SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3700 FitnessBrowser__WCS417:GFF3700 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
52% identity, 48% coverage: 261:502/505 of query aligns to 8:241/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
R
 
Q
L
 
L
H
 
K
K
 
K
A
 
S
Y
x
F
N
 
G
D
 
S
I
 
L
E
 
E
V
|
V
L
 
L
G
 
K
S
 
G
V
 
I
N
 
N
L
 
V
Q
 
H
I
 
I
Q
 
R
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
S
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
|
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
R
 
R
L
 
C
L
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
D
L
 
F
D
 
D
N
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
R
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
K
Q
 
A
P
 
K
F
 
D
I
 
T
H
 
N
L
 
L
N
 
N
K
 
K
V
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
E
N
 
E
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
L
 
T
M
 
L
A
 
A
P
 
P
K
 
M
Y
 
K
H
 
V
R
 
R
L
 
K
G
 
W
A
 
P
T
 
R
A
 
E
E
 
K
L
 
A
K
 
E
Q
 
A
Q
 
K
A
 
A
Y
 
M
A
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
K
D
 
D
H
 
K
A
 
A
W
x
H
K
 
A
Y
|
Y
P
 
P
H
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
Q
 
K
I
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
K
 
M
V
 
V
N
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
Q
 
S
V
 
V
I
 
M
E
 
K
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
N
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
R
K
 
E
V
 
V
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
L
F
 
F
M
 
M
E
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
Y
V
 
I
V
 
I
C
 
E
D
 
E
D
 
G
T
 
K
P
 
P
G
 
E
A
 
D
L
 
L
-
 
F
-
 
D
R
 
R
S
 
P
G
 
Q
H
 
H
N
 
E
P
 
-
R
 
R
V
 
T
E
 
K
A
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
S
D
 
K
V
 
V

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
52% identity, 48% coverage: 261:502/505 of query aligns to 8:241/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
R
 
Q
L
 
L
H
 
K
K
 
K
A
 
S
Y
x
F
N
 
G
D
 
S
I
 
L
E
 
E
V
|
V
L
 
L
G
 
K
S
 
G
V
 
I
N
 
N
L
 
V
Q
 
H
I
 
I
Q
 
R
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
S
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
|
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
R
|
R
L
 
C
L
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
D
L
 
F
D
 
D
N
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
R
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
K
Q
 
A
P
 
K
F
 
D
I
 
T
H
 
N
L
 
L
N
 
N
K
 
K
V
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
E
N
 
E
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
L
 
T
M
 
L
A
 
A
P
 
P
K
 
M
Y
 
K
H
 
V
R
 
R
L
 
K
G
 
W
A
 
P
T
 
R
A
 
E
E
 
K
L
 
A
K
 
E
Q
 
A
Q
 
K
A
 
A
Y
 
M
A
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
K
D
 
D
H
 
K
A
 
A
W
x
H
K
 
A
Y
|
Y
P
 
P
H
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
Q
 
K
I
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
K
 
M
V
 
V
N
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
Q
 
S
V
 
V
I
 
M
E
 
K
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
N
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
R
K
 
E
V
 
V
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
L
F
 
F
M
 
M
E
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
Y
V
 
I
V
 
I
C
 
E
D
 
E
D
 
G
T
 
K
P
 
P
G
 
E
A
 
D
L
 
L
-
 
F
-
 
D
R
 
R
S
 
P
G
 
Q
H
 
H
N
 
E
P
 
-
R
 
R
V
 
T
E
 
K
A
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
S
D
 
K
V
 
V

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
52% identity, 48% coverage: 261:502/505 of query aligns to 8:241/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
R
 
Q
L
 
L
H
 
K
K
 
K
A
 
S
Y
x
F
N
 
G
D
 
S
I
x
L
E
 
E
V
|
V
L
 
L
G
 
K
S
 
G
V
 
I
N
 
N
L
 
V
Q
 
H
I
 
I
Q
 
R
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
S
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
R
 
R
L
 
C
L
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
D
L
 
F
D
 
D
N
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
R
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
K
Q
 
A
P
 
K
F
 
D
I
 
T
H
 
N
L
 
L
N
 
N
K
 
K
V
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
E
N
 
E
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
L
 
T
M
 
L
A
 
A
P
 
P
K
 
M
Y
 
K
H
 
V
R
 
R
L
 
K
G
 
W
A
 
P
T
 
R
A
 
E
E
 
K
L
 
A
K
 
E
Q
 
A
Q
 
K
A
 
A
Y
 
M
A
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
K
D
 
D
H
 
K
A
 
A
W
 
H
K
 
A
Y
 
Y
P
 
P
H
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
Q
 
K
I
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
K
 
M
V
 
V
N
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
Q
 
S
V
 
V
I
 
M
E
 
K
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
N
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
R
K
 
E
V
 
V
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
L
F
 
F
M
 
M
E
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
Y
V
 
I
V
 
I
C
 
E
D
 
E
D
 
G
T
 
K
P
 
P
G
 
E
A
 
D
L
 
L
-
 
F
-
 
D
R
 
R
S
 
P
G
 
Q
H
 
H
N
 
E
P
 
-
R
 
R
V
 
T
E
 
K
A
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
S
D
 
K
V
 
V

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
52% identity, 48% coverage: 261:502/505 of query aligns to 8:241/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
R
 
Q
L
 
L
H
 
K
K
 
K
A
 
S
Y
x
F
N
 
G
D
 
S
I
 
L
E
 
E
V
|
V
L
 
L
G
 
K
S
 
G
V
 
I
N
 
N
L
 
V
Q
 
H
I
 
I
Q
 
R
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
S
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
R
 
R
L
 
C
L
 
L
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
D
L
 
F
D
 
D
N
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
R
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
K
Q
 
A
P
 
K
F
 
D
I
 
T
H
 
N
L
 
L
N
 
N
K
 
K
V
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
E
N
 
E
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
L
 
T
M
 
L
A
 
A
P
 
P
K
 
M
Y
 
K
H
 
V
R
 
R
L
 
K
G
 
W
A
 
P
T
 
R
A
 
E
E
 
K
L
 
A
K
 
E
Q
 
A
Q
 
K
A
 
A
Y
 
M
A
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
K
D
 
D
H
 
K
A
 
A
W
x
H
K
 
A
Y
|
Y
P
 
P
H
 
D
Q
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
Q
 
K
I
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
K
 
M
V
 
V
N
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
Q
 
S
V
 
V
I
 
M
E
 
K
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
N
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
R
K
 
E
V
 
V
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
L
F
 
F
M
 
M
E
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
Y
V
 
I
V
 
I
C
 
E
D
 
E
D
 
G
T
 
K
P
 
P
G
 
E
A
 
D
L
 
L
-
 
F
-
 
D
R
 
R
S
 
P
G
 
Q
H
 
H
N
 
E
P
 
-
R
 
R
V
 
T
E
 
K
A
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
S
D
 
K
V
 
V

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
49% identity, 49% coverage: 255:502/505 of query aligns to 1:239/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
P
 
P
A
 
I
L
 
I
Q
 
R
A
 
I
A
 
R
R
 
N
L
 
L
H
 
H
K
 
K
A
 
W
Y
x
F
N
 
G
D
 
P
I
x
L
E
 
H
V
|
V
L
 
L
G
 
K
S
 
G
V
 
I
N
 
H
L
 
L
Q
 
E
I
 
V
Q
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
K
V
 
L
S
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
R
 
R
L
 
T
L
 
I
N
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
E
Q
 
D
L
 
F
D
 
Q
N
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
R
 
V
I
 
V
N
 
D
G
 
G
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
L
H
 
S
L
 
V
N
 
K
K
 
D
V
 
D
G
 
R
A
 
A
Q
 
L
K
 
R
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
E
H
 
I
R
 
R
L
 
R
N
 
E
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
Q
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
T
M
 
L
A
 
A
P
 
P
K
 
M
Y
 
R
H
 
V
R
 
R
L
 
R
G
 
W
A
 
P
T
 
R
A
 
E
E
 
K
L
 
A
K
 
E
Q
 
K
Q
 
K
A
 
A
Y
 
L
A
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
E
K
 
R
V
 
V
G
 
G
M
 
I
L
 
L
D
 
D
H
 
Q
A
 
A
W
 
R
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
Q
 
K
I
 
I
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
K
 
M
V
 
V
N
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
Q
 
D
V
 
V
I
 
M
E
 
R
A
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
Q
E
 
G
G
 
G
I
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
N
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
R
K
 
E
V
 
V
S
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
V
 
V
C
 
E
D
 
E
D
 
G
T
 
R
P
 
P
G
 
E
A
 
E
L
 
I
-
 
F
R
 
T
S
 
R
G
 
P
H
 
K
N
 
E
P
 
E
R
 
R
V
 
T
E
 
R
A
 
S
F
 
F
L
 
L
K
 
Q
D
 
R
V
 
V

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
48% identity, 48% coverage: 262:502/505 of query aligns to 7:239/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
L
 
V
H
 
Y
K
 
K
A
 
N
Y
x
F
N
 
G
D
 
S
I
x
L
E
 
E
V
|
V
L
 
L
G
 
K
S
 
G
V
 
V
N
 
T
L
 
L
Q
 
K
I
 
V
Q
 
N
P
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
S
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
R
 
R
L
 
C
L
 
I
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
|
E
Q
 
E
L
 
P
D
 
T
N
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
R
 
F
I
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
V
P
 
K
F
 
I
-
 
N
-
 
N
-
 
G
-
 
K
I
 
V
H
 
N
L
 
I
N
 
N
K
 
K
V
 
V
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
Q
N
 
K
I
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
I
D
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
T
M
 
L
A
 
A
P
 
P
K
 
V
Y
 
K
H
 
V
R
 
K
L
 
K
G
 
M
A
 
N
T
 
K
A
 
K
E
 
E
L
 
A
K
 
E
Q
 
E
Q
 
L
A
 
A
Y
 
V
A
 
D
L
 
L
L
 
L
H
 
A
K
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
L
D
 
D
H
 
K
A
 
K
W
 
D
K
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
H
 
I
Q
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
M
R
 
Q
P
 
P
Q
 
E
I
 
V
M
 
M
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
K
 
M
V
 
V
N
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
L
Q
 
N
V
 
V
I
 
M
E
 
K
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
M
T
 
T
M
 
M
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
E
M
 
M
N
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
R
K
 
E
V
 
V
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V
V
 
I
F
 
F
M
 
M
E
 
D
K
 
D
G
 
G
S
 
V
V
 
I
V
 
V
C
 
E
D
 
E
D
 
G
T
 
T
P
 
P
G
 
E
A
 
E
L
 
I
-
 
F
R
 
Y
S
 
R
G
 
A
H
 
K
N
 
N
P
 
E
R
 
R
V
 
T
E
 
R
A
 
E
F
 
F
L
 
L
K
 
S
D
 
K
V
 
I

1b0uA Atp-binding subunit of the histidine permease from salmonella typhimurium (see paper)
47% identity, 48% coverage: 257:500/505 of query aligns to 3:250/258 of 1b0uA

query
sites
1b0uA
L
 
L
Q
 
H
A
 
V
A
 
I
R
 
D
L
 
L
H
 
H
K
 
K
A
 
R
Y
|
Y
N
 
G
D
 
G
I
x
H
E
 
E
V
|
V
L
 
L
G
 
K
S
 
G
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
Q
I
 
A
Q
 
R
P
 
A
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
I
S
 
S
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
S
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
R
 
R
L
 
C
L
 
I
N
 
N
G
 
F
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
L
 
P
D
 
S
N
 
E
G
 
G
E
 
A
I
 
I
R
 
I
I
 
V
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
P
 
N
F
 
-
I
 
I
H
 
N
L
 
L
N
 
V
K
 
R
V
 
D
G
 
K
A
 
D
Q
 
G
K
 
Q
P
 
L
Q
 
K
Y
 
V
I
 
A
E
 
D
H
 
K
A
 
N
E
 
Q
H
 
L
R
 
R
L
 
L
-
 
L
-
 
R
-
 
T
N
 
R
I
 
L
G
 
T
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
W
P
 
S
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
D
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
M
M
 
E
A
 
A
P
 
P
K
 
-
Y
 
I
H
 
Q
R
 
V
L
 
L
G
 
G
-
 
L
A
 
S
T
 
K
A
 
H
E
 
D
L
 
A
K
 
R
Q
 
E
Q
 
R
A
 
A
Y
 
L
A
 
K
L
 
Y
L
 
L
H
 
A
K
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
I
L
 
D
D
 
E
H
 
R
A
 
A
W
 
Q
-
 
G
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
H
 
V
Q
 
H
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
M
R
 
E
P
 
P
Q
 
D
I
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
V
N
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
Q
 
R
V
 
I
I
 
M
E
 
Q
A
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
K
T
 
T
M
 
M
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
N
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
R
K
 
H
V
 
V
S
 
S
D
 
S
R
 
H
I
 
V
V
 
I
F
 
F
M
 
L
E
 
H
K
 
Q
G
 
G
S
 
K
V
 
I
V
 
E
C
 
E
D
 
E
D
 
G
T
 
D
P
 
P
G
 
E
A
 
Q
L
 
V
R
 
F
S
 
G
G
 
N
-
 
P
H
 
Q
N
 
S
P
 
P
R
 
R
V
 
L
E
 
Q
A
 
Q
F
 
F
L
 
L
K
 
K

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
39% identity, 48% coverage: 242:484/505 of query aligns to 3:232/378 of P69874

query
sites
P69874
Q
 
Q
R
 
S
T
 
K
A
 
K
L
 
L
A
 
N
R
 
K
P
 
Q
A
 
P
T
 
S
H
 
S
G
 
L
E
 
S
P
 
P
A
 
L
L
 
V
Q
 
Q
A
 
L
A
 
A
R
 
G
L
 
I
H
 
R
K
 
K
A
x
C
Y
x
F
N
 
D
D
 
G
I
 
K
E
 
E
V
 
V
L
 
I
G
 
P
S
 
Q
V
 
L
N
 
D
L
 
L
Q
 
T
I
 
I
Q
 
N
P
 
N
G
 
G
E
 
E
V
x
F
V
 
L
S
 
T
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
S
G
 
G
S
x
C
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
V
I
x
L
R
 
R
L
 
L
L
 
I
N
 
A
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
L
 
V
D
 
D
N
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
R
 
M
I
x
L
N
 
D
G
 
N
Q
 
E
P
 
D
F
 
I
I
 
T
H
 
H
L
 
V
N
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
P
A
 
A
E
 
E
H
 
N
R
 
R
L
 
Y
N
 
-
I
 
V
G
 
N
M
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
S
F
 
Y
N
 
A
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
A
M
 
F
A
 
G
P
 
L
K
 
R
Y
 
M
H
 
Q
R
 
K
L
 
T
G
 
P
A
 
A
T
 
-
A
 
A
E
 
E
L
 
I
K
 
T
Q
 
P
Q
 
R
A
 
V
Y
 
M
A
 
E
L
 
A
L
 
L
H
 
R
K
 
M
V
|
V
G
 
Q
M
 
L
L
 
E
D
 
T
H
 
F
A
 
A
W
 
Q
K
 
R
Y
 
K
P
 
P
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
M
 
N
R
 
K
P
 
P
Q
 
R
I
 
L
M
 
L
L
 
L
F
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
T
 
L
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
Y
E
 
K
K
 
L
V
 
R
N
 
K
E
 
Q
V
 
M
L
 
Q
Q
 
N
V
 
E
I
 
L
E
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
E
 
R
E
 
K
-
 
L
G
 
G
I
 
I
T
 
T
M
 
F
V
 
V
I
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
Q
N
 
E
F
 
E
A
 
A
F
 
L
K
 
T
V
 
M
S
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
V
F
 
V
M
 
M
E
 
R
K
 
D
G
 
G
S
 
R
V
 
I
V
 
E
C
 
Q
D
 
D
D
 
G
T
 
T
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
37% identity, 44% coverage: 263:483/505 of query aligns to 12:224/343 of P30750

query
sites
P30750
H
 
H
K
 
Q
A
 
G
Y
 
T
N
 
R
D
 
T
I
 
I
E
 
Q
V
 
A
L
 
L
G
 
N
S
 
N
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
H
I
 
V
Q
 
P
P
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
S
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
R
 
R
L
 
C
L
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
R
L
 
P
D
 
T
N
 
E
G
 
G
E
 
S
I
 
V
R
 
L
I
 
V
N
 
D
G
 
G
Q
 
Q
P
 
E
F
 
L
I
 
T
H
 
T
L
 
L
N
 
S
K
 
E
V
 
S
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
E
H
 
L
A
 
T
E
 
K
H
 
A
R
 
R
L
 
R
N
 
Q
I
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
G
N
 
N
L
 
V
L
 
A
M
 
L
A
 
-
P
 
P
K
 
L
Y
 
E
H
 
L
R
 
D
L
 
N
G
 
T
A
 
P
T
 
K
A
 
D
E
 
E
L
 
V
K
 
K
Q
 
R
Q
 
R
A
 
V
Y
 
T
A
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
S
K
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
G
D
 
D
H
 
K
A
 
H
W
 
D
K
 
S
Y
 
Y
P
 
P
H
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
K
 
T
V
 
T
N
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
V
 
L
I
 
L
E
 
K
A
 
D
L
 
I
A
 
N
E
 
R
E
 
R
-
 
L
G
 
G
I
 
L
T
 
T
M
 
I
V
 
L
I
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
N
 
D
F
 
V
A
 
V
F
 
K
K
 
R
V
 
I
S
 
C
D
 
D
R
 
C
I
 
V
V
 
A
F
 
V
M
 
I
E
 
S
K
 
N
G
 
G
S
 
E
V
 
L
V
 
I
C
 
E
D
 
Q
D
 
D
T
 
T

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
36% identity, 44% coverage: 263:483/505 of query aligns to 13:225/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
H
 
H
K
x
Q
A
 
G
Y
 
T
N
 
R
D
 
T
I
|
I
E
 
Q
V
 
A
L
 
L
G
 
N
S
 
N
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
H
I
 
V
Q
 
P
P
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
S
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
R
 
R
L
 
C
L
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
R
L
 
P
D
 
T
N
 
E
G
 
G
E
 
S
I
 
V
R
 
L
I
 
V
N
 
D
G
 
G
Q
 
Q
P
 
E
F
 
L
I
 
T
H
 
T
L
 
L
N
 
S
K
 
E
V
 
S
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
E
H
 
L
A
 
T
E
 
K
H
 
A
R
 
R
L
 
R
N
 
Q
I
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
G
N
 
N
L
 
V
L
 
A
M
 
L
A
 
-
P
 
P
K
 
L
Y
 
E
H
 
L
R
 
D
L
 
N
G
 
T
A
 
P
T
 
K
A
 
D
E
 
E
L
 
V
K
 
K
Q
 
R
Q
 
R
A
 
V
Y
 
T
A
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
S
K
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
G
D
 
D
H
 
K
A
 
H
W
 
D
K
 
S
Y
 
Y
P
 
P
H
 
S
Q
x
N
L
|
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
K
 
T
V
 
T
N
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
V
 
L
I
 
L
E
 
K
A
 
D
L
 
I
A
 
N
E
 
R
E
 
R
-
 
L
G
 
G
I
 
L
T
 
T
M
 
I
V
 
L
I
 
L
V
 
I
T
 
T
H
|
H
E
 
E
M
 
M
N
 
D
F
 
V
A
 
V
F
 
K
K
 
R
V
 
I
S
 
C
D
 
D
R
 
C
I
 
V
V
 
A
F
 
V
M
 
I
E
 
S
K
 
N
G
 
G
S
 
E
V
 
L
V
 
I
C
 
E
D
 
Q
D
 
D
T
 
T

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
36% identity, 44% coverage: 263:483/505 of query aligns to 13:225/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
H
 
H
K
x
Q
A
 
G
Y
 
T
N
 
R
D
 
T
I
 
I
E
 
Q
V
x
A
L
 
L
G
 
N
S
 
N
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
H
I
 
V
Q
 
P
P
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
S
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
S
 
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
R
 
R
L
 
C
L
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
R
L
 
P
D
 
T
N
 
E
G
 
G
E
 
S
I
 
V
R
 
L
I
 
V
N
 
D
G
 
G
Q
 
Q
P
 
E
F
 
L
I
 
T
H
 
T
L
 
L
N
 
S
K
 
E
V
 
S
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
E
H
 
L
A
 
T
E
 
K
H
 
A
R
 
R
L
 
R
N
 
Q
I
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
G
N
 
N
L
 
V
L
 
A
M
 
L
A
 
-
P
 
P
K
 
L
Y
 
E
H
 
L
R
 
D
L
 
N
G
 
T
A
 
P
T
 
K
A
 
D
E
 
E
L
 
V
K
 
K
Q
 
R
Q
 
R
A
 
V
Y
 
T
A
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
S
K
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
G
D
 
D
H
 
K
A
 
H
W
 
D
K
 
S
Y
 
Y
P
 
P
H
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
K
 
T
V
 
T
N
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
V
 
L
I
 
L
E
 
K
A
 
D
L
 
I
A
 
N
E
 
R
E
 
R
-
 
L
G
 
G
I
 
L
T
 
T
M
 
I
V
 
L
I
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
N
 
D
F
 
V
A
 
V
F
 
K
K
 
R
V
 
I
S
 
C
D
 
D
R
 
C
I
 
V
V
 
A
F
 
V
M
 
I
E
 
S
K
 
N
G
 
G
S
 
E
V
 
L
V
 
I
C
 
E
D
 
Q
D
 
D
T
 
T

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
36% identity, 44% coverage: 263:483/505 of query aligns to 13:225/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
H
 
H
K
x
Q
A
 
G
Y
 
T
N
 
R
D
 
T
I
 
I
E
 
Q
V
 
A
L
 
L
G
 
N
S
 
N
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
H
I
 
V
Q
 
P
P
 
A
G
 
G
E
 
Q
V
 
I
V
 
Y
S
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
A
S
|
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
R
 
R
L
 
C
L
 
V
N
 
N
G
 
L
L
 
L
E
 
E
Q
 
R
L
 
P
D
 
T
N
 
E
G
 
G
E
 
S
I
 
V
R
 
L
I
 
V
N
 
D
G
 
G
Q
 
Q
P
 
E
F
 
L
I
 
T
H
 
T
L
 
L
N
 
S
K
 
E
V
 
S
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
-
Q
 
-
Y
 
-
I
 
-
E
 
E
H
 
L
A
 
T
E
 
K
H
 
A
R
 
R
L
 
R
N
 
Q
I
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
H
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
R
T
 
T
V
 
V
L
 
F
D
 
G
N
 
N
L
 
V
L
 
A
M
 
L
A
 
-
P
 
P
K
 
L
Y
 
E
H
 
L
R
 
D
L
 
N
G
 
T
A
 
P
T
 
K
A
 
D
E
 
E
L
 
V
K
 
K
Q
 
R
Q
 
R
A
 
V
Y
 
T
A
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
S
K
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
G
D
 
D
H
 
K
A
 
H
W
 
D
K
 
S
Y
 
Y
P
 
P
H
 
S
Q
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
S
R
 
N
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
M
 
L
L
 
L
F
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
K
 
T
V
 
T
N
 
R
E
 
S
V
 
I
L
 
L
Q
 
E
V
 
L
I
 
L
E
 
K
A
 
D
L
 
I
A
 
N
E
 
R
E
 
R
-
 
L
G
 
G
I
 
L
T
 
T
M
 
I
V
 
L
I
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
E
 
E
M
 
M
N
 
D
F
 
V
A
 
V
F
 
K
K
 
R
V
 
I
S
 
C
D
 
D
R
 
C
I
 
V
V
 
A
F
 
V
M
 
I
E
 
S
K
 
N
G
 
G
S
 
E
V
 
L
V
 
I
C
 
E
D
 
Q
D
 
D
T
 
T

Sites not aligning to the query:

1f3oA Crystal structure of mj0796 atp-binding cassette (see paper)
42% identity, 42% coverage: 269:478/505 of query aligns to 18:223/232 of 1f3oA

query
sites
1f3oA
I
 
I
E
 
Y
V
x
A
L
 
L
G
 
K
S
 
N
V
 
V
N
 
N
L
 
L
Q
 
N
I
 
I
Q
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
S
 
S
V
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
M
I
 
L
R
 
N
L
 
I
L
 
I
N
 
G
G
 
C
L
 
L
E
 
D
Q
 
K
L
 
P
D
 
T
N
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
R
 
Y
I
 
I
N
 
D
G
 
N
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
I
H
 
K
L
 
T
N
 
N
K
 
D
V
 
L
G
 
D
A
 
D
Q
 
D
K
 
E
P
 
L
Q
 
T
Y
 
K
I
 
I
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
R
R
 
R
L
 
D
N
 
K
I
 
I
G
 
G
M
 
F
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
Q
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
I
P
 
P
H
 
L
L
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
L
D
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
E
M
 
L
A
 
P
P
 
L
K
 
I
Y
 
F
H
 
K
R
 
Y
L
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
M
A
 
S
-
 
G
-
 
E
E
 
E
L
 
R
K
 
R
Q
 
K
Q
 
R
A
 
A
Y
 
L
A
 
E
L
 
C
L
 
L
H
 
-
K
 
K
V
 
M
G
 
A
M
 
E
L
 
L
D
 
E
H
 
E
-
 
R
-
 
F
A
 
A
W
 
N
K
 
H
Y
 
K
P
 
P
H
 
N
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
N
R
 
N
P
 
P
Q
 
P
I
 
I
M
 
I
L
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
K
K
 
T
V
 
G
N
 
E
E
 
K
V
 
I
L
 
M
Q
 
Q
V
 
L
I
 
L
E
 
K
A
 
K
L
 
L
A
 
N
E
 
E
E
 
E
-
 
D
G
 
G
I
 
K
T
 
T
M
 
V
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
I
N
 
N
F
 
V
A
 
A
F
 
-
K
 
R
V
 
F
S
 
G
D
 
E
R
 
R
I
 
I
V
 
I
F
 
Y
M
 
L
E
 
K
K
 
D
G
 
G
S
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1l2tA Dimeric structure of mj0796, a bacterial abc transporter cassette (see paper)
41% identity, 42% coverage: 269:478/505 of query aligns to 18:223/230 of 1l2tA

query
sites
1l2tA
I
|
I
E
 
Y
V
x
A
L
 
L
G
 
K
S
 
N
V
 
V
N
 
N
L
 
L
Q
 
N
I
 
I
Q
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
F
V
 
V
S
 
S
V
 
I
I
 
M
G
 
G
P
|
P
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
M
I
 
L
R
 
N
L
 
I
L
 
I
N
 
G
G
 
C
L
 
L
E
 
D
Q
 
K
L
 
P
D
 
T
N
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
R
 
Y
I
 
I
N
 
D
G
 
N
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
I
 
I
H
 
K
L
 
T
N
 
N
K
 
D
V
 
L
G
 
D
A
 
D
Q
 
D
K
 
E
P
 
L
Q
 
T
Y
 
K
I
 
I
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
R
R
 
R
L
 
D
N
 
K
I
 
I
G
 
G
M
 
F
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
Q
F
 
F
N
 
N
L
 
L
F
 
I
P
 
P
H
 
L
L
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
L
D
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
E
M
 
L
A
 
P
P
 
L
K
 
I
Y
 
F
H
 
K
R
 
Y
L
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
M
A
 
S
-
 
G
-
 
E
E
 
E
L
 
R
K
 
R
Q
 
K
Q
 
R
A
 
A
Y
 
L
A
 
E
L
 
C
L
 
L
H
 
-
K
 
K
V
 
M
G
 
A
M
 
E
L
 
L
D
 
E
H
 
E
-
 
R
-
x
F
A
 
A
W
 
N
K
x
H
Y
 
K
P
 
P
H
 
N
Q
|
Q
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
N
R
 
N
P
 
P
Q
 
P
I
 
I
M
 
I
L
 
L
F
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
S
 
G
A
|
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
K
K
 
T
V
 
G
N
 
E
E
 
K
V
 
I
L
 
M
Q
 
Q
V
 
L
I
 
L
E
 
K
A
 
K
L
 
L
A
 
N
E
 
E
E
 
E
-
 
D
G
 
G
I
 
K
T
 
T
M
 
V
V
 
V
I
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
D
M
 
I
N
 
N
F
 
V
A
 
A
F
 
-
K
 
R
V
 
F
S
 
G
D
 
E
R
 
R
I
 
I
V
 
I
F
 
Y
M
 
L
E
 
K
K
 
D
G
 
G
S
 
E
V
 
V

Sites not aligning to the query:

5lilA Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atpys (p21) (see paper)
36% identity, 47% coverage: 267:501/505 of query aligns to 18:242/615 of 5lilA

query
sites
5lilA
N
 
N
D
 
R
I
 
V
E
 
H
V
|
V
L
 
L
G
 
K
S
 
D
V
 
I
N
 
S
L
 
L
Q
 
S
I
 
I
Q
 
E
P
 
R
G
 
G
E
 
D
V
 
F
V
 
V
S
 
A
V
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
Q
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
M
R
 
N
L
 
I
L
 
I
N
 
G
G
 
C
L
 
L
E
 
D
Q
 
T
L
 
A
D
 
T
N
 
G
G
 
G
E
 
S
I
 
S
R
 
K
I
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
K
P
 
E
F
 
T
I
 
I
H
 
E
L
 
L
N
 
T
K
 
N
V
 
-
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
D
Q
 
Q
Y
 
L
I
 
S
E
 
D
H
 
L
A
 
R
E
 
S
H
 
Q
R
 
K
L
 
F
N
 
-
I
 
-
G
 
G
M
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
|
Q
S
 
R
F
 
Y
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
A
D
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
A
M
 
L
A
 
P
P
 
A
K
 
I
Y
 
Y
H
 
A
R
 
G
L
 
M
G
 
P
A
 
Q
T
 
S
A
 
Q
E
 
R
L
 
L
K
 
-
Q
 
E
Q
 
R
A
 
A
Y
 
K
A
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
E
K
 
K
V
 
L
G
 
G
M
 
L
L
 
G
D
 
D
H
x
K
A
 
W
W
 
Q
K
x
N
Y
 
K
P
 
P
H
 
N
Q
|
Q
L
|
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
M
 
N
R
 
G
P
 
G
Q
 
E
I
 
I
M
 
I
L
 
L
F
 
A
D
|
D
E
x
Q
P
 
P
T
 
T
S
 
G
A
|
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
H
K
 
S
V
 
G
N
 
E
E
 
N
V
 
V
L
 
M
Q
 
E
V
 
I
I
 
L
E
 
R
A
 
Q
L
 
L
A
 
H
E
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
H
T
 
T
M
 
I
V
 
I
I
 
M
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
D
M
 
K
N
 
H
F
 
I
A
 
A
F
 
A
K
 
S
V
 
-
S
 
A
D
 
N
R
 
R
I
 
I
V
 
I
F
 
E
M
 
I
E
 
K
K
 
D
G
 
G
S
 
E
V
 
I
V
 
I
C
 
S
D
 
D
D
 
T
T
 
Q
P
 
K
G
 
R
A
 
Q
L
 
V
R
 
K
S
 
S
G
 
A
-
 
V
H
 
K
N
 
N
P
 
P
R
 
S
V
 
V
E
 
-
A
 
-
F
 
F
L
 
S
K
 
K
D
 
D

Sites not aligning to the query:

5lj7A Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atp (p21) (see paper)
36% identity, 47% coverage: 267:501/505 of query aligns to 18:242/592 of 5lj7A

query
sites
5lj7A
N
 
N
D
 
R
I
 
V
E
 
H
V
|
V
L
 
L
G
 
K
S
 
D
V
 
I
N
 
S
L
 
L
Q
 
S
I
 
I
Q
 
E
P
 
R
G
 
G
E
 
D
V
 
F
V
 
V
S
 
A
V
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
Q
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
M
R
 
N
L
 
I
L
 
I
N
 
G
G
 
C
L
 
L
E
 
D
Q
 
T
L
 
A
D
 
T
N
 
G
G
 
G
E
 
S
I
 
S
R
 
K
I
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
K
P
 
E
F
 
T
I
 
I
H
 
E
L
 
L
N
 
T
K
 
N
V
 
-
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
K
 
-
P
 
D
Q
 
Q
Y
 
L
I
 
S
E
 
D
H
 
L
A
 
R
E
 
S
H
 
Q
R
 
K
L
 
F
N
 
-
I
 
-
G
 
G
M
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
|
Q
S
 
R
F
 
Y
N
 
N
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
A
D
 
E
N
 
N
L
 
V
L
 
A
M
 
L
A
 
P
P
 
A
K
 
I
Y
 
Y
H
 
A
R
 
G
L
 
M
G
 
P
A
 
Q
T
 
S
A
 
Q
E
 
R
L
 
L
K
 
-
Q
 
E
Q
 
R
A
 
A
Y
 
K
A
 
Q
L
 
L
L
 
L
H
 
E
K
 
K
V
 
L
G
 
G
M
 
L
L
 
G
D
 
D
H
x
K
A
 
W
W
 
Q
K
 
N
Y
 
K
P
 
P
H
x
N
Q
|
Q
L
|
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
M
 
N
R
 
G
P
 
G
Q
 
E
I
 
I
M
 
I
L
 
L
F
 
A
D
|
D
E
x
Q
P
 
P
T
 
T
S
 
G
A
|
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
H
K
 
S
V
 
G
N
 
E
E
 
N
V
 
V
L
 
M
Q
 
E
V
 
I
I
 
L
E
 
R
A
 
Q
L
 
L
A
 
H
E
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
H
T
 
T
M
 
I
V
 
I
I
 
M
V
 
V
T
 
T
H
|
H
E
 
D
M
 
K
N
 
H
F
 
I
A
 
A
F
 
A
K
 
S
V
 
-
S
 
A
D
 
N
R
 
R
I
 
I
V
 
I
F
 
E
M
 
I
E
 
K
K
 
D
G
 
G
S
 
E
V
 
I
V
 
I
C
 
S
D
 
D
D
 
T
T
 
Q
P
 
K
G
 
R
A
 
Q
L
 
V
R
 
K
S
 
S
G
 
A
-
 
V
H
 
K
N
 
N
P
 
P
R
 
S
V
 
V
E
 
-
A
 
-
F
 
F
L
 
S
K
 
K
D
 
D

Sites not aligning to the query:

P75831 Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
37% identity, 45% coverage: 255:479/505 of query aligns to 3:222/648 of P75831

query
sites
P75831
P
 
P
A
 
L
L
 
L
Q
 
E
A
 
L
A
 
K
R
 
D
L
 
I
H
 
R
K
 
R
A
 
S
Y
 
Y
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
D
N
 
E
D
 
Q
I
 
V
E
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
K
S
 
G
V
 
I
N
 
S
L
 
L
Q
 
D
I
 
I
Q
 
Y
P
 
A
G
 
G
E
 
E
V
 
M
V
 
V
S
 
A
V
 
I
I
 
V
G
 
G
P
 
A
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
I
 
M
R
 
N
L
 
I
L
 
L
N
 
G
G
 
C
L
 
L
E
 
D
Q
 
K
L
 
A
D
 
T
N
 
S
G
 
G
E
 
T
I
 
Y
R
 
R
I
 
V
N
 
A
G
 
G
Q
 
Q
P
 
D
F
 
V
I
 
A
H
 
T
L
 
L
N
 
D
K
 
A
V
 
D
G
 
A
A
 
L
Q
 
A
K
 
Q
P
 
L
Q
 
R
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
E
N
 
H
I
 
F
G
 
G
M
 
F
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
S
 
R
F
 
Y
N
 
H
L
 
L
F
 
L
P
 
S
H
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
L
 
E
D
 
Q
N
 
N
L
 
V
L
 
E
M
 
V
A
 
P
P
 
A
K
 
V
Y
 
Y
H
 
-
R
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
A
T
 
G
A
 
L
E
 
E
L
 
R
K
 
K
Q
 
Q
Q
 
R
-
 
L
-
 
L
-
 
R
A
 
A
Y
 
Q
A
 
E
L
 
L
L
 
L
H
 
Q
K
 
R
V
 
L
G
 
G
M
 
L
L
 
E
D
 
D
H
 
R
A
 
T
W
 
E
K
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
H
 
A
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
M
 
N
R
 
G
P
 
G
Q
 
Q
I
 
V
M
 
I
L
 
L
F
 
A
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
G
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
H
K
 
S
V
 
G
N
 
E
E
 
E
V
 
V
L
 
M
Q
 
A
V
 
I
I
 
L
E
 
H
A
 
Q
L
 
L
A
 
R
E
 
D
E
 
R
G
 
G
I
 
H
T
 
T
M
 
V
V
 
I
I
 
I
V
 
V
T
 
T
H
 
H
E
 
D
M
 
P
N
 
Q
F
 
V
A
 
A
F
 
A
K
 
Q
V
 
-
S
 
A
D
 
E
R
 
R
I
 
V
V
 
I
F
 
E
M
 
I
E
 
R
K
 
D
G
 
G
S
 
E
V
 
I
V
 
V

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
37% identity, 46% coverage: 274:503/505 of query aligns to 44:267/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
S
 
D
V
 
T
N
 
N
L
 
F
Q
 
E
I
 
I
Q
 
N
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
F
S
 
V
V
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
L
S
|
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
R
 
R
L
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
I
Q
 
E
L
 
P
D
 
T
N
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
R
 
F
I
 
I
N
 
D
G
 
N
Q
 
Q
P
 
D
F
 
V
I
 
A
H
 
T
L
 
L
N
 
N
K
 
K
V
 
E
G
 
D
A
 
L
Q
 
L
K
 
Q
P
 
V
Q
 
R
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
K
N
 
T
I
 
M
G
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
N
F
 
F
N
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
R
T
 
T
V
 
I
L
 
L
D
 
E
N
 
N
L
 
T
L
 
E
M
 
Y
A
 
G
P
 
L
K
 
E
Y
 
V
H
 
Q
R
 
N
L
 
V
G
 
-
A
 
P
T
 
K
A
 
E
E
 
E
L
 
R
K
 
R
Q
 
K
Q
 
R
A
 
A
Y
 
E
A
 
K
L
 
A
L
 
L
H
 
D
K
 
N
V
 
A
G
 
N
M
 
L
L
 
L
D
 
D
H
 
F
A
 
K
W
 
D
K
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
H
 
K
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
G
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
M
 
N
R
 
D
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
M
 
L
L
 
L
F
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
A
T
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
-
 
L
-
 
I
-
 
R
-
 
R
E
 
E
K
 
M
V
 
Q
N
 
D
E
 
E
V
 
L
L
 
L
Q
 
E
V
 
L
I
 
Q
E
 
A
A
 
K
L
 
F
A
 
Q
E
 
K
E
 
-
G
 
-
I
 
-
T
 
T
M
 
I
V
 
I
I
 
F
V
 
V
T
 
S
H
 
H
E
 
D
M
 
L
N
 
N
F
 
E
A
 
A
F
 
L
K
 
R
V
 
I
S
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
A
F
 
I
M
 
M
E
 
K
K
 
D
G
 
G
S
 
K
V
 
I
V
 
M
C
 
Q
D
 
I
D
 
G
T
 
T
-
 
G
P
 
E
G
 
E
A
 
I
L
 
L
R
 
T
S
 
N
G
 
P
H
 
A
N
 
N
P
 
D
R
 
Y
V
 
V
E
 
K
A
 
T
F
 
F
L
 
V
K
 
E
D
 
D
V
 
T
S
 
A

Sites not aligning to the query:

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
37% identity, 46% coverage: 274:503/505 of query aligns to 44:267/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
S
 
D
V
 
T
N
 
N
L
 
F
Q
 
E
I
 
I
Q
 
N
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
F
S
 
V
V
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
L
S
 
S
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
L
I
 
L
R
 
R
L
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
R
L
 
L
E
 
I
Q
 
E
L
 
P
D
 
T
N
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
R
 
F
I
 
I
N
 
D
G
 
N
Q
 
Q
P
 
D
F
 
V
I
 
A
H
 
T
L
 
L
N
 
N
K
 
K
V
 
E
G
 
D
A
 
L
Q
 
L
K
 
Q
P
 
V
Q
 
R
Y
 
-
I
 
-
E
 
-
H
 
-
A
 
-
E
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
K
N
 
T
I
 
M
G
 
S
M
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
S
 
N
F
 
F
N
 
G
L
 
L
F
 
F
P
 
P
H
 
H
L
 
R
T
 
T
V
 
I
L
 
L
D
 
E
N
 
N
L
 
T
L
 
E
M
 
Y
A
 
G