SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing H281DRAFT_00374 FitnessBrowser__Burk376:H281DRAFT_00374 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

3pm5A Crystal structure of boxb in mixed valent state with bound benzoyl-coa (see paper)
73% identity, 99% coverage: 5:475/475 of query aligns to 1:471/472 of 3pm5A

query
sites
3pm5A
N
 
N
Y
 
Y
S
 
S
E
 
E
K
 
R
I
 
I
P
 
P
N
 
N
N
 
N
V
 
V
N
 
N
L
 
L
A
 
N
D
 
E
D
 
N
R
 
K
A
 
T
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
Q
W
 
W
Q
 
Q
P
 
P
N
 
S
F
 
F
L
 
L
S
 
N
W
 
W
W
 
W
G
 
D
D
 
D
M
 
M
G
 
G
P
 
P
E
 
E
G
 
N
S
 
S
H
 
S
G
 
N
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
T
 
T
A
 
A
V
 
V
S
 
S
V
 
V
D
 
D
A
 
P
G
 
K
G
 
G
W
 
W
A
 
A
H
 
D
F
 
F
D
 
G
H
 
Y
V
 
V
K
 
K
M
 
M
P
 
H
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
W
 
W
G
 
G
I
 
I
F
 
F
L
 
L
T
 
A
P
 
P
G
 
Q
D
 
E
Q
 
G
D
 
E
R
 
K
K
 
K
I
 
I
H
 
T
F
 
F
G
 
G
E
 
E
H
 
H
K
 
K
G
 
G
E
 
Q
A
 
D
A
 
V
W
 
W
Q
 
Q
D
 
E
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
Y
R
 
R
A
 
S
N
 
T
L
 
L
R
 
R
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
T
 
T
Q
|
Q
G
 
G
D
 
D
T
|
T
E
|
E
P
 
P
A
 
A
S
|
S
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
H
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
A
P
 
P
S
 
S
M
 
L
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
Q
V
 
V
N
 
N
V
 
V
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
H
|
H
L
 
L
W
 
W
A
 
A
M
 
M
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
H
 
H
R
 
A
Y
 
H
F
 
F
G
 
G
R
 
R
D
 
D
G
 
G
R
 
R
E
 
E
E
 
E
A
 
G
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
E
R
 
R
R
 
R
S
 
S
G
 
G
D
 
D
D
 
E
D
 
D
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
T
A
 
A
F
|
F
N
 
N
E
 
E
K
 
K
T
 
T
P
 
P
D
 
D
W
 
W
L
 
L
A
 
S
F
 
F
Y
 
F
M
 
M
F
|
F
T
 
T
Y
 
F
F
 
I
T
 
T
D
|
D
R
 
R
D
|
D
G
|
G
K
 
K
F
 
F
Q
|
Q
L
 
L
S
 
A
A
 
S
L
 
L
A
 
A
E
 
E
S
 
S
G
 
A
F
 
F
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
T
 
T
T
 
C
K
 
K
F
 
F
M
 
M
L
 
L
T
 
T
E
 
E
E
|
E
A
 
A
H
 
H
H
|
H
M
 
L
F
 
F
V
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
V
 
I
S
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
A
 
C
Q
 
E
V
 
V
M
 
M
N
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
T
 
T
D
 
D
D
 
D
V
 
P
A
 
A
R
 
K
I
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
P
 
P
T
 
T
I
 
L
Q
 
Q
R
 
K
Y
 
Y
L
 
L
N
 
N
F
 
F
H
 
H
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
T
 
T
I
 
S
D
 
D
L
 
L
F
 
Y
G
|
G
A
|
A
D
 
E
H
 
I
S
|
S
S
 
S
N
|
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
F
 
Y
Y
 
Y
S
 
T
S
 
N
G
 
G
L
 
L
K
|
K
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
E
 
E
E
 
E
G
 
E
K
 
K
R
 
I
D
 
G
D
 
D
D
 
D
H
 
H
Q
 
K
L
 
L
N
 
Q
G
 
N
Q
 
S
S
 
E
Y
 
Y
K
 
E
L
 
V
L
 
M
D
 
D
V
 
V
Q
 
A
D
 
G
G
 
D
K
 
K
L
 
I
V
 
L
E
 
T
R
 
R
E
 
H
V
 
V
P
 
P
M
 
A
L
 
L
N
 
S
A
 
A
M
 
L
N
 
N
E
 
E
V
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
D
 
D
Y
 
W
I
 
I
K
 
T
D
 
D
S
 
V
V
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
D
R
 
R
W
 
W
N
 
N
K
 
R
V
 
I
L
 
P
E
 
A
K
 
K
A
 
F
G
 
G
I
 
F
D
 
D
F
 
F
R
 
R
M
 
F
T
 
T
V
 
L
P
 
P
H
 
H
K
 
K
A
 
G
F
 
F
N
 
H
R
 
R
Q
x
K
I
|
I
G
|
G
T
 
M
F
 
F
A
|
A
G
x
D
T
 
V
R
 
H
V
 
V
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
I
G
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
E
W
 
W
A
 
T
A
 
H
N
 
Q
E
 
H
A
 
K
K
 
N
W
 
W
L
 
L
A
 
P
T
 
T
P
 
E
E
 
S
D
 
D
R
 
R
A
 
L
F
 
Y
V
 
V
A
 
H
S
 
S
L
 
L
M
 
M
G
 
G
R
 
R
V
 
C
T
 
L
E
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
K
F
 
F
A
 
A
N
 
N
W
 
W
I
 
I
A
 
A
P
 
A
P
 
P
A
 
A
M
 
R
G
 
G
V
 
I
N
 
N
R
 
N
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
D
 
N
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
V
 
V
R
 
R
F
 
F
N
 
N

3perA Crystal structure of boxb with phosphate bound to the diiron center (see paper)
72% identity, 99% coverage: 7:475/475 of query aligns to 1:469/477 of 3perA

query
sites
3perA
S
 
S
E
 
E
K
 
R
I
 
I
P
 
P
N
 
N
N
 
N
V
 
V
N
 
N
L
 
L
A
 
N
D
 
E
D
 
N
R
 
K
A
 
T
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Q
 
Q
W
 
W
Q
 
Q
P
 
P
N
 
S
F
 
F
L
 
L
S
 
N
W
 
W
W
 
W
G
 
D
D
 
D
M
 
M
G
 
G
P
 
P
E
 
E
G
 
N
S
 
S
H
 
S
G
 
N
Y
 
Y
D
 
D
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
T
 
T
A
 
A
V
 
V
S
 
S
V
 
V
D
 
D
A
 
P
G
 
K
G
 
G
W
 
W
A
 
A
H
 
D
F
 
F
D
 
G
H
 
Y
V
 
V
K
 
K
M
 
M
P
 
H
D
 
D
Y
 
Y
R
 
R
W
 
W
G
 
G
I
 
I
F
 
F
L
 
L
T
 
A
P
 
P
G
 
Q
D
 
E
Q
 
G
D
 
E
R
 
K
K
 
K
I
 
I
H
 
T
F
 
F
G
 
G
E
 
E
H
 
H
K
 
K
G
 
G
E
 
Q
A
 
D
A
 
V
W
 
W
Q
 
Q
D
 
E
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
H
 
Y
R
 
R
A
 
S
N
 
T
L
 
L
R
 
R
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
D
 
D
T
 
T
E
|
E
P
 
P
A
 
A
S
 
S
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
H
 
H
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
A
P
 
P
S
 
S
M
 
L
Y
 
Y
D
 
D
L
 
L
R
 
R
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
 
Q
V
 
V
N
 
N
V
 
V
E
 
E
E
|
E
G
 
G
R
 
R
H
|
H
L
 
L
W
 
W
A
 
A
M
 
M
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
H
 
H
R
 
A
Y
 
H
F
 
F
G
 
G
R
 
R
D
 
D
G
 
G
R
 
R
E
 
E
E
 
E
A
 
G
E
 
E
A
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
E
R
 
R
R
 
R
S
 
S
G
 
G
D
 
D
D
 
E
D
 
D
N
 
N
P
 
P
R
 
R
I
 
I
L
 
L
G
 
T
A
 
A
F
 
F
N
 
N
E
 
E
K
 
K
T
 
T
P
 
P
D
 
D
W
 
W
L
 
L
A
 
S
F
 
F
Y
 
F
M
 
M
F
 
F
T
 
T
Y
 
F
F
 
I
T
 
T
D
|
D
R
 
R
D
 
D
G
 
G
K
 
K
F
 
F
Q
 
Q
L
 
L
S
 
A
A
 
S
L
 
L
A
 
A
E
 
E
S
 
S
G
 
A
F
 
F
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
T
 
T
T
 
C
K
 
K
F
 
F
M
 
M
L
 
L
T
 
T
E
 
E
E
|
E
A
 
A
H
 
H
H
|
H
M
 
L
F
 
F
V
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
S
G
 
G
V
 
I
S
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
I
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
A
 
C
Q
 
E
V
 
V
M
 
M
N
 
K
E
 
E
L
 
L
G
 
G
T
 
T
D
 
D
D
 
D
V
 
P
A
 
A
R
 
K
I
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
P
 
P
T
 
T
I
 
L
Q
 
Q
R
 
K
Y
 
Y
L
 
L
N
 
N
F
 
F
H
 
H
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
T
 
T
I
 
S
D
 
D
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
A
 
A
D
 
E
H
 
I
S
 
S
S
 
S
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
F
 
Y
Y
 
Y
S
 
T
S
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
K
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
E
 
E
E
 
E
G
 
E
K
 
K
R
 
I
D
 
G
D
 
D
D
 
D
H
 
H
Q
 
K
L
 
L
N
 
Q
G
 
N
Q
 
S
S
 
E
Y
 
Y
K
 
E
L
 
V
L
 
M
D
 
D
V
 
V
Q
 
A
D
 
G
G
 
D
K
 
K
L
 
I
V
 
L
E
 
T
R
 
R
E
 
H
V
 
V
P
 
P
M
 
A
L
 
L
N
 
S
A
 
A
M
 
L
N
 
N
E
 
E
V
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
D
 
D
Y
 
W
I
 
I
K
 
T
D
 
D
S
 
V
V
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
D
R
 
R
W
 
W
N
 
N
K
 
R
V
 
I
L
 
P
E
 
A
K
 
K
A
 
F
G
 
G
I
 
F
D
 
D
F
 
F
R
 
R
M
 
F
T
 
T
V
 
L
P
 
P
H
 
H
K
 
K
A
 
G
F
 
F
N
 
H
R
 
R
Q
 
K
I
 
I
G
 
G
T
 
M
F
 
F
A
 
A
G
 
D
T
 
V
R
 
H
V
 
V
S
 
S
P
 
P
D
 
D
G
 
G
R
 
R
V
 
L
I
 
I
G
 
S
E
 
E
A
 
A
E
 
E
W
 
W
A
 
T
A
 
H
N
 
Q
E
 
H
A
 
K
K
 
N
W
 
W
L
 
L
A
 
P
T
 
T
P
 
E
E
 
S
D
 
D
R
 
R
A
 
L
F
 
Y
V
 
V
A
 
H
S
 
S
L
 
L
M
 
M
G
 
G
R
 
R
V
 
C
T
 
L
E
 
E
P
 
P
G
 
G
K
 
K
F
 
F
A
 
A
N
 
N
W
 
W
I
 
I
A
 
A
P
 
A
P
 
P
A
 
A
M
 
R
G
 
G
V
 
I
N
 
N
R
 
N
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
D
 
N
F
 
F
E
 
E
Y
 
Y
V
 
V
R
 
R
F
 
F
N
 
N

Query Sequence

>H281DRAFT_00374 FitnessBrowser__Burk376:H281DRAFT_00374
MSTINYSEKIPNNVNLADDRALQRALEQWQPNFLSWWGDMGPEGSHGYDVYLRTAVSVDA
GGWAHFDHVKMPDYRWGIFLTPGDQDRKIHFGEHKGEAAWQDVPGEHRANLRRIIVTQGD
TEPASVEQQRHLGLTAPSMYDLRNLFQVNVEEGRHLWAMVYLLHRYFGRDGREEAEALLG
RRSGDDDNPRILGAFNEKTPDWLAFYMFTYFTDRDGKFQLSALAESGFDPLARTTKFMLT
EEAHHMFVGESGVSRVIQRTAQVMNELGTDDVARIRAAGVIDLPTIQRYLNFHYSVTIDL
FGADHSSNAATFYSSGLKGRYEEGKRDDDHQLNGQSYKLLDVQDGKLVEREVPMLNAMNE
VLRDDYIKDSVAGVGRWNKVLEKAGIDFRMTVPHKAFNRQIGTFAGTRVSPDGRVIGEAE
WAANEAKWLATPEDRAFVASLMGRVTEPGKFANWIAPPAMGVNRQPVDFEYVRFN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory