SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3565 FitnessBrowser__Marino:GFF3565 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P05654 Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit; Aspartate transcarbamylase; ATCase; EC 2.1.3.2 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
39% identity, 94% coverage: 9:314/327 of query aligns to 1:293/304 of P05654

query
sites
P05654
L
 
M
R
 
K
H
 
H
F
 
L
L
 
T
T
 
T
L
 
M
D
 
S
G
 
E
L
 
L
D
 
S
R
 
T
A
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
K
D
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
A
 
A
D
 
Q
S
 
E
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
S
I
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
D
P
 
N
L
 
Q
L
 
L
R
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
F
V
 
A
V
 
A
N
 
N
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
P
S
 
S
T
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
F
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
E
K
 
K
R
 
K
L
 
L
S
 
G
A
 
M
D
 
N
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
G
S
 
T
T
 
S
S
 
T
A
 
S
T
 
V
S
 
Q
K
 
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
R
N
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
S
M
 
I
A
 
G
S
 
V
D
 
D
M
 
V
F
 
C
V
 
V
V
 
I
R
 
R
H
 
H
S
 
S
Q
 
E
S
 
D
G
 
-
A
 
-
P
 
-
H
 
E
F
 
Y
I
 
Y
A
 
E
E
 
E
S
 
L
V
 
V
T
 
S
P
 
Q
-
 
V
G
 
N
V
 
I
A
 
P
I
 
I
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
C
H
 
G
A
 
Q
H
 
H
P
 
P
T
 
T
Q
 
Q
A
 
S
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
I
R
 
Y
Q
 
E
H
 
E
K
 
F
G
 
N
R
 
T
F
 
F
E
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
V
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
 
R
V
 
V
A
 
A
R
 
R
S
 
S
Q
 
N
I
 
A
R
 
E
A
 
V
L
 
L
N
 
T
E
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
-
E
 
-
V
 
-
R
 
R
V
 
V
I
 
L
A
 
F
P
 
S
G
 
G
T
 
P
L
 
S
L
 
E
P
 
W
K
 
Q
D
 
D
V
 
E
E
 
E
-
 
N
S
 
T
L
 
F
G
 
G
C
 
T
T
 
Y
V
 
V
E
 
S
Y
 
M
D
 
D
M
 
-
T
 
-
R
 
E
G
 
A
M
 
V
K
 
E
D
 
S
L
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
K
 
N
E
 
E
R
 
R
M
 
H
E
 
Q
G
 
S
A
 
A
L
 
V
L
 
-
P
 
-
S
 
S
E
 
Q
R
 
E
E
 
G
F
 
Y
Y
 
L
R
 
N
L
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
N
 
T
Q
 
V
Q
 
E
K
 
R
L
 
A
A
 
E
L
 
R
A
 
M
H
 
K
P
 
R
E
 
H
C
 
A
I
 
I
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
 
A
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
E
 
D
S
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
V
D
 
E
G
 
S
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
R
I
 
I
L
 
F
N
 
K
Q
 
Q
V
 
M
T
 
K
N
 
N
G
 
G
I
 
V
A
 
F
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
V
M
 
I
S
 
Q
M
 
R
A
 
A
M
 
L
G
 
Q
G
 
T
Q
 
N
V
 
V

Sites not aligning to the query:

3r7fA Crystal structure of cp-bound aspartate transcarbamoylase from bacillus subtilis (see paper)
39% identity, 92% coverage: 9:310/327 of query aligns to 1:289/291 of 3r7fA

query
sites
3r7fA
L
 
M
R
 
K
H
 
H
F
 
L
L
 
T
T
 
T
L
 
M
D
 
S
G
 
E
L
 
L
D
x
S
R
x
T
A
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
K
D
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
A
 
A
D
x
Q
S
 
E
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
x
K
T
 
S
I
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
D
P
 
N
L
 
Q
L
 
L
R
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
F
V
 
A
V
 
A
N
 
N
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
P
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
F
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
E
K
 
K
R
 
K
L
 
L
S
 
G
A
 
M
D
 
N
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
G
S
 
T
T
 
S
S
 
T
A
 
S
T
 
V
S
 
Q
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
R
N
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
S
M
 
I
A
 
G
S
 
V
D
 
D
M
 
V
F
 
C
V
 
V
V
 
I
R
|
R
H
 
H
S
 
S
Q
 
E
S
 
D
G
 
E
A
 
Y
P
 
Y
H
 
E
F
 
E
I
 
L
A
 
V
E
 
S
S
 
Q
V
 
V
T
 
-
P
 
-
G
 
N
V
 
I
A
 
P
I
 
I
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
C
H
 
G
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
S
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
I
R
 
Y
Q
x
E
H
 
E
K
 
F
G
 
N
R
 
T
F
 
F
E
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
V
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
 
R
V
 
V
A
 
A
R
 
R
S
 
S
Q
 
N
I
 
A
R
 
E
A
 
V
L
 
L
N
 
T
E
x
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
-
E
 
-
V
 
-
R
 
R
V
 
V
I
 
L
A
 
F
P
 
S
G
 
G
T
 
P
L
 
S
L
 
E
P
 
W
K
 
Q
D
 
D
V
 
E
E
 
E
-
 
N
S
 
T
L
 
F
G
 
G
C
 
T
T
 
Y
V
 
V
E
 
S
Y
 
M
D
 
D
M
 
-
T
 
-
R
 
E
G
 
A
M
 
V
K
 
E
D
 
S
L
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
L
L
|
L
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
K
 
N
E
 
E
R
 
R
M
 
H
E
 
Q
G
 
S
A
 
A
L
 
V
L
 
-
P
 
-
S
 
S
E
 
Q
R
 
E
E
 
G
F
 
Y
Y
 
L
R
 
N
L
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
N
 
T
Q
 
V
Q
 
E
K
 
R
L
 
A
A
 
E
L
 
R
A
 
M
H
x
K
P
 
R
E
x
H
C
 
A
I
 
I
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
x
A
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
E
 
D
S
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
V
D
 
E
G
 
S
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
R
I
 
I
L
 
F
N
x
K
Q
 
Q
V
 
M
T
x
K
N
 
N
G
|
G
I
 
V
A
 
F
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
V
M
 
I
S
 
Q
M
 
R
A
 
A
M
 
L

3r7dA Crystal structure of unliganded aspartate transcarbamoylase from bacillus subtilis (see paper)
39% identity, 92% coverage: 9:310/327 of query aligns to 1:289/291 of 3r7dA

query
sites
3r7dA
L
 
M
R
 
K
H
 
H
F
 
L
L
 
T
T
 
T
L
 
M
D
 
S
G
 
E
L
 
L
D
x
S
R
x
T
A
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
K
D
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
A
 
A
D
 
Q
S
 
E
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
S
I
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
D
P
 
N
L
 
Q
L
 
L
R
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
F
V
 
A
V
 
A
N
 
N
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
P
S
 
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
F
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
E
K
 
K
R
 
K
L
 
L
S
 
G
A
 
M
D
 
N
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
G
S
 
T
T
 
S
S
x
T
A
x
S
T
 
V
S
 
Q
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
R
N
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
S
M
 
I
A
 
G
S
 
V
D
 
D
M
 
V
F
 
C
V
 
V
V
 
I
R
|
R
H
 
H
S
 
S
Q
 
E
S
 
D
G
 
E
A
 
Y
P
 
Y
H
 
E
F
 
E
I
 
L
A
 
V
E
 
S
S
 
Q
V
 
V
T
 
-
P
 
-
G
 
N
V
 
I
A
 
P
I
 
I
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
C
H
 
G
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
S
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
I
R
 
Y
Q
 
E
H
 
E
K
 
F
G
 
N
R
 
T
F
 
F
E
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
V
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
 
R
V
 
V
A
 
A
R
 
R
S
 
S
Q
 
N
I
 
A
R
 
E
A
 
V
L
 
L
N
 
T
E
x
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
-
E
 
-
V
 
-
R
 
R
V
 
V
I
 
L
A
 
F
P
 
S
G
 
G
T
 
P
L
 
S
L
 
E
P
 
W
K
 
Q
D
 
D
V
 
E
E
 
E
-
 
N
S
 
T
L
 
F
G
 
G
C
 
T
T
 
Y
V
 
V
E
 
S
Y
 
M
D
 
D
M
 
-
T
 
-
R
 
E
G
 
A
M
 
V
K
 
E
D
 
S
L
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
L
L
|
L
R
 
R
L
 
I
Q
 
Q
K
 
N
E
 
E
R
 
R
M
 
H
E
 
Q
G
 
S
A
 
A
L
 
V
L
 
-
P
 
-
S
 
S
E
 
Q
R
 
E
E
 
G
F
 
Y
Y
 
L
R
 
N
L
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
N
 
T
Q
 
V
Q
 
E
K
 
R
L
 
A
A
 
E
L
 
R
A
 
M
H
 
K
P
 
R
E
 
H
C
 
A
I
 
I
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
 
A
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
E
 
D
S
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
V
D
 
E
G
 
S
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
R
I
 
I
L
 
F
N
 
K
Q
 
Q
V
 
M
T
 
K
N
 
N
G
|
G
I
 
V
A
 
F
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
V
M
 
I
S
 
Q
M
 
R
A
 
A
M
 
L

3r7lA Crystal structure of pala-bound aspartate transcarbamoylase from bacillus subtilis (see paper)
39% identity, 92% coverage: 9:310/327 of query aligns to 1:289/290 of 3r7lA

query
sites
3r7lA
L
 
M
R
 
K
H
 
H
F
 
L
L
 
T
T
 
T
L
 
M
D
 
S
G
 
E
L
 
L
D
 
S
R
 
T
A
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
K
D
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
A
 
A
D
 
Q
S
 
E
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
S
I
 
G
K
 
K
K
 
T
V
 
D
P
 
N
L
 
Q
L
 
L
R
 
T
G
 
G
R
 
K
T
 
F
V
 
A
V
 
A
N
 
N
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
P
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
F
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
E
K
 
K
R
 
K
L
 
L
S
 
G
A
 
M
D
 
N
V
 
V
L
 
L
N
 
N
L
 
L
D
 
D
I
 
G
S
 
T
T
 
S
S
 
T
A
x
S
T
 
V
S
 
Q
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
R
N
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
S
M
 
I
A
 
G
S
 
V
D
 
D
M
 
V
F
 
C
V
 
V
V
 
I
R
|
R
H
 
H
S
 
S
Q
 
E
S
 
D
G
 
E
A
 
Y
P
 
Y
H
 
E
F
 
E
I
 
L
A
 
V
E
 
S
S
 
Q
V
 
V
T
 
-
P
 
-
G
 
N
V
 
I
A
 
P
I
 
I
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
C
H
 
G
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
S
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
I
R
 
Y
Q
 
E
H
 
E
K
 
F
G
 
N
R
 
T
F
 
F
E
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
T
V
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
H
G
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
|
R
V
 
V
A
 
A
R
 
R
S
 
S
Q
 
N
I
 
A
R
 
E
A
 
V
L
 
L
N
 
T
E
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
-
E
 
-
V
 
-
R
 
R
V
 
V
I
 
L
A
 
F
P
 
S
G
 
G
T
 
P
L
 
S
L
 
E
P
 
W
K
 
Q
D
 
D
V
 
E
E
 
E
-
 
N
S
 
T
L
 
F
G
 
G
C
 
T
T
 
Y
V
 
V
E
 
S
Y
 
M
D
 
D
M
 
-
T
 
-
R
 
E
G
 
A
M
 
V
K
 
E
D
 
S
L
 
S
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
M
M
 
L
L
|
L
R
|
R
L
 
I
Q
|
Q
K
 
N
E
 
E
R
 
R
M
 
H
E
 
Q
G
 
S
A
 
A
L
 
V
L
 
-
P
 
-
S
 
S
E
 
Q
R
 
E
E
 
G
F
 
Y
Y
 
L
R
 
N
L
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
N
 
T
Q
 
V
Q
 
E
K
 
R
L
 
A
A
 
E
L
 
R
A
 
M
H
 
K
P
 
R
E
 
H
C
 
A
I
 
I
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
x
A
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
E
 
D
S
 
D
A
 
S
V
 
L
A
 
V
D
 
E
G
 
S
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
R
I
 
I
L
 
F
N
 
K
Q
 
Q
V
 
M
T
 
K
N
 
N
G
|
G
I
 
V
A
 
F
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
V
M
 
I
S
 
Q
M
 
R
A
 
A
M
 
L

6pnzA The structure of the aspartate transcarbamoylase trimer from staphylococcus aureus complexed with pala at 2.27 resolution.
38% identity, 91% coverage: 9:306/327 of query aligns to 1:288/293 of 6pnzA

query
sites
6pnzA
L
 
M
R
 
N
H
 
H
F
 
L
L
 
L
T
 
S
L
 
M
D
 
E
G
 
H
L
 
L
D
 
S
R
 
T
A
 
D
L
 
Q
L
 
I
T
 
Y
D
 
K
I
 
L
L
 
I
D
 
Q
T
 
K
A
 
A
D
 
S
S
 
Q
F
 
F
I
 
-
E
 
K
V
 
S
G
 
G
E
 
E
R
 
R
T
 
-
I
 
-
K
 
-
K
 
Q
V
 
L
P
 
P
L
 
N
L
 
F
R
 
E
G
 
G
R
 
K
T
 
Y
V
 
V
V
 
A
N
 
N
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
N
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
K
S
 
C
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
M
A
 
A
A
 
E
K
 
L
R
 
K
L
 
L
S
 
G
A
 
L
D
 
K
V
 
T
L
 
I
N
 
S
L
 
F
D
 
E
I
 
T
S
 
S
T
 
T
S
 
S
A
x
S
T
 
V
S
 
S
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
S
L
 
L
S
 
Y
D
 
D
T
 
T
L
 
C
L
 
K
N
 
T
L
 
L
E
 
E
A
 
S
M
 
I
A
 
G
S
 
C
D
 
D
M
 
L
F
 
L
V
 
V
V
 
I
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
F
S
 
N
G
 
N
A
 
Y
P
 
Y
H
 
E
F
 
K
I
 
L
A
 
A
E
 
N
S
 
I
V
 
N
T
 
I
P
 
P
G
 
-
V
 
-
A
 
-
I
 
I
I
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
G
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
 
Q
A
 
S
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
M
T
 
T
I
 
I
R
 
Y
Q
 
E
H
 
E
K
 
Y
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
N
V
 
V
A
 
L
I
 
I
V
 
C
G
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
K
H
 
N
S
 
S
R
|
R
V
 
V
A
 
A
R
 
R
S
 
S
Q
 
N
I
 
Y
R
 
H
A
 
S
L
 
L
N
 
K
E
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
-
E
 
N
V
 
V
R
 
M
V
 
F
I
 
N
A
 
S
P
 
P
G
 
N
T
 
A
L
 
W
L
 
I
P
 
D
K
 
D
D
 
S
V
 
L
E
 
E
S
 
A
L
 
P
G
 
Y
C
 
V
T
 
N
V
 
I
E
 
D
Y
 
-
D
 
D
M
 
V
T
 
-
R
 
-
G
 
-
M
 
I
K
 
E
D
 
T
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
V
I
 
M
M
 
L
L
 
L
R
|
R
L
 
I
Q
|
Q
K
 
H
E
 
E
R
 
R
M
 
H
E
 
-
G
 
-
A
 
G
L
 
L
L
 
A
P
 
E
S
 
E
E
 
T
R
 
R
-
 
F
-
 
A
-
 
A
-
 
D
E
 
D
F
 
Y
Y
 
H
R
 
Q
L
 
K
Y
 
H
G
 
G
L
 
L
N
 
N
Q
 
E
Q
 
V
K
 
R
L
 
Y
A
 
N
L
 
K
A
 
L
H
 
Q
P
 
E
E
 
H
C
 
A
I
 
I
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
x
A
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
E
 
E
I
 
I
E
 
Q
S
 
S
A
 
D
V
 
L
A
 
V
D
 
E
G
 
A
P
 
S
Q
 
K
S
 
S
V
 
R
I
 
I
L
 
F
N
 
K
Q
 
Q
V
 
M
T
 
E
N
 
N
G
 
G
I
 
V
A
 
Y
I
 
L
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
V
M
 
I

4bjhB Crystal structure of the aquifex reactor complex formed by dihydroorotase (h180a, h232a) with dihydroorotate and aspartate transcarbamoylase with n-(phosphonacetyl)-l-aspartate (pala) (see paper)
39% identity, 89% coverage: 18:308/327 of query aligns to 10:288/291 of 4bjhB

query
sites
4bjhB
L
 
L
D
 
T
R
 
R
A
 
E
L
 
E
L
 
V
T
 
E
D
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
K
T
 
Y
A
 
A
D
 
K
S
 
E
F
 
F
I
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
K
E
 
E
R
 
E
T
 
T
I
 
I
K
 
K
K
 
A
V
 
S
P
 
A
L
 
V
L
 
L
R
 
-
G
 
-
R
 
-
T
 
-
V
 
-
V
 
-
N
 
-
L
 
F
F
 
F
F
 
S
E
 
E
S
 
P
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
R
R
 
E
L
 
L
S
 
G
A
 
I
D
 
E
V
 
T
L
 
Y
N
 
L
L
 
V
D
 
S
I
 
G
S
 
S
T
 
E
S
 
S
A
 
S
T
 
T
S
 
V
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
S
L
 
F
S
 
F
D
 
D
T
 
T
L
 
L
L
 
K
N
 
T
L
 
F
E
 
E
A
 
G
M
 
L
A
 
G
S
 
F
D
 
D
M
 
Y
F
 
V
V
 
V
V
 
F
R
|
R
H
 
V
S
 
P
Q
 
F
S
 
V
G
 
F
A
 
F
P
 
P
H
 
Y
F
 
K
-
 
E
I
 
I
A
 
V
E
 
K
S
 
S
V
 
L
T
 
N
P
 
-
G
 
-
V
 
L
A
 
R
I
 
L
I
 
V
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
T
H
 
H
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
S
Q
|
Q
A
 
G
M
 
L
L
 
I
D
 
D
M
 
F
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
K
Q
 
E
H
 
H
K
 
F
G
 
G
R
 
E
F
 
V
E
 
K
G
 
D
L
 
L
K
 
R
V
 
V
A
 
L
I
 
Y
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
|
R
V
|
V
A
 
F
R
 
R
S
 
S
Q
 
G
I
 
A
R
 
P
A
 
L
L
 
L
N
 
N
E
 
M
L
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
-
E
 
K
V
 
I
R
 
G
V
 
V
I
 
C
A
 
G
P
 
P
G
 
K
T
 
T
L
 
L
L
 
I
P
 
P
K
 
R
D
 
D
V
 
V
E
 
E
S
 
V
L
 
F
G
 
K
C
 
V
T
 
D
V
 
V
E
 
F
Y
 
D
D
 
D
M
 
V
T
 
D
R
 
K
G
 
G
M
 
I
K
 
D
D
 
W
L
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
M
 
W
L
 
L
R
|
R
L
 
L
Q
|
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
Q
E
 
K
G
 
E
A
 
N
L
 
Y
L
 
I
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
S
E
 
S
F
 
Y
Y
 
F
R
 
K
L
 
Q
Y
 
F
G
 
G
L
 
L
N
 
T
Q
 
K
Q
 
E
K
 
R
L
 
F
A
 
E
L
 
K
A
 
V
H
 
K
P
 
-
E
 
-
C
 
-
I
 
L
V
 
Y
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
|
G
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
N
V
 
V
E
 
D
I
 
I
E
 
D
S
 
H
A
 
E
V
 
L
A
 
V
D
 
Y
G
 
T
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
L
I
 
I
L
 
Q
N
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
K
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
P
I
 
V
R
 
R
M
 
K
A
 
A
V
 
I
M
 
Y
S
 
K
M
 
F

3d6nB Crystal structure of aquifex dihydroorotase activated by aspartate transcarbamoylase (see paper)
39% identity, 89% coverage: 18:308/327 of query aligns to 10:288/291 of 3d6nB

query
sites
3d6nB
L
 
L
D
 
T
R
 
R
A
 
E
L
 
E
L
 
V
T
 
E
D
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
K
T
 
Y
A
 
A
D
 
K
S
 
E
F
 
F
I
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
K
E
 
E
R
 
E
T
 
T
I
 
I
K
 
K
K
 
A
V
 
S
P
 
A
L
 
V
L
 
L
R
 
-
G
 
-
R
 
-
T
 
-
V
 
-
V
 
-
N
 
-
L
 
F
F
 
F
F
 
S
E
 
E
S
 
P
S
 
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
K
A
 
A
A
 
A
K
 
R
R
 
E
L
 
L
S
 
G
A
 
I
D
 
E
V
 
T
L
 
Y
N
 
L
L
 
V
D
 
S
I
 
G
S
 
S
T
 
E
S
 
S
A
 
S
T
 
T
S
 
V
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
S
L
 
F
S
 
F
D
 
D
T
 
T
L
 
L
L
 
K
N
 
T
L
 
F
E
 
E
A
 
G
M
 
L
A
 
G
S
 
F
D
 
D
M
 
Y
F
 
V
V
 
V
V
 
F
R
|
R
H
 
V
S
 
P
Q
 
F
S
 
V
G
 
F
A
 
F
P
 
P
H
 
Y
F
 
K
-
 
E
I
 
I
A
 
V
E
 
K
S
 
S
V
 
L
T
 
N
P
 
-
G
 
-
V
 
L
A
 
R
I
 
L
I
 
V
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
T
H
 
H
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
S
Q
|
Q
A
 
G
M
 
L
L
 
I
D
 
D
M
 
F
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
K
Q
 
E
H
 
H
K
 
F
G
 
G
R
 
E
F
 
V
E
 
K
G
 
D
L
 
L
K
 
R
V
 
V
A
 
L
I
 
Y
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
K
H
 
H
S
 
S
R
|
R
V
|
V
A
 
F
R
 
R
S
 
S
Q
 
G
I
 
A
R
 
P
A
 
L
L
 
L
N
 
N
E
 
M
L
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
-
E
 
K
V
 
I
R
 
G
V
 
V
I
 
C
A
 
G
P
 
P
G
 
K
T
 
T
L
 
L
L
 
I
P
 
P
K
 
R
D
 
D
V
 
V
E
 
E
S
 
V
L
 
F
G
 
K
C
 
V
T
 
D
V
 
V
E
 
F
Y
 
D
D
 
D
M
 
V
T
 
D
R
 
K
G
 
G
M
 
I
K
 
D
D
 
W
L
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
V
I
 
I
M
 
W
L
 
L
R
|
R
L
 
L
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
Q
E
 
K
G
 
E
A
 
N
L
 
Y
L
 
I
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
S
E
 
S
F
 
Y
Y
 
F
R
 
K
L
 
Q
Y
 
F
G
 
G
L
 
L
N
 
T
Q
 
K
Q
 
E
K
 
R
L
 
F
A
 
E
L
 
K
A
 
V
H
 
K
P
 
-
E
 
-
C
 
-
I
 
L
V
 
Y
M
 
M
H
 
H
P
 
P
G
|
G
P
 
P
I
 
V
N
 
N
R
 
R
G
 
N
V
 
V
E
 
D
I
 
I
E
 
D
S
 
H
A
 
E
V
 
L
A
 
V
D
 
Y
G
 
T
P
 
E
Q
 
K
S
 
S
V
 
L
I
 
I
L
 
Q
N
 
E
Q
 
Q
V
 
V
T
 
K
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
P
I
 
V
R
 
R
M
 
K
A
 
A
V
 
I
M
 
Y
S
 
K
M
 
F

1ml4A The pala-liganded aspartate transcarbamoylase catalytic subunit from pyrococcus abyssi (see paper)
34% identity, 94% coverage: 6:311/327 of query aligns to 1:305/307 of 1ml4A

query
sites
1ml4A
D
 
D
G
 
W
Q
 
K
L
 
G
R
 
R
H
 
D
F
 
V
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
R
G
 
D
L
 
F
D
 
S
R
 
K
A
 
E
L
 
D
L
 
I
T
 
E
D
 
T
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
E
S
 
R
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
E
R
 
R
T
 
E
I
 
L
K
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
G
K
 
Q
V
 
L
P
 
E
L
 
Y
L
 
A
R
 
K
G
 
G
R
 
K
T
 
I
V
 
L
V
 
A
N
 
T
L
 
L
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
P
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
S
A
 
A
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
A
V
 
V
L
 
I
N
 
G
L
 
F
-
 
A
D
 
E
I
 
A
S
 
S
T
 
T
S
 
S
A
 
S
T
 
V
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
S
L
 
L
S
 
R
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
K
N
 
T
L
 
V
E
 
E
A
 
Q
M
 
Y
A
 
C
S
 
-
D
 
D
M
 
V
F
 
I
V
 
V
V
 
I
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
K
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
L
I
 
A
A
 
A
E
 
E
S
 
V
V
 
A
T
 
E
P
 
-
G
 
-
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
Y
T
 
T
I
 
I
R
 
K
Q
 
K
H
 
E
K
 
F
G
 
G
R
 
R
F
 
I
E
 
D
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
I
A
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
x
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
A
R
 
E
A
 
A
L
 
L
N
 
T
E
 
F
L
 
Y
G
 
D
A
 
V
E
 
-
E
 
E
V
 
L
R
 
Y
V
 
L
I
 
I
A
 
S
P
 
P
G
 
E
T
 
L
L
 
L
-
 
R
L
 
M
P
 
P
K
 
R
D
 
H
V
 
I
E
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
C
 
-
T
 
-
V
 
V
E
 
E
Y
 
E
D
 
L
M
 
R
T
 
E
R
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
-
 
V
-
 
V
-
 
E
-
 
T
-
 
T
-
 
T
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
G
D
 
K
L
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
V
L
x
T
R
|
R
L
 
I
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
F
P
 
P
S
 
D
E
 
E
R
 
Q
E
 
E
F
 
Y
Y
 
L
R
 
K
L
 
V
-
 
K
-
 
G
-
 
S
Y
 
Y
G
 
Q
L
 
V
N
 
N
Q
 
L
Q
 
K
K
 
V
L
 
L
A
 
E
L
 
K
A
 
A
H
 
K
P
 
D
E
 
E
C
 
L
I
 
R
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
x
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
H
S
 
P
A
 
E
V
 
V
A
 
D
D
 
N
G
 
T
P
 
K
Q
 
H
S
 
A
V
 
I
I
 
Y
L
 
F
N
 
R
Q
 
Q
V
 
V
T
 
F
N
 
N
G
|
G
I
 
V
A
 
P
I
 
V
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
G

4eknB Structure of the catalytic chain of methanococcus jannaschii aspartate transcarbamoylase in a hexagonal crystal form (see paper)
34% identity, 91% coverage: 9:307/327 of query aligns to 1:297/304 of 4eknB

query
sites
4eknB
L
 
M
R
 
K
H
 
H
F
 
L
L
 
I
T
 
S
L
 
M
D
 
K
G
 
D
L
 
I
D
 
G
R
 
K
A
 
E
L
 
E
L
 
I
T
 
L
D
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
D
T
 
E
A
 
A
D
 
R
S
 
K
F
 
M
I
 
E
E
 
E
V
 
L
G
 
L
E
 
-
R
 
N
T
 
T
I
 
K
K
 
R
K
 
P
V
 
L
P
 
K
L
 
L
L
 
L
R
 
E
G
 
G
R
 
K
T
 
I
V
 
L
V
 
A
N
 
T
L
 
V
F
 
F
F
 
Y
E
 
E
S
 
P
S
 
S
T
 
T
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
A
A
 
M
K
 
K
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
E
V
 
V
L
 
I
N
 
T
L
 
M
-
 
T
D
 
D
I
 
L
S
 
K
T
 
S
S
 
S
A
 
S
T
 
V
S
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
E
S
 
S
L
 
L
S
 
I
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
R
N
 
V
L
 
I
E
 
S
A
 
G
M
 
Y
A
 
A
S
 
-
D
 
D
M
 
I
F
 
I
V
 
V
V
 
L
R
 
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
S
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
L
I
 
A
A
 
S
E
 
E
S
 
Y
V
 
S
T
 
Q
P
 
-
G
 
-
V
 
V
A
 
P
I
 
I
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
 
H
P
 
P
T
 
T
Q
 
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
Y
T
 
T
I
 
I
R
 
M
Q
 
R
H
 
E
K
 
I
G
 
G
R
 
R
F
 
I
E
 
D
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
I
A
 
A
I
 
F
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
x
G
R
|
R
V
x
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
V
R
 
Y
A
 
A
L
 
L
N
 
S
E
 
L
L
 
F
G
 
E
A
 
N
E
 
V
E
 
E
V
 
M
R
 
Y
V
 
F
I
 
V
A
 
S
P
 
P
G
 
K
T
 
E
L
 
L
-
 
R
L
 
L
P
 
P
K
 
K
D
 
D
V
 
I
-
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
L
-
 
K
-
 
A
E
 
K
S
 
N
L
 
I
G
 
K
C
 
F
T
 
Y
V
 
E
E
 
K
Y
 
E
D
 
S
M
 
L
T
 
D
R
 
D
G
 
L
M
 
D
K
 
D
D
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
V
L
x
T
R
|
R
L
 
I
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
F
P
 
P
S
 
D
E
 
P
R
 
N
E
 
E
F
 
Y
Y
 
E
R
 
K
L
 
V
Y
 
K
G
 
G
L
 
S
N
 
Y
Q
 
K
Q
 
I
K
 
K
L
 
R
A
 
E
L
 
Y
A
 
V
H
 
E
-
 
G
P
 
K
E
 
K
C
 
F
I
 
I
V
 
I
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
 
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
D
S
 
Y
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
D
G
 
L
P
 
P
Q
 
Q
S
 
A
V
 
K
I
 
Y
L
 
F
N
 
K
Q
 
Q
V
 
S
T
 
F
N
 
Y
G
|
G
I
 
I
A
 
P
I
 
V
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
I
M
 
L
S
 
K

5g1nE Aspartate transcarbamoylase domain of human cad bound to pala (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 6:305/307 of 5g1nE

query
sites
5g1nE
R
 
Q
H
 
H
F
 
I
L
 
L
T
 
S
L
 
V
D
 
Q
G
 
Q
L
 
F
D
 
T
R
 
K
A
 
D
L
 
Q
L
 
M
T
 
S
D
 
H
I
 
L
L
 
F
D
 
N
T
 
V
A
 
A
D
 
H
S
 
T
F
 
L
I
 
R
E
 
M
V
 
M
G
 
V
E
 
Q
R
 
K
T
 
E
I
 
-
K
 
R
K
 
S
V
 
L
P
 
D
L
 
I
L
 
L
R
 
K
G
 
G
R
 
K
T
 
V
V
 
M
V
 
A
N
 
S
L
 
M
F
 
F
F
 
Y
E
 
E
S
 
V
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
S
S
 
S
T
 
S
F
 
F
E
 
A
L
 
A
A
 
A
A
 
M
K
 
A
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
G
D
 
A
V
 
V
L
 
L
N
 
S
L
 
F
D
 
S
I
 
E
S
 
A
T
 
T
S
 
S
A
x
S
T
 
V
S
 
Q
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
S
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
S
L
 
V
L
 
Q
N
 
T
L
 
M
E
 
S
A
 
C
M
 
Y
A
 
A
S
 
-
D
 
D
M
 
V
F
 
V
V
 
V
V
 
L
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
P
G
 
G
A
 
A
P
 
V
H
 
E
F
 
L
I
 
A
A
 
A
E
 
K
S
 
H
V
 
C
T
 
R
P
 
R
G
 
P
V
 
V
A
 
-
I
 
-
I
 
I
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
V
H
 
G
A
 
E
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
A
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
I
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
R
Q
 
E
H
 
E
K
 
L
G
 
G
R
 
T
F
 
V
E
 
N
G
 
G
L
 
M
K
 
T
V
 
I
A
 
T
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
H
S
 
G
R
|
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
A
R
 
C
A
 
L
L
 
L
N
 
T
E
 
Q
L
 
Y
G
 
R
A
 
V
E
 
-
E
 
S
V
 
L
R
 
R
V
 
Y
I
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
P
T
 
S
L
 
L
-
 
R
L
 
M
P
 
P
K
 
P
D
 
T
V
 
V
E
 
R
S
 
A
L
 
F
G
 
V
C
 
A
T
 
S
-
 
R
-
 
G
-
 
T
-
 
K
-
 
Q
V
 
E
E
 
E
Y
 
F
D
 
E
-
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
A
M
 
L
K
 
P
D
 
D
L
 
T
D
 
D
V
 
V
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
|
R
L
 
I
Q
|
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
F
P
 
G
S
 
S
E
 
T
R
 
Q
E
 
E
F
 
Y
Y
 
E
R
 
A
L
 
C
Y
 
F
G
 
G
-
 
Q
-
 
F
-
 
I
L
 
L
N
 
T
Q
 
P
Q
 
H
K
 
I
L
 
M
A
 
T
L
 
R
A
 
A
H
 
K
P
 
K
E
 
K
C
 
M
I
 
V
V
 
V
M
 
M
H
 
H
P
|
P
G
x
M
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
N
E
 
E
I
 
I
E
 
S
S
 
V
A
 
E
V
 
V
A
 
D
D
 
S
G
 
D
P
 
P
Q
 
R
S
 
A
V
 
A
I
 
Y
L
 
F
N
 
R
Q
 
Q
V
 
A
T
 
E
N
 
N
G
|
G
I
 
M
A
 
Y
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
T
A
 
V
M
 
L
G
 
G

2ipoA E. Coli aspartate transcarbamoylase complexed with n-phosphonacetyl-l- asparagine (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 7:305/310 of 2ipoA

query
sites
2ipoA
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
R
A
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
D
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
A
I
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
R
 
K
T
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
S
L
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
A
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
G
L
 
F
D
 
S
I
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
-
N
 
S
L
 
V
E
 
I
A
 
S
M
 
T
A
 
Y
S
 
V
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
S
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
G
G
 
N
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
Q
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
E
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
x
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
D
A
 
G
E
 
N
E
 
R
V
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
K
 
Q
-
 
Y
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
D
 
D
V
 
E
E
 
K
S
 
G
L
 
I
G
 
A
C
 
W
T
 
S
V
 
L
E
 
H
Y
 
S
D
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
V
M
 
M
K
 
A
D
 
E
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
|
R
L
 
V
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
E
 
D
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
R
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
Q
 
A
Q
 
S
K
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
H
 
K
P
 
A
E
 
N
C
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
x
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
N
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
N

2h3eA Structure of wild-type e. Coli aspartate transcarbamoylase in the presence of n-phosphonacetyl-l-isoasparagine at 2.3a resolution (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 7:305/310 of 2h3eA

query
sites
2h3eA
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
R
A
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
D
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
A
I
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
R
 
K
T
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
S
L
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
A
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
G
L
 
F
D
 
S
I
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
-
N
 
S
L
 
V
E
 
I
A
 
S
M
 
T
A
 
Y
S
 
V
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
S
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
G
G
 
N
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
Q
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
E
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
D
A
 
G
E
 
N
E
 
R
V
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
K
 
Q
-
 
Y
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
D
 
D
V
 
E
E
 
K
S
 
G
L
 
I
G
 
A
C
 
W
T
 
S
V
 
L
E
 
H
Y
 
S
D
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
V
M
 
M
K
 
A
D
 
E
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
|
R
L
 
V
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
E
 
D
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
R
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
Q
 
A
Q
 
S
K
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
H
 
K
P
 
A
E
 
N
C
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
x
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
N
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
N

2fzkA The structure of wild-type e. Coli aspartate transcarbamoylase in complex with novel t state inhibitors at 2.50 resolution (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 7:305/310 of 2fzkA

query
sites
2fzkA
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
R
A
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
D
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
A
I
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
R
 
K
T
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
S
L
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
A
S
 
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
G
L
 
F
D
 
S
I
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
-
N
 
S
L
 
V
E
 
I
A
 
S
M
 
T
A
 
Y
S
 
V
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
S
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
G
G
 
N
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
Q
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
E
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
 
R
V
x
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
D
A
 
G
E
 
N
E
 
R
V
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
K
 
Q
-
 
Y
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
D
 
D
V
 
E
E
 
K
S
 
G
L
 
I
G
 
A
C
 
W
T
 
S
V
 
L
E
 
H
Y
 
S
D
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
V
M
 
M
K
 
A
D
 
E
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
|
R
L
 
V
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
E
 
D
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
R
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
Q
 
A
Q
 
S
K
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
H
 
K
P
 
A
E
 
N
C
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
x
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
N
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
|
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
N

2fzgA The structure of wild-type e. Coli aspartate transcarbamoylase in complex with novel t state inhibitors at 2.25 resolution (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 7:305/310 of 2fzgA

query
sites
2fzgA
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
R
A
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
D
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
A
I
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
R
 
K
T
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
S
L
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
A
S
|
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
G
L
 
F
D
 
S
I
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
-
N
 
S
L
 
V
E
 
I
A
 
S
M
 
T
A
 
Y
S
 
V
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
S
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
G
G
 
N
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
Q
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
E
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
x
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
D
A
 
G
E
 
N
E
 
R
V
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
K
 
Q
-
 
Y
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
D
 
D
V
 
E
E
 
K
S
 
G
L
 
I
G
 
A
C
 
W
T
 
S
V
 
L
E
 
H
Y
 
S
D
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
V
M
 
M
K
 
A
D
 
E
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
|
R
L
 
V
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
E
 
D
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
R
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
Q
 
A
Q
 
S
K
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
H
 
K
P
 
A
E
 
N
C
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
x
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
N
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
N

2fzcA The structure of wild-type e. Coli aspartate transcarbamoylase in complex with novel t state inhibitors at 2.10 resolution (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 7:305/310 of 2fzcA

query
sites
2fzcA
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
R
A
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
D
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
A
I
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
R
 
K
T
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
S
L
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
A
S
|
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
G
L
 
F
D
 
S
I
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
-
N
 
S
L
 
V
E
 
I
A
 
S
M
 
T
A
 
Y
S
 
V
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
S
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
G
G
 
N
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
Q
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
E
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
x
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
D
A
 
G
E
 
N
E
 
R
V
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
K
 
Q
-
 
Y
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
D
 
D
V
 
E
E
 
K
S
 
G
L
 
I
G
 
A
C
 
W
T
 
S
V
 
L
E
 
H
Y
 
S
D
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
V
M
 
M
K
 
A
D
 
E
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
 
R
L
 
V
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
E
 
D
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
R
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
Q
 
A
Q
 
S
K
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
H
 
K
P
 
A
E
 
N
C
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
x
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
N
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
N

2airA T-state active site of aspartate transcarbamylase:crystal structure of the carbamyl phosphate and l-alanosine ligated enzyme (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 7:305/310 of 2airA

query
sites
2airA
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
R
A
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
D
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
A
I
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
R
 
K
T
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
S
L
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
A
S
|
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
G
L
 
F
D
 
S
I
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
-
N
 
S
L
 
V
E
 
I
A
 
S
M
 
T
A
 
Y
S
 
V
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
S
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
G
G
 
N
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
Q
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
E
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
 
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
D
A
 
G
E
 
N
E
 
R
V
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
K
 
Q
-
 
Y
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
D
 
D
V
 
E
E
 
K
S
 
G
L
 
I
G
 
A
C
 
W
T
 
S
V
 
L
E
 
H
Y
 
S
D
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
V
M
 
M
K
 
A
D
 
E
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
 
R
L
 
V
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
E
 
D
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
R
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
Q
 
A
Q
 
S
K
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
H
 
K
P
 
A
E
 
N
C
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
 
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
N
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
N

1za2A Structure of wild-type e. Coli aspartate transcarbamoylase in the presence of ctp, carbamoyl phosphate at 2.50 a resolution (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 7:305/310 of 1za2A

query
sites
1za2A
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
R
A
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
D
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
A
I
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
R
 
K
T
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
S
L
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
A
S
 
S
T
|
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
G
L
 
F
D
 
S
I
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
-
N
 
S
L
 
V
E
 
I
A
 
S
M
 
T
A
 
Y
S
 
V
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
S
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
G
G
 
N
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
Q
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
E
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
x
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
D
A
 
G
E
 
N
E
 
R
V
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
K
 
Q
-
 
Y
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
D
 
D
V
 
E
E
 
K
S
 
G
L
 
I
G
 
A
C
 
W
T
 
S
V
 
L
E
 
H
Y
 
S
D
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
V
M
 
M
K
 
A
D
 
E
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
 
R
L
 
V
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
E
 
D
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
R
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
Q
 
A
Q
 
S
K
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
H
 
K
P
 
A
E
 
N
C
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
x
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
N
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
N

1r0cA Products in the t state of aspartate transcarbamylase: crystal structure of the phosphate and n-carbamyl-l-aspartate ligated enzyme (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 7:305/310 of 1r0cA

query
sites
1r0cA
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
R
A
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
D
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
A
I
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
R
 
K
T
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
S
L
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
A
S
|
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
G
L
 
F
D
 
S
I
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
-
N
 
S
L
 
V
E
 
I
A
 
S
M
 
T
A
 
Y
S
 
V
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
S
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
G
G
 
N
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
Q
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
E
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
 
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
D
A
 
G
E
 
N
E
 
R
V
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
K
 
Q
-
 
Y
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
D
 
D
V
 
E
E
 
K
S
 
G
L
 
I
G
 
A
C
 
W
T
 
S
V
 
L
E
 
H
Y
 
S
D
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
V
M
 
M
K
 
A
D
 
E
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
 
R
L
 
V
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
E
 
D
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
R
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
Q
 
A
Q
 
S
K
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
H
 
K
P
 
A
E
 
N
C
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
 
L
P
 
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
N
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
N

1r0bA Aspartate transcarbamylase (atcase) of escherichia coli: a new crystalline r state bound to pala, or to product analogues phosphate and citrate (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 7:305/310 of 1r0bA

query
sites
1r0bA
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
R
A
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
D
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
A
I
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
R
 
K
T
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
S
L
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
A
S
 
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
G
L
 
F
D
 
S
I
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
|
S
A
 
L
T
 
G
S
 
K
K
|
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
-
N
 
S
L
 
V
E
 
I
A
 
S
M
 
T
A
 
Y
S
 
V
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
S
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
G
G
 
N
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
Q
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
E
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
|
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
D
A
 
G
E
 
N
E
 
R
V
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
K
 
Q
-
 
Y
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
D
 
D
V
 
E
E
 
K
S
 
G
L
 
I
G
 
A
C
 
W
T
 
S
V
 
L
E
 
H
Y
 
S
D
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
V
M
 
M
K
 
A
D
 
E
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
x
T
R
|
R
L
 
V
Q
|
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
E
 
D
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
R
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
Q
 
A
Q
 
S
K
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
H
 
K
P
 
A
E
 
N
C
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
|
P
G
 
L
P
|
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
N
 
N
G
|
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
N

P0A786 Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit; Aspartate transcarbamylase; ATCase; EC 2.1.3.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
32% identity, 92% coverage: 10:311/327 of query aligns to 8:306/311 of P0A786

query
sites
P0A786
R
 
K
H
 
H
F
 
I
L
 
I
T
 
S
L
 
I
D
 
N
G
 
D
L
 
L
D
 
S
R
 
R
A
 
D
L
 
D
L
 
L
T
 
N
D
 
L
I
 
V
L
 
L
D
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
A
S
 
K
F
 
L
I
 
-
E
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
T
 
A
I
 
N
K
 
P
K
 
Q
V
 
P
P
 
E
L
 
L
L
 
L
R
 
K
G
 
H
R
 
K
T
 
V
V
 
I
V
 
A
N
 
S
L
 
C
F
 
F
F
 
F
E
 
E
S
 
A
S
 
S
T
 
T
R
|
R
T
|
T
R
 
R
S
 
L
T
 
S
F
 
F
E
 
E
L
 
T
A
 
S
A
 
M
K
 
H
R
 
R
L
 
L
S
 
G
A
 
A
D
 
S
V
 
V
L
 
V
N
 
G
L
 
F
D
 
S
I
 
D
S
 
S
-
 
A
-
 
N
T
 
T
S
 
S
A
 
L
T
 
G
S
 
K
K
 
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
L
 
L
S
 
A
D
 
D
T
 
T
L
 
I
L
 
-
N
 
S
L
 
V
E
 
I
A
 
S
M
 
T
A
 
Y
S
 
V
D
 
D
M
 
A
F
 
I
V
 
V
V
 
M
R
|
R
H
 
H
S
 
P
Q
 
Q
S
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
A
H
 
R
F
 
-
I
 
L
A
 
A
E
 
T
S
 
E
V
 
F
T
 
S
P
 
G
G
 
N
V
 
V
A
 
P
I
 
V
I
 
L
N
 
N
A
 
A
G
 
G
D
 
D
G
 
G
R
 
S
H
 
N
A
 
Q
H
|
H
P
 
P
T
 
T
Q
|
Q
A
 
T
M
 
L
L
 
L
D
 
D
M
 
L
L
 
F
T
 
T
I
 
I
R
 
Q
Q
 
E
H
 
T
K
 
Q
G
 
G
R
 
R
F
 
L
E
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
H
V
 
V
A
 
A
I
 
M
V
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
L
L
 
K
H
 
Y
S
 
G
R
 
R
V
 
T
A
 
V
R
 
H
S
 
S
Q
 
L
I
 
T
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
A
E
 
K
L
 
F
G
 
D
A
 
G
E
 
N
E
 
R
V
 
F
R
 
Y
V
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
D
T
 
A
L
 
L
-
 
A
L
 
M
P
 
P
K
 
Q
-
 
Y
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
M
-
 
L
D
 
D
V
 
E
E
 
K
S
 
G
L
 
I
G
 
A
C
 
W
T
 
S
V
 
L
E
 
H
Y
 
S
D
 
S
M
 
I
T
 
E
R
 
E
G
 
V
M
 
M
K
 
A
D
 
E
L
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
L
I
 
Y
M
 
M
L
 
T
R
 
R
L
 
V
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
R
 
R
M
 
L
E
 
D
G
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
S
E
 
E
R
 
Y
E
 
A
F
 
N
Y
 
V
R
 
K
L
 
A
-
 
Q
Y
 
F
G
 
V
L
 
L
N
 
R
Q
 
A
Q
 
S
K
 
D
L
 
L
A
 
H
L
 
N
A
 
A
H
 
K
P
 
A
E
 
N
C
 
M
I
 
K
V
 
V
M
 
L
H
 
H
P
 
P
G
x
L
P
|
P
I
 
-
N
 
-
R
 
R
G
 
V
V
 
D
E
 
E
I
 
I
E
 
A
S
 
T
A
 
D
V
 
V
A
 
D
D
 
K
G
 
T
P
 
P
Q
 
H
S
 
A
V
 
W
I
 
Y
L
 
F
N
 
Q
Q
 
Q
V
 
A
T
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
F
I
 
A
R
 
R
M
 
Q
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
A
M
 
L
A
 
V
M
 
L
G
 
N

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF3565 FitnessBrowser__Marino:GFF3565
MQLTRDGQLRHFLTLDGLDRALLTDILDTADSFIEVGERTIKKVPLLRGRTVVNLFFESS
TRTRSTFELAAKRLSADVLNLDISTSATSKGESLSDTLLNLEAMASDMFVVRHSQSGAPH
FIAESVTPGVAIINAGDGRHAHPTQAMLDMLTIRQHKGRFEGLKVAIVGDVLHSRVARSQ
IRALNELGAEEVRVIAPGTLLPKDVESLGCTVEYDMTRGMKDLDVVIMLRLQKERMEGAL
LPSEREFYRLYGLNQQKLALAHPECIVMHPGPINRGVEIESAVADGPQSVILNQVTNGIA
IRMAVMSMAMGGQVSERQQKLSERGQA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory