SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF386 FitnessBrowser__Phaeo:GFF386 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 18 hits to proteins with known functional sites (download)

7x0rB Crystal structure of substrate binding protein lbp complexed wtih guanosine from clostridium thermocellum (see paper)
38% identity, 88% coverage: 27:317/331 of query aligns to 8:294/313 of 7x0rB

query
sites
7x0rB
L
 
M
I
 
V
F
 
T
D
|
D
L
 
V
G
|
G
G
 
G
K
 
V
F
 
N
D
 
D
K
 
G
S
 
S
F
|
F
N
 
N
E
 
Q
A
 
S
A
 
A
F
 
W
A
x
E
G
 
G
A
 
L
Q
 
Q
R
 
R
W
 
A
A
 
Q
E
 
K
E
 
E
T
 
L
G
 
G
E
 
V
S
 
E
F
 
V
R
 
R
E
 
Y
I
 
A
E
 
E
L
 
S
Q
 
A
S
 
T
E
 
D
A
 
A
Q
 
D
R
 
Y
E
 
A
Q
 
P
A
 
N
L
 
I
R
x
E
R
 
A
F
 
F
A
 
I
E
x
D
A
 
E
G
 
G
A
 
Y
N
 
D
P
 
L
I
 
I
V
 
I
M
 
C
A
 
V
G
|
G
F
x
Y
A
x
M
F
 
L
A
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
T
G
 
R
Q
 
K
V
 
A
A
 
A
A
 
E
D
 
A
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
T
 
Q
K
 
K
F
 
F
V
 
A
I
 
I
I
 
I
D
|
D
-
 
D
M
 
A
V
 
S
V
 
I
D
 
D
A
 
L
P
 
P
N
 
N
V
 
V
R
 
T
S
 
C
V
 
L
V
 
M
F
 
F
N
 
E
E
 
Q
H
 
S
E
 
Q
G
 
A
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
V
A
 
A
A
 
G
K
 
K
A
 
M
S
 
T
K
 
K
S
 
T
G
 
N
T
 
K
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
V
G
 
V
G
 
G
M
 
M
D
 
V
I
 
S
P
 
Q
L
 
T
I
x
M
R
 
N
K
 
E
F
|
F
A
 
G
C
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
A
 
L
E
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
D
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
N
A
 
A
T
 
T
V
 
I
I
 
L
-
 
Q
-
 
F
-
 
N
A
 
A
N
 
N
M
 
S
T
x
F
G
 
S
T
 
S
T
 
T
P
 
E
A
 
T
A
 
-
W
 
-
N
 
-
D
 
-
P
 
-
V
 
-
K
 
-
G
 
G
S
 
K
E
 
S
L
 
A
T
 
A
K
 
T
A
 
T
Q
 
M
I
 
I
S
 
T
Q
 
N
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
I
Y
 
F
A
 
H
A
|
A
A
 
A
G
|
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
E
T
 
G
A
 
C
A
 
K
D
 
D
E
 
A
G
 
G
I
 
K
L
 
W
S
 
A
I
 
I
G
 
G
V
|
V
D
|
D
S
 
S
N
 
D
Q
 
Q
N
 
S
H
 
P
L
 
L
H
 
A
P
 
P
G
 
E
K
 
N
V
 
I
L
 
L
T
 
T
S
 
S
M
 
A
M
 
M
K
|
K
R
 
R
V
 
V
D
|
D
N
 
N
A
 
A
V
 
C
F
 
F
E
 
D
-
 
I
-
 
A
-
 
K
A
 
A
F
 
V
S
 
K
D
 
E
G
 
G
T
 
N
E
 
-
L
 
V
E
 
K
T
 
P
G
 
G
F
 
I
S
 
I
V
 
T
M
 
Y
G
 
D
L
 
L
S
 
K
N
 
S
G
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
D
F
 
I
A
 
A
V
 
P
D
 
T
D
 
T
N
 
T
N
 
N
A
 
-
S
 
-
L
 
-
I
 
L
T
 
P
E
 
K
E
 
E
M
 
V
T
 
L
A
 
D
A
 
Y
T
 
V
D
 
N
E
 
Q
A
 
A
A
 
K
A
 
Q
K
 
D
I
 
I
A
 
I
T
 
N
G
 
G
E
 
K
I
 
I
T
 
T
V
 
V

Sites not aligning to the query:

2fqyA Pnra from treponema pallidum complexed with adenosine. (see paper)
35% identity, 88% coverage: 27:317/331 of query aligns to 7:307/316 of 2fqyA

query
sites
2fqyA
L
 
M
I
 
V
F
 
T
D
|
D
L
x
S
G
 
G
G
 
D
K
 
I
F
 
D
D
 
D
K
 
K
S
 
S
F
|
F
N
 
N
E
 
Q
A
 
Q
A
 
V
F
 
W
A
 
E
G
 
G
A
 
I
Q
 
S
R
 
R
W
 
F
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
T
 
N
G
 
N
E
 
A
S
 
K
F
 
C
R
 
K
E
 
Y
I
 
V
E
 
T
L
 
A
Q
 
S
S
 
T
E
 
D
A
 
A
Q
 
E
R
 
Y
E
 
V
Q
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
S
R
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
D
A
 
E
G
 
N
A
 
M
N
 
G
P
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
A
A
 
C
G
 
G
F
 
S
A
 
F
F
 
L
A
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
I
Q
 
E
V
 
T
A
 
S
A
 
A
D
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
K
T
 
Q
K
 
K
F
 
F
V
 
L
I
 
V
I
 
I
D
|
D
M
 
A
V
 
V
V
 
V
-
 
Q
D
 
D
A
 
R
P
 
D
N
 
N
V
 
V
R
 
V
S
 
S
V
 
A
V
 
V
F
 
F
N
 
G
E
 
Q
H
 
N
E
 
E
G
 
G
S
 
S
Y
 
F
L
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
A
-
 
L
K
 
K
A
 
A
S
 
K
K
 
E
S
 
A
G
 
G
T
 
K
-
 
S
-
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
I
G
 
V
G
 
G
M
 
M
D
 
E
I
 
L
P
 
G
L
 
M
I
x
M
R
 
P
K
 
L
F
 
F
A
 
E
C
 
A
G
 
G
Y
 
F
A
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
I
T
 
Q
V
 
V
I
 
V
A
 
V
N
 
E
M
 
V
T
 
A
G
 
N
T
 
T
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
x
F
N
 
S
D
 
D
P
 
P
V
 
Q
K
 
K
G
 
G
S
 
Q
E
 
A
L
 
L
T
 
A
K
 
A
A
 
K
Q
 
L
I
 
Y
S
 
D
Q
 
S
G
 
G
A
 
V
D
 
N
V
 
V
V
 
I
Y
 
F
A
 
Q
A
x
V
A
 
A
G
|
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
N
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
A
 
R
D
 
D
-
 
R
-
 
R
-
 
L
-
 
N
-
 
G
E
 
Q
G
 
D
I
 
V
L
 
W
S
 
V
I
 
I
G
 
G
V
|
V
D
|
D
S
 
R
N
 
D
Q
 
Q
-
 
Y
-
 
M
N
 
D
H
 
G
L
 
V
H
 
Y
P
 
D
G
 
G
K
 
S
-
 
K
-
 
S
-
 
V
V
 
V
L
 
L
T
 
T
S
 
S
M
 
M
M
 
V
K
|
K
R
 
R
V
 
A
D
 
D
N
 
V
A
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
R
V
 
I
F
 
S
E
 
K
A
 
M
F
 
A
S
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
S
E
 
-
L
 
F
E
 
P
T
 
G
G
 
G
F
 
Q
S
 
S
V
 
I
M
 
M
-
 
F
G
 
G
L
 
L
S
 
E
N
 
D
G
 
K
G
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
I
A
 
P
V
 
E
D
 
E
D
 
N
N
 
P
N
 
N
A
 
L
S
 
S
L
 
S
I
 
A
T
 
V
E
 
M
E
 
E
M
 
K
T
 
I
A
 
R
A
 
S
T
 
F
D
 
E
E
 
E
A
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
K
I
 
I
A
 
V
T
 
S
G
 
K
E
 
E
I
 
I
T
 
V
V
 
V

2fqxA Pnra from treponema pallidum complexed with guanosine (see paper)
35% identity, 88% coverage: 27:317/331 of query aligns to 7:307/316 of 2fqxA

query
sites
2fqxA
L
 
M
I
 
V
F
 
T
D
|
D
L
 
S
G
 
G
G
 
D
K
 
I
F
 
D
D
 
D
K
 
K
S
 
S
F
|
F
N
|
N
E
 
Q
A
 
Q
A
 
V
F
 
W
A
 
E
G
 
G
A
 
I
Q
 
S
R
 
R
W
 
F
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
T
 
N
G
 
N
E
 
A
S
 
K
F
 
C
R
 
K
E
 
Y
I
 
V
E
 
T
L
 
A
Q
 
S
S
 
T
E
 
D
A
 
A
Q
 
E
R
 
Y
E
 
V
Q
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
S
R
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
D
A
 
E
G
 
N
A
 
M
N
 
G
P
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
A
A
 
C
G
 
G
F
 
S
A
 
F
F
 
L
A
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
I
Q
 
E
V
 
T
A
 
S
A
 
A
D
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
K
T
 
Q
K
 
K
F
 
F
V
 
L
I
 
V
I
 
I
D
|
D
M
 
A
V
 
V
V
 
V
-
 
Q
D
 
D
A
 
R
P
 
D
N
 
N
V
 
V
R
 
V
S
 
S
V
 
A
V
 
V
F
 
F
N
 
G
E
 
Q
H
 
N
E
 
E
G
 
G
S
 
S
Y
 
F
L
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
A
-
 
L
K
 
K
A
 
A
S
 
K
K
 
E
S
 
A
G
 
G
T
 
K
-
 
S
-
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
I
G
 
V
G
 
G
M
 
M
D
 
E
I
 
L
P
 
G
L
 
M
I
x
M
R
 
P
K
 
L
F
 
F
A
 
E
C
 
A
G
 
G
Y
 
F
A
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
I
T
 
Q
V
 
V
I
 
V
A
 
V
N
 
E
M
 
V
T
 
A
G
 
N
T
 
T
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
x
F
N
 
S
D
 
D
P
 
P
V
 
Q
K
 
K
G
 
G
S
 
Q
E
 
A
L
 
L
T
 
A
K
 
A
A
 
K
Q
 
L
I
 
Y
S
 
D
Q
 
S
G
 
G
A
 
V
D
 
N
V
 
V
V
 
I
Y
 
F
A
 
Q
A
x
V
A
 
A
G
|
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
N
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
A
 
R
D
 
D
-
 
R
-
 
R
-
 
L
-
 
N
-
 
G
E
 
Q
G
 
D
I
 
V
L
 
W
S
 
V
I
 
I
G
 
G
V
|
V
D
|
D
S
 
R
N
 
D
Q
 
Q
-
 
Y
-
 
M
N
 
D
H
 
G
L
 
V
H
 
Y
P
 
D
G
 
G
K
 
S
-
 
K
-
 
S
-
 
V
V
 
V
L
 
L
T
 
T
S
 
S
M
 
M
M
 
V
K
|
K
R
 
R
V
 
A
D
 
D
N
 
V
A
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
R
V
 
I
F
 
S
E
 
K
A
 
M
F
 
A
S
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
S
E
 
-
L
 
F
E
 
P
T
 
G
G
 
G
F
 
Q
S
 
S
V
 
I
M
 
M
-
 
F
G
 
G
L
 
L
S
 
E
N
 
D
G
 
K
G
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
I
A
 
P
V
 
E
D
 
E
D
 
N
N
 
P
N
 
N
A
 
L
S
 
S
L
 
S
I
 
A
T
 
V
E
 
M
E
 
E
M
 
K
T
 
I
A
 
R
A
 
S
T
 
F
D
 
E
E
 
E
A
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
K
I
 
I
A
 
V
T
 
S
G
 
K
E
 
E
I
 
I
T
 
V
V
 
V

2fqwA Pnra from treponema pallidum as purified from e. Coli (bound to inosine) (see paper)
35% identity, 88% coverage: 27:317/331 of query aligns to 7:307/316 of 2fqwA

query
sites
2fqwA
L
 
M
I
 
V
F
 
T
D
|
D
L
 
S
G
 
G
G
 
D
K
 
I
F
 
D
D
 
D
K
 
K
S
 
S
F
|
F
N
 
N
E
 
Q
A
 
Q
A
 
V
F
 
W
A
 
E
G
 
G
A
 
I
Q
 
S
R
 
R
W
 
F
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
T
 
N
G
 
N
E
 
A
S
 
K
F
 
C
R
 
K
E
 
Y
I
 
V
E
 
T
L
 
A
Q
 
S
S
 
T
E
 
D
A
 
A
Q
 
E
R
 
Y
E
 
V
Q
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
S
R
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
D
A
 
E
G
 
N
A
 
M
N
 
G
P
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
A
A
 
C
G
 
G
F
 
S
A
 
F
F
 
L
A
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
I
Q
 
E
V
 
T
A
 
S
A
 
A
D
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
K
T
 
Q
K
 
K
F
 
F
V
 
L
I
 
V
I
 
I
D
|
D
M
 
A
V
 
V
V
 
V
-
 
Q
D
 
D
A
 
R
P
 
D
N
 
N
V
 
V
R
 
V
S
 
S
V
 
A
V
 
V
F
 
F
N
 
G
E
 
Q
H
 
N
E
 
E
G
 
G
S
 
S
Y
 
F
L
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
A
-
 
L
K
 
K
A
 
A
S
 
K
K
 
E
S
 
A
G
 
G
T
 
K
-
 
S
-
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
I
G
 
V
G
 
G
M
 
M
D
 
E
I
 
L
P
 
G
L
 
M
I
x
M
R
 
P
K
 
L
F
 
F
A
 
E
C
 
A
G
 
G
Y
 
F
A
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
I
T
 
Q
V
 
V
I
 
V
A
 
V
N
 
E
M
 
V
T
 
A
G
 
N
T
 
T
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
x
F
N
 
S
D
 
D
P
 
P
V
 
Q
K
 
K
G
 
G
S
 
Q
E
 
A
L
 
L
T
 
A
K
 
A
A
 
K
Q
 
L
I
 
Y
S
 
D
Q
 
S
G
 
G
A
 
V
D
 
N
V
 
V
V
 
I
Y
 
F
A
 
Q
A
x
V
A
 
A
G
|
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
N
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
A
 
R
D
 
D
-
 
R
-
 
R
-
 
L
-
 
N
-
 
G
E
 
Q
G
 
D
I
 
V
L
 
W
S
 
V
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
|
D
S
 
R
N
 
D
Q
 
Q
-
 
Y
-
 
M
N
 
D
H
 
G
L
 
V
H
 
Y
P
 
D
G
 
G
K
 
S
-
 
K
-
 
S
-
 
V
V
 
V
L
 
L
T
 
T
S
 
S
M
 
M
M
 
V
K
|
K
R
 
R
V
 
A
D
 
D
N
 
V
A
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
R
V
 
I
F
 
S
E
 
K
A
 
M
F
 
A
S
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
S
E
 
-
L
 
F
E
 
P
T
 
G
G
 
G
F
 
Q
S
 
S
V
 
I
M
 
M
-
 
F
G
 
G
L
 
L
S
 
E
N
 
D
G
 
K
G
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
I
A
 
P
V
 
E
D
 
E
D
 
N
N
 
P
N
 
N
A
 
L
S
 
S
L
 
S
I
 
A
T
 
V
E
 
M
E
 
E
M
 
K
T
 
I
A
 
R
A
 
S
T
 
F
D
 
E
E
 
E
A
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
K
I
 
I
A
 
V
T
 
S
G
 
K
E
 
E
I
 
I
T
 
V
V
 
V

P29724 Membrane lipoprotein TmpC; Membrane protein C; 35 kDa antigen; Lipoprotein TpN35; Purine nucleoside receptor A; PnrA from Treponema pallidum (strain Nichols) (see 2 papers)
35% identity, 88% coverage: 27:317/331 of query aligns to 44:344/353 of P29724

query
sites
P29724
L
 
M
I
 
V
F
 
T
D
|
D
L
x
S
G
 
G
G
 
D
K
 
I
F
 
D
D
 
D
K
 
K
S
 
S
F
|
F
N
|
N
E
 
Q
A
 
Q
A
 
V
F
 
W
A
 
E
G
 
G
A
 
I
Q
 
S
R
 
R
W
 
F
A
 
A
E
 
Q
E
 
E
T
 
N
G
 
N
E
 
A
S
 
K
F
 
C
R
 
K
E
 
Y
I
 
V
E
 
T
L
 
A
Q
 
S
S
 
T
E
 
D
A
 
A
Q
 
E
R
 
Y
E
 
V
Q
 
P
A
 
S
L
 
L
R
 
S
R
 
A
F
 
F
A
 
A
E
 
D
A
 
E
G
 
N
A
 
M
N
 
G
P
 
L
I
 
V
V
 
V
M
 
A
A
 
C
G
 
G
F
 
S
A
 
F
F
 
L
A
 
V
D
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
I
Q
 
E
V
 
T
A
 
S
A
 
A
D
 
R
Y
 
F
P
 
P
D
 
K
T
 
Q
K
 
K
F
 
F
V
 
L
I
 
V
I
 
I
D
|
D
M
 
A
V
 
V
V
 
V
-
 
Q
D
 
D
A
 
R
P
 
D
N
 
N
V
 
V
R
 
V
S
 
S
V
 
A
V
 
V
F
 
F
N
 
G
E
 
Q
H
 
N
E
 
E
G
 
G
S
 
S
Y
 
F
L
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
A
-
 
L
K
 
K
A
 
A
S
 
K
K
 
E
S
 
A
G
 
G
T
 
K
-
 
S
-
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
I
G
 
V
G
 
G
M
 
M
D
 
E
I
 
L
P
 
G
L
 
M
I
 
M
R
 
P
K
 
L
F
 
F
A
 
E
C
 
A
G
 
G
Y
 
F
A
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
I
T
 
Q
V
 
V
I
 
V
A
 
V
N
 
E
M
 
V
T
 
A
G
 
N
T
 
T
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
x
F
N
 
S
D
 
D
P
 
P
V
 
Q
K
 
K
G
 
G
S
 
Q
E
 
A
L
 
L
T
 
A
K
 
A
A
 
K
Q
 
L
I
 
Y
S
 
D
Q
 
S
G
 
G
A
 
V
D
 
N
V
 
V
V
 
I
Y
 
F
A
 
Q
A
 
V
A
 
A
G
|
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
N
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
A
 
R
D
 
D
-
 
R
-
 
R
-
 
L
-
 
N
-
 
G
E
 
Q
G
 
D
I
 
V
L
 
W
S
 
V
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
|
D
S
 
R
N
 
D
Q
 
Q
-
 
Y
-
 
M
N
 
D
H
 
G
L
 
V
H
 
Y
P
 
D
G
 
G
K
 
S
-
 
K
-
 
S
-
 
V
V
 
V
L
 
L
T
 
T
S
 
S
M
 
M
M
 
V
K
|
K
R
 
R
V
 
A
D
 
D
N
 
V
A
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
R
V
 
I
F
 
S
E
 
K
A
 
M
F
 
A
S
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
S
E
 
-
L
 
F
E
 
P
T
 
G
G
 
G
F
 
Q
S
 
S
V
 
I
M
 
M
-
 
F
G
 
G
L
 
L
S
 
E
N
 
D
G
 
K
G
 
A
V
 
V
G
 
G
F
 
I
A
 
P
V
 
E
D
 
E
D
 
N
N
 
P
N
 
N
A
 
L
S
 
S
L
 
S
I
 
A
T
 
V
E
 
M
E
 
E
M
 
K
T
 
I
A
 
R
A
 
S
T
 
F
D
 
E
E
 
E
A
 
-
A
 
-
A
 
-
K
 
K
I
 
I
A
 
V
T
 
S
G
 
K
E
 
E
I
 
I
T
 
V
V
 
V

Sites not aligning to the query:

6yabAAA Lipoprotein (see paper)
34% identity, 89% coverage: 23:317/331 of query aligns to 17:326/329 of 6yabAAA

query
sites
6yabAAA
A
 
A
E
 
S
P
 
A
A
 
A
L
 
I
I
 
V
F
 
T
D
|
D
L
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
V
F
 
D
D
 
D
K
 
K
S
 
S
F
|
F
N
|
N
E
 
Q
A
 
S
A
 
A
F
 
W
A
 
E
G
 
G
A
 
L
Q
 
Q
R
 
A
W
 
W
A
 
G
E
 
K
E
 
E
T
 
H
G
 
N
E
 
L
S
 
S
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
G
F
 
F
R
 
T
E
 
Y
I
 
F
E
 
Q
L
 
S
Q
 
T
S
 
S
E
 
E
A
 
A
Q
 
D
R
 
Y
E
 
A
Q
 
N
A
 
N
L
 
L
R
 
Q
R
 
Q
F
 
-
A
 
A
E
 
A
A
 
G
G
 
S
A
 
Y
N
 
N
P
 
L
I
 
I
V
 
F
M
 
G
A
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
L
A
 
N
D
 
N
A
 
A
L
 
V
G
 
K
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
A
 
K
D
 
E
Y
 
H
P
 
T
D
 
D
T
 
L
K
 
N
F
 
Y
V
 
V
I
 
L
I
 
I
D
|
D
M
 
D
V
 
V
V
 
I
-
 
K
D
 
D
A
 
Q
P
 
K
N
 
N
V
 
V
R
 
A
S
 
S
V
 
V
V
 
T
F
 
F
N
 
A
E
 
D
H
 
N
E
 
E
G
 
S
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
V
 
A
G
 
G
M
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
T
S
 
T
K
 
K
S
 
T
G
 
K
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
V
G
 
G
G
 
G
M
 
I
D
 
E
I
 
S
P
 
E
L
 
V
I
 
I
R
 
S
K
 
R
F
 
F
A
 
E
C
 
A
G
 
G
Y
 
F
A
 
K
E
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
S
A
 
I
T
 
K
V
 
V
I
 
Q
A
 
V
N
 
D
M
 
Y
T
 
A
G
 
G
T
 
S
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
x
F
N
 
G
D
 
D
P
 
A
V
 
A
K
 
K
G
 
G
S
 
K
E
 
T
L
 
I
T
 
A
K
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
Y
S
 
A
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
I
V
 
V
Y
 
Y
A
 
Q
A
x
V
A
 
A
G
|
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
F
Q
 
A
T
 
E
A
 
A
A
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
N
-
 
E
-
 
S
-
 
R
-
 
P
-
 
E
D
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
V
L
 
W
S
 
V
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
|
D
S
 
R
N
 
D
Q
 
Q
N
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
Y
H
 
T
L
 
S
H
 
K
P
 
D
G
 
G
K
 
K
-
 
E
-
 
S
-
 
N
-
 
F
V
 
V
L
 
L
T
 
V
S
 
S
M
 
T
M
 
L
K
|
K
R
 
Q
V
 
V
D
 
G
N
 
T
A
 
T
V
 
V
F
 
K
E
 
D
A
 
I
F
 
S
S
 
N
D
 
K
G
 
A
T
 
E
E
 
R
L
 
G
E
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
G
T
 
G
G
 
Q
F
 
V
S
 
I
V
 
V
M
 
Y
G
 
S
L
 
L
S
 
K
N
 
D
G
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
D
F
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
T
D
 
N
N
 
-
N
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
I
 
L
T
 
S
E
 
E
E
 
E
M
 
G
T
 
K
A
 
K
A
 
A
T
 
V
D
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
I
 
I
A
 
L
T
 
D
G
 
G
E
 
S
I
 
V
T
 
K
V
 
V

6ya3A Crystal structure of pnra from s. Pneumoniae in complex with guanosine (see paper)
34% identity, 89% coverage: 23:317/331 of query aligns to 19:328/331 of 6ya3A

query
sites
6ya3A
A
 
A
E
 
S
P
 
A
A
 
A
L
 
I
I
 
V
F
 
T
D
|
D
L
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
V
F
 
D
D
 
D
K
 
K
S
 
S
F
|
F
N
 
N
E
 
Q
A
 
S
A
 
A
F
 
W
A
 
E
G
 
G
A
 
L
Q
 
Q
R
 
A
W
 
W
A
 
G
E
 
K
E
 
E
T
 
H
G
 
N
E
 
L
S
 
S
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
G
F
 
F
R
 
T
E
 
Y
I
 
F
E
 
Q
L
 
S
Q
 
T
S
 
S
E
 
E
A
 
A
Q
 
D
R
 
Y
E
 
A
Q
 
N
A
 
N
L
 
L
R
 
Q
R
 
Q
F
 
-
A
 
A
E
 
A
A
 
G
G
 
S
A
 
Y
N
 
N
P
 
L
I
 
I
V
 
F
M
 
G
A
 
V
G
|
G
F
|
F
A
 
A
F
 
L
A
 
N
D
 
N
A
 
A
L
 
V
G
 
K
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
A
 
K
D
 
E
Y
 
H
P
 
T
D
 
D
T
 
L
K
 
N
F
 
Y
V
 
V
I
 
L
I
 
I
D
|
D
M
 
D
V
 
V
V
 
I
-
 
K
D
 
D
A
 
Q
P
 
K
N
 
N
V
 
V
R
 
A
S
 
S
V
 
V
V
 
T
F
 
F
N
 
A
E
 
D
H
 
N
E
 
E
G
 
S
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
V
 
A
G
 
G
M
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
T
S
 
T
K
 
K
S
 
T
G
 
K
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
V
G
 
G
G
 
G
M
 
I
D
 
E
I
 
S
P
 
E
L
 
V
I
 
I
R
 
S
K
 
R
F
 
F
A
 
E
C
 
A
G
 
G
Y
 
F
A
 
K
E
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
S
A
 
I
T
 
K
V
 
V
I
 
Q
A
 
V
N
 
D
M
 
Y
T
 
A
G
 
G
T
 
S
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
x
F
N
 
G
D
 
D
P
 
A
V
 
A
K
 
K
G
 
G
S
 
K
E
 
T
L
 
I
T
 
A
K
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
Y
S
 
A
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
I
V
 
V
Y
 
Y
A
 
Q
A
x
V
A
 
A
G
|
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
F
Q
 
A
T
 
E
A
 
A
A
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
N
-
 
E
-
 
S
-
 
R
-
 
P
-
 
E
D
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
V
L
 
W
S
 
V
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
|
D
S
 
R
N
 
D
Q
 
Q
N
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
Y
H
 
T
L
 
S
H
 
K
P
 
D
G
 
G
K
 
K
-
 
E
-
 
S
-
 
N
-
 
F
V
 
V
L
 
L
T
 
V
S
 
S
M
 
T
M
 
L
K
|
K
R
 
Q
V
 
V
D
 
G
N
 
T
A
 
T
V
 
V
F
 
K
E
 
D
A
 
I
F
 
S
S
 
N
D
 
K
G
 
A
T
 
E
E
 
R
L
 
G
E
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
G
T
 
G
G
 
Q
F
 
V
S
 
I
V
 
V
M
 
Y
G
 
S
L
 
L
S
 
K
N
 
D
G
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
D
F
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
T
D
 
N
N
 
-
N
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
I
 
L
T
 
S
E
 
E
E
 
E
M
 
G
T
 
K
A
 
K
A
 
A
T
 
V
D
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
I
 
I
A
 
L
T
 
D
G
 
G
E
 
S
I
 
V
T
 
K
V
 
V

6yagA Crystal structure of pnra from s. Pneumoniae in complex with thymidine (see paper)
34% identity, 89% coverage: 23:317/331 of query aligns to 18:327/329 of 6yagA

query
sites
6yagA
A
 
A
E
 
S
P
 
A
A
 
A
L
 
I
I
 
V
F
 
T
D
|
D
L
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
V
F
 
D
D
 
D
K
 
K
S
 
S
F
|
F
N
|
N
E
 
Q
A
 
S
A
 
A
F
 
W
A
 
E
G
 
G
A
 
L
Q
 
Q
R
 
A
W
 
W
A
 
G
E
 
K
E
 
E
T
 
H
G
 
N
E
 
L
S
 
S
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
G
F
 
F
R
 
T
E
 
Y
I
 
F
E
 
Q
L
 
S
Q
 
T
S
 
S
E
 
E
A
 
A
Q
 
D
R
 
Y
E
 
A
Q
 
N
A
 
N
L
 
L
R
 
Q
R
 
Q
F
 
-
A
 
A
E
 
A
A
 
G
G
 
S
A
 
Y
N
 
N
P
 
L
I
 
I
V
 
F
M
 
G
A
 
V
G
 
G
F
|
F
A
 
A
F
 
L
A
 
N
D
 
N
A
 
A
L
 
V
G
 
K
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
A
 
K
D
 
E
Y
 
H
P
 
T
D
 
D
T
 
L
K
 
N
F
 
Y
V
 
V
I
 
L
I
 
I
D
 
D
M
 
D
V
 
V
V
 
I
-
 
K
D
 
D
A
 
Q
P
 
K
N
 
N
V
 
V
R
 
A
S
 
S
V
 
V
V
 
T
F
 
F
N
 
A
E
 
D
H
 
N
E
 
E
G
 
S
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
V
 
A
G
 
G
M
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
T
S
 
T
K
 
K
S
 
T
G
 
K
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
V
G
 
G
G
 
G
M
 
I
D
 
E
I
 
S
P
 
E
L
 
V
I
|
I
R
 
S
K
 
R
F
 
F
A
 
E
C
 
A
G
 
G
Y
 
F
A
 
K
E
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
S
A
 
I
T
 
K
V
 
V
I
 
Q
A
 
V
N
 
D
M
 
Y
T
 
A
G
 
G
T
 
S
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
x
F
N
 
G
D
 
D
P
 
A
V
 
A
K
 
K
G
 
G
S
 
K
E
 
T
L
 
I
T
 
A
K
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
Y
S
 
A
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
I
V
 
V
Y
 
Y
A
 
Q
A
x
V
A
 
A
G
|
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
F
Q
 
A
T
 
E
A
 
A
A
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
N
-
 
E
-
 
S
-
 
R
-
 
P
-
 
E
D
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
V
L
 
W
S
 
V
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
|
D
S
 
R
N
 
D
Q
 
Q
N
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
Y
H
 
T
L
 
S
H
 
K
P
 
D
G
 
G
K
 
K
-
 
E
-
 
S
-
 
N
-
 
F
V
 
V
L
 
L
T
 
V
S
 
S
M
 
T
M
 
L
K
|
K
R
 
Q
V
 
V
D
 
G
N
 
T
A
 
T
V
 
V
F
 
K
E
 
D
A
 
I
F
 
S
S
 
N
D
 
K
G
 
A
T
 
E
E
 
R
L
 
G
E
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
G
T
 
G
G
 
Q
F
 
V
S
 
I
V
 
V
M
 
Y
G
 
S
L
 
L
S
 
K
N
 
D
G
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
D
F
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
T
D
 
N
N
 
-
N
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
I
 
L
T
 
S
E
 
E
E
 
E
M
 
G
T
 
K
A
 
K
A
 
A
T
 
V
D
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
I
 
I
A
 
L
T
 
D
G
 
G
E
 
S
I
 
V
T
 
K
V
 
V

6ya4A Crystal structure of pnra from s. Pneumoniae in complex with cytidine (see paper)
34% identity, 89% coverage: 23:317/331 of query aligns to 20:329/332 of 6ya4A

query
sites
6ya4A
A
 
A
E
 
S
P
 
A
A
 
A
L
 
I
I
 
V
F
 
T
D
|
D
L
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
V
F
 
D
D
 
D
K
 
K
S
 
S
F
|
F
N
 
N
E
 
Q
A
 
S
A
 
A
F
 
W
A
 
E
G
 
G
A
 
L
Q
 
Q
R
 
A
W
 
W
A
 
G
E
 
K
E
 
E
T
 
H
G
 
N
E
 
L
S
 
S
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
G
F
 
F
R
 
T
E
 
Y
I
 
F
E
 
Q
L
 
S
Q
 
T
S
 
S
E
 
E
A
 
A
Q
 
D
R
 
Y
E
 
A
Q
 
N
A
 
N
L
 
L
R
 
Q
R
 
Q
F
 
-
A
 
A
E
 
A
A
 
G
G
 
S
A
 
Y
N
 
N
P
 
L
I
 
I
V
 
F
M
 
G
A
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
L
A
 
N
D
 
N
A
 
A
L
 
V
G
 
K
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
A
 
K
D
 
E
Y
 
H
P
 
T
D
 
D
T
 
L
K
 
N
F
 
Y
V
 
V
I
 
L
I
 
I
D
|
D
M
 
D
V
 
V
V
 
I
-
 
K
D
 
D
A
 
Q
P
 
K
N
 
N
V
 
V
R
 
A
S
 
S
V
 
V
V
 
T
F
 
F
N
 
A
E
 
D
H
 
N
E
 
E
G
 
S
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
V
 
A
G
 
G
M
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
T
S
 
T
K
 
K
S
 
T
G
 
K
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
V
G
 
G
G
 
G
M
 
I
D
 
E
I
 
S
P
 
E
L
 
V
I
|
I
R
 
S
K
 
R
F
 
F
A
 
E
C
 
A
G
 
G
Y
 
F
A
 
K
E
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
S
A
 
I
T
 
K
V
 
V
I
 
Q
A
 
V
N
 
D
M
 
Y
T
 
A
G
 
G
T
 
S
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
x
F
N
 
G
D
 
D
P
 
A
V
 
A
K
 
K
G
 
G
S
 
K
E
 
T
L
 
I
T
 
A
K
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
Y
S
 
A
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
I
V
 
V
Y
 
Y
A
 
Q
A
x
V
A
 
A
G
|
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
F
Q
 
A
T
 
E
A
 
A
A
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
N
-
 
E
-
 
S
-
 
R
-
 
P
-
 
E
D
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
V
L
 
W
S
 
V
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
|
D
S
 
R
N
 
D
Q
 
Q
N
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
Y
H
 
T
L
 
S
H
 
K
P
 
D
G
 
G
K
 
K
-
 
E
-
 
S
-
 
N
-
 
F
V
 
V
L
 
L
T
 
V
S
 
S
M
 
T
M
 
L
K
|
K
R
 
Q
V
 
V
D
 
G
N
 
T
A
 
T
V
 
V
F
 
K
E
 
D
A
 
I
F
 
S
S
 
N
D
 
K
G
 
A
T
 
E
E
 
R
L
 
G
E
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
G
T
 
G
G
 
Q
F
 
V
S
 
I
V
 
V
M
 
Y
G
 
S
L
 
L
S
 
K
N
 
D
G
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
D
F
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
T
D
 
N
N
 
-
N
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
I
 
L
T
 
S
E
 
E
E
 
E
M
 
G
T
 
K
A
 
K
A
 
A
T
 
V
D
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
I
 
I
A
 
L
T
 
D
G
 
G
E
 
S
I
 
V
T
 
K
V
 
V

6y9uA Crystal structure of pnra from s. Pneumoniae in complex with adenosine (see paper)
34% identity, 89% coverage: 23:317/331 of query aligns to 20:329/332 of 6y9uA

query
sites
6y9uA
A
 
A
E
 
S
P
 
A
A
 
A
L
 
I
I
 
V
F
 
T
D
|
D
L
 
T
G
 
G
G
 
G
K
 
V
F
 
D
D
 
D
K
 
K
S
 
S
F
|
F
N
 
N
E
 
Q
A
 
S
A
 
A
F
 
W
A
 
E
G
 
G
A
 
L
Q
 
Q
R
 
A
W
 
W
A
 
G
E
 
K
E
 
E
T
 
H
G
 
N
E
 
L
S
 
S
-
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
G
F
 
F
R
 
T
E
 
Y
I
 
F
E
 
Q
L
 
S
Q
 
T
S
 
S
E
 
E
A
 
A
Q
 
D
R
 
Y
E
 
A
Q
 
N
A
 
N
L
 
L
R
 
Q
R
 
Q
F
 
-
A
 
A
E
 
A
A
 
G
G
 
S
A
 
Y
N
 
N
P
 
L
I
 
I
V
 
F
M
 
G
A
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
A
F
 
L
A
 
N
D
 
N
A
 
A
L
 
V
G
 
K
Q
 
D
V
 
A
A
 
A
A
 
K
D
 
E
Y
 
H
P
 
T
D
 
D
T
 
L
K
 
N
F
 
Y
V
 
V
I
 
L
I
 
I
D
|
D
M
 
D
V
 
V
V
 
I
-
 
K
D
 
D
A
 
Q
P
 
K
N
 
N
V
 
V
R
 
A
S
 
S
V
 
V
V
 
T
F
 
F
N
 
A
E
 
D
H
 
N
E
 
E
G
 
S
S
 
G
Y
 
Y
L
 
L
V
 
A
G
 
G
M
 
V
L
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
T
S
 
T
K
 
K
S
 
T
G
 
K
T
 
Q
V
 
V
G
 
G
F
 
F
I
 
V
G
 
G
G
 
G
M
 
I
D
 
E
I
 
S
P
 
E
L
 
V
I
 
I
R
 
S
K
 
R
F
 
F
A
 
E
C
 
A
G
 
G
Y
 
F
A
 
K
E
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
S
A
 
I
T
 
K
V
 
V
I
 
Q
A
 
V
N
 
D
M
 
Y
T
 
A
G
 
G
T
 
S
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
x
F
N
 
G
D
 
D
P
 
A
V
 
A
K
 
K
G
 
G
S
 
K
E
 
T
L
 
I
T
 
A
K
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
Y
S
 
A
Q
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
I
V
 
V
Y
 
Y
A
 
Q
A
x
V
A
 
A
G
|
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
F
Q
 
A
T
 
E
A
 
A
A
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
N
-
 
E
-
 
S
-
 
R
-
 
P
-
 
E
D
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
V
L
 
W
S
 
V
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
|
D
S
 
R
N
 
D
Q
 
Q
N
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
Y
H
 
T
L
 
S
H
 
K
P
 
D
G
 
G
K
 
K
-
 
E
-
 
S
-
 
N
-
 
F
V
 
V
L
 
L
T
 
V
S
 
S
M
 
T
M
 
L
K
|
K
R
 
Q
V
 
V
D
 
G
N
 
T
A
 
T
V
 
V
F
 
K
E
 
D
A
 
I
F
 
S
S
 
N
D
 
K
G
 
A
T
 
E
E
 
R
L
 
G
E
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
G
T
 
G
G
 
Q
F
 
V
S
 
I
V
 
V
M
 
Y
G
 
S
L
 
L
S
 
K
N
 
D
G
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
D
F
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
T
D
 
N
N
 
-
N
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
I
 
L
T
 
S
E
 
E
E
 
E
M
 
G
T
 
K
A
 
K
A
 
A
T
 
V
D
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
I
 
I
A
 
L
T
 
D
G
 
G
E
 
S
I
 
V
T
 
K
V
 
V

4pevA Crystal structure of abc transporter system solute-binding proteins from aeropyrum pernix k1
36% identity, 73% coverage: 27:268/331 of query aligns to 6:263/370 of 4pevA

query
sites
4pevA
L
 
V
I
 
L
F
 
F
D
|
D
L
 
V
G
 
G
G
 
G
K
 
R
F
 
G
D
 
D
K
 
L
S
 
S
F
|
F
N
 
N
E
 
D
A
 
M
A
 
A
F
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
D
R
 
R
W
 
A
A
 
A
E
 
E
E
 
E
T
 
L
G
 
G
E
 
V
S
 
D
F
 
V
R
 
V
E
 
F
I
 
Q
E
 
T
L
 
P
Q
 
Q
S
 
S
E
 
L
A
 
A
Q
 
V
R
 
M
E
 
E
Q
 
S
A
 
V
L
 
L
R
 
D
R
 
A
F
 
A
A
 
S
E
 
R
A
 
S
G
 
G
A
 
E
-
 
Y
N
 
D
P
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
L
A
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
L
F
 
W
A
 
Q
D
 
E
A
 
P
L
 
L
G
 
E
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
P
D
 
R
Y
 
Y
P
 
P
D
 
E
T
 
Q
K
 
K
F
 
Y
V
 
A
I
 
L
I
 
I
D
|
D
M
 
A
V
 
A
V
 
T
D
 
R
A
 
E
P
 
R
-
 
Y
-
 
D
N
 
N
V
 
V
R
 
A
S
 
S
V
 
Y
V
 
L
F
 
F
N
 
R
E
 
E
H
 
Q
E
 
E
G
 
V
S
 
A
Y
 
S
L
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
I
L
 
I
A
 
A
A
 
A
-
 
D
-
 
I
-
 
A
-
 
N
-
 
N
-
 
I
-
 
S
K
 
K
A
 
A
S
 
T
-
 
G
K
 
E
S
 
E
G
 
A
T
 
K
V
 
A
G
 
G
F
 
A
I
 
V
G
 
A
G
 
G
M
 
M
D
 
D
I
 
I
P
 
P
L
 
P
I
 
L
R
 
W
K
 
R
F
|
F
A
 
H
C
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
L
E
 
Y
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
A
 
Y
A
 
Y
N
 
N
P
 
Q
D
 
A
A
 
M
T
 
G
V
 
T
I
 
D
A
 
V
N
 
E
M
 
M
T
 
V
G
 
W
T
 
T
T
 
Y
P
 
T
A
 
G
A
 
R
W
x
F
N
 
D
D
 
D
P
 
P
V
 
T
K
 
L
G
 
G
S
 
K
E
 
T
L
 
T
T
 
A
K
 
E
A
 
Q
Q
 
M
I
 
L
S
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
D
 
R
V
 
V
V
 
F
Y
 
Y
A
 
G
A
 
V
A
 
A
G
|
G
G
 
L
T
 
T
G
 
H
V
 
V
G
 
G
V
 
M
-
 
F
-
 
N
-
 
A
L
 
V
Q
 
K
T
 
E
A
 
A
A
 
A
D
 
A
E
 
R
G
 
G
I
 
V
L
 
I
-
 
A
-
 
F
S
 
S
I
 
I
G
 
G
V
 
Q
D
|
D
S
 
A
N
 
S
Q
 
Q
N
 
E
H
 
W
L
 
Y
H
 
D
P
 
P
G
 
Q
K
 
T
V
 
I
L
 
I
T
 
I
S
 
S
M
 
G
M
 
L
K
|
K
R
 
R
V
 
V
D
 
D
N
 
V
A
 
A
V
 
V
F
 
Y
E
 
T
A
 
A
F
 
I
S
 
K
D
 
D
G
 
V
T
 
V
E
 
E

6shuA Borrelia burgdorferi bmpd nucleoside binding protein bound to adenosine (see paper)
30% identity, 91% coverage: 26:325/331 of query aligns to 8:311/316 of 6shuA

query
sites
6shuA
A
 
S
L
 
L
I
 
I
F
 
V
D
 
D
L
 
-
G
 
-
G
 
G
K
 
A
F
 
F
D
 
D
-
 
D
K
 
K
S
 
G
F
|
F
N
 
N
E
 
E
A
 
S
A
 
S
F
 
S
A
 
K
G
 
A
A
 
I
Q
 
R
R
 
K
W
 
L
A
 
K
E
 
A
E
 
D
T
 
L
G
 
-
E
 
-
S
 
N
F
 
I
R
 
N
E
 
I
I
 
I
E
 
E
L
 
K
Q
 
A
S
 
S
E
 
T
A
 
G
Q
 
N
R
x
S
E
 
Y
Q
 
L
A
 
G
-
 
D
L
 
I
R
 
A
R
 
N
F
 
L
A
 
E
E
 
D
A
 
G
G
 
N
A
 
S
N
 
N
P
 
L
I
 
I
V
 
W
M
 
G
A
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
R
F
 
L
A
 
S
D
 
D
A
 
I
L
 
L
G
 
F
Q
 
Q
V
 
R
A
 
A
A
 
S
D
 
E
Y
 
N
P
 
V
D
 
S
T
 
V
K
 
N
F
 
Y
V
 
A
I
 
I
I
 
I
D
x
E
M
 
G
V
 
V
V
 
Y
D
 
D
A
 
E
-
 
I
-
 
Q
-
 
I
-
 
P
P
 
K
N
 
N
V
 
L
R
 
L
S
 
N
V
 
I
V
 
S
F
 
F
N
 
R
E
 
S
H
 
E
E
 
E
G
 
V
S
 
A
Y
 
F
L
 
L
V
 
A
G
 
G
M
 
Y
L
 
F
A
 
A
A
 
S
K
 
K
A
 
A
S
 
S
K
 
K
S
 
T
G
 
G
T
 
K
V
 
I
G
 
G
F
 
F
I
 
V
G
 
G
G
 
G
M
 
V
D
 
R
I
 
G
P
 
K
L
 
V
I
 
L
R
 
E
K
 
S
F
|
F
A
 
M
C
 
Y
G
 
G
Y
|
Y
A
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
A
K
 
K
A
 
Y
A
 
A
N
 
N
P
 
S
D
 
N
A
 
I
T
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
S
N
 
Q
M
 
Y
T
 
V
G
 
G
T
 
T
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
x
F
N
 
G
D
 
D
P
 
F
V
 
G
K
 
L
G
 
G
S
 
R
E
 
S
L
 
T
T
 
A
K
 
S
A
 
N
Q
 
M
I
 
Y
S
 
R
Q
 
D
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
A
|
A
A
|
A
G
|
G
G
 
L
T
 
S
G
 
G
V
 
I
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
E
T
 
A
A
 
A
A
 
K
D
 
E
E
 
L
G
 
G
-
 
P
-
 
D
I
 
H
L
 
Y
S
 
I
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
|
D
S
 
Q
N
 
D
Q
 
Q
N
 
S
H
 
Y
L
 
L
H
 
A
P
 
P
G
 
N
K
 
N
V
 
V
L
 
I
T
 
V
S
 
S
M
 
A
M
 
V
K
|
K
R
 
K
V
 
V
D
 
D
N
 
S
A
 
L
V
 
M
F
 
Y
E
 
S
A
 
L
F
 
T
S
 
K
D
 
-
G
 
-
T
 
K
E
 
Y
L
 
L
E
 
E
T
 
T
G
 
G
F
 
V
-
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
G
-
 
K
-
 
T
S
 
M
V
 
F
M
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
K
N
 
E
G
 
D
G
 
G
V
 
L
G
 
G
F
 
L
A
 
V
V
 
L
D
 
N
D
 
E
N
 
N
N
 
L
A
 
K
S
 
S
L
 
N
I
 
Y
T
 
S
E
 
E
E
 
I
M
 
Y
T
 
N
A
 
K
A
 
S
T
 
L
D
 
-
E
 
K
A
 
I
A
 
G
A
 
Q
K
 
S
I
 
I
A
 
M
T
 
N
G
 
G
E
 
I
I
 
I
T
 
K
V
 
V
-
 
P
H
 
Y
D
 
D
Y
 
K
M
 
V
S
 
S
D
 
Y
D
 
D
S
 
N

3s99A Crystal structure of a basic membrane lipoprotein from brucella melitensis, iodide soak
29% identity, 76% coverage: 67:316/331 of query aligns to 48:289/330 of 3s99A

query
sites
3s99A
A
 
A
Q
 
D
R
 
A
E
 
E
Q
 
R
A
 
S
L
 
I
R
 
K
R
 
R
F
 
I
A
 
A
E
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
N
N
 
K
P
 
L
I
 
I
V
 
F
M
 
T
A
 
T
G
x
S
F
|
F
A
 
G
F
 
Y
A
 
M
D
 
D
A
 
P
L
 
T
G
 
V
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
A
 
K
D
 
K
Y
 
F
P
 
P
D
 
D
T
 
V
K
 
K
F
 
F
V
 
E
I
 
H
I
 
A
D
x
T
M
 
G
V
 
Y
V
 
K
D
 
T
A
 
A
P
 
D
N
 
N
V
 
M
R
 
S
S
 
A
V
 
Y
V
 
N
F
 
A
N
 
R
E
 
F
H
 
Y
E
 
E
G
 
G
S
 
R
Y
 
Y
L
 
V
V
 
Q
G
 
G
M
 
V
L
 
I
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
M
S
 
S
K
 
K
S
 
K
G
 
G
T
 
I
V
 
A
G
 
G
F
 
Y
I
 
I
G
 
G
G
 
S
M
 
V
D
 
P
I
 
V
P
 
P
L
x
E
I
 
V
R
 
V
K
 
Q
F
 
G
A
 
I
C
 
N
G
 
S
Y
 
F
A
 
M
E
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
Q
A
 
S
A
 
V
N
 
N
P
 
P
D
 
D
A
 
F
T
 
R
V
 
V
I
 
K
A
 
V
N
 
I
M
 
W
T
 
V
G
 
N
T
 
S
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
|
W
N
 
F
D
 
D
P
 
P
V
 
G
K
 
K
G
 
E
S
 
A
E
 
D
L
 
A
T
 
A
K
 
K
A
 
A
Q
 
L
I
 
I
S
 
D
Q
 
Q
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
I
V
 
I
Y
 
T
A
 
Q
A
 
H
A
 
T
G
x
D
G
 
S
T
 
T
G
 
-
V
 
-
G
 
A
V
 
A
L
 
I
Q
 
Q
T
 
V
A
 
A
A
 
H
D
 
D
E
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
K
S
 
A
I
 
F
G
 
G
V
 
Q
D
 
A
S
 
S
N
 
D
Q
 
M
N
 
I
H
 
K
L
 
F
H
 
A
P
 
P
G
 
D
K
 
T
V
 
Q
L
 
L
T
 
T
S
 
A
M
 
V
M
 
V
K
 
D
R
 
E
-
 
W
-
 
G
-
 
P
-
 
Y
-
 
Y
V
 
I
D
 
D
N
 
R
A
 
A
V
 
-
F
 
-
E
 
K
A
 
A
F
 
V
S
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
T
E
 
-
L
 
W
E
 
K
T
 
S
G
 
Q
F
 
N
S
 
I
V
 
W
M
 
W
G
 
G
L
 
M
S
 
K
N
 
E
G
 
G
G
 
L
V
 
V
G
 
K
F
 
M
A
 
A
V
 
P
D
 
F
D
 
T
N
 
N
N
 
-
A
 
-
S
 
-
L
 
-
I
 
M
T
 
P
E
 
D
E
 
D
M
 
V
T
 
K
A
 
K
A
 
L
T
 
A
D
 
E
E
 
E
A
 
T
A
 
E
A
 
A
K
 
R
I
 
I
A
 
K
T
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
L
T
 
N

Sites not aligning to the query:

6piiC The evolving story of atzt, a periplasmic binding protein (see paper)
29% identity, 56% coverage: 67:250/331 of query aligns to 49:226/331 of 6piiC

query
sites
6piiC
A
 
A
Q
 
D
R
 
A
E
 
E
Q
 
R
A
 
V
L
 
I
R
 
R
R
 
K
F
 
L
A
 
A
E
 
A
A
 
D
G
 
G
A
 
N
N
 
K
P
 
L
I
 
I
V
 
F
M
 
T
A
 
T
G
x
S
F
|
F
A
 
G
F
 
F
A
 
M
D
 
N
A
 
P
L
 
T
G
 
E
Q
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
K
D
 
A
Y
 
F
P
 
P
D
 
N
T
 
V
K
 
V
F
 
F
V
 
E
I
 
H
I
 
A
D
 
T
M
 
G
V
 
V
V
 
K
D
 
L
A
 
A
P
 
K
N
 
N
V
 
L
R
 
G
S
 
V
V
 
Y
V
 
E
F
 
S
N
 
R
E
 
Q
H
 
Y
E
 
E
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
V
 
Q
G
 
G
M
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
M
S
 
T
K
 
K
S
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
I
G
 
G
F
 
F
I
 
V
G
 
G
G
 
S
M
 
F
D
 
P
I
 
V
P
 
P
L
x
E
I
 
V
R
 
I
K
 
R
F
 
N
A
 
I
C
 
N
G
 
A
Y
 
Y
A
 
T
E
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
Q
A
 
S
A
 
V
N
 
N
P
 
P
D
 
K
A
 
I
T
 
K
V
 
T
I
 
K
A
 
V
N
 
I
M
 
W
T
 
V
G
 
S
T
 
T
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
|
W
N
 
Y
D
 
D
P
 
P
V
 
A
K
 
K
G
 
E
S
 
R
E
 
Q
L
 
A
T
 
A
K
 
E
A
 
T
Q
 
L
I
 
I
S
 
A
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
L
Y
 
-
A
 
-
A
 
T
A
 
Q
G
x
N
G
x
T
T
x
N
G
 
S
V
 
P
G
 
A
V
 
T
L
 
L
Q
 
Q
T
 
V
A
 
A
A
 
Q
D
 
E
E
 
K
G
 
G
I
 
K
L
 
Y
S
 
A
I
 
F
G
 
G
V
 
C
D
|
D
S
 
A
N
 
D
Q
 
M
N
 
S
H
 
K
L
 
F
H
 
A
P
 
P
G
 
K
K
 
A
V
 
H
L
 
L
T
 
T
S
 
A

Sites not aligning to the query:

6pi6A The evolving story of atzt, a periplasmic binding protein (see paper)
29% identity, 56% coverage: 67:250/331 of query aligns to 49:226/333 of 6pi6A

query
sites
6pi6A
A
 
A
Q
 
D
R
 
A
E
 
E
Q
 
R
A
 
V
L
 
I
R
 
R
R
 
K
F
 
L
A
 
A
E
 
A
A
 
D
G
 
G
A
 
N
N
 
K
P
 
L
I
 
I
V
 
F
M
 
T
A
 
T
G
x
S
F
|
F
A
 
G
F
 
F
A
 
M
D
 
N
A
 
P
L
 
T
G
 
E
Q
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
K
D
 
A
Y
 
F
P
 
P
D
 
N
T
 
V
K
 
V
F
 
F
V
 
E
I
 
H
I
 
A
D
 
T
M
 
G
V
 
V
V
 
K
D
 
L
A
 
A
P
 
K
N
 
N
V
 
L
R
 
G
S
 
V
V
 
Y
V
 
E
F
 
S
N
 
R
E
 
Q
H
 
Y
E
 
E
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
V
 
Q
G
 
G
M
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
M
S
 
T
K
 
K
S
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
I
G
 
G
F
 
F
I
 
V
G
 
G
G
 
S
M
 
F
D
 
P
I
 
V
P
 
P
L
x
E
I
 
V
R
 
I
K
 
R
F
 
N
A
 
I
C
 
N
G
 
A
Y
 
Y
A
 
T
E
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
Q
A
 
S
A
 
V
N
 
N
P
 
P
D
 
K
A
 
I
T
 
K
V
 
T
I
 
K
A
 
V
N
 
I
M
 
W
T
 
V
G
 
S
T
 
T
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
|
W
N
 
Y
D
 
D
P
 
P
V
 
A
K
 
K
G
 
E
S
 
R
E
 
Q
L
 
A
T
 
A
K
 
E
A
 
T
Q
 
L
I
 
I
S
 
A
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
L
Y
 
-
A
 
-
A
 
T
A
 
Q
G
x
N
G
 
T
T
x
N
G
 
S
V
 
P
G
 
A
V
 
T
L
 
L
Q
 
Q
T
 
V
A
 
A
A
 
Q
D
 
E
E
 
K
G
 
G
I
 
K
L
 
Y
S
 
A
I
 
F
G
 
G
V
 
C
D
|
D
S
 
A
N
 
D
Q
 
M
N
 
S
H
 
K
L
 
F
H
 
A
P
 
P
G
 
K
K
 
A
V
 
H
L
 
L
T
 
T
S
 
A

Sites not aligning to the query:

6piiA The evolving story of atzt, a periplasmic binding protein (see paper)
29% identity, 56% coverage: 67:250/331 of query aligns to 52:229/336 of 6piiA

query
sites
6piiA
A
 
A
Q
 
D
R
 
A
E
 
E
Q
 
R
A
 
V
L
 
I
R
 
R
R
 
K
F
 
L
A
 
A
E
 
A
A
 
D
G
 
G
A
 
N
N
 
K
P
 
L
I
 
I
V
 
F
M
 
T
A
 
T
G
x
S
F
|
F
A
 
G
F
 
F
A
 
M
D
 
N
A
 
P
L
 
T
G
 
E
Q
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
K
D
 
A
Y
 
F
P
 
P
D
 
N
T
 
V
K
 
V
F
 
F
V
 
E
I
 
H
I
 
A
D
 
T
M
 
G
V
 
V
V
 
K
D
 
L
A
 
A
P
 
K
N
 
N
V
 
L
R
 
G
S
 
V
V
 
Y
V
 
E
F
 
S
N
 
R
E
 
Q
H
 
Y
E
 
E
G
 
G
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
V
 
Q
G
 
G
M
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
M
S
 
T
K
 
K
S
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
I
G
 
G
F
 
F
I
 
V
G
 
G
G
 
S
M
 
F
D
 
P
I
 
V
P
 
P
L
x
E
I
 
V
R
 
I
K
 
R
F
 
N
A
 
I
C
 
N
G
 
A
Y
 
Y
A
 
T
E
 
L
G
 
G
V
 
A
K
 
Q
A
 
S
A
 
V
N
 
N
P
 
P
D
 
K
A
 
I
T
 
K
V
 
T
I
 
K
A
 
V
N
 
I
M
 
W
T
 
V
G
 
S
T
 
T
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
|
W
N
 
Y
D
 
D
P
 
P
V
 
A
K
 
K
G
 
E
S
 
R
E
 
Q
L
 
A
T
 
A
K
 
E
A
 
T
Q
 
L
I
 
I
S
 
A
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
L
Y
 
-
A
 
-
A
 
T
A
 
Q
G
 
N
G
 
T
T
x
N
G
 
S
V
 
P
G
 
A
V
 
T
L
 
L
Q
 
Q
T
 
V
A
 
A
A
 
Q
D
 
E
E
 
K
G
 
G
I
 
K
L
 
Y
S
 
A
I
 
F
G
 
G
V
 
C
D
 
D
S
 
A
N
 
D
Q
 
M
N
 
S
H
 
K
L
 
F
H
 
A
P
 
P
G
 
K
K
 
A
V
 
H
L
 
L
T
 
T
S
 
A

Sites not aligning to the query:

4iilA Crystal structure of rfua (tp0298) of t. Pallidum bound to riboflavin (see paper)
25% identity, 75% coverage: 69:317/331 of query aligns to 55:313/314 of 4iilA

query
sites
4iilA
R
 
R
E
 
E
Q
 
K
A
 
L
L
 
A
R
 
H
R
 
L
F
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
G
 
R
A
 
Y
N
 
R
P
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
S
A
 
S
G
x
N
F
 
P
A
 
A
F
 
L
A
 
P
D
 
H
A
 
V
L
 
L
G
 
E
Q
 
P
V
 
I
A
 
L
A
 
R
D
 
Q
Y
 
F
P
 
P
D
 
L
T
 
Q
K
 
R
F
 
F
V
 
L
I
 
V
I
 
L
D
|
D
M
 
A
V
 
Y
V
 
-
D
 
-
A
 
A
P
 
P
N
 
Q
V
 
E
R
 
H
S
 
S
V
 
L
V
 
I
-
 
T
-
 
F
-
 
R
F
 
Y
N
 
N
E
 
Q
H
 
W
E
 
E
G
 
Q
S
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
A
G
 
G
M
 
H
L
 
L
A
 
S
A
 
A
K
 
L
A
 
V
S
 
S
K
 
A
S
 
S
G
 
A
-
 
M
-
 
R
-
 
F
-
 
A
-
 
N
-
 
A
-
 
D
-
 
K
T
 
K
V
 
I
G
 
G
F
 
L
I
 
I
G
 
A
G
 
G
M
 
Q
D
 
S
I
x
Y
P
 
P
L
 
V
I
 
M
-
 
T
R
 
Q
K
 
T
F
 
I
A
 
I
C
 
P
G
 
A
Y
 
F
A
 
L
E
 
A
G
 
G
V
 
A
K
 
R
A
 
A
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
A
A
 
F
T
 
E
V
 
V
I
 
D
A
 
V
N
 
R
M
 
V
T
 
V
G
 
G
T
 
N
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
|
W
N
 
Y
D
 
D
P
 
A
V
 
A
K
 
K
G
 
S
S
 
A
E
 
D
L
 
L
T
 
A
K
 
R
A
 
I
Q
 
L
I
 
F
S
 
H
Q
 
E
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
M
Y
 
M
A
 
P
A
x
I
A
 
C
G
|
G
G
 
G
T
 
A
G
 
N
V
 
Q
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
A
T
 
A
A
 
A
A
 
R
D
 
E
E
 
L
G
 
G
I
 
F
L
 
Y
S
 
V
I
 
S
G
 
W
V
x
F
D
|
D
S
 
D
N
 
N
Q
 
G
N
 
Y
H
 
A
L
 
R
H
 
A
P
 
P
G
 
G
K
 
Y
V
 
V
L
 
V
T
 
G
S
 
S
M
 
S
M
 
V
K
 
M
R
 
E
V
 
Q
D
 
E
N
 
R
A
 
L
V
 
A
F
 
Y
E
 
E
A
 
Q
-
 
T
-
 
L
-
 
R
F
 
C
S
 
I
D
 
R
G
 
G
T
 
E
E
 
L
L
 
P
E
 
S
T
 
A
G
 
G
F
 
A
S
 
W
V
 
T
M
 
L
G
 
G
L
 
V
S
 
K
N
 
D
G
 
G
G
 
Y
V
 
V
G
 
R
F
 
F
A
 
I
V
 
E
D
 
E
D
 
D
N
 
P
-
 
L
N
 
Y
A
 
L
S
 
Q
L
 
T
I
 
V
T
 
P
E
 
E
E
 
P
M
 
I
T
 
R
A
 
V
A
 
R
T
 
Q
D
 
S
E
 
A
A
 
L
A
 
L
A
 
R
K
 
R
I
 
I
A
 
Q
T
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
L
T
 
T
V
 
L

Sites not aligning to the query:

Q56328 ABC transporter riboflavin-binding protein RfuA; Membrane lipoprotein TpN38(b) from Treponema pallidum (strain Nichols) (see paper)
25% identity, 75% coverage: 69:317/331 of query aligns to 82:340/343 of Q56328

query
sites
Q56328
R
 
R
E
 
E
Q
 
K
A
 
L
L
 
A
R
 
H
R
 
L
F
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
Q
G
 
R
A
 
Y
N
 
R
P
 
L
I
 
I
V
 
V
M
 
S
A
 
S
G
 
N
F
 
P
A
 
A
F
 
L
A
 
P
D
 
H
A
 
V
L
 
L
G
 
E
Q
 
P
V
 
I
A
 
L
A
 
R
D
 
Q
Y
 
F
P
 
P
D
 
L
T
 
Q
K
 
R
F
 
F
V
 
L
I
 
V
I
 
L
D
|
D
M
 
A
V
 
Y
V
 
-
D
 
-
A
 
A
P
 
P
N
 
Q
V
 
E
R
 
H
S
 
S
V
 
L
V
 
I
-
 
T
-
 
F
-
 
R
F
 
Y
N
 
N
E
x
Q
H
 
W
E
 
E
G
 
Q
S
 
A
Y
 
Y
L
 
L
V
 
A
G
 
G
M
 
H
L
 
L
A
 
S
A
 
A
K
 
L
A
 
V
S
 
S
K
 
A
S
 
S
G
 
A
-
 
M
-
 
R
-
 
F
-
 
A
-
 
N
-
 
A
-
 
D
-
 
K
T
 
K
V
 
I
G
 
G
F
 
L
I
 
I
G
 
A
G
 
G
M
 
Q
D
 
S
I
x
Y
P
 
P
L
 
V
I
 
M
-
 
T
R
 
Q
K
 
T
F
 
I
A
 
I
C
 
P
G
 
A
Y
 
F
A
 
L
E
 
A
G
 
G
V
 
A
K
 
R
A
 
A
A
 
V
N
 
D
P
 
P
D
 
A
A
 
F
T
 
E
V
 
V
I
 
D
A
 
V
N
 
R
M
 
V
T
 
V
G
 
G
T
 
N
T
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
W
|
W
N
 
Y
D
 
D
P
 
A
V
 
A
K
 
K
G
 
S
S
 
A
E
 
D
L
 
L
T
 
A
K
 
R
A
 
I
Q
 
L
I
 
F
S
 
H
Q
 
E
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
V
V
 
M
Y
 
M
A
 
P
A
 
I
A
 
C
G
 
G
G
 
G
T
 
A
G
 
N
V
 
Q
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
A
T
 
A
A
 
A
A
 
R
D
 
E
E
 
L
G
 
G
I
 
F
L
 
Y
S
 
V
I
 
S
G
 
W
V
 
F
D
|
D
S
 
D
N
 
N
Q
 
G
N
 
Y
H
 
A
L
 
R
H
 
A
P
 
P
G
 
G
K
 
Y
V
 
V
L
 
V
T
 
G
S
 
S
M
 
S
M
 
V
K
 
M
R
 
E
V
 
Q
D
 
E
N
 
R
A
 
L
V
 
A
F
 
Y
E
 
E
A
 
Q
-
 
T
-
 
L
-
 
R
F
 
C
S
 
I
D
 
R
G
 
G
T
 
E
E
 
L
L
 
P
E
 
S
T
 
A
G
 
G
F
 
A
S
 
W
V
 
T
M
 
L
G
 
G
L
 
V
S
 
K
N
 
D
G
 
G
G
 
Y
V
 
V
G
 
R
F
 
F
A
 
I
V
 
E
D
 
E
D
 
D
N
 
P
-
 
L
N
 
Y
A
 
L
S
 
Q
L
 
T
I
 
V
T
 
P
E
 
E
E
 
P
M
 
I
T
 
R
A
 
V
A
 
R
T
 
Q
D
 
S
E
 
A
A
 
L
A
 
L
A
 
R
K
 
R
I
 
I
A
 
Q
T
 
S
G
 
G
E
 
E
I
 
L
T
 
T
V
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF386 FitnessBrowser__Phaeo:GFF386
MTLMKSLMSAAAAVALTAGAAMAEPALIFDLGGKFDKSFNEAAFAGAQRWAEETGESFRE
IELQSEAQREQALRRFAEAGANPIVMAGFAFADALGQVAADYPDTKFVIIDMVVDAPNVR
SVVFNEHEGSYLVGMLAAKASKSGTVGFIGGMDIPLIRKFACGYAEGVKAANPDATVIAN
MTGTTPAAWNDPVKGSELTKAQISQGADVVYAAAGGTGVGVLQTAADEGILSIGVDSNQN
HLHPGKVLTSMMKRVDNAVFEAFSDGTELETGFSVMGLSNGGVGFAVDDNNASLITEEMT
AATDEAAAKIATGEITVHDYMSDDSCPALSF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory