SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3314 FitnessBrowser__Marino:GFF3314 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6agmA Molecular basis for feedback inhibition of tyrosine-regulated 3-deoxy- d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from escherichia coli (see paper)
50% identity, 94% coverage: 22:350/350 of query aligns to 10:322/334 of 6agmA

query
sites
6agmA
E
 
D
E
 
E
V
 
Q
V
 
V
L
 
L
P
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
E
E
 
Q
L
 
L
K
 
K
L
 
A
Q
 
A
M
 
F
P
 
P
A
 
L
S
 
S
D
 
L
D
 
Q
I
 
Q
V
 
E
R
 
A
Q
 
Q
V
 
I
D
 
A
E
 
D
H
 
S
R
 
R
Q
 
K
A
 
S
I
 
I
R
 
S
R
 
D
I
 
I
L
 
I
Q
 
A
G
 
G
S
 
R
D
 
D
T
 
P
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
C
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
E
A
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
R
K
 
R
L
 
F
K
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
A
E
 
E
V
 
V
S
 
S
D
 
D
R
 
S
F
 
L
L
 
Y
I
 
L
V
 
V
M
 
M
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
M
T
 
D
G
 
G
A
 
S
G
 
F
D
 
D
L
 
V
H
 
E
E
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
Q
R
 
I
S
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
E
L
 
L
A
 
V
A
 
N
M
 
M
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
T
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
D
P
|
P
F
 
N
A
 
S
M
 
P
D
x
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
L
V
 
F
S
 
S
W
 
W
T
 
S
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
T
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
M
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
x
S
M
 
M
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
 
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
S
I
 
L
A
 
A
V
 
T
A
 
A
T
 
I
N
 
N
A
 
A
M
 
M
K
 
R
S
 
A
A
 
A
S
 
A
H
 
Q
P
 
P
H
 
H
H
 
R
H
x
F
L
 
V
G
 
G
V
x
I
S
 
N
A
 
Q
T
 
A
G
 
G
A
 
Q
P
 
V
V
 
A
M
 
L
I
x
L
T
 
Q
T
 
T
R
 
Q
G
 
G
N
 
N
P
 
P
D
 
D
T
 
G
H
 
H
L
 
V
V
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
A
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
S
A
 
P
A
 
A
S
 
D
I
 
V
E
 
A
Q
 
Q
A
 
C
V
 
E
G
 
K
A
 
E
L
 
M
A
 
E
E
 
Q
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
R
T
 
P
A
 
S
V
 
L
M
 
M
V
 
V
D
 
D
C
 
C
S
 
S
H
 
H
D
 
G
N
 
N
A
 
S
C
 
N
K
 
K
Q
 
D
S
 
Y
E
 
R
R
 
R
Q
 
Q
L
 
P
D
 
A
I
 
V
A
 
A
Q
 
E
D
 
S
V
 
V
M
 
V
A
 
A
Q
 
Q
R
 
I
R
 
K
A
 
D
G
 
G
N
 
N
H
 
R
H
 
S
I
 
I
R
 
I
G
 
G
L
 
L
M
 
M
L
 
I
E
 
E
S
 
S
F
 
N
L
 
I
E
 
H
P
 
E
G
 
G
R
 
-
Q
 
-
D
 
-
D
 
-
G
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
-
Y
 
-
G
 
-
C
 
-
S
 
-
I
 
-
T
 
-
D
 
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
S
W
 
W
A
 
E
Q
 
M
T
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
E
L
 
I

4hsoA Crystal structure of s213g variant dah7ps from neisseria meningitidis (see paper)
50% identity, 92% coverage: 25:347/350 of query aligns to 13:331/345 of 4hsoA

query
sites
4hsoA
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
P
P
 
I
A
 
A
E
 
H
L
 
L
K
 
-
L
 
Y
Q
 
E
M
 
L
P
 
P
A
 
I
S
 
S
D
 
K
D
 
E
I
 
A
V
 
S
R
 
G
Q
 
L
V
 
V
D
 
H
E
 
R
H
 
T
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
I
 
I
R
 
S
R
 
D
I
 
L
L
 
V
Q
 
H
G
 
G
S
 
R
D
 
D
T
 
K
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
R
D
 
K
E
 
Q
V
 
Y
S
 
E
D
 
N
R
 
E
F
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
|
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
L
T
 
D
G
 
G
A
 
T
G
 
F
D
 
D
L
 
I
H
 
N
E
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
S
 
A
R
 
R
R
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
S
L
 
L
A
 
N
A
 
N
M
 
M
G
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
A
A
 
S
T
 
T
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
x
Q
Y
 
Y
L
 
Y
G
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
I
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
x
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
|
L
P
x
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
N
I
 
L
A
 
K
V
 
I
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
H
 
H
P
 
S
H
 
H
H
 
H
H
 
F
L
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
A
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
 
V
T
 
H
T
 
T
R
 
G
G
 
G
N
 
N
P
 
P
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
V
V
 
I
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
A
 
E
S
 
H
I
 
V
E
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
E
A
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
T
T
 
D
A
 
K
V
 
L
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
C
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
R
K
 
K
Q
 
D
S
 
Y
E
 
T
R
 
R
Q
 
Q
L
 
M
D
 
E
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
M
 
A
A
 
A
Q
 
Q
R
 
L
R
 
E
A
 
Q
G
 
D
N
 
G
H
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
M
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
|
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
D
 
K
G
 
P
E
 
E
D
 
-
L
 
-
R
 
V
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
|
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
G
Q
 
A
T
 
T
E
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
L

4umaA Structural analysis of substrate-mimicking inhibitors in complex with neisseria meningitidis 3 deoxy d arabino heptulosonate 7 phosphate synthase the importance of accommodating the active site water (see paper)
50% identity, 92% coverage: 25:347/350 of query aligns to 2:320/333 of 4umaA

query
sites
4umaA
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
P
P
 
I
A
 
A
E
 
H
L
 
L
K
 
-
L
 
Y
Q
 
E
M
 
L
P
 
P
A
 
I
S
 
S
D
 
K
D
 
E
I
 
A
V
 
S
R
 
G
Q
 
L
V
 
V
D
 
H
E
 
R
H
 
T
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
I
 
I
R
 
S
R
 
D
I
 
L
L
 
V
Q
 
H
G
 
G
S
 
R
D
 
D
T
 
K
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
R
D
 
K
E
 
Q
V
 
Y
S
 
E
D
 
N
R
 
E
F
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
|
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
|
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
L
T
 
D
G
 
G
A
 
T
G
 
F
D
 
D
L
 
I
H
 
N
E
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
S
 
A
R
 
R
R
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
S
L
 
L
A
 
N
A
 
N
M
 
M
G
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
A
A
 
S
T
 
T
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
 
Q
Y
 
Y
L
 
Y
G
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
I
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
|
G
A
|
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
N
I
 
L
A
 
K
V
 
I
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
H
 
H
P
 
S
H
 
H
H
 
H
H
 
F
L
 
L
G
 
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
A
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
 
V
T
 
H
T
 
T
R
 
G
G
 
G
N
 
N
P
 
P
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
V
V
 
I
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
A
 
E
S
 
H
I
 
V
E
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
E
A
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
T
T
 
D
A
 
K
V
 
L
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
C
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
R
K
 
K
Q
 
D
S
 
Y
E
 
T
R
 
R
Q
 
Q
L
 
M
D
 
E
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
M
 
A
A
 
A
Q
 
Q
R
 
L
R
 
E
A
 
Q
G
 
D
N
 
G
H
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
M
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
|
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
D
 
K
G
 
P
E
 
E
D
 
-
L
 
-
R
 
V
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
|
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
G
Q
 
A
T
 
T
E
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
L

4umcA Structural analysis of substrate-mimicking inhibitors in complex with neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase - the importance of accommodating the active site water (see paper)
50% identity, 92% coverage: 25:347/350 of query aligns to 3:321/334 of 4umcA

query
sites
4umcA
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
P
P
 
I
A
 
A
E
 
H
L
 
L
K
 
-
L
 
Y
Q
 
E
M
 
L
P
 
P
A
 
I
S
 
S
D
 
K
D
 
E
I
 
A
V
 
S
R
 
G
Q
 
L
V
 
V
D
 
H
E
 
R
H
 
T
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
I
 
I
R
 
S
R
 
D
I
 
L
L
 
V
Q
 
H
G
 
G
S
 
R
D
 
D
T
 
K
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
R
D
 
K
E
 
Q
V
 
Y
S
 
E
D
 
N
R
 
E
F
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
|
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
|
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
L
T
 
D
G
 
G
A
 
T
G
 
F
D
 
D
L
 
I
H
 
N
E
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
S
 
A
R
 
R
R
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
S
L
 
L
A
 
N
A
 
N
M
 
M
G
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
A
A
 
S
T
 
T
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
 
Q
Y
 
Y
L
 
Y
G
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
I
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
|
G
A
 
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
N
I
 
L
A
 
K
V
 
I
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
H
 
H
P
 
S
H
 
H
H
 
H
H
 
F
L
 
L
G
 
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
A
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
 
V
T
 
H
T
 
T
R
 
G
G
 
G
N
 
N
P
 
P
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
V
V
 
I
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
A
 
E
S
 
H
I
 
V
E
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
E
A
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
T
T
 
D
A
 
K
V
 
L
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
C
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
R
K
 
K
Q
 
D
S
 
Y
E
 
T
R
 
R
Q
 
Q
L
 
M
D
 
E
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
M
 
A
A
 
A
Q
 
Q
R
 
L
R
 
E
A
 
Q
G
 
D
N
 
G
H
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
M
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
|
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
D
 
K
G
 
P
E
 
E
D
 
-
L
 
-
R
 
V
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
|
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
G
Q
 
A
T
 
T
E
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
L

5dcdA Neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated (tyrosine)
50% identity, 92% coverage: 25:347/350 of query aligns to 15:333/346 of 5dcdA

query
sites
5dcdA
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
P
P
 
I
A
 
A
E
 
H
L
 
L
K
 
-
L
 
Y
Q
 
E
M
 
L
P
 
P
A
 
I
S
 
S
D
 
K
D
 
E
I
 
A
V
 
S
R
 
G
Q
 
L
V
 
V
D
 
H
E
 
R
H
 
T
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
I
 
I
R
 
S
R
 
D
I
 
L
L
 
V
Q
 
H
G
 
G
S
 
R
D
 
D
T
 
K
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
R
D
 
K
E
 
Q
V
 
Y
S
 
E
D
 
N
R
 
E
F
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
L
T
 
D
G
 
G
A
 
T
G
 
F
D
 
D
L
 
I
H
 
N
E
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
S
 
A
R
 
R
R
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
S
L
 
L
A
 
N
A
 
N
M
 
M
G
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
A
A
 
S
T
 
T
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
x
Q
Y
 
Y
L
 
Y
G
x
A
D
 
D
L
 
L
V
 
I
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
 
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
|
L
P
x
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
N
I
 
L
A
 
K
V
 
I
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
H
 
H
P
 
S
H
 
H
H
 
H
H
 
F
L
 
L
G
x
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
A
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
x
V
T
 
H
T
 
T
R
 
G
G
 
G
N
 
N
P
 
P
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
V
V
 
I
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
A
 
E
S
 
H
I
 
V
E
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
E
A
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
T
T
 
D
A
 
K
V
 
L
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
C
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
R
K
 
K
Q
 
D
S
 
Y
E
 
T
R
 
R
Q
 
Q
L
 
M
D
 
E
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
M
 
A
A
 
A
Q
 
Q
R
 
L
R
 
E
A
 
Q
G
 
D
N
 
G
H
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
M
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
|
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
D
 
K
G
 
P
E
 
E
D
 
-
L
 
-
R
 
V
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
|
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
G
Q
 
A
T
 
T
E
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
L

4umbA Structural analysis of substrate-mimicking inhibitors in complex with neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase - the importance of accommodating the active site water (see paper)
50% identity, 92% coverage: 25:347/350 of query aligns to 3:321/335 of 4umbA

query
sites
4umbA
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
P
P
 
I
A
 
A
E
 
H
L
 
L
K
 
-
L
 
Y
Q
 
E
M
 
L
P
 
P
A
 
I
S
 
S
D
 
K
D
 
E
I
 
A
V
 
S
R
 
G
Q
 
L
V
 
V
D
 
H
E
 
R
H
 
T
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
I
 
I
R
 
S
R
 
D
I
 
L
L
 
V
Q
 
H
G
 
G
S
 
R
D
 
D
T
 
K
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
R
D
 
K
E
 
Q
V
 
Y
S
 
E
D
 
N
R
 
E
F
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
|
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
|
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
L
T
 
D
G
 
G
A
 
T
G
 
F
D
 
D
L
 
I
H
 
N
E
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
S
 
A
R
 
R
R
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
S
L
 
L
A
 
N
A
 
N
M
 
M
G
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
A
A
 
S
T
 
T
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
 
Q
Y
 
Y
L
 
Y
G
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
I
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
|
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
N
I
 
L
A
 
K
V
 
I
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
H
 
H
P
 
S
H
 
H
H
 
H
H
 
F
L
 
L
G
 
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
A
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
 
V
T
 
H
T
 
T
R
 
G
G
 
G
N
 
N
P
 
P
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
V
V
 
I
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
A
 
E
S
 
H
I
 
V
E
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
E
A
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
T
T
 
D
A
 
K
V
 
L
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
C
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
R
K
 
K
Q
 
D
S
 
Y
E
 
T
R
 
R
Q
 
Q
L
 
M
D
 
E
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
M
 
A
A
 
A
Q
 
Q
R
 
L
R
 
E
A
 
Q
G
 
D
N
 
G
H
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
M
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
|
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
D
 
K
G
 
P
E
 
E
D
 
-
L
 
-
R
 
V
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
|
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
G
Q
 
A
T
 
T
E
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
L

5dcbC Neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with pep
50% identity, 92% coverage: 25:347/350 of query aligns to 17:335/348 of 5dcbC

query
sites
5dcbC
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
P
P
 
I
A
 
A
E
 
H
L
 
L
K
 
-
L
 
Y
Q
 
E
M
 
L
P
 
P
A
 
I
S
 
S
D
 
K
D
 
E
I
 
A
V
 
S
R
 
G
Q
 
L
V
 
V
D
 
H
E
 
R
H
 
T
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
I
 
I
R
 
S
R
 
D
I
 
L
L
 
V
Q
 
H
G
 
G
S
 
R
D
 
D
T
 
K
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
R
D
 
K
E
 
Q
V
 
Y
S
 
E
D
 
N
R
 
E
F
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
|
R
A
 
V
Y
|
Y
L
 
F
E
 
E
K
|
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
L
T
 
D
G
 
G
A
 
T
G
 
F
D
 
D
L
 
I
H
 
N
E
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
S
 
A
R
 
R
R
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
S
L
 
L
A
 
N
A
 
N
M
 
M
G
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
A
A
 
S
T
 
T
E
|
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
x
Q
Y
 
Y
L
 
Y
G
x
A
D
 
D
L
 
L
V
 
I
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
|
L
P
x
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
N
I
 
L
A
 
K
V
 
I
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
H
 
H
P
 
S
H
 
H
H
 
H
H
x
F
L
 
L
G
x
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
A
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
x
V
T
 
H
T
 
T
R
 
G
G
 
G
N
 
N
P
 
P
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
V
V
 
I
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
A
 
E
S
 
H
I
 
V
E
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
E
A
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
T
T
 
D
A
 
K
V
 
L
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
C
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
R
K
 
K
Q
 
D
S
 
Y
E
 
T
R
 
R
Q
 
Q
L
 
M
D
 
E
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
M
 
A
A
 
A
Q
 
Q
R
 
L
R
 
E
A
 
Q
G
 
D
N
 
G
H
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
M
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
|
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
D
 
K
G
 
P
E
 
E
D
 
-
L
 
-
R
 
V
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
|
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
G
Q
 
A
T
 
T
E
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
L

5dceA Neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated (tryptophan) (see paper)
50% identity, 92% coverage: 25:347/350 of query aligns to 13:331/344 of 5dceA

query
sites
5dceA
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
P
P
 
I
A
 
A
E
 
H
L
 
L
K
 
-
L
 
Y
Q
 
E
M
 
L
P
 
P
A
 
I
S
 
S
D
 
K
D
 
E
I
 
A
V
 
S
R
 
G
Q
 
L
V
 
V
D
 
H
E
 
R
H
 
T
R
 
R
Q
 
Q
A
 
E
I
 
I
R
 
S
R
 
D
I
 
L
L
 
V
Q
 
H
G
 
G
S
 
R
D
 
D
T
 
K
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
I
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
E
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
R
D
 
K
E
 
Q
V
 
Y
S
 
E
D
 
N
R
 
E
F
 
L
L
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
L
T
 
D
G
 
G
A
 
T
G
 
F
D
 
D
L
 
I
H
 
N
E
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
S
 
A
R
 
R
R
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
S
L
 
L
A
 
N
A
 
N
M
 
M
G
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
A
A
 
S
T
 
T
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
x
Q
Y
 
Y
L
 
Y
G
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
I
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
|
L
P
x
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
 
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
N
I
 
L
A
 
K
V
 
I
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
H
 
H
P
 
S
H
 
H
H
 
H
H
 
F
L
 
L
G
x
S
V
|
V
S
 
T
A
 
K
T
 
A
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
x
V
T
 
H
T
 
T
R
 
G
G
 
G
N
 
N
P
 
P
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
V
V
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
A
 
E
S
 
H
I
 
V
E
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
G
 
E
A
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
V
S
 
T
T
 
D
A
 
K
V
 
L
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
C
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
R
K
 
K
Q
 
D
S
 
Y
E
 
T
R
 
R
Q
 
Q
L
 
M
D
 
E
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
D
 
D
V
 
I
M
 
A
A
 
A
Q
 
Q
R
 
L
R
 
E
A
 
Q
G
 
D
N
 
G
H
 
G
H
 
N
I
 
I
R
 
M
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
|
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
D
 
K
G
 
P
E
 
E
D
 
-
L
 
-
R
 
V
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
|
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
G
Q
 
A
T
 
T
E
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
L

8e0sD Dahp (3-deoxy-d-arabinoheptulosonate-7-phosphate) synthase complexed with dahp oxime in unbound:(bound)2:unbound conformations (see paper)
50% identity, 93% coverage: 25:350/350 of query aligns to 10:335/343 of 8e0sD

query
sites
8e0sD
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
-
P
 
P
A
 
V
E
 
A
L
 
L
K
 
L
L
 
E
Q
 
K
M
 
F
P
 
P
A
 
A
S
 
T
D
 
E
D
 
N
I
 
A
V
 
A
R
 
N
Q
 
T
V
 
V
D
 
A
E
 
H
H
 
A
R
 
R
Q
 
K
A
 
A
I
 
I
R
 
H
R
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
K
G
 
G
S
 
N
D
 
D
T
 
D
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
K
E
|
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
T
K
x
R
L
 
L
K
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
R
D
 
E
E
 
E
V
 
L
S
 
K
D
 
D
R
 
E
F
 
L
L
 
E
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
M
T
 
D
G
 
N
A
 
S
G
 
F
D
 
Q
L
 
I
H
 
N
E
 
D
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
I
S
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
D
L
 
I
A
 
N
A
 
D
M
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
A
A
 
A
T
 
G
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
M
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
 
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
T
I
 
I
A
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
N
S
 
A
A
 
A
S
 
G
H
 
A
P
 
P
H
 
H
H
 
C
H
 
F
L
 
L
G
 
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
W
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
 
V
T
 
N
T
 
T
R
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
G
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
I
V
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
S
A
 
A
A
 
K
S
 
H
I
 
V
E
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
K
G
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
P
T
 
A
A
 
Q
V
 
V
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
F
S
 
S
H
 
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
S
K
 
K
Q
 
Q
S
 
F
E
 
K
R
 
K
Q
 
Q
L
 
M
D
 
D
I
 
V
A
 
C
Q
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
C
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
I
R
 
A
A
 
G
G
 
G
N
 
E
H
 
K
H
 
A
I
 
I
R
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
 
E
S
 
S
F
 
H
L
|
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
N
Q
 
Q
-
 
S
-
 
L
D
 
E
D
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
P
L
 
L
R
 
A
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
 
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
E
Q
 
D
T
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
Q
L
 
L

7rudB Dahp synthase complex with trifluoropyruvate oxime (see paper)
50% identity, 93% coverage: 25:350/350 of query aligns to 10:335/343 of 7rudB

query
sites
7rudB
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
-
P
 
P
A
 
V
E
 
A
L
 
L
K
 
L
L
 
E
Q
 
K
M
 
F
P
 
P
A
 
A
S
 
T
D
 
E
D
 
N
I
 
A
V
 
A
R
 
N
Q
 
T
V
 
V
D
 
A
E
 
H
H
 
A
R
 
R
Q
 
K
A
 
A
I
 
I
R
 
H
R
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
K
G
 
G
S
 
N
D
 
D
T
 
D
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
K
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
T
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
R
D
 
E
E
 
E
V
 
L
S
 
K
D
 
D
R
 
E
F
 
L
L
 
E
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
M
T
 
D
G
 
N
A
 
S
G
 
F
D
 
Q
L
 
I
H
 
N
E
 
D
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
I
S
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
D
L
 
I
A
 
N
A
 
D
M
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
A
A
 
A
T
 
G
E
|
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
M
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
|
G
A
|
A
R
 
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
T
I
 
I
A
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
N
S
 
A
A
 
A
S
 
G
H
 
A
P
 
P
H
 
H
H
 
C
H
 
F
L
 
L
G
 
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
W
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
 
V
T
 
N
T
 
T
R
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
G
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
I
V
 
I
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
S
A
 
A
A
 
K
S
 
H
I
 
V
E
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
K
G
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
P
T
 
A
A
 
Q
V
 
V
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
F
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
S
K
 
K
Q
 
Q
S
 
F
E
 
K
R
 
K
Q
 
Q
L
 
M
D
 
D
I
 
V
A
 
C
Q
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
C
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
I
R
 
A
A
 
G
G
 
G
N
 
E
H
 
K
H
 
A
I
 
I
R
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
 
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
N
Q
 
Q
-
 
S
-
 
L
D
 
E
D
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
P
L
 
L
R
 
A
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
 
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
E
Q
 
D
T
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
Q
L
 
L

1kflA Crystal structure of phenylalanine-regulated 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate-7-phosphate synthase (dahp synthase) from e.Coli complexed with mn2+, pep, and phe (see paper)
50% identity, 93% coverage: 25:350/350 of query aligns to 16:341/350 of 1kflA

query
sites
1kflA
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
-
P
 
P
A
 
V
E
 
A
L
 
L
K
 
L
L
 
E
Q
 
K
M
 
F
P
 
P
A
 
A
S
 
T
D
 
E
D
 
N
I
 
A
V
 
A
R
 
N
Q
 
T
V
 
V
D
 
A
E
 
H
H
 
A
R
 
R
Q
 
K
A
 
A
I
 
I
R
 
H
R
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
K
G
 
G
S
 
N
D
 
D
T
 
D
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
K
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
T
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
R
D
 
E
E
 
E
V
 
L
S
 
K
D
 
D
R
 
E
F
 
L
L
 
E
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
|
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
|
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
M
T
 
D
G
 
N
A
 
S
G
 
F
D
 
Q
L
 
I
H
 
N
E
 
D
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
I
S
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
D
L
 
I
A
 
N
A
 
D
M
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
A
A
 
A
T
 
G
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
x
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
x
A
D
 
D
L
 
L
V
 
M
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
|
L
P
x
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
T
I
 
I
A
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
N
S
 
A
A
 
A
S
 
G
H
 
A
P
 
P
H
 
H
H
 
C
H
x
F
L
 
L
G
x
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
W
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
x
V
T
 
N
T
 
T
R
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
G
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
I
V
 
I
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
S
A
 
A
A
 
K
S
 
H
I
 
V
E
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
K
G
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
P
T
 
A
A
 
Q
V
 
V
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
F
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
S
K
 
K
Q
 
Q
S
 
F
E
 
K
R
 
K
Q
 
Q
L
 
M
D
 
D
I
 
V
A
 
C
Q
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
C
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
I
R
 
A
A
 
G
G
 
G
N
 
E
H
 
K
H
 
A
I
 
I
R
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
|
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
N
Q
 
Q
-
 
S
-
 
L
D
 
E
D
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
P
L
 
L
R
 
A
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
|
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
E
Q
 
D
T
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
Q
L
 
L

P0AB91 Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, Phe-sensitive; 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase; DAHP synthase; Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase; EC 2.5.1.54 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
50% identity, 93% coverage: 25:350/350 of query aligns to 16:341/350 of P0AB91

query
sites
P0AB91
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
-
P
 
P
A
 
V
E
 
A
L
 
L
K
 
L
L
 
E
Q
 
K
M
 
F
P
 
P
A
 
A
S
 
T
D
 
E
D
 
N
I
 
A
V
 
A
R
 
N
Q
 
T
V
 
V
D
 
A
E
 
H
H
 
A
R
 
R
Q
 
K
A
 
A
I
 
I
R
 
H
R
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
K
G
 
G
S
 
N
D
 
D
T
 
D
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
K
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
T
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
R
D
 
E
E
 
E
V
 
L
S
 
K
D
 
D
R
 
E
F
 
L
L
 
E
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
F
E
 
E
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
M
T
 
D
G
 
N
A
 
S
G
 
F
D
 
Q
L
 
I
H
 
N
E
 
D
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
I
S
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
D
L
 
I
A
 
N
A
 
D
M
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
A
A
 
A
T
 
G
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
M
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
 
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
T
I
 
I
A
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
N
S
 
A
A
 
A
S
 
G
H
 
A
P
 
P
H
 
H
H
 
C
H
 
F
L
 
L
G
 
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
W
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
 
V
T
 
N
T
 
T
R
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
G
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
I
V
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
S
A
 
A
A
x
K
S
 
H
I
 
V
E
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
K
G
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
P
T
 
A
A
 
Q
V
 
V
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
F
S
 
S
H
 
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
S
K
 
K
Q
 
Q
S
 
F
E
 
K
R
 
K
Q
 
Q
L
 
M
D
 
D
I
 
V
A
 
C
Q
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
C
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
I
R
 
A
A
 
G
G
 
G
N
 
E
H
 
K
H
 
A
I
 
I
R
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
 
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
N
Q
 
Q
-
 
S
-
 
L
D
 
E
D
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
P
L
 
L
R
 
A
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
 
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
E
Q
 
D
T
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
Q
L
 
L

5cksB Dahp (3-deoxy-d-arabinoheptulosonate-7-phosphate) synthase in complex with dahp oxime. (see paper)
50% identity, 93% coverage: 25:350/350 of query aligns to 11:336/345 of 5cksB

query
sites
5cksB
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
-
P
 
P
A
 
V
E
 
A
L
 
L
K
 
L
L
 
E
Q
 
K
M
 
F
P
 
P
A
 
A
S
 
T
D
 
E
D
 
N
I
 
A
V
 
A
R
 
N
Q
 
T
V
 
V
D
 
A
E
 
H
H
 
A
R
 
R
Q
 
K
A
 
A
I
 
I
R
 
H
R
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
K
G
 
G
S
 
N
D
 
D
T
 
D
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
 
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
x
K
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
T
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
R
D
 
E
E
 
E
V
 
L
S
 
K
D
 
D
R
 
E
F
 
L
L
 
E
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
|
R
A
 
V
Y
|
Y
L
 
F
E
 
E
K
|
K
P
|
P
R
|
R
T
|
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
M
T
 
D
G
 
N
A
 
S
G
 
F
D
 
Q
L
 
I
H
 
N
E
 
D
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
I
S
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
x
D
L
 
I
A
 
N
A
 
D
M
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
A
A
 
A
T
 
G
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
M
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
 
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
|
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
|
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
T
I
 
I
A
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
N
S
 
A
A
 
A
S
 
G
H
 
A
P
 
P
H
 
H
H
 
C
H
x
F
L
|
L
G
 
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
W
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
 
V
T
 
N
T
 
T
R
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
G
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
I
V
 
I
L
 
L
R
 
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
S
A
 
A
A
 
K
S
 
H
I
 
V
E
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
K
G
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
P
T
 
A
A
 
Q
V
 
V
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
F
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
S
K
 
K
Q
 
Q
S
 
F
E
 
K
R
 
K
Q
 
Q
L
 
M
D
 
D
I
 
V
A
 
C
Q
 
A
D
 
D
V
 
V
M
 
C
A
 
Q
Q
 
Q
R
 
I
R
 
A
A
 
G
G
 
G
N
 
E
H
 
K
H
 
A
I
 
I
R
 
I
G
 
G
L
 
V
M
 
M
L
 
V
E
 
E
S
 
S
F
 
H
L
 
L
E
 
V
P
 
E
G
 
G
R
 
N
Q
 
Q
-
 
S
-
 
L
D
 
E
D
 
S
G
 
G
E
 
E
D
 
P
L
 
L
R
 
A
Y
 
Y
G
 
G
C
 
K
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
|
D
P
 
A
C
 
C
L
 
I
G
 
G
W
 
W
A
 
E
Q
 
D
T
 
T
E
 
D
A
 
A
L
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
Q
L
 
L

1qr7A Crystal structure of phenylalanine-regulated 3-deoxy-d-arabino- heptulosonate-7-phosphate synthase from escherichia coli complexed with pb2+ and pep (see paper)
49% identity, 93% coverage: 25:350/350 of query aligns to 9:329/338 of 1qr7A

query
sites
1qr7A
V
 
L
L
 
L
P
 
P
T
 
-
P
 
P
A
 
V
E
 
A
L
 
L
K
 
L
L
 
E
Q
 
K
M
 
F
P
 
P
A
 
A
S
 
T
D
 
E
D
 
N
I
 
A
V
 
A
R
 
N
Q
 
T
V
 
V
D
 
A
E
 
H
H
 
A
R
 
R
Q
 
K
A
 
A
I
 
I
R
 
H
R
 
K
I
 
I
L
 
L
Q
 
K
G
 
G
S
 
N
D
 
D
T
 
D
R
 
R
T
 
L
L
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
I
G
 
G
P
 
P
C
|
C
S
 
S
I
 
I
H
 
H
D
 
D
E
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
K
E
 
E
Y
 
Y
G
 
A
E
 
T
K
 
R
L
 
L
K
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
R
D
 
E
E
 
E
V
 
L
S
 
K
D
 
D
R
 
E
F
 
L
L
 
E
I
 
I
V
 
V
M
 
M
R
|
R
A
 
V
Y
|
Y
L
 
F
E
 
E
K
 
K
P
 
P
R
 
R
T
 
T
T
 
T
V
 
V
G
 
G
W
 
W
K
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
N
D
 
D
P
 
P
E
 
H
R
 
M
T
 
D
G
 
N
A
 
S
G
 
F
D
 
Q
L
 
I
H
 
N
E
 
D
G
 
G
L
 
L
R
 
R
R
 
I
S
 
A
R
 
R
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
N
 
D
L
 
I
A
 
N
A
 
D
M
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
L
 
A
A
 
A
T
 
G
E
 
E
A
 
F
L
 
L
S
 
D
P
 
M
F
 
I
A
 
T
M
 
P
D
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
G
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
M
S
 
S
W
 
W
T
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
A
 
A
R
|
R
T
 
T
T
 
T
E
 
E
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
R
 
R
E
 
E
I
 
L
V
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
S
M
 
C
P
 
P
T
 
V
G
 
G
F
 
F
K
|
K
N
 
N
G
 
G
T
 
T
D
 
D
G
 
G
G
 
T
I
 
I
A
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
I
N
 
D
A
 
A
M
 
I
K
 
N
S
 
A
A
 
A
S
 
G
H
 
A
P
 
P
H
 
H
H
 
C
H
 
F
L
 
L
G
 
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
T
 
W
G
 
G
A
 
H
P
 
S
V
 
A
M
 
I
I
 
V
T
 
N
T
 
T
R
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
G
D
 
D
T
 
C
H
 
H
L
 
I
V
 
I
L
 
L
R
|
R
G
 
G
G
 
G
R
 
K
G
 
E
I
 
-
T
 
P
N
 
N
Y
 
Y
D
 
S
A
 
A
A
 
K
S
 
H
I
 
V
E
 
A
Q
 
E
A
 
V
V
 
K
G
 
E
A
 
G
L
 
L
A
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
P
T
 
A
A
 
Q
V
 
V
M
 
M
V
 
I
D
 
D
C
 
F
S
 
S
H
|
H
D
 
A
N
 
N
A
 
S
C
 
S
K
 
K
Q
 
Q
S
 
F
E
 
K
R
 
K
Q
 
Q
L
 
M
D
 
D