SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF357 PGA1_c03680 putative citrate lyase subunit beta to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 18 hits to proteins with known functional sites (download)

5ugrA Malyl-coa lyase from methylobacterium extorquens (see paper)
32% identity, 96% coverage: 6:279/284 of query aligns to 11:320/323 of 5ugrA

query
sites
5ugrA
R
 
R
P
 
L
Y
 
H
R
 
R
S
 
S
V
 
E
L
 
L
Y
 
A
I
 
V
P
 
P
G
 
G
S
 
S
K
 
N
L
 
P
R
 
T
A
 
F
L
 
M
E
 
E
K
 
K
A
 
S
R
 
A
S
 
A
L
 
S
P
 
K
V
 
A
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
F
F
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
|
D
A
 
A
V
 
V
S
 
A
A
 
P
E
 
D
E
 
D
K
 
K
V
 
E
N
 
Q
A
 
A
R
 
R
Q
 
K
T
 
N
L
 
I
E
 
I
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
A
 
D
G
 
L
G
 
D
Y
 
W
G
 
G
A
 
N
R
 
K
M
 
T
K
 
M
I
 
M
V
 
I
R
 
R
I
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
V
 
H
W
 
Y
G
 
M
R
 
Y
A
 
R
D
 
D
A
 
V
A
 
V
-
 
D
-
 
I
-
 
V
-
 
E
A
 
A
A
 
C
A
 
P
R
 
R
M
 
L
D
 
D
C
 
M
D
 
-
A
 
-
I
 
I
L
 
L
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
V
P
 
P
E
 
A
D
 
D
L
 
V
D
 
Y
A
 
A
L
 
I
A
 
D
V
 
V
I
 
L
T
 
T
G
 
T
D
 
Q
K
 
I
P
 
E
-
 
Q
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
R
-
 
E
-
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
G
L
 
F
W
 
E
A
 
V
M
 
L
M
 
I
E
|
E
T
 
T
P
 
A
R
 
L
G
 
G
M
 
M
L
 
A
N
 
N
A
 
V
A
 
E
A
 
A
I
 
I
A
 
A
-
 
T
A
 
S
H
 
S
P
 
K
L
 
R
L
 
L
Q
 
E
G
 
A
M
 
M
V
 
S
M
 
F
G
 
G
T
 
V
N
 
A
D
|
D
L
 
Y
A
 
A
K
 
A
E
 
-
L
 
-
Q
 
S
T
 
T
R
 
R
F
 
A
R
 
R
P
 
S
D
 
T
R
 
V
L
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
V
-
 
N
-
 
A
-
 
D
-
 
Y
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
D
-
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
N
-
 
R
-
 
Q
-
 
T
-
 
H
-
 
W
-
 
Q
-
 
D
P
 
P
L
 
W
M
 
L
A
 
F
G
 
A
L
 
Q
G
 
N
Q
 
R
C
 
M
L
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
C
K
 
R
A
 
A
K
 
Y
G
 
G
I
 
L
I
 
R
I
 
P
V
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
P
Y
 
F
N
 
G
A
 
D
F
 
F
K
 
S
D
 
D
A
 
P
E
 
D
G
 
G
L
 
Y
E
 
T
A
 
S
E
 
A
C
 
A
D
 
R
Q
 
R
G
 
C
R
 
A
D
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
E
G
 
G
K
 
K
T
 
W
L
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
I
D
 
D
V
 
L
A
 
A
N
 
N
S
 
E
A
 
V
F
 
F
A
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
D
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
T
L
 
K
A
 
A
R
 
R
R
 
R
Q
 
I
I
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
M
D
 
E
A
 
E
A
 
A
E
 
A
A
 
K
E
 
A
G
 
G
Q
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
V
V
 
S
V
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
R
I
 
L
V
 
I
E
 
D
N
 
I
L
 
A
H
 
S
V
 
I
A
 
R
T
 
M
A
 
A
R
 
E
E
 
A
I
 
L
L
 
I
A
 
Q
K
 
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
M

Q3J5L6 L-malyl-CoA/beta-methylmalyl-CoA lyase; (3S)-malyl-CoA/beta-methylmalyl-CoA lyase; (S)-citramalyl-CoA lyase; EC 4.1.3.24; EC 4.1.3.25 from Cereibacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / CCUG 31486 / LMG 2827 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (Rhodobacter sphaeroides) (see paper)
34% identity, 98% coverage: 3:281/284 of query aligns to 9:318/318 of Q3J5L6

query
sites
Q3J5L6
P
 
P
R
 
P
I
 
A
R
 
R
P
 
P
Y
 
N
R
 
R
S
 
C
V
 
Q
L
 
L
Y
x
F
I
 
G
P
 
P
G
 
G
S
 
S
K
x
R
L
 
P
R
 
A
A
 
L
L
 
F
E
 
E
K
|
K
A
 
M
R
 
A
S
 
A
L
 
S
P
 
A
V
 
A
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
N
F
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
S
V
 
V
S
 
A
A
 
P
E
 
D
E
 
D
K
 
K
V
 
A
N
 
Q
A
 
A
R
 
R
Q
 
A
T
 
N
L
 
I
E
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
I
R
 
N
A
 
G
G
 
L
G
 
D
Y
 
W
G
 
G
A
 
R
R
 
K
M
 
Y
K
 
L
I
 
S
V
 
V
R
|
R
I
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
-
 
P
V
 
F
W
 
W
G
 
Y
R
 
R
-
 
D
-
 
V
A
 
V
D
 
D
A
 
L
A
 
L
A
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
 
G
M
 
D
D
 
R
C
 
L
D
 
D
A
 
Q
I
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
C
P
 
A
E
 
A
D
 
D
L
 
V
D
 
Y
A
 
A
L
 
V
-
 
D
A
 
A
V
 
L
I
 
V
T
 
T
G
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
R
D
 
T
K
 
K
P
 
P
L
 
L
W
 
S
-
 
F
-
 
E
A
 
V
M
 
I
M
 
I
E
|
E
T
 
S
P
 
A
R
 
A
G
 
G
M
 
I
L
 
A
N
 
H
A
 
V
A
 
E
A
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
A
H
 
S
-
 
S
P
 
P
L
 
R
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
M
 
M
V
 
S
M
 
L
G
 
G
T
 
A
N
x
A
D
|
D
L
 
F
A
 
A
K
 
A
E
 
S
L
 
M
-
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
T
Q
 
Q
T
 
E
R
 
N
F
 
Y
-
 
Y
-
 
M
-
 
L
-
 
H
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
R
 
K
P
 
H
D
 
W
R
 
S
L
 
D
P
 
P
L
 
W
M
 
H
A
 
W
G
 
A
L
 
Q
G
 
A
Q
 
A
C
 
I
L
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
C
K
 
R
A
 
T
K
 
H
G
 
G
I
 
I
I
 
L
I
 
P
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
P
Y
 
F
N
 
G
A
 
D
F
 
F
K
 
S
D
 
D
A
 
D
E
 
E
G
 
G
L
 
F
E
 
R
A
 
A
E
 
Q
C
 
A
D
 
R
Q
 
R
G
 
S
R
 
A
D
 
T
M
 
L
G
 
G
F
 
M
D
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
W
L
 
A
I
|
I
H
|
H
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
D
 
A
V
 
L
A
 
A
N
 
N
S
 
E
A
 
V
F
 
F
A
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
D
 
T
E
 
A
I
 
V
D
 
T
L
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
E
Q
 
I
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
E
 
R
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
V
 
A
A
 
T
V
 
V
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
K
 
R
I
 
L
V
 
V
E
 
D
N
 
I
L
 
A
H
 
S
V
 
I
A
 
K
T
 
Q
A
 
A
R
 
E
E
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
R
K
 
Q
A
 
A
D
 
E
A
 
M
I
 
I
A
 
S
A
 
A

4l9yC Crystal structure of rhodobacter sphaeroides malyl-coa lyase in complex with magnesium, glyoxylate, and propionyl-coa (see paper)
33% identity, 98% coverage: 3:280/284 of query aligns to 8:316/316 of 4l9yC

query
sites
4l9yC
P
 
P
R
 
P
I
 
A
R
 
R
P
 
P
Y
 
N
R
 
R
S
 
C
V
 
Q
L
 
L
Y
 
F
I
 
G
P
 
P
G
 
G
S
 
S
K
 
R
L
 
P
R
 
A
A
 
L
L
 
F
E
 
E
K
 
K
A
 
M
R
 
A
S
 
A
L
 
S
P
 
A
V
 
A
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
N
F
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
S
V
 
V
S
 
A
A
 
P
E
 
D
E
 
D
K
 
K
V
 
A
N
 
Q
A
 
A
R
 
R
Q
 
A
T
 
N
L
 
I
E
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
I
R
 
N
A
 
G
G
 
L
G
 
D
Y
 
W
G
 
G
A
 
R
R
 
K
M
 
Y
K
 
L
I
 
S
V
 
V
R
 
R
I
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
-
 
P
V
 
F
W
 
W
G
 
Y
R
 
R
-
 
D
-
 
V
A
 
V
D
 
D
A
 
L
A
 
L
A
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
 
G
M
 
D
D
 
R
C
 
L
D
 
D
A
 
Q
I
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
C
P
 
A
E
 
A
D
 
D
L
 
V
D
 
Y
A
 
A
L
 
V
-
 
D
A
 
A
V
 
L
I
 
V
T
 
T
G
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
R
D
 
T
K
 
K
P
 
P
L
 
L
W
 
S
-
 
F
-
 
E
A
 
V
M
 
I
M
 
I
E
|
E
T
 
S
P
 
A
R
 
A
G
 
G
M
 
I
L
 
A
N
 
H
A
 
V
A
 
E
A
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
A
H
 
S
-
 
S
P
 
P
L
 
R
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
M
 
M
V
 
S
M
 
L
G
 
G
T
 
A
N
 
A
D
|
D
L
 
F
A
 
A
K
 
A
E
 
S
L
 
M
-
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
T
Q
 
Q
T
 
E
R
 
N
F
 
Y
-
 
Y
-
 
M
-
 
L
-
 
H
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
R
 
K
P
 
H
D
 
W
R
 
S
L
 
D
P
 
P
L
 
W
M
 
H
A
 
W
G
 
A
L
 
Q
G
 
A
Q
 
A
C
 
I
L
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
C
K
 
R
A
 
T
K
 
H
G
 
G
I
 
I
I
 
L
I
 
P
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
P
Y
 
F
N
 
G
A
 
D
F
 
F
K
 
S
D
 
D
A
 
D
E
 
E
G
 
G
L
 
F
E
 
R
A
 
A
E
 
Q
C
 
A
D
 
R
Q
 
R
G
 
S
R
 
A
D
 
T
M
 
L
G
 
G
F
 
M
D
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
W
L
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
D
 
A
V
 
L
A
 
A
N
 
N
S
 
E
A
 
V
F
 
F
A
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
D
 
T
E
 
A
I
 
V
D
 
T
L
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
E
Q
 
I
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
E
 
R
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
V
 
A
A
 
T
V
 
V
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
K
 
R
I
 
L
V
 
V
E
 
D
N
 
I
L
 
A
H
 
S
V
 
I
A
 
K
T
 
Q
A
 
A
R
 
E
E
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
R
K
 
Q
A
 
A
D
 
E
A
 
M
I
 
I
A
 
S

4l9zA Crystal structure of rhodobacter sphaeroides malyl-coa lyase in complex with magnesium, oxalate, and coa (see paper)
33% identity, 97% coverage: 3:277/284 of query aligns to 7:312/313 of 4l9zA

query
sites
4l9zA
P
 
P
R
 
P
I
 
A
R
 
R
P
 
P
Y
 
N
R
 
R
S
 
C
V
 
Q
L
|
L
Y
x
F
I
x
G
P
|
P
G
 
G
S
 
S
K
 
R
L
 
P
R
 
A
A
x
L
L
 
F
E
 
E
K
|
K
A
x
M
R
 
A
S
 
A
L
 
S
P
 
A
V
 
A
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
N
F
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
x
S
V
 
V
S
 
A
A
 
P
E
 
D
E
 
D
K
 
K
V
 
A
N
 
Q
A
 
A
R
 
R
Q
 
A
T
 
N
L
 
I
E
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
I
R
 
N
A
 
G
G
 
L
G
 
D
Y
 
W
G
 
G
A
 
R
R
 
K
M
 
Y
K
 
L
I
 
S
V
 
V
R
|
R
I
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
-
 
P
V
 
F
W
 
W
G
 
Y
R
 
R
-
 
D
-
 
V
A
 
V
D
 
D
A
 
L
A
 
L
A
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
 
G
M
 
D
D
 
R
C
 
L
D
 
D
A
 
Q
I
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
C
P
 
A
E
 
A
D
 
D
L
 
V
D
 
Y
A
 
A
L
 
V
-
 
D
A
 
A
V
 
L
I
 
V
T
 
T
G
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
R
D
 
T
K
 
K
P
 
P
L
 
L
W
 
S
-
 
F
-
 
E
A
 
V
M
 
I
M
 
I
E
|
E
T
 
S
P
 
A
R
 
A
G
 
G
M
 
I
L
 
A
N
 
H
A
 
V
A
 
E
A
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
A
H
 
S
-
 
S
P
 
P
L
 
R
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
M
 
M
V
 
S
M
 
L
G
|
G
T
x
A
N
x
A
D
|
D
L
 
F
A
 
A
K
 
A
E
 
S
L
 
M
-
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
T
Q
 
Q
T
 
E
R
 
N
F
 
Y
-
 
Y
-
 
M
-
 
L
-
 
H
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
R
 
K
P
 
H
D
 
W
R
 
S
L
 
D
P
 
P
L
 
W
M
 
H
A
 
W
G
 
A
L
 
Q
G
 
A
Q
 
A
C
 
I
L
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
C
K
 
R
A
 
T
K
 
H
G
 
G
I
 
I
I
 
L
I
 
P
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
x
P
Y
 
F
N
 
G
A
 
D
F
 
F
K
 
S
D
 
D
A
 
D
E
 
E
G
 
G
L
 
F
E
 
R
A
 
A
E
 
Q
C
 
A
D
 
R
Q
 
R
G
 
S
R
 
A
D
 
T
M
 
L
G
 
G
F
 
M
D
 
V
G
 
G
K
 
K
T
x
W
L
 
A
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
D
 
A
V
 
L
A
 
A
N
 
N
S
 
E
A
 
V
F
 
F
A
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
D
 
T
E
 
A
I
 
V
D
 
T
L
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
E
Q
 
I
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
E
 
R
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
V
 
A
A
 
T
V
 
V
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
K
 
R
I
 
L
V
 
V
E
 
D
N
 
I
L
 
A
H
 
S
V
 
I
A
 
K
T
 
Q
A
 
A
R
 
E
E
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
R
K
 
Q
A
 
A
D
 
E

4l9yA Crystal structure of rhodobacter sphaeroides malyl-coa lyase in complex with magnesium, glyoxylate, and propionyl-coa (see paper)
33% identity, 97% coverage: 3:277/284 of query aligns to 8:313/314 of 4l9yA

query
sites
4l9yA
P
 
P
R
 
P
I
 
A
R
 
R
P
 
P
Y
 
N
R
 
R
S
 
C
V
 
Q
L
 
L
Y
 
F
I
 
G
P
 
P
G
 
G
S
 
S
K
 
R
L
 
P
R
 
A
A
 
L
L
 
F
E
 
E
K
 
K
A
 
M
R
 
A
S
 
A
L
 
S
P
 
A
V
 
A
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
N
F
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
S
V
 
V
S
 
A
A
 
P
E
 
D
E
 
D
K
 
K
V
 
A
N
 
Q
A
 
A
R
 
R
Q
 
A
T
 
N
L
 
I
E
 
I
E
 
E
A
 
A
L
 
I
R
 
N
A
 
G
G
 
L
G
 
D
Y
 
W
G
 
G
A
 
R
R
 
K
M
 
Y
K
 
L
I
 
S
V
 
V
R
 
R
I
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
L
D
 
D
T
 
T
-
 
P
V
 
F
W
 
W
G
 
Y
R
 
R
-
 
D
-
 
V
A
 
V
D
 
D
A
 
L
A
 
L
A
 
E
A
 
Q
A
 
A
R
 
G
M
 
D
D
 
R
C
 
L
D
 
D
A
 
Q
I
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
C
P
 
A
E
 
A
D
 
D
L
 
V
D
 
Y
A
 
A
L
 
V
-
 
D
A
 
A
V
 
L
I
 
V
T
 
T
G
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
R
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
R
D
 
T
K
 
K
P
 
P
L
 
L
W
 
S
-
 
F
-
 
E
A
 
V
M
 
I
M
 
I
E
|
E
T
 
S
P
 
A
R
 
A
G
 
G
M
 
I
L
 
A
N
 
H
A
 
V
A
 
E
A
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
A
H
 
S
-
 
S
P
 
P
L
 
R
L
 
L
Q
 
Q
G
 
A
M
 
M
V
 
S
M
 
L
G
 
G
T
 
A
N
 
A
D
|
D
L
 
F
A
 
A
K
 
A
E
 
S
L
 
M
-
 
G
-
 
M
-
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
T
Q
 
Q
T
 
E
R
 
N
F
 
Y
-
 
Y
-
 
M
-
 
L
-
 
H
-
 
D
-
 
G
-
 
Q
R
 
K
P
 
H
D
 
W
R
 
S
L
 
D
P
 
P
L
 
W
M
 
H
A
 
W
G
 
A
L
 
Q
G
 
A
Q
 
A
C
 
I
L
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
C
K
 
R
A
 
T
K
 
H
G
 
G
I
 
I
I
 
L
I
 
P
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
P
Y
 
F
N
 
G
A
 
D
F
 
F
K
 
S
D
 
D
A
 
D
E
 
E
G
 
G
L
 
F
E
 
R
A
 
A
E
 
Q
C
 
A
D
 
R
Q
 
R
G
 
S
R
 
A
D
 
T
M
 
L
G
 
G
F
 
M
D
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
W
L
 
A
I
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
D
 
A
V
 
L
A
 
A
N
 
N
S
 
E
A
 
V
F
 
F
A
 
T
P
 
P
S
 
S
E
 
E
D
 
T
E
 
A
I
 
V
D
 
T
L
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
E
Q
 
I
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
K
A
 
A
E
 
R
G
 
G
Q
 
E
G
 
G
V
x
A
A
 
T
V
 
V
V
 
Y
D
 
K
G
 
G
K
 
R
I
x
L
V
 
V
E
x
D
N
 
I
L
 
A
H
 
S
V
 
I
A
 
K
T
 
Q
A
 
A
R
 
E
E
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
R
K
 
Q
A
 
A
D
 
E

Q8N0X4 Citramalyl-CoA lyase, mitochondrial; (3S)-malyl-CoA thioesterase; Beta-methylmalate synthase; Citrate lyase subunit beta-like protein; Citrate lyase beta-like; Malate synthase; EC 4.1.3.25; EC 3.1.2.30; EC 2.3.3.-; EC 2.3.3.9 from Homo sapiens (Human) (see 5 papers)
30% identity, 96% coverage: 7:279/284 of query aligns to 44:337/340 of Q8N0X4

query
sites
Q8N0X4
P
 
P
Y
 
R
R
 
R
S
 
A
V
 
V
L
 
L
Y
|
Y
I
 
V
P
 
P
G
 
G
S
 
N
K
 
D
L
 
E
R
x
K
A
 
K
L
 
I
E
 
K
K
|
K
A
 
I
R
 
P
S
 
S
L
 
L
P
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
C
I
 
A
I
 
V
F
 
L
D
 
D
L
 
C
E
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
V
S
 
A
A
 
A
E
 
N
E
 
K
K
 
K
V
 
N
N
 
E
A
 
A
R
 
R
Q
 
L
T
 
R
L
 
I
E
 
V
E
 
K
A
 
T
L
 
L
R
 
E
A
 
D
G
 
I
G
 
D
Y
 
L
G
 
G
A
 
P
R
 
T
M
 
E
K
 
K
I
 
C
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
G
 
S
L
 
V
D
 
S
T
 
S
V
 
G
W
 
L
G
 
A
R
 
E
A
 
E
D
 
D
A
 
L
A
 
E
A
 
T
-
 
L
-
 
L
A
 
Q
A
 
S
R
 
R
M
 
V
D
 
L
C
 
P
D
 
S
A
 
S
I
 
L
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
V
S
 
E
S
 
S
P
 
P
E
 
E
D
 
E
L
 
I
D
 
Q
A
 
W
L
 
F
A
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
F
V
 
H
I
 
L
T
 
K
G
 
G
D
 
R
K
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
Q
-
 
P
-
 
M
P
 
N
L
 
L
W
 
I
A
 
P
M
 
F
M
 
V
E
|
E
T
 
T
P
 
A
R
 
M
G
 
G
M
 
L
L
 
L
N
 
N
A
 
F
A
 
K
A
 
A
I
 
V
A
 
C
A
 
E
H
 
E
P
 
T
L
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
P
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
F
L
 
L
Q
 
D
G
 
A
M
 
V
V
 
V
M
 
F
G
 
G
T
 
G
N
 
E
D
|
D
L
 
F
A
 
R
K
 
A
E
 
S
L
 
I
Q
 
G
T
 
A
R
 
T
F
 
S
R
 
S
P
 
K
D
 
E
R
 
T
L
 
L
P
 
D
L
 
I
M
 
L
A
 
Y
G
 
A
L
 
R
G
 
Q
Q
 
K
C
 
I
L
 
V
L
 
V
A
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
F
G
 
G
I
 
L
I
 
Q
I
 
A
V
x
I
D
 
D
G
 
L
V
 
V
Y
 
Y
N
 
I
A
 
D
F
 
F
K
 
R
D
 
D
A
 
G
E
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
L
A
 
R
E
 
Q
C
 
S
D
x
R
Q
x
E
G
|
G
R
x
A
D
x
A
M
|
M
G
|
G
F
|
F
D
x
T
G
|
G
K
|
K
T
x
Q
L
x
V
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
x
N
Q
|
Q
V
x
I
D
x
A
V
|
V
A
x
V
N
x
Q
S
x
E
A
x
Q
F
|
F
A
x
S
P
|
P
S
|
S
E
x
P
D
x
E
E
x
K
I
|
I
D
x
K
L
x
W
A
|
A
R
x
E
R
x
E
Q
x
L
I
|
I
A
|
A
A
|
A
F
|
F
D
x
K
A
x
E
A
x
H
E
x
Q
A
x
Q
E
x
L
G
|
G
Q
x
K
G
|
G
V
x
A
A
x
F
V
x
T
V
x
F
D
x
Q
G
|
G
K
x
S
I
x
M
V
x
I
E
x
D
N
x
M
L
x
P
H
x
L
V
x
L
A
x
K
T
x
Q
A
|
A
R
x
Q
E
x
N
I
x
T
L
x
V
A
x
T
K
x
L
A
|
A
D
x
T
A
x
S
I
|
I

Sites not aligning to the query:

5vxoA Crystal structure analysis of human clybl in complex with propionyl- coa (see paper)
30% identity, 96% coverage: 7:279/284 of query aligns to 5:298/298 of 5vxoA

query
sites
5vxoA
P
 
P
Y
 
R
R
 
R
S
 
A
V
 
V
L
|
L
Y
|
Y
I
x
V
P
|
P
G
 
G
S
 
N
K
 
D
L
 
E
R
x
K
A
x
K
L
 
I
E
 
K
K
|
K
A
 
I
R
 
P
S
 
S
L
 
L
P
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
C
I
 
A
I
 
V
F
 
L
D
|
D
L
 
C
E
 
E
D
|
D
A
x
G
V
 
V
S
 
A
A
 
A
E
 
N
E
 
K
K
 
K
V
 
N
N
 
E
A
 
A
R
 
R
Q
 
L
T
 
R
L
 
I
E
 
V
E
 
K
A
 
T
L
 
L
R
 
E
A
 
D
G
 
I
G
 
D
Y
 
L
G
 
G
A
 
P
R
 
T
M
 
E
K
 
K
I
 
C
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
G
 
S
L
 
V
D
 
S
T
 
S
V
 
G
W
 
L
G
 
A
R
 
E
A
 
E
D
 
D
A
 
L
A
 
E
A
 
T
-
 
L
-
 
L
A
 
Q
A
 
S
R
 
R
M
 
V
D
 
L
C
 
P
D
 
S
A
 
S
I
 
L
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
V
S
 
E
S
 
S
P
 
P
E
 
E
D
 
E
L
 
I
D
 
Q
A
 
W
L
 
F
A
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
F
V
 
H
I
 
L
T
 
K
G
 
G
D
 
R
K
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
Q
-
 
P
-
 
M
P
 
N
L
 
L
W
 
I
A
 
P
M
 
F
M
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
A
R
 
M
G
 
G
M
 
L
L
 
L
N
 
N
A
 
F
A
 
K
A
 
A
I
 
V
A
 
C
A
 
E
H
 
E
P
 
T
L
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
P
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
F
L
 
L
Q
 
D
G
 
A
M
 
V
V
 
V
M
 
F
G
 
G
T
 
G
N
 
E
D
 
D
L
 
F
A
 
R
K
 
A
E
 
S
L
 
I
Q
 
G
T
 
A
R
 
T
F
 
S
R
 
S
P
 
K
D
 
E
R
 
T
L
 
L
P
 
D
L
 
I
M
 
L
A
 
Y
G
 
A
L
 
R
G
 
Q
Q
 
K
C
 
I
L
 
V
L
 
V
A
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
F
G
 
G
I
 
L
I
 
Q
I
 
A
V
 
I
D
 
D
G
 
L
V
|
V
Y
 
Y
N
 
I
A
 
D
F
|
F
K
x
R
D
 
D
A
 
G
E
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
L
A
 
R
E
 
Q
C
 
S
D
 
R
Q
 
E
G
 
G
R
 
A
D
 
A
M
 
M
G
 
G
F
 
F
D
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
V
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
N
Q
 
Q
V
 
I
D
 
A
V
 
V
A
 
V
N
 
Q
S
 
E
A
 
Q
F
 
F
A
 
S
P
 
P
S
 
S
E
 
P
D
 
E
E
 
K
I
 
I
D
 
K
L
 
W
A
 
A
R
 
E
R
 
E
Q
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
K
A
 
E
A
 
H
E
 
Q
A
 
Q
E
 
L
G
 
G
Q
 
K
G
 
G
V
x
A
A
 
F
V
x
T
V
 
F
D
 
Q
G
 
G
K
 
S
I
x
M
V
 
I
E
x
D
N
 
M
L
 
P
H
 
L
V
 
L
A
 
K
T
 
Q
A
 
A
R
 
Q
E
 
N
I
 
T
L
 
V
A
 
T
K
 
L
A
 
A
D
 
T
A
 
S
I
 
I

5vxcA Crystal structure analysis of human clybl in complex with free coash (see paper)
30% identity, 96% coverage: 7:279/284 of query aligns to 5:298/301 of 5vxcA

query
sites
5vxcA
P
 
P
Y
 
R
R
 
R
S
 
A
V
 
V
L
|
L
Y
|
Y
I
 
V
P
|
P
G
 
G
S
 
N
K
 
D
L
 
E
R
x
K
A
x
K
L
 
I
E
 
K
K
|
K
A
 
I
R
 
P
S
 
S
L
 
L
P
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
C
I
 
A
I
 
V
F
 
L
D
 
D
L
 
C
E
 
E
D
 
D
A
x
G
V
 
V
S
 
A
A
 
A
E
 
N
E
 
K
K
 
K
V
 
N
N
 
E
A
 
A
R
 
R
Q
 
L
T
 
R
L
 
I
E
 
V
E
 
K
A
 
T
L
 
L
R
 
E
A
 
D
G
 
I
G
 
D
Y
 
L
G
 
G
A
 
P
R
 
T
M
 
E
K
 
K
I
 
C
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
G
 
S
L
 
V
D
 
S
T
 
S
V
 
G
W
 
L
G
 
A
R
 
E
A
 
E
D
 
D
A
 
L
A
 
E
A
 
T
-
 
L
-
 
L
A
 
Q
A
 
S
R
 
R
M
 
V
D
 
L
C
 
P
D
 
S
A
 
S
I
 
L
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
V
S
 
E
S
 
S
P
 
P
E
 
E
D
 
E
L
 
I
D
 
Q
A
 
W
L
 
F
A
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
F
V
 
H
I
 
L
T
 
K
G
 
G
D
 
R
K
 
K
-
 
L
-
 
E
-
 
Q
-
 
P
-
 
M
P
 
N
L
 
L
W
 
I
A
 
P
M
 
F
M
 
V
E
|
E
T
 
T
P
 
A
R
 
M
G
 
G
M
 
L
L
 
L
N
 
N
A
 
F
A
 
K
A
 
A
I
 
V
A
 
C
A
 
E
H
 
E
P
 
T
L
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
P
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
L
-
 
F
L
 
L
Q
 
D
G
 
A
M
 
V
V
 
V
M
 
F
G
 
G
T
 
G
N
 
E
D
|
D
L
 
F
A
 
R
K
 
A
E
 
S
L
 
I
Q
 
G
T
 
A
R
 
T
F
 
S
R
 
S
P
 
K
D
 
E
R
 
T
L
 
L
P
 
D
L
 
I
M
 
L
A
 
Y
G
 
A
L
 
R
G
 
Q
Q
 
K
C
 
I
L
 
V
L
 
V
A
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
F
G
 
G
I
 
L
I
 
Q
I
 
A
V
 
I
D
 
D
G
 
L
V
 
V
Y
 
Y
N
 
I
A
 
D
F
|
F
K
 
R
D
 
D
A
 
G
E
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
L
A
 
R
E
 
Q
C
 
S
D
 
R
Q
 
E
G
 
G
R
 
A
D
 
A
M
 
M
G
 
G
F
 
F
D
 
T
G
 
G
K
 
K
T
 
Q
L
 
V
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
N
Q
 
Q
V
 
I
D
 
A
V
 
V
A
 
V
N
 
Q
S
 
E
A
 
Q
F
 
F
A
 
S
P
 
P
S
 
S
E
 
P
D
 
E
E
 
K
I
 
I
D
 
K
L
 
W
A
 
A
R
 
E
R
 
E
Q
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
K
A
 
E
A
 
H
E
 
Q
A
 
Q
E
 
L
G
 
G
Q
 
K
G
 
G
V
 
A
A
 
F
V
 
T
V
 
F
D
 
Q
G
 
G
K
 
S
I
 
M
V
 
I
E
 
D
N
 
M
L
 
P
H
 
L
V
 
L
A
 
K
T
 
Q
A
 
A
R
 
Q
E
 
N
I
 
T
L
 
V
A
 
T
K
 
L
A
 
A
D
 
T
A
 
S
I
 
I

Q9RUZ0 Citrate lyase subunit beta-like protein; EC 4.1.-.- from Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422)
32% identity, 94% coverage: 9:275/284 of query aligns to 9:282/284 of Q9RUZ0

query
sites
Q9RUZ0
R
 
R
S
 
S
V
 
V
L
 
L
Y
 
F
I
 
A
P
 
P
G
 
G
S
 
N
K
 
R
L
 
A
R
 
D
A
 
L
L
 
I
E
 
A
K
 
K
-
 
L
A
 
P
R
 
R
S
 
S
L
 
A
P
 
P
V
 
-
D
 
D
A
 
A
I
 
V
I
 
V
F
 
I
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
V
-
 
P
-
 
G
S
 
T
A
 
A
E
 
E
E
 
A
K
 
K
V
 
A
N
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
P
T
 
V
L
 
A
E
 
H
E
 
D
A
 
A
L
 
A
R
 
R
-
 
D
-
 
L
-
 
I
-
 
A
A
 
A
G
 
A
G
 
P
Y
 
H
G
 
L
A
 
A
R
 
-
M
 
-
K
 
V
I
 
F
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
G
 
A
L
 
L
D
 
H
T
 
S
V
 
P
W
 
Y
G
 
F
R
 
E
A
 
D
D
 
D
A
 
L
A
 
S
A
 
V
A
 
L
A
 
T
R
 
P
M
 
-
D
 
E
C
 
L
D
 
S
A
 
G
I
 
V
L
 
V
L
 
V
P
 
P
K
 
K
V
 
L
S
 
E
S
 
M
P
 
G
E
 
A
D
 
E
L
 
A
D
 
R
A
 
Q
L
 
V
A
 
A
V
 
Q
I
 
M
T
 
L
G
 
Q
D
 
E
K
 
R
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
L
P
 
P
L
 
I
W
 
L
A
 
A
M
 
G
M
 
L
E
|
E
T
 
T
P
 
G
R
 
A
G
 
G
M
 
V
L
 
W
N
 
N
A
 
A
A
 
R
A
 
E
I
 
I
A
 
M
A
 
E
H
 
V
P
 
P
L
 
E
L
 
V
Q
 
A
G
 
W
M
 
A
V
 
Y
M
 
F
G
 
G
T
 
A
N
 
E
D
|
D
L
 
Y
A
 
T
K
 
T
E
 
D
L
 
L
Q
 
G
T
 
G
R
 
K
F
 
R
R
 
T
P
 
P
D
 
G
R
 
G
L
 
L
P
 
E
L
 
V
M
 
L
A
 
Y
G
 
A
L
 
R
G
 
S
Q
 
Q
C
 
V
L
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
L
K
 
T
G
 
G
I
 
V
I
 
A
I
 
A
V
 
L
D
 
D
G
 
I
V
 
V
Y
 
V
N
 
T
A
 
A
F
 
L
K
 
N
D
 
D
A
 
P
E
 
E
G
 
T
L
 
F
E
 
R
A
 
A
E
 
D
C
 
A
D
 
E
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
D
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
L
L
 
C
I
 
I
H
 
H
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
D
 
A
V
 
L
A
 
A
N
 
H
S
 
E
A
 
Y
F
 
F
A
 
G
P
 
P
S
 
T
E
 
E
D
 
A
E
 
D
I
 
R
D
 
A
L
 
R
A
 
A
R
 
R
R
 
A
Q
 
L
I
 
L
A
 
D
A
 
A
F
 
A
D
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
A
A
 
Q
E
 
R
G
 
G
Q
 
H
G
 
G
V
 
A
A
 
F
V
 
S
V
 
F
D
 
E
G
 
G
K
 
Q
I
 
M
V
 
V
E
 
D
N
 
E
L
 
P
H
 
M
V
 
L
A
 
A
T
 
K
A
 
A
R
 
R
E
 
T
I
 
L
L
 
L
A
 
S
K
 
H

1sgjA Crystal structure of citrate lyase beta subunit
32% identity, 77% coverage: 9:226/284 of query aligns to 6:230/231 of 1sgjA

query
sites
1sgjA
R
 
R
S
 
S
V
 
V
L
 
L
Y
x
F
I
 
A
P
 
P
G
 
G
S
 
N
K
 
R
L
 
A
R
 
D
A
 
L
L
 
I
E
 
A
K
 
K
-
 
L
A
 
P
R
 
R
S
 
S
L
 
A
P
 
P
V
 
-
D
 
D
A
 
A
I
 
V
I
 
V
F
 
I
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
V
-
 
P
-
 
G
S
 
T
A
 
A
E
 
E
E
 
A
K
 
K
V
 
A
N
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
P
T
 
V
L
 
A
E
 
H
E
 
D
A
 
A
L
 
A
R
 
R
-
 
D
-
 
L
A
 
I
G
 
A
G
 
A
Y
 
A
G
 
P
A
 
H
R
 
L
M
 
A
K
 
V
I
 
F
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
G
 
A
L
 
L
D
 
H
T
 
S
V
 
P
W
 
Y
G
 
F
R
 
E
A
 
D
D
 
D
A
 
L
A
 
S
A
 
V
A
 
L
A
 
T
R
 
P
M
 
-
D
 
E
C
 
L
D
 
S
A
 
G
I
 
V
L
 
V
L
 
V
P
 
P
K
 
K
V
 
L
S
 
E
S
 
M
P
 
G
E
 
A
D
 
E
L
 
A
D
 
R
A
 
Q
L
 
V
A
 
A
V
 
Q
I
 
M
T
 
L
G
 
Q
D
 
E
K
 
R
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
L
P
 
P
L
 
I
W
 
L
A
 
A
M
 
G
M
 
L
E
|
E
T
 
T
P
 
G
R
 
A
G
 
G
M
 
V
L
 
W
N
 
N
A
 
A
A
 
R
A
 
E
I
 
I
A
 
M
A
 
E
H
 
V
P
 
P
L
 
E
L
 
V
Q
 
A
G
 
W
M
 
A
V
x
Y
M
 
F
G
 
G
T
 
A
N
 
E
D
 
D
L
 
Y
A
 
T
K
 
T
E
 
D
L
 
L
Q
 
G
T
 
G
R
 
K
F
 
R
R
 
T
P
 
P
D
 
G
R
 
G
L
 
L
P
 
E
L
 
V
M
 
L
A
 
Y
G
 
A
L
 
R
G
 
S
Q
 
Q
C
 
V
L
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
L
K
 
T
G
 
G
I
 
V
I
 
A
I
 
A
V
 
L
D
 
D
G
 
I
V
|
V
Y
 
V
N
 
T
A
 
A
F
 
L
K
 
N
D
 
D
A
 
P
E
 
E
G
 
T
L
 
F
E
 
R
A
 
A
E
 
D
C
 
A
D
 
E
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
D
 
A
M
 
L
G
 
G
F
 
Y
D
 
S
G
 
G
K
 
K
T
x
L
L
 
C
I
|
I
H
 
H
P
 
P
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
D
 
A
V
 
L
A
 
A
N
 
H
S
 
E
A
 
Y
F
 
F

S5N020 Malyl-CoA/beta-methylmalyl-CoA/citramalyl-CoA lyase; (3S)-3-carboxy-3-hydroxypropanoyl-CoA glyoxylate-lyase; (3S)-citramalyl-CoA pyruvate-lyase; (S)-citramalyl-CoA lyase; Erythro-beta-methylmalyl-CoA; L-malyl-CoA lyase; EC 4.1.3.24; EC 4.1.3.25 from Chloroflexus aurantiacus (see paper)
29% identity, 97% coverage: 5:280/284 of query aligns to 25:336/348 of S5N020

query
sites
S5N020
I
 
V
R
 
R
P
 
P
Y
 
E
R
 
R
S
 
V
V
 
V
L
 
H
Y
 
F
I
 
F
P
 
P
G
 
P
S
 
H
-
 
V
-
 
E
K
 
K
L
 
I
R
 
R
A
 
A
L
 
R
E
 
I
K
 
P
A
 
E
R
 
V
S
 
A
L
 
K
P
 
Q
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
I
 
C
F
 
G
D
 
N
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
A
V
 
I
S
 
P
A
 
M
E
 
D
E
 
A
K
 
K
V
 
E
N
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
N
T
 
G
L
 
F
E
 
I
E
 
E
A
 
V
L
 
V
R
 
K
A
 
A
G
 
T
G
 
D
Y
 
F
G
 
G
A
 
D
R
 
T
M
 
A
K
 
L
I
 
W
V
 
V
R
 
R
I
 
V
N
 
N
G
 
A
L
 
L
D
 
N
T
 
S
V
 
P
W
 
W
G
 
V
R
 
L
A
 
D
D
 
D
A
 
I
A
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
V
R
 
G
M
 
N
D
 
K
C
 
L
D
 
D
A
 
V
I
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
S
 
E
S
 
G
P
 
P
E
 
W
D
 
D
L
 
I
-
 
H
-
 
F
-
 
V
-
 
D
D
 
Q
A
 
Y
L
 
L
A
 
A
V
 
L
I
 
L
T
 
E
G
 
A
-
 
R
-
 
H
-
 
Q
-
 
I
D
 
K
K
 
K
P
 
P
-
 
I
-
 
L
L
 
I
W
 
H
A
 
A
M
 
L
M
 
L
E
|
E
T
 
T
P
 
A
R
 
Q
G
 
G
M
 
M
L
 
V
N
 
N
A
 
L
A
 
E
A
 
E
I
 
I
A
 
A
-
 
G
A
 
A
H
 
S
P
 
P
L
 
R
L
 
M
Q
 
H
G
 
G
M
 
F
V
 
S
M
 
L
G
 
G
T
 
P
N
 
A
D
|
D
L
 
L
A
 
A
-
 
A
-
 
S
K
 
R
E
 
G
L
 
M
Q
 
K
T
 
T
R
 
T
F
 
R
R
 
V
P
 
G
D
 
G
R
 
G
L
 
H
P
 
P
L
 
F
M
 
Y
A
 
G
G
 
V
L
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
G
 
G
Q
 
Q
C
 
A
-
 
E
-
 
R
-
 
P
-
 
F
-
 
Y
-
 
Q
-
 
Q
-
 
D
-
 
L
-
 
W
-
 
H
-
 
Y
-
 
T
-
 
I
-
 
A
-
 
R
-
 
M
L
 
V
L
 
D
A
 
V
A
 
A
K
 
V
A
 
A
K
 
H
G
 
G
I
 
L
I
 
R
I
 
A
V
 
F
D
 
Y
G
 
G
V
 
P
Y
 
F
N
 
G
A
 
D
F
 
I
K
 
K
D
 
D
A
 
E
E
 
A
G
 
A
L
 
C
E
 
E
A
 
A
E
 
Q
C
 
F
D
 
R
Q
 
N
G
 
A
R
 
F
D
 
L
M
 
L
G
 
G
F
 
C
D
 
T
G
 
G
K
 
A
T
 
W
L
 
S
I
 
L
H
 
A
P
 
P
A
 
N
Q
 
Q
V
 
I
D
 
P
V
 
I
A
 
A
N
 
K
S
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
S
P
 
P
S
 
D
E
 
V
D
 
N
E
 
E
I
 
V
D
 
L
L
 
F
A
 
A
R
 
K
R
 
R
Q
 
I
I
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
M
D
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
P
E
 
D
G
 
G
Q
 
S
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
M
V
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
K
I
 
M
V
 
Q
E
 
D
N
 
D
L
 
A
H
 
T
V
 
W
A
 
K
T
 
Q
A
 
A
R
 
K
E
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
D
K
 
L
A
 
A
D
 
R
A
 
M
I
 
I
A
 
A

4l80C Crystal structure of chloroflexus aurantiacus malyl-coa lyase in complex with magnesium, oxalate, and propionyl-coa (see paper)
29% identity, 97% coverage: 5:280/284 of query aligns to 24:335/347 of 4l80C

query
sites
4l80C
I
 
V
R
 
R
P
 
P
Y
 
E
R
 
R
S
 
V
V
 
V
L
x
H
Y
x
F
I
x
F
P
|
P
G
 
P
S
 
H
-
 
V
-
 
E
K
|
K
L
x
I
R
 
R
A
 
A
L
 
R
E
 
I
K
 
P
A
 
E
R
 
V
S
 
A
L
 
K
P
 
Q
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
I
 
C
F
 
G
D
x
N
L
 
L
E
 
E
D
|
D
A
|
A
V
 
I
S
 
P
A
 
M
E
 
D
E
 
A
K
 
K
V
 
E
N
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
N
T
 
G
L
 
F
E
 
I
E
 
E
A
 
V
L
 
V
R
 
K
A
 
A
G
 
T
G
 
D
Y
 
F
G
 
G
A
 
D
R
 
T
M
 
A
K
 
L
I
 
W
V
 
V
R
|
R
I
 
V
N
 
N
G
 
A
L
 
L
D
 
N
T
 
S
V
 
P
W
 
W
G
 
V
R
 
L
A
 
D
D
 
D
A
 
I
A
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
V
R
 
G
M
 
N
D
 
K
C
 
L
D
 
D
A
 
V
I
 
I
L
 
M
L
 
I
P
 
P
K
 
K
V
 
V
S
 
E
S
 
G
P
 
P
E
 
W
D
 
D
L
 
I
-
 
H
-
 
F
-
 
V
-
 
D
D
 
Q
A
 
Y
L
 
L
A
 
A
V
 
L
I
 
L
T
 
E
G
 
A
-
 
R
-
 
H
-
 
Q
-
 
I
D
 
K
K
 
K
P
 
P
-
 
I
-
 
L
L
 
I
W
 
H
A
 
A
M
 
L
M
 
L
E
|
E
T
 
T
P
 
A
R
 
Q
G
 
G
M
 
M
L
 
V
N
 
N
A
 
L
A
 
E
A
 
E
I
 
I
A
 
A
-
 
G
A
 
A
H
 
S
P
 
P
L
 
R
L
 
M
Q
 
H
G
 
G
M
 
F
V
 
S
M
 
L
G
|
G
T
x
P
N
x
A
D
|
D
L
 
L
A
 
A
-
 
A
-
 
S
K
 
R
E
 
G
L
 
M
Q
 
K
T
 
T
R
 
T
F
 
R
R
 
V
P
 
G
D
 
G
R
 
G
L
 
H
P
 
P
L
 
F
M
 
Y
A
 
G
G
 
V
L
 
L
-
 
A
-
 
D
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
G
 
G
Q
 
Q
C
 
A
-
 
E
-
 
R
-
 
P
-
 
F
-
 
Y
-
 
Q
-
 
Q
-
 
D
-
 
L
-
 
W
-
 
H
-
 
Y
-
 
T
-
 
I
-
 
A
-
 
R
-
 
M
L
 
V
L
 
D
A
 
V
A
 
A
K
 
V
A
 
A
K
 
H
G
 
G
I
 
L
I
 
R
I
 
A
V
 
F
D
 
Y
G
 
G
V
x
P
Y
 
F
N
 
G
A
 
D
F
 
I
K
 
K
D
 
D
A
 
E
E
 
A
G
 
A
L
 
C
E
 
E
A
 
A
E
 
Q
C
 
F
D
 
R
Q
 
N
G
 
A
R
 
F
D
 
L
M
 
L
G
 
G
F
 
C
D
 
T
G
 
G
K
 
A
T
x
W
L
 
S
I
x
L
H
x
A
P
|
P
A
 
N
Q
 
Q
V
 
I
D
 
P
V
 
I
A
 
A
N
 
K
S
 
R
A
 
V
F
 
F
A
 
S
P
 
P
S
 
D
E
 
V
D
 
N
E
 
E
I
 
V
D
 
L
L
 
F
A
 
A
R
 
K
R
 
R
Q
 
I
I
 
L
A
 
E
A
 
A
F
 
M
D
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
A
 
P
E
 
D
G
 
G
Q
 
S
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
M
V
 
I
D
 
D
G
 
G
K
 
K
I
x
M
V
 
Q
E
x
D
N
 
D
L
 
A
H
 
T
V
 
W
A
 
K
T
 
Q
A
 
A
R
 
K
E
 
V
I
 
I
L
 
V
A
 
D
K
 
L
A
 
A
D
 
R
A
 
M
I
 
I
A
 
A

6as5A Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, acetoacetate and coenzyme a (see paper)
32% identity, 87% coverage: 31:276/284 of query aligns to 27:265/267 of 6as5A

query
sites
6as5A
D
 
D
A
 
V
I
 
V
I
 
I
F
 
L
D
|
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
x
G
V
 
V
S
 
A
A
 
E
E
 
A
E
 
Q
K
 
K
V
 
P
N
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
N
T
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
T
G
 
P
Y
 
L
G
 
D
A
 
P
R
 
E
M
 
R
K
 
T
I
 
V
V
 
V
R
|
R
I
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
G
D
 
G
T
 
T
V
 
A
W
 
D
G
 
Q
R
 
A
A
 
R
D
 
D
A
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
L
A
 
A
R
 
G
M
 
T
D
 
A
C
 
Y
D
 
T
A
 
T
I
 
V
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
A
S
 
E
S
 
S
P
 
A
E
 
A
D
 
Q
L
 
V
D
 
I
A
 
E
L
 
L
A
 
A
V
 
-
I
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
P
K
 
R
P
 
D
L
 
V
W
 
I
A
 
A
M
x
L
M
 
V
E
|
E
T
 
T
P
 
A
R
 
R
G
 
G
M
 
A
L
 
V
N
 
C
A
 
A
A
 
A
A
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
A
H
 
A
P
 
D
L
 
P
L
 
T
Q
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
M
M
 
W
G
|
G
T
x
A
N
x
E
D
|
D
L
 
L
A
 
I
K
 
A
E
 
T
L
 
L
-
 
G
-
 
G
Q
 
S
T
 
S
R
 
S
F
 
R
R
 
R
P
 
A
D
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
Y
R
 
R
L
 
D
P
 
V
L
 
A
M
 
R
A
 
H
G
 
V
L
 
R
G
 
S
Q
 
T
C
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
F
G
 
G
I
 
R
I
 
L
I
 
A
V
 
L
D
 
D
G
 
A
V
|
V
Y
 
H
N
 
L
A
 
D
F
 
I
K
 
L
D
 
D
A
 
V
E
 
E
G
 
G
L
 
L
E
 
Q
A
 
E
E
 
E
C
 
A
D
 
R
Q
 
D
G
 
A
R
 
A
D
 
A
M
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
G
 
V
K
 
T
T
 
V
L
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
I
D
 
P
V
 
V
A
 
V
N
 
R
S
 
K
A
 
A
F
 
Y
A
 
R
P
 
P
S
 
S
E
 
H
D
 
E
E
 
K
I
 
L
D
 
A
L
 
W
A
 
A
R
 
R
R
 
R
Q
 
V
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
S
D
 
R
A
 
S
A
 
E
E
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
R
G
 
G
V
x
A
A
x
F
V
 
A
V
 
F
D
 
E
G
 
G
K
 
Q
I
x
M
V
 
V
E
x
D
N
 
S
L
 
P
H
 
V
V
 
L
A
 
T
T
 
H
A
 
A
R
 
E
E
 
T
I
 
M
L
 
L
A
 
R
K
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

6arbA Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, pyruvate and coenzyme a (see paper)
32% identity, 87% coverage: 31:276/284 of query aligns to 28:266/268 of 6arbA

query
sites
6arbA
D
 
D
A
 
V
I
 
V
I
 
I
F
 
L
D
|
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
x
G
V
 
V
S
 
A
A
 
E
E
 
A
E
 
Q
K
 
K
V
 
P
N
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
N
T
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
T
G
 
P
Y
 
L
G
 
D
A
 
P
R
 
E
M
 
R
K
 
T
I
 
V
V
 
V
R
|
R
I
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
G
D
 
G
T
 
T
V
 
A
W
 
D
G
 
Q
R
 
A
A
 
R
D
 
D
A
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
L
A
 
A
R
 
G
M
 
T
D
 
A
C
 
Y
D
 
T
A
 
T
I
 
V
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
A
S
 
E
S
 
S
P
 
A
E
 
A
D
 
Q
L
 
V
D
 
I
A
 
E
L
 
L
A
 
A
V
 
-
I
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
P
K
 
R
P
 
D
L
 
V
W
 
I
A
 
A
M
 
L
M
 
V
E
|
E
T
 
T
P
 
A
R
 
R
G
 
G
M
 
A
L
 
V
N
 
C
A
 
A
A
 
A
A
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
A
H
 
A
P
 
D
L
 
P
L
 
T
Q
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
M
M
 
W
G
|
G
T
x
A
N
x
E
D
|
D
L
 
L
A
 
I
K
 
A
E
 
T
L
 
L
-
 
G
-
 
G
Q
 
S
T
 
S
R
 
S
F
 
R
R
 
R
P
 
A
D
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
Y
R
 
R
L
 
D
P
 
V
L
 
A
M
 
R
A
 
H
G
 
V
L
 
R
G
 
S
Q
 
T
C
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
F
G
 
G
I
 
R
I
 
L
I
 
A
V
 
L
D
 
D
G
 
A
V
 
V
Y
 
H
N
 
L
A
 
D
F
 
I
K
 
L
D
 
D
A
 
V
E
 
E
G
 
G
L
 
L
E
 
Q
A
 
E
E
 
E
C
 
A
D
 
R
Q
 
D
G
 
A
R
 
A
D
 
A
M
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
G
 
V
K
 
T
T
 
V
L
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
I
D
 
P
V
 
V
A
 
V
N
 
R
S
 
K
A
 
A
F
 
Y
A
 
R
P
 
P
S
 
S
E
 
H
D
 
E
E
 
K
I
 
L
D
 
A
L
 
W
A
 
A
R
 
R
R
 
R
Q
 
V
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
S
D
 
R
A
 
S
A
 
E
E
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
R
G
 
G
V
x
A
A
x
F
V
x
A
V
 
F
D
 
E
G
 
G
K
 
Q
I
x
M
V
 
V
E
x
D
N
 
S
L
 
P
H
 
V
V
 
L
A
 
T
T
 
H
A
 
A
R
 
E
E
 
T
I
 
M
L
 
L
A
 
R
K
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

6aq4B Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, pyruvate and citramalyl-coa (see paper)
32% identity, 87% coverage: 31:276/284 of query aligns to 29:267/268 of 6aq4B

query
sites
6aq4B
D
 
D
A
 
V
I
 
V
I
 
I
F
 
L
D
|
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
x
G
V
 
V
S
 
A
A
 
E
E
 
A
E
 
Q
K
 
K
V
 
P
N
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
N
T
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
T
G
 
P
Y
 
L
G
 
D
A
 
P
R
 
E
M
 
R
K
 
T
I
 
V
V
 
V
R
|
R
I
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
G
D
 
G
T
 
T
V
 
A
W
 
D
G
 
Q
R
 
A
A
 
R
D
 
D
A
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
L
A
 
A
R
 
G
M
 
T
D
 
A
C
 
Y
D
 
T
A
 
T
I
 
V
L
 
M
L
 
L
P
 
P
K
 
K
V
 
A
S
 
E
S
 
S
P
 
A
E
 
A
D
 
Q
L
 
V
D
 
I
A
 
E
L
 
L
A
 
A
V
 
-
I
 
-
T
 
-
G
 
-
D
 
P
K
 
R
P
 
D
L
 
V
W
 
I
A
 
A
M
 
L
M
 
V
E
|
E
T
 
T
P
 
A
R
 
R
G
 
G
M
 
A
L
 
V
N
 
C
A
 
A
A
 
A
A
 
E
I
 
I
A
 
A
A
 
A
H
 
A
P
 
D
L
 
P
L
 
T
Q
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
M
M
 
W
G
|
G
T
x
A
N
x
E
D
|
D
L
 
L
A
 
I
K
 
A
E
 
T
L
 
L
-
 
G
-
 
G
Q
 
S
T
 
S
R
 
S
F
 
R
R
 
R
P
 
A
D
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
Y
R
 
R
L
 
D
P
 
V
L
 
A
M
 
R
A
 
H
G
 
V
L
 
R
G
 
S
Q
 
T
C
 
I
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
S
A
 
A
K
 
F
G
 
G
I
 
R
I
 
L
I
 
A
V
 
L
D
 
D
G
 
A
V
|
V
Y
 
H
N
 
L
A
 
D
F
 
I
K
 
L
D
 
D
A
 
V
E
 
E
G
 
G
L
 
L
E
 
Q
A
 
E
E
 
E
C
 
A
D
 
R
Q
 
D
G
 
A
R
 
A
D
 
A
M
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
G
 
V
K
 
T
T
 
V
L
 
C
I
|
I
H
|
H
P
|
P
A
 
S
Q
 
Q
V
 
I
D
 
P
V
 
V
A
 
V
N
 
R
S
 
K
A
 
A
F
 
Y
A
 
R
P
 
P
S
 
S
E
 
H
D
 
E
E
 
K
I
 
L
D
 
A
L
 
W
A
 
A
R
 
R
R
 
R
Q
 
V
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
S
D
 
R
A
 
S
A
 
E
E
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
Q
 
R
G
 
G
V
 
A
A
 
F
V
 
A
V
 
F
D
 
E
G
 
G
K
 
Q
I
 
M
V
 
V
E
 
D
N
 
S
L
 
P
H
 
V
V
 
L
A
 
T
T
 
H
A
 
A
R
 
E
E
 
T
I
 
M
L
 
L
A
 
R
K
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

6aq4C Crystal structure of protein cite from mycobacterium tuberculosis in complex with magnesium, pyruvate and citramalyl-coa (see paper)
32% identity, 87% coverage: 31:276/284 of query aligns to 29:267/267 of 6aq4C

query
sites
6aq4C
D
 
D
A
 
V
I
 
V
I
 
I
F
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
D
A
 
G
V
 
V
S
 
A
A
 
E
E
 
A
E
 
Q
K
 
K
V
 
P
N
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
N
T
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
D
G
 
T
G
 
P
Y
 
L
G
 
D
A
 
P
R
 
E
M
 
R
K
 
T
I
 
V
V
 
V
R
|
R
I
 
I
N
 
N
G
 
A
L
 
G
D
 
G
T
 
T
V
 
A
W
 
D
G
 
Q
R
 
A
A
 
R
D
 
D
A
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
L
A
 
A
R
 
G