SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ga0059261_1338 FitnessBrowser__Korea:Ga0059261_1338 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3gvhA Crystal structure of lactate/malate dehydrogenase from brucella melitensis
70% identity, 99% coverage: 2:319/320 of query aligns to 1:318/318 of 3gvhA

query
sites
3gvhA
A
 
A
R
 
R
K
 
N
K
 
K
I
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
 
M
I
|
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
|
D
V
x
I
V
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
G
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
A
Q
 
E
C
 
S
G
 
S
P
 
P
V
 
V
E
 
D
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
K
I
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
D
 
D
Y
 
Y
A
 
A
D
 
A
I
 
I
A
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
V
T
|
T
A
|
A
G
 
G
V
 
V
A
 
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
I
N
 
N
L
 
L
K
 
K
V
 
V
M
 
M
K
 
E
A
 
Q
V
 
V
G
 
G
E
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
K
A
 
K
N
 
Y
A
 
A
P
 
P
D
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
I
|
I
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
V
 
V
W
 
W
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
E
 
K
F
 
F
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
H
 
A
N
 
H
K
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
F
 
F
S
 
R
H
 
Y
F
 
F
L
 
L
A
 
S
E
 
E
E
 
E
F
 
F
N
 
N
V
 
V
S
 
S
V
 
V
K
 
E
E
 
D
V
 
V
N
 
T
S
 
V
F
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
S
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
A
E
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
P
D
 
D
L
 
L
I
 
V
K
 
K
M
 
M
G
 
G
R
 
W
S
 
T
T
 
S
K
 
Q
E
 
D
R
 
K
I
 
L
D
 
D
A
 
K
I
 
I
V
 
I
A
 
Q
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
D
G
 
G
G
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
Q
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
K
K
 
K
R
 
R
L
 
V
L
 
L
P
 
P
C
 
V
A
 
A
A
 
A
H
 
Q
L
 
L
T
 
S
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
D
 
K
D
 
D
L
 
M
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
Q
 
R
V
 
I
V
 
I
E
 
E
I
 
I
E
 
D
L
 
L
N
 
D
E
 
K
E
 
D
A
 
E
K
 
K
A
 
A
N
 
Q
L
 
F
Q
 
D
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
A
A
 
S
V
 
V
K
 
A
E
 
G
L
 
L
L
 
C
V
 
E
A
 
A
C
 
C
K
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
A
S
 
P
S
 
S
L
 
L

4rosA Crystal structure of methylobacterium extorquens malate dehydrogenase complexed with oxaloacetate and adenosine-5-diphosphoribose
72% identity, 99% coverage: 2:319/320 of query aligns to 1:318/318 of 4rosA

query
sites
4rosA
A
 
A
R
 
R
K
 
S
K
 
K
I
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
x
Q
I
|
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
|
D
V
x
I
V
 
V
E
 
D
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
A
Q
 
E
C
 
S
G
 
A
P
 
P
V
 
V
E
 
D
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
K
I
 
Y
T
 
S
G
 
G
S
 
A
N
 
S
D
 
D
Y
 
Y
A
 
S
D
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
V
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
|
V
A
x
P
R
|
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
I
G
 
G
I
 
I
N
 
N
L
 
L
K
 
K
V
|
V
M
 
M
K
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
G
E
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
K
A
 
E
N
 
H
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
I
 
I
T
|
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
V
 
V
W
 
W
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
E
 
K
F
 
F
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
H
 
T
N
 
N
K
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
M
 
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
F
 
F
S
 
R
H
 
H
F
 
F
L
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
F
 
F
N
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
V
K
 
E
E
 
D
V
 
V
N
 
T
S
 
A
F
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
T
E
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
P
I
 
L
P
 
T
D
 
D
L
 
L
I
 
V
K
 
K
M
 
L
G
 
G
R
 
W
S
 
T
T
 
T
K
 
Q
E
 
E
R
 
K
I
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
M
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
K
G
 
G
G
|
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
A
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
R
D
 
D
Q
 
K
K
 
K
R
 
R
L
 
V
L
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
A
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
T
 
D
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
V
 
I
D
 
D
D
 
G
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
Q
 
R
V
 
V
V
 
L
E
 
E
I
 
V
E
 
T
L
 
F
N
 
N
E
 
D
E
 
D
A
 
E
K
 
K
A
 
A
N
 
M
L
 
F
Q
 
E
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
N
A
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
G
L
 
L
L
 
I
V
 
E
A
 
A
C
 
C
K
 
K
G
 
S
I
 
V
D
 
N
S
 
D
S
 
K
L
 
L

5ujkA Malate dehydrogenase from methylobacterium extorquens, complexed with NAD (see paper)
72% identity, 98% coverage: 2:316/320 of query aligns to 1:315/315 of 5ujkA

query
sites
5ujkA
A
 
A
R
 
R
K
 
S
K
 
K
I
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
x
Q
I
|
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
|
D
V
x
I
V
 
V
E
 
D
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
A
Q
 
E
C
 
S
G
 
A
P
 
P
V
 
V
E
 
D
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
K
I
 
Y
T
 
S
G
 
G
S
 
A
N
 
S
D
 
D
Y
 
Y
A
 
S
D
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
V
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
 
V
A
 
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
I
G
 
G
I
 
I
N
 
N
L
 
L
K
 
K
V
|
V
M
 
M
K
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
G
E
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
K
A
 
E
N
 
H
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
I
|
I
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
V
 
V
W
 
W
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
E
 
K
F
 
F
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
H
 
T
N
 
N
K
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
F
 
F
S
 
R
H
 
H
F
 
F
L
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
E
F
 
F
N
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
V
K
 
E
E
 
D
V
 
V
N
 
T
S
 
A
F
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
T
E
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
P
I
 
L
P
 
T
D
 
D
L
 
L
I
 
V
K
 
K
M
 
L
G
 
G
R
 
W
S
 
T
T
 
T
K
 
Q
E
 
E
R
 
K
I
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
M
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
A
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
R
D
 
D
Q
 
K
K
 
K
R
 
R
L
 
V
L
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
A
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
T
 
D
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
V
 
I
D
 
D
D
 
G
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
Q
 
R
V
 
V
V
 
L
E
 
E
I
 
V
E
 
T
L
 
F
N
 
N
E
 
D
E
 
D
A
 
E
K
 
K
A
 
A
N
 
M
L
 
F
Q
 
E
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
N
A
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
G
L
 
L
L
 
I
V
 
E
A
 
A
C
 
C
K
 
K
G
 
S
I
 
V
D
 
N

3gviA Crystal structure of lactate/malate dehydrogenase from brucella melitensis in complex with adp
69% identity, 99% coverage: 2:319/320 of query aligns to 1:313/314 of 3gviA

query
sites
3gviA
A
 
A
R
 
R
K
 
N
K
 
K
I
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
x
M
I
|
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
|
D
V
x
I
V
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
T
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
G
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
A
Q
 
E
C
 
S
G
 
S
P
 
P
V
 
V
E
 
D
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
K
I
 
F
T
 
T
G
 
G
S
 
A
N
 
N
D
 
D
Y
 
Y
A
 
A
D
 
A
I
 
I
A
 
E
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
A
|
A
G
|
G
V
 
V
A
 
P
R
 
R
K
 
K
P
 
-
G
 
-
M
 
-
S
 
-
R
 
-
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
G
I
 
I
N
 
N
L
 
L
K
 
K
V
 
V
M
 
M
K
 
E
A
 
Q
V
 
V
G
 
G
E
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
K
A
 
K
N
 
Y
A
 
A
P
 
P
D
 
E
A
 
A
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
I
 
I
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
V
 
V
W
 
W
A
 
A
L
 
L
R
 
Q
E
 
K
F
 
F
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
H
 
A
N
 
H
K
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
M
 
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
S
 
S
A
 
A
R
|
R
F
 
F
S
 
R
H
 
Y
F
 
F
L
 
L
A
 
S
E
 
E
E
 
E
F
 
F
N
 
N
V
 
V
S
 
S
V
 
V
K
 
E
E
 
D
V
 
V
N
 
T
S
 
V
F
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
S
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
A
E
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
P
D
 
D
L
 
L
I
 
V
K
 
K
M
 
M
G
 
G
R
 
W
S
 
T
T
 
S
K
 
Q
E
 
D
R
 
K
I
 
L
D
 
D
A
 
K
I
 
I
V
 
I
A
 
Q
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
D
G
 
G
G
 
G
G
 
A
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
Q
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
K
K
 
K
R
 
R
L
 
V
L
 
L
P
 
P
C
 
V
A
 
A
A
 
A
H
 
Q
L
 
L
T
 
S
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
D
 
K
D
 
D
L
 
M
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
Q
 
R
V
 
I
V
 
I
E
 
E
I
 
I
E
 
D
L
 
L
N
 
D
E
 
K
E
 
D
A
 
E
K
 
K
A
 
A
N
 
Q
L
 
F
Q
 
D
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
A
A
 
S
V
 
V
K
 
A
E
 
G
L
 
L
L
 
C
V
 
E
A
 
A
C
 
C
K
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
A
S
 
P
S
 
S
L
 
L

4plyA Crystal structure of ancestral apicomplexan malate dehydrogenase with malate. (see paper)
63% identity, 97% coverage: 3:313/320 of query aligns to 2:317/318 of 4plyA

query
sites
4plyA
R
 
R
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
|
N
I
|
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
I
A
 
A
L
 
Q
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
|
D
V
x
I
V
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
M
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
Q
 
H
C
 
S
G
 
S
P
 
P
V
 
I
E
 
M
G
 
G
F
 
S
D
 
N
A
 
V
K
 
K
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
T
N
 
N
D
 
N
Y
|
Y
A
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
K
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
x
I
A
x
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
M
x
W
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
S
I
 
V
N
 
N
L
 
A
K
 
K
V
x
I
M
 
M
K
 
K
A
 
D
V
 
V
G
 
A
E
 
E
G
 
N
I
 
I
A
 
K
A
 
K
N
 
Y
A
 
C
P
 
P
D
 
N
A
 
A
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
V
I
x
V
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
V
M
 
M
V
 
V
W
 
Y
A
 
V
L
 
L
R
 
H
E
 
K
F
 
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
H
 
H
N
 
N
K
 
K
V
 
V
V
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
S
A
 
S
R
|
R
F
 
F
S
 
R
H
 
Y
F
 
F
L
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
K
F
 
L
N
 
N
V
 
V
S
 
S
V
 
P
K
 
N
E
 
D
V
 
V
N
 
Q
S
 
A
F
 
M
V
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
T
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
T
E
 
R
Y
 
Y
S
 
C
T
 
T
V
 
V
A
 
G
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
T
D
 
E
L
 
F
I
 
I
K
 
K
M
 
Q
G
 
G
R
 
W
S
 
I
T
 
T
K
 
Q
E
 
E
R
 
E
I
 
I
D
 
D
A
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
N
G
 
A
G
|
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
F
A
 
A
P
|
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
E
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
K
K
 
K
R
 
R
L
 
I
L
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
S
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
D
 
K
D
 
D
L
 
L
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
K
G
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
Q
 
K
V
 
I
V
 
I
E
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
E
E
 
E
A
 
E
K
 
Q
A
 
E
N
 
M
L
 
F
Q
 
D
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
E
A
 
S
V
 
V
K
 
R
E
 
E
L
 
L
L
 
V
V
 
E
A
 
T
C
 
V
K
 
K

4pltB Crystal structure of ancestral apicomplexan malate dehydrogenase with oxamate. (see paper)
63% identity, 97% coverage: 3:313/320 of query aligns to 3:318/319 of 4pltB

query
sites
4pltB
R
 
R
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
|
N
I
|
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
A
 
A
H
 
H
L
 
L
A
 
I
A
 
A
L
 
Q
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
|
F
D
|
D
V
x
I
V
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
M
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
I
S
 
S
Q
 
H
C
 
S
G
 
S
P
 
P
V
 
I
E
 
M
G
 
G
F
 
S
D
 
N
A
 
V
K
 
K
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
T
N
 
N
D
 
N
Y
 
Y
A
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
K
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
x
I
A
x
P
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
M
 
W
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
S
I
 
V
N
 
N
L
 
A
K
 
K
V
x
I
M
 
M
K
 
K
A
 
D
V
 
V
G
 
A
E
 
E
G
 
N
I
 
I
A
 
K
A
 
K
N
 
Y
A
 
C
P
 
P
D
 
N
A
 
A
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
V
I
x
V
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
V
M
 
M
V
 
V
W
 
Y
A
 
V
L
 
L
R
 
H
E
 
K
F
 
Y
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
H
 
H
N
 
N
K
 
K
V
 
V
V
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
S
 
S
A
 
S
R
|
R
F
 
F
S
 
R
H
 
Y
F
 
F
L
 
L
A
 
A
E
 
E
E
 
K
F
 
L
N
 
N
V
 
V
S
 
S
V
 
P
K
 
N
E
 
D
V
 
V
N
 
Q
S
 
A
F
 
M
V
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
T
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
T
E
 
R
Y
 
Y
S
 
C
T
 
T
V
 
V
A
 
G
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
T
D
 
E
L
 
F
I
 
I
K
 
K
M
 
Q
G
 
G
R
 
W
S
 
I
T
 
T
K
 
Q
E
 
E
R
 
E
I
 
I
D
 
D
A
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
N
G
 
A
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
F
A
 
A
P
|
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
E
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
K
K
 
K
R
 
R
L
 
I
L
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
S
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
D
 
K
D
 
D
L
 
L
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
K
G
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
Q
 
K
V
 
I
V
 
I
E
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
E
E
 
E
A
 
E
K
 
Q
A
 
E
N
 
M
L
 
F
Q
 
D
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
E
A
 
S
V
 
V
K
 
R
E
 
E
L
 
L
L
 
V
V
 
E
A
 
T
C
 
V
K
 
K

4plfB Crystal structure of ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase with lactate. (see paper)
57% identity, 98% coverage: 3:315/320 of query aligns to 4:321/330 of 4plfB

query
sites
4plfB
R
 
R
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
x
M
I
|
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
M
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
C
A
 
A
L
 
Q
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
|
F
D
|
D
V
|
V
V
 
V
E
 
K
G
 
N
V
 
M
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
S
Q
 
H
C
 
S
G
 
S
P
 
S
V
 
I
E
 
A
G
 
D
F
 
T
D
 
N
A
 
V
K
 
K
I
 
V
T
 
T
G
 
G
S
 
T
N
 
N
D
 
S
Y
 
Y
A
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
K
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
x
L
A
x
T
R
 
K
K
 
A
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
M
x
W
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
P
I
 
F
N
 
N
L
 
A
K
 
K
V
x
I
M
 
M
K
 
R
A
 
E
V
 
V
G
 
G
E
 
E
G
 
N
I
 
I
A
 
K
A
 
K
N
 
Y
A
 
C
P
 
P
D
 
N
A
 
A
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
V
I
|
I
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
V
M
 
M
V
 
V
W
 
K
A
 
V
L
 
L
R
 
H
E
 
E
F
 
H
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
H
 
K
N
 
N
K
 
K
V
 
V
V
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
S
 
S
A
 
S
R
|
R
F
 
F
S
 
R
H
 
H
F
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
E
E
 
K
F
 
L
N
 
N
V
 
V
S
 
S
V
 
P
K
 
R
E
 
D
V
 
V
N
 
Q
S
 
A
F
 
M
V
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
A
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
K
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
T
E
 
R
Y
 
Y
S
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
N
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
Q
D
 
E
L
 
F
I
 
I
K
 
K
M
 
K
G
 
G
R
 
R
S
 
I
T
 
T
K
 
Q
E
 
E
R
 
E
I
 
I
D
 
D
A
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
K
S
 
N
G
 
A
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
G
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
F
A
 
A
P
|
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
E
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
K
K
 
K
R
 
R
L
 
V
L
 
L
P
 
V
C
 
C
A
 
S
A
 
C
H
 
Y
L
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
V
 
H
D
 
K
D
 
D
L
 
M
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
Q
 
K
V
 
V
V
 
I
E
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
P
E
 
E
A
 
E
K
 
K
A
 
E
N
 
L
L
 
F
Q
 
D
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
E
A
 
E
V
 
V
K
 
R
E
 
K
L
 
L
L
 
Q
V
 
K
A
 
A
C
 
I
K
 
K
G
 
A
I
 
L

4plcA Crystal structure of ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase with malate. (see paper)
57% identity, 98% coverage: 3:315/320 of query aligns to 4:321/324 of 4plcA

query
sites
4plcA
R
 
R
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
x
M
I
|
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
M
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
C
A
 
A
L
 
Q
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
|
D
V
|
V
V
 
V
E
 
K
G
 
N
V
 
M
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
S
Q
 
H
C
 
S
G
 
S
P
 
S
V
 
I
E
 
A
G
 
D
F
 
T
D
 
N
A
 
V
K
 
K
I
 
V
T
 
T
G
 
G
S
 
T
N
 
N
D
 
S
Y
 
Y
A
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
K
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
x
L
A
x
T
R
 
K
K
 
A
P
 
P
G
 
G
-
 
K
-
 
S
-
 
D
-
 
K
-
 
E
M
x
W
S
 
S
R
|
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
P
I
 
F
N
 
N
L
 
A
K
 
K
V
 
I
M
 
M
K
 
R
A
 
E
V
 
V
G
 
G
E
 
E
G
 
N
I
 
I
A
 
K
A
 
K
N
 
Y
A
 
C
P
 
P
D
 
N
A
 
A
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
V
I
|
I
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
V
M
 
M
V
 
V
W
 
K
A
 
V
L
 
L
R
 
H
E
 
E
F
 
H
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
H
 
K
N
 
N
K
 
K
V
 
V
V
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
|
D
S
 
S
A
 
S
R
|
R
F
 
F
S
 
R
H
 
H
F
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
E
E
 
K
F
 
L
N
 
N
V
 
V
S
 
S
V
 
P
K
 
R
E
 
D
V
 
V
N
 
Q
S
 
A
F
 
M
V
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
A
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
K
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
T
E
 
R
Y
 
Y
S
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
N
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
Q
D
 
E
L
 
F
I
 
I
K
 
K
M
 
K
G
 
G
R
 
R
S
 
I
T
 
T
K
 
Q
E
 
E
R
 
E
I
 
I
D
 
D
A
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
K
S
 
N
G
 
A
G
|
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
G
T
 
Q
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
F
A
 
A
P
|
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
E
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
K
K
 
K
R
 
R
L
 
V
L
 
L
P
 
V
C
 
C
A
 
S
A
 
C
H
 
Y
L
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
V
 
H
D
 
K
D
 
D
L
 
M
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
A
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
Q
 
K
V
 
V
V
 
I
E
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
P
E
 
E
A
 
E
K
 
K
A
 
E
N
 
L
L
 
F
Q
 
D
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
E
A
 
E
V
 
V
K
 
R
E
 
K
L
 
L
L
 
Q
V
 
K
A
 
A
C
 
I
K
 
K
G
 
A
I
 
L

6vdjA Crystal structure of ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase with sulfate and nadh4.
61% identity, 98% coverage: 3:316/320 of query aligns to 2:308/308 of 6vdjA

query
sites
6vdjA
R
 
R
K
 
P
K
 
K
I
 
I
A
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
N
x
M
I
|
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
M
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
A
 
C
A
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
F
D
|
D
V
|
V
V
 
V
E
 
K
G
 
N
V
 
M
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
S
Q
 
H
C
 
S
G
 
T
P
 
S
V
 
V
E
 
A
G
 
D
F
 
T
D
 
N
A
 
V
K
 
K
I
 
V
T
 
T
G
 
G
S
 
T
N
 
N
D
 
S
Y
 
Y
A
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
K
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
V
I
 
I
V
 
I
T
 
T
A
|
A
G
 
G
V
 
L
A
 
T
R
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
-
M
 
-
S
 
-
R
 
-
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
P
I
 
I
N
 
N
L
 
A
K
 
K
V
x
I
M
 
M
K
 
K
A
 
E
V
 
V
G
 
G
E
 
E
G
 
N
I
 
I
A
 
K
A
 
K
N
 
Y
A
 
C
P
 
P
D
 
N
A
 
A
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
I
|
I
T
|
T
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
V
M
 
M
V
 
V
W
 
K
A
 
V
L
 
L
R
 
Q
E
 
E
F
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
H
 
H
N
 
N
K
 
K
V
 
V
V
 
C
G
 
G
M
|
M
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
S
 
S
A
 
S
R
 
R
F
 
F
S
 
R
H
 
Y
F
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
E
E
 
K
F
 
L
N
 
N
V
 
V
S
 
S
V
 
P
K
 
R
E
 
D
V
 
V
N
 
Q
S
 
A
F
 
M
V
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
A
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
N
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
P
E
 
R
Y
 
Y
S
 
V
T
 
T
V
 
V
A
 
N
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
Q
D
 
E
L
 
F
I
 
I
K
 
K
M
 
K
G
 
G
R
 
W
S
 
I
T
 
T
K
 
Q
E
 
E
R
 
E
I
 
I
D
 
D
A
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
N
G
 
A
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
G
T
 
T
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
F
A
 
A
P
 
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
A
M
 
M
A
 
A
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
Q
K
 
K
R
 
R
L
 
V
L
 
L
P
 
P
C
 
C
A
 
S
A
 
C
H
 
Y
L
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
D
 
K
D
 
D
L
 
L
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
G
G
 
N
G
 
G
V
 
V
E
 
E
Q
 
K
V
 
V
V
 
I
E
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
P
E
 
E
A
 
E
K
 
K
A
 
E
N
 
M
L
 
F
Q
 
D
V
 
K
S
 
S
V
 
I
D
 
E
A
 
E
V
 
V
K
 
R
E
 
E
L
 
L
L
 
V
V
 
K
A
 
A
C
 
L
K
 
E
G
 
A
I
 
L
D
 
D

P49814 Malate dehydrogenase; Vegetative protein 69; VEG69; EC 1.1.1.37 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 2 papers)
54% identity, 96% coverage: 2:309/320 of query aligns to 4:308/312 of P49814

query
sites
P49814
A
 
T
R
 
R
K
 
K
K
 
K
I
 
V
A
 
S
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
N
 
F
I
 
T
G
 
G
G
 
A
T
 
T
L
 
T
A
 
A
H
 
F
L
 
L
A
 
I
A
 
A
L
 
Q
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
A
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
V
D
 
D
V
 
I
-
 
P
-
 
Q
V
 
L
E
 
E
G
 
N
V
 
P
P
 
T
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
M
S
 
L
Q
 
E
C
 
A
G
 
S
P
 
P
V
 
V
E
 
Q
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
K
I
 
I
T
 
T
G
 
G
S
 
T
N
 
S
D
 
N
Y
 
Y
A
 
E
D
 
D
I
 
T
A
 
A
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
I
I
 
V
I
 
V
V
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
V
G
 
S
I
 
T
N
 
N
L
 
E
K
 
K
V
 
I
M
 
M
K
 
R
A
 
S
V
 
V
G
 
T
E
 
Q
G
 
E
I
 
I
A
 
V
A
 
K
N
 
Y
A
 
S
P
 
P
D
 
D
A
 
S
F
 
I
V
 
I
I
 
V
C
 
V
I
 
L
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
A
 
A
M
 
M
V
 
T
W
 
Y
A
 
A
L
 
V
R
 
Y
E
 
K
F
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
F
P
 
P
H
 
K
N
 
E
K
 
R
V
 
V
V
 
I
G
 
G
M
 
Q
A
x
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
S
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
R
H
 
T
F
 
F
L
 
V
A
 
A
E
 
E
E
 
E
F
 
L
N
 
N
V
 
L
S
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
D
V
 
V
N
 
T
S
 
G
F
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
T
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
V
E
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
Y
V
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
E
D
 
T
L
 
L
I
 
I
K
 
P
M
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
-
K
 
K
E
 
E
R
 
R
I
 
I
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
L
I
 
T
A
 
E
M
 
M
A
 
V
E
 
E
A
 
A
Y
 
I
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
Q
K
 
R
R
 
R
L
 
V
L
 
L
P
 
P
C
 
T
A
 
I
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
G
 
G
V
 
Y
D
 
E
D
 
G
L
 
I
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
I
 
I
I
 
V
G
 
G
A
 
G
G
 
N
G
 
G
V
 
L
E
 
E
Q
 
Q
V
 
I
V
 
I
E
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
D
E
 
Y
A
 
E
K
 
R
A
 
A
N
 
Q
L
 
L
Q
 
N
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
E
A
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
N
L
 
V
L
 
M

Sites not aligning to the query:

7byaA Malate dehydrogenase from geobacillus stearothermophilus (gs-mdh) complexed with oxaloacetic acid (oaa) and adenosine 5'- diphosphoribose (apr) (see paper)
54% identity, 97% coverage: 1:309/320 of query aligns to 2:307/311 of 7byaA

query
sites
7byaA
L
 
M
A
 
K
R
 
R
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
S
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
x
F
I
x
T
G
 
G
G
 
A
T
 
T
L
 
T
A
 
A
H
 
F
L
 
L
A
 
L
A
 
A
L
 
Q
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
V
D
|
D
V
x
I
-
 
P
-
 
Q
V
 
L
E
 
E
G
 
N
V
 
P
P
 
T
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
M
S
 
L
Q
 
E
C
 
A
G
 
S
P
 
P
V
 
V
E
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
N
I
 
I
T
 
I
G
 
G
S
 
T
N
 
S
D
 
D
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
I
 
T
A
 
A
G
 
D
A
 
S
D
 
D
V
 
I
I
 
V
I
 
V
V
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
V
G
 
T
I
 
T
N
 
N
L
 
Q
K
 
K
V
 
I
M
 
M
K
 
K
A
 
Q
V
 
V
G
 
T
E
 
K
G
 
E
I
 
V
A
 
V
A
 
K
N
 
Y
A
 
S
P
 
P
D
 
N
A
 
C
F
 
Y
V
 
I
I
 
I
C
 
V
I
x
L
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
A
 
A
M
 
M
V
 
T
W
 
Y
A
 
T
L
 
V
R
 
F
E
 
K
F
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
F
P
 
P
H
 
K
N
 
N
K
 
R
V
 
V
V
 
I
G
 
G
M
 
Q
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
L
D
 
D
S
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
R
H
 
T
F
 
F
L
 
V
A
 
A
E
 
E
E
 
E
F
 
L
N
 
N
V
 
I
S
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
D
V
 
V
N
 
T
S
 
G
F
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
T
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
V
E
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
Y
V
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
E
D
 
K
L
 
L
I
 
I
K
 
-
M
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
P
K
 
K
E
 
D
R
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
L
I
 
V
A
 
E
M
 
M
A
 
V
E
 
E
A
 
A
Y
 
I
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
Q
K
 
R
R
 
R
L
 
I
L
 
L
P
 
P
C
 
A
A
 
I
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
G
 
G
V
 
Y
D
 
E
D
 
G
L
 
I
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
I
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
G
G
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
E
Q
 
K
V
 
V
V
 
I
E
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
E
E
 
E
A
 
E
K
 
K
A
 
A
N
 
A
L
 
L
Q
 
A
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
E
A
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
N
L
 
V
L
 
M

7by9A Malate dehydrogenase from geobacillus stearothermophilus (gs-mdh) complexed with oxaloacetic acid (oaa) and nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) (see paper)
54% identity, 97% coverage: 1:309/320 of query aligns to 2:307/311 of 7by9A

query
sites
7by9A
L
 
M
A
 
K
R
 
R
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
S
L
 
V
I
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
N
x
F
I
x
T
G
 
G
G
 
A
T
 
T
L
 
T
A
 
A
H
 
F
L
 
L
A
 
L
A
 
A
L
 
Q
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
V
D
|
D
V
x
I
-
 
P
-
 
Q
V
 
L
E
 
E
G
 
N
V
 
P
P
 
T
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
M
S
 
L
Q
 
E
C
 
A
G
 
S
P
 
P
V
 
V
E
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
N
I
 
I
T
 
I
G
 
G
S
 
T
N
 
S
D
 
D
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
I
 
T
A
 
A
G
 
D
A
 
S
D
 
D
V
 
I
I
 
V
I
 
V
V
 
I
T
|
T
A
|
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
V
G
 
T
I
 
T
N
 
N
L
 
Q
K
 
K
V
x
I
M
 
M
K
 
K
A
x
Q
V
|
V
G
 
T
E
 
K
G
 
E
I
 
V
A
 
V
A
 
K
N
 
Y
A
 
S
P
 
P
D
 
N
A
 
C
F
 
Y
V
 
I
I
 
I
C
 
V
I
x
L
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
x
V
D
 
D
A
 
A
M
 
M
V
 
T
W
 
Y
A
 
T
L
 
V
R
 
F
E
 
K
F
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
F
P
 
P
H
 
K
N
 
N
K
 
R
V
 
V
V
 
I
G
 
G
M
 
Q
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
 
D
S
 
T
A
 
A
R
|
R
F
 
F
S
 
R
H
 
T
F
 
F
L
 
V
A
 
A
E
 
E
E
 
E
F
 
L
N
 
N
V
 
I
S
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
D
V
 
V
N
 
T
S
 
G
F
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
V
E
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
Y
V
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
E
D
 
K
L
 
L
I
 
I
K
 
-
M
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
P
K
 
K
E
 
D
R
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
K
G
 
G
G
|
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
 
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
L
I
 
V
A
 
E
M
 
M
A
 
V
E
 
E
A
 
A
Y
 
I
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
Q
K
 
R
R
 
R
L
 
I
L
 
L
P
 
P
C
 
A
A
 
I
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
G
 
G
V
 
Y
D
 
E
D
 
G
L
 
I
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
I
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
G
G
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
E
Q
 
K
V
 
V
V
 
I
E
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
E
E
 
E
A
 
E
K
 
K
A
 
A
N
 
A
L
 
L
Q
 
A
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
E
A
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
N
L
 
V
L
 
M

7f8dA Malate dehydrogenase from geobacillus stearothermophilus (gs-mdh) g218y mutant (see paper)
54% identity, 97% coverage: 1:309/320 of query aligns to 4:309/313 of 7f8dA

query
sites
7f8dA
L
 
M
A
 
K
R
 
R
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
S
L
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
x
F
I
x
T
G
 
G
G
 
A
T
 
T
L
 
T
A
 
A
H
 
F
L
 
L
A
 
L
A
 
A
L
 
Q
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
F
 
V
D
|
D
V
x
I
-
 
P
-
 
Q
V
x
L
E
 
E
G
 
N
V
 
P
P
 
T
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
M
S
 
L
Q
 
E
C
 
A
G
 
S
P
 
P
V
 
V
E
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
N
I
 
I
T
 
I
G
 
G
S
 
T
N
 
S
D
 
D
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
I
 
T
A
 
A
G
 
D
A
 
S
D
 
D
V
 
I
I
 
V
I
 
V
V
 
I
T
|
T
A
|
A
G
|
G
V
 
I
A
 
A
R
 
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
 
R
D
 
D
D
 
D
L
 
L
L
 
V
G
 
T
I
 
T
N
 
N
L
 
Q
K
 
K
V
 
I
M
 
M
K
 
K
A
 
Q
V
 
V
G
 
T
E
 
K
G
 
E
I
 
V
A
 
V
A
 
K
N
 
Y
A
 
S
P
 
P
D
 
N
A
 
C
F
 
Y
V
 
I
I
 
I
C
 
V
I
x
L
T
|
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
A
 
A
M
 
M
V
 
T
W
 
Y
A
 
T
L
 
V
R
 
F
E
 
K
F
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
F
P
 
P
H
 
K
N
 
N
K
 
R
V
 
V
V
 
I
G
 
G
M
x
Q
A
 
S
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
 
D
S
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
R
H
 
T
F
 
F
L
 
V
A
 
A
E
 
E
E
 
E
F
 
L
N
 
N
V
 
I
S
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
D
V
 
V
N
 
T
S
 
G
F
 
F
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
H
 
H
G
 
G
D
 
D
T
 
D
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
V
E
 
R
Y
 
Y
S
 
S
T
 
Y
V
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
L
P
 
E
D
 
K
L
 
L
I
 
I
K
 
-
M
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
T
 
P
K
 
K
E
 
D
R
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
V
A
 
E
R
 
R
T
 
T
R
 
R
S
 
K
G
 
G
G
 
G
G
 
Y
E
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
L
K
 
G
T
 
N
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
P
|
P
A
 
A
T
 
A
S
 
S
G
 
L
I
 
V
A
 
E
M
 
M
A
 
V
E
 
E
A
 
A
Y
 
I
L
 
L
Y
 
K
D
 
D
Q
 
Q
K
 
R
R
 
R
L
 
I
L
 
L
P
 
P
C
 
A
A
 
I
A
 
A
H
 
Y
L
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
E
Y
 
Y
G
 
G
V
 
Y
D
 
E
D
 
G
L
 
I
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
T
I
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
G
G
 
N
G
 
G
V
 
I
E
 
E
Q
 
K
V
 
V
V
 
I
E
 
E
I
 
L
E
 
E
L
 
L
N
 
T
E
 
E
E
 
E
A
 
E
K
 
K
A
 
A
N
 
A
L
 
L
Q
 
A
V
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
E
A
 
S
V
 
V
K
 
K
E
 
N
L
 
V
L
 
M

1uxgA Large improvement in the thermal stability of a tetrameric malate dehydrogenase by single point mutations at the dimer-dimer interface. (see paper)
54% identity, 98% coverage: 3:315/320 of query aligns to 1:308/308 of 1uxgA

query
sites
1uxgA
R
 
R
K
 
K
K
 
K
I
 
I
A
 
S
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
N
x
F
I
x
V
G
 
G
G
 
S
T
 
T
L
 
T
A
 
A
H
 
H
L
 
W
A
 
L
A
 
A
L
 
A
K
 
K
G
 
E
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
F
 
L
D
|
D
V
 
I
V
 
V
E
 
E
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
D
L
 
L
S
 
Y
Q
 
E
C
 
A
G
 
S
P
 
P
V
 
I
E
 
E
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
V
K
 
R
I
 
V
T
 
T
G
 
G
S
 
T
N
 
N
D
 
N
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
I
 
T
A
 
A
G
 
N
A
 
S
D
 
D
V
 
V
I
 
I
I
 
V
V
 
V
T
|
T
A
x
S
G
|
G
V
x
A
A
x
P
R
|
R
K
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
M
S
 
S
R
|
R
D
 
E
D
 
D
L
 
L
L
 
I
G
 
K
I
 
V
N
 
N
L
 
A
K
 
D
V
 
I
M
 
T
K
 
R
A
 
A
V
x
C
G
 
I
E
 
S
G
 
Q
I
 
A
A
 
A
A
 
P
N
 
L
A
 
S
P
 
P
D
 
N
A
 
A
F
 
V
V
 
I
I
 
I
C
 
M
I
x
V
T
 
N
N
|
N
P
 
P
L
 
L
D
 
D
A
 
A
M
 
M
V
 
T
W
 
Y
A
 
L
L
 
A
R
 
A
E
 
E
F
 
V
S
 
S
G
 
G
L
 
F
P
 
P
H
 
K
N
 
E
K
 
R
V
 
V
V
 
I
G
 
G
M
x
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
V
L
|
L
D
|
D
S
 
A
A
 
A
R
|
R
F
 
Y
S
 
R
H
 
T
F
 
F
L
 
I
A
 
A
E
 
M
E
 
E
F
 
A
N
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
V
K
 
E
E
 
D
V
 
V
N
 
Q
S
 
A
F
 
M
V
 
L
L
 
M
G
 
G
G
 
G
H
|
H
G
 
G
D
 
D
T
 
E
M
 
M
V
 
V
P
 
P
V
 
L
V
 
P
E
 
R
Y
 
F
S
 
S
T
 
T
V
 
I
A
 
S
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
V
P
 
S
D
 
E
L
 
F
I