SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing H281DRAFT_02713 FitnessBrowser__Burk376:H281DRAFT_02713 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
97% identity, 92% coverage: 26:313/313 of query aligns to 2:289/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
K
 
K
D
 
D
A
 
A
K
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
S
V
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
I
P
 
P
K
|
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
F
|
F
F
 
F
D
 
D
D
 
D
C
 
C
N
 
N
K
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
K
T
 
T
A
 
A
A
 
A
G
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
K
Y
 
Y
Q
 
Q
W
 
W
V
 
V
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
N
 
N
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
S
 
S
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
I
 
I
I
 
I
E
 
E
D
 
D
L
 
L
I
 
I
S
 
S
R
 
R
H
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
I
S
 
S
V
 
V
N
 
N
E
 
E
P
 
P
K
 
K
S
 
S
V
 
V
E
 
E
S
 
S
V
 
V
M
 
M
K
 
K
R
 
R
A
 
A
E
 
E
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
T
 
T
Y
 
Y
D
|
D
S
 
S
D
 
D
S
 
S
P
 
P
R
 
K
S
 
S
G
 
G
R
 
R
S
 
S
M
 
M
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
T
 
T
N
 
N
N
 
N
E
 
E
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
T
M
 
M
A
 
A
E
 
E
T
 
T
M
 
M
G
 
G
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
V
N
|
N
L
 
L
N
 
N
E
 
E
R
|
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
K
K
 
K
G
 
G
L
 
L
A
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
V
E
 
E
T
 
T
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
D
 
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
V
 
V
V
 
V
E
 
E
T
 
T
T
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
A
H
 
H
P
 
P
Q
 
N
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
F
 
F
G
 
G
V
 
V
S
|
S
Q
|
Q
V
 
V
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
V
 
V
A
 
A
K
 
K
V
 
V
L
 
L
N
 
N
T
 
T
K
 
R
E
 
E
F
 
F
G
 
G
T
 
A
M
 
M
K
 
K
G
 
G
K
 
K
L
 
L
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
A
F
 
F
D
|
D
D
 
D
L
 
L
P
 
P
D
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
I
 
I
M
 
M
V
 
V
Q
|
Q
R
 
R
P
 
P
V
 
V
T
 
T
M
 
M
G
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
A
V
 
V
E
 
D
H
 
H
L
 
L
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
A
 
G
Q
 
Q
P
 
P
K
 
K
D
 
D
I
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
D
N
 
N
M
 
M
T
 
T
S
 
S
Y
 
Y
T
 
T
K
 
K

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
41% identity, 90% coverage: 31:313/313 of query aligns to 2:294/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
I
 
L
S
 
T
V
 
I
A
 
G
V
 
V
I
 
I
P
 
G
K
|
K
V
 
S
A
 
V
V
 
H
P
 
P
F
 
Y
F
 
W
D
 
S
D
 
Q
C
 
V
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
K
T
 
A
A
 
A
A
 
G
G
 
K
K
 
A
A
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
D
Y
 
T
Q
 
K
W
 
F
V
 
F
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
N
 
K
T
 
E
Q
 
D
G
 
I
S
 
N
T
 
A
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
I
 
M
I
 
L
E
 
E
D
 
S
L
 
F
I
 
I
S
 
A
R
 
E
H
 
G
V
 
V
D
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
I
S
 
A
V
 
P
N
 
S
E
 
D
P
 
P
K
 
T
S
 
A
V
 
V
E
 
I
S
 
P
V
 
T
M
 
I
K
 
K
R
 
K
A
 
A
E
 
L
Q
 
E
S
 
M
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
T
Y
 
L
D
|
D
S
 
T
D
 
D
S
 
S
P
 
P
R
 
D
S
 
S
G
 
G
R
 
R
S
 
Y
M
 
V
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
T
 
T
N
 
D
N
 
N
E
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
T
 
T
M
 
A
A
 
G
E
 
L
T
 
I
M
 
M
G
 
K
K
 
E
A
 
L
L
 
L
N
 
G
G
 
G
Q
 
K
G
 
G
E
 
K
V
 
V
A
 
V
I
 
I
I
 
G
T
 
T
G
 
G
Q
 
S
L
 
L
G
 
T
A
 
A
V
 
M
N
|
N
L
 
S
N
 
L
E
 
Q
R
|
R
I
 
I
A
 
Q
G
 
G
I
 
F
K
 
K
K
 
D
G
 
A
L
 
I
A
 
-
K
 
K
Y
 
D
P
 
S
G
 
E
I
 
I
K
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
D
T
 
I
Q
 
L
G
 
N
T
 
D
D
 
E
D
x
E
D
 
D
L
 
G
A
 
A
R
 
R
G
 
A
V
 
V
S
 
S
V
 
L
V
 
A
E
 
E
T
 
A
T
 
A
L
 
L
R
 
N
A
 
A
H
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
K
 
D
G
 
A
I
 
F
F
 
F
G
 
G
V
 
V
S
x
Y
Q
x
A
V
 
Y
G
 
N
G
 
G
P
 
P
A
 
A
V
 
Q
A
 
A
K
 
L
V
 
V
L
 
V
N
 
-
T
 
-
K
 
K
E
 
N
F
 
A
G
 
G
T
 
K
M
 
V
K
 
-
G
 
G
K
 
K
L
 
V
E
 
K
V
 
I
L
 
V
A
 
C
F
 
F
D
|
D
D
 
T
L
 
T
P
 
P
D
 
D
T
 
I
L
 
L
K
 
Q
G
 
Y
L
 
V
K
 
K
E
 
E
G
 
G
Y
 
V
I
 
I
Q
 
Q
G
 
A
I
 
T
M
 
M
V
 
G
Q
|
Q
R
 
R
P
 
P
V
 
Y
T
 
M
M
 
M
G
 
G
S
 
Y
L
 
L
A
 
S
V
 
V
E
 
T
-
 
V
-
 
L
H
 
Y
L
 
L
V
 
M
A
 
N
Q
 
K
I
 
I
Q
 
G
G
 
V
Q
 
Q
E
 
N
A
 
T
-
 
L
-
 
M
-
 
M
Q
 
L
P
 
P
K
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
Y
D
 
V
I
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
P
D
 
E
N
 
N
M
 
L
T
 
D
S
 
E
Y
 
Y
T
 
L
K
 
K

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
41% identity, 90% coverage: 31:313/313 of query aligns to 2:294/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
I
 
L
S
 
T
V
 
I
A
 
G
V
 
V
I
 
I
P
 
G
K
|
K
V
 
S
A
 
V
V
 
H
P
 
P
F
 
Y
F
x
W
D
 
S
D
 
Q
C
 
V
N
 
E
K
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
K
T
 
A
A
 
A
A
 
G
G
 
K
K
 
A
A
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
D
Y
 
T
Q
 
K
W
 
F
V
 
F
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
N
 
K
T
 
C
Q
 
D
G
 
I
S
 
N
T
 
A
Q
 
Q
V
 
L
Q
 
Q
I
 
M
I
 
L
E
 
E
D
 
S
L
 
F
I
 
I
S
 
A
R
 
E
H
 
G
V
 
V
D
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
I
S
 
A
V
 
P
N
 
S
E
 
D
P
 
P
K
 
T
S
 
A
V
 
V
E
 
I
S
 
P
V
 
T
M
 
I
K
 
K
R
 
K
A
 
A
E
 
L
Q
 
E
S
 
M
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
T
Y
 
L
D
|
D
S
 
T
D
 
D
S
 
S
P
 
P
R
 
D
S
 
S
G
 
G
R
 
R
S
 
Y
M
 
V
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
T
 
T
N
 
D
N
 
N
E
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
T
 
T
M
 
A
A
 
G
E
 
L
T
 
I
M
 
M
G
 
K
K
 
E
A
 
L
L
 
L
N
 
G
G
 
G
Q
 
K
G
 
G
E
 
K
V
 
V
A
 
V
I
 
I
I
 
G
T
 
T
G
 
G
Q
 
S
L
 
L
G
 
T
A
 
A
V
 
M
N
|
N
L
 
S
N
 
L
E
 
Q
R
|
R
I
 
I
A
 
Q
G
 
G
I
 
F
K
 
K
K
 
D
G
 
A
L
 
I
A
 
-
K
 
K
Y
 
D
P
 
S
G
 
E
I
 
I
K
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
D
T
 
I
Q
 
L
G
 
N
T
 
D
D
 
C
D
x
E
D
 
D
L
 
G
A
 
A
R
 
R
G
 
A
V
 
V
S
 
S
V
 
L
V
 
A
E
 
E
T
 
A
T
 
A
L
 
L
R
 
N
A
 
A
H
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
K
 
D
G
 
A
I
 
F
F
 
F
G
 
G
V
 
V
S
x
Y
Q
x
A
V
 
Y
G
 
N
G
 
G
P
 
P
A
 
A
V
 
Q
A
 
A
K
 
L
V
 
V
L
 
V
N
 
-
T
 
-
K
 
K
E
 
N
F
 
A
G
 
G
T
 
K
M
 
V
K
 
-
G
 
G
K
 
K
L
 
V
E
 
K
V
 
I
L
 
V
A
 
C
F
 
F
D
|
D
D
 
T
L
 
T
P
 
P
D
 
D
T
 
I
L
 
L
K
 
Q
G
 
Y
L
 
V
K
 
K
E
 
E
G
 
G
Y
 
V
I
 
I
Q
 
Q
G
 
A
I
 
T
M
 
M
V
 
G
Q
|
Q
R
 
R
P
 
P
V
 
Y
T
 
M
M
 
M
G
 
G
S
 
Y
L
 
L
A
 
S
V
 
V
E
 
T
-
 
V
-
 
L
H
 
Y
L
 
L
V
 
M
A
 
N
Q
 
K
I
 
I
Q
 
G
G
 
V
Q
 
Q
E
 
N
A
 
T
-
 
L
-
 
M
-
 
M
Q
 
L
P
 
P
K
 
K
-
 
V
-
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
Y
D
 
V
I
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
D
V
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
P
D
 
E
N
 
N
M
 
L
T
 
D
S
 
E
Y
 
Y
T
 
L
K
 
K

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
32% identity, 88% coverage: 35:308/313 of query aligns to 6:273/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
V
 
V
I
 
I
P
 
S
K
 
T
V
 
L
A
 
N
V
x
N
P
 
P
F
|
F
F
|
F
D
 
V
D
 
T
C
 
L
N
 
K
K
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
E
T
 
E
A
 
K
A
 
A
G
 
K
K
 
E
A
 
L
G
 
G
V
 
Y
K
 
K
Y
 
I
Q
 
I
W
 
V
V
 
E
V
 
D
P
 
S
Q
 
Q
N
 
N
T
 
-
Q
 
D
G
 
S
S
 
S
T
 
K
Q
 
E
V
 
L
Q
 
S
I
 
N
I
 
V
E
 
E
D
 
D
L
 
L
I
 
I
S
 
Q
R
 
Q
H
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
V
I
 
L
A
 
L
I
 
I
S
 
N
V
 
P
N
 
V
E
 
D
P
 
S
K
 
D
S
 
A
V
 
V
E
 
V
S
 
T
V
 
A
M
 
I
K
 
K
R
 
E
A
 
A
E
 
N
Q
 
S
S
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
I
T
 
T
Y
 
I
D
|
D
S
x
R
D
 
S
S
 
A
P
 
N
R
 
G
S
 
G
G
 
D
R
 
V
S
 
V
M
 
C
Y
 
H
I
 
I
G
 
A
T
 
S
N
 
D
N
 
N
E
 
V
Q
 
K
A
 
G
G
 
G
A
 
E
T
 
M
M
 
A
A
 
A
E
 
E
T
 
F
M
 
I
G
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
K
G
 
G
Q
 
K
G
 
G
E
 
N
V
 
V
A
 
V
I
 
E
I
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
I
L
 
P
G
 
G
A
 
A
V
 
S
N
x
A
L
 
A
N
 
R
E
 
D
R
|
R
I
 
G
A
 
K
G
 
G
I
 
F
K
 
D
K
 
E
G
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
E
 
A
T
 
K
Q
 
Q
G
 
A
T
 
A
D
 
D
D
x
F
D
 
D
L
 
R
A
 
S
R
 
K
G
 
G
V
 
L
S
 
S
V
 
V
V
 
M
E
 
E
T
 
N
T
 
I
L
 
L
R
 
Q
A
 
A
H
 
Q
P
 
P
Q
 
K
L
 
I
K
 
D
G
 
A
I
 
V
F
 
F
G
 
A
V
 
Q
S
x
N
Q
 
D
V
 
E
G
 
M
G
 
A
P
 
L
A
 
G
V
 
A
A
 
I
K
 
K
V
 
A
L
 
I
N
 
-
T
 
-
K
 
-
E
 
E
F
 
A
G
 
A
T
 
N
M
 
R
K
 
Q
G
 
G
K
 
I
L
 
I
E
 
-
V
 
V
L
 
V
A
 
G
F
 
F
D
|
D
D
 
G
L
 
T
P
 
E
D
 
D
T
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
A
L
 
I
K
 
K
E
 
E
G
 
G
Y
 
K
I
 
M
Q
 
A
G
 
A
I
 
T
M
 
I
V
 
A
Q
|
Q
R
 
Q
P
 
P
V
 
A
T
 
L
M
 
M
G
 
G
S
 
S
L
 
L
A
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
M
L
 
A
V
 
D
A
 
K
Q
 
Y
I
 
L
Q
 
K
G
 
G
Q
 
-
E
 
E
A
 
K
Q
 
I
P
 
P
K
 
N
D
 
F
I
 
I
D
 
P
T
 
A
G
 
E
V
 
L
T
 
K
V
 
L
V
 
I
T
 
T
K
 
K
D
 
E
N
 
N
M
 
V

6guqA Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with glucose
29% identity, 85% coverage: 43:308/313 of query aligns to 15:276/278 of 6guqA

query
sites
6guqA
F
x
Y
F
 
W
D
 
R
D
 
L
C
 
V
N
 
E
K
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
K
T
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
K
K
 
E
A
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
D
Y
 
L
Q
 
E
W
 
Y
V
 
I
V
 
G
P
 
P
Q
 
R
N
 
Q
T
 
A
Q
 
N
G
 
I
S
 
D
T
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
I
 
I
I
 
L
E
 
K
D
 
K
L
 
A
I
 
A
S
 
A
R
 
A
H
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
I
A
 
I
I
 
T
S
 
Q
V
 
G
N
 
L
E
 
T
P
 
E
K
 
A
S
 
E
V
 
F
E
 
V
S
 
P
V
 
V
M
 
I
K
 
N
R
 
E
A
 
I
E
 
T
Q
 
D
S
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
T
Y
 
I
D
|
D
S
 
T
D
 
D
S
 
A
P
 
P
R
 
T
S
 
S
G
 
R
R
 
R
S
 
V
M
 
A
Y
 
Y
I
 
V
G
 
G
T
 
T
N
 
D
N
 
N
E
 
Y
Q
 
Y
A
 
A
G
 
G
A
 
F
T
 
L
M
 
A
A
 
G
E
 
R
T
 
A
M
 
L
G
 
A
K
 
E
A
 
D
L
 
T
N
 
K
G
 
G
Q
 
K
G
 
A
E
 
T
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
S
L
 
L
G
 
T
A
 
A
V
 
A
N
x
H
L
 
Q
N
 
Q
E
 
L
R
|
R
I
 
V
A
 
R
G
 
G
I
 
F
K
 
E
K
 
D
G
 
A
L
 
V
A
 
R
K
 
Q
Y
 
E
P
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
R
I
 
I
V
 
V
E
 
A
T
 
I
Q
 
E
G
 
E
T
 
S
D
 
H
D
x
I
D
 
T
L
 
R
A
 
V
R
 
Q
G
 
A
V
 
A
S
 
E
V
 
K
V
 
A
E
 
Y
T
 
T
T
 
I
L
 
L
R
 
K
A
 
K
H
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
V
K
 
N
G
 
A
I
 
F
F
 
Y
G
 
G
V
 
T
S
|
S
Q
x
A
V
 
L
G
 
D
G
 
A
P
 
I
A
 
G
V
 
V
A
 
A
K
 
K
V
 
V
L
 
V
N
 
-
T
 
-
K
 
-
E
 
E
F
 
Q
G
 
F
T
 
H
M
 
R
K
 
E
G
 
Q
K
 
K
L
 
T
E
 
Y
V
 
I
L
 
I
A
 
G
F
 
F
D
|
D
D
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
I
K
 
R
G
 
Y
L
 
L
K
 
Q
E
 
K
G
 
G
Y
 
T
I
 
I
Q
 
A
G
 
A
I
 
T
M
 
V
V
 
V
Q
|
Q
R
 
E
P
 
P
V
 
Y
T
 
E
M
 
M
G
 
G
S
 
Y
L
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
K
H
 
M
L
 
M
V
 
A
A
 
E
Q
 
I
I
 
V
Q
 
A
G
 
G
Q
 
K
E
 
D
A
 
V
Q
 
-
P
 
P
K
 
V
D
 
V
I
 
T
D
 
N
T
 
T
G
 
E
V
 
T
T
 
K
V
 
V
V
 
I
T
 
R
K
 
K
D
 
K
N
 
D
M
 
L

Sites not aligning to the query:

6gt9A Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with galactose
29% identity, 85% coverage: 43:308/313 of query aligns to 20:281/283 of 6gt9A

query
sites
6gt9A
F
x
Y
F
x
W
D
 
R
D
 
L
C
 
V
N
 
E
K
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
K
T
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
K
K
 
E
A
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
D
Y
 
L
Q
 
E
W
 
Y
V
 
I
V
 
G
P
 
P
Q
 
R
N
 
Q
T
 
A
Q
 
N
G
 
I
S
 
D
T
 
E
Q
 
H
V
 
L
Q
 
R
I
 
I
I
 
L
E
 
K
D
 
K
L
 
A
I
 
A
S
 
A
R
 
A
H
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
G
I
 
I
A
 
I
I
 
T
S
 
Q
V
 
G
N
 
L
E
 
T
P
 
E
K
 
A
S
 
E
V
 
F
E
 
V
S
 
P
V
 
V
M
 
I
K
 
N
R
 
E
A
 
I
E
 
T
Q
 
D
S
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
T
Y
 
I
D
|
D
S
 
T
D
 
D
S
 
A
P
 
P
R
 
T
S
 
S
G
 
R
R
 
R
S
 
V
M
 
A
Y
 
Y
I
 
V
G
 
G
T
 
T
N
 
D
N
 
N
E
 
Y
Q
 
Y
A
 
A
G
 
G
A
 
F
T
 
L
M
 
A
A
 
G
E
 
R
T
 
A
M
 
L
G
 
A
K
 
E
A
 
D
L
 
T
N
 
K
G
 
G
Q
 
K
G
 
A
E
 
T
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
I
T
 
T
G
 
G
Q
 
S
L
 
L
G
 
T
A
 
A
V
 
A
N
x
H
L
 
Q
N
 
Q
E
 
L
R
|
R
I
 
V
A
 
R
G
 
G
I
 
F
K
 
E
K
 
D
G
 
A
L
 
V
A
 
R
K
 
Q
Y
 
E
P
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
R
I
 
I
V
 
V
E
 
A
T
 
I
Q
 
E
G
 
E
T
 
S
D
 
H
D
x
I
D
 
T
L
 
R
A
 
V
R
 
Q
G
 
A
V
 
A
S
 
E
V
 
K
V
 
A
E
 
Y
T
 
T
T
 
I
L
 
L
R
 
K
A
 
K
H
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
V
K
 
N
G
 
A
I
 
F
F
 
Y
G
 
G
V
 
T
S
|
S
Q
x
A
V
 
L
G
 
D
G
 
A
P
 
I
A
 
G
V
 
V
A
 
A
K
 
K
V
 
V
L
 
V
N
 
-
T
 
-
K
 
-
E
 
E
F
 
Q
G
 
F
T
 
H
M
 
R
K
 
E
G
 
Q
K
 
K
L
 
T
E
 
Y
V
 
I
L
 
I
A
 
G
F
 
F
D
|
D
D
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
E
T
 
T
L
 
I
K
 
R
G
 
Y
L
 
L
K
 
Q
E
 
K
G
 
G
Y
 
T
I
 
I
Q
 
A
G
 
A
I
 
T
M
 
V
V
 
V
Q
|
Q
R
 
E
P
 
P
V
 
Y
T
 
E
M
 
M
G
 
G
S
 
Y
L
 
K
A
 
A
V
 
V
E
 
K
H
 
M
L
 
M
V
 
A
A
 
E
Q
 
I
I
 
V
Q
 
A
G
 
G
Q
 
K
E
 
D
A
 
V
Q
 
-
P
 
P
K
 
V
D
 
V
I
 
T
D
 
N
T
 
T
G
 
E
V
 
T
T
 
K
V
 
V
V
 
I
T
 
R
K
 
K
D
 
K
N
 
D
M
 
L

Sites not aligning to the query:

7x0hA Crystal structure of sugar binding protein cbpa complexed wtih glucose from clostridium thermocellum (see paper)
30% identity, 87% coverage: 41:311/313 of query aligns to 19:285/287 of 7x0hA

query
sites
7x0hA
V
 
I
P
 
D
F
 
Y
F
x
W
D
 
K
D
 
Y
C
 
C
N
 
F
K
 
E
G
 
G
A
 
F
K
 
E
T
 
D
A
 
A
A
 
A
G
 
K
K
 
A
A
 
I
G
 
G
V
 
V
K
 
T
Y
 
A
Q
 
K
W
 
Y
V
 
T
V
 
G
P
 
Q
Q
 
T
N
 
D
T
 
T
Q
 
D
G
 
V
S
 
S
T
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
A
I
 
V
I
 
L
E
 
E
D
 
Q
L
 
V
I
 
I
S
 
A
R
 
Q
H
 
K
V
 
P
D
 
K
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
V
S
 
T
V
 
A
N
 
V
E
 
N
P
 
S
K
 
T
S
 
A
V
 
L
E
 
A
S
 
D
V
 
T
M
 
I
K
 
N
R
 
S
A
 
A
E
 
I
Q
 
E
S
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
S
V
 
V
L
 
V
T
 
C
Y
 
F
D
|
D
S
 
S
D
 
D
S
 
S
P
 
P
R
 
T
S
 
S
G
 
N
R
 
R
S
 
S
M
 
A
Y
 
Y
I
 
L
G
 
G
T
 
T
N
 
G
N
 
N
E
 
Y
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
Q
T
 
K
M
 
A
A
 
A
E
 
E
T
 
F
M
 
L
G
 
V
K
 
P
A
 
L
L
 
V
N
 
N
G
 
Y
Q
 
K
G
 
G
E
 
K
V
 
I
A
 
A
I
 
V
I
 
L
T
 
Y
G
 
-
Q
 
T
L
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
E
N
|
N
L
 
S
N
 
E
E
 
S
R
|
R
I
 
V
A
 
Q
G
 
G
I
 
F
K
 
E
K
 
D
G
 
W
L
 
C
A
 
K
K
 
Q
Y
 
N
-
 
A
P
 
P
G
 
E
I
 
V
K
 
S
I
 
L
V
 
V
E
 
K
T
 
V
Q
 
N
G
 
D
T
 
A
D
 
G
D
 
D
D
 
T
L
 
T
A
 
V
R
 
A
G
 
A
V
 
D
S
 
N
V
 
L
V
 
A
E
 
-
T
 
A
T
 
A
L
 
L
R
 
Q
A
 
A
H
 
N
P
 
D
Q
 
D
L
 
I
K
 
V
G
 
G
I
 
V
F
 
F
G
 
C
V
 
V
S
x
D
Q
x
G
V
|
V
G
 
A
G
 
G
P
 
T
A
 
A
V
 
-
A
 
-
K
 
-
V
 
-
L
 
-
N
 
G
T
 
P
K
 
T
E
 
A
F
 
V
G
 
A
T
 
E
M
 
S
K
 
K
G
 
K
K
 
D
L
 
L
E
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
A
F
 
F
D
|
D
D
 
V
L
 
D
P
 
V
D
 
T
T
 
V
L
 
L
K
 
D
G
 
K
L
 
V
K
 
K
E
 
S
G
 
G
Y
 
E
I
 
I
Q
 
D
G
 
G
I
 
T
M
 
V
V
 
A
Q
|
Q
R
 
G
P
 
M
V
 
Y
T
 
N
M
 
M
G
 
G
S
 
Y
L
 
W
A
 
S
V
 
L
E
 
M
H
 
M
L
 
L
V
 
Y
A
 
T
Q
 
E
I
 
A
Q
 
N
G
 
G
-
 
L
-
 
S
Q
 
S
E
 
K
A
 
A
Q
 
L
P
 
P
K
 
G
D
 
N
I
 
L
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
V
V
 
I
V
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
D
N
 
N
M
 
V
T
 
D
S
 
E
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

5xssA Xylfii molecule (see paper)
28% identity, 80% coverage: 42:291/313 of query aligns to 16:262/274 of 5xssA

query
sites
5xssA
P
 
P
F
 
Y
F
x
W
D
 
L
D
 
D
C
 
I
N
 
K
K
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
E
T
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
K
K
 
E
A
 
R
G
 
G
V
 
A
K
 
V
Y
 
V
Q
 
E
W
 
F
V
 
L
V
 
G
P
 
P
Q
 
T
N
 
T
T
 
A
Q
 
S
G
 
T
S
 
E
T
 
D
Q
 
G
V
 
L
Q
 
K
I
 
L
I
 
F
E
 
D
D
 
M
L
 
A
I
 
T
S
 
S
R
 
A
H
 
K
V
 
V
D
 
S
G
 
G
I
 
I
A
 
I
I
 
T
S
 
Y
V
 
V
N
 
Q
E
 
E
P
 
E
K
 
G
S
 
Q
V
 
Y
E
 
K
S
 
K
V
 
K
M
 
I
K
 
N
R
 
S
A
 
A
E
 
M
Q
 
E
S
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
T
Y
 
I
D
|
D
S
 
S
D
 
D
S
 
E
P
 
E
R
 
D
S
 
S
G
 
N
R
 
R
S
 
I
M
 
A
Y
 
Y
I
 
V
G
 
G
T
 
T
N
 
D
N
 
N
E
 
V
Q
 
L
A
 
A
G
 
G
A
 
Q
T
 
V
M
 
A
A
 
G
E
 
K
T
 
E
M
 
M
G
 
V
K
 
K
A
 
Q
L
 
I
N
 
G
G
 
T
Q
 
S
G
 
G
E
 
N
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
V
T
 
M
G
 
G
Q
 
G
L
 
K
G
 
N
A
 
V
V
 
K
N
 
N
L
 
Q
N
 
K
E
 
E
R
|
R
I
 
V
A
 
E
G
 
G
I
 
F
K
 
T
K
 
Q
G
 
Y
L
 
I
A
 
K
K
 
S
Y
 
N
P
 
S
G
 
N
I
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
E
 
D
T
 
T
Q
 
D
G
 
S
T
 
S
D
 
D
D
 
A
D
 
M
L
 
L
A
 
L
R
 
E
G
 
A
V
 
E
S
 
I
V
 
I
V
 
T
E
 
R
T
 
K
T
 
I
L
 
L
R
 
N
A
 
R
H
 
N
P
 
D
Q
 
N
L
 
I
K
 
N
G
 
A
I
 
L
F
 
F
G
 
C
V
 
T
S
|
S
Q
x
A
V
 
L
G
 
D
G
 
G
P
 
I
A
 
G
V
 
A
A
 
A
K
 
R
V
 
A
L
 
V
N
 
K
T
 
D
K
 
L
E
 
N
F
 
Y
G
 
-
T
 
-
M
 
-
K
 
K
G
 
D
K
 
R
L
 
V
E
 
K
V
 
I
L
 
I
A
 
C
F
 
F
D
|
D
D
 
D
L
 
L
P
 
D
D
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
S
G
 
N
L
 
I
K
 
R
E
 
N
G
 
G
Y
 
L
I
 
V
Q
 
S
G
 
A
I
 
T
M
 
I
V
 
V
Q
|
Q
R
 
K
P
 
S
V
 
N
T
 
E
M
 
M
G
 
G
S
 
Y
L
 
R
A
 
A
V
 
V
E
 
N
H
 
I
L
 
I
V
 
M
A
 
D
Q
 
K
I
 
I
Q
 
E
G
 
G
Q
 
K
E
 
S
A
 
S

Sites not aligning to the query:

5dkvA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from agrobacterium vitis(avis_5339, target efi-511225) bound with alpha-d- tagatopyranose
28% identity, 90% coverage: 29:309/313 of query aligns to 5:292/303 of 5dkvA

query
sites
5dkvA
K
 
K
D
 
K
I
 
F
S
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
L
I
 
I
P
 
P
K
 
G
V
 
L
A
 
T
V
 
T
-
x
D
P
 
A
F
|
F
F
 
Y
D
 
I
D
 
T
C
 
M
N
 
H
K
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
E
T
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
A
K
 
A
A
 
I
G
 
G
V
 
A
K
 
Q
Y
 
I
Q
 
I
W
 
F
V
 
Q
V
 
G
P
 
A
Q
 
P
N
 
D
T
 
F
Q
 
N
G
 
P
S
 
V
T
 
T
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
P
I
 
V
I
 
L
E
 
D
D
 
A
L
 
V
I
 
I
S
 
A
R
 
K
H
 
K
V
 
P
D
 
D
G
 
A
I
 
I
A
 
L
I
 
I
S
 
A
V
 
P
N
 
T
E
 
D
P
 
T
K
 
T
S
 
Q
V
 
L
E
 
V
S
 
Q
V
 
P
M
 
L
K
 
K
R
 
K
A
 
A
E
 
A
Q
 
D
S
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
M
L
 
I
T
 
T
Y
 
V
D
|
D
S
 
T
-
 
F
-
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
G
-
 
D
-
 
Y
-
 
Q
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
G
D
 
D
S
 
F
P
 
P
R
 
L
S
 
S
G
 
-
R
 
-
S
 
-
M
 
-
Y
 
Y
I
 
I
G
 
A
T
 
S
N
 
D
N
 
N
E
 
V
Q
 
L
A
 
G
G
 
G
A
 
E
T
 
I
M
 
A
A
 
A
E
 
R
T
 
S
M
 
L
G
 
A
K
 
L
A
 
A
L
 
I
N
 
G
G
 
D
Q
 
K
G
 
G
E
 
K
V
 
V
A
 
Y
I
 
V
I
 
S
T
 
N
G
 
V
Q
 
K
L
 
P
G
 
G
A
 
V
V
 
S
N
x
T
L
 
T
N
 
D
E
 
Q
R
|
R
I
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
F
K
 
K
K
 
S
G
 
E
L
 
M
A
 
A
K
 
K
Y
 
H
P
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
T
I
 
V
V
 
L
E
 
E
T
 
T
Q
 
Q
G
 
F
T
 
N
D
 
D
D
 
N
D
 
D
L
 
A
A
 
N
R
 
K
G
 
A
V
 
A
S
 
S
V
 
Q
V
 
L
E
 
Q
T
 
A
T
 
V
L
 
Y
R
 
A
A
 
R
H
 
N
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
K
 
A
G
 
G
I
 
V
F
 
F
G
 
G
V
 
A
S
x
N
Q
x
L
V
 
F
G
 
S
G
 
G
P
 
L
A
 
G
V
 
S
A
 
A
K
 
-
V
 
-
L
 
-
N
 
N
T
 
G
K
 
V
E
 
Q
F
 
Q
G
 
A
T
 
G
M
 
Q
K
 
S
G
 
G
K
 
T
L
 
I
E
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
A
F
 
F
D
|
D
D
 
A
L
 
P
P
 
G
D
 
S
T
 
V
L
 
V
K
 
D
G
 
N
L
 
L
K
 
K
E
 
S
G
 
G
Y
 
L
I
 
I
Q
 
D
G
 
F
I
 
A
M
 
I
V
 
A
Q
|
Q
R
 
H
P
 
P
V
 
A
T
 
E
M
 
I
G
 
G
S
 
Y
L
 
Y
A
 
G
V
 
V
E
 
I
H
 
S
L
 
A
V
 
Y
A
 
A
Q
 
H
I
 
L
Q
 
T
G
 
G
Q
 
Q
E
 
S
A
 
I
Q
 
-
P
 
P
K
 
T
D
 
K
I
 
I
D
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
F
T
 
T
V
 
V
V
 
I
T
 
N
K
 
K
D
 
S
N
 
N
M
 
V
T
 
T

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
27% identity, 79% coverage: 43:290/313 of query aligns to 16:267/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
F
x
Y
F
 
F
D
 
I
D
 
S
C
 
M
N
 
R
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
E
T
 
E
A
 
T
A
 
A
G
 
K
K
 
Q
A
 
K
G
 
D
V
 
I
K
 
D
Y
 
L
Q
 
I
W
 
V
V
 
Q
V
 
V
P
 
A
Q
 
E
N
 
K
T
 
E
Q
 
D
G
 
S
S
 
T
T
 
E
Q
 
Q
-
 
L
V
 
V
Q
 
G
I
 
L
I
 
V
E
 
E
D
 
N
L
 
M
I
 
I
S
 
A
R
 
K
H
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
I
A
 
I
I
 
V
S
 
T
V
 
P
N
 
N
E
 
D
P
 
S
K
 
I
S
 
A
V
 
F
E
 
I
S
 
P
V
 
A
M
 
F
K
 
Q
R
 
K
A
 
A
E
 
E
Q
 
K
S
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
L
 
I
T
 
D
Y
 
L
D
|
D
-
 
V
-
 
R
-
 
L
-
 
D
-
 
A
S
 
K
D
 
A
S
 
A
P
 
E
R
 
A
S
 
A
G
 
G
R
 
L
S
 
K
M
 
F
-
 
N
Y
 
Y
I
 
V
G
 
G
T
 
V
N
 
D
N
 
N
E
 
F
Q
 
N
A
 
G
G
 
G
A
 
Y
T
 
L
M
 
E
A
 
A
E
 
K
T
 
N
M
 
L
G
 
A
K
 
E
A
 
A
L
 
I
N
 
G
G
 
K
Q
 
K
G
 
G
E
 
N
V
 
V
A
 
A
I
 
I
I
 
L
T
 
E
G
 
G
Q
 
I
L
 
P
G
 
G
A
 
V
V
 
D
N
|
N
L
 
G
N
 
E
E
 
Q
R
|
R
I
 
K
A
 
G
G
 
G
I
 
A
K
 
L
K
 
K
G
 
A
L
 
F
A
 
A
K
 
E
Y
 
Y
P
 
P
G
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
E
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
S
T
 
A
D
 
N
D
x
W
D
 
E
L
 
T
A
 
E
R
 
Q
G
 
A
V
 
L
S
 
N
V
 
V
V
 
T
E
 
T
T
 
N
T
 
I
L
 
L
R
 
T
A
 
A
H
 
N
P
 
P
Q
 
N
L
 
I
K
 
N
G
 
G
I
 
I
F
 
F
G
 
A
V
 
A
S
 
N
Q
 
D
V
 
-
G
 
-
G
 
N
P
 
M
A
 
A
V
 
I
A
 
G
K
 
A
V
 
V
L
 
T
N
 
A
T
 
V
K
 
E
E
 
N
F
 
A
G
 
G
T
 
-
M
 
L
K
 
A
G
 
G
K
 
K
L
 
V
E
 
L
V
 
V
L
 
S
A
 
G
F
 
Y
D
|
D
D
 
G
L
 
I
P
 
P
D
 
L
T
 
A
L
 
I
K
 
E
G
 
Y
L
 
V
K
 
K
E
 
Q
G
 
G
Y
 
K
I
 
M
Q
 
Q
G
 
N
I
 
T
M
 
I
V
 
D
Q
|
Q
R
 
L
P
 
P
V
 
K
T
 
K
M
 
Q
G
 
V
S
 
A
L
 
I
A
 
A
V
 
I
E
 
E
H
 
H
L
 
A
V
 
L
A
 
K
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
N
G
 
K
Q
 
Q
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4rxtA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein arad_9553 from agrobacterium radiobacter, target efi-511541, in complex with d-arabinose
29% identity, 83% coverage: 50:309/313 of query aligns to 25:286/295 of 4rxtA

query
sites
4rxtA
G
 
G
A
 
A
K
 
R
T
 
K
A
 
A
A
 
G
G
 
K
K
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
Y
 
V
Q
 
P
W
 
E
V
 
L
V
 
G
P
 
A
Q
 
Q
-
 
A
N
x
E
T
 
T
Q
 
D
G
 
V
S
 
N
T
 
G
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
S
I
 
I
I
 
L
E
 
E
D
 
N
L
 
A
I
 
V
S
 
A
R
 
G
H
 
K
V
 
P
D
 
A
G
 
A
I
 
I
A
 
V
I
 
I
S
 
S
V
 
P
N
 
T
E
 
E
P
 
F
K
 
K
S
 
A
V
 
L
E
 
G
S
 
K
V
 
P
M
 
V
K
 
D
R
 
E
A
 
A
E
 
A
Q
 
K
S
 
S
G
 
-
I
 
V
K
 
P
V
 
I
L
 
I
T
 
G
Y
 
I
D
|
D
S
 
S
D
 
G
S
 
A
P
 
D
R
 
S
S
 
K
G
 
A
R
 
F
S
 
K
M
 
S
Y
 
F
I
 
L
G
 
T
T
 
T
N
 
D
N
 
N
E
 
T
Q
 
Q
A
 
G
G
 
G
A
 
R
T
 
I
M
 
A
A
 
A
E
 
D
T
 
G
M
 
L
G
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
M
N
 
T
G
 
G
-
 
K
-
 
E
Q
 
E
G
 
G
E
 
D
V
 
V
A
 
V
I
 
I
I
 
I
T
 
T
G
 
N
Q
 
T
L
 
P
G
 
G
A
 
A
V
 
G
N
x
S
L
 
L
N
 
E
E
 
Q
R
|
R
I
 
R
A
 
T
G
 
G
I
 
F
K
 
L
K
 
D
G
 
Q
L
 
V
-
 
K
A
 
T
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
I
 
L
K
 
K
I
 
V
V
 
V
E
 
A
T
 
D
Q
 
K
G
 
Y
T
 
A
D
 
D
D
 
G
D
 
Q
L
 
A
A
 
T
R
 
T
G
 
G
V
 
L
S
 
N
V
 
I
V
 
M
E
 
T
T
 
D
T
 
L
L
 
I
R
 
T
A
 
A
H
 
N
P
 
P
Q
 
K
L
 
I
K
 
V
G
 
G
I
 
V
F
 
F
G
 
A
V
 
S
S
x
N
Q
 
L
V
 
I
G
 
M
G
 
A
P
 
Q
A
 
G
V
 
V
A
 
G
K
 
Q
V
 
A
L
 
I
N
 
A
T
 
E
K
 
N
E
 
K
F
 
-
G
 
-
T
 
-
M
 
L
K
 
S
G
 
D
K
 
K
L
 
V
E
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
G
F
 
F
D
|
D
D
 
S
L
 
D
P
 
D
D
 
K
T
 
T
L
 
L
K
 
G
G
 
F
L
 
L
K
 
K
E
 
S
G
 
G
Y
 
A
I
 
I
Q
 
A
G
 
G
I
 
L
M
 
V
V
 
V
Q
|
Q
R
 
D
P
 
P
V
 
Y
T
 
R
M
 
M
G
 
G
S
 
Y
L
 
D
A
 
G
V
 
I
E
 
K
H
 
T
L
 
A
V
 
L
A
 
A
Q
 
V
I
 
S
Q
 
K
G
 
G
Q
 
E
E
 
K
A
 
V
Q
 
E
P
 
-
K
 
A
D
 
N
I
 
V
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
A
T
 
N
V
 
L
V
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
A
N
 
N
M
 
M
T
 
S

Sites not aligning to the query:

4pz0A The crystal structure of a solute binding protein from bacillus anthracis str. Ames in complex with quorum-sensing signal autoinducer-2 (ai-2)
28% identity, 81% coverage: 26:278/313 of query aligns to 3:255/321 of 4pz0A

query
sites
4pz0A
K
 
K
D
 
K
A
 
A
K
 
D
D
 
D
I
 
V
S
 
K
V
 
F
A
 
A
V
 
F
I
 
I
P
 
P
K
|
K
V
 
L
A
 
T
-
 
G
V
 
V
P
 
G
F
|
F
F
 
F
D
 
T
D
 
S
C
 
G
N
 
G
K
 
E
G
 
G
A
 
A
K
 
K
T
 
E
A
 
M
A
 
G
G
 
D
K
 
K
A
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
Q
Y
 
V
Q
 
K
W
 
Y
V
 
D
V
 
G
P
 
P
Q
 
S
N
 
E
T
 
A
Q
 
S
G
 
V
S
 
S
T
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
K
I
 
Y
I
 
I
E
 
N
D
 
N
L
 
F
I
 
I
S
 
N
R
 
Q
H
 
N
V
 
Y
D
 
D
G
 
A
I
 
L
A
 
M
I
 
V
S
 
S
V
 
S
N
 
T
E
 
S
P
 
V
K
 
D
S
 
G
V
 
L
E
 
S
S
 
Q
V
 
S
M
 
L
K
 
Q
R
 
R
A
 
A
E
 
K
Q
 
K
S
 
K
G
 
G
I
 
M
K
 
T
V
 
V
L
 
L
T
 
T
Y
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
S
 
V
P
 
N
R
 
P
S
 
K
G
 
D
R
 
R
S
 
S
M
 
F
Y
 
Y
I
 
I
G
 
S
T
 
Q
N
 
G
N
 
T
-
 
P
E
 
D
Q
 
Q
A
 
L
G
 
A
A
 
N
T
 
L
M
 
L
A
 
I
E
 
E
T
 
M
M
 
T
G
 
S
K
 
K
A
 
Q
L
 
I
N
 
G
G
 
D
Q
 
K
G
 
G
E
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
F
I
 
F
T
 
Y
G
 
S
Q
 
S
L
 
P
G
 
T
A
 
V
V
 
T
N
x
D
L
x
Q
N
 
N
E
 
Q
R
x
W
I
 
V
A
 
T
G
 
K
I
 
A
K
 
K
K
 
E
G
 
I
L
 
I
-
 
K
A
 
E
K
 
K
Y
 
Y
P
 
P
G
 
N
I
 
W
K
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
T
T
 
T
Q
 
Q
G
 
Y
T
 
G
D
 
E
D
 
N
D
 
N
L
 
A
A
 
Q
R
 
K
G
 
S
V
 
L
S
 
S
V
 
V
V
 
G
E
 
E
T
 
N
T
 
I
L
 
L
R
 
K
A
 
T
H
 
Y
P
 
P
Q
 
D
L
 
I
K
 
N
G
 
A
I
 
V
F
 
I
G
 
C
V
x
P
S
x
D
Q
x
A
V
 
T
G
 
A
G
 
L
P
 
P
A
 
A
V
 
M
A
 
A
K
 
Q
V
 
A
L
 
A
N
 
-
T
 
-
K
 
-
E
 
E
F
 
N
G
 
L
T
 
K
M
 
M
K
 
D
G
 
K
K
 
K
L
 
V
E
 
V
V
 
V
L
 
T
A
 
G
F
 
F
D
 
-
D
 
S
L
 
T
P
 
P
D
 
N
T
 
V
L
 
M
K
 
R
G
 
D
-
 
Y
L
 
V
K
 
K
E
 
R
G
 
G
Y
 
T
I
 
V
Q
 
Q
G
 
Q
I
 
F
M
 
G
V
 
L
Q
x
W
R
 
D
P
 
V
V
 
K
T
 
Q
M
 
Q
G
 
G
S
 
A
L
 
L
A
 
A

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
28% identity, 88% coverage: 33:308/313 of query aligns to 3:280/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
V
 
I
A
 
A
V
 
V
I
 
I
P
 
V
K
|
K
-
 
T
V
 
V
A
 
N
V
 
S
P
 
T
F
 
F
F
x
W
D
 
Q
D
 
N
C
 
V
N
 
Q
K
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
D
T
 
A
A
 
A
A
 
I
G
 
G
K
 
K
A
 
Q
G
 
-
V
 
-
K
 
K
Y
 
A
Q
 
H
W
 
T
V
 
I
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
N
 
G
T
 
P
Q
 
A
G
 
A
S
x
E
T
 
S
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
D
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
N
I
 
M
I
 
V
E
 
E
D
 
N
L
 
A
I
 
V
S
 
N
R
 
R
H
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
I
A
 
L
I
 
L
S
 
A
V
 
P
N
 
S
E
 
D
P
 
P
K
 
D
S
 
A
V
 
L
E
 
V
S
 
P
V
 
A
M
 
V
K
 
K
R
 
K
A
 
A
E
 
W
Q
 
E
S
 
A
G
 
R
I
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
V
T
 
I
Y
 
I
D
|
D
S
 
S
D
 
M
S
 
L
P
 
S
R
 
K
S
 
D
G
 
A
R
 
E
S
 
K
M
 
Y
Y
 
Y
-
 
Q
-
 
A
-
 
F
I
 
L
G
 
A
T
 
T
N
 
D
N
 
N
E
 
K
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
E
T
 
L
M
 
A
A
 
A
E
 
K
T
 
A
M
 
M
G
 
I
K
 
Q
A
 
K
L
 
V
N
 
G
G
 
T
Q
 
E
G
 
G
E
 
K
V
 
I
A
 
A
I
 
V
I
 
M
T
 
S
G
 
Y
Q
 
V
L
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
G
N
 
S
L
 
E
N
 
I
E
 
G
R
|
R
I
 
V
A
 
G
G
 
G
I
 
F
K
 
T
K
 
D
G
 
Y
L
 
I
A
x
K
K
 
A
Y
 
N
P
x
S
G
 
K
I
 
L
K
 
Q
I
 
I
V
 
V
E
 
G
T
 
P
Q
 
Y
G
 
Y
T
 
S
D
 
Q
D
 
S
D
 
Q
L
 
M
A
 
A
R
 
T
G
 
A
V
 
L
S
x
N
V
 
Q
V
 
T
E
 
T
T
x
D
T
 
V
L
 
L
R
 
A
A
 
A
H
 
N
P
 
A
Q
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
F
 
F
G
 
G
V
 
A
S
x
N
Q
 
E
V
 
P
G
 
T
G
 
A
P
 
I
A
 
G
V
 
M
A
 
G
K
 
R
V
 
A
L
 
I
N
 
-
T
 
-
K
 
K
E
 
Q
F
 
A
G
 
G
T
 
K
M
 
A
K
 
-
G
 
G
K
 
K
L
 
L
E
 
V
V
 
A
L
 
I
A
 
G
F
 
F
D
|
D
D
 
G
L
 
N
P
 
Q
D
 
D
T
 
L
L
 
Q
K
 
E
G
 
F
L
 
V
K
 
K
E
 
D
G
 
G
Y
 
T
I
 
L
Q
 
E
G
 
A
I
 
T
M
 
V
V
 
V
Q
|
Q
R
 
G
P
 
S
V
 
Y
T
 
Q
M
 
M
G
 
G
S
 
E
L
 
K
A
 
G
V
 
V
E
 
D
H
 
T
L
 
L
V
 
L
A
 
-
Q
 
K
I
 
L
Q
 
L
G
 
S
Q
 
K
E
 
E
A
 
K
Q
 
V
P
 
E
K
 
K
D
 
F
I
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
V
V
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
K
D
 
Q
N
 
N
M
 
I

3t95A Crystal structure of lsrb from yersinia pestis complexed with autoinducer-2 (see paper)
31% identity, 59% coverage: 33:216/313 of query aligns to 4:191/314 of 3t95A

query
sites
3t95A
V
 
I
A
 
A
V
 
F
I
 
I
P
 
P
K
|
K
-
 
L
V
 
V
A
 
G
V
 
V
P
 
G
F
|
F
F
|
F
D
 
T
D
 
S
C
 
G
N
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
K
 
V
T
 
D
A
 
A
A
 
G
G
 
K
K
 
A
A
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
D
Y
 
V
Q
 
T
W
 
Y
V
 
D
V
 
G
P
 
P
Q
 
T
N
 
E
T
 
P
Q
 
S
G
 
V
S
 
S
T
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
I
 
L
I
 
I
E
 
N
D
 
N
L
 
F
I
 
V
S
 
N
R
 
Q
H
 
G
V
 
Y
D
 
N
G
 
A
I
 
I
A
 
V
I
 
V
S
 
S
V
 
A
N
 
V
E
 
S
P
 
P
K
 
D
S
 
G
V
 
L
E
 
C
S
 
P
V
 
A
M
 
L
K
 
K
R
 
R
A
 
A
E
 
M
Q
 
Q
S
 
R
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
L
T
 
T
Y
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
S
 
T
P
 
K
R
 
P
S
 
E
G
 
C
R
 
R
S
 
S
M
 
V
Y
 
Y
I
 
I
-
 
N
-
 
Q
G
 
G
T
 
T
N
 
P
N
 
N
E
 
Q
Q
 
L
A
 
G
G
 
S
A
 
M
T
 
L
M
 
V
A
 
D
E
 
M
T
 
A
M
 
A
G
 
N
K
 
Q
A
 
V
L
 
K
N
 
K
G
 
E
Q
 
Q
G
 
A
E
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
F
I
 
F
T
 
Y
G
 
S
Q
 
S
L
 
P
G
 
T
A
 
V
V
 
T
N
x
D
L
x
Q
N
 
N
E
 
Q
R
x
W
I
 
V
A
 
N
G
 
E
I
 
A
K
 
K
K
 
K
G
 
K
L
 
I
A
 
Q
K
 
Q
-
 
E
Y
 
H
P
 
P
G
 
G
I
 
W
K
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
T
T
 
T
Q
 
Q
G
 
F
T
 
G
D
 
Y
D
 
N
D
 
D
L
 
A
A
 
T
R
 
K
G
 
S
V
 
L
S
 
Q
V
 
T
V
 
A
E
 
E
T
 
G
T
 
I
L
 
L
R
 
K
A
 
A
H
 
Y
P
 
A
Q
 
D
L
 
L
K
 
D
G
 
A
I
 
I

Sites not aligning to the query:

1tjyA Crystal structure of salmonella typhimurium ai-2 receptor lsrb in complex with r-thmf (see paper)
29% identity, 59% coverage: 33:216/313 of query aligns to 6:193/316 of 1tjyA

query
sites
1tjyA
V
 
I
A
 
A
V
 
F
I
 
I
P
 
P
K
|
K
-
 
L
V
 
V
A
 
G
V
 
V
P
 
G
F
|
F
F
|
F
D
 
T
D
 
S
C
 
G
N
 
G
K
 
N
G
 
G
A
 
A
K
 
Q
T
 
E
A
 
A
A
 
G
G
 
K
K
 
A
A
 
L
G
 
G
V
 
I
K
 
D
Y
 
V
Q
 
T
W
 
Y
V
 
D
V
 
G
P
 
P
Q
 
T
N
 
E
T
 
P
Q
 
S
G
 
V
S
 
S
T
 
G
Q
 
Q
V
 
V
Q
 
Q
I
 
L
I
 
V
E
 
N
D
 
N
L
 
F
I
 
V
S
 
N
R
 
Q
H
 
G
V
 
Y
D
 
D
G
 
A
I
 
I
A
 
I
I
 
V
S
 
S
V
 
A
N
 
V
E
 
S
P
 
P
K
 
D
S
 
G
V
 
L
E
 
C
S
 
P
V
 
A
M
 
L
K
 
K
R
 
R
A
 
A
E
 
M
Q
 
Q
S
 
R
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
I
L
 
L
T
 
T
Y
 
W
D
|
D
S
 
S
D
 
D
S
 
T
P
 
K
R
 
P
S
 
E
G
 
C
R
 
R
S
 
S
M
 
Y
Y
 
Y
I
 
I
G
 
N
T
 
Q
N
 
G
N
 
T
-
 
P
E
 
K
Q
 
Q
A
 
L
G
 
G
A
 
S
T
 
M
M
 
L
A
 
V
E
 
E
T
 
M
M
 
A
G
 
A
K
 
H
A
 
Q
L
 
V
N
 
D
G
 
K
Q
 
E
-
 
K
G
 
A
E
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
F
I
 
F
T
 
Y
G
 
S
Q
 
S
L
 
P
G
 
T
A
 
V
V
 
T
N
x
D
L
x
Q
N
 
N
E
 
Q
R
x
W
I
 
V
A
 
K
G
 
E
I
 
A
K
 
K
K
 
A
G
 
K
L
 
I
A
 
S
K
 
Q
-
 
E
Y
 
H
P
 
P
G
 
G
I
 
W
K
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
T
T
 
T
Q
 
Q
G
 
F
T
 
G
D
 
Y
D
 
N
D
 
D
L
 
A
A
 
T
R
 
K
G
 
S
V
 
L
S
 
Q
V
 
T
V
 
A
E
 
E
T
 
G
T
 
I
L
 
I
R
 
K
A
 
A
H
 
Y
P
 
P
Q
 
D
L
 
L
K
 
D
G
 
A
I
 
I

Sites not aligning to the query:

4wzzA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentas (cphy_0583, target efi- 511148) with bound l-rhamnose
26% identity, 71% coverage: 67:288/313 of query aligns to 42:266/321 of 4wzzA

query
sites
4wzzA
P
 
P
Q
 
K
N
 
S
T
 
A
Q
 
T
G
 
A
S
 
E
T
 
D
Q
 
Q
V
 
I
Q
 
T
I
 
C
I
 
I
E
 
N
D
 
N
L
 
A
I
 
I
S
 
S
R
 
Q
H
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
C
I
 
I
A
 
A
I
 
I
S
 
A
V
 
A
N
 
N
E
 
D
P
 
T
K
 
D
S
 
A
V
 
L
E
 
E
S
 
P
V
 
A
M
 
L
K
 
T
R
 
E
A
 
A
E
 
K
Q
 
N
S
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
H
V
 
V
L
 
L
T
 
S
Y
 
L
D
|
D
S
 
S
D
 
A
S
 
T
P
 
N
R
 
A
S
 
N
G
 
S
R
 
R
S
 
K
M
 
V
Y
 
F
I
 
V
G
 
-
T
 
-
N
 
-
N
 
-
E
 
N
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
T
T
 
T
-
 
Q
M
 
I
A
 
A
E
 
Q
T
 
A
M
 
L
G
 
M
K
 
D
A
 
A
L
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
I
-
 
S
N
 
G
G
 
G
Q
 
S
G
 
G
E
 
D
V
 
W
A
 
A
I
 
V
I
 
L
T
 
S
G
 
A
Q
 
A
L
 
S
G
 
T
A
 
A
V
 
T
N
|
N
L
 
Q
N
 
N
E
 
A
R
 
W
I
 
I
A
 
D
G
 
G
I
 
M
K
 
K
K
 
T
G
 
V
L
 
M
-
 
Q
-
 
D
A
 
S
K
 
K
Y
 
Y
P
 
S
G
 
K
I
 
L
K
 
N
I
 
L
V
 
I
E
 
G
T
 
V
Q
 
Y
G
 
Y
T
 
G
D
 
D
D
|
D
D
 
E
L
 
Y
A
 
Q
R
 
A
G
 
S
V
 
C
S
 
D
V
 
Q
V
 
T
E
 
E
T
 
A
T
 
I
L
 
L
R
 
A
A
 
A
H
 
D
P
 
P
Q
 
N
L
 
I
K
 
K
G
 
V
I
 
I
F
 
C
G
 
A
V
 
P
S
x
T
Q
x
T
V
 
V
G
 
G
G
 
I
P
 
M
A
 
A
V
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
V
L
 
L
N
 
Q
T
 
D
K
 
K
E
 
-
F
 
-
G
 
-
T
 
G
M
 
L
K
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
V
E
 
K
V
 
L
L
 
T
A
 
G
F
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
P
D
 
S
D
 
E
L
 
M
P
 
A
D
 
D
T
 
Y
L
 
I
K
 
G
G
 
D
L
 
D
K
 
D
E
 
Q
G
 
H
Y
 
S
I
 
C
Q
 
P
G
 
Y
I
 
M
M
 
F
V
 
L
Q
x
W
R
 
N
P
 
P
V
 
I
T
 
Q
M
 
L
G
 
G
S
 
N
L
 
L
A
 
A
V
 
A
E
 
Y
H
 
A
L
 
S
V
 
I
A
 
S
Q
 
L
I
 
V
Q
 
N
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
24% identity, 85% coverage: 29:294/313 of query aligns to 1:260/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
K
 
K
D
 
D
I
 
T
S
 
I
V
 
A
A
 
L
V
 
V
I
 
V
P
 
S
K
 
T
V
 
L
A
 
N
V
x
N
P
 
P
F
|
F
F
 
F
D
 
V
D
 
S
C
 
L
N
 
K
K
 
D
G
 
G
A
 
A
K
 
Q
T
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
D
K
 
K
A
 
L
G
 
G
V
 
Y
K
 
N
Y
 
L
Q
 
V
W
 
V
V
 
L
V
 
D
P
 
S
Q
 
Q
N
 
N
T
 
N
Q
 
P
G
 
-
S
 
A
T
 
K
Q
 
E
V
 
L
Q
 
A
I
 
N
I
 
V
E
 
Q
D
 
D
L
 
L
I
 
T
S
 
V
R
 
R
H
 
G
V
 
T
D
 
K
G
 
I
I
 
L
A
 
L
I
 
I
S
 
N
V
 
P
N
 
T
E
 
D
P
 
S
K
 
D
S
 
A
V
 
V
E
 
D
S
 
N
V
 
A
M
 
V
K
 
K
R
 
M
A
 
A
E
 
N
Q
 
Q
S
 
A
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
I
T
 
T
Y
 
L
D
|
D
S
x
R
D
 
Q
S
 
A
P
 
T
R
 
K
S
 
G
G
 
E
R
 
V
S
 
V
M
 
S
Y
 
H
I
 
I
G
 
A
T
 
S
N
 
D
N
 
N
E
 
V
Q
 
L
A
 
G
G
 
G
A
 
K
T
 
I
M
 
A
A
 
G
E
 
D
T
 
Y
M
 
I
G
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
A
N
 
G
G
 
E
Q
 
G
G
 
A
E
 
K
V
 
V
A
 
I
I
 
E
I
 
L
T
 
Q
G
 
G
Q
 
I
L
 
A
G
 
G
A
 
T
V
 
S
N
 
A
L
 
A
N
 
R
E
 
E
R
|
R
I
 
G
A
 
E
G
 
G
I
 
F
K
 
Q
K
 
Q
G
 
A
L
 
V
A
 
A
K
 
A
Y
 
H
P
 
K
G
 
-
I
 
F
K
 
N
I
 
V
V
 
L
E
 
A
T
 
S
Q
 
Q
G
 
P
T
 
A
D
 
D
D
x
F
D
 
D
L
 
R
A
 
I
R
 
K
G
 
G
V
 
L
S
 
N
V
 
V
V
 
M
E
 
Q
T
 
N
T
 
L
L
 
L
R
 
T
A
 
A
H
 
H
P
 
P
Q
 
D
L
 
V
K
 
Q
G
 
A
I
 
V
F
 
F
G
 
A
V
 
Q
S
x
N
Q
 
D
V
 
E
G
 
M
G
 
A
P
 
L
A
 
G
V
 
A
A
 
L
K
 
R
V
 
A
L
 
L
N
 
Q
T
 
T
K
 
-
E
 
-
F
 
-
G
 
-
T
 
A
M
 
G
K
 
K
G
 
S
K
 
D
L
 
V
E
 
M
V
 
V
L
 
V
A
 
G
F
 
F
D
|
D
D
 
G
L
 
T
P
 
P
D
 
D
T
 
G
L
 
E
K
 
K
G
 
A
L
 
V
K
 
N
E
 
D
G
 
G
Y
 
K
I
 
L
Q
 
A
G
 
A
I
 
T
M
 
I
V
 
A
Q
 
Q
R
 
L
P
 
P
V
 
D
T
 
Q
M
 
I
G
 
G
S
 
A
L
 
K
A
 
G
V
 
V
E
 
E
H
 
T
L
 
A
V
 
D
A
 
K
Q
 
V
I
 
L
Q
 
K
G
 
G
Q
 
E
E
 
K
A
 
V
Q
 
Q
P
 
A
K
 
K

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
26% identity, 89% coverage: 35:312/313 of query aligns to 7:287/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
V
 
V
I
 
I
P
 
S
K
 
T
V
 
L
A
 
N
V
x
N
P
 
P
F
x
W
F
|
F
D
 
V
D
 
V
C
 
L
N
 
A
K
 
E
G
 
T
A
 
A
K
 
K
T
 
Q
A
 
R
A
 
A
G
 
E
K
 
Q
A
 
L
G
 
G
V
 
Y
K
 
E
Y
 
A
Q
 
T
W
 
I
V
 
F
V
 
D
P
 
S
Q
 
Q
N
 
N
T
 
D
Q
 
T
G
 
A
S
 
K
T
 
E