SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3857 PGA1_78p00210 putative oxidoreductase to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3q2kC Crystal structure of the wlba dehydrogenase from bordetella pertussis in complex with nadh and udp-glcnaca (see paper)
26% identity, 53% coverage: 3:200/377 of query aligns to 7:208/347 of 3q2kC

query
sites
3q2kC
E
 
K
L
 
I
G
 
R
I
 
F
G
 
G
I
 
L
I
 
V
G
 
G
C
 
C
G
|
G
N
x
R
I
|
I
S
 
S
L
 
K
T
 
N
Y
 
H
L
 
I
K
 
G
M
 
A
I
 
I
P
 
A
L
 
Q
F
 
H
S
 
G
G
 
D
M
 
R
-
 
A
K
 
E
L
 
L
C
 
V
A
 
E
V
 
I
A
 
C
D
|
D
I
x
T
N
 
N
P
 
P
K
 
E
A
 
A
A
 
L
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
A
 
E
A
 
A
E
 
A
H
 
T
G
 
G
L
 
A
R
 
R
A
 
P
E
 
F
T
 
S
V
 
S
E
 
L
G
 
S
L
 
D
L
 
M
A
 
L
A
 
A
E
 
Q
D
 
G
V
 
N
A
 
A
V
 
D
V
 
A
V
 
L
N
 
V
L
 
L
T
x
A
I
x
T
P
 
P
E
x
S
A
 
G
H
 
L
Y
x
H
P
 
P
L
 
W
T
x
Q
R
 
A
-
 
I
R
 
E
I
 
V
L
 
A
E
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
R
H
 
H
A
 
V
Y
 
V
S
 
S
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
M
A
 
A
L
 
T
T
 
R
L
 
W
D
 
E
Q
 
D
A
 
G
L
 
K
A
 
R
L
 
M
R
 
V
N
 
K
L
 
A
A
 
C
G
 
D
Q
 
E
R
 
A
G
 
G
L
 
V
R
 
R
V
 
L
G
 
F
S
 
V
A
 
V
P
 
K
D
x
Q
T
 
N
F
 
R
L
 
R
G
 
N
G
 
A
S
 
T
H
 
L
Q
 
Q
L
 
L
A
 
V
R
 
K
A
 
K
M
 
A
I
 
I
D
 
E
E
 
Q
G
 
G
R
 
R
V
 
F
G
 
G
P
 
R
V
 
I
I
 
Y
G
 
M
G
 
V
T
 
T
C
 
V
H
 
N
V
 
V
M
 
F
S
x
W
R
x
T
G
x
R
M
 
P
E
 
Q
H
 
E
W
x
Y
H
 
Y
P
 
D
N
 
A
P
 
A
D
 
R
F
x
W
F
x
R
-
 
G
-
 
K
F
 
W
Q
 
E
P
 
W
G
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
A
V
 
F
L
 
M
D
x
N
L
x
Q
G
 
A
P
 
S
Y
x
H
Y
 
Y
I
 
V
A
 
D
N
 
L
L
 
L
I
 
D
Q
 
W
L
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
V
R
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
Y
A
 
A
M
 
Y
T
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3q2kK Crystal structure of the wlba dehydrogenase from bordetella pertussis in complex with nadh and udp-glcnaca (see paper)
26% identity, 53% coverage: 3:200/377 of query aligns to 2:203/322 of 3q2kK

query
sites
3q2kK
E
 
K
L
 
I
G
 
R
I
 
F
G
 
G
I
 
L
I
 
V
G
|
G
C
 
C
G
|
G
N
x
R
I
|
I
S
 
S
L
 
K
T
 
N
Y
 
H
L
 
I
K
 
G
M
 
A
I
 
I
P
 
A
L
 
Q
F
 
H
S
 
G
G
 
D
M
 
R
-
 
A
K
 
E
L
 
L
C
 
V
A
 
E
V
 
I
A
 
C
D
|
D
I
x
T
N
 
N
P
 
P
K
 
E
A
 
A
A
 
L
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
A
 
E
A
 
A
E
 
A
H
 
T
G
 
G
L
 
A
R
 
R
A
 
P
E
 
F
T
 
S
V
 
S
E
 
L
G
 
S
L
 
D
L
 
M
A
 
L
A
 
A
E
 
Q
D
 
G
V
 
N
A
 
A
V
 
D
V
 
A
V
 
L
N
 
V
L
 
L
T
 
A
I
x
T
P
|
P
E
x
S
A
 
G
H
x
L
Y
x
H
P
 
P
L
 
W
T
 
Q
R
 
A
-
 
I
R
 
E
I
 
V
L
 
A
E
 
Q
A
 
A
G
 
G
K
 
R
H
 
H
A
 
V
Y
 
V
S
 
S
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
M
A
 
A
L
 
T
T
 
R
L
 
W
D
 
E
Q
 
D
A
 
G
L
 
K
A
 
R
L
 
M
R
 
V
N
 
K
L
 
A
A
 
C
G
 
D
Q
 
E
R
 
A
G
 
G
L
 
V
R
 
R
V
 
L
G
 
F
S
 
V
A
 
V
P
 
K
D
x
Q
T
 
N
F
 
R
L
 
R
G
 
N
G
 
A
S
 
T
H
 
L
Q
 
Q
L
 
L
A
 
V
R
 
K
A
 
K
M
 
A
I
 
I
D
 
E
E
 
Q
G
 
G
R
 
R
V
 
F
G
 
G
P
 
R
V
 
I
I
 
Y
G
 
M
G
 
V
T
 
T
C
 
V
H
 
N
V
 
V
M
 
F
S
 
W
R
x
T
G
x
R
M
 
P
E
 
Q
H
 
E
W
x
Y
H
 
Y
P
 
D
N
 
A
P
 
A
D
 
R
F
x
W
F
x
R
-
 
G
-
 
K
F
 
W
Q
 
E
P
 
W
G
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
A
V
 
F
L
 
M
D
x
N
L
x
Q
G
 
A
P
 
S
Y
x
H
Y
 
Y
I
 
V
A
 
D
N
 
L
L
 
L
I
 
D
Q
 
W
L
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
V
R
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
Y
A
 
A
M
 
Y
T
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Q53TZ2 L-arabinose 1-dehydrogenase (NAD(P)(+)); D-galactose 1-dehydrogenase; EC 1.1.1.376; EC 1.1.1.120; EC 1.1.1.48 from Azospirillum brasilense (see paper)
30% identity, 50% coverage: 3:189/377 of query aligns to 4:182/309 of Q53TZ2

query
sites
Q53TZ2
E
 
Q
L
 
V
G
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
V
I
 
V
G
 
G
C
 
I
G
 
G
N
 
K
I
 
I
S
 
A
L
 
R
-
 
D
T
 
Q
Y
 
H
L
 
L
K
 
P
M
 
A
I
 
I
P
 
D
L
 
A
F
 
E
S
 
P
G
 
G
M
 
F
K
 
K
L
 
L
C
 
T
A
 
A
V
 
C
A
 
A
D
 
S
I
 
R
N
 
H
P
 
A
K
 
E
A
 
V
A
 
T
Q
 
G
A
 
V
R
 
R
A
 
N
A
 
Y
E
 
-
H
 
R
G
 
D
L
 
L
R
 
R
A
 
A
E
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
E
D
 
R
V
 
E
A
 
L
V
 
D
V
 
A
V
 
V
N
 
S
L
 
L
T
 
C
I
 
A
P
 
P
-
 
P
E
 
Q
A
 
V
H
 
R
Y
 
Y
P
 
A
L
 
Q
T
 
A
R
 
R
R
 
A
I
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
M
S
 
L
E
 
E
K
 
K
P
 
P
L
 
P
A
 
G
L
 
A
T
 
T
L
 
L
D
 
G
Q
 
E
A
 
V
L
 
A
A
 
V
L
 
L
R
 
E
N
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
R
Q
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
R
 
-
V
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
P
 
-
D
 
-
T
 
T
F
 
L
L
 
F
G
 
A
G
 
T
S
 
W
H
 
H
Q
 
S
L
 
R
A
 
C
R
 
A
A
 
S
M
 
A
I
 
V
D
 
E
E
 
P
G
 
A
R
 
R
V
 
E
G
 
W
P
 
L
V
 
A
I
 
T
G
 
R
G
 
A
T
 
I
C
 
R
H
 
A
V
 
V
M
 
Q
S
 
V
R
 
R
G
 
W
M
 
K
E
 
E
-
 
D
-
 
V
-
 
R
H
 
R
W
 
W
H
 
H
P
 
P
N
 
G
P
 
Q
D
 
Q
F
 
W
F
 
I
F
 
W
Q
 
E
P
 
P
G
 
G
G
 
G
G
 
L
P
 
G
V
 
V
L
 
F
D
|
D
L
 
P
G
 
G
P
 
I
Y
x
N
Y
 
A
I
 
L
A
 
S
N
 
I
L
 
V
I
 
T
Q
 
R
L
 
I
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2glxA Crystal structure analysis of bacterial 1,5-af reductase (see paper)
25% identity, 68% coverage: 7:263/377 of query aligns to 4:249/332 of 2glxA

query
sites
2glxA
G
 
G
I
 
L
I
 
I
G
|
G
C
x
A
G
x
S
N
x
T
I
|
I
S
 
A
L
 
R
T
 
E
Y
 
W
L
 
V
K
 
I
M
 
G
I
 
A
P
 
I
L
 
R
F
 
A
S
 
T
G
 
G
M
 
G
K
 
E
L
 
V
C
 
V
A
 
S
V
 
M
A
 
M
D
x
S
I
x
T
N
 
S
P
 
A
K
 
E
A
x
R
A
 
G
Q
 
A
A
 
A
R
 
Y
A
 
A
A
 
T
E
 
E
H
 
N
G
 
G
L
 
I
-
 
G
-
 
K
R
 
S
A
 
V
E
 
T
T
 
S
V
 
V
E
 
E
G
 
E
L
 
L
L
 
V
A
 
G
A
 
D
E
 
P
D
 
D
V
 
V
A
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
Y
N
 
V
L
x
S
T
|
T
I
 
T
P
x
N
E
 
E
A
 
L
H
|
H
Y
 
R
P
 
E
L
 
Q
T
 
T
R
 
L
R
 
A
I
 
A
L
 
I
E
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
L
S
 
C
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
M
T
 
T
L
 
L
D
 
E
Q
 
D
A
 
A
L
 
R
A
 
E
L
 
M
R
 
V
N
 
V
L
 
A
A
 
A
G
 
R
Q
 
E
R
 
A
G
 
G
L
 
V
R
 
V
V
 
L
G
 
G
S
 
T
A
 
N
P
 
H
D
x
H
T
 
L
F
 
R
L
 
N
G
 
A
G
 
A
S
 
A
H
 
H
Q
 
R
L
 
A
A
 
M
R
 
R
A
 
D
M
 
A
I
 
I
D
 
A
E
 
E
G
 
G
R
 
R
V
 
I
G
 
G
-
 
R
P
 
P
V
 
I
I
 
A
G
 
A
G
 
R
T
 
V
C
 
F
H
 
H
V
 
A
M
 
V
S
 
Y
R
 
L
-
 
P
-
 
P
G
 
H
M
 
L
E
 
Q
H
 
G
W
|
W
H
x
R
-
 
L
P
 
E
N
 
R
P
 
P
D
 
-
F
 
-
F
 
-
F
 
-
Q
 
E
P
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
V
V
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
I
G
 
T
P
 
V
Y
x
H
Y
 
D
I
 
A
A
 
D
N
 
T
L
 
L
I
 
R
Q
 
F
L
 
V
L
 
L
G
 
N
-
 
D
-
 
D
P
 
P
V
 
A
R
 
E
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
I
M
 
S
T
 
H
A
 
S
A
 
A
S
 
G
F
 
M
P
 
G
T
 
K
R
 
E
T
 
G
I
 
V
G
 
E
N
 
D
G
 
G
L
 
-
R
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
T
 
-
N
 
-
I
 
V
H
 
M
A
 
G
L
 
V
L
 
L
E
 
R
F
 
F
D
 
Q
T
 
S
G
 
G
A
 
V
I
 
I
I
 
A
T
 
Q
L
 
F
G
 
-
A
 
-
S
 
-
W
 
H
D
 
D
V
 
A
W
 
F
T
 
T
S
 
T
-
 
K
-
 
F
S
 
A
H
 
E
P
 
T
N
 
G
M
 
F
E
 
E
L
 
V
Y
 
H
G
 
G
T
 
T
K
 
E
G
 
G
T
 
S
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7cgqA Crystal structure of azospirillum brasilense l-arabinose 1- dehydrogenase e147a mutant (NADP and l-arabinose bound form)
30% identity, 50% coverage: 3:189/377 of query aligns to 1:179/306 of 7cgqA

query
sites
7cgqA
E
 
Q
L
 
V
G
 
S
I
 
L
G
 
G
I
 
V
I
 
V
G
 
G
C
 
I
G
|
G
N
x
K
I
|
I
S
 
A
L
 
R
-
 
D
T
 
Q
Y
 
H
L
 
L
K
 
P
M
 
A
I
 
I
P
 
D
L
 
A
F
 
E
S
 
P
G
 
G
M
 
F
K
 
K
L
 
L
C
 
T
A
 
A
V
 
C
A
 
A
D
x
S
I
x
R
N
x
H
P
 
A
K
 
E
A
 
V
A
 
T
Q
 
G
A
 
V
R
 
R
A
 
N
A
 
Y
E
 
-
H
 
R
G
 
D
L
 
L
R
 
R
A
 
A
E
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
E
D
 
R
V
 
E
A
 
L
V
 
D
V
 
A
V
 
V
N
 
S
L
 
L
T
x
C
I
x
A
P
|
P
-
 
P
E
 
Q
A
x
V
H
 
R
Y
 
Y
P
 
A
L
 
Q
T
 
A
R
 
R
R
 
A
I
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
M
S
 
L
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
P
A
 
G
L
 
A
T
 
T
L
 
L
D
 
G
Q
 
E
A
 
V
L
 
A
A
 
V
L
 
L
R
 
E
N
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
R
Q
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
R
 
-
V
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
P
 
-
D
 
-
T
 
T
F
 
L
L
 
F
G
 
A
G
 
T
S
 
W
H
|
H
Q
 
S
L
 
R
A
 
C
R
 
A
A
 
S
M
 
A
I
 
V
D
 
E
E
 
P
G
 
A
R
 
R
V
 
E
G
 
W
P
 
L
V
 
A
I
 
T
G
 
R
G
 
A
T
 
I
C
 
R
H
 
A
V
 
V
M
 
Q
S
 
V
R
 
R
-
 
W
-
 
K
-
 
A
G
 
D
M
 
V
E
 
R
H
 
R
W
 
W
H
|
H
P
 
P
N
 
G
P
x
Q
D
 
Q
F
x
W
F
 
I
F
 
W
Q
 
E
P
 
P
G
 
G
G
 
G
G
 
L
P
 
G
V
 
V
L
 
F
D
|
D
L
x
P
G
 
G
P
 
I
Y
x
N
Y
 
A
I
 
L
A
 
S
N
 
I
L
 
V
I
 
T
Q
 
R
L
 
I
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3q2iA Crystal structure of the wlba dehydrognase from chromobactrium violaceum in complex with nadh and udp-glcnaca at 1.50 a resolution (see paper)
26% identity, 53% coverage: 3:200/377 of query aligns to 11:212/345 of 3q2iA

query
sites
3q2iA
E
 
K
L
 
I
G
 
R
I
 
F
G
 
A
I
 
L
I
 
V
G
 
G
C
|
C
G
|
G
N
x
R
I
|
I
S
 
A
L
 
N
T
 
N
Y
 
H
L
 
F
K
 
G
M
 
A
I
 
L
P
 
E
L
 
K
F
 
H
S
 
A
G
 
D
M
 
R
-
 
A
K
 
E
L
 
L
C
 
I
A
 
D
V
 
V
A
 
C
D
|
D
I
|
I
N
 
D
P
 
P
K
 
A
A
 
A
A
 
L
Q
 
K
A
 
A
R
 
A
A
 
V
A
 
E
E
 
R
H
 
T
G
 
G
L
 
A
R
 
R
A
 
G
E
 
H
-
 
A
T
 
S
V
 
L
E
 
T
G
 
D
L
 
M
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
E
 
T
D
 
D
V
 
A
A
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
I
N
 
-
L
 
L
T
 
T
I
x
T
P
|
P
E
x
S
A
 
G
H
 
L
Y
x
H
P
 
P
L
 
T
T
 
Q
R
 
S
-
 
I
R
 
E
I
 
C
L
 
S
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
F
H
 
H
A
 
V
Y
 
M
S
 
T
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
M
A
 
A
L
 
T
T
 
R
L
 
W
D
 
E
Q
 
D
A
 
G
L
 
L
A
 
E
L
 
M
R
 
V
N
 
K
L
 
A
A
 
A
G
 
D
Q
 
K
R
 
A
G
 
K
L
 
K
R
 
H
V
 
L
G
 
F
S
 
V
A
 
V
P
 
K
D
x
Q
T
x
N
F
 
R
L
 
R
G
 
N
G
 
A
S
 
T
H
 
L
Q
 
Q
L
 
L
A
 
L
R
 
K
A
 
R
M
 
A
I
 
M
D
 
Q
E
 
E
G
 
K
R
 
R
V
 
F
G
 
G
P
 
R
V
 
I
I
 
Y
G
 
M
G
 
V
T
 
N
C
 
V
H
 
N
V
 
V
M
 
F
-
 
W
S
x
T
R
|
R
G
 
P
M
 
Q
E
 
E
H
x
Y
-
 
Y
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
G
W
|
W
H
x
R
P
 
G
N
 
T
P
 
W
D
 
E
F
 
F
F
 
-
F
 
-
Q
 
-
P
 
-
G
 
D
G
 
G
G
 
G
P
 
A
V
 
F
L
 
M
D
x
N
L
x
Q
G
 
A
P
 
S
Y
x
H
Y
 
Y
I
 
V
A
 
D
N
 
L
L
 
L
I
 
D
Q
 
W
L
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
P
V
 
V
R
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
Q
A
 
A
M
 
Y
T
 
T
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Q2I8V6 1,5-anhydro-D-fructose reductase; Anhydrofructose reductase; 1,5-anhydro-D-fructose reductase (1,5-anhydro-D-mannitol-forming); EC 1.1.1.292 from Ensifer adhaerens (Sinorhizobium morelense) (see paper)
25% identity, 68% coverage: 7:263/377 of query aligns to 5:250/333 of Q2I8V6

query
sites
Q2I8V6
G
 
G
I
 
L
I
 
I
G
 
G
C
x
A
G
x
S
N
x
T
I
|
I
S
x
A
L
 
R
T
 
E
Y
 
W
L
 
V
K
 
I
M
 
G
I
 
A
P
 
I
L
 
R
F
 
A
S
 
T
G
 
G
M
 
G
K
 
E
L
 
V
C
 
V
A
 
S
V
 
M
A
 
M
D
x
S
I
x
T
N
 
S
P
 
A
K
 
E
A
x
R
A
 
G
Q
 
A
A
 
A
R
 
Y
A
 
A
A
 
T
E
 
E
H
 
N
G
 
G
L
 
I
-
 
G
-
 
K
R
 
S
A
 
V
E
 
T
T
 
S
V
 
V
E
 
E
G
 
E
L
 
L
L
 
V
A
 
G
A
 
D
E
 
P
D
 
D
V
 
V
A
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
Y
N
 
V
L
 
S
T
|
T
I
x
T
P
x
N
E
|
E
A
x
L
H
|
H
Y
 
R
P
 
E
L
 
Q
T
 
T
R
 
L
R
 
A
I
 
A
L
 
I
E
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
L
S
 
C
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
M
T
 
T
L
 
L
D
 
E
Q
 
D
A
 
A
L
 
R
A
 
E
L
 
M
R
 
V
N
 
V
L
 
A
A
 
A
G
 
R
Q
 
E
R
 
A
G
 
G
L
 
V
R
 
V
V
 
L
G
 
G
S
 
T
A
x
N
P
 
H
D
 
H
T
 
L
F
 
R
L
 
N
G
 
A
G
 
A
S
 
A
H
 
H
Q
 
R
L
 
A
A
 
M
R
 
R
A
 
D
M
 
A
I
 
I
D
 
A
E
 
E
G
 
G
R
 
R
V
 
I
G
 
G
-
 
R
P
 
P
V
 
I
I
 
A
G
 
A
G
 
R
T
 
V
C
 
F
H
 
H
V
 
A
M
 
V
S
 
Y
R
 
L
-
 
P
-
 
P
G
 
H
M
 
L
E
 
Q
H
 
G
W
|
W
H
x
R
-
 
L
P
 
E
N
 
R
P
 
P
D
 
-
F
 
-
F
 
-
F
 
-
Q
 
E
P
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
V
V
 
I
L
 
L
D
|
D
L
 
I
G
 
T
P
 
V
Y
x
H
Y
 
D
I
 
A
A
 
D
N
 
T
L
 
L
I
 
R
Q
 
F
L
 
V
L
 
L
G
 
N
-
 
D
-
 
D
P
 
P
V
 
A
R
 
E
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
I
M
 
S
T
 
H
A
 
S
A
 
A
S
 
G
F
 
M
P
x
G
T
 
K
R
 
E
T
 
G
I
 
V
G
 
E
N
 
D
G
 
G
L
 
V
R
 
M
H
 
G
G
 
G
E
 
-
E
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
T
 
-
N
 
-
I
 
-
H
 
-
A
 
-
L
 
-
L
 
V
E
 
R
F
 
F
D
 
Q
T
 
S
G
 
G
A
 
V
I
 
I
I
 
A
T
 
Q
L
 
F
G
 
-
A
 
-
S
 
-
W
 
H
D
 
D
V
 
A
W
 
F
T
 
T
S
 
T
-
 
K
-
 
F
S
 
A
H
 
E
P
 
T
N
 
G
M
 
F
E
 
E
L
 
V
Y
 
H
G
 
G
T
 
T
K
 
E
G
 
G
T
 
S
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3e18A Crystal structure of NAD-binding protein from listeria innocua
26% identity, 71% coverage: 8:276/377 of query aligns to 8:259/348 of 3e18A

query
sites
3e18A
I
 
I
I
 
V
G
 
G
C
 
Y
G
|
G
N
x
G
I
x
M
S
 
G
L
 
S
T
 
Y
Y
 
H
L
 
V
K
 
T
M
 
L
I
 
A
P
 
S
L
 
A
F
 
A
S
 
D
G
 
N
M
 
L
K
 
E
L
 
V
C
 
H
A
 
G
V
 
V
A
x
F
D
|
D
I
|
I
N
 
L
P
 
A
K
 
E
A
x
K
A
 
R
Q
 
E
A
 
A
R
 
-
A
 
A
A
 
A
E
 
Q
H
 
K
G
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
I
-
 
Y
E
 
E
T
 
S
V
 
Y
E
 
E
G
 
A
L
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
E
D
 
K
V
 
V
A
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
L
N
 
I
L
x
A
T
|
T
I
x
P
P
x
N
E
 
D
A
 
S
H
|
H
Y
 
K
P
 
E
L
 
L
T
 
A
R
 
I
R
 
S
I
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
V
S
 
C
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
V
A
 
T
L
 
M
T
 
T
L
 
S
D
 
E
Q
 
D
A
 
L
L
 
L
A
 
A
L
 
I
R
 
M
N
 
D
L
 
V
A
 
A
G
 
K
Q
 
R
R
 
V
G
 
N
L
 
K
R
 
H
V
 
F
G
 
M
S
 
V
A
 
H
P
 
Q
D
x
N
T
 
R
F
 
R
L
 
W
G
 
D
G
 
E
S
 
D
H
 
F
Q
 
L
L
 
I
A
 
I
R
 
K
A
 
E
M
 
M
I
 
F
D
 
E
E
 
Q
G
 
K
R
 
T
V
 
I
G
 
G
P
 
E
V
 
M
I
 
F
G
 
-
G
 
-
T
 
-
C
 
-
H
 
H
V
 
L
M
 
E
S
 
S
R
 
R
-
 
V
-
 
H
G
 
G
M
 
A
E
 
N
H
 
G
W
 
I
H
 
P
P
 
G
N
 
D
P
x
W
D
x
R
F
 
H
F
 
L
F
 
K
Q
 
A
P
 
H
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
M
V
 
V
L
 
L
D
 
D
L
 
W
G
 
G
P
 
V
Y
x
H
Y
 
L
I
 
L
A
 
D
N
 
Q
L
 
L
I
 
L
Q
 
F
L
 
L
L
 
V
G
 
D
P
 
S
-
 
N
V
 
V
R
 
K
S
 
S
V
 
V
A
 
S
A
 
A
M
 
-
T
 
-
A
 
N
A
 
L
S
 
S
F
 
F
P
 
-
T
 
-
R
 
-
T
 
A
I
 
L
G
 
G
N
 
D
G
 
E
L
 
V
R
 
D
H
 
D
G
 
G
E
 
F
E
 
V
I
 
T
P
 
F
V
 
I
D
 
T
T
 
F
P
 
E
T
 
N
N
 
G
I
 
I
H
 
T
A
 
A
L
 
Q
L
 
I
E
 
E
F
 
V
D
 
G
T
 
T
G
 
T
A
 
N
I
 
F
I
 
I
T
 
K
L
 
L
G
 
-
A
 
-
S
 
-
W
 
-
D
 
-
V
 
-
W
 
-
T
 
-
S
 
-
S
 
-
H
 
-
P
 
P
N
 
R
M
 
W
E
 
Y
L
 
V
Y
 
K
G
 
G
T
 
T
K
 
E
G
 
G
T
 
T
L
 
G
Q
 
I
L
 
I
P
 
H
D
 
D
P
 
W
N
 
D
Y
 
L
F
 
S
G
 
G
G
 
E
V
 
I
V
 
V
R
 
K

6a3jC Levoglucosan dehydrogenase, complex with nadh and l-sorbose (see paper)
25% identity, 69% coverage: 4:263/377 of query aligns to 2:274/378 of 6a3jC

query
sites
6a3jC
L
 
L
G
 
N
I
 
V
G
 
G
I
 
L
I
 
I
G
 
G
C
 
G
G
|
G
N
x
F
I
x
M
-
 
G
-
 
K
-
 
A
-
 
H
S
 
S
L
 
L
T
 
A
Y
 
Y
L
 
A
K
 
A
M
 
M
I
 
-
P
 
P
L
 
M
F
 
F
S
 
F
G
 
W
M
 
P
K
 
A
L
 
P
C
 
A
-
 
L
-
 
P
-
 
V
-
 
R
-
 
K
A
 
V
V
 
I
A
 
A
D
x
E
I
 
A
N
 
N
P
 
P
K
 
E
A
 
L
A
 
A
Q
 
A
A
 
E
R
 
A
A
 
A
A
 
R
E
 
R
H
 
F
G
 
G
L
 
F
R
 
E
A
 
N
E
 
S
T
 
T
V
 
S
E
 
D
-
 
W
-
 
R
G
 
S
L
 
I
L
 
I
A
 
D
A
 
D
E
 
P
D
 
D
V
 
I
A
 
H
V
 
V
V
 
V
V
 
D
N
 
I
L
 
A
T
|
T
I
x
P
P
x
N
E
 
H
A
 
L
H
|
H
Y
 
A
P
 
E
L
 
I
T
 
A
R
 
I
R
 
A
I
 
A
L
 
A
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
I
Y
 
I
S
 
C
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
R
T
 
T
L
 
G
D
 
E
Q
 
E
A
 
S
L
 
K
A
 
A
L
 
M
R
 
Y
N
 
D
L
 
A
A
 
V
G
 
K
Q
 
D
R
 
K
G
 
N
L
 
I
R
 
V
V
 
H
G
 
M
S
 
V
A
 
A
P
 
F
D
 
N
T
x
Y
F
 
R
L
 
R
G
 
T
G
 
P
S
 
A
H
 
V
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
K
M
 
Y
I
 
I
D
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
A
V
 
I
G
 
G
P
 
R
V
 
I
I
 
L
G
 
S
-
 
F
-
 
R
G
 
G
T
 
T
C
x
Y
H
 
-
V
 
-
M
 
-
S
 
-
R
 
-
G
 
-
M
 
L
E
x
Q
H
 
D
W
|
W
H
 
S
P
 
A
N
 
D
P
 
P
D
 
N
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
S
F
x
W
F
x
R
F
 
F
Q
 
Q
P
 
K
-
 
S
-
 
I
-
 
A
G
 
G
G
 
S
G
 
G
P
 
A
V
 
L
L
 
G
D
|
D
L
 
I
G
 
A
P
 
T
Y
 
H
Y
 
V
I
 
I
A
 
D
N
 
M
L
 
A
I
 
R
Q
 
Y
L
 
L
L
 
V
G
 
G
P
 
E
V
 
F
R
 
S
S
 
A
V
 
V
A
 
N
A
 
A
M
 
V
T
 
L
A
 
S
A
 
T
S
 
W
F
 
I
P
 
P
T
 
E
R
 
R
T
 
P
I
 
L
G
 
Q
N
 
R
G
 
G
L
 
-
R
 
G
H
 
E
G
 
G
E
 
P
E
 
K
I
 
G
P
 
P
V
 
V
D
 
D
T
 
V
P
 
D
T
 
D
N
 
E
I
 
V
H
 
M
A
 
T
L
 
M
L
 
I
E
 
R
F
 
F
D
 
A
T
 
N
G
 
G
A
 
A
I
 
V
I
 
G
T
 
S
L
 
V
G
 
E
A
 
A
S
 
T
W
 
R
D
 
N
V
 
A
W
 
H
-
 
G
T
 
R
S
 
N
S
 
N
H
 
Y
P
 
I
N
 
T
M
 
F
E
 
E
L
 
I
Y
 
H
G
 
G
T
 
T
K
 
E
G
 
G
T
 
S
L
 
I

4koaA Crystal structure analysis of 1,5-anhydro-d-fructose reductase from sinorhizobium meliloti (see paper)
24% identity, 75% coverage: 7:287/377 of query aligns to 5:277/333 of 4koaA

query
sites
4koaA
G
 
G
I
 
L
I
 
I
G
|
G
C
x
A
G
x
S
N
x
T
I
|
I
S
 
A
L
 
R
T
 
E
Y
 
W
L
 
V
K
 
I
M
 
G
I
 
A
P
 
I
L
 
R
F
 
A
S
 
A
G
 
G
M
 
G
K
 
E
L
 
V
C
 
V
A
 
S
V
 
V
A
 
M
D
x
S
I
x
S
N
 
S
P
 
A
K
 
E
A
x
R
A
 
G
Q
 
E
A
 
A
R
 
Y
A
 
A
A
 
A
E
 
E
H
 
N
G
 
G
L
 
I
R
 
A
-
 
K
-
 
A
A
 
V
E
 
T
T
 
S
V
 
V
E
 
D
G
 
D
L
 
L
L
 
V
A
 
G
A
 
D
E
 
P
D
 
D
V
 
V
A
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
Y
N
 
I
L
 
S
T
|
T
I
 
T
P
x
N
E
 
E
A
 
L
H
|
H
Y
 
H
P
 
G
L
 
Q
T
 
A
R
 
L
R
 
A
I
 
A
L
 
I
E
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
L
S
 
C
E
 
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
M
T
 
N
L
 
L
D
 
N
Q
 
D
A
 
G
L
 
C
A
 
E
L
 
M
R
 
V
N
 
L
L
 
K
A
 
A
G
 
C
Q
 
E
R
 
A
G
 
G
L
 
V
R
 
V
V
 
L
G
 
G
S
 
T
A
 
N
P
 
H
D
 
H
T
 
L
F
 
R
L
 
N
G
 
A
G
 
A
S
 
T
H
 
H
Q
 
R
L
 
A
A
 
M
R
 
R
A
 
E
M
 
A
I
 
I
D
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
G
 
G
-
 
R
P
 
P
V
 
I
I
 
A
G
 
A
G
 
R
T
 
V
C
 
F
H
 
H
V
 
A
M
 
V
S
 
Y
R
 
L
-
 
P
-
 
P
G
 
H
M
 
L
E
x
Q
H
 
G
W
 
W
H
 
R
P
 
L
N
 
D
P
 
K
D
 
P
F
 
-
F
 
-
F
 
-
Q
 
E
P
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
V
V
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
I
G
 
T
P
 
V
Y
x
H
Y
 
D
I
 
A
A
 
D
N
 
T
L
 
L
I
 
R
Q
 
F
L
 
V
L
 
L
G
 
N
-
 
D
-
 
D
P
 
P
V
 
I
R
 
E
S
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
I
M
 
S
T
 
H
A
 
S
A
 
A
S
 
G
F
 
M
P
 
G
T
 
K
R
 
E
T
 
G
I
 
L
G
 
E
N
 
D
G
 
G
L
 
-
R
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
T
 
-
N
 
-
I
 
V
H
 
M
A
 
G
L
 
V
L
 
L
E
 
R
F
 
F
D
 
R
T
 
S
G
 
G
A
 
V
I
 
I
I
 
A
T
 
Q
L
 
F
G
 
-
A
 
-
S
 
-
W
 
H
D
 
D
V
 
A
W
 
F
T
 
T
S
 
T
-
 
K
-
 
F
S
 
A
H
 
E
P
 
T
N
 
G
M
 
L
E
 
E
L
 
V
Y
 
H
G
 
G
T
 
T
K
 
A
G
 
G
T
 
S
L
 
L
-
 
I
-
 
G
-
 
R
Q
 
N
L
 
V
P
 
M
D
 
T
P
 
Q
N
 
R
Y
 
P
F
 
V
G
 
G
G
 
T
V
 
V
V
 
V
R
 
L
M
 
R
S
 
N
E
 
E
E
 
E
D
 
G
G
 
E
D
 
S
L
 
E
T
 
L
P
 
P
L
 
L

B3TMR8 dTDP-3,4-didehydro-2,6-dideoxy-alpha-D-glucose 3-reductase; 3-ketoreductase; NADPH-dependent C3-ketoreductase; EC 1.1.1.384 from Actinomadura kijaniata (see paper)
26% identity, 74% coverage: 4:281/377 of query aligns to 10:275/332 of B3TMR8

query
sites
B3TMR8
L
 
I
G
 
R
I
 
V
G
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
C
|
C
G
x
A
N
x
D
I
|
I
S
x
A
L
 
-
T
 
-
Y
x
W
L
x
R
K
 
R
M
 
A
I
 
L
P
 
P
L
 
A
F
 
L
S
 
E
G
 
A
M
 
E
K
 
P
L
 
L
C
 
T
A
 
E
V
 
V
A
 
T
D
 
A
I
 
I
-
 
A
N
x
S
P
x
R
K
 
R
A
 
W
A
 
D
Q
 
R
A
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
F
E
 
T
H
 
E
G
 
R
L
 
F
R
 
G
A
 
G
E
 
E
T
 
P
V
 
V
E
 
E
G
 
G
-
x
Y
-
 
P
-
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
E
A
 
R
E
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
Y
N
 
V
L
 
P
T
x
L
I
 
P
P
 
A
E
 
V
A
 
L
H
|
H
Y
 
A
P
 
E
L
 
W
T
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
A
L
 
L
E
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
L
S
 
A
E
 
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
T
L
 
T
T
 
D
L
 
R
D
 
P
Q
 
Q
A
 
A
L
 
E
A
 
R
L
 
L
R
 
F
N
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
R
Q
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
R
 
L
V
 
L
G
 
M
S
 
E
A
 
N
P
 
F
D
 
M
T
 
F
F
 
L
L
 
H
G
 
H
G
 
P
S
 
Q
H
 
H
Q
 
R
L
 
Q
A
 
V
R
 
A
A
 
D
M
 
M
I
 
L
D
 
D
E
 
E
G
 
G
R
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
E
V
 
I
-
 
R
-
 
S
I
 
F
G
 
A
G
 
A
T
 
S
C
 
F
H
 
T
V
 
I
M
 
P
S
 
P
R
 
K
G
 
-
M
 
-
E
 
-
H
 
-
W
 
-
H
 
-
P
 
P
N
 
Q
P
 
G
D
 
D
F
 
I
F
x
R
F
 
Y
Q
 
Q
P
 
A
-
 
D
-
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
A
V
 
L
L
 
L
D
|
D
L
 
I
G
 
G
P
 
V
Y
|
Y
Y
 
-
I
 
-
A
 
-
N
 
-
L
 
-
I
 
-
Q
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
P
 
P
V
 
I
R
 
R
S
 
A
V
 
A
A
 
G
A
 
L
M
 
F
T
 
L
A
 
G
A
 
A
S
 
D
F
 
L
P
 
-
T
 
-
R
 
E
T
 
F
I
 
V
G
 
G
N
 
A
G
 
V
L
 
L
R
 
R
H
 
H
G
 
-
E
 
-
E
 
E
I
 
R
P
 
D
V
 
R
D
 
D
T
 
V
P
 
V
T
 
V
N
 
G
I
 
G
H
 
N
A
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
T
F
 
T
D
 
R
T
 
Q
G
 
G
A
 
-
I
 
-
I
 
V
T
 
T
L
 
A
G
 
Q
A
 
L
S
 
T
W
 
F
D
 
G
V
 
M
W
 
E
T
 
H
S
 
A
S
 
Y
H
 
T
P
 
N
N
 
N
M
 
Y
E
 
E
L
 
F
Y
 
R
G
 
G
T
 
S
K
 
T
G
 
G
T
 
R
L
 
L
Q
 
W
L
 
M
P
 
N
D
 
R
-
 
V
-
 
F
-
 
T
-
 
P
P
 
P
N
 
A
Y
 
T
F
 
Y
G
 
Q
G
 
P
V
 
V
V
 
V
R
 
H
M
 
I
S
 
E
E
 
R
E
 
Q
D
 
D

3rc1A Crystal structure of kijd10, a 3-ketoreductase from actinomadura kijaniata incomplex with NADP and tdp-benzene (see paper)
26% identity, 74% coverage: 4:281/377 of query aligns to 3:268/325 of 3rc1A

query
sites
3rc1A
L
 
I
G
 
R
I
 
V
G
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
C
|
C
G
x
A
N
x
D
I
|
I
S
 
A
L
 
-
T
 
-
Y
 
W
L
x
R
K
x
R
M
 
A
I
 
L
P
 
P
L
 
A
F
 
L
S
 
E
G
 
A
M
 
E
K
 
P
L
 
L
C
 
T
A
 
E
V
 
V
A
 
T
D
 
A
I
 
I
-
 
A
N
x
S
P
x
R
K
 
R
A
 
W
A
 
D
Q
 
R
A
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
F
E
 
T
H
 
E
G
 
R
L
 
F
R
 
G
A
 
G
E
 
E
T
 
P
V
 
V
E
 
E
G
 
G
-
x
Y
-
 
P
-
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
E
A
 
R
E
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
Y
N
 
V
L
x
P
T
x
L
I
x
P
P
 
A
E
 
V
A
 
L
H
|
H
Y
 
A
P
 
E
L
 
W
T
 
I
R
 
D
R
 
R
I
 
A
L
 
L
E
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
L
S
 
A
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
T
L
 
T
T
 
D
L
 
R
D
 
P
Q
 
Q
A
 
A
L
 
E
A
 
R
L
 
L
R
 
F
N
 
A
L
 
V
A
 
A
G
 
R
Q
 
E
R
 
R
G
 
G
L
 
L
R
 
L
V
 
L
G
 
M
S
 
E
A
 
N
P
 
F
D
 
M
T
 
F
F
 
L
L
 
H
G
 
H
G
 
P
S
 
Q
H
 
H
Q
 
R
L
 
Q
A
 
V
R
 
A
A
 
D
M
 
M
I
 
L
D
 
D
E
 
E
G
 
G
R
 
V
V
 
I
G
 
G
P
 
E
V
 
I
-
 
R
-
 
S
I
 
F
G
 
A
G
 
A
T
 
S
C
x
F
H
 
T
V
x
I
M
x
P
S
 
P
R
 
K
G
 
-
M
 
-
E
 
-
H
 
-
W
 
-
H
 
-
P
 
P
N
 
Q
P
 
G
D
 
D
F
x
I
F
x
R
F
 
Y
Q
 
Q
P
 
A
-
 
D
-
x
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
A
V
 
L
L
 
L
D
|
D
L
 
I
G
 
G
P
 
V
Y
|
Y
Y
 
-
I
 
-
A
 
-
N
 
-
L
 
-
I
 
-
Q
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
P
 
P
V
 
I
R
 
R
S
 
A
V
 
A
A
 
G
A
 
L
M
 
F
T
 
L
A
 
G
A
 
A
S
 
D
F
 
L
P
 
-
T
 
-
R
 
E
T
 
F
I
 
V
G
 
G
N
 
A
G
 
V
L
 
L
R
 
R
H
 
H
G
 
-
E
 
-
E
 
E
I
 
R
P
 
D
V
 
R
D
 
D
T
 
V
P
 
V
T
 
V
N
 
G
I
 
G
H
 
N
A
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
T
F
 
T
D
 
R
T
 
Q
G
 
G
A
 
-
I
 
-
I
 
V
T
 
T
L
 
A
G
 
Q
A
 
L
S
 
T
W
 
F
D
 
G
V
 
M
W
 
E
T
 
H
S
 
A
S
x
Y
H
 
T
P
 
N
N
 
N
M
 
Y
E
 
E
L
 
F
Y
 
R
G
 
G
T
 
S
K
 
T
G
 
G
T
 
R
L
 
L
Q
 
W
L
 
M
P
 
N
D
 
R
-
 
V
-
 
F
-
x
T
-
 
P
P
 
P
N
 
A
Y
 
T
F
 
Y
G
 
Q
G
 
P
V
 
V
V
 
V
R
 
H
M
 
I
S
 
E
E
 
R
E
 
Q
D
 
D

Sites not aligning to the query:

6jw6A The crystal structure of kand2 in complex with NAD (see paper)
26% identity, 69% coverage: 6:265/377 of query aligns to 4:251/341 of 6jw6A

query
sites
6jw6A
I
 
V
G
 
G
I
 
V
I
 
V
G
 
G
C
 
A
G
|
G
N
x
F
I
x
M
S
 
G
L
 
G
T
 
V
Y
 
H
L
 
A
K
 
E
M
 
V
I
 
V
P
 
A
L
 
A
F
 
H
S
 
P
G
 
G
M
 
A
K
 
R
L
 
L
C
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
H
D
|
D
I
x
L
N
 
D
P
 
P
K
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
A
 
D
R
 
L
A
 
A
A
 
E
E
 
R
H
 
-
G
 
-
L
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
E
T
 
R
V
 
A
E
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
W
-
 
A
G
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
P
D
 
A
V
 
I
A
 
D
V
 
L
V
 
L
V
 
I
N
 
I
L
x
T
T
|
T
I
x
P
P
x
N
E
 
G
A
x
L
H
|
H
Y
 
H
P
 
R
L
x
Q
T
 
A
R
 
A
R
 
E
I
 
A
L
 
L
E
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
L
S
 
V
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
P
D
 
E
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
A
 
E
L
 
L
R
 
V
N
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
R
R
 
H
G
 
D
L
 
R
R
 
V
V
 
L
G
 
A
S
 
H
A
 
G
P
 
S
D
x
N
T
 
F
F
 
V
L
 
H
G
 
S
G
 
P
S
 
K
H
 
F
Q
 
V
L
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
M
 
L
I
 
V
D
 
A
E
 
D
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
-
G
 
-
P
 
P
V
 
H
I
 
L
G
 
V
G
 
R
T
 
V
C
 
V
H
 
F
V
 
R
M
 
N
S
 
S
R
 
G
G
 
P
M
 
E
E
 
A
H
 
A
W
|
W
H
 
A
P
 
A
N
 
S
P
 
K
D
 
D
F
 
L
F
 
-
F
 
-
Q
 
-
P
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
A
V
 
L
L
 
L
D
 
D
L
 
L
G
 
G
P
 
C
Y
x
H
Y
 
A
I
 
V
A
 
E
N
 
L
L
 
C
I
 
R
Q
 
W
L
 
L
L
 
L
-
 
D
-
 
G
G
 
A
P
 
D
V
 
V
R
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
S
A
 
A
M
 
R
T
 
L
A
 
Q
A
 
R
S
 
V
F
 
R
P
 
P
T
 
P
R
 
A
T
 
L
I
 
E
G
 
D
N
 
Q
G
 
A
L
 
L
R
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
T
 
-
N
 
-
I
 
-
H
 
-
A
 
L
L
 
V
L
 
M
E
 
E
F
 
F
D
 
A
T
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
V
I
 
G
T
 
Q
L
 
C
G
 
D
A
 
V
S
 
S
W
 
W
D
 
V
V
 
T
W
 
Q
T
 
G
S
 
G
S
 
E
H
 
Q
P
 
V
N
 
T
M
 
A
E
 
E
L
 
I
Y
 
I
G
 
G
T
 
T
K
 
K
G
 
G
T
 
R
L
 
V
Q
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

6jw8A The crystal structure of kand2 in complex with nadh and 3"-deamino-3"- hydroxykanamycin b (see paper)
26% identity, 69% coverage: 6:265/377 of query aligns to 4:251/342 of 6jw8A

query
sites
6jw8A
I
 
V
G
 
G
I
 
V
I
 
V
G
 
G
C
 
A
G
|
G
N
x
F
I
x
M
S
 
G
L
 
G
T
 
V
Y
 
H
L
 
A
K
 
E
M
 
V
I
 
V
P
 
A
L
 
A
F
 
H
S
 
P
G
 
G
M
 
A
K
 
R
L
 
L
C
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
H
D
|
D
I
x
L
N
 
D
P
 
P
K
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
A
 
D
R
 
L
A
 
A
A
 
E
E
 
R
H
 
-
G
 
-
L
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
E
T
 
R
V
 
A
E
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
W
-
 
A
G
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
P
D
 
A
V
 
I
A
 
D
V
 
L
V
 
L
V
 
I
N
 
I
L
x
T
T
|
T
I
x
P
P
x
N
E
 
G
A
x
L
H
|
H
Y
 
H
P
 
R
L
x
Q
T
 
A
R
 
A
R
 
E
I
 
A
L
 
L
E
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
L
S
 
V
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
P
D
 
E
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
A
 
E
L
 
L
R
 
V
N
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
R
R
 
H
G
 
D
L
 
R
R
 
V
V
 
L
G
 
A
S
 
H
A
 
G
P
 
S
D
x
N
T
 
F
F
 
V
L
 
H
G
 
S
G
 
P
S
 
K
H
 
F
Q
 
V
L
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
M
 
L
I
 
V
D
 
A
E
 
D
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
-
G
 
-
P
 
P
V
 
H
I
 
L
G
 
V
G
 
R
T
 
V
C
 
V
H
x
F
V
 
R
M
x
N
S
 
S
R
 
G
G
 
P
M
 
E
E
 
A
H
 
A
W
|
W
H
 
A
P
 
A
N
 
S
P
 
K
D
 
D
F
 
L
F
 
-
F
 
-
Q
 
-
P
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
A
V
 
L
L
 
L
D
|
D
L
|
L
G
 
G
P
 
C
Y
x
H
Y
 
A
I
 
V
A
 
E
N
 
L
L
 
C
I
 
R
Q
 
W
L
 
L
L
 
L
-
 
D
-
 
G
G
 
A
P
 
D
V
 
V
R
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
S
A
 
A
M
 
R
T
 
L
A
 
Q
A
 
R
S
 
V
F
 
R
P
 
P
T
 
P
R
 
A
T
 
L
I
 
E
G
 
D
N
 
Q
G
 
A
L
 
L
R
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
T
 
-
N
 
-
I
 
-
H
 
-
A
 
L
L
 
V
L
 
M
E
 
E
F
 
F
D
 
A
T
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
V
I
 
G
T
 
Q
L
 
C
G
 
D
A
 
V
S
 
S
W
 
W
D
 
V
V
 
T
W
 
Q
T
 
G
S
 
G
S
x
E
H
 
Q
P
 
V
N
 
T
M
 
A
E
 
E
L
 
I
Y
 
I
G
 
G
T
 
T
K
 
K
G
 
G
T
 
R
L
 
V
Q
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

6jw7A The crystal structure of kand2 in complex with nadh and 3"-deamino-3"- hydroxykanamycin a (see paper)
26% identity, 69% coverage: 6:265/377 of query aligns to 4:251/342 of 6jw7A

query
sites
6jw7A
I
 
V
G
 
G
I
 
V
I
 
V
G
|
G
C
 
A
G
|
G
N
x
F
I
x
M
S
 
G
L
 
G
T
 
V
Y
 
H
L
 
A
K
 
E
M
 
V
I
 
V
P
 
A
L
 
A
F
 
H
S
 
P
G
 
G
M
 
A
K
 
R
L
 
L
C
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
H
D
|
D
I
x
L
N
 
D
P
 
P
K
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
A
 
D
R
 
L
A
 
A
A
 
E
E
 
R
H
 
-
G
 
-
L
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
E
T
 
R
V
 
A
E
 
E
-
 
P
-
 
S
-
 
W
-
 
A
G
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
P
D
 
A
V
 
I
A
 
D
V
 
L
V
 
L
V
 
I
N
 
I
L
x
T
T
|
T
I
x
P
P
x
N
E
 
G
A
x
L
H
|
H
Y
 
H
P
 
R
L
x
Q
T
 
A
R
 
A
R
 
E
I
 
A
L
 
L
E
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
L
S
 
V
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
P
D
 
E
Q
 
Q
A
 
V
L
 
A
A
 
E
L
 
L
R
 
V
N
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
R
R
 
H
G
 
D
L
 
R
R
 
V
V
 
L
G
 
A
S
 
H
A
 
G
P
 
S
D
x
N
T
 
F
F
 
V
L
 
H
G
 
S
G
 
P
S
 
K
H
 
F
Q
 
V
L
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
M
 
L
I
 
V
D
 
A
E
 
D
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
F
G
 
G
R
 
R
V
 
-
G
 
-
P
 
P
V
 
H
I
 
L
G
 
V
G
 
R
T
 
V
C
 
V
H
 
F
V
 
R
M
x
N
S
 
S
R
 
G
G
 
P
M
 
E
E
 
A
H
 
A
W
|
W
H
 
A
P
 
A
N
 
S
P
 
K
D
 
D
F
 
L
F
 
-
F
 
-
Q
 
-
P
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
A
V
 
L
L
 
L
D
|
D
L
 
L
G
 
G
P
 
C
Y
x
H
Y
 
A
I
 
V
A
 
E
N
 
L
L
 
C
I
 
R
Q
 
W
L
 
L
L
 
L
-
 
D
-
 
G
G
 
A
P
 
D
V
 
V
R
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
S
A
 
A
M
 
R
T
 
L
A
 
Q
A
 
R
S
 
V
F
 
R
P
 
P
T
 
P
R
 
A
T
 
L
I
 
E
G
 
D
N
 
Q
G
 
A
L
 
L
R
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
P
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
P
 
-
T
 
-
N
 
-
I
 
-
H
 
-
A
 
L
L
 
V
L
 
M
E
 
E
F
 
F
D
 
A
T
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
V
I
 
G
T
 
Q
L
 
C
G
 
D
A
 
V
S
 
S
W
 
W
D
 
V
V
 
T
W
 
Q
T
 
G
S
 
G
S
x
E
H
 
Q
P
 
V
N
 
T
M
 
A
E
 
E
L
 
I
Y
 
I
G
 
G
T
 
T
K
 
K
G
 
G
T
 
R
L
 
V
Q
 
E
L
 
V

Sites not aligning to the query:

7xr9A Crystal structure of dgpa with glucose (see paper)
30% identity, 39% coverage: 34:180/377 of query aligns to 28:177/344 of 7xr9A

query
sites
7xr9A
A
 
A
D
 
D
I
 
L
N
 
N
P
 
E
K
 
I
A
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
R
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
E
H
 
F
G
 
G
L
 
E
R
 
G
A
 
A
E
 
Q
T
 
V
V
 
T
-
 
A
-
x
D
-
x
Y
E
 
K
G
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
N
E
 
P
D
 
E
V
 
V
A
 
E
V
 
V
V
 
V
V
 
H
N
 
V
L
x
C
T
|
T
I
x
P
P
 
N
E
 
V
A
 
S
H
|
H
Y
 
S
P
 
E
L
 
I
T
 
T
R
 
I
R
 
A
I
 
A
L
 
F
E
 
E
A
 
A
G
 
G
K
 
K
H
 
H
A
 
V
Y
 
Y
S
 
C
E
|
E
K
|
K
P
|
P
L
 
M
A
 
S
L
 
H
T
 
S
L
 
T
D
 
E
Q
 
E
A
 
A
L
 
E
A
 
K
L
 
M
R
 
V
N
 
E
L
 
A
A
 
W
G
 
K
Q
 
K
R
 
S
G
 
G
L
 
K
R
 
Q
V
 
F
G
 
T
S
 
I
A
 
G
P
 
Y
D
x
Q
T
 
N
F
 
R
L
 
F
G
 
R
G
 
E
S
 
E
H
 
V
Q
 
M
L
 
N
A
 
L
R
 
K
A
 
K
M
 
S
I
 
C
D
 
D
E
 
K
G
 
G
R
 
E
V
 
L
G
 
G
P
 
E
V
 
I
I
 
Y
G
 
Y
G
 
G
T
 
K
C
 
A
H
 
H
-
 
A
V
 
V
M
x
R
S
 
R
R
 
R
G
 
A
M
 
V
E
 
P
H
 
T
W
|
W
H
 
G
P
x
V
N
x
F
P
 
M
D
 
D
F
 
K
F
 
E
F
 
A
Q
|
Q
P
 
-
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
V
 
L
L
 
I
D
|
D
L
 
I
G
 
G
P
 
T
Y
x
H

Sites not aligning to the query:

3nt5A Crystal structure of myo-inositol dehydrogenase from bacillus subtilis with bound cofactor and product inosose (see paper)
31% identity, 35% coverage: 4:135/377 of query aligns to 3:140/337 of 3nt5A

query
sites
3nt5A
L
 
L
G
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
I
 
I
G
|
G
C
 
T
G
|
G
N
x
A
I
|
I
S
 
G
L
 
K
T
 
E
Y
 
H
L
 
I
K
 
N
M
 
R
I
 
I
P
 
T
-
 
N
L
 
K
F
 
L
S
 
S
G
 
G
M
 
A
K
 
E
L
 
I
C
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
T
D
|
D
I
x
V
N
 
N
P
 
Q
K
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
K
R
 
V
A
 
V
A
 
E
E
 
Q
H
 
Y
G
 
Q
L
 
L
R
 
N
A
 
A
E
 
T
T
 
V
V
 
Y
-
 
P
-
 
N
-
 
D
E
 
D
G
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
E
D
 
N
V
 
V
A
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
L
N
 
V
L
 
T
T
x
S
I
x
W
P
x
G
E
 
P
A
 
A
H
 
H
Y
 
E
P
 
S
L
 
S
T
 
V
R
 
L
R
 
K
I
 
A
L
 
I
E
 
K
A
 
A
G
 
Q
K
 
K
H
 
Y
A
 
V
Y
 
F
S
 
C
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
T
T
 
T
L
 
A
D
 
E
Q
 
G
A
 
C
L
 
M
A
 
R
L
 
I
R
 
V
N
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
I
L
 
K
A
 
V
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
G
 
L
L
 
V
R
 
Q
V
 
V
G
 
G
S
 
F
A
 
M
P
 
R
D
 
-
T
 
R
F
 
Y
L
 
D
G
 
S
G
 
G
S
 
Y
H
 
V
Q
 
Q
L
 
L
A
 
K
R
 
E
A
 
A
M
 
L

Sites not aligning to the query:

3nt4A Crystal structure of myo-inositol dehydrogenase from bacillus subtilis with bound cofactor nadh and inositol (see paper)
31% identity, 35% coverage: 4:135/377 of query aligns to 3:140/337 of 3nt4A

query
sites
3nt4A
L
 
L
G
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
C
 
T
G
|
G
N
x
A
I
|
I
S
 
G
L
 
K
T
 
E
Y
 
H
L
 
I
K
 
N
M
 
R
I
 
I
P
 
T
-
 
N
L
 
K
F
 
L
S
 
S
G
 
G
M
 
A
K
 
E
L
 
I
C
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
T
D
|
D
I
x
V
N
 
N
P
 
Q
K
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
K
R
 
V
A
 
V
A
 
E
E
 
Q
H
 
Y
G
 
Q
L
 
L
R
 
N
A
 
A
E
 
T
T
 
V
V
 
Y
-
 
P
-
 
N
-
 
D
E
 
D
G
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
E
D
 
N
V
 
V
A
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
L
N
 
V
L
 
T
T
x
S
I
x
W
P
x
G
E
 
P
A
 
A
H
 
H
Y
 
E
P
 
S
L
 
S
T
 
V
R
 
L
R
 
K
I
 
A
L
 
I
E
 
K
A
 
A
G
 
Q
K
 
K
H
 
Y
A
 
V
Y
 
F
S
 
C
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
T
T
 
T
L
 
A
D
 
E
Q
 
G
A
 
C
L
 
M
A
 
R
L
 
I
R
 
V
N
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
I
L
 
K
A
 
V
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
G
 
L
L
 
V
R
 
Q
V
 
V
G
 
G
S
 
F
A
 
M
P
 
R
D
 
-
T
 
R
F
 
Y
L
 
D
G
 
S
G
 
G
S
 
Y
H
 
V
Q
 
Q
L
 
L
A
 
K
R
 
E
A
 
A
M
 
L

Sites not aligning to the query:

3nt2B Crystal structure of myo-inositol dehydrogenase from bacillus subtilis with bound cofactor (see paper)
31% identity, 35% coverage: 4:135/377 of query aligns to 3:140/337 of 3nt2B

query
sites
3nt2B
L
 
L
G
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
I
 
I
G
|
G
C
 
T
G
|
G
N
x
A
I
 
I
S
 
G
L
 
K
T
 
E
Y
 
H
L
 
I
K
 
N
M
 
R
I
 
I
P
 
T
-
 
N
L
 
K
F
 
L
S
 
S
G
 
G
M
 
A
K
 
E
L
 
I
C
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
T
D
|
D
I
x
V
N
 
N
P
 
Q
K
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
K
R
 
V
A
 
V
A
 
E
E
 
Q
H
 
Y
G
 
Q
L
 
L
R
 
N
A
 
A
E
 
T
T
 
V
V
 
Y
-
 
P
-
 
N
-
 
D
E
 
D
G
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
E
D
 
N
V
 
V
A
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
L
N
 
V
L
 
T
T
x
S
I
x
W
P
 
G
E
 
P
A
|
A
H
 
H
Y
 
E
P
 
S
L
 
S
T
 
V
R
 
L
R
 
K
I
 
A
L
 
I
E
 
K
A
 
A
G
 
Q
K
 
K
H
 
Y
A
 
V
Y
 
F
S
 
C
E
 
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
T
T
 
T
L
 
A
D
 
E
Q
 
G
A
 
C
L
 
M
A
 
R
L
 
I
R
 
V
N
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
I
L
 
K
A
 
V
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
G
 
L
L
 
V
R
 
Q
V
 
V
G
 
G
S
 
F
A
 
M
P
 
R
D
 
-
T
 
R
F
 
Y
L
 
D
G
 
S
G
 
G
S
 
Y
H
 
V
Q
 
Q
L
 
L
A
 
K
R
 
E
A
 
A
M
 
L

Sites not aligning to the query:

3nt2A Crystal structure of myo-inositol dehydrogenase from bacillus subtilis with bound cofactor (see paper)
31% identity, 35% coverage: 4:135/377 of query aligns to 3:140/337 of 3nt2A

query
sites
3nt2A
L
 
L
G
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
V
I
 
I
G
|
G
C
 
T
G
|
G
N
x
A
I
|
I
S
 
G
L
 
K
T
 
E
Y
 
H
L
 
I
K
 
N
M
 
R
I
 
I
P
 
T
-
 
N
L
 
K
F
 
L
S
 
S
G
 
G
M
 
A
K
 
E
L
 
I
C
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
T
D
|
D
I
x
V
N
 
N
P
 
Q
K
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
A
 
K
R
 
V
A
 
V
A
 
E
E
 
Q
H
 
Y
G
 
Q
L
 
L
R
 
N
A
 
A
E
 
T
T
 
V
V
 
Y
-
 
P
-
 
N
-
 
D
E
 
D
G
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
E
D
 
N
V
 
V
A
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
L
N
 
V
L
 
T
T
x
S
I
x
W
P
x
G
E
 
P
A
|
A
H
|
H
Y
 
E
P
 
S
L
 
S
T
 
V
R
 
L
R
 
K
I
 
A
L
 
I
E
 
K
A
 
A
G
 
Q
K
 
K
H
 
Y
A
 
V
Y
 
F
S
 
C
E
|
E
K
|
K
P
 
P
L
 
L
A
 
A
L
 
T
T
 
T
L
 
A
D
 
E
Q
 
G
A
 
C
L
 
M
A
 
R
L
 
I
R
 
V
N
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
I
L
 
K
A
 
V
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
G
 
L
L
 
V
R
 
Q
V
 
V
G
 
G
S
 
F
A
 
M
P
 
R
D
 
-
T
 
R
F
 
Y
L
 
D
G
 
S
G
 
G
S
 
Y
H
 
V
Q
 
Q
L
 
L
A
 
K
R
 
E
A
 
A
M
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF3857 PGA1_78p00210 putative oxidoreductase
MTELGIGIIGCGNISLTYLKMIPLFSGMKLCAVADINPKAAQARAAEHGLRAETVEGLLA
AEDVAVVVNLTIPEAHYPLTRRILEAGKHAYSEKPLALTLDQALALRNLAGQRGLRVGSA
PDTFLGGSHQLARAMIDEGRVGPVIGGTCHVMSRGMEHWHPNPDFFFQPGGGPVLDLGPY
YIANLIQLLGPVRSVAAMTAASFPTRTIGNGLRHGEEIPVDTPTNIHALLEFDTGAIITL
GASWDVWTSSHPNMELYGTKGTLQLPDPNYFGGVVRMSEEDGDLTPLAPDDHPFGQLNET
RPDGRRQANYRAAGLADMVAAITQNRPHRCDIELAAHTVDVMMAILKAGETRAWVATTTS
CPRPAPLPPQAAQALMR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory