SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3445 FitnessBrowser__Phaeo:GFF3445 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8cqxA Ribokinase from t.Sp mutant a92g
38% identity, 99% coverage: 3:290/290 of query aligns to 2:299/300 of 8cqxA

query
sites
8cqxA
I
 
I
W
 
L
N
 
V
L
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
L
N
 
N
A
 
M
D
 
D
M
 
L
I
 
V
Y
 
L
A
 
R
L
 
V
P
 
K
H
 
R
M
 
L
P
 
P
T
 
R
A
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
V
A
 
L
A
 
G
T
 
E
G
 
D
L
 
Y
E
 
Q
Q
 
T
Y
 
H
L
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
N
M
 
Q
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
G
S
 
G
H
 
K
V
 
V
C
 
R
H
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
R
V
 
V
G
 
G
-
 
E
-
 
D
P
 
P
E
 
F
G
 
G
A
 
Q
W
 
A
A
 
L
V
 
K
T
 
S
R
 
G
L
 
L
L
 
A
E
 
Q
Y
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
V
R
 
A
H
 
W
I
 
V
A
 
L
Q
 
E
L
 
T
D
 
P
V
 
G
P
 
P
T
 
S
G
 
G
H
 
T
A
 
G
I
 
F
I
 
I
A
 
L
V
 
V
D
 
D
P
 
P
T
 
E
G
 
G
E
 
Q
N
 
N
Q
 
Q
I
 
I
I
 
A
L
 
V
F
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
-
 
A
R
 
R
E
 
L
I
 
V
S
 
P
E
 
E
D
 
D
Q
 
L
I
 
P
G
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
F
S
 
Q
A
 
G
A
 
V
S
 
G
A
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
V
L
 
V
V
 
L
M
 
L
Q
 
Q
N
 
L
E
 
E
T
 
I
N
 
P
M
 
L
Q
 
E
-
 
T
-
 
V
A
 
V
E
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
A
M
 
L
G
 
G
R
 
R
D
 
K
L
 
A
G
 
G
L
 
A
K
 
R
V
 
I
A
 
L
Y
 
L
A
 
N
A
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
A
D
 
H
A
 
A
A
 
L
A
 
P
V
 
S
Q
 
E
A
 
-
V
 
I
L
 
L
P
 
Q
Y
 
S
L
 
V
D
 
D
Y
 
L
L
 
L
F
 
L
L
 
V
N
|
N
E
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
A
E
 
A
Q
 
Q
L
 
L
-
 
T
R
 
E
A
 
A
A
 
S
T
 
P
G
 
P
K
 
R
T
 
T
P
 
P
-
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
G
-
 
R
-
 
A
-
 
P
-
 
Q
A
 
A
D
 
Q
V
 
V
I
 
V
V
 
L
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
K
 
Q
G
|
G
A
 
A
R
 
V
H
 
W
Y
 
S
D
 
G
T
 
T
T
 
E
A
 
-
G
 
-
T
 
E
T
 
S
H
 
H
D
 
-
V
 
F
A
 
P
A
 
A
H
 
F
S
 
P
V
 
V
V
 
R
P
 
A
V
 
V
D
|
D
T
 
T
T
|
T
G
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
T
 
A
F
|
F
T
 
A
G
 
G
Y
 
A
V
 
L
L
 
A
S
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
A
R
 
E
G
 
G
L
 
Q
P
 
N
M
 
M
A
 
R
Q
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
R
Q
 
F
A
 
A
N
|
N
R
 
A
A
 
A
A
x
G
A
|
A
L
 
L
M
x
A
V
x
T
T
 
T
R
 
R
K
 
P
G
 
G
T
 
A
A
 
Q
D
 
P
V
x
S
I
 
L
P
 
P
D
 
F
L
 
R
K
 
D
E
 
E
V
 
V
Q
 
E
D
 
A
A
 
L
R
 
L
F
 
F

6a8cA Ribokinase from leishmania donovani with adp (see paper)
32% identity, 98% coverage: 3:285/290 of query aligns to 16:322/327 of 6a8cA

query
sites
6a8cA
I
 
I
W
 
L
N
 
V
L
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
F
A
 
L
D
|
D
M
 
Y
I
 
V
Y
 
G
A
 
Y
L
 
V
P
 
D
H
 
H
M
 
M
P
 
P
T
 
Q
A
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
M
A
 
H
A
x
S
T
 
V
G
x
S
L
 
F
E
 
H
Q
 
K
Y
 
G
L
 
F
G
|
G
G
|
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
|
N
M
 
Q
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
L
G
 
G
S
 
A
H
 
K
V
 
V
C
 
A
H
 
M
L
 
V
G
 
S
A
 
M
V
 
V
G
 
G
P
 
T
E
 
D
G
 
G
A
 
D
W
 
G
A
 
S
-
 
D
-
 
Y
V
 
I
T
 
K
R
 
E
L
 
L
L
 
E
E
 
R
Y
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
T
R
 
A
H
 
Y
I
 
M
A
 
F
Q
 
R
L
 
T
-
 
G
D
 
K
V
 
S
P
 
S
T
 
T
G
 
G
H
 
L
A
 
A
I
 
M
I
 
I
A
 
L
V
 
V
D
 
D
-
 
T
P
 
K
T
 
S
G
 
S
E
 
N
N
 
N
Q
 
E
I
 
I
I
 
V
L
 
I
F
 
C
P
 
P
G
 
N
A
 
A
N
 
T
R
 
N
E
 
H
I
 
F
S
 
T
E
 
P
D
 
E
Q
 
L
I
 
L
G
 
R
A
 
A
A
 
Q
L
 
T
S
 
N
A
 
N
A
 
Y
-
 
E
-
 
R
-
 
I
-
 
L
-
 
H
S
 
T
A
 
G
G
 
L
D
 
K
I
 
Y
L
 
L
V
 
I
M
 
C
Q
 
Q
N
 
N
E
 
E
T
 
I
N
 
P
M
 
L
Q
 
P
A
 
T
-
 
T
-
 
L
-
 
D
-
 
T
-
 
I
-
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
H
Q
 
S
M
 
R
G
 
G
R
 
V
D
 
Y
L
 
T
G
 
V
L
 
F
K
 
N
V
 
S
A
 
A
Y
 
P
A
 
A
A
 
P
A
 
K
P
 
P
F
 
A
D
 
E
A
 
V
A
 
E
A
 
Q
V
 
I
Q
 
K
A
 
P
V
 
F
L
 
L
P
 
P
Y
 
Y
L
 
V
D
 
S
Y
 
L
L
 
F
F
 
C
L
 
P
N
 
N
E
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
A
E
 
T
Q
 
L
L
 
I
R
 
T
A
 
G
A
 
V
T
 
K
G
 
V
K
 
T
T
 
D
P
 
T
E
 
E
A
 
S
-
 
A
-
 
F
-
 
S
-
 
A
-
 
I
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
Q
L
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
I
T
 
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
K
 
A
G
 
G
A
 
F
R
 
V
H
 
L
Y
 
S
D
 
E
T
 
N
T
 
G
A
 
A
G
 
E
T
 
P
T
 
V
H
 
H
D
 
V
V
 
T
A
 
G
A
 
K
H
 
H
S
 
-
V
 
V
V
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
|
T
T
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
D
 
D
T
 
C
F
 
F
T
 
V
G
 
G
Y
 
S
V
 
M
L
 
V
S
 
Y
G
 
F
L
 
M
D
 
S
R
 
R
G
 
G
L
 
R
P
 
N
M
 
L
A
 
L
Q
 
E
A
 
A
L
 
C
A
 
K
Q
 
R
A
 
A
N
|
N
R
 
E
A
 
C
A
|
A
A
 
A
L
 
I
M
 
S
V
 
V
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
D
 
L
V
 
S
I
 
Y
P
 
P
D
 
H
L
 
P
K
 
S
E
 
E
V
 
L

6a8bA Ribokinase from leishmania donovani with amppcp (see paper)
32% identity, 98% coverage: 3:285/290 of query aligns to 16:322/327 of 6a8bA

query
sites
6a8bA
I
 
I
W
 
L
N
 
V
L
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
F
A
 
L
D
|
D
M
 
Y
I
 
V
Y
 
G
A
 
Y
L
 
V
P
 
D
H
 
H
M
 
M
P
 
P
T
 
Q
A
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
M
A
 
H
A
 
S
T
 
V
G
 
S
L
 
F
E
 
H
Q
 
K
Y
 
G
L
 
F
G
|
G
G
|
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
|
N
M
 
Q
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
L
G
 
G
S
 
A
H
 
K
V
 
V
C
 
A
H
 
M
L
 
V
G
 
S
A
 
M
V
 
V
G
 
G
P
 
T
E
 
D
G
 
G
A
 
D
W
 
G
A
 
S
-
 
D
-
 
Y
V
 
I
T
 
K
R
 
E
L
 
L
L
 
E
E
 
R
Y
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
T
R
 
A
H
 
Y
I
 
M
A
 
F
Q
 
R
L
 
T
-
 
G
D
 
K
V
 
S
P
 
S
T
 
T
G
 
G
H
 
L
A
 
A
I
 
M
I
 
I
A
 
L
V
 
V
D
 
D
-
 
T
P
 
K
T
 
S
G
 
S
E
 
N
N
 
N
Q
 
E
I
 
I
I
 
V
L
 
I
F
 
C
P
 
P
G
 
N
A
 
A
N
 
T
R
 
N
E
 
H
I
 
F
S
 
T
E
 
P
D
 
E
Q
 
L
I
 
L
G
 
R
A
 
A
A
 
Q
L
 
T
S
 
N
A
 
N
A
 
Y
-
 
E
-
 
R
-
 
I
-
 
L
-
 
H
S
 
T
A
 
G
G
 
L
D
 
K
I
 
Y
L
 
L
V
 
I
M
 
C
Q
 
Q
N
|
N
E
 
E
T
x
I
N
 
P
M
 
L
Q
 
P
A
 
T
-
 
T
-
 
L
-
 
D
-
 
T
-
 
I
-
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
H
Q
 
S
M
 
R
G
 
G
R
 
V
D
 
Y
L
 
T
G
 
V
L
 
F
K
 
N
V
 
S
A
 
A
Y
 
P
A
 
A
A
 
P
A
 
K
P
 
P
F
 
A
D
x
E
A
 
V
A
 
E
A
 
Q
V
 
I
Q
 
K
A
 
P
V
 
F
L
 
L
P
 
P
Y
 
Y
L
 
V
D
 
S
Y
 
L
L
 
F
F
 
C
L
 
P
N
 
N
E
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
A
E
 
T
Q
 
L
L
 
I
R
 
T
A
 
G
A
 
V
T
 
K
G
 
V
K
 
T
T
 
D
P
 
T
E
 
E
A
 
S
-
 
A
-
 
F
-
 
S
-
 
A
-
 
I
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
Q
L
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
I
T
 
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
K
 
A
G
 
G
A
 
F
R
 
V
H
 
L
Y
 
S
D
 
E
T
 
N
T
 
G
A
 
A
G
 
E
T
 
P
T
 
V
H
 
H
D
 
V
V
 
T
A
 
G
A
 
K
H
 
H
S
 
-
V
 
V
V
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
|
T
T
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
D
 
D
T
 
C
F
 
F
T
 
V
G
 
G
Y
 
S
V
 
M
L
 
V
S
 
Y
G
 
F
L
 
M
D
 
S
R
 
R
G
 
G
L
 
R
P
 
N
M
 
L
A
 
L
Q
 
E
A
 
A
L
 
C
A
 
K
Q
 
R
A
 
A
N
|
N
R
 
E
A
 
C
A
|
A
A
 
A
L
 
I
M
 
S
V
|
V
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
D
 
L
V
 
S
I
 
Y
P
 
P
D
 
H
L
 
P
K
 
S
E
 
E
V
 
L

6a8aA Ribokinase from leishmania donovani with atp (see paper)
32% identity, 98% coverage: 3:285/290 of query aligns to 16:322/327 of 6a8aA

query
sites
6a8aA
I
 
I
W
 
L
N
 
V
L
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
F
A
 
L
D
|
D
M
 
Y
I
 
V
Y
 
G
A
 
Y
L
 
V
P
 
D
H
 
H
M
 
M
P
 
P
T
 
Q
A
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
M
A
 
H
A
 
S
T
 
V
G
 
S
L
 
F
E
 
H
Q
 
K
Y
 
G
L
 
F
G
|
G
G
|
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
|
N
M
 
Q
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
L
G
 
G
S
 
A
H
 
K
V
 
V
C
 
A
H
 
M
L
 
V
G
 
S
A
 
M
V
 
V
G
 
G
P
 
T
E
 
D
G
 
G
A
 
D
W
 
G
A
 
S
-
 
D
-
 
Y
V
 
I
T
 
K
R
 
E
L
 
L
L
 
E
E
 
R
Y
 
N
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
T
R
 
A
H
 
Y
I
 
M
A
 
F
Q
 
R
L
 
T
-
 
G
D
 
K
V
 
S
P
 
S
T
 
T
G
 
G
H
 
L
A
 
A
I
 
M
I
 
I
A
 
L
V
 
V
D
 
D
-
 
T
P
 
K
T
 
S
G
 
S
E
 
N
N
 
N
Q
 
E
I
 
I
I
 
V
L
 
I
F
 
C
P
 
P
G
 
N
A
 
A
N
 
T
R
 
N
E
 
H
I
 
F
S
 
T
E
 
P
D
 
E
Q
 
L
I
 
L
G
 
R
A
 
A
A
 
Q
L
 
T
S
 
N
A
 
N
A
 
Y
-
 
E
-
 
R
-
 
I
-
 
L
-
 
H
S
 
T
A
 
G
G
 
L
D
 
K
I
 
Y
L
 
L
V
 
I
M
 
C
Q
 
Q
N
 
N
E
 
E
T
 
I
N
 
P
M
 
L
Q
 
P
A
 
T
-
 
T
-
 
L
-
 
D
-
 
T
-
 
I
-
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
H
Q
 
S
M
 
R
G
 
G
R
 
V
D
 
Y
L
 
T
G
 
V
L
 
F
K
 
N
V
 
S
A
 
A
Y
 
P
A
 
A
A
 
P
A
 
K
P
 
P
F
 
A
D
 
E
A
 
V
A
 
E
A
 
Q
V
 
I
Q
 
K
A
 
P
V
 
F
L
 
L
P
 
P
Y
 
Y
L
 
V
D
 
S
Y
 
L
L
 
F
F
 
C
L
 
P
N
|
N
E
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
A
E
 
T
Q
 
L
L
 
I
R
 
T
A
 
G
A
 
V
T
 
K
G
 
V
K
 
T
T
 
D
P
 
T
E
 
E
A
 
S
-
 
A
-
 
F
-
 
S
-
 
A
-
 
I
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
Q
L
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
V
V
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
K
 
A
G
|
G
A
 
F
R
 
V
H
 
L
Y
 
S
D
 
E
T
 
N
T
 
G
A
 
A
G
 
E
T
 
P
T
 
V
H
 
H
D
 
V
V
 
T
A
 
G
A
 
K
H
 
H
S
 
-
V
 
V
V
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
|
T
T
 
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
 
D
T
 
C
F
 
F
T
 
V
G
 
G
Y
 
S
V
 
M
L
 
V
S
 
Y
G
 
F
L
 
M
D
 
S
R
 
R
G
 
G
L
 
R
P
 
N
M
 
L
A
 
L
Q
 
E
A
 
A
L
 
C
A
 
K
Q
 
R
A
 
A
N
|
N
R
 
E
A
 
C
A
|
A
A
 
A
L
 
I
M
 
S
V
|
V
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
D
 
L
V
 
S
I
 
Y
P
 
P
D
 
H
L
 
P
K
 
S
E
 
E
V
 
L

6xk2A Crystal structure of ribokinase from cryptococcus neoformans var. Grubii serotype a in complex with adp
32% identity, 97% coverage: 7:287/290 of query aligns to 10:318/320 of 6xk2A

query
sites
6xk2A
G
 
G
S
 
S
I
 
V
N
 
N
A
 
I
D
 
D
M
 
E
I
 
F
Y
 
F
A
 
H
L
 
L
P
 
P
H
 
H
M
 
I
P
 
V
T
 
R
A
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
A
 
S
A
 
S
T
 
T
G
 
G
L
 
L
E
 
T
Q
 
K
Y
 
R
L
 
A
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
N
M
 
Q
S
 
A
V
 
F
A
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
R
A
 
A
G
 
G
S
 
G
H
 
Q
V
 
V
C
 
E
H
 
L
L
 
D
G
 
G
A
 
A
V
 
I
G
 
G
P
 
D
E
 
D
G
 
G
A
 
I
W
 
W
A
 
-
V
 
V
T
 
K
R
 
E
L
 
M
L
 
L
E
 
E
-
 
S
-
 
A
-
 
G
Y
 
V
G
 
G
V
 
T
D
 
D
T
 
K
R
 
L
H
 
K
I
 
I
A
 
V
Q
 
K
L
 
D
D
 
E
V
 
V
P
 
-
T
 
T
G
 
G
H
 
R
A
 
A
I
 
V
I
 
I
A
 
Q
V
 
S
D
 
A
P
 
A
T
 
D
G
 
G
E
 
E
N
 
N
Q
 
S
I
 
I
I
 
V
L
 
L
F
 
H
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
R
 
Y
E
 
Y
I
 
L
S
 
P
E
 
S
D
 
P
Q
 
T
I
 
T
G
 
S
A
 
L
A
 
A
L
 
T
S
 
Y
A
 
T
A
 
H
S
 
-
A
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
-
L
 
L
V
 
L
M
 
V
Q
 
Q
N
 
N
E
 
E
T
 
V
N
 
P
M
 
L
Q
 
S
A
 
S
E
 
T
A
 
L
A
 
A
Q
 
Y
M
 
L
G
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
R
 
S
D
 
S
L
 
P
G
 
P
L
 
L
K
 
T
V
 
S
A
 
V
Y
 
F
A
 
N
A
 
P
A
 
S
P
 
P
F
 
M
D
 
L
A
 
T
A
 
P
A
 
A
V
 
Q
Q
 
L
A
 
R
V
 
E
L
 
F
P
 
P
Y
 
W
-
 
K
-
 
H
L
 
L
D
 
S
Y
 
W
L
 
L
F
 
I
L
 
V
N
|
N
E
 
E
V
 
G
E
 
E
A
 
L
E
 
G
Q
 
D
L
 
L
R
 
L
A
 
L
A
 
A
T
 
F
G
 
G
K
 
S
T
 
S
P
 
A
E
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
E
-
 
L
-
 
Q
-
 
A
-
 
K
-
 
A
A
 
S
L
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
L
D
 
E
-
 
L
-
 
H
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
Y
-
 
F
-
 
S
-
 
K
-
 
N
-
 
V
-
 
G
V
 
I
I
 
I
V
 
C
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
K
 
K
G
|
G
A
 
I
R
 
L
H
 
C
Y
 
Y
D
 
E
T
 
P
T
 
G
A
 
K
G
 
E
T
 
V
T
 
G
H
 
Y
D
 
L
V
 
P
A
 
A
A
 
A
H
 
K
S
 
L
V
 
Q
V
 
N
P
 
P
V
 
V
-
 
K
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
D
 
D
T
 
C
F
 
F
T
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
F
L
 
V
S
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
M
R
 
S
G
 
G
L
 
K
P
 
S
M
 
L
A
 
Q
Q
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
K
Q
 
T
A
 
C
N
 
L
R
 
V
A
 
A
A
x
C
A
 
G
L
 
I
M
 
C
V
 
V
T
 
E
R
 
N
K
 
E
G
 
G
T
 
A
A
 
M
D
 
E
V
 
S
I
 
V
P
 
P
D
 
T
L
 
L
K
 
N
E
 
A
V
 
V
Q
 
K
D
 
E

4xckA Vibrio cholerae o395 ribokinase complexed with adp, ribose and cesium ion. (see paper)
33% identity, 97% coverage: 6:286/290 of query aligns to 7:299/306 of 4xckA

query
sites
4xckA
L
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
V
N
|
N
A
 
A
D
|
D
M
 
H
I
 
V
Y
 
L
A
 
Q
L
 
V
P
 
P
H
 
S
M
 
F
P
 
P
T
 
R
A
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
L
A
 
H
A
 
G
T
 
R
G
 
N
L
 
Y
E
 
Q
Q
 
V
Y
 
I
L
 
P
G
 
G
G
|
G
K
|
K
G
 
G
A
 
A
N
|
N
M
 
Q
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
M
G
 
Q
S
 
A
H
 
D
V
 
V
C
 
G
H
 
F
L
 
I
G
 
A
A
 
C
V
 
V
G
 
G
P
 
D
E
 
D
G
 
S
A
 
-
W
 
-
A
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
Y
 
F
G
 
G
V
 
I
D
 
N
T
 
I
R
 
R
H
 
E
I
 
S
A
 
F
Q
 
K
L
 
L
D
 
D
-
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
T
-
 
A
-
 
G
-
 
V
-
 
K
-
 
L
-
 
Q
-
 
P
-
 
N
V
 
C
P
 
P
T
 
T
G
 
G
H
 
I
A
|
A
I
 
M
I
 
I
A
 
Q
V
 
V
D
 
S
P
 
D
T
 
S
G
 
G
E
 
E
N
 
N
Q
 
S
I
|
I
I
 
C
L
x
I
F
 
S
P
 
A
G
 
E
A
 
A
N
 
N
R
 
A
E
 
K
I
 
L
S
 
T
E
 
A
D
 
A
Q
 
A
I
 
I
G
 
E
A
 
P
A
 
D
L
 
L
S
 
A
A
 
A
A
 
I
S
 
R
A
 
D
G
 
A
D
 
R
I
 
Y
L
 
L
V
 
L
M
 
M
Q
 
Q
N
 
L
E
|
E
T
 
T
N
 
P
M
 
L
Q
 
D
A
 
G
-
 
I
-
 
L
E
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
M
 
E
G
 
A
R
 
K
D
 
T
L
 
A
G
 
K
L
 
T
K
 
N
V
 
V
A
 
I
Y
 
L
A
 
N
A
 
P
A
 
A
P
 
P
F
 
A
D
 
R
A
 
E
A
 
L
A
 
P
V
 
D
Q
 
E
A
 
-
V
 
L
L
 
L
P
 
K
Y
 
C
L
 
V
D
 
D
Y
 
L
L
 
I
F
 
T
L
 
P
N
 
N
E
 
E
V
 
T
E
 
E
A
 
A
E
 
E
Q
 
V
L
 
L
R
 
T
A
 
G
A
 
I
T
 
T
-
 
V
-
 
Y
-
 
D
-
 
D
-
 
S
-
 
S
-
 
A
G
 
Q
K
 
Q
T
 
A
P
 
A
E
 
D
A
 
A
L
 
L
-
 
H
-
 
C
-
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
E
D
 
I
V
 
V
I
 
I
V
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
x
S
K
 
K
G
 
G
A
 
V
R
 
-
H
 
-
Y
 
W
D
 
L
T
 
S
T
 
Q
A
 
N
G
 
G
T
 
R
T
 
G
H
 
Q
D
 
R
V
 
I
A
 
P
A
 
G
H
 
F
S
 
V
V
|
V
V
 
K
P
 
A
V
 
T
D
 
D
T
|
T
T
|
T
G
x
A
A
|
A
G
|
G
D
|
D
T
 
T
F
|
F
T
 
N
G
 
G
Y
 
A
V
 
L
L
 
V
S
 
T
G
 
G
L
 
L
D
 
L
R
 
Q
G
 
E
L
 
M
P
 
P
M
 
L
A
 
E
Q
 
S
A
 
A
L
 
I
A
 
K
Q
 
F
A
 
A
N
x
H
R
 
A
A
 
A
A
|
A
A
 
A
L
 
I
M
 
S
V
|
V
T
 
T
R
 
R
K
 
F
G
 
G
T
 
A
A
 
Q
D
 
T
V
 
S
I
 
I
P
 
P
D
 
T
L
 
R
K
 
A
E
 
E
V
 
V
Q
 
E

6znxC Ribokinase from thermus species
35% identity, 99% coverage: 3:290/290 of query aligns to 2:264/265 of 6znxC

query
sites
6znxC
I
 
I
W
 
L
N
 
V
L
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
L
N
 
N
A
 
M
D
 
D
M
 
L
I
 
V
Y
 
L
A
 
R
L
 
E
P
 
D
H
 
Y
M
 
-
P
 
-
T
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
E
 
Q
Q
 
T
Y
 
H
L
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
N
M
 
Q
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
G
S
 
G
H
 
K
V
 
V
C
 
R
H
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
R
V
 
V
G
 
G
-
 
E
-
 
D
P
 
P
E
 
F
G
 
G
A
 
Q
W
 
A
A
 
L
V
 
K
T
 
S
R
 
G
L
 
L
L
 
A
E
 
Q
Y
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
V
R
 
A
H
 
W
I
 
V
A
 
L
Q
 
E
L
 
T
D
 
P
V
 
G
P
 
P
T
 
S
G
 
G
H
 
T
A
 
A
I
 
F
I
 
-
A
 
-
V
 
V
D
 
D
P
 
P
T
 
E
G
 
G
E
 
Q
N
 
N
Q
 
Q
I
 
I
I
 
A
L
 
V
F
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
A
N
 
N
-
 
A
R
 
R
E
 
L
I
 
V
S
 
P
E
 
E
D
 
D
Q
 
L
I
 
P
G
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
F
S
 
Q
A
 
G
A
 
V
S
 
G
A
 
-
G
 
-
D
 
-
I
 
V
L
 
V
V
 
L
M
 
L
Q
 
Q
N
 
L
E
 
E
T
 
I
N
 
P
M
 
L
Q
 
E
-
 
T
-
 
V
A
 
V
E
 
R
A
 
A
A
 
A
Q
 
A
M
 
L
G
 
G
R
 
R
D
 
K
L
 
A
G
 
G
L
 
A
K
 
R
V
 
I
A
 
L
Y
 
L
A
 
N
A
 
A
A
 
A
P
 
P
F
 
A
D
 
H
A
 
A
A
 
L
A
 
P
V
 
S
Q
 
E
A
 
-
V
 
I
L
 
L
P
 
Q
Y
 
S
L
 
V
D
 
D
Y
 
L
L
 
L
F
 
L
L
 
V
N
|
N
E
 
E
V
 
V
E
 
E
A
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
A
-
 
L
-
 
A
E
 
R
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
A
 
G
A
 
A
T
 
Q
G
 
-
K
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
V
 
-
I
 
V
V
 
V
T
 
L
L
|
L
G
|
G
A
 
A
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
R
 
-
H
 
-
Y
 
-
D
 
-
T
 
V
T
 
W
A
 
S
G
 
G
T
 
E
T
 
E
H
 
S
D
 
H
V
 
F
A
 
P
A
 
A
H
 
F
S
 
P
V
 
V
V
 
R
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
T
 
A
F
|
F
T
 
A
G
 
G
Y
 
A
V
 
L
L
 
A
S
 
L
G
 
G
L
 
L
D
 
A
R
 
E
G
 
G
L
 
Q
P
 
N
M
 
M
A
 
R
Q
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
R
Q
 
F
A
 
A
N
|
N
R
 
A
A
 
A
A
x
G
A
|
A
L
 
L
M
 
A
V
x
T
T
 
T
R
 
R
K
 
P
G
 
G
T
 
A
A
 
Q
D
 
P
V
 
S
I
 
L
P
 
P
D
 
F
L
 
R
K
 
D
E
 
E
V
 
V
Q
 
E
D
 
A
A
 
L
R
 
L
F
 
F

1rk2A E. Coli ribokinase complexed with ribose and adp, solved in space group p212121 (see paper)
32% identity, 97% coverage: 6:285/290 of query aligns to 7:298/305 of 1rk2A

query
sites
1rk2A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
N
|
N
A
 
A
D
|
D
M
 
H
I
 
I
Y
 
L
A
 
N
L
 
L
P
 
Q
H
 
S
M
 
F
P
 
P
T
 
T
A
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
V
A
 
T
A
 
G
T
 
N
G
 
H
L
 
Y
E
 
Q
Q
 
V
Y
 
A
L
 
F
G
|
G
G
|
G
K
|
K
G
 
G
A
 
A
N
|
N
M
 
Q
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
S
G
 
G
S
 
A
H
 
N
V
 
I
C
 
A
H
 
F
L
 
I
G
 
A
A
 
C
V
 
T
G
 
G
P
 
D
E
 
D
G
 
S
A
 
I
W
 
G
A
 
E
V
 
S
T
 
V
R
 
R
L
 
-
L
 
Q
E
 
Q
Y
 
L
G
 
A
V
 
T
D
 
D
T
 
N
R
 
I
H
 
D
I
 
I
A
 
T
Q
 
P
L
 
V
D
 
S
V
 
V
-
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
E
P
 
S
T
 
T
G
 
G
H
 
V
A
 
A
I
 
L
I
 
I
A
 
F
V
 
V
D
 
N
P
 
G
T
 
E
G
 
G
E
 
E
N
 
N
Q
 
V
I
 
I
I
 
G
L
 
I
F
 
H
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
S
 
S
E
 
P
D
 
A
Q
 
L
I
 
V
G
 
E
A
 
A
A
 
Q
L
 
R
S
 
E
A
 
R
A
 
I
S
 
A
A
 
N
G
 
A
D
 
S
I
 
A
L
 
L
V
 
L
M
 
M
Q
 
Q
N
 
L
E
|
E
T
 
S
N
 
P
M
 
L
Q
 
E
A
 
S
-
 
V
-
 
M
E
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
M
 
I
G
 
A
R
 
H
D
 
Q
L
 
N
G
 
K
L
 
T
K
 
I
V
 
V
A
 
A
Y
 
L
A
 
N
A
 
P
A
 
A
P
 
P
F
 
A
D
 
R
A
 
E
A
 
L
A
 
P
V
 
D
Q
 
E
A
 
-
V
 
L
L
 
L
P
 
A
Y
 
L
L
 
V
D
 
D
Y
 
I
L
 
I
F
 
T
L
 
P
N
 
N
E
 
E
V
 
T
E
 
E
A
 
A
E
 
E
Q
 
K
L
 
L
R
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
R
-
 
V
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
A
A
 
A
A
 
K
T
 
A
G
 
A
K
 
Q
T
 
V
P
 
L
E
 
H
A
 
E
L
 
K
G
|
G
V
 
I
A
x
R
D
 
T
V
 
V
I
 
L
V
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
x
S
K
 
R
G
 
G
A
 
V
R
 
-
H
 
-
Y
 
W
D
 
A
T
 
S
T
 
V
A
 
N
G
 
G
T
 
E
T
 
G
H
 
Q
D
 
R
V
 
V
A
 
P
A
 
G
H
 
F
S
 
R
V
 
V
V
 
Q
P
 
A
V
 
V
D
|
D
T
 
T
T
 
I
G
x
A
A
|
A
G
|
G
D
|
D
T
 
T
F
 
F
T
 
N
G
 
G
Y
 
A
V
 
L
L
 
I
S
 
T
G
 
A
L
 
L
D
 
L
R
 
E
G
 
E
L
 
K
P
 
P
M
 
L
A
 
P
Q
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
R
Q
 
F
A
 
A
N
x
H
R
 
A
A
 
A
A
|
A
A
 
A
L
 
I
M
x
A
V
 
V
T
 
T
R
|
R
K
 
K
G
 
G
T
 
A
A
 
Q
D
 
P
V
x
S
I
 
V
P
 
P
D
 
W
L
 
R
K
 
E
E
 
E
V
 
I

1gqtB Activation of ribokinase by monovalent cations (see paper)
32% identity, 97% coverage: 6:285/290 of query aligns to 9:300/307 of 1gqtB

query
sites
1gqtB
L
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
N
|
N
A
 
A
D
|
D
M
 
H
I
 
I
Y
 
L
A
 
N
L
 
L
P
 
Q
H
 
S
M
 
F
P
 
P
T
 
T
A
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
V
A
 
T
A
 
G
T
 
N
G
 
H
L
 
Y
E
 
Q
Q
 
V
Y
 
A
L
 
F
G
 
G
G
|
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
|
N
M
 
Q
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
S
G
 
G
S
 
A
H
 
N
V
 
I
C
 
A
H
 
F
L
 
I
G
 
A
A
 
C
V
 
T
G
 
G
P
 
D
E
 
D
G
 
S
A
 
I
W
 
G
A
 
E
V
 
S
T
 
V
R
 
R
L
 
-
L
 
Q
E
 
Q
Y
 
L
G
 
A
V
 
T
D
 
D
T
 
N
R
 
I
H
 
D
I
 
I
A
 
T
Q
 
P
L
 
V
D
 
S
V
 
V
-
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
E
P
 
S
T
 
T
G
 
G
H
 
V
A
 
A
I
 
L
I
 
I
A
 
F
V
 
V
D
 
N
P
 
G
T
 
E
G
 
G
E
 
E
N
 
N
Q
 
V
I
 
I
I
 
G
L
 
I
F
 
H
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
S
 
S
E
 
P
D
 
A
Q
 
L
I
 
V
G
 
E
A
 
A
A
 
Q
L
 
R
S
 
E
A
 
R
A
 
I
S
 
A
A
 
N
G
 
A
D
 
S
I
 
A
L
 
L
V
 
L
M
 
M
Q
 
Q
N
 
L
E
|
E
T
 
S
N
 
P
M
 
L
Q
 
E
A
 
S
-
 
V
-
 
M
E
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
M
 
I
G
 
A
R
 
H
D
 
Q
L
 
N
G
 
K
L
 
T
K
 
I
V
 
V
A
 
A
Y
 
L
A
 
N
A
 
P
A
 
A
P
 
P
F
 
A
D
 
R
A
 
E
A
 
L
A
 
P
V
 
D
Q
 
E
A
 
-
V
 
L
L
 
L
P
 
A
Y
 
L
L
 
V
D
 
D
Y
 
I
L
 
I
F
 
T
L
 
P
N
|
N
E
 
E
V
 
T
E
 
E
A
 
A
E
 
E
Q
 
K
L
 
L
R
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
R
-
 
V
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
A
A
 
A
A
 
K
T
 
A
G
 
A
K
 
Q
T
 
V
P
 
L
E
 
H
A
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
R
D
 
T
V
 
V
I
 
L
V
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
x
S
K
 
R
G
 
G
A
 
V
R
 
-
H
 
-
Y
 
W
D
 
A
T
 
S
T
 
V
A
 
N
G
 
G
T
 
E
T
 
G
H
 
Q
D
 
R
V
 
V
A
 
P
A
 
G
H
 
F
S
 
R
V
 
V
V
 
Q
P
 
A
V
 
V
D
|
D
T
 
T
T
x
I
G
x
A
A
|
A
G
|
G
D
|
D
T
 
T
F
 
F
T
 
N
G
 
G
Y
 
A
V
 
L
L
 
I
S
 
T
G
 
A
L
 
L
D
 
L
R
 
E
G
 
E
L
 
K
P
 
P
M
 
L
A
 
P
Q
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
R
Q
 
F
A
 
A
N
x
H
R
 
A
A
 
A
A
|
A
A
 
A
L
 
I
M
x
A
V
 
V
T
 
T
R
|
R
K
 
K
G
 
G
T
 
A
A
 
Q
D
 
P
V
x
S
I
 
V
P
 
P
D
 
W
L
 
R
K
 
E
E
 
E
V
 
I

P0A9J6 Ribokinase; RK; EC 2.7.1.15 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
32% identity, 97% coverage: 6:285/290 of query aligns to 10:301/309 of P0A9J6

query
sites
P0A9J6
L
 
L
G
 
G
S
 
S
I
 
I
N
|
N
A
|
A
D
|
D
M
 
H
I
 
I
Y
 
L
A
 
N
L
 
L
P
 
Q
H
 
S
M
 
F
P
 
P
T
 
T
A
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
V
A
 
T
A
 
G
T
 
N
G
 
H
L
 
Y
E
 
Q
Q
 
V
Y
 
A
L
 
F
G
 
G
G
|
G
K
|
K
G
|
G
A
|
A
N
|
N
M
 
Q
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
G
R
 
R
A
 
S
G
 
G
S
 
A
H
 
N
V
 
I
C
 
A
H
 
F
L
 
I
G
 
A
A
 
C
V
 
T
G
 
G
P
 
D
E
 
D
G
 
S
A
 
I
W
 
G
A
 
E
V
 
S
T
 
V
R
 
R
L
 
-
L
 
Q
E
 
Q
Y
 
L
G
 
A
V
 
T
D
 
D
T
 
N
R
 
I
H
 
D
I
 
I
A
 
T
Q
 
P
L
 
V
D
 
S
V
 
V
-
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
E
P
 
S
T
 
T
G
 
G
H
 
V
A
 
A
I
 
L
I
 
I
A
 
F
V
 
V
D
 
N
P
 
G
T
 
E
G
 
G
E
 
E
N
 
N
Q
 
V
I
 
I
I
 
G
L
 
I
F
 
H
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
R
 
A
E
 
A
I
 
L
S
 
S
E
 
P
D
 
A
Q
 
L
I
 
V
G
 
E
A
 
A
A
 
Q
L
 
R
S
 
E
A
 
R
A
 
I
S
 
A
A
 
N
G
 
A
D
 
S
I
 
A
L
 
L
V
 
L
M
 
M
Q
 
Q
N
 
L
E
|
E
T
 
S
N
 
P
M
 
L
Q
 
E
A
 
S
-
 
V
-
 
M
E
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
M
 
I
G
 
A
R
 
H
D
 
Q
L
 
N
G
 
K
L
 
T
K
 
I
V
 
V
A
 
A
Y
 
L
A
 
N
A
 
P
A
 
A
P
 
P
F
 
A
D
 
R
A
 
E
A
 
L
A
 
P
V
 
D
Q
 
E
A
 
-
V
 
L
L
 
L
P
 
A
Y
 
L
L
 
V
D
 
D
Y
 
I
L
 
I
F
 
T
L
 
P
N
|
N
E
 
E
V
 
T
E
 
E
A
 
A
E
 
E
Q
 
K
L
 
L
R
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
R
-
 
V
-
 
E
-
 
N
-
 
D
-
 
E
-
 
D
-
 
A
A
 
A
A
 
K
T
 
A
G
 
A
K
 
Q
T
 
V
P
 
L
E
 
H
A
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
I
A
 
R
D
 
T
V
 
V
I
 
L
V
 
I
T
|
T
L
|
L
G
|
G
A
x
S
K
x
R
G
|
G
A
 
V
R
 
-
H
 
-
Y
 
W
D
 
A
T
 
S
T
 
V
A
 
N
G
 
G
T
 
E
T
 
G
H
 
Q
D
 
R
V
 
V
A
 
P
A
 
G
H
 
F
S
 
R
V
 
V
V
 
Q
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
I
G
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
T
 
T
F
 
F
T
 
N
G
 
G
Y
 
A
V
 
L
L
 
I
S
 
T
G
 
A
L
 
L
D
 
L
R
 
E
G
 
E
L
 
K
P
 
P
M
 
L
A
 
P
Q
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
R
Q
 
F
A
 
A
N
x
H
R
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
I
M
 
A
V
 
V
T
 
T
R
 
R
K
 
K
G
 
G
T
 
A
A
 
Q
D
 
P
V
 
S
I
 
V
P
 
P
D
 
W
L
 
R
K
 
E
E
 
E
V
 
I

2fv7A Crystal structure of human ribokinase
31% identity, 98% coverage: 2:285/290 of query aligns to 3:303/308 of 2fv7A

query
sites
2fv7A
A
 
A
I
 
V
W
 
V
N
 
V
L
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
M
A
 
T
D
 
D
M
 
L
I
 
V
Y
 
S
A
 
L
L
 
T
P
 
S
H
 
R
M
 
L
P
 
P
T
 
K
A
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
A
 
H
A
 
G
T
 
H
G
 
K
L
 
F
E
 
F
Q
 
I
Y
 
G
L
 
F
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
N
M
 
Q
S
 
C
V
 
V
A
 
Q
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
G
-
 
A
-
 
M
-
 
T
S
 
S
H
 
M
V
 
V
C
 
C
H
 
K
L
 
V
G
 
G
A
 
K
V
 
-
G
 
D
P
 
S
E
 
F
G
 
G
A
 
N
W
 
D
A
 
Y
V
 
I
T
 
E
R
 
N
L
 
L
L
 
K
E
 
Q
Y
 
N
G
 
D
V
 
I
D
 
S
T
 
T
R
 
E
H
 
F
I
 
T
A
 
Y
Q
 
Q
L
 
T
-
 
K
D
 
D
V
 
A
P
 
A
T
 
T
G
 
G
H
 
T
A
 
A
I
 
S
I
 
I
A
 
I
V
 
V
D
 
N
P
 
N
T
 
E
G
 
G
E
 
Q
N
 
N
Q
 
I
I
 
I
I
 
V
L
 
I
F
 
V
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
R
 
L
E
 
L
I
 
L
S
 
N
E
 
T
D
 
E
Q
 
D
I
 
L
G
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
A
S
 
N
A
 
V
A
 
I
S
 
S
A
 
R
G
 
A
D
 
K
I
 
V
L
 
M
V
 
V
M
 
C
Q
 
Q
N
 
L
E
 
E
T
 
I
N
 
T
-
 
P
-
 
A
M
 
T
Q
 
S
A
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
L
Q
 
T
M
 
M
G
 
A
R
 
R
D
 
R
L
 
S
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
T
A
 
L
Y
 
F
A
 
N
A
 
P
A
 
A
P
 
P
F
 
A
D
 
I
A
 
A
A
 
D
A
 
L
V
 
D
Q
 
P
A
 
Q
V
 
F
L
 
Y
P
 
T
Y
 
L
L
 
S
D
 
D
Y
 
V
L
 
F
F
 
C
L
 
C
N
|
N
E
 
E
V
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
R
 
T
A
 
G
A
 
L
T
 
T
-
 
V
G
 
G
K
 
S
T
 
A
P
 
A
E
 
D
A
 
A
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
L
-
 
K
L
 
R
G
 
G
V
 
C
A
 
Q
D
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
 
A
K
 
E
G
|
G
A
 
C
R
 
V
H
 
V
Y
 
L
D
 
S
T
 
Q
T
 
T
A
 
E
G
 
P
T
 
E
T
 
P
H
 
K
D
 
H
V
 
I
A
 
P
A
x
T
H
 
E
S
 
K
V
|
V
V
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
T
 
S
F
 
F
T
 
V
G
 
G
Y
 
A
V
 
L
L
 
A
S
 
F
G
 
Y
L
 
L
D
 
A
R
 
Y
-
 
Y
-
 
P
G
 
N
L
 
L
P
 
S
M
 
L
A
 
E
Q
 
D
A
 
M
L
 
L
A
 
N
Q
 
R
A
 
S
N
|
N
R
 
F
A
 
I
A
|
A
A
|
A
L
 
V
M
 
S
V
|
V
T
 
Q
R
 
A
K
 
A
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
D
 
S
V
 
S
I
 
Y
P
 
P
D
 
Y
L
 
K
K
 
K
E
 
D
V
 
L

5c3yA Structure of human ribokinase crystallized with amppnp
31% identity, 98% coverage: 2:285/290 of query aligns to 3:303/306 of 5c3yA

query
sites
5c3yA
A
 
A
I
 
V
W
 
V
N
 
V
L
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
M
A
 
T
D
 
D
M
 
L
I
 
V
Y
 
S
A
 
L
L
 
T
P
 
S
H
 
R
M
 
L
P
 
P
T
 
K
A
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
A
 
H
A
 
G
T
 
H
G
 
K
L
 
F
E
 
F
Q
 
I
Y
 
G
L
 
F
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
N
M
 
Q
S
 
C
V
 
V
A
 
Q
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
G
-
 
A
-
 
M
-
 
T
S
 
S
H
 
M
V
 
V
C
 
C
H
 
K
L
 
V
G
 
G
A
 
K
V
 
-
G
 
D
P
 
S
E
 
F
G
 
G
A
 
N
W
 
D
A
 
Y
V
 
I
T
 
E
R
 
N
L
 
L
L
 
K
E
 
Q
Y
 
N
G
 
D
V
 
I
D
 
S
T
 
T
R
 
E
H
 
F
I
 
T
A
 
Y
Q
 
Q
L
 
T
-
 
K
D
 
D
V
 
A
P
 
A
T
 
T
G
 
G
H
 
T
A
 
A
I
 
S
I
 
I
A
 
I
V
 
V
D
 
N
P
 
N
T
 
E
G
 
G
E
 
Q
N
 
N
Q
 
I
I
 
I
I
 
V
L
 
I
F
 
V
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
R
 
L
E
 
L
I
 
L
S
 
N
E
 
T
D
 
E
Q
 
D
I
 
L
G
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
A
S
 
N
A
 
V
A
 
I
S
 
S
A
 
R
G
 
A
D
 
K
I
 
V
L
 
M
V
 
V
M
 
C
Q
 
Q
N
 
L
E
 
E
T
 
I
N
 
T
-
 
P
-
 
A
M
 
T
Q
 
S
A
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
L
Q
 
T
M
 
M
G
 
A
R
 
R
D
 
R
L
 
S
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
T
A
 
L
Y
 
F
A
 
N
A
 
P
A
 
A
P
 
P
F
 
A
D
 
I
A
 
A
A
 
D
A
 
L
V
 
D
Q
 
P
A
 
Q
V
 
F
L
 
Y
P
 
T
Y
 
L
L
 
S
D
 
D
Y
 
V
L
 
F
F
 
C
L
 
C
N
 
N
E
 
E
V
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
R
 
T
A
 
G
A
 
L
T
 
T
-
 
V
G
 
G
K
 
S
T
 
A
P
 
A
E
 
D
A
 
A
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
L
-
 
K
L
 
R
G
 
G
V
 
C
A
 
Q
D
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
 
A
K
 
E
G
 
G
A
 
C
R
 
V
H
 
V
Y
 
L
D
 
S
T
 
Q
T
 
T
A
 
E
G
 
P
T
 
E
T
 
P
H
 
K
D
 
H
V
 
I
A
 
P
A
 
T
H
 
E
S
 
K
V
|
V
V
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
|
T
T
 
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
T
 
S
F
 
F
T
 
V
G
 
G
Y
 
A
V
 
L
L
 
A
S
 
F
G
 
Y
L
 
L
D
 
A
R
 
Y
-
 
Y
-
 
P
G
 
N
L
 
L
P
 
S
M
 
L
A
 
E
Q
 
D
A
 
M
L
 
L
A
 
N
Q
 
R
A
 
S
N
|
N
R
 
F
A
 
I
A
|
A
A
|
A
L
 
V
M
 
S
V
 
V
T
 
Q
R
 
A
K
 
A
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
D
 
S
V
 
S
I
 
Y
P
 
P
D
 
Y
L
 
K
K
 
K
E
 
D
V
 
L

6wk0B Crystal structure of human ribokinase in complex with amppcp and ribose
31% identity, 98% coverage: 2:285/290 of query aligns to 4:304/311 of 6wk0B

query
sites
6wk0B
A
 
A
I
 
V
W
 
V
N
 
V
L
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
M
A
 
T
D
|
D
M
 
L
I
 
V
Y
 
S
A
 
L
L
 
T
P
 
S
H
 
R
M
 
L
P
 
P
T
 
K
A
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
A
 
H
A
 
G
T
 
H
G
 
K
L
 
F
E
 
F
Q
 
I
Y
 
G
L
 
F
G
 
G
G
|
G
K
|
K
G
 
G
A
 
A
N
|
N
M
 
Q
S
 
C
V
 
V
A
 
Q
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
G
-
 
A
-
 
M
-
 
T
S
 
S
H
 
M
V
 
V
C
 
C
H
 
K
L
 
V
G
 
G
A
 
K
V
 
-
G
 
D
P
 
S
E
 
F
G
 
G
A
 
N
W
 
D
A
 
Y
V
 
I
T
 
E
R
 
N
L
 
L
L
 
K
E
 
Q
Y
 
N
G
 
D
V
 
I
D
 
S
T
 
T
R
 
E
H
 
F
I
 
T
A
 
Y
Q
 
Q
L
 
T
-
 
K
D
 
D
V
 
A
P
 
A
T
 
T
G
 
G
H
 
T
A
|
A
I
 
S
I
 
I
A
 
I
V
 
V
D
 
N
P
 
N
T
 
E
G
 
G
E
 
Q
N
 
N
Q
 
I
I
 
I
I
 
V
L
 
I
F
 
V
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
R
 
L
E
 
L
I
 
L
S
 
N
E
 
T
D
 
E
Q
 
D
I
 
L
G
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
A
S
 
N
A
 
V
A
 
I
S
 
S
A
 
R
G
 
A
D
 
K
I
 
V
L
 
M
V
 
V
M
 
C
Q
 
Q
N
 
L
E
|
E
T
 
I
N
 
T
-
 
P
-
 
A
M
 
T
Q
 
S
A
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
L
Q
 
T
M
 
M
G
 
A
R
 
R
D
 
R
L
 
S
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
T
A
 
L
Y
 
F
A
 
N
A
 
P
A
 
A
P
 
P
F
 
A
D
 
I
A
 
A
A
 
D
A
 
L
V
 
D
Q
 
P
A
 
Q
V
 
F
L
 
Y
P
 
T
Y
 
L
L
 
S
D
 
D
Y
 
V
L
 
F
F
 
C
L
 
C
N
|
N
E
 
E
V
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
R
 
T
A
 
G
A
 
L
T
 
T
-
 
V
G
 
G
K
 
S
T
 
A
P
 
A
E
 
D
A
 
A
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
L
-
 
K
L
 
R
G
 
G
V
 
C
A
 
Q
D
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
K
 
E
G
|
G
A
 
C
R
 
V
H
 
V
Y
 
L
D
 
S
T
 
Q
T
 
T
A
 
E
G
 
P
T
 
E
T
 
P
H
 
K
D
 
H
V
 
I
A
 
P
A
x
T
H
 
E
S
 
K
V
|
V
V
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
T
 
S
F
 
F
T
 
V
G
 
G
Y
 
A
V
 
L
L
 
A
S
 
F
G
 
Y
L
 
L
D
 
A
R
 
Y
-
 
Y
-
 
P
G
 
N
L
 
L
P
 
S
M
 
L
A
 
E
Q
 
D
A
 
M
L
 
L
A
 
N
Q
 
R
A
 
S
N
|
N
R
 
F
A
 
I
A
|
A
A
|
A
L
 
V
M
 
S
V
|
V
T
 
Q
R
 
A
K
 
A
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
D
 
S
V
 
S
I
 
Y
P
 
P
D
 
Y
L
 
K
K
 
K
E
 
D
V
 
L

5c41A Crystal structure of human ribokinase in complex with amppcp in p21 spacegroup and with 4 protomers
31% identity, 98% coverage: 2:285/290 of query aligns to 4:304/317 of 5c41A

query
sites
5c41A
A
 
A
I
 
V
W
 
V
N
 
V
L
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
M
A
 
T
D
 
D
M
 
L
I
 
V
Y
 
S
A
 
L
L
 
T
P
 
S
H
 
R
M
 
L
P
 
P
T
 
K
A
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
A
 
H
A
 
G
T
 
H
G
 
K
L
 
F
E
 
F
Q
 
I
Y
 
G
L
 
F
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
N
M
 
Q
S
 
C
V
 
V
A
 
Q
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
G
-
 
A
-
 
M
-
 
T
S
 
S
H
 
M
V
 
V
C
 
C
H
 
K
L
 
V
G
 
G
A
 
K
V
 
-
G
 
D
P
 
S
E
 
F
G
 
G
A
 
N
W
 
D
A
 
Y
V
 
I
T
 
E
R
 
N
L
 
L
L
 
K
E
 
Q
Y
 
N
G
 
D
V
 
I
D
 
S
T
 
T
R
 
E
H
 
F
I
 
T
A
 
Y
Q
 
Q
L
 
T
-
 
K
D
 
D
V
 
A
P
 
A
T
 
T
G
 
G
H
 
T
A
 
A
I
 
S
I
 
I
A
 
I
V
 
V
D
 
N
P
 
N
T
 
E
G
 
G
E
 
Q
N
 
N
Q
 
I
I
 
I
I
 
V
L
 
I
F
 
V
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
R
 
L
E
 
L
I
 
L
S
 
N
E
 
T
D
 
E
Q
 
D
I
 
L
G
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
A
S
 
N
A
 
V
A
 
I
S
 
S
A
 
R
G
 
A
D
 
K
I
 
V
L
 
M
V
 
V
M
 
C
Q
 
Q
N
 
L
E
 
E
T
 
I
N
 
T
-
 
P
-
 
A
M
 
T
Q
 
S
A
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
L
Q
 
T
M
 
M
G
 
A
R
 
R
D
 
R
L
 
S
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
T
A
 
L
Y
 
F
A
 
N
A
 
P
A
 
A
P
 
P
F
 
A
D
 
I
A
 
A
A
 
D
A
 
L
V
 
D
Q
 
P
A
 
Q
V
 
F
L
 
Y
P
 
T
Y
 
L
L
 
S
D
 
D
Y
 
V
L
 
F
F
 
C
L
 
C
N
|
N
E
 
E
V
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
R
 
T
A
 
G
A
 
L
T
 
T
-
 
V
G
 
G
K
 
S
T
 
A
P
 
A
E
 
D
A
 
A
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
L
-
 
K
L
 
R
G
 
G
V
 
C
A
 
Q
D
 
V
V
 
V
I
 
I
V
 
I
T
|
T
L
 
L
G
|
G
A
|
A
K
 
E
G
|
G
A
 
C
R
 
V
H
 
V
Y
 
L
D
 
S
T
 
Q
T
 
T
A
 
E
G
 
P
T
 
E
T
 
P
H
 
K
D
 
H
V
 
I
A
 
P
A
 
T
H
 
E
S
 
K
V
|
V
V
 
K
P
 
A
V
 
V
D
 
D
T
 
T
T
 
T
G
|
G
A
|
A
G
|
G
D
|
D
T
 
S
F
 
F
T
 
V
G
 
G
Y
 
A
V
 
L
L
 
A
S
 
F
G
 
Y
L
 
L
D
 
A
R
 
Y
-
 
Y
-
 
P
G
 
N
L
 
L
P
 
S
M
 
L
A
 
E
Q
 
D
A
 
M
L
 
L
A
 
N
Q
 
R
A
 
S
N
|
N
R
 
F
A
 
I
A
|
A
A
|
A
L
 
V
M
 
S
V
 
V
T
 
Q
R
 
A
K
 
A
G
 
G
T
 
T
A
 
Q
D
 
S
V
 
S
I
 
Y
P
 
P
D
 
Y
L
 
K
K
 
K
E
 
D
V
 
L

6wjzA Crystal structure of human ribokinase in complex with ampcp
31% identity, 98% coverage: 2:285/290 of query aligns to 4:304/315 of 6wjzA

query
sites
6wjzA
A
 
A
I
 
V
W
 
V
N
 
V
L
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
C
N
 
M
A
 
T
D
 
D
M
 
L
I
 
V
Y
 
S
A
 
L
L
 
T
P
 
S
H
 
R
M
 
L
P
 
P
T
 
K
A
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
T
L
 
I
A
 
H
A
 
G
T
 
H
G
 
K
L
 
F
E
 
F
Q
 
I
Y
 
G
L
 
F
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
N
M
 
Q
S
 
C
V
 
V
A
 
Q
A
 
A
A
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
G
-
 
A
-
 
M
-
 
T
S
 
S
H
 
M
V
 
V
C
 
C
H
 
K
L
 
V
G
 
G
A
 
K
V
 
-
G
 
D
P
 
S
E
 
F
G
 
G
A
 
N
W
 
D
A
 
Y
V
 
I
T
 
E
R
 
N
L
 
L
L
 
K
E
 
Q
Y
 
N
G
 
D
V
 
I
D
 
S
T
 
T
R
 
E
H
 
F
I
 
T
A
 
Y
Q
 
Q
L
 
T
-
 
K
D
 
D
V
 
A
P
 
A
T
 
T
G
 
G
H
 
T
A
 
A
I
 
S
I
 
I
A
 
I
V
 
V
D
 
N
P
 
N
T
 
E
G
 
G
E
 
Q
N
 
N
Q
 
I
I
 
I
I
 
V
L
 
I
F
 
V
P
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
N
R
 
L
E
 
L
I
 
L
S
 
N
E
 
T
D
 
E
Q
 
D
I
 
L
G
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
A
S
 
N
A
 
V
A
 
I
S
 
S
A
 
R
G
 
A
D
 
K
I
 
V
L
 
M
V
 
V
M
 
C
Q
 
Q
N
 
L
E
 
E
T
 
I
N
 
T
-
 
P
-
 
A
M
 
T
Q
 
S
A
 
L
E
 
E
A
 
A
A
 
L
Q
 
T
M
 
M
G
 
A
R
 
R
D
 
R
L
 
S
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
T
A
 
L
Y
 
F