SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF4089 FitnessBrowser__Marino:GFF4089 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0DPQ8 Aromatic O-demethylase, reductase subunit; NADH--hemoprotein reductase; EC 1.6.2.- from Amycolatopsis sp. (strain ATCC 39116 / 75iv2) (see paper)
35% identity, 95% coverage: 4:338/353 of query aligns to 2:334/334 of P0DPQ8

query
sites
P0DPQ8
T
 
T
V
 
F
T
 
A
I
 
V
E
 
S
P
 
V
I
 
G
G
 
G
E
 
R
Q
 
R
I
 
V
E
 
D
V
 
C
E
 
E
D
 
P
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
I
 
L
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
F
L
 
L
R
 
R
Q
 
G
G
 
G
V
 
V
W
 
W
L
 
M
P
 
P
F
 
N
A
 
S
C
|
C
G
 
N
H
 
Q
G
 
G
T
 
T
C
|
C
A
 
G
T
 
T
C
|
C
K
 
K
V
 
L
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
E
 
S
G
 
G
D
 
E
V
 
V
E
 
D
I
 
H
G
 
G
D
 
G
A
 
A
S
 
P
P
 
E
F
 
D
A
 
T
L
 
L
M
 
S
D
 
A
I
 
E
E
 
E
R
 
R
D
 
A
E
 
S
G
 
G
K
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
Q
A
 
A
T
 
R
V
 
P
E
 
L
S
 
A
D
 
D
V
 
T
T
 
E
I
 
V
E
 
R
A
 
S
D
 
T
I
 
A
D
 
D
V
 
A
D
 
-
P
 
-
D
 
G
F
 
R
E
 
V
G
 
T
Y
 
H
P
 
P
V
 
L
E
 
R
D
 
D
Y
 
L
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
L
G
 
E
I
 
V
V
 
A
E
 
D
L
 
I
S
 
A
P
 
R
T
 
D
I
 
T
R
 
R
G
 
R
V
 
V
H
 
L
L
 
L
K
 
G
L
 
L
D
 
A
R
 
E
P
 
P
M
 
L
T
 
A
F
 
F
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
I
 
V
N
 
E
I
 
L
E
 
V
L
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
S
D
 
G
G
 
A
A
 
R
R
|
R
A
x
Q
F
x
Y
S
|
S
L
 
L
A
 
A
N
 
N
P
 
T
P
 
A
G
 
D
K
 
E
A
 
D
D
 
K
E
 
V
V
 
L
E
 
E
L
 
L
H
|
H
V
|
V
R
|
R
L
 
R
V
 
V
E
 
P
G
 
G
G
 
G
A
x
V
A
|
A
T
|
T
-
 
D
T
 
G
Y
 
W
I
 
L
H
 
F
E
 
D
Q
 
G
L
 
L
K
 
A
T
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
R
L
 
V
N
 
E
L
 
A
S
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
L
G
 
G
Q
 
D
F
 
F
F
 
H
V
 
L
R
 
P
S
 
P
S
 
P
Q
 
D
P
 
E
-
 
D
-
 
D
-
 
G
G
 
G
D
 
P
L
 
M
I
 
V
F
 
L
I
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
S
x
T
G
 
G
L
 
L
S
 
A
S
 
P
P
 
L
Q
 
V
S
 
G
M
 
I
I
 
A
L
 
R
D
 
T
L
 
A
L
 
L
E
 
A
Q
 
R
N
 
H
D
 
P
E
 
S
R
 
R
K
 
E
I
 
V
V
 
L
L
 
L
F
 
Y
Q
 
H
G
 
G
A
 
V
R
 
R
N
 
G
L
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
Y
 
Y
N
 
D
R
 
L
E
 
G
L
 
R
F
 
F
E
 
A
A
 
E
L
 
I
D
 
A
R
 
E
D
 
E
H
 
H
D
 
P
N
 
G
F
 
F
T
 
R
Y
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
L
S
 
S
Q
 
D
A
 
E
E
 
P
E
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
Y
W
 
R
Q
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
P
-
 
T
-
 
D
G
 
A
Y
 
F
V
 
V
H
 
E
D
 
D
A
 
V
A
 
P
K
 
S
A
 
G
H
 
R
F
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
F
 
-
A
 
-
G
 
G
N
 
W
K
 
S
A
 
G
Y
 
W
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
A
M
 
M
I
 
V
D
 
E
A
 
A
A
 
G
I
 
V
T
 
K
A
 
A
L
 
F
M
 
K
Q
 
R
G
 
R
R
 
R
L
 
M
F
 
S
E
 
P
R
 
R
D
 
R
I
 
I
F
 
H
M
 
R
E
 
E
K
 
K
F
|
F
L
 
T
T
 
P
A
 
A
A
x
S

5ogxA Crystal structure of amycolatopsis cytochrome p450 reductase gcob. (see paper)
35% identity, 95% coverage: 4:338/353 of query aligns to 1:333/333 of 5ogxA

query
sites
5ogxA
T
 
T
V
 
F
T
 
A
I
 
V
E
 
S
P
 
V
I
 
G
G
 
G
E
 
R
Q
 
R
I
 
V
E
 
D
V
 
C
E
 
E
D
 
P
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
I
 
L
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
A
 
F
L
 
L
R
 
R
Q
 
G
G
 
G
V
 
V
W
 
W
L
 
M
P
 
P
F
 
N
A
 
S
C
|
C
G
x
N
H
 
Q
G
|
G
T
 
T
C
|
C
A
x
G
T
 
T
C
|
C
K
 
K
V
 
L
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
E
 
S
G
 
G
D
 
E
V
 
V
E
 
D
I
 
H
G
 
G
D
 
G
A
 
A
S
 
P
P
 
E
F
 
D
A
 
T
L
 
L
M
 
S
D
 
A
I
 
E
E
 
E
R
 
R
D
 
A
E
 
S
G
 
G
K
 
L
V
 
A
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
Q
A
 
A
T
 
R
V
 
P
E
 
L
S
 
A
D
 
D
V
 
T
T
 
E
I
 
V
E
 
R
A
 
S
D
 
T
I
 
A
D
 
D
V
 
A
D
 
-
P
 
-
D
 
G
F
 
R
E
 
V
G
 
T
Y
 
H
P
 
P
V
 
L
E
 
R
D
 
D
Y
 
L
T
 
T
A
 
A
T
 
T
V
 
V
T
 
L
G
 
E
I
 
V
V
 
A
E
 
D
L
 
I
S
 
A
P
 
R
T
 
D
I
 
T
R
 
R
G
 
R
V
 
V
H
 
L
L
 
L
K
 
G
L
 
L
D
 
A
R
 
E
P
 
P
M
 
L
T
 
A
F
 
F
Q
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
I
 
V
N
 
E
I
 
L
E
 
V
L
 
V
P
 
P
G
 
G
V
 
S
D
 
G
G
 
A
A
 
R
R
|
R
A
x
Q
F
x
Y
S
|
S
L
 
L
A
 
A
N
 
N
P
 
T
P
 
A
G
 
D
K
 
E
A
 
D
D
 
K
E
 
V
V
 
L
E
 
E
L
 
L
H
|
H
V
|
V
R
 
R
L
 
R
V
|
V
E
 
P
G
 
G
G
|
G
A
x
V
A
|
A
T
|
T
-
 
D
T
 
G
Y
 
W
I
 
L
H
 
F
E
 
D
Q
 
G
L
 
L
K
 
A
T
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
R
L
 
V
N
 
E
L
 
A
S
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
L
G
 
G
Q
 
D
F
 
F
F
 
H
V
 
L
R
 
P
S
 
P
S
 
P
Q
 
D
P
 
E
-
 
D
-
 
D
-
 
G
G
 
G
D
 
P
L
 
M
I
 
V
F
 
L
I
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
S
x
T
G
 
G
L
 
L
S
 
A
S
 
P
P
 
L
Q
 
V
S
 
G
M
 
I
I
 
A
L
 
R
D
 
T
L
 
A
L
 
L
E
 
A
Q
 
R
N
 
H
D
 
P
E
 
S
R
 
R
K
 
E
I
 
V
V
 
L
L
 
L
F
 
Y
Q
 
H
G
 
G
A
 
V
R
 
R
N
 
G
L
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
Y
 
Y
N
 
D
R
 
L
E
 
G
L
 
R
F
 
F
E
 
A
A
 
E
L
 
I
D
 
A
R
 
E
D
 
E
H
 
H
D
 
P
N
 
G
F
 
F
T
 
R
Y
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
V
L
 
L
S
 
S
Q
 
D
A
 
E
E
 
P
E
 
D
D
 
P
A
 
A
E
 
Y
W
 
R
Q
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
P
-
 
T
-
 
D
G
 
A
Y
 
F
V
 
V
H
 
E
D
 
D
A
 
V
A
 
P
K
 
S
A
 
G
H
 
R
F
 
-
D
 
-
G
 
-
R
 
-
F
 
-
A
 
-
G
 
G
N
 
W
K
 
S
A
 
G
Y
 
W
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
A
M
 
M
I
 
V
D
 
E
A
 
A
A
 
G
I
 
V
T
 
K
A
 
A
L
 
F
M
 
K
Q
 
R
G
 
R
R
 
R
L
 
M
F
 
S
E
 
P
R
 
R
D
 
R
I
 
I
F
 
H
M
 
R
E
 
E
K
 
K
F
|
F
L
 
T
T
x
P
A
 
A
A
x
S

Q03304 Toluene-4-monooxygenase system, ferredoxin--NAD(+) reductase component; T4MO; Ferredoxin--NAD(+) reductase; Toluene-4-monooxygenase systme, electron transfer component; EC 1.18.1.3 from Pseudomonas mendocina (see paper)
31% identity, 87% coverage: 13:320/353 of query aligns to 12:310/326 of Q03304

query
sites
Q03304
Q
 
H
I
 
F
E
 
E
V
 
A
E
 
D
D
 
S
G
 
N
Q
 
D
T
 
T
I
 
L
L
 
L
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
A
G
 
E
V
 
L
W
 
V
L
 
F
P
 
P
F
 
Y
A
 
E
C
|
C
G
 
N
H
 
S
G
 
G
T
 
G
C
|
C
A
 
G
T
 
A
C
|
C
K
 
K
V
 
I
Q
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
E
V
 
V
E
 
S
-
 
N
-
 
L
I
 
W
G
 
P
D
 
D
A
 
A
S
 
P
P
 
G
F
 
L
A
 
A
L
 
A
M
 
R
D
 
E
I
 
L
E
 
R
R
 
K
D
 
N
E
 
-
G
 
-
K
 
R
V
 
F
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
Q
A
 
C
T
 
K
V
 
P
E
 
L
S
 
S
D
 
D
V
 
L
T
 
K
I
 
I
E
 
K
A
 
V
D
 
-
I
 
I
D
 
N
V
 
R
D
 
A
P
 
E
D
 
G
F
 
R
E
 
A
G
 
S
Y
 
H
P
 
P
V
 
P
E
 
K
D
 
R
Y
 
F
T
 
S
A
 
T
T
 
R
V
 
V
T
 
V
G
 
S
I
 
K
V
 
R
E
 
F
L
 
L
S
 
S
P
 
D
T
 
E
I
 
M
R
 
F
G
 
E
V
 
L
H
 
R
L
 
L
K
 
E
L
 
A
D
 
E
R
 
Q
P
 
K
M
 
V
T
 
V
F
 
F
Q
 
S
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
I
 
F
N
 
M
I
 
V
E
 
D
L
 
V
P
 
P
G
 
E
V
 
L
D
 
-
G
 
G
A
 
T
R
|
R
A
|
A
F
x
Y
S
|
S
L
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
P
 
V
G
 
-
K
 
D
A
 
G
D
 
N
E
 
T
V
 
L
E
 
T
L
 
L
H
x
I
V
|
V
R
x
K
L
 
A
V
 
V
E
 
P
G
 
N
G
 
G
A
x
K
A
x
V
T
x
S
T
 
C
Y
 
A
I
 
L
H
 
A
E
 
N
Q
 
E
L
 
-
K
 
-
T
 
T
G
 
I
D
 
E
A
 
T
L
 
L
N
 
Q
L
 
L
S
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
L
F
 
S
F
 
V
V
 
L
R
 
K
S
 
T
S
 
A
Q
 
D
P
 
E
G
 
T
D
 
Q
L
 
S
I
 
V
F
 
F
I
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
L
 
I
S
 
A
S
 
P
P
 
M
Q
 
V
S
 
S
M
 
M
I
 
V
L
 
N
D
 
T
L
 
L
L
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
G
D
 
Y
E
 
E
R
 
K
K
 
P
I
 
I
V
 
T
L
 
V
F
 
F
Q
 
Y
G
 
G
A
 
S
R
 
R
N
 
L
L
 
E
A
 
A
E
 
E
L
 
L
Y
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
E
L
 
A
F
 
A
E
 
E
A
 
T
L
 
L
D
 
F
R
 
G
D
 
W
H
 
K
D
 
E
N
 
N
F
 
L
T
 
K
Y
 
L
V
 
I
P
 
N
A
 
V
L
 
S
S
 
S
Q
 
S
A
 
V
E
 
V
E
 
G
D
 
N
A
 
S
E
 
E
W
 
K
Q
 
K
G
 
Y
F
 
P
R
 
T
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
D
 
E
A
 
I
A
 
I
K
 
P
A
 
E
H
 
Y
F
 
M
D
 
E
G
 
G
R
 
-
F
 
L
A
 
L
G
 
G
N
 
A
K
 
E
A
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
Q
M
 
M
I
 
I
D
 
N
A
 
S
A
 
V
I
 
Q
T
 
K
A
 
L
L
 
L
M
 
M

4wqmA Structure of the toluene 4-monooxygenase nadh oxidoreductase t4mof, k270s k271s variant (see paper)
31% identity, 87% coverage: 13:320/353 of query aligns to 12:310/326 of 4wqmA

query
sites
4wqmA
Q
 
H
I
 
F
E
 
E
V
 
A
E
 
D
D
 
S
G
 
N
Q
 
D
T
 
T
I
 
L
L
 
L
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
Q
 
A
G
 
E
V
 
L
W
 
V
L
 
F
P
 
P
F
x
Y
A
 
E
C
|
C
G
x
N
H
x
S
G
|
G
T
 
G
C
|
C
A
x
G
T
 
A
C
|
C
K
 
K
V
 
I
Q
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
E
V
 
V
E
 
S
-
 
N
-
 
L
I
x
W
G
 
P
D
 
D
A
 
A
S
 
P
P
 
G
F
 
L
A
 
A
L
 
A
M
 
R
D
 
E
I
 
L
E
 
R
R
 
K
D
 
N
E
 
-
G
 
-
K
 
R
V
 
F
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
Q
A
 
C
T
 
K
V
 
P
E
 
L
S
 
S
D
 
D
V
 
L
T
 
K
I
 
I
E
 
K
A
 
V
D
 
-
I
 
I
D
 
N
V
 
R
D
 
A
P
 
E
D
 
G
F
 
R
E
 
A
G
 
S
Y
 
H
P
 
P
V
 
P
E
 
K
D
 
R
Y
 
F
T
 
S
A
 
T
T
 
R
V
 
V
T
 
V
G
 
S
I
 
K
V
 
R
E
 
F
L
 
L
S
 
S
P
 
D
T
 
E
I
 
M
R
 
F
G
 
E
V
 
L
H
 
R
L
 
L
K
 
E
L
 
A
D
 
E
R
 
Q
P
 
K
M
 
V
T
 
V
F
 
F
Q
 
S
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
I
 
F
N
 
M
I
 
V
E
 
D
L
 
V
P
 
P
G
 
E
V
 
L
D
 
-
G
 
G
A
 
T
R
|
R
A
|
A
F
x
Y
S
|
S
L
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
P
 
V
G
 
-
K
 
D
A
 
G
D
 
N
E
 
T
V
 
L
E
 
T
L
 
L
H
x
I
V
|
V
R
 
K
L
 
A
V
 
V
E
 
P
G
 
N
G
|
G
A
x
K
A
x
V
T
x
S
T
 
C
Y
 
A
I
 
L
H
 
A
E
 
N
Q
 
E
L
 
-
K
 
-
T
 
T
G
 
I
D
 
E
A
 
T
L
 
L
N
 
Q
L
 
L
S
 
D
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
L
F
 
S
F
 
V
V
 
L
R
 
K
S
 
T
S
 
A
Q
 
D
P
 
E
G
 
T
D
 
Q
L
 
S
I
 
V
F
 
F
I
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
|
S
G
 
G
L
 
I
S
 
A
S
 
P
P
 
M
Q
 
V
S
 
S
M
 
M
I
 
V
L
 
N
D
 
T
L
 
L
L
 
I
E
 
A
Q
 
Q
N
 
G
D
 
Y
E
 
E
R
 
K
K
 
P
I
 
I
V
 
T
L
 
V
F
 
F
Q
 
Y
G
 
G
A
 
S
R
 
R
N
 
L
L
 
E
A
 
A
E
 
E
L
 
L
Y
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
E
L
 
A
F
 
A
E
 
E
A
 
T
L
 
L
D
 
F
R
 
G
D
 
W
H
 
K
D
 
E
N
 
N
F
 
L
T
 
K
Y
 
L
V
 
I
P
 
N
A
 
V
L
 
S
S
 
S
Q
 
S
A
 
V
E
 
V
E
 
G
D
 
N
A
 
S
E
 
E
W
 
S
Q
 
S
G
 
Y
F
 
P
R
 
T
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
H
 
H
D
 
E
A
 
I
A
 
I
K
 
P
A
 
E
H
 
Y
F
 
M
D
 
E
G
 
G
R
 
-
F
 
L
A
 
L
G
 
G
N
 
A
K
 
E
A
 
F
Y
 
Y
L
 
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
Q
M
 
M
I
 
I
D
 
N
A
 
S
A
 
V
I
 
Q
T
 
K
A
 
L
L
 
L
M
 
M

Sites not aligning to the query:

7c3bC Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (fad apo form) (see paper)
31% identity, 88% coverage: 20:328/353 of query aligns to 23:326/334 of 7c3bC

query
sites
7c3bC
Q
 
K
T
 
S
I
 
L
L
 
L
Q
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
A
Q
 
N
G
 
G
V
 
I
W
 
G
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
 
E
C
|
C
G
x
A
H
 
S
G
|
G
T
 
G
C
|
C
A
x
G
T
 
V
C
|
C
K
 
K
V
 
F
Q
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
T
V
 
V
E
 
Q
I
 
S
G
 
M
D
 
W
A
 
P
S
 
D
P
 
A
F
 
P
A
 
G
L
 
L
M
 
S
D
 
S
I
 
R
E
 
D
R
 
R
D
 
E
E
 
K
G
 
G
-
 
N
K
 
R
V
 
H
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
Q
A
 
C
T
 
I
V
 
A
E
 
L
S
 
S
D
 
D
V
 
L
T
 
R
I
 
I
E
 
K
A
 
V
D
 
A
I
 
V
D
 
Q
V
 
-
D
 
D
P
 
K
D
 
Y
F
 
I
E
 
P
G
 
A
Y
 
I
P
 
P
V
 
I
E
 
S
D
 
K
Y
 
M
T
 
E
A
 
A
T
 
E
V
 
V
T
 
V
G
 
A
I
 
V
V
 
R
E
 
A
L
 
L
S
 
T
P
 
H
T
 
D
I
 
L
R
 
L
G
 
S
V
 
V
H
 
K
L
 
L
K
 
R
L
 
T
D
 
D
R
 
V
P
 
P
M
 
A
T
 
N
F
 
F
Q
 
L
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
I
 
C
N
 
L
I
 
I
E
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
D
 
-
G
 
-
A
 
V
R
 
R
A
 
A
F
 
Y
S
 
S
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
S
P
 
M
G
 
N
K
 
P
A
 
D
D
 
G
E
 
F
V
 
W
E
 
E
L
 
F
H
 
Y
V
 
I
R
 
K
L
 
R
V
 
V
E
 
P
G
 
T
G
 
G
A
 
R
A
 
F
T
 
S
T
 
P
Y
 
W
I
 
L
H
 
F
E
 
E
Q
 
N
L
 
R
K
 
K
T
 
V
G
 
G
D
 
A
A
 
R
L
 
L
N
 
F
L
 
L
S
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
M
G
 
G
Q
 
T
F
 
S
F
 
F
V
 
F
R
 
R
S
 
P
S
 
G
Q
 
T
P
 
G
G
 
R
D
 
K
L
 
S
I
 
L
F
 
C
I
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
S
S
 
Y
P
 
A
Q
 
A
S
 
A
M
 
I
I
 
A
L
 
R
D
 
A
L
 
S
L
 
I
E
 
R
Q
 
E
N
 
T
D
 
D
E
 
-
R
 
K
K
 
P
I
 
V
V
 
K
L
 
L
F
 
F
Q
 
Y
G
 
G
A
 
S
R
 
R
N
 
T
L
 
P
A
 
R
E
 
D
L
 
A
Y
 
V
N
 
R
R
 
-
E
 
-
L
 
-
F
 
W
E
 
I
A
 
D
L
 
I
D
 
D
R
 
I
D
 
D
H
 
E
D
 
D
N
 
K
F
 
L
T
 
E
Y
 
V
V
 
V
P
 
Q
A
 
A
L
 
V
S
 
T
Q
 
E
A
 
-
E
 
D
E
 
T
D
 
D
A
 
S
E
 
L
W
 
W
Q
 
Q
G
 
G
F
 
P
R
 
I
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
H
 
H
D
 
Q
A
 
V
A
 
V
K
 
D
A
 
A
H
 
A
F
 
L
D
 
L
G
 
E
R
 
T
F
 
L
A
 
P
G
 
E
N
 
Y
K
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
P
M
 
M
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
T
I
 
V
T
 
R
A
 
M
L
 
L
M
 
L
Q
 
-
G
 
G
R
 
K
L
 
G
F
 
V
E
 
P
R
 
R
D
 
D

1krhA X-ray structure of benzoate dioxygenase reductase (see paper)
29% identity, 91% coverage: 14:334/353 of query aligns to 17:334/337 of 1krhA

query
sites
1krhA
I
 
I
E
 
C
V
 
I
E
 
A
D
 
Q
G
 
G
Q
 
E
T
 
T
I
 
L
L
 
S
Q
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
Y
R
 
R
Q
 
Q
G
 
Q
V
 
I
W
 
N
L
 
I
P
 
P
F
x
M
A
x
D
C
|
C
G
x
R
H
 
E
G
|
G
T
 
E
C
|
C
A
x
G
T
 
T
C
|
C
K
 
R
V
 
A
Q
 
F
V
 
C
L
 
E
E
 
S
G
 
G
D
 
N
V
 
Y
E
 
D
I
 
M
G
 
P
D
 
E
A
 
D
S
 
N
P
 
Y
F
 
I
-
 
E
-
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
T
D
 
P
I
 
E
E
 
E
R
 
A
D
 
Q
E
 
Q
G
 
G
K
 
Y
V
 
V
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
Q
A
 
C
T
 
R
V
 
P
E
 
T
S
 
S
D
 
D
V
 
A
T
 
V
I
 
F
E
 
Q
A
 
-
D
 
-
I
 
I
D
 
Q
V
 
A
D
 
S
P
 
S
D
 
E
F
 
V
E
 
C
G
 
K
Y
 
T
P
 
K
V
 
I
E
 
H
D
 
H
Y
 
F
T
 
E
A
 
G
T
 
T
V
 
L
T
 
A
G
 
R
I
 
V
V
 
E
E
 
N
L
 
L
S
 
S
P
 
D
T
 
S
I
 
T
R
 
I
G
 
T
V
 
F
H
 
D
L
 
I
K
 
Q
L
 
L
D
 
D
-
 
D
-
 
G
R
 
Q
P
 
P
-
 
D
M
 
I
T
 
H
F
 
F
Q
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
Y
|
Y
I
 
V
N
 
N
I
 
V
E
 
T
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
T
D
 
T
G
 
E
A
 
T
R
|
R
A
x
S
F
x
Y
S
|
S
L
 
F
A
 
S
N
 
S
P
 
Q
P
 
P
G
 
G
K
 
N
A
 
R
D
 
-
E
 
L
V
 
T
E
 
G
L
 
F
H
x
V
V
|
V
R
 
R
L
 
N
V
 
V
E
 
P
G
 
Q
G
|
G
A
x
K
A
x
M
T
x
S
T
 
E
Y
 
Y
I
 
L
H
 
S
E
 
V
Q
 
Q
L
 
A
K
 
K
T
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
K
L
 
M
N
 
S
L
 
F
S
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
Q
 
S
F
 
F
F
 
Y
V
 
L
R
 
R
S
 
D
S
 
V
Q
 
K
P
 
-
G
 
R
D
 
P
L
 
V
I
 
L
F
 
M
I
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
x
T
G
 
G
L
 
I
S
 
A
S
 
P
P
 
F
Q
 
L
S
 
S
M
 
M
I
 
L
L
 
Q
D
 
V
L
 
L
L
 
E
E
 
Q
Q
 
K
N
 
G
D
 
S
E
 
E
R
 
H
K
 
P
I
 
V
V
 
R
L
 
L
F
 
V
Q
 
F
G
 
G
A
 
V
R
 
T
N
 
Q
L
 
D
A
 
C
E
 
D
L
 
L
Y
 
V
N
 
A
R
 
L
E
 
E
L
 
Q
F
 
L
E
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
R
 
Q
D
 
K
H
 
L
D
 
P
N
 
W
F
 
F
T
 
E
Y
 
Y
V
 
R
P
 
T
A
 
V
L
 
V
S
 
A
Q
 
H
A
 
A
E
 
E
E
 
S
D
 
Q
A
 
H
E
 
E
W
 
R
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
R
 
K
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
H
 
-
D
 
-
A
 
T
A
 
G
K
 
H
A
 
I
H
 
E
F
 
Y
D
 
D
G
 
W
R
 
L
F
 
N
A
 
G
G
 
G
N
 
E
-
 
V
K
 
D
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
C
|
C
G
 
G
P
 
P
P
 
V
P
 
P
M
 
M
I
 
V
D
 
E
A
 
A
A
 
V
I
 
R
T
 
S
A
 
W
L
 
L
M
 
D
Q
 
T
G
 
Q
R
 
G
L
 
I
F
 
Q
E
 
P
R
 
A
D
 
N
I
 
F
F
 
L
M
 
F
E
|
E
K
 
K
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7c3aA Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (see paper)
29% identity, 88% coverage: 20:328/353 of query aligns to 22:313/321 of 7c3aA

query
sites
7c3aA
Q
 
K
T
 
S
I
 
L
L
 
L
Q
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
A
Q
 
N
G
 
G
V
 
I
W
 
G
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
 
E
C
|
C
G
x
A
H
x
S
G
|
G
T
 
G
C
|
C
A
x
G
T
 
V
C
|
C
K
 
K
V
 
F
Q
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
T
V
 
V
E
 
Q
I
 
S
G
 
M
D
x
W
A
 
P
S
 
D
P
 
A
F
 
P
A
 
G
L
 
L
M
 
S
D
 
S
I
 
R
E
 
D
R
 
R
D
 
E
E
 
K
G
 
G
-
 
N
K
 
R
V
 
H
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
Q
A
 
C
T
 
I
V
 
A
E
 
L
S
 
S
D
 
D
V
 
L
T
 
R
I
 
I
E
 
K
A
 
V
D
 
A
I
 
V
D
 
Q
V
 
-
D
 
D
P
 
K
D
 
Y
F
 
I
E
 
P
G
 
A
Y
 
I
P
 
P
V
 
I
E
 
S
D
 
K
Y
 
M
T
 
E
A
 
A
T
 
E
V
 
V
T
 
V
G
 
A
I
 
V
V
 
R
E
 
A
L
 
L
S
 
T
P
 
H
T
 
D
I
 
L
R
 
L
G
 
S
V
 
V
H
 
K
L
 
L
K
 
R
L
 
T
D
 
D
R
 
V
P
 
P
M
 
A
T
 
N
F
 
F
Q
 
L
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
I
 
C
N
 
L
I
 
I
E
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
D
 
-
G
 
-
A
 
V
R
|
R
A
|
A
F
x
Y
S
|
S
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
S
P
 
M
G
 
N
K
 
P
A
 
D
D
 
G
E
 
F
V
 
W
E
 
E
L
 
F
H
x
Y
V
x
I
R
 
K
L
 
R
V
 
V
E
 
P
G
 
T
G
|
G
A
x
R
A
x
F
T
x
S
T
 
P
Y
 
W
I
 
L
H
 
F
E
 
E
Q
 
N
L
 
R
K
 
K
T
 
V
G
 
G
D
 
A
A
 
R
L
 
L
N
 
F
L
 
L
S
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
M
G
 
G
Q
 
T
F
 
S
F
 
F
V
 
F
R
 
R
S
 
P
S
 
G
Q
 
T
P
 
G
G
 
R
D
 
K
L
 
S
I
 
L
F
 
C
I
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
S
x
A
G
 
G
L
 
L
S
 
S
S
 
Y
P
 
A
Q
 
A
S
 
A
M
 
I
I
 
A
L
 
R
D
 
A
L
 
S
L
 
I
E
 
R
Q
 
E
N
 
T
D
 
D
E
 
-
R
 
K
K
 
P
I
 
V
V
 
K
L
 
L
F
 
F
Q
 
Y
G
 
G
A
 
S
R
 
R
N
 
T
L
 
P
A
 
R
E
 
D
L
 
A
Y
 
V
N
 
R
R
 
-
E
 
-
L
 
-
F
 
W
E
 
I
A
 
D
L
 
I
D
 
D
R
 
I
D
 
D
H
 
E
D
 
D
N
 
K
F
 
L
T
 
E
Y
 
V
V
 
V
P
 
Q
A
 
A
L
 
V
S
 
T
Q
 
-
A
 
-
E
 
-
E
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
-
W
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
R
 
-
G
 
-
Y
 
F
V
 
I
H
 
H
D
 
Q
A
 
V
A
 
V
K
 
D
A
 
A
H
 
A
F
 
L
D
 
L
G
 
E
R
 
T
F
 
L
A
 
P
G
 
E
N
 
Y
K
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
L
C
 
A
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
P
M
 
M
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
T
I
 
V
T
 
R
A
 
M
L
 
L
M
 
L
Q
 
-
G
 
G
R
 
K
L
 
G
F
 
V
E
 
P
R
 
R
D
 
D

Sites not aligning to the query:

8a1uF Sodium pumping nadh-quinone oxidoreductase with substrates nadh and q2 (see paper)
29% identity, 79% coverage: 57:334/353 of query aligns to 87:405/405 of 8a1uF

query
sites
8a1uF
G
 
G
D
 
D
A
 
I
S
 
L
P
 
P
F
 
T
A
 
E
L
 
L
M
 
D
D
 
H
I
 
I
-
 
S
-
 
K
-
 
G
E
 
E
R
 
A
D
 
R
E
 
E
G
 
G
K
 
E
V
 
R
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
-
A
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
S
 
-
D
 
Q
V
 
V
T
 
A
I
 
V
E
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
M
D
 
D
V
 
L
D
 
E
P
 
L
D
 
P
F
 
E
E
 
E
G
 
I
Y
 
F
P
 
G
V
 
V
E
 
K
D
 
K
Y
 
W
T
 
E
A
 
C
T
 
T
V
 
V
T
 
I
G
 
S
I
 
N
V
 
D
E
 
N
L
 
K
S
 
A
P
 
T
T
 
F
I
 
I
R
 
K
G
 
-
V
 
-
H
 
E
L
 
L
K
 
K
L
 
L
D
 
A
R
 
I
P
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
S
M
 
V
T
 
P
F
 
F
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
Q
 
G
Y
|
Y
I
 
I
N
 
Q
I
 
I
E
 
E
L
 
A
P
 
P
G
 
A
-
 
H
-
 
H
-
 
V
-
 
K
-
 
Y
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
D
-
 
V
-
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
R
-
 
Y
-
 
E
-
 
S
-
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
E
A
 
P
-
 
I
-
 
I
R
|
R
A
|
A
F
x
Y
S
|
S
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
Y
P
 
P
G
 
E
K
 
E
A
 
F
D
 
G
E
 
I
V
 
I
E
 
M
L
 
L
H
 
N
V
 
V
R
|
R
L
 
I
V
x
A
-
 
T
-
 
P
-
x
P
-
 
P
-
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
x
V
E
x
P
G
 
P
G
|
G
A
x
Q
A
x
M
T
 
S
T
 
S
Y
 
Y
I
 
I
H
 
W
E
 
-
Q
 
S
L
 
L
K
 
K
T
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
K
L
 
C
N
 
T
L
 
I
S
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
Q
 
E
F
 
F
F
 
F
V
 
A
R
 
K
S
 
D
S
 
T
Q
 
D
P
 
-
G
 
A
D
 
E
L
 
M
I
 
V
F
 
F
I
 
I
A
 
G
G
 
G
G
|
G
S
x
A
G
 
G
L
 
M
S
 
A
S
 
P
P
 
M
Q
 
R
S
 
S
M
 
H
I
 
I
L
 
F
D
 
D
L
 
Q
L
 
L
E
 
K
Q
 
R
-
 
L
N
 
K
D
 
S
E
 
K
R
 
R
K
 
K
I
 
M
V
 
S
L
 
Y
F
 
W
Q
 
Y
G
|
G
A
 
A
R
|
R
N
 
S
L
 
K
A
 
R
E
 
E
L
 
M
Y
 
F
N
 
Y
R
 
V
E
 
E
L
 
D
F
 
F
E
 
D
A
 
G
L
 
L
D
 
A
R
 
A
D
 
E
H
 
N
D
 
D
N
 
N
F
 
F
T
 
V
Y
 
W
V
 
H
P
 
C
A
 
A
L
 
L
S
|
S
Q
 
D
A
 
P
E
 
Q
E
 
P
D
 
E
A
 
D
E
 
N
W
 
W
Q
 
T
G
 
G
F
 
Y
R
 
T
G
 
G
Y
x
F
V
 
I
H
 
H
D
 
N
A
 
V
A
 
L
K
 
-
A
 
-
H
 
-
F
 
Y
D
 
E
G
 
N
R
 
Y
F
 
L
A
 
K
G
 
D
N
 
H
K
 
E
A
 
A
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
C
-
 
E
-
 
Y
Y
 
Y
L
 
M
C
|
C
G
|
G
P
|
P
P
 
P
P
x
M
M
|
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
A
 
V
I
 
I
T
 
N
A
 
M
L
 
L
M
 
K
Q
 
N
G
 
L
R
 
G
L
 
V
F
 
E
E
 
E
R
 
E
D
 
N
I
 
I
F
 
L
M
 
L
E
x
D
K
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

8a1yF Sodium pumping nadh-quinone oxidoreductase with inhibitor hqno (see paper)
29% identity, 79% coverage: 57:334/353 of query aligns to 88:406/408 of 8a1yF

query
sites
8a1yF
G
 
G
D
 
D
A
 
I
S
 
L
P
 
P
F
 
T
A
 
E
L
 
L
M
 
D
D
 
H
I
 
I
-
 
S
-
 
K
-
 
G
E
 
E
R
 
A
D
 
R
E
 
E
G
 
G
K
 
E
V
 
R
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
-
A
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
S
 
-
D
 
Q
V
 
V
T
 
A
I
 
V
E
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
M
D
 
D
V
 
L
D
 
E
P
 
L
D
 
P
F
 
E
E
 
E
G
 
I
Y
 
F
P
 
G
V
 
V
E
 
K
D
 
K
Y
 
W
T
 
E
A
 
C
T
 
T
V
 
V
T
 
I
G
 
S
I
 
N
V
 
D
E
 
N
L
 
K
S
 
A
P
 
T
T
 
F
I
 
I
R
 
K
G
 
-
V
 
-
H
 
E
L
 
L
K
 
K
L
 
L
D
 
A
R
 
I
P
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
S
M
 
V
T
 
P
F
 
F
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
Q
 
G
Y
 
Y
I
 
I
N
 
Q
I
 
I
E
 
E
L
 
A
P
 
P
G
 
A
-
 
H
-
 
H
-
 
V
-
 
K
-
 
Y
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
D
-
 
V
-
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
R
-
 
Y
-
 
E
-
 
S
-
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
E
A
 
P
-
 
I
-
 
I
R
|
R
A
|
A
F
x
Y
S
|
S
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
Y
P
 
P
G
 
E
K
 
E
A
 
F
D
 
G
E
 
I
V
 
I
E
 
M
L
 
L
H
 
N
V
|
V
R
|
R
L
 
I
V
x
A
-
 
T
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
x
V
E
x
P
G
 
P
G
|
G
A
x
Q
A
x
M
T
 
S
T
 
S
Y
 
Y
I
 
I
H
 
W
E
 
-
Q
 
S
L
 
L
K
 
K
T
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
K
L
 
C
N
 
T
L
 
I
S
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
Q
 
E
F
 
F
F
 
F
V
 
A
R
 
K
S
 
D
S
 
T
Q
 
D
P
 
-
G
 
A
D
 
E
L
 
M
I
 
V
F
 
F
I
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
L
 
M
S
 
A
S
 
P
P
 
M
Q
 
R
S
 
S
M
 
H
I
 
I
L
 
F
D
 
D
L
 
Q
L
 
L
E
 
K
Q
 
R
-
 
L
N
 
K
D
 
S
E
 
K
R
 
R
K
 
K
I
 
M
V
 
S
L
 
Y
F
 
W
Q
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
S
L
 
K
A
 
R
E
 
E
L
 
M
Y
 
F
N
 
Y
R
 
V
E
 
E
L
 
D
F
 
F
E
 
D
A
 
G
L
 
L
D
 
A
R
 
A
D
 
E
H
 
N
D
 
D
N
 
N
F
 
F
T
 
V
Y
 
W
V
 
H
P
 
C
A
 
A
L
 
L
S
 
S
Q
 
D
A
 
P
E
 
Q
E
 
P
D
 
E
A
 
D
E
 
N
W
 
W
Q
 
T
G
 
G
F
 
Y
R
 
T
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
H
 
H
D
 
N
A
 
V
A
 
L
K
 
-
A
 
-
H
 
-
F
 
Y
D
 
E
G
 
N
R
 
Y
F
 
L
A
 
K
G
 
D
N
 
H
K
 
E
A
 
A
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
C
-
 
E
-
 
Y
Y
 
Y
L
 
M
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
M
M
 
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
A
 
V
I
 
I
T
 
N
A
 
M
L
 
L
M
 
K
Q
 
N
G
 
L
R
 
G
L
 
V
F
 
E
E
 
E
R
 
E
D
 
N
I
 
I
F
 
L
M
 
L
E
 
D
K
 
D
F
 
F

Sites not aligning to the query:

A5F5Y4 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F; Na(+)-NQR subunit F; Na(+)-translocating NQR subunit F; NQR complex subunit F; NQR-1 subunit F; EC 7.2.1.1 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (see paper)
29% identity, 79% coverage: 57:334/353 of query aligns to 88:406/408 of A5F5Y4

query
sites
A5F5Y4
G
 
G
D
 
D
A
 
I
S
 
L
P
 
P
F
 
T
A
 
E
L
 
L
M
 
D
D
 
H
I
 
I
-
 
S
-
 
K
-
 
G
E
 
E
R
 
A
D
 
R
E
 
E
G
 
G
K
 
E
V
 
R
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
-
A
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
S
 
-
D
 
Q
V
 
V
T
 
A
I
 
V
E
 
K
A
 
A
D
 
D
I
 
M
D
 
D
V
 
L
D
 
E
P
 
L
D
 
P
F
 
E
E
 
E
G
 
I
Y
 
F
P
 
G
V
 
V
E
 
K
D
 
K
Y
 
W
T
 
E
A
 
C
T
 
T
V
 
V
T
 
I
G
 
S
I
 
N
V
 
D
E
 
N
L
 
K
S
 
A
P
 
T
T
 
F
I
 
I
R
 
K
G
 
-
V
 
-
H
 
E
L
 
L
K
 
K
L
 
L
D
 
A
R
 
I
P
 
P
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
S
M
 
V
T
 
P
F
 
F
Q
 
R
A
 
A
G
 
G
Q
 
G
Y
 
Y
I
 
I
N
 
Q
I
 
I
E
 
E
L
 
A
P
 
P
G
 
A
-
 
H
-
 
H
-
 
V
-
 
K
-
 
Y
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
D
-
 
V
-
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
R
-
 
Y
-
 
E
-
 
S
-
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
E
A
 
P
-
 
I
-
 
I
R
|
R
A
 
A
F
x
Y
S
 
S
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
Y
P
 
P
G
 
E
K
 
E
A
 
F
D
 
G
E
 
I
V
 
I
E
 
M
L
 
L
H
 
N
V
 
V
R
 
R
L
 
I
V
 
A
-
 
T
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
V
E
 
P
G
 
P
G
 
G
A
 
Q
A
 
M
T
x
S
T
 
S
Y
 
Y
I
 
I
H
 
W
E
 
-
Q
 
S
L
 
L
K
 
K
T
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
K
L
 
C
N
 
T
L
 
I
S
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
Q
 
E
F
 
F
F
 
F
V
 
A
R
 
K
S
 
D
S
 
T
Q
 
D
P
 
-
G
 
A
D
 
E
L
 
M
I
 
V
F
 
F
I
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
L
 
M
S
 
A
S
 
P
P
 
M
Q
 
R
S
 
S
M
 
H
I
 
I
L
 
F
D
 
D
L
 
Q
L
 
L
E
 
K
Q
 
R
-
 
L
N
 
K
D
 
S
E
 
K
R
 
R
K
 
K
I
 
M
V
 
S
L
 
Y
F
 
W
Q
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
S
L
 
K
A
 
R
E
 
E
L
 
M
Y
 
F
N
 
Y
R
 
V
E
 
E
L
 
D
F
 
F
E
 
D
A
 
G
L
 
L
D
 
A
R
 
A
D
 
E
H
 
N
D
 
D
N
 
N
F
 
F
T
 
V
Y
 
W
V
 
H
P
 
C
A
 
A
L
 
L
S
 
S
Q
 
D
A
 
P
E
 
Q
E
 
P
D
 
E
A
 
D
E
 
N
W
 
W
Q
 
T
G
 
G
F
 
Y
R
 
T
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
H
 
H
D
 
N
A
 
V
A
 
L
K
 
-
A
 
-
H
 
-
F
 
Y
D
 
E
G
 
N
R
 
Y
F
 
L
A
 
K
G
 
D
N
 
H
K
 
E
A
 
A
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
C
-
 
E
-
 
Y
Y
 
Y
L
 
M
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
M
M
 
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
A
 
V
I
 
I
T
 
N
A
 
M
L
 
L
M
 
K
Q
 
N
G
 
L
R
 
G
L
 
V
F
 
E
E
 
E
R
 
E
D
 
N
I
 
I
F
 
L
M
 
L
E
 
D
K
 
D
F
 
F

Sites not aligning to the query:

7qu0A X-ray structure of fad domain of nqrf of klebsiella pneumoniae (see paper)
33% identity, 53% coverage: 149:334/353 of query aligns to 83:279/279 of 7qu0A

query
sites
7qu0A
R
|
R
A
|
A
F
x
Y
S
|
S
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
Y
P
 
P
G
 
E
K
 
E
A
 
K
D
 
G
E
 
I
V
 
I
E
 
M
L
 
L
H
 
N
V
 
V
R
 
R
L
 
I
V
x
A
-
x
T
-
x
P
-
x
P
-
 
P
-
 
K
-
 
I
-
 
P
-
 
D
-
x
A
E
x
P
G
x
P
G
|
G
A
x
I
A
x
M
T
x
S
T
 
S
Y
 
Y
I
 
I
H
 
W
E
 
-
Q
 
S
L
 
L
K
 
K
T
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
K
L
 
V
N
 
T
L
 
I
S
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
Q
 
E
F
 
F
F
 
F
V
 
A
R
 
K
S
 
E
S
 
T
Q
 
D
P
 
-
G
 
A
D
 
E
L
 
M
I
 
V
F
 
F
I
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
L
 
M
S
 
A
S
 
P
P
 
M
Q
 
R
S
 
S
M
 
H
I
 
I
L
 
F
D
 
D
L
 
Q
L
 
L
E
 
K
Q
 
R
-
 
L
N
 
H
D
 
S
E
 
T
R
 
R
K
 
K
I
 
I
V
 
S
L
 
F
F
 
W
Q
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
S
L
 
L
A
 
R
E
 
E
L
 
M
Y
 
F
N
 
Y
R
 
D
E
 
E
L
 
E
F
 
F
E
 
E
A
 
Q
L
 
L
D
 
A
R
 
R
D
 
D
H
 
N
D
 
P
N
 
N
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
V
 
H
P
 
V
A
 
A
L
 
L
S
|
S
Q
 
D
A
 
P
E
 
L
E
 
P
D
 
E
A
 
D
E
 
N
W
 
W
Q
 
T
G
 
G
F
 
H
R
 
T
G
 
G
Y
x
F
V
 
I
H
 
H
D
 
N
A
 
V
A
 
L
K
 
Y
A
 
E
H
 
N
F
 
Y
-
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
H
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
E
D
 
D
G
 
C
R
 
E
F
 
F
A
 
-
G
 
-
N
 
-
K
 
-
A
 
-
Y
 
Y
L
 
M
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
V
M
|
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
A
 
V
I
 
I
T
 
K
A
 
M
L
 
L
M
 
K
Q
 
D
G
 
L
R
 
G
L
 
V
F
 
E
E
 
D
R
 
E
D
 
N
I
 
I
F
 
L
M
 
L
E
 
D
K
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7qtyA X-ray structure of fad domain of nqrf of klebsiella pneumoniae (see paper)
33% identity, 53% coverage: 149:334/353 of query aligns to 83:279/279 of 7qtyA

query
sites
7qtyA
R
|
R
A
|
A
F
x
Y
S
|
S
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
Y
P
 
P
G
 
E
K
 
E
A
 
K
D
 
G
E
 
I
V
 
I
E
 
M
L
 
L
H
x
N
V
 
V
R
 
R
L
 
I
V
x
A
-
x
T
-
 
P
-
x
P
-
 
P
-
 
K
-
 
I
-
 
P
-
 
D
-
x
A
E
x
P
G
 
P
G
|
G
A
x
I
A
x
M
T
x
S
T
 
S
Y
 
Y
I
 
I
H
 
W
E
 
-
Q
 
S
L
 
L
K
 
K
T
 
P
G
 
G
D
 
D
A
 
K
L
 
V
N
 
T
L
 
I
S
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
Q
 
E
F
 
F
F
 
F
V
 
A
R
 
K
S
 
E
S
 
T
Q
 
D
P
 
-
G
 
A
D
 
E
L
 
M
I
 
V
F
 
F
I
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
L
 
M
S
 
A
S
 
P
P
 
M
Q
 
R
S
 
S
M
 
H
I
 
I
L
 
F
D
 
D
L
 
Q
L
 
L
E
 
K
Q
 
R
-
 
L
N
 
H
D
 
S
E
 
T
R
 
R
K
 
K
I
 
I
V
 
S
L
 
F
F
 
W
Q
 
Y
G
 
G
A
|
A
R
|
R
N
 
S
L
 
L
A
 
R
E
 
E
L
 
M
Y
 
F
N
 
Y
R
 
D
E
 
E
L
 
E
F
 
F
E
 
E
A
 
Q
L
 
L
D
 
A
R
 
R
D
 
D
H
 
N
D
 
P
N
 
N
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
V
 
H
P
 
V
A
 
A
L
 
L
S
|
S
Q
 
D
A
 
P
E
 
L
E
 
P
D
 
E
A
 
D
E
 
N
W
 
W
Q
 
T
G
 
G
F
 
H
R
 
T
G
 
G
Y
x
F
V
 
I
H
|
H
D
 
N
A
 
V
A
 
L
K
 
Y
A
 
E
H
 
N
F
 
Y
-
 
L
-
 
R
-
 
D
-
 
H
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
E
D
 
D
G
 
C
R
 
E
F
 
F
A
 
-
G
 
-
N
 
-
K
 
-
A
 
-
Y
 
Y
L
 
M
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
x
V
M
|
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
A
 
V
I
 
I
T
 
K
A
 
M
L
 
L
M
 
K
Q
 
D
G
 
L
R
 
G
L
 
V
F
 
E
E
 
D
R
 
E
D
 
N
I
 
I
F
 
L
M
 
L
E
 
D
K
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

1tvcA Fad and nadh binding domain of methane monooxygenase reductase from methylococcus capsulatus (bath) (see paper)
29% identity, 60% coverage: 127:338/353 of query aligns to 39:248/250 of 1tvcA

query
sites
1tvcA
D
 
N
R
 
R
P
 
G
M
 
V
T
 
K
F
 
F
Q
 
E
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
x
F
I
 
M
N
 
D
I
 
L
E
 
T
L
 
I
P
 
P
G
 
G
V
 
T
D
 
D
G
 
V
A
 
S
R
|
R
A
x
S
F
x
Y
S
|
S
L
 
P
A
 
A
N
 
N
P
 
L
P
 
P
G
 
N
K
 
P
A
 
E
D
 
G
E
 
R
V
 
L
E
 
E
L
 
F
H
x
L
V
x
I
R
|
R
L
 
V
V
x
L
E
 
P
G
 
E
G
 
G
A
 
R
A
x
F
T
 
S
T
 
D
Y
 
Y
I
 
L
H
 
R
E
 
N
Q
 
D
L
 
A
K
 
R
T
 
V
G
 
G
D
 
Q
A
 
V
L
 
L
N
 
S
L
 
V
S
 
K
G
 
G
P
 
P
Y
 
L
G
 
G
Q
 
V
F
 
F
F
 
G
V
 
L
R
 
K
S
 
E
S
 
R
Q
 
G
P
 
M
G
 
A
D
 
P
L
 
R
I
 
Y
F
 
F
I
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
T
G
|
G
L
 
L
S
 
A
S
 
P
P
 
V
Q
 
V
S
 
S
M
 
M
I
 
V
L
 
R
D
 
Q
L
 
M
L
 
Q
E
 
E
Q
 
W
N
 
T
D
 
A
E
 
P
R
 
N
K
 
E
I
 
T
V
 
R
L
 
I
F
 
Y
Q
 
F
G
 
G
A
 
V
R
x
N
N
 
T
L
 
E
A
 
P
E
|
E
L
 
L
Y
 
F
N
 
Y
R
 
I
E
 
D
L
 
E
F
 
L
E
 
K
A
 
S
L
 
L
D
 
E
R
 
R
D
 
S
H
 
M
D
 
R
N
 
N
F
 
L
T
 
T
Y
 
V
V
 
K
P
 
A
A
 
C
L
 
V
S
 
W
Q
 
H
A
 
P
E
x
S
E
x
G
D
 
D
A
 
-
E
 
-
W
 
W
Q
 
E
G
 
G
F
 
E
R
 
Q
G
 
G
Y
 
S
V
 
P
H
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
L
K
 
R
A
 
E
H
 
D
F
 
L
D
 
E
G
 
S
R
 
S
F
 
D
A
 
A
G
 
N
N
 
P
K
 
D
A
 
I
Y
 
Y
L
|
L
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
G
M
 
M
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
C
T
 
E
A
 
L
L
 
V
M
 
R
Q
 
S
G
 
R
R
 
G
L
 
I
F
 
P
E
 
G
R
 
E
D
 
Q
I
 
V
F
 
F
M
 
F
E
|
E
K
 
K
F
|
F
L
|
L
T
 
P
A
 
S
A
 
G

Sites not aligning to the query:

4u9uA Crystal structure of nqrf fad-binding domain from vibrio cholerae (see paper)
31% identity, 53% coverage: 149:334/353 of query aligns to 81:277/279 of 4u9uA

query
sites
4u9uA
R
|
R
A
|
A
F
x
Y
S
|
S
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
Y
P
 
P
G
 
E
K
 
E
A
 
F
D
 
G
E
 
I
V
 
I
E
 
M
L
 
L
H
x
N
V
 
V
R
 
R
L
 
I
V
x
A
-
x
T
-
x
P
-
 
P
-
 
P
-
 
N
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
x
V
E
x
P
G
 
P
G
|
G
A
x
Q
A
x
M
T
x
S
T
 
S
Y
 
Y
I
 
I
H
 
W
E
 
-
Q
 
S
L
 
L
K
 
K
T
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
K
L
 
C
N
 
T
L
 
I
S
 
S
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
G
 
G
Q
 
E
F
 
F
F
 
F
V
 
A
R
 
K
S
 
D
S
 
T
Q
 
D
P
 
-
G
 
A
D
 
E
L
 
M
I
 
V
F
 
F
I
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
S
 
A
G
 
G
L
 
M
S
 
A
S
 
P
P
 
M
Q
 
R
S
 
S
M
 
H
I
 
I
L
 
F
D
 
D
L
 
Q
L
 
L
E
 
K
Q
 
R
-
 
L
N
 
K
D
 
S
E
 
K
R
 
R
K
 
K
I
 
M
V
 
S
L
 
Y
F
 
W
Q
 
Y
G
 
G
A
 
A
R
 
R
N
 
S
L
 
K
A
x
R
E
 
E
L
x
M
Y
 
F
N
 
Y
R
 
V
E
 
E
L
 
D
F
 
F
E
 
D
A
 
G
L
 
L
D
x
A
R
 
A
D
 
E
H
x
N
D
|
D
N
 
N
F
|
F
T
 
V
Y
 
W
V
 
H
P
 
C
A
 
A
L
 
L
S
 
S
Q
 
D
A
 
P
E
 
Q
E
 
P
D
 
E
A
 
D
E
 
N
W
 
W
Q
 
T
G
 
G
F
 
Y
R
 
T
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
H
 
H
D
 
N
A
 
V
A
 
L
K
 
-
A
 
-
H
 
-
F
 
Y
D
 
E
G
 
N
R
 
Y
F
 
L
A
 
K
G
 
D
N
 
H
K
 
E
A
 
A
-
 
P
-
 
E
-
 
D
-
 
C
-
 
E
-
 
Y
Y
 
Y
L
 
M
C
 
C
G
 
G
P
 
P
P
 
P
P
 
M
M
 
M
I
 
N
D
 
A
A
 
A
A
 
V
I
 
I
T
 
N
A
 
M
L
 
L
M
 
K
Q
 
N
G
 
L
R
 
G
L
 
V
F
 
E
E
 
E
R
 
E
D
 
N
I
 
I
F
 
L
M
 
L
E
 
D
K
 
D
F
|
F

Sites not aligning to the query:

7c3bB Ferredoxin reductase in carbazole 1,9a-dioxygenase (fad apo form) (see paper)
28% identity, 88% coverage: 20:328/353 of query aligns to 22:298/306 of 7c3bB

query
sites
7c3bB
Q
 
K
T
 
S
I
 
L
L
 
L
Q
 
V
A
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
A
Q
 
N
G
 
G
V
 
I
W
 
G
L
 
L
P
 
P
F
x
Y
A
 
E
C
|
C
G
x
A
H
 
S
G
|
G
T
 
G
C
|
C
A
x
G
T
 
V
C
|
C
K
 
K
V
 
F
Q
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
D
 
T
V
 
V
E
 
Q
I
 
S
G
 
M
D
 
W
A
 
P
S
 
D
P
 
A
F
 
P
A
 
G
L
 
L
M
 
S
D
 
S
I
 
R
E
 
D
R
 
R
D
 
E
E
 
K
G
 
G
-
 
N
K
 
R
V
 
H
L
 
L
A
 
A
C
|
C
C
 
Q
A
 
C
T
 
I
V
 
A
E
 
L
S
 
S
D
 
D
V
 
L
T
 
R
I
 
I
E
 
K
A
 
V
D
 
A
I
 
V
D
 
Q
V
 
-
D
 
D
P
 
K
D
 
Y
F
 
I
E
 
P
G
 
A
Y
 
I
P
 
P
V
 
I
E
 
S
D
 
K
Y
 
M
T
 
E
A
 
A
T
 
E
V
 
V
T
 
V
G
 
A
I
 
V
V
 
R
E
 
A
L
 
L
S
 
T
P
 
H
T
 
D
I
 
L
R
 
L
G
 
S
V
 
V
H
 
K
L
 
L
K
 
R
L
 
T
D
 
D
R
 
V
P
 
P
M
 
A
T
 
N
F
 
F
Q
 
L
A
 
P
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
F
I
 
C
N
 
L
I
 
I
E
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
L
 
L
P
 
P
G
 
G
V
 
V
D
 
-
G
 
-
A
 
V
R
 
R
A
 
A
F
 
Y
S
 
S
L
 
M
A
 
A
N
 
N
P
 
S
P
 
M
G
 
N
K
 
P
A
 
D
D
 
G
E
 
F
V
 
W
E
 
E
L
 
F
H
 
Y
V
 
I
R
 
K
L
 
R
V
 
V
E
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
P
A
 
F
T
 
S
T
 
P
Y
 
W
I
 
L
H
 
F
E
 
E
Q
 
N
L
 
R
K
 
K
T
 
V
G
 
G
D
 
A
A
 
R
L
 
L
N
 
F
L
 
L
S
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
M
G
 
G
Q
 
T
F
 
S
F
 
F
V
 
F
R
 
R
S
 
P
S
 
G
Q
 
T
P
 
G
G
 
R
D
 
K
L
 
S
I
 
L
F
 
C
I
 
I
A
 
G
G
 
G