SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3595 FitnessBrowser__WCS417:GFF3595 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
38% identity, 85% coverage: 34:303/318 of query aligns to 2:270/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
K
 
K
P
 
P
K
 
Q
V
 
I
G
 
A
L
 
L
V
 
L
M
 
M
K
|
K
S
 
T
L
 
L
A
 
S
N
|
N
E
 
E
F
x
Y
F
|
F
V
 
I
T
 
S
M
 
M
Q
 
R
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
E
T
 
E
Y
 
T
Q
 
A
K
 
K
E
 
Q
H
 
K
A
 
-
A
 
-
D
 
D
F
 
I
D
 
D
M
 
L
I
 
I
T
 
V
N
 
Q
G
 
V
I
 
A
K
 
E
N
 
K
E
|
E
T
 
D
D
 
S
T
 
T
S
 
E
A
 
Q
Q
 
L
I
 
V
D
 
G
I
 
L
V
 
V
N
 
E
Q
 
N
M
 
M
I
 
I
L
 
A
A
 
K
K
 
K
V
 
V
N
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
V
A
 
T
P
 
P
A
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
I
T
 
P
V
 
A
L
 
F
K
 
Q
K
 
K
A
 
A
S
 
E
D
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
V
 
I
N
 
D
I
 
L
D
|
D
N
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
A
D
 
K
V
 
A
L
 
A
K
 
E
S
 
A
K
 
A
N
 
G
L
 
L
D
 
K
I
 
F
P
 
N
F
 
Y
V
 
V
G
 
G
P
 
V
D
 
D
N
 
N
R
 
F
K
 
N
G
 
G
S
 
G
K
 
Y
L
 
L
V
 
E
G
 
A
D
 
K
Y
 
N
L
 
L
A
 
A
K
 
E
Q
 
A
L
 
I
A
 
G
S
 
K
G
 
K
D
 
G
K
 
N
V
 
V
G
 
A
I
 
I
I
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
I
P
 
P
T
 
G
T
 
V
T
 
D
N
|
N
A
 
G
Q
 
E
Q
 
Q
R
|
R
T
 
K
A
 
G
G
 
G
Y
 
A
K
 
L
D
 
K
A
 
A
M
 
F
-
 
A
D
 
E
A
 
Y
A
 
P
G
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
A
T
 
S
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
N
 
N
W
|
W
E
 
E
I
 
T
D
 
E
Q
 
Q
G
 
A
Q
 
L
K
 
N
V
 
V
A
 
T
S
 
T
A
 
N
M
 
I
L
 
L
S
 
T
E
 
A
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
I
K
 
N
A
 
G
L
 
I
L
 
F
A
 
A
G
 
A
N
|
N
D
 
D
N
 
N
M
 
M
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
S
 
T
A
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
S
G
 
G
Y
 
Y
D
|
D
N
 
G
I
 
I
E
 
P
A
 
L
I
 
A
K
 
I
P
 
E
M
 
Y
L
 
V
Q
 
K
D
 
Q
G
 
G
R
 
K
V
 
M
L
 
Q
A
 
N
T
 
T
A
 
I
D
 
D
Q
|
Q
A
 
L
A
 
P
A
 
K
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
V
V
 
A
F
 
I
G
 
A
I
 
I
Q
 
E
N
 
H
A
 
A
L
 
L
K
 
K
L
 
Q
V
 
I
K
 
N
G
 
K
E
 
Q
K
 
E
V
 
I
D
 
P
S
 
S

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
33% identity, 83% coverage: 37:301/318 of query aligns to 3:257/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
V
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
M
 
I
K
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
N
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
T
 
T
M
 
L
Q
 
K
D
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
E
T
 
E
Y
 
K
Q
 
A
K
 
K
E
 
E
H
 
L
A
 
G
A
 
-
D
 
-
F
 
Y
D
 
K
M
 
I
I
 
I
T
 
V
N
 
E
G
 
D
I
 
S
K
 
Q
N
 
N
E
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
S
S
 
S
A
 
K
Q
 
E
I
 
L
D
 
S
I
 
N
V
 
V
N
 
E
Q
 
D
M
 
L
I
 
I
L
 
Q
A
 
Q
K
 
K
V
 
V
N
 
D
A
 
V
I
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
A
 
V
D
 
D
S
 
S
K
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
V
T
 
T
V
 
A
L
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
A
S
 
N
D
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
N
 
T
I
 
I
D
|
D
N
x
R
R
 
S
L
 
A
D
 
N
P
 
G
-
 
G
D
 
D
V
 
V
L
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
V
P
 
C
F
 
H
V
 
I
G
 
A
P
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
K
 
K
G
 
G
S
 
G
K
 
E
L
 
M
V
 
A
G
 
A
D
 
E
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
K
 
K
Q
 
A
L
 
L
A
 
K
S
 
G
G
 
K
D
 
G
K
 
N
V
 
V
G
 
V
I
 
E
I
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
I
P
 
P
T
 
G
T
 
A
T
 
S
N
x
A
A
 
A
Q
 
R
Q
 
D
R
|
R
T
 
G
A
 
K
G
 
G
Y
 
F
K
 
D
D
 
E
A
 
A
M
 
I
-
 
A
D
 
K
A
 
Y
A
 
P
G
 
D
M
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
A
T
 
K
Q
 
Q
S
 
A
G
 
A
N
 
D
W
x
F
E
 
D
I
 
R
D
 
S
Q
 
K
G
 
G
Q
 
L
K
 
S
V
 
V
A
 
M
S
 
E
A
 
N
M
 
I
L
 
L
S
 
Q
E
 
A
Y
 
Q
P
 
P
D
 
K
L
 
I
K
 
D
A
 
A
L
 
V
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
K
A
 
A
V
 
I
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
N
K
 
R
A
 
Q
G
 
G
K
 
-
V
 
I
L
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
T
E
 
E
A
 
D
I
 
A
K
 
L
P
 
K
M
 
A
L
 
I
Q
 
K
D
 
E
G
 
G
R
 
K
V
 
M
L
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
I
D
 
A
Q
|
Q
A
 
Q
A
 
P
A
 
A
Q
 
L
Q
 
M
A
 
G
V
 
S
F
 
L
G
 
G
I
 
V
Q
 
E
N
 
M
A
 
A
L
 
D
K
 
K
L
 
Y
V
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
V
 
I

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
32% identity, 89% coverage: 34:316/318 of query aligns to 1:267/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
K
 
K
P
 
D
K
 
T
V
 
I
G
 
A
L
 
L
V
 
V
M
 
V
K
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
N
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
T
 
S
M
 
L
Q
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
-
T
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
K
 
K
E
 
E
H
 
-
A
 
-
A
 
A
D
 
D
-
 
K
-
 
L
-
 
G
F
 
Y
D
 
N
M
 
L
I
 
V
T
 
V
N
 
-
G
 
-
I
 
L
K
 
D
N
 
S
E
 
Q
T
 
N
D
 
N
T
 
P
S
 
A
A
 
K
Q
 
E
I
 
L
D
 
A
I
 
N
V
 
V
N
 
Q
Q
 
D
M
 
L
I
 
T
L
 
V
A
 
R
K
 
G
V
 
T
N
 
K
A
 
I
I
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
S
K
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
D
T
 
N
V
 
A
L
 
V
K
 
K
K
 
M
A
 
A
S
 
N
D
 
Q
A
 
A
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
x
R
R
 
Q
L
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
K
 
A
S
 
T
K
 
K
N
 
G
L
 
E
D
 
V
I
 
V
P
 
S
F
 
H
V
 
I
G
 
A
P
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
K
 
L
G
 
G
S
 
G
K
 
K
L
 
I
V
 
A
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
K
 
K
Q
 
K
L
 
A
A
 
G
S
 
E
G
 
G
D
 
A
K
 
K
V
 
V
G
 
I
I
 
E
I
 
L
E
 
Q
G
 
G
V
 
I
P
 
A
T
 
G
T
 
T
T
 
S
N
x
A
A
 
A
Q
 
R
Q
 
E
R
|
R
T
 
G
A
 
E
G
 
G
Y
 
F
K
 
Q
D
 
Q
A
 
A
M
 
V
D
 
A
A
 
A
A
 
H
G
 
K
M
 
F
K
 
N
I
 
V
V
 
L
S
 
A
T
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
N
 
D
W
x
F
E
 
D
I
 
R
D
 
I
Q
 
K
G
 
G
Q
 
L
K
 
N
V
 
V
A
 
M
S
 
Q
A
 
N
M
 
L
L
 
L
S
 
T
E
 
A
Y
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
A
 
A
L
 
V
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
S
 
R
A
 
A
V
 
L
R
 
Q
A
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
S
G
 
-
K
 
D
V
 
V
L
 
M
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
T
E
 
P
A
 
D
I
 
G
K
 
E
P
 
K
M
 
A
L
 
V
Q
 
N
D
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
L
L
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
I
D
 
A
Q
|
Q
A
 
L
A
 
P
A
 
D
Q
 
Q
Q
 
I
A
 
G
V
 
A
F
 
K
G
 
G
I
 
V
Q
 
E
N
 
T
A
 
A
L
 
D
K
 
K
L
 
V
V
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
V
 
V
D
 
Q
S
 
A
K
 
K
D
 
-
G
 
-
V
 
-
I
 
-
E
 
-
T
 
Y
P
 
P
V
 
V
E
 
D
L
 
L
V
 
K
L
 
L

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
31% identity, 84% coverage: 37:304/318 of query aligns to 5:260/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
V
 
I
G
 
A
L
 
L
V
 
T
M
 
V
K
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
D
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
T
 
S
M
 
L
Q
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
Q
T
 
K
Y
 
K
Q
 
A
K
 
T
E
 
E
H
 
L
A
 
G
A
 
-
D
 
-
F
 
Y
D
 
K
M
 
L
I
 
V
T
 
V
N
 
-
G
 
-
I
 
L
K
 
D
N
 
S
E
 
Q
T
 
N
D
 
D
T
 
P
S
 
S
A
 
K
Q
 
E
I
 
L
D
 
S
I
 
N
V
 
V
N
 
E
Q
 
D
M
 
L
I
 
T
L
 
V
A
 
R
K
 
G
V
 
A
N
 
K
A
 
V
I
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
S
K
 
A
A
 
A
L
 
V
V
 
S
T
 
N
V
 
A
L
 
V
K
 
A
K
 
I
A
 
A
S
 
N
D
 
R
A
 
N
G
 
K
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
x
R
R
 
G
L
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
K
 
A
S
 
A
K
 
K
N
 
G
L
 
E
D
 
V
I
 
V
P
 
S
F
 
H
V
 
I
G
 
A
P
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
K
 
A
G
 
G
S
 
G
K
 
K
L
 
M
V
 
A
G
 
G
D
 
D
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
K
 
Q
Q
 
K
L
 
L
A
 
G
S
 
D
G
 
G
D
 
A
K
 
K
V
 
V
G
 
I
I
 
Q
I
 
L
E
 
E
G
 
G
V
 
L
P
 
A
T
 
G
T
 
T
T
 
S
N
x
A
A
 
A
Q
 
R
Q
 
E
R
|
R
T
 
G
A
 
E
G
 
G
Y
 
F
K
 
K
D
 
Q
A
 
A
M
 
I
D
 
E
A
 
A
A
 
H
G
 
K
M
 
F
K
 
D
I
 
V
V
 
L
S
 
A
T
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
N
 
D
W
x
F
E
 
D
I
 
R
D
 
T
Q
 
K
G
 
G
Q
 
L
K
 
N
V
 
V
A
 
T
S
 
E
A
 
N
M
 
L
L
 
L
S
 
A
E
 
S
Y
 
K
P
 
G
D
 
S
L
 
V
K
 
Q
A
 
A
L
 
I
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
S
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
-
G
 
-
K
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
T
E
 
E
A
 
D
I
 
G
K
 
V
P
 
K
M
 
A
L
 
V
Q
 
K
D
 
S
G
 
G
R
 
K
V
 
L
L
 
A
A
 
A
T
 
T
A
 
V
D
 
A
Q
|
Q
A
 
Q
A
 
P
A
 
E
Q
 
L
Q
 
I
A
 
G
V
 
S
F
 
L
G
 
G
I
 
V
Q
 
E
N
 
T
A
 
A
L
 
D
K
 
K
L
 
I
V
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
K
 
K
V
 
V
D
 
D
S
 
A
K
 
K

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
33% identity, 79% coverage: 39:290/318 of query aligns to 6:258/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
L
 
V
V
 
V
M
 
L
K
|
K
S
 
T
L
 
L
A
 
S
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
x
W
V
 
V
T
 
D
M
 
M
Q
 
K
D
 
K
G
 
G
A
 
I
K
 
E
T
 
D
Y
 
E
Q
 
A
K
 
K
E
 
T
H
 
L
A
 
G
A
 
V
D
 
S
F
 
V
D
 
D
M
 
I
I
 
F
T
 
A
N
 
S
G
 
-
I
 
-
K
 
P
N
 
S
E
|
E
T
 
G
D
 
D
T
 
F
S
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
I
 
L
D
 
Q
I
 
L
V
 
F
N
 
E
Q
 
D
M
 
L
I
 
S
L
 
N
A
 
K
K
 
N
V
 
Y
N
 
K
A
 
G
I
 
I
V
 
A
I
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
T
 
M
V
 
P
L
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
S
 
W
D
 
K
A
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
Y
V
 
L
V
 
V
N
 
N
I
 
L
D
|
D
N
x
E
R
 
K
L
 
I
D
 
D
P
 
M
D
 
D
V
 
N
L
 
L
K
 
K
S
 
K
K
 
A
N
 
G
L
 
G
D
 
N
I
 
V
P
 
E
-
 
A
F
 
F
V
 
V
G
 
T
P
 
T
D
 
D
N
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
G
R
 
A
K
 
K
G
 
G
S
 
A
K
 
S
L
 
F
V
 
I
G
 
I
D
 
D
Y
 
K
L
 
L
A
 
G
K
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
A
S
 
E
G
 
G
D
 
G
K
 
E
V
 
V
G
 
A
I
 
I
I
 
I
E
 
E
G
 
G
V
 
K
P
 
A
T
 
G
T
 
N
T
 
A
N
x
S
A
 
G
Q
 
E
Q
 
A
R
|
R
T
 
R
A
 
N
G
 
G
Y
 
A
K
 
T
D
 
E
A
 
A
M
 
F
D
 
K
-
 
K
A
 
A
A
 
S
G
 
Q
M
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
S
 
A
T
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
N
 
D
W
|
W
E
 
D
I
 
R
D
 
I
Q
 
K
G
 
A
Q
 
L
K
 
D
V
 
V
A
 
A
S
 
T
A
 
N
M
 
V
L
 
L
S
 
Q
E
 
R
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
A
 
C
G
 
A
N
|
N
D
 
D
N
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
V
 
A
S
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
T
G
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
T
D
|
D
N
 
G
I
 
I
E
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
R
P
 
K
M
 
M
L
 
V
Q
 
E
D
 
A
G
 
G
R
 
Q
V
 
M
L
 
T
A
 
A
T
 
T
A
 
V
D
 
A
Q
|
Q
A
 
N
A
 
P
A
 
A
Q
 
D
Q
 
I
A
 
G
V
 
A
F
 
T
G
 
G
I
 
L
Q
 
K

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
33% identity, 79% coverage: 39:290/318 of query aligns to 6:258/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
L
 
V
V
 
V
M
 
L
K
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
S
N
 
N
E
 
P
F
 
F
F
 
W
V
 
V
T
 
D
M
 
M
Q
 
K
D
 
K
G
 
G
A
 
I
K
 
E
T
 
D
Y
 
E
Q
 
A
K
 
K
E
 
T
H
 
L
A
 
G
A
 
V
D
 
S
F
 
V
D
|
D
M
 
I
I
 
F
T
 
A
N
 
S
G
 
-
I
 
-
K
 
P
N
 
S
E
 
E
T
 
G
D
 
D
T
 
F
S
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
I
 
L
D
 
Q
I
 
L
V
 
F
N
 
E
Q
 
D
M
 
L
I
 
S
L
 
N
A
 
K
K
 
N
V
 
Y
N
 
K
A
 
G
I
 
I
V
 
A
I
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
L
D
 
S
S
 
S
K
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
T
 
M
V
 
P
L
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
S
 
W
D
 
K
A
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
Y
V
 
L
V
 
V
N
 
N
I
 
L
D
 
D
N
 
E
R
 
K
L
 
I
D
 
D
P
 
M
D
 
D
V
 
N
L
 
L
K
 
K
S
 
K
K
 
A
N
 
G
L
 
G
D
 
N
I
 
V
P
 
E
-
 
A
F
 
F
V
 
V
G
 
T
P
 
T
D
 
D
N
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
-
 
G
R
 
A
K
 
K
G
 
G
S
 
A
K
 
S
L
 
F
V
 
I
G
 
I
D
 
D
Y
 
K
L
 
L
A
 
G
K
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
A
S
 
E
G
 
G
D
 
G
K
 
E
V
 
V
G
 
A
I
 
I
I
 
I
E
 
E
G
 
G
V
 
K
P
 
A
T
 
G
T
 
N
T
 
A
N
 
S
A
 
G
Q
 
E
Q
 
A
R
 
R
T
 
R
A
 
N
G
 
G
Y
 
A
K
 
T
D
 
E
A
 
A
M
 
F
D
 
K
-
 
K
A
 
A
A
 
S
G
 
Q
M
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
S
 
A
T
 
S
Q
 
Q
S
 
P
G
 
A
N
 
D
W
 
W
E
 
D
I
 
R
D
 
I
Q
 
K
G
 
A
Q
 
L
K
 
D
V
 
V
A
 
A
S
 
T
A
 
N
M
 
V
L
 
L
S
 
Q
E
 
R
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
I
L
 
Y
A
 
C
G
 
A
N
 
N
D
 
D
N
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
V
 
A
S
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
T
G
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
T
D
 
D
N
 
G
I
 
I
E
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
R
P
 
K
M
 
M
L
 
V
Q
 
E
D
 
A
G
 
G
R
 
Q
V
 
M
L
 
T
A
 
A
T
 
T
A
 
V
D
 
A
Q
 
Q
A
 
N
A
 
P
A
 
A
Q
 
D
Q
 
I
A
 
G
V
 
A
F
 
T
G
 
G
I
 
L
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
28% identity, 90% coverage: 34:318/318 of query aligns to 1:281/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
K
 
K
P
 
G
K
 
K
V
 
M
G
 
A
L
 
I
V
 
V
M
 
I
K
 
S
S
 
T
L
 
L
A
 
N
N
|
N
E
 
P
F
x
W
F
|
F
V
 
V
T
 
V
M
 
L
Q
 
A
D
 
E
G
 
T
A
 
A
K
 
K
T
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
K
 
R
E
 
A
H
 
E
A
 
Q
A
 
L
D
 
G
F
 
Y
D
 
E
M
 
A
I
 
T
T
 
I
N
 
F
G
 
D
I
 
S
K
 
Q
N
 
N
E
 
D
T
 
T
-
 
A
D
 
K
T
 
E
S
 
S
A
 
A
Q
 
H
I
 
F
D
 
D
I
 
A
V
 
I
N
 
-
Q
 
-
M
 
-
I
 
I
L
 
A
A
 
A
K
 
G
V
 
Y
N
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
F
A
 
N
P
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
A
K
 
D
A
 
G
L
 
S
V
 
I
T
 
A
V
 
N
L
 
V
K
 
K
K
 
R
A
 
A
S
 
K
D
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
F
N
 
C
I
 
V
D
|
D
N
x
R
R
 
G
L
 
I
D
 
N
P
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
A
K
 
R
N
 
G
L
 
L
D
 
A
I
 
V
P
 
A
F
 
Q
V
 
I
G
 
Y
P
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
Y
K
 
Y
G
 
G
S
 
G
K
 
V
L
 
L
V
 
M
G
 
G
D
 
E
Y
 
Y
L
 
F
-
 
V
-
 
K
-
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
P
-
 
D
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
L
 
I
A
 
P
S
 
Y
G
 
A
D
 
E
K
 
L
V
 
L
G
 
G
I
 
I
I
 
L
E
 
S
G
 
A
V
 
Q
P
|
P
T
 
T
T
 
-
T
 
-
N
 
-
A
 
-
Q
 
W
Q
 
D
R
|
R
T
 
S
A
 
N
G
 
G
Y
 
F
K
 
H
D
 
S
A
 
V
M
 
V
D
 
D
-
 
Q
A
 
Y
A
 
P
G
 
E
M
 
F
K
 
K
I
 
M
V
 
V
S
 
A
T
 
Q
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
N
 
E
W
x
F
E
 
D
I
 
R
D
 
D
Q
 
T
G
 
A
Q
 
Y
K
 
K
V
 
V
A
 
T
S
 
E
A
 
Q
M
 
I
L
 
L
S
 
Q
E
 
A
Y
 
H
P
 
P
D
 
E
L
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
I
L
 
W
A
 
C
G
 
G
N
|
N
D
 
D
N
 
A
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
M
S
 
K
A
 
A
V
 
C
R
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
T
G
 
-
K
 
D
V
 
I
L
 
Y
V
 
I
V
 
F
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
A
E
 
E
A
 
D
I
 
V
K
 
I
P
 
N
M
 
A
L
 
I
Q
 
K
D
 
E
G
 
G
R
 
K
-
 
Q
V
 
I
L
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
I
D
 
M
Q
|
Q
A
 
F
A
 
P
A
 
K
Q
 
L
Q
 
M
A
 
A
V
 
R
F
 
L
G
 
A
I
 
V
Q
 
E
N
 
W
A
 
A
L
 
D
K
 
Q
L
 
Y
V
 
L
K
 
R
G
 
G
E
 
E
K
 
R
V
 
-
D
 
-
S
 
S
K
 
F
D
 
P
G
 
E
V
 
I
I
 
V
E
 
P
T
 
V
P
 
T
V
 
V
E
 
E
L
 
L
V
 
V
L
 
T
K
 
R
K
 
E

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
30% identity, 89% coverage: 36:317/318 of query aligns to 10:276/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
K
 
K
V
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
S
M
 
I
K
 
S
S
 
T
L
 
T
A
 
N
N
|
N
E
 
P
F
x
Y
F
|
F
V
 
V
T
 
A
M
 
M
Q
 
K
D
 
D
G
 
G
A
 
I
K
 
D
T
 
K
Y
 
Y
Q
 
-
K
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
A
A
 
S
D
 
N
F
 
K
D
 
K
M
 
I
I
 
S
T
 
I
N
 
K
G
 
V
I
 
A
K
 
D
N
 
A
E
 
Q
T
 
D
D
 
D
T
 
A
S
 
A
A
 
R
Q
 
Q
I
 
A
D
 
D
I
 
D
V
 
V
N
 
Q
Q
 
N
M
 
F
I
 
I
L
 
S
A
 
Q
K
 
N
V
 
V
N
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
A
 
V
D
 
D
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
V
 
A
L
 
I
K
 
K
K
 
S
A
 
A
S
 
N
D
 
N
A
 
A
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
N
 
L
I
 
M
D
|
D
N
x
R
R
 
G
L
 
S
D
 
E
P
 
G
D
 
G
V
 
K
L
 
V
K
 
-
S
 
-
K
 
-
N
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
L
P
 
T
F
 
T
V
 
V
G
 
A
P
 
S
D
 
D
N
 
N
R
 
V
K
 
A
G
 
A
S
 
G
K
 
K
L
 
M
V
 
A
G
 
A
D
 
D
Y
 
Y
L
 
A
A
 
V
K
 
K
Q
 
K
L
 
L
A
 
G
S
 
K
G
 
K
D
 
A
K
 
K
V
 
A
G
 
F
I
 
E
I
 
L
E
 
S
G
 
G
V
 
V
P
 
P
T
 
G
T
 
A
T
 
S
N
x
A
A
 
T
Q
 
V
Q
 
D
R
|
R
T
 
G
A
 
K
G
 
G
Y
 
F
K
 
H
D
 
-
A
 
S
M
 
V
D
 
A
A
 
K
A
 
S
G
 
K
M
 
L
K
 
D
I
 
M
V
 
L
S
 
S
T
 
S
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
N
 
N
W
x
F
E
 
D
I
 
R
D
 
A
Q
 
K
G
 
A
Q
 
L
K
 
N
V
 
T
A
 
T
S
 
Q
A
 
N
M
 
M
L
 
I
S
 
Q
E
 
G
Y
 
H
P
 
K
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
A
 
I
L
 
I
L
 
F
A
 
A
G
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
A
S
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
K
A
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
-
A
 
L
G
 
Q
K
 
N
V
 
V
L
 
L
V
 
I
V
 
V
G
 
G
Y
 
I
D
|
D
N
 
G
I
 
Q
E
 
P
A
 
D
I
 
A
K
 
H
P
 
D
M
 
A
L
 
I
Q
 
K
D
 
K
G
 
G
R
 
D
V
 
I
L
 
S
A
 
A
T
 
T
A
 
I
D
 
A
Q
|
Q
A
 
Q
A
 
P
A
 
A
Q
 
K
Q
 
M
A
 
G
V
 
E
F
 
I
G
 
A
I
 
I
Q
 
Q
N
 
A
A
 
A
L
 
I
K
 
D
L
 
Y
V
 
Y
K
 
K
G
 
G
E
 
K
K
 
K
V
 
V
D
 
E
S
 
-
K
 
K
D
 
E
G
 
T
V
 
I
I
 
-
E
 
-
T
 
S
P
 
P
V
 
I
E
 
Y
L
 
L
V
 
V
L
 
T
K
 
K

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
28% identity, 89% coverage: 36:318/318 of query aligns to 2:278/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
K
 
E
V
 
I
G
 
A
L
 
V
V
 
I
M
 
V
K
|
K
S
 
T
L
 
V
A
 
N
N
 
S
E
 
T
F
|
F
F
x
W
V
 
Q
T
 
N
M
 
V
Q
 
Q
D
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
D
T
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
G
Y
 
K
Q
 
Q
K
 
K
E
 
A
H
 
H
A
 
T
A
 
I
D
 
T
F
 
F
D
 
-
M
 
-
I
 
-
T
 
-
N
 
Q
G
 
G
I
 
P
K
 
A
N
 
A
E
|
E
T
 
S
D
 
A
T
 
I
S
 
A
A
 
D
Q
 
Q
I
 
V
D
 
N
I
 
M
V
 
V
N
 
E
Q
 
N
M
 
A
I
 
V
L
 
N
A
 
R
K
 
K
V
 
V
N
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
L
I
 
L
A
 
A
P
 
P
A
 
S
D
 
D
S
 
P
K
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
V
T
 
P
V
 
A
L
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
S
 
W
D
 
E
A
 
A
G
 
R
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
V
N
 
I
I
 
I
D
|
D
N
 
S
R
 
M
L
 
L
D
 
S
P
 
K
D
 
D
V
 
A
L
 
E
K
 
K
S
 
Y
K
 
Y
N
 
Q
L
 
-
D
 
-
I
 
-
P
 
A
F
 
F
V
 
L
G
 
A
P
 
T
D
 
D
N
 
N
R
 
K
K
 
A
G
 
A
S
 
G
K
 
E
L
 
L
V
 
A
G
 
A
D
 
K
Y
 
A
L
 
M
A
 
I
K
 
Q
Q
 
K
L
 
V
A
 
G
S
 
T
G
 
E
D
 
G
K
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
V
I
 
M
E
 
S
G
x
Y
V
 
V
P
 
A
T
 
G
T
 
A
T
 
G
N
x
S
A
 
E
Q
 
I
Q
 
G
R
|
R
T
 
V
A
 
G
G
 
G
Y
 
F
K
 
T
D
 
D
A
 
Y
M
 
I
D
x
K
A
 
A
-
 
N
A
x
S
G
 
K
M
 
L
K
 
Q
I
 
I
V
 
V
S
 
G
T
 
P
Q
 
Y
S
 
Y
G
 
S
N
 
Q
W
 
S
E
 
Q
I
 
M
D
 
A
Q
 
T
G
 
A
Q
 
L
K
x
N
V
 
Q
A
 
T
S
 
T
A
x
D
M
 
V
L
 
L
S
 
A
E
 
A
Y
 
N
P
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
A
 
G
L
 
I
L
 
F
A
 
G
G
 
A
N
|
N
D
x
E
N
 
P
M
 
T
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
M
V
 
G
S
 
R
A
 
A
V
 
I
R
 
K
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
V
V
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
N
E
 
Q
A
 
D
I
 
L
K
 
Q
P
 
E
M
 
F
L
 
V
Q
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
T
V
 
L
L
 
E
A
 
A
T
 
T
A
 
V
D
 
V
Q
|
Q
A
 
G
A
 
S
A
 
Y
Q
 
Q
Q
 
M
A
 
G
V
 
E
F
 
K
G
 
G
I
 
V
Q
 
D
N
 
T
A
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
L
V
 
L
K
 
S
G
 
K
E
 
E
K
 
K
V
 
V
D
 
E
S
 
K
K
 
-
D
 
-
G
 
-
V
 
F
I
 
I
E
 
D
T
 
T
P
 
G
V
 
V
E
 
V
L
 
V
V
 
V
L
 
T
K
 
K
K
 
Q

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
28% identity, 80% coverage: 44:297/318 of query aligns to 18:267/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
L
 
L
A
 
S
N
x
Q
E
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
V
T
 
A
M
 
M
Q
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
R
T
 
R
Y
 
E
Q
 
L
K
 
E
E
 
D
H
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
K
F
 
L
D
 
G
M
 
V
I
 
K
T
 
V
N
 
Q
G
 
V
I
 
L
K
 
D
N
 
A
E
 
Q
T
 
N
D
 
N
T
 
S
S
 
S
A
 
K
Q
 
Q
I
 
I
D
 
S
I
 
D
V
 
L
N
 
Q
Q
 
A
M
 
A
I
 
A
L
 
V
A
 
Q
K
 
G
V
 
A
N
 
K
A
 
V
I
 
V
V
 
I
I
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
T
D
 
D
S
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
A
T
 
G
V
 
A
L
 
A
K
 
D
K
 
D
A
 
L
S
 
V
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
V
K
 
A
V
 
V
V
 
I
N
 
S
I
 
V
D
|
D
N
x
R
R
 
N
L
 
-
D
 
-
P
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
I
K
 
A
S
 
G
K
 
G
N
 
K
L
 
T
D
 
A
I
 
V
P
 
P
F
 
H
V
 
V
G
 
G
P
 
A
D
 
D
N
 
N
R
 
V
K
 
A
G
 
G
S
 
G
K
 
R
L
 
A
V
 
M
G
 
A
D
 
D
Y
 
W
L
 
V
A
 
V
K
 
K
Q
 
T
L
 
Y
A
 
P
S
 
A
G
 
G
D
 
A
K
 
R
V
 
V
G
 
V
I
 
V
I
 
I
E
 
T
G
x
N
V
x
D
P
 
P
T
 
G
T
 
S
T
 
S
N
x
S
A
 
S
Q
 
I
Q
 
E
R
|
R
T
 
V
A
 
K
G
 
G
Y
 
V
K
 
H
D
 
D
A
 
G
M
 
L
D
 
A
A
 
A
A
 
G
G
 
G
-
 
P
-
 
A
M
 
F
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
T
T
 
E
Q
 
Q
S
 
T
G
 
A
N
 
N
W
x
S
E
 
K
I
 
R
D
 
D
Q
 
Q
G
 
A
-
 
L
-
 
T
-
 
V
-
 
T
Q
 
Q
K
 
N
V
 
I
A
 
L
S
 
T
A
 
S
M
 
M
L
 
R
S
 
D
E
 
T
Y
 
P
P
 
P
D
 
D
L
 
V
K
 
-
A
 
-
L
 
I
L
 
L
A
 
C
G
 
L
N
|
N
D
 
D
N
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
L
S
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
L
K
 
D
A
 
S
G
 
A
K
 
K
V
 
V
L
 
K
V
 
V
V
 
I
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
A
I
 
I
E
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
L
P
 
A
M
 
R
L
 
I
Q
 
K
D
 
A
G
 
G
R
 
E
V
 
M
L
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
V
D
 
E
Q
|
Q
A
 
N
A
 
P
A
 
G
Q
 
L
Q
 
Q
A
 
I
V
 
R
F
 
T
G
 
A
I
 
L
Q
 
R
N
 
Q
A
 
A
L
 
V
K
 
D
L
 
K
V
 
I
K
 
K

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
29% identity, 82% coverage: 37:297/318 of query aligns to 5:256/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
V
 
I
G
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
T
K
 
P
S
 
A
L
 
H
A
 
D
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
K
T
 
A
M
 
E
Q
 
A
D
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
E
T
 
A
Y
 
K
Q
 
A
K
 
K
E
 
E
H
 
L
A
 
G
A
 
Y
D
 
E
F
 
T
D
 
L
M
 
V
I
 
M
T
 
T
N
 
H
G
 
-
I
 
-
K
 
-
N
 
-
E
 
D
T
 
D
D
 
D
T
 
A
S
 
N
A
 
K
Q
 
Q
I
 
S
D
 
E
I
 
M
V
 
I
N
 
D
Q
 
T
M
 
A
I
 
I
L
 
G
A
 
R
K
 
G
V
 
A
N
 
K
A
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
L
A
 
D
P
 
N
A
 
A
D
 
G
S
 
A
K
 
D
A
 
A
L
 
S
V
 
V
T
 
A
V
 
A
L
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
S
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
S
V
 
F
N
 
L
I
 
I
D
|
D
N
x
R
R
 
E
L
 
I
D
 
N
P
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
A
K
 
T
N
 
G
L
 
V
D
 
A
I
 
V
P
 
A
F
 
Q
V
 
I
G
 
V
P
 
S
D
 
N
N
 
N
R
 
Y
K
 
Q
G
 
G
S
 
A
K
 
Q
L
 
L
V
 
G
G
 
A
D
 
Q
Y
 
E
L
 
F
A
 
V
K
 
K
Q
 
L
L
 
M
A
 
-
S
 
-
G
 
G
D
 
E
K
 
K
V
 
G
G
 
N
I
 
Y
I
 
V
E
 
E
-
 
L
-
 
V
G
 
G
V
 
K
P
 
E
T
 
S
T
x
D
T
 
T
N
|
N
A
 
A
Q
 
G
Q
 
I
R
|
R
T
 
S
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
K
 
H
D
|
D
A
 
V
M
 
I
D
|
D
-
x
D
A
 
Y
A
 
P
G
 
E
M
 
M
K
 
K
I
 
S
V
 
V
S
 
A
T
 
K
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
N
 
N
W
|
W
E
 
S
I
 
Q
D
 
T
Q
 
E
G
 
A
Q
 
Y
K
 
S
V
 
K
A
 
M
S
 
E
A
 
T
M
 
I
L
 
L
S
 
Q
E
 
A
Y
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
I
K
 
K
A
 
G
L
 
V
L
 
I
A
 
S
G
 
G
N
|
N
D
 
D
N
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
A
A
 
A
V
 
L
R
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
K
G
 
-
K
 
D
V
 
V
L
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
S
E
 
N
A
 
D
I
 
V
K
 
R
P
 
D
M
 
S
L
 
I
Q
 
K
D
 
S
G
 
G
R
 
G
V
 
I
L
 
K
A
 
A
T
 
T
A
 
V
D
 
L
Q
|
Q
A
 
P
A
 
A
A
 
Y
Q
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
Q
F
 
L
G
 
A
I
 
V
Q
 
E
N
 
Q
A
 
A
L
 
D
K
 
A
L
 
Y
V
 
I
K
 
K

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
29% identity, 82% coverage: 37:297/318 of query aligns to 5:256/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
V
 
I
G
 
A
L
 
I
V
 
I
M
 
T
K
 
P
S
 
A
L
 
H
A
 
D
N
|
N
E
 
P
F
|
F
F
|
F
V
 
K
T
 
A
M
 
E
Q
 
A
D
 
V
G
 
G
A
 
A
K
 
E
T
 
A
Y
 
K
Q
 
A
K
 
K
E
 
E
H
 
L
A
 
G
A
 
Y
D
 
E
F
 
T
D
 
L
M
 
V
I
 
M
T
 
T
N
 
H
G
 
-
I
 
-
K
 
-
N
 
-
E
 
D
T
 
D
D
 
D
T
 
A
S
 
N
A
 
K
Q
 
Q
I
 
S
D
 
E
I
 
M
V
 
I
N
 
D
Q
 
T
M
 
A
I
 
I
L
 
G
A
 
R
K
 
G
V
 
A
N
 
K
A
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
L
A
 
D
P
 
N
A
 
A
D
 
G
S
 
A
K
 
D
A
 
A
L
 
S
V
 
V
T
 
A
V
 
A
L
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
S
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
S
V
 
F
N
 
L
I
 
I
D
|
D
N
x
R
R
 
E
L
 
I
D
 
N
P
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
A
K
 
T
N
 
G
L
 
V
D
 
A
I
 
V
P
 
A
F
 
Q
V
 
I
G
 
V
P
 
S
D
 
N
N
 
N
R
 
Y
K
 
Q
G
 
G
S
 
A
K
 
Q
L
 
L
V
 
G
G
 
A
D
 
Q
Y
 
E
L
 
F
A
 
V
K
 
K
Q
 
L
L
 
M
A
 
-
S
 
-
G
 
G
D
 
E
K
 
K
V
 
G
G
 
N
I
 
Y
I
 
V
E
 
E
-
 
L
-
 
V
G
 
G
V
 
K
P
 
E
T
 
S
T
x
D
T
 
T
N
|
N
A
 
A
Q
 
G
Q
 
I
R
|
R
T
 
S
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
K
 
H
D
|
D
A
 
V
M
 
I
D
|
D
-
x
D
A
 
Y
A
 
P
G
 
E
M
 
M
K
 
K
I
 
S
V
 
V
S
 
A
T
 
K
Q
 
Q
S
 
S
G
 
A
N
 
N
W
|
W
E
 
S
I
 
Q
D
 
T
Q
 
E
G
 
A
Q
 
Y
K
 
S
V
 
K
A
 
M
S
 
E
A
 
T
M
 
I
L
 
L
S
 
Q
E
 
A
Y
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
I
K
 
K
A
 
G
L
 
V
L
 
I
A
 
S
G
 
G
N
|
N
D
 
D
N
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
A
A
 
A
V
 
L
R
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
K
G
 
-
K
 
D
V
 
V
L
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
G
I
 
S
E
 
N
A
 
D
I
 
V
K
 
R
P
 
D
M
 
S
L
 
I
Q
 
K
D
 
S
G
 
G
R
 
G
V
 
I
L
 
K
A
 
A
T
 
T
A
 
V
D
 
L
Q
|
Q
A
 
P
A
 
A
A
 
Y
Q
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
Q
F
 
L
G
 
A
I
 
V
Q
 
E
N
 
Q
A
 
A
L
 
D
K
 
A
L
 
Y
V
 
I
K
 
K

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
29% identity, 88% coverage: 37:315/318 of query aligns to 4:284/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
V
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
I
M
 
G
K
|
K
S
 
S
L
 
V
A
 
-
N
 
H
E
 
P
F
x
Y
F
x
W
V
 
S
T
 
Q
M
 
V
Q
 
E
D
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
K
T
 
A
Y
 
A
Q
 
G
K
 
K
E
 
A
H
 
L
A
 
G
A
 
V
D
 
D
F
 
T
D
 
K
M
 
F
I
 
F
T
 
-
N
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
P
N
 
Q
E
 
K
T
 
C
D
 
D
T
 
I
S
 
N
A
 
A
Q
 
Q
I
 
L
D
 
Q
I
 
M
V
 
L
N
 
E
Q
 
S
M
 
F
I
 
I
L
 
A
A
 
E
K
 
G
V
 
V
N
 
N
A
 
G
I
 
I
V
 
A
I
 
I
A
 
A
P
 
P
A
 
S
D
 
D
S
 
P
K
 
T
A
 
A
L
 
V
V
 
I
T
 
P
V
 
T
L
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
S
 
L
D
 
E
A
 
M
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
V
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
 
T
R
 
D
L
 
-
D
 
S
P
 
P
D
 
D
V
 
S
L
 
G
K
 
R
S
 
Y
K
 
V
N
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
P
 
-
F
 
Y
V
 
I
G
 
G
P
 
T
D
 
D
N
 
N
R
 
Y
K
 
Q
G
 
A
S
 
G
K
 
Y
L
 
T
V
 
A
G
 
G
D
 
L
Y
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
E
Q
 
L
L
 
L
A
 
G
S
 
G
G
 
K
D
 
G
K
 
K
V
 
V
G
 
V
I
 
I
I
 
G
E
 
T
G
 
G
V
 
S
P
 
L
T
 
T
T
 
A
T
 
M
N
|
N
A
 
S
Q
 
L
Q
 
Q
R
|
R
T
 
I
A
 
Q
G
 
G
Y
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
A
M
 
I
D
 
K
A
 
D
A
 
S
G
 
E
M
 
I
K
 
E
I
 
I
V
 
V
S
 
D
T
 
I
Q
 
L
S
 
N
G
 
D
N
 
C
W
x
E
E
 
D
I
 
G
D
 
A
Q
 
R
G
 
A
Q
 
V
K
 
S
V
 
L
A
 
A
S
 
E
A
 
A
M
 
A
L
 
L
S
 
N
E
 
A
Y
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
L
 
F
L
 
F
A
 
G
G
 
V
N
x
Y
D
x
A
N
 
Y
M
 
N
A
 
G
L
 
P
G
 
A
A
 
Q
V
 
A
S
 
L
A
 
V
V
 
V
R
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
C
Y
 
F
D
|
D
N
 
T
I
 
T
E
 
P
A
 
D
I
 
I
K
 
L
P
 
Q
M
 
Y
L
 
V
Q
 
K
D
 
E
G
 
G
R
 
V
V
 
I
L
 
Q
A
 
A
T
 
T
A
 
M
D
 
G
Q
|
Q
A
 
R
A
 
P
A
 
Y
Q
 
M
Q
 
M
A
 
G
V
 
Y
F
 
L
-
 
S
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
N
 
N
A
 
T
L
 
L
K
 
M
L
 
M
V
 
L
K
 
P
G
 
K
E
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
D
S
 
G
K
 
K
-
 
V
D
 
D
G
 
Y
V
 
V
I
 
I
E
 
D
T
 
T
P
 
G
V
 
V
E
 
D
L
 
V
V
 
V

4rxmA Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
26% identity, 87% coverage: 41:317/318 of query aligns to 11:278/291 of 4rxmA

query
sites
4rxmA
M
 
L
K
 
P
S
 
N
L
 
L
A
 
S
N
 
S
E
 
P
F
|
F
F
x
E
V
 
V
T
 
Q
M
 
L
Q
 
Q
D
 
K
G
 
V
A
 
A
K
 
V
T
 
-
Y
 
-
Q
 
-
K
 
-
E
 
E
H
 
T
A
x
S
A
x
K
D
 
K
F
 
L
D
x
E
M
x
I
I
 
K
T
 
L
N
 
Q
G
 
V
I
 
L
K
 
D
N
 
G
E
 
Q
T
 
S
D
 
S
T
 
S
S
 
T
A
 
K
Q
 
Q
I
 
A
D
 
S
I
 
D
V
 
L
N
 
E
Q
x
N
M
 
A
I
 
I
L
 
T
A
x
R
K
 
G
V
 
A
N
 
K
A
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
I
A
 
S
P
 
P
A
 
N
D
 
D
S
 
V
K
 
N
A
 
A
L
 
I
V
 
S
T
 
G
V
 
A
L
 
V
K
 
E
K
 
E
A
 
I
S
 
I
D
 
K
A
 
E
G
 
K
I
 
I
K
 
P
V
 
A
V
 
A
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
x
R
R
 
K
L
 
V
D
 
E
P
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
K
 
S
N
 
S
L
 
K
D
 
P
I
 
V
P
 
P
F
 
H
V
 
F
G
 
G
P
 
A
D
 
N
N
 
N
R
 
Y
K
 
T
G
 
G
S
 
G
K
 
Q
L
 
E
V
 
V
G
 
A
D
 
K
Y
 
A
L
 
V
A
 
K
K
 
A
Q
 
K
L
 
Y
A
 
P
S
 
N
G
 
G
D
 
A
K
 
K
V
 
I
G
 
I
I
 
L
I
 
L
E
 
T
G
 
G
V
 
Q
P
 
P
T
 
G
T
 
S
T
 
T
N
x
S
A
 
N
Q
 
I
Q
 
E
R
|
R
T
 
T
A
 
K
G
 
G
Y
 
I
K
 
R
D
 
D
A
 
E
M
 
L
D
 
A
A
 
A
A
 
G
G
 
G
-
 
D
-
 
K
M
 
Y
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
V
T
 
D
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
N
 
N
W
|
W
E
 
L
I
 
R
D
 
S
Q
 
E
G
 
G
Q
 
L
K
 
R
V
 
I
A
 
I
S
 
E
A
 
S
M
 
V
-
 
L
-
 
P
-
 
T
L
 
L
S
 
K
E
 
E
Y
 
K
P
 
P
D
 
E
L
 
V
K
 
-
A
 
-
L
 
I
L
 
I
A
 
S
G
 
A
N
|
N
D
 
D
N
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
E
A
 
A
V
 
L
R
 
R
A
 
S
A
 
Q
G
 
G
-
 
L
K
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
D
V
 
I
L
 
L
V
 
V
V
 
T
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
N
 
S
I
 
T
E
 
P
A
 
E
I
 
A
K
 
L
P
 
A
M
 
R
L
 
V
Q
 
K
D
 
D
G
 
G
R
 
W
V
 
L
L
 
Y
A
 
L
T
 
T
A
 
A
D
 
D
Q
|
Q
A
 
R
A
 
P
A
 
S
Q
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
F
 
F
G
 
A
I
 
V
Q
 
S
N
 
T
A
 
A
L
 
L
K
 
E
L
 
Q
V
 
V
K
 
V
G
 
G
E
 
N
K
 
I
V
 
R
D
 
E
S
 
S
K
 
K
D
 
E
-
 
V
G
 
S
V
 
G
I
 
A
E
 
D
T
 
Y
P
 
P
V
 
P
E
 
K
L
 
I
V
 
I
L
 
L
K
 
K

Sites not aligning to the query:

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
29% identity, 88% coverage: 37:315/318 of query aligns to 4:284/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
V
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
I
M
 
G
K
|
K
S
|
S
L
 
V
A
 
-
N
x
H
E
 
P
F
x
Y
F
x
W
V
 
S
T
 
Q
M
 
V
Q
 
E
D
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
K
T
 
A
Y
 
A
Q
 
G
K
 
K
E
 
A
H
 
L
A
 
G
A
 
V
D
 
D
F
 
T
D
 
K
M
 
F
I
 
F
T
 
-
N
 
-
G
 
-
I
 
V
K
 
P
N
 
Q
E
 
K
T
 
E
D
 
D
T
 
I
S
 
N
A
 
A
Q
 
Q
I
 
L
D
 
Q
I
 
M
V
 
L
N
 
E
Q
 
S
M
 
F
I
 
I
L
 
A
A
 
E
K
 
G
V
 
V
N
 
N
A
 
G
I
 
I
V
 
A
I
 
I
A
 
A
P
 
P
A
 
S
D
 
D
S
 
P
K
 
T
A
 
A
L
 
V
V
 
I
T
 
P
V
 
T
L
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
S
 
L
D
 
E
A
 
M
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
V
N
 
T
I
 
L
D
|
D
N
 
T
R
 
D
L
 
-
D
 
S
P
 
P
D
 
D
V
 
S
L
 
G
K
 
R
S
 
Y
K
 
V
N
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
P
 
-
F
 
Y
V
 
I
G
 
G
P
 
T
D
 
D
N
 
N
R
 
Y
K
 
Q
G
 
A
S
 
G
K
 
Y
L
 
T
V
 
A
G
 
G
D
 
L
Y
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
E
Q
 
L
L
 
L
A
 
G
S
 
G
G
 
K
D
 
G
K
 
K
V
 
V
G
 
V
I
 
I
I
 
G
E
 
T
G
 
G
V
 
S
P
 
L
T
 
T
T
 
A
T
 
M
N
|
N
A
 
S
Q
 
L
Q
 
Q
R
|
R
T
 
I
A
 
Q
G
 
G
Y
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
A
M
 
I
D
 
K
A
 
D
A
 
S
G
 
E
M
 
I
K
 
E
I
 
I
V
 
V
S
 
D
T
 
I
Q
 
L
S
 
N
G
 
D
N
 
E
W
x
E
E
 
D
I
 
G
D
 
A
Q
 
R
G
 
A
Q
 
V
K
 
S
V
 
L
A
 
A
S
 
E
A
 
A
M
 
A
L
 
L
S
 
N
E
 
A
Y
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
L
 
F
L
 
F
A
 
G
G
 
V
N
x
Y
D
x
A
N
x
Y
M
 
N
A
 
G
L
 
P
G
 
A
A
 
Q
V
 
A
S
 
L
A
 
V
V
 
V
R
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
L
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
C
Y
 
F
D
|
D
N
 
T
I
 
T
E
 
P
A
 
D
I
 
I
K
 
L
P
 
Q
M
 
Y
L
 
V
Q
 
K
D
 
E
G
 
G
R
 
V
V
 
I
L
 
Q
A
 
A
T
 
T
A
 
M
D
 
G
Q
|
Q
A
 
R
A
 
P
A
 
Y
Q
 
M
Q
 
M
A
 
G
V
 
Y
F
 
L
-
 
S
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
N
 
N
A
 
T
L
 
L
K
 
M
L
 
M
V
 
L
K
 
P
G
 
K
E
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
D
S
 
G
K
 
K
-
 
V
D
 
D
G
 
Y
V
 
V
I
 
I
E
 
D
T
 
T
P
 
G
V
 
V
E
 
D
L
 
V
V
 
V

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
29% identity, 90% coverage: 31:315/318 of query aligns to 3:275/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
D
 
D
A
 
S
A
 
G
K
 
Q
P
 
K
K
 
V
V
 
I
G
 
G
L
 
V
V
 
S
M
 
I
K
 
S
S
 
N
L
 
L
A
 
-
N
x
D
E
 
E
F
|
F
F
x
L
V
 
T
T
 
Y
M
 
M
Q
 
Q
D
 
D
G
 
A
A
 
-
K
 
-
T
 
-
Y
 
-
Q
 
M
K
 
K
E
 
E
H
 
E
A
 
A
A
 
A
-
 
N
-
 
Y
-
 
P
D
 
D
F
 
F
D
 
E
M
 
F
I
 
I
T
 
F
N
 
S
G
 
D
I
 
A
K
 
Q
N
 
N
E
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
S
S
 
T
A
 
Q
Q
 
Q
I
 
M
D
 
A
I
 
Q
V
 
V
N
 
E
Q
 
N
M
 
F
I
 
I
L
 
S
A
 
R
K
 
N
V
 
V
N
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
V
A
 
N
P
 
P
A
 
V
D
 
D
S
 
T
K
 
T
A
 
S
L
 
A
V
 
V
T
 
D
V
 
I
L
 
V
K
 
N
K
 
M
A
 
V
S
 
N
D
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
V
 
I
N
 
-
I
 
I
D
 
A
N
|
N
R
|
R
L
 
T
D
 
F
P
 
D
D
 
G
V
 
V
L
 
D
K
 
Q
S
 
A
K
 
T
N
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
P
 
A
F
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
S
D
 
E
N
 
S
R
 
I
K
 
Q
G
 
S
S
 
G
K
 
L
L
 
L
V
 
Q
G
 
M
D
 
E
Y
 
E
L
 
V
A
 
A
K
 
K
Q
 
L
L
 
L
A
 
N
S
 
N
G
 
E
D
 
G
K
 
N
V
 
I
G
 
A
I
 
I
I
 
M
E
 
D
G
 
G
V
 
E
P
 
L
T
 
G
T
 
H
T
 
E
N
 
A
A
 
Q
Q
 
I
Q
 
M
R
|
R
T
 
T
A
 
E
G
 
G
Y
 
N
K
 
K
D
 
Q
A
 
I
M
 
I
D
 
E
A
 
E
A
 
H
-
 
D
G
 
G
M
 
L
K
 
E
I
 
V
V
 
V
S
 
L
T
 
Q
Q
 
G
S
 
T
G
 
A
N
 
K
W
 
F
E
 
D
I
 
R
D
 
S
Q
 
E
G
 
G
Q
 
M
K
 
R
V
 
L
A
 
M
S
 
E
A
 
N
M
 
W
L
 
L
S
 
N
E
 
S
Y
 
G
P
 
T
D
 
E
L
 
I
K
 
D
A
 
A
L
 
V
L
 
V
A
 
A
G
 
N
N
|
N
D
 
D
N
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
I
S
 
L
A
 
A
V
 
L
R
 
E
A
 
A
A
 
V
G
 
G
K
 
K
A
x
L
G
 
D
K
 
D
V
|
V
L
 
I
V
 
V
V
 
A
G
 
G
Y
 
I
D
|
D
N
 
A
I
 
T
E
 
P
A
 
A
I
 
A
K
 
L
P
 
E
M
 
A
L
 
M
Q
 
K
D
 
E
G
 
G
R
 
K
V
 
L
L
 
D
A
 
V
T
 
T
A
 
V
D
 
F
Q
|
Q
A
 
D
A
 
A
A
 
K
Q
 
G
Q
 
Q
A
 
G
V
 
A
F
 
T
G
 
S
I
 
V
Q
 
K
N
 
V
A
 
A
L
 
V
K
 
Q
L
 
A
V
 
A
K
 
N
G
 
G
E
 
E
K
 
-
V
 
-
D
 
D
S
 
V
K
 
E
D
 
D
G
 
A
V
 
M
I
 
I
E
 
-
T
 
-
P
 
P
V
 
Y
E
 
E
L
 
L
V
 
V

5dkvA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from agrobacterium vitis(avis_5339, target efi-511225) bound with alpha-d- tagatopyranose
24% identity, 86% coverage: 34:306/318 of query aligns to 6:280/303 of 5dkvA

query
sites
5dkvA
K
 
K
P
 
F
K
 
R
V
 
I
G
 
A
L
 
L
V
 
I
M
 
P
K
 
G
S
 
L