SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3544 FitnessBrowser__Marino:GFF3544 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3w6zA Crystal structure of NADP bound l-serine 3-dehydrogenase (k170m) from hyperthermophilic archaeon pyrobaculum calidifontis (see paper)
41% identity, 88% coverage: 8:273/303 of query aligns to 16:284/296 of 3w6zA

query
sites
3w6zA
I
 
V
A
 
G
F
 
F
L
 
I
G
|
G
I
x
L
G
|
G
L
x
I
M
|
M
G
 
G
T
 
G
P
 
P
M
 
M
T
 
A
R
 
T
N
 
H
L
 
L
L
 
L
N
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
L
M
 
A
T
 
A
L
 
V
W
 
Y
N
|
N
R
|
R
T
|
T
S
 
R
S
 
E
K
|
K
C
 
T
E
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
A
S
 
E
E
 
A
A
 
G
V
 
V
-
 
Y
I
 
V
A
 
A
E
 
E
S
 
S
P
 
P
A
 
A
E
 
D
A
 
L
V
 
A
A
 
K
N
 
R
A
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
V
M
 
M
L
x
V
E
x
S
N
 
D
S
 
A
D
 
P
V
x
D
V
 
V
E
 
E
Q
|
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
F
A
 
G
-
 
P
Q
 
S
G
 
G
A
 
V
I
 
V
D
 
E
A
 
G
L
 
A
K
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
L
L
 
I
V
 
V
I
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
 
T
I
 
N
Q
 
S
P
 
P
S
 
D
V
 
W
A
 
A
R
 
R
R
 
K
H
 
F
G
 
A
E
 
E
L
 
R
V
 
L
A
 
A
E
 
Q
Q
 
Y
G
 
G
A
 
I
G
 
E
Y
 
F
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
Q
V
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
I
E
 
E
A
 
G
R
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
I
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
K
E
 
E
A
 
E
D
 
L
V
 
F
D
 
H
R
 
R
A
 
L
R
 
L
P
 
P
V
 
I
F
 
F
E
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
K
 
R
-
 
D
C
 
I
T
 
V
R
 
Y
I
 
M
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
A
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
L
 
A
A
 
M
K
 
M
L
 
L
A
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
V
I
 
V
V
 
V
G
 
A
I
 
L
T
 
N
I
 
T
G
 
V
A
 
A
V
 
M
S
 
V
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
K
K
 
A
G
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
M
A
 
D
A
 
K
V
 
V
R
 
A
E
 
E
A
 
V
L
 
L
L
 
T
G
 
R
G
 
G
F
 
A
A
 
A
G
 
R
S
 
S
R
 
G
I
 
A
L
 
I
E
 
E
L
 
L
H
 
Y
G
 
L
Q
 
P
R
 
K
M
 
L
I
 
L
D
 
K
R
 
G
E
 
D
F
 
L
A
 
S
P
 
P
G
 
G
A
x
F
P
x
K
A
 
A
R
 
E
I
x
H
Q
 
L
L
 
K
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
Y
I
 
V
L
 
L
D
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
K
E
 
R
G
 
G
L
 
V
T
 
K
L
 
L
P
 
P
L
 
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
L
T
 
A
H
 
Y
N
 
E
E
 
L
Y
 
Y
L
 
R
S
 
K
L
 
M
V
 
V
A
 
E
N
 
D
G
 
G

3ws7A The 1.18 a resolution structure of l-serine 3-dehydrogenase complexed with NADP+ and sulfate ion from the hyperthermophilic archaeon pyrobaculum calidifontis (see paper)
41% identity, 88% coverage: 8:273/303 of query aligns to 16:281/293 of 3ws7A

query
sites
3ws7A
I
 
V
A
 
G
F
 
F
L
 
I
G
|
G
I
x
L
G
|
G
L
x
I
M
|
M
G
 
G
T
 
G
P
 
P
M
 
M
T
 
A
R
 
T
N
 
H
L
 
L
L
 
L
N
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
L
M
 
A
T
 
A
L
 
V
W
 
Y
N
|
N
R
|
R
T
|
T
S
 
R
S
 
E
K
|
K
C
 
T
E
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
A
S
 
E
E
 
A
A
 
G
V
 
V
-
 
Y
I
 
V
A
 
A
E
 
E
S
 
S
P
 
P
A
 
A
E
 
D
A
 
L
V
 
A
A
 
K
N
 
R
A
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
V
M
|
M
L
x
V
E
x
S
N
 
D
S
 
A
D
 
P
V
x
D
V
 
V
E
 
E
Q
|
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
F
A
 
G
-
 
P
Q
 
S
G
 
G
A
 
V
I
 
V
D
 
E
A
 
G
L
 
A
K
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
L
L
 
I
V
 
V
I
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
 
T
I
 
N
Q
 
S
P
 
P
S
 
D
V
 
W
A
 
A
R
 
R
R
 
K
H
 
F
G
 
A
E
 
E
L
 
R
V
 
L
A
 
A
E
 
Q
Q
 
Y
G
 
G
A
 
I
G
 
E
Y
 
F
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
x
T
G
|
G
G
 
G
T
 
Q
V
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
I
E
 
E
A
 
G
R
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
I
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
K
E
 
E
A
 
E
D
 
L
V
 
F
D
 
H
R
 
R
A
 
L
R
 
L
P
 
P
V
 
I
F
 
F
E
 
K
A
 
A
L
 
M
G
 
G
K
 
R
-
 
D
C
 
I
T
 
V
R
 
Y
I
 
M
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
A
 
Y
G
 
G
Q
 
Q
L
 
A
A
 
M
K
|
K
L
 
L
A
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
V
I
 
V
V
 
V
G
 
A
I
 
L
T
 
N
I
 
T
G
 
V
A
 
A
V
 
M
S
 
V
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
K
K
 
A
G
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
M
A
 
D
A
 
K
V
 
V
R
 
A
E
 
E
A
 
V
L
 
L
L
 
T
G
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
A
G
 
R
S
 
S
R
 
G
I
 
A
L
 
I
E
 
E
L
 
L
H
 
Y
G
 
L
Q
 
P
R
 
K
M
 
L
I
 
L
D
 
K
R
 
G
E
 
D
F
 
L
A
 
S
P
 
P
G
 
G
A
x
F
P
x
K
A
 
A
R
 
E
I
x
H
Q
 
L
L
 
K
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
Y
I
 
V
L
 
L
D
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
R
A
 
K
E
 
R
G
 
G
L
 
V
T
 
K
L
 
L
P
 
P
L
 
G
A
 
A
Q
 
E
Q
 
L
T
 
A
H
 
Y
N
 
E
E
 
L
Y
 
Y
L
 
R
S
 
K
L
 
M
V
 
V
A
 
E
N
 
D
G
 
G

3pduA Crystal structure of gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase from geobacter sulfurreducens in complex with NADP+ (see paper)
34% identity, 92% coverage: 10:287/303 of query aligns to 6:286/287 of 3pduA

query
sites
3pduA
F
 
F
L
 
L
G
|
G
I
 
L
G
|
G
L
x
I
M
|
M
G
 
G
T
 
G
P
 
P
M
 
M
T
 
A
R
 
A
N
 
N
L
 
L
L
 
V
N
 
R
A
 
A
G
 
G
F
 
F
P
 
D
M
 
V
T
 
T
L
 
V
W
 
W
N
|
N
R
|
R
T
x
N
S
 
P
S
 
A
K
 
K
C
 
C
E
 
A
P
 
P
F
 
L
-
 
V
A
 
A
S
 
L
E
 
G
A
 
A
V
 
R
I
 
Q
A
 
A
E
 
S
S
 
S
P
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
V
V
 
C
A
 
A
N
 
A
A
 
C
D
 
D
V
 
I
V
 
T
I
 
I
T
 
A
M
|
M
L
|
L
E
x
A
N
 
D
S
 
P
D
 
A
V
x
A
V
 
A
E
 
R
Q
 
E
V
 
V
L
 
C
V
 
F
-
 
G
A
 
A
Q
 
N
G
 
G
A
 
V
I
 
L
D
 
E
A
 
G
L
 
I
K
 
G
P
 
G
G
 
G
A
 
R
L
 
G
V
 
Y
I
 
I
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
x
T
I
 
V
Q
 
D
P
 
D
S
 
E
V
 
T
A
 
S
R
 
T
R
 
A
H
 
I
G
 
G
E
 
A
L
 
A
V
 
V
A
 
T
E
 
A
Q
 
R
G
 
G
A
 
G
G
 
R
Y
 
F
V
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
x
T
T
 
K
V
 
K
G
 
P
A
 
A
A
 
E
E
 
D
A
 
G
R
 
T
L
 
L
S
 
I
I
 
I
M
 
L
A
 
A
G
 
A
G
 
G
S
 
D
E
 
Q
A
 
S
D
 
L
V
 
F
D
 
T
R
 
D
A
 
A
R
 
G
P
 
P
V
 
A
F
 
F
E
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
G
K
 
K
-
 
K
C
 
C
T
 
L
R
 
H
I
 
L
G
 
G
P
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
Q
G
 
G
Q
 
A
L
 
R
A
 
M
K
|
K
L
 
L
A
 
V
N
 
V
Q
 
N
A
 
M
I
 
I
V
 
M
G
 
G
I
 
Q
T
 
M
I
 
M
G
 
T
A
 
A
V
 
L
S
 
G
E
 
E
A
 
G
L
 
M
L
 
A
L
 
L
A
 
G
A
 
R
K
 
N
G
 
C
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
G
A
 
G
A
 
Q
V
 
L
R
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
L
L
 
D
G
 
A
G
 
G
F
 
A
A
 
M
G
 
A
S
 
N
R
 
P
I
 
M
L
 
F
E
 
K
L
 
G
H
 
K
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
M
 
L
I
 
L
D
 
S
R
 
G
E
 
E
F
 
F
A
 
P
P
 
T
G
x
S
A
x
F
P
|
P
A
 
L
R
 
K
I
x
H
Q
 
M
L
 
Q
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
|
R
M
 
L
I
 
A
L
 
V
D
x
E
E
 
L
A
 
G
R
 
D
A
x
R
E
 
L
G
 
G
L
 
Q
T
 
P
L
 
L
P
 
H
L
 
G
A
 
A
Q
 
A
Q
 
T
T
 
A
H
 
N
N
 
E
E
 
S
Y
 
F
L
 
K
S
 
R
L
 
A
V
 
R
A
 
A
N
 
A
G
 
G
H
 
H
S
 
A
D
 
D
V
 
E
D
 
D
H
 
F
S
 
A
G
 
A
L
 
V
L
 
F
L
 
R
E
 
V
L
 
L
E
 
E

2cvzC Structure of hydroxyisobutyrate dehydrogenase from thermus thermophilus hb8 (see paper)
35% identity, 94% coverage: 8:291/303 of query aligns to 4:285/289 of 2cvzC

query
sites
2cvzC
I
 
V
A
 
A
F
 
F
L
 
I
G
|
G
I
x
L
G
|
G
L
x
A
M
|
M
G
 
G
T
 
Y
P
 
P
M
 
M
T
 
A
R
 
G
N
 
H
L
 
L
L
 
A
N
 
R
A
 
R
G
 
-
F
 
F
P
 
P
M
 
T
T
 
L
L
 
V
W
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
S
 
F
S
 
E
K
 
K
C
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
H
-
 
Q
E
 
E
P
 
E
F
 
F
A
 
G
S
 
S
E
 
E
A
 
A
V
 
V
I
 
-
A
 
-
E
 
-
S
 
-
P
 
P
A
 
L
E
 
E
A
 
R
V
 
V
A
 
A
N
 
E
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
I
I
 
F
T
 
T
M
x
C
L
|
L
E
x
P
N
 
T
S
 
T
D
 
R
V
x
E
V
 
V
E
 
Y
Q
x
E
V
 
V
L
 
-
V
 
-
A
 
A
Q
 
E
G
 
A
A
 
L
I
 
Y
D
 
P
A
 
Y
L
 
L
K
 
R
P
 
E
G
 
G
A
 
T
L
 
Y
V
 
W
I
 
V
D
 
D
M
 
A
S
 
T
S
|
S
I
 
G
Q
 
E
P
 
P
S
 
E
V
 
A
A
 
S
R
 
R
R
 
R
H
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
R
V
 
L
A
 
R
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
A
 
V
G
 
T
Y
 
Y
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
|
S
G
 
G
G
 
G
T
 
T
V
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
E
E
 
A
A
 
G
R
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
V
M
 
M
A
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
P
E
 
E
A
 
E
D
 
A
V
 
V
D
 
E
R
 
R
A
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
F
F
 
L
E
 
A
A
 
Y
L
 
A
G
 
K
K
 
K
C
 
V
T
 
V
R
 
H
I
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
L
 
A
A
 
V
K
|
K
L
 
A
A
 
I
N
|
N
Q
x
N
A
 
A
I
 
L
V
 
L
G
 
A
I
 
V
T
 
N
I
 
L
G
 
W
A
 
A
V
 
A
S
 
G
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
A
A
 
L
A
 
V
K
 
K
G
 
Q
G
 
G
A
 
V
D
 
S
P
 
A
A
 
E
A
 
K
V
 
A
R
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
I
L
 
N
G
 
A
G
 
S
F
 
S
A
 
G
G
 
R
S
 
S
R
 
N
I
 
A
L
 
T
E
 
E
-
 
N
L
 
L
H
 
I
G
 
P
Q
 
Q
R
 
R
M
 
V
I
 
L
D
 
T
R
 
R
E
 
A
F
 
F
A
 
P
P
 
K
G
 
T
A
x
F
P
 
A
A
 
L
R
 
G
I
 
L
Q
 
L
L
 
V
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
I
-
 
A
-
 
M
-
 
G
I
 
V
L
 
L
D
 
D
E
 
G
A
 
E
R
 
K
A
 
A
E
 
P
G
 
S
L
 
P
T
 
L
L
 
L
P
 
R
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
Q
 
E
T
 
V
H
 
Y
N
 
E
E
 
M
Y
 
A
L
 
K
S
 
R
L
 
E
V
 
L
A
 
G
N
 
-
G
 
-
H
 
-
S
 
P
D
 
D
V
 
A
D
 
D
H
 
H
S
 
V
G
 
E
L
 
A
L
 
L
L
 
R
E
 
L
L
 
L
E
 
E
H
 
R
L
 
W
N
 
G
G
 
G

1wp4A Structure of tt368 protein from thermus thermophilus hb8 (see paper)
35% identity, 94% coverage: 8:291/303 of query aligns to 3:284/288 of 1wp4A

query
sites
1wp4A
I
 
V
A
 
A
F
 
F
L
 
I
G
|
G
I
x
L
G
|
G
L
x
A
M
|
M
G
 
G
T
 
Y
P
 
P
M
 
M
T
 
A
R
 
G
N
 
H
L
 
L
L
 
A
N
 
R
A
 
R
G
 
-
F
 
F
P
 
P
M
 
T
T
 
L
L
 
V
W
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
S
 
F
S
 
E
K
|
K
C
 
A
-
 
L
-
 
R
-
 
H
-
 
Q
E
 
E
P
 
E
F
 
F
A
 
G
S
 
S
E
 
E
A
 
A
V
 
V
I
 
-
A
 
-
E
 
-
S
 
-
P
 
P
A
 
L
E
 
E
A
 
R
V
 
V
A
 
A
N
 
E
A
 
A
D
 
R
V
 
V
V
 
I
I
 
F
T
 
T
M
x
C
L
|
L
E
x
P
N
 
T
S
 
T
D
 
R
V
x
E
V
 
V
E
 
Y
Q
 
E
V
 
V
L
 
-
V
 
-
A
 
A
Q
 
E
G
 
A
A
 
L
I
 
Y
D
 
P
A
 
Y
L
 
L
K
 
R
P
 
E
G
 
G
A
 
T
L
 
Y
V
 
W
I
 
V
D
 
D
M
 
A
S
 
T
S
|
S
I
 
G
Q
 
E
P
 
P
S
 
E
V
 
A
A
 
S
R
 
R
R
 
R
H
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
R
V
 
L
A
 
R
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
A
 
V
G
 
T
Y
 
Y
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
|
S
G
|
G
G
|
G
T
 
T
V
 
S
G
 
G
A
 
A
A
 
E
E
 
A
A
 
G
R
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
V
M
 
M
A
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
P
E
 
E
A
 
E
D
 
A
V
 
V
D
 
E
R
 
R
A
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
F
F
 
L
E
 
A
A
 
Y
L
 
A
G
 
K
K
 
K
C
 
V
T
 
V
R
 
H
I
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
L
 
A
A
 
V
K
|
K
L
 
A
A
 
I
N
|
N
Q
x
N
A
 
A
I
 
L
V
 
L
G
 
A
I
 
V
T
 
N
I
 
L
G
 
W
A
 
A
V
 
A
S
 
G
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
A
A
 
L
A
 
V
K
 
K
G
 
Q
G
 
G
A
 
V
D
 
S
P
 
A
A
 
E
A
 
K
V
 
A
R
 
L
E
 
E
A
 
V
L
 
I
L
 
N
G
 
A
G
 
S
F
 
S
A
 
G
G
 
R
S
 
S
R
 
N
I
 
A
L
 
T
E
 
E
-
 
N
L
 
L
H
 
I
G
 
P
Q
 
Q
R
 
R
M
 
V
I
 
L
D
 
T
R
 
R
E
 
A
F
 
F
A
 
P
P
 
K
G
x
T
A
x
F
P
 
A
A
 
L
R
 
G
I
 
L
Q
 
L
L
 
V
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
I
-
 
A
-
 
M
-
 
G
I
 
V
L
 
L
D
 
D
E
 
G
A
 
E
R
 
K
A
 
A
E
 
P
G
 
S
L
 
P
T
 
L
L
 
L
P
 
R
L
 
L
A
 
A
Q
 
R
Q
 
E
T
 
V
H
 
Y
N
 
E
E
 
M
Y
 
A
L
 
K
S
 
R
L
 
E
V
 
L
A
 
G
N
 
-
G
 
-
H
 
-
S
 
P
D
 
D
V
 
A
D
 
D
H
 
H
S
 
V
G
 
E
L
 
A
L
 
L
L
 
R
E
 
L
L
 
L
E
 
E
H
 
R
L
 
W
N
 
G
G
 
G

P29266 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase, mitochondrial; HIBADH; EC 1.1.1.31 from Rattus norvegicus (Rat) (see paper)
30% identity, 94% coverage: 3:288/303 of query aligns to 36:331/335 of P29266

query
sites
P29266
S
 
A
T
 
S
K
 
K
P
 
T
H
 
P
I
 
V
A
 
G
F
 
F
L
 
I
G
 
G
I
 
L
G
 
G
L
 
N
M
 
M
G
 
G
T
 
N
P
 
P
M
 
M
T
 
A
R
 
K
N
 
N
L
 
L
L
 
I
N
 
K
A
 
H
G
 
G
F
 
Y
P
 
P
M
 
L
T
 
I
L
 
L
W
 
Y
N
x
D
R
 
V
T
 
F
S
 
P
S
 
D
K
 
V
C
 
C
E
 
K
P
 
E
F
 
F
-
 
K
-
 
E
A
 
A
S
 
G
E
 
E
A
 
Q
V
 
V
I
 
-
A
 
A
E
 
S
S
 
S
P
 
P
A
 
A
E
 
D
A
 
V
V
 
A
A
 
E
N
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
M
 
M
L
 
L
E
 
P
N
 
S
S
 
S
-
 
M
D
 
N
V
 
S
V
 
I
E
 
E
Q
 
V
V
 
Y
L
 
S
V
 
G
A
 
A
Q
 
N
G
 
G
A
 
I
I
 
L
D
 
K
A
 
K
L
 
V
K
 
K
P
 
K
G
 
G
A
 
S
L
 
L
V
 
L
I
 
I
D
 
D
M
 
S
S
 
S
S
 
T
I
 
I
Q
 
D
P
 
P
S
 
S
V
 
V
A
 
S
R
 
K
R
 
E
H
 
L
G
 
A
E
 
K
L
 
E
V
 
V
A
 
E
E
 
K
Q
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
V
Y
 
F
V
 
M
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
V
 
G
G
 
A
A
 
A
A
 
R
E
 
S
A
 
G
R
 
N
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
V
E
 
E
A
 
N
D
 
E
V
 
F
D
 
A
R
 
A
A
 
A
R
 
Q
P
 
E
V
 
L
F
 
L
E
 
G
A
 
C
L
 
M
G
 
G
-
 
S
K
 
N
C
 
V
T
 
L
R
 
Y
I
 
C
G
 
G
P
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
S
G
 
G
Q
 
Q
L
 
S
A
 
A
K
|
K
L
 
I
A
 
C
N
 
N
Q
x
N
A
 
M
I
 
L
V
 
L
G
 
A
I
 
I
T
 
S
I
 
M
G
 
I
A
 
G
V
 
T
S
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
N
L
 
L
A
 
G
A
 
I
K
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
K
A
 
L
V
 
L
R
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
L
E
 
N
L
 
M
H
 
S
G
 
S
Q
 
G
R
 
R
M
 
C
I
 
W
D
 
S
R
 
S
E
 
D
-
 
T
F
 
Y
A
 
N
P
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
D
G
 
G
A
 
V
P
 
P
A
 
S
R
 
S
-
 
N
-
 
N
-
 
Y
-
 
Q
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
T
-
 
T
I
 
L
Q
 
M
L
 
A
K
 
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
L
I
 
A
L
 
Q
D
 
D
E
 
S
A
 
A
R
 
T
A
 
S
E
 
T
G
 
K
L
 
T
T
 
P
L
 
I
P
 
L
L
 
L
A
 
G
Q
 
S
Q
 
V
T
 
A
H
 
H
N
 
Q
E
 
I
Y
 
Y
L
 
R
S
 
M
L
 
M
V
 
C
A
 
S
N
 
K
G
 
G
H
 
Y
S
 
S
D
 
K
V
 
K
D
 
D
H
 
F
S
 
S
G
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
Q
E
 
Y
L
 
L
E
 
R
H
 
E

P31937 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase, mitochondrial; HIBADH; EC 1.1.1.31 from Homo sapiens (Human) (see paper)
30% identity, 94% coverage: 3:288/303 of query aligns to 37:332/336 of P31937

query
sites
P31937
S
 
A
T
 
S
K
 
K
P
x
T
H
x
P
I
x
V
A
x
G
F
|
F
L
x
I
G
|
G
I
x
L
G
|
G
L
x
N
M
|
M
G
|
G
T
x
N
P
|
P
M
|
M
T
x
A
R
x
K
N
|
N
L
|
L
L
x
M
N
x
K
A
x
H
G
|
G
F
x
Y
P
|
P
M
x
L
T
x
I
L
x
I
W
x
Y
N
 
D
R
 
V
T
 
F
S
 
P
S
 
D
K
 
A
C
 
C
E
 
K
P
 
E
F
 
F
-
 
Q
-
 
D
A
 
A
S
 
G
E
 
E
A
 
Q
V
 
V
I
 
V
A
 
S
E
 
-
S
 
S
P
 
P
A
 
A
E
 
D
A
 
V
V
 
A
A
 
E
N
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
M
 
M
L
|
L
E
x
P
N
 
T
S
 
S
-
 
I
D
x
N
V
 
A
V
 
I
E
 
E
Q
 
A
V
 
Y
L
 
S
V
 
G
A
 
A
Q
 
N
G
 
G
A
 
I
I
 
L
D
 
K
A
 
K
L
 
V
K
 
K
P
 
K
G
 
G
A
 
S
L
 
L
V
 
L
I
 
I
D
 
D
M
 
S
S
 
S
S
x
T
I
 
I
Q
 
D
P
 
P
S
 
A
V
 
V
A
 
S
R
 
K
R
 
E
H
 
L
G
 
A
E
 
K
L
 
E
V
 
V
A
 
E
E
 
K
Q
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
V
Y
 
F
V
 
M
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
V
 
G
G
 
A
A
 
A
A
 
R
E
 
S
A
 
G
R
 
N
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
V
E
 
E
A
 
D
D
 
E
V
 
F
D
 
A
R
 
A
A
 
A
R
 
Q
P
 
E
V
 
L
F
 
L
E
 
G
A
 
C
L
 
M
G
 
G
-
 
S
K
 
N
C
 
V
T
 
V
R
 
Y
I
 
C
G
 
G
P
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
Q
 
Q
L
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
I
A
 
C
N
 
N
Q
 
N
A
 
M
I
 
L
V
 
L
G
 
A
I
 
I
T
 
S
I
 
M
G
 
I
A
 
G
V
 
T
S
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
N
L
 
L
A
 
G
A
 
I
K
 
R
G
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
K
A
 
L
V
 
L
R
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
L
E
 
N
L
 
M
H
 
S
G
 
S
Q
 
G
R
 
R
M
 
C
I
 
W
D
 
S
R
 
S
E
 
D
-
 
T
F
 
Y
A
 
N
P
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
D
G
 
G
A
 
V
P
 
P
A
 
S
-
 
A
-
 
N
-
 
N
-
 
Y
-
 
Q
-
 
G
-
 
G
-
 
F
-
 
G
-
 
T
R
 
T
I
 
L
Q
 
M
L
 
A
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
L
I
 
A
L
 
Q
D
 
D
E
 
S
A
 
A
R
 
T
A
 
S
E
 
T
G
 
K
L
 
S
T
 
P
L
 
I
P
 
L
L
 
L
A
 
G
Q
 
S
Q
 
L
T
 
A
H
 
H
N
 
Q
E
 
I
Y
 
Y
L
 
R
S
 
M
L
 
M
V
 
C
A
 
A
N
 
K
G
 
G
H
 
Y
S
 
S
D
 
K
V
 
K
D
 
D
H
 
F
S
 
S
G
 
S
L
 
V
L
 
F
L
 
Q
E
 
F
L
 
L
E
 
R
H
 
E

Sites not aligning to the query:

3pefA Crystal structure of gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase from geobacter metallireducens in complex with NADP+ (see paper)
31% identity, 93% coverage: 7:288/303 of query aligns to 3:287/287 of 3pefA

query
sites
3pefA
H
 
K
I
 
F
A
 
G
F
 
F
L
 
I
G
 
G
I
 
L
G
|
G
L
x
I
M
|
M
G
 
G
T
 
S
P
 
A
M
 
M
T
 
A
R
 
K
N
 
N
L
 
L
L
 
V
N
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
C
P
 
S
M
 
V
T
 
T
L
 
I
W
 
W
N
|
N
R
|
R
T
x
S
S
 
P
S
 
E
K
|
K
C
 
A
E
 
E
P
 
E
F
 
L
A
 
A
S
 
A
-
 
L
E
 
G
A
 
A
V
 
E
I
 
R
A
 
A
E
 
A
S
 
T
P
 
P
A
 
C
E
 
E
A
 
V
V
 
V
A
 
E
N
 
S
A
 
C
D
 
P
V
 
V
V
 
T
I
 
F
T
 
A
M
|
M
L
|
L
E
x
A
N
x
D
S
 
P
D
 
A
V
x
A
V
 
A
E
 
E
Q
x
E
V
 
V
L
 
C
V
 
F
A
 
G
Q
 
K
-
 
H
G
 
G
A
 
V
I
 
L
D
 
E
A
 
G
L
 
I
K
 
G
P
 
E
G
 
G
A
 
R
L
 
G
V
 
Y
I
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
x
T
I
 
V
Q
 
D
P
 
P
S
 
A
V
 
T
A
 
S
R
 
Q
R
 
R
H
 
I
G
 
G
E
 
V
L
 
A
V
 
V
A
 
V
E
 
A
Q
 
K
G
 
G
A
 
G
G
 
R
Y
 
F
V
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
x
S
T
 
K
V
 
K
G
 
P
A
 
A
A
 
E
E
 
D
A
 
G
R
 
T
L
 
L
S
 
I
I
 
I
M
 
L
A
 
A
G
 
A
G
 
G
S
 
D
E
 
R
A
 
N
D
 
L
V
 
Y
D
 
D
R
 
E
A
 
A
R
 
M
P
 
P
V
 
G
F
 
F
E
 
E
A
 
K
L
 
M
G
 
G
-
 
K
K
 
K
C
 
I
T
 
I
R
 
H
I
 
L
G
 
G
P
 
D
V
 
V
G
 
G
A
 
K
G
 
G
Q
 
A
L
 
E
A
 
M
K
|
K
L
 
L
A
 
V
N
 
V
Q
x
N
A
 
M
I
 
V
V
x
M
G
 
G
I
 
G
T
 
M
I
 
M
G
 
A
A
 
C
V
 
F
S
 
C
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
A
L
 
L
A
 
G
A
 
E
K
 
K
G
 
A
G
 
G
A
 
L
D
 
A
P
 
T
A
 
D
A
 
A
V
 
I
R
x
L
E
 
D
A
 
V
L
 
I
L
x
G
G
 
A
G
 
G
F
 
A
A
 
M
G
 
A
S
x
N
R
 
P
I
 
M
L
 
F
E
x
A
L
 
L
H
 
K
G
 
G
Q
 
G
R
 
L
M
 
I
I
 
R
D
 
D
R
 
R
E
 
N
F
 
F
A
 
A
P
 
P
G
x
A
A
x
F
P
 
P
A
 
L
R
 
K
I
x
H
Q
 
M
L
 
Q
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
|
R
M
 
L
I
 
A
L
 
V
D
 
A
E
 
L
A
 
G
R
 
D
A
 
R
E
 
V
G
 
G
L
 
Q
T
 
P
L
 
L
P
 
V
L
 
A
A
 
S
Q
 
A
Q
 
A
T
 
A
H
 
N
N
 
E
E
 
L
Y
 
F
L
 
K
S
 
G
L
 
A
V
x
R
A
 
A
N
 
A
G
 
G
H
 
F
S
 
G
D
 
D
V
 
E
D
 
D
H
 
F
S
 
S
G
 
A
L
 
I
L
 
F
L
 
K
E
 
T
L
 
Y
E
 
E
H
 
R

2i9pB Crystal structure of human hydroxyisobutyrate dehydrogenase complexed with NAD+
30% identity, 91% coverage: 8:283/303 of query aligns to 3:288/296 of 2i9pB

query
sites
2i9pB
I
 
V
A
 
G
F
 
F
L
 
I
G
 
G
I
 
L
G
|
G
L
x
N
M
|
M
G
 
G
T
 
N
P
 
P
M
 
M
T
 
A
R
 
K
N
 
N
L
 
L
L
 
M
N
 
K
A
 
H
G
 
G
F
 
Y
P
 
P
M
 
L
T
 
I
L
 
I
W
x
Y
N
x
D
R
x
V
T
 
F
S
 
P
S
 
D
K
 
A
C
 
C
E
 
K
P
 
E
F
 
F
-
 
Q
-
 
D
A
 
A
S
 
G
E
 
E
A
 
Q
V
 
V
I
 
V
A
 
S
E
 
-
S
 
S
P
 
P
A
 
A
E
 
D
A
 
V
V
 
A
A
 
E
N
 
K
A
 
A
D
 
D
V
 
R
V
 
I
I
 
I
T
 
T
M
|
M
L
|
L
E
x
P
N
 
T
S
 
S
-
 
I
D
 
N
V
 
A
V
 
I
E
 
E
Q
 
A
V
 
Y
L
 
S
V
 
G
A
 
A
Q
 
N
G
 
G
A
 
I
I
 
L
D
 
K
A
 
K
L
 
V
K
 
K
P
 
K
G
 
G
A
 
S
L
 
L
V
 
L
I
 
I
D
 
D
M
 
S
S
 
S
S
x
T
I
 
I
Q
 
D
P
 
P
S
 
A
V
 
V
A
 
S
R
 
K
R
 
E
H
 
L
G
 
A
E
 
K
L
 
E
V
 
V
A
 
E
E
 
K
Q
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
V
Y
 
F
V
 
M
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
 
G
T
 
V
V
 
G
G
 
A
A
 
A
A
 
R
E
 
S
A
 
G
R
 
N
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
V
E
 
E
A
 
D
D
 
E
V
 
F
D
 
A
R
 
A
A
 
A
R
 
Q
P
 
E
V
 
L
F
 
L
E
 
G
A
 
C
L
 
M
G
 
G
-
 
S
K
 
N
C
 
V
T
 
V
R
 
Y
I
 
C
G
 
G
P
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
Q
 
Q
L
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
I
A
 
C
N
 
N
Q
 
N
A
 
M
I
 
L
V
 
L
G
 
A
I
 
I
T
 
S
I
 
M
G
 
I
A
 
G
V
 
T
S
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
N
L
 
L
A
 
G
A
 
I
K
 
R
G
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
K
A
 
L
V
 
L
R
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
L
E
 
N
L
 
M
H
 
S
G
 
S
Q
 
G
R
 
R
M
 
C
I
 
W
D
 
S
R
 
S
E
 
D
-
 
T
F
 
Y
A
 
N
P
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
D
G
 
G
A
 
V
P
 
P
A
 
S
-
 
A
-
 
N
-
 
N
-
 
Y
-
 
Q
-
 
G
-
 
G
-
x
F
-
 
G
-
 
T
R
 
T
I
 
L
Q
 
M
L
 
A
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
L
I
 
A
L
 
Q
D
 
D
E
 
S
A
 
A
R
 
T
A
 
S
E
 
T
G
 
K
L
 
S
T
 
P
L
 
I
P
 
L
L
 
L
A
 
G
Q
 
S
Q
 
L
T
 
A
H
 
H
N
 
Q
E
 
I
Y
 
Y
L
 
R
S
 
M
L
 
M
V
 
C
A
 
A
N
 
K
G
 
G
H
 
Y
S
 
S
D
 
K
V
 
K
D
 
D
H
 
F
S
 
S
G
 
S
L
 
V
L
 
F

5y8lB Mycobacterium tuberculosis 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (mthibadh) + NAD +(s)-3-hydroxyisobutyrate (s-hiba) (see paper)
35% identity, 92% coverage: 8:287/303 of query aligns to 4:289/290 of 5y8lB

query
sites
5y8lB
I
 
I
A
 
A
F
 
F
L
 
L
G
|
G
I
 
L
G
|
G
L
x
N
M
|
M
G
 
G
T
 
A
P
 
P
M
 
M
T
 
S
R
 
A
N
 
N
L
 
L
L
 
V
N
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
H
P
 
V
M
 
V
T
 
R
L
 
G
W
x
F
N
x
D
R
x
P
T
 
A
S
 
P
S
 
T
K
 
A
C
 
A
E
 
S
P
 
G
F
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
H
A
 
G
V
 
V
-
 
A
I
 
V
A
 
F
E
 
R
S
 
S
P
 
A
A
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
E
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
M
|
M
L
|
L
E
 
P
N
 
T
S
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
R
Q
 
R
V
 
C
L
 
Y
V
 
-
A
 
-
Q
 
T
G
 
D
A
 
V
I
 
L
D
 
A
A
 
A
L
 
A
K
 
R
P
 
P
G
 
A
A
 
T
L
 
L
V
 
F
I
 
I
D
 
D
M
 
S
S
 
S
S
x
T
I
 
I
Q
 
S
P
 
V
S
 
T
V
 
D
A
 
A
R
 
R
R
 
E
H
 
V
G
 
H
E
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
E
E
 
S
Q
 
H
G
 
G
A
 
M
G
 
L
Y
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
|
S
G
|
G
G
|
G
T
 
V
V
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
A
A
 
A
R
x
T
L
 
L
S
 
A
I
 
F
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
E
 
E
A
 
S
D
 
T
V
 
L
D
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
R
P
 
P
V
 
V
F
 
L
E
|
E
A
 
P
L
 
M
-
x
A
G
|
G
K
|
K
C
 
I
T
 
I
R
 
H
I
 
C
G
 
G
P
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
A
A
 
A
K
|
K
L
 
V
A
 
C
N
 
N
Q
 
N
A
 
M
I
 
V
V
 
L
G
 
A
I
 
V
T
 
Q
I
 
Q
G
 
I
A
 
A
V
 
I
S
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
F
L
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
E
K
 
K
G
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
S
P
 
A
A
 
Q
A
 
S
V
 
L
R
 
F
E
 
D
A
 
V
L
 
I
L
 
T
G
 
G
G
 
-
F
 
-
A
 
A
G
 
T
S
 
G
R
 
N
I
 
C
L
x
W
E
 
A
L
 
V
H
 
H
G
 
T
Q
 
N
R
 
C
M
 
P
I
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
T
-
 
S
-
 
P
-
 
A
D
 
N
R
 
N
E
 
D
F
 
F
A
 
K
P
 
P
G
 
G
A
x
F
P
 
S
A
 
T
R
 
A
I
x
L
Q
 
M
L
 
N
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
L
I
 
A
L
 
M
D
 
D
E
 
A
A
 
V
R
 
A
A
 
A
E
 
T
G
 
G
L
 
A
T
 
T
L
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
G
Q
 
S
Q
 
H
T
 
A
H
 
A
N
 
D
E
 
I
Y
 
Y
L
 
A
S
 
K
L
 
F
V
 
A
A
 
A
N
 
D
G
 
-
H
 
H
S
 
A
D
 
D
V
 
L
D
 
D
H
 
F
S
 
S
G
 
A
L
 
V
L
 
I
L
 
H
E
 
T
L
 
L
E
 
R

5y8kA Mycobacterium tuberculosis 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (mthibadh) + l-serine (see paper)
35% identity, 92% coverage: 8:287/303 of query aligns to 4:289/290 of 5y8kA

query
sites
5y8kA
I
 
I
A
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
L
 
N
M
 
M
G
 
G
T
 
A
P
 
P
M
 
M
T
 
S
R
 
A
N
 
N
L
 
L
L
 
V
N
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
H
P
 
V
M
 
V
T
 
R
L
 
G
W
 
F
N
 
D
R
 
P
T
 
A
S
 
P
S
 
T
K
 
A
C
 
A
E
 
S
P
 
G
F
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
H
A
 
G
V
 
V
-
 
A
I
 
V
A
 
F
E
 
R
S
 
S
P
 
A
A
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
E
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
M
 
M
L
 
L
E
 
P
N
 
T
S
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
R
Q
 
R
V
 
C
L
 
Y
V
 
-
A
 
-
Q
 
T
G
 
D
A
 
V
I
 
L
D
 
A
A
 
A
L
 
A
K
 
R
P
 
P
G
 
A
A
 
T
L
 
L
V
 
F
I
 
I
D
 
D
M
 
S
S
 
S
S
x
T
I
 
I
Q
 
S
P
 
V
S
 
T
V
 
D
A
 
A
R
 
R
R
 
E
H
 
V
G
 
H
E
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
E
E
 
S
Q
 
H
G
 
G
A
 
M
G
 
L
Y
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
V
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
A
A
 
A
R
 
T
L
 
L
S
 
A
I
 
F
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
E
 
E
A
 
S
D
 
T
V
 
L
D
 
R
R
 
R
A
 
A
R
|
R
P
 
P
V
 
V
F
 
L
E
|
E
A
 
P
L
 
M
-
x
A
G
|
G
K
 
K
C
x
I
T
 
I
R
 
H
I
 
C
G
 
G
P
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
A
A
 
A
K
|
K
L
 
V
A
 
C
N
 
N
Q
 
N
A
 
M
I
 
V
V
 
L
G
 
A
I
 
V
T
 
Q
I
 
Q
G
 
I
A
 
A
V
 
I
S
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
F
L
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
E
K
 
K
G
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
S
P
 
A
A
 
Q
A
 
S
V
 
L
R
 
F
E
 
D
A
 
V
L
 
I
L
 
T
G
 
G
G
 
-
F
 
-
A
 
A
G
 
T
S
 
G
R
 
N
I
 
C
L
 
W
E
 
A
L
 
V
H
 
H
G
 
T
Q
 
N
R
 
C
M
 
P
I
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
T
-
 
S
-
 
P
-
 
A
D
 
N
R
 
N
E
 
D
F
 
F
A
 
K
P
 
P
G
 
G
A
x
F
P
 
S
A
 
T
R
 
A
I
x
L
Q
 
M
L
 
N
K
|
K
D
|
D
M
 
L
R
 
G
M
 
L
I
 
A
L
 
M
D
 
D
E
 
A
A
 
V
R
 
A
A
 
A
E
 
T
G
 
G
L
 
A
T
 
T
L
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
G
Q
 
S
Q
 
H
T
 
A
H
 
A
N
 
D
E
 
I
Y
 
Y
L
 
A
S
 
K
L
 
F
V
 
A
A
 
A
N
 
D
G
 
-
H
 
H
S
 
A
D
 
D
V
 
L
D
 
D
H
 
F
S
 
S
G
 
A
L
 
V
L
 
I
L
 
H
E
 
T
L
 
L
E
 
R

5y8hA Mycobacterium tuberculosis 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (mthibadh) + NAD+ (see paper)
35% identity, 92% coverage: 8:287/303 of query aligns to 3:288/291 of 5y8hA

query
sites
5y8hA
I
 
I
A
 
A
F
 
F
L
 
L
G
|
G
I
 
L
G
|
G
L
x
N
M
|
M
G
 
G
T
 
A
P
 
P
M
 
M
T
 
S
R
 
A
N
 
N
L
 
L
L
 
V
N
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
H
P
 
V
M
 
V
T
 
R
L
 
G
W
x
F
N
x
D
R
x
P
T
 
A
S
 
P
S
 
T
K
 
A
C
 
A
E
 
S
P
 
G
F
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
H
A
 
G
V
 
V
-
 
A
I
 
V
A
 
F
E
 
R
S
 
S
P
 
A
A
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
E
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
M
|
M
L
|
L
E
 
P
N
 
T
S
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
R
Q
 
R
V
 
C
L
 
Y
V
 
-
A
 
-
Q
 
T
G
 
D
A
 
V
I
 
L
D
 
A
A
 
A
L
 
A
K
 
R
P
 
P
G
 
A
A
 
T
L
 
L
V
 
F
I
 
I
D
 
D
M
 
S
S
 
S
S
 
T
I
 
I
Q
 
S
P
 
V
S
 
T
V
 
D
A
 
A
R
 
R
R
 
E
H
 
V
G
 
H
E
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
E
E
 
S
Q
 
H
G
 
G
A
 
M
G
 
L
Y
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
|
G
T
 
V
V
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
A
A
 
A
R
 
T
L
 
L
S
 
A
I
 
F
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
E
 
E
A
 
S
D
 
T
V
 
L
D
 
R
R
 
R
A
 
A
R
|
R
P
 
P
V
 
V
F
 
L
E
|
E
A
 
P
L
 
M
-
x
A
G
 
G
K
|
K
C
 
I
T
 
I
R
 
H
I
 
C
G
 
G
P
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
V
A
 
C
N
 
N
Q
 
N
A
 
M
I
 
V
V
 
L
G
 
A
I
 
V
T
 
Q
I
 
Q
G
 
I
A
 
A
V
 
I
S
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
F
L
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
E
K
 
K
G
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
S
P
 
A
A
 
Q
A
 
S
V
 
L
R
 
F
E
 
D
A
 
V
L
 
I
L
 
T
G
 
G
G
 
-
F
 
-
A
 
A
G
 
T
S
 
G
R
 
N
I
 
C
L
 
W
E
 
A
L
 
V
H
 
H
G
 
T
Q
 
N
R
 
C
M
 
P
I
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
T
-
 
S
-
 
P
-
 
A
D
 
N
R
 
N
E
 
D
F
 
F
A
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
F
P
 
S
A
 
T
R
 
A
I
x
L
Q
 
M
L
 
N
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
L
I
 
A
L
 
M
D
 
D
E
 
A
A
 
V
R
 
A
A
 
A
E
 
T
G
 
G
L
 
A
T
 
T
L
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
G
Q
 
S
Q
 
H
T
 
A
H
 
A
N
 
D
E
 
I
Y
 
Y
L
 
A
S
 
K
L
 
F
V
 
A
A
 
A
N
 
D
G
 
-
H
 
H
S
 
A
D
 
D
V
 
L
D
 
D
H
 
F
S
 
S
G
 
A
L
 
V
L
 
I
L
 
H
E
 
T
L
 
L
E
 
R

5y8iA Mycobacterium tuberculosis 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase (mthibadh) + (s)-3-hydroxyisobutyrate (s-hiba) (see paper)
35% identity, 92% coverage: 8:287/303 of query aligns to 3:288/292 of 5y8iA

query
sites
5y8iA
I
 
I
A
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
L
 
N
M
 
M
G
 
G
T
 
A
P
 
P
M
 
M
T
 
S
R
 
A
N
 
N
L
 
L
L
 
V
N
 
G
A
 
A
G
 
G
F
 
H
P
 
V
M
 
V
T
 
R
L
 
G
W
 
F
N
 
D
R
 
P
T
 
A
S
 
P
S
 
T
K
 
A
C
 
A
E
 
S
P
 
G
F
 
A
A
 
A
S
 
A
E
 
H
A
 
G
V
 
V
-
 
A
I
 
V
A
 
F
E
 
R
S
 
S
P
 
A
A
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
N
 
E
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
T
M
 
M
L
 
L
E
 
P
N
 
T
S
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
R
Q
 
R
V
 
C
L
 
Y
V
 
-
A
 
-
Q
 
T
G
 
D
A
 
V
I
 
L
D
 
A
A
 
A
L
 
A
K
 
R
P
 
P
G
 
A
A
 
T
L
 
L
V
 
F
I
 
I
D
 
D
M
 
S
S
 
S
S
 
T
I
 
I
Q
 
S
P
 
V
S
 
T
V
 
D
A
 
A
R
 
R
R
 
E
H
 
V
G
 
H
E
 
A
L
 
L
V
 
A
A
 
E
E
 
S
Q
 
H
G
 
G
A
 
M
G
 
L
Y
 
Q
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
V
 
K
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
A
A
 
A
R
 
T
L
 
L
S
 
A
I
 
F
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
E
 
E
A
 
S
D
 
T
V
 
L
D
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
R
P
 
P
V
 
V
F
 
L
E
|
E
A
 
P
L
 
M
-
x
A
G
 
G
K
|
K
C
x
I
T
 
I
R
 
H
I
 
C
G
 
G
P
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
V
A
 
C
N
 
N
Q
 
N
A
 
M
I
 
V
V
 
L
G
 
A
I
 
V
T
 
Q
I
 
Q
G
 
I
A
 
A
V
 
I
S
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
F
L
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
E
K
 
K
G
 
L
G
 
G
A
 
L
D
 
S
P
 
A
A
 
Q
A
 
S
V
 
L
R
 
F
E
 
D
A
 
V
L
 
I
L
 
T
G
 
G
G
 
-
F
 
-
A
 
A
G
 
T
S
 
G
R
 
N
I
 
C
L
 
W
E
 
A
L
 
V
H
 
H
G
 
T
Q
 
N
R
 
C
M
 
P
I
 
V
-
 
P
-
 
G
-
 
P
-
 
V
-
 
P
-
 
T
-
 
S
-
 
P
-
 
A
D
 
N
R
 
N
E
 
D
F
 
F
A
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
F
P
 
S
A
 
T
R
 
A
I
 
L
Q
 
M
L
 
N
K
 
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
L
I
 
A
L
 
M
D
 
D
E
 
A
A
 
V
R
 
A
A
 
A
E
 
T
G
 
G
L
 
A
T
 
T
L
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
G
Q
 
S
Q
 
H
T
 
A
H
 
A
N
 
D
E
 
I
Y
 
Y
L
 
A
S
 
K
L
 
F
V
 
A
A
 
A
N
 
D
G
 
-
H
 
H
S
 
A
D
 
D
V
 
L
D
 
D
H
 
F
S
 
S
G
 
A
L
 
V
L
 
I
L
 
H
E
 
T
L
 
L
E
 
R

2uyyA Structure of the cytokine-like nuclear factor n-pac
28% identity, 95% coverage: 1:288/303 of query aligns to 2:292/292 of 2uyyA

query
sites
2uyyA
M
 
I
T
 
T
S
 
P
T
 
T
K
 
D
P
 
K
H
 
K
I
 
I
A
 
G
F
 
F
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
|
G
L
|
L
M
|
M
G
 
G
T
 
S
P
 
G
M
 
I
T
 
V
R
 
S
N
 
N
L
 
L
L
 
L
N
 
K
A
 
M
G
 
G
F
 
H
P
 
T
M
 
V
T
 
T
L
 
V
W
 
W
N
|
N
R
|
R
T
|
T
S
 
A
S
 
E
K
 
K
C
 
C
E
 
D
P
 
L
F
 
F
A
 
I
S
 
Q
E
 
E
-
 
G
A
 
A
V
 
R
I
 
L
A
 
G
E
 
R
S
 
T
P
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
V
V
 
V
A
 
S
N
 
T
A
 
C
D
 
D
V
 
I
V
 
T
I
 
F
T
 
A
M
 
C
L
x
V
E
x
S
N
 
D
S
 
P
D
 
K
V
x
A
V
 
A
E
 
K
Q
 
D
-
 
L
V
 
V
L
 
L
V
 
G
A
 
P
Q
 
S
G
 
G
A
 
V
I
 
L
D
 
Q
A
 
G
L
 
I
K
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
K
L
 
C
V
 
Y
I
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
x
T
I
 
V
Q
 
D
P
 
A
S
 
D
V
 
T
A
 
V
R
 
T
R
 
E
H
 
L
G
 
A
E
 
Q
L
 
V
V
 
I
A
 
V
E
 
S
Q
 
R
G
 
G
A
 
G
G
 
R
Y
 
F
V
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
N
T
 
Q
V
 
Q
G
 
L
A
 
S
A
 
N
E
 
D
A
 
G
R
 
M
L
 
L
S
 
V
I
 
I
M
 
L
A
 
A
G
 
A
G
 
G
S
 
D
E
 
R
A
 
G
D
 
L
V
 
Y
D
 
E
R
 
D
A
 
C
R
 
S
P
 
S
V
 
C
F
 
F
E
 
Q
A
 
A
L
 
M
G
 
G
K
 
K
C
 
T
T
 
S
-
 
F
R
 
F
I
 
L
G
 
G
P
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
N
G
 
A
Q
 
A
L
 
K
A
 
M
K
 
M
L
 
L
A
 
I
N
 
V
Q
 
N
A
 
M
I
 
V
V
 
Q
G
 
G
I
 
S
T
 
F
I
 
M
G
 
A
A
 
T
V
 
I
S
 
A
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
K
 
V
G
 
T
G
 
G
A
 
Q
D
 
S
P
 
Q
A
 
Q
A
 
T
V
 
L
R
 
L
E
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
N
G
 
Q
G
 
G
F
 
Q
A
 
L
G
 
A
S
 
S
R
 
I
I
 
F
L
 
L
E
 
D
L
 
Q
H
 
K
G
 
C
Q
 
Q
R
 
N
M
 
I
I
 
L
D
 
Q
R
 
G
E
 
N
F
 
F
A
 
K
P
 
P
G
 
D
A
x
F
P
x
Y
A
 
L
R
 
K
I
x
Y
Q
 
I
L
 
Q
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
R
M
 
L
I
 
A
L
 
I
D
 
A
E
 
L
A
 
G
R
 
D
A
 
A
E
 
V
G
 
N
L
 
H
T
 
P
L
 
T
P
 
P
L
 
M
A
 
A
Q
 
A
Q
 
A
T
 
A
H
 
N
N
 
E
E
 
V
Y
 
Y
L
 
K
S
 
R
L
 
A
V
 
K
A
 
A
N
 
L
G
 
D
H
 
Q
S
 
S
D
 
D
V
 
N
D
 
D
H
 
M
S
 
S
G
 
A
L
 
V
L
 
Y
L
 
R
E
 
A
L
 
Y
E
 
I
H
 
H

8z9gA Crystal structure of glyoxylate reductase from acetobacter aceti in complex with NADPH
31% identity, 94% coverage: 6:289/303 of query aligns to 8:289/291 of 8z9gA

query
sites
8z9gA
P
 
P
H
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
F
L
 
I
G
 
G
I
x
F
G
|
G
L
x
A
M
|
M
G
 
A
T
 
S
P
 
R
M
 
M
T
 
G
R
 
D
N
 
H
L
 
L
L
 
K
N
 
T
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
P
 
T
M
 
I
T
 
S
L
 
A
W
 
Y
N
x
T
R
x
P
T
x
S
S
 
G
S
 
R
K
 
S
C
 
P
E
 
S
P
 
P
F
 
-
A
 
-
S
 
-
E
 
S
A
 
V
V
 
P
I
 
M
A
 
L
E
 
P
S
 
T
P
 
P
A
 
L
E
 
A
A
 
L
V
 
A
A
 
K
N
 
Q
A
 
A
D
 
D
V
 
T
V
 
V
I
 
V
T
 
V
M
x
C
L
x
V
E
x
P
N
 
D
S
 
D
D
 
E
V
x
A
V
 
L
E
 
A
Q
 
A
V
x
S
L
 
M
V
 
Y
A
 
G
Q
 
E
-
 
N
G
 
G
A
 
A
I
 
L
D
 
A
A
 
G
L
 
M
K
 
T
P
 
K
G
 
G
A
 
S
L
 
L
V
 
L
I
 
I
D
 
N
M
 
T
S
 
S
S
|
S
I
 
V
Q
 
S
P
 
P
S
 
E
V
 
A
A
 
T
R
 
A
R
 
T
H
 
L
G
 
Y
E
 
E
L
 
A
V
 
G
A
 
Q
E
 
K
Q
 
H
G
 
G
A
 
V
G
 
V
Y
 
V
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
x
S
T
 
T
V
 
P
G
 
E
A
 
A
A
 
D
E
 
S
A
 
A
R
 
S
L
 
L
S
 
V
I
 
I
M
 
L
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
E
 
K
A
 
D
D
 
D
V
 
V
D
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
E
 
D
A
 
A
L
 
I
G
 
G
K
 
K
C
 
L
T
 
T
-
 
I
R
 
H
I
 
A
G
 
G
P
 
P
V
 
T
G
 
G
A
 
S
G
 
G
Q
 
A
L
 
R
A
 
L
K
|
K
L
 
L
A
 
V
N
 
I
Q
 
N
A
 
G
I
 
I
V
 
M
G
 
G
I
 
A
T
 
G
I
 
L
G
 
T
A
 
T
V
 
L
S
 
A
E
 
E
A
 
S
L
 
V
L
 
A
L
 
Y
A
 
G
A
 
L
K
 
S
G
 
A
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
E
 
S
A
 
M
L
 
L
L
 
F
G
 
D
G
 
A
F
 
L
A
 
D
G
 
Q
S
 
V
R
 
A
I
 
V
L
 
I
E
 
S
L
 
P
H
 
H
G
 
H
Q
 
K
R
 
R
M
 
K
I
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
K
D
 
D
R
 
G
E
 
N
F
 
F
A
 
A
P
 
P
G
x
Q
A
x
F
P
 
P
A
 
A
R
 
R
I
 
L
Q
 
M
L
 
Q
K
|
K
D
 
D
M
 
M
R
 
R
M
 
L
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
A
A
 
A
R
 
A
A
 
R
E
 
E
G
 
A
L
 
V
T
 
P
L
 
V
P
 
P
-
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
Q
 
A
T
 
T
H
 
Q
N
 
Q
E
 
-
Y
 
-
L
 
L
S
 
S
L
 
L
V
 
T
A
 
R
N
 
R
G
 
L
H
 
S
S
 
P
D
 
N
V
 
E
D
 
D
H
 
Y
S
 
S
G
 
S
L
 
L
L
 
I
L
 
R
E
 
V
L
 
M
E
 
E
H
 
K
L
 
I

8z9fA Crystal structure of glyoxylate reductase from acetobacter aceti in complex with nadh
32% identity, 94% coverage: 6:289/303 of query aligns to 9:290/293 of 8z9fA

query
sites
8z9fA
P
 
P
H
 
R
I
 
I
A
 
G
F
 
F
L
 
I
G
 
G
I
x
F
G
|
G
L
x
A
M
|
M
G
 
A
T
 
S
P
 
R
M
 
M
T
 
G
R
 
D
N
 
H
L
 
L
L
 
K
N
 
T
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
P
 
T
M
 
I
T
 
S
L
 
A
W
 
Y
N
 
-
R
 
-
T
 
T
S
x
P
S
 
S
K
 
G
C
 
R
E
 
S
P
 
P
F
 
S
A
 
P
S
 
S
E
 
V
A
 
P
V
 
M
I
 
L
A
 
-
E
 
P
S
 
T
P
 
P
A
 
L
E
 
A
A
 
L
V
 
A
A
 
K
N
 
Q
A
 
A
D
 
D
V
 
T
V
 
V
I
 
V
T
 
V
M
x
C
L
x
V
E
x
P
N
 
D
S
 
D
D
 
E
V
x
A
V
 
L
E
 
A
Q
 
A
V
x
S
L
 
M
V
 
Y
A
 
G
Q
 
E
-
 
N
G
 
G
A
 
A
I
 
L
D
 
A
A
 
G
L
 
M
K
 
T
P
 
K
G
 
G
A
 
S
L
 
L
V
 
L
I
 
I
D
 
N
M
 
T
S
 
S
S
|
S
I
 
V
Q
 
S
P
 
P
S
 
E
V
 
A
A
 
T
R
 
A
R
 
T
H
 
L
G
 
Y
E
 
E
L
 
A
V
 
G
A
 
Q
E
 
K
Q
 
H
G
 
G
A
 
V
G
 
V
Y
 
V
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
|
G
G
x
S
T
 
T
V
 
P
G
 
E
A
 
A
A
 
D
E
 
S
A
 
A
R
 
S
L
 
L
S
 
V
I
 
I
M
 
L
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
E
 
K
A
 
D
D
 
D
V
 
V
D
 
A
R
 
R
A
 
A
R
 
A
P
 
P
V
 
I
F
 
F
E
 
D
A
 
A
L
 
I
G
 
G
K
 
K
C
 
L
T
 
T
-
 
I
R
 
H
I
 
A
G
 
G
P
 
P
V
 
T
G
 
G
A
 
S
G
 
G
Q
 
A
L
 
R
A
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
V
N
 
I
Q
 
N
A
 
G
I
 
I
V
 
M
G
 
G
I
 
A
T
 
G
I
 
L
G
 
T
A
 
T
V
 
L
S
 
A
E
 
E
A
 
S
L
 
V
L
 
A
L
 
Y
A
 
G
A
 
L
K
 
S
G
 
A
G
 
G
A
 
L
D
 
D
P
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
R
 
R
E
 
S
A
 
M
L
 
L
L
 
F
G
 
D
G
 
A
F
 
L
A
 
D
G
 
Q
S
 
V
R
 
A
I
 
V
L
 
I
E
 
S
L
 
P
H
 
H
G
 
H
Q
 
K
R
 
R
M
 
K
I
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
K
D
 
D
R
 
G
E
 
N
F
 
F
A
 
A
P
 
P
G
x
Q
A
x
F
P
 
P
A
 
A
R
 
R
I
 
L
Q
 
M
L
 
Q
K
 
K
D
 
D
M
 
M
R
 
R
M
 
L
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
A
A
 
A
R
 
A
A
 
R
E
 
E
G
 
A
L
 
V
T
 
P
L
 
V
P
 
P
-
 
T
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
Q
 
A
T
 
T
H
 
Q
N
 
Q
E
 
-
Y
 
-
L
 
L
S
 
S
L
 
L
V
 
T
A
 
R
N
 
R
G
 
L
H
 
S
S
 
P
D
 
N
V
 
E
D
 
D
H
 
Y
S
 
S
G
 
S
L
 
L
L
 
I
L
 
R
E
 
V
L
 
M
E
 
E
H
 
K
L
 
I

Q49A26 Cytokine-like nuclear factor N-PAC; NPAC; 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like protein; Glyoxylate reductase 1 homolog; Nuclear protein NP60; Nuclear protein of 60 kDa; Nucleosome-destabilizing factor; hNDF; Putative oxidoreductase GLYR1 from Homo sapiens (Human) (see 3 papers)
28% identity, 95% coverage: 1:288/303 of query aligns to 263:553/553 of Q49A26

query
sites
Q49A26
M
 
I
T
 
T
S
 
P
T
 
T
K
 
D
P
 
K
H
 
K
I
 
I
A
x
G
F
|
F
L
|
L
G
|
G
I
x
L
G
|
G
L
|
L
M
|
M
G
|
G
T
x
S
P
x
G
M
x
I
T
x
V
R
x
S
N
|
N
L
 
L
L
 
L
N
 
K
A
 
M
G
 
G
F
 
H
P
 
T
M
 
V
T
 
T
L
 
V
W
 
W
N
 
N
R
 
R
T
 
T
S
 
A
S
 
E
K
 
K
C
 
C
E
 
D
P
 
L
F
 
F
A
 
I
S
 
Q
E
 
E
-
 
G
A
 
A
V
 
R
I
 
L
A
 
G
E
 
R
S
 
T
P
 
P
A
 
A
E
 
E
A
 
V
V
 
V
A
 
S
N
 
T
A
 
C
D
 
D
V
 
I
V
 
T
I
 
F
T
 
A
M
 
C
L
 
V
E
 
S
N
 
D
S
 
P
D
 
K
V
 
A
V
 
A
E
 
K
Q
 
D
-
 
L
V
 
V
L
 
L
V
 
G
A
 
P
Q
 
S
G
 
G
A
 
V
I
 
L
D
 
Q
A
 
G
L
 
I
K
 
R
P
 
P
G
 
G
A
 
K
L
 
C
V
 
Y
I
 
V
D
 
D
M
 
M
S
 
S
S
x
T
I
 
V
Q
 
D
P
 
A
S
 
D
V
 
T
A
 
V
R
 
T
R
 
E
H
 
L
G
 
A
E
 
Q
L
 
V
V
 
I
A
 
V
E
 
S
Q
 
R
G
 
G
A
 
G
G
 
R
Y
 
F
V
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
N
T
 
Q
V
 
Q
G
 
L
A
 
S
A
 
N
E
 
D
A
 
G
R
 
M
L
 
L
S
 
V
I
 
I
M
 
L
A
 
A
G
 
A
G
 
G
S
 
D
E
 
R
A
 
G
D
 
L
V
 
Y
D
 
E
R
 
D
A
 
C
R
 
S
P
 
S
V
 
C
F
 
F
E
 
Q
A
 
A
L
 
M
G
 
G
K
 
K
C
 
T
T
 
S
-
 
F
R
 
F
I
 
L
G
 
G
P
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
N
G
 
A
Q
 
A
L
 
K
A
 
M
K
x
M
L
 
L
A
 
I
N
 
V
Q
 
N
A
 
M
I
 
V
V
 
Q
G
 
G
I
 
S
T
 
F
I
 
M
G
 
A
A
 
T
V
 
I
S
 
A
E
 
E
A
 
G
L
 
L
L
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
K
 
V
G
 
T
G
 
G
A
 
Q
D
 
S
P
 
Q
A
 
Q
A
 
T
V
 
L
R
 
L
E
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
N
G
 
Q
G
 
G
F
 
Q
A
 
L
G
 
A
S
 
S
R
 
I
I
 
F
L
 
L
E
 
D
L
 
Q
H
 
K
G
 
C
Q
 
Q
R
 
N
M
 
I
I
 
L
D
 
Q
R
 
G
E
 
N
F
 
F
A
 
K
P
|
P
G
 
D
A
 
F
P
 
Y
A
 
L
R
 
K
I
 
Y
Q
 
I
L
 
Q
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
R
M
 
L
I
 
A
L
 
I
D
 
A
E
 
L
A
 
G
R
 
D
A
 
A
E
 
V
G
 
N
L
 
H
T
 
P
L
 
T
P
 
P
L
 
M
A
 
A
Q
 
A
Q
 
A
T
 
A
H
 
N
N
 
E
E
 
V
Y
 
Y
L
 
K
S
 
R
L
 
A
V
 
K
A
 
A
N
 
L
G
 
D
H
 
Q
S
 
S
D
 
D
V
 
N
D
 
D
H
 
M
S
 
S
G
 
A
L
 
V
L
 
Y
L
 
R
E
 
A
L
 
Y
E
 
I
H
 
H

Sites not aligning to the query:

3q3cA Crystal structure of a serine dehydrogenase from pseudomonas aeruginosa pao1 in complex with NAD (see paper)
33% identity, 90% coverage: 7:280/303 of query aligns to 2:284/294 of 3q3cA

query
sites
3q3cA
H
 
Q
I
 
I
A
 
A
F
 
F
L
 
I
G
 
G
I
 
L
G
|
G
L
x
H
M
|
M
G
 
G
T
 
A
P
 
P
M
 
M
T
 
A
R
 
T
N
 
N
L
 
L
L
 
L
N
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
Y
P
 
L
M
 
L
T
 
N
L
 
V
W
x
F
N
x
D
R
x
L
T
 
V
S
 
Q
S
 
S
K
 
A
C
 
V
E
 
D
P
 
G
F
 
L
A
 
V
S
 
A
E
 
A
A
 
G
V
 
A
I
 
S
A
 
A
E
 
A
S
 
R
P
 
S
A
 
A
E
 
R
A
 
D
-
 
A
V
 
V
A
 
Q
N
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
S
M
|
M
L
|
L
E
x
P
N
 
A
S
 
S
D
 
Q
V
 
H
V
 
V
E
 
E
Q
 
G
V
 
L
L
 
Y
V
 
L
A
 
D
Q
 
D
G
 
G
A
 
L
I
 
L
D
 
A
A
 
H
L
 
I
K
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
L
D
 
E
M
 
C
S
 
S
S
x
T
I
 
I
Q
 
A
P
 
P
S
 
T
V
 
S
A
 
A
R
 
R
R
 
K
H
 
I
G
 
H
E
 
A
L
 
A
V
 
A
A
 
R
E
 
E
Q
 
R
G
 
G
A
 
L
G
 
A
Y
 
M
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
|
G
G
 
G
T
 
T
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
A
A
 
G
R
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
E
 
A
A
 
E
D
 
A
V
 
L
D
 
E
R
 
K
A
 
A
R
 
R
P
 
P
V
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
L
 
M
G
 
G
K
 
R
-
 
N
C
 
I
T
 
F
R
 
H
I
 
A
G
 
G
P
 
P
V
 
D
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
A
 
A
K
 
K
L
 
V
A
 
C
N
 
N
Q
 
N
A
 
Q
I
 
L
V
 
L
G
 
A
I
 
V
T
 
L
I
 
M
G
 
I
A
 
G
V
 
T
S
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
A
L
 
L
A
 
G
A
 
V
K
 
A
G
 
N
G
 
G
A
 
L
D
 
E
P
 
A
A
 
K
A
 
V
V
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
I
L
 
M
L
 
R
G
 
R
G
 
S
F
 
S
A
 
G
G
 
G
S
 
N
R
 
W
I
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
V
H
 
Y
G
 
N
-
 
P
-
 
W
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
E
Q
 
N
R
 
A
M
 
P
I
 
A
D
 
S
R
 
R
E
 
D
F
 
Y
A
 
S
P
 
G
G
 
G
A
x
F
P
 
M
A
 
A
R
 
Q
I
 
L
Q
 
M
L
 
A
K
|
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
L
I
 
A
L
 
Q
D
 
E
E
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
A
E
 
S
G
 
A
L
 
S
T
 
S
L
 
T
P
 
P
L
 
M
A
 
G
Q
 
S
Q
 
L
T
 
A
H
 
L
N
 
S
E
 
L
Y
 
Y
L
 
R
S
 
L
L
 
L
V
 
L
A
 
K
N
 
Q
G
 
G
H
 
Y
S
 
A
D
 
E
V
 
R
D
 
D
H
 
F
S
 
S

5je8B The crystal structure of bacillus cereus 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase in complex with NAD (see paper)
29% identity, 91% coverage: 8:282/303 of query aligns to 6:285/294 of 5je8B

query
sites
5je8B
I
 
I
A
 
G
F
 
F
L
 
I
G
 
G
I
 
L
G
|
G
L
x
N
M
|
M
G
 
G
T
 
L
P
 
P
M
 
M
T
 
S
R
 
K
N
 
N
L
 
L
L
 
V
N
 
K
A
 
S
G
 
G
F
 
Y
P
 
T
M
 
V
T
 
Y
L
 
G
W
 
V
N
x
D
R
x
L
T
 
N
S
 
K
S
 
E
K
 
A
C
 
E
E
 
A
P
 
S
F
 
F
A
 
E
S
 
K
E
 
E
A
 
G
-
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
G
E
 
L
S
 
S
P
 
I
A
 
S
E
 
K
A
 
L
V
 
A
A
 
E
N
 
T
A
 
C
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
F
T
 
T
M
 
S
L
|
L
E
x
P
N
 
S
S
 
P
D
 
R
V
 
A
V
 
V
E
 
E
Q
 
A
V
|
V
L
 
Y
V
 
F
-
 
G
A
 
A
Q
 
E
G
 
G
A
 
L
I
 
F
D
 
E
A
 
N
L
 
G
K
 
H
P
 
S
G
 
N
A
 
V
L
 
V
V
 
F
I
 
I
D
 
D
M
 
T
S
|
S
S
 
T
I
 
V
Q
 
S
P
 
P
S
 
Q
V
 
L
A
 
N
R
 
K
R
 
Q
H
 
L
G
 
E
E
 
E
L
 
A
V
 
A
A
 
K
E
 
E
Q
 
K
G
 
K
A
 
V
G
 
D
Y
 
F
V
 
L
D
 
A
A
 
A
P
 
P
V
|
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
E
E
 
N
A
 
R
R
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
S
E
 
K
A
 
D
D
 
V
V
 
Y
D
 
E
R
 
K
A
 
T
R
 
E
P
 
S
V
 
I
F
 
M
E
 
G
A
 
V
L
 
L
G
 
G
-
 
A
K
 
N
C
 
I
T
 
F
R
 
H
I
 
V
G
 
S
P
 
E
-
 
Q
V
 
I
G
 
D
A
 
S
G
 
G
Q
 
T
L
 
T
A
 
V
K
 
K
L
 
L
A
 
I
N
 
N
Q
 
N
A
 
L
I
 
L
V
 
I
G
 
G
I
 
F
T
 
Y
I
 
T
G
 
A
A
 
G
V
 
V
S
 
S
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
K
K
 
K
G
 
N
G
 
N
A
 
M
D
 
D
P
 
L
A
 
D
A
 
K
V
 
M
R
 
F
E
 
D
A
 
I
L
 
L
L
 
N
G
 
V
G
 
S
F
 
Y
A
 
G
G
 
Q
S
 
S
R
 
R
I
 
I
L
 
Y
E
 
E
L
 
R
H
 
N
G
 
Y
Q
 
K
R
 
S
M
 
F
I
 
I
D
 
A
R
 
P
E
 
E
-
 
N
F
 
Y
A
 
E
P
 
P
G
 
G
A
 
F
P
 
T
A
 
V
R
 
N
I
 
L
Q
 
L
L
 
K
K
 
K
D
 
D
M
 
L
R
 
G
M
 
F
I
 
A
L
 
V
D
 
D
E
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
E
E
 
S
G
 
E
L
 
L
T
 
H
L
 
L
P
 
P
L
 
V
A
 
S
Q
 
E
Q
 
M
T
 
L
H
 
L
N
 
N
E
 
V
Y
 
Y
L
 
D
S
 
E
L
 
A
V
 
S
A
 
Q
N
 
A
G
 
G
H
 
Y
S
 
G
D
 
E
V
 
N
D
 
D
H
 
M
S
 
A
G
 
A
L
 
L

Q9I5I6 NAD-dependent L-serine dehydrogenase; L-serine 3-dehydrogenase (NAD(+)); EC 1.1.1.387 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
33% identity, 90% coverage: 7:280/303 of query aligns to 3:286/298 of Q9I5I6

query
sites
Q9I5I6
H
x
Q
I
|
I
A
|
A
F
|
F
L
x
I
G
|
G
I
x
L
G
|
G
L
x
H
M
|
M
G
|
G
T
x
A
P
|
P
M
|
M
T
x
A
R
x
T
N
|
N
L
|
L
L
|
L
N
x
K
A
|
A
G
|
G
F
x
Y
P
x
L
M
x
L
T
x
N
L
x
V
W
x
F
N
x
D
R
 
L
T
 
V
S
 
Q
S
 
S
K
 
A
C
 
V
E
 
D
P
 
G
F
 
L
A
 
V
S
 
A
E
 
A
A
 
G
V
 
A
I
 
S
A
 
A
E
 
A
S
 
R
P
 
S
A
 
A
E
 
R
A
 
D
-
 
A
V
 
V
A
 
Q
N
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
T
 
S
M
 
M
L
 
L
E
x
P
N
 
A
S
 
S
D
 
Q
V
 
H
V
 
V
E
 
E
Q
 
G
V
 
L
-
 
Y
L
 
L
V
 
D
A
 
D
Q
 
D
G
 
G
A
 
L
I
 
L
D
 
A
A
 
H
L
 
I
K
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
T
L
 
L
V
 
V
I
 
L
D
 
E
M
 
C
S
 
S
S
x
T
I
 
I
Q
 
A
P
 
P
S
 
T
V
 
S
A
 
A
R
 
R
R
 
K
H
 
I
G
 
H
E
 
A
L
 
A
V
 
A
A
 
R
E
 
E
Q
 
R
G
 
G
A
 
L
G
 
A
Y
 
M
V
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
V
S
|
S
G
 
G
G
 
G
T
 
T
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
A
E
 
A
A
 
G
R
 
T
L
 
L
S
 
T
I
 
F
M
 
M
A
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
D
E
 
A
A
 
E
D
 
A
V
 
L
D
 
E
R
 
K
A
 
A
R
 
R
P
 
P
V
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
A
L
 
M
G
 
G
K
 
R
-
 
N
C
 
I
T
 
F
R
 
H
I
 
A
G
 
G
P
 
P
V
 
D
G
 
G
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
V
A
 
A
K
|
K
L
 
V
A
 
C
N
 
N
Q
x
N
A
 
Q
I
 
L
V
 
L
G
 
A
I
 
V
T
 
L
I
 
M
G
 
I
A
 
G
V
 
T
S
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
M
L
 
A
L
 
L
A
 
G
A
 
V
K
 
A
G
 
N
G
 
G
A
 
L
D
 
E
P
 
A
A
 
K
A
 
V
V
 
L
R
 
A
E
 
E
A
 
I
L
 
M
L
 
R
G
 
R
G
 
S
F
 
S
A
 
G
G
 
G
S
 
N
R
x
W
I
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
V
H
x
Y
G
 
N
-
 
P
-
 
W
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
M
-
 
E
Q
 
N
R
 
A
M
 
P
I
 
A
D
 
S
R
 
R
E
 
D
F
 
Y
A
 
S
P
 
G
G
 
G
A
 
F
P
 
M
A
 
A
R
 
Q
I
 
L
Q
 
M
L
 
A
K
|
K
D
|
D
M
 
L
R
 
G
M
 
L
I
 
A
L
 
Q
D
 
E
E
 
A
A
 
A
R
 
Q
A
 
A
E
 
S
G
 
A
L
 
S
T
 
S
L
 
T
P
 
P
L
 
M
A
 
G
Q
 
S
Q
 
L
T
 
A
H
 
L
N
 
S
E
 
L
Y
 
Y
L
 
R
S
 
L
L
 
L
V
 
L
A
 
K
N
 
Q
G
 
G
H
 
Y
S
 
A
D
 
E
V
 
R
D
 
D
H
 
F
S
 
S

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF3544 FitnessBrowser__Marino:GFF3544
MTSTKPHIAFLGIGLMGTPMTRNLLNAGFPMTLWNRTSSKCEPFASEAVIAESPAEAVAN
ADVVITMLENSDVVEQVLVAQGAIDALKPGALVIDMSSIQPSVARRHGELVAEQGAGYVD
APVSGGTVGAAEARLSIMAGGSEADVDRARPVFEALGKCTRIGPVGAGQLAKLANQAIVG
ITIGAVSEALLLAAKGGADPAAVREALLGGFAGSRILELHGQRMIDREFAPGAPARIQLK
DMRMILDEARAEGLTLPLAQQTHNEYLSLVANGHSDVDHSGLLLELEHLNGALLGSLGRG
PKE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory