SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3095 FitnessBrowser__Marino:GFF3095 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

1ynhB Crystal structure of n-succinylarginine dihydrolase, astb, bound to substrate and product, an enzyme from the arginine catabolic pathway of escherichia coli (see paper)
56% identity, 99% coverage: 4:445/446 of query aligns to 1:439/440 of 1ynhB

query
sites
1ynhB
H
 
N
A
 
A
V
 
W
E
 
E
A
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
L
T
 
T
H
 
H
N
 
H
Y
 
Y
A
 
A
G
|
G
L
 
L
S
|
S
W
 
F
G
 
G
N
|
N
V
 
E
A
 
A
S
|
S
K
 
T
S
 
R
N
 
H
V
 
R
S
 
F
S
 
Q
V
 
V
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
R
E
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
A
 
L
K
 
K
M
 
M
K
 
K
R
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
A
G
 
G
Y
 
F
V
 
P
Q
 
Q
G
 
A
V
 
V
L
 
I
P
 
P
P
 
P
H
 
H
E
 
E
R
 
R
P
 
P
H
 
F
I
 
I
P
 
P
T
 
V
L
 
L
R
 
R
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
S
G
 
G
P
 
S
D
 
D
A
 
E
R
 
Q
V
 
V
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
A
 
V
A
 
A
K
 
R
S
 
Q
S
 
A
P
 
P
S
 
H
I
 
W
L
 
L
A
 
S
A
 
S
V
 
V
S
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
P
 
P
M
 
M
W
|
W
T
 
V
A
 
A
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
S
 
A
P
 
P
S
 
S
A
 
A
D
 
D
T
 
T
S
 
L
D
 
D
H
 
G
R
 
K
V
 
V
H
 
H
F
 
L
T
 
T
P
 
V
A
 
A
N
 
N
L
 
L
S
 
N
A
 
N
K
 
K
F
 
F
H
|
H
R
|
R
S
 
S
I
 
L
E
 
E
H
 
A
A
 
P
V
 
V
T
 
T
G
 
E
R
 
S
A
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
A
I
 
I
F
 
F
A
 
N
D
 
D
E
 
E
S
 
E
Y
 
K
F
 
F
A
 
S
H
 
V
H
 
H
P
 
S
A
 
A
L
 
L
P
 
P
S
 
Q
V
 
V
S
 
A
H
 
L
F
 
L
G
 
G
D
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
N
 
N
H
 
H
T
 
N
R
 
R
L
 
L
C
 
G
A
 
G
G
 
H
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
P
 
P
G
 
G
V
 
M
E
 
Q
L
 
L
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
R
M
 
E
A
 
E
F
 
G
N
 
N
E
 
D
Q
 
T
A
 
R
P
 
P
A
 
S
P
 
-
K
 
-
K
 
R
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
R
|
R
Q
 
Q
T
 
T
L
 
R
E
 
E
A
 
A
S
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
N
G
 
Q
L
 
V
R
 
N
D
 
P
Q
 
Q
N
 
Q
A
 
V
V
 
I
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
D
A
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
Q
G
 
G
V
 
V
F
 
F
H
 
H
N
 
N
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
S
N
 
N
G
 
R
N
 
Q
T
 
V
L
 
L
F
 
F
Y
 
C
H
 
H
E
 
Q
M
 
Q
A
 
A
F
 
F
L
 
A
N
 
R
E
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
V
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
N
I
 
L
R
 
R
E
 
A
R
 
R
L
 
V
T
 
N
G
 
G
A
 
-
E
 
-
L
 
F
E
 
M
A
 
A
V
 
I
R
 
E
V
 
V
S
 
P
S
 
A
A
 
T
D
 
Q
V
 
V
P
 
S
L
 
V
E
 
S
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
S
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
N
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
N
 
S
T
 
R
P
 
D
D
 
D
G
 
G
-
 
S
M
 
M
L
 
M
L
 
L
A
 
V
V
 
L
P
 
P
G
 
Q
E
 
E
C
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
H
A
 
A
S
 
G
V
 
V
S
 
W
R
 
G
Y
 
Y
L
 
L
D
 
N
G
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
A
S
 
A
G
 
D
G
 
N
P
 
P
I
 
I
T
 
S
A
 
E
V
 
L
E
 
K
V
 
V
F
 
F
D
 
D
V
 
L
K
 
R
Q
 
E
S
 
S
M
 
M
R
 
A
N
|
N
G
|
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
C
|
C
L
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
R
V
 
V
V
 
V
L
 
L
N
 
T
D
 
E
D
 
E
E
 
E
L
 
R
K
 
R
A
 
A
I
 
V
N
 
N
R
 
P
G
 
A
V
 
V
L
 
M
L
 
M
T
 
N
D
 
D
E
 
T
L
 
L
Y
 
F
E
 
N
R
 
A
L
 
L
T
 
N
T
 
D
W
 
W
V
 
V
E
 
D
A
 
R
H
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
E
 
R
L
 
L
S
 
T
Q
 
A
N
 
A
E
 
D
L
 
L
G
 
A
D
 
D
P
 
P
M
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
R
E
 
E
V
 
G
R
 
R
K
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
V
L
 
L
T
 
S
G
 
Q
I
 
L
M
 
L
G
 
N
L
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
V
Y
 
Y
D
 
P
F
 
F
Q
 
Q

P76216 N-succinylarginine dihydrolase; EC 3.5.3.23 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
56% identity, 99% coverage: 4:445/446 of query aligns to 2:440/447 of P76216

query
sites
P76216
H
 
N
A
 
A
V
 
W
E
 
E
A
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
L
T
 
T
H
 
H
N
 
H
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
S
W
 
F
G
 
G
N
 
N
V
 
E
A
 
A
S
 
S
K
 
T
S
 
R
N
 
H
V
 
R
S
 
F
S
 
Q
V
 
V
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
R
E
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
A
 
L
K
 
K
M
 
M
K
 
K
R
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
A
G
 
G
Y
 
F
V
 
P
Q
 
Q
G
 
A
V
 
V
L
 
I
P
 
P
P
 
P
H
 
H
E
 
E
R
 
R
P
 
P
H
 
F
I
 
I
P
 
P
T
 
V
L
 
L
R
 
R
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
S
G
 
G
P
 
S
D
 
D
A
 
E
R
 
Q
V
 
V
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
A
 
V
A
 
A
K
 
R
S
 
Q
S
 
A
P
 
P
S
 
H
I
 
W
L
 
L
A
 
S
A
 
S
V
 
V
S
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
P
 
P
M
 
M
W
 
W
T
 
V
A
 
A
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
S
 
A
P
 
P
S
 
S
A
 
A
D
 
D
T
 
T
S
 
L
D
 
D
H
 
G
R
 
K
V
 
V
H
 
H
F
 
L
T
 
T
P
 
V
A
 
A
N
 
N
L
 
L
S
 
N
A
 
N
K
 
K
F
 
F
H
 
H
R
 
R
S
 
S
I
 
L
E
 
E
H
 
A
A
 
P
V
 
V
T
 
T
G
 
E
R
 
S
A
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
A
I
 
I
F
 
F
A
 
N
D
 
D
E
 
E
S
 
E
Y
 
K
F
 
F
A
 
S
H
 
V
H
 
H
P
 
S
A
 
A
L
 
L
P
 
P
S
 
Q
V
 
V
S
 
A
H
 
L
F
 
L
G
 
G
D
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
N
 
N
H
 
H
T
 
N
R
 
R
L
 
L
C
 
G
A
 
G
G
 
H
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
P
 
P
G
 
G
V
 
M
E
 
Q
L
 
L
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
R
M
 
E
A
 
E
F
 
G
N
 
N
E
 
D
Q
 
T
A
 
R
P
 
P
A
 
S
P
 
-
K
 
-
K
 
R
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
L
 
R
E
 
E
A
 
A
S
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
N
G
 
Q
L
 
V
R
 
N
D
 
P
Q
 
Q
N
 
Q
A
 
V
V
 
I
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
D
A
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
Q
G
 
G
V
 
V
F
 
F
H
 
H
N
 
N
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
S
N
 
N
G
 
R
N
 
Q
T
 
V
L
 
L
F
 
F
Y
 
C
H
 
H
E
 
Q
M
 
Q
A
 
A
F
 
F
L
 
A
N
 
R
E
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
V
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
N
I
 
L
R
 
R
E
 
A
R
 
R
L
 
V
T
 
N
G
 
G
A
 
-
E
 
-
L
 
F
E
 
M
A
 
A
V
 
I
R
 
E
V
 
V
S
 
P
S
 
A
A
 
T
D
 
Q
V
 
V
P
 
S
L
 
V
E
 
S
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
S
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
N
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
N
 
S
T
 
R
P
 
D
D
 
D
G
 
G
-
 
S
M
 
M
L
 
M
L
 
L
A
 
V
V
 
L
P
 
P
G
 
Q
E
 
E
C
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
H
A
 
A
S
 
G
V
 
V
S
 
W
R
 
G
Y
 
Y
L
 
L
D
 
N
G
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
A
S
 
A
G
 
D
G
 
N
P
 
P
I
 
I
T
 
S
A
 
E
V
 
L
E
 
K
V
 
V
F
 
F
D
 
D
V
 
L
K
 
R
Q
 
E
S
 
S
M
 
M
R
 
A
N
 
N
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
C
|
C
L
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
R
V
 
V
V
 
V
L
 
L
N
 
T
D
 
E
D
 
E
E
 
E
L
 
R
K
 
R
A
 
A
I
 
V
N
 
N
R
 
P
G
 
A
V
 
V
L
 
M
L
 
M
T
 
N
D
 
D
E
 
T
L
 
L
Y
 
F
E
 
N
R
 
A
L
 
L
T
 
N
T
 
D
W
 
W
V
 
V
E
 
D
A
 
R
H
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
E
 
R
L
 
L
S
 
T
Q
 
A
N
 
A
E
 
D
L
 
L
G
 
A
D
 
D
P
 
P
M
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
R
E
 
E
V
 
G
R
 
R
K
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
V
L
 
L
T
 
S
G
 
Q
I
 
L
M
 
L
G
 
N
L
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
V
Y
 
Y
D
 
P
F
 
F
Q
 
Q

1yniA Crystal structure of n-succinylarginine dihydrolase, astb, bound to substrate and product, an enzyme from the arginine catabolic pathway of escherichia coli (see paper)
56% identity, 99% coverage: 4:445/446 of query aligns to 1:439/440 of 1yniA

query
sites
1yniA
H
 
N
A
 
A
V
 
W
E
 
E
A
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
L
T
 
T
H
 
H
N
 
H
Y
 
Y
A
|
A
G
|
G
L
 
L
S
|
S
W
 
F
G
 
G
N
|
N
V
 
E
A
 
A
S
|
S
K
 
T
S
 
R
N
 
H
V
 
R
S
 
F
S
 
Q
V
 
V
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
R
E
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
A
 
L
K
 
K
M
 
M
K
 
K
R
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
A
G
 
G
Y
 
F
V
 
P
Q
 
Q
G
 
A
V
 
V
L
 
I
P
 
P
P
 
P
H
 
H
E
 
E
R
 
R
P
 
P
H
 
F
I
 
I
P
 
P
T
 
V
L
 
L
R
 
R
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
S
G
 
G
P
 
S
D
 
D
A
 
E
R
 
Q
V
 
V
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
A
 
V
A
 
A
K
 
R
S
 
Q
S
 
A
P
 
P
S
 
H
I
 
W
L
 
L
A
 
S
A
 
S
V
 
V
S
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
P
 
P
M
 
M
W
|
W
T
 
V
A
 
A
N
|
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
S
 
A
P
 
P
S
 
S
A
 
A
D
 
D
T
 
T
S
 
L
D
 
D
H
 
G
R
 
K
V
 
V
H
 
H
F
 
L
T
 
T
P
 
V
A
 
A
N
 
N
L
 
L
S
 
N
A
 
N
K
 
K
F
 
F
H
 
H
R
|
R
S
 
S
I
 
L
E
 
E
H
 
A
A
 
P
V
 
V
T
 
T
G
 
E
R
 
S
A
 
L
L
 
L
K
 
K
S
 
A
I
 
I
F
 
F
A
 
N
D
 
D
E
 
E
S
 
E
Y
 
K
F
 
F
A
 
S
H
 
V
H
 
H
P
 
S
A
 
A
L
 
L
P
 
P
S
 
Q
V
 
V
S
 
A
H
 
L
F
 
L
G
 
G
D
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
N
 
N
H
 
H
T
 
N
R
 
R
L
 
L
C
 
G
A
 
G
G
 
H
Y
 
Y
G
 
G
E
 
E
P
 
P
G
 
G
V
 
M
E
 
Q
L
 
L
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
R
M
 
E
A
 
E
F
 
G
N
 
N
E
 
D
Q
 
T
A
 
R
P
 
P
A
 
S
P
 
-
K
 
-
K
 
R
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
R
|
R
Q
 
Q
T
 
T
L
 
R
E
 
E
A
 
A
S
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
N
G
 
Q
L
 
V
R
 
N
D
 
P
Q
 
Q
N
 
Q
A
 
V
V
 
I
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
D
A
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
Q
G
 
G
V
 
V
F
 
F
H
|
H
N
 
N
D
|
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
S
N
 
N
G
 
R
N
 
Q
T
 
V
L
 
L
F
 
F
Y
 
C
H
 
H
E
 
Q
M
 
Q
A
 
A
F
 
F
L
 
A
N
 
R
E
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
V
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
N
I
 
L
R
 
R
E
 
A
R
 
R
L
 
V
T
 
N
G
 
G
A
 
-
E
 
-
L
 
F
E
 
M
A
 
A
V
 
I
R
 
E
V
 
V
S
 
P
S
 
A
A
 
T
D
 
Q
V
 
V
P
 
S
L
 
V
E
 
S
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
S
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
N
S
 
S
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
N
 
S
T
 
R
P
 
D
D
 
D
G
 
G
-
 
S
M
 
M
L
 
M
L
 
L
A
 
V
V
 
L
P
 
P
G
 
Q
E
 
E
C
 
C
R
 
R
E
 
E
V
 
H
A
 
A
S
 
G
V
 
V
S
 
W
R
 
G
Y
 
Y
L
 
L
D
 
N
G
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
A
S
 
A
G
 
D
G
 
N
P
 
P
I
 
I
T
 
S
A
 
E
V
 
L
E
 
K
V
 
V
F
 
F
D
 
D
V
 
L
K
 
R
Q
 
E
S
 
S
M
 
M
R
 
A
N
|
N
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
C
x
S
L
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
R
V
 
V
V
 
V
L
 
L
N
 
T
D
 
E
D
 
E
E
 
E
L
 
R
K
 
R
A
 
A
I
 
V
N
 
N
R
 
P
G
 
A
V
 
V
L
 
M
L
 
M
T
 
N
D
 
D
E
 
T
L
 
L
Y
 
F
E
 
N
R
 
A
L
 
L
T
 
N
T
 
D
W
 
W
V
 
V
E
 
D
A
 
R
H
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
E
 
R
L
 
L
S
 
T
Q
 
A
N
 
A
E
 
D
L
 
L
G
 
A
D
 
D
P
 
P
M
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
R
E
 
E
V
 
G
R
 
R
K
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
V
L
 
L
T
 
S
G
 
Q
I
 
L
M
 
L
G
 
N
L
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
V
Y
 
Y
D
 
P
F
 
F
Q
 
Q

Query Sequence

>GFF3095 FitnessBrowser__Marino:GFF3095
MVKHAVEANFDGLVGPTHNYAGLSWGNVASKSNVSSVSNPKEAALQGLAKMKRLADRGYV
QGVLPPHERPHIPTLRALGFEGPDARVLEQAAKSSPSILAAVSSASPMWTANAATVSPSA
DTSDHRVHFTPANLSAKFHRSIEHAVTGRALKSIFADESYFAHHPALPSVSHFGDEGAAN
HTRLCAGYGEPGVELFVYGQMAFNEQAPAPKKYPARQTLEASQAVARLHGLRDQNAVFAQ
QNPDAIDGGVFHNDVIAVGNGNTLFYHEMAFLNEAQVLADIRERLTGAELEAVRVSSADV
PLEDAVASYLFNSQLLNTPDGMLLAVPGECREVASVSRYLDGLVKSGGPITAVEVFDVKQ
SMRNGGGPACLRLRVVLNDDELKAINRGVLLTDELYERLTTWVEAHYRDELSQNELGDPM
LLEEVRKALDELTGIMGLGSIYDFQL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory