SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF4001 FitnessBrowser__psRCH2:GFF4001 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6wngA Crystal structure of an aspartate ammonia-lyase from elizabethkingia anophelis nuhp1
60% identity, 97% coverage: 8:467/474 of query aligns to 4:462/466 of 6wngA

query
sites
6wngA
R
 
R
V
 
I
E
 
E
K
 
S
D
 
D
L
 
L
L
 
I
G
 
G
T
 
E
L
 
L
P
 
K
V
 
V
P
 
P
S
 
V
D
 
N
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
T
 
T
L
 
Q
R
 
R
A
 
A
L
 
I
H
 
D
N
 
N
F
 
F
R
 
K
L
 
I
S
 
S
G
 
N
V
 
D
P
 
H
L
 
L
S
 
S
H
 
D
Y
 
H
P
 
P
K
 
E
L
 
F
I
 
I
V
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
A
M
 
F
V
 
V
K
 
K
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
Q
A
 
T
N
 
N
R
 
F
E
 
E
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
P
 
D
E
 
E
T
 
I
K
 
I
H
 
N
V
 
K
A
 
N
I
 
I
S
 
A
Q
 
T
G
 
A
C
 
C
A
 
D
R
 
E
L
 
I
I
 
I
R
 
A
G
 
G
E
 
K
F
 
M
H
 
H
E
 
K
Q
 
E
F
 
F
V
 
P
V
 
T
D
 
D
M
 
M
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
|
T
S
 
S
T
 
M
N
 
N
M
 
M
N
 
N
A
 
A
N
 
N
E
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
A
N
 
N
L
 
R
G
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
M
G
 
G
H
 
H
A
 
Q
K
 
K
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
Y
 
F
L
 
C
H
 
S
P
 
P
N
 
N
N
 
D
D
 
H
V
 
V
N
 
N
M
 
L
A
 
S
Q
 
Q
S
|
S
T
|
T
N
|
N
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
A
 
A
I
 
I
R
 
R
L
 
I
G
 
A
L
 
L
L
 
Y
L
 
N
G
 
L
H
 
N
D
 
K
T
 
T
L
 
L
L
 
V
A
 
E
S
 
R
L
 
L
E
 
E
S
 
L
L
 
L
C
 
I
Q
 
Q
S
 
S
L
 
F
T
 
R
G
 
K
K
 
K
G
 
A
H
 
D
A
 
D
F
 
L
A
 
K
H
 
D
V
 
V
L
 
I
K
 
K
M
 
M
G
 
G
R
 
R
T
|
T
Q
|
Q
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
M
T
 
T
L
 
M
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
H
 
N
A
 
A
F
 
F
A
 
A
T
 
N
T
 
T
L
 
L
G
 
Q
E
 
E
D
 
E
L
 
I
Q
 
A
H
 
R
L
 
L
R
 
N
G
 
T
F
 
N
A
 
A
P
 
-
Q
 
D
L
 
L
L
 
F
L
 
L
E
 
E
V
 
T
N
 
N
L
 
M
G
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
I
 
L
N
 
N
A
 
A
D
 
H
P
 
P
R
 
D
Y
 
Y
Q
 
A
A
 
V
I
 
K
A
 
C
V
 
T
Q
 
E
R
 
N
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
I
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
A
P
 
D
L
 
V
R
 
V
Q
 
L
A
 
A
A
 
S
D
 
D
L
 
L
I
 
V
E
 
E
A
 
A
T
 
T
S
 
P
D
 
D
M
 
T
G
 
G
S
 
A
F
 
Y
V
 
V
L
 
I
F
 
Y
S
 
S
G
 
S
M
 
A
L
 
M
K
 
K
R
 
R
L
 
M
A
 
A
V
 
V
K
 
K
L
 
L
S
 
S
K
 
K
I
 
I
C
 
C
N
 
N
D
 
D
L
 
L
R
 
R
L
 
L
L
 
L
S
 
A
S
 
S
G
 
G
P
 
P
R
 
R
T
 
A
G
 
G
F
 
L
N
 
Y
E
 
E
I
 
I
N
 
N
L
 
L
P
 
P
P
 
K
R
 
M
Q
 
Q
P
 
P
G
|
G
S
|
S
S
|
S
I
|
I
M
|
M
P
 
P
G
 
G
K
|
K
V
 
V
N
|
N
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
V
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
A
 
C
F
 
F
E
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
N
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
T
L
 
V
T
 
T
M
 
F
A
 
A
A
 
A
E
 
E
G
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
M
E
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
L
A
 
T
Y
 
Q
K
 
S
L
 
I
F
 
M
D
 
E
S
 
S
I
 
I
R
 
R
L
 
F
L
 
L
Q
 
K
R
 
N
A
 
A
M
 
M
D
 
D
M
 
T
L
 
L
R
 
R
E
 
E
H
 
K
C
 
C
I
 
I
E
 
D
G
 
G
I
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
N
E
 
K
D
 
E
R
 
I
C
 
C
R
 
L
E
 
N
L
 
M
M
 
V
E
 
K
S
 
N
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
I
I
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
D
 
K
N
 
N
S
 
S
T
 
T
R
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
K
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
D
G
 
T
G
 
G
R
 
K
S
 
S
V
 
V
L
 
Y
E
 
D
L
 
L
V
 
V
R
 
L
E
 
E
E
 
H
R
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
S
D
 
K
A
 
E
M
 
K
L
 
L
A
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
R
 
A
P
 
P
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
L
A
 
N
P
 
P

3oceA Crystal structure of fumarate lyase:delta crystallin from brucella melitensis bound to cobalt
59% identity, 97% coverage: 7:467/474 of query aligns to 2:460/461 of 3oceA

query
sites
3oceA
S
 
T
R
 
R
V
 
R
E
 
E
K
 
Q
D
 
D
L
 
S
L
 
L
G
 
G
T
 
E
L
 
R
P
 
D
V
 
I
P
 
P
S
 
M
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
V
H
 
E
N
 
N
F
 
F
R
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
D
V
 
V
P
 
A
L
 
L
S
 
N
H
 
H
Y
 
I
P
 
P
K
 
A
L
 
L
I
 
V
V
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
M
V
 
V
K
 
K
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
T
A
 
A
N
 
N
R
 
Y
E
 
K
L
 
L
G
 
R
Y
 
Q
L
 
L
P
 
P
E
 
E
T
 
P
K
 
K
H
 
Y
V
 
A
A
 
A
I
 
I
S
 
V
Q
 
A
G
 
A
C
 
C
A
 
D
R
 
D
L
 
I
I
 
I
R
 
D
G
 
G
E
 
L
F
 
L
H
 
M
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
V
 
V
D
 
D
M
 
V
I
 
F
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
S
 
S
T
 
S
N
 
N
M
 
M
N
 
N
A
 
A
N
 
N
E
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
A
N
 
N
L
 
R
G
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
H
M
 
L
G
 
G
H
 
R
A
 
P
K
 
R
G
 
G
E
 
D
Y
 
Y
Q
 
Q
Y
 
T
L
 
I
H
 
H
P
 
P
N
 
N
N
 
D
D
 
D
V
 
V
N
 
N
M
 
M
A
 
S
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
N
 
N
D
 
D
A
 
V
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
A
 
A
I
 
V
R
 
R
L
 
L
G
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
L
G
 
S
H
 
Q
D
 
N
T
 
Q
L
 
V
L
 
Q
A
 
T
S
 
A
L
 
L
E
 
H
S
 
R
L
 
L
C
 
I
Q
 
A
S
 
A
L
 
F
T
 
E
G
 
A
K
 
K
G
 
G
H
 
R
A
 
E
F
 
F
A
 
A
H
 
T
V
 
V
L
 
I
K
 
K
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
T
Q
|
Q
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
I
T
 
T
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
H
 
E
A
 
A
F
 
F
A
 
A
T
 
A
T
 
T
L
 
L
G
 
R
E
 
E
D
 
D
L
 
T
Q
 
A
H
 
R
L
 
L
R
 
E
G
 
E
F
 
V
A
 
A
P
 
A
Q
 
-
L
 
L
L
 
F
L
 
R
E
 
E
V
 
V
N
 
N
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
I
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
R
I
 
I
N
 
N
A
 
A
D
 
S
P
 
H
R
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
A
 
E
I
 
Q
A
 
A
V
 
I
Q
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
S
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
I
P
 
E
L
 
L
R
 
K
Q
 
A
A
 
T
A
 
G
D
 
N
L
 
L
I
 
V
E
|
E
A
 
A
T
 
S
S
 
W
D
|
D
M
 
T
G
 
G
S
 
A
F
 
F
V
 
V
L
 
T
F
 
F
S
 
S
G
 
G
M
 
I
L
 
L
K
 
R
R
 
R
L
 
I
A
 
A
V
 
V
K
 
K
L
 
L
S
 
S
K
 
K
I
 
I
C
 
A
N
 
N
D
 
D
L
 
L
R
 
R
L
 
L
L
 
L
S
 
S
S
 
S
G
 
G
P
 
P
R
 
R
T
 
S
G
 
G
F
 
L
N
 
G
E
 
E
I
 
I
N
 
R
L
 
L
P
 
P
P
 
A
R
 
V
Q
 
Q
P
 
P
G
 
G
S
|
S
S
 
S
I
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
G
K
|
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
I
 
I
P
 
P
E
|
E
A
 
S
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
A
 
C
F
 
Y
E
 
Q
V
 
V
I
 
I
G
 
G
N
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
T
L
 
V
T
 
T
M
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
E
G
 
S
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
N
 
N
V
 
A
M
 
F
E
 
E
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
V
Y
 
Y
K
 
N
L
 
I
F
 
L
D
 
S
S
 
S
I
 
M
R
 
R
L
 
L
L
 
L
Q
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
M
D
 
T
M
 
N
L
 
L
R
 
A
E
 
E
H
 
R
C
 
C
I
 
V
E
 
D
G
 
G
I
 
I
T
 
E
A
 
A
N
 
N
E
 
V
D
 
E
R
 
R
C
 
C
R
 
R
E
 
A
L
 
G
M
 
A
E
 
E
S
 
E
S
 
S
I
 
I
G
 
S
L
 
L
I
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
V
P
 
P
Y
 
V
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
D
 
A
N
 
R
S
 
A
T
 
A
R
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
K
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
A
G
 
S
G
 
G
R
 
Q
S
 
T
V
 
V
L
 
M
E
 
E
L
 
-
V
 
V
R
 
A
E
 
I
E
 
S
R
 
K
L
 
G
L
 
L
D
 
D
D
 
A
A
 
S
M
 
A
L
 
L
A
 
T
E
 
I
I
 
M
L
 
L
R
 
D
P
 
P
E
 
L
N
 
R
M
 
M
I
 
A
A
 
F
P
 
P

P0AC38 Aspartate ammonia-lyase; Aspartase; EC 4.3.1.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
55% identity, 97% coverage: 8:467/474 of query aligns to 6:465/478 of P0AC38

query
sites
P0AC38
R
 
R
V
 
I
E
 
E
K
 
E
D
|
D
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
T
L
x
R
P
 
E
V
 
V
P
 
P
S
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
Q
x
H
T
 
T
L
 
L
R
|
R
A
 
A
L
 
I
H
 
E
N
 
N
F
 
F
R
 
Y
L
 
I
S
 
S
G
 
N
V
 
N
P
 
K
L
 
I
S
 
S
H
 
D
Y
 
I
P
 
P
K
 
E
L
 
F
I
 
V
V
 
R
A
 
G
L
 
M
A
 
V
M
 
M
V
 
V
K
|
K
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
M
A
 
A
N
 
N
R
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
Q
Y
 
T
L
 
I
P
 
P
E
 
K
T
 
S
K
 
V
H
 
A
V
 
N
A
 
A
I
 
I
S
 
I
Q
 
A
G
 
A
C
 
C
A
 
D
R
 
E
L
 
V
I
 
L
R
 
N
-
 
N
G
 
G
E
 
K
F
 
C
H
 
M
E
 
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
P
V
 
V
D
 
D
M
 
V
I
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
S
 
S
T
 
V
N
 
N
M
 
M
N
 
N
A
 
T
N
 
N
E
 
E
V
 
V
I
 
L
A
 
A
N
 
N
L
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
M
G
 
G
H
|
H
A
 
Q
K
 
K
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
H
 
N
P
 
P
N
 
N
N
 
D
D
 
H
V
 
V
N
 
N
M
 
K
A
 
C
Q
 
Q
S
|
S
T
 
T
N
 
N
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
A
 
G
I
 
F
R
 
R
L
 
I
G
 
A
L
 
V
L
 
Y
L
 
S
G
 
S
H
 
L
D
 
I
T
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
D
S
 
A
L
 
I
E
 
N
S
 
Q
L
 
L
C
 
R
Q
 
E
S
 
G
L
 
F
T
 
E
G
 
R
K
 
K
G
 
A
H
 
V
A
 
E
F
 
F
A
 
Q
H
 
D
V
 
I
L
 
L
K
 
K
M
 
M
G
 
G
R
 
R
T
 
T
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
M
T
 
T
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
H
 
R
A
 
A
F
 
F
A
 
S
T
 
I
T
 
L
L
 
L
G
 
K
E
 
E
D
 
E
L
 
V
Q
 
K
H
 
N
L
 
I
R
 
Q
G
 
R
F
 
T
A
 
A
P
 
-
Q
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
V
N
 
N
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
I
 
L
N
 
N
A
 
T
D
 
P
P
 
K
R
 
E
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
P
I
 
L
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
F
P
 
P
L
 
C
R
 
V
Q
 
P
A
 
A
A
 
E
D
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
A
T
 
T
S
 
S
D
 
D
M
 
C
G
 
G
S
 
A
F
 
Y
V
 
V
L
 
M
F
 
V
S
 
H
G
 
G
M
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
A
V
 
V
K
 
K
L
 
M
S
 
S
K
 
K
I
 
I
C
 
C
N
 
N
D
 
D
L
 
L
R
 
R
L
 
L
L
 
L
S
 
S
S
 
S
G
 
G
P
 
P
R
 
R
T
 
A
G
 
G
F
 
L
N
 
N
E
 
E
I
 
I
N
 
N
L
 
L
P
 
P
P
 
E
R
 
L
Q
 
Q
P
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
S
I
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
A
K
|
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
I
 
V
P
 
P
E
 
E
A
 
V
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
A
 
C
F
 
F
E
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
N
 
N
D
 
D
L
 
T
A
 
T
L
 
V
T
 
T
M
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
E
G
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
M
E
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
I
A
 
G
Y
 
Q
K
 
A
L
 
M
F
 
F
D
 
E
S
 
S
I
 
V
R
 
H
L
 
I
L
 
L
Q
 
T
R
 
N
A
 
A
M
 
C
D
 
Y
M
 
N
L
 
L
R
 
L
E
 
E
H
 
K
C
 
C
I
 
I
E
 
N
G
 
G
I
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
N
E
 
K
D
 
E
R
 
V
C
 
C
R
 
E
E
 
G
L
 
Y
M
 
V
E
 
Y
S
 
N
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
I
I
 
V
T
 
T
A
 
Y
L
 
L
N
 
N
P
 
P
Y
 
F
I
 
I
G
 
G
Y
 
H
D
 
H
N
 
N
S
 
G
T
 
D
R
 
I
L
 
V
A
 
G
R
 
K
E
 
I
A
 
C
L
 
A
L
 
E
G
 
T
G
 
G
R
 
K
S
 
S
V
 
V
L
 
R
E
 
E
L
 
V
V
 
V
R
 
L
E
 
E
E
 
R
R
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
A
M
 
E
L
 
L
A
 
D
E
 
D
I
 
I
L
 
F
R
 
S
P
 
V
E
 
Q
N
 
N
M
 
L
I
 
M
A
 
H
P
 
P

1jswA Native l-aspartate ammonia lyase (see paper)
55% identity, 95% coverage: 8:459/474 of query aligns to 6:457/459 of 1jswA

query
sites
1jswA
R
 
R
V
 
I
E
 
E
K
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
G
T
 
T
L
 
R
P
 
E
V
 
V
P
 
P
S
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
Q
 
H
T
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
I
H
 
E
N
 
N
F
 
F
R
 
Y
L
 
I
S
 
S
G
 
N
V
 
N
P
 
K
L
 
I
S
 
S
H
 
D
Y
 
I
P
 
P
K
 
E
L
 
F
I
 
V
V
 
R
A
 
G
L
 
M
A
 
V
M
 
M
V
 
V
K
 
K
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
M
A
 
A
N
 
N
R
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
Q
Y
 
T
L
 
I
P
 
P
E
 
K
T
 
S
K
 
V
H
 
A
V
 
N
A
 
A
I
 
I
S
 
I
Q
 
A
G
 
A
C
 
C
A
 
D
R
 
E
L
 
V
I
 
L
R
 
N
-
 
N
G
 
G
E
 
K
F
 
C
H
 
M
E
 
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
P
V
 
V
D
 
D
M
 
V
I
 
Y
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
S
 
S
T
 
V
N
 
N
M
 
M
N
 
N
A
 
T
N
 
N
E
 
E
V
 
V
I
 
L
A
 
A
N
 
N
L
 
I
G
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
M
G
 
G
H
 
H
A
 
Q
K
 
K
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
H
 
N
P
 
P
N
 
N
N
 
D
D
 
H
V
 
V
N
 
N
M
 
K
A
 
C
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
N
 
N
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
A
 
G
I
 
F
R
 
R
L
 
I
G
 
A
L
 
V
L
 
Y
L
 
S
G
 
S
H
 
L
D
 
I
T
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
D
S
 
A
L
 
I
E
 
N
S
 
Q
L
 
L
C
 
R
Q
 
E
S
 
G
L
 
F
T
 
E
G
 
R
K
 
K
G
 
A
H
 
V
A
 
E
F
 
F
A
 
Q
H
 
D
V
 
I
L
 
L
K
 
K
M
 
M
G
 
G
R
 
R
T
 
T
Q
|
Q
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
M
T
 
T
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
H
 
R
A
 
A
F
 
F
A
 
S
T
 
I
T
 
L
L
 
L
G
 
K
E
 
E
D
 
E
L
 
V
Q
 
K
H
 
N
L
 
I
R
 
Q
G
 
R
F
 
T
A
 
A
P
 
-
Q
 
E
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
V
 
V
N
 
N
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
I
 
L
N
 
N
A
 
T
D
 
P
P
 
K
R
 
E
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
P
I
 
L
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
R
 
K
L
 
L
A
 
A
Q
 
E
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
F
P
 
P
L
 
C
R
 
V
Q
 
P
A
 
A
A
 
E
D
 
D
L
 
L
I
 
I
E
 
E
A
 
A
T
 
T
S
 
S
D
 
D
M
 
C
G
 
G
S
 
A
F
 
Y
V
 
V
L
 
M
F
 
V
S
 
H
G
 
G
M
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
A
 
A
V
 
V
K
 
K
L
 
M
S
 
S
K
 
K
I
 
I
C
 
C
N
 
N
D
 
D
L
 
L
R
 
R
L
 
L
L
 
L
S
 
S
S
 
S
G
 
G
P
 
P
R
 
R
T
 
A
G
 
G
F
 
L
N
 
N
E
 
E
I
 
I
N
 
N
L
 
L
P
 
P
P
 
E
R
 
L
Q
 
Q
P
 
A
G
 
G
S
|
S
S
 
S
I
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
A
K
|
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
I
 
V
P
 
P
E
|
E
A
 
V
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
A
 
C
F
 
F
E
 
K
V
 
V
I
 
I
G
 
G
N
 
N
D
 
D
L
 
T
A
 
T
L
 
V
T
 
T
M
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
E
G
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
M
E
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
I
A
 
G
Y
 
Q
K
 
A
L
 
M
F
 
F
D
 
E
S
 
S
I
 
V
R
 
H
L
 
I
L
 
L
Q
 
T
R
 
N
A
 
A
M
 
C
D
x
Y
M
 
N
L
 
L
R
 
L
E
|
E
H
 
K
C
 
C
I
 
I
E
 
N
G
 
G
I
 
I
T
 
T
A
 
A
N
 
N
E
 
K
D
 
E
R
 
V
C
 
C
R
 
E
E
 
G
L
 
Y
M
 
V
E
 
Y
S
 
N
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
I
I
 
V
T
 
T
A
 
Y
L
 
L
N
 
N
P
 
P
Y
 
F
I
 
I
G
 
G
Y
 
H
D
 
H
N
 
N
S
 
G
T
 
D
R
 
I
L
 
V
A
 
G
R
 
K
E
 
I
A
 
C
L
 
A
L
 
E
G
 
T
G
 
G
R
 
K
S
 
S
V
 
V
L
 
R
E
 
E
L
 
V
V
 
V
R
 
L
E
 
E
E
 
R
R
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
A
M
 
E
L
 
L
A
 
D
E
 
D
I
 
I
L
 
F

3r6qA A triclinic-lattice structure of aspartase from bacillus sp. Ym55-1 (see paper)
50% identity, 98% coverage: 8:470/474 of query aligns to 2:461/462 of 3r6qA

query
sites
3r6qA
R
 
R
V
 
I
E
 
E
K
 
K
D
 
D
L
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
E
L
 
K
P
 
E
V
 
I
P
 
P
S
 
K
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
T
 
T
L
 
I
R
 
R
A
 
A
L
 
T
H
 
E
N
 
N
F
 
F
R
 
P
L
 
I
S
 
T
G
 
G
V
 
Y
P
 
R
L
 
I
S
 
-
H
 
-
Y
 
H
P
 
P
K
 
E
L
 
L
I
 
I
V
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
G
M
 
I
V
 
V
K
 
K
Q
 
K
A
 
S
A
 
A
A
 
A
D
 
L
A
 
A
N
 
N
R
 
M
E
 
E
L
 
V
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
P
 
D
E
 
K
T
 
E
K
 
V
H
 
G
V
 
Q
A
 
Y
I
 
I
S
 
V
Q
 
K
G
 
A
C
 
A
A
 
D
R
 
E
L
 
V
I
 
I
R
 
E
G
 
G
E
 
K
F
 
W
H
 
N
E
 
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
I
V
 
V
D
 
D
M
 
P
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
S
 
S
T
 
I
N
 
N
M
 
M
N
 
N
A
 
A
N
 
N
E
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
A
N
 
N
L
 
R
G
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
M
G
 
G
H
 
E
A
 
E
K
 
K
G
 
G
E
 
N
Y
 
Y
Q
 
S
Y
 
K
L
 
I
H
 
S
P
 
P
N
 
N
N
 
S
D
 
H
V
 
V
N
 
N
M
 
M
A
 
S
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
N
 
N
D
 
D
A
 
A
Y
 
F
P
 
P
T
 
T
A
 
A
I
 
T
R
 
H
L
 
I
G
 
A
L
 
V
L
 
L
L
 
S
G
 
L
H
 
L
D
 
N
T
 
Q
L
 
L
L
 
I
A
 
E
S
 
T
L
 
T
E
 
K
S
 
Y
L
 
M
C
 
Q
Q
 
Q
S
 
E
L
 
F
T
 
M
G
 
K
K
 
K
G
 
A
H
 
D
A
 
E
F
 
F
A
 
A
H
 
G
V
 
V
L
 
I
K
 
K
M
 
M
G
 
G
R
 
R
T
 
T
Q
x
H
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
I
T
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
H
 
E
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
T
 
R
T
 
V
L
 
I
G
 
A
E
 
R
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
H
 
R
L
 
I
R
 
A
G
 
N
F
 
T
A
 
R
P
 
N
Q
 
N
L
 
L
L
 
Y
L
 
-
E
 
D
V
 
I
N
 
N
L
 
M
G
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
I
 
L
N
 
N
A
 
A
D
 
D
P
 
P
R
 
E
Y
 
Y
Q
 
I
A
 
S
I
 
I
A
 
V
V
 
T
Q
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
I
 
F
S
 
S
G
 
G
Q
 
H
P
 
P
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
A
A
 
Q
D
 
H
L
 
L
I
 
V
E
 
D
A
 
A
T
 
T
S
 
Q
D
 
N
M
 
T
G
 
D
S
 
C
F
 
Y
V
 
T
L
 
E
F
 
V
S
 
S
G
 
S
M
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
V
L
 
C
A
 
M
V
 
I
K
 
N
L
 
M
S
 
S
K
 
K
I
 
I
C
 
A
N
 
N
D
 
D
L
 
L
R
 
R
L
 
L
L
 
M
S
 
A
S
 
S
G
 
G
P
 
P
R
 
R
T
 
A
G
 
G
F
 
L
N
 
S
E
 
E
I
 
I
N
 
V
L
 
L
P
 
P
P
 
A
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
G
 
G
S
|
S
S
 
S
I
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
G
K
|
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
I
 
M
P
 
P
E
|
E
A
 
V
V
 
M
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
Q
V
 
V
I
 
F
G
 
G
N
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
T
L
 
I
T
 
T
M
 
S
A
 
A
A
 
S
E
 
E
G
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
E
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
M
E
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
L
A
 
F
Y
 
F
K
 
N
L
 
L
F
 
I
D
 
Q
S
 
S
I
 
I
R
 
S
L
 
I
L
 
M
Q
 
T
R
 
N
A
 
V
M
 
F
D
 
K
M
 
S
L
 
F
R
 
T
E
 
E
H
 
N
C
 
C
I
 
L
E
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
K
A
|
A
N
 
N
E
|
E
D
 
E
R
 
R
C
 
M
R
 
K
E
 
E
L
 
Y
M
 
V
E
 
E
S
 
K
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
T
A
 
A
L
 
I
N
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
D
 
E
N
 
T
S
 
A
T
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
Y
L
 
L
G
 
T
G
 
G
R
 
E
S
 
S
V
 
I
L
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
C
R
 
I
E
 
K
E
 
Y
R
 
G
L
 
V
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
E
M
 
Q
L
 
L
A
 
N
E
 
E
I
 
I
L
 
L
R
 
N
P
 
P
E
 
Y
N
 
E
M
 
M
I
 
I
A
 
H
P
 
P
R
 
G
L
 
I
A
 
A

3r6vG Crystal structure of aspartase from bacillus sp. Ym55-1 with bound l- aspartate (see paper)
50% identity, 98% coverage: 8:470/474 of query aligns to 3:462/463 of 3r6vG

query
sites
3r6vG
R
 
R
V
 
I
E
 
E
K
 
K
D
 
D
L
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
E
L
 
K
P
 
E
V
 
I
P
 
P
S
 
K
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
T
 
T
L
 
I
R
 
R
A
 
A
L
 
T
H
 
E
N
 
N
F
 
F
R
 
P
L
 
I
S
 
T
G
 
G
V
 
Y
P
 
R
L
 
I
S
 
-
H
 
-
Y
 
H
P
 
P
K
 
E
L
 
L
I
 
I
V
 
K
A
 
S
L
 
L
A
 
G
M
 
I
V
 
V
K
 
K
Q
 
K
A
 
S
A
 
A
A
 
A
D
 
L
A
 
A
N
 
N
R
 
M
E
 
E
L
 
V
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
P
 
D
E
 
K
T
 
E
K
 
V
H
 
G
V
 
Q
A
 
Y
I
 
I
S
 
V
Q
 
K
G
 
A
C
 
A
A
 
D
R
 
E
L
 
V
I
 
I
R
 
E
G
 
G
E
 
K
F
 
W
H
 
N
E
 
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
I
V
 
V
D
 
D
M
 
P
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
T
 
T
S
 
S
T
 
I
N
 
N
M
 
M
N
 
N
A
 
A
N
 
N
E
 
E
V
 
V
I
 
I
A
 
A
N
 
N
L
 
R
G
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
L
M
 
M
G
 
G
H
 
E
A
 
E
K
 
K
G
 
G
E
 
N
Y
 
Y
Q
 
S
Y
 
K
L
 
I
H
 
S
P
 
P
N
 
N
N
 
S
D
 
H
V
 
V
N
 
N
M
 
M
A
 
S
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
N
 
N
D
 
D
A
 
A
Y
 
F
P
 
P
T
 
T
A
 
A
I
 
T
R
 
H
L
 
I
G
 
A
L
 
V
L
 
L
L
 
S
G
 
L
H
 
L
D
 
N
T
 
Q
L
 
L
L
 
I
A
 
E
S
 
T
L
 
T
E
 
K
S
 
Y
L
 
M
C
 
Q
Q
 
Q
S
 
E
L
 
F
T
 
M
G
 
K
K
 
K
G
 
A
H
 
D
A
 
E
F
 
F
A
 
A
H
 
G
V
 
V
L
 
I
K
 
K
M
 
M
G
 
G
R
 
R
T
 
T
Q
x
H
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
I
T
 
L
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
H
 
E
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
T
 
R
T
 
V
L
 
I
G
 
A
E
 
R
D
 
D
L
 
I
Q
 
E
H
 
R
L
 
I
R
 
A
G
 
N
F
 
T
A
 
R
P
 
N
Q
 
N
L
 
L
L
 
Y
L
 
-
E
 
D
V
 
I
N
 
N
L
 
M
G
 
G
G
 
A
T
 
T
A
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
I
 
L
N
 
N
A
 
A
D
 
D
P
 
P
R
 
E
Y
 
Y
Q
 
I
A
 
S
I
 
I
A
 
V
V
 
T
Q
 
E
R
 
H
L
 
L
A
 
A
Q
 
K
I
 
F
S
 
S
G
 
G
Q
 
H
P
 
P
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
A
A
 
Q
D
 
H
L
 
L
I
 
V
E
 
D
A
 
A
T
 
T
S
 
Q
D
 
N
M
 
T
G
 
D
S
 
C
F
 
Y
V
 
T
L
 
E
F
 
V
S
 
S
G
 
S
M
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
V
L
 
C
A
 
M
V
 
I
K
 
N
L
 
M
S
 
S
K
 
K
I
 
I
C
 
A
N
 
N
D
 
D
L
 
L
R
 
R
L
 
L
L
 
M
S
 
A
S
 
S
G
 
G
P
 
P
R
 
R
T
 
A
G
 
G
F
 
L
N
 
S
E
 
E
I
 
I
N
 
V
L
 
L
P
 
P
P
 
A
R
 
R
Q
 
Q
P
 
P
G
|
G
S
|
S
S
|
S
I
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
G
K
|
K
V
 
V
N
|
N
P
 
P
V
 
V
I
 
M
P
 
P
E
|
E
A
 
V
V
 
M
N
 
N
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
F
 
F
E
 
Q
V
 
V
I
 
F
G
 
G
N
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
T
L
 
I
T
 
T
M
 
S
A
 
A
A
 
S
E
 
E
G
 
A
G
 
G
Q
 
Q
L
 
F
Q
 
E
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
M
E
 
E
P
 
P
L
 
V
I
 
L
A
 
F
Y
 
F
K
 
N
L
 
L
F
 
I
D
 
Q
S
 
S
I
 
I
R
 
S
L
 
I
L
 
M
Q
 
T
R
 
N
A
 
V
M
 
F
D
 
K
M
 
S
L
 
F
R
 
T
E
 
E
H
 
N
C
 
C
I
 
L
E
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
K
A
 
A
N
 
N
E
 
E
D
 
E
R
 
R
C
 
M
R
 
K
E
 
E
L
 
Y
M
 
V
E
 
E
S
 
K
S
 
S
I
 
I
G
 
G
L
 
I
I
 
I
T
 
T
A
 
A
L
 
I
N
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
D
 
E
N
 
T
S
 
A
T
 
A
R
 
K
L
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
Y
L
 
L
G
 
T
G
 
G
R
 
E
S
 
S
V
 
I
L
 
R
E
 
E
L
 
L
V
 
C
R
 
I
E
 
K
E
 
Y
R
 
G
L
 
V
L
 
L
D
 
T
D
 
E
A
 
E
M
 
Q
L
 
L
A
 
N
E
 
E
I
 
I
L
 
L
R
 
N
P
 
P
E
 
Y
N
 
E
M
 
M
I
 
I
A
 
H
P
 
P
R
 
G
L
 
I
A
 
A

P05042 Fumarate hydratase class II; Fumarase C; Aerobic fumarase; Iron-independent fumarase; EC 4.2.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
41% identity, 97% coverage: 8:465/474 of query aligns to 5:460/467 of P05042

query
sites
P05042
R
 
R
V
 
S
E
 
E
K
 
K
D
 
D
L
 
S
L
 
M
G
 
G
T
 
A
L
 
I
P
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
A
D
 
D
A
 
K
Y
 
L
Y
 
W
G
 
G
I
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
Q
R
 
R
A
 
S
L
 
L
H
 
E
N
 
H
F
 
F
R
 
R
L
 
I
S
 
S
-
 
T
-
 
E
G
 
K
V
 
M
P
 
P
L
 
T
S
 
S
H
 
-
Y
 
-
P
 
-
K
 
-
L
 
L
I
 
I
V
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
L
V
 
T
K
 
K
Q
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
K
A
 
V
N
 
N
R
 
E
E
 
D
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
P
 
S
E
 
E
T
 
E
K
 
K
H
 
A
V
 
S
A
 
A
I
 
I
S
 
R
Q
 
Q
G
 
A
C
 
A
A
 
D
R
 
E
L
 
V
I
 
L
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
F
 
H
H
 
D
E
 
D
Q
 
E
F
 
F
V
 
P
V
 
L
D
 
A
M
 
I
I
 
W
Q
 
Q
G
 
T
G
 
G
A
 
S
G
 
G
T
 
T
S
 
Q
T
 
S
N
 
N
M
 
M
N
 
N
A
 
M
N
 
N
E
 
E
V
 
V
I
 
L
A
 
A
N
 
N
L
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
E
A
 
L
M
 
L
G
 
G
H
 
G
A
 
V
K
 
R
G
 
G
E
 
M
Y
 
E
Q
x
R
Y
x
K
L
 
V
H
|
H
P
|
P
N
|
N
N
x
D
D
 
D
V
 
V
N
 
N
M
 
K
A
 
S
Q
 
Q
S
|
S
T
x
S
N
|
N
D
 
D
A
 
V
Y
 
F
P
 
P
T
 
T
A
 
A
I
 
M
R
 
H
L
 
V
G
 
A
L
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
A
-
 
L
H
 
R
D
 
K
T
 
Q
L
 
L
L
 
I
A
 
P
S
 
Q
L
 
L
E
 
K
S
 
T
L
 
L
C
 
T
Q
 
Q
S
 
T
L
 
L
T
 
N
G
 
E
K
 
K
G
 
S
H
 
R
A
 
A
F
 
F
A
 
A
H
 
D
V
 
I
L
 
V
K
 
K
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
 
T
Q
x
H
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
L
T
 
T
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
F
 
I
H
 
S
A
 
G
F
 
W
A
 
V
T
 
A
T
 
M
L
 
L
G
 
E
E
 
H
D
 
N
L
 
L
Q
 
K
H
 
H
L
 
I
R
 
E
G
 
Y
F
 
S
A
 
L
P
 
P
Q
 
H
L
 
V
L
 
A
L
 
-
E
 
E
V
 
L
N
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
I
 
L
N
 
N
A
 
T
D
 
H
P
 
P
R
 
E
Y
 
Y
Q
 
A
A
 
R
I
 
R
A
 
V
V
 
A
Q
 
D
R
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
C
Q
 
A
P
 
P
L
 
F
R
 
V
Q
 
T
A
 
A
A
 
P
D
 
N
L
 
K
I
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
L
S
 
A
D
 
T
M
 
C
G
 
D
S
 
A
F
 
L
V
 
V
L
 
Q
F
 
A
S
 
H
G
 
G
M
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
A
K
 
S
L
 
L
S
 
M
K
 
K
I
 
I
C
 
A
N
 
N
D
 
D
L
 
V
R
 
R
L
 
W
L
 
L
S
 
A
S
 
S
G
 
G
P
 
P
R
 
R
T
 
C
G
 
G
F
 
I
N
 
G
E
 
E
I
 
I
N
 
S
L
 
I
P
 
P
P
 
E
R
 
N
Q
x
E
P
 
P
G
 
G
S
 
S
S
 
S
I
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
G
K
 
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
T
I
 
Q
P
 
C
E
 
E
A
 
A
V
 
L
N
 
T
Q
 
M
V
 
L
A
 
C
F
 
C
E
 
Q
V
 
V
I
 
M
G
 
G
N
 
N
D
 
D
L
 
V
A
 
A
L
 
I
T
 
N
M
 
M
A
 
G
A
 
G
E
 
A
G
 
S
G
 
G
Q
 
N
L
 
F
Q
 
E
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
F
E
 
R
P
 
P
L
 
M
I
 
V
A
 
I
Y
 
H
K
 
N
L
 
F
F
 
L
D
 
Q
S
 
S
I
 
V
R
 
R
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
R
 
D
A
 
G
M
 
M
D
 
E
M
 
S
L
 
F
R
 
N
E
 
K
H
 
H
C
 
C
I
 
A
E
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
E
A
 
P
N
 
N
E
 
R
D
 
E
R
 
R
C
 
I
R
 
N
E
 
Q
L
 
L
M
 
L
E
 
N
S
 
E
S
 
S
I
 
L
G
 
M
L
 
L
I
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
P
 
T
Y
 
H
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
N
 
K
S
 
A
T
 
A
R
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
H
L
 
K
G
 
E
G
 
G
R
 
L
S
 
T
V
 
L
L
 
K
E
 
A
L
 
A
V
 
A
R
 
L
E
 
A
E
 
L
R
 
G
L
 
Y
L
 
L
D
 
S
D
 
E
A
 
A
M
 
E
L
 
F
A
 
D
E
 
S
I
 
W
L
 
V
R
 
R
P
 
P
E
 
E
N
 
Q
M
 
M
I
 
V

1fuqA Fumarase with bound 3-trimethylsilylsuccinic acid (see paper)
42% identity, 96% coverage: 8:464/474 of query aligns to 2:456/456 of 1fuqA

query
sites
1fuqA
R
 
R
V
 
S
E
 
E
K
 
K
D
 
D
L
 
S
L
 
M
G
 
G
T
 
A
L
 
I
P
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
A
D
 
D
A
 
K
Y
 
L
Y
 
W
G
 
G
I
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
Q
R
 
R
A
 
S
L
 
L
H
 
E
N
 
H
F
 
F
R
 
R
L
 
I
S
 
S
-
 
T
-
 
E
G
 
K
V
 
M
P
 
P
L
 
T
S
 
S
H
 
-
Y
 
-
P
 
-
K
 
-
L
 
L
I
 
I
V
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
L
V
 
T
K
 
K
Q
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
K
A
 
V
N
 
N
R
 
E
E
 
D
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
P
 
S
E
 
E
T
 
E
K
 
K
H
 
A
V
 
S
A
 
A
I
 
I
S
 
R
Q
 
Q
G
 
A
C
 
A
A
 
D
R
 
E
L
 
V
I
 
L
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
F
 
H
H
 
D
E
 
D
Q
 
E
F
 
F
V
 
P
V
 
L
D
 
A
M
 
I
I
 
W
Q
 
Q
G
 
T
G
 
G
A
 
S
G
 
G
T
|
T
S
 
Q
T
 
S
N
 
N
M
 
M
N
 
N
A
 
M
N
|
N
E
 
E
V
 
V
I
 
L
A
 
A
N
 
N
L
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
E
A
 
L
M
 
L
G
 
G
H
 
G
A
 
V
K
 
R
G
 
G
E
 
M
Y
 
E
Q
x
R
Y
 
K
L
 
V
H
|
H
P
|
P
N
|
N
N
x
D
D
 
D
V
 
V
N
 
N
M
 
K
A
 
S
Q
 
Q
S
|
S
T
x
S
N
|
N
D
 
D
A
 
V
Y
 
F
P
 
P
T
 
T
A
 
A
I
 
M
R
 
H
L
 
V
G
 
A
L
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
A
-
 
L
H
 
R
D
 
K
T
 
Q
L
 
L
L
 
I
A
 
P
S
 
Q
L
 
L
E
 
K
S
 
T
L
 
L
C
 
T
Q
 
Q
S
 
T
L
 
L
T
 
N
G
 
E
K
 
K
G
 
S
H
 
R
A
 
A
F
 
F
A
 
A
H
 
D
V
 
I
L
 
V
K
 
K
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
|
T
Q
x
H
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
L
T
 
T
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
F
 
I
H
 
S
A
 
G
F
 
W
A
 
V
T
 
A
T
 
M
L
 
L
G
 
E
E
 
H
D
 
N
L
 
L
Q
 
K
H
 
H
L
 
I
R
 
E
G
 
Y
F
 
S
A
 
L
P
 
P
Q
 
H
L
 
V
L
 
A
L
 
-
E
 
E
V
 
L
N
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
I
 
L
N
 
N
A
 
T
D
 
H
P
 
P
R
 
E
Y
 
Y
Q
 
A
A
 
R
I
 
R
A
 
V
V
 
A
Q
 
D
R
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
C
Q
 
A
P
 
P
L
 
F
R
 
V
Q
 
T
A
 
A
A
 
P
D
 
N
L
 
K
I
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
L
S
 
A
D
 
T
M
 
C
G
 
D
S
 
A
F
 
L
V
 
V
L
 
Q
F
 
A
S
 
H
G
 
G
M
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
A
K
 
S
L
 
L
S
 
M
K
 
K
I
 
I
C
 
A
N
 
N
D
 
D
L
 
V
R
 
R
L
 
W
L
 
L
S
 
A
S
 
S
G
 
G
P
 
P
R
 
R
T
 
C
G
 
G
F
 
I
N
 
G
E
 
E
I
 
I
N
 
S
L
 
I
P
 
P
P
 
E
R
 
N
Q
 
E
P
 
P
G
 
G
S
|
S
S
 
S
I
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
G
K
|
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
T
I
 
Q
P
 
C
E
|
E
A
 
A
V
 
L
N
 
T
Q
 
M
V
 
L
A
 
C
F
 
C
E
 
Q
V
 
V
I
 
M
G
 
G
N
 
N
D
 
D
L
 
V
A
 
A
L
 
I
T
 
N
M
 
M
A
 
G
A
 
G
E
 
A
G
 
S
G
 
G
Q
 
N
L
 
F
Q
 
E
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
F
E
 
R
P
 
P
L
 
M
I
 
V
A
 
I
Y
 
H
K
 
N
L
 
F
F
 
L
D
 
Q
S
 
S
I
 
V
R
 
R
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
R
 
D
A
 
G
M
 
M
D
 
E
M
 
S
L
 
F
R
 
N
E
 
K
H
 
H
C
 
C
I
 
A
E
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
E
A
 
P
N
 
N
E
 
R
D
 
E
R
 
R
C
 
I
R
 
N
E
 
Q
L
 
L
M
 
L
E
 
N
S
 
E
S
 
S
I
 
L
G
 
M
L
 
L
I
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
P
 
T
Y
 
H
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
N
 
K
S
 
A
T
 
A
R
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
H
L
 
K
G
 
E
G
 
G
R
 
L
S
 
T
V
 
L
L
 
K
E
 
A
L
 
A
V
 
A
R
 
L
E
 
A
E
 
L
R
 
G
L
 
Y
L
 
L
D
 
S
D
 
E
A
 
A
M
 
E
L
 
F
A
 
D
E
 
S
I
 
W
L
 
V
R
 
R
P
 
P
E
 
E
N
 
Q
M
 
M

1fuoA FumarasE C with bound citrate (see paper)
42% identity, 96% coverage: 8:464/474 of query aligns to 2:456/456 of 1fuoA

query
sites
1fuoA
R
 
R
V
 
S
E
 
E
K
 
K
D
 
D
L
 
S
L
 
M
G
 
G
T
 
A
L
 
I
P
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
A
D
 
D
A
 
K
Y
 
L
Y
 
W
G
 
G
I
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
Q
R
 
R
A
 
S
L
 
L
H
 
E
N
 
H
F
 
F
R
 
R
L
 
I
S
 
S
-
 
T
-
 
E
G
 
K
V
 
M
P
 
P
L
 
T
S
 
S
H
 
-
Y
 
-
P
 
-
K
 
-
L
 
L
I
 
I
V
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
L
V
 
T
K
 
K
Q
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
K
A
 
V
N
 
N
R
 
E
E
 
D
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
P
 
S
E
 
E
T
 
E
K
 
K
H
 
A
V
 
S
A
 
A
I
 
I
S
 
R
Q
 
Q
G
 
A
C
 
A
A
 
D
R
 
E
L
 
V
I
 
L
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
F
 
H
H
 
D
E
 
D
Q
 
E
F
 
F
V
 
P
V
 
L
D
 
A
M
 
I
I
 
W
Q
 
Q
G
 
T
G
 
G
A
 
S
G
 
G
T
|
T
S
 
Q
T
 
S
N
 
N
M
 
M
N
 
N
A
 
M
N
|
N
E
 
E
V
 
V
I
 
L
A
 
A
N
 
N
L
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
E
A
 
L
M
 
L
G
 
G
H
 
G
A
 
V
K
 
R
G
 
G
E
 
M
Y
 
E
Q
 
R
Y
 
K
L
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
N
N
 
D
D
 
D
V
 
V
N
 
N
M
 
K
A
 
S
Q
 
Q
S
|
S
T
x
S
N
|
N
D
 
D
A
 
V
Y
 
F
P
 
P
T
 
T
A
 
A
I
 
M
R
 
H
L
 
V
G
 
A
L
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
A
-
 
L
H
 
R
D
 
K
T
 
Q
L
 
L
L
 
I
A
 
P
S
 
Q
L
 
L
E
 
K
S
 
T
L
 
L
C
 
T
Q
 
Q
S
 
T
L
 
L
T
 
N
G
 
E
K
 
K
G
 
S
H
 
R
A
 
A
F
 
F
A
 
A
H
 
D
V
 
I
L
 
V
K
 
K
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
|
T
Q
x
H
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
L
T
 
T
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
F
 
I
H
 
S
A
 
G
F
 
W
A
 
V
T
 
A
T
 
M
L
 
L
G
 
E
E
 
H
D
 
N
L
 
L
Q
 
K
H
 
H
L
 
I
R
 
E
G
 
Y
F
 
S
A
 
L
P
 
P
Q
 
H
L
 
V
L
 
A
L
 
-
E
 
E
V
 
L
N
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
I
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
I
 
L
N
 
N
A
 
T
D
 
H
P
 
P
R
 
E
Y
 
Y
Q
 
A
A
 
R
I
 
R
A
 
V
V
 
A
Q
 
D
R
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
C
Q
 
A
P
 
P
L
 
F
R
 
V
Q
 
T
A
 
A
A
 
P
D
 
N
L
 
K
I
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
L
S
 
A
D
 
T
M
 
C
G
 
D
S
 
A
F
 
L
V
 
V
L
 
Q
F
 
A
S
 
H
G
 
G
M
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
A
K
 
S
L
 
L
S
 
M
K
 
K
I
 
I
C
 
A
N
 
N
D
 
D
L
 
V
R
 
R
L
 
W
L
 
L
S
 
A
S
 
S
G
 
G
P
 
P
R
 
R
T
 
C
G
 
G
F
 
I
N
 
G
E
 
E
I
 
I
N
 
S
L
 
I
P
 
P
P
 
E
R
 
N
Q
 
E
P
 
P
G
 
G
S
|
S
S
 
S
I
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
G
K
|
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
T
I
 
Q
P
 
C
E
|
E
A
 
A
V
 
L
N
 
T
Q
 
M
V
 
L
A
 
C
F
 
C
E
 
Q
V
 
V
I
 
M
G
 
G
N
 
N
D
 
D
L
 
V
A
 
A
L
 
I
T
 
N
M
 
M
A
 
G
A
 
G
E
 
A
G
 
S
G
 
G
Q
 
N
L
 
F
Q
 
E
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
F
E
 
R
P
 
P
L
 
M
I
 
V
A
 
I
Y
 
H
K
 
N
L
 
F
F
 
L
D
 
Q
S
 
S
I
 
V
R
 
R
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
R
 
D
A
 
G
M
 
M
D
 
E
M
 
S
L
 
F
R
 
N
E
 
K
H
 
H
C
 
C
I
 
A
E
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
E
A
 
P
N
 
N
E
 
R
D
 
E
R
 
R
C
 
I
R
 
N
E
 
Q
L
 
L
M
 
L
E
 
N
S
 
E
S
 
S
I
 
L
G
 
M
L
 
L
I
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
P
 
T
Y
 
H
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
N
 
K
S
 
A
T
 
A
R
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
H
L
 
K
G
 
E
G
 
G
R
 
L
S
 
T
V
 
L
L
 
K
E
 
A
L
 
A
V
 
A
R
 
L
E
 
A
E
 
L
R
 
G
L
 
Y
L
 
L
D
 
S
D
 
E
A
 
A
M
 
E
L
 
F
A
 
D
E
 
S
I
 
W
L
 
V
R
 
R
P
 
P
E
 
E
N
 
Q
M
 
M

1fupA Fumarase with bound pyromellitic acid (see paper)
42% identity, 96% coverage: 8:464/474 of query aligns to 1:455/455 of 1fupA

query
sites
1fupA
R
 
R
V
 
S
E
 
E
K
 
K
D
 
D
L
 
S
L
 
M
G
 
G
T
 
A
L
 
I
P
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
A
D
 
D
A
 
K
Y
 
L
Y
 
W
G
 
G
I
 
A
Q
 
Q
T
 
T
L
 
Q
R
 
R
A
 
S
L
 
L
H
 
E
N
 
H
F
 
F
R
 
R
L
 
I
S
 
S
-
 
T
-
 
E
G
 
K
V
 
M
P
 
P
L
 
T
S
 
S
H
 
-
Y
 
-
P
 
-
K
 
-
L
 
L
I
 
I
V
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
A
M
 
L
V
 
T
K
 
K
Q
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
K
A
 
V
N
 
N
R
 
E
E
 
D
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
P
 
S
E
 
E
T
 
E
K
 
K
H
 
A
V
 
S
A
 
A
I
 
I
S
 
R
Q
 
Q
G
 
A
C
 
A
A
 
D
R
 
E
L
 
V
I
 
L
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
F
 
H
H
 
D
E
 
D
Q
 
E
F
 
F
V
 
P
V
 
L
D
 
A
M
 
I
I
 
W
Q
 
Q
G
 
T
G
 
G
A
 
S
G
 
G
T
|
T
S
 
Q
T
 
S
N
 
N
M
 
M
N
 
N
A
 
M
N
|
N
E
 
E
V
 
V
I
 
L
A
 
A
N
 
N
L
 
R
G
 
A
L
 
S
E
 
E
A
 
L
M
 
L
G
 
G
H
 
G
A
 
V
K
 
R
G
 
G
E
 
M
Y
 
E
Q
 
R
Y
 
K
L
 
V
H
 
H
P
 
P
N
 
N
N
 
D
D
 
D
V
 
V
N
|
N
M
 
K
A
 
S
Q
 
Q
S
|
S
T
x
S
N
|
N
D
 
D
A
 
V
Y
 
F
P
 
P
T
 
T
A
 
A
I
 
M
R
 
H
L
 
V
G
 
A
L
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
A
-
 
L
H
 
R
D
 
K
T
 
Q
L
 
L
L
 
I
A
 
P
S
 
Q
L
 
L
E
 
K
S
 
T
L
 
L
C
 
T
Q
 
Q
S
 
T
L
 
L
T
 
N
G
 
E
K
 
K
G
 
S
H
 
R
A
 
A
F
 
F
A
 
A
H
 
D
V
 
I
L
 
V
K
 
K
M
 
I
G
 
G
R
 
R
T
|
T
Q
x
H
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
V
 
T
P
 
P
M
 
L
T
 
T
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
F
 
I
H
 
S
A
 
G
F
 
W
A
 
V
T
 
A
T
 
M
L
 
L
G
 
E
E
 
H
D
 
N
L
 
L
Q
 
K
H
 
H
L
 
I
R
 
E
G
 
Y
F
 
S
A
 
L
P
 
P
Q
 
H
L
 
V
L
 
A
L
 
-
E
 
E
V
 
L
N
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
|
A
I
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
I
 
L
N
 
N
A
 
T
D
 
H
P
 
P
R
 
E
Y
 
Y
Q
 
A
A
 
R
I
 
R
A
 
V
V
 
A
Q
 
D
R
 
E
L
 
L
A
 
A
Q
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
C
Q
 
A
P
 
P
L
 
F
R
 
V
Q
 
T
A
 
A
A
 
P
D
 
N
L
 
K
I
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
L
S
 
A
D
 
T
M
 
C
G
 
D
S
 
A
F
 
L
V
 
V
L
 
Q
F
 
A
S
 
H
G
 
G
M
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
A
K
 
S
L
 
L
S
 
M
K
 
K
I
 
I
C
 
A
N
 
N
D
 
D
L
 
V
R
 
R
L
 
W
L
 
L
S
 
A
S
 
S
G
 
G
P
 
P
R
 
R
T
 
C
G
 
G
F
 
I
N
 
G
E
 
E
I
 
I
N
 
S
L
 
I
P
 
P
P
 
E
R
 
N
Q
 
E
P
 
P
G
 
G
S
|
S
S
 
S
I
 
I
M
 
M
P
 
P
G
 
G
K
|
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
T
I
 
Q
P
 
C
E
|
E
A
 
A
V
 
L
N
 
T
Q
 
M
V
 
L
A
 
C
F
 
C
E
 
Q
V
 
V
I
 
M
G
 
G
N
 
N
D
 
D
L
 
V
A
 
A
L
 
I
T
 
N
M
 
M
A
 
G
A
 
G
E
 
A
G
 
S
G
 
G
Q
 
N
L
 
F
Q
 
E
L
 
L
N
 
N
V
 
V
M
 
F
E
 
R
P
 
P
L
 
M
I
 
V
A
 
I
Y
 
H
K
 
N
L
 
F
F
 
L
D
 
Q
S
 
S
I
 
V
R
 
R
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
R
 
D
A
 
G
M
 
M
D
 
E
M
 
S
L
 
F
R
 
N
E
 
K
H
 
H
C
 
C
I
 
A
E
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
E
A
 
P
N
 
N
E
 
R
D
 
E
R
 
R
C
 
I
R
 
N
E
 
Q
L
 
L
M
 
L
E
 
N
S
 
E
S
 
S
I
 
L
G
 
M
L
 
L
I
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
N
 
N
P
 
T
Y
 
H
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
N
 
K
S
 
A
T
 
A
R
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
H
L
 
K
G
 
E
G
 
G
R
 
L
S
 
T
V
 
L
L
 
K
E
 
A
L
 
A
V
 
A
R
 
L
E
 
A
E
 
L
R
 
G
L
 
Y
L
 
L
D
 
S
D
 
E
A
 
A
M
 
E
L
 
F
A
 
D
E
 
S
I
 
W
L
 
V
R
 
R
P
 
P
E
 
E
N
 
Q
M
 
M

Q9ZCQ4 Fumarate hydratase class II; Fumarase C; Aerobic fumarase; Iron-independent fumarase; EC 4.2.1.2 from Rickettsia prowazekii (strain Madrid E) (see paper)
39% identity, 97% coverage: 8:466/474 of query aligns to 5:461/461 of Q9ZCQ4

query
sites
Q9ZCQ4
R
 
R
V
 
I
E
 
E