
 
F
W
 
L
A
 
N
G
 
A
R
 
P
I
 
E
A
 
S
I
 
F
T
 
T
R
 
P
D
 
D
F
 
A
M
 
N
P
 
F
H
 
A
V
 
V
H
 
G
Q
 
E
P
 
T
A
 
S
P
 
E
-
 
L
-
 
S
G
 
N
L
 
L
T
 
F
L
 
V
A
 
A
L
 
A
G
 
G
C
 
F
N
 
N
G
 
S
R
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
I
L
 
F
C
 
A
T
 
P
S
 
G
L
 
I
G
 
G
Q
 
K
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
E
K
 
W
L
 
V
C
 
I
D
 
S
S
 
G
Q
 
T
A
 
P
E
 
G
F
 
F
A
 
D
Y
 
S
P
 
S
V
 
A
T
 
V
P
 
D
L
 
V
Q
 
Q
R
 
R
L
 
F
P
 
S
M
 
G
H
 
H
G
 
Q
L
 
N
Q
 
N
R
 
R
F
 
N
Y
 
Y
I
 
L
G
 
K
A
 
A

3pvcA Crystal structure of apo mnmc from yersinia pestis (see paper)
26% identity, 49% coverage: 25:232/422 of query aligns to 236:434/635 of 3pvcA

query
sites
3pvcA
D
 
D
V
 
I
A
 
A
I
 
I
V
x
I
G
|
G
A
x
G
G
|
G
Y
x
I
T
x
V
G
 
S
L
 
A
S
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
H
 
A
L
 
L
A
 
Q
E
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
A
S
 
V
V
 
V
C
 
T
V
 
L
L
 
Y
E
 
C
A
|
A
N
x
D
-
 
A
E
 
Q
P
 
P
G
 
A
W
 
Q
G
 
G
A
|
A
S
|
S
G
 
G
R
x
N
N
 
R
G
 
Q
G
 
G
Q
x
A
V
 
L
N
 
Y
P
 
P
T
 
L
L
 
L
K
 
N
Y
 
G
D
 
K
P
 
N
E
 
D
Q
 
A
L
 
L
V
 
-
Q
 
-
M
 
-
F
 
-
G
 
-
P
 
-
E
 
-
R
 
-
A
 
-
E
 
E
P
 
T
L
 
F
I
 
F
S
 
T
T
 
S
V
 
A
S
 
F
S
 
T
S
 
F
A
 
A
D
 
R
L
 
R
V
 
Q
F
 
Y
K
 
D
L
 
Q
I
 
L
E
 
L
K
 
E
H
 
Q
G
 
G
I
 
I
D
 
A
C
 
F
A
 
D
P
 
H
V
 
Q
R
 
W
K
 
C
G
 
G
W
 
V
M
 
S
Q
 
Q
V
 
L
S
 
A
Y
 
F
T
 
D
E
 
D
K
 
K
G
 
S
V
 
R
A
 
G
G
 
K
L
 
I
H
 
E
A
 
K
R
 
M
A
 
L
D
 
H
-
 
T
Q
 
Q
W
 
W
A
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
P
V
 
V
Q
 
E
R
 
F
L
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
M
T
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
Q
V
 
L
A
 
S
S
 
E
R
 
L
M
 
A
G
 
G
S
 
L
D
 
D
A
 
C
F
 
A
A
 
H
G
 
D
G
 
G
W
 
I
L
 
H
D
 
Y
G
 
P
R
 
A
A
 
G
G
 
G
A
 
W
I
 
L
Q
 
C
P
 
P
L
 
S
A
 
D
Y
 
L
A
 
T
R
 
H
G
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
M
A
 
L
A
 
A
L
 
Q
A
 
Q
A
 
N
G
 
G
V
 
M
R
 
T
I
 
C
H
 
H
G
 
Y
Q
 
Q
S
 
H
A
x
E
V
x
L
T
 
Q
D
 
R
L
 
L
R
 
K
R
 
R
Q
 
I
G
 
D
A
 
S
G
 
Q
W
 
W
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
T
T
 
F
A
 
G
S
 
S
G
 
Q
A
 
A
R
 
A
V
 
K
M
 
H
A
 
H
D
 
A
Q
 
T
V
 
V
V
 
I
L
 
L
A
 
A
T
|
T

Sites not aligning to the query:

3sglA The crystal structure of mnmc from yersinia pestis bound with fad and sam (see paper)
26% identity, 49% coverage: 25:232/422 of query aligns to 233:430/630 of 3sglA

query
sites
3sglA
D
 
D
V
 
I
A
 
A
I
 
I
V
x
I
G
|
G
A
x
G
G
|
G
Y
x
I
T
x
V
G
 
S
L
 
A
S
 
L
T
 
T
A
 
A
L
 
L
H
 
A
L
 
L
A
 
Q
E
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
A
S
 
V
V
 
V
C
 
T
V
 
L
L
 
Y
E
 
C
A
|
A
N
x
D
-
 
A
E
 
Q
P
 
P
G
 
A
W
 
Q
G
 
G
A
|
A
S
|
S
G
 
G
R
x
N
N
 
R
G
 
Q
G
 
G
Q
x
A
V
 
L
N
 
Y
P
 
P
T
 
L
L
 
L
K
 
N
Y
 
G
D
 
K
P
 
N
E
 
D
Q
 
A
L
 
L
V
 
-
Q
 
-
M
 
-
F
 
-
G
 
-
P
 
-
E
 
-
R
 
-
A
 
-
E
 
E
P
 
T
L
 
F
I
 
F
S
 
T
T
 
S
V
 
A
S
 
F
S
 
T
S
 
F
A
 
A
D
 
R
L
 
R
V
 
Q
F
 
Y
K
 
D
L
 
Q
I
 
L
E
 
L
K
 
E
H
 
Q
G
 
G
I
 
I
D
 
A
C
 
F
A
 
D
P
 
H
V
 
Q
R
 
W
K
 
C
G
 
G
W
 
V
M
 
S
Q
 
Q
V
 
L
S
 
A
Y
 
F
T
 
D
E
 
D
K
 
K
G
 
S
V
 
R
A
 
G
G
 
K
L
 
I
H
 
E
A
 
K
R
 
M
A
 
L
D
 
H
-
 
T
Q
 
Q
W
 
W
A
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
P
V
 
V
Q
 
E
R
 
F
L
 
A
D
 
E
A
 
A
S
 
M
T
 
S
-
 
R
-
 
E
-
 
Q
V
 
L
A
 
S
S
 
E
R
 
L
M
 
A
G
 
G
S
 
L
D
 
D
A
 
C
F
 
A
A
 
H
G
 
D
G
 
G
W
 
I
L
 
H
D
 
Y
G
 
P
R
 
A
A
 
G
G
 
G
A
 
W
I
 
L
Q
 
C
P
 
P
L
 
S
A
 
D
Y
 
L
A
 
T
R
 
H
G
 
A
L
 
L
V
 
M
G
 
M
A
 
L
A
 
A
L
 
Q
A
 
Q
A
 
N
G
 
G
V
 
M
R
 
T
I
 
C
H
 
H
G
 
Y
Q
 
Q
S
 
H
A
x
E
V
x
L
T
 
Q
D
 
R
L
 
L
R
 
K
R
 
R
Q
 
I
G
 
D
A
 
S
G
 
Q
W
 
W
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
T
T
 
F
A
 
G
S
 
Q
G
 
A
A
 
A
R
 
K
V
 
H
M
 
H
A
 
A
D
 
T
Q
 
-
V
 
V
V
 
I
L
 
L
A
 
A
T
|
T

Sites not aligning to the query:

2gagB Heteroteterameric sarcosine: structure of a diflavin metaloenzyme at 1.85 a resolution (see paper)
24% identity, 91% coverage: 25:407/422 of query aligns to 21:390/403 of 2gagB

query
sites
2gagB
D
 
D
V
 
A
A
 
I
I
 
I
V
 
V
G
|
G
A
 
G
G
|
G
Y
x
G
T
x
H
G
 
G
L
 
L
S
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
Y
H
 
F
L
 
L
A
 
A
E
 
K
R
 
N
G
 
H
-
 
G
-
 
I
V
 
T
S
 
N
V
 
V
C
 
A
V
 
V
L
 
L
E
|
E
A
x
K
N
 
-
E
 
-
P
 
-
G
 
G
W
 
W
G
 
L
A
 
A
S
 
G
G
|
G
-
x
N
-
x
M
-
x
A
R
|
R
N
|
N
G
x
T
G
x
T
Q
x
I
V
 
I
N
x
R
P
 
S
T
 
N
L
 
Y
K
 
L
Y
 
W
D
 
D
P
 
E
E
 
S
Q
 
A
L
 
G
V
 
I
Q
 
-
M
 
-
F
 
-
G
 
-
P
 
-
E
 
-
R
 
-
A
 
-
E
 
-
P
 
-
L
 
-
I
 
-
S
 
-
T
 
-
V
 
Y
S
 
E
S
 
K
S
 
S
A
 
L
D
 
K
L
 
L
V
 
W
F
 
E
K
 
Q
L
 
L
I
 
P
E
 
E
K
 
D
H
 
L
G
 
E
I
 
Y
D
 
D
C
 
F
A
 
L
P
 
F
V
 
S
R
 
Q
K
 
R
G
 
G
W
 
V
M
 
L
Q
 
N
V
 
L
S
 
A
Y
 
H
T
 
T
E
 
L
K
 
G
G
 
D
V
 
V
A
 
R
G
 
E
L
 
S
H
 
V
A
 
R
R
 
R
A
 
V
D
 
E
Q
 
A
W
 
N
A
 
K
R
 
L
R
 
N
G
 
G
V
 
V
P
 
D
V
 
A
Q
 
E
R
 
W
L
 
L
D
 
D
A
 
P
S
 
S
T
 
Q
V
 
V
A
 
K
S
 
E
R
 
A
M
 
C
-
 
P
-
 
I
-
 
I
-
 
N
G
 
T
S
 
S
D
 
D
A
 
D
F
 
I
-
 
R
-
 
Y
-
 
P
-
 
V
A
 
M
G
 
G
G
 
A
W
 
T
L
 
W
D
 
Q
G
 
P
R
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
I
I
 
A
Q
x
K
P
x
H
L
 
D
A
 
H
Y
 
V
A
 
A
R
 
W
G
 
A
L
 
F
V
 
A
G
 
R
A
 
K
A
 
A
L
 
N
A
 
E
A
 
M
G
 
G
V
 
V
R
 
D
I
 
I
H
 
I
G
 
Q
Q
 
N
S
 
C
A
 
E
V
|
V
T
 
T
D
 
G
L
 
F
R
 
I
R
 
K
Q
 
D
G
 
G
A
 
E
G
 
K
W
 
V
Q
 
T
L
 
G
Q
 
V
T
 
K
A
 
T
S
 
T
G
 
R
A
 
G
R
 
T
V
 
I
M
 
H
A
 
A
D
 
G
Q
 
K
V
 
V
V
 
A
L
 
L
A
 
A
T
x
G
N
x
A
G
 
G
Y
x
H
S
 
S
G
 
S
N
 
V
L
|
L
W
 
-
P
 
-
G
 
-
M
 
-
A
 
-
Q
 
-
S
 
A
V
 
E
L
 
M
A
 
A
A
 
G
N
 
F
S
 
E
F
 
L
I
 
P
V
 
I
A
 
Q
T
 
S
T
 
H
P
 
P
L
|
L
S
 
Q
G
 
A
S
 
L
V
|
V
A
 
S
E
 
E
R
 
L
I
 
F
L
 
E
P
 
P
G
 
V
Q
 
H
E
 
P
T
 
T
V
 
V
S
 
V
T
x
M
A
 
S
Q
 
N
R
 
H
L
 
I
L
 
H
L
 
V
Y
|
Y
F
 
V
R
 
S
K
 
Q
D
 
A
S
 
H
H
x
K
G
 
G
R
x
E
L
 
L
L
 
V
M
 
M
G
 
G
-
 
A
G
 
G
R
 
I
G
 
D
L
 
S
F
 
Y
N
 
N
D
 
G
P
 
Y
T
 
G
S
 
Q
P
 
R
T
 
G
D
 
A
F
 
F
A
 
H
H
 
V
L
 
I
E
 
Q
R
 
E
S
 
Q
L
 
M
A
 
A
L
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
E
L
 
L
F
 
F
P
 
P
Q
 
I
L
 
F
G
 
A
P
 
R
L
 
A
Q
 
H
F
 
V
E
 
L
Y
x
R
R
 
T
W
|
W
A
 
G
G
 
G
R
 
I
I
 
V
A
 
D
I
 
T
T
 
T
R
 
M
D
 
D
F
 
A
M
 
S
P
 
P
H
 
I
V
 
I
H
 
S
Q
 
K
-
 
T
P
 
P
A
 
I
P
 
Q
G
 
N
L
 
L
T
 
Y
L
 
V
A
 
N
L
 
C
G
 
G
C
 
W
N
x
G
G
x
T
R
x
G
G
|
G
I
x
F
A
x
K
L
 
G
C
 
T
T
 
P
S
 
G
L
 
A
G
 
G
Q
 
F
Q
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
H
K
 
T
L
 
I
C
 
A
-
 
N
D
 
D
S
 
E
Q
 
P
A
 
H
E
 
E
F
 
L
A
 
N
Y
 
K
P
 
P
V
 
F
T
 
S
P
 
-
L
 
-
Q
 
-
R
 
-
L
 
-
P
 
-
M
 
-
H
 
-
G
 
-
L
 
L
Q
 
E
R
 
R
F
 
F
Y
 
E
I
 
T
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF3028 FitnessBrowser__WCS417:GFF3028
MKSLWSATAPSVVPTPALRESVKVDVAIVGAGYTGLSTALHLAERGVSVCVLEANEPGWG
ASGRNGGQVNPTLKYDPEQLVQMFGPERAEPLISTVSSSADLVFKLIEKHGIDCAPVRKG
WMQVSYTEKGVAGLHARADQWARRGVPVQRLDASTVASRMGSDAFAGGWLDGRAGAIQPL
AYARGLVGAALAAGVRIHGQSAVTDLRRQGAGWQLQTASGARVMADQVVLATNGYSGNLW
PGMAQSVLAANSFIVATTPLSGSVAERILPGQETVSTAQRLLLYFRKDSHGRLLMGGRGL
FNDPTSPTDFAHLERSLALLFPQLGPLQFEYRWAGRIAITRDFMPHVHQPAPGLTLALGC
NGRGIALCTSLGQQLAGKLCDSQAEFAYPVTPLQRLPMHGLQRFYIGAGVAWYSLLDRLN
IV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory