SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3088 FitnessBrowser__Marino:GFF3088 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5orgA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) occj from a. Tumefaciens b6 in complex with octopine. (see paper)
35% identity, 91% coverage: 22:248/250 of query aligns to 2:254/257 of 5orgA

query
sites
5orgA
Q
 
Q
E
 
E
R
 
K
D
 
S
L
 
I
R
 
T
I
 
I
A
 
A
F
 
T
D
x
E
V
 
G
P
 
G
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
W
E
 
N
Y
 
F
K
 
S
D
 
G
E
 
P
N
 
G
G
 
G
E
 
K
L
 
L
T
 
D
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
N
A
 
A
M
 
L
C
 
C
E
 
E
E
 
K
M
 
M
N
 
K
A
 
A
N
 
K
C
 
C
E
 
Q
F
 
I
V
 
V
I
 
A
Q
 
Q
A
 
N
W
|
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
M
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
T
A
 
G
R
 
K
K
 
K
F
 
Y
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
M
S
x
A
S
x
A
M
|
M
S
|
S
I
 
V
T
 
T
P
 
P
E
 
K
R
|
R
A
 
Q
E
 
E
R
 
V
V
 
I
L
 
G
F
 
F
S
 
S
E
 
I
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
A
N
 
A
T
 
G
P
 
I
G
x
N
G
 
G
W
 
F
-
 
A
-
 
V
-
 
M
-
 
G
-
 
D
-
 
S
-
 
K
-
 
L
-
 
A
-
 
E
-
 
M
-
 
P
-
 
G
F
 
L
G
 
G
P
 
-
E
 
E
S
 
T
F
 
Y
N
 
S
T
 
L
D
 
D
-
 
S
-
 
Q
-
 
A
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
I
V
 
A
T
 
D
D
 
I
M
 
S
S
 
S
A
 
F
M
 
L
E
 
N
G
 
G
K
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
R
 
G
G
 
S
T
|
T
T
|
T
M
 
A
D
 
S
T
 
T
Y
 
F
V
 
L
T
 
D
E
 
K
N
 
Y
M
 
F
G
 
K
G
 
G
I
 
S
V
 
V
T
 
D
I
 
I
K
 
K
R
 
E
Y
 
Y
T
 
K
T
 
S
A
 
V
D
 
E
D
 
E
M
 
H
V
 
N
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
T
G
 
S
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
V
 
A
V
 
V
F
 
L
V
 
A
D
x
N
Y
 
A
P
 
T
V
 
V
G
 
L
E
 
A
Q
 
A
T
 
A
V
 
I
L
 
E
T
 
K
K
 
P
E
 
E
-
 
M
-
 
K
G
 
G
F
 
A
K
 
K
E
 
L
V
 
V
G
 
G
E
 
P
A
 
L
V
 
F
K
 
S
L
 
G
G
 
G
E
 
E
-
 
F
-
 
G
G
 
V
V
 
V
G
 
A
V
 
V
A
 
G
M
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
E
D
 
D
T
 
T
D
 
A
L
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
D
V
 
F
N
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
I
R
 
K
T
 
A
L
 
A
K
 
S
E
 
E
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
I
D
 
K
T
 
T
I
 
L
M
 
S
Q
 
L
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
A
 
K
Y
 
V
D
 
D
I
 
V

P02911 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein; LAO-binding protein from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
34% identity, 99% coverage: 1:248/250 of query aligns to 1:257/260 of P02911

query
sites
P02911
M
 
M
K
 
K
K
 
K
M
 
T
I
 
V
F
 
L
A
 
A
A
 
L
S
 
S
C
 
L
A
 
L
L
 
I
A
 
G
L
 
L
I
 
G
A
 
A
G
 
T
G
 
A
A
 
A
Q
 
S
-
 
Y
-
 
A
A
 
A
Q
 
L
E
 
P
R
 
Q
D
 
T
L
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
T
D
|
D
V
 
T
P
 
T
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
Y
 
S
K
 
K
D
 
D
E
 
A
N
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
F
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
x
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
M
 
M
C
|
C
E
 
K
E
 
R
M
 
M
N
 
Q
A
 
V
N
 
K
C
|
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
I
 
A
Q
 
S
A
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
I
S
|
S
S
|
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
K
R
|
R
A
 
Q
E
 
Q
R
 
E
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
N
 
A
T
 
A
P
 
D
G
 
S
G
 
R
W
 
L
F
 
I
G
 
A
P
 
A
E
 
K
S
 
G
F
 
S
N
 
P
T
 
I
D
 
Q
V
 
P
T
 
T
D
 
-
M
 
L
S
 
E
A
 
S
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
L
R
 
Q
G
 
G
T
 
S
T
|
T
M
 
Q
D
 
E
T
 
A
Y
 
Y
V
 
A
T
 
N
E
 
D
N
 
N
M
 
W
G
 
R
G
 
T
I
 
K
-
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
R
 
A
Y
 
Y
T
 
A
T
 
N
A
 
Q
D
 
D
D
 
L
M
 
I
V
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
T
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
V
 
A
V
 
A
F
 
L
V
 
Q
D
|
D
Y
 
E
P
 
V
V
 
A
G
 
A
E
 
S
Q
 
E
T
 
G
V
 
F
L
 
L
T
 
K
K
 
Q
E
 
P
G
 
A
F
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
Y
-
 
A
-
 
F
V
 
A
G
 
G
E
 
P
A
 
S
V
 
V
K
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
L
 
F
G
 
G
E
 
D
G
 
G
V
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
M
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
T
 
T
D
 
E
L
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
A
V
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
T
T
 
E
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
K
I
 
M
M
 
A
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
Y
 
F
D
 
N
I
 
V

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
36% identity, 88% coverage: 26:245/250 of query aligns to 6:224/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
L
 
L
R
 
R
I
 
V
A
 
G
F
 
T
D
x
E
V
 
A
P
 
T
Y
x
F
E
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
Y
 
F
K
 
K
D
 
D
E
 
E
N
 
N
G
 
G
E
 
K
L
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
M
 
I
C
 
A
E
 
K
E
 
K
M
 
L
N
 
G
A
 
V
N
 
K
C
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
K
I
 
P
Q
 
M
A
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
G
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
S
R
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
V
I
 
V
M
 
I
S
 
A
S
x
G
M
|
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
P
 
E
E
 
E
R
|
R
A
 
K
E
 
K
R
 
Q
V
 
V
L
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
N
 
E
T
 
A
P
 
-
G
 
G
G
 
Q
W
 
A
F
 
I
G
 
V
P
 
V
E
 
K
S
 
K
F
 
G
N
 
N
T
 
D
D
 
S
V
 
I
T
 
K
D
 
S
M
 
L
S
 
E
A
 
D
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
M
 
S
D
 
E
T
 
Q
Y
 
H
V
 
V
T
 
K
E
 
K
N
 
V
M
 
A
G
 
A
G
 
G
I
 
-
V
 
V
T
 
K
I
 
V
K
 
K
R
 
K
Y
 
F
T
 
D
T
 
N
A
 
F
D
 
S
D
 
E
M
 
A
V
 
F
L
 
Q
D
 
E
L
 
L
E
 
K
G
 
S
Q
 
G
R
 
R
L
 
V
D
 
D
V
 
A
V
 
V
F
 
V
V
 
T
D
|
D
Y
 
N
P
 
A
V
 
V
G
 
A
E
 
L
Q
 
A
T
 
Y
V
 
V
L
 
K
T
 
Q
-
 
N
-
 
P
K
 
N
E
 
A
G
 
G
F
 
V
K
 
K
E
 
I
V
 
V
G
 
G
E
 
E
A
 
T
V
 
F
K
 
S
L
 
-
G
 
G
E
 
E
G
 
P
V
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
M
 
V
R
 
R
Q
 
K
R
 
G
D
 
N
T
 
S
D
 
E
L
 
L
A
 
L
E
 
E
E
 
K
V
 
I
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
E
T
 
E
L
 
M
K
 
K
E
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
K
I
 
I
M
 
Y
Q
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
A
 
G

P02910 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
35% identity, 90% coverage: 24:248/250 of query aligns to 26:257/260 of P02910

query
sites
P02910
R
 
Q
D
 
K
L
 
I
R
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
T
D
 
D
V
 
P
P
 
T
Y
 
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
F
E
|
E
Y
 
S
K
|
K
D
 
N
E
 
A
N
 
Q
G
 
G
E
|
E
L
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
E
M
 
L
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
I
N
 
N
A
 
T
N
 
Q
C
 
C
E
 
T
F
 
F
V
 
V
I
 
E
Q
 
N
A
 
P
W
 
L
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
S
S
 
S
M
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
P
 
E
E
 
K
R
 
R
A
 
Q
E
 
Q
R
 
E
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
N
 
A
T
 
A
P
 
D
G
 
S
G
 
R
W
 
L
F
 
V
G
 
V
P
 
A
E
 
K
S
 
-
F
 
-
N
 
N
T
 
S
D
 
D
V
 
I
T
 
Q
D
 
P
-
 
T
M
 
V
S
 
A
A
 
S
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
L
R
 
Q
G
 
G
T
 
T
T
 
T
M
 
Q
D
 
E
T
 
T
Y
 
F
V
 
G
T
 
N
E
 
E
N
 
H
M
 
W
G
 
A
G
 
P
I
 
K
-
 
G
V
 
I
T
 
E
I
 
I
K
 
V
R
 
S
Y
 
Y
T
 
Q
T
 
G
A
 
Q
D
 
D
D
 
N
M
 
I
V
 
Y
L
 
S
D
|
D
L
 
L
E
 
T
G
 
A
Q
 
G
R
|
R
L
 
I
D
|
D
V
 
A
V
 
A
F
 
F
V
 
Q
D
 
D
Y
 
E
P
 
V
V
 
A
G
 
A
E
 
S
Q
 
E
T
 
G
V
 
F
L
 
L
T
 
K
K
 
Q
-
 
P
-
 
V
-
 
G
E
 
K
G
 
D
F
 
Y
K
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
E
 
P
A
 
A
V
 
V
K
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
K
-
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
V
G
 
G
V
 
T
G
 
G
V
 
M
A
 
G
M
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
E
D
 
D
T
 
N
D
 
E
L
 
L
A
 
R
E
 
E
E
 
A
V
 
L
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
F
R
 
A
T
 
E
L
 
M
K
 
R
E
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
E
T
 
K
I
 
L
M
 
A
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
Y
 
F
D
 
D
I
 
V

Sites not aligning to the query:

1hslA Refined 1.89 angstroms structure of the histidine-binding protein complexed with histidine and its relationship with many other active transport(slash)chemosensory receptors (see paper)
35% identity, 90% coverage: 24:248/250 of query aligns to 4:235/238 of 1hslA

query
sites
1hslA
R
 
Q
D
 
K
L
 
I
R
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
T
D
 
D
V
 
P
P
 
T
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
S
K
 
K
D
 
N
E
 
A
N
 
Q
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
E
M
 
L
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
I
N
 
N
A
 
T
N
 
Q
C
 
C
E
 
T
F
 
F
V
 
V
I
 
E
Q
 
N
A
 
P
W
x
L
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
M
S
|
S
S
|
S
M
x
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
P
 
E
E
 
K
R
|
R
A
 
Q
E
 
Q
R
 
E
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
N
 
A
T
 
A
P
 
D
G
 
S
G
 
R
W
 
L
F
 
V
G
 
V
P
 
A
E
 
K
S
 
-
F
 
-
N
 
N
T
 
S
D
 
D
V
 
I
T
 
Q
D
 
P
-
 
T
M
 
V
S
 
A
A
 
S
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
L
R
 
Q
G
 
G
T
|
T
T
|
T
M
 
Q
D
 
E
T
 
T
Y
 
F
V
 
G
T
 
N
E
 
E
N
 
H
M
 
W
G
 
A
G
 
P
I
 
K
-
 
G
V
 
I
T
 
E
I
 
I
K
 
V
R
 
S
Y
 
Y
T
 
Q
T
 
G
A
 
Q
D
 
D
D
 
N
M
 
I
V
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
T
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
V
 
A
V
 
A
F
 
F
V
 
Q
D
|
D
Y
 
E
P
 
V
V
 
A
G
 
A
E
 
S
Q
 
E
T
 
G
V
 
F
L
 
L
T
 
K
K
 
Q
-
 
P
-
 
V
-
 
G
E
 
K
G
 
D
F
 
Y
K
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
E
 
P
A
 
A
V
 
V
K
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
K
-
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
V
G
 
G
V
 
T
G
 
G
V
 
M
A
 
G
M
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
E
D
 
D
T
 
N
D
 
E
L
 
L
A
 
R
E
 
E
E
 
A
V
 
L
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
F
R
 
A
T
 
E
L
 
M
K
 
R
E
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
E
T
 
K
I
 
L
M
 
A
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
Y
 
F
D
 
D
I
 
V

P0AEU0 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
34% identity, 90% coverage: 24:248/250 of query aligns to 26:257/260 of P0AEU0

query
sites
P0AEU0
R
 
Q
D
 
N
L
 
I
R
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
T
D
 
D
V
 
P
P
 
T
Y
 
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
S
K
 
K
D
 
N
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
E
 
E
L
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
E
M
 
L
C
|
C
E
 
K
E
 
R
M
 
I
N
 
N
A
 
T
N
 
Q
C
|
C
E
 
T
F
 
F
V
 
V
I
 
E
Q
 
N
A
 
P
W
 
L
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
M
S
|
S
S
|
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
P
 
E
E
 
K
R
|
R
A
 
Q
E
 
Q
R
 
E
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
N
 
A
T
 
A
P
 
D
G
 
S
G
 
R
W
 
L
F
 
V
G
 
V
P
 
A
E
 
K
S
 
-
F
 
-
N
 
N
T
 
S
D
 
D
V
 
I
T
 
Q
D
 
P
-
 
T
M
 
V
S
 
E
A
 
S
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
L
R
 
Q
G
 
G
T
 
T
T
|
T
M
 
Q
D
 
E
T
 
T
Y
 
F
V
 
G
T
 
N
E
 
E
N
 
H
M
 
W
G
 
A
G
 
P
I
 
K
-
 
G
V
 
I
T
 
E
I
 
I
K
 
V
R
 
S
Y
 
Y
T
 
Q
T
 
G
A
 
Q
D
 
D
D
 
N
M
 
I
V
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
T
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
V
 
A
V
 
A
F
 
F
V
 
Q
D
|
D
Y
 
E
P
 
V
V
 
A
G
 
A
E
 
S
Q
 
E
T
 
G
V
 
F
L
 
L
T
 
K
K
 
Q
-
 
P
-
 
V
-
 
G
E
 
K
G
 
D
F
 
Y
K
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
E
 
P
A
 
S
V
 
V
K
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
K
-
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
V
G
 
G
V
 
T
G
 
G
V
 
M
A
 
G
M
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
E
D
 
D
T
 
N
D
 
E
L
 
L
A
 
R
E
 
E
E
 
A
V
 
L
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
F
R
 
A
T
 
E
L
 
M
K
 
R
E
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
E
T
 
K
I
 
L
M
 
A
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
Y
 
F
D
 
D
I
 
V

Sites not aligning to the query:

5owfA Structure of a lao-binding protein mutant with glutamine (see paper)
34% identity, 89% coverage: 26:248/250 of query aligns to 3:232/235 of 5owfA

query
sites
5owfA
L
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
T
D
 
D
V
 
T
P
 
T
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
Y
 
S
K
 
K
D
 
D
E
 
A
N
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
F
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
M
 
M
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
M
N
 
Q
A
 
V
N
 
K
C
 
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
I
 
A
Q
 
S
A
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
I
S
|
S
S
|
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
K
R
|
R
A
 
Q
E
 
Q
R
 
E
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
N
 
A
T
 
A
P
 
D
G
 
S
G
 
R
W
 
L
F
 
I
G
 
A
P
 
A
E
 
K
S
 
G
F
 
S
N
 
P
T
 
I
D
 
Q
V
 
P
T
 
T
D
 
-
M
 
L
S
 
E
A
 
S
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
K
R
 
Q
G
 
G
T
x
S
T
|
T
M
 
Q
D
 
E
T
 
A
Y
 
Y
V
 
A
T
 
N
E
 
D
N
 
N
M
 
W
G
 
R
G
 
T
I
 
K
-
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
R
 
A
Y
 
Y
T
 
A
T
 
N
A
 
Q
D
 
D
D
 
L
M
 
I
V
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
T
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
V
 
A
V
 
A
F
 
L
V
 
Q
D
|
D
Y
 
E
P
 
V
V
 
A
G
 
A
E
 
S
Q
 
E
T
 
G
V
 
F
L
 
L
T
 
K
K
 
Q
E
 
P
G
 
A
F
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
Y
-
 
A
-
 
F
V
 
A
G
 
G
E
 
P
A
 
S
V
 
V
K
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
L
 
F
G
 
G
E
 
D
G
 
G
V
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
M
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
T
 
T
D
 
E
L
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
A
V
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
T
T
 
E
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
K
I
 
M
M
 
A
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
Y
 
F
D
 
N
I
 
V

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
35% identity, 88% coverage: 26:245/250 of query aligns to 6:226/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
L
 
L
R
 
R
I
 
V
A
 
G
F
 
T
D
x
E
V
 
A
P
 
T
Y
x
F
E
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
Y
 
F
K
 
K
D
 
D
E
 
E
N
 
N
G
 
G
E
 
K
L
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
M
 
I
C
 
A
E
 
K
E
 
K
M
 
L
N
 
G
A
 
V
N
 
K
C
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
K
I
 
P
Q
 
M
A
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
G
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
S
R
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
V
I
 
V
M
 
I
S
x
A
S
x
G
M
|
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
P
 
E
E
 
E
R
|
R
A
 
K
E
 
K
R
 
Q
V
 
V
L
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
N
 
E
T
 
A
P
 
-
G
 
G
G
 
Q
W
 
A
F
 
I
G
 
V
P
 
V
E
 
K
S
 
K
F
 
G
N
 
N
T
 
D
D
 
S
V
 
I
T
 
K
D
 
S
M
 
L
S
 
E
A
 
D
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
R
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
M
 
S
D
 
E
T
 
Q
Y
 
H
-
 
V
-
 
K
-
 
K
V
 
V
T
 
A
E
 
K
N
 
D
M
 
A
G
 
G
G
 
-
I
 
-
V
 
V
T
 
K
I
 
V
K
 
K
R
 
K
Y
 
F
T
 
D
T
 
N
A
 
F
D
 
S
D
 
E
M
 
A
V
 
F
L
 
Q
D
 
E
L
 
L
E
 
K
G
 
S
Q
 
G
R
 
R
L
 
V
D
 
D
V
 
A
V
 
V
F
 
V
V
 
T
D
|
D
Y
 
N
P
 
A
V
 
V
G
 
A
E
 
L
Q
 
A
T
 
Y
V
 
V
L
 
K
T
 
Q
-
 
N
-
 
P
K
 
N
E
 
A
G
 
G
F
 
V
K
 
K
E
 
I
V
 
V
G
 
G
E
 
E
A
 
T
V
 
F
K
 
S
L
 
-
G
 
G
E
 
E
G
 
P
V
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
M
 
V
R
 
R
Q
 
K
R
 
G
D
 
N
T
 
S
D
 
E
L
 
L
A
 
L
E
 
E
E
 
K
V
 
I
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
E
T
 
E
L
 
M
K
 
K
E
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
K
I
 
I
M
 
Y
Q
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
A
 
G

1lstA Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand (see paper)
34% identity, 89% coverage: 26:248/250 of query aligns to 6:235/238 of 1lstA

query
sites
1lstA
L
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
T
D
 
D
V
 
T
P
 
T
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
Y
 
S
K
 
K
D
 
D
E
 
A
N
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
F
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
M
 
M
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
M
N
 
Q
A
 
V
N
 
K
C
 
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
I
 
A
Q
 
S
A
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
I
S
 
S
S
|
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
K
R
|
R
A
 
Q
E
 
Q
R
 
E
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
N
 
A
T
 
A
P
 
D
G
 
S
G
 
R
W
 
L
F
 
I
G
 
A
P
 
A
E
 
K
S
 
G
F
 
S
N
 
P
T
 
I
D
 
Q
V
 
P
T
 
T
D
 
-
M
 
L
S
 
E
A
 
S
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
L
R
 
Q
G
 
G
T
x
S
T
|
T
M
x
Q
D
 
E
T
 
A
Y
 
Y
V
 
A
T
 
N
E
 
D
N
 
N
M
 
W
G
 
R
G
 
T
I
 
K
-
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
R
 
A
Y
 
Y
T
 
A
T
 
N
A
 
Q
D
 
D
D
 
L
M
 
I
V
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
T
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
V
 
A
V
 
A
F
 
L
V
 
Q
D
|
D
Y
 
E
P
 
V
V
 
A
G
 
A
E
 
S
Q
 
E
T
 
G
V
 
F
L
 
L
T
 
K
K
 
Q
E
 
P
G
 
A
F
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
Y
-
 
A
-
 
F
V
 
A
G
 
G
E
 
P
A
 
S
V
 
V
K
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
L
 
F
G
 
G
E
 
D
G
 
G
V
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
M
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
T
 
T
D
 
E
L
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
A
V
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
T
T
 
E
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
K
I
 
M
M
 
A
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
Y
 
F
D
 
N
I
 
V

1lahE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
34% identity, 89% coverage: 26:248/250 of query aligns to 6:235/238 of 1lahE

query
sites
1lahE
L
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
T
D
 
D
V
 
T
P
 
T
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
Y
 
S
K
 
K
D
 
D
E
 
A
N
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
F
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
M
 
M
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
M
N
 
Q
A
 
V
N
 
K
C
 
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
I
 
A
Q
 
S
A
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
I
S
 
S
S
|
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
K
R
|
R
A
 
Q
E
 
Q
R
 
E
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
N
 
A
T
 
A
P
 
D
G
 
S
G
 
R
W
 
L
F
 
I
G
 
A
P
 
A
E
 
K
S
 
G
F
 
S
N
 
P
T
 
I
D
 
Q
V
 
P
T
 
T
D
 
-
M
 
L
S
 
E
A
 
S
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
L
R
 
Q
G
 
G
T
x
S
T
 
T
M
x
Q
D
 
E
T
 
A
Y
 
Y
V
 
A
T
 
N
E
 
D
N
 
N
M
 
W
G
 
R
G
 
T
I
 
K
-
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
R
 
A
Y
 
Y
T
 
A
T
 
N
A
 
Q
D
 
D
D
 
L
M
 
I
V
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
T
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
V
 
A
V
 
A
F
 
L
V
 
Q
D
|
D
Y
 
E
P
 
V
V
 
A
G
 
A
E
 
S
Q
 
E
T
 
G
V
 
F
L
 
L
T
 
K
K
 
Q
E
 
P
G
 
A
F
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
Y
-
 
A
-
 
F
V
 
A
G
 
G
E
 
P
A
 
S
V
 
V
K
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
L
 
F
G
 
G
E
 
D
G
 
G
V
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
M
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
T
 
T
D
 
E
L
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
A
V
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
T
T
 
E
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
K
I
 
M
M
 
A
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
Y
 
F
D
 
N
I
 
V

1lagE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
34% identity, 89% coverage: 26:248/250 of query aligns to 6:235/238 of 1lagE

query
sites
1lagE
L
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
T
D
 
D
V
 
T
P
 
T
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
Y
 
S
K
 
K
D
 
D
E
 
A
N
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
F
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
M
 
M
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
M
N
 
Q
A
 
V
N
 
K
C
 
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
I
 
A
Q
 
S
A
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
I
S
|
S
S
|
S
M
x
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
K
R
|
R
A
 
Q
E
 
Q
R
 
E
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
N
 
A
T
 
A
P
 
D
G
 
S
G
 
R
W
 
L
F
 
I
G
 
A
P
 
A
E
 
K
S
 
G
F
 
S
N
 
P
T
 
I
D
 
Q
V
 
P
T
 
T
D
 
-
M
 
L
S
 
E
A
 
S
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
L
R
 
Q
G
 
G
T
x
S
T
 
T
M
x
Q
D
 
E
T
 
A
Y
 
Y
V
 
A
T
 
N
E
 
D
N
 
N
M
 
W
G
 
R
G
 
T
I
 
K
-
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
R
 
A
Y
 
Y
T
 
A
T
 
N
A
 
Q
D
 
D
D
 
L
M
 
I
V
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
T
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
V
 
A
V
 
A
F
 
L
V
 
Q
D
|
D
Y
 
E
P
 
V
V
 
A
G
 
A
E
 
S
Q
 
E
T
 
G
V
 
F
L
 
L
T
 
K
K
 
Q
E
 
P
G
 
A
F
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
Y
-
 
A
-
 
F
V
 
A
G
 
G
E
 
P
A
 
S
V
 
V
K
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
L
 
F
G
 
G
E
 
D
G
 
G
V
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
M
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
T
 
T
D
 
E
L
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
A
V
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
T
T
 
E
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
K
I
 
M
M
 
A
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
Y
 
F
D
 
N
I
 
V

1lafE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
34% identity, 89% coverage: 26:248/250 of query aligns to 6:235/238 of 1lafE

query
sites
1lafE
L
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
T
D
|
D
V
 
T
P
 
T
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
Y
 
S
K
 
K
D
 
D
E
 
A
N
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
F
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
E
M
 
M
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
M
N
 
Q
A
 
V
N
 
K
C
 
C
E
 
T
F
 
W
V
 
V
I
 
A
Q
 
S
A
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
I
S
|
S
S
|
S
M
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
P
 
D
E
 
K
R
|
R
A
 
Q
E
 
Q
R
 
E
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
N
 
A
T
 
A
P
 
D
G
 
S
G
 
R
W
 
L
F
 
I
G
 
A
P
 
A
E
 
K
S
 
G
F
 
S
N
 
P
T
 
I
D
 
Q
V
 
P
T
 
T
D
 
-
M
 
L
S
 
E
A
 
S
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
L
R
 
Q
G
 
G
T
x
S
T
|
T
M
x
Q
D
 
E
T
 
A
Y
 
Y
V
 
A
T
 
N
E
 
D
N
 
N
M
 
W
G
 
R
G
 
T
I
 
K
-
 
G
V
 
V
T
 
D
I
 
V
K
 
V
R
 
A
Y
 
Y
T
 
A
T
 
N
A
 
Q
D
 
D
D
 
L
M
 
I
V
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
E
 
T
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
V
 
A
V
 
A
F
 
L
V
 
Q
D
|
D
Y
 
E
P
 
V
V
 
A
G
 
A
E
 
S
Q
 
E
T
 
G
V
 
F
L
 
L
T
 
K
K
 
Q
E
 
P
G
 
A
F
 
G
K
 
K
E
 
E
-
 
Y
-
 
A
-
 
F
V
 
A
G
 
G
E
 
P
A
 
S
V
 
V
K
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
L
 
F
G
 
G
E
 
D
G
 
G
V
 
T
G
 
G
V
 
V
A
 
G
M
 
L
R
 
R
Q
 
K
R
 
D
D
 
D
T
 
T
D
 
E
L
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
A
V
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
T
T
 
E
L
 
L
K
 
R
E
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
K
I
 
M
M
 
A
Q
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
A
 
D
Y
 
F
D
 
N
I
 
V

3tqlA Structure of the amino acid abc transporter, periplasmic amino acid- binding protein from coxiella burnetii. (see paper)
35% identity, 88% coverage: 26:244/250 of query aligns to 4:225/225 of 3tqlA

query
sites
3tqlA
L
 
I
R
 
K
I
 
F
A
 
A
F
 
T
D
x
E
V
 
A
P
 
T
Y
|
Y
E
 
P
P
 
P
F
 
Y
E
 
V
Y
 
Y
K
 
M
D
 
-
E
 
-
N
 
G
G
 
G
E
 
Q
L
 
V
T
 
E
G
 
G
F
 
F
E
 
G
V
 
A
E
 
D
L
 
I
A
 
V
E
 
K
A
 
A
M
 
V
C
 
C
E
 
K
E
 
Q
M
 
M
N
 
Q
A
 
A
N
 
V
C
 
C
E
 
T
F
 
I
V
 
S
I
 
N
Q
 
Q
A
 
P
W
|
W
D
 
D
G
 
S
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
L
R
 
G
K
 
K
F
 
F
D
 
D
L
 
A
I
 
L
M
 
F
S
x
G
S
x
G
M
 
M
S
x
N
I
 
I
T
 
T
P
 
T
E
 
A
R
|
R
A
 
Q
E
 
K
R
 
E
V
 
V
L
 
D
F
 
F
S
 
T
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
N
 
T
T
 
N
P
 
S
G
 
V
G
x
S
W
 
F
F
 
I
G
 
A
P
 
D
E
 
K
S
 
-
F
 
-
N
 
N
T
 
T
D
 
P
V
 
L
T
 
T
-
 
L
D
 
S
M
 
K
S
 
Q
A
 
G
M
 
L
E
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
R
 
G
G
 
G
T
 
T
T
 
T
M
 
F
D
 
D
T
 
S
Y
 
Y
V
 
L
T
 
Q
E
 
D
N
 
S
M
 
F
G
 
G
G
 
N
I
 
S
V
 
I
T
 
T
I
 
I
K
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
T
 
P
T
 
S
A
 
E
D
 
E
D
 
D
M
 
A
V
 
L
L
 
M
D
 
D
L
 
L
E
 
T
G
 
S
Q
 
G
R
 
R
L
 
V
D
 
D
V
 
A
V
 
V
F
 
V
V
 
G
D
 
D
Y
 
T
P
 
P
V
 
L
G
 
I
E
 
K
Q
 
Q
T
 
W
V
 
-
L
 
L
T
 
K
K
 
Q
E
 
N
G
 
G
F
 
R
K
 
R
E
 
E
-
 
Y
-
 
V
-
 
L
V
 
I
G
 
G
E
 
K
A
 
P
V
 
V
K
 
N
-
 
D
-
 
P
-
 
N
-
 
Y
L
 
F
G
 
G
E
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
G
V
 
I
A
 
A
M
 
V
R
 
K
Q
 
K
R
 
G
D
 
N
T
 
Q
D
 
A
L
 
L
A
 
L
E
 
L
E
 
K
V
 
L
N
 
N
A
 
K
A
 
A
L
 
L
R
 
A
T
 
A
L
 
I
K
 
K
E
 
A
D
 
N
G
 
G
T
 
V
Y
 
Y
D
 
A
T
 
A
I
 
I
M
 
V
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
34% identity, 88% coverage: 26:245/250 of query aligns to 12:228/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
L
 
L
R
 
L
I
 
V
A
 
G
F
 
L
D
 
S
V
 
A
P
 
D
Y
x
F
E
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
Y
 
F
K
 
V
D
 
D
E
 
E
N
 
N
G
 
G
E
 
N
L
 
I
T
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
E
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
E
M
 
I
C
 
A
E
 
R
E
 
R
M
 
L
N
 
G
A
 
V
N
 
E
C
 
L
E
 
K
F
 
I
V
 
V
I
 
D
Q
 
M
A
 
T
W
x
F
D
 
D
G
 
G
M
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
T
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
L
 
V
I
 
I
M
 
I
S
|
S
S
x
G
M
|
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
P
 
E
E
 
E
R
|
R
A
 
K
E
 
K
R
 
V
V
 
V
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
N
 
D
T
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
V
-
 
I
-
 
V
-
 
V
-
 
R
P
 
K
G
 
D
G
 
S
W
 
D
F
 
F
G
 
R
P
 
P
E
 
K
S
 
T
F
 
Y
N
 
E
T
 
D
D
 
-
V
 
-
T
 
-
D
 
-
M
 
-
S
 
-
A
 
-
M
 
L
E
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
V
G
 
A
V
 
V
Q
|
Q
R
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
M
 
G
D
 
D
T
 
I
Y
 
E
V
 
V
T
 
S
E
 
K
N
 
Y
M
 
D
G
 
G
G
 
-
I
 
-
V
 
I
T
 
K
I
 
V
K
 
V
R
 
R
Y
 
F
T
 
D
T
 
K
A
 
F
D
 
T
D
 
D
M
 
A
V
 
F
L
 
L
D
 
E
L
 
L
E
 
K
G
 
R
Q
 
G
R
 
R
L
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
V
F
 
V
V
 
L
D
|
D
Y
 
S
P
 
A
V
 
T
G
 
A
E
 
-
Q
 
R
T
 
A
V
 
F
L
 
V
T
 
A
K
 
K
E
 
N
G
 
P
F
 
D
K
 
L
E
 
V
V
 
I
G
 
S
E
 
S
A
 
G
V
 
V
K
 
L
L
 
S
G
 
S
E
 
E
G
 
Q
V
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
M
 
V
R
 
R
Q
 
K
R
 
E
D
 
D
T
 
T
D
 
D
L
 
L
A
 
L
E
 
E
E
 
F
V
 
I
N
 
N
A
 
S
A
 
V
L
 
L
R
 
R
T
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
K
D
 
S
G
 
G
T
 
K
Y
 
Y
D
 
D
T
 
V
I
 
L
M
 
I
Q
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
A
 
S

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
36% identity, 88% coverage: 26:244/250 of query aligns to 12:228/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
L
 
L
R
 
R
I
 
V
A
 
G
F
 
T
D
|
D
V
 
A
P
 
D
Y
|
Y
E
 
K
P
 
P
F
 
F
E
 
S
Y
 
F
K
 
K
D
 
D
E
 
K
N
 
N
G
 
G
E
 
Q
L
 
Y
T
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
M
 
L
C
 
A
E
 
K
E
 
E
M
 
L
N
 
G
A
 
V
N
 
K
C
 
V
E
 
E
F
 
F
V
 
V
I
 
P
Q
 
T
A
 
T
W
|
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
G
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
T
R
 
G
K
 
K
F
 
F
D
 
D
L
 
I
I
 
V
M
 
M
S
|
S
S
x
G
M
|
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
R
|
R
A
 
K
E
 
K
R
 
K
V
 
V
L
 
D
F
 
F
S
 
S
E
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
M
N
 
-
T
 
T
P
 
A
G
 
G
G
 
Q
W
 
T
F
 
I
G
 
L
P
 
V
E
 
K
S
 
K
F
 
D
N
 
N
T
 
A
D
 
D
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
S
V
 
F
T
 
E
D
 
D
M
 
L
S
 
N
A
 
K
M
 
P
E
 
D
G
 
V
K
 
K
T
 
-
V
 
V
G
 
A
V
 
V
Q
|
Q
R
 
L
G
 
G
T
|
T
T
|
T
M
 
S
D
 
E
T
 
Q
Y
 
A
V
 
A
T
 
K
E
 
E
N
 
F
M
 
L
G
 
P
G
 
K
I
 
-
V
 
A
T
 
K
I
 
I
K
 
R
R
 
T
Y
 
F
T
 
E
T
 
N
A
 
N
D
 
A
D
 
E
M
 
A
V
 
F
L
 
Q
D
 
E
L
 
V
E
 
V
G
 
S
Q
 
G
R
 
R
L
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
M
F
 
V
V
 
T
D
|
D
Y
 
S
P
 
P
V
 
V
G
 
A
E
 
A
-
 
Y
-
 
Y
-
 
A
-
 
K
-
 
L
Q
 
A
T
 
V
V
 
V
L
 
V
T
 
V
K
 
D
E
 
E
G
 
P
F
 
F
K
 
T
E
 
H
V
 
-
G
 
-
E
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
L
 
-
G
 
-
E
 
E
G
 
P
V
 
L
G
 
G
V
 
F
A
 
A
M
 
I
R
 
R
Q
 
K
R
 
G
D
 
D
T
 
P
D
 
E
L
 
L
A
 
L
E
 
N
E
 
W
V
 
V
N
 
N
A
 
N
A
 
W
L
 
L
R
 
K
T
 
Q
L
 
M
K
 
K
E
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
T
 
K
I
 
L
M
 
Y
Q
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

5itoA Structure of the periplasmic binding protein m117n-noct from a. Tumefaciens in complex with octopine (see paper)
31% identity, 90% coverage: 24:247/250 of query aligns to 3:252/255 of 5itoA

query
sites
5itoA
R
 
K
D
 
S
L
 
I
R
 
T
I
 
I
A
 
A
F
 
T
D
x
E
V
 
G
P
 
S
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
 
N
Y
 
F
K
 
K
D
 
D
E
 
A
N
 
G
G
 
G
E
 
K
L
 
L
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
D
M
 
L
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
M
N
 
N
A
 
I
N
 
E
C
 
C
E
 
K
F
 
F
V
 
V
I
 
E
Q
 
Q
A
 
A
W
|
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
M
S
x
A
S
x
A
M
 
M
S
x
G
I
 
I
T
 
Q
P
 
P
E
 
A
R
|
R
A
 
E
E
 
K
R
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
R
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
L
N
 
L
T
 
T
P
 
P
G
 
N
G
 
T
W
 
F
F
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
I
G
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
Q
F
 
K
N
 
A
T
 
E
D
 
L
V
 
D
T
 
K
D
 
F
M
 
T
S
 
K
A
 
I
M
 
F
E
 
E
G
 
G
K
 
V
T
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
R
 
A
G
 
G
T
|
T
T
x
S
M
x
H
D
 
E
T
 
A
Y
 
F
V
 
M
T
 
K
E
 
Q
N
 
M
M
 
M
G
 
P
G
 
S
I
 
-
V
 
V
T
 
Q
I
 
I
K
 
S
R
 
T
Y
 
Y
T
 
D
T
 
T
A
 
I
D
 
D
D
 
N
M
 
V
V
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
V
 
A
V
 
S
F
 
L
V
 
A
D
x
S
Y
 
V
-
 
S
-
 
F
-
 
L
-
 
K
P
 
P
V
 
L
G
 
T
E
 
D
Q
 
K
T
 
P
V
 
-
L
 
-
T
 
D
K
 
N
E
 
K
G
 
D
F
 
L
K
 
K
E
 
M
V
 
F
G
 
G
E
 
P
A
 
R
V
 
M
K
 
T
-
 
G
-
 
G
-
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
G
M
 
I
R
 
R
Q
 
K
R
 
E
D
 
D
T
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
L
V
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
I
R
 
D
T
 
A
L
 
A
K
 
I
E
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
D
 
Q
T
 
K
I
 
L
M
 
S
Q
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
A
 
G
Y
 
Y
D
 
D

5otcA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with noroctopinic acid. (see paper)
31% identity, 90% coverage: 24:247/250 of query aligns to 2:251/256 of 5otcA

query
sites
5otcA
R
 
K
D
 
S
L
 
I
R
 
T
I
 
I
A
 
A
F
 
T
D
x
E
V
 
G
P
 
S
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
 
N
Y
 
F
K
 
K
D
 
D
E
 
A
N
 
G
G
 
G
E
 
K
L
 
L
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
D
M
 
L
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
M
N
 
N
A
 
I
N
 
E
C
 
C
E
 
K
F
 
F
V
 
V
I
 
E
Q
 
Q
A
 
A
W
|
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
A
S
x
A
M
 
M
S
x
G
I
 
I
T
 
Q
P
 
P
E
 
A
R
|
R
A
 
E
E
 
K
R
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
R
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
L
N
 
L
T
 
T
P
 
P
G
 
M
G
 
T
W
 
F
F
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
I
G
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
Q
F
 
K
N
 
A
T
 
E
D
 
L
V
 
D
T
 
K
D
 
F
M
 
T
S
 
K
A
 
I
M
 
F
E
 
E
G
 
G
K
 
V
T
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
R
 
A
G
 
G
T
|
T
T
x
S
M
x
H
D
 
E
T
 
A
Y
 
F
V
 
M
T
 
K
E
 
Q
N
 
M
M
 
M
G
 
P
G
 
S
I
 
-
V
 
V
T
 
Q
I
 
I
K
 
S
R
 
T
Y
 
Y
T
 
D
T
 
T
A
 
I
D
 
D
D
 
N
M
 
V
V
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
V
 
A
V
 
S
F
 
L
V
 
A
D
x
S
Y
 
V
-
 
S
-
 
F
-
 
L
-
 
K
P
 
P
V
 
L
G
 
T
E
 
D
Q
 
K
T
 
P
V
 
-
L
 
-
T
 
D
K
 
N
E
 
K
G
 
D
F
 
L
K
 
K
E
 
M
V
 
F
G
 
G
E
 
P
A
 
R
V
 
M
K
 
T
-
 
G
-
 
G
-
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
G
M
 
I
R
 
R
Q
 
K
R
 
E
D
 
D
T
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
L
V
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
I
R
 
D
T
 
A
L
 
A
K
 
I
E
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
D
 
Q
T
 
K
I
 
L
M
 
S
Q
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
A
 
G
Y
 
Y
D
 
D

5ovzA High resolution structure of the pbp noct in complex with nopaline (see paper)
31% identity, 90% coverage: 24:247/250 of query aligns to 3:252/259 of 5ovzA

query
sites
5ovzA
R
 
K
D
 
S
L
 
I
R
 
T
I
 
I
A
 
A
F
 
T
D
x
E
V
 
G
P
 
S
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
 
N
Y
 
F
K
 
K
D
 
D
E
 
A
N
 
G
G
 
G
E
 
K
L
 
L
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
D
M
 
L
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
M
N
 
N
A
 
I
N
 
E
C
 
C
E
 
K
F
 
F
V
 
V
I
 
E
Q
 
Q
A
 
A
W
|
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
M
S
x
A
S
x
A
M
 
M
S
x
G
I
 
I
T
 
Q
P
 
P
E
 
A
R
|
R
A
 
E
E
 
K
R
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
R
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
L
N
 
L
T
 
T
P
 
P
G
x
M
G
 
T
W
 
F
F
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
I
G
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
Q
F
 
K
N
 
A
T
 
E
D
 
L
V
 
D
T
 
K
D
 
F
M
 
T
S
 
K
A
 
I
M
 
F
E
 
E
G
 
G
K
 
V
T
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
R
 
A
G
 
G
T
|
T
T
x
S
M
x
H
D
 
E
T
 
A
Y
 
F
V
 
M
T
 
K
E
 
Q
N
 
M
M
 
M
G
 
P
G
 
S
I
 
-
V
 
V
T
 
Q
I
 
I
K
 
S
R
 
T
Y
 
Y
T
 
D
T
 
T
A
 
I
D
 
D
D
 
N
M
 
V
V
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
L
E
 
K
G
 
A
Q
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
V
 
A
V
 
S
F
 
L
V
 
A
D
x
S
Y
 
V
-
 
S
-
 
F
-
 
L
-
 
K
P
 
P
V
 
L
G
 
T
E
 
D
Q
 
K
T
 
P
V
 
-
L
 
-
T
 
D
K
 
N
E
 
K
G
 
D
F
 
L
K
 
K
E
 
M
V
 
F
G
 
G
E
 
P
A
 
R
V
 
M
K
 
T
-
 
G
-
 
G
-
 
L
L
 
F
G
 
G
E
 
K
G
 
G
V
|
V
G
 
G
V
 
V
A
 
G
M
 
I
R
 
R
Q
 
K
R
 
E
D
 
D
T
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
L
V
 
F
N
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
I
R
 
D
T
 
A
L
 
A
K
 
I
E
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
D
 
Q
T
 
K
I
 
L
M
 
S
Q
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
A
 
G
Y
 
Y
D
 
D

5otaA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with octopinic acid (see paper)
31% identity, 90% coverage: 24:247/250 of query aligns to 2:251/254 of 5otaA

query
sites
5otaA
R
 
K
D
 
S
L
 
I
R
 
T
I
 
I
A
 
A
F
 
T
D
x
E
V
 
G
P
 
S
Y
|
Y
E
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
 
N
Y
 
F
K
 
K
D
 
D
E
 
A
N
 
G
G
 
G
E
 
K
L
 
L
T
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
E
 
D
L
 
L
A
 
G
E
 
N
A
 
D
M
 
L
C
 
C
E
 
K
E
 
R
M
 
M
N
 
N
A
 
I
N
 
E
C
 
C
E
 
K
F
 
F
V
 
V
I
 
E
Q
 
Q
A
 
A
W
|
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
L
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
A
S
x
A
M
 
M
S
x
G
I
 
I
T
 
Q
P
 
P
E
 
A
R
|
R
A
 
E
E
 
K
R
 
V
V
 
I
L
 
A
F
 
F
S
 
S
E
 
R
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
L
N
 
L
T
 
T
P
 
P
G
x
M
G
 
T
W
 
F
F
 
L
-
 
T
-
 
T
-
 
A
-
 
D
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
I
G
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
Q
F
 
K
N
 
A
T
 
E
D
 
L
V
 
D
T
 
K
D
 
F
M
 
T
S
 
K
A
 
I
M
 
F
E
 
E
G
 
G
K
 
V
T
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
R
 
A
G
 
G
T
|
T
T
x
S