SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing H281DRAFT_01220 FitnessBrowser__Burk376:H281DRAFT_01220 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4wzzA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentas (cphy_0583, target efi- 511148) with bound l-rhamnose
39% identity, 89% coverage: 36:333/335 of query aligns to 8:317/321 of 4wzzA

query
sites
4wzzA
A
 
A
F
 
I
V
 
I
P
 
V
K
|
K
Q
 
S
I
 
A
N
 
G
N
|
N
P
 
P
Y
|
Y
E
 
N
V
 
Q
I
 
K
A
 
E
D
 
S
D
 
E
G
 
G
G
 
Y
L
 
K
A
 
Q
A
 
V
I
 
I
K
 
E
E
 
A
F
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
K
G
 
C
K
 
V
V
 
I
V
 
Q
G
 
E
P
 
P
S
 
K
D
 
S
A
 
A
G
 
T
A
 
A
S
 
E
S
 
D
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
T
Y
 
C
I
 
I
N
 
N
T
 
N
L
 
A
I
 
I
T
 
S
Q
 
Q
R
 
G
Q
 
V
D
 
D
A
 
C
I
 
I
V
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
N
 
N
D
 
D
A
 
T
N
 
D
A
 
A
V
 
L
V
 
E
P
 
P
Y
 
A
L
 
L
K
 
T
K
 
E
A
 
A
M
 
K
S
 
N
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
H
V
 
V
V
 
L
T
 
S
F
 
L
D
|
D
S
 
S
D
 
A
T
 
T
A
 
N
P
 
A
E
 
N
G
 
S
R
 
R
Q
 
K
L
 
V
F
 
F
V
 
V
N
 
N
Q
 
Q
A
 
A
N
 
G
A
 
T
E
 
T
G
 
Q
I
 
I
G
 
A
R
 
Q
G
 
A
Q
 
L
I
 
M
Q
 
D
L
 
A
V
 
I
S
 
L
K
 
D
L
 
I
M
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
S
G
 
G
E
 
D
F
 
W
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
S
A
 
A
T
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
A
T
 
T
N
|
N
Q
 
Q
N
 
N
T
 
A
W
 
W
I
 
I
K
 
D
W
 
G
M
 
M
Q
 
K
E
 
T
E
 
V
L
 
M
K
 
Q
K
 
D
P
 
S
E
 
K
Y
 
Y
S
 
S
K
 
K
I
 
L
K
 
N
L
 
L
V
 
I
K
 
G
I
 
V
A
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
N
 
D
D
|
D
D
 
E
D
 
Y
Q
 
Q
K
 
A
S
 
S
F
 
C
V
 
D
E
 
Q
T
 
T
Q
 
E
G
 
A
L
 
I
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
Y
 
D
P
 
P
N
 
N
L
 
I
K
 
K
A
 
V
I
 
I
V
 
C
A
 
A
P
 
P
T
|
T
T
|
T
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
M
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
Y
 
V
I
 
L
S
 
Q
S
 
D
S
 
K
S
 
G
S
 
L
K
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
V
 
L
T
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
G
T
 
L
P
 
P
N
 
S
Q
 
E
M
 
M
R
 
A
A
 
D
F
 
Y
V
 
I
K
 
G
N
 
D
G
 
D
-
 
D
-
 
Q
-
 
H
T
 
S
V
 
C
K
 
P
A
 
Y
F
 
M
Q
 
F
L
 
L
W
|
W
D
 
N
P
 
P
N
 
I
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
Y
 
N
L
 
L
A
 
A
G
 
A
Y
 
Y
A
 
A
A
 
S
A
 
I
A
 
S
L
 
L
A
 
V
S
 
N
G
 
G
T
 
T
I
 
I
N
 
T
G
 
G
K
 
A
E
 
A
G
 
D
E
 
Q
S
 
S
F
 
F
D
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
T
L
 
V
G
 
P
K
 
D
R
 
K
T
 
T
I
 
L
G
 
G
P
 
D
Q
 
N
G
 
G
-
 
S
-
 
Y
-
 
K
-
 
I
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
G
-
 
T
E
 
E
I
 
I
I
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
A
P
 
P
T
 
F
T
 
K
F
 
F
D
 
E
A
 
P
S
 
S
N
 
N
I
 
I
D
 
A
K
 
E
F
 
W

4pz0A The crystal structure of a solute binding protein from bacillus anthracis str. Ames in complex with quorum-sensing signal autoinducer-2 (ai-2)
32% identity, 91% coverage: 31:335/335 of query aligns to 6:321/321 of 4pz0A

query
sites
4pz0A
N
 
D
G
 
D
L
 
V
K
 
K
I
 
F
A
 
A
F
 
F
V
 
I
P
 
P
K
|
K
Q
 
L
I
 
T
N
 
G
N
 
V
P
 
G
Y
x
F
E
 
F
V
 
T
I
 
S
A
 
G
D
 
G
D
 
E
G
 
G
G
 
A
L
 
K
A
 
E
A
 
M
I
 
G
K
 
D
E
 
K
F
 
L
G
 
G
G
 
V
V
 
Q
G
 
V
K
 
K
V
 
Y
V
 
D
G
 
G
P
 
P
S
 
S
D
 
E
A
 
A
G
 
S
A
 
V
S
 
S
S
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
K
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
T
 
N
L
 
F
I
 
I
T
 
N
Q
 
Q
R
 
N
Q
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
L
V
 
M
I
 
V
A
 
S
A
 
S
N
 
T
D
 
S
A
 
V
N
 
D
A
 
G
V
 
L
V
 
S
P
 
Q
Y
 
S
L
 
L
K
 
Q
K
 
R
A
 
A
M
 
K
S
 
K
Q
 
K
G
 
G
I
 
M
K
 
T
V
 
V
V
 
L
T
 
T
F
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
V
A
 
N
P
 
P
E
 
K
G
 
D
R
 
R
Q
 
S
L
 
F
F
 
Y
V
 
I
N
 
S
Q
 
Q
A
 
G
N
 
T
A
 
P
E
 
D
G
 
Q
I
 
L
G
 
A
R
 
N
G
 
L
Q
 
L
I
 
I
Q
 
E
L
 
M
V
 
T
S
 
S
K
 
K
L
 
Q
M
 
I
G
 
G
G
 
D
E
 
K
G
 
G
E
 
K
F
 
V
A
 
A
V
 
F
L
 
F
S
 
Y
A
 
S
T
 
S
P
 
P
N
 
T
A
 
V
T
 
T
N
x
D
Q
|
Q
N
 
N
T
 
Q
W
|
W
I
 
V
K
 
T
W
 
-
M
 
K
Q
 
A
E
 
K
E
 
E
L
 
I
K
 
I
K
 
K
P
 
E
E
 
K
Y
 
Y
S
 
P
K
 
N
I
 
W
K
 
E
L
 
I
V
 
V
K
 
T
I
 
T
A
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
N
 
E
D
 
N
D
 
N
D
 
A
Q
 
Q
K
 
K
S
 
S
F
 
L
V
 
S
E
 
V
T
 
G
Q
 
E
G
 
N
L
 
I
L
 
L
Q
 
K
A
 
T
Y
 
Y
P
 
P
N
 
D
L
 
I
K
 
N
A
 
A
I
 
V
V
 
I
A
 
C
P
|
P
T
x
D
T
x
A
V
 
T
G
 
A
I
 
L
A
 
P
A
 
A
A
 
M
A
 
A
R
 
Q
Y
 
A
I
 
A
S
 
E
S
 
N
S
 
L
S
 
K
S
 
M
K
 
D
G
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
S
T
 
T
P
 
P
N
 
N
Q
 
V
M
 
M
R
 
R
A
 
D
F
 
Y
V
 
V
K
 
K
N
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
Q
A
 
Q
F
 
F
Q
 
G
L
 
L
W
|
W
D
 
D
P
 
V
N
 
K
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
T
Y
 
Y
A
 
V
A
 
A
A
 
N
A
 
E
L
 
I
A
 
V
S
 
V
G
 
K
T
 
G
I
 
K
N
 
K
G
 
L
K
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
D
S
 
S
F
 
F
D
 
E
A
 
V
G
 
K
K
 
G
L
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
V
T
 
K
I
 
V
G
 
E
P
 
P
-
 
N
-
 
S
-
 
I
-
 
Q
-
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
G
Q
 
N
G
 
G
E
 
I
I
 
I
I
 
V
L
 
L
G
 
P
P
 
E
P
 
R
T
 
V
T
 
V
F
 
F
D
 
T
A
 
K
S
 
D
N
 
N
I
 
I
D
 
D
K
 
K
F
 
Y
N
 
N
F
 
F

1tjyA Crystal structure of salmonella typhimurium ai-2 receptor lsrb in complex with r-thmf (see paper)
32% identity, 90% coverage: 34:335/335 of query aligns to 5:316/316 of 1tjyA

query
sites
1tjyA
K
 
R
I
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
P
 
P
K
|
K
Q
 
L
I
 
V
N
 
G
N
 
V
P
 
G
Y
x
F
E
x
F
V
 
T
I
 
S
A
 
G
D
 
G
D
 
N
G
 
G
G
 
A
L
 
Q
A
 
E
A
 
A
I
 
G
K
 
K
E
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
I
V
 
D
G
 
V
K
 
T
V
 
Y
V
 
D
G
 
G
P
 
P
S
 
T
D
 
E
A
 
P
G
 
S
A
 
V
S
 
S
S
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
Y
 
L
I
 
V
N
 
N
T
 
N
L
 
F
I
 
V
T
 
N
Q
 
Q
R
 
G
Q
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
V
A
 
S
A
 
A
N
 
V
D
 
S
A
 
P
N
 
D
A
 
G
V
 
L
V
 
C
P
 
P
Y
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
M
S
 
Q
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
I
V
 
L
T
 
T
F
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
T
A
 
K
P
 
P
E
 
E
G
 
C
R
 
R
Q
 
S
L
 
Y
F
 
Y
V
 
I
N
 
N
Q
 
Q
A
 
G
N
 
T
A
 
P
E
 
K
G
 
Q
I
 
L
G
 
G
R
 
S
G
 
M
Q
 
L
I
 
V
Q
 
E
L
 
M
V
 
A
S
 
A
K
 
H
L
 
Q
M
 
V
G
 
D
G
 
K
E
 
E
-
 
K
G
 
A
E
 
K
F
 
V
A
 
A
V
 
F
L
 
F
S
 
Y
A
 
S
T
 
S
P
 
P
N
 
T
A
 
V
T
 
T
N
x
D
Q
|
Q
N
 
N
T
 
Q
W
|
W
I
 
V
K
 
K
W
 
E
M
 
A
Q
 
K
E
 
A
E
 
K
L
 
I
K
 
S
K
 
Q
P
 
-
E
 
E
Y
 
H
S
 
P
K
 
G
I
 
W
K
 
E
L
 
I
V
 
V
K
 
T
I
 
T
A
 
Q
Y
 
F
G
 
G
N
 
Y
D
 
N
D
 
D
D
 
A
Q
 
T
K
 
K
S
 
S
F
 
L
V
 
Q
E
 
T
T
 
A
Q
 
E
G
 
G
L
 
I
L
 
I
Q
 
K
A
 
A
Y
 
Y
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
A
 
A
P
|
P
T
x
D
T
x
A
V
 
N
G
 
A
I
 
L
A
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
Y
 
-
I
 
A
S
 
A
S
 
E
S
 
N
S
 
L
S
 
K
K
 
R
G
 
N
K
 
N
V
 
L
A
 
A
V
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
F
G
 
S
T
 
T
P
 
P
N
 
N
Q
 
V
M
 
M
R
 
R
A
 
P
F
 
Y
V
 
V
K
 
Q
N
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
E
F
 
F
Q
 
G
L
 
L
W
|
W
D
 
D
P
 
V
N
 
V
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
K
L
 
I
A
 
S
G
 
V
Y
 
Y
A
 
V
A
 
A
A
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
L
S
 
K
G
 
-
T
 
N
I
 
M
N
 
P
G
 
M
K
 
N
E
 
V
G
 
G
E
 
D
S
 
S
F
 
L
D
 
D
A
 
I
G
 
P
K
 
G
L
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
V
T
 
T
I
 
V
G
 
S
P
 
P
Q
 
N
G
 
S
E
 
E
-
 
Q
-
 
G
-
 
Y
-
 
H
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
N
-
 
G
-
 
I
I
 
V
I
 
L
L
 
L
G
 
P
P
 
E
P
 
R
T
 
V
T
 
I
F
 
F
D
 
N
A
 
K
S
 
D
N
 
N
I
 
I
D
 
D
K
 
K
F
 
Y
N
 
D
F
 
F

3t95A Crystal structure of lsrb from yersinia pestis complexed with autoinducer-2 (see paper)
31% identity, 90% coverage: 34:335/335 of query aligns to 3:314/314 of 3t95A

query
sites
3t95A
K
 
R
I
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
P
 
P
K
|
K
Q
 
L
I
 
V
N
 
G
N
 
V
P
 
G
Y
x
F
E
x
F
V
 
T
I
 
S
A
 
G
D
 
G
D
 
K
G
 
G
G
 
A
L
 
V
A
 
D
A
 
A
I
 
G
K
 
K
E
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
V
V
 
D
G
 
V
K
 
T
V
 
Y
V
 
D
G
 
G
P
 
P
S
 
T
D
 
E
A
 
P
G
 
S
A
 
V
S
 
S
S
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
Y
 
L
I
 
I
N
 
N
T
 
N
L
 
F
I
 
V
T
 
N
Q
 
Q
R
 
G
Q
 
Y
D
 
N
A
 
A
I
 
I
V
 
V
I
 
V
A
 
S
A
 
A
N
 
V
D
 
S
A
 
P
N
 
D
A
 
G
V
 
L
V
 
C
P
 
P
Y
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
M
S
 
Q
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
I
V
 
L
T
 
T
F
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
T
A
 
K
P
 
P
E
 
E
G
 
C
R
 
R
Q
 
S
L
 
V
F
 
Y
V
 
I
N
 
N
Q
 
Q
A
 
G
N
 
T
A
 
P
E
 
N
G
 
Q
I
 
L
G
 
G
R
 
S
G
 
M
Q
 
L
I
 
V
Q
 
D
L
 
M
V
 
A
S
 
A
K
 
N
L
 
Q
M
 
V
G
 
K
G
 
K
E
 
E
-
 
Q
G
 
A
E
 
K
F
 
V
A
 
A
V
 
F
L
 
F
S
 
Y
A
 
S
T
 
S
P
 
P
N
 
T
A
 
V
T
 
T
N
x
D
Q
|
Q
N
 
N
T
 
Q
W
|
W
I
 
V
K
 
N
W
 
E
M
 
A
Q
 
K
E
 
K
E
 
K
L
 
I
K
 
Q
K
 
Q
P
 
-
E
 
E
Y
 
H
S
 
P
K
 
G
I
 
W
K
 
E
L
 
I
V
 
V
K
 
T
I
 
T
A
 
Q
Y
 
F
G
 
G
N
 
Y
D
 
N
D
 
D
D
 
A
Q
 
T
K
 
K
S
 
S
F
 
L
V
 
Q
E
 
T
T
 
A
Q
 
E
G
 
G
L
 
I
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
Y
 
Y
P
 
A
N
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
A
 
A
P
|
P
T
x
D
T
x
A
V
 
N
G
 
A
I
 
L
A
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
Y
 
-
I
 
A
S
 
A
S
 
E
S
 
N
S
 
L
S
 
K
K
 
R
G
 
A
K
 
N
V
 
V
A
 
A
V
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
F
G
 
S
T
 
T
P
 
P
N
 
N
Q
 
V
M
 
M
R
 
R
A
 
P
F
 
Y
V
 
V
K
 
E
N
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
V
K
 
K
A
 
E
F
 
F
Q
 
G
L
 
L
W
|
W
D
 
D
P
 
V
N
 
V
E
 
N
L
 
Q
G
 
G
Y
 
K
L
 
I
A
 
S
G
 
V
Y
 
Y
A
 
V
A
 
A
-
 
N
A
 
E
A
 
M
L
 
L
A
 
K
S
 
K
G
 
G
T
 
D
I
 
L
N
 
N
G
 
-
K
 
-
E
 
V
G
 
G
E
 
D
S
 
K
F
 
I
D
 
D
A
 
I
G
 
P
K
 
N
L
 
I
G
 
G
K
 
V
R
 
V
T
 
E
I
 
V
G
 
S
P
 
P
-
 
N
-
 
R
-
 
V
-
 
Q
-
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
K
-
 
G
Q
 
N
G
 
G
E
 
I
I
 
V
I
 
L
L
 
L
G
 
P
P
 
Q
P
 
R
T
 
V
T
 
I
F
 
F
D
 
T
A
 
K
S
 
E
N
 
N
I
 
I
D
 
S
K
 
K
F
 
Y
N
 
D
F
 
F

3ejwA Crystal structure of the sinorhizobium meliloti ai-2 receptor, smlsrb (see paper)
29% identity, 90% coverage: 34:335/335 of query aligns to 3:315/315 of 3ejwA

query
sites
3ejwA
K
 
Q
I
 
I
A
 
A
F
 
F
V
 
I
P
 
P
K
|
K
Q
 
L
I
 
V
N
 
G
N
 
V
P
 
G
Y
x
F
E
x
F
V
 
T
I
 
S
A
 
G
D
 
G
D
 
A
G
 
G
G
 
A
L
 
V
A
 
K
A
 
A
I
 
G
K
 
E
E
 
E
F
 
V
G
 
G
G
 
A
V
 
K
G
 
V
K
 
T
V
 
Y
V
 
D
G
 
G
P
 
P
S
 
T
D
 
E
A
 
P
G
 
S
A
 
V
S
 
S
S
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
Y
 
F
I
 
I
N
 
N
T
 
N
L
 
F
I
 
V
T
 
N
Q
 
Q
R
 
G
Q
 
Y
D
 
N
A
 
A
I
 
L
V
 
I
I
 
V
A
 
S
A
 
S
N
 
V
D
 
S
A
 
P
N
 
D
A
 
G
V
 
L
V
 
C
P
 
P
Y
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
M
S
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
V
K
 
L
V
 
V
V
 
M
T
 
T
F
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
V
A
 
N
P
 
P
E
 
D
G
 
C
R
 
R
Q
 
S
L
 
Y
F
 
Y
V
 
I
N
 
N
Q
 
Q
A
 
G
N
 
T
A
 
P
E
 
E
G
 
Q
I
 
L
G
 
G
R
 
G
G
 
L
Q
 
L
I
 
V
Q
 
D
L
 
M
V
 
A
S
 
A
K
 
E
L
 
G
M
 
V
G
 
K
G
 
K
E
 
E
-
 
K
G
 
A
E
 
K
F
 
V
A
 
A
V
 
F
L
 
F
S
 
Y
A
 
S
T
 
S
P
 
P
N
 
T
A
 
V
T
 
T
N
x
D
Q
|
Q
N
 
N
T
 
A
W
 
-
I
x
W
K
 
A
W
 
E
M
 
A
Q
 
A
E
 
K
E
 
A
L
 
K
K
 
I
K
 
A
P
 
K
E
 
E
Y
 
H
S
 
P
K
 
G
I
 
W
K
 
E
L
 
I
V
 
V
K
 
T
I
 
T
A
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
N
 
Y
D
 
N
D
 
D
D
 
A
Q
 
Q
K
 
K
S
 
S
F
 
L
V
 
Q
E
 
T
T
 
A
Q
 
E
G
 
S
L
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
T
Y
 
Y
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
A
 
A
P
|
P
T
x
D
T
x
A
V
 
N
G
 
A
I
 
L
A
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
Q
Y
 
A
I
 
A
S
 
E
S
 
N
S
 
L
S
 
K
S
 
R
K
 
A
G
 
E
K
 
G
V
 
V
A
 
T
V
 
I
T
 
V
G
 
G
L
 
F
G
 
S
T
 
T
P
 
P
N
 
N
Q
 
V
M
 
M
R
 
R
A
 
P
F
 
Y
V
 
I
K
 
E
N
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
I
K
 
Q
A
 
R
F
 
F
Q
 
G
L
 
L
W
|
W
D
 
D
P
 
V
N
 
T
E
 
Q
L
 
Q
G
 
G
Y
 
K
L
 
I
A
 
S
G
 
V
Y
 
F
A
 
V
A
 
A
-
 
D
A
 
H
A
 
V
L
 
L
A
 
K
S
 
N
G
 
G
T
 
P
I
 
M
N
 
-
G
 
-
K
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
S
 
K
F
 
L
D
 
E
A
 
I
G
 
P
K
 
G
L
 
V
G
 
G
K
 
T
R
 
V
T
 
E
I
 
V
G
 
S
P
 
A
-
 
N
-
 
K
-
 
V
-
 
Q
-
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
Y
-
 
E
-
 
A
-
 
D
-
 
G
Q
 
N
G
 
G
E
 
I
I
 
I
I
 
L
L
 
L
G
 
P
P
 
E
P
 
R
T
 
T
T
 
V
F
 
F
D
 
T
A
 
K
S
 
E
N
 
N
I
 
I
D
 
G
K
 
N
F
 
F
N
 
D
F
 
F

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
31% identity, 81% coverage: 33:302/335 of query aligns to 7:271/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
L
 
I
K
 
S
I
 
V
A
 
A
F
 
V
V
 
I
P
 
P
K
|
K
Q
 
-
I
 
V
N
 
A
N
 
V
P
 
P
Y
x
F
E
 
F
V
 
D
I
 
D
A
 
C
D
 
N
D
 
K
G
 
G
G
 
A
L
 
K
A
 
T
A
 
A
I
 
A
K
 
D
E
 
K
F
 
A
G
 
G
G
 
V
V
 
K
G
 
Y
K
 
Q
V
 
W
V
 
V
G
 
V
P
 
P
S
 
Q
D
 
N
A
 
T
G
 
Q
A
 
G
S
 
S
S
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
Y
 
I
I
 
I
N
 
E
T
 
D
L
 
L
I
 
I
T
 
S
Q
 
R
R
 
H
Q
 
V
D
 
D
A
 
G
I
 
I
V
 
A
I
 
I
A
 
S
A
 
V
N
 
N
D
 
E
A
 
P
N
 
K
A
 
S
V
 
V
V
 
E
P
 
S
Y
 
V
L
 
M
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
E
S
 
Q
Q
 
S
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
L
T
 
T
F
 
Y
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
S
A
 
P
P
 
K
E
 
S
G
 
G
R
 
R
Q
 
S
L
 
M
F
 
Y
V
 
I
N
 
G
Q
 
-
A
 
T
N
 
N
A
 
N
E
 
E
G
 
Q
I
 
A
G
 
G
R
 
A
G
 
T
Q
 
M
I
 
A
Q
 
E
L
 
T
V
 
M
S
 
G
K
 
K
L
 
A
M
 
L
G
 
N
G
 
G
E
 
Q
G
 
G
E
 
E
F
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
I
S
 
T
A
 
G
T
 
Q
P
 
L
N
 
G
A
 
A
T
 
V
N
|
N
Q
 
L
N
 
N
T
 
E
W
x
R
I
 
I
K
 
A
W
 
G
M
 
I
Q
 
K
E
 
K
E
 
G
L
 
L
K
 
A
K
 
K
P
 
-
E
 
-
Y
 
Y
S
 
P
K
 
G
I
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
V
K
 
E
I
 
-
A
 
T
Y
 
Q
G
 
G
N
 
T
D
 
D
D
 
D
D
 
D
Q
 
L
K
 
A
-
 
R
-
 
G
-
 
V
S
 
S
F
 
V
V
 
V
E
 
E
T
 
T
Q
 
-
G
 
-
L
 
T
L
 
L
Q
 
R
A
 
A
Y
 
H
P
 
P
N
 
N
L
 
L
K
 
K
A
 
G
I
 
I
V
 
F
A
 
G
P
 
V
T
x
S
T
x
Q
V
 
V
G
 
G
I
 
G
A
 
P
A
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
K
Y
 
V
I
 
L
S
 
N
S
 
T
S
 
R
-
 
E
-
 
F
-
 
G
S
 
A
S
 
M
K
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
L
A
 
E
V
 
V
T
 
L
G
 
A
L
 
F
G
x
D
T
 
D
-
 
L
P
 
P
N
 
D
Q
 
T
M
 
L
R
 
K
A
 
G
F
 
L
V
 
-
K
 
K
N
 
D
G
 
G
T
 
Y
V
 
I
K
 
Q
A
 
G
F
 
I
Q
 
M
L
 
V
W
x
Q
D
 
R
P
 
P
N
 
V
E
 
T
L
 
M
G
 
G
Y
 
S
L
 
L
A
 
A
G
 
V
Y
 
D
A
 
H
A
 
L
A
 
V
A
 
A
L
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
Q
I
 
I
N
 
Q
G
 
G
K
 
Q
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
S
 
P
F
 
K
D
 
D

6dspA Lsrb from clostridium saccharobutylicum in complex with ai-2 (see paper)
24% identity, 90% coverage: 33:335/335 of query aligns to 1:326/326 of 6dspA

query
sites
6dspA
L
 
V
K
 
T
I
 
V
A
 
T
F
 
F
V
 
I
P
 
P
K
|
K
Q
 
L
I
 
T
N
 
G
N
 
N
P
 
A
Y
x
F
E
x
F
V
 
E
I
 
S
A
 
A
D
 
N
D
 
K
G
 
G
G
 
A
L
 
Q
A
 
K
A
 
Y
I
 
S
K
 
E
E
 
Q
F
 
W
G
 
G
G
 
F
V
 
K
G
 
V
K
 
D
V
 
Y
V
 
E
G
 
G
P
 
D
S
 
A
D
 
N
A
 
A
G
 
S
A
 
A
S
 
A
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
S
Y
 
V
I
 
I
N
 
N
T
 
K
L
 
A
I
 
V
T
 
Q
Q
 
Q
R
 
G
Q
 
T
D
 
N
A
 
A
I
 
I
V
 
C
I
 
L
A
 
S
A
 
S
N
 
V
D
 
D
A
 
A
N
 
A
A
 
G
V
 
V
V
 
K
P
 
D
Y
 
A
L
 
L
K
 
K
K
 
A
A
 
A
M
 
A
S
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
T
V
 
V
V
 
T
T
 
T
F
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
V
A
 
D
P
 
P
E
 
S
G
 
V
R
 
R
Q
 
K
L
 
V
F
 
M
V
 
V
N
 
S
Q
 
Q
A
 
G
N
 
T
A
 
P
E
 
E
G
 
Q
I
 
L
G
 
G
R
 
Q
G
 
M
Q
 
L
I
 
V
Q
 
Q
L
 
M
V
 
G
S
 
Y
K
 
D
L
 
S
M
 
L
G
 
K
G
 
E
E
 
R
G
 
G
E
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
I
-
 
K
F
 
Y
A
 
C
V
 
W
L
 
H
S
 
Y
A
 
S
T
 
N
P
 
A
N
 
T
A
 
V
T
 
T
N
x
D
Q
|
Q
N
 
N
T
 
S
W
|
W
I
 
-
K
 
Q
W
 
V
M
 
E
Q
 
G
E
 
E
E
 
K
L
 
Y
K
 
I
K
 
K
P
 
S
E
 
K
Y
 
Y
S
 
P
K
 
N
I
 
W
K
 
Q
L
 
N
V
 
V
-
 
A
-
 
P
K
 
D
I
 
N
A
 
Y
Y
 
Y
G
 
S
N
 
N
D
 
Q
D
 
D
D
 
A
Q
 
E
K
 
Q
S
 
A
F
 
I
V
 
S
E
 
V
T
 
G
Q
 
E
G
 
S
L
 
I
L
 
L
Q
 
S
A
 
A
Y
 
H
P
 
S
N
 
D
L
 
I
K
 
D
A
 
L
I
 
I
V
 
I
A
 
C
P
 
N
T
x
D
T
x
S
V
 
T
G
 
A
I
 
L
A
 
P
A
 
G
A
 
Q
A
 
A
R
 
Q
Y
 
A
I
 
A
S
 
Q
S
 
N
S
 
K
S
 
G
S
 
L
K
 
T
G
 
A
K
 
K
-
 
N
V
 
V
A
 
T
V
 
I
T
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
A
T
 
S
P
 
P
N
 
N
Q
 
S
M
 
M
R
 
K
A
 
Q
F
 
Y
V
 
C
K
 
N
N
 
D
G
 
G
T
 
I
V
 
L
K
 
T
A
 
R
F
 
W
Q
 
G
L
 
L
W
|
W
D
 
D
P
 
C
N
 
G
E
 
I
L
 
Q
G
 
G
Y
 
A
L
 
M
A
 
G
G
 
C
Y
 
Y
A
 
M
A
 
A
A
 
Y
A
 
Y
L
 
I
A
 
A
S
 
S
G
 
G
T
 
N
I
 
-
N
 
S
G
 
V
K
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
D
S
 
K
F
 
I
D
 
E
A
 
I
G
 
P
K
 
T
L
 
V
G
 
G
K
 
T
R
 
V
T
 
E
I
 
V
G
 
M
P
 
P
Q
 
N
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
D
-
 
P
-
 
K
-
 
A
-
 
D
-
 
D
-
 
S
-
 
D
-
 
T
-
 
S
-
 
S
G
 
G
E
 
V
I
 
V
I
 
L
L
 
L
G
 
P
P
 
E
P
 
R
T
 
T
T
 
I
F
 
F
D
 
T
A
 
K
S
 
D
N
 
N
I
 
M
D
 
N
K
 
N
F
 
Y
N
 
D
F
 
F

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
27% identity, 74% coverage: 33:281/335 of query aligns to 2:245/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
L
 
L
K
 
T
I
 
I
A
 
G
F
 
V
V
 
I
P
 
G
K
|
K
Q
 
S
I
 
V
N
 
H
N
 
-
P
 
P
Y
 
Y
E
x
W
V
 
S
I
 
Q
A
 
V
D
 
E
D
 
Q
G
 
G
G
 
V
L
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
G
K
 
K
E
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
V
V
 
D
G
 
T
K
 
K
V
 
F
V
 
F
G
 
V
P
 
P
S
 
Q
D
 
K
A
 
C
G
 
D
A
 
I
S
 
N
S
 
A
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
Y
 
M
I
 
L
N
 
E
T
 
S
L
 
F
I
 
I
T
 
A
Q
 
E
R
 
G
Q
 
V
D
 
N
A
 
G
I
 
I
V
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
P
N
 
S
D
 
D
A
 
P
N
 
T
A
 
A
V
 
V
V
 
I
P
 
P
Y
 
T
L
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
L
S
 
E
Q
 
M
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
V
T
 
T
F
 
L
D
|
D
S
 
T
D
 
D
T
 
S
A
 
P
P
 
D
E
 
S
G
 
G
R
 
R
Q
 
Y
L
 
V
F
 
Y
V
 
I
N
 
G
Q
 
T
A
 
D
N
 
N
A
 
Y
E
 
Q
G
 
A
I
 
-
G
 
G
R
 
Y
G
 
T
Q
 
A
I
 
G
Q
 
L
L
 
I
V
 
M
S
 
K
K
 
E
L
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
G
E
 
K
G
 
G
E
 
K
F
 
V
A
 
V
V
 
I
L
 
G
S
 
T
A
 
G
T
 
S
P
 
L
N
 
T
A
 
A
T
 
M
N
|
N
Q
 
S
N
 
L
T
 
Q
W
x
R
I
 
I
K
 
Q
W
 
G
M
 
F
Q
 
K
E
 
D
E
 
A
L
 
I
K
 
K
K
 
D
P
 
-
E
 
-
Y
 
-
S
 
S
K
 
E
I
 
I
K
 
E
L
 
I
V
 
V
K
 
D
I
 
I
A
 
L
Y
 
N
G
 
D
N
 
C
D
x
E
D
 
D
D
 
G
Q
 
A
K
 
R
S
 
A
F
 
V
V
 
S
E
 
L
T
 
A
Q
 
E
G
 
A
L
 
A
L
 
L
Q
 
N
A
 
A
Y
 
H
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
I
 
F
V
 
F
A
 
G
P
 
V
T
x
Y
T
x
A
V
 
Y
G
 
N
I
 
G
A
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
R
 
L
Y
 
V
I
 
V
S
 
K
S
 
N
S
 
A
S
 
G
S
 
K
K
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
V
 
I
T
 
V
G
 
C
L
 
F
G
x
D
T
 
T
P
 
T
N
 
P
Q
 
D
M
 
I
R
 
L
A
 
Q
F
 
Y
V
 
V
K
 
K
N
 
E
G
 
G
T
 
V
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
F
 
T
Q
 
M
L
 
G
W
x
Q
D
 
R
P
 
P
N
 
Y
E
 
M
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
 
S

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
27% identity, 74% coverage: 33:281/335 of query aligns to 2:245/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
L
 
L
K
 
T
I
 
I
A
 
G
F
 
V
V
 
I
P
 
G
K
|
K
Q
 
S
I
 
V
N
 
H
N
 
-
P
 
P
Y
 
Y
E
 
W
V
 
S
I
 
Q
A
 
V
D
 
E
D
 
Q
G
 
G
G
 
V
L
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
G
K
 
K
E
 
A
F
 
L
G
 
G
G
 
V
V
 
D
G
 
T
K
 
K
V
 
F
V
 
F
G
 
V
P
 
P
S
 
Q
D
 
K
A
 
E
G
 
D
A
 
I
S
 
N
S
 
A
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
Y
 
M
I
 
L
N
 
E
T
 
S
L
 
F
I
 
I
T
 
A
Q
 
E
R
 
G
Q
 
V
D
 
N
A
 
G
I
 
I
V
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
P
N
 
S
D
 
D
A
 
P
N
 
T
A
 
A
V
 
V
V
 
I
P
 
P
Y
 
T
L
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
L
S
 
E
Q
 
M
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
V
T
 
T
F
 
L
D
|
D
S
 
T
D
 
D
T
 
S
A
 
P
P
 
D
E
 
S
G
 
G
R
 
R
Q
 
Y
L
 
V
F
 
Y
V
 
I
N
 
G
Q
 
T
A
 
D
N
 
N
A
 
Y
E
 
Q
G
 
A
I
 
-
G
 
G
R
 
Y
G
 
T
Q
 
A
I
 
G
Q
 
L
L
 
I
V
 
M
S
 
K
K
 
E
L
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
G
E
 
K
G
 
G
E
 
K
F
 
V
A
 
V
V
 
I
L
 
G
S
 
T
A
 
G
T
 
S
P
 
L
N
 
T
A
 
A
T
 
M
N
|
N
Q
 
S
N
 
L
T
 
Q
W
x
R
I
 
I
K
 
Q
W
 
G
M
 
F
Q
 
K
E
 
D
E
 
A
L
 
I
K
 
K
K
 
D
P
 
-
E
 
-
Y
 
-
S
 
S
K
 
E
I
 
I
K
 
E
L
 
I
V
 
V
K
 
D
I
 
I
A
 
L
Y
 
N
G
 
D
N
 
E
D
x
E
D
 
D
D
 
G
Q
 
A
K
 
R
S
 
A
F
 
V
V
 
S
E
 
L
T
 
A
Q
 
E
G
 
A
L
 
A
L
 
L
Q
 
N
A
 
A
Y
 
H
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
D
A
 
A
I
 
F
V
 
F
A
 
G
P
 
V
T
x
Y
T
x
A
V
 
Y
G
 
N
I
 
G
A
 
P
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
R
 
L
Y
 
V
I
 
V
S
 
K
S
 
N
S
 
A
S
 
G
S
 
K
K
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
K
V
 
I
T
 
V
G
 
C
L
 
F
G
x
D
T
 
T
P
 
T
N
 
P
Q
 
D
M
 
I
R
 
L
A
 
Q
F
 
Y
V
 
V
K
 
K
N
 
E
G
 
G
T
 
V
V
 
I
K
 
Q
A
 
A
F
 
T
Q
 
M
L
 
G
W
x
Q
D
 
R
P
 
P
N
 
Y
E
 
M
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
 
S

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
27% identity, 73% coverage: 35:280/335 of query aligns to 3:243/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
A
 
G
F
 
L
V
 
V
P
 
I
K
 
S
Q
 
T
I
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
E
x
F
V
 
V
I
 
T
A
 
L
D
 
K
D
 
N
G
 
G
G
 
A
L
 
E
A
 
E
A
 
K
I
 
A
K
 
K
E
 
E
F
 
L
G
 
G
G
 
-
V
 
Y
G
 
K
K
 
I
V
 
I
V
 
V
G
 
E
P
 
D
S
 
S
D
 
Q
A
 
N
G
 
D
A
 
S
S
 
S
S
 
K
Q
 
E
V
 
L
Q
 
S
Y
 
N
I
 
V
N
 
E
T
 
D
L
 
L
I
 
I
T
 
Q
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
N
A
 
P
N
 
V
D
 
D
A
 
S
N
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
P
 
T
Y
 
A
L
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
A
M
 
N
S
 
S
Q
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
I
T
 
T
F
 
I
D
|
D
S
x
R
D
 
S
T
 
A
A
 
N
P
 
G
E
 
G
G
 
D
R
 
V
Q
 
V
L
 
C
F
 
H
V
 
I
N
 
A
Q
 
S
A
 
D
N
 
N
A
 
V
E
 
K
G
 
G
I
 
-
G
 
G
R
 
E
G
 
M
Q
 
A
I
 
A
Q
 
E
L
 
F
V
 
I
S
 
A
K
 
K
L
 
A
M
 
L
G
 
K
G
 
G
E
 
K
G
 
G
E
 
N
F
 
V
A
 
V
V
 
E
L
 
L
S
 
E
A
 
G
T
 
I
P
 
P
N
 
G
A
 
A
T
 
S
N
x
A
Q
 
A
N
 
R
T
 
D
W
x
R
I
 
G
K
 
K
W
 
G
M
 
F
Q
 
D
E
 
E
E
 
A
L
 
I
K
 
A
K
 
K
P
 
-
E
 
-
Y
 
Y
S
 
P
K
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
I
V
 
V
K
 
A
I
 
K
A
 
Q
Y
 
A
G
 
A
N
 
D
D
x
F
D
 
D
D
 
R
Q
 
S
K
 
K
S
 
G
F
 
L
V
 
S
E
 
V
T
 
M
Q
 
E
G
 
N
L
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
Q
P
 
P
N
 
K
L
 
I
K
 
D
A
 
A
I
 
V
V
 
F
A
 
A
P
 
Q
T
x
N
T
 
D
V
 
E
G
 
M
I
 
A
A
 
L
A
 
G
A
 
A
A
 
I
R
 
K
Y
 
A
I
 
I
S
 
E
S
 
A
S
 
A
S
 
N
S
 
R
K
 
Q
G
 
G
K
 
I
V
 
I
A
 
V
V
 
V
T
 
G
G
 
F
L
x
D
G
 
G
T
 
T
P
 
E
N
 
D
Q
 
A
M
 
L
R
 
K
A
 
A
F
 
-
V
 
I
K
 
K
N
 
E
G
 
G
T
 
K
V
 
M
K
 
A
A
 
A
F
 
T
Q
 
I
L
 
A
W
x
Q
D
 
Q
P
 
P
N
 
A
E
 
L
L
 
M
G
 
G
Y
 
S
L
 
L

6gt9A Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with galactose
20% identity, 78% coverage: 30:291/335 of query aligns to 4:262/283 of 6gt9A

query
sites
6gt9A
K
 
K
N
 
E
G
 
A
L
 
Y
K
 
H
I
 
F
A
 
V
F
 
L
V
 
V
P
 
P
K
x
E
Q
 
E
I
 
L
N
 
D
N
|
N
P
 
D
Y
|
Y
E
x
W
V
 
R
I
 
L
A
 
V
D
 
E
D
 
K
G
 
G
G
 
A
L
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
A
K
 
K
E
 
E
F
 
L
G
 
G
G
 
V
V
 
D
G
 
L
K
 
E
V
 
Y
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
R
D
 
Q
A
 
A
G
 
N
A
 
I
S
 
D
S
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
Y
 
I
I
 
L
N
 
K
T
 
K
L
 
A
I
 
A
T
 
A
Q
 
A
R
 
K
Q
 
V
D
 
D
A
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
T
A
 
Q
A
 
G
N
 
L
D
 
T
A
 
E
N
 
A
A
 
E
V
 
F
V
 
V
P
 
P
Y
 
V
L
 
I
K
 
N
K
 
E
A
 
I
M
 
T
S
 
D
Q
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
V
T
 
T
F
 
I
D
|
D
S
 
T
D
 
D
T
 
A
A
 
P
P
 
T
E
 
S
G
 
R
R
 
R
Q
 
V
L
 
A
F
 
Y
V
 
V
N
 
G
Q
 
T
A
 
D
N
 
N
A
 
Y
E
 
Y
G
 
A
-
 
G
-
 
F
-
 
L
I
 
A
G
 
G
R
 
R
G
 
A
Q
 
-
I
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
L
S
 
A
K
 
E
L
 
D
M
 
T
G
 
K
G
 
G
E
 
K
G
 
A
E
 
T
F
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
I
S
 
T
A
 
G
T
 
S
P
 
L
N
 
T
A
 
A
T
 
A
N
x
H
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
L
W
x
R
I
 
V
K
 
R
W
 
G
M
 
F
Q
 
E
E
 
D
E
 
A
L
 
V
K
 
R
K
 
Q
P
 
E
E
 
K
Y
 
-
S
 
-
K
 
G
I
 
I
K
 
R
L
 
I
V
 
V
K
 
A
I
 
I
A
 
E
Y
 
E
G
 
S
N
 
H
D
x
I
D
 
T
D
 
R
Q
 
V
K
 
Q
S
 
A
F
 
A
V
 
E
E
 
K
T
 
A
Q
 
Y
G
 
T
L
 
I
L
 
L
Q
 
K
A
 
K
Y
 
H
P
 
P
N
 
D
L
 
V
K
 
N
A
 
A
I
 
F
V
 
Y
A
 
G
P
 
T
T
x
S
T
x
A
V
 
L
G
 
D
I
 
A
A
 
I
A
 
G
A
 
V
A
 
A
R
 
K
Y
 
V
I
 
V
S
 
E
S
 
Q
S
 
F
S
 
H
S
 
R
K
 
E
G
 
Q
K
 
K
V
 
T
A
 
Y
V
 
I
T
 
I
G
 
G
L
 
F
G
x
D
T
 
T
P
 
L
N
 
P
Q
 
E
M
 
T
R
 
I
A
 
R
F
 
Y
V
 
L
K
 
Q
N
 
K
G
 
G
T
 
T
V
 
I
K
 
A
A
 
A
F
 
T
Q
 
V
L
 
V
W
x
Q
D
 
E
P
 
P
N
 
Y
E
 
E
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
L
 
K
A
 
A
G
 
V
Y
 
K
A
 
M
A
 
M
A
 
A
A
 
E
L
 
I
A
 
V
S
 
A
G
 
G

6guqA Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with glucose
20% identity, 76% coverage: 37:291/335 of query aligns to 6:257/278 of 6guqA

query
sites
6guqA
F
 
L
V
 
V
P
 
P
K
x
E
Q
 
E
I
 
L
N
 
D
N
|
N
P
 
D
Y
|
Y
E
 
W
V
 
R
I
 
L
A
 
V
D
 
E
D
 
K
G
 
G
G
 
A
L
 
K
A
 
A
A
 
A
I
 
A
K
 
K
E
 
E
F
 
L
G
 
G
G
 
V
V
 
D
G
 
L
K
 
E
V
 
Y
V
 
I
G
 
G
P
 
P
S
 
R
D
 
Q
A
 
A
G
 
N
A
 
I
S
 
D
S
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
Y
 
I
I
 
L
N
 
K
T
 
K
L
 
A
I
 
A
T
 
A
Q
 
A
R
 
K
Q
 
V
D
 
D
A
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
T
A
 
Q
A
 
G
N
 
L
D
 
T
A
 
E
N
 
A
A
 
E
V
 
F
V
 
V
P
 
P
Y
 
V
L
 
I
K
 
N
K
 
E
A
 
I
M
 
T
S
 
D
Q
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
V
T
 
T
F
 
I
D
|
D
S
 
T
D
 
D
T
 
A
A
 
P
P
 
T
E
 
S
G
 
R
R
 
R
Q
 
V
L
 
A
F
 
Y
V
 
V
N
 
G
Q
 
T
A
 
D
N
 
N
A
 
Y
E
 
Y
G
 
A
-
 
G
-
 
F
-
 
L
I
 
A
G
 
G
R
 
R
G
 
A
Q
 
-
I
 
-
Q
 
-
L
 
-
V
 
L
S
 
A
K
 
E
L
 
D
M
 
T
G
 
K
G
 
G
E
 
K
G
 
A
E
 
T
F
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
I
S
 
T
A
 
G
T
 
S
P
 
L
N
 
T
A
 
A
T
 
A
N
x
H
Q
 
Q
N
 
Q
T
 
L
W
x
R
I
 
V
K
 
R
W
 
G
M
 
F
Q
 
E
E
 
D
E
 
A
L
 
V
K
 
R
K
 
Q
P
 
E
E
 
K
Y
 
-
S
 
-
K
 
G
I
 
I
K
 
R
L
 
I
V
 
V
K
 
A
I
 
I
A
 
E
Y
 
E
G
 
S
N
 
H
D
x
I
D
 
T
D
 
R
Q
 
V
K
 
Q
S
 
A
F
 
A
V
 
E
E
 
K
T
 
A
Q
 
Y
G
 
T
L
 
I
L
 
L
Q
 
K
A
 
K
Y
 
H
P
 
P
N
 
D
L
 
V
K
 
N
A
 
A
I
 
F
V
 
Y
A
 
G
P
 
T
T
x
S
T
x
A
V
 
L
G
 
D
I
 
A
A
 
I
A
 
G
A
 
V
A
 
A
R
 
K
Y
 
V
I
 
V
S
 
E
S
 
Q
S
 
F
S
 
H
S
 
R
K
 
E
G
 
Q
K
 
K
V
 
T
A
 
Y
V
 
I
T
 
I
G
 
G
L
 
F
G
x
D
T
 
T
P
 
L
N
 
P
Q
 
E
M
 
T
R
 
I
A
 
R
F
 
Y
V
 
L
K
 
Q
N
 
K
G
 
G
T
 
T
V
 
I
K
 
A
A
 
A
F
 
T
Q
 
V
L
 
V
W
x
Q
D
 
E
P
 
P
N
 
Y
E
 
E
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
L
 
K
A
 
A
G
 
V
Y
 
K
A
 
M
A
 
M
A
 
A
A
 
E
L
 
I
A
 
V
S
 
A
G
 
G

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
27% identity, 73% coverage: 34:278/335 of query aligns to 2:248/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
K
 
E
I
 
I
A
 
A
F
 
V
V
 
I
P
 
V
K
|
K
Q
 
T
I
 
V
N
 
N
N
 
S
P
 
T
Y
 
F
E
x
W
V
 
Q
I
 
N
A
 
V
D
 
Q
D
 
K
G
 
G
G
 
A
L
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
I
-
 
G
K
 
K
E
 
Q
F
 
K
G
 
A
G
 
H
V
 
T
G
 
I
K
 
T
V
 
F
V
 
Q
G
 
G
P
 
P
S
 
A
-
 
A
D
x
E
A
 
S
G
 
A
A
 
I
S
 
A
S
 
D
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
N
Y
 
M
I
 
V
N
 
E
T
 
N
L
 
A
I
 
V
T
 
N
Q
 
R
R
 
K
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
P
N
 
S
D
 
D
A
 
P
N
 
D
A
 
A
V
 
L
V
 
V
P
 
P
Y
 
A
L
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
W
S
 
E
Q
 
A
G
 
R
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
V
T
 
I
F
 
I
D
|
D
S
 
S
D
 
M
T
 
L
A
 
S
P
 
K
E
 
D
G
 
A
R
 
E
Q
 
K
L
 
Y
F
 
Y
V
 
Q
-
 
A
-
 
F
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
D
N
 
N
Q
 
K
A
 
A
N
 
A
A
 
G
E
 
E
G
 
L
I
 
A
G
 
A
R
 
K
G
 
A
Q
 
M
I
 
I
Q
 
Q
L
 
K
V
 
V
S
 
-
K
 
-
L
 
-
M
 
-
G
 
G
G
 
T
E
 
E
G
 
G
E
 
K
F
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
M
S
 
S
A
 
Y
T
 
V
P
 
A
N
 
G
A
 
A
T
 
G
N
 
S
Q
 
E
N
 
I
T
 
G
W
x
R
I
 
V
K
 
G
W
 
G
M
 
F
Q
 
T
E
 
D
E
 
Y
L
 
I
K
|
K
K
 
A
P
 
N
E
 
-
Y
 
-
S
|
S
K
 
K
I
 
L
K
 
Q
L
 
I
V
 
V
K
 
G
I
 
P
A
 
Y
Y
 
Y
G
 
S
N
 
Q
D
 
S
D
 
Q
D
 
M
Q
 
A
K
 
T
S
 
A
F
 
L
V
x
N
E
 
Q
T
 
T
Q
 
T
G
x
D
L
 
V
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
Y
 
N
P
 
A
N
 
D
L
 
L
K
 
K
A
 
G
I
 
I
V
 
F
A
 
G
-
 
A
-
x
N
-
 
E
P
 
P
T
 
T
T
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
M
A
 
G
A
 
-
A
 
-
A
 
-
R
 
R
Y
 
A
I
 
I
S
 
K
S
 
Q
S
 
A
S
 
G
S
 
K
K
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
L
A
 
V
V
 
A
T
 
I
G
 
G
L
 
F
G
x
D
T
 
G
P
 
N
N
 
Q
Q
 
D
M
 
L
R
 
Q
A
 
E
F
 
F
V
 
V
K
 
K
N
 
D
G
 
G
T
 
T
V
 
L
K
 
E
A
 
A
F
 
T
Q
 
V
L
 
V
W
x
Q
D
 
G
P
 
S
N
 
Y
E
 
Q
L
 
M
G
 
G

5xssA Xylfii molecule (see paper)
24% identity, 74% coverage: 34:281/335 of query aligns to 5:249/274 of 5xssA

query
sites
5xssA
K
 
K
I
 
I
A
 
V
F
 
L
V
 
I
P
 
S
K
x
H
Q
 
I
I
 
K
N
 
T
N
 
N
P
 
P
Y
 
Y
E
x
W
V
 
L
I
 
D
A
 
I
D
 
K
D
 
A
G
 
G
G
 
A
L
 
E
A
 
R
A
 
A
I
 
A
K
 
K
E
 
E
F
 
R
G
 
G
G
 
A
V
 
V
G
 
V
K
 
E
V
 
F
V
 
L
G
 
G
P
 
P
S
 
T
D
 
T
A
 
A
G
 
S
A
 
T
S
 
E
S
 
D
Q
 
G
V
 
L
Q
 
K
Y
 
L
I
 
F
N
 
D
T
 
M
L
 
A
I
 
T
T
 
S
Q
 
A
R
 
K
Q
 
V
D
 
S
A
 
G
I
 
I
V
 
I
I
 
T
A
 
Y
A
 
V
N
 
Q
D
 
E
A
 
E
N
 
G
A
 
Q
V
 
Y
V
 
K
P
 
K
Y
 
K
L
 
I
K
 
N
K
 
S
A
 
A
M
 
M
S
 
E
Q
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
V
T
 
T
F
 
I
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
E
A
 
E
P
 
D
E
 
S
G
 
N
R
 
R
Q
 
I
L
 
A
F
 
Y
V
 
V
N
 
G
Q
 
T
A
 
D
N
 
N
A
 
-
E
 
-
G
 
-
I
 
V
G
 
L
R
 
A
G
 
G
Q
 
Q
I
 
V
-
 
A
-
 
G
Q
 
K
L
 
E
V
 
M
S
 
V
K
 
K
L
 
Q
M
 
I
G
 
G
G
 
T
E
 
S
G
 
G
E
 
N
F
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
V
S
 
M
A
 
G
T
 
G
P
 
K
N
 
N
A
 
V
T
 
K
N
 
N
Q
 
Q
N
 
K
T
 
E
W
x
R
I
 
V
K
 
E
W
 
G
M
 
F
Q
 
T
E
 
Q
E
 
Y
L
 
I
K
 
K
K
 
S
P
 
N
E
 
-
Y
 
-
S
 
S
K
 
N
I
 
L
K
 
K
L
 
I
V
 
V
K
 
D
I
 
T
A
 
D
Y
 
S
G
 
S
N
 
D
D
 
A
D
 
M
D
 
L
Q
 
L
K
 
E
S
 
A
F
 
E
V
 
I
E
 
I
T
 
T
Q
 
R
G
 
K
L
 
I
L
 
L
Q
 
N
A
 
R
Y
 
N
P
 
D
N
 
N
L
 
I
K
 
N
A
 
A
I
 
L
V
 
F
A
 
C
P
 
T
T
x
S
T
x
A
V
 
L
G
 
D
I
 
G
A
 
I
A
 
G
A
 
A
A
 
A
R
 
R
Y
 
A
I
 
V
S
 
K
S
 
D
S
 
L
S
 
N
S
 
Y
K
 
K
G
 
D
K
 
R
V
 
V
A
 
K
V
 
I
T
 
I
G
 
C
L
 
F
G
x
D
T
 
D
P
 
L
N
 
D
Q
 
D
M
 
T
R
 
L
A
 
S
F
 
N
V
 
I
K
 
R
N
 
N
G
 
G
T
 
L
V
 
V
K
 
S
A
 
A
F
 
T
Q
 
I
L
 
V
W
x
Q
D
 
K
P
 
S
N
 
N
E
 
E
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
L
 
R
A
 
A

7x0hA Crystal structure of sugar binding protein cbpa complexed wtih glucose from clostridium thermocellum (see paper)
29% identity, 41% coverage: 57:192/335 of query aligns to 32:167/287 of 7x0hA

query
sites
7x0hA
A
 
A
I
 
A
K
 
K
E
 
A
F
 
I
G
 
G
G
 
V
V
 
T
G
 
A
K
 
K
V
 
Y
V
 
T
G
 
G
P
 
Q
S
 
T
D
 
D
A
 
T
G
 
D
A
 
V
S
 
S
S
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
A
Y
 
V
I
 
L
N
 
E
T
 
Q
L
 
V
I
 
I
T
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
P
D
 
K
A
 
G
I
 
I
V
 
A
I
 
V
A
 
T
A
 
A
N
 
V
D
 
N
A
 
S
N
 
T
A
 
A
V
 
L
V
 
A
P
 
D
Y
 
T
L
 
I
K
 
N
K
 
S
A
 
A
M
 
I
S
 
E
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
S
V
 
V
V
 
V
T
 
C
F
 
F
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
S
A
 
P
P
 
T
E
 
S
G
 
N
R
 
R
Q
 
S
L
 
A
F
 
Y
V
 
L
N
 
G
Q
 
T
A
 
G
N
 
N
A
 
Y
E
 
A
G
 
A
I
 
-
G
 
G
R
 
Q
G
 
K
Q
 
A
I
 
A
Q
 
E
L
 
F
V
 
L
S
 
V
K
 
P
L
 
L
M
 
V
G
 
N
G
 
Y
E
 
K
G
 
G
E
 
K
F
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
Y
A
 
-
T
 
T
P
 
V
N
 
G
A
 
A
T
 
E
N
|
N
Q
 
S
N
 
E
T
 
S
W
x
R
I
 
V
K
 
Q
W
 
G
M
 
F
Q
 
E
E
 
D
E
 
W
L
 
C
K
 
K
K
 
Q
-
 
N
-
 
A
P
 
P
E
 
E
Y
 
V
S
 
S
K
 
L
I
 
V
K
 
K
L
 
V

Sites not aligning to the query:

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
27% identity, 71% coverage: 35:271/335 of query aligns to 5:237/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
I
 
I
A
 
A
F
 
I
V
 
I
P
 
T
K
 
P
Q
 
A
I
 
H
N
 
D
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
E
 
F
V
 
K
I
 
A
A
 
E
D
 
A
D
 
V
G
 
G
G
 
A
L
 
E
A
 
A
A
 
K
I
 
A
K
 
K
E
 
E
F
 
L
G
 
G
G
 
-
V
 
Y
G
 
E
K
 
T
V
 
L
V
 
V
G
 
M
P
 
T
S
 
H
D
 
D
A
 
D
G
 
D
A
 
A
S
 
N
S
 
K
Q
 
Q
V
 
S
Q
 
E
Y
 
M
I
 
I
N
 
D
T
 
T
L
 
A
I
 
I
T
 
G
Q
 
R
R
 
G
Q
 
A
D
 
K
A
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
L
A
 
D
A
 
N
N
 
A
D
 
G
A
 
A
N
 
D
A
 
A
V
 
S
V
 
V
P
 
A
Y
 
A
L
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
K
S
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
S
V
 
F
T
 
L
F
 
I
D
|
D
S
x
R
D
 
E
T
 
I
A
 
N
P
 
A
E
 
T
G
 
G
-
 
V
-
 
A
-
 
V
R
 
A
Q
 
Q
L
 
I
F
 
V
V
 
S
N
 
N
Q
 
-
A
 
-
N
 
N
A
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
A
G
 
Q
R
 
L
G
 
G
Q
 
A
I
 
Q
Q
 
E
L
 
F
V
 
V
S
 
-
K
 
K
L
 
L
M
 
M
G
 
G
G
 
E
E
 
K
G
 
G
E
 
N
F
 
Y
A
 
V
V
 
E
L
 
L
S
 
V
A
 
G
T
 
K
P
 
E
N
 
S
A
x
D
T
 
T
N
|
N
Q
 
A
N
 
G
T
 
I
W
x
R
I
 
S
K
 
Q
W
 
G
M
 
Y
Q
 
H
E
x
D
E
 
V
L
 
I
K
 
-
K
 
-
P
x
D
E
x
D
Y
 
Y
S
 
P
K
 
E
I
 
M
K
 
K
L
 
S
V
 
V
K
 
A
I
 
K
A
 
Q
Y
 
S
G
 
A
N
 
N
D
x
W
D
 
S
D
 
Q
Q
 
T
K
 
E
S
 
A
F
 
Y
V
 
S
E
 
K
T
 
M
Q
 
E
G
 
T
L
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
N
P
 
P
N
 
D
L
 
I
K
 
K
A
 
G
I
 
V
V
 
I
A
 
S
-
 
G
P
x
N
T
 
D
T
 
T
V
 
M
G
 
A
I
 
M
A
 
G
A
 
A
A
 
I
A
 
A
R
 
A
Y
 
L
I
 
-
S
 
-
S
 
Q
S
 
A
S
 
A
S
 
G
K
 
R
G
 
K
K
 
D
V
 
V
A
 
I
V
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
F
G
x
D
T
 
G
P
 
S
N
 
N
Q
 
D
M
 
V
R
 
R
A
 
D
F
 
S
V
 
I
K
 
K
N
 
S
G
 
G
T
 
G
V
 
I
K
 
K
A
 
A
F
 
T
Q
 
V
L
 
L

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
27% identity, 71% coverage: 35:271/335 of query aligns to 5:237/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
I
 
I
A
 
A
F
 
I
V
 
I
P
 
T
K
 
P
Q
 
A
I
 
H
N
 
D
N
|
N
P
 
P
Y
 
F
E
x
F
V
 
K
I
 
A
A
 
E
D
 
A
D
 
V
G
 
G
G
 
A
L
 
E
A
 
A
A
 
K
I
 
A
K
 
K
E
 
E
F
 
L
G
 
G
G
 
-
V
 
Y
G
 
E
K
 
T
V
 
L
V
 
V
G
 
M
P
 
T
S
 
H
D
 
D
A
 
D
G
 
D
A
 
A
S
 
N
S
 
K
Q
 
Q
V
 
S
Q
 
E
Y
 
M
I
 
I
N
 
D
T
 
T
L
 
A
I
 
I
T
 
G
Q
 
R
R
 
G
Q
 
A
D
 
K
A
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
L
A
 
D
A
 
N
N
 
A
D
 
G
A
 
A
N
 
D
A
 
A
V
 
S
V
 
V
P
 
A
Y
 
A
L
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
K
S
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
S
V
 
F
T
 
L
F
 
I
D
|
D
S
x
R
D
 
E
T
 
I
A
 
N
P
 
A
E
 
T
G
 
G
-
 
V
-
 
A
-
 
V
R
 
A
Q
 
Q
L
 
I
F
 
V
V
 
S
N
 
N
Q
 
-
A
 
-
N
 
N
A
 
Y
E
 
Q
G
 
G
I
 
A
G
 
Q
R
 
L
G
 
G
Q
 
A
I
 
Q
Q
 
E
L
 
F
V
 
V
S
 
-
K
 
K
L
 
L
M
 
M
G
 
G
G
 
E
E
 
K
G
 
G
E
 
N
F
 
Y
A
 
V
V
 
E
L
 
L
S
 
V
A
 
G
T
 
K
P
 
E
N
 
S
A
x
D
T
 
T
N
 
N
Q
 
A
N
 
G
T
 
I
W
x
R
I
 
S
K
 
Q
W
 
G
M
 
Y
Q
 
H
E
x
D
E
 
V
L
 
I
K
 
-
K
 
-
P
x
D
E
x
D
Y
 
Y
S
 
P
K
 
E
I
 
M
K
 
K
L
 
S
V
 
V
K
 
A
I
 
K
A
 
Q
Y
 
S
G
 
A
N
 
N
D
x
W
D
 
S
D
 
Q
Q
 
T
K
 
E
S
 
A
F
 
Y
V
 
S
E
 
K
T
 
M
Q
 
E
G
 
T
L
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Y
 
N
P
 
P
N
 
D
L
 
I
K
 
K
A
 
G
I
 
V
V
 
I
A
 
S
-
 
G
P
x
N
T
 
D
T
 
T
V
 
M
G
 
A
I
 
M
A
 
G
A
 
A
A
 
I
A
 
A
R
 
A
Y
 
L
I
 
-
S
 
-
S
 
Q
S
 
A
S
 
A
S
 
G
K
 
R
G
 
K
K
 
D
V
 
V
A
 
I
V
 
V
T
 
V
G
 
G
L
 
F
G
x
D
T
 
G
P
 
S
N
 
N
Q
 
D
M
 
V
R
 
R
A
 
D
F
 
S
V
 
I
K
 
K
N
 
S
G
 
G
T
 
G
V
 
I
K
 
K
A
 
A
F
 
T
Q
 
V
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4wt7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5165, target efi-511223) with bound allitol
28% identity, 53% coverage: 46:222/335 of query aligns to 21:197/294 of 4wt7A

query
sites
4wt7A
Y
x
F
E
x
D
V
 
L
I
 
Q
A
 
A
D
 
Y
D
 
N
G
 
A
G
 
Q
L
 
I
A
 
A
A
 
E
I
 
V
K
 
K
E
 
R
F
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
E
G
 
P
K
 
L
V
 
A
V
 
V
-
 
D
-
 
A
G
 
G
P
 
R
S
 
S
D
 
D
A
 
G
G
 
K
A
 
L
S
 
V
S
 
A
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
Y
 
-
I
 
-
N
 
-
T
 
T
L
 
L
I
 
I
T
 
A
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
P
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
V
I
 
Q
A
 
L
A
x
L
N
 
G
D
 
T
A
 
L
N
 
T
A
 
V
V
 
I
V
 
D
P
 
P
Y
 
W
L
 
L
K
 
K
K
 
R
A
 
A
M
 
R
S
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
L
T
|
T
F
 
I
D
|
D
S
 
V
D
 
-
T
 
-
A
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
G
R
 
S
Q
 
S
L
x
H
F
 
S
V
 
L
N
 
N
Q
 
N
A
 
S
N
 
T
A
 
S
E
 
D
G
 
N
I
 
W
G
|
G
R
 
I
G
|
G
Q
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
A
I
 
L
Q
 
Q
L
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
D
L
 
-
M
 
I
G
 
G
G
 
G
E
 
E
G
 
G
E
 
N
F
 
V
A
 
V
V
 
V
L
 
F
S
 
N
-
 
G
-
 
F
-
 
Y
-
 
G
A
 
V
T
 
T
P
 
P
N
 
C
A
 
A
T
 
I
N
x
R
Q
 
Y
N
 
D
T
 
Q
W
 
L
I
 
V
K
 
N
W
 
V
M
 
I
Q
 
K
E
 
-
E
 
-
L
 
-
K
 
-
K
 
-
P
 
-
E
 
Y
Y
 
F
S
 
P
K
 
K
I
 
V
K
 
K
L
 
I
V
 
I
K
 
Q
I
 
P
A
 
E
Y
 
L
G
 
R
N
 
D
-
 
V
-
 
I
-
 
P
D
 
N
D
 
T
D
 
V
Q
 
Q
K
 
D
S
 
A
F
 
F
V
 
A
E
 
Q
T
 
V
Q
x
T
G
 
A
L
 
I
L
 
L
Q
 
N
A
 
K
Y
 
Y
P
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
G
N
 
S
L
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
24% identity, 70% coverage: 34:267/335 of query aligns to 4:241/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
K
 
Q
I
 
I
A
 
A
F
 
L
V
 
L
P
 
M
K
|
K
Q
 
T
I
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
E
Y
|
Y
E
 
F
V
 
I
I
 
S
A
 
M
D
 
R
D
 
Q
G
 
G
G
 
A
-
 
E
-
 
E
L
 
T
A
 
A
A
 
K
I
 
Q
K
 
K
E
 
D
F
 
I
G
 
D
G
 
L
V
 
I
G
 
V
K
 
Q
V
 
V
V
 
A
G
 
E
P
 
K
S
 
E
D
 
D
A
 
S
G
 
-
A
 
T
S
 
E
S
 
Q
Q
 
L
V
 
V
Q
 
G
Y
 
L
I
 
V
N
 
E
T
 
N
L
 
M
I
 
I
T
 
A
Q
 
K
R
 
K
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
I
I
 
V
A
 
T
A
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
S
N
 
I
A
 
A
V
 
F
V
 
I
P
 
P
Y
 
A
L
 
F
K
 
Q
K
 
K
A
 
A
M
 
E
S
 
K
Q
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
V
 
I
T
 
D
F
 
L
D
|
D
-
 
V
-
 
R
-
 
L
S
 
D
D
 
A
T
 
K
A
 
A
P
 
A
E
 
E
G
 
A
R
 
A
Q
 
G
L
 
L
F
 
K
V
 
F
N
 
N
Q
 
Y
A
 
V
N
 
G
A
 
V
E
 
D
G
 
N
I
 
F
G
 
N
R
 
G
G
 
G
Q
 
Y
I
 
L
Q
 
E
L
 
A
-
 
K
-
 
N
V
 
L
S
 
A
K
 
E
L
 
A
M
 
I
G
 
G
G
 
K
E
 
K
G
 
G
E
 
N
F
 
V
A
 
A
V
 
I
L
 
L
S
 
E
A
 
G
T
 
I
P
 
P
N
 
G
A
 
V
T
 
D
N
|
N
Q
 
G
N
 
-
T
 
-
W
 
-
I
 
-
K
 
-
W
 
-
M
 
-
Q
 
-
E
 
-
E
 
E
L
 
Q
K
x
R
K
 
K
-
 
G
-
 
G
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
F
P
 
A
E
 
E
Y
 
Y
S
 
P
K
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
I
V
 
V
K
 
A
I
 
S
A
 
Q
Y
 
S
G
 
A
N
 
N
D
x
W
D
 
E
D
 
T
Q
 
E
K
 
Q
S
 
A
F
 
L
V
 
N
E
 
V
T
 
T
Q
 
T
G
 
N
L
 
I
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
Y
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
I
K
 
N
A
 
G
I
 
I
V
 
F
A
 
A
P
 
A
T
 
N
T
 
D
V
 
N
G
 
M
I
 
A
A
 
I
A
 
G
A
 
A
A
 
V
R
 
T
Y
 
A
I
 
V
S
 
E
S
 
N
S
 
A
S
 
G
S
 
L
K
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
L
V
 
V
T
 
S
G
 
G
L
 
Y
-
x
D
G
 
G
T
 
I
P
 
P
N
 
L
Q
 
A
M
 
I
R
 
E
A
 
-
F
 
Y
V
 
V
K
 
K
N
 
Q
G
 
G
T
 
K
V
 
M
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

3ksmA Crystal structure of abc-type sugar transport system, periplasmic component from hahella chejuensis
24% identity, 66% coverage: 71:291/335 of query aligns to 40:260/276 of 3ksmA

query
sites
3ksmA
S
 
D
D
 
D
A
 
G
G
 
D
A
 
I
S
 
A
S
 
G
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
Q
Y
 
I
I
 
L
N
 
S
T
 
Y
L
 
H
I
 
L
T
 
S
Q
 
Q
R
 
A
Q
 
P
-
 
P
D
 
D
A
 
A
I
 
L
V
 
I
I
 
L
A
 
A
A
 
P
N
 
N
D
 
S
A
 
A
N
 
E
A
 
D
V
 
L
V
 
T
P
 
P
Y
 
S
L
 
V
K
 
A
K
 
Q
A
 
Y
M
 
R
S
 
A
Q
 
R
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
V
 
L
T
 
V
F
 
V
D
|
D
S
 
S
D
 
D
T
 
L
A
 
A
P
 
G
E
 
D
G
 
A
R
 
H
Q
 
Q
L
 
G
F
 
L
V
 
V
N
 
A
Q
 
T
A
 
D
N
 
N
-
 
Y
A
 
A
E
 
A
G
 
G
I
 
Q
G
 
L
R
 
A
G
 
A
Q
 
R
I
 
A
Q
 
L
L
 
L
V
 
A
S
 
T
K
 
L
L
 
D
M
 
L
G
 
S
G
 
K
E
 
E
G
 
R
E
 
N
F
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
L
S
 
R
A
x
L
T
 
R
P
 
A
N
 
G
A
x
N
T
 
A
N
x
S
Q
 
T
N
 
D
T
 
Q
W
x
R
I
 
E
K
 
Q
W
 
G
M
 
F
Q
 
L
E
 
D
E
 
V
L
 
L
K
 
R
K
 
K
P
 
-
E
 
-
Y
 
H
S
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
R
L
 
I
V
 
I
K
 
A
I
 
A
A
 
P
Y
 
Y
G
 
A
N
 
G
D
 
D
D
 
D
D
 
R
Q
 
G
K
 
A
S
 
A
F
 
R
V
 
S
E
 
E
T
 
M
Q
 
L
G
 
R
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
A
 
E
Y
 
T
P
 
P
N
 
T
L
 
I
K
 
D
A
 
G
I
 
L
V
 
F
A
 
T
P
 
P
-
x
N
-
 
E
-
 
S
T
 
T
T
 
T
V
 
I
G
 
G
I
 
A
A
 
L
A
 
V
A
 
A
A
 
I
R
 
R
Y
 
Q
I
 
S
S
 
G
S
 
M
S
 
S
S
 
K
S
 
Q
K
 
F
G
 
G
K
 
F
V
 
I
A
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
G
L
 
F
G
x
D
T
 
Q
P
 
T
N
 
E
Q
 
E
M
 
L
R
 
E
A
 
A
F
 
A
V
 
M
K
 
Y
N
 
A
G
 
G
T
 
E
V
 
I
K
 
S
A
 
N
F
 
L
Q
 
V
L
 
V
W
x
Q
D
 
N
P
 
P
N
 
E
E
 
Y
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
G
 
V
Y
 
Q
A
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
D
L
 
L
A
 
V
S
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>H281DRAFT_01220 FitnessBrowser__Burk376:H281DRAFT_01220
MFKPLRHTGAAALCVALLAISCAASAAGLKNGLKIAFVPKQINNPYEVIADDGGLAAIKE
FGGVGKVVGPSDAGASSQVQYINTLITQRQDAIVIAANDANAVVPYLKKAMSQGIKVVTF
DSDTAPEGRQLFVNQANAEGIGRGQIQLVSKLMGGEGEFAVLSATPNATNQNTWIKWMQE
ELKKPEYSKIKLVKIAYGNDDDQKSFVETQGLLQAYPNLKAIVAPTTVGIAAAARYISSS
SSKGKVAVTGLGTPNQMRAFVKNGTVKAFQLWDPNELGYLAGYAAAALASGTINGKEGES
FDAGKLGKRTIGPQGEIILGPPTTFDASNIDKFNF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory