SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing GFF770 FitnessBrowser__Phaeo:GFF770 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6z1mA Structure of an ancestral glycosidase (family 1) bound to heme (see paper)
45% identity, 97% coverage: 9:439/444 of query aligns to 3:418/423 of 6z1mA

query
sites
6z1mA

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binding protoporphyrin ix containing fe: P164 (= P169), N165 (≠ W170), L194 (≠ V199), L195 (≠ M200), L218 (≠ F222), L220 (= L224), N244 (= N248), F247 (= F251), K253 (≠ H257), Y256 (= Y260), L288 (≠ V287), R318 (= R337), Y323 (= Y342)
binding magnesium ion: H346 (≠ E367), K409 (≠ A430)

8ivyA Beta-glucosidase bgla mutant e166q in complex with glucose (see paper)
43% identity, 96% coverage: 5:431/444 of query aligns to 2:435/451 of 8ivyA

query
sites
8ivyA

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binding beta-D-glucopyranose: Q20 (= Q23), H121 (= H123), Q166 (≠ E168), Y296 (= Y295), E355 (= E352), W402 (= W398), E409 (= E405), W410 (= W406), F418 (= F414)

5ossB Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with gluco-1h- imidazole (see paper)
44% identity, 95% coverage: 9:431/444 of query aligns to 4:429/443 of 5ossB

query
sites
5ossB

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5n6tA Thermotoga maritima family 1 glycoside hydrolase complexed with a cyclophellitol analogue transition state mimic (see paper)
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5n6sA Thermotoga maritima family 1 glycoside hydrolase complexed with carba- cyclophellitol transition state mimic (see paper)
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2wc4A Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-thia-(+)-castanospermine (see paper)
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2wbgA Structure of family 1 beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with 3-imino-2-oxa-(+)-castanospermine (see paper)
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2wbgA

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2jalB Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with cyclophellitol (see paper)
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2jalB

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2cbvA Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with calystegine b2 (see paper)
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2cbvA

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1w3jA Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima in complex with tetrahydrooxazine (see paper)
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binding tetrahydrooxazine: Q17 (= Q23), H118 (= H123), E163 (= E168), Y292 (= Y295), E348 (= E352), W395 (= W398), E402 (= E405), W403 (= W406)

1oifA Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima (see paper)
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1oifA

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1oinA Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima (see paper)
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2j78A Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with gluco- hydroximolactam (see paper)
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binding (2s,3s,4r,5r)-6-(hydroxyamino)-2-(hydroxymethyl)-2,3,4,5-tetrahydropyridine-3,4,5-triol: Q18 (= Q23), H119 (= H123), N163 (= N167), E164 (= E168), Y293 (= Y295), E348 (= E352), W395 (= W398), E402 (= E405), W403 (= W406), F411 (= F414)

1uz1A Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima in complex with isofagomine lactam (see paper)
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1uz1A

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binding (3s,4r,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)piperidin-2-one: Q18 (= Q23), H119 (= H123), N163 (= N167), E164 (= E168), Y292 (= Y295), E345 (= E352), W392 (= W398), E399 (= E405), W400 (= W406), F408 (= F414)

2j7dA Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with methoxycarbonyl-substituted glucoimidazole (see paper)
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2j7dA

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2cesA Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with glucoimidazole (see paper)
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active site: R75 (= R79), H119 (= H123), E164 (= E168), V167 (≠ C171), N291 (= N293), Y293 (= Y295), E346 (= E352)
binding glucoimidazole: Q18 (= Q23), H119 (= H123), N163 (= N167), E164 (= E168), Y293 (= Y295), E346 (= E352), W393 (= W398), E400 (= E405), W401 (= W406), F409 (= F414)

Query Sequence

>GFF770 FitnessBrowser__Phaeo:GFF770
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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory