SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF471 FitnessBrowser__Marino:GFF471 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

3ab9A Crystal structure of lipoylated e. Coli h-protein (reduced form) (see paper)
54% identity, 92% coverage: 4:122/130 of query aligns to 2:120/127 of 3ab9A

query
sites
3ab9A
I
 
V
P
 
P
A
 
A
D
 
E
L
 
L
K
 
K
Y
 
Y
I
 
S
E
 
K
T
 
E
H
 
H
Q
 
E
W
 
W
V
 
L
R
 
R
V
 
K
S
 
E
D
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
A
 
Y
T
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
T
D
 
E
F
 
H
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
Q
 
L
L
 
L
G
 
G
D
 
D
V
 
M
V
 
V
Y
 
F
I
 
V
G
x
D
V
x
L
P
 
P
D
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
T
V
 
V
N
 
S
G
 
A
G
 
G
E
 
D
E
 
D
A
 
C
G
 
A
V
 
V
A
 
A
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
 
K
S
 
A
A
 
A
S
 
S
D
 
D
V
 
I
F
 
Y
S
 
A
P
 
P
V
 
V
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
I
 
V
E
 
A
V
 
V
N
 
N
E
 
D
S
 
A
L
 
L
E
 
S
D
 
D
E
 
S
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
V
N
 
N
E
 
S
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
G
 
A
D
 
G
G
 
G
W
 
W
L
 
I
Y
 
F
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
A
E
 
S
D
 
D
A
 
E
G
 
S
E
 
E
L
 
L
D
 
E
G
 
S
L
 
L
M
 
L
D
 
D
S
 
A
T
 
T
A
 
A
Y
 
Y

Q5SKW9 Glycine cleavage system H protein from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
50% identity, 98% coverage: 3:129/130 of query aligns to 2:127/128 of Q5SKW9

query
sites
Q5SKW9
E
 
D
I
 
I
P
 
P
A
 
K
D
 
D
L
 
R
K
 
F
Y
 
Y
I
 
T
E
 
K
T
 
T
H
 
H
Q
 
E
W
 
W
V
 
A
R
 
L
V
 
P
S
 
E
D
 
G
D
 
D
G
 
-
T
 
T
A
 
V
T
 
L
V
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
T
D
 
D
F
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
E
 
D
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
R
T
 
V
V
 
V
N
 
E
G
 
K
G
 
G
E
 
E
E
 
A
A
 
V
G
 
A
V
 
V
A
 
V
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
|
K
S
 
T
A
 
A
S
 
S
D
 
D
V
 
I
F
 
Y
S
 
A
P
 
P
V
 
V
T
 
A
G
 
G
E
 
E
V
 
I
I
 
V
E
 
E
V
 
V
N
 
N
E
 
L
S
 
A
L
 
L
E
 
E
D
 
K
E
 
T
P
 
P
E
 
E
K
 
L
V
 
V
N
 
N
E
 
Q
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
G
 
G
D
 
E
G
 
G
W
 
W
L
 
I
Y
 
F
K
 
R
V
 
L
R
 
K
L
 
P
E
 
R
D
 
D
A
 
M
G
 
G
E
 
D
L
 
L
D
 
D
G
 
E
L
 
L
M
 
L
D
 
D
S
 
A
T
 
G
A
 
G
Y
 
Y
A
 
Q
E
 
E
H
 
V
V
 
L
A
 
E
A
 
S
E
 
E

P23434 Glycine cleavage system H protein, mitochondrial; Lipoic acid-containing protein from Homo sapiens (Human) (see 3 papers)
48% identity, 94% coverage: 9:130/130 of query aligns to 52:172/173 of P23434

query
sites
P23434
K
 
K
Y
 
F
I
 
T
E
 
E
T
 
K
H
 
H
Q
 
E
W
 
W
V
 
V
R
 
-
V
 
T
S
 
T
D
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
S
D
x
N
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
I
 
C
G
 
S
V
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
T
T
 
K
V
 
L
N
 
N
G
 
K
G
 
Q
E
 
D
E
 
E
A
 
F
G
 
G
V
 
A
A
 
L
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
|
K
S
 
A
A
 
A
S
 
S
D
 
E
V
 
L
F
 
Y
S
 
S
P
 
P
V
 
L
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
T
E
 
E
V
 
I
N
 
N
E
 
E
S
 
A
L
 
L
E
 
A
D
 
E
E
 
N
P
 
P
E
 
G
K
 
L
V
 
V
N
 
N
E
 
K
D
 
S
P
 
C
Y
 
Y
G
 
E
D
 
D
G
 
G
W
 
W
L
 
L
Y
 
I
K
 
K
V
 
M
R
 
T
L
 
L
E
 
S
D
 
N
A
 
P
G
 
S
E
 
E
L
 
L
D
 
D
G
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
S
S
 
E
T
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
E
E
 
K
H
 
Y
V
 
I
A
 
K
A
 
S
E
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P20821 Glycine cleavage system H protein, mitochondrial; Lipoic acid-containing protein from Bos taurus (Bovine) (see 3 papers)
48% identity, 94% coverage: 9:130/130 of query aligns to 52:172/173 of P20821

query
sites
P20821
K
 
K
Y
 
F
I
 
T
E
 
E
T
 
K
H
 
H
Q
 
E
W
 
W
V
 
V
R
 
-
V
 
T
S
 
T
D
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
V
A
 
G
T
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
S
D
 
N
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
I
 
C
G
 
S
V
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
T
T
 
K
V
 
L
N
 
N
G
 
K
G
 
Q
E
 
E
E
 
E
A
 
F
G
 
G
V
 
A
A
 
L
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
|
K
S
 
A
A
 
A
S
 
S
D
 
E
V
 
L
F
 
Y
S
 
S
P
 
P
V
 
L
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
T
E
 
E
V
 
I
N
 
N
E
 
K
S
 
A
L
 
L
E
 
A
D
 
E
E
 
N
P
 
P
E
 
G
K
 
L
V
 
V
N
 
N
E
 
K
D
 
S
P
 
C
Y
 
Y
G
 
E
D
 
D
G
 
G
W
 
W
L
 
L
Y
 
I
K
 
K
V
 
M
R
 
T
L
 
F
E
 
S
D
 
N
A
 
P
G
 
S
E
 
E
L
 
L
D
 
D
G
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
S
S
 
E
T
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
E
E
 
K
H
 
Y
V
 
I
A
 
K
A
 
S
E
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P11183 Glycine cleavage system H protein, mitochondrial; Lipoic acid-containing protein from Gallus gallus (Chicken) (see paper)
47% identity, 94% coverage: 9:130/130 of query aligns to 43:163/164 of P11183

query
sites
P11183
K
 
K
Y
 
F
I
 
T
E
 
D
T
 
K
H
 
H
Q
 
E
W
 
W
V
 
I
R
 
S
V
 
V
S
 
-
D
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
I
A
 
G
T
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
S
D
 
N
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
V
Y
 
Y
I
 
C
G
 
S
V
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
I
G
 
G
A
 
T
T
 
K
V
 
L
N
 
N
G
 
K
G
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
F
G
 
G
V
 
A
A
 
L
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
|
K
S
 
A
A
 
A
S
 
S
D
 
E
V
 
L
F
 
Y
S
 
S
P
 
P
V
 
L
T
 
T
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
T
E
 
D
V
 
I
N
 
N
E
 
A
S
 
A
L
 
L
E
 
A
D
 
D
E
 
N
P
 
P
E
 
G
K
 
L
V
 
V
N
 
N
E
 
K
D
 
S
P
 
C
Y
 
Y
G
 
Q
D
 
D
G
 
G
W
 
W
L
 
L
Y
 
I
K
 
K
V
 
M
R
 
T
L
 
V
E
 
E
D
 
K
A
 
P
G
 
A
E
 
E
L
 
L
D
 
D
G
 
E
L
 
L
M
 
M
D
 
S
S
 
E
T
 
D
A
 
A
Y
 
Y
A
 
E
E
 
K
H
 
Y
V
 
I
A
 
K
A
 
S
E
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P16048 Glycine cleavage system H protein, mitochondrial from Pisum sativum (Garden pea) (see paper)
43% identity, 95% coverage: 8:130/130 of query aligns to 41:162/165 of P16048

query
sites
P16048
L
 
L
K
 
K
Y
 
Y
I
 
A
E
 
P
T
 
S
H
 
H
Q
 
E
W
 
W
V
 
V
R
 
K
V
 
-
S
 
H
D
 
E
D
 
G
G
 
S
T
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
D
 
D
F
 
H
A
 
A
Q
 
Q
E
 
D
Q
 
H
L
 
L
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
V
Y
 
F
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
P
G
 
G
A
 
V
T
 
S
V
 
V
N
 
T
G
 
K
G
 
G
E
 
K
E
 
G
A
 
F
G
 
G
V
 
A
A
 
V
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
|
K
S
 
A
A
 
T
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
N
S
 
S
P
 
P
V
 
I
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
V
N
 
N
E
 
T
S
 
G
L
 
L
E
 
T
D
 
G
E
 
K
P
 
P
E
 
G
K
 
L
V
 
I
N
 
N
E
 
S
D
 
S
P
 
P
Y
 
Y
G
 
E
D
 
D
G
 
G
W
 
W
L
 
M
Y
 
I
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
P
E
 
T
D
 
S
A
 
P
G
 
D
E
 
E
L
 
L
D
 
E
G
 
S
L
 
L
M
 
L
D
 
G
S
 
A
T
 
K
A
 
E
Y
 
Y
A
 
T
E
 
K
H
 
F
V
 
C
A
 
E
A
 
E
E
 
E
E
 
D

1htpA Refined structures at 2 angstroms and 2.2 angstroms of the two forms of the h-protein, a lipoamide-containing protein of the glycine decarboxylase complex (see paper)
43% identity, 95% coverage: 8:130/130 of query aligns to 7:128/131 of 1htpA

query
sites
1htpA
L
 
L
K
 
K
Y
 
Y
I
 
A
E
 
P
T
x
S
H
|
H
Q
x
E
W
 
W
V
 
V
R
 
K
V
 
-
S
 
H
D
 
E
D
 
G
G
 
S
T
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
D
 
D
F
 
H
A
 
A
Q
 
Q
E
 
D
Q
x
H
L
 
L
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
V
Y
 
F
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
P
G
 
G
A
 
V
T
 
S
V
 
V
N
 
T
G
 
K
G
 
G
E
 
K
E
 
G
A
 
F
G
 
G
V
 
A
A
 
V
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
|
K
S
 
A
A
 
T
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
N
S
 
S
P
 
P
V
 
I
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
V
N
 
N
E
 
T
S
 
G
L
 
L
E
 
T
D
 
G
E
 
K
P
 
P
E
 
G
K
 
L
V
 
I
N
 
N
E
 
S
D
 
S
P
 
P
Y
 
Y
G
 
E
D
 
D
G
 
G
W
 
W
L
 
M
Y
 
I
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
P
E
 
T
D
 
S
A
 
P
G
 
D
E
 
E
L
 
L
D
 
E
G
 
S
L
 
L
M
 
L
D
 
G
S
 
A
T
 
K
A
 
E
Y
 
Y
A
 
T
E
 
K
H
 
F
V
 
C
A
 
E
A
 
E
E
|
E
E
 
D

1hpcB Refined structures at 2 angstroms and 2.2 angstroms of the two forms of the h-protein, a lipoamide-containing protein of the glycine decarboxylase (see paper)
43% identity, 95% coverage: 8:130/130 of query aligns to 7:128/131 of 1hpcB

query
sites
1hpcB
L
 
L
K
 
K
Y
 
Y
I
 
A
E
 
P
T
 
S
H
 
H
Q
 
E
W
 
W
V
 
V
R
 
K
V
 
-
S
 
H
D
 
E
D
 
G
G
 
S
T
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
D
 
D
F
 
H
A
 
A
Q
 
Q
E
 
D
Q
x
H
L
 
L
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
V
Y
 
F
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
P
G
 
G
A
 
V
T
 
S
V
 
V
N
 
T
G
 
K
G
 
G
E
 
K
E
 
G
A
 
F
G
 
G
V
 
A
A
 
V
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
|
K
S
 
A
A
 
T
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
N
S
 
S
P
 
P
V
 
I
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
V
N
 
N
E
 
T
S
 
G
L
 
L
E
 
T
D
 
G
E
 
K
P
 
P
E
 
G
K
 
L
V
 
I
N
 
N
E
 
S
D
 
S
P
 
P
Y
 
Y
G
 
E
D
 
D
G
 
G
W
 
W
L
 
M
Y
 
I
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
P
E
 
T
D
 
S
A
 
P
G
 
D
E
 
E
L
 
L
D
 
E
G
 
S
L
 
L
M
 
L
D
 
G
S
 
A
T
 
K
A
 
E
Y
 
Y
A
 
T
E
 
K
H
 
F
V
 
C
A
 
E
A
 
E
E
 
E
E
 
D

1hpcA Refined structures at 2 angstroms and 2.2 angstroms of the two forms of the h-protein, a lipoamide-containing protein of the glycine decarboxylase (see paper)
43% identity, 95% coverage: 8:130/130 of query aligns to 7:128/131 of 1hpcA

query
sites
1hpcA
L
 
L
K
 
K
Y
 
Y
I
 
A
E
 
P
T
 
S
H
 
H
Q
 
E
W
 
W
V
 
V
R
 
K
V
 
-
S
 
H
D
 
E
D
 
G
G
 
S
T
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
D
 
D
F
 
H
A
 
A
Q
 
Q
E
 
D
Q
x
H
L
 
L
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
V
Y
 
F
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
P
G
 
G
A
 
V
T
 
S
V
 
V
N
 
T
G
 
K
G
 
G
E
 
K
E
 
G
A
 
F
G
 
G
V
 
A
A
 
V
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
|
K
S
 
A
A
 
T
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
N
S
 
S
P
 
P
V
 
I
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
V
N
 
N
E
 
T
S
 
G
L
 
L
E
 
T
D
 
G
E
 
K
P
 
P
E
 
G
K
 
L
V
 
I
N
 
N
E
 
S
D
 
S
P
 
P
Y
 
Y
G
 
E
D
 
D
G
 
G
W
 
W
L
 
M
Y
 
I
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
P
E
 
T
D
 
S
A
 
P
G
 
D
E
 
E
L
 
L
D
 
E
G
 
S
L
 
L
M
 
L
D
 
G
S
 
A
T
 
K
A
 
E
Y
 
Y
A
 
T
E
 
K
H
 
F
V
 
C
A
 
E
A
 
E
E
 
E
E
 
D

1dxmA Reduced form of the h protein from glycine decarboxylase complex (see paper)
43% identity, 95% coverage: 8:130/130 of query aligns to 7:128/131 of 1dxmA

query
sites
1dxmA
L
 
L
K
 
K
Y
 
Y
I
 
A
E
 
P
T
 
S
H
 
H
Q
 
E
W
 
W
V
 
V
R
 
K
V
 
-
S
 
H
D
 
E
D
 
G
G
 
S
T
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
I
G
 
G
I
 
I
T
 
T
D
 
D
F
 
H
A
 
A
Q
 
Q
E
 
D
Q
x
H
L
|
L
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
V
Y
 
F
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
P
G
 
G
A
 
V
T
 
S
V
 
V
N
 
T
G
 
K
G
 
G
E
 
K
E
 
G
A
 
F
G
 
G
V
 
A
A
 
V
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
|
K
S
 
A
A
 
T
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
N
S
 
S
P
 
P
V
 
I
T
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
E
V
 
V
N
 
N
E
 
T
S
 
G
L
 
L
E
 
T
D
 
G
E
 
K
P
 
P
E
 
G
K
 
L
V
 
I
N
 
N
E
 
S
D
 
S
P
 
P
Y
 
Y
G
 
E
D
 
D
G
 
G
W
 
W
L
 
M
Y
 
I
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
P
E
 
T
D
 
S
A
 
P
G
 
D
E
 
E
L
 
L
D
 
E
G
 
S
L
 
L
M
 
L
D
 
G
S
 
A
T
 
K
A
 
E
Y
 
Y
A
 
T
E
 
K
H
 
F
V
 
C
A
 
E
A
 
E
E
|
E
E
 
D

Q9HDV9 Putative glycine cleavage system H protein, mitochondrial; Glycine decarboxylase complex subunit H from Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (Fission yeast) (see paper)
44% identity, 93% coverage: 10:130/130 of query aligns to 47:166/169 of Q9HDV9

query
sites
Q9HDV9
Y
 
F
I
 
T
E
 
K
T
 
E
H
 
H
Q
 
E
W
 
W
V
 
V
R
 
K
V
 
V
S
 
D
D
 
G
D
 
D
G
 
-
T
 
V
A
 
G
T
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
I
T
 
T
D
 
S
F
 
Y
A
 
A
Q
 
A
E
 
N
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
E
V
 
V
V
 
V
Y
 
F
I
 
V
G
 
E
V
 
L
P
 
P
D
 
E
V
 
P
G
 
E
A
 
T
T
 
T
V
 
V
N
 
S
G
 
V
G
 
G
E
 
D
E
 
G
A
 
I
G
 
G
V
 
A
A
 
V
E
 
E
S
 
S
V
 
V
K
 
K
S
 
S
A
 
A
S
 
S
D
 
D
V
 
V
F
 
Y
S
 
S
P
 
P
V
 
V
T
 
S
G
 
G
E
 
T
V
 
V
I
 
T
E
 
S
V
 
I
N
 
N
E
 
E
S
 
S
L
 
L
E
 
G
D
 
D
E
 
S
P
 
P
E
 
D
K
 
K
V
 
V
N
 
S
E
 
S
D
x
S
P
 
P
Y
 
E
G
 
E
D
 
E
G
 
G
W
 
W
L
 
I
Y
 
C
K
 
K
V
 
I
R
 
K
L
 
L
E
 
S
D
 
S
A
 
P
G
 
D
E
 
E
L
 
L
D
 
K
G
 
S
L
 
L
M
 
L
D
 
N
S
 
D
T
 
E
A
 
S
Y
 
Y
A
 
A
E
 
Q
H
 
F
V
 
C
A
 
K
A
 
E
E
 
E
E
 
D

Query Sequence

>GFF471 FitnessBrowser__Marino:GFF471
MSEIPADLKYIETHQWVRVSDDGTATVGITDFAQEQLGDVVYIGVPDVGATVNGGEEAGV
AESVKSASDVFSPVTGEVIEVNESLEDEPEKVNEDPYGDGWLYKVRLEDAGELDGLMDST
AYAEHVAAEE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory