SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3462 FitnessBrowser__Phaeo:GFF3462 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

O67049 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Aquifex aeolicus (strain VF5) (see paper)
35% identity, 98% coverage: 1:272/277 of query aligns to 1:262/269 of O67049

query
sites
O67049
M
 
M
N
 
I
D
 
N
T
 
A
R
 
Q
I
 
T
P
 
Q
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
K
H
 
H
S
|
S
R
x
L
S
|
S
P
 
P
L
 
V
V
 
F
H
 
Q
G
 
N
H
 
A
W
 
L
L
 
I
R
 
R
T
 
Y
Y
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
N
G
 
A
H
 
V
Y
 
Y
V
 
L
P
 
A
L
 
F
H
 
E
V
 
I
E
 
N
P
 
P
G
 
E
Q
 
E
L
 
L
E
 
K
E
 
K
V
 
A
V
 
F
R
 
E
S
 
G
L
 
F
P
 
K
K
 
A
M
 
L
G
 
K
F
 
V
V
 
K
G
 
G
A
 
I
N
 
N
I
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
E
 
E
Q
 
E
I
 
I
M
 
I
E
 
P
I
 
L
A
 
L
D
 
D
Q
 
Y
V
 
V
T
 
E
D
|
D
R
 
T
A
 
A
T
 
K
L
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
I
 
K
F
 
F
R
 
E
P
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
K
I
 
A
L
 
Y
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
G
 
W
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
I
 
L
T
 
K
N
 
S
L
 
L
H
 
K
Q
 
S
A
 
L
A
 
I
P
 
P
D
 
E
W
 
V
D
 
K
P
 
E
A
 
K
T
 
S
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
L
V
 
V
F
 
L
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
Y
S
 
A
L
 
L
L
 
V
E
 
K
A
 
E
G
 
G
V
 
A
P
 
-
E
 
K
I
 
V
L
 
F
L
 
L
S
 
W
N
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
K
E
 
E
R
 
K
A
 
A
D
 
I
Q
 
K
F
 
L
R
 
A
S
 
Q
E
 
K
F
 
F
G
 
P
S
 
-
R
 
-
I
 
L
Q
 
E
V
 
V
V
 
V
D
 
N
W
 
S
V
 
P
Q
 
E
V
 
-
G
 
-
N
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
D
Q
 
K
A
 
V
A
 
Q
L
 
V
L
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
S
L
 
V
G
 
G
M
 
L
V
 
K
G
 
D
K
 
K
P
 
D
R
 
P
L
 
E
R
 
I
V
 
F
P
 
N
L
 
Y
D
 
D
G
 
L
L
 
I
R
 
K
S
 
K
S
 
D
T
 
H
V
 
V
V
 
V
T
 
V
D
 
D
L
x
I
V
 
I
Y
|
Y
T
 
K
P
 
-
L
 
-
K
 
E
T
 
T
D
 
K
M
 
L
L
 
L
Q
 
K
W
 
K
A
 
A
E
 
K
D
 
E
I
 
K
G
 
G
C
 
A
T
 
K
T
 
L
V
 
F
D
 
D
G
|
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
L
 
L
L
 
L
H
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
I
P
 
E
G
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
N
G
 
G
K
 
C
R
 
E
P
 
V
E
 
P
V
 
Y
D
 
S
A
 
V
A
 
A
T
 
E
R
 
R

2hk9B Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
34% identity, 98% coverage: 1:272/277 of query aligns to 1:262/267 of 2hk9B

query
sites
2hk9B
M
 
M
N
 
I
D
 
N
T
 
A
R
 
Q
I
 
T
P
 
Q
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
K
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
V
V
 
F
H
 
Q
G
 
N
H
 
A
W
 
L
L
 
I
R
 
R
T
 
Y
Y
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
N
G
 
A
H
 
V
Y
 
Y
V
 
L
P
 
A
L
 
F
H
 
E
V
 
I
E
 
N
P
 
P
G
 
E
Q
 
E
L
 
L
E
 
K
E
 
K
V
 
A
V
 
F
R
 
E
S
 
G
L
 
F
P
 
K
K
 
A
M
 
L
G
 
K
F
 
V
V
 
K
G
 
G
A
 
I
N
|
N
I
 
V
T
|
T
I
x
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
E
 
E
Q
 
E
I
 
I
M
 
I
E
 
P
I
 
L
A
 
L
D
 
D
Q
 
Y
V
 
V
T
 
E
D
 
D
R
 
T
A
 
A
T
 
K
L
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
I
 
K
F
 
F
R
 
E
P
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
K
I
 
A
L
 
Y
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
G
 
W
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
I
 
L
T
 
K
N
 
S
L
 
L
H
 
K
Q
 
S
A
 
L
A
 
I
P
 
P
D
 
E
W
 
V
D
 
K
P
 
E
A
 
K
T
 
S
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
L
V
 
V
F
 
L
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
Y
S
 
A
L
 
L
L
 
V
E
 
K
A
 
E
G
 
G
V
 
A
P
 
-
E
 
K
I
 
V
L
 
F
L
 
L
S
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
K
E
 
E
R
x
K
A
 
A
D
 
I
Q
 
K
F
 
L
R
 
A
S
 
Q
E
 
K
F
 
F
G
 
P
S
 
-
R
 
-
I
 
L
Q
 
E
V
 
V
V
 
V
D
 
N
W
 
S
V
 
P
Q
 
E
V
 
-
G
 
-
N
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
D
Q
 
K
A
 
V
A
 
Q
L
 
V
L
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
S
|
S
L
x
V
G
 
G
M
 
L
V
 
K
G
 
D
K
 
E
P
 
D
R
 
P
L
 
E
R
 
I
V
 
F
P
 
N
L
 
Y
D
 
D
G
 
L
L
 
I
R
 
K
S
 
K
S
 
D
T
 
H
V
 
V
V
 
V
T
 
V
D
 
D
L
x
I
V
 
I
Y
|
Y
T
 
K
P
 
-
L
 
-
K
 
E
T
 
T
D
 
K
M
 
L
L
 
L
Q
 
K
W
 
K
A
 
A
E
 
K
D
 
E
I
 
K
G
 
G
C
 
A
T
 
K
T
 
L
V
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
|
M
L
|
L
L
 
L
H
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
I
P
 
E
G
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
N
G
 
G
K
 
C
R
 
E
P
 
V
E
 
P
V
 
Y
D
 
S
A
 
V
A
 
A
T
 
E
R
 
R

2hk9A Crystal structure of shikimate dehydrogenase from aquifex aeolicus in complex with shikimate and NADP+ at 2.2 angstrom resolution (see paper)
34% identity, 98% coverage: 1:272/277 of query aligns to 1:262/269 of 2hk9A

query
sites
2hk9A
M
 
M
N
 
I
D
 
N
T
 
A
R
 
Q
I
 
T
P
 
Q
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
K
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
V
V
 
F
H
 
Q
G
 
N
H
 
A
W
 
L
L
 
I
R
 
R
T
 
Y
Y
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
N
G
 
A
H
 
V
Y
 
Y
V
 
L
P
 
A
L
 
F
H
 
E
V
 
I
E
 
N
P
 
P
G
 
E
Q
 
E
L
 
L
E
 
K
E
 
K
V
 
A
V
 
F
R
 
E
S
 
G
L
 
F
P
 
K
K
 
A
M
 
L
G
 
K
F
 
V
V
 
K
G
 
G
A
 
I
N
|
N
I
 
V
T
 
T
I
x
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
E
 
E
Q
 
E
I
 
I
M
 
I
E
 
P
I
 
L
A
 
L
D
 
D
Q
 
Y
V
 
V
T
 
E
D
 
D
R
 
T
A
 
A
T
 
K
L
 
E
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
I
 
K
F
 
F
R
 
E
P
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
K
I
 
A
L
 
Y
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
G
 
W
Y
 
I
G
 
G
F
 
F
I
 
L
T
 
K
N
 
S
L
 
L
H
 
K
Q
 
S
A
 
L
A
 
I
P
 
P
D
 
E
W
 
V
D
 
K
P
 
E
A
 
K
T
 
S
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
L
V
 
V
F
 
L
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
I
A
 
Y
S
 
A
L
 
L
L
 
V
E
 
K
A
 
E
G
 
G
V
 
A
P
 
-
E
 
K
I
 
V
L
 
F
L
 
L
S
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
K
E
 
E
R
 
K
A
 
A
D
 
I
Q
 
K
F
 
L
R
 
A
S
 
Q
E
 
K
F
 
F
G
 
P
S
 
-
R
 
-
I
 
L
Q
 
E
V
 
V
V
 
V
D
 
N
W
 
S
V
 
P
Q
 
E
V
 
-
G
 
-
N
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
D
Q
 
K
A
 
V
A
 
Q
L
 
V
L
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
T
|
T
S
|
S
L
x
V
G
 
G
M
 
L
V
 
K
G
 
D
K
 
E
P
 
D
R
 
P
L
 
E
R
 
I
V
 
F
P
 
N
L
 
Y
D
 
D
G
 
L
L
 
I
R
 
K
S
 
K
S
 
D
T
 
H
V
 
V
V
 
V
T
 
V
D
 
D
L
 
I
V
 
I
Y
|
Y
T
 
K
P
 
-
L
 
-
K
 
E
T
 
T
D
 
K
M
 
L
L
 
L
Q
 
K
W
 
K
A
 
A
E
 
K
D
 
E
I
 
K
G
 
G
C
 
A
T
 
K
T
 
L
V
 
L
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
P
M
 
M
L
|
L
L
 
L
H
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
I
P
 
E
G
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
N
G
 
G
K
 
C
R
 
E
P
 
V
E
 
P
V
 
Y
D
 
S
A
 
V
A
 
A
T
 
E
R
 
R

Q5HNV1 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (see paper)
31% identity, 94% coverage: 10:269/277 of query aligns to 4:256/269 of Q5HNV1

query
sites
Q5HNV1
G
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
N
P
 
P
V
 
I
A
 
S
H
 
H
S
|
S
R
x
L
S
|
S
P
 
P
L
 
L
V
 
M
H
 
H
G
 
H
H
 
A
W
 
N
L
 
F
R
 
Q
T
 
S
Y
 
L
G
 
N
I
 
L
A
 
E
G
 
N
H
 
T
Y
 
Y
V
 
E
P
 
A
L
 
I
H
 
N
V
 
V
E
 
P
P
 
V
G
 
N
Q
 
Q
L
 
F
E
 
Q
E
 
D
V
 
I
V
 
K
R
 
K
S
 
I
L
 
I
P
 
S
K
 
E
M
 
K
G
 
S
F
 
I
V
 
D
G
 
G
A
 
F
N
 
N
I
 
V
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
E
 
E
Q
 
R
I
 
I
M
 
I
E
 
P
I
 
Y
A
 
L
D
 
D
Q
 
D
V
 
I
T
 
N
D
 
E
R
 
Q
A
 
A
T
 
K
L
 
S
I
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
I
 
L
F
 
V
R
 
K
P
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
K
I
 
W
L
 
I
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
F
 
Y
I
 
V
T
 
N
N
 
G
L
 
L
H
 
K
Q
 
Q
A
 
I
A
 
Y
P
 
E
D
 
G
W
 
I
D
 
E
P
 
D
A
 
A
T
 
Y
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
L
V
 
I
F
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
S
R
 
K
A
 
G
V
 
I
I
 
A
A
 
N
S
 
E
L
 
L
L
 
Y
E
 
K
A
 
I
G
 
V
V
 
R
P
 
P
E
 
T
I
 
L
L
 
T
L
 
V
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
M
E
 
S
R
 
R
A
 
F
D
 
N
Q
 
N
F
 
-
R
 
-
S
 
-
E
 
-
F
 
W
G
 
S
S
 
L
R
 
N
I
 
I
Q
 
N
V
 
K
V
 
I
D
 
N
W
 
L
V
 
S
Q
 
H
V
 
A
G
 
E
N
 
S
V
 
H
I
 
L
E
 
D
Q
 
E
A
 
F
A
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
P
L
 
A
G
 
G
M
 
M
V
 
N
G
 
G
K
 
N
P
 
T
R
 
D
L
 
S
R
 
V
V
 
I
P
 
S
L
 
L
D
 
N
G
 
R
L
 
L
R
 
A
S
 
S
S
 
H
T
 
T
V
 
L
V
 
V
T
 
S
D
 
D
L
 
I
V
 
V
Y
|
Y
T
 
N
P
 
P
L
 
Y
K
 
K
T
 
T
D
 
P
M
 
I
L
 
L
Q
 
I
W
 
E
A
 
A
E
 
E
D
 
Q
I
 
R
G
 
G
C
 
N
T
 
P
T
 
I
V
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
D
M
 
M
L
 
F
L
 
V
H
 
H
Q
|
Q
A
 
G
V
 
A
P
 
E
G
 
S
F
 
F
E
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
T
G
 
N
K
 
L
R
 
E
P
 
P
E
 
D
V
 
I
D
 
K
A
 
A

3dooA Crystal structure of shikimate dehydrogenase from staphylococcus epidermidis complexed with shikimate (see paper)
30% identity, 94% coverage: 10:269/277 of query aligns to 4:247/258 of 3dooA

query
sites
3dooA
G
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
N
P
 
P
V
 
I
A
 
S
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
L
V
 
M
H
 
H
G
 
H
H
 
A
W
 
N
L
 
F
R
 
Q
T
 
S
Y
 
L
G
 
N
I
 
L
A
 
E
G
 
N
H
 
T
Y
 
Y
V
 
E
P
 
A
L
 
I
H
 
N
V
 
V
E
 
P
P
 
V
G
 
N
Q
 
Q
L
 
F
E
 
Q
E
 
D
V
 
I
V
 
K
R
 
K
S
 
I
L
 
I
P
 
S
K
 
E
M
 
K
G
 
S
F
 
I
V
 
D
G
 
G
A
 
F
N
|
N
I
 
V
T
|
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
E
Q
 
R
I
 
I
M
 
I
E
 
P
I
 
Y
A
 
L
D
 
D
Q
 
D
V
 
I
T
 
N
D
 
E
R
 
Q
A
 
A
T
 
K
L
 
S
I
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
I
 
L
F
 
V
R
 
K
P
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
K
I
 
W
L
 
I
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
F
 
Y
I
 
V
T
 
N
N
 
G
L
 
L
H
 
K
Q
 
Q
A
 
I
A
 
Y
P
 
E
D
 
G
W
 
I
D
 
E
P
 
D
A
 
A
T
 
Y
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
L
V
 
I
F
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
S
R
 
K
A
 
G
V
 
I
I
 
A
A
 
N
S
 
E
L
 
L
L
 
Y
E
 
K
A
 
I
G
 
V
V
 
R
P
 
P
E
 
T
I
 
L
L
 
T
L
 
V
S
 
A
N
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
M
E
 
S
R
 
R
A
 
F
D
 
N
Q
 
N
F
 
-
R
 
-
S
 
-
E
 
-
F
 
W
G
 
S
S
 
L
R
 
N
I
 
I
Q
 
N
V
 
K
V
 
I
D
 
N
W
 
L
V
 
S
Q
 
H
V
 
A
G
 
E
N
 
S
V
 
H
I
 
L
E
 
D
Q
 
E
A
 
F
A
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
T
 
T
S
 
P
L
 
V
G
 
-
M
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
P
 
-
R
 
-
L
 
-
R
 
-
V
 
I
P
 
S
L
 
L
D
 
N
G
 
R
L
 
L
R
 
A
S
 
S
S
 
H
T
 
T
V
 
L
V
 
V
T
 
S
D
 
D
L
 
I
V
 
V
Y
 
Y
T
 
N
P
 
P
L
 
Y
K
 
K
T
 
T
D
 
P
M
 
I
L
 
L
Q
 
I
W
 
E
A
 
A
E
 
E
D
 
Q
I
 
R
G
 
G
C
 
N
T
 
P
T
 
I
V
 
Y
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
D
M
 
M
L
x
F
L
 
V
H
 
H
Q
|
Q
A
 
G
V
 
A
P
 
E
G
 
S
F
 
F
E
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
T
G
 
N
K
 
L
R
 
E
P
 
P
E
 
D
V
 
I
D
 
K
A
 
A

Q9KVT3 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
34% identity, 97% coverage: 4:273/277 of query aligns to 3:269/278 of Q9KVT3

query
sites
Q9KVT3
T
 
S
R
 
Q
I
 
I
P
 
D
L
 
Q
A
 
Y
G
 
A
V
 
V
I
 
F
G
 
G
S
 
N
P
 
P
V
 
I
A
 
N
H
 
H
S
|
S
R
x
K
S
|
S
P
 
P
L
 
F
V
 
I
H
 
H
G
 
T
H
 
L
W
 
F
L
 
A
R
 
R
T
 
Q
Y
 
T
G
 
Q
I
 
Q
A
 
S
G
 
M
H
 
I
Y
 
Y
V
 
T
P
 
A
L
 
Q
H
 
C
V
 
V
E
 
P
P
 
V
G
 
D
Q
 
G
L
 
F
E
 
T
E
 
E
V
 
A
V
 
A
R
 
K
S
 
H
L
 
F
P
 
F
K
 
A
M
 
Q
G
 
G
F
 
G
V
 
R
G
 
G
A
 
C
N
 
N
I
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
E
 
E
Q
 
E
I
 
A
M
 
Y
E
 
R
I
 
F
A
 
A
D
 
D
Q
 
R
V
 
L
T
 
T
D
 
E
R
 
R
A
 
A
T
 
R
L
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
L
I
 
K
F
 
K
R
 
L
P
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
G
 
G
Y
 
E
G
 
G
F
 
L
I
 
V
T
 
Q
N
 
D
L
 
L
H
 
L
Q
 
A
A
 
Q
A
 
Q
P
 
V
D
 
L
W
 
L
D
 
K
P
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
L
V
 
L
F
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
A
R
 
R
A
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
K
S
 
P
L
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
Q
G
 
Q
V
 
P
P
 
A
E
 
S
I
 
I
L
 
T
L
 
V
S
 
T
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
x
F
E
x
A
R
x
K
A
 
A
D
 
E
Q
 
Q
F
 
L
R
 
-
S
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
V
S
 
A
R
 
A
I
 
Y
Q
 
G
V
 
E
V
 
V
D
 
K
W
 
A
V
 
Q
Q
 
A
V
 
F
G
 
E
N
 
Q
V
 
L
I
 
K
E
 
Q
Q
 
S
A
 
Y
A
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
S
T
 
T
S
 
S
L
 
A
G
 
S
M
 
L
V
 
D
G
 
G
K
 
E
P
 
L
R
 
P
L
 
A
R
 
I
V
 
D
P
 
P
L
 
V
D
 
I
G
 
-
L
 
F
R
 
S
S
 
S
S
 
R
T
 
S
V
 
V
V
 
C
T
 
Y
D
 
D
L
 
M
V
 
M
Y
 
Y
T
 
G
P
 
K
L
 
G
K
 
Y
T
 
T
D
 
V
M
 
F
L
 
N
Q
 
Q
W
 
W
A
 
A
E
 
R
D
 
Q
I
 
H
G
 
G
C
 
C
T
 
A
-
 
Q
T
 
A
V
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
H
 
G
Q
|
Q
A
 
A
V
 
A
P
 
E
G
 
S
F
 
F
E
 
M
R
 
L
W
 
W
F
 
R
G
 
G
K
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
G
V
 
T
D
 
K
A
 
Q
A
 
I
T
 
L
R
 
R
E
 
E

Q58484 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (Methanococcus jannaschii) (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:268/277 of query aligns to 1:270/282 of Q58484

query
sites
Q58484
M
 
M
N
 
I
D
 
N
T
 
A
R
 
K
I
 
T
P
 
K
L
 
V
A
 
I
G
 
G
V
 
L
I
 
I
G
 
G
S
 
H
P
 
P
V
 
V
A
 
E
H
 
H
S
 
S
R
 
F
S
 
S
P
 
P
L
 
I
V
 
M
H
 
H
G
 
N
H
 
A
W
 
A
L
 
F
R
 
K
T
 
D
Y
 
K
G
 
G
I
 
L
A
 
N
G
 
Y
H
 
V
Y
 
Y
V
 
V
P
 
A
L
 
F
H
 
D
V
 
V
E
 
L
P
 
P
G
 
E
Q
 
N
L
 
L
E
 
K
E
 
Y
V
 
V
V
 
I
R
 
D
S
 
G
L
 
A
P
 
K
K
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
F
N
 
N
I
 
V
T
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
 
K
E
 
I
Q
 
E
I
 
I
M
 
M
E
 
K
I
 
Y
A
 
L
D
 
D
Q
 
E
V
 
I
T
 
D
D
 
K
R
 
D
A
 
A
T
 
Q
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
I
 
K
F
 
I
R
 
E
P
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
K
I
 
A
L
 
I
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
F
 
A
I
 
R
T
 
M
N
 
A
L
 
L
H
 
E
Q
 
E
A
 
E
A
 
I
P
 
G
D
 
R
W
 
V
D
 
K
P
 
D
A
 
K
T
 
N
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
A
A
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
-
E
 
-
A
 
A
G
 
K
V
 
D
P
 
N
E
 
N
I
 
I
L
 
I
L
 
I
S
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
x
V
E
|
E
R
x
K
A
 
A
D
 
E
Q
 
A
F
 
L
R
 
A
S
 
K
E
 
E
F
 
I
G
 
A
S
 
E
R
 
K
I
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
K
-
 
F
-
 
G
Q
 
E
V
 
E
V
 
V
D
 
K
W
 
F
V
 
S
Q
 
G
V
 
L
G
 
D
N
 
V
V
 
D
I
 
L
E
 
D
Q
 
G
A
 
V
A
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
 
P
L
 
I
G
 
G
M
|
M
V
 
Y
G
 
-
K
 
-
P
 
P
R
 
N
L
 
I
R
 
D
V
 
V
-
 
E
P
 
P
L
 
I
-
 
V
-
 
K
-
 
A
D
 
E
G
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
E
S
 
D
T
 
M
V
 
V
V
 
V
T
 
M
D
 
D
L
|
L
V
 
I
Y
 
Y
T
 
N
P
 
P
L
 
L
K
 
E
T
 
T
D
 
V
M
 
L
L
 
L
Q
 
K
W
 
E
A
 
A
E
 
K
D
 
K
I
 
V
G
 
N
C
 
A
T
 
K
T
 
T
V
 
I
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
I
H
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
P
 
V
G
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
T
G
 
G
K
 
V
R
 
E
P
 
P
E
 
N
V
 
I
D
 
E

3tnlA 1.45 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with shikimate and NAD.
32% identity, 94% coverage: 8:268/277 of query aligns to 12:281/288 of 3tnlA

query
sites
3tnlA
L
 
L
A
 
I
G
 
G
V
 
L
I
 
I
G
 
A
S
 
T
P
 
P
V
 
I
A
 
R
H
 
H
S
|
S
R
 
L
S
|
S
P
 
P
L
 
T
V
 
M
H
 
H
G
 
N
H
 
E
W
 
A
L
 
F
R
 
A
T
 
K
Y
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
D
G
 
Y
H
 
V
Y
 
Y
V
 
L
P
 
A
L
 
F
H
 
E
V
 
V
E
 
G
P
 
D
G
 
K
Q
 
E
L
 
L
E
 
K
E
 
D
V
 
V
V
 
V
R
 
Q
S
 
G
L
 
F
P
 
R
K
 
A
M
 
M
G
 
N
F
 
L
V
 
R
G
 
G
A
 
W
N
|
N
I
 
V
T
x
S
I
x
M
P
 
P
H
 
N
K
|
K
E
 
T
Q
 
N
I
 
I
M
 
H
E
 
K
I
 
Y
A
 
L
D
 
D
Q
 
K
V
 
L
T
 
S
D
 
P
R
 
A
A
 
A
T
 
E
L
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
V
I
 
V
F
 
-
R
 
N
P
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
V
I
 
L
L
 
T
A
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
|
D
G
 
G
Y
 
T
G
 
G
F
 
Y
I
 
M
T
 
R
N
 
A
L
 
L
H
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
G
P
 
H
D
 
D
W
 
I
D
 
-
P
 
-
A
 
I
T
 
G
G
 
K
P
 
K
A
 
M
V
 
T
V
 
I
F
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
A
R
 
T
A
 
A
V
 
I
I
 
C
A
 
I
S
 
Q
L
 
A
L
 
A
E
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
P
 
K
E
 
E
I
 
I
L
 
S
L
 
I
S
 
F
N
|
N
R
|
R
T
 
K
-
x
D
-
 
D
-
x
F
-
 
Y
-
 
A
-
 
N
-
 
A
R
 
E
E
 
K
R
 
T
A
 
V
D
 
E
Q
 
K
F
 
I
R
 
N
S
 
S
E
 
K
F
 
T
G
 
D
S
 
C
R
 
K
I
 
A
Q
 
Q
V
 
L
V
 
F
-
 
D
-
 
I
-
 
E
D
 
D
W
 
H
V
 
E
Q
 
Q
V
 
L
G
 
R
N
 
K
V
 
E
I
 
I
E
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
V
L
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
 
G
L
x
V
G
 
G
M
|
M
V
 
-
G
 
-
K
 
K
P
 
P
-
x
F
-
 
E
-
 
G
-
 
E
R
 
T
L
 
L
R
 
L
V
 
P
P
 
S
L
 
A
D
 
D
G
 
M
L
 
L
R
 
R
S
 
P
S
 
E
T
 
L
V
 
I
V
 
V
T
 
S
D
 
D
L
x
V
V
 
V
Y
|
Y
T
 
K
P
 
P
L
 
T
K
 
K
T
 
T
D
 
R
M
 
L
L
 
L
Q
 
E
W
 
I
A
 
A
E
 
E
D
 
E
I
 
Q
G
 
G
C
 
C
T
 
Q
T
 
T
V
 
L
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
L
x
M
L
 
L
H
 
W
Q
|
Q
A
 
G
V
 
A
P
 
K
G
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
I
W
 
W
F
 
T
G
 
H
K
 
K
R
 
E
P
 
M
E
 
P
V
 
V
D
 
D

3tozA 2.2 angstrom crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase from listeria monocytogenes in complex with NAD.
32% identity, 94% coverage: 8:268/277 of query aligns to 15:284/291 of 3tozA

query
sites
3tozA
L
 
L
A
 
I
G
 
G
V
 
L
I
 
I
G
 
A
S
 
T
P
 
P
V
 
I
A
 
R
H
 
H
S
 
S
R
 
L
S
 
S
P
 
P
L
 
T
V
 
M
H
 
H
G
 
N
H
 
E
W
 
A
L
 
F
R
 
A
T
 
K
Y
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
D
G
 
Y
H
 
V
Y
 
Y
V
 
L
P
 
A
L
 
F
H
 
E
V
 
V
E
 
G
P
 
D
G
 
K
Q
 
E
L
 
L
E
 
K
E
 
D
V
 
V
V
 
V
R
 
Q
S
 
G
L
 
F
P
 
R
K
 
A
M
 
M
G
 
N
F
 
L
V
 
R
G
 
G
A
 
W
N
 
N
I
 
V
T
 
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
E
 
T
Q
 
N
I
 
I
M
 
H
E
 
K
I
 
Y
A
 
L
D
 
D
Q
 
K
V
 
L
T
 
S
D
 
P
R
 
A
A
 
A
T
 
E
L
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
V
I
 
V
F
 
-
R
 
N
P
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
V
I
 
L
L
 
T
A
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
G
 
G
Y
 
T
G
 
G
F
 
Y
I
 
M
T
 
R
N
 
A
L
 
L
H
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
G
P
 
H
D
 
D
W
 
I
D
 
-
P
 
-
A
 
I
T
 
G
G
 
K
P
 
K
A
 
M
V
 
T
V
 
I
F
 
C
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
A
R
 
T
A
 
A
V
 
I
I
 
C
A
 
I
S
 
Q
L
 
A
L
 
A
E
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
P
 
K
E
 
E
I
 
I
L
 
S
L
 
I
S
 
F
N
|
N
R
|
R
T
 
K
-
x
D
-
 
D
-
x
F
-
 
Y
-
 
A
-
 
N
-
 
A
R
 
E
E
 
K
R
 
T
A
 
V
D
 
E
Q
 
K
F
 
I
R
 
N
S
 
S
E
 
K
F
 
T
G
 
D
S
 
C
R
 
K
I
 
A
Q
 
Q
V
 
L
V
 
F
-
 
D
-
 
I
-
 
E
D
 
D
W
 
H
V
 
E
Q
 
Q
V
 
L
G
 
R
N
 
K
V
 
E
I
 
I
E
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
V
L
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
x
G
L
x
V
G
 
G
M
|
M
V
 
-
G
 
-
K
 
K
P
 
P
-
x
F
-
 
E
-
 
G
-
 
E
R
 
T
L
 
L
R
 
L
V
 
P
P
 
S
L
 
A
D
 
D
G
 
M
L
 
L
R
 
R
S
 
P
S
 
E
T
 
L
V
 
I
V
 
V
T
 
S
D
 
D
L
x
V
V
 
V
Y
|
Y
T
 
K
P
 
P
L
 
T
K
 
K
T
 
T
D
 
R
M
 
L
L
 
L
Q
 
E
W
 
I
A
 
A
E
 
E
D
 
E
I
 
Q
G
 
G
C
 
C
T
 
Q
T
 
T
V
 
L
D
 
N
G
|
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
L
x
M
L
 
L
H
 
W
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
P
 
K
G
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
I
W
 
W
F
 
T
G
 
H
K
 
K
R
 
E
P
 
M
E
 
P
V
 
V
D
 
D

Q8Y9N5 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SDH; EC 1.1.1.25 from Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e)
32% identity, 94% coverage: 8:268/277 of query aligns to 15:284/291 of Q8Y9N5

query
sites
Q8Y9N5
L
 
L
A
 
I
G
 
G
V
 
L
I
 
I
G
 
A
S
 
T
P
 
P
V
 
I
A
 
R
H
 
H
S
|
S
R
x
L
S
|
S
P
 
P
L
 
T
V
 
M
H
 
H
G
 
N
H
 
E
W
 
A
L
 
F
R
 
A
T
 
K
Y
 
L
G
 
G
I
 
L
A
 
D
G
 
Y
H
 
V
Y
 
Y
V
 
L
P
 
A
L
 
F
H
 
E
V
 
V
E
 
G
P
 
D
G
 
K
Q
 
E
L
 
L
E
 
K
E
 
D
V
 
V
V
 
V
R
 
Q
S
 
G
L
 
F
P
 
R
K
 
A
M
 
M
G
 
N
F
 
L
V
 
R
G
 
G
A
 
W
N
 
N
I
 
V
T
 
S
I
 
M
P
 
P
H
 
N
K
 
K
E
 
T
Q
 
N
I
 
I
M
 
H
E
 
K
I
 
Y
A
 
L
D
 
D
Q
 
K
V
 
L
T
 
S
D
 
P
R
 
A
A
 
A
T
 
E
L
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
V
I
 
V
F
 
-
R
 
N
P
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
V
I
 
L
L
 
T
A
 
G
D
 
H
N
 
I
T
 
T
D
 
D
G
 
G
Y
 
T
G
 
G
F
 
Y
I
 
M
T
 
R
N
 
A
L
 
L
H
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
G
P
 
H
D
 
D
W
 
I
D
 
-
P
 
-
A
 
I
T
 
G
G
 
K
P
 
K
A
 
M
V
 
T
V
 
I
F
 
C
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
A
R
 
T
A
 
A
V
 
I
I
 
C
A
 
I
S
 
Q
L
 
A
L
 
A
E
 
L
A
 
D
G
 
G
V
 
V
P
 
K
E
 
E
I
 
I
L
 
S
L
 
I
S
 
F
N
|
N
R
|
R
T
x
K
-
x
D
-
 
D
-
 
F
-
 
Y
-
 
A
-
 
N
-
 
A
R
 
E
E
 
K
R
 
T
A
 
V
D
 
E
Q
 
K
F
 
I
R
 
N
S
 
S
E
 
K
F
 
T
G
 
D
S
 
C
R
 
K
I
 
A
Q
 
Q
V
 
L
V
 
F
-
 
D
-
 
I
-
 
E
D
 
D
W
 
H
V
 
E
Q
 
Q
V
 
L
G
 
R
N
 
K
V
 
E
I
 
I
E
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
V
L
 
I
L
 
F
V
 
T
N
 
N
T
 
A
T
 
T
S
 
G
L
 
V
G
 
G
M
|
M
V
 
-
G
 
-
K
 
K
P
 
P
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
E
R
 
T
L
 
L
R
 
L
V
 
P
P
 
S
L
 
A
D
 
D
G
 
M
L
 
L
R
 
R
S
 
P
S
 
E
T
 
L
V
 
I
V
 
V
T
 
S
D
 
D
L
 
V
V
 
V
Y
 
Y
T
 
K
P
 
P
L
 
T
K
 
K
T
 
T
D
 
R
M
 
L
L
 
L
Q
 
E
W
 
I
A
 
A
E
 
E
D
 
E
I
 
Q
G
 
G
C
 
C
T
 
Q
T
 
T
V
 
L
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
M
L
 
L
H
 
W
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
P
 
K
G
 
A
F
 
F
E
 
E
R
 
I
W
 
W
F
 
T
G
 
H
K
 
K
R
 
E
P
 
M
E
 
P
V
 
V
D
 
D

3pgjA 2.49 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5- dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate
34% identity, 95% coverage: 11:273/277 of query aligns to 6:265/272 of 3pgjA

query
sites
3pgjA
V
 
V
I
 
F
G
 
G
S
 
N
P
 
P
V
 
I
A
 
N
H
 
H
S
|
S
R
 
K
S
|
S
P
 
P
L
 
F
V
 
I
H
 
H
G
 
T
H
 
L
W
 
F
L
 
A
R
 
R
T
 
Q
Y
 
T
G
 
Q
I
 
Q
A
 
S
G
 
M
H
 
I
Y
 
Y
V
 
T
P
 
A
L
 
Q
H
 
C
V
 
V
E
 
P
P
 
V
G
 
D
Q
 
G
L
 
F
E
 
T
E
 
E
V
 
A
V
 
A
R
 
K
S
 
H
L
 
F
P
 
F
K
 
A
M
 
Q
G
 
G
F
 
G
V
 
R
G
 
G
A
 
C
N
|
N
I
 
V
T
|
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
E
 
E
Q
 
E
I
 
A
M
 
Y
E
 
R
I
 
F
A
 
A
D
 
D
Q
 
R
V
 
L
T
 
T
D
 
E
R
 
R
A
 
A
T
 
R
L
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
|
N
T
 
T
L
 
L
I
 
K
F
 
K
R
 
L
P
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
G
 
G
Y
 
E
G
 
G
F
 
L
I
 
V
T
 
Q
N
 
D
L
 
L
H
 
L
Q
 
A
A
 
Q
A
 
Q
P
 
V
D
 
L
W
 
L
D
 
K
P
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
L
V
 
L
F
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
A
R
 
R
A
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
K
S
 
P
L
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
Q
G
 
Q
V
 
P
P
 
A
E
 
S
I
 
I
L
 
T
L
 
V
S
 
T
N
 
N
R
 
R
T
 
T
R
 
F
E
 
A
R
 
K
A
 
A
D
 
E
Q
 
Q
F
 
L
R
 
-
S
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
V
S
 
A
R
 
A
I
 
Y
Q
 
G
V
 
E
V
 
V
D
 
K
W
 
A
V
 
Q
Q
 
A
V
 
F
G
 
E
N
 
Q
V
 
L
I
 
K
E
 
Q
Q
 
S
A
 
Y
A
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
S
T
 
T
S
 
S
L
 
A
G
 
S
M
 
L
V
 
D
G
 
G
K
 
E
P
 
L
R
 
P
L
 
A
R
 
I
V
 
D
P
 
P
L
 
V
D
 
I
G
 
-
L
 
F
R
 
S
S
 
S
S
 
R
T
 
S
V
 
V
V
 
C
T
 
Y
D
 
D
L
 
M
V
 
M
Y
 
Y
T
 
G
P
 
K
L
 
G
K
 
Y
T
 
T
D
 
V
M
 
F
L
 
N
Q
 
Q
W
 
W
A
 
A
E
 
R
D
 
Q
I
 
H
G
 
G
C
 
C
T
 
A
-
 
Q
T
 
A
V
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
H
 
G
Q
|
Q
A
 
A
V
 
A
P
 
E
G
 
S
F
 
F
E
 
M
R
 
L
W
 
W
F
 
R
G
 
G
K
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
G
V
 
T
D
 
K
A
 
Q
A
 
I
T
 
L
R
 
R
E
 
E

1nvtB Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:268/277 of query aligns to 6:275/287 of 1nvtB

query
sites
1nvtB
M
 
M
N
 
I
D
 
N
T
 
A
R
 
K
I
 
T
P
 
K
L
 
V
A
 
I
G
 
G
V
 
L
I
 
I
G
 
G
S
 
H
P
 
P
V
 
V
A
x
E
H
|
H
S
 
S
R
 
F
S
 
S
P
 
P
L
 
I
V
 
M
H
 
H
G
 
N
H
 
A
W
 
A
L
 
F
R
 
K
T
 
D
Y
 
K
G
 
G
I
 
L
A
 
N
G
 
Y
H
 
V
Y
 
Y
V
 
V
P
 
A
L
 
F
H
 
D
V
 
V
E
 
L
P
 
P
G
 
E
Q
 
N
L
 
L
E
 
K
E
 
Y
V
 
V
V
 
I
R
 
D
S
 
G
L
 
A
P
 
K
K
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
F
N
 
N
I
 
V
T
 
T
I
|
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
I
Q
 
E
I
 
I
M
 
M
E
 
K
I
 
Y
A
 
L
D
 
D
Q
 
E
V
 
I
T
 
D
D
 
K
R
 
D
A
 
A
T
 
Q
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
I
 
K
F
 
I
R
 
E
P
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
K
I
 
A
L
 
I
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
F
 
A
I
 
R
T
 
M
N
 
A
L
 
L
H
 
E
Q
 
E
A
 
E
A
 
I
P
 
G
D
 
R
W
 
V
D
 
K
P
 
D
A
 
K
T
 
N
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
G
|
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
A
A
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
-
E
 
-
A
 
A
G
 
K
V
 
D
P
 
N
E
 
N
I
 
I
L
 
I
L
 
I
S
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
V
E
 
E
R
x
K
A
 
A
D
 
E
Q
 
A
F
 
L
R
 
A
S
 
K
E
 
E
F
 
I
G
 
A
S
 
E
R
 
K
I
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
K
-
 
F
-
 
G
Q
 
E
V
 
E
V
 
V
D
 
K
W
 
F
V
 
S
Q
 
G
V
 
L
G
 
D
N
 
V
V
 
D
I
 
L
E
 
D
Q
 
G
A
 
V
A
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
T
|
T
S
x
P
L
x
I
G
 
G
M
|
M
V
 
Y
G
 
-
K
 
-
P
 
P
R
 
N
L
 
I
R
 
D
V
 
V
-
 
E
P
 
P
L
 
I
-
 
V
-
 
K
-
 
A
D
 
E
G
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
E
S
 
D
T
 
M
V
 
V
V
 
V
T
 
M
D
 
D
L
|
L
V
 
I
Y
|
Y
T
 
N
P
 
P
L
 
L
K
 
E
T
 
T
D
 
V
M
 
L
L
 
L
Q
 
K
W
 
E
A
 
A
E
 
K
D
 
K
I
 
V
G
 
N
C
 
A
T
 
K
T
 
T
V
 
I
D
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
L
|
L
L
 
I
H
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
P
 
V
G
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
T
G
 
G
K
 
V
R
 
E
P
 
P
E
 
N
V
 
I
D
 
E

1nvtA Crystal structure of shikimate dehydrogenase (aroe or mj1084) in complex with NADP+ (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:268/277 of query aligns to 6:275/287 of 1nvtA

query
sites
1nvtA
M
 
M
N
 
I
D
 
N
T
 
A
R
 
K
I
 
T
P
 
K
L
 
V
A
 
I
G
 
G
V
 
L
I
 
I
G
 
G
S
 
H
P
 
P
V
 
V
A
 
E
H
 
H
S
 
S
R
 
F
S
 
S
P
 
P
L
 
I
V
 
M
H
 
H
G
 
N
H
 
A
W
 
A
L
 
F
R
 
K
T
 
D
Y
 
K
G
 
G
I
 
L
A
 
N
G
 
Y
H
 
V
Y
 
Y
V
 
V
P
 
A
L
 
F
H
 
D
V
 
V
E
 
L
P
 
P
G
 
E
Q
 
N
L
 
L
E
 
K
E
 
Y
V
 
V
V
 
I
R
 
D
S
 
G
L
 
A
P
 
K
K
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
F
N
 
N
I
 
V
T
 
T
I
 
I
P
 
P
H
 
H
K
|
K
E
 
I
Q
 
E
I
 
I
M
 
M
E
 
K
I
 
Y
A
 
L
D
 
D
Q
 
E
V
 
I
T
 
D
D
 
K
R
 
D
A
 
A
T
 
Q
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
I
I
 
K
F
 
I
R
 
E
P
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
K
I
 
A
L
 
I
A
 
G
D
 
Y
N
 
N
T
 
T
D
|
D
G
 
G
Y
 
I
G
 
G
F
 
A
I
 
R
T
 
M
N
 
A
L
 
L
H
 
E
Q
 
E
A
 
E
A
 
I
P
 
G
D
 
R
W
 
V
D
 
K
P
 
D
A
 
K
T
 
N
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
G
|
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
|
A
S
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
V
I
 
A
A
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
-
E
 
-
A
 
A
G
 
K
V
 
D
P
 
N
E
 
N
I
 
I
L
 
I
L
 
I
S
 
A
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
V
E
 
E
R
x
K
A
 
A
D
 
E
Q
 
A
F
 
L
R
 
A
S
 
K
E
 
E
F
 
I
G
 
A
S
 
E
R
 
K
I
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
K
-
 
F
-
 
G
Q
 
E
V
 
E
V
 
V
D
 
K
W
 
F
V
 
S
Q
 
G
V
 
L
G
 
D
N
 
V
V
 
D
I
 
L
E
 
D
Q
 
G
A
 
V
A
 
D
L
 
I
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
A
T
|
T
S
x
P
L
x
I
G
 
G
M
|
M
V
 
Y
G
 
-
K
 
-
P
 
P
R
 
N
L
 
I
R
 
D
V
 
V
-
 
E
P
 
P
L
 
I
-
 
V
-
 
K
-
 
A
D
 
E
G
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
E
S
 
D
T
 
M
V
 
V
V
 
V
T
 
M
D
 
D
L
|
L
V
 
I
Y
|
Y
T
 
N
P
 
P
L
 
L
K
 
E
T
 
T
D
 
V
M
 
L
L
 
L
Q
 
K
W
 
E
A
 
A
E
 
K
D
 
K
I
 
V
G
 
N
C
 
A
T
 
K
T
 
T
V
 
I
D
 
N
G
|
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
L
|
L
L
 
I
H
 
Y
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
P
 
V
G
 
A
F
 
F
E
 
K
R
 
I
W
 
W
F
 
T
G
 
G
K
 
V
R
 
E
P
 
P
E
 
N
V
 
I
D
 
E

1nytA Shikimate dehydrogenase aroe complexed with NADP+ (see paper)
32% identity, 95% coverage: 11:273/277 of query aligns to 6:265/271 of 1nytA

query
sites
1nytA
V
 
V
I
 
F
G
 
G
S
 
N
P
 
P
V
 
I
A
 
A
H
 
H
S
 
S
R
 
K
S
 
S
P
 
P
L
 
F
V
 
I
H
 
H
G
 
Q
H
 
Q
W
 
F
L
 
A
R
 
Q
T
 
Q
Y
 
L
G
 
N
I
 
I
A
 
E
G
 
H
H
 
P
Y
 
Y
V
 
G
P
 
R
L
 
V
H
 
L
V
 
A
E
 
P
P
 
I
G
 
N
Q
 
D
L
 
F
E
 
I
E
 
N
V
 
T
V
 
L
R
 
N
S
 
A
L
 
F
P
 
F
K
 
S
M
 
A
G
 
G
F
 
G
V
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
|
K
E
 
E
Q
 
E
I
 
A
M
 
F
E
 
A
I
 
R
A
 
A
D
 
D
Q
 
E
V
 
L
T
 
T
D
 
E
R
 
R
A
 
A
T
 
A
L
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
L
I
 
M
F
 
R
R
 
L
P
 
E
D
 
D
G
 
G
S
 
R
I
 
L
L
 
L
A
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
|
D
G
 
G
Y
 
V
G
 
G
F
 
L
I
 
L
T
 
S
N
 
D
L
 
L
H
 
E
Q
 
R
A
 
L
A
 
S
P
 
-
D
 
-
W
 
F
D
 
I
P
 
R
A
 
P
T
 
G
G
 
L
P
 
R
A
 
I
V
 
L
V
 
L
F
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
R
A
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
L
S
 
P
L
 
L
L
 
L
E
 
S
A
 
L
G
 
D
V
 
C
P
 
A
E
 
-
I
 
V
L
 
T
L
 
I
S
 
T
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
V
E
 
S
R
|
R
A
 
A
D
 
E
Q
 
E
F
 
L
R
 
A
S
 
K
E
 
L
F
 
F
G
 
A
-
 
H
-
 
T
S
 
G
R
 
S
I
 
I
Q
 
Q
V
 
A
V
 
L
D
 
S
W
 
M
V
 
D
Q
 
E
V
 
L
G
 
E
N
 
G
V
 
-
I
 
-
E
 
H
Q
 
E
A
 
F
A
 
D
L
 
L
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
|
T
S
|
S
L
x
S
G
 
G
M
 
I
V
 
S
G
 
G
K
 
D
P
 
I
R
 
P
L
 
-
R
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
S
D
 
S
G
 
L
L
 
I
R
 
H
S
 
P
S
 
G
T
 
I
V
 
Y
V
 
C
T
 
Y
D
 
D
L
x
M
V
 
F
Y
 
Y
T
 
Q
P
 
K
L
 
G
K
 
K
T
 
T
D
 
P
M
 
F
L
 
L
Q
 
A
W
 
W
A
 
C
E
 
E
D
 
Q
I
 
R
G
 
G
C
 
S
T
 
K
-
 
R
T
 
N
V
 
A
D
 
D
G
|
G
L
 
L
G
 
G
M
|
M
L
|
L
L
 
V
H
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
P
 
H
G
 
A
F
 
F
E
 
L
R
 
L
W
 
W
F
 
H
G
 
G
K
 
V
R
 
L
P
 
P
E
 
D
V
 
V
D
 
E
A
 
P
A
 
V
T
 
I
R
 
K
E
 
Q

P15770 Shikimate dehydrogenase (NADP(+)); SD; SDH; EC 1.1.1.25 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
32% identity, 95% coverage: 11:273/277 of query aligns to 6:265/272 of P15770

query
sites
P15770
V
 
V
I
 
F
G
 
G
S
 
N
P
 
P
V
 
I
A
 
A
H
 
H
S
 
S
R
 
K
S
 
S
P
 
P
L
 
F
V
 
I
H
 
H
G
 
Q
H
 
Q
W
 
F
L
 
A
R
 
Q
T
 
Q
Y
 
L
G
 
N
I
 
I
A
 
E
G
 
H
H
 
P
Y
 
Y
V
 
G
P
 
R
L
 
V
H
 
L
V
 
A
E
 
P
P
 
I
G
 
N
Q
 
D
L
 
F
E
 
I
E
 
N
V
 
T
V
 
L
R
 
N
S
 
A
L
 
F
P
 
F
K
 
S
M
 
A
G
 
G
F
 
G
V
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
N
I
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
E
 
E
Q
 
E
I
 
A
M
 
F
E
 
A
I
 
R
A
 
A
D
 
D
Q
 
E
V
 
L
T
 
T
D
 
E
R
 
R
A
 
A
T
 
A
L
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
L
I
 
M
F
 
R
R
 
L
P
 
E
D
 
D
G
 
G
S
 
R
I
 
L
L
 
L
A
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
 
D
G
 
G
Y
 
V
G
 
G
F
 
L
I
 
L
T
 
S
N
 
D
L
 
L
H
 
E
Q
 
R
A
 
L
A
 
S
P
 
-
D
 
-
W
 
F
D
 
I
P
 
R
A
 
P
T
 
G
G
 
L
P
 
R
A
 
I
V
 
L
V
 
L
F
 
I
G
|
G
A
|
A
G
|
G
G
|
G
A
|
A
S
 
S
R
 
R
A
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
L
S
 
P
L
 
L
L
 
L
E
 
S
A
 
L
G
 
D
V
 
C
P
 
A
E
 
-
I
 
V
L
 
T
L
 
I
S
 
T
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
x
V
E
x
S
R
|
R
A
 
A
D
 
E
Q
 
E
F
 
L
R
 
A
S
 
K
E
 
L
F
 
F
G
 
A
-
 
H
-
 
T
S
 
G
R
 
S
I
 
I
Q
 
Q
V
 
A
V
 
L
D
 
S
W
 
M
V
 
D
Q
 
E
V
 
L
G
 
E
N
 
G
V
 
-
I
 
-
E
 
H
Q
 
E
A
 
F
A
 
D
L
 
L
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
A
T
 
T
S
 
S
L
 
S
G
 
G
M
 
I
V
 
S
G
 
G
K
 
D
P
 
I
R
 
P
L
 
-
R
 
A
V
 
I
P
 
P
L
 
S
D
 
S
G
 
L
L
 
I
R
 
H
S
 
P
S
 
G
T
 
I
V
 
Y
V
 
C
T
 
Y
D
 
D
L
x
M
V
 
F
Y
 
Y
T
 
Q
P
 
K
L
 
G
K
 
K
T
 
T
D
 
P
M
 
F
L
 
L
Q
 
A
W
 
W
A
 
C
E
 
E
D
 
Q
I
 
R
G
 
G
C
 
S
T
 
K
-
 
R
T
 
N
V
 
A
D
 
D
G
|
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
H
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
P
 
H
G
 
A
F
 
F
E
 
L
R
 
L
W
 
W
F
 
H
G
 
G
K
 
V
R
 
L
P
 
P
E
 
D
V
 
V
D
 
E
A
 
P
A
 
V
T
 
I
R
 
K
E
 
Q

3sefA 2.4 angstrom resolution crystal structure of shikimate 5-dehydrogenase (aroe) from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. N16961 in complex with shikimate and NADPH
34% identity, 95% coverage: 11:273/277 of query aligns to 6:261/268 of 3sefA

query
sites
3sefA
V
 
V
I
 
F
G
 
G
S
 
N
P
 
P
V
 
-
A
 
-
H
 
-
S
 
S
R
 
K
S
 
S
P
 
P
L
 
F
V
 
I
H
 
H
G
 
T
H
 
L
W
 
F
L
 
A
R
 
R
T
 
Q
Y
 
T
G
 
Q
I
 
Q
A
 
S
G
 
M
H
 
I
Y
 
Y
V
 
T
P
 
A
L
 
Q
H
 
C
V
 
V
E
 
-
P
 
P
G
 
D
Q
 
G
L
 
F
E
 
T
E
 
E
V
 
A
V
 
A
R
 
K
S
 
H
L
 
F
P
 
F
K
 
A
M
 
Q
G
 
G
F
 
G
V
 
R
G
 
G
A
 
C
N
 
N
I
 
V
T
 
T
I
 
V
P
 
P
H
 
F
K
 
K
E
 
E
Q
 
E
I
 
A
M
 
Y
E
 
R
I
 
F
A
 
A
D
 
D
Q
 
R
V
 
L
T
 
T
D
 
E
R
 
R
A
 
A
T
 
R
L
 
L
I
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
V
N
 
N
T
 
T
L
 
L
I
 
K
F
 
K
R
 
L
P
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
E
I
 
I
L
 
L
A
 
G
D
 
D
N
 
N
T
 
T
D
 
D
G
 
G
Y
 
E
G
 
G
F
 
L
I
 
V
T
 
Q
N
 
D
L
 
L
H
 
L
Q
 
A
A
 
Q
A
 
Q
P
 
V
D
 
L
W
 
L
D
 
K
P
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
-
P
 
-
A
 
I
V
 
L
V
 
L
F
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
G
 
G
A
|
A
S
 
A
R
 
R
A
 
G
V
 
V
I
 
L
A
 
K
S
 
P
L
 
L
L
 
L
E
 
D
A
 
Q
G
 
Q
V
 
P
P
 
A
E
 
S
I
 
I
L
 
T
L
 
V
S
 
T
N
|
N
R
|
R
T
|
T
R
 
F
E
 
A
R
 
K
A
 
A
D
 
E
Q
 
Q
F
 
L
R
 
-
S
 
A
E
 
E
F
 
L
G
 
V
S
 
A
R
 
A
I
 
Y
Q
 
G
V
 
E
V
 
V
D
 
K
W
 
A
V
 
Q
Q
 
A
V
 
F
G
 
E
N
 
Q
V
 
L
I
 
K
E
 
Q
Q
 
S
A
 
Y
A
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
N
 
N
T
x
S
T
|
T
S
|
S
L
x
A
G
 
S
M
 
L
V
 
D
G
 
G
K
 
E
P
 
L
R
 
P
L
 
A
R
 
I
V
 
D
P
 
P
L
 
V
D
 
I
G
 
-
L
 
F
R
 
S
S
 
S
S
 
R
T
 
S
V
 
V
V
 
C
T
 
Y
D
 
D
L
 
M
V
x
M
Y
 
Y
T
 
G
P
 
K
L
 
G
K
 
Y
T
 
T
D
 
V
M
 
F
L
 
N
Q
 
Q
W
 
W
A
 
A
E
 
R
D
 
Q
I
 
H
G
 
G
C
 
C
T
 
A
-
 
Q
T
 
A
V
 
I
D
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
L
L
 
V
H
 
G
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
P
 
E
G
 
S
F
 
F
E
 
M
R
 
L
W
 
W
F
 
R
G
 
G
K
 
L
R
 
R
P
 
P
E
 
G
V
 
T
D
 
K
A
 
Q
A
 
I
T
 
L
R
 
R
E
 
E