SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF4134 FitnessBrowser__Marino:GFF4134 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

8b01B Cryo-em structure of the tripartite atp-independent periplasmic (trap) transporter siaqm from photobacterium profundum in a nanodisc (see paper)
35% identity, 90% coverage: 42:420/423 of query aligns to 43:421/427 of 8b01B

query
sites
8b01B
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
M
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
L
R
 
D
P
 
N
A
 
F
S
 
T
L
 
L
I
 
L
A
 
A
V
 
V
P
 
P
M
 
F
F
 
F
I
 
V
L
 
L
A
 
T
A
 
G
D
 
H
I
 
L
M
 
M
T
 
N
R
 
S
G
 
A
Q
 
G
S
 
I
A
 
T
D
 
E
R
 
R
L
 
I
I
 
F
N
 
N
M
 
F
V
 
A
M
 
K
A
 
A
F
 
M
I
 
V
G
 
G
H
 
H
V
 
I
K
 
T
G
 
G
G
 
S
L
 
L
A
 
G
I
 
H
S
 
V
T
 
N
A
 
I
T
 
L
S
 
A
C
 
S
T
 
L
L
 
L
F
 
F
G
x
S
A
 
G
V
 
M
S
|
S
G
|
G
S
 
S
T
 
A
Q
 
L
A
 
A
T
 
D
V
 
A
V
 
G
A
 
G
V
 
L
G
 
G
S
 
Q
P
 
L
L
 
E
R
 
I
P
 
K
K
 
S
L
 
M
L
 
R
K
 
D
A
 
A
G
 
K
Y
 
Y
S
 
D
D
 
D
S
 
D
F
 
F
S
 
A
L
 
G
A
 
G
L
 
L
I
 
T
I
 
A
N
 
A
S
 
S
S
 
C
D
 
I
I
 
I
A
x
G
F
 
P
L
 
L
I
x
V
P
|
P
P
|
P
S
 
S
I
 
I
G
 
P
F
 
L
I
 
V
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
I
 
V
S
 
S
E
 
N
T
 
T
S
 
S
I
 
I
A
 
G
E
 
A
L
 
L
F
 
F
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
A
G
 
I
P
 
P
G
 
G
I
 
L
M
 
L
I
 
C
L
 
C
F
 
I
M
 
A
F
 
L
S
 
C
I
 
I
Y
 
M
C
 
T
L
 
Y
I
 
F
Y
 
I
A
 
A
H
 
K
V
 
K
N
 
R
K
 
G
L
 
Y
P
 
M
T
 
T
E
 
L
E
 
P
K
 
R
S
 
A
T
 
S
W
 
R
G
 
K
Q
 
E
R
 
R
A
 
L
V
 
I
A
 
A
M
 
F
R
 
R
E
 
D
A
 
A
L
 
F
W
 
L
P
 
S
L
 
L
F
 
L
F
 
T
P
 
P
V
 
F
I
 
I
I
 
I
V
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
 
F
G
 
S
G
 
G
I
 
K
F
 
F
S
 
T
P
 
P
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
I
V
 
I
C
 
S
V
 
S
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
F
 
L
L
 
F
L
 
L
E
 
G
F
 
T
V
 
V
V
 
V
F
 
Y
R
 
K
S
 
S
L
 
L
K
 
T
L
 
M
A
 
D
D
 
K
I
 
F
Y
 
I
R
 
K
I
 
L
A
 
V
K
 
Q
S
 
E
T
 
T
G
 
V
L
 
T
I
 
T
T
 
T
A
 
S
V
 
V
V
 
V
F
 
A
I
 
L
L
 
M
V
 
V
A
 
M
V
 
G
G
 
V
T
 
T
G
 
V
F
 
F
S
 
G
W
 
W
I
 
I
I
 
V
S
 
A
F
 
R
A
 
E
Q
 
Q
I
 
L
P
 
P
Q
 
Q
A
 
Q
I
 
L
L
 
A
D
 
E
S
 
L
-
 
F
V
 
L
G
 
S
I
 
I
S
 
S
D
 
D
M
 
-
G
 
N
P
 
P
V
 
L
G
 
I
V
 
L
M
 
L
I
 
L
T
 
L
I
 
I
C
 
N
V
 
L
A
 
L
F
 
L
F
 
L
I
 
F
A
 
L
C
x
G
M
x
T
F
 
F
V
 
I
D
 
E
P
 
S
I
 
L
V
 
A
V
 
L
I
 
L
L
 
L
V
 
L
L
 
L
T
 
V
P
 
P
I
 
F
F
 
L
A
 
V
P
 
P
A
 
V
I
 
A
Q
 
T
A
 
S
S
 
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
H
V
 
F
G
 
G
V
 
V
L
 
M
I
 
A
T
 
I
L
 
L
Q
 
N
V
 
L
A
 
M
I
 
I
G
|
G
S
x
I
A
 
L
T
|
T
P
 
P
P
 
P
F
x
M
G
|
G
C
 
M
D
 
A
I
 
L
F
 
Y
T
 
V
A
 
V
I
 
S
A
 
K
I
 
V
F
 
G
K
 
N
R
 
I
P
 
P
Y
 
F
L
 
H
E
 
V
V
 
L
I
 
T
R
 
R
G
 
G
T
 
V
P
 
L
P
 
P
F
 
L
V
 
L
F
 
V
M
 
P
L
 
L
I
 
F
A
 
I
A
 
V
A
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
I
I
 
I
A
 
V
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
A
 
T
L
 
L
F
 
F
L
 
L
R
 
P
D
 
Q
L
 
L

8y4wA Sialic acid bound form of tripartite atp-independent periplasmic (trap) transporter from fusobacterium nucleatum.
30% identity, 87% coverage: 52:419/423 of query aligns to 245:612/612 of 8y4wA

query
sites
8y4wA
S
 
S
L
 
L
I
 
L
A
 
S
V
 
V
P
 
P
M
 
F
F
 
F
I
 
I
L
 
L
A
 
T
A
 
G
D
 
I
I
 
L
M
 
M
T
 
N
R
 
G
G
 
A
Q
 
G
S
 
I
A
 
T
D
 
E
R
 
R
L
 
I
I
 
F
N
 
N
M
 
F
V
 
A
M
 
K
A
 
A
F
 
M
I
 
L
G
 
G
H
 
H
V
 
Y
K
 
T
G
 
G
G
 
G
L
 
M
A
 
G
I
 
H
S
 
V
T
 
N
A
 
V
T
 
A
S
 
A
C
 
S
T
 
L
L
 
I
F
 
F
G
 
S
A
 
G
V
 
M
S
 
S
G
 
G
S
|
S
T
x
A
Q
 
I
A
 
A
T
 
D
V
 
A
V
 
G
A
 
G
V
 
L
G
 
G
S
 
Q
P
 
L
L
 
E
R
 
I
P
 
K
K
 
A
L
 
M
L
 
R
K
 
D
A
 
E
G
 
G
Y
 
Y
S
 
D
D
 
D
S
 
D
F
 
I
S
 
C
L
 
G
A
 
G
L
 
L
I
 
T
I
 
A
N
 
A
S
 
S
S
 
C
D
 
I
I
 
I
A
 
G
F
 
P
L
 
L
I
 
V
P
 
P
P
 
P
S
 
S
I
 
I
G
 
S
F
 
M
I
 
I
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
A
E
 
N
T
 
Q
S
 
S
I
 
I
A
 
A
E
 
K
L
 
L
F
 
F
I
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
F
G
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
F
M
 
L
I
 
T
L
 
T
F
 
I
M
 
A
F
 
L
S
 
M
I
 
I
Y
 
M
C
 
N
L
 
Y
I
 
F
Y
 
V
A
 
C
H
 
K
V
 
K
N
 
R
K
 
G
L
 
Y
P
 
K
T
 
K
E
 
T
E
 
A
K
 
K
S
 
A
T
 
S
W
 
P
G
 
K
Q
 
E
R
 
R
A
 
W
V
 
I
A
 
A
M
 
F
R
 
K
E
 
K
A
 
S
L
 
F
W
 
W
P
 
A
L
 
L
F
 
L
F
 
T
P
 
P
V
 
I
I
 
L
I
 
I
V
 
I
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
 
F
G
 
S
G
 
G
I
 
I
F
 
F
S
 
T
P
 
P
T
 
T
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
V
V
 
I
C
 
A
V
 
T
L
 
F
Y
 
Y
A
 
S
F
 
I
L
 
I
L
 
L
E
 
G
F
 
G
V
 
F
V
 
I
F
 
Y
R
 
K
S
 
E
L
 
L
K
 
T
L
 
V
A
 
K
D
 
S
I
 
F
Y
 
F
R
 
K
I
 
H
A
 
C
K
 
V
S
 
E
T
 
A
G
 
V
L
 
A
I
 
I
T
 
S
A
 
G
V
 
V
V
 
T
F
 
V
I
 
L
L
 
M
V
 
I
A
 
M
V
 
T
G
 
V
T
 
T
G
 
F
F
 
F
S
 
G
W
 
D
I
 
I
I
 
I
S
 
A
F
 
R
A
 
E
Q
 
Q
I
 
V
P
 
A
Q
 
M
A
 
R
I
 
V
L
 
A
D
 
E
S
 
I
V
 
F
G
 
I
I
 
K
S
 
Y
D
 
A
M
 
T
G
 
S
P
 
P
V
 
M
G
 
M
V
 
V
M
 
L
I
 
V
T
 
M
I
 
I
C
 
N
V
 
L
A
 
L
F
 
L
F
 
L
I
 
F
A
 
L
C
 
G
M
 
M
F
 
F
V
 
I
D
|
D
P
 
A
I
 
L
V
 
A
V
 
L
I
 
Q
L
 
F
V
 
L
L
 
V
T
 
L
P
 
P
I
 
M
F
 
L
A
 
I
P
 
P
A
 
I
I
 
A
Q
 
E
A
 
Q
S
 
V
G
 
G
L
 
I
D
 
D
P
 
L
V
 
V
L
 
F
V
 
F
G
 
G
V
 
V
L
 
M
I
 
T
T
 
T
L
 
L
Q
 
N
V
 
M
A
 
M
I
 
I
G
 
G
S
 
I
A
 
L
T
 
T
P
 
P
P
 
P
F
 
M
G
 
G
C
x
M
D
 
A
I
 
L
F
 
F
T
 
V
A
 
V
I
 
A
A
 
Q
I
 
V
F
 
G
K
 
K
R
 
M
P
 
S
Y
 
V
L
 
S
E
 
T
V
 
V
I
 
A
R
 
K
G
 
G
T
 
V
P
 
L
P
 
P
F
 
F
V
 
L
F
 
L
M
 
P
L
 
I
I
 
F
A
 
I
A
 
T
A
 
L
G
 
V
L
 
I
L
 
I
I
 
T
A
 
I
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
I
 
I
A
 
I
L
 
L
F
 
F
L
 
L
R
 
P
D
 
N

Query Sequence

>GFF4134 FitnessBrowser__Marino:GFF4134
MMLIMIGLLLLGFPMMVPLITGAVVGFVMMFDGFGQMGTFVQQMMGGIRPASLIAVPMFI
LAADIMTRGQSADRLINMVMAFIGHVKGGLAISTATSCTLFGAVSGSTQATVVAVGSPLR
PKLLKAGYSDSFSLALIINSSDIAFLIPPSIGFIIYGVISETSIAELFIAGIGPGIMILF
MFSIYCLIYAHVNKLPTEEKSTWGQRAVAMREALWPLFFPVIIVGGIYGGIFSPTEAAAV
CVLYAFLLEFVVFRSLKLADIYRIAKSTGLITAVVFILVAVGTGFSWIISFAQIPQAILD
SVGISDMGPVGVMITICVAFFIACMFVDPIVVILVLTPIFAPAIQASGLDPVLVGVLITL
QVAIGSATPPFGCDIFTAIAIFKRPYLEVIRGTPPFVFMLIAAAGLLIAFPQIALFLRDL
AFR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory