SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF4431 PS417_22685 glucokinase to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

1sz2B Crystal structure of e. Coli glucokinase in complex with glucose (see paper)
40% identity, 99% coverage: 2:317/318 of query aligns to 2:316/320 of 1sz2B

query
sites
1sz2B
K
 
K
L
 
Y
A
 
A
L
 
L
V
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
V
G
 
G
G
 
G
T
 
T
N
 
N
A
 
A
R
 
R
F
 
L
A
 
A
L
 
L
W
 
C
R
 
D
-
 
I
-
 
A
D
 
S
Q
 
G
E
 
E
L
 
I
H
 
S
S
 
Q
I
 
A
R
 
K
V
 
T
H
 
Y
A
 
S
T
 
G
A
 
L
D
 
D
H
 
Y
S
 
P
S
 
S
P
 
L
E
 
E
D
 
A
A
 
V
I
 
I
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
K
 
E
E
 
E
E
 
H
G
 
K
L
 
V
E
 
E
I
 
V
G
 
K
D
 
D
I
 
-
G
 
-
A
 
-
V
 
G
C
 
C
L
 
I
S
 
A
V
 
I
A
 
A
G
x
C
P
|
P
V
 
I
S
 
T
G
 
G
D
 
D
E
 
W
F
 
V
K
 
A
F
 
M
T
 
T
N
 
N
N
 
H
H
 
T
W
 
W
R
 
A
L
 
F
S
 
S
K
 
I
T
 
A
A
 
E
F
 
M
C
 
K
K
 
K
T
 
N
L
 
L
Q
 
G
V
 
F
D
 
S
E
 
H
L
 
L
L
 
E
L
 
I
V
 
I
N
|
N
D
|
D
F
|
F
S
 
T
A
 
A
M
 
V
A
 
S
L
 
M
G
 
A
M
 
I
T
 
P
R
 
M
L
 
L
K
 
K
P
 
K
D
 
E
E
 
H
F
 
L
R
 
I
V
 
Q
V
 
F
C
 
G
E
 
G
G
 
A
T
 
E
P
 
P
E
 
V
P
 
E
L
 
G
R
 
K
P
 
P
A
 
I
V
 
A
V
 
V
I
 
Y
G
 
G
P
 
A
G
 
G
T
 
T
G
|
G
L
|
L
G
|
G
V
 
V
G
 
A
T
 
H
L
 
L
L
 
V
D
 
H
L
 
V
G
 
D
A
 
K
G
 
-
R
 
R
F
 
W
A
 
V
A
 
S
L
 
L
P
 
P
G
 
G
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
|
H
V
 
V
D
 
D
L
 
F
P
 
A
L
 
P
S
 
N
S
 
S
P
 
E
R
 
E
E
 
E
T
 
A
Q
 
I
L
 
I
W
 
L
Q
 
E
H
 
I
I
 
L
Y
 
R
T
 
A
E
 
E
I
 
I
G
 
G
H
 
H
V
 
V
S
 
S
A
 
A
E
|
E
T
 
R
A
 
V
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
P
G
 
G
L
 
L
P
 
V
R
 
N
L
 
L
Y
 
Y
R
 
R
A
 
A
I
 
I
C
 
V
A
 
K
V
 
A
D
 
D
G
 
N
H
 
R
T
 
L
P
 
P
V
 
E
L
 
N
E
 
L
T
 
K
P
 
P
E
 
K
A
 
D
I
 
I
T
 
T
A
 
E
A
 
R
G
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
D
D
 
S
P
 
C
V
 
T
-
 
D
A
 
C
M
 
R
E
 
R
V
 
A
L
 
L
D
 
S
Q
 
L
F
 
F
S
 
C
I
 
V
W
 
I
L
 
M
G
 
G
R
 
R
V
 
F
A
 
G
G
 
G
N
 
N
N
 
L
V
 
A
L
 
L
T
 
N
T
 
L
G
 
G
G
 
T
R
 
F
G
 
G
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
I
 
I
V
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
I
 
V
P
 
P
R
 
R
F
 
F
A
 
L
D
 
E
F
 
F
F
 
F
I
 
K
N
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
R
K
 
A
S
 
A
F
 
F
A
 
E
D
 
D
K
 
K
G
 
G
C
 
R
M
 
F
S
 
K
D
 
E
Y
 
Y
F
 
V
K
 
H
G
 
D
I
 
I
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
L
 
L
V
 
I
T
 
V
A
 
H
P
 
D
Y
 
N
S
 
P
G
 
G
L
 
L
T
 
L
G
 
G
A
 
S
G
 
G
V
 
A
A
 
H
L
 
L
E
 
R
Q
 
Q
A
 
T
F
 
L

6da0A Crystal structure of glucokinase (nfhk) from naegleria fowleri (see paper)
24% identity, 83% coverage: 8:272/318 of query aligns to 32:328/378 of 6da0A

query
sites
6da0A
D
 
D
I
 
V
G
|
G
G
x
A
T
|
T
N
|
N
A
 
T
R
 
R
F
 
I
A
 
A
L
 
I
W
 
Q
-
 
F
-
 
I
-
 
I
-
 
N
-
 
E
-
 
D
R
 
Q
D
 
D
Q
 
D
E
 
E
L
 
V
H
 
F
S
 
M
I
 
T
R
 
K
V
 
F
H
 
P
A
 
C
-
 
N
T
 
T
A
 
S
D
 
T
H
 
H
S
 
L
S
 
A
P
 
-
E
 
-
D
 
N
A
 
Y
I
 
L
K
 
A
V
 
A
Y
 
Y
L
 
G
K
 
K
E
 
A
E
 
M
G
 
V
L
 
K
E
 
A
I
 
V
G
 
G
D
 
K
I
 
G
G
 
S
A
 
A
V
 
A
-
 
G
C
 
S
L
 
I
S
 
A
V
 
L
A
|
A
G
|
G
P
|
P
V
 
V
S
 
T
G
 
G
D
 
D
E
 
K
F
 
V
K
 
R
F
 
I
T
|
T
N
 
N
N
 
-
H
 
-
W
 
Y
R
 
K
L
 
E
S
 
H
K
 
D
T
 
Q
A
 
E
F
 
F
C
 
F
K
 
Y
T
 
S
L
 
Q
Q
 
L
V
 
P
D
 
D
E
 
T
L
 
L
L
 
F
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
K
-
 
N
-
 
T
L
 
F
V
 
L
N
|
N
D
|
D
F
x
L
S
 
E
A
 
A
M
 
S
A
 
C
L
 
Y
G
 
G
M
 
I
-
 
I
-
 
N
-
 
V
-
 
G
T
 
T
R
 
N
L
 
N
K
 
R
P
 
L
D
 
H
E
 
E
F
 
F
R
 
F
V
 
C
V
 
P
C
 
I
E
 
D
G
 
A
-
 
L
-
 
N
-
 
N
-
 
Y
-
 
A
T
 
T
P
 
S
E
 
Q
P
 
T
L
 
V
R
 
R
P
 
L
A
 
S
-
 
D
-
 
T
-
 
S
-
 
E
-
 
Y
V
 
A
V
 
V
I
 
L
G
 
A
P
 
M
G
|
G
T
|
T
G
|
G
L
|
L
G
|
G
V
 
T
G
 
G
T
 
L
L
 
I
L
 
V
D
 
G
L
 
S
G
 
A
A
 
G
G
 
G
R
 
K
F
 
F
A
 
N
A
 
V
L
 
I
P
 
P
G
 
L
E
|
E
G
 
A
G
 
G
H
|
H
V
 
V
D
 
H
L
 
-
P
 
-
L
 
I
S
 
A
S
 
T
P
 
P
-
 
G
R
 
V
E
 
N
T
 
S
Q
 
E
L
 
H
W
 
F
Q
 
K
H
 
E
I
 
E
Y
 
R
T
 
E
E
 
R
I
 
I
G
 
E
H
 
F
V
 
L
S
 
S
A
 
Q
E
 
K
T
 
-
A
 
-
L
 
I
S
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
A
L
 
Y
P
 
P
R
 
I
L
 
E
Y
 
Y
R
x
E
A
 
D
I
 
I
C
 
C
A
 
S
V
x
G
D
 
R
G
 
G
-
x
L
-
 
E
-
 
F
-
 
C
-
 
Y
H
 
E
T
 
F
P
 
E
V
 
I
L
 
R
E
 
N
T
 
D
P
 
P
E
 
N
A
 
A
I
 
V
-
 
R
-
 
K
T
 
T
A
|
A
A
x
S
G
 
Q
L
 
I
A
|
A
-
 
E
-
 
S
-
 
Y
-
 
S
G
 
T
D
 
D
P
 
T
V
 
Y
A
 
A
M
 
R
E
 
Q
V
 
A
L
 
M
D
 
I
Q
 
T
F
 
H
S
 
Y
I
 
R
W
 
Y
L
 
L
G
 
M
R
 
K
V
 
A
A
 
A
G
 
Q
N
 
N
N
 
I
V
 
A
L
 
V
T
 
L
T
 
I
G
 
P
G
 
T
R
 
C
G
 
R
G
 
G
V
 
V
Y
 
F
I
 
F
V
 
A
G
 
G
G
 
D
V
x
N
I
 
Q
P
 
V
R
x
F
F
x
N
A
 
E
D
 
D
F
 
F
F
 
F

Query Sequence

>GFF4431 PS417_22685 glucokinase
MKLALVGDIGGTNARFALWRDQELHSIRVHATADHSSPEDAIKVYLKEEGLEIGDIGAVC
LSVAGPVSGDEFKFTNNHWRLSKTAFCKTLQVDELLLVNDFSAMALGMTRLKPDEFRVVC
EGTPEPLRPAVVIGPGTGLGVGTLLDLGAGRFAALPGEGGHVDLPLSSPRETQLWQHIYT
EIGHVSAETALSGGGLPRLYRAICAVDGHTPVLETPEAITAAGLAGDPVAMEVLDQFSIW
LGRVAGNNVLTTGGRGGVYIVGGVIPRFADFFINSGFAKSFADKGCMSDYFKGIPVWLVT
APYSGLTGAGVALEQAFA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory