SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF4324 PS417_22145 sugar ABC transporter substrate-binding protein to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 13 hits to proteins with known functional sites (download)

5dvjA Crystal structure of galactose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. Putida csv86 (see paper)
67% identity, 94% coverage: 28:428/428 of query aligns to 3:396/396 of 5dvjA

query
sites
5dvjA
G
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
D
V
 
V
V
 
L
H
 
H
W
|
W
W
|
W
T
 
T
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
K
 
A
A
 
K
A
 
A
V
 
V
D
 
E
V
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
Q
 
Q
V
 
I
E
 
Q
K
 
K
D
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
I
W
 
W
K
 
K
D
 
D
G
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
|
G
G
|
G
G
 
G
A
 
A
T
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
K
 
K
S
 
T
R
 
R
A
 
A
V
 
I
A
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
P
P
 
P
G
 
S
V
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
W
 
W
A
 
G
S
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
T
T
 
E
D
 
-
V
 
-
L
 
L
K
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
A
E
 
A
E
 
N
K
 
K
W
 
W
D
 
D
S
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
P
K
 
R
K
 
Q
V
 
V
S
 
A
D
 
D
T
 
I
V
 
M
K
 
K
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
D
 
H
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
V
N
 
N
W
 
W
L
 
L
W
 
W
I
 
I
N
 
N
P
 
P
E
 
Q
V
 
V
F
 
F
K
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
-
T
 
A
K
 
K
N
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
T
L
 
L
Q
 
D
E
 
E
F
 
L
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
F
I
 
I
P
 
P
L
 
L
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
S
 
S
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
E
A
 
D
V
 
L
V
 
V
L
 
L
S
 
S
V
 
I
M
 
L
G
 
G
A
 
P
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
K
 
H
K
 
A
A
 
A
L
 
F
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
D
N
 
E
G
 
K
A
 
T
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
E
 
Q
M
 
M
V
 
T
K
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
A
E
 
T
L
 
L
K
 
K
K
 
R
V
 
L
A
 
G
T
 
T
Y
 
Y
M
 
M
D
 
D
V
 
P
D
 
N
G
 
R
K
 
A
G
 
G
Q
 
R
D
 
D
W
|
W
N
 
N
L
 
I
E
 
A
A
 
A
G
 
A
K
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
I
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
S
 
S
E
 
E
W
 
W
T
 
S
A
 
A
A
 
A
K
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Y
 
Y
E
 
Q
C
 
C
V
 
V
A
 
A
F
 
F
P
 
P
G
 
G
T
 
T
D
 
Q
K
 
G
A
 
S
F
 
F
T
 
A
Y
 
Y
N
 
N
I
 
I
D
|
D
S
 
S
L
 
L
A
 
A
V
 
M
F
 
F
K
 
K
Q
 
L
K
 
K
D
 
D
K
 
A
G
 
N
T
 
D
A
 
I
A
 
K
G
 
A
Q
 
Q
Q
 
N
D
 
D
I
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
V
V
 
A
L
 
L
G
 
E
E
 
P
N
 
E
F
 
F
Q
 
Q
K
 
T
V
 
V
F
 
F
S
 
N
I
 
Q
N
 
N
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
L
P
 
P
V
 
V
R
 
R
N
 
Q
D
 
D
M
 
-
L
 
-
N
 
-
K
 
-
M
 
M
D
 
D
S
 
M
Y
 
S
G
 
K
F
 
F
D
 
D
S
 
A
C
 
C
A
 
T
Q
 
Q
T
 
K
A
 
S
A
 
A
K
 
A
D
 
D
F
 
F
L
 
K
A
 
E
D
 
A
A
 
A
K
 
K
T
 
G
G
 
D
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
M
 
M
A
 
A
H
|
H
N
 
N
M
 
M
A
 
A
T
 
T
T
 
T
L
 
L
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
F
 
I
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
N
 
N
Y
 
F
I
 
L
N
 
N
D
 
D
P
 
P
K
 
Q
A
 
A
D
 
E
P
 
P
A
 
A
D
 
T
T
 
A
A
 
V
K
 
K
K
 
Q
L
 
L
G
 
N
A
 
A
A
 
A
I
 
I
K
 
K
S
 
A
A
 
A
K
 
R

5dviA High resolution crystal structure of glucose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. Putida csv86 (see paper)
67% identity, 94% coverage: 28:428/428 of query aligns to 3:396/396 of 5dviA

query
sites
5dviA
G
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
D
V
 
V
V
 
L
H
 
H
W
|
W
W
|
W
T
 
T
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
K
 
A
A
 
K
A
 
A
V
 
V
D
 
E
V
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
Q
 
Q
V
 
I
E
 
Q
K
 
K
D
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
I
W
 
W
K
 
K
D
 
D
G
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
|
G
G
 
G
A
 
A
T
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
K
 
K
S
 
T
R
 
R
A
 
A
V
 
I
A
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
P
P
 
P
G
 
S
V
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
D
 
D
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
W
 
W
A
 
G
S
 
A
T
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
T
T
 
E
D
 
-
V
 
-
L
 
L
K
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
A
K
 
A
E
 
A
E
 
N
K
 
K
W
 
W
D
 
D
S
 
D
L
 
L
L
 
L
D
 
P
K
 
R
K
 
Q
V
 
V
S
 
A
D
 
D
T
 
I
V
 
M
K
 
K
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
D
 
H
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
V
N
 
N
W
 
W
L
 
L
W
 
W
I
 
I
N
 
N
P
 
P
E
 
Q
V
 
V
F
 
F
K
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
-
T
 
A
K
 
K
N
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
T
L
 
L
Q
 
D
E
 
E
F
 
L
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
F
I
 
I
P
 
P
L
 
L
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
S
 
S
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
E
A
 
D
V
 
L
V
 
V
L
 
L
S
 
S
V
 
I
M
 
L
G
 
G
A
 
P
D
 
K
G
 
G
Y
 
Y
K
 
H
K
 
A
A
 
A
L
 
F
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
D
N
 
E
G
 
K
A
 
T
L
 
L
T
 
T
G
 
G
P
 
P
E
 
Q
M
 
M
V
 
T
K
 
E
A
 
A
L
 
F
T
 
A
E
 
T
L
 
L
K
 
K
K
 
R
V
 
L
A
 
G
T
 
T
Y
 
Y
M
 
M
D
 
D
V
 
P
D
 
N
G
 
R
K
 
A
G
 
G
Q
 
R
D
 
D
W
 
W
N
 
N
L
 
I
E
 
A
A
 
A
G
 
A
K
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
N
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
I
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
S
 
S
E
 
E
W
 
W
T
 
S
A
 
A
A
 
A
K
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Y
 
Y
E
 
Q
C
 
C
V
 
V
A
 
A
F
 
F
P
 
P
G
 
G
T
 
T
D
 
Q
K
 
G
A
 
S
F
 
F
T
 
A
Y
 
Y
N
|
N
I
 
I
D
|
D
S
 
S
L
 
L
A
 
A
V
 
M
F
 
F
K
 
K
Q
 
L
K
 
K
D
 
D
K
 
A
G
 
N
T
 
D
A
 
I
A
 
K
G
 
A
Q
 
Q
Q
 
N
D
 
D
I
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
V
V
 
A
L
 
L
G
 
E
E
 
P
N
 
E
F
 
F
Q
 
Q
K
 
T
V
 
V
F
 
F
S
 
N
I
 
Q
N
 
N
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
L
P
 
P
V
 
V
R
 
R
N
 
Q
D
 
D
M
 
-
L
 
-
N
 
-
K
 
-
M
 
M
D
 
D
S
 
M
Y
 
S
G
 
K
F
 
F
D
 
D
S
 
A
C
 
C
A
 
T
Q
 
Q
T
 
K
A
 
S
A
 
A
K
 
A
D
 
D
F
 
F
L
 
K
A
 
E
D
 
A
A
 
A
K
 
K
T
 
G
G
 
D
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
S
 
S
M
 
M
A
 
A
H
|
H
N
 
N
M
 
M
A
 
A
T
 
T
T
 
T
L
 
L
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
G
 
G
A
 
A
F
 
I
F
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
N
 
N
Y
 
F
I
 
L
N
 
N
D
 
D
P
 
P
K
 
Q
A
 
A
D
 
E
P
 
P
A
 
A
D
 
T
T
 
A
A
 
V
K
 
K
K
 
Q
L
 
L
G
 
N
A
 
A
A
 
A
I
 
I
K
 
K
S
 
A
A
 
A
K
 
R

8hqqA Crystal structure of the glucose-binding protein sar11_0769 from "candidatus pelagibacter ubique" htcc1062 bound to glucose
49% identity, 88% coverage: 31:407/428 of query aligns to 6:378/398 of 8hqqA

query
sites
8hqqA
E
 
E
V
 
V
V
 
L
H
 
H
W
|
W
W
 
W
T
 
T
S
 
G
G
 
G
G
 
G
E
|
E
K
 
A
A
 
K
A
 
A
V
 
L
D
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
A
 
D
Q
 
E
V
 
F
E
 
A
K
 
A
D
 
Q
G
 
N
F
 
G
V
 
V
W
 
W
K
 
L
D
 
D
G
 
M
A
 
P
V
 
V
A
 
S
G
 
G
G
 
G
G
|
G
G
 
G
A
 
D
T
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
Q
V
 
T
L
 
L
K
 
K
S
 
A
R
 
R
A
 
I
V
 
V
A
 
A
G
 
N
N
 
D
P
 
A
P
 
P
G
 
A
V
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
D
 
T
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
W
 
Y
A
 
D
S
 
E
T
 
E
G
 
G
L
 
V
L
 
V
D
 
A
T
 
P
D
 
Y
V
 
N
L
 
I
K
 
D
D
 
A
V
 
V
A
 
A
K
 
K
E
 
K
E
 
E
K
 
G
W
 
W
D
 
D
S
 
N
L
 
L
L
 
L
D
 
S
K
 
K
K
 
Q
V
 
V
S
 
A
D
 
S
T
 
H
V
 
M
K
 
K
Y
 
C
E
 
D
G
 
D
D
 
G
-
 
K
-
 
A
Y
 
Y
V
 
C
A
 
A
V
 
A
P
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
I
H
|
H
R
 
R
V
 
I
N
 
D
W
 
W
L
 
I
W
 
W
I
 
A
N
 
N
P
 
K
E
 
K
V
 
V
F
 
L
K
 
D
K
 
S
A
 
N
G
 
G
I
 
I
T
 
-
K
 
K
N
 
M
P
 
P
T
 
S
T
 
T
L
 
W
Q
 
A
E
 
E
F
 
F
Y
 
N
A
 
A
A
 
A
G
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
N
G
 
G
F
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
L
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
S
Q
 
Q
P
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
S
 
A
T
 
T
V
 
V
F
 
F
E
 
E
A
 
A
V
 
V
V
 
A
L
 
L
S
 
G
V
 
V
M
 
G
G
 
G
A
 
N
D
 
D
G
 
F
Y
 
Y
K
 
R
K
 
K
A
 
A
L
 
F
V
 
V
D
 
D
L
 
L
D
 
D
N
 
A
G
 
A
A
 
T
L
 
L
T
 
G
G
 
G
P
 
S
E
 
T
M
 
M
V
 
T
K
 
K
A
 
V
L
 
F
T
 
D
E
 
Q
L
 
M
K
 
R
K
 
K
V
 
L
A
 
K
T
 
G
Y
 
Y
M
 
T
D
 
D
V
 
A
D
 
G
G
 
S
K
 
P
G
 
G
Q
 
R
D
 
D
W
 
W
N
 
N
L
 
V
E
 
A
A
 
T
G
 
G
K
 
M
V
 
V
I
 
M
N
 
E
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
F
Q
 
Q
I
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
S
 
G
E
 
E
W
 
F
T
 
A
A
 
A
A
 
N
K
 
N
K
 
M
V
 
A
A
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Y
 
Y
E
 
I
C
 
C
V
 
A
A
 
P
F
 
T
P
 
P
G
 
-
T
 
S
D
 
N
K
 
N
A
 
G
F
 
Y
T
 
L
Y
 
Y
N
 
N
I
 
V
D
|
D
S
 
S
L
 
F
A
 
I
V
 
F
F
 
Y
K
 
K
Q
 
V
K
 
K
D
 
G
K
 
K
G
 
D
T
 
K
A
 
V
A
 
E
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
K
D
 
L
I
 
L
A
 
A
K
 
S
V
 
L
V
 
M
L
 
M
G
 
G
E
 
K
N
 
N
F
 
F
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
F
 
F
S
 
N
I
 
I
N
 
Y
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
P
 
P
V
 
A
R
 
R
N
 
L
D
 
D
M
 
V
L
 
-
N
 
-
K
 
S
M
 
M
D
 
D
S
 
E
Y
 
-
G
 
-
F
 
F
D
 
D
S
 
M
C
 
C
A
 
A
Q
 
K
T
 
K
A
 
S
A
 
N
K
 
A
D
 
D
F
 
L
L
 
K
A
 
T
D
 
A
A
 
G
K
 
S
T
 
K
G
 
G
G
 
G
L
 
L
Q
 
L
P
 
P
S
 
S
M
 
F
A
 
A
H
|
H
N
 
G
M
 
M
A
 
A
T
 
L
T
 
R
L
 
L
A
 
A
V
 
Q
Q
 
K
G
 
G
A
 
A
F
 
I
F
 
Q
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
N
 
E
Y
 
H
I
 
F
N
 
N

4r2bA Crystal structure of sugar transporter oant_3817 from ochrobactrum anthropi, target efi-510528, with bound glucose
44% identity, 94% coverage: 27:428/428 of query aligns to 4:395/395 of 4r2bA

query
sites
4r2bA
K
 
K
G
 
Q
T
 
N
V
 
V
E
 
E
V
 
V
V
 
L
H
 
H
W
|
W
W
 
W
T
 
T
S
 
A
G
 
G
G
 
G
E
|
E
K
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
L
D
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
K
A
 
K
Q
 
D
V
 
L
E
 
E
K
 
K
D
 
K
G
 
G
F
 
I
V
 
S
W
 
W
K
 
T
D
 
D
G
 
M
A
 
P
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
|
G
G
|
G
G
 
G
A
 
T
T
 
E
A
 
A
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
K
 
R
S
 
A
R
 
R
A
 
V
V
 
T
A
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
A
P
 
P
G
 
T
V
 
A
A
 
V
Q
 
Q
I
 
M
K
 
L
G
 
G
P
 
F
D
 
D
I
 
I
Q
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
A
S
 
E
T
 
Q
G
 
G
L
 
A
L
 
L
D
 
G
T
 
N
D
 
-
V
 
-
L
 
L
K
 
D
D
 
E
V
 
I
A
 
A
K
 
N
E
 
K
E
 
E
K
 
G
W
 
W
D
 
E
S
 
K
L
 
V
L
 
I
D
 
P
K
 
A
K
 
P
V
 
L
S
 
Q
D
 
E
T
 
F
V
 
A
K
 
K
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
D
 
H
Y
 
W
V
 
I
A
 
A
V
 
A
P
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
V
H
|
H
R
 
S
V
 
T
N
 
N
W
 
W
L
 
M
W
 
W
I
 
I
N
 
N
P
 
K
E
 
A
V
 
A
F
 
L
K
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
-
T
 
G
K
 
K
N
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
N
L
 
W
Q
 
D
E
 
E
F
 
L
Y
 
I
A
 
A
A
 
L
G
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
F
K
 
K
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
F
 
I
I
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
P
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
S
 
A
T
 
T
V
 
I
F
 
F
E
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
L
S
 
S
V
 
-
M
 
F
G
 
G
A
 
T
D
 
D
G
 
F
Y
 
Y
K
 
K
K
 
K
A
 
A
L
 
F
V
 
I
D
 
D
L
 
L
D
 
D
N
 
P
G
 
E
A
 
T
L
 
L
T
 
G
G
 
S
P
 
D
E
 
T
M
 
M
V
 
K
K
 
Q
A
 
A
L
 
F
T
 
D
E
 
R
L
 
M
K
 
T
K
 
K
V
 
L
A
 
R
T
 
S
Y
 
Y
M
 
V
D
 
D
V
 
D
D
 
N
G
 
F
K
 
S
G
 
G
Q
 
R
D
 
D
W
|
W
N
 
N
L
 
L
E
 
A
A
 
S
G
 
A
K
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
E
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
L
Q
 
Q
I
 
F
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
S
 
G
E
 
E
W
 
F
T
 
V
A
 
K
A
 
A
K
 
G
K
 
K
V
 
K
A
 
P
G
 
G
K
 
E
D
 
D
Y
 
F
E
 
V
C
 
C
V
 
M
A
 
R
F
 
Y
P
 
P
G
 
G
T
 
T
D
 
Q
K
 
G
A
 
A
F
 
I
T
 
T
Y
 
F
N
 
N
I
 
S
D
|
D
S
 
M
L
 
F
A
 
A
V
 
M
F
 
F
K
 
K
Q
 
V
K
 
S
D
 
E
K
 
D
G
 
K
T
 
V
A
 
P
A
 
A
G
 
-
Q
 
Q
Q
 
L
D
 
E
I
 
M
A
 
A
K
 
S
V
 
A
V
 
I
L
 
E
G
 
S
E
 
P
N
 
T
F
 
F
Q
 
Q
K
 
S
V
 
A
F
 
F
S
 
N
I
 
V
N
 
V
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
A
R
 
R
N
 
T
D
 
D
M
 
V
L
 
P
N
 
D
K
 
T
M
 
-
D
 
-
S
 
-
Y
 
-
G
 
D
F
 
F
D
 
D
S
 
A
C
 
C
A
 
G
Q
 
K
T
 
K
A
 
A
A
 
I
K
 
A
D
 
D
F
 
E
L
 
K
A
 
E
D
 
A
A
 
S
K
 
E
T
 
K
G
 
G
G
 
T
L
 
M
Q
 
L
P
 
G
S
 
S
M
 
M
A
 
A
H
|
H
N
 
G
M
 
Y
A
 
A
T
 
N
T
 
P
L
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
G
 
N
A
 
A
F
 
I
F
 
Y
D
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
N
 
R
Y
 
Q
I
 
F
N
 
N
D
 
G
P
 
-
K
 
Q
A
 
L
D
 
S
P
 
S
A
 
E
D
 
D
T
 
A
A
 
V
K
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
V
A
 
S
A
 
A
I
 
V
K
 
E
S
 
G
A
 
A
K
 
K

2b3fA Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein bound with galactose (see paper)
30% identity, 82% coverage: 30:380/428 of query aligns to 3:346/392 of 2b3fA

query
sites
2b3fA
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
F
H
 
S
W
|
W
W
|
W
T
 
-
S
 
A
G
 
G
G
 
D
E
|
E
K
 
G
A
 
P
A
 
A
V
 
L
D
 
E
V
 
A
L
 
L
K
 
I
A
 
R
Q
 
L
V
 
Y
E
 
K
K
 
Q
D
 
K
-
 
Y
-
 
P
G
 
G
F
 
V
V
 
E
W
 
V
K
 
I
D
 
N
G
 
A
A
 
T
V
 
V
A
 
T
G
 
G
G
|
G
G
x
A
G
 
G
A
 
V
T
 
N
A
 
A
M
 
R
T
 
A
V
 
V
L
 
L
K
 
K
S
 
T
R
 
R
A
 
M
V
 
L
A
 
G
G
 
G
N
 
D
P
 
P
P
 
P
G
 
D
V
 
T
A
 
F
Q
 
Q
I
 
V
K
x
H
G
 
A
-
 
G
-
 
M
P
 
E
D
 
L
I
 
I
Q
 
G
E
 
T
W
 
W
A
 
V
S
 
V
T
 
A
G
 
N
L
 
R
L
 
M
D
 
E
T
 
D
D
 
-
V
 
-
L
 
L
K
 
S
D
 
A
V
 
L
A
 
F
K
 
R
E
 
Q
E
 
E
K
 
G
W
 
W
D
 
L
S
 
Q
L
 
A
L
 
F
D
 
P
K
 
K
K
 
G
V
 
L
S
 
I
D
 
D
T
 
L
V
 
I
K
 
S
Y
 
Y
E
 
K
G
 
G
D
 
G
Y
 
I
V
 
W
A
 
S
V
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
S
N
 
N
W
 
V
L
 
M
W
 
W
I
 
Y
N
 
L
P
 
P
E
 
A
V
 
K
F
 
L
K
 
K
K
 
G
A
 
W
G
 
G
I
 
V
T
 
N
K
 
P
N
 
-
P
 
P
T
 
R
T
 
T
L
 
W
Q
 
D
E
 
K
F
 
F
Y
 
L
A
 
A
A
 
T
G
 
C
D
 
Q
K
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
F
 
L
-
 
E
I
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
H
 
L
G
 
G
G
 
-
Q
 
E
P
 
N
W
 
W
Q
 
T
D
 
Q
S
 
Q
T
 
H
V
 
L
F
 
W
E
 
E
A
 
S
V
 
V
V
 
A
L
 
L
S
 
A
V
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
P
D
 
D
G
 
D
Y
 
W
K
 
N
K
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
-
D
 
N
L
 
L
D
 
W
N
 
N
G
 
G
A
 
K
L
 
L
-
 
K
-
 
F
T
 
T
G
 
D
P
 
P
E
 
K
M
 
A
V
 
V
K
 
R
A
 
A
L
 
W
T
 
E
E
 
V
L
 
F
K
 
G
K
 
R
V
 
V
A
 
L
T
 
D
Y
 
C
M
 
A
D
 
N
V
 
K
D
 
D
G
 
A
K
 
A
G
 
G
Q
 
L
D
 
S
W
 
W
N
 
Q
L
 
Q
E
 
A
A
 
V
G
 
D
K
 
R
V
 
V
I
 
V
N
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
F
Q
 
N
I
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
A
S
 
G
E
 
Y
W
 
M
T
 
T
A
 
T
A
 
T
K
 
L
K
 
K
V
 
L
-
 
K
A
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
Y
 
F
E
 
A
C
 
W
V
 
A
A
 
P
F
 
S
P
 
P
G
 
G
T
 
T
D
 
Q
K
 
G
A
 
V
F
 
F
T
 
M
Y
 
M
N
 
L
I
 
S
D
|
D
S
 
S
L
 
F
A
 
G
V
 
L
F
 
-
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
D
 
P
K
 
K
G
 
G
T
 
A
A
 
K
A
 
N
G
 
R
Q
 
Q
Q
 
N
D
 
A
I
 
I
-
 
N
-
 
W
A
 
L
K
 
R
V
 
L
V
 
V
L
 
G
G
 
S
E
 
K
N
 
E
F
 
G
Q
 
Q
K
 
D
V
 
T
F
 
S
S
 
N
I
 
P
N
 
L
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
P
 
A
V
 
A
R
 
R
N
 
L
D
 
D
M
 
-
L
 
-
N
 
-
K
 
-
M
 
S
D
 
D
S
 
P
Y
 
S
G
 
K
F
 
Y
D
 
N
S
 
A
C
 
Y
A
 
G
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
A
 
M
K
 
R
D
 
D
F
 
W
L
 
R
A
 
S
D
 
N
A
 
R
K
 
I
T
 
V
G
 
G
G
 
S
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2b3bC Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein with bound glucose (see paper)
30% identity, 82% coverage: 30:380/428 of query aligns to 3:346/392 of 2b3bC

query
sites
2b3bC
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
F
H
 
S
W
|
W
W
 
W
T
 
-
S
 
A
G
 
G
G
 
D
E
|
E
K
 
G
A
 
P
A
 
A
V
 
L
D
 
E
V
 
A
L
 
L
K
 
I
A
 
R
Q
 
L
V
 
Y
E
 
K
K
 
Q
D
 
K
-
 
Y
-
 
P
G
 
G
F
 
V
V
 
E
W
 
V
K
 
I
D
 
N
G
 
A
A
 
T
V
 
V
A
 
T
G
 
G
G
 
G
G
x
A
G
 
G
A
 
V
T
 
N
A
 
A
M
 
R
T
 
A
V
 
V
L
 
L
K
 
K
S
 
T
R
 
R
A
 
M
V
 
L
A
 
G
G
 
G
N
 
D
P
 
P
P
 
P
G
 
D
V
 
T
A
 
F
Q
 
Q
I
 
V
K
x
H
G
 
A
-
 
G
-
 
M
P
 
E
D
 
L
I
 
I
Q
 
G
E
 
T
W
 
W
A
 
V
S
 
V
T
 
A
G
 
N
L
 
R
L
 
M
D
 
E
T
 
D
D
 
-
V
 
-
L
 
L
K
 
S
D
 
A
V
 
L
A
 
F
K
 
R
E
 
Q
E
 
E
K
 
G
W
 
W
D
 
L
S
 
Q
L
 
A
L
 
F
D
 
P
K
 
K
K
 
G
V
 
L
S
 
I
D
 
D
T
 
L
V
 
I
K
 
S
Y
 
Y
E
 
K
G
 
G
D
 
G
Y
 
I
V
 
W
A
 
S
V
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
S
N
 
N
W
 
V
L
 
M
W
 
W
I
 
Y
N
 
L
P
 
P
E
 
A
V
 
K
F
 
L
K
 
K
K
 
G
A
 
W
G
 
G
I
 
V
T
 
N
K
 
P
N
 
-
P
 
P
T
 
R
T
 
T
L
 
W
Q
 
D
E
 
K
F
 
F
Y
 
L
A
 
A
A
 
T
G
 
C
D
 
Q
K
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
F
 
L
-
 
E
I
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
H
 
L
G
 
G
G
 
-
Q
 
E
P
 
N
W
 
W
Q
 
T
D
 
Q
S
 
Q
T
 
H
V
 
L
F
 
W
E
 
E
A
 
S
V
 
V
V
 
A
L
 
L
S
 
A
V
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
P
D
 
D
G
 
D
Y
 
W
K
 
N
K
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
-
D
 
N
L
 
L
D
 
W
N
 
N
G
 
G
A
 
K
L
 
L
-
 
K
-
 
F
T
 
T
G
 
D
P
 
P
E
 
K
M
 
A
V
 
V
K
 
R
A
 
A
L
 
W
T
 
E
E
 
V
L
 
F
K
 
G
K
 
R
V
 
V
A
 
L
T
 
D
Y
 
C
M
 
A
D
 
N
V
 
K
D
 
D
G
 
A
K
 
A
G
 
G
Q
 
L
D
 
S
W
 
W
N
 
Q
L
 
Q
E
 
A
A
 
V
G
 
D
K
 
R
V
 
V
I
 
V
N
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
F
Q
 
N
I
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
A
S
 
G
E
 
Y
W
 
M
T
 
T
A
 
T
A
 
T
K
 
L
K
 
K
V
 
L
-
 
K
A
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
Y
 
F
E
 
A
C
 
W
V
 
A
A
 
P
F
 
S
P
 
P
G
 
G
T
 
T
D
 
Q
K
 
G
A
 
V
F
 
F
T
 
M
Y
 
M
N
 
L
I
 
S
D
|
D
S
 
S
L
 
F
A
 
G
V
 
L
F
 
-
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
D
 
P
K
 
K
G
 
G
T
 
A
A
 
K
A
 
N
G
 
R
Q
 
Q
Q
 
N
D
 
A
I
 
I
-
 
N
-
 
W
A
 
L
K
 
R
V
 
L
V
 
V
L
 
G
G
 
S
E
 
K
N
 
E
F
 
G
Q
 
Q
K
 
D
V
 
T
F
 
S
S
 
N
I
 
P
N
 
L
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
P
 
A
V
 
A
R
 
R
N
 
L
D
 
D
M
 
-
L
 
-
N
 
-
K
 
-
M
 
S
D
 
D
S
 
P
Y
 
S
G
 
K
F
 
Y
D
 
N
S
 
A
C
 
Y
A
 
G
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
A
 
M
K
 
R
D
 
D
F
 
W
L
 
R
A
 
S
D
 
N
A
 
R
K
 
I
T
 
V
G
 
G
G
 
S
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2b3bA Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein with bound glucose (see paper)
30% identity, 82% coverage: 30:380/428 of query aligns to 3:346/392 of 2b3bA

query
sites
2b3bA
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
F
H
 
S
W
|
W
W
|
W
T
 
-
S
 
A
G
 
G
G
 
D
E
|
E
K
 
G
A
 
P
A
 
A
V
 
L
D
 
E
V
 
A
L
 
L
K
 
I
A
 
R
Q
 
L
V
 
Y
E
 
K
K
 
Q
D
 
K
-
 
Y
-
 
P
G
 
G
F
 
V
V
 
E
W
 
V
K
 
I
D
 
N
G
 
A
A
 
T
V
 
V
A
 
T
G
 
G
G
 
G
G
x
A
G
 
G
A
 
V
T
 
N
A
 
A
M
 
R
T
 
A
V
 
V
L
 
L
K
 
K
S
 
T
R
 
R
A
 
M
V
 
L
A
 
G
G
 
G
N
 
D
P
 
P
P
 
P
G
 
D
V
 
T
A
 
F
Q
 
Q
I
 
V
K
x
H
G
 
A
-
 
G
-
 
M
P
 
E
D
 
L
I
 
I
Q
 
G
E
 
T
W
 
W
A
 
V
S
 
V
T
 
A
G
 
N
L
 
R
L
 
M
D
 
E
T
 
D
D
 
-
V
 
-
L
 
L
K
 
S
D
 
A
V
 
L
A
 
F
K
 
R
E
 
Q
E
 
E
K
 
G
W
 
W
D
 
L
S
 
Q
L
 
A
L
 
F
D
 
P
K
 
K
K
 
G
V
 
L
S
 
I
D
 
D
T
 
L
V
 
I
K
 
S
Y
 
Y
E
 
K
G
 
G
D
 
G
Y
 
I
V
 
W
A
 
S
V
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
S
N
 
N
W
 
V
L
 
M
W
 
W
I
 
Y
N
 
L
P
 
P
E
 
A
V
 
K
F
 
L
K
 
K
K
 
G
A
 
W
G
 
G
I
 
V
T
 
N
K
 
P
N
 
-
P
 
P
T
 
R
T
 
T
L
 
W
Q
 
D
E
 
K
F
 
F
Y
 
L
A
 
A
A
 
T
G
 
C
D
 
Q
K
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
F
 
L
-
 
E
I
 
A
P
 
P
L
 
L
A
 
A
H
 
L
G
 
G
G
 
-
Q
 
E
P
 
N
W
 
W
Q
 
T
D
 
Q
S
 
Q
T
 
H
V
 
L
F
 
W
E
 
E
A
 
S
V
 
V
V
 
A
L
 
L
S
 
A
V
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
P
D
 
D
G
 
D
Y
 
W
K
 
N
K
 
-
A
 
-
L
 
-
V
 
-
D
 
N
L
 
L
D
 
W
N
 
N
G
 
G
A
 
K
L
 
L
-
 
K
-
 
F
T
 
T
G
 
D
P
 
P
E
 
K
M
 
A
V
 
V
K
 
R
A
 
A
L
 
W
T
 
E
E
 
V
L
 
F
K
 
G
K
 
R
V
 
V
A
 
L
T
 
D
Y
 
C
M
 
A
D
 
N
V
 
K
D
 
D
G
 
A
K
 
A
G
 
G
Q
 
L
D
 
S
W
 
W
N
 
Q
L
 
Q
E
 
A
A
 
V
G
 
D
K
 
R
V
 
V
I
 
V
N
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
F
Q
 
N
I
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
A
S
 
G
E
 
Y
W
 
M
T
 
T
A
 
T
A
 
T
K
 
L
K
 
K
V
 
L
-
 
K
A
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
Y
 
F
E
 
A
C
 
W
V
 
A
A
 
P
F
 
S
P
 
P
G
 
G
T
 
T
D
 
Q
K
 
G
A
 
V
F
 
F
T
 
M
Y
 
M
N
 
L
I
 
S
D
|
D
S
 
S
L
 
F
A
 
G
V
 
L
F
 
-
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
D
 
P
K
 
K
G
 
G
T
 
A
A
 
K
A
 
N
G
 
R
Q
 
Q
Q
 
N
D
 
A
I
 
I
-
 
N
-
 
W
A
 
L
K
 
R
V
 
L
V
 
V
L
 
G
G
 
S
E
 
K
N
 
E
F
 
G
Q
 
Q
K
 
D
V
 
T
F
 
S
S
 
N
I
 
P
N
 
L
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
P
 
A
V
 
A
R
 
R
N
 
L
D
 
D
M
 
-
L
 
-
N
 
-
K
 
-
M
 
S
D
 
D
S
 
P
Y
 
S
G
 
K
F
 
Y
D
 
N
S
 
A
C
 
Y
A
 
G
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
A
 
M
K
 
R
D
 
D
F
 
W
L
 
R
A
 
S
D
 
N
A
 
R
K
 
I
T
 
V
G
 
G
G
 
S
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4c1tA Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. Lactis bl-04 in complex with arabinoxylotriose (see paper)
31% identity, 35% coverage: 123:273/428 of query aligns to 84:248/396 of 4c1tA

query
sites
4c1tA
L
 
L
D
 
T
K
 
D
K
 
K
V
 
I
S
 
S
D
 
D
T
 
T
V
 
V
K
 
K
-
 
T
-
 
D
-
 
M
-
 
K
-
 
T
-
 
T
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
T
Y
 
F
E
 
D
G
 
G
D
 
K
Y
 
V
V
 
Y
A
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
S
I
 
V
H
 
E
R
 
P
V
 
G
N
 
G
W
 
-
L
 
M
W
 
W
I
 
Y
N
 
S
P
 
K
E
 
D
V
 
L
F
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
V
T
 
S
K
 
D
N
 
V
P
 
P
T
 
A
T
 
T
L
 
Y
Q
 
E
E
 
E
F
 
L
Y
 
L
A
 
A
A
 
D
G
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
D
A
 
S
G
 
G
F
 
T
I
 
D
P
 
A
L
 
I
A
 
A
H
 
L
G
 
G
G
 
A
Q
 
K
-
 
D
P
 
A
W
|
W
Q
 
P
D
 
A
S
 
A
T
x
H
V
 
W
F
 
Y
E
 
Y
A
 
W
V
 
L
V
 
V
L
 
L
S
 
R
V
 
E
M
 
C
G
 
S
A
 
P
D
 
E
G
 
V
Y
 
Y
K
 
D
K
 
K
A
 
S
L
 
V
V
 
Q
D
 
D
L
 
H
D
 
D
N
 
F
G
 
S
A
 
N
L
 
A
T
 
C
G
 
W
P
 
V
E
 
N
M
 
A
V
 
G
K
 
K
A
 
K
L
 
L
T
 
Q
E
 
E
L
 
L
K
 
K
K
 
D
V
 
L
A
 
K
T
 
V
Y
 
F
M
 
N
D
 
D
-
 
G
-
 
F
-
 
L
V
 
T
D
 
T
G
 
T
K
 
A
G
x
Q
Q
 
Q
D
 
G
W
 
A
N
 
N
L
 
S
E
 
S
A
 
A
G
 
G
K
 
L
V
 
L
I
 
A
N
 
N
G
 
H
K
 
K
A
 
A
G
 
A
M
 
M
Q
 
E
I
 
L
M
 
M
G
 
G
D
 
A
W
|
W

Sites not aligning to the query:

7ehqA Chitin oligosaccharide binding protein (see paper)
29% identity, 47% coverage: 76:276/428 of query aligns to 55:254/406 of 7ehqA

query
sites
7ehqA
L
 
L
K
 
K
S
 
A
R
 
E
A
 
M
V
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
K
P
 
P
P
 
P
G
 
Q
V
 
I
A
 
F
Q
 
N
I
 
L
-
x
F
K
 
G
G
 
G
P
 
A
D
 
D
I
 
T
Q
 
Q
E
 
N
W
 
Y
A
 
A
S
 
K
T
 
A
G
 
G
L
 
H
L
 
L
D
 
L
-
 
P
-
 
L
T
 
N
D
 
D
V
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
E
V
 
L
A
 
G
K
 
L
E
 
E
E
 
D
K
 
K
W
 
F
D
 
F
S
 
E
L
 
L
L
 
R
D
 
E
K
 
F
K
 
T
V
 
V
S
 
-
D
 
-
T
 
-
V
 
-
K
 
-
Y
 
-
E
 
D
G
 
G
D
 
K
Y
 
I
V
 
Y
A
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
-
N
 
E
I
 
A
H
 
G
R
x
F
V
 
V
N
 
E
W
 
G
L
 
F
W
 
Y
I
 
Y
N
 
N
P
 
T
E
 
K
V
 
L
F
 
F
K
 
A
K
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
T
 
T
K
 
S
N
 
A
P
 
P
T
 
K
T
 
T
L
 
W
Q
 
D
E
 
E
F
 
F
Y
 
T
A
 
K
A
 
A
G
 
L
D
 
E
K
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
N
F
 
I
I
 
T
P
 
P
L
 
I
A
 
A
H
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
G
P
 
S
-
 
G
-
 
D
-
 
G
W
|
W
Q
 
A
D
 
I
S
 
N
T
 
M
V
 
L
F
 
A
E
 
N
A
 
S
V
 
L
V
 
F
L
 
V
S
 
A
V
 
T
M
 
A
G
 
G
A
 
P
-
 
E
-
 
A
-
 
Q
D
 
E
G
 
G
Y
 
F
K
 
A
K
 
K
A
 
G
L
 
T
V
 
T
D
 
K
-
 
W
L
 
T
D
 
D
N
 
P
G
 
A
A
 
V
L
 
L
T
 
D
G
 
G
P
 
F
E
 
K
M
 
R
V
 
L
K
 
K
A
 
D
L
 
L
T
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
-
K
 
K
V
 
D
A
 
K
T
 
G
Y
 
Y
M
 
I
D
 
D
V
 
P
D
 
N
G
 
V
K
 
L
G
 
G
Q
 
L
D
 
K
W
 
Y
N
 
S
L
 
E
E
 
G
A
 
Q
G
 
A
K
 
K
V
 
F
I
 
Y
N
 
T
G
 
G
K
 
Q
A
 
A
G
 
A
M
 
M
Q
 
L
I
 
F
M
 
D
G
 
G
D
 
S
W
|
W
A
 
A
K
 
T
S
 
S

Sites not aligning to the query:

7c0oB Crystal structure of a dinucleotide-binding protein (y56f) of abc transporter endogenously bound to uridylyl-3'-5'-phospho-guanosine (see paper)
25% identity, 95% coverage: 23:428/428 of query aligns to 11:397/397 of 7c0oB

query
sites
7c0oB
A
 
C
A
 
A
D
 
R
S
 
A
K
 
K
G
 
V
T
 
V
V
 
A
E
 
E
V
 
L
V
 
W
H
 
H
W
 
G
W
 
F
T
 
T
S
 
G
G
 
G
G
 
A
E
 
P
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
L
D
 
E
V
 
N
L
 
L
K
 
V
A
 
V
Q
 
E
V
 
F
E
 
N
K
 
K
D
 
A
G
 
Q
F
 
Q
V
 
G
W
 
R
K
 
C
D
 
V
G
 
R
A
 
P
V
 
V
A
 
P
G
 
Q
G
 
G
G
 
G
G
x
F
A
 
R
T
 
D
A
 
L
M
 
S
T
 
T
V
 
K
L
 
I
K
 
K
S
 
A
R
 
A
A
 
F
V
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
K
P
 
V
P
 
P
G
 
T
V
 
M
A
 
A
Q
 
Q
I
 
A
K
x
F
G
 
E
P
x
N
D
 
N
I
 
I
Q
 
A
E
 
L
W
 
Y
A
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
E
T
 
A
D
 
K
V
 
A
L
 
L
K
 
L
D
 
P
V
 
I
A
 
E
K
 
S
E
 
L
E
 
G
K
 
V
W
 
K
D
 
L
S
 
Q
L
 
G
L
 
V
D
 
N
K
 
L
K
 
T
V
 
F
S
 
L
D
 
N
T
 
A
V
 
V
K
 
R
Y
 
F
E
 
G
G
 
G
D
 
V
Y
 
V
V
 
Y
A
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
F
N
 
N
I
 
-
H
 
K
R
x
S
V
 
I
N
 
Q
W
 
V
L
 
L
W
 
Y
I
 
Y
N
 
N
P
 
K
E
 
D
V
 
L
F
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
H
G
 
G
I
 
V
T
 
P
K
 
V
N
 
-
P
 
P
T
 
A
T
 
T
L
 
L
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
Y
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
S
A
 
R
A
 
A
G
 
E
F
 
G
I
 
G
P
 
P
L
 
V
A
 
-
H
 
Y
G
 
W
G
 
F
Q
 
Q
P
 
P
W
 
-
Q
 
-
D
 
D
S
 
A
T
 
S
V
 
T
F
 
F
E
 
A
A
 
Y
V
 
F
V
 
F
L
 
F
S
x
N
V
x
L
M
 
G
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
G
 
L
Y
 
K
K
 
D
K
 
G
A
 
K
L
 
L
V
 
V
D
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
L
T
 
N
G
 
S
P
 
K
E
 
E
M
 
A
V
 
V
K
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
T
E
 
L
L
 
L
K
 
Q
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
-
Y
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
N
G
 
G
K
 
V
G
 
K
Q
 
E
D
 
G
W
 
W
N
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
A
G
 
K
K
 
P
V
 
I
I
 
T
N
 
S
G
 
G
K
x
Y
A
 
I
G
x
N
M
 
Q
Q
 
N
I
 
L
-
 
G
M
 
S
G
 
G
D
 
P
W
 
Y
A
 
A
K
 
F
S
 
S
E
 
V
-
 
D
-
x
T
-
 
S
-
x
A
-
 
G
W
 
Y
T
 
T
A
x
Y
A
 
Y
K
 
L
K
 
R
V
 
A
A
 
A
G
 
K
K
 
F
D
 
D
Y
 
L
E
 
G
C
 
V
V
 
A
A
 
T
F
 
L
P
 
P
G
 
G
T
x
R
D
 
T
K
 
K
A
 
G
F
 
Q
T
 
P
-
 
G
Y
 
Y
N
 
G
I
 
L
-
 
V
-
x
Q
-
x
G
D
 
T
S
 
N
L
 
L
A
 
V
V
 
V
F
 
F
K
 
R
Q
 
Q
K
 
A
D
 
S
K
 
K
G
 
E
T
 
E
A
 
Q
A
 
A
G
 
V
Q
 
A
Q
 
K
D
 
D
I
 
F
A
 
L
K
 
E
V
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
S
E
 
P
N
 
R
F
 
A
Q
 
Q
K
 
A
V
 
V
F
 
F
S
 
A
I
 
T
N
 
A
K
 
T
G
 
G
S
x
Y
I
 
V
P
 
P
V
 
V
R
 
T
N
 
E
D
 
G
M
 
A
L
 
L
N
 
-
K
 
K
M
 
D
D
 
P
S
 
V
Y
 
Y
G
 
Q
F
 
A
D
 
Y
S
 
A
C
 
A
A
 
E
Q
 
N
T
 
P
A
 
D
A
 
Y
K
 
A
D
 
T
F
 
I
L
 
V
A
 
R
D
 
Q
A
 
S
K
 
R
T
 
Y
G
 
A
G
 
K
L
 
F
Q
 
E
P
 
P
S
 
A
M
 
L
A
 
A
H
 
E
N
 
W
M
x
E
A
 
Q
T
 
I
T
x
R
L
x
F
A
 
D
V
 
I
Q
 
L
G
 
G
-
 
Q
A
 
A
F
 
I
F
 
K
D
 
E
V
 
A
V
 
I
T
 
L
N
 
N
Y
 
-
I
 
-
N
 
-
D
 
-
P
 
-
K
 
K
A
 
A
D
 
D
P
 
P
-
 
K
-
 
A
-
 
A
A
 
L
D
 
D
T
 
R
A
 
A
K
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
A
A
 
E
A
 
D
I
 
L
K
 
L
S
 
S
A
 
S
K
 
R

7c0kB Crystal structure of a dinucleotide-binding protein of abc transporter endogenously bound to uridylyl-3'-5'-phospho-guanosine (form ii) (see paper)
26% identity, 77% coverage: 23:352/428 of query aligns to 12:324/397 of 7c0kB

query
sites
7c0kB
A
 
C
A
 
A
D
 
R
S
 
A
K
 
K
G
 
V
T
 
V
V
 
A
E
 
E
V
 
L
V
 
W
H
 
H
W
 
G
W
 
F
T
 
T
S
 
G
G
 
G
G
 
A
E
 
P
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
L
D
 
E
V
 
N
L
 
L
K
 
V
A
 
V
Q
x
E
V
 
F
E
 
N
K
 
K
D
x
A
G
 
Q
F
 
Q
V
 
G
W
 
R
K
 
C
D
 
V
G
 
R
A
 
P
V
 
V
A
 
P
G
 
Q
G
 
G
G
 
G
G
x
Y
A
 
R
T
 
D
A
 
L
M
 
S
T
 
T
V
 
K
L
 
I
K
 
K
S
 
A
R
 
A
A
 
F
V
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
K
P
 
V
P
 
P
G
 
T
V
 
M
A
 
A
Q
 
Q
I
 
A
K
x
F
G
 
E
P
x
N
D
 
N
I
 
I
Q
 
A
E
 
L
W
 
Y
A
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
E
T
 
A
D
 
K
V
 
A
L
 
L
K
 
L
D
 
P
V
 
I
A
 
E
K
 
S
E
 
L
E
 
G
K
 
V
W
 
K
D
 
L
S
 
Q
L
 
G
L
 
V
D
 
N
K
 
L
K
 
T
V
 
F
S
 
L
D
 
N
T
 
A
V
 
V
K
 
R
Y
 
F
E
 
G
G
 
G
D
 
V
Y
 
V
V
 
Y
A
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
F
N
 
N
I
 
-
H
 
K
R
x
S
V
 
I
N
 
Q
W
 
V
L
 
L
W
 
Y
I
 
Y
N
 
N
P
 
K
E
 
D
V
 
L
F
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
H
G
 
G
I
 
V
T
 
P
K
 
V
N
 
-
P
 
P
T
 
A
T
 
T
L
 
L
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
Y
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
S
A
 
R
A
 
A
G
 
E
F
 
G
I
 
G
P
 
P
L
 
V
A
 
-
H
 
Y
G
 
W
G
 
F
Q
 
Q
P
 
P
W
 
-
Q
 
-
D
 
D
S
 
A
T
 
S
V
 
T
F
 
F
E
 
A
A
 
Y
V
 
F
V
 
F
L
 
F
S
 
N
V
 
L
M
 
G
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
G
 
L
Y
 
K
K
 
D
K
 
G
A
 
K
L
 
L
V
 
V
D
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
L
T
 
N
G
 
S
P
 
K
E
 
E
M
 
A
V
 
V
K
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
T
E
 
L
L
 
L
K
 
Q
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
-
Y
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
N
G
 
G
K
 
V
G
 
K
Q
 
E
D
 
G
W
 
W
N
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
A
G
 
K
K
 
P
V
 
I
I
 
T
N
 
S
G
 
G
K
x
Y
A
 
I
G
x
N
M
 
Q
Q
 
N
I
 
L
-
 
G
M
 
S
G
 
G
D
 
P
W
 
Y
A
 
A
K
 
F
S
 
S
E
 
V
-
 
D
-
x
T
-
 
S
-
 
A
-
 
G
W
 
Y
T
 
T
A
x
Y
A
 
Y
K
 
L
K
 
R
V
 
A
A
 
A
G
 
K
K
 
F
D
 
D
Y
 
L
E
 
G
C
 
V
V
 
A
A
 
T
F
 
L
P
 
P
G
 
G
T
 
R
D
 
T
K
 
K
A
 
G
F
 
Q
T
 
P
-
 
G
Y
 
Y
N
 
G
I
 
L
-
 
V
-
x
Q
-
x
G
D
 
T
S
 
N
L
 
L
A
 
V
V
 
V
F
 
F
K
 
R
Q
 
Q
K
 
A
D
 
S
K
 
K
G
 
E
T
 
E
A
 
Q
A
 
A
G
 
V
Q
 
A
Q
 
K
D
 
D
I
 
F
A
 
L
K
 
E
V
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
S
E
 
P
N
 
R
F
 
A
Q
 
Q
K
 
A
V
 
V
F
 
F
S
 
A
I
 
T
N
 
A
K
 
T
G
 
G
S
x
Y
I
 
V
P
 
P
V
 
V
R
 
T
N
 
E
D
 
G
M
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7c0kA Crystal structure of a dinucleotide-binding protein of abc transporter endogenously bound to uridylyl-3'-5'-phospho-guanosine (form ii) (see paper)
26% identity, 77% coverage: 23:352/428 of query aligns to 11:323/396 of 7c0kA

query
sites
7c0kA
A
 
C
A
 
A
D
 
R
S
 
A
K
 
K
G
 
V
T
 
V
V
 
A
E
 
E
V
 
L
V
 
W
H
 
H
W
 
G
W
 
F
T
 
T
S
x
G
G
|
G
G
 
A
E
 
P
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
L
D
 
E
V
 
N
L
 
L
K
 
V
A
 
V
Q
 
E
V
 
F
E
 
N
K
 
K
D
 
A
G
 
Q
F
 
Q
V
 
G
W
 
R
K
 
C
D
 
V
G
 
R
A
 
P
V
 
V
A
 
P
G
 
Q
G
 
G
G
 
G
G
x
Y
A
x
R
T
 
D
A
 
L
M
 
S
T
 
T
V
 
K
L
 
I
K
 
K
S
 
A
R
 
A
A
 
F
V
 
A
A
 
A
G
 
G
N
 
K
P
 
V
P
 
P
G
 
T
V
 
M
A
 
A
Q
 
Q
I
 
A
K
x
F
G
 
E
P
x
N
D
 
N
I
 
I
Q
 
A
E
 
L
W
 
Y
A
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
-
L
 
-
L
 
L
D
 
E
T
 
A
D
 
K
V
 
A
L
 
L
K
 
L
D
 
P
V
 
I
A
 
E
K
 
S
E
 
L
E
 
G
K
 
V
W
 
K
D
 
L
S
 
Q
L
 
G
L
 
V
D
 
N
K
 
L
K
 
T
V
 
F
S
 
L
D
 
N
T
 
A
V
 
V
K
 
R
Y
 
F
E
 
G
G
 
G
D
 
V
Y
 
V
V
 
Y
A
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
F
N
 
N
I
 
-
H
 
K
R
x
S
V
 
I
N
 
Q
W
 
V
L
 
L
W
 
Y
I
 
Y
N
 
N
P
x
K
E
 
D
V
 
L
F
 
L
K
|
K
K
 
K
A
 
H
G
 
G
I
 
V
T
 
P
K
 
V
N
 
-
P
 
P
T
 
A
T
 
T
L
 
L
Q
 
E
E
 
E
F
 
F
Y
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
S
A
 
R
A
 
A
G
 
E
F
 
G
I
 
G
P
 
P
L
 
V
A
 
-
H
 
Y
G
 
W
G
 
F
Q
 
Q
P
 
P
W
 
-
Q
 
-
D
 
D
S
 
A
T
 
S
V
 
T
F
 
F
E
 
A
A
 
Y
V
 
F
V
 
F
L
 
F
S
 
N
V
 
L
M
 
G
G
 
G
A
 
S
D
 
Y
G
 
L
Y
 
K
K
 
D
K
 
G
A
 
K
L
 
L
V
 
V
D
 
-
L
 
-
D
 
-
N
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
L
T
 
N
G
 
S
P
 
K
E
 
E
M
 
A
V
 
V
K
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
T
E
 
L
L
 
L
K
 
Q
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
-
Y
 
-
M
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
N
G
 
G
K
 
V
G
 
K
Q
 
E
D
 
G
W
 
W
N
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
A
G
 
K
K
 
P
V
 
I
I
 
T
N
 
S
G
 
G
K
x
Y
A
 
I
G
x
N
M
 
Q
Q
 
N
I
 
L
-
 
G
M
 
S
G
 
G
D
 
P
W
 
Y
A
 
A
K
 
F
S
 
S
E
 
V
-
 
D
-
x
T
-
 
S
-
x
A
-
 
G
W
 
Y
T
 
T
A
x
Y
A
 
Y
K
 
L
K
 
R
V
 
A
A
 
A
G
 
K
K
 
F
D
 
D
Y
 
L
E
 
G
C
 
V
V
 
A
A
 
T
F
 
L
P
 
P
G
 
G
T
 
R
D
 
T
K
 
K
A
 
G
F
 
Q
T
 
P
-
 
G
Y
 
Y
N
 
G
I
 
L
-
 
V
-
x
Q
-
x
G
D
 
T
S
 
N
L
 
L
A
 
V
V
 
V
F
 
F
K
 
R
Q
 
Q
K
 
A
D
 
S
K
 
K
G
 
E
T
 
E
A
 
Q
A
 
A
G
 
V
Q
 
A
Q
 
K
D
 
D
I
 
F
A
 
L
K
 
E
V
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
S
E
 
P
N
 
R
F
 
A
Q
 
Q
K
 
A
V
 
V
F
 
F
S
 
A
I
 
T
N
 
A
K
 
T
G
 
G
S
x
Y
I
 
V
P
 
P
V
 
V
R
 
T
N
 
E
D
 
G
M
 
A
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3oo6A Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose (see paper)
25% identity, 52% coverage: 78:301/428 of query aligns to 50:266/390 of 3oo6A

query
sites
3oo6A
S
 
S
R
 
N
A
 
Y
V
 
L
A
 
Q
G
 
G
N
 
T
P
 
P
P
 
D
G
 
S
V
 
L
A
 
A
Q
 
T
-
 
W
I
 
F
K
 
A
G
 
G
P
 
Y
D
x
R
I
 
L
Q
 
Q
E
 
F
W
 
F
A
 
A
S
 
A
T
 
Q
G
 
G
L
 
L
L
 
L
D
 
T
T
 
P
D
 
-
V
 
-
L
 
I
K
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
-
K
 
-
E
 
-
E
 
-
K
 
-
W
 
W
D
 
D
-
 
K
-
 
I
-
 
G
-
 
G
S
 
T
L
 
F
L
 
N
D
 
D
K
 
A
K
 
A
V
 
K
S
 
S
D
 
L
T
 
S
V
 
K
K
 
G
Y
 
L
E
 
D
G
 
G
D
 
H
Y
 
Y
V
 
Y
A
 
L
V
 
V
P
 
P
V
 
L
N
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
-
V
 
Y
N
 
N
W
x
Y
L
 
P
W
|
W
I
 
V
-
 
V
-
 
F
-
 
Y
N
 
N
P
 
K
E
 
S
V
 
V
F
 
F
K
 
Q
K
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
Y
T
 
-
K
 
E
N
 
V
P
 
P
T
 
A
T
 
S
L
 
W
Q
 
E
E
 
A
F
 
F
Y
 
I
A
 
A
A
 
L
G
 
A
D
 
R
K
 
K
L
 
M
K
 
Q
A
 
S
A
 
D
G
 
G
F
 
L
I
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
A
H
 
F
G
 
A
G
 
D
Q
 
K
P
 
D
-
 
G
W
|
W
Q
 
P
D
 
A
S
 
L
T
 
G
V
 
T
F
 
F
E
 
D
A
 
I
V
 
L
V
 
N
L
 
L
S
 
R
V
 
I
M
 
N
G
 
G
A
 
Y
D
 
D
G
 
Y
Y
 
H
K
 
I
K
 
K
A
 
L
L
 
M
V
 
K
D
 
H
L
 
-
D
 
-
N
 
E
G
 
V
A
 
P
L
 
W
T
 
T
G
 
D
P
 
P
E
 
G
M
 
V
V
 
T
K
 
K
A
 
V
L
 
F
T
 
D
E
 
Q
L
 
W
K
 
R
K
 
E
V
 
L
A
 
A
T
 
A
Y
 
Y
M
 
Q
D
 
Q
V
 
K
D
 
G
G
 
A
K
 
N
G
 
G
Q
 
R
D
 
T
W
 
W
N
 
Q
L
 
D
E
 
A
A
 
A
G
 
K
K
 
A
V
 
L
I
 
E
N
 
N
G
 
K
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
M
I
 
F
M
 
Q
G
 
G
D
 
S
W
 
N
A
 
Q
K
 
V
S
 
A
E
 
A
W
 
N
T
 
Y
A
 
S
A
 
A
K
 
K
K
 
N
V
 
L
A
 
-
G
 
-
K
 
P
D
 
D
Y
 
L
E
 
D
C
 
F
V
 
F
A
 
V
F
 
F
P
 
P
G
 
A
T
 
I
D
 
N
K
 
P
A
 
Q
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF4324 PS417_22145 sugar ABC transporter substrate-binding protein
MNAINRLAVAISIASLFPLSAFAADSKGTVEVVHWWTSGGEKAAVDVLKAQVEKDGFVWK
DGAVAGGGGATAMTVLKSRAVAGNPPGVAQIKGPDIQEWASTGLLDTDVLKDVAKEEKWD
SLLDKKVSDTVKYEGDYVAVPVNIHRVNWLWINPEVFKKAGITKNPTTLQEFYAAGDKLK
AAGFIPLAHGGQPWQDSTVFEAVVLSVMGADGYKKALVDLDNGALTGPEMVKALTELKKV
ATYMDVDGKGQDWNLEAGKVINGKAGMQIMGDWAKSEWTAAKKVAGKDYECVAFPGTDKA
FTYNIDSLAVFKQKDKGTAAGQQDIAKVVLGENFQKVFSINKGSIPVRNDMLNKMDSYGF
DSCAQTAAKDFLADAKTGGLQPSMAHNMATTLAVQGAFFDVVTNYINDPKADPADTAKKL
GAAIKSAK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory