SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3854 FitnessBrowser__psRCH2:GFF3854 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

5a1sD Crystal structure of the sodium-dependent citrate symporter secits form salmonella enterica. (see paper)
38% identity, 95% coverage: 18:434/437 of query aligns to 3:430/434 of 5a1sD

query
sites
5a1sD
S
 
D
L
 
L
L
 
L
S
 
R
Q
 
F
R
 
K
I
 
I
F
 
F
N
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
I
 
F
A
 
A
L
 
L
L
 
I
V
 
T
M
 
L
A
 
L
A
 
L
A
 
S
I
 
H
V
 
F
T
 
Y
D
 
N
T
 
A
L
 
I
P
 
P
T
 
T
G
 
D
M
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
G
L
 
F
L
 
A
V
 
L
M
 
M
M
 
F
L
 
V
L
 
M
G
 
G
E
 
A
L
 
I
L
 
F
G
 
G
F
 
E
A
 
I
G
 
G
D
 
K
R
 
R
L
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
F
R
 
N
T
 
K
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
A
A
 
P
I
 
V
M
 
M
A
 
I
L
 
F
F
 
L
G
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
Y
M
 
F
V
 
V
Y
 
Y
F
 
A
G
 
G
W
 
I
L
 
F
P
 
T
A
 
Q
A
 
K
V
 
E
A
 
I
D
 
D
D
 
A
V
 
I
A
 
S
S
 
N
F
 
V
M
 
M
K
 
D
G
 
K
G
 
S
G
 
N
F
 
F
L
 
L
D
 
N
F
 
L
Y
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
A
I
 
I
L
 
L
G
 
S
M
 
V
D
 
N
A
 
R
K
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
L
K
 
K
V
 
S
G
 
L
S
 
L
R
 
G
Y
 
Y
A
 
I
L
 
P
P
 
T
L
 
I
L
 
L
C
 
A
S
 
G
V
 
I
L
 
V
F
 
G
A
 
A
A
 
S
L
 
L
F
 
F
A
 
G
M
 
I
A
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
L
L
 
C
L
 
F
G
 
G
F
 
I
S
 
P
P
 
V
Q
 
D
D
 
R
A
 
I
V
 
M
V
 
M
V
 
L
I
 
Y
A
 
V
M
 
L
P
 
P
I
|
I
M
|
M
G
|
G
G
 
G
G
 
G
M
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
L
S
 
S
Q
 
E
I
 
I
Y
 
Y
E
 
H
Q
 
S
L
 
V
L
 
T
G
 
G
Q
 
R
P
 
S
A
 
R
S
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
I
 
Y
S
 
S
I
 
T
L
 
A
V
 
I
P
 
A
A
 
I
L
 
L
A
 
T
L
 
I
G
 
A
N
 
N
V
 
I
F
 
F
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
F
A
 
A
G
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
D
G
 
M
L
 
V
G
 
G
N
 
K
R
 
K
Y
 
Y
P
 
T
S
 
W
L
 
L
T
 
S
G
 
G
N
 
E
G
 
G
Q
 
E
M
 
L
M
 
V
P
 
R
-
 
K
-
 
A
-
 
S
-
 
F
G
 
K
V
 
T
D
 
E
V
 
D
S
 
D
D
 
E
K
 
K
E
 
A
G
 
G
P
 
Q
I
 
I
T
 
T
L
 
H
P
 
R
A
 
E
L
 
T
G
 
A
I
 
V
G
 
G
L
 
M
V
 
V
A
 
L
A
 
S
L
 
T
S
 
T
F
 
C
F
 
F
I
 
L
A
 
L
G
 
A
Q
 
Y
I
 
V
L
 
V
G
 
A
K
 
K
F
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
I
-
 
G
-
 
G
V
 
V
P
 
S
L
 
I
H
 
H
P
 
Y
Y
 
F
A
 
A
L
 
W
M
 
M
I
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
A
L
 
L
K
 
N
V
 
A
S
 
S
N
 
G
L
 
L
V
 
C
P
 
S
E
 
P
S
 
E
I
 
I
N
 
K
D
 
A
A
 
G
A
 
A
S
 
K
Q
 
R
W
 
L
F
 
S
R
 
D
F
 
F
V
 
F
A
 
S
R
 
K
N
 
Q
W
 
L
T
x
L
F
 
W
A
 
V
L
 
L
L
 
M
F
 
V
G
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
C
F
 
Y
T
 
T
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
Q
 
E
V
 
I
L
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
L
S
 
T
L
 
F
T
 
A
Y
 
N
V
 
V
L
 
V
I
 
I
V
 
A
F
 
A
A
 
I
V
 
I
V
 
V
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
V
F
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
A
L
 
I
V
 
G
G
 
G
R
 
W
L
 
L
V
 
I
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
A
 
S
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
L
C
|
C
M
|
M
A
|
A
N
|
N
M
 
R
G
|
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
D
|
D
V
 
L
A
 
E
V
 
V
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
C
R
 
N
R
 
R
M
 
M
S
 
N
L
 
L
M
 
I
P
 
S
F
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
S
|
S
R
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
G
L
 
I
I
 
V
L
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
S
 
S
V
 
I
V
 
V
V
 
F
P
 
S
L
 
M

5x9rA Structural insights into the elevator-like mechanism of the sodium/citrate symporter cits (see paper)
38% identity, 94% coverage: 23:431/437 of query aligns to 2:412/416 of 5x9rA

query
sites
5x9rA
R
 
K
I
 
I
F
 
F
N
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
I
 
F
A
 
A
L
 
L
L
 
I
V
 
T
M
 
L
A
 
L
A
 
L
A
 
S
I
 
H
V
 
F
T
 
Y
D
 
N
T
 
A
L
 
L
P
 
P
T
 
T
G
 
D
M
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
G
L
 
F
L
 
A
V
 
I
M
 
M
M
 
F
L
 
I
L
 
I
G
 
G
E
 
A
L
 
I
L
 
F
G
 
G
F
 
E
A
 
I
G
 
G
D
 
K
R
 
R
L
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
F
R
 
N
T
 
K
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
A
A
 
P
I
 
V
M
 
M
A
 
I
L
 
F
F
 
L
G
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
Y
M
 
F
V
 
V
Y
 
Y
F
 
A
G
 
G
W
 
I
L
 
F
P
 
T
A
 
Q
A
 
K
V
 
E
A
 
I
D
 
D
D
 
A
V
 
I
A
 
S
S
 
N
F
 
V
M
 
M
K
 
D
G
 
K
G
 
S
G
 
N
F
 
F
L
 
L
D
 
N
F
 
L
Y
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
x
A
I
 
I
L
 
L
G
 
S
M
x
V
D
 
N
A
 
R
K
 
R
V
 
L
L
 
L
V
 
L
K
 
K
V
 
S
G
 
L
S
 
L
R
 
G
Y
 
Y
A
 
I
L
 
P
P
 
T
L
 
I
L
 
L
C
 
M
S
 
G
V
 
I
L
 
V
F
 
G
A
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
A
 
G
M
 
I
A
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
L
L
 
V
L
 
F
G
 
G
F
 
I
S
 
P
P
 
V
Q
 
D
D
 
R
A
 
I
V
 
M
V
 
M
V
 
L
I
 
Y
A
 
V
M
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
M
G
 
G
G
 
G
G
|
G
M
x
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
L
S
 
S
Q
 
E
I
 
I
Y
 
Y
E
 
H
Q
 
S
L
 
V
L
 
T
G
 
G
Q
 
R
P
 
S
A
 
R
S
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
I
 
Y
S
 
S
I
 
T
L
 
A
V
 
I
P
 
A
A
 
I
L
 
L
A
 
T
L
 
I
G
 
A
N
 
N
V
 
I
F
 
F
A
 
A
I
 
I
I
 
V
I
 
F
A
 
A
G
 
A
L
 
V
L
 
L
N
 
D
G
 
I
L
 
I
G
 
G
N
 
K
R
 
K
Y
 
H
P
 
T
S
 
W
L
 
L
T
 
S
G
 
G
N
 
E
G
 
G
Q
x
E
M
 
L
M
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
V
S
 
R
D
 
E
K
 
K
E
 
T
G
 
G
P
 
Q
I
 
I
T
 
T
L
 
H
P
 
R
A
 
E
L
 
T
G
 
A
I
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
L
A
 
S
L
 
T
S
 
T
F
 
C
F
 
F
I
 
L
A
 
L
G
 
A
Q
 
Y
I
 
V
L
 
V
G
 
A
K
 
K
F
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
I
-
 
G
-
 
G
V
 
V
P
 
A
L
 
I
H
 
H
P
 
Y
Y
 
F
A
 
A
L
 
W
M
 
M
I
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
A
L
 
L
K
 
N
V
 
A
S
 
S
N
 
G
L
 
L
V
 
C
P
 
S
E
 
P
S
 
E
I
 
I
N
 
K
D
 
A
A
 
G
A
 
A
S
 
K
Q
 
R
W
 
L
F
 
S
R
 
D
F
 
F
V
 
F
A
 
S
R
 
K
N
 
Q
W
 
L
T
 
L
F
 
W
A
 
V
L
 
L
L
 
M
F
 
V
G
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
C
F
x
Y
T
 
T
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
Q
 
E
V
 
I
L
 
I
D
 
N
A
 
A
I
 
I
S
 
T
L
 
F
T
 
A
Y
 
N
V
 
V
L
 
V
I
 
I
V
 
A
F
 
A
A
 
I
V
 
I
V
 
V
A
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
F
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
A
L
 
I
V
 
G
G
 
G
R
 
W
L
 
L
V
 
M
G
 
G
F
 
F
Y
 
F
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
L
C
 
C
M
 
M
A
 
A
N
 
N
M
x
R
G
 
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
D
 
D
V
 
L
A
 
E
V
 
V
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
C
R
 
N
R
 
R
M
 
M
S
x
N
L
 
L
M
 
I
P
 
S
F
x
Y
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
S
 
S
R
|
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
G
L
 
I
I
 
V
L
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
S
 
S
V
 
I
V
 
V

5xasB Structural insights into the elevator-like mechanism of the sodium/citrate symporter cits (see paper)
37% identity, 95% coverage: 18:431/437 of query aligns to 2:402/407 of 5xasB

query
sites
5xasB
S
 
D
L
 
L
L
 
L
S
 
G
Q
 
F
R
 
K
I
 
I
F
 
F
N
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
I
 
F
A
 
A
L
 
L
L
 
I
V
 
T
M
 
L
A
 
L
A
 
L
A
 
S
I
 
H
V
 
F
T
 
Y
D
 
N
T
 
A
L
 
L
P
 
P
T
 
T
G
 
D
M
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
G
L
 
F
L
 
A
V
 
I
M
 
M
M
 
F
L
 
I
L
 
I
G
 
G
E
 
A
L
 
I
L
 
F
G
 
G
F
 
E
A
 
I
G
 
G
D
 
K
R
 
R
L
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
F
R
 
N
T
 
K
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
A
A
 
P
I
 
V
M
 
M
A
 
I
L
 
F
F
 
L
G
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
Y
M
 
F
V
 
V
Y
 
Y
F
 
A
G
 
G
W
 
I
L
 
F
P
 
T
A
 
Q
A
 
K
V
 
E
A
 
I
D
 
D
D
 
A
V
 
I
A
 
S
S
 
N
F
 
V
M
 
M
K
 
D
G
 
K
G
 
S
G
 
N
F
 
F
L
 
L
D
 
N
F
 
L
Y
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
A
I
 
I
L
 
L
G
 
S
M
 
V
D
 
N
A
 
R
K
 
R
V
 
L
L
 
L
V
 
L
K
 
K
V
 
S
G
 
L
S
 
L
R
 
G
Y
 
Y
A
 
I
L
 
P
P
 
T
L
 
I
L
 
L
C
 
M
S
 
G
V
 
I
L
 
V
F
 
G
A
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
A
 
G
M
 
I
A
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
L
L
 
V
L
 
F
G
 
G
F
 
I
S
 
P
P
 
V
Q
 
D
D
 
R
A
 
I
V
 
M
V
 
M
V
 
L
I
 
Y
A
 
V
M
 
L
P
 
P
I
|
I
M
|
M
G
|
G
G
 
G
G
 
G
M
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
L
S
 
S
Q
 
E
I
 
I
Y
 
Y
E
 
H
Q
 
S
L
 
V
L
 
T
G
 
G
Q
 
R
P
 
S
A
 
R
S
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
I
 
Y
S
 
S
I
 
T
L
 
A
V
 
I
P
 
A
A
 
I
L
 
L
A
 
T
L
 
I
G
 
A
N
 
N
V
 
I
F
 
F
A
 
A
I
 
I
I
 
V
I
 
F
A
 
A
G
 
A
L
 
V
L
 
L
N
 
-
G
 
-
L
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
Y
 
-
P
 
-
S
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
G
 
-
Q
 
-
M
 
-
M
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
D
V
 
I
S
 
I
D
 
G
K
 
K
E
 
K
G
 
H
P
 
T
I
 
I
T
 
T
L
 
H
P
 
R
A
 
E
L
 
T
G
 
A
I
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
L
A
 
S
L
 
T
S
 
T
F
 
C
F
 
F
I
 
L
A
 
L
G
 
A
Q
 
Y
I
 
V
L
 
V
G
 
A
K
 
K
F
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
I
-
 
G
-
 
G
V
 
V
P
 
A
L
 
I
H
 
H
P
 
Y
Y
 
F
A
 
A
L
 
W
M
 
M
I
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
A
L
 
L
K
 
N
V
 
A
S
 
S
N
 
G
L
 
L
V
 
C
P
 
S
E
 
P
S
 
E
I
 
I
N
 
K
D
 
A
A
 
G
A
 
A
S
 
K
Q
 
R
W
 
L
F
 
S
R
 
D
F
 
F
V
 
F
A
 
S
R
 
K
N
 
Q
W
 
L
T
x
L
F
 
W
A
 
V
L
 
L
L
 
M
F
 
V
G
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
C
F
 
Y
T
 
T
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
Q
 
E
V
 
I
L
 
I
D
 
N
A
 
A
I
 
I
S
 
T
L
 
F
T
 
A
Y
 
N
V
 
V
L
 
V
I
 
I
V
 
A
F
 
A
A
 
I
V
 
I
V
 
V
A
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
F
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
A
L
 
I
V
 
G
G
 
G
R
 
W
L
 
L
V
 
M
G
 
G
F
 
F
Y
 
F
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
L
C
 
C
M
|
M
A
|
A
N
|
N
M
 
R
G
 
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
D
 
D
V
 
L
A
 
E
V
 
V
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
C
R
 
N
R
 
R
M
 
M
S
 
N
L
 
L
M
 
I
P
 
S
F
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
S
 
S
R
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
G
L
 
I
I
 
V
L
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
S
 
S
V
 
I
V
 
V

5xarD Structural insights into the elevator-like mechanism of the sodium/citrate symporter cits (see paper)
37% identity, 95% coverage: 18:431/437 of query aligns to 5:406/411 of 5xarD

query
sites
5xarD
S
 
D
L
 
L
L
 
L
S
 
G
Q
 
F
R
 
K
I
 
I
F
 
F
N
 
G
L
 
M
P
 
P
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
I
 
F
A
 
A
L
 
L
L
 
I
V
 
T
M
 
L
A
 
L
A
 
L
A
 
S
I
 
H
V
 
F
T
 
Y
D
 
N
T
 
A
L
 
L
P
 
P
T
 
T
G
 
D
M
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
G
L
 
F
L
 
A
V
 
I
M
 
M
M
 
F
L
 
I
L
 
I
G
 
G
E
 
A
L
 
I
L
 
F
G
 
G
F
 
E
A
 
I
G
 
G
D
 
K
R
 
R
L
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
F
R
 
N
T
 
K
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
A
A
 
P
I
 
V
M
 
M
A
 
I
L
 
F
F
 
L
G
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
Y
M
 
F
V
 
V
Y
 
Y
F
 
A
G
 
G
W
 
I
L
 
F
P
 
T
A
 
Q
A
 
K
V
 
E
A
 
I
D
 
D
D
 
A
V
 
I
A
 
S
S
 
N
F
 
V
M
 
M
K
 
D
G
 
K
G
 
S
G
 
N
F
 
F
L
 
L
D
 
N
F
 
L
Y
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
A
I
 
I
L
 
L
G
 
S
M
 
V
D
 
N
A
 
R
K
 
R
V
 
L
L
 
L
V
 
L
K
 
K
V
 
S
G
 
L
S
 
L
R
 
G
Y
 
Y
A
 
I
L
 
P
P
 
T
L
 
I
L
 
L
C
 
M
S
 
G
V
 
I
L
 
V
F
 
G
A
 
A
A
 
S
L
 
I
F
 
F
A
 
G
M
 
I
A
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
L
L
 
V
L
 
F
G
 
G
F
 
I
S
 
P
P
 
V
Q
 
D
D
 
R
A
 
I
V
 
M
V
 
M
V
 
L
I
 
Y
A
 
V
M
 
L
P
 
P
I
|
I
M
|
M
G
|
G
G
 
G
G
 
G
M
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
L
S
 
S
Q
 
E
I
 
I
Y
 
Y
E
 
H
Q
 
S
L
 
V
L
 
T
G
 
G
Q
 
R
P
 
S
A
 
R
S
 
E
Y
 
E
Y
 
Y
I
 
Y
S
 
S
I
 
T
L
 
A
V
 
I
P
 
A
A
 
I
L
|
L
A
 
T
L
 
I
G
 
A
N
 
N
V
 
I
F
 
F
A
 
A
I
 
I
I
 
V
I
 
F
A
 
A
G
 
A
L
 
V
L
 
L
N
 
D
G
 
I
L
 
I
G
 
G
N
 
K
R
 
K
Y
 
H
P
 
T
S
 
W
L
 
I
T
 
T
G
 
-
N
 
-
G
 
-
Q
 
-
M
 
-
M
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
H
K
 
R
E
 
E
G
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
T
G
 
A
I
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
L
A
 
S
L
 
T
S
 
T
F
 
C
F
 
F
I
 
L
A
 
L
G
 
A
Q
 
Y
I
 
V
L
 
V
G
 
A
K
 
K
F
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
I
-
 
G
-
 
G
V
 
V
P
 
A
L
 
I
H
 
H
P
 
Y
Y
 
F
A
 
A
L
 
W
M
 
M
I
 
V
V
 
L
L
 
I
V
 
V
A
 
A
L
 
A
L
 
L
K
 
N
V
 
A
S
 
S
N
 
G
L
 
L
V
 
C
P
 
S
E
 
P
S
 
E
I
 
I
N
 
K
D
 
A
A
 
G
A
 
A
S
 
K
Q
 
R
W
 
L
F
 
S
R
 
D
F
 
F
V
 
F
A
 
S
R
 
K
N
 
Q
W
 
L
T
 
L
F
 
W
A
 
V
L
 
L
L
 
M
F
 
V
G
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
C
F
 
Y
T
 
T
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
Q
 
E
V
 
I
L
 
I
D
 
N
A
 
A
I
 
I
S
 
T
L
 
F
T
 
A
Y
 
N
V
 
V
L
 
V
I
 
I
V
 
A
F
 
A
A
 
I
V
 
I
V
 
V
A
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
V
F
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
A
L
 
I
V
 
G
G
 
G
R
 
W
L
 
L
V
 
M
G
 
G
F
 
F
Y
 
F
P
 
P
I
 
I
E
 
E
S
 
S
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
L
C
 
C
M
|
M
A
|
A
N
|
N
M
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
S
G
 
G
D
 
D
V
 
L
A
 
E
V
 
V
L
 
L
S
 
S
A
 
A
A
 
C
R
 
N
R
 
R
M
 
M
S
 
N
L
 
L
M
 
I
P
 
S
F
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
S
 
S
R
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
G
L
 
I
I
 
V
L
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
S
 
S
V
 
I
V
 
V

Query Sequence

>GFF3854 FitnessBrowser__psRCH2:GFF3854
MNRTTLSPAVPEGTPNVSLLSQRIFNLPLPLFAIALLVMAAAIVTDTLPTGMIGALLVMM
LLGELLGFAGDRLPIIRTYLGGGAIMALFGAASMVYFGWLPAAVADDVASFMKGGGFLDF
YIAALITGSILGMDAKVLVKVGSRYALPLLCSVLFAALFAMAVGALLGFSPQDAVVVIAM
PIMGGGMGAGAVPMSQIYEQLLGQPASYYISILVPALALGNVFAIIIAGLLNGLGNRYPS
LTGNGQMMPGVDVSDKEGPITLPALGIGLVAALSFFIAGQILGKFVPLHPYALMIVLVAL
LKVSNLVPESINDAASQWFRFVARNWTFALLFGIGVAFTDLGQVLDAISLTYVLIVFAVV
AGAAFGAGLVGRLVGFYPIESAITAGLCMANMGGTGDVAVLSAARRMSLMPFAQISSRLG
GALILLISSVVVPLFFT

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory