SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3436 FitnessBrowser__WCS417:GFF3436 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0AEU0 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
45% identity, 90% coverage: 25:256/258 of query aligns to 26:258/260 of P0AEU0

query
sites
P0AEU0
K
 
Q
E
 
N
I
 
I
R
 
R
F
 
I
G
 
G
V
 
T
F
 
D
P
 
P
E
 
T
Y
 
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
S
 
S
V
 
K
A
 
N
A
 
S
D
 
Q
G
 
G
S
 
E
L
 
L
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
A
N
 
K
A
 
E
I
 
L
C
|
C
A
 
K
K
 
R
L
 
I
E
 
N
V
 
T
K
 
Q
C
|
C
T
 
T
W
 
F
V
 
V
H
 
E
N
 
N
E
 
P
F
 
L
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
|
S
S
|
S
M
 
L
A
x
S
V
 
I
T
 
T
P
 
E
A
 
K
R
|
R
E
 
Q
K
 
Q
I
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
T
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
Y
L
 
A
S
 
A
P
 
D
T
 
S
S
 
R
V
 
L
I
 
V
T
 
V
R
 
A
K
 
K
S
 
N
A
 
S
D
 
D
F
 
I
G
 
Q
D
 
P
T
 
T
P
 
V
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
L
x
T
Q
 
Q
E
 
E
A
 
T
Y
 
F
A
 
G
R
 
N
A
 
E
H
 
H
L
 
W
A
 
A
K
 
P
L
 
K
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
I
 
I
K
 
V
A
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
G
Q
 
Q
D
 
D
Q
 
N
N
 
I
Y
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
A
 
A
T
 
A
L
 
F
T
 
Q
D
|
D
K
 
E
L
 
V
E
 
A
A
 
A
Q
 
S
L
 
E
N
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
P
 
P
E
 
V
G
 
G
S
 
K
D
 
D
F
 
Y
K
 
K
-
 
F
T
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
S
F
 
V
K
 
K
D
 
D
P
 
E
T
 
K
L
 
L
-
 
F
P
 
G
L
 
V
D
 
G
I
 
T
A
 
G
M
 
M
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
E
D
 
D
Q
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
E
L
 
A
I
 
L
N
 
N
K
 
K
G
 
A
I
 
F
A
 
A
A
 
E
V
 
M
Q
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
E
Q
 
K
I
 
L
Q
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
-
D
 
D
Q
 
F
D
 
D
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

1hslA Refined 1.89 angstroms structure of the histidine-binding protein complexed with histidine and its relationship with many other active transport(slash)chemosensory receptors (see paper)
46% identity, 90% coverage: 25:256/258 of query aligns to 4:236/238 of 1hslA

query
sites
1hslA
K
 
Q
E
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
I
G
 
G
V
 
T
F
 
D
P
 
P
E
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
S
 
S
V
 
K
A
 
N
A
 
A
D
 
Q
G
 
G
S
 
E
L
 
L
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
A
N
 
K
A
 
E
I
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
I
E
 
N
V
 
T
K
 
Q
C
 
C
T
 
T
W
 
F
V
 
V
H
 
E
N
 
N
E
 
P
F
x
L
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
|
S
S
|
S
M
x
L
A
x
S
V
 
I
T
 
T
P
 
E
A
 
K
R
|
R
E
 
Q
K
 
Q
I
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
T
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
Y
L
 
A
S
 
A
P
 
D
T
 
S
S
 
R
V
 
L
I
 
V
T
 
V
R
 
A
K
 
K
S
 
N
A
 
S
D
 
D
F
 
I
G
 
Q
D
 
P
T
 
T
P
 
V
E
 
A
S
 
S
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
x
T
L
x
T
Q
 
Q
E
 
E
A
 
T
Y
 
F
A
 
G
R
 
N
A
 
E
H
 
H
L
 
W
A
 
A
K
 
P
L
 
K
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
I
 
I
K
 
V
A
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
G
Q
 
Q
D
 
D
Q
 
N
N
 
I
Y
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
A
 
A
T
 
A
L
 
F
T
 
Q
D
|
D
K
 
E
L
 
V
E
 
A
A
 
A
Q
 
S
L
 
E
N
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
P
 
P
E
 
V
G
 
G
S
 
K
D
 
D
F
 
Y
K
 
K
-
 
F
T
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
F
 
V
K
 
K
D
 
D
P
 
E
T
 
K
L
 
L
-
 
F
P
 
G
L
 
V
D
 
G
I
 
T
A
 
G
M
 
M
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
E
D
 
D
Q
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
E
L
 
A
I
 
L
N
 
N
K
 
K
G
 
A
I
 
F
A
 
A
A
 
E
V
 
M
Q
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
E
Q
 
K
I
 
L
Q
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
-
D
 
D
Q
 
F
D
 
D
I
 
V
Y
 
Y

P02910 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
46% identity, 90% coverage: 25:256/258 of query aligns to 26:258/260 of P02910

query
sites
P02910
K
 
Q
E
 
K
I
 
I
R
 
R
F
 
I
G
 
G
V
 
T
F
 
D
P
 
P
E
 
T
Y
 
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
|
E
S
 
S
V
x
K
A
 
N
A
 
A
D
 
Q
G
 
G
S
x
E
L
 
L
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
A
N
 
K
A
 
E
I
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
I
E
 
N
V
 
T
K
 
Q
C
 
C
T
 
T
W
 
F
V
 
V
H
 
E
N
 
N
E
 
P
F
 
L
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
S
S
 
S
M
 
L
A
 
S
V
 
I
T
 
T
P
 
E
A
 
K
R
 
R
E
 
Q
K
 
Q
I
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
T
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
Y
L
 
A
S
 
A
P
 
D
T
 
S
S
 
R
V
 
L
I
 
V
T
 
V
R
 
A
K
 
K
S
 
N
A
 
S
D
 
D
F
 
I
G
 
Q
D
 
P
T
 
T
P
 
V
E
 
A
S
 
S
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
T
L
 
T
Q
 
Q
E
 
E
A
 
T
Y
 
F
A
 
G
R
 
N
A
 
E
H
 
H
L
 
W
A
 
A
K
 
P
L
 
K
G
 
G
A
 
I
Q
 
E
I
 
I
K
 
V
A
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
G
Q
 
Q
D
 
D
Q
 
N
N
 
I
Y
 
Y
A
 
S
D
|
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
|
R
L
 
I
D
|
D
A
 
A
T
 
A
L
 
F
T
 
Q
D
 
D
K
 
E
L
 
V
E
 
A
A
 
A
Q
 
S
L
 
E
N
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
P
 
P
E
 
V
G
 
G
S
 
K
D
 
D
F
 
Y
K
 
K
-
 
F
T
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
F
 
V
K
 
K
D
 
D
P
 
E
T
 
K
L
 
L
-
 
F
P
 
G
L
 
V
D
 
G
I
 
T
A
 
G
M
 
M
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
E
D
 
D
Q
 
N
A
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
E
L
 
A
I
 
L
N
 
N
K
 
K
G
 
A
I
 
F
A
 
A
A
 
E
V
 
M
Q
 
R
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
E
Q
 
K
I
 
L
Q
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
-
D
 
D
Q
 
F
D
 
D
I
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

P02911 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein; LAO-binding protein from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
44% identity, 97% coverage: 10:258/258 of query aligns to 9:260/260 of P02911

query
sites
P02911
A
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
I
P
 
G
L
 
L
C
 
G
A
 
A
T
 
T
A
 
A
-
 
A
-
 
S
H
 
Y
A
 
A
Q
 
A
E
 
L
W
 
P
K
 
Q
E
 
T
I
 
V
R
 
R
F
 
I
G
 
G
V
 
T
F
x
D
P
 
T
E
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
S
 
S
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
K
G
 
G
S
 
E
L
 
F
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
E
I
 
M
C
|
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
Q
V
 
V
K
 
K
C
|
C
T
 
T
W
 
W
V
 
V
H
 
A
N
 
S
E
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
I
S
|
S
S
|
S
M
 
L
A
x
S
V
 
I
T
 
T
P
 
D
A
 
K
R
|
R
E
 
Q
K
 
Q
I
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
Y
L
 
A
S
 
A
P
 
D
T
 
S
S
 
R
V
 
L
I
 
I
T
 
A
R
 
A
K
 
K
S
 
G
A
 
S
D
 
P
F
 
I
G
 
Q
D
 
P
T
 
T
P
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
|
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
S
L
x
T
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
H
 
N
L
 
W
A
 
R
K
 
T
L
 
K
G
 
G
A
 
V
Q
 
D
I
 
V
K
 
V
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
S
 
N
Q
 
Q
D
 
D
Q
 
L
N
 
I
Y
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
A
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
Q
D
|
D
K
 
E
L
 
V
E
 
A
A
 
A
Q
 
S
L
 
E
N
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
P
 
P
E
 
A
G
 
G
S
 
K
D
 
E
F
 
Y
K
 
A
-
 
F
T
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
S
F
 
V
K
 
K
D
 
D
P
 
K
T
 
K
L
 
Y
P
 
F
L
 
G
D
 
D
-
 
G
I
 
T
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
D
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
A
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
T
A
 
E
V
 
L
Q
 
R
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
D
Q
 
K
I
 
M
Q
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
-
D
 
D
Q
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
H
 
G
E
 
D

1lstA Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand (see paper)
44% identity, 90% coverage: 27:258/258 of query aligns to 6:238/238 of 1lstA

query
sites
1lstA
I
 
V
R
 
R
F
 
I
G
 
G
V
 
T
F
 
D
P
 
T
E
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
S
 
S
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
K
G
 
G
S
 
E
L
 
F
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
E
I
 
M
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
Q
V
 
V
K
 
K
C
 
C
T
 
T
W
 
W
V
 
V
H
 
A
N
 
S
E
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
I
S
 
S
S
|
S
M
 
L
A
x
S
V
 
I
T
 
T
P
 
D
A
 
K
R
|
R
E
 
Q
K
 
Q
I
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
Y
L
 
A
S
 
A
P
 
D
T
 
S
S
 
R
V
 
L
I
 
I
T
 
A
R
 
A
K
 
K
S
 
G
A
 
S
D
 
P
F
 
I
G
 
Q
D
 
P
T
 
T
P
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
|
L
Q
 
Q
G
 
G
S
|
S
L
x
T
Q
|
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
H
 
N
L
 
W
A
 
R
K
 
T
L
 
K
G
 
G
A
 
V
Q
 
D
I
 
V
K
 
V
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
S
 
N
Q
 
Q
D
 
D
Q
 
L
N
 
I
Y
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
A
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
Q
D
|
D
K
 
E
L
 
V
E
 
A
A
 
A
Q
 
S
L
 
E
N
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
P
 
P
E
 
A
G
 
G
S
 
K
D
 
E
F
 
Y
K
 
A
-
 
F
T
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
S
F
 
V
K
 
K
D
 
D
P
 
K
T
 
K
L
 
Y
P
 
F
L
 
G
D
 
D
-
 
G
I
 
T
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
D
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
A
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
T
A
 
E
V
 
L
Q
 
R
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
D
Q
 
K
I
 
M
Q
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
-
D
 
D
Q
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
H
 
G
E
 
D

1lahE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
44% identity, 90% coverage: 27:258/258 of query aligns to 6:238/238 of 1lahE

query
sites
1lahE
I
 
V
R
 
R
F
 
I
G
 
G
V
 
T
F
 
D
P
 
T
E
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
S
 
S
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
K
G
 
G
S
 
E
L
 
F
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
E
I
 
M
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
Q
V
 
V
K
 
K
C
 
C
T
 
T
W
 
W
V
 
V
H
 
A
N
 
S
E
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
I
S
 
S
S
|
S
M
 
L
A
x
S
V
 
I
T
 
T
P
 
D
A
 
K
R
|
R
E
 
Q
K
 
Q
I
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
Y
L
 
A
S
 
A
P
 
D
T
 
S
S
 
R
V
 
L
I
 
I
T
 
A
R
 
A
K
 
K
S
 
G
A
 
S
D
 
P
F
 
I
G
 
Q
D
 
P
T
 
T
P
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
|
S
L
 
T
Q
|
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
H
 
N
L
 
W
A
 
R
K
 
T
L
 
K
G
 
G
A
 
V
Q
 
D
I
 
V
K
 
V
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
S
 
N
Q
 
Q
D
 
D
Q
 
L
N
 
I
Y
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
A
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
Q
D
|
D
K
 
E
L
 
V
E
 
A
A
 
A
Q
 
S
L
 
E
N
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
P
 
P
E
 
A
G
 
G
S
 
K
D
 
E
F
 
Y
K
 
A
-
 
F
T
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
S
F
 
V
K
 
K
D
 
D
P
 
K
T
 
K
L
 
Y
P
 
F
L
 
G
D
 
D
-
 
G
I
 
T
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
D
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
A
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
T
A
 
E
V
 
L
Q
 
R
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
D
Q
 
K
I
 
M
Q
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
-
D
 
D
Q
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
H
 
G
E
 
D

1lagE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
44% identity, 90% coverage: 27:258/258 of query aligns to 6:238/238 of 1lagE

query
sites
1lagE
I
 
V
R
 
R
F
 
I
G
 
G
V
 
T
F
 
D
P
 
T
E
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
S
 
S
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
K
G
 
G
S
 
E
L
 
F
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
E
I
 
M
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
Q
V
 
V
K
 
K
C
 
C
T
 
T
W
 
W
V
 
V
H
 
A
N
 
S
E
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
I
S
|
S
S
|
S
M
x
L
A
x
S
V
 
I
T
 
T
P
 
D
A
 
K
R
|
R
E
 
Q
K
 
Q
I
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
Y
L
 
A
S
 
A
P
 
D
T
 
S
S
 
R
V
 
L
I
 
I
T
 
A
R
 
A
K
 
K
S
 
G
A
 
S
D
 
P
F
 
I
G
 
Q
D
 
P
T
 
T
P
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
|
L
Q
 
Q
G
 
G
S
|
S
L
 
T
Q
|
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
H
 
N
L
 
W
A
 
R
K
 
T
L
 
K
G
 
G
A
 
V
Q
 
D
I
 
V
K
 
V
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
S
 
N
Q
 
Q
D
 
D
Q
 
L
N
 
I
Y
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
A
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
Q
D
|
D
K
 
E
L
 
V
E
 
A
A
 
A
Q
 
S
L
 
E
N
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
P
 
P
E
 
A
G
 
G
S
 
K
D
 
E
F
 
Y
K
 
A
-
 
F
T
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
S
F
 
V
K
 
K
D
 
D
P
 
K
T
 
K
L
 
Y
P
 
F
L
 
G
D
 
D
-
 
G
I
 
T
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
D
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
A
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
T
A
 
E
V
 
L
Q
 
R
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
D
Q
 
K
I
 
M
Q
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
-
D
 
D
Q
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
H
 
G
E
 
D

1lafE Structural bases for multiple ligand specificity of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein (see paper)
44% identity, 90% coverage: 27:258/258 of query aligns to 6:238/238 of 1lafE

query
sites
1lafE
I
 
V
R
 
R
F
 
I
G
 
G
V
 
T
F
x
D
P
 
T
E
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
S
 
S
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
K
G
 
G
S
 
E
L
 
F
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
E
I
 
M
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
Q
V
 
V
K
 
K
C
 
C
T
 
T
W
 
W
V
 
V
H
 
A
N
 
S
E
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
I
S
|
S
S
|
S
M
 
L
A
x
S
V
 
I
T
 
T
P
 
D
A
 
K
R
|
R
E
 
Q
K
 
Q
I
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
Y
L
 
A
S
 
A
P
 
D
T
 
S
S
 
R
V
 
L
I
 
I
T
 
A
R
 
A
K
 
K
S
 
G
A
 
S
D
 
P
F
 
I
G
 
Q
D
 
P
T
 
T
P
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
|
L
Q
 
Q
G
 
G
S
|
S
L
x
T
Q
|
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
H
 
N
L
 
W
A
 
R
K
 
T
L
 
K
G
 
G
A
 
V
Q
 
D
I
 
V
K
 
V
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
S
 
N
Q
 
Q
D
 
D
Q
 
L
N
 
I
Y
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
A
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
Q
D
|
D
K
 
E
L
 
V
E
 
A
A
 
A
Q
 
S
L
 
E
N
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
P
 
P
E
 
A
G
 
G
S
 
K
D
 
E
F
 
Y
K
 
A
-
 
F
T
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
S
F
 
V
K
 
K
D
 
D
P
 
K
T
 
K
L
 
Y
P
 
F
L
 
G
D
 
D
-
 
G
I
 
T
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
D
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
A
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
T
A
 
E
V
 
L
Q
 
R
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
D
Q
 
K
I
 
M
Q
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
-
D
 
D
Q
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
H
 
G
E
 
D

5owfA Structure of a lao-binding protein mutant with glutamine (see paper)
44% identity, 90% coverage: 27:258/258 of query aligns to 3:235/235 of 5owfA

query
sites
5owfA
I
 
V
R
 
R
F
 
I
G
 
G
V
 
T
F
 
D
P
 
T
E
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
S
S
 
S
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
K
G
 
G
S
 
E
L
 
F
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
E
I
 
M
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
Q
V
 
V
K
 
K
C
 
C
T
 
T
W
 
W
V
 
V
H
 
A
N
 
S
E
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
A
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
I
S
|
S
S
|
S
M
 
L
A
x
S
V
 
I
T
 
T
P
 
D
A
 
K
R
|
R
E
 
Q
K
 
Q
I
 
E
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
D
R
 
K
L
 
L
F
 
Y
L
 
A
S
 
A
P
 
D
T
 
S
S
 
R
V
 
L
I
 
I
T
 
A
R
 
A
K
 
K
S
 
G
A
 
S
D
 
P
F
 
I
G
 
Q
D
 
P
T
 
T
P
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
x
K
Q
 
Q
G
 
G
S
|
S
L
x
T
Q
 
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
R
 
N
A
 
D
H
 
N
L
 
W
A
 
R
K
 
T
L
 
K
G
 
G
A
 
V
Q
 
D
I
 
V
K
 
V
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
S
 
N
Q
 
Q
D
 
D
Q
 
L
N
 
I
Y
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
L
D
 
D
A
 
A
T
 
A
L
 
L
T
 
Q
D
|
D
K
 
E
L
 
V
E
 
A
A
 
A
Q
 
S
L
 
E
N
 
G
F
 
F
L
 
L
S
 
K
K
 
Q
P
 
P
E
 
A
G
 
G
S
 
K
D
 
E
F
 
Y
K
 
A
-
 
F
T
 
A
G
 
G
P
 
P
A
 
S
F
 
V
K
 
K
D
 
D
P
 
K
T
 
K
L
 
Y
P
 
F
L
 
G
D
 
D
-
 
G
I
 
T
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
D
Q
 
T
A
 
E
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
A
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
T
A
 
E
V
 
L
Q
 
R
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
D
Q
 
K
I
 
M
Q
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
-
D
 
D
Q
 
F
D
 
N
I
 
V
Y
 
Y
H
 
G
E
 
D

5itoA Structure of the periplasmic binding protein m117n-noct from a. Tumefaciens in complex with octopine (see paper)
33% identity, 89% coverage: 23:251/258 of query aligns to 1:250/255 of 5itoA

query
sites
5itoA
E
 
D
W
 
Y
K
 
K
E
 
S
I
 
I
R
 
T
F
 
I
G
 
A
V
 
T
F
x
E
P
 
G
E
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
 
N
S
 
F
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
G
G
 
G
S
 
K
L
 
L
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
D
I
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
N
V
 
I
K
 
E
C
 
C
T
 
K
W
 
F
V
 
V
H
 
E
N
 
Q
E
 
A
F
x
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
x
A
S
x
A
M
 
M
A
x
G
V
 
I
T
 
Q
P
 
P
A
 
A
R
|
R
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
R
R
 
P
L
 
Y
F
 
L
L
 
L
S
 
T
P
 
P
T
 
N
S
 
T
V
 
F
I
 
L
T
 
T
R
 
T
K
 
A
S
 
D
A
 
S
D
 
P
F
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
G
 
N
D
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
L
 
F
M
 
E
G
 
G
K
 
V
Q
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
L
x
Q
Q
 
A
G
 
G
S
x
T
L
x
S
Q
x
H
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
A
 
M
R
 
K
A
 
Q
H
 
M
L
 
M
A
 
P
K
 
S
L
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
Q
I
 
I
K
 
S
A
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
S
 
T
Q
 
I
D
 
D
Q
 
N
N
 
V
Y
 
V
A
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
A
 
A
T
 
S
L
 
L
T
 
-
D
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
A
Q
x
S
L
 
V
N
 
S
F
 
F
L
 
L
S
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
T
-
 
D
K
 
K
P
 
P
E
 
D
G
 
N
S
 
K
D
 
D
F
 
L
K
 
K
T
 
M
-
 
F
G
 
G
P
 
P
A
 
R
F
 
M
K
 
T
D
 
G
P
 
G
T
 
L
L
 
F
P
 
G
L
 
K
D
 
G
I
 
V
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
N
 
E
D
 
D
Q
 
A
A
 
D
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
I
A
 
D
A
 
A
V
 
A
Q
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
A
 
Q
Q
 
K
I
 
L
Q
 
S
K
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

5ovzA High resolution structure of the pbp noct in complex with nopaline (see paper)
33% identity, 89% coverage: 23:251/258 of query aligns to 1:250/259 of 5ovzA

query
sites
5ovzA
E
 
D
W
 
Y
K
 
K
E
 
S
I
 
I
R
 
T
F
 
I
G
 
A
V
 
T
F
x
E
P
 
G
E
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
 
N
S
 
F
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
G
G
 
G
S
 
K
L
 
L
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
D
I
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
N
V
 
I
K
 
E
C
 
C
T
 
K
W
 
F
V
 
V
H
 
E
N
 
Q
E
 
A
F
x
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
x
A
S
x
A
M
 
M
A
x
G
V
 
I
T
 
Q
P
 
P
A
 
A
R
|
R
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
R
R
 
P
L
 
Y
F
 
L
L
 
L
S
 
T
P
 
P
T
x
M
S
 
T
V
 
F
I
 
L
T
 
T
R
 
T
K
 
A
S
 
D
A
 
S
D
 
P
F
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
G
 
N
D
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
L
 
F
M
 
E
G
 
G
K
 
V
Q
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
L
x
Q
Q
 
A
G
 
G
S
x
T
L
x
S
Q
x
H
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
A
 
M
R
 
K
A
 
Q
H
 
M
L
 
M
A
 
P
K
 
S
L
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
Q
I
 
I
K
 
S
A
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
S
 
T
Q
 
I
D
 
D
Q
 
N
N
 
V
Y
 
V
A
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
A
 
A
T
 
S
L
 
L
T
 
-
D
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
A
Q
x
S
L
 
V
N
 
S
F
 
F
L
 
L
S
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
T
-
 
D
K
 
K
P
 
P
E
 
D
G
 
N
S
 
K
D
 
D
F
 
L
K
 
K
T
 
M
-
 
F
G
 
G
P
 
P
A
 
R
F
 
M
K
 
T
D
 
G
P
 
G
T
 
L
L
 
F
P
 
G
L
 
K
D
 
G
I
x
V
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
N
 
E
D
 
D
Q
 
A
A
 
D
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
I
A
 
D
A
 
A
V
 
A
Q
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
A
 
Q
Q
 
K
I
 
L
Q
 
S
K
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

5otaA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with octopinic acid (see paper)
33% identity, 88% coverage: 24:251/258 of query aligns to 1:249/254 of 5otaA

query
sites
5otaA
W
 
Y
K
 
K
E
 
S
I
 
I
R
 
T
F
 
I
G
 
A
V
 
T
F
x
E
P
 
G
E
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
 
N
S
 
F
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
G
G
 
G
S
 
K
L
 
L
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
D
I
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
N
V
 
I
K
 
E
C
 
C
T
 
K
W
 
F
V
 
V
H
 
E
N
 
Q
E
 
A
F
x
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
A
S
x
A
M
 
M
A
x
G
V
 
I
T
 
Q
P
 
P
A
 
A
R
|
R
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
R
R
 
P
L
 
Y
F
 
L
L
 
L
S
 
T
P
 
P
T
x
M
S
 
T
V
 
F
I
 
L
T
 
T
R
 
T
K
 
A
S
 
D
A
 
S
D
 
P
F
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
G
 
N
D
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
L
 
F
M
 
E
G
 
G
K
 
V
Q
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
L
x
Q
Q
 
A
G
 
G
S
x
T
L
x
S
Q
x
H
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
A
 
M
R
 
K
A
 
Q
H
 
M
L
 
M
A
 
P
K
 
S
L
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
Q
I
 
I
K
 
S
A
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
S
 
T
Q
 
I
D
 
D
Q
 
N
N
 
V
Y
 
V
A
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
A
 
A
T
 
S
L
 
L
T
 
-
D
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
A
Q
x
S
L
 
V
N
 
S
F
 
F
L
 
L
S
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
T
-
 
D
K
 
K
P
 
P
E
 
D
G
 
N
S
 
K
D
 
D
F
 
L
K
 
K
T
 
M
-
 
F
G
 
G
P
 
P
A
 
R
F
 
M
K
 
T
D
 
G
P
 
G
T
 
L
L
 
F
P
 
G
L
 
K
D
 
G
I
 
V
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
N
 
E
D
 
D
Q
 
A
A
 
D
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
I
A
 
D
A
 
A
V
 
A
Q
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
A
 
Q
Q
 
K
I
 
L
Q
 
S
K
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

5ot9A Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from a.Tumefaciens c58 in complex with histopine. (see paper)
33% identity, 88% coverage: 24:251/258 of query aligns to 1:249/254 of 5ot9A

query
sites
5ot9A
W
 
Y
K
 
K
E
 
S
I
 
I
R
 
T
F
 
I
G
 
A
V
 
T
F
x
E
P
 
G
E
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
 
N
S
 
F
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
G
G
 
G
S
 
K
L
 
L
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
D
I
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
N
V
 
I
K
 
E
C
 
C
T
 
K
W
 
F
V
 
V
H
 
E
N
 
Q
E
 
A
F
x
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
x
A
S
x
A
M
 
M
A
 
G
V
 
I
T
 
Q
P
 
P
A
 
A
R
|
R
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
R
R
 
P
L
 
Y
F
 
L
L
 
L
S
 
T
P
 
P
T
x
M
S
 
T
V
 
F
I
 
L
T
 
T
R
 
T
K
 
A
S
 
D
A
 
S
D
 
P
F
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
G
 
N
D
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
L
 
F
M
 
E
G
 
G
K
 
V
Q
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
L
x
Q
Q
 
A
G
 
G
S
x
T
L
x
S
Q
x
H
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
A
 
M
R
 
K
A
 
Q
H
 
M
L
 
M
A
 
P
K
 
S
L
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
Q
I
 
I
K
 
S
A
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
S
 
T
Q
 
I
D
 
D
Q
 
N
N
 
V
Y
 
V
A
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
A
 
A
T
 
S
L
 
L
T
 
-
D
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
A
Q
x
S
L
 
V
N
 
S
F
 
F
L
 
L
S
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
T
-
 
D
K
 
K
P
 
P
E
 
D
G
 
N
S
 
K
D
 
D
F
 
L
K
 
K
T
 
M
-
 
F
G
 
G
P
 
P
A
 
R
F
 
M
K
 
T
D
 
G
P
 
G
T
 
L
L
 
F
P
 
G
L
 
K
D
 
G
I
 
V
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
N
 
E
D
 
D
Q
 
A
A
 
D
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
I
A
 
D
A
 
A
V
 
A
Q
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
A
 
Q
Q
 
K
I
 
L
Q
 
S
K
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

4powA Structure of the pbp noct in complex with pyronopaline (see paper)
33% identity, 88% coverage: 24:251/258 of query aligns to 1:249/254 of 4powA

query
sites
4powA
W
 
Y
K
 
K
E
 
S
I
 
I
R
 
T
F
 
I
G
 
A
V
 
T
F
x
E
P
 
G
E
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
 
N
S
 
F
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
G
G
 
G
S
 
K
L
 
L
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
D
I
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
N
V
 
I
K
 
E
C
 
C
T
 
K
W
 
F
V
 
V
H
 
E
N
 
Q
E
 
A
F
x
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
x
A
S
x
A
M
 
M
A
x
G
V
 
I
T
 
Q
P
 
P
A
 
A
R
|
R
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
R
R
 
P
L
 
Y
F
 
L
L
 
L
S
 
T
P
 
P
T
x
M
S
 
T
V
 
F
I
 
L
T
 
T
R
 
T
K
 
A
S
 
D
A
 
S
D
 
P
F
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
G
 
N
D
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
L
 
F
M
 
E
G
 
G
K
 
V
Q
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
L
x
Q
Q
 
A
G
 
G
S
x
T
L
x
S
Q
x
H
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
A
 
M
R
 
K
A
 
Q
H
 
M
L
 
M
A
 
P
K
 
S
L
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
Q
I
 
I
K
 
S
A
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
S
 
T
Q
 
I
D
 
D
Q
 
N
N
 
V
Y
 
V
A
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
A
 
A
T
 
S
L
 
L
T
 
-
D
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
A
Q
x
S
L
 
V
N
 
S
F
 
F
L
 
L
S
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
T
-
 
D
K
 
K
P
 
P
E
 
D
G
 
N
S
 
K
D
 
D
F
 
L
K
 
K
T
 
M
-
 
F
G
 
G
P
 
P
A
 
R
F
 
M
K
 
T
D
 
G
P
 
G
T
 
L
L
 
F
P
 
G
L
 
K
D
 
G
I
 
V
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
N
 
E
D
 
D
Q
 
A
A
 
D
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
I
A
 
D
A
 
A
V
 
A
Q
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
A
 
Q
Q
 
K
I
 
L
Q
 
S
K
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

5otcA Structure of the periplasmic binding protein (pbp) noct from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with noroctopinic acid. (see paper)
33% identity, 88% coverage: 24:251/258 of query aligns to 1:249/256 of 5otcA

query
sites
5otcA
W
 
Y
K
 
K
E
 
S
I
 
I
R
 
T
F
 
I
G
 
A
V
 
T
F
x
E
P
 
G
E
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
 
N
S
 
F
V
 
K
A
 
D
A
 
A
D
 
G
G
 
G
S
 
K
L
 
L
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
G
N
 
N
A
 
D
I
 
L
C
 
C
A
 
K
K
 
R
L
 
M
E
 
N
V
 
I
K
 
E
C
 
C
T
 
K
W
 
F
V
 
V
H
 
E
N
 
Q
E
 
A
F
x
W
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
T
A
 
A
R
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
M
 
M
S
 
A
S
x
A
M
 
M
A
x
G
V
 
I
T
 
Q
P
 
P
A
 
A
R
|
R
E
 
E
K
 
K
I
 
V
I
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
R
R
 
P
L
 
Y
F
 
L
L
 
L
S
 
T
P
 
P
T
 
M
S
 
T
V
 
F
I
 
L
T
 
T
R
 
T
K
 
A
S
 
D
A
 
S
D
 
P
F
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
G
 
N
D
 
I
T
 
T
P
 
P
E
 
E
S
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
-
 
K
-
 
I
L
 
F
M
 
E
G
 
G
K
 
V
Q
 
K
V
 
F
G
 
G
V
 
V
L
x
Q
Q
 
A
G
 
G
S
x
T
L
x
S
Q
x
H
E
 
E
A
 
A
Y
 
F
A
 
M
R
 
K
A
 
Q
H
 
M
L
 
M
A
 
P
K
 
S
L
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
Q
I
 
I
K
 
S
A
 
T
Y
 
Y
Q
 
D
S
 
T
Q
 
I
D
 
D
Q
 
N
N
 
V
Y
 
V
A
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
N
 
A
G
 
G
R
 
R
L
 
I
D
 
D
A
 
A
T
 
S
L
 
L
T
 
-
D
 
-
K
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
A
Q
x
S
L
 
V
N
 
S
F
 
F
L
 
L
S
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
T
-
 
D
K
 
K
P
 
P
E
 
D
G
 
N
S
 
K
D
 
D
F
 
L
K
 
K
T
 
M
-
 
F
G
 
G
P
 
P
A
 
R
F
 
M
K
 
T
D
 
G
P
 
G
T
 
L
L
 
F
P
 
G
L
 
K
D
 
G
I
 
V
A
 
G
M
 
V
G
 
G
L
 
I
R
 
R
K
 
K
N
 
E
D
 
D
Q
 
A
A
 
D
L
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
F
N
 
D
K
 
K
G
 
A
I
 
I
A
 
D
A
 
A
V
 
A
Q
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
V
A
 
Q
Q
 
K
I
 
L
Q
 
S
K
 
Q
K
 
Q
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
35% identity, 87% coverage: 27:251/258 of query aligns to 6:226/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
I
 
L
R
 
R
F
 
V
G
 
G
V
 
T
F
x
E
P
 
A
E
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
S
 
F
V
 
K
A
 
D
A
 
E
D
 
N
G
 
G
S
 
K
L
 
L
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
A
N
 
K
A
 
A
I
 
I
C
 
A
A
 
K
K
 
K
L
 
L
E
 
G
V
 
V
K
 
K
C
 
V
T
 
E
W
 
F
V
 
K
H
 
P
N
 
M
E
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
S
R
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
V
I
 
V
M
 
I
S
x
A
S
x
G
M
|
M
A
x
T
V
 
I
T
 
T
P
 
E
A
 
E
R
|
R
E
 
K
K
 
K
I
 
Q
I
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
R
 
P
L
 
Y
F
 
F
L
 
E
S
 
A
P
 
G
T
 
Q
S
 
A
V
 
I
I
 
V
T
 
V
R
 
K
K
 
K
S
 
G
A
 
N
D
 
D
F
 
S
G
 
I
D
 
K
T
 
S
P
 
L
E
 
E
S
 
D
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
x
Q
Q
 
L
G
 
G
S
|
S
L
x
T
Q
 
S
E
 
E
A
 
Q
Y
 
H
A
 
V
R
 
K
A
 
K
H
 
V
L
 
A
A
 
K
K
 
D
L
 
A
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
I
 
V
K
 
K
A
 
K
Y
 
F
Q
 
D
S
 
N
Q
 
F
D
 
S
Q
 
E
N
 
A
Y
 
F
A
 
Q
D
 
E
L
 
L
Q
 
K
N
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
V
L
 
V
T
 
T
D
|
D
K
 
N
L
 
A
E
 
V
A
 
A
Q
 
L
L
 
A
N
 
Y
F
 
V
L
 
K
S
 
Q
K
 
N
P
 
P
E
 
N
G
 
A
S
 
G
D
 
V
F
 
K
K
 
I
T
 
V
G
 
G
P
 
E
A
 
T
F
 
F
K
 
S
D
 
G
P
 
E
T
 
-
L
 
-
P
 
P
L
 
Y
D
 
G
I
 
I
A
 
A
M
 
-
G
 
-
L
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
G
D
 
N
Q
 
S
A
 
E
L
 
L
R
 
L
A
 
E
L
 
K
I
 
I
N
 
N
K
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
E
A
 
E
V
 
M
Q
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
D
Q
 
K
I
 
I
Q
 
Y
K
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
35% identity, 88% coverage: 27:252/258 of query aligns to 6:225/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
I
 
L
R
 
R
F
 
V
G
 
G
V
 
T
F
x
E
P
 
A
E
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
S
 
F
V
 
K
A
 
D
A
 
E
D
 
N
G
 
G
S
 
K
L
 
L
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
L
G
 
A
N
 
K
A
 
A
I
 
I
C
 
A
A
 
K
K
 
K
L
 
L
E
 
G
V
 
V
K
 
K
C
 
V
T
 
E
W
 
F
V
 
K
H
 
P
N
 
M
E
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
G
M
 
I
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
S
R
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
V
I
 
V
M
 
I
S
 
A
S
x
G
M
|
M
A
x
T
V
 
I
T
 
T
P
 
E
A
 
E
R
|
R
E
 
K
K
 
K
I
 
Q
I
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
R
 
P
L
 
Y
F
 
F
L
 
E
S
 
A
P
 
G
T
 
Q
S
 
A
V
 
I
I
 
V
T
 
V
R
 
K
K
 
K
S
 
G
A
 
N
D
 
D
F
 
S
G
 
I
D
 
K
T
 
S
P
 
L
E
 
E
S
 
D
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
Q
Q
 
L
G
 
G
S
|
S
L
x
T
Q
 
S
E
 
E
A
 
Q
Y
 
H
A
 
V
R
 
K
A
 
K
H
 
V
L
 
A
A
 
A
K
 
-
L
 
-
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
I
 
V
K
 
K
A
 
K
Y
 
F
Q
 
D
S
 
N
Q
 
F
D
 
S
Q
 
E
N
 
A
Y
 
F
A
 
Q
D
 
E
L
 
L
Q
 
K
N
 
S
G
 
G
R
 
R
L
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
V
L
 
V
T
 
T
D
|
D
K
 
N
L
 
A
E
 
V
A
 
A
Q
 
L
L
 
A
N
 
Y
F
 
V
L
 
K
S
 
Q
K
 
N
P
 
P
E
 
N
G
 
A
S
 
G
D
 
V
F
 
K
K
 
I
T
 
V
G
 
G
P
 
E
A
 
T
F
 
F
K
 
S
D
 
G
P
 
E
T
 
-
L
 
-
P
 
P
L
 
Y
D
 
G
I
 
I
A
 
A
M
 
-
G
 
-
L
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
G
D
 
N
Q
 
S
A
 
E
L
 
L
R
 
L
A
 
E
L
 
K
I
 
I
N
 
N
K
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
E
A
 
E
V
 
M
Q
 
K
A
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
Y
 
Y
A
 
D
Q
 
K
I
 
I
Q
 
Y
K
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G
D
 
E

2y7iA Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351. (see paper)
31% identity, 88% coverage: 25:250/258 of query aligns to 6:227/228 of 2y7iA

query
sites
2y7iA
K
 
R
E
 
T
I
 
L
R
x
H
F
 
F
G
 
G
V
 
T
F
 
S
P
 
A
E
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
Y
E
|
E
S
 
F
V
 
V
A
x
D
A
 
A
D
|
D
G
 
N
S
 
K
L
 
I
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
E
 
D
L
 
V
G
 
A
N
 
N
A
 
A
I
 
V
C
 
C
A
 
K
K
 
E
L
 
M
E
 
Q
V
 
A
K
 
E
C
 
C
T
 
S
W
 
F
V
 
T
H
 
N
N
 
Q
E
 
S
F
|
F
D
|
D
G
 
S
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
R
A
 
F
R
 
K
K
 
K
F
 
F
D
|
D
A
 
A
I
 
V
M
 
I
S
x
A
S
x
G
M
 
M
A
x
D
V
 
M
T
 
T
P
 
P
A
 
K
R
|
R
E
 
E
K
 
Q
I
 
Q
I
 
V
D
 
S
F
 
F
S
 
S
D
 
Q
R
 
P
L
 
Y
F
 
Y
L
 
E
S
 
G
P
 
L
T
 
S
S
 
A
-
 
V
V
 
V
I
 
V
T
 
T
R
 
R
K
 
K
S
 
G
A
 
A
-
 
Y
-
 
H
D
 
T
F
 
F
G
 
A
D
 
D
T
 
-
P
 
-
E
 
-
S
 
-
L
 
L
M
 
K
G
 
G
K
 
K
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
L
L
x
E
Q
 
N
G
 
G
S
x
T
L
x
T
Q
 
H
E
 
Q
A
 
R
Y
 
Y
A
 
L
R
 
Q
A
 
D
H
 
K
L
 
Q
A
 
Q
K
 
A
L
 
I
G
 
T
A
 
P
Q
 
V
I
 
-
K
 
-
A
 
A
Y
 
Y
Q
x
D
S
 
S
Q
 
Y
D
 
L
Q
 
N
N
 
A
Y
 
F
A
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
N
 
N
G
 
N
R
 
R
L
 
L
D
 
E
A
 
G
T
 
V
L
 
F
T
 
G
D
|
D
K
 
V
L
 
A
E
 
A
A
 
I
Q
 
G
L
 
K
N
 
W
F
 
L
L
 
K
S
 
N
K
 
N
P
 
P
E
 
D
G
 
Y
S
 
A
-
 
I
-
 
M
-
 
D
D
 
E
F
 
R
K
 
A
T
 
S
G
 
D
P
 
P
A
 
D
F
 
Y
K
 
Y
D
 
G
P
 
K
T
 
G
L
 
L
P
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
A
 
G
M
 
I
G
 
A
L
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
N
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
L
A
 
Q
L
 
E
I
 
I
N
 
N
K
 
A
G
 
A
I
 
L
A
 
D
A
 
K
V
 
V
Q
 
K
A
 
A
D
 
S
G
 
P
T
 
E
Y
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
I
 
M
Q
 
Q
K
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

3vv5A Crystal structure of ttc0807 complexed with (s)-2-aminoethyl-l- cysteine (aec) (see paper)
29% identity, 88% coverage: 26:252/258 of query aligns to 14:232/237 of 3vv5A

query
sites
3vv5A
E
 
E
I
 
I
R
 
R
F
 
I
G
 
G
V
 
T
F
x
E
P
 
G
E
 
A
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
x
N
S
 
Y
V
 
F
A
 
D
A