SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF685 FitnessBrowser__psRCH2:GFF685 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6a2fA Crystal structure of biosynthetic alanine racemase from pseudomonas aeruginosa (see paper)
70% identity, 99% coverage: 1:356/358 of query aligns to 1:356/358 of 6a2fA

query
sites
6a2fA
M
 
M
R
 
R
P
 
P
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
A
 
A
L
 
I
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
Y
L
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Q
 
R
C
 
C
A
 
A
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
K
 
Q
A
 
A
F
 
F
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
R
E
 
E
A
 
V
V
 
V
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
H
E
 
D
I
 
D
A
 
A
D
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
V
A
 
A
C
 
C
L
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
A
D
 
E
I
 
V
R
 
R
R
 
A
S
 
L
A
 
H
P
 
A
D
 
S
A
 
A
R
 
R
I
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
C
 
C
F
 
F
E
 
E
P
 
A
A
 
S
E
 
E
Y
 
Y
L
 
A
R
 
L
A
 
A
A
 
G
E
 
Q
L
 
L
G
 
R
L
 
L
D
 
D
V
 
L
A
 
V
V
 
I
Q
 
Q
D
 
G
Q
 
A
R
 
E
Q
 
Q
A
 
G
D
 
E
W
 
A
L
 
F
L
 
L
A
 
A
A
 
A
N
 
G
I
 
L
S
 
D
R
 
I
P
 
P
L
 
L
N
 
N
V
 
V
W
 
W
L
 
L
K
|
K
L
 
L
D
 
D
S
 
S
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
|
R
L
|
L
G
 
G
F
 
F
T
 
D
L
 
P
E
 
A
G
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
A
C
 
W
H
 
H
E
 
A
R
 
R
L
 
L
K
 
R
G
 
S
K
 
H
A
 
P
Q
 
G
V
 
V
G
 
R
E
 
E
L
 
L
N
 
N
L
 
L
I
 
I
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
C
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
R
G
 
N
H
 
H
P
 
P
L
 
L
T
 
T
E
 
E
L
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
R
 
S
Y
 
F
A
 
L
E
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
D
L
 
L
E
 
D
F
 
F
D
 
D
N
 
Q
C
 
R
S
 
S
L
 
L
A
 
A
N
 
N
S
 
S
A
 
A
A
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
T
L
 
I
P
 
P
Q
 
A
A
 
A
H
 
H
M
 
M
A
 
D
W
 
W
I
 
L
R
|
R
P
 
P
G
 
G
I
 
I
M
 
M
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
S
T
 
T
P
 
P
F
 
L
A
 
A
E
 
D
L
 
L
S
 
S
A
 
A
Q
 
A
E
 
E
L
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
M
 
M
T
 
S
L
 
L
T
 
G
G
 
A
A
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
S
V
 
L
R
 
R
D
 
E
V
 
V
S
 
A
E
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
T
W
 
W
V
 
I
A
 
A
Q
 
E
R
 
R
A
 
P
S
 
A
R
 
R
I
 
I
G
 
G
T
 
T
V
 
V
S
 
S
C
 
C
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
|
R
T
 
T
A
 
A
P
 
P
S
 
A
G
 
G
T
 
T
S
 
P
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
V
 
A
P
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
|
S
M
|
M
D
|
D
M
|
M
L
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
D
 
D
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
Q
 
R
L
 
V
G
 
G
D
 
D
A
 
P
V
 
V
E
 
E
L
 
L
W
 
W
G
 
G
A
 
A
Q
 
G
M
 
L
P
 
S
I
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
V
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
C
 
C
G
 
G
T
 
T
I
x
L
G
 
G
Y
|
Y
E
 
E
L
 
L
L
 
L
T
 
S
K
 
K
V
 
V
T
 
T
G
 
A
R
 
R
V
 
V
P
 
P
R
 
R
R
 
R
Y
 
Y

1rcqA The 1.45 a crystal structure of alanine racemase from a pathogenic bacterium, pseudomonas aeruginosa, contains both internal and external aldimine forms (see paper)
50% identity, 100% coverage: 1:358/358 of query aligns to 1:356/357 of 1rcqA

query
sites
1rcqA
M
 
M
R
 
R
P
 
P
L
 
A
V
 
R
A
 
A
T
 
L
V
 
I
D
 
D
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
Y
L
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
R
Q
 
E
C
 
A
A
 
T
P
 
G
Q
 
A
R
 
R
K
 
-
A
 
A
F
 
L
A
 
A
V
|
V
V
 
I
K
|
K
A
 
A
N
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
V
E
 
R
A
 
C
V
 
A
T
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
A
E
 
A
I
 
E
A
 
A
D
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
V
A
 
A
C
 
C
L
 
I
E
 
E
E
 
E
A
 
G
E
 
L
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
E
S
 
A
A
 
G
P
 
I
D
 
R
A
 
Q
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
C
 
F
F
 
F
E
 
E
P
 
A
A
 
S
E
 
E
Y
 
L
L
 
E
R
 
L
A
 
I
A
 
V
E
 
A
L
 
H
G
 
D
L
 
F
D
 
W
V
 
C
A
 
V
V
 
V
Q
 
H
D
 
C
Q
 
A
R
 
W
Q
 
Q
A
 
L
D
 
E
W
 
A
L
 
I
L
 
E
A
 
R
A
 
A
N
 
S
I
 
L
S
 
A
R
 
R
P
 
P
L
 
L
N
 
N
V
 
V
W
 
W
L
 
L
K
 
K
L
 
M
D
 
D
S
 
S
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
|
R
L
 
V
G
 
G
F
 
F
T
 
F
L
 
P
E
 
E
G
 
D
L
 
F
R
 
R
D
 
A
C
 
A
H
 
H
E
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
R
G
 
A
K
 
S
A
 
G
Q
 
K
V
 
V
G
 
A
E
 
K
L
 
I
N
 
V
L
 
M
I
 
M
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
S
C
 
R
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
L
G
 
D
H
 
C
P
 
P
L
 
R
T
 
T
E
 
E
L
 
E
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
R
 
A
Y
 
F
A
 
S
E
 
A
L
 
A
L
 
S
S
 
Q
L
 
G
E
 
L
F
 
E
D
 
G
N
 
E
C
 
I
S
 
S
L
 
L
A
 
R
N
|
N
S
|
S
A
 
P
A
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
G
L
 
W
P
 
P
Q
 
K
A
 
V
H
 
P
M
 
S
A
 
D
W
 
W
I
 
V
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
L
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
E
E
 
R
L
 
A
S
 
H
A
 
P
Q
 
L
E
 
A
L
 
D
G
 
R
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
T
L
 
L
T
 
E
G
 
S
A
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
S
V
 
V
R
 
R
D
 
D
V
 
L
S
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
R
W
 
Y
V
 
S
A
 
T
Q
 
E
R
 
R
A
 
R
S
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
G
T
 
V
V
 
V
S
 
A
C
 
M
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
T
 
H
A
 
A
P
 
A
S
 
D
G
 
G
T
 
T
S
 
L
V
 
V
V
 
F
I
 
I
H
 
D
G
 
G
Q
 
K
R
 
P
V
 
G
P
 
R
L
 
L
A
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
|
S
M
 
M
D
|
D
M
 
M
L
 
L
A
 
T
V
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
T
D
 
D
L
 
H
P
 
P
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
G
L
 
L
G
 
G
D
 
S
A
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
W
 
W
G
 
G
A
 
P
Q
 
N
M
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
G
E
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
A
 
Q
C
 
F
G
 
G
T
 
S
I
 
I
G
 
P
Y
|
Y
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
T
 
C
K
 
N
V
 
L
T
 
K
G
 
-
R
 
R
V
 
V
P
 
P
R
 
R
R
 
V
Y
 
Y
I
 
S
G
 
G

Q9HTQ2 Alanine racemase, catabolic; EC 5.1.1.1 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
50% identity, 100% coverage: 1:358/358 of query aligns to 1:356/357 of Q9HTQ2

query
sites
Q9HTQ2
M
 
M
R
 
R
P
 
P
L
 
A
V
 
R
A
 
A
T
 
L
V
 
I
D
 
D
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
Y
L
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
R
Q
 
E
C
 
A
A
 
T
P
 
G
Q
 
A
R
 
R
K
 
-
A
 
A
F
 
L
A
 
A
V
 
V
V
 
I
K
|
K
A
 
A
N
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
V
E
 
R
A
 
C
V
 
A
T
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
A
E
 
A
I
 
E
A
 
A
D
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
V
A
 
A
C
 
C
L
 
I
E
 
E
E
 
E
A
 
G
E
 
L
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
E
S
 
A
A
 
G
P
 
I
D
 
R
A
 
Q
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
C
 
F
F
 
F
E
 
E
P
 
A
A
 
S
E
 
E
Y
 
L
L
 
E
R
 
L
A
 
I
A
 
V
E
 
A
L
 
H
G
 
D
L
 
F
D
 
W
V
 
C
A
 
V
V
 
V
Q
 
H
D
 
C
Q
 
A
R
 
W
Q
 
Q
A
 
L
D
 
E
W
 
A
L
 
I
L
 
E
A
 
R
A
 
A
N
 
S
I
 
L
S
 
A
R
 
R
P
 
P
L
 
L
N
 
N
V
 
V
W
 
W
L
 
L
K
|
K
L
 
M
D
 
D
S
 
S
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
 
R
L
 
V
G
 
G
F
 
F
T
 
F
L
 
P
E
 
E
G
 
D
L
 
F
R
 
S
D
 
A
C
 
A
H
 
H
E
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
R
G
 
A
K
 
S
A
 
G
Q
 
K
V
 
V
G
 
A
E
 
K
L
 
I
N
 
V
L
 
M
I
 
M
S
 
S
H
 
H
F
 
F
A
 
S
C
 
R
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
L
G
 
D
H
 
C
P
 
P
L
 
R
T
 
T
E
 
E
L
 
E
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
R
 
A
Y
 
F
A
 
A
E
 
A
L
 
A
L
 
S
S
 
Q
L
 
G
E
 
L
F
 
E
D
 
G
N
 
E
C
 
I
S
 
S
L
 
L
A
 
R
N
 
N
S
 
S
A
 
P
A
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
G
L
 
W
P
 
P
Q
 
K
A
 
V
H
 
P
M
 
S
A
 
D
W
 
W
I
 
V
R
 
R
P
 
P
G
 
G
I
 
I
M
 
L
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
T
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
E
E
 
R
L
 
A
S
 
H
A
 
P
Q
 
L
E
 
A
L
 
D
G
 
R
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
T
L
 
L
T
 
E
G
 
S
A
 
K
L
 
V
I
 
I
A
 
S
V
 
V
R
 
R
D
 
D
V
 
L
S
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
R
W
 
Y
V
 
S
A
 
T
Q
 
E
R
 
R
A
 
S
S
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
G
T
 
V
V
 
V
S
 
A
C
 
M
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
T
 
H
A
 
A
P
 
A
S
 
D
G
 
G
T
 
T
S
 
L
V
 
V
V
 
F
I
 
I
H
 
D
G
 
G
Q
 
K
R
 
P
V
 
G
P
 
R
L
 
L
A
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
 
S
M
 
M
D
 
D
M
 
M
L
 
L
A
 
T
V
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
T
D
 
D
L
 
H
P
 
P
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
G
L
 
L
G
 
G
D
 
S
A
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
W
 
W
G
 
G
A
 
P
Q
 
N
M
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
G
E
 
A
L
 
L
A
 
A
Q
 
A
A
 
Q
C
 
F
G
 
G
T
 
S
I
 
I
G
 
P
Y
 
Y
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
T
 
C
K
 
N
V
 
L
T
 
K
G
 
-
R
 
R
V
 
V
P
 
P
R
 
R
R
 
V
Y
 
Y
I
 
S
G
 
G

2rjhA Crystal structure of biosynthetic alaine racemase in d-cycloserine- bound form from escherichia coli (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:357/358 of query aligns to 1:358/359 of 2rjhA

query
sites
2rjhA
M
 
M
R
 
Q
P
 
A
L
 
A
V
 
T
A
 
V
T
 
V
V
 
I
D
 
N
L
 
R
T
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
L
L
 
Q
L
 
R
A
 
L
K
 
R
Q
 
E
C
 
L
A
 
A
P
 
P
Q
 
A
R
 
S
K
 
K
A
 
M
F
 
V
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
L
C
 
L
E
 
E
A
 
T
V
 
A
T
 
R
A
 
T
L
 
L
R
 
P
E
 
D
I
 
-
A
 
A
D
 
D
G
 
A
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
R
L
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
L
D
 
R
I
 
L
R
 
R
R
 
A
S
 
G
A
 
G
P
 
I
D
 
T
A
 
K
R
 
P
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
C
 
F
F
 
F
E
 
D
P
 
A
A
 
R
E
 
D
Y
 
L
L
 
P
R
 
T
A
 
I
A
 
S
E
 
A
L
 
Q
G
 
H
L
 
F
D
 
H
V
 
T
A
 
A
V
 
V
Q
 
H
D
 
N
Q
 
E
R
 
E
Q
 
Q
A
 
L
D
 
A
W
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
E
A
 
A
N
 
S
I
 
L
S
 
D
R
 
E
P
 
P
L
 
V
N
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
M
K
 
K
L
 
L
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
|
R
L
 
L
G
 
G
F
 
V
T
 
R
L
 
P
E
 
E
G
 
Q
L
 
A
R
 
E
D
 
A
C
 
F
H
 
Y
E
 
H
R
 
R
L
 
L
K
 
T
G
 
Q
K
 
C
A
 
K
Q
 
N
V
 
V
G
 
R
E
 
Q
-
 
P
L
 
V
N
 
N
L
 
I
I
 
V
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
R
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
P
G
 
K
H
 
C
P
 
G
L
 
A
T
 
T
E
 
E
L
 
K
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
R
 
I
Y
 
F
A
 
N
E
 
T
L
 
F
L
 
C
S
 
E
L
 
G
E
 
K
F
 
P
D
 
G
N
 
Q
C
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
A
N
x
A
S
|
S
A
 
G
A
 
G
V
 
I
L
 
L
T
 
L
L
 
W
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
H
 
H
M
 
F
A
 
D
W
 
W
I
 
V
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
P
F
 
L
A
 
E
E
 
D
L
 
R
S
 
S
-
 
T
A
 
G
Q
 
A
E
 
D
L
 
F
G
 
G
L
 
C
R
 
Q
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
S
L
 
L
T
 
T
G
 
S
A
 
S
L
 
L
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
D
 
E
V
 
H
S
 
K
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
G
S
 
T
W
 
W
V
 
V
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
A
 
D
S
 
T
R
 
R
I
 
L
G
 
G
T
 
V
V
 
V
S
 
A
C
 
M
G
 
G
Y
 
Y
A
 
G
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
T
 
A
A
 
A
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
S
 
P
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
N
G
 
G
Q
 
R
R
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
I
A
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
A
M
|
M
D
|
D
M
 
M
L
 
I
A
 
C
V
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
G
D
 
P
L
 
Q
P
 
A
Q
 
Q
A
 
D
Q
 
K
L
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
P
V
 
V
E
 
I
L
 
L
W
 
W
G
 
G
A
 
E
Q
 
G
M
 
L
P
 
P
I
 
V
D
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
M
C
 
T
G
 
K
T
 
V
I
 
S
G
 
A
Y
|
Y
E
 
E
L
 
L
L
 
I
T
 
T
K
 
R
V
 
L
T
 
T
G
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
A
R
 
M
R
 
K
Y
 
Y
I
 
V

P0A6B4 Alanine racemase, biosynthetic; EC 5.1.1.1 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
43% identity, 100% coverage: 1:357/358 of query aligns to 1:358/359 of P0A6B4

query
sites
P0A6B4
M
 
M
R
 
Q
P
 
A
L
 
A
V
 
T
A
 
V
T
 
V
V
 
I
D
 
N
L
 
R
T
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
L
L
 
Q
L
 
R
A
 
L
K
 
R
Q
 
E
C
 
L
A
 
A
P
 
P
Q
 
A
R
 
S
K
 
K
A
 
M
F
 
V
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
L
C
 
L
E
 
E
A
 
T
V
 
A
T
 
R
A
 
T
L
 
L
R
 
P
E
 
D
I
 
-
A
 
A
D
 
D
G
 
A
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
R
L
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
L
D
 
R
I
 
L
R
 
R
R
 
A
S
 
G
A
 
G
P
 
I
D
 
T
A
 
K
R
 
P
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
C
 
F
F
 
F
E
 
D
P
 
A
A
 
R
E
 
D
Y
 
L
L
 
P
R
 
T
A
 
I
A
 
S
E
 
A
L
 
Q
G
 
H
L
 
F
D
 
H
V
 
T
A
 
A
V
 
V
Q
 
H
D
 
N
Q
 
E
R
 
E
Q
 
Q
A
 
L
D
 
A
W
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
E
A
 
A
N
 
S
I
 
L
S
 
D
R
 
E
P
 
P
L
 
V
N
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
M
K
|
K
L
 
L
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
 
R
L
 
L
G
 
G
F
 
V
T
 
R
L
 
P
E
 
E
G
 
Q
L
 
A
R
 
E
D
 
A
C
 
F
H
 
Y
E
 
H
R
 
R
L
 
L
K
 
T
G
 
Q
K
 
C
A
 
K
Q
 
N
V
 
V
G
 
R
E
 
Q
-
 
P
L
 
V
N
 
N
L
 
I
I
 
V
S
 
S
H
 
H
F
 
F
A
 
A
C
 
R
A
 
A
D
|
D
E
|
E
R
 
P
G
 
K
H
 
C
P
 
G
L
 
A
T
 
T
E
 
E
L
 
K
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
R
 
I
Y
 
F
A
 
N
E
 
T
L
 
F
L
 
C
S
 
E
L
 
G
E
 
K
F
 
P
D
 
G
N
 
Q
C
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
A
N
 
A
S
 
S
A
 
G
A
 
G
V
 
I
L
 
L
T
 
L
L
 
W
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
H
 
H
M
 
F
A
 
D
W
 
W
I
 
V
R
 
R
P
 
P
G
 
G
I
 
I
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
|
P
F
 
L
A
x
E
E
 
D
L
 
R
S
 
S
-
 
T
A
 
G
Q
 
A
E
 
D
L
 
F
G
 
G
L
 
C
R
 
Q
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
S
L
 
L
T
 
T
G
 
S
A
 
S
L
 
L
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
D
 
E
V
 
H
S
 
K
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
A
 
G
S
 
T
W
 
W
V
 
V
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
A
 
D
S
 
T
R
 
R
I
 
L
G
 
G
T
 
V
V
 
V
S
 
A
C
 
M
G
 
G
Y
 
Y
A
 
G
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
T
 
A
A
 
A
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
S
 
P
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
N
G
 
G
Q
 
R
R
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
I
A
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
 
A
M
 
M
D
 
D
M
 
M
L
 
I
A
 
C
V
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
G
D
 
P
L
 
Q
P
 
A
Q
 
Q
A
 
D
Q
 
K
L
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
P
V
 
V
E
 
I
L
 
L
W
 
W
G
 
G
A
 
E
Q
 
G
M
 
L
P
 
P
I
 
V
D
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
M
C
 
T
G
 
K
T
 
V
I
 
S
G
 
A
Y
 
Y
E
 
E
L
 
L
L
 
I
T
 
T
K
 
R
V
 
L
T
 
T
G
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
A
R
 
M
R
 
K
Y
 
Y
I
 
V

4xbjA Y274f alanine racemase from e. Coli inhibited by l-ala-p (see paper)
43% identity, 98% coverage: 8:357/358 of query aligns to 6:356/357 of 4xbjA

query
sites
4xbjA
V
 
I
D
 
N
L
 
R
T
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
L
L
 
Q
L
 
R
A
 
L
K
 
R
Q
 
E
C
 
L
A
 
A
P
 
P
Q
 
A
R
 
S
K
 
K
A
 
M
F
 
V
A
 
A
V
|
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
L
C
 
L
E
 
E
A
 
T
V
 
A
T
 
R
A
 
T
L
 
L
R
 
P
E
 
D
I
 
-
A
 
A
D
 
D
G
 
A
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
R
L
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
L
D
 
R
I
 
L
R
 
R
R
 
A
S
 
G
A
 
G
P
 
I
D
 
T
A
 
K
R
 
P
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
C
 
F
F
 
F
E
 
D
P
 
A
A
 
R
E
 
D
Y
 
L
L
 
P
R
 
T
A
 
I
A
 
S
E
 
A
L
 
Q
G
 
H
L
 
F
D
 
H
V
 
T
A
 
A
V
 
V
Q
 
H
D
 
N
Q
 
E
R
 
E
Q
 
Q
A
 
L
D
 
A
W
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
E
A
 
A
N
 
S
I
 
L
S
 
D
R
 
E
P
 
P
L
 
V
N
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
M
K
 
K
L
 
L
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
|
R
L
 
L
G
 
G
F
 
V
T
 
R
L
 
P
E
 
E
G
 
Q
L
 
A
R
 
E
D
 
A
C
 
F
H
 
Y
E
 
H
R
 
R
L
 
L
K
 
T
G
 
Q
K
 
C
A
 
K
Q
 
N
V
 
V
G
 
R
E
 
Q
-
 
P
L
 
V
N
 
N
L
 
I
I
 
V
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
R
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
P
G
 
K
H
 
C
P
 
G
L
 
A
T
 
T
E
 
E
L
 
K
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
R
 
I
Y
 
F
A
 
N
E
 
T
L
 
F
L
 
C
S
 
E
L
 
G
E
 
K
F
 
P
D
 
G
N
 
Q
C
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
A
N
x
A
S
|
S
A
 
G
A
 
G
V
 
I
L
 
L
T
 
L
L
 
W
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
H
 
H
M
 
F
A
 
D
W
 
W
I
 
V
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
P
F
 
L
A
 
E
E
 
D
L
 
R
S
 
S
-
 
T
A
 
G
Q
 
A
E
 
D
L
 
F
G
 
G
L
 
C
R
 
Q
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
S
L
 
L
T
 
T
G
 
S
A
 
S
L
 
L
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
D
 
E
V
 
H
S
 
K
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
G
S
 
T
W
 
W
V
 
V
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
A
 
D
S
 
T
R
 
R
I
 
L
G
 
G
T
 
V
V
 
V
S
 
A
C
 
M
G
 
G
Y
 
F
A
 
G
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
T
 
A
A
 
A
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
S
 
P
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
N
G
 
G
Q
 
R
R
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
I
A
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
A
M
|
M
D
|
D
M
 
M
L
 
I
A
 
C
V
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
G
D
 
P
L
 
Q
P
 
A
Q
 
Q
A
 
D
Q
 
K
L
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
P
V
 
V
E
 
I
L
 
L
W
 
W
G
 
G
A
 
E
Q
 
G
M
 
L
P
 
P
I
 
V
D
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
M
C
 
T
G
 
K
T
 
V
I
 
S
G
 
A
Y
|
Y
E
 
E
L
 
L
L
 
I
T
 
T
K
 
R
V
 
L
T
 
T
G
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
A
R
 
M
R
 
K
Y
 
Y
I
 
V

3b8tA Crystal structure of escherichia coli alaine racemase mutant p219a (see paper)
42% identity, 100% coverage: 1:357/358 of query aligns to 1:358/359 of 3b8tA

query
sites
3b8tA
M
 
M
R
 
Q
P
 
A
L
 
A
V
 
T
A
 
V
T
 
V
V
 
I
D
 
N
L
 
R
T
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
L
L
 
Q
L
 
R
A
 
L
K
 
R
Q
 
E
C
 
L
A
 
A
P
 
P
Q
 
A
R
 
S
K
 
K
A
 
M
F
 
V
A
 
A
V
|
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
L
C
 
L
E
 
E
A
 
T
V
 
A
T
 
R
A
 
T
L
 
L
R
 
P
E
 
D
I
 
-
A
 
A
D
 
D
G
 
A
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
R
L
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
L
D
 
R
I
 
L
R
 
R
R
 
A
S
 
G
A
 
G
P
 
I
D
 
T
A
 
K
R
 
P
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
|
L
E
 
E
G
 
G
C
 
F
F
 
F
E
 
D
P
 
A
A
 
R
E
 
D
Y
 
L
L
 
P
R
 
T
A
 
I
A
 
S
E
 
A
L
 
Q
G
 
H
L
 
F
D
 
H
V
 
T
A
 
A
V
 
V
Q
 
H
D
 
N
Q
 
E
R
 
E
Q
 
Q
A
 
L
D
 
A
W
 
A
L
 
L
L
 
E
A
 
E
A
 
A
N
 
S
I
 
L
S
 
D
R
 
E
P
 
P
L
 
V
N
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
M
K
 
K
L
 
L
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
|
R
L
 
L
G
 
G
F
 
V
T
 
R
L
 
P
E
 
E
G
 
Q
L
 
A
R
 
E
D
 
A
C
 
F
H
 
Y
E
 
H
R
 
R
L
 
L
K
 
T
G
 
Q
K
 
C
A
 
K
Q
 
N
V
 
V
G
 
R
E
 
Q
-
 
P
L
 
V
N
 
N
L
 
I
I
 
V
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
R
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
P
G
 
K
H
 
C
P
 
G
L
 
A
T
 
T
E
 
E
L
 
K
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
R
 
I
Y
 
F
A
 
N
E
 
T
L
 
F
L
 
C
S
 
E
L
 
G
E
 
K
F
 
P
D
 
G
N
 
Q
C
 
R
S
 
S
L
 
I
A
 
A
N
x
A
S
|
S
A
 
G
A
 
G
V
 
I
L
 
L
T
 
L
L
 
W
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
H
 
H
M
 
F
A
 
D
W
 
W
I
 
V
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
A
F
 
L
A
 
E
E
 
D
L
 
R
S
 
S
-
 
T
A
 
G
Q
 
A
E
 
D
L
 
F
G
 
G
L
 
C
R
 
Q
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
S
L
 
L
T
 
T
G
 
S
A
 
S
L
 
L
I
 
I
A
 
A
V
 
V
R
 
R
D
 
E
V
 
H
S
 
K
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
G
S
 
T
W
 
W
V
 
V
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
A
 
D
S
 
T
R
 
R
I
 
L
G
 
G
T
 
V
V
 
V
S
 
A
C
 
M
G
 
G
Y
 
Y
A
 
G
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
T
 
A
A
 
A
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
S
 
P
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
N
G
 
G
Q
 
R
R
 
E
V
 
V
P
 
P
L
 
I
A
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
A
M
 
M
D
|
D
M
 
M
L
 
I
A
 
C
V
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
G
D
 
P
L
 
Q
P
 
A
Q
 
Q
A
 
D
Q
 
K
L
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
P
V
 
V
E
 
I
L
 
L
W
 
W
G
 
G
A
 
E
Q
 
G
M
 
L
P
 
P
I
 
V
D
 
E
E
 
R
L
 
I
A
 
A
Q
 
E
A
 
M
C
 
T
G
 
K
T
 
V
I
 
S
G
 
A
Y
|
Y
E
 
E
L
 
L
L
 
I
T
 
T
K
 
R
V
 
L
T
 
T
G
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
A
R
 
M
R
 
K
Y
 
Y
I
 
V

5fagA Alanine racemase from streptomyces coelicolor a3(2) with bound propionate inhibitor (see paper)
38% identity, 98% coverage: 6:357/358 of query aligns to 17:388/390 of 5fagA

query
sites
5fagA
A
 
A
T
 
E
V
x
I
D
 
D
L
 
L
T
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
A
N
 
N
Y
 
V
L
 
R
L
 
A
A
 
L
K
 
R
Q
 
E
C
 
R
A
 
A
P
 
P
Q
 
G
R
 
A
K
 
A
A
 
L
F
 
M
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
|
A
N
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
I
E
 
P
A
 
C
V
 
A
T
 
R
A
 
A
L
 
A
R
 
V
E
 
A
I
 
A
A
 
G
D
 
A
G
 
T
F
 
W
-
 
L
A
 
G
V
 
T
A
 
A
C
 
T
L
 
P
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
E
 
L
D
 
A
I
 
L
R
 
R
R
 
A
S
 
A
A
 
E
P
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
D
D
 
D
A
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
M
L
 
C
L
x
W
E
 
-
G
 
-
C
 
L
F
 
W
E
 
T
P
 
P
A
 
G
E
 
G
Y
 
P
L
 
W
R
 
R
-
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
E
L
 
A
G
 
R
L
 
L
D
 
D
V
 
V
A
 
S
V
 
V
Q
 
S
D
 
A
Q
 
M
R
 
W
Q
 
A
A
 
M
D
 
E
W
 
E
L
 
V
L
 
T
A
 
G
A
 
A
N
 
A
I
 
R
S
 
A
R
 
A
-
 
G
-
 
V
P
 
P
L
 
A
N
 
R
V
 
V
W
 
Q
L
 
L
K
 
K
L
 
A
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
L
H
 
G
R
|
R
L
 
G
G
 
G
F
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
-
R
 
-
D
 
-
C
 
C
H
 
Q
-
 
P
-
 
G
-
 
A
-
 
D
-
 
W
E
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
V
G
 
G
K
 
A
A
 
A
Q
 
L
V
 
R
G
 
A
E
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
R
-
 
V
L
 
T
N
 
G
L
 
L
I
x
W
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
C
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
P
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
S
T
 
I
E
 
A
L
 
A
Q
 
Q
L
 
L
E
 
T
R
 
R
-
 
F
-
 
R
-
 
E
-
 
M
-
 
T
-
 
A
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
L
 
Q
L
 
R
S
 
G
L
 
L
E
 
R
F
 
P
D
 
E
N
 
V
C
 
R
S
 
H
L
 
I
A
 
A
N
|
N
S
|
S
A
 
P
A
 
A
V
 
T
L
 
L
T
 
T
L
 
L
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
H
 
H
M
 
F
A
 
D
W
 
L
I
 
V
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
P
F
 
S
A
 
P
E
 
E
L
 
I
-
 
G
S
 
T
A
 
P
Q
 
A
E
 
D
L
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
T
L
 
L
T
 
A
G
 
A
A
 
S
L
 
L
I
 
A
A
 
L
V
 
V
R
 
K
D
 
Q
V
 
V
S
 
P
E
 
G
G
 
G
E
 
H
S
 
G
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
A
 
H
S
 
H
W
 
Y
V
 
T
A
 
T
Q
 
P
R
 
G
A
 
E
S
 
T
R
 
T
I
 
L
G
 
G
T
 
L
V
 
V
S
 
P
C
 
L
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
P
 
P
R
 
R
T
 
H
A
 
A
P
 
S
S
 
S
G
 
S
T
 
G
S
 
P
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
D
G
 
G
Q
 
K
R
 
W
V
 
R
P
 
T
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
S
x
A
M
 
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
F
A
 
V
V
 
V
D
 
D
L
 
L
-
 
G
T
 
G
D
 
D
L
 
R
P
 
P
Q
 
E
A
 
P
Q
 
-
L
 
-
G
 
G
D
 
A
A
 
E
V
 
A
E
 
V
L
 
L
W
 
F
G
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
D
-
 
R
A
 
G
Q
 
E
M
 
P
P
 
T
I
 
A
D
 
E
E
 
D
L
 
W
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
C
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
I
G
 
A
Y
|
Y
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
T
K
 
R
V
 
I
T
 
G
G
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
P
R
 
R
R
 
V
Y
 
Y
I
 
V

5fajA Alanine racemase from streptomyces coelicolor a3(2) in complex with d- cycloserine (see paper)
38% identity, 98% coverage: 6:357/358 of query aligns to 12:383/385 of 5fajA

query
sites
5fajA
A
 
A
T
 
E
V
x
I
D
 
D
L
 
L
T
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
A
N
 
N
Y
 
V
L
 
R
L
 
A
A
 
L
K
 
R
Q
 
E
C
 
R
A
 
A
P
 
P
Q
 
G
R
 
A
K
 
A
A
 
L
F
 
M
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
|
A
N
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
I
E
 
P
A
 
C
V
 
A
T
 
R
A
 
A
L
 
A
R
 
V
E
 
A
I
 
A
A
 
G
D
 
A
G
 
T
F
 
W
-
 
L
A
 
G
V
 
T
A
 
A
C
 
T
L
 
P
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
E
 
L
D
 
A
I
 
L
R
 
R
R
 
A
S
 
A
A
 
E
P
 
P
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
D
D
 
D
A
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
M
L
 
C
L
x
W
E
 
-
G
 
-
C
 
L
F
 
W
E
 
T
P
 
P
A
 
G
E
 
G
Y
 
P
L
 
W
R
 
R
-
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
E
L
 
A
G
 
R
L
 
L
D
 
D
V
 
V
A
 
S
V
 
V
Q
 
S
D
 
A
Q
 
M
R
 
W
Q
 
A
A
 
M
D
 
E
W
 
E
L
 
V
L
 
T
A
 
G
A
 
A
N
 
A
I
 
R
S
 
A
R
 
A
-
 
G
-
 
V
P
 
P
L
 
A
N
 
R
V
 
V
W
 
Q
L
 
L
K
 
K
L
 
A
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
L
H
 
G
R
|
R
L
 
G
G
 
G
F
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
-
R
 
-
D
 
-
C
 
C
H
 
Q
-
 
P
-
 
G
-
 
A
-
 
D
-
 
W
E
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
V
G
 
G
K
 
A
A
 
A
Q
 
L
V
 
R
G
 
A
E
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
R
-
 
V
L
 
T
N
 
G
L
 
L
I
x
W
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
C
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
P
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
S
T
 
I
E
 
A
L
 
A
Q
 
Q
L
 
L
E
 
T
R
 
R
-
 
F
-
 
R
-
 
E
-
 
M
-
 
T
-
 
A
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
L
 
Q
L
 
R
S
 
G
L
 
L
E
 
R
F
 
P
D
 
E
N
 
V
C
 
R
S
 
H
L
 
I
A
 
A
N
|
N
S
|
S
A
 
P
A
 
A
V
 
T
L
 
L
T
 
T
L
 
L
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
H
 
H
M
 
F
A
 
D
W
 
L
I
 
V
R
|
R
P
|
P
G
|
G
I
|
I
M
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
P
F
 
S
A
 
P
E
 
E
L
 
I
-
 
G
S
 
T
A
 
P
Q
 
A
E
 
D
L
 
F
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
T
L
 
L
T
 
A
G
 
A
A
 
S
L
 
L
I
 
A
A
 
L
V
 
V
R
 
K
D
 
Q
V
 
V
S
 
P
E
 
G
G
 
G
E
 
H
S
 
G
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
A
 
H
S
 
H
W
 
Y
V
 
T
A
 
T
Q
 
P
R
 
G
A
 
E
S
 
T
R
 
T
I
 
L
G
 
G
T
 
L
V
 
V
S
 
P
C
 
L
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
P
 
P
R
 
R
T
 
H
A
 
A
P
 
S
S
 
S
G
 
S
T
 
G
S
 
P
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
D
G
 
G
Q
 
K
R
 
W
V
 
R
P
 
T
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
S
x
A
M
|
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
F
A
 
V
V
 
V
D
 
D
L
 
L
-
 
G
T
 
G
D
 
D
L
 
R
P
 
P
Q
 
E
A
 
P
Q
 
-
L
 
-
G
 
G
D
 
A
A
 
E
V
 
A
E
 
V
L
 
L
W
 
F
G
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
D
-
 
R
A
 
G
Q
 
E
M
 
P
P
 
T
I
 
A
D
 
E
E
 
D
L
 
W
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
C
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
I
G
 
A
Y
|
Y
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
T
K
 
R
V
 
I
T
 
G
G
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
P
R
 
R
R
 
V
Y
 
Y
I
 
V

6q70A Crystal structure of the alanine racemase bsu17640 from bacillus subtilis in the presence of hepes (see paper)
35% identity, 98% coverage: 8:357/358 of query aligns to 12:379/386 of 6q70A

query
sites
6q70A
V
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
L
 
V
R
 
K
H
 
K
N
 
N
Y
 
L
L
 
R
L
 
A
A
 
I
K
 
R
Q
 
R
C
 
H
A
 
I
P
 
P
Q
 
H
R
 
K
-
 
S
K
 
K
A
 
I
F
 
M
A
 
A
V
|
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
S
C
 
I
E
 
E
-
 
V
A
 
A
V
 
R
T
 
H
A
 
A
L
 
L
R
 
E
E
 
H
I
 
G
A
 
A
D
 
S
G
 
E
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
C
 
S
L
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
G
E
 
I
D
 
V
I
 
L
R
 
R
R
 
K
S
 
A
A
 
G
P
 
I
D
 
T
A
 
A
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
V
L
|
L
E
 
-
G
 
G
C
 
F
F
 
T
E
 
S
P
 
L
A
 
S
E
 
C
Y
 
V
L
 
K
R
 
K
A
 
S
A
 
A
E
 
A
L
 
W
G
 
N
L
 
I
D
 
T
V
 
L
A
 
S
V
 
A
Q
 
-
D
 
-
Q
 
-
R
 
F
Q
 
Q
A
 
V
D
 
D
W
 
W
L
 
M
L
 
K
A
 
E
A
 
A
N
 
N
-
 
E
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
E
-
 
A
I
 
S
S
 
A
R
 
N
P
 
R
L
 
L
N
 
A
V
 
I
W
 
H
L
 
I
K
 
N
L
 
V
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
|
R
L
 
L
G
 
G
F
 
V
-
 
R
T
 
T
L
 
K
E
 
E
G
 
E
L
 
L
R
 
L
D
 
E
C
 
V
H
 
V
E
 
K
R
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
A
K
 
S
A
 
K
Q
 
F
V
 
L
G
 
R
E
 
W
L
 
T
N
 
G
L
 
I
I
 
F
S
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
C
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
P
G
 
D
H
 
T
P
 
T
L
 
L
T
 
T
E
 
K
L
 
L
Q
 
Q
L
 
H
E
 
E
R
 
K
Y
 
F
A
 
I
E
 
S
L
 
F
L
 
L
S
 
S
-
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
Q
-
 
G
L
 
I
E
 
E
F
 
L
D
 
P
N
 
T
C
 
V
S
 
H
L
 
M
A
 
C
N
 
N
S
x
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
L
 
I
T
 
A
L
 
F
P
 
P
Q
 
E
A
 
F
H
 
S
M
 
A
A
 
D
W
 
M
I
 
I
R
|
R
P
 
L
G
|
G
I
|
I
M
 
G
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
L
T
 
Y
P
 
P
F
 
S
A
 
A
E
 
Y
L
 
I
S
 
K
A
 
Q
Q
 
L
E
 
N
L
 
L
-
 
V
G
 
K
L
 
L
R
 
E
P
 
P
V
 
A
M
 
L
T
 
S
L
 
L
T
 
K
G
 
A
A
 
R
L
 
I
I
 
A
A
 
Y
V
 
V
R
 
K
D
 
T
V
 
M
-
 
R
S
 
T
E
 
E
G
 
P
E
 
R
S
 
T
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
T
W
 
Y
V
 
I
A
 
A
Q
 
E
R
 
P
A
 
N
S
 
E
R
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
T
V
 
L
S
 
P
C
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
S
R
 
R
T
 
-
A
 
A
P
 
L
S
 
S
G
 
N
T
 
R
S
 
G
V
 
F
V
 
V
I
 
L
H
 
H
-
 
R
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
T
M
 
M
D
|
D
M
 
M
L
 
I
A
 
M
V
 
V
D
 
S
L
 
L
T
 
G
D
 
E
L
 
N
P
 
G
Q
 
E
A
 
G
Q
 
K
L
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
E
 
V
L
 
I
W
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
Q
-
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
M
 
I
P
 
S
I
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
M
C
 
L
G
 
N
T
 
T
I
 
I
G
 
N
Y
|
Y
E
 
E
L
 
V
L
 
V
T
 
S
K
 
T
V
 
L
T
 
S
G
 
R
R
 
R
V
 
I
P
 
P
R
 
R
R
 
F
Y
 
Y
I
 
I

5irpA Crystal structure of the alanine racemase bsu17640 from bacillus subtilis (see paper)
35% identity, 98% coverage: 8:357/358 of query aligns to 12:379/386 of 5irpA

query
sites
5irpA
V
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
D
A
 
A
L
 
V
R
 
K
H
 
K
N
 
N
Y
 
L
L
 
R
L
 
A
A
 
I
K
 
R
Q
 
R
C
 
H
A
 
I
P
 
P
Q
 
H
R
 
K
-
 
S
K
 
K
A
 
I
F
 
M
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
S
C
 
I
E
 
E
-
 
V
A
 
A
V
 
R
T
 
H
A
 
A
L
 
L
R
 
E
E
 
H
I
 
G
A
 
A
D
 
S
G
 
E
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
C
 
S
L
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
G
E
 
I
D
 
V
I
 
L
R
 
R
R
 
K
S
 
A
A
 
G
P
 
I
D
 
T
A
 
A
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
V
L
|
L
E
 
-
G
 
G
C
 
F
F
 
T
E
 
S
P
 
L
A
 
S
E
 
C
Y
 
V
L
 
K
R
 
K
A
 
S
A
 
A
E
 
A
L
 
W
G
 
N
L
 
I
D
 
T
V
 
L
A
 
S
V
 
A
Q
 
-
D
 
-
Q
 
-
R
 
F
Q
 
Q
A
 
V
D
 
D
W
 
W
L
 
M
L
 
K
A
 
E
A
 
A
N
 
N
-
 
E
-
 
I
-
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
E
-
 
A
I
 
S
S
 
A
R
 
N
P
 
R
L
 
L
N
 
A
V
 
I
W
 
H
L
 
I
K
 
N
L
 
V
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
|
R
L
 
L
G
 
G
F
 
V
-
 
R
T
 
T
L
 
K
E
 
E
G
 
E
L
 
L
R
 
L
D
 
E
C
 
V
H
 
V
E
 
K
R
 
A
L
|
L
K
|
K
G
 
A
K
x
S
A
 
K
Q
 
F
V
x
L
G
 
R
E
 
W
L
 
T
N
 
G
L
 
I
I
 
F
S
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
C
 
T
A
 
A
D
|
D
E
 
E
R
 
P
G
 
D
H
 
T
P
 
T
L
 
L
T
 
T
E
 
K
L
 
L
Q
 
Q
L
 
H
E
 
E
R
 
K
Y
 
F
A
 
I
E
 
S
L
 
F
L
 
L
S
 
S
-
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
Q
-
 
G
L
 
I
E
 
E
F
 
L
D
 
P
N
 
T
C
 
V
S
 
H
L
 
M
A
 
C
N
|
N
S
x
T
A
 
A
A
 
A
V
 
A
L
 
I
T
 
A
L
 
F
P
 
P
Q
 
E
A
 
F
H
 
S
M
 
A
A
 
D
W
 
M
I
 
I
R
|
R
P
 
L
G
|
G
I
|
I
M
 
G
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
L
T
 
Y
P
|
P
F
 
S
A
 
A
E
 
Y
L
 
I
S
 
K
A
 
Q
Q
 
L
E
 
N
L
 
L
-
 
V
G
 
K
L
 
L
R
 
E
P
 
P
V
 
A
M
 
L
T
 
S
L
 
L
T
 
K
G
 
A
A
 
R
L
 
I
I
 
A
A
 
Y
V
 
V
R
 
K
D
 
T
V
 
M
-
 
R
S
 
T
E
 
E
G
 
P
E
 
R
S
 
T
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
T
W
 
Y
V
 
I
A
 
A
Q
 
E
R
 
P
A
 
N
S
 
E
R
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
T
V
 
L
S
 
P
C
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
S
R
 
R
T
 
-
A
 
A
P
 
L
S
 
S
G
 
N
T
 
R
S
 
G
V
 
F
V
 
V
I
 
L
H
 
H
-
 
R
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
L
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
T
M
 
M
D
|
D
M
 
M
L
 
I
A
 
M
V
 
V
D
 
S
L
 
L
T
 
G
D
 
E
L
 
N
P
 
G
Q
 
E
A
 
G
Q
 
K
L
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
E
 
V
L
 
I
W
 
Y
-
 
G
-
 
K
-
 
Q
-
 
K
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
M
 
I
P
 
S
I
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
M
C
 
L
G
 
N
T
 
T
I
 
I
G
 
N
Y
|
Y
E
 
E
L
 
V
L
 
V
T
 
S
K
 
T
V
 
L
T
 
S
G
 
R
R
 
R
V
 
I
P
 
P
R
 
R
R
 
F
Y
 
Y
I
 
I

4y2wA Crystal structure of a thermostable alanine racemase from thermoanaerobacter tengcongensis mb4 (see paper)
31% identity, 100% coverage: 1:357/358 of query aligns to 6:375/388 of 4y2wA

query
sites
4y2wA
M
 
V
R
 
R
P
 
P
L
 
T
V
 
R
A
 
V
T
 
E
V
 
V
D
 
Y
L
 
L
T
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
T
H
 
H
N
 
N
Y
 
F
L
 
R
L
 
E
A
 
I
K
 
K
Q
 
K
C
 
I
A
 
V
P
 
G
Q
 
K
R
 
N
-
 
V
K
 
K
A
 
I
F
 
M
A
 
A
V
 
V
V
 
I
K
|
K
A
 
G
N
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
S
E
 
Y
A
 
V
V
 
A
T
 
K
A
 
F
L
 
L
-
 
E
R
 
K
E
 
E
I
 
G
A
 
V
D
 
D
G
 
Y
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
T
L
 
T
E
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
L
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
E
S
 
K
A
 
G
P
 
I
D
 
K
A
 
T
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
F
E
 
-
G
 
G
C
 
Y
F
 
T
E
 
P
P
 
P
A
 
T
E
 
Q
Y
 
L
L
 
R
R
 
Q
A
 
I
A
 
V
E
 
K
L
 
H
G
 
D
L
 
L
D
 
T
V
 
Q
A
 
T
V
 
V
Q
 
Y
D
 
D
Q
 
I
R
 
K
Q
 
Y
A
 
A
D
 
K
W
 
E
L
 
L
L
 
E
A
 
K
A
 
E
N
 
S
I
 
L
-
 
K
-
 
Q
S
 
N
R
 
K
P
 
R
L
 
A
N
 
K
V
 
V
W
 
H
L
 
I
K
 
K
L
 
I
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
L
H
 
G
R
|
R
L
 
I
G
 
G
F
 
Y
T
 
I
L
 
D
E
 
F
G
 
D
L
 
L
-
 
A
-
 
Q
R
 
K
D
 
E
C
 
I
H
 
L
E
 
E
R
 
M
L
 
A
K
 
N
G
 
M
K
 
R
A
 
G
Q
 
L
V
 
I
G
 
L
E
 
E
L
 
-
N
 
G
L
 
I
I
 
Y
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
A
A
 
A
D
 
S
E
 
E
R
 
D
G
 
D
H
 
R
P
 
D
L
 
Y
T
 
C
E
 
K
L
 
E
Q
 
Q
L
 
F
E
 
D
R
 
K
Y
 
F
A
 
M
E
 
N
L
 
L
L
 
I
S
 
S
-
 
S
-
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
K
-
 
R
L
 
L
E
 
K
F
 
I
D
 
P
N
 
L
C
 
K
S
 
H
L
 
I
A
 
A
N
|
N
S
x
A
A
 
A
A
 
A
V
 
I
L
 
L
T
 
N
L
 
L
P
 
N
Q
 
Y
A
 
S
H
 
H
M
 
L
A
 
D
W
 
M
I
 
V
R
|
R
P
 
P
G
 
G
I
|
I
M
 
I
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
A
 
A
T
 
Y
P
 
P
F
 
-
A
 
S
E
 
K
L
 
R
S
 
V
A
 
E
Q
 
R
E
 
K
L
 
V
G
 
E
L
 
L
R
 
R
P
 
E
V
 
T
M
 
L
T
 
R
L
 
F
T
 
T
G
 
T
A
 
R
L
 
V
I
 
V
A
 
H
V
 
L
R
 
K
D
 
D
V
 
V
S
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
F
S
 
F
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
K
S
 
S
W
 
F
V
 
V
A
 
T
Q
 
K
R
 
R
A
 
K
S
 
S
R
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
T
V
 
I
S
 
P
C
 
V
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
L
P
 
D
R
 
R
T
 
R
A
 
L
P
 
S
S
 
N
G
 
N
T
 
Y
S
 
K
V
 
L
V
 
L
I
 
L
H
 
K
G
 
G
Q
 
K
R
 
Y
V
 
V
P
 
P
L
 
I
A
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
C
M
|
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
C
A
 
M
V
 
I
D
 
D
L
 
V
T
 
T
D
 
D
L
 
V
P
 
E
Q
 
G
A
 
V
Q
 
E
L
 
I
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
E
 
V
L
 
I
W
 
I
G
 
G
A
 
T
Q
 
Q
-
 
N
-
 
N
-
 
E
-
 
T
M
 
V
P
 
S
I
 
V
D
 
E
E
 
S
L
 
M
A
 
A
Q
 
D
A
 
K
C
 
I
G
 
E
T
 
T
I
 
I
G
 
P
Y
 
Q
E
 
E
L
 
V
L
 
F
T
 
S
K
 
R
V
 
I
T
 
S
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
R
 
R
R
 
V
Y
 
Y
I
 
F

5yycA Crystal structure of alanine racemase from bacillus pseudofirmus (of4) (see paper)
35% identity, 99% coverage: 1:356/358 of query aligns to 6:366/368 of 5yycA

query
sites
5yycA
M
 
F
R
 
R
P
 
N
L
 
T
V
 
Y
A
 
A
T
 
Q
V
 
I
D
 
S
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
K
H
 
E
N
 
N
-
 
A
-
 
A
Y
 
S
L
 
F
L
 
K
A
 
A
K
 
S
Q
 
L
C
 
Q
A
 
S
P
 
P
Q
 
A
R
 
C
K
 
R
A
 
L
F
 
M
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
G
N
 
D
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
V
E
 
A
A
 
A
V
 
A
T
 
S
-
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
N
E
 
G
I
 
G
A
 
A
D
 
D
G
 
Y
F
 
L
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
I
L
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
E
 
I
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
A
A
 
G
P
 
V
D
 
E
A
 
A
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
V
L
 
L
E
 
-
G
 
G
C
 
Y
F
 
T
E
 
S
P
 
P
A
 
-
E
 
H
Y
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
A
-
 
I
-
 
S
-
 
R
E
 
N
L
 
I
G
 
T
L
 
L
D
 
T
V
 
V
A
 
F
V
 
S
Q
 
T
D
 
D
Q
 
V
R
 
R
Q
 
D
A
 
A
D
 
L
W
 
L
L
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
S
N
 
E
I
 
A
S
 
E
R
 
S
P
 
P
L
 
I
N
 
K
V
 
V
W
 
H
L
 
I
K
 
K
L
 
T
D
 
E
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
|
R
L
 
V
G
 
G
F
 
V
-
 
Q
T
 
T
L
 
K
E
 
E
G
 
E
L
 
L
R
 
L
D
 
D
C
 
V
H
 
M
E
 
T
R
 
P
L
 
L
K
 
Y
G
 
H
K
 
H
A
 
N
Q
 
N
V
 
I
G
 
E
E
 
V
L
 
E
N
 
G
L
 
I
I
 
F
S
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
E
A
 
A
D
 
D
E
 
N
R
 
L
G
 
Q
H
 
S
P
 
T
L
 
Y
T
 
T
E
 
D
L
 
E
Q
 
Q
L
 
F
E
 
A
R
 
R
Y
 
F
A
 
L
E
 
S
L
 
F
L
 
I
-
 
E
S
 
A
L
 
I
E
 
E
F
 
K
D
 
D
N
 
D
C
 
M
S
 
H
L
 
V
-
 
P
-
 
I
-
 
K
-
 
H
-
 
C
A
 
C
N
|
N
S
|
S
A
 
A
A
 
G
V
 
T
L
 
L
T
 
F
L
 
H
P
 
K
Q
 
D
A
 
K
H
 
H
M
 
L
A
 
D
W
 
M
I
 
V
R
|
R
P
 
V
G
|
G
I
|
I
M
 
S
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
L
T
 
R
P
 
P
F
 
D
A
 
V
E
 
S
L
 
L
S
 
E
A
 
F
Q
 
P
E
 
-
L
 
I
G
 
E
L
 
L
R
 
T
P
 
Q
V
 
A
M
 
M
T
 
R
L
 
L
T
 
F
G
 
S
A
 
S
L
 
I
I
 
V
A
 
S
V
 
L
R
 
R
D
 
K
V
 
L
S
 
P
E
 
E
G
 
G
E
 
S
S
 
S
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
A
 
R
S
 
T
W
 
H
V
 
K
A
 
L
Q
 
S
R
 
S
A
 
E
S
 
K
R
 
V
I
 
V
G
 
A
T
 
T
V
 
M
S
 
P
C
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
L
P
 
S
R
 
R
T
 
A
A
 
L
P
 
S
S
 
N
G
 
K
T
 
G
S
 
F
V
 
V
V
 
T
I
 
L
H
 
H
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
V
 
A
P
 
P
L
 
I
A
 
L
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
C
M
 
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
T
A
 
M
V
 
I
D
 
D
L
 
V
T
 
T
D
 
D
L
 
I
P
 
P
Q
 
D
A
 
A
Q
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
H
V
 
V
E
 
E
L
 
F
W
 
-
G
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
P
 
P
I
 
I
D
 
D
E
 
E
L
 
M
A
 
A
Q
 
E
A
 
L
C
 
T
G
 
G
T
 
T
I
 
I
G
 
N
Y
|
Y
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
C
K
 
A
V
 
V
T
 
S
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
R
 
R
R
 
Y
Y
 
Y

1vfsA Crystal structure of d-cycloserine-bound form of alanine racemase from d-cycloserine-producing streptomyces lavendulae (see paper)
36% identity, 99% coverage: 4:358/358 of query aligns to 6:375/383 of 1vfsA

query
sites
1vfsA
L
 
V
V
 
Y
A
 
A
T
 
E
V
 
I
D
 
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
L
 
V
R
 
R
H
 
A
N
 
N
Y
 
V
L
 
R
L
 
A
A
 
L
K
 
R
Q
 
A
C
 
R
A
 
A
P
 
P
Q
 
R
R
 
S
K
 
A
A
 
L
F
 
M
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
S
N
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
V
E
 
P
A
 
C
V
 
A
T
 
R
A
 
A
L
 
A
R
 
Q
E
 
E
I
 
A
A
 
G
D
 
A
G
 
A
F
 
W
-
 
L
A
 
G
V
 
T
A
 
A
C
 
T
L
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
L
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
A
S
 
A
A
 
G
P
 
I
D
 
Q
A
 
G
R
 
R
I
 
I
L
 
M
L
 
C
L
x
W
E
 
-
G
 
-
C
 
L
F
 
W
E
 
T
P
 
P
A
 
G
E
 
G
Y
 
P
L
 
W
R
 
R
A
 
E
A
 
A
-
 
I
E
 
E
L
 
T
G
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
S
V
 
V
Q
 
S
D
 
G
Q
 
M
R
 
W
Q
 
A
A
 
L
D
 
D
W
 
E
L
 
V
L
 
R
A
 
A
A
 
A
N
 
A
I
 
R
S
 
A
R
 
A
P
 
G
L
 
R
N
 
T
-
 
A
-
 
R
V
 
I
W
 
Q
L
 
L
K
 
K
L
 
A
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
L
H
 
G
R
|
R
L
 
N
G
 
G
F
 
C
T
 
Q
L
 
P
E
 
A
G
 
D
L
 
W
R
 
A
D
 
E
-
 
L
-
 
V
-
 
G
-
 
A
-
 
A
C
 
V
H
 
A
E
 
A
R
 
Q
L
 
A
K
 
E
G
 
G
K
 
T
A
 
V
Q
 
Q
V
 
V
G
 
-
E
 
-
L
 
T
N
 
G
L
 
V
I
 
W
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
C
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
P
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
S
T
 
I
E
 
R
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
E
 
D
R
 
A
-
 
F
-
 
R
-
 
D
-
 
M
-
 
L
-
 
A
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
L
 
K
L
 
E
S
 
G
L
 
V
E
 
D
F
 
P
D
 
E
N
 
V
C
 
R
S
 
H
L
 
I
A
 
A
N
 
N
S
|
S
A
 
P
A
 
A
V
 
T
L
 
L
T
 
T
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
T
H
 
H
M
 
F
A
 
D
W
 
L
I
 
V
R
|
R
P
 
T
G
|
G
I
 
L
M
 
A
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
P
F
 
S
A
 
P
E
 
E
L
 
L
-
 
G
S
 
T
A
 
P
Q
 
A
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
M
 
M
T
 
T
L
 
L
T
 
R
G
 
A
A
 
S
L
 
L
I
 
A
A
 
L
V
 
V
R
 
K
D
 
T
V
 
V
S
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
H
S
 
G
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
A
 
H
S
 
H
W
 
Y
V
 
V
A
 
T
Q
 
E
R
 
S
A
 
E
S
 
T
R
 
H
I
 
L
G
 
A
T
 
L
V
 
V
S
 
P
C
 
A
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
P
 
P
R
 
R
T
 
N
A
 
A
P
 
S
S
 
G
G
 
R
T
 
G
S
 
P
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
A
G
 
G
Q
 
K
R
 
I
V
 
R
P
 
R
L
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
S
 
A
M
|
M
D
 
D
M
 
Q
L
 
F
A
 
V
V
 
V
D
 
D
L
 
L
-
 
G
T
 
E
D
 
D
L
 
L
P
 
A
Q
 
E
A
 
A
Q
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
A
-
 
V
-
 
I
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
V
 
E
E
 
R
L
 
-
W
 
-
G
 
-
A
 
G
Q
 
E
M
 
P
P
 
T
I
 
A
D
 
E
E
 
D
L
 
W
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
C
 
A
G
 
H
T
 
T
I
 
I
G
 
A
Y
|
Y
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
T
K
 
R
V
 
I
T
 
G
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
R
 
R
R
 
V
Y
 
Y
I
 
L
G
 
G

1vfhA Crystal structure of alanine racemase from d-cycloserine producing streptomyces lavendulae (see paper)
36% identity, 99% coverage: 4:358/358 of query aligns to 6:375/382 of 1vfhA

query
sites
1vfhA
L
 
V
V
 
Y
A
 
A
T
 
E
V
 
I
D
 
D
L
 
L
T
 
D
A
 
A
L
 
V
R
 
R
H
 
A
N
 
N
Y
 
V
L
 
R
L
 
A
A
 
L
K
 
R
Q
 
A
C
 
R
A
 
A
P
 
P
Q
 
R
R
 
S
K
 
A
A
 
L
F
 
M
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
S
N
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
V
E
 
P
A
 
C
V
 
A
T
 
R
A
 
A
L
 
A
R
 
Q
E
 
E
I
 
A
A
 
G
D
 
A
G
 
A
F
 
W
-
 
L
A
 
G
V
 
T
A
 
A
C
 
T
L
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
A
E
 
L
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
A
S
 
A
A
 
G
P
 
I
D
 
Q
A
 
G
R
 
R
I
 
I
L
 
M
L
 
C
L
x
W
E
 
-
G
 
-
C
 
L
F
 
W
E
 
T
P
 
P
A
 
G
E
 
G
Y
 
P
L
 
W
R
 
R
A
 
E
A
 
A
-
 
I
E
 
E
L
 
T
G
 
D
L
 
I
D
 
D
V
 
V
A
 
S
V
 
V
Q
 
S
D
 
G
Q
 
M
R
 
W
Q
 
A
A
 
L
D
 
D
W
 
E
L
 
V
L
 
R
A
 
A
A
 
A
N
 
A
I
 
R
S
 
A
R
 
A
P
 
G
L
 
R
N
 
T
-
 
A
-
 
R
V
 
I
W
 
Q
L
 
L
K
 
K
L
 
A
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
L
H
 
G
R
|
R
L
 
N
G
 
G
F
 
C
T
 
Q
L
 
P
E
 
A
G
 
D
L
 
W
R
 
A
D
 
E
-
 
L
-
 
V
-
 
G
-
 
A
-
 
A
C
 
V
H
 
A
E
 
A
R
 
Q
L
 
A
K
 
E
G
 
G
K
 
T
A
 
V
Q
 
Q
V
 
V
G
 
-
E
 
-
L
 
T
N
 
G
L
 
V
I
 
W
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
C
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
P
G
 
G
H
 
H
P
 
P
L
 
S
T
 
I
E
 
R
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
E
 
D
R
 
A
-
 
F
-
 
R
-
 
D
-
 
M
-
 
L
-
 
A
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
L
 
K
L
 
E
S
 
G
L
 
V
E
 
D
F
 
P
D
 
E
N
 
V
C
 
R
S
 
H
L
 
I
A
 
A
N
 
N
S
|
S
A
 
P
A
 
A
V
 
T
L
 
L
T
 
T
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
T
H
 
H
M
 
F
A
 
D
W
 
L
I
 
V
R
|
R
P
 
T
G
|
G
I
x
L
M
 
A
L
 
V
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
P
F
 
S
A
 
P
E
 
E
L
 
L
-
 
G
S
 
T
A
 
P
Q
 
A
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
V
 
A
M
 
M
T
 
T
L
 
L
T
 
R
G
 
A
A
 
S
L
 
L
I
 
A
A
 
L
V
 
V
R
 
K
D
 
T
V
 
V
S
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
H
S
 
G
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
A
 
H
S
 
H
W
 
Y
V
 
V
A
 
T
Q
 
E
R
 
S
A
 
E
S
 
T
R
 
H
I
 
L
G
 
A
T
 
L
V
 
V
S
 
P
C
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
P
 
P
R
 
R
T
 
N
A
 
A
P
 
S
S
 
G
G
 
R
T
 
G
S
 
P
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
A
G
 
G
Q
 
K
R
 
I
V
 
R
P
 
R
L
 
A
A
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
S
x
A
M
 
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
F
A
 
V
V
 
V
D
 
D
L
 
L
-
 
G
T
 
E
D
 
D
L
 
L
P
 
A
Q
 
E
A
 
A
Q
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
A
-
 
V
-
 
I
L
 
L
G
 
G
D
 
D
A
 
A
V
 
E
E
 
R
L
 
-
W
 
-
G
 
-
A
 
G
Q
 
E
M
 
P
P
 
T
I
 
A
D
 
E
E
 
D
L
 
W
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
C
 
A
G
 
H
T
 
T
I
 
I
G
 
A
Y
|
Y
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
T
K
 
R
V
 
I
T
 
G
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
R
 
R
R
 
V
Y
 
Y
I
 
L
G
 
G

P0A2W8 Alanine racemase; EC 5.1.1.1 from Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (see paper)
34% identity, 99% coverage: 2:356/358 of query aligns to 7:366/367 of P0A2W8

query
sites
P0A2W8
R
 
R
P
 
P
L
 
T
V
 
K
A
 
A
T
 
L
V
 
I
D
 
H
L
 
L
T
 
G
A
 
A
L
 
I
R
 
R
H
 
Q
N
 
N
Y
 
I
L
 
Q
L
 
Q
A
 
M
K
 
G
Q
 
A
C
 
H
A
 
I
P
 
P
Q
 
Q
R
 
G
K
 
T
-
 
L
A
 
K
F
 
L
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
 
K
A
 
A
N
 
N
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
V
E
 
A
A
 
V
V
 
A
T
 
K
A
 
A
L
 
I
R
 
Q
E
 
D
I
 
D
A
 
V
D
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
C
V
 
V
A
 
S
C
 
N
L
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
E
 
I
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
S
 
A
A
 
G
P
 
L
D
 
S
A
 
K
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
L
E
 
-
G
 
G
C
 
V
F
 
S
E
 
E
P
 
I
A
 
E
E
 
A
Y
 
V
L
 
A
R
 
L
A
 
A
A
 
K
E
 
E
L
 
Y
G
 
D
L
 
F
D
 
T
V
 
L
A
 
T
V
 
V
Q
 
A
D
 
G
Q
 
L
R
 
E
Q
 
W
A
 
I
D
 
Q
W
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
D
A
 
K
N
 
E
I
 
V
S
 
D
R
 
L
P
 
T
-
 
G
L
 
L
N
 
T
V
 
V
W
 
H
L
 
L
K
|
K
L
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
 
R
L
 
I
G
 
G
F
 
F
T
 
R
L
 
E
E
 
A
G
 
S
L
 
E
R
 
V
D
 
E
C
 
Q
H
 
A
E
 
Q
R
 
D
L
 
L
K
 
L
G
 
Q
K
 
Q
A
 
H
Q
 
G
V
 
V
G
 
C
E
 
V
L
 
E
N
 
G
L
 
I
I
 
F
S
 
T
H
 
H
F
 
F
A
 
A
C
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
E
G
 
S
H
 
D
P
 
D
L
 
Y
T
 
F
E
 
N
L
 
A
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
R
 
R
Y
 
F
A
 
K
E
 
T
L
 
I
L
 
L
S
 
A
L
 
S
E
 
M
F
 
K
D
 
E
N
 
V
C
 
P
S
 
E
L
 
L
-
 
V
-
 
H
-
 
A
A
 
S
N
 
N
S
 
S
A
 
A
A
 
T
V
 
T
L
 
L
T
 
W
L
 
H
P
 
V
Q
 
E
A
 
T
H
 
I
M
 
F
A
 
N
W
 
A
I
 
V
R
 
R
P
 
M
G
 
G
I
 
D
M
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
A
 
L
T
 
N
P
 
P
F
 
S
A
 
G
E
 
A
L
 
V
S
 
L
A
 
D
Q
 
L
E
 
P
L
 
Y
G
 
D
L
 
L
R
 
I
P
 
P
V
 
A
M
 
L
T
 
T
L
 
L
T
 
E
G
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
V
A
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
T
V
 
V
S
 
P
E
 
A
G
 
G
E
 
A
S
 
C
V
 
M
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
T
W
 
Y
V
 
Q
A
 
A
Q
 
D
R
 
S
A
 
E
S
 
Q
R
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
T
V
 
V
S
 
P
C
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
W
P
 
T
R
 
R
T
 
D
A
 
M
P
 
-
S
 
Q
G
 
N
T
 
F
S
 
S
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
A
V
 
C
P
 
P
L
 
I
A
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
 
S
M
 
M
D
 
D
M
 
Q
L
 
I
A
 
T
V
 
I
D
 
R
L
 
L
T
 
P
D
 
K
L
 
L
P
 
-
Q
 
-
A
 
Y
Q
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
T
A
 
K
V
 
V
E
 
T
L
 
L
W
 
I
G
 
G
A
 
S
-
 
N
-
 
G
-
 
D
-
 
K
Q
 
E
M
 
I
P
 
T
I
 
A
D
 
T
E
 
Q
L
 
V
A
 
A
Q
 
T
A
 
Y
C
 
R
G
 
V
T
 
T
I
 
I
G
 
N
Y
 
Y
E
 
E
L
 
V
L
 
V
T
 
C
K
 
L
V
 
L
T
 
S
G
 
D
R
 
R
V
 
I
P
 
P
R
 
R
R
 
E
Y
 
Y

3e6eA Crystal structure of alanine racemase from e.Faecalis complex with cycloserine (see paper)
33% identity, 99% coverage: 2:356/358 of query aligns to 6:369/370 of 3e6eA

query
sites
3e6eA
R
 
R
P
 
P
L
 
T
V
 
R
A
 
L
T
 
H
V
 
I
D
 
D
L
 
T
T
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
H
 
E
N
 
N
Y
 
V
L
 
Q
L
 
K
A
 
E
K
 
C
Q
 
Q
C
 
R
A
 
L
P
 
P
Q
 
E
R
 
G
K
 
T
A
 
A
-
 
L
F
 
F
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
V
E
 
E
A
 
S
V
 
A
T
 
K
A
 
A
L
 
A
R
 
K
E
 
K
I
 
G
-
 
G
A
 
A
D
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
C
V
 
V
A
 
A
C
 
L
L
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
E
 
I
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
E
S
 
A
A
 
G
P
 
V
D
 
Q
A
 
D
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
I
L
|
L
-
 
S
-
 
V
-
 
V
E
 
D
G
 
L
C
 
A
F
 
Y
E
 
V
P
 
P
A
 
-
E
 
-
Y
 
L
L
 
L
R
 
I
A
 
Q
A
 
Y
E
 
D
L
 
L
G
 
S
L
 
V
D
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
T
Q
 
Q
D
 
E
Q
 
-
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
W
 
W
L
 
L
L
 
E
A
 
A
A
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
Q
-
 
L
-
 
T
-
 
P
N
 
E
I
 
S
S
 
N
R
 
T
P
 
P
L
 
L
N
 
R
V
 
V
W
 
H
L
 
L
K
 
K
L
 
V
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
|
R
L
 
I
G
 
G
F
 
F
-
 
L
T
 
T
L
 
P
E
 
E
G
 
E
L
 
T
R
 
K
D
 
Q
C
 
A
H
 
V
E
 
R
R
 
F
L
 
V
K
 
Q
G
 
S
K
 
H
A
 
K
Q
 
E
V
 
F
G
 
L
E
 
W
L
 
E
N
 
G
L
 
I
I
 
F
S
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
C
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
I
G
 
D
H
 
T
P
 
S
L
 
Y
T
 
F
E
 
E
L
 
K
Q
 
Q
L
 
A
E
 
G
R
 
R
Y
 
F
A
 
K
E
 
A
L
 
V
L
 
L
S
 
A
L
 
V
E
 
L
F
 
E
D
 
E
-
 
L
-
 
P
-
 
R
N
 
Y
C
 
V
S
 
H
L
 
V
A
 
S
N
 
N
S
|
S
A
 
A
A
 
T
V
 
A
L
 
L
T
 
W
L
 
H
P
 
P
Q
 
D
A
 
V
H
 
P
M
 
G
A
 
N
W
 
M
I
 
I
R
|
R
P
 
Y
G
|
G
I
x
V
M
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
A
 
L
T
 
N
P
 
P
F
 
S
A
 
G
E
 
N
L
 
K
S
 
L
A
 
A
Q
 
P
E
 
S
L
 
Y
G
 
A
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
M
 
L
T
 
R
L
 
L
T
 
T
G
 
S
A
 
E
L
 
L
I
 
I
A
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
V
 
L
S
 
A
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
G
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
E
S
 
T
W
 
Y
V
 
V
A
 
T
Q
 
E
R
 
A
A
 
E
S
 
E
R
 
W
I
 
I
G
 
G
T
 
T
V
 
V
S
 
P
C
 
I
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
H
A
 
L
P
 
-
S
 
Q
G
 
G
T
 
F
S
 
T
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
N
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
V
 
C
P
 
E
L
 
I
A
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
C
M
|
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
C
A
 
M
V
 
I
D
 
R
L
 
L
T
 
A
D
 
E
L
 
-
P
 
-
Q
 
E
A
 
V
Q
 
P
L
 
V
G
 
G
D
 
P
A
 
V
V
 
V
E
 
T
L
 
L
W
 
V
G
 
G
A
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
N
-
 
E
Q
 
E
M
 
N
P
 
T
I
 
L
D
 
Q
E
 
M
L
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
C
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
G
 
H
Y
|
Y
E
 
E
L
 
V
L
 
A
T
 
C
K
 
T
V
 
F
T
 
S
G
 
Q
R
 
R
V
 
I
P
 
P
R
 
R
R
 
E
Y
 
Y

6g59A Structure of the alanine racemase from staphylococcus aureus in complex with an pyridoxal-6- phosphate derivative (see paper)
34% identity, 99% coverage: 2:356/358 of query aligns to 12:373/387 of 6g59A

query
sites
6g59A
R
 
R
P
 
S
L
 
A
V
 
Y
A
 
M
T
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
N
A
 
A
L
 
V
R
 
A
H
 
S
N
 
N
Y
 
F
L
 
K
L
 
V
A
 
F
K
 
S
Q
 
T
C
 
L
A
 
H
P
 
P
Q
 
N
R
 
K
K
 
T
A
 
V
F
 
M
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
L
G
 
G
A
 
S
C
 
V
E
 
K
A
 
V
V
 
A
T
 
R
A
 
H
L
 
L
R
 
M
E
 
E
I
 
N
-
 
G
A
 
A
D
 
T
G
 
F
F
 
F
A
 
A
V
 
V
A
 
A
C
 
T
L
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
E
 
I
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
M
S
 
H
A
 
G
P
 
I
D
 
T
A
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
L
L
 
V
L
|
L
E
 
-
G
 
G
C
 
V
F
 
L
E
 
P
P
 
A
A
 
K
E
 
D
Y
 
I
L
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
I
E
 
Q
L
 
H
G
 
R
L
 
V
D
 
A
V
 
L
A
 
T
V
 
V
Q
 
P
D
 
S
Q
 
K
R
 
Q
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
W
 
W
L
 
L
L
 
K
A
 
E
A
 
A
-
 
I
-
 
K
N
 
N
I
 
I
S
 
S
-
 
G
-
 
E
R
 
Q
P
 
E
L
 
K
N
 
K
V
 
L
W
 
W
L
 
L
-
 
H
-
 
I
K
 
K
L
 
L
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
|
R
L
 
L
G
 
G
F
 
I
T
 
K
-
 
D
L
 
T
E
 
N
G
 
T
L
 
Y
R
 
Q
D
 
E
C
 
V
H
 
I
E
 
E
R
 
I
L
 
I
K
 
Q
G
 
Q
K
 
Y
A
 
E
Q
 
Q
V
 
L
G
 
V
E
 
F
L
 
E
N
 
G
L
 
V
I
 
F
S
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
C
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
P
G
 
G
H
 
D
P
 
M
L
 
T
T
 
T
E
 
E
L
 
-
Q
 
Q
L
 
Y
E
 
Q
R
 
R
Y
 
F
A
 
K
E
 
D
L
 
M
L
 
V
S
 
N
L
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
K
-
 
P
E
 
E
F
 
Y
D
 
I
N
 
H
C
 
C
S
 
Q
L
 
-
A
 
-
N
 
N
S
|
S
A
 
A
A
 
G
V
 
S
L
 
L
T
 
L
L
 
M
P
 
D
Q
 
C
A
 
Q
H
 
F
M
 
C
A
 
N
W
 
A
I
 
I
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
S
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
Y
T
 
Y
P
 
P
F
 
-
A
 
S
E
 
E
L
 
Y
S
 
V
A
 
Q
Q
 
Q
E
 
K
L
 
V
G
 
K
-
 
V
-
 
H
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
S
M
 
V
T
 
Q
L
 
L
T
 
I
G
 
A
A
 
N
L
 
V
I
 
V
A
 
Q
V
 
T
R
 
K
D
 
T
V
 
L
S
 
Q
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
S
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
T
W
 
Y
V
 
T
A
 
A
Q
 
T
R
 
D
A
 
P
S
 
T
R
 
T
I
 
I
G
 
A
T
 
L
V
 
L
S
 
P
C
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
L
R
 
R
T
 
I
A
 
M
P
 
-
S
 
Q
G
 
G
T
 
S
S
 
F
V
 
V
V
 
N
I
 
V
H
 
N
G
 
G
Q
 
H
R
 
Q
V
 
C
P
 
E
L
 
V
A
 
I
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
C
M
 
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
T
A
 
I
V
 
V
D
 
K
L
 
V
T
 
P
D
 
D
L
 
-
P
 
-
Q
 
Q
A
 
V
Q
 
K
L
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
S
V
 
V
E
 
I
L
 
L
W
 
I
G
 
D
A
 
N
Q
 
H
-
 
R
-
 
E
-
 
S
-
 
P
M
 
Q
P
 
S
I
 
V
D
 
E
E
 
V
L
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
C
 
Q
G
 
H
T
 
T
I
 
I
G
 
N
Y
|
Y
E
 
E
L
 
V
L
 
L
T
 
C
K
 
N
V
 
L
T
 
S
G
 
R
R
 
R
V
 
L
P
 
P
R
 
R
R
 
I
Y
 
Y

3e5pB Crystal structure of alanine racemase from e.Faecalis (see paper)
33% identity, 99% coverage: 2:356/358 of query aligns to 7:370/371 of 3e5pB

query
sites
3e5pB
R
 
R
P
 
P
L
 
T
V
 
R
A
 
L
T
 
H
V
 
I
D
 
D
L
 
T
T
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
H
 
E
N
 
N
Y
 
V
L
 
Q
L
 
K
A
 
E
K
 
C
Q
 
Q
C
 
R
A
 
L
P
 
P
Q
 
E
R
 
G
K
 
T
A
 
A
-
 
L
F
 
F
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
C
 
V
E
 
E
A
 
S
V
 
A
T
 
K
A
 
A
L
 
A
R
 
K
E
 
K
I
 
G
-
 
G
A
 
A
D
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
C
V
 
V
A
 
A
C
 
L
L
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
E
 
I
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
E
S
 
A
A
 
G
P
 
V
D
 
Q
A
 
D
R
 
P
I
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
L
-
 
S
-
 
V
-
 
V
E
 
D
G
 
L
C
 
A
F
 
Y
E
 
V
P
 
P
A
 
-
E
 
-
Y
 
L
L
 
L
R
 
I
A
 
Q
A
 
Y
E
 
D
L
 
L
G
 
S
L
 
V
D
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
T
Q
 
Q
D
 
E
Q
 
-
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
W
 
W
L
 
L
L
 
E
A
 
A
A
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
Q
-
 
L
-
 
T
-
 
P
N
 
E
I
 
S
S
 
N
R
 
T
P
 
P
L
 
L
N
 
R
V
 
V
W
 
H
L
 
L
K
 
K
L
 
V
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
|
R
L
 
I
G
 
G
F
 
F
-
 
L
T
 
T
L
 
P
E
 
E
G
 
E
L
 
T
R
 
K
D
 
Q
C
 
A
H
 
V
E
 
R
R
 
F
L
 
V
K
 
Q
G
 
S
K
 
H
A
 
K
Q
 
E
V
 
F
G
 
L
E
 
W
L
 
E
N
 
G
L
 
I
I
 
F
S
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
C
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
I
G
 
D
H
 
T
P
 
S
L
 
Y
T
 
F
E
 
E
L
 
K
Q
 
Q
L
 
A
E
 
G
R
 
R
Y
 
F
A
 
K
E
 
A
L
 
V
L
 
L
S
 
A
L
 
V
E
 
L
F
 
E
D
 
E
-
 
L
-
 
P
-
 
R
N
 
Y
C
 
V
S
 
H
L
 
V
A
 
S
N
 
N
S
|
S
A
 
A
A
 
T
V
 
A
L
 
L
T
 
W
L
 
H
P
 
P
Q
 
D
A
 
V
H
 
P
M
 
G
A
 
N
W
 
M
I
 
I
R
|
R
P
 
Y
G
|
G
I
x
V
M
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
A
 
L
T
 
N
P
 
P
F
 
S
A
 
G
E
 
N
L
 
K
S
 
L
A
 
A
Q
 
P
E
 
S
L
 
Y
G
 
A
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
A
M
 
L
T
 
R
L
 
L
T
 
T
G
 
S
A
 
E
L
 
L
I
 
I
A
 
H
V
 
V
R
 
K
D
 
R
V
 
L
S
 
A
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
G
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
E
S
 
T
W
 
Y
V
 
V
A
 
T
Q
 
E
R
 
A
A
 
E
S
 
E
R
 
W
I
 
I
G
 
G
T
 
T
V
 
V
S
 
P
C
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
H
A
 
L
P
 
-
S
 
Q
G
 
G
T
 
F
S
 
T
V
 
V
V
 
L
I
 
V
H
 
N
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
V
 
C
P
 
E
L
 
I
A
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
C
M
 
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
C
A
 
M
V
 
I
D
 
R
L
 
L
T
 
A
D
 
E
L
 
-
P
 
-
Q
 
E
A
 
V
Q
 
P
L
 
V
G
 
G
D
 
P
A
 
V
V
 
V
E
 
T
L
 
L
W
 
V
G
 
G
A
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
N
-
 
E
Q
 
E
M
 
N
P
 
T
I
 
L
D
 
Q
E
 
M
L
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
C
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
G
 
H
Y
|
Y
E
 
E
L
 
V
L
 
A
T
 
C
K
 
T
V
 
F
T
 
S
G
 
Q
R
 
R
V
 
I
P
 
P
R
 
R
R
 
E
Y
 
Y

6g58A Structure of the alanine racemase from staphylococcus aureus in complex with a pyridoxal 5' phosphate-derivative (see paper)
34% identity, 99% coverage: 2:356/358 of query aligns to 7:368/382 of 6g58A

query
sites
6g58A
R
 
R
P
 
S
L
 
A
V
 
Y
A
 
M
T
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
N
A
 
A
L
 
V
R
 
A
H
 
S
N
 
N
Y
 
F
L
 
K
L
 
V
A
 
F
K
 
S
Q
 
T
C
 
L
A
 
H
P
 
P
Q
 
N
R
 
K
K
 
T
A
 
V
F
 
M
A
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
N
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
L
G
 
G
A
 
S
C
 
V
E
 
K
A
 
V
V
 
A
T
 
R
A
 
H
L
 
L
R
 
M
E
 
E
I
 
N
-
 
G
A
 
A
D
 
T
G
 
F
F
 
F
A
 
A
V
 
V
A
 
A
C
 
T
L
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
E
 
I
D
 
E
I
 
L
R
 
R
R
 
M
S
 
H
A
 
G
P
 
I
D
 
T
A
 
A
R
 
K
I
 
I
L
 
L
L
 
V
L
|
L
E
 
-
G
 
G
C
 
V
F
 
L
E
 
P
P
 
A
A
 
K
E
 
D
Y
 
I
L
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
I
E
 
Q
L
 
H
G
 
R
L
 
V
D
 
A
V
 
L
A
 
T
V
 
V
Q
 
P
D
 
S
Q
 
K
R
 
Q
Q
 
-
A
 
-
D
 
-
W
 
W
L
 
L
L
 
K
A
 
E
A
 
A
-
 
I
-
 
K
N
 
N
I
 
I
S
 
S
-
 
G
-
 
E
R
 
Q
P
 
E
L
 
K
N
 
K
V
 
L
W
 
W
L
 
L
-
 
H
-
 
I
K
|
K
L
 
L
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
|
R
L
 
L
G
 
G
F
 
I
T
 
K
-
 
D
L
 
T
E
 
N
G
 
T
L
 
Y
R
 
Q
D
 
E
C
 
V
H
 
I
E
 
E
R
 
I
L
 
I
K
 
Q
G
 
Q
K
 
Y
A
 
E
Q
 
Q
V
 
L
G
 
V
E
 
F
L
 
E
N
 
G
L
 
V
I
 
F
S
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
C
 
C
A
 
A
D
 
D
E
 
E
R
 
P
G
 
G
H
 
D
P
 
M
L
 
T
T
 
T
E
 
E
L
 
-
Q
 
Q
L
 
Y
E
 
Q
R
 
R
Y
 
F
A
 
K
E
 
D
L
 
M
L
 
V
S
 
N
L
 
E
-
 
A
-
 
I
-
 
K
-
 
P
E
 
E
F
 
Y
D
 
I
N
 
H
C
 
C
S
 
Q
L
 
-
A
 
-
N
 
N
S
|
S
A
 
A
A
 
G
V
 
S
L
 
L
T
 
L
L
 
M
P
 
D
Q
 
C
A
 
Q
H
 
F
M
 
C
A
 
N
W
 
A
I
 
I
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
S
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
Y
T
 
Y
P
 
P
F
 
-
A
 
S
E
 
E
L
 
Y
S
 
V
A
 
Q
Q
 
Q
E
 
K
L
 
V
G
 
K
-
 
V
-
 
H
L
 
L
R
 
K
P
 
P
V
 
S
M
 
V
T
 
Q
L
 
L
T
 
I
G
 
A
A
 
N
L
 
V
I
 
V
A
 
Q
V
 
T
R
 
K
D
 
T
V
 
L
S
 
Q
E
 
A
G
 
G
E
 
E
S
 
S
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
S
 
T
W
 
Y
V
 
T
A
 
A
Q
 
T
R
 
D
A
 
P
S
 
T
R
 
T
I
 
I
G
 
A
T
 
L
V
 
L
S
 
P
C
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
L
R
 
R
T
 
I
A
 
M
P
 
-
S
 
Q
G
 
G
T
 
S
S
 
F
V
 
V
V
 
N
I
 
V
H
 
N
G
 
G
Q
 
H
R
 
Q
V
 
C
P
 
E
L
 
V
A
 
I
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
C
M
 
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
T
A
 
I
V
 
V
D
 
K
L
 
V
T
 
P
D
 
D
L
 
-
P
 
-
Q
 
Q
A
 
V
Q
 
K
L
 
A
G
 
G
D
 
D
A
 
S
V
 
V
E
 
I
L
 
L
W
 
I
G
 
D
A
 
N
Q
 
H
-
 
R
-
 
E
-
 
S
-
 
P
M
 
Q
P
 
S
I
 
V
D
 
E
E
 
V
L
 
V
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
C
 
Q
G
 
H
T
 
T
I
 
I
G
 
N
Y
|
Y
E
 
E
L
 
V
L
 
L
T
 
C
K
 
N
V
 
L
T
 
S
G
 
R
R
 
R
V
 
L
P
 
P
R
 
R
R
 
I
Y
 
Y

Query Sequence

>GFF685 FitnessBrowser__psRCH2:GFF685
MRPLVATVDLTALRHNYLLAKQCAPQRKAFAVVKANAYGHGACEAVTALREIADGFAVAC
LEEAEDIRRSAPDARILLLEGCFEPAEYLRAAELGLDVAVQDQRQADWLLAANISRPLNV
WLKLDSGMHRLGFTLEGLRDCHERLKGKAQVGELNLISHFACADERGHPLTELQLERYAE
LLSLEFDNCSLANSAAVLTLPQAHMAWIRPGIMLYGATPFAELSAQELGLRPVMTLTGAL
IAVRDVSEGESVGYGASWVAQRASRIGTVSCGYADGYPRTAPSGTSVVIHGQRVPLAGRV
SMDMLAVDLTDLPQAQLGDAVELWGAQMPIDELAQACGTIGYELLTKVTGRVPRRYIG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory