SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3712 FitnessBrowser__psRCH2:GFF3712 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4zz7A Crystal structure of methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (dddc) from oceanimonas doudoroffii (see paper)
61% identity, 98% coverage: 1:491/500 of query aligns to 1:489/489 of 4zz7A

query
sites
4zz7A
M
 
M
Q
 
T
T
 
T
L
 
I
G
 
G
N
 
H
L
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
G
E
 
Q
A
 
L
V
 
V
A
 
T
G
 
-
R
 
E
S
 
N
E
 
T
R
 
R
H
 
S
A
 
Q
T
 
N
V
 
V
Y
 
F
N
 
N
P
 
P
A
 
A
N
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
I
R
 
G
L
 
K
Y
 
Q
V
 
L
S
 
D
L
 
L
S
 
A
S
 
S
A
 
T
D
 
K
E
 
T
T
 
V
R
 
E
E
 
Q
A
 
A
I
 
I
A
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
H
A
 
A
F
 
F
D
 
P
G
 
T
W
 
W
S
 
R
K
 
N
T
 
T
P
 
P
P
 
P
L
 
L
V
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
M
 
M
F
 
F
R
 
R
F
 
F
K
 
K
E
 
E
L
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
Q
R
 
H
R
 
A
D
 
D
D
 
E
V
 
I
A
 
C
R
 
R
L
 
L
I
 
I
T
 
G
S
 
E
E
 
E
H
 
H
G
 
G
K
 
K
V
 
I
F
 
A
S
 
H
D
 
D
A
 
A
Q
 
M
G
 
G
E
 
E
V
 
L
T
 
Q
R
 
R
G
 
G
L
 
I
E
 
E
V
 
N
V
 
V
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
C
 
C
G
 
G
I
 
A
P
 
P
H
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
F
 
H
S
 
S
S
 
R
N
 
N
V
 
V
G
 
G
R
 
P
D
 
G
I
 
I
D
 
D
S
 
S
N
 
W
S
 
S
L
 
E
M
 
F
Q
 
Q
P
 
P
L
 
M
G
 
G
V
 
V
C
 
V
V
 
A
G
 
G
I
|
I
T
|
T
P
|
P
F
|
F
N
|
N
F
 
F
P
 
P
A
 
V
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
W
|
W
M
 
M
L
 
F
P
 
P
V
 
M
A
 
A
I
 
I
A
 
V
C
 
C
G
 
G
N
 
N
T
 
C
F
 
F
V
 
V
L
 
L
K
|
K
P
|
P
S
|
S
E
|
E
K
x
R
D
 
D
P
 
P
S
 
S
A
 
S
T
 
T
M
 
L
L
 
Y
L
 
I
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
D
G
 
G
V
 
V
L
 
M
N
 
N
I
 
V
V
 
V
N
 
N
G
 
G
D
 
D
K
|
K
E
 
E
A
 
A
V
|
V
D
 
D
V
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
H
D
 
D
E
 
D
R
 
R
V
 
V
Q
 
K
S
 
A
V
 
V
S
 
S
F
|
F
V
|
V
G
|
G
S
|
S
T
 
T
P
 
P
I
|
I
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
Y
 
Y
A
 
R
T
 
T
A
 
A
S
 
S
A
 
A
H
 
N
G
 
G
K
 
K
R
 
R
C
 
C
Q
 
Q
A
 
A
L
|
L
G
|
G
G
|
G
A
 
A
K
 
K
N
 
N
H
 
H
M
 
A
V
 
I
V
 
V
M
 
M
P
 
P
D
 
D
A
 
A
D
 
D
P
 
M
Q
 
D
Q
 
N
V
 
A
V
 
V
S
 
N
S
 
Q
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
A
 
S
G
 
G
E
 
E
R
 
R
C
|
C
M
 
M
A
 
A
I
 
L
S
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
V
C
 
A
V
 
V
G
 
G
D
 
D
E
 
A
V
 
A
A
 
G
D
 
D
K
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
S
M
 
K
L
 
M
Q
 
T
D
 
Q
E
 
A
I
 
M
G
 
Q
Q
 
K
M
 
L
R
 
K
T
 
V
G
 
G
P
 
P
G
 
-
L
 
-
G
 
S
I
 
T
E
 
D
P
 
S
E
 
G
P
 
N
H
 
D
M
 
F
G
 
G
P
 
P
L
 
V
V
 
I
T
 
T
R
 
R
E
 
Q
H
 
H
Q
 
Q
Q
 
E
K
 
K
V
 
V
S
 
I
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
D
 
N
L
 
S
G
 
A
V
 
E
E
 
Q
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
T
L
 
I
V
 
V
C
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
R
G
 
Q
I
 
P
K
 
K
V
 
V
E
 
P
G
 
N
H
 
H
E
 
E
N
 
N
G
 
G
F
 
F
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
I
D
 
D
R
 
H
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
E
M
 
M
R
 
T
I
 
S
Y
 
Y
R
 
Q
E
 
E
E
|
E
I
 
I
F
|
F
G
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
Q
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
V
K
 
A
S
 
T
F
 
M
D
 
Q
E
 
D
A
 
A
L
 
M
Q
 
D
L
 
L
I
 
I
N
 
D
D
 
A
H
 
H
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
N
|
N
G
 
G
T
 
T
S
 
C
I
 
I
F
 
F
T
 
T
R
 
R
D
 
D
G
 
G
D
 
E
T
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
Y
F
 
F
E
 
S
E
 
D
N
 
N
V
 
I
K
 
Q
V
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
I
N
 
N
V
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
P
V
 
V
P
 
P
M
 
V
A
 
A
F
 
Y
H
 
H
C
 
S
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
W
K
 
K
R
 
R
S
 
S
V
 
L
F
 
F
G
 
G
P
 
D
L
 
L
N
 
H
M
x
A
H
 
Y
G
 
G
P
 
P
D
 
D
G
 
A
V
 
V
R
 
R
F
 
F
F
 
Y
T
 
T
R
 
K
M
 
R
K
 
K
T
 
T
V
 
V
T
 
T
R
 
Q
R
 
R
W
 
W
P
 
P
T
 
S
-
 
A
G
 
G
I
 
V
R
 
R
A
 
E
G
 
G

5tjrD X-ray crystal structure of a methylmalonate semialdehyde dehydrogenase from pseudomonas sp. Aac (see paper)
59% identity, 96% coverage: 4:485/500 of query aligns to 3:456/468 of 5tjrD

query
sites
5tjrD
L
 
I
G
 
K
N
 
H
L
 
L
I
 
I
N
 
G
N
 
G
E
 
E
A
 
L
V
 
I
A
 
A
G
 
D
R
 
-
S
 
T
E
 
G
R
 
R
H
 
T
A
 
A
T
 
D
V
 
V
Y
 
F
N
 
N
P
 
P
A
 
S
N
 
T
G
 
R
E
 
K
P
 
-
R
 
-
L
 
-
Y
 
-
V
 
V
S
 
P
L
 
L
S
 
A
S
 
D
A
 
R
D
 
E
E
 
T
T
 
M
R
 
Q
E
 
Q
A
 
A
I
 
I
A
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
P
G
 
A
W
 
W
S
 
R
K
 
N
T
 
T
P
 
P
P
 
P
L
 
A
V
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
Q
V
 
V
M
 
L
F
 
F
R
 
R
F
 
F
K
 
K
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
A
R
 
N
R
 
E
D
 
E
D
 
R
V
 
I
A
 
V
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
S
S
 
E
E
 
E
H
 
H
G
 
G
K
 
K
V
 
T
F
 
I
S
 
E
D
 
D
A
 
A
Q
 
A
G
 
G
E
 
E
V
 
L
T
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
I
E
 
E
V
 
N
V
 
V
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
C
 
T
G
 
A
I
 
A
P
 
P
H
 
E
L
 
I
L
 
L
K
 
K
G
 
G
E
 
E
F
 
Y
S
 
S
S
 
R
N
 
N
V
 
V
G
 
G
R
 
P
D
 
N
I
 
I
D
 
D
S
 
A
N
 
W
S
 
S
L
 
D
M
 
F
Q
 
Q
P
 
P
L
 
I
G
 
G
V
 
V
C
 
V
V
 
A
G
 
G
I
|
I
T
|
T
P
|
P
F
|
F
N
|
N
F
 
F
P
 
P
A
 
A
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
L
W
 
W
M
 
M
L
 
Y
P
 
P
V
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
A
C
 
C
G
 
G
N
 
N
T
 
T
F
 
F
V
 
I
L
 
L
K
|
K
P
|
P
S
|
S
E
|
E
K
x
R
D
 
D
P
 
P
S
 
S
A
 
S
T
 
T
M
 
L
L
 
L
L
 
I
G
 
A
E
 
E
L
 
L
L
 
F
A
 
H
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
L
N
 
N
I
 
V
V
 
V
N
 
H
G
 
G
D
 
D
K
|
K
E
 
G
A
 
A
V
|
V
D
 
D
V
 
A
L
 
L
L
 
I
T
 
E
D
 
A
E
 
P
R
 
E
V
 
V
Q
 
K
S
 
A
V
 
L
S
 
S
F
|
F
V
 
V
G
|
G
S
|
S
T
 
T
P
 
P
I
|
I
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
I
 
I
Y
 
Y
A
 
S
T
 
E
A
 
G
S
 
T
A
 
K
H
 
R
G
 
G
K
 
K
R
 
R
C
 
V
Q
 
Q
A
 
A
L
|
L
G
 
G
G
 
G
A
 
A
K
 
K
N
 
N
H
 
H
M
 
A
V
 
V
V
 
L
M
 
M
P
 
P
D
 
D
A
 
A
D
 
D
P
 
L
Q
 
D
Q
 
N
V
 
A
V
 
V
S
 
S
S
 
A
L
 
L
I
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
S
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
C
|
C
M
 
M
A
 
A
I
 
I
S
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
V
C
 
C
V
 
V
G
 
G
D
 
D
E
 
Q
V
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
Q
M
 
K
L
 
L
Q
 
V
D
 
P
E
 
Q
I
 
I
G
 
K
Q
 
G
M
 
L
R
 
K
T
 
G
G
 
A
P
 
A
G
 
-
L
 
-
G
 
-
I
 
-
E
 
-
P
 
-
E
 
-
P
 
-
H
 
-
M
 
-
G
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
E
 
-
H
 
-
Q
 
R
Q
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
L
 
T
G
 
G
V
 
V
E
 
A
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
E
L
 
L
V
 
V
C
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
R
G
 
G
I
 
Y
K
 
K
V
 
V
E
 
A
G
 
G
H
 
H
E
 
E
N
 
N
G
 
G
F
 
F
Y
 
F
V
 
L
G
 
G
P
 
G
T
 
T
L
 
L
F
 
F
D
 
D
R
 
R
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
E
M
 
M
R
 
T
I
 
I
Y
 
Y
R
 
K
E
 
E
E
|
E
I
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
C
V
 
I
V
 
V
R
 
R
V
 
V
K
 
N
S
 
S
F
 
L
D
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
M
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
N
 
N
D
 
D
H
 
H
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
N
 
N
G
 
G
T
 
T
S
 
C
I
 
I
F
 
F
T
 
T
R
 
R
D
 
D
G
 
G
D
 
E
T
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
L
F
 
F
E
 
C
E
 
D
N
 
E
V
 
I
K
 
E
V
 
V
G
 
G
M
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
V
N
 
N
V
 
V
P
 
P
I
 
L
P
 
P
V
 
V
P
 
P
M
 
V
A
 
A
F
 
Y
H
 
H
C
 
S
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
W
K
 
K
R
 
R
S
 
S
V
 
L
F
 
F
G
 
G
P
 
D
L
 
L
N
 
H
M
x
A
H
 
Y
G
 
G
P
 
P
D
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
R
F
 
F
F
 
Y
T
 
T
R
 
K
M
 
R
K
 
K
T
 
A
V
 
I
T
 
T
R
 
Q
R
 
R
W
 
W
P
 
P

4iymC Crystal structure of putative methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase from sinorhizobium meliloti 1021 complexed with NAD, target 011934
55% identity, 98% coverage: 1:489/500 of query aligns to 4:490/491 of 4iymC

query
sites
4iymC
M
 
M
Q
 
Y
T
 
E
L
 
L
G
 
G
N
 
H
L
 
F
I
 
I
N
 
D
N
 
G
E
 
K
A
 
R
V
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
T
S
 
S
E
 
G
R
 
R
H
 
V
A
 
S
T
 
N
V
 
I
Y
 
F
N
 
N
P
 
P
A
 
A
N
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
V
R
 
Q
L
 
G
Y
 
T
V
 
V
S
 
A
L
 
L
S
 
A
S
 
S
A
 
D
D
 
A
E
 
D
T
 
L
R
 
A
E
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
E
A
 
S
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
F
 
Q
D
 
P
G
 
K
W
 
W
S
 
A
K
 
A
T
 
T
P
 
N
P
 
P
L
 
Q
V
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
V
M
 
F
F
 
M
R
 
K
F
 
F
K
 
V
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
N
R
 
D
R
 
N
R
 
M
D
 
N
D
 
E
V
 
L
A
 
A
R
 
E
L
 
M
I
 
L
T
 
S
S
 
R
E
 
E
H
 
H
G
 
G
K
 
K
V
 
T
F
 
I
S
 
D
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
I
T
 
V
R
 
R
G
 
G
L
 
L
E
 
E
V
 
V
V
 
C
E
 
E
F
 
F
A
 
V
C
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
H
 
H
L
 
L
L
 
Q
K
 
K
G
 
S
E
 
E
F
 
F
S
 
T
S
 
E
N
 
G
V
 
A
G
 
G
R
 
P
D
 
G
I
 
I
D
 
D
S
 
M
N
 
Y
S
 
S
L
 
I
M
 
R
Q
 
Q
P
 
P
L
 
V
G
 
G
V
 
I
C
 
G
V
 
A
G
 
G
I
|
I
T
|
T
P
|
P
F
|
F
N
|
N
F
|
F
P
 
P
A
 
G
M
 
M
V
 
I
P
 
P
L
 
M
W
 
W
M
 
M
L
 
F
P
 
A
V
 
P
A
 
A
I
 
I
A
 
A
C
 
C
G
 
G
N
 
N
T
 
A
F
 
F
V
 
I
L
 
L
K
|
K
P
|
P
S
|
S
E
|
E
K
 
R
D
 
D
P
 
P
S
 
S
A
 
V
T
 
P
M
 
I
L
 
R
L
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
L
L
 
M
A
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
A
G
 
G
V
 
I
L
 
L
N
 
N
I
 
V
V
 
V
N
 
N
G
 
G
D
 
D
K
|
K
E
 
G
A
 
A
V
|
V
D
 
D
V
 
A
L
 
I
L
 
L
T
 
T
D
 
H
E
 
P
R
 
D
V
 
I
Q
 
A
S
 
A
V
 
V
S
 
S
F
|
F
V
|
V
G
|
G
S
|
S
T
 
T
P
 
P
I
|
I
A
 
A
E
 
R
Y
 
Y
I
 
V
Y
 
Y
A
 
G
T
 
T
A
 
A
S
 
A
A
 
M
H
 
N
G
 
G
K
 
K
R
 
R
C
 
A
Q
 
Q
A
 
C
L
x
F
G
|
G
G
|
G
A
 
A
K
 
K
N
 
N
H
 
H
M
 
M
V
 
I
V
 
I
M
 
M
P
 
P
D
 
D
A
 
A
D
 
D
P
 
L
Q
 
D
Q
 
Q
V
 
A
V
 
A
S
 
N
S
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
G
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
R
|
R
C
|
C
M
 
M
A
 
A
I
 
I
S
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
V
C
 
P
V
 
V
G
 
G
D
 
E
E
 
E
V
 
T
A
 
A
D
 
N
K
 
R
L
 
L
V
 
I
G
 
D
M
 
K
L
 
L
Q
 
V
D
 
P
E
 
M
I
 
V
G
 
E
Q
 
S
M
 
L
R
 
R
T
 
I
G
 
G
P
 
P
G
 
-
L
 
-
G
 
Y
I
 
T
E
 
D
P
 
E
E
 
K
P
 
A
H
 
D
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
V
V
 
V
T
 
T
R
 
K
E
 
E
H
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
K
 
R
V
 
I
S
 
R
G
 
S
Y
 
L
I
 
I
D
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
I
E
 
E
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
K
L
 
L
V
 
V
C
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
R
G
 
D
I
 
F
K
 
K
V
 
L
E
 
Q
G
 
G
H
 
Y
E
 
E
N
 
N
G
 
G
F
 
H
Y
 
F
V
 
I
G
 
G
P
 
G
T
 
C
L
 
L
F
 
F
D
 
D
R
 
D
V
 
V
T
 
T
P
 
P
S
 
D
M
 
M
R
 
D
I
 
I
Y
 
Y
R
 
K
E
 
T
E
|
E
I
 
I
F
|
F
G
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
S
V
 
V
V
 
V
R
 
R
V
 
A
K
 
R
S
 
N
F
 
Y
D
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
S
L
 
L
I
 
P
N
 
M
D
 
K
H
 
H
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
N
 
N
G
 
G
T
 
V
S
 
A
I
 
I
F
 
Y
T
 
T
R
 
R
D
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
D
F
 
F
E
 
A
E
 
S
N
 
R
V
 
I
K
 
N
V
 
I
G
 
G
M
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
V
N
 
N
V
 
V
P
 
P
I
 
I
P
 
P
V
 
V
P
 
P
M
 
L
A
 
A
F
 
Y
H
 
H
C
 
S
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
W
K
 
K
R
 
S
S
 
S
V
 
S
F
 
F
G
 
G
P
 
D
L
 
L
N
 
N
M
x
Q
H
 
H
G
 
G
P
 
T
D
 
D
G
 
S
V
 
I
R
 
K
F
 
F
F
 
W
T
 
T
R
 
R
M
 
T
K
 
K
T
 
T
V
 
I
T
 
T
R
 
S
R
 
R
W
 
W
P
 
P
T
 
S
G
 
G
I
 
I
R
 
K

P42412 Malonate-semialdehyde dehydrogenase; MSA dehydrogenase; Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase; MMSA dehydrogenase; MMSDH; MSDH; EC 1.2.1.-; EC 1.2.1.27 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 3 papers)
44% identity, 97% coverage: 1:485/500 of query aligns to 4:482/487 of P42412

query
sites
P42412
M
 
I
Q
 
R
T
 
K
L
 
L
G
 
K
N
 
N
L
 
Y
I
 
I
N
 
N
N
 
G
E
 
E
A
 
W
V
 
V
A
 
E
G
 
S
R
 
K
S
 
T
E
 
D
R
 
Q
H
 
Y
A
 
E
T
 
D
V
 
V
Y
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
A
N
 
T
G
 
K
E
 
E
P
 
V
R
 
L
L
x
C
Y
 
Q
V
 
V
S
 
P
L
 
I
S
 
S
S
 
T
A
 
K
D
 
E
E
 
D
T
 
I
R
 
D
E
 
Y
A
 
A
I
 
A
A
 
Q
A
 
T
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
A
 
A
F
 
F
D
 
K
G
 
T
W
 
W
S
 
S
K
 
K
T
 
V
P
 
A
P
 
V
L
 
P
V
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
I
M
 
L
F
 
F
R
 
N
F
 
F
K
 
Q
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
Q
R
 
H
R
 
K
D
 
E
D
 
E
V
 
L
A
 
A
R
 
H
L
 
L
I
 
I
T
 
T
S
 
I
E
 
E
H
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
N
F
 
T
S
 
K
D
 
E
A
 
A
Q
 
L
G
 
G
E
 
E
V
 
V
T
 
G
R
|
R
G
 
G
L
 
I
E
 
E
V
 
N
V
 
V
E
 
E
F
 
F
A
 
A
C
 
A
G
 
G
I
 
A
P
 
P
H
 
S
L
 
L
L
 
M
K
 
M
G
 
G
E
 
D
F
 
S
S
 
L
S
 
A
N
 
S
V
 
I
G
 
A
R
 
T
D
 
D
I
 
V
D
 
E
S
 
A
N
 
A
S
 
N
L
 
Y
M
 
R
Q
 
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
G
V
 
V
C
 
V
V
 
G
G
 
G
I
 
I
T
 
A
P
 
P
F
 
F
N
 
N
F
 
F
P
 
P
A
 
M
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
x
C
W
 
W
M
 
M
L
 
F
P
 
P
V
 
M
A
 
A
I
 
I
A
 
A
C
 
L
G
 
G
N
 
N
T
 
T
F
 
F
V
 
I
L
 
L
K
|
K
P
|
P
S
|
S
E
|
E
K
x
R
D
 
T
P
 
P
S
 
L
A
 
L
T
 
T
M
 
E
L
 
K
L
 
L
G
 
V
E
 
E
L
 
L
L
 
F
A
 
E
E
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
F
N
 
N
I
 
V
V
 
V
N
 
Y
G
 
G
D
 
A
K
 
H
E
 
D
A
 
V
V
 
V
D
 
N
V
 
G
L
 
I
L
 
L
T
 
E
D
 
H
E
 
P
R
 
E
V
 
I
Q
 
K
S
 
A
V
 
I
S
 
S
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
T
 
K
P
 
P
I
 
V
A
 
G
E
 
E
Y
 
Y
I
 
V
Y
 
Y
A
 
K
T
 
K
A
 
G
S
 
S
A
 
E
H
 
N
G
 
L
K
 
K
R
 
R
C
 
V
Q
 
Q
A
 
S
L
 
L
G
 
T
G
 
G
A
 
A
K
 
K
N
 
N
H
 
H
M
 
T
V
 
I
V
 
V
M
 
L
P
 
N
D
 
D
A
 
A
D
 
N
P
 
L
Q
 
E
Q
 
D
V
 
T
V
 
V
S
 
T
S
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
R
|
R
C
 
C
M
 
M
A
 
A
I
x
C
S
 
A
V
 
V
A
 
-
V
 
V
C
 
T
V
 
V
G
 
E
D
 
E
E
 
G
V
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
E
L
 
F
V
 
M
G
 
A
M
 
K
L
 
L
Q
 
Q
D
 
E
E
 
K
I
 
V
G
 
A
Q
 
D
M
 
I
R
 
K
T
 
I
G
 
G
P
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
-
I
 
-
E
 
D
P
 
D
E
 
G
P
 
V
H
 
F
M
 
L
G
 
G
P
 
P
L
 
V
V
 
I
T
 
R
R
 
E
E
 
D
H
 
N
Q
 
K
Q
 
K
K
 
R
V
 
T
S
 
L
G
 
S
Y
 
Y
I
 
I
D
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
L
E
 
E
E
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
R
L
 
L
V
 
V
C
|
C
D
 
D
G
 
G
R
 
R
G
 
E
I
 
-
K
 
-
V
 
-
E
 
N
G
 
V
H
 
S
E
 
D
N
 
D
G
 
G
F
 
Y
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
T
 
T
L
 
I
F
 
F
D
 
D
R
 
N
V
 
V
T
 
T
P
 
T
S
 
E
M
 
M
R
 
T
I
 
I
Y
 
W
R
 
K
E
 
D
E
|
E
I
 
I
F
 
F
G
 
A
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
S
V
 
V
V
 
I
R
 
R
V
 
V
K
 
K
S
 
N
F
 
L
D
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
L
 
I
I
 
A
N
 
N
D
 
K
H
 
S
E
 
E
Y
 
F
G
 
A
N
 
N
G
 
G
T
 
A
S
x
C
I
 
L
F
 
F
T
 
T
R
 
S
D
 
N
G
 
S
D
 
N
T
 
A
A
 
I
R
 
R
Q
 
Y
F
 
F
E
 
R
E
 
E
N
 
N
V
 
I
K
 
D
V
 
A
G
 
G
M
 
M
V
 
L
G
 
G
V
 
I
N
 
N
V
 
L
P
 
G
I
 
V
P
 
P
V
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
A
F
 
F
H
 
F
C
 
P
F
 
F
G
 
S
G
 
G
W
 
W
K
 
K
R
 
S
S
 
S
V
 
F
F
 
F
G
 
G
P
 
T
L
 
L
N
 
H
M
 
A
H
 
N
G
 
G
P
 
K
D
 
D
G
 
S
V
 
V
R
 
D
F
 
F
F
 
Y
T
 
T
R
 
R
M
 
K
K
 
K
T
 
V
V
 
V
T
 
T
R
 
A
R
 
R
W
 
Y
P
 
P

1t90A Crystal structure of methylmalonate semialdehyde dehydrogenase from bacillus subtilis
44% identity, 97% coverage: 1:485/500 of query aligns to 2:480/484 of 1t90A

query
sites
1t90A
M
 
I
Q
 
R
T
 
K
L
 
L
G
 
K
N
 
N
L
 
Y
I
 
I
N
 
N
N
 
G
E
 
E
A
 
W
V
 
V
A
 
E
G
 
S
R
 
K
S
 
T
E
 
D
R
 
Q
H
 
Y
A
 
E
T
 
D
V
 
V
Y
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
A
N
 
T
G
 
K
E
 
E
P
 
V
R
 
L
L
 
C
Y
 
Q
V
 
V
S
 
P
L
 
I
S
 
S
S
 
T
A
 
K
D
 
E
E
 
D
T
 
I
R
 
D
E
 
Y
A
 
A
I
 
A
A
 
Q
A
 
T
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
A
 
A
F
 
F
D
 
K
G
 
T
W
 
W
S
 
S
K
 
K
T
 
V
P
 
A
P
 
V
L
 
P
V
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
R
V
 
I
M
 
L
F
 
F
R
 
N
F
 
F
K
 
Q
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
S
R
 
Q
R
 
H
R
 
K
D
 
E
D
 
E
V
 
L
A
 
A
R
 
H
L
 
L
I
 
I
T
 
T
S
 
I
E
 
E
H
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
N
F
 
T
S
 
K
D
 
E
A
 
A
Q
 
L
G
 
G
E
 
E
V
 
V
T
 
G
R
 
R
G
 
G
L
 
I
E
 
E
V
 
N
V
 
V
E
 
E
F
 
F
A
 
A
C
 
A
G
 
G
I
 
A
P
 
P
H
 
S
L
 
L
L
 
M
K
 
M
G
 
G
E
 
D
F
 
S
S
 
L
S
 
A
N
 
S
V
 
I
G
 
A
R
 
T
D
 
D
I
 
V
D
 
E
S
 
A
N
 
A
S
 
N
L
 
Y
M
 
R
Q
 
Y
P
 
P
L
 
I
G
 
G
V
 
V
C
 
V
V
 
G
G
 
G
I
|
I
T
x
A
P
|
P
F
|
F
N
|
N
F
 
F
P
 
P
A
 
M
M
 
M
V
 
V
P
 
P
L
 
C
W
|
W
M
 
M
L
 
F
P
 
P
V
 
M
A
 
A
I
 
I
A
 
A
C
 
L
G
 
G
N
 
N
T
 
T
F
 
F
V
 
I
L
 
L
K
|
K
P
|
P
S
|
S
E
|
E
K
x
R
D
 
T
P
 
P
S
 
L
A
 
L
T
 
T
M
 
E
L
 
K
L
 
L
G
 
V
E
 
E
L
 
L
L
 
F
A
 
E
E
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
F
N
 
N
I
 
V
V
 
V
N
 
Y
G
 
G
D
 
A
K
x
H
E
 
D
A
 
V
V
|
V
D
 
N
V
 
G
L
 
I
L
 
L
T
 
E
D
 
H
E
 
P
R
 
E
V
 
I
Q
 
K
S
 
A
V
 
I
S
 
S
F
|
F
V
|
V
G
|
G
S
|
S
T
 
K
P
 
P
I
x
V
A
 
G
E
 
E
Y
 
Y
I
 
V
Y
 
Y
A
 
K
T
 
K
A
 
G
S
 
S
A
 
E
H
 
N
G
 
L
K
 
K
R
 
R
C
 
V
Q
 
Q
A
 
S
L
|
L
G
x
T
G
|
G
A
 
A
K
 
K
N
 
N
H
 
H
M
 
T
V
 
I
V
 
V
M
 
L
P
 
N
D
 
D
A
 
A
D
 
N
P
 
L
Q
 
E
Q
 
D
V
 
T
V
 
V
S
 
T
S
 
N
L
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
R
C
|
C
M
 
M
A
 
A
I
 
C
S
 
A
V
 
V
A
 
-
V
 
V
C
 
T
V
 
V
G
 
E
D
 
E
E
 
G
V
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
E
L
 
F
V
 
M
G
 
A
M
 
K
L
 
L
Q
 
Q
D
 
E
E
 
K
I
 
V
G
 
A
Q
 
D
M
 
I
R
 
K
T
 
I
G
 
G
P
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
-
I
 
-
E
 
D
P
 
D
E
 
G
P
 
V
H
 
F
M
 
L
G
 
G
P
 
P
L
 
V
V
 
I
T
 
R
R
 
E
E
 
D
H
 
N
Q
 
K
Q
 
K
K
 
R
V
 
T
S
 
L
G
 
S
Y
 
Y
I
 
I
D
 
E
L
 
K
G
 
G
V
 
L
E
 
E
E
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
R
L
 
L
V
 
V
C
 
C
D
 
D
G
 
G
R
 
R
G
 
E
I
 
-
K
 
-
V
 
-
E
 
N
G
 
V
H
 
S
E
 
D
N
 
D
G
 
G
F
 
Y
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
T
 
T
L
 
I
F
 
F
D
 
D
R
 
N
V
 
V
T
 
T
P
 
T
S
 
E
M
 
M
R
 
T
I
 
I
Y
 
W
R
 
K
E
 
D
E
|
E
I
 
I
F
|
F
G
 
A
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
S
V
 
V
V
 
I
R
 
R
V
 
V
K
 
K
S
 
N
F
 
L
D
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
L
 
I
I
 
A
N
 
N
D
 
K
H
 
S
E
 
E
Y
 
F
G
 
A
N
|
N
G
 
G
T
 
A
S
 
C
I
 
L
F
 
F
T
 
T
R
 
S
D
 
N
G
 
S
D
 
N
T
 
A
A
 
I
R
 
R
Q
 
Y
F
 
F
E
 
R
E
 
E
N
 
N
V
 
I
K
 
D
V
 
A
G
 
G
M
 
M
V
 
L
G
 
G
V
 
I
N
 
N
V
 
L
P
 
G
I
 
V
P
 
P
V
 
A
P
 
P
M
 
M
A
 
A
F
 
F
H
 
F
C
 
P
F
|
F
G
 
S
G
 
G
W
 
W
K
 
K
R
 
S
S
 
S
V
 
F
F
 
F
G
 
G
P
 
T
L
 
L
N
 
H
M
x
A
H
 
N
G
 
G
P
 
K
D
 
D
G
 
S
V
 
V
R
 
D
F
 
F
F
 
Y
T
 
T
R
 
R
M
 
K
K
 
K
T
 
V
V
 
V
T
 
T
R
 
A
R
 
R
W
 
Y
P
 
P

7w5nA The crystal structure of the reduced form of gluconobacter oxydans wsh-004 sndh
33% identity, 96% coverage: 2:480/500 of query aligns to 9:480/492 of 7w5nA

query
sites
7w5nA
Q
 
R
T
 
E
L
 
F
G
 
G
N
 
F
L
 
F
I
 
I
N
 
D
N
 
G
E
 
E
A
 
W
V
 
R
A
 
A
G
 
G
R
 
K
S
 
D
E
 
F
R
 
F
H
 
D
A
 
R
T
 
S
V
 
-
Y
 
-
N
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
H
G
 
D
E
 
V
P
 
P
R
 
V
L
 
T
Y
 
R
V
 
I
S
 
P
L
 
R
S
 
C
S
 
T
A
 
R
D
 
E
E
 
D
T
 
L
R
 
D
E
 
E
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
A
 
A
F
 
F
D
 
E
-
 
N
-
 
G
G
 
S
W
 
W
S
 
A
K
 
G
T
 
L
P
 
A
P
 
A
L
 
A
V
 
D
R
 
R
A
 
A
R
 
A
V
 
V
M
 
L
F
 
L
R
 
K
F
 
A
K
 
A
E
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
R
R
 
E
R
 
R
R
 
R
D
 
D
D
 
D
V
 
I
A
 
A
R
 
Y
L
 
W
I
 
E
T
 
V
S
 
L
E
 
E
H
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
P
F
 
I
S
 
S
D
 
Q
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
I
T
 
D
R
 
H
G
 
C
L
 
I
E
 
A
V
 
C
V
 
F
E
 
E
F
 
M
A
 
A
C
 
A
G
 
G
I
 
A
P
 
A
H
 
R
L
 
M
L
 
L
K
 
H
G
 
G
E
 
D
F
 
T
S
 
F
S
 
N
N
 
N
V
 
L
G
 
G
R
 
E
D
 
G
I
 
L
D
 
F
S
 
G
N
 
M
S
 
V
L
 
L
M
 
R
Q
 
E
P
 
P
L
 
I
G
 
G
V
 
V
C
 
V
V
 
G
G
 
L
I
|
I
T
|
T
P
 
P
F
x
W
N
 
N
F
 
F
P
 
P
A
 
F
M
 
M
V
 
I
P
 
L
L
 
C
W
 
E
M
 
R
L
 
A
P
 
P
V
 
F
A
 
I
I
 
L
A
 
A
C
 
S
G
 
G
N
 
C
T
 
T
F
 
L
V
 
V
L
 
V
K
|
K
P
|
P
S
x
A
E
|
E
K
 
V
D
 
T
P
 
S
S
 
A
A
 
T
T
 
T
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
F
N
 
N
I
 
V
V
 
V
N
 
T
G
 
G
D
x
T
K
x
G
E
 
R
A
 
T
V
 
V
D
x
G
V
x
Q
L
 
A
L
 
M
T
 
T
D
 
E
E
 
H
R
 
Q
-
 
D
V
 
I
Q
 
D
S
 
M
V
 
L
S
 
S
F
|
F
V
 
T
G
|
G
S
|
S
T
 
T
P
 
G
I
x
V
A
 
G
E
 
K
Y
 
S
-
 
C
I
 
I
Y
 
H
A
 
A
T
 
A
A
 
A
S
 
D
A
 
S
H
 
N
G
 
L
K
 
K
R
 
K
C
 
L
Q
 
G
A
 
L
L
 
E
G
 
L
G
 
G
A
 
G
K
 
K
N
 
N
H
 
P
M
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
F
P
 
A
D
 
D
A
 
S
D
 
N
P
 
L
Q
 
E
Q
 
D
V
 
A
V
 
A
S
 
D
S
 
A
L
 
V
I
 
A
G
 
F
A
 
G
A
 
I
Y
 
S
G
 
F
S
 
N
A
 
T
G
 
G
E
 
Q
R
 
C
C
 
C
M
 
V
A
 
S
I
 
-
S
 
S
V
 
S
A
 
R
V
 
L
C
 
I
V
 
V
G
 
E
D
 
R
E
 
S
V
 
V
A
 
A
D
 
E
K
 
K
L
 
F
V
 
E
G
 
R
M
 
L
L
 
V
Q
 
V
D
 
A
E
 
K
I
 
M
G
 
E
Q
 
K
M
 
I
R
 
R
T
 
V
G
 
G
P
 
D
G
 
P
L
 
F
G
 
-
I
 
-
E
 
D
P
 
P
E
 
E
P
 
T
H
 
Q
M
 
I
G
 
G
P
 
A
L
 
I
V
 
T
T
 
T
R
 
E
E
 
A
H
x
Q
Q
 
N
Q
 
K
K
 
T
V
 
I
S
 
L
G
 
D
Y
 
Y
I
 
I
D
 
A
L
 
K
G
 
G
V
 
K
E
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
K
L
 
L
V
 
L
C
 
C
D
 
G
G
 
G
R
 
-
G
 
G
I
 
I
K
 
V
V
 
D
E
 
F
G
 
G
H
 
-
E
 
-
N
 
K
G
 
G
F
 
Q
Y
 
Y
V
 
I
G
 
Q
P
 
P
T
 
T
L
 
L
F
 
F
D
 
T
R
 
D
V
 
V
T
 
K
P
 
P
S
 
S
M
 
M
R
 
G
I
 
I
Y
 
A
R
 
R
E
 
D
E
|
E
I
|
I
F
|
F
G
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
A
V
 
S
V
 
F
R
 
H
V
 
F
K
 
D
S
 
T
F
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
A
L
 
I
I
 
A
N
 
N
D
 
D
H
 
T
E
 
V
Y
 
Y
G
 
G
N
 
L
G
 
A
T
 
A
S
 
S
I
 
V
F
 
W
T
 
S
R
 
K
D
 
D
G
 
I
D
 
D
T
 
K
A
 
A
R
 
L
Q
 
A
F
 
V
E
 
T
E
 
R
N
 
R
V
 
V
K
 
R
V
 
A
G
 
G
M
 
R
V
 
F
G
 
W
V
 
V
N
 
N
V
 
T
P
 
I
I
 
M
P
 
S
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
E
V
 
T
P
 
P
M
 
L
A
 
-
F
 
-
H
 
-
C
 
-
F
 
-
G
 
G
G
 
G
W
 
F
K
 
K
R
 
Q
S
 
S
V
 
G
F
 
W
G
 
G
P
 
-
L
 
-
N
 
R
M
 
E
H
 
A
G
 
G
P
 
L
D
 
Y
G
 
G
V
 
V
R
 
E
F
 
E
F
 
Y
T
 
T
R
 
Q
M
 
I
K
 
K
T
 
S
V
 
V

7w5kA The c296a mutant of l-sorbosone dehydrogenase (sndh) from gluconobacter oxydans wsh-004
33% identity, 96% coverage: 2:480/500 of query aligns to 8:479/491 of 7w5kA

query
sites
7w5kA
Q
 
R
T
 
E
L
 
F
G
 
G
N
 
F
L
 
F
I
 
I
N
 
D
N
 
G
E
 
E
A
 
W
V
 
R
A
 
A
G
 
G
R
 
K
S
 
D
E
 
F
R
 
F
H
 
D
A
 
R
T
 
S
V
 
-
Y
 
-
N
 
S
P
 
P
A
 
A
N
 
H
G
 
D
E
 
V
P
 
P
R
 
V
L
 
T
Y
 
R
V
 
I
S
 
P
L
 
R
S
 
C
S
 
T
A
 
R
D
 
E
E
 
D
T
 
L
R
 
D
E
 
E
A
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
A
 
R
A
 
A
F
 
F
D
 
E
-
 
N
-
 
G
G
 
S
W
 
W
S
 
A
K
 
G
T
 
L
P
 
A
P
 
A
L
 
A
V
 
D
R
 
R
A
 
A
R
 
A
V
 
V
M
 
L
F
 
L
R
 
K
F
 
A
K
 
A
E
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
R
R
 
E
R
 
R
R
 
R
D
 
D
D
 
D
V
 
I
A
 
A
R
 
Y
L
 
W
I
 
E
T
 
V
S
 
L
E
 
E
H
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
P
F
 
I
S
 
S
D
 
Q
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
I
T
 
D
R
 
H
G
 
C
L
 
I
E
 
A
V
 
C
V
 
F
E
 
E
F
 
M
A
 
A
C
 
A
G
 
G
I
 
A
P
 
A
H
 
R
L
 
M
L
 
L
K
 
H
G
 
G
E
 
D
F
 
T
S
 
F
S
 
N
N
 
N
V
 
L
G
 
G
R
 
E
D
 
G
I
 
L
D
 
F
S
 
G
N
 
M
S
 
V
L
 
L
M
 
R
Q
 
E
P
 
P
L
 
I
G
 
G
V
 
V
C
 
V
V
 
G
G
 
L
I
|
I
T
|
T
P
|
P
F
x
W
N
|
N
F
 
F
P
 
P
A
 
F
M
 
M
V
x
I
P
 
L
L
 
C
W
 
E
M
 
R
L
 
A
P
 
P
V
 
F
A
 
I
I
 
L
A
 
A
C
 
S
G
 
G
N
 
C
T
 
T
F
 
L
V
 
V
L
 
V
K
|
K
P
|
P
S
x
A
E
|
E
K
 
V
D
 
T
P
 
S
S
 
A
A
 
T
T
 
T
M
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
K
G
 
G
V
 
V
L
 
F
N
 
N
I
 
V
V
 
V
N
 
T
G
 
G
D
x
T
K
x
G
E
 
R
A
 
T
V
 
V
D
x
G
V
x
Q
L
 
A
L
 
M
T
|
T
D
 
E
E
 
H
R
 
Q
-
 
D
V
 
I
Q
 
D
S
 
M
V
 
L
S
 
S
F
|
F
V
x
T
G
|
G
S
|
S
T
 
T
P
 
G
I
x
V
A
 
G
E
 
K
Y
 
S
-
 
C
I
 
I
Y
 
H
A
 
A
T
 
A
A
 
A
S
 
D
A
 
S
H
 
N
G
 
L
K
 
K
R
 
K
C
 
L
Q
 
G
A
 
L
L
x
E
G
x
L
G
|
G
A
 
G
K
 
K
N
 
N
H
 
P
M
 
I
V
 
V
V
 
V
M
 
F
P
 
A
D
 
D
A
 
S
D
 
N
P
 
L
Q
 
E
Q
 
D
V
 
A
V
 
A
S
 
D
S
 
A
L
 
V
-
 
A
I
 
F
G
 
G
A
 
I
A
 
S
Y
 
F
G
 
N
S
 
T
A
 
G
G
 
-
E
 
-
R
 
Q
C
 
C
M
x
A
A
 
V
I
 
S
S
 
S
V
 
S
A
 
R
V
 
L
C
 
I
V
 
V
G
 
E
D
 
R
E
 
S
V
 
V
A
 
A
D
 
E
K
 
K
L
 
F
V
 
E
G
 
R
M
 
L
L
 
V
Q
 
V
D
 
A
E
 
K
I
 
M
G
 
E
Q
 
K
M
 
I
R
 
R
T
 
V
G
 
G
P
 
D
G
 
P
L
 
F
G
 
-
I
 
-
E
 
D
P
 
P
E
 
E
P
 
T
H
 
Q
M
 
I
G
 
G
P
 
A
L
 
I
V
 
T
T
 
T
R
 
E
E
 
A
H
 
Q
Q
 
N
Q
 
K
K
 
T
V
 
I
S
 
L
G
 
D
Y
 
Y
I
 
I
D
 
A
L
 
K
G
 
G
V
 
K
E
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
K
L
 
L
V
 
L
C
 
C
D
 
G
G
 
G
R
 
-
G
 
G
I
 
I
K
 
V
V
 
D
E
 
F
G
 
G
H
 
-
E
 
-
N
 
K
G
 
G
F
 
Q
Y
 
Y
V
 
I
G
 
Q
P
 
P
T
 
T
L
 
L
F
 
F
D
 
T
R
 
D
V
 
V
T
 
K
P
 
P
S
 
S
M
 
M
R
 
G
I
 
I
Y
 
A
R
 
R
E
 
D
E
|
E
I
 
I
F
|
F
G
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
A
V
 
S
V
 
F
R
 
H
V
 
F
K
 
D
S
 
T
F
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
I
Q
 
A
L
 
I
I
 
A
N
 
N
D
 
D
H
 
T
E
 
V
Y
 
Y
G
 
G
N
x
L
G
 
A
T
 
A
S
 
S
I
 
V
F
 
W
T
 
S
R
 
K
D
 
D
G
 
I
D
 
D
T
 
K
A
 
A
R
 
L
Q
 
A
F
 
V
E
 
T
E
 
R
N
 
R
V
 
V
K
 
R
V
 
A
G
 
G
M
 
R
V
 
F
G
 
W
V
 
V
N
 
N
V
 
T
P
 
I
I
 
M
P
 
S
-
 
G
-
 
G
-
 
P
-
 
E
V
 
T
P
 
P
M
 
L
A
 
-
F
 
-
H
 
-
C
 
-
F
 
-
G
 
G
G
 
G
W
 
F
K
 
K
R
 
Q
S
 
S
V
 
G
F
 
W
G
 
G
P
 
-
L
 
-
N
 
R
M
 
E
H
 
A
G
 
G
P
 
L
D
 
Y
G
 
G
V
 
V
R
 
E
F
 
E
F
 
Y
T
 
T
R
 
Q
M
 
I
K
 
K
T
 
S
V
 
V

1bpwA Betaine aldehyde dehydrogenase from cod liver (see paper)
30% identity, 92% coverage: 23:480/500 of query aligns to 40:492/503 of 1bpwA

query
sites
1bpwA
V
 
V
Y
 
F
N
 
E
P
 
P
A
 
A
N
 
T
G
 
G
E
 
R
P
 
V
R
 
L
L
 
C
Y
 
Q
V
 
M
S
 
V
L
 
P
S
 
C
S
 
G
A
 
A
D
 
E
E
 
E
T
 
V
R
 
D
E
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
Q
A
 
S
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
F
 
Y
D
 
L
G
 
K
W
 
W
S
 
S
K
 
K
T
 
M
P
 
A
P
 
G
L
 
I
V
 
E
R
 
R
A
 
S
R
 
R
V
 
V
M
 
M
F
 
L
R
 
E
F
 
A
K
 
A
E
 
R
L
 
I
L
 
I
E
 
R
R
 
E
R
 
R
R
 
R
D
 
D
D
 
N
V
 
I
A
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
E
T
 
V
S
 
I
E
 
N
H
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
T
F
 
I
S
 
T
D
 
E
A
 
A
Q
 
E
G
 
Y
E
 
D
V
 
I
T
 
D
R
 
A
G
 
A
L
 
W
E
 
Q
V
 
C
V
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
Y
C
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
A
H
 
P
L
 
T
L
 
L
K
 
S
G
 
G
E
 
Q
F
 
H
S
 
I
S
 
Q
N
 
L
V
 
P
G
 
G
R
 
G
D
 
A
I
 
F
D
 
-
S
 
A
N
 
Y
S
 
T
L
 
R
M
 
R
Q
 
E
P
 
P
L
 
L
G
 
G
V
 
V
C
 
C
V
 
A
G
 
G
I
|
I
T
x
L
P
x
A
F
x
W
N
|
N
F
 
Y
P
 
P
A
 
F
M
 
M
V
 
I
P
 
A
L
 
A
W
 
W
M
 
K
L
 
C
P
 
A
V
 
P
A
 
A
I
 
L
A
 
A
C
 
C
G
 
G
N
 
N
T
 
A
F
 
V
V
 
V
L
 
F
K
|
K
P
 
P
S
|
S
E
 
P
K
 
M
D
 
T
P
 
P
S
 
V
A
 
T
T
 
G
M
 
V
L
 
I
L
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
I
L
 
F
A
 
H
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
G
V
 
L
L
 
V
N
 
N
I
 
V
V
 
V
N
 
Q
G
 
G
D
x
G
K
x
A
E
 
E
A
 
T
V
x
G
D
x
S
V
 
L
L
 
L
L
 
C
T
 
H
D
 
H
E
 
P
R
 
N
V
 
V
Q
 
A
S
 
K
V
 
V
S
 
S
F
|
F
V
x
T
G
|
G
S
|
S
T
 
V
P
 
P
I
x
T
A
 
G
E
 
K
Y
 
K
I
 
V
Y
 
M
A
 
E
T
x
M
A
 
S
S
 
A
A
 
K
H
 
T
G
 
V
K
 
K
R
 
H
C
 
V
Q
 
T
A
 
L
L
x
E
G
x
L
G
|
G
A
 
G
K
 
K
N
 
S
H
 
P
M
 
L
V
 
L
V
 
I
M
 
F
P
 
K
D
 
D
A
 
C
D
 
E
P
 
L
Q
 
E
Q
 
N
V
 
A
V
 
V
S
 
R
S
 
G
L
 
A
I
 
L
G
 
M
A
 
A
A
 
N
Y
 
F
G
 
L
S
 
T
A
 
Q
G
 
G
E
 
Q
R
 
V
C
|
C
M
 
T
A
 
N
I
 
-
S
 
G
V
 
T
A
 
R
V
 
V
C
 
F
V
 
V
G
 
Q
D
 
R
E
 
E
V
 
I
A
 
M
D
 
P
K
 
Q
L
 
F
V
 
L
G
 
E
M
 
E
L
 
V
Q
 
V
D
 
K
E
 
R
I
 
T
G
 
K
Q
 
A
M
 
I
R
 
V
T
 
V
G
 
G
P
 
D
G
 
P
L
 
L
G
 
-
I
 
-
E
 
L
P
 
T
E
 
E
P
 
T
H
 
R
M
 
M
G
 
G
P
 
G
L
 
L
V
 
I
T
 
S
R
 
K
E
 
P
H
 
Q
Q
 
L
Q
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
L
G
 
G
Y
 
F
I
 
V
D
 
A
L
 
Q
G
 
A
V
 
K
E
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
R
L
 
V
V
 
L
C
 
C
D
 
G
G
 
G
R
 
E
G
 
P
I
 
L
K
 
T
V
 
P
E
 
S
G
 
D
-
 
P
-
 
K
H
 
L
E
 
K
N
 
N
G
 
G
F
 
Y
Y
 
F
V
 
M
G
 
S
P
 
P
T
 
C
L
 
V
F
 
L
D
 
D
R
 
N
V
 
C
T
 
R
P
 
D
S
 
D
M
 
M
R
 
T
I
 
C
Y
 
V
R
 
K
E
 
E
E
|
E
I
 
I
F
|
F
G
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
M
A
 
S
V
 
V
V
 
L
R
 
P
V
 
F
K
 
D
S
 
T
F
 
E
D
 
E
E
 
E
A
 
V
L
 
L
Q
 
Q
L
 
R
I
 
A
N
 
N
D
 
N
H
 
T
E
 
T
Y
 
F
G
 
G
N
x
L
G
 
A
T
 
S
S
 
G
I
 
V
F
 
F
T
 
T
R
 
R
D
 
D
G
 
I
D
 
S
T
 
R
A
 
A
R
 
H
Q
 
R
F
 
V
E
 
A
E
 
A
N
 
N
V
 
L
K
 
E
V
 
A
G
 
G
M
 
T
V
 
C
G
 
Y
V
 
I
N
 
N
V
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
I
-
 
S
P
 
P
I
 
V
P
 
E
V
 
V
P
 
P
M
 
-
A
 
-
F
 
-
H
 
-
C
 
-
F
|
F
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
K
 
K
R
 
M
S
 
S
V
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
R
L
x
E
N
 
N
M
 
-
H
 
-
G
 
G
P
 
Q
D
 
A
G
 
T
V
 
V
R
 
D
F
 
Y
F
 
Y
T
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
K
T
 
T
V
 
V

P56533 4-trimethylaminobutyraldehyde dehydrogenase; TMABA-DH; TMABADH; Aldehyde dehydrogenase family 9 member A1; Betaine aldehyde dehydrogenase; BADH; EC 1.2.1.47; EC 1.2.1.3 from Gadus morhua subsp. callarias (Baltic cod) (Gadus callarias) (see paper)
30% identity, 92% coverage: 23:480/500 of query aligns to 40:492/503 of P56533

query
sites
P56533
V
 
V
Y
 
F
N
 
E
P
 
P
A
 
A
N
 
T
G
 
G
E
 
R
P
 
V
R
 
L
L
 
C
Y
 
Q
V
 
M
S
 
V
L
 
P
S
 
C
S
 
G
A
 
A
D
 
E
E
 
E
T
 
V
R
 
D
E
 
Q
A
 
A
I
 
V
A
 
Q
A
 
S
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
F
 
Y
D
 
L
G
 
K
W
 
W
S
 
S
K
 
K
T
 
M
P
 
A
P
 
G
L
 
I
V
 
E
R
 
R
A
 
S
R
 
R
V
 
V
M
 
M
F
 
L
R
 
E
F
 
A
K
 
A
E
 
R
L
 
I
L
 
I
E
 
R
R
 
E
R
 
R
R
 
R
D
 
D
D
 
N
V
 
I
A
 
A
R
 
K
L
 
L
I
 
E
T
 
V
S
 
I
E
 
N
H
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
T
F
 
I
S
 
T
D
 
E
A
 
A
Q
 
E
G
 
Y
E
 
D
V
 
I
T
 
D
R
 
A
G
 
A
L
 
W
E
 
Q
V
 
C
V
 
I
E
 
E
F
 
Y
A
 
Y
C
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
A
H
 
P
L
 
T
L
 
L
K
 
S
G
 
G
E
 
Q
F
 
H
S
 
I
S
 
Q
N
 
L
V
 
P
G
 
G
R
 
G
D
 
A
I
 
F
D
 
-
S
 
A
N
 
Y
S
 
T
L
 
R
M
 
R
Q
 
E
P
 
P
L
 
L
G
 
G
V
 
V
C
 
C
V
 
A
G
 
G
I
 
I
T
 
L
P
 
A
F
 
W
N
 
N
F
 
Y
P
 
P
A
 
F
M
 
M
V
 
I
P
 
A
L
 
A
W
 
W
M
 
K
L
 
C
P
 
A
V
 
P
A
 
A
I
 
L
A
 
A
C
 
C
G
 
G
N
 
N
T
 
A
F
 
V
V
 
V
L
 
F
K
|
K
P
 
P
S
 
S
E
 
P
K
 
M
D
 
T
P
 
P
S
 
V
A
 
T
T
 
G
M
 
V
L
 
I
L
 
L
G
 
A
E
 
E
L
 
I
L
 
F
A
 
H
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
G
V
 
L
L
 
V
N
 
N
I
 
V
V
 
V
N
 
Q
G
 
G
D
 
G
K
 
A
E
 
E
A
 
T
V
 
G
D
 
S
V
 
L
L
 
L
L
 
C
T
 
H
D
 
H
E
 
P
R
 
N
V
 
V
Q
 
A
S
 
K
V
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
T
G
|
G
S
|
S
T
x
V
P
|
P
I
x
T
A
 
G
E
 
K
Y
 
K
I
 
V
Y
 
M
A
 
E
T
 
M
A
 
S
S
 
A
A
 
K
H
 
T
G
 
V
K
 
K
R
 
H
C
 
V
Q
 
T
A
 
L
L
 
E
G
 
L
G
 
G
A
 
G
K
 
K
N
 
S
H
 
P
M
 
L
V
 
L
V
 
I
M
 
F
P
 
K
D
 
D
A
 
C
D
 
E
P
 
L
Q
 
E
Q
 
N
V
 
A
V
 
V
S
 
R
S
 
G
L
 
A
I
 
L
G
 
M
A
 
A
A
 
N
Y
 
F
G
 
L
S
 
T
A
 
Q
G
 
G
E
 
Q
R
 
V
C
 
C
M
 
T
A
 
N
I
 
-
S
 
G
V
 
T
A
 
R
V
 
V
C
 
F
V
 
V
G
 
Q
D
 
R
E
 
E
V
 
I
A
 
M
D
 
P
K
 
Q
L
 
F
V
 
L
G
 
E
M
 
E
L
 
V
Q
 
V
D
 
K
E
 
R
I
 
T
G
 
K
Q
 
A
M
 
I
R
 
V
T
 
V
G
 
G
P
 
D
G
 
P
L
 
L
G
 
-
I
 
-
E
 
L
P
 
T
E
 
E
P
 
T
H
 
R
M
 
M
G
 
G
P
 
G
L
 
L
V
 
I
T
 
S
R
 
K
E
 
P
H
 
Q
Q
 
L
Q
 
D
K
 
K
V
 
V
S
 
L
G
 
G
Y
 
F
I
 
V
D
 
A
L
 
Q
G
 
A
V
 
K
E
 
K
E
 
E
G
 
G
A
 
A
T
 
R
L
 
V
V
 
L
C
 
C
D
 
G
G
 
G
R
 
E
G
 
P
I
 
L
K
 
T
V
 
P
E
 
S
G
 
D
-
 
P
-
 
K
H
 
L
E
 
K
N
 
N
G
 
G
F
 
Y
Y
 
F
V
 
M
G
 
S
P
 
P
T
 
C
L
 
V
F
 
L
D
 
D
R
 
N
V
 
C
T
 
R
P
 
D
S
 
D
M
 
M
R
 
T
I
 
C
Y
 
V
R
 
K
E
 
E
E
|
E
I
 
I
F
 
F
G
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
M
A
 
S
V
 
V
V
 
L
R
 
P
V
 
F
K
 
D
S
 
T
F
 
E
D
 
E
E
 
E
A
 
V
L
 
L
Q
 
Q
L
 
R
I
 
A
N
 
N
D
 
N
H
 
T
E
 
T
Y
 
F
G
 
G
N
 
L
G
 
A
T
 
S
S
 
G
I
 
V
F
 
F
T
 
T
R
 
R
D
 
D
G
 
I
D
 
S
T
 
R
A
 
A
R
 
H
Q
 
R
F
 
V
E
 
A
E
 
A
N
 
N
V
 
L
K
 
E
V
 
A
G
 
G
M
 
T
V
 
C
G
 
Y
V
 
I
N
 
N
V
 
T
-
 
Y
-
 
S
-
 
I
-
 
S
P
 
P
I
 
V
P
 
E
V
 
V
P
 
P
M
 
-
A
 
-
F
 
-
H
 
-
C
 
-
F
 
F
G
 
G
G
 
G
W
 
Y
K
 
K
R
 
M
S
 
S
V
 
G
F
 
F
G
 
G
P
 
R
L
 
E
N
 
N
M
 
-
H
 
-
G
 
G
P
 
Q
D
 
A
G
 
T
V
 
V
R
 
D
F
 
Y
F
 
Y
T
 
S
R
 
Q
M
 
L
K
 
K
T
 
T
V
 
V

7radA Crystal structure analysis of aldh1b1
32% identity, 96% coverage: 7:485/500 of query aligns to 16:489/493 of 7radA

query
sites
7radA
L
 
F
I
 
I
N
 
N
N
 
N
E
 
E
A
 
W
V
 
Q
A
 
D
G
 
A
R
 
V
S
 
S
E
 
K
R
 
K
H
 
T
A
 
F
T
 
P
V
 
T
Y
 
V
N
 
N
P
 
P
A
 
T
N
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
V
R
 
I
L
 
G
Y
 
H
V
 
V
S
 
A