SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing H281DRAFT_03378 FitnessBrowser__Burk376:H281DRAFT_03378 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4wutA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from agrobacterium vitis (avi_5133, target efi-511220) with bound d-fucose
72% identity, 92% coverage: 26:315/315 of query aligns to 1:290/290 of 4wutA

query
sites
4wutA
G
 
G
E
 
E
I
 
I
A
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
V
K
|
K
T
 
T
A
 
V
N
 
N
S
 
S
N
 
T
Y
 
F
W
|
W
Q
 
Q
N
 
N
V
 
V
Q
 
Q
K
 
K
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
A
A
 
A
M
 
I
A
 
G
D
 
K
A
 
Q
K
 
K
G
 
A
Y
 
H
T
 
T
M
 
I
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
P
 
P
A
 
A
A
 
A
E
|
E
S
 
S
A
 
A
I
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
V
 
V
N
 
N
M
 
M
V
 
V
E
 
E
N
 
N
A
 
A
V
 
V
N
 
N
R
 
R
H
 
K
V
 
V
A
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
L
 
L
A
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
L
V
 
V
P
 
P
A
 
A
M
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
W
 
W
E
 
E
A
 
A
H
 
R
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
I
I
 
I
D
|
D
S
 
S
T
 
M
V
 
L
S
 
S
D
 
K
A
 
D
G
 
A
K
 
E
Q
 
K
Y
 
Y
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
A
F
 
F
L
 
L
S
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
K
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
L
C
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
M
 
M
I
 
I
D
 
Q
R
 
K
V
 
V
G
 
G
Q
 
T
T
 
E
G
 
G
K
 
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
S
 
S
Y
 
Y
V
 
V
P
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
 
S
E
 
E
V
 
I
G
 
G
R
|
R
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
R
 
T
K
 
D
Y
 
Y
I
 
I
A
x
K
A
 
A
H
 
N
S
|
S
K
 
K
L
 
L
Q
 
Q
L
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
Q
S
 
S
Q
 
Q
M
 
M
A
 
A
N
 
T
A
 
A
L
 
L
N
|
N
Q
 
Q
T
 
T
T
 
T
D
|
D
V
 
V
L
 
L
S
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
F
 
F
G
 
G
A
 
A
N
|
N
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
A
V
 
I
G
 
G
M
 
M
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
Q
 
Q
S
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
N
 
N
Q
 
Q
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
G
 
E
F
 
F
V
 
V
R
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
I
 
L
Q
 
E
A
 
A
I
 
T
A
 
V
V
 
V
Q
|
Q
S
 
G
S
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
Y
 
E
K
 
K
G
 
G
I
 
V
Q
 
D
T
 
T
L
 
L
V
 
L
N
 
K
V
 
L
I
 
L
E
 
S
R
 
K
K
 
E
P
 
K
V
 
V
S
 
E
K
 
K
Q
 
F
V
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
V
M
 
V
V
 
V
E
 
T
K
 
K
Q
 
Q
N
 
N
L
 
I
D
 
D
S
 
K
S
 
P
E
 
E
A
 
A
K
 
K
N
 
N
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y

4rxtA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein arad_9553 from agrobacterium radiobacter, target efi-511541, in complex with d-arabinose
35% identity, 88% coverage: 28:305/315 of query aligns to 7:285/295 of 4rxtA

query
sites
4rxtA
I
 
I
A
 
P
V
 
I
I
 
I
V
 
V
K
|
K
T
 
D
A
 
T
N
 
T
S
 
S
N
 
F
Y
|
Y
W
 
W
Q
 
Q
N
 
I
V
 
V
Q
 
L
K
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
R
A
 
K
A
 
A
M
 
G
A
 
K
D
 
D
A
 
L
K
 
-
G
 
G
Y
 
V
T
 
K
M
 
V
T
 
P
F
 
E
Q
 
L
G
 
G
P
 
A
A
 
Q
A
 
A
E
|
E
S
 
T
A
 
D
I
 
V
A
 
N
D
 
G
E
 
Q
V
 
I
N
 
S
M
 
I
V
 
L
E
 
E
N
 
N
A
 
A
V
 
V
N
 
A
R
 
G
H
 
K
V
 
P
A
 
A
G
 
A
I
 
I
V
 
V
L
 
I
A
 
S
P
 
P
S
 
T
D
 
E
P
 
F
D
 
K
A
 
A
L
 
L
V
 
G
P
 
K
A
 
P
M
 
V
K
 
D
K
 
E
A
 
A
W
 
A
E
 
K
A
 
S
H
 
-
I
 
V
P
 
P
V
 
I
V
 
I
L
 
G
I
 
I
D
|
D
S
 
S
T
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
G
A
 
A
G
 
D
K
 
S
Q
 
K
Y
 
A
Y
 
F
Q
 
K
S
 
S
F
 
F
L
 
L
S
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
T
K
 
Q
A
 
G
G
 
G
E
 
R
L
 
I
C
 
A
A
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
I
K
 
K
A
 
A
M
 
M
I
 
T
D
 
G
R
 
K
V
 
-
G
 
-
Q
 
E
T
 
E
G
 
G
K
 
D
V
 
V
A
 
V
V
 
I
M
 
I
S
 
T
Y
 
N
V
 
T
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
 
G
S
|
S
E
 
L
V
 
E
G
 
Q
R
|
R
V
 
R
G
 
T
G
 
G
F
 
F
R
 
L
K
 
D
Y
 
Q
I
 
V
A
 
K
A
 
T
-
 
K
H
 
Y
S
 
P
K
 
G
L
 
L
Q
 
K
L
 
V
V
 
V
G
 
A
P
 
D
F
 
K
Y
 
Y
S
 
A
Q
 
D
S
 
G
Q
 
Q
M
 
A
A
 
T
N
 
T
A
 
G
L
 
L
N
 
N
Q
 
I
T
 
M
T
 
T
D
 
D
V
 
L
L
 
I
S
 
T
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
I
K
 
V
G
 
G
I
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
S
N
|
N
E
 
L
P
 
I
T
 
M
A
 
A
V
 
Q
G
 
G
M
 
V
G
 
G
R
 
Q
A
 
A
L
 
I
Q
 
A
Q
 
E
S
 
N
G
 
K
K
 
L
G
 
S
G
 
D
K
 
K
V
 
V
I
 
K
A
 
V
I
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
S
N
 
D
Q
 
D
D
 
K
L
 
T
Q
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
L
R
 
K
D
 
S
G
 
G
T
 
A
I
 
I
Q
 
A
A
 
G
I
 
L
A
 
V
V
 
V
Q
|
Q
S
 
D
S
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
K
 
D
G
 
G
I
 
I
Q
 
K
T
 
T
L
 
A
V
 
L
N
 
A
V
 
V
I
 
S
E
 
K
R
 
G
K
 
E
P
 
K
V
 
V
S
 
E
K
 
A
Q
 
N
V
 
V
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
A
M
 
N
M
 
L
V
 
V
E
 
T
K
 
K
Q
 
A
N
 
N
L
 
M

2h3hA Crystal structure of the liganded form of thermotoga maritima glucose binding protein (see paper)
33% identity, 89% coverage: 28:307/315 of query aligns to 4:291/313 of 2h3hA

query
sites
2h3hA
I
 
I
A
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
G
K
|
K
T
 
S
A
 
V
N
 
H
S
 
P
N
 
-
Y
 
Y
W
 
W
Q
 
S
N
 
Q
V
 
V
Q
 
E
K
 
Q
G
 
G
A
 
V
T
 
K
A
 
A
A
 
A
M
 
-
A
 
G
D
 
K
A
 
A
K
 
L
G
 
G
Y
 
V
T
 
D
M
 
T
T
 
K
F
 
F
Q
 
F
G
 
V
P
 
P
A
 
Q
A
 
K
E
 
E
S
 
D
A
 
-
I
 
I
A
 
N
D
 
A
E
 
Q
V
 
L
N
 
Q
M
 
M
V
 
L
E
 
E
N
 
S
A
 
F
V
 
I
N
 
A
R
 
E
H
 
G
V
 
V
A
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
A
L
 
I
A
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
P
 
P
D
 
T
A
 
A
L
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
T
M
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
W
 
L
E
 
E
A
 
M
H
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
T
I
 
L
D
|
D
S
 
T
T
 
D
V
 
S
S
 
P
D
 
D
A
 
S
G
 
G
K
 
R
Q
 
Y
Y
 
V
Y
 
Y
Q
 
-
S
 
-
F
 
-
L
 
I
S
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
Y
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
Y
L
 
T
C
 
A
A
 
G
K
 
L
A
 
I
M
 
M
I
 
K
D
 
E
R
 
L
V
 
L
G
 
G
Q
 
G
T
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
V
V
 
I
M
 
G
S
 
T
Y
 
G
V
 
S
P
 
L
G
 
T
A
 
A
G
 
M
S
x
N
E
 
S
V
 
L
G
 
Q
R
|
R
V
 
I
G
 
Q
G
 
G
F
 
F
R
 
K
K
 
D
Y
 
A
I
 
I
A
 
K
A
 
-
H
 
D
S
 
S
K
 
E
L
 
I
Q
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
D
P
 
I
F
 
L
Y
 
N
S
 
D
Q
 
E
S
x
E
Q
 
D
M
 
G
A
 
A
N
 
R
A
 
A
L
 
V
N
 
S
Q
 
L
T
 
A
T
 
E
D
 
A
V
 
A
L
 
L
S
 
N
A
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
L
K
 
D
G
 
A
I
 
F
F
 
F
G
 
G
A
 
V
N
x
Y
E
x
A
P
 
Y
T
 
N
A
 
G
V
 
P
G
 
A
M
 
Q
G
 
A
R
 
L
A
 
V
L
 
V
Q
 
K
Q
 
N
S
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
I
 
K
A
 
I
I
 
V
G
 
C
F
 
F
D
|
D
G
 
T
N
 
T
Q
 
P
D
 
D
L
 
I
Q
 
L
G
 
Q
F
 
Y
V
 
V
R
 
K
D
 
E
G
 
G
T
 
V
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
T
A
 
M
V
 
G
Q
|
Q
S
 
R
S
 
P
Y
 
Y
Q
 
M
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
K
 
L
-
 
S
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
T
 
N
L
 
T
V
 
L
N
 
M
V
 
M
I
 
L
E
 
P
R
 
K
K
 
V
P
 
K
V
 
V
S
 
D
K
 
G
Q
 
K
V
 
V
-
 
D
-
 
Y
-
 
V
-
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
D
M
 
V
V
 
V
E
 
T
K
 
P
Q
 
E
N
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
E

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
32% identity, 90% coverage: 28:311/315 of query aligns to 4:295/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
I
 
I
A
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
G
K
|
K
T
 
S
A
 
V
N
 
H
S
 
P
N
 
-
Y
 
Y
W
|
W
Q
 
S
N
 
Q
V
 
V
Q
 
E
K
 
Q
G
 
G
A
 
V
T
 
K
A
 
A
A
 
A
M
 
-
A
 
G
D
 
K
A
 
A
K
 
L
G
 
G
Y
 
V
T
 
D
M
 
T
T
 
K
F
 
F
Q
 
F
G
 
V
P
 
P
A
 
Q
A
 
-
E
 
K
S
 
C
A
 
D
I
 
I
A
 
N
D
 
A
E
 
Q
V
 
L
N
 
Q
M
 
M
V
 
L
E
 
E
N
 
S
A
 
F
V
 
I
N
 
A
R
 
E
H
 
G
V
 
V
A
 
N
G
 
G
I
 
I
V
 
A
L
 
I
A
 
A
P
 
P
S
 
S
D
 
D
P
 
P
D
 
T
A
 
A
L
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
T
M
 
I
K
 
K
K
 
K
A
 
A
W
 
L
E
 
E
A
 
M
H
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
T
I
 
L
D
|
D
S
 
T
T
 
D
V
 
S
S
 
P
D
 
D
A
 
S
G
 
G
K
 
R
Q
 
Y
Y
 
V
Y
 
Y
Q
 
-
S
 
-
F
 
-
L
 
I
S
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
Y
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
Y
L
 
T
C
 
A
A
 
G
K
 
L
A
 
I
M
 
M
I
 
K
D
 
E
R
 
L
V
 
L
G
 
G
Q
 
G
T
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
V
V
 
I
M
 
G
S
 
T
Y
 
G
V
 
S
P
 
L
G
 
T
A
 
A
G
 
M
S
x
N
E
 
S
V
 
L
G
 
Q
R
|
R
V
 
I
G
 
Q
G
 
G
F
 
F
R
 
K
K
 
D
Y
 
A
I
 
I
A
 
K
A
 
-
H
 
D
S
 
S
K
 
E
L
 
I
Q
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
D
P
 
I
F
 
L
Y
 
N
S
 
D
Q
 
C
S
x
E
Q
 
D
M
 
G
A
 
A
N
 
R
A
 
A
L
 
V
N
 
S
Q
 
L
T
 
A
T
 
E
D
 
A
V
 
A
L
 
L
S
 
N
A
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
L
K
 
D
G
 
A
I
 
F
F
 
F
G
 
G
A
 
V
N
x
Y
E
x
A
P
 
Y
T
 
N
A
 
G
V
 
P
G
 
A
M
 
Q
G
 
A
R
 
L
A
 
V
L
 
V
Q
 
K
Q
 
N
S
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
I
 
K
A
 
I
I
 
V
G
 
C
F
 
F
D
|
D
G
 
T
N
 
T
Q
 
P
D
 
D
L
 
I
Q
 
L
G
 
Q
F
 
Y
V
 
V
R
 
K
D
 
E
G
 
G
T
 
V
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
T
A
 
M
V
 
G
Q
|
Q
S
 
R
S
 
P
Y
 
Y
Q
 
M
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
K
 
L
-
 
S
-
 
V
-
 
T
-
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
K
-
 
I
G
 
G
I
 
V
Q
 
Q
T
 
N
L
 
T
V
 
L
N
 
M
V
 
M
I
 
L
E
 
P
R
 
K
K
 
V
P
 
K
V
 
V
S
 
D
K
 
G
Q
 
K
V
 
V
-
 
D
-
 
Y
-
 
V
-
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
D
M
 
V
V
 
V
E
 
T
K
 
P
Q
 
E
N
 
N
L
 
L
D
 
D
S
 
E
S
 
Y
E
 
L
A
 
K
K
 
K

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
31% identity, 75% coverage: 27:262/315 of query aligns to 4:241/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
E
 
Q
I
 
I
A
 
A
V
 
L
I
 
L
V
 
M
K
|
K
T
 
T
A
 
L
N
 
S
S
x
N
N
 
E
Y
|
Y
W
 
F
Q
 
I
N
 
S
V
 
M
Q
 
R
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
E
A
 
E
A
 
T
M
 
-
A
 
A
D
 
K
A
 
Q
K
 
K
G
 
D
Y
 
I
T
 
D
M
 
L
T
 
I
F
 
V
Q
 
Q
G
 
V
P
 
A
A
 
E
A
 
K
E
 
E
S
 
D
A
 
S
I
 
T
A
 
E
D
 
Q
E
 
L
V
 
V
N
 
G
M
 
L
V
 
V
E
 
E
N
 
N
A
 
M
V
 
I
N
 
A
R
 
K
H
 
K
V
 
V
A
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
I
L
 
V
A
 
T
P
 
P
S
 
N
D
 
D
P
 
S
D
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
I
P
 
P
A
 
A
M
 
F
K
 
Q
K
 
K
A
 
A
W
 
E
E
 
K
A
 
A
H
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
L
 
D
I
 
L
D
|
D
S
 
V
T
 
R
V
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
A
S
 
E
D
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
L
Q
 
K
Y
 
F
Y
 
-
Q
 
-
S
 
N
F
 
Y
L
 
V
S
 
G
T
 
V
D
 
D
N
 
N
V
 
F
K
 
N
A
 
G
G
 
G
E
 
Y
L
 
L
C
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
N
M
 
L
I
 
A
D
 
E
R
 
A
V
 
I
G
 
G
Q
 
K
T
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
V
A
 
A
V
 
I
M
 
L
S
 
E
Y
 
G
V
 
I
P
 
P
G
 
G
A
 
V
G
 
D
S
x
N
E
 
G
V
 
E
G
 
Q
R
|
R
V
 
K
G
 
G
G
 
G
F
 
A
R
 
L
K
 
K
Y
 
A
I
 
F
A
 
A
A
 
E
H
 
Y
S
 
P
K
 
D
L
 
I
Q
 
K
L
 
I
V
 
V
G
 
A
P
 
S
F
 
Q
Y
 
S
S
 
A
Q
 
N
S
x
W
Q
 
E
M
 
T
A
 
E
N
 
Q
A
 
A
L
 
L
N
 
N
Q
 
V
T
 
T
T
 
T
D
 
N
V
 
I
L
 
L
S
 
T
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
I
K
 
N
G
 
G
I
 
I
F
 
F
G
 
A
A
 
A
N
 
N
E
 
D
P
 
N
T
 
M
A
 
A
V
 
I
G
 
G
M
 
A
G
 
V
R
 
T
A
 
A
L
 
V
Q
 
E
Q
 
N
S
 
A
G
 
G
K
 
L
G
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
V
I
 
S
G
 
G
F
 
Y
D
|
D
G
 
G
N
 
I
Q
 
P
D
 
L
L
 
A
Q
 
I
G
 
E
F
 
Y
V
 
V
R
 
K
D
 
Q
G
 
G
T
 
K
I
 
M
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

5xssA Xylfii molecule (see paper)
29% identity, 86% coverage: 27:298/315 of query aligns to 5:269/274 of 5xssA

query
sites
5xssA
E
 
K
I
 
I
A
 
V
V
 
L
I
 
I
V
 
S
K
x
H
T
 
I
A
 
K
N
 
T
S
 
N
N
 
P
Y
 
Y
W
|
W
Q
 
L
N
 
D
V
 
I
Q
 
K
K
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
E
A
 
R
A
 
A
M
 
-
A
 
A
D
 
K
A
 
E
K
 
R
G
 
G
Y
 
A
T
 
V
M
 
V
T
 
E
F
 
F
Q
 
L
G
 
G
P
 
P
A
 
T
A
 
T
E
 
A
S
 
S
A
 
T
I
 
-
A
 
E
D
 
D
E
 
G
V
 
L
N
 
K
M
 
L
V
 
F
E
 
D
N
 
M
A
 
A
V
 
T
N
 
S
R
 
A
H
 
K
V
 
V
A
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
I
L
 
T
A
 
Y
P
 
V
S
 
Q
D
 
E
P
 
E
D
 
G
A
 
Q
L
 
Y
V
 
K
P
 
K
A
 
K
M
 
I
K
 
N
K
 
S
A
 
A
W
 
M
E
 
E
A
 
K
H
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
T
I
 
I
D
|
D
S
 
S
T
 
D
V
 
E
S
 
E
D
 
D
A
 
S
G
 
N
K
 
R
Q
 
I
Y
 
A
Y
 
Y
Q
 
-
S
 
-
F
 
-
L
 
V
S
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
K
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
V
C
 
A
A
 
G
K
 
K
A
 
E
M
 
M
I
 
V
D
 
K
R
 
Q
V
 
I
G
 
G
Q
 
T
T
 
S
G
 
G
K
 
N
V
 
V
A
 
A
V
 
I
M
 
V
S
 
M
Y
 
G
V
 
G
P
 
K
G
 
N
A
 
V
G
 
K
S
 
N
E
 
Q
V
 
K
G
 
E
R
|
R
V
 
V
G
 
E
G
 
G
F
 
F
R
 
T
K
 
Q
Y
 
Y
I
 
I
A
 
K
A
 
S
H
 
N
S
 
S
K
 
N
L
 
L
Q
 
K
L
 
I
V
 
V
G
 
D
P
 
T
F
 
D
Y
 
S
S
 
S
Q
 
D
S
 
A
Q
 
M
M
 
L
A
 
L
N
 
E
A
 
A
L
 
E
N
 
I
Q
 
I
T
 
T
T
 
R
D
 
K
V
 
I
L
 
L
S
 
N
A
 
R
N
 
N
P
 
D
D
 
N
L
 
I
K
 
N
G
 
A
I
 
L
F
 
F
G
 
C
A
 
T
N
x
S
E
x
A
P
 
L
T
 
D
A
 
G
V
 
I
G
 
G
M
 
A
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
Q
 
K
Q
 
D
S
 
L
G
 
N
K
 
Y
G
 
K
G
 
D
K
 
R
V
 
V
I
 
K
A
 
I
I
 
I
G
 
C
F
 
F
D
|
D
G
 
D
N
 
L
Q
 
D
D
 
D
L
 
T
Q
 
L
G
 
S
F
 
N
V
 
I
R
 
R
D
 
N
G
 
G
T
 
L
I
 
V
Q
 
S
A
 
A
I
 
T
A
 
I
V
 
V
Q
|
Q
S
 
K
S
 
S
Y
 
N
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
K
 
R
G
 
A
I
 
V
Q
 
N
T
 
I
L
 
I
V
 
M
N
 
D
V
 
K
I
 
I
E
 
E
R
 
G
K
 
K
P
 
-
V
 
-
S
 
S
K
 
S
Q
 
L
V
 
I
D
 
D
T
 
V
G
 
N
V
 
V
M
 
I

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
29% identity, 89% coverage: 27:306/315 of query aligns to 10:280/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
E
 
K
I
 
L
A
 
G
V
 
V
I
 
S
V
 
I
K
 
S
T
 
T
A
 
T
N
 
N
S
x
N
N
 
P
Y
|
Y
W
x
F
Q
 
V
N
 
A
V
 
M
Q
 
K
K
 
D
G
 
G
A
 
I
T
 
D
A
 
K
A
 
Y
M
 
A
A
 
S
D
 
N
A
 
K
K
 
K
G
 
-
Y
 
-
T
 
-
M
 
I
T
 
S
F
 
I
Q
 
K
G
 
V
P
 
A
A
 
D
A
 
A
E
 
Q
S
 
D
A
 
D
I
 
A
A
 
A
D
 
R
E
 
Q
V
 
A
N
 
D
M
 
D
V
 
V
E
 
Q
N
 
N
A
 
F
V
 
I
N
 
S
R
 
Q
H
 
N
V
 
V
A
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
L
 
I
A
 
N
P
 
P
S
 
V
D
 
D
P
 
S
D
 
K
A
 
A
L
 
I
V
 
V
P
 
T
A
 
A
M
 
I
K
 
K
K
 
S
A
 
A
W
 
N
E
 
N
A
 
A
H
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
L
I
 
M
D
|
D
S
x
R
T
 
G
V
 
-
S
 
S
D
 
E
A
 
G
G
 
G
K
 
K
Q
 
V
Y
 
L
Y
 
-
Q
 
-
S
 
T
F
 
T
L
 
V
S
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
V
 
V
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
K
L
 
M
C
 
A
A
 
A
K
 
D
A
 
Y
M
 
A
I
 
V
D
 
K
R
 
K
V
 
L
G
 
G
Q
 
K
T
 
K
G
 
A
K
 
K
V
 
A
A
 
F
V
 
E
M
 
L
S
 
S
Y
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
 
S
S
 
A
E
 
T
V
 
V
G
 
D
R
|
R
V
 
G
G
 
K
G
 
G
F
 
F
R
 
-
K
 
-
Y
 
H
I
 
S
A
 
V
A
 
A
H
 
K
S
 
S
K
 
K
L
 
L
Q
 
D
L
 
M
V
 
L
G
 
S
P
 
S
F
 
Q
Y
 
S
S
 
A
Q
 
N
S
x
F
Q
 
D
M
 
R
A
 
A
N
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
N
Q
 
T
T
 
T
T
 
Q
D
 
N
V
 
M
L
 
I
S
 
Q
A
 
G
N
 
H
P
 
K
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
G
 
I
I
 
I
F
 
F
G
 
A
A
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
T
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
M
 
A
G
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
Q
 
K
Q
 
S
S
 
A
G
 
G
K
 
L
G
 
Q
G
 
N
K
 
-
V
 
V
I
 
L
A
 
I
I
 
V
G
 
G
F
 
I
D
|
D
G
 
G
N
 
Q
Q
 
P
D
 
D
L
 
A
Q
 
H
G
 
D
F
 
A
V
 
I
R
 
K
D
 
K
G
 
G
T
 
D
I
 
I
Q
 
S
A
 
A
I
 
T
A
 
I
V
 
A
Q
|
Q
S
 
Q
S
 
P
Y
 
A
Q
 
K
M
 
M
G
 
G
Y
 
E
K
 
I
G
 
A
I
 
I
Q
 
Q
T
 
A
L
 
A
V
 
I
N
 
D
V
 
Y
I
 
Y
E
 
K
R
 
G
K
 
K
P
 
K
V
 
V
S
 
E
K
 
K
Q
 
E
V
 
T
D
 
I
T
 
S
G
 
P
V
 
I
M
 
Y
M
 
L
V
 
V
E
 
T
K
 
K
Q
 
D
N
 
N
L
 
V
D
 
E

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
30% identity, 88% coverage: 28:303/315 of query aligns to 4:271/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
I
 
I
A
 
A
V
 
L
I
 
V
V
 
V
K
 
S
T
 
T
A
 
L
N
 
N
S
x
N
N
 
P
Y
x
F
W
 
F
Q
 
V
N
 
S
V
 
L
Q
 
K
K
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
A
 
K
A
 
E
M
 
-
A
 
A
D
 
D
A
 
K
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
N
M
 
L
T
 
V
F
 
V
Q
 
L
G
 
D
P
 
-
A
 
-
A
 
S
E
 
Q
S
 
N
A
 
N
I
 
P
A
 
A
D
 
K
E
 
E
V
 
L
N
 
A
M
 
N
V
 
V
E
 
Q
N
 
D
A
 
L
V
 
T
N
 
V
R
 
R
H
 
G
V
 
T
A
 
K
G
 
I
I
 
L
V
 
L
L
 
I
A
 
N
P
 
P
S
 
T
D
 
D
P
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
D
P
 
N
A
 
A
M
 
V
K
 
K
K
 
M
A
 
A
W
 
N
E
 
Q
A
 
A
H
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
T
I
 
L
D
|
D
S
x
R
T
 
Q
V
 
-
S
 
-
D
 
-
A
 
A
G
 
T
K
 
K
Q
 
G
Y
 
E
Y
 
V
Q
 
V
S
 
S
F
 
H
L
 
I
S
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
V
 
V
K
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
K
L
 
I
C
 
A
A
 
G
K
 
D
A
 
Y
M
 
I
I
 
A
D
 
K
R
 
K
V
 
A
G
 
G
Q
 
E
T
 
G
G
 
A
K
 
K
V
 
V
A
 
I
V
 
E
M
 
L
S
 
Q
Y
 
G
V
 
I
P
 
A
G
 
G
A
 
T
G
 
S
S
 
A
E
 
A
V
 
R
G
 
E
R
|
R
V
 
G
G
 
E
G
 
G
F
 
F
R
 
Q
K
 
Q
Y
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
A
H
 
H
S
 
-
K
 
K
L
 
F
Q
 
N
L
 
V
V
 
L
G
 
A
P
 
S
F
 
Q
Y
 
P
S
 
A
Q
 
D
S
x
F
Q
 
D
M
 
R
A
 
I
N
 
K
A
 
G
L
 
L
N
 
N
Q
 
V
T
 
M
T
 
Q
D
 
N
V
 
L
L
 
L
S
 
T
A
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
G
 
A
I
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
T
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
M
 
A
G
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
T
S
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
S
G
 
-
K
 
D
V
 
V
I
 
M
A
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
N
 
T
Q
 
P
D
 
D
L
 
G
Q
 
E
G
 
K
F
 
A
V
 
V
R
 
N
D
 
D
G
 
G
T
 
K
I
 
L
Q
 
A
A
 
A
I
 
T
A
 
I
V
 
A
Q
 
Q
S
 
L
S
 
P
Y
 
D
Q
 
Q
M
 
I
G
 
G
Y
 
A
K
 
K
G
 
G
I
 
V
Q
 
E
T
 
T
L
 
A
V
 
D
N
 
K
V
 
V
I
 
L
E
 
K
R
 
G
K
 
E
P
 
K
V
 
V
S
 
Q
K
 
A
Q
 
K
V
 
Y
D
 
P
T
 
V
G
 
D
V
 
L
M
 
K
M
 
L
V
 
V
E
 
V
K
 
K
Q
 
Q

5dkvA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein from agrobacterium vitis(avis_5339, target efi-511225) bound with alpha-d- tagatopyranose
26% identity, 92% coverage: 27:315/315 of query aligns to 8:301/303 of 5dkvA

query
sites
5dkvA
E
 
R
I
 
I
A
 
A
V
 
L
I
 
I
V
 
P
K
 
G
T
 
L
A
 
T
N
 
T
S
x
D
N
 
A
Y
x
F
W
 
Y
Q
 
I
N
 
T
V
 
M
Q
 
H
K
 
K
G
 
G
A
 
A
T
 
E
A
 
A
A
 
A
M
 
A
A
 
A
D
 
A
A
 
I
K
 
G
G
 
-
Y
 
A
T
 
Q
M
 
I
T
 
I
F
 
F
Q
 
Q
G
 
G
P
 
-
A
 
A
A
 
P
E
 
D
S
 
F
A
 
N
I
 
P
A
 
V
D
 
T
E
 
Q
V
 
V
N
 
P
M
 
V
V
 
L
E
 
D
N
 
A
A
 
V
V
 
I
N
 
A
R
 
K
H
 
K
V
 
P
A
 
D
G
 
A
I
 
I
V
 
L
L
 
I
A
 
A
P
 
P
S
 
T
D
 
D
P
 
T
D
 
T
A
 
Q
L
 
L
V
 
V
P
 
Q
A
 
P
M
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
A
W
 
A
E
 
D
A
 
A
H
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
M
V
 
I
L
 
T
I
 
V
D
|
D
S
 
T
T
 
F
V
 
I
S
 
G
D
 
T
A
 
G
G
 
D
K
 
Y
Q
 
Q
-
 
T
-
 
G
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
G
-
 
D
Y
 
F
Y
 
P
Q
 
L
S
 
S
F
 
Y
L
 
I
S
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
V
 
V
K
 
L
A
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
I
C
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
S
M
 
L
I
 
A
D
 
L
R
 
A
V
 
I
G
 
G
Q
 
D
T
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
Y
V
 
V
M
 
S
S
 
N
Y
 
V
V
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
V
G
 
S
S
x
T
E
 
T
V
 
D
G
 
Q
R
|
R
V
 
E
G
 
Q
G
 
G
F
 
F
R
 
K
K
 
S
Y
 
E
I
 
M
A
 
A
A
 
K
H
 
H
S
 
P
K
 
G
L
 
I
Q
 
T
L
 
V
V
 
L
G
 
E
P
 
T
F
 
Q
Y
 
F
S
 
N
Q
 
D
S
 
N
Q
 
D
M
 
A
A
 
N
N
 
K
A
 
A
L
 
A
N
 
S
Q
 
Q
T
 
L
T
 
Q
D
 
A
V
 
V
L
 
Y
S
 
A
A
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
L
K
 
A
G
 
G
I
 
V
F
 
F
G
 
G
A
 
A
N
|
N
E
x
L
P
 
F
T
 
S
A
 
G
V
 
L
G
 
G
M
 
S
G
 
A
R
 
N
A
 
G
L
 
V
Q
 
Q
Q
 
Q
S
 
A
G
 
G
K
 
Q
G
 
S
G
 
G
K
 
T
V
 
I
I
 
K
A
 
V
I
 
V
G
 
A
F
 
F
D
|
D
G
 
A
N
 
P
Q
 
G
D
 
S
L
 
V
Q
 
V
G
 
D
F
 
N
V
 
L
R
 
K
D
 
S
G
 
G
T
 
L
I
 
I
Q
 
D
A
 
F
I
 
A
A
 
I
V
 
A
Q
|
Q
S
 
H
S
 
P
Y
 
A
Q
 
E
M
 
I
G
 
G
Y
 
Y
K
 
Y
G
 
G
I
 
V
Q
 
I
T
 
S
L
 
A
V
 
Y
N
 
A
V
 
H
I
 
L
E
 
T
R
 
G
K
 
Q
P
 
S
V
 
I
S
 
P
K
 
T
Q
 
K
V
 
I
D
 
G
T
 
T
G
 
G
V
 
F
M
 
T
M
 
V
V
 
I
E
 
N
K
 
K
Q
 
S
N
 
N
L
 
V
D
 
T
S
 
D
S
 
P
E
 
A
A
 
V
K
 
A
N
 
R
V
 
F
L
 
I
Y
 
Y

6guqA Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with glucose
27% identity, 86% coverage: 36:305/315 of query aligns to 12:276/278 of 6guqA

query
sites
6guqA
N
 
D
S
x
N
N
 
D
Y
|
Y
W
 
W
Q
 
R
N
 
L
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
G
 
G
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
M
 
-
A
 
A
D
 
K
A
 
E
K
 
L
G
 
G
Y
 
V
T
 
D
M
 
L
T
 
E
F
 
Y
Q
 
I
G
 
G
P
 
P
A
 
R
A
 
-
E
 
Q
S
 
A
A
 
N
I
 
I
A
 
D
D
 
E
E
 
H
V
 
L
N
 
R
M
 
I
V
 
L
E
 
K
N
 
K
A
 
A
V
 
A
N
 
A
R
 
A
H
 
K
V
 
V
A
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
I
L
 
T
A
 
Q
P
 
G
S
 
L
D
 
T
P
 
E
D
 
A
A
 
E
L
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
V
M
 
I
K
 
N
K
 
E
A
 
I
W
 
T
E
 
D
A
 
K
H
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
T
I
 
I
D
|
D
S
 
T
T
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
D
A
 
A
G
 
P
K
 
T
Q
 
S
Y
 
R
Y
 
R
Q
 
V
S
 
A
F
 
Y
L
 
V
S
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
Y
K
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
F
L
 
L
C
 
A
A
 
G
K
 
R
A
 
A
M
 
L
I
 
A
D
 
E
R
 
D
V
 
T
G
 
K
Q
 
G
T
 
K
G
 
A
K
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
I
M
 
I
S
 
T
Y
 
G
V
 
S
P
 
L
G
 
T
A
 
A
G
 
A
S
x
H
E
 
Q
V
 
Q
G
 
L
R
|
R
V
 
V
G
 
R
G
 
G
F
 
F
R
 
E
K
 
D
Y
 
A
I
 
V
A
 
R
A
 
Q
H
 
E
S
 
K
K
 
G
L
 
I
Q
 
R
L
 
I
V
 
V
G
 
A
P
 
I
F
 
E
Y
 
E
S
 
S
Q
 
H
S
x
I
Q
 
T
M
 
R
A
 
V
N
 
Q
A
 
A
L
 
A
N
 
E
Q
 
K
T
 
A
T
 
Y
D
 
T
V
 
I
L
 
L
S
 
K
A
 
K
N
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
V
K
 
N
G
 
A
I
 
F
F
 
Y
G
 
G
A
 
T
N
x
S
E
x
A
P
 
L
T
 
D
A
 
A
V
 
I
G
 
G
M
 
V
G
 
A
R
 
K
A
 
V
L
 
V
Q
 
E
Q
 
Q
S
 
F
G
 
H
K
 
R
G
 
E
G
 
Q
K
 
K
V
 
T
I
 
Y
A
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
T
N
 
L
Q
 
P
D
 
E
L
 
T
Q
 
I
G
 
R
F
 
Y
V
 
L
R
 
Q
D
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
I
Q
 
A
A
 
A
I
 
T
A
 
V
V
 
V
Q
|
Q
S
 
E
S
 
P
Y
 
Y
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
G
 
A
I
 
V
Q
 
K
T
 
M
L
 
M
V
 
A
N
 
E
V
 
I
I
 
V
E
 
A
R
 
G
K
 
K
P
 
D
V
 
V
S
 
P
K
 
V
Q
 
V
V
 
T
D
 
N
T
 
T
G
 
E
V
 
T
M
 
K
M
 
V
V
 
I
E
 
R
K
 
K
Q
 
K
N
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6gt9A Crystal structure of ganp, a glucose-galactose binding protein from geobacillus stearothermophilus, in complex with galactose
27% identity, 86% coverage: 36:305/315 of query aligns to 17:281/283 of 6gt9A

query
sites
6gt9A
N
 
D
S
x
N
N
 
D
Y
|
Y
W
|
W
Q
 
R
N
 
L
V
 
V
Q
 
E
K
 
K
G
 
G
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
M
 
-
A
 
A
D
 
K
A
 
E
K
 
L
G
 
G
Y
 
V
T
 
D
M
 
L
T
 
E
F
 
Y
Q
 
I
G
 
G
P
 
P
A
 
R
A
 
-
E
 
Q
S
 
A
A
 
N
I
 
I
A
 
D
D
 
E
E
 
H
V
 
L
N
 
R
M
 
I
V
 
L
E
 
K
N
 
K
A
 
A
V
 
A
N
 
A
R
 
A
H
 
K
V
 
V
A
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
I
L
 
T
A
 
Q
P
 
G
S
 
L
D
 
T
P
 
E
D
 
A
A
 
E
L
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
V
M
 
I
K
 
N
K
 
E
A
 
I
W
 
T
E
 
D
A
 
K
H
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
L
 
T
I
 
I
D
|
D
S
 
T
T
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
D
A
 
A
G
 
P
K
 
T
Q
 
S
Y
 
R
Y
 
R
Q
 
V
S
 
A
F
 
Y
L
 
V
S
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
Y
K
 
Y
A
 
A
G
 
G
E
 
F
L
 
L
C
 
A
A
 
G
K
 
R
A
 
A
M
 
L
I
 
A
D
 
E
R
 
D
V
 
T
G
 
K
Q
 
G
T
 
K
G
 
A
K
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
I
M
 
I
S
 
T
Y
 
G
V
 
S
P
 
L
G
 
T
A
 
A
G
 
A
S
x
H
E
 
Q
V
 
Q
G
 
L
R
|
R
V
 
V
G
 
R
G
 
G
F
 
F
R
 
E
K
 
D
Y
 
A
I
 
V
A
 
R
A
 
Q
H
 
E
S
 
K
K
 
G
L
 
I
Q
 
R
L
 
I
V
 
V
G
 
A
P
 
I
F
 
E
Y
 
E
S
 
S
Q
 
H
S
x
I
Q
 
T
M
 
R
A
 
V
N
 
Q
A
 
A
L
 
A
N
 
E
Q
 
K
T
 
A
T
 
Y
D
 
T
V
 
I
L
 
L
S
 
K
A
 
K
N
 
H
P
 
P
D
 
D
L
 
V
K
 
N
G
 
A
I
 
F
F
 
Y
G
 
G
A
 
T
N
x
S
E
x
A
P
 
L
T
 
D
A
 
A
V
 
I
G
 
G
M
 
V
G
 
A
R
 
K
A
 
V
L
 
V
Q
 
E
Q
 
Q
S
 
F
G
 
H
K
 
R
G
 
E
G
 
Q
K
 
K
V
 
T
I
 
Y
A
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
T
N
 
L
Q
 
P
D
 
E
L
 
T
Q
 
I
G
 
R
F
 
Y
V
 
L
R
 
Q
D
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
I
Q
 
A
A
 
A
I
 
T
A
 
V
V
 
V
Q
|
Q
S
 
E
S
 
P
Y
 
Y
Q
 
E
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
G
 
A
I
 
V
Q
 
K
T
 
M
L
 
M
V
 
A
N
 
E
V
 
I
I
 
V
E
 
A
R
 
G
K
 
K
P
 
D
V
 
V
S
 
P
K
 
V
Q
 
V
V
 
T
D
 
N
T
 
T
G
 
E
V
 
T
M
 
K
M
 
V
V
 
I
E
 
R
K
 
K
Q
 
K
N
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
28% identity, 85% coverage: 27:295/315 of query aligns to 3:283/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
E
 
E
I
 
Y
A
 
A
V
 
V
I
 
V
V
 
L
K
|
K
T
 
T
A
 
L
N
 
S
S
x
N
N
 
P
Y
x
F
W
 
W
Q
 
V
N
 
D
V
 
M
Q
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
T
 
E
A
 
D
A
 
E
M
 
-
A
 
A
D
 
K
A
 
T
K
 
L
G
 
G
Y
 
V
T
 
S
M
 
V
T
 
D
F
 
I
Q
 
F
G
 
A
P
 
S
A
 
P
A
 
S
E
|
E
S
 
G
A
 
D
I
 
F
A
 
Q
D
 
S
E
 
Q
V
 
L
N
 
Q
M
 
L
V
 
F
E
 
E
N
 
D
A
 
L
V
 
S
N
 
N
R
 
K
H
 
N
V
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
A
L
 
F
A
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
P
 
S
D
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
M
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
W
 
W
E
 
K
A
 
K
H
 
G
I
 
I
P
 
Y
V
 
L
V
 
V
L
 
N
I
 
L
D
|
D
S
 
E
T
 
K
V
 
I
S
 
D
-
 
M
D
 
D
A
 
N
G
 
L
K
 
K
Q
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
Y
 
N
Y
 
V
Q
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
V
S
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
E
 
A
L
 
K
C
 
G
A
 
A
K
 
S
A
 
F
M
 
I
I
 
I
D
 
D
R
 
K
V
 
L
G
 
G
-
 
A
Q
 
E
T
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
I
M
 
I
S
 
E
Y
 
G
V
 
K
P
 
A
G
 
G
A
 
N
G
 
A
S
|
S
E
 
G
V
 
E
G
 
A
R
|
R
V
 
R
G
 
N
G
 
G
F
 
A
R
 
T
K
 
E
Y
 
A
I
 
F
A
 
K
A
 
K
H
 
A
S
 
S
K
 
Q
L
 
I
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
A
P
 
S
F
 
Q
Y
 
P
S
 
A
Q
 
D
S
x
W
Q
 
D
M
 
R
A
 
I
N
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
D
Q
 
V
T
 
A
T
 
T
D
 
N
V
 
V
L
 
L
S
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
I
K
 
K
G
 
A
I
 
I
F
 
Y
G
 
C
A
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
T
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
M
 
V
G
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
Q
 
A
Q
 
N
S
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
T
G
 
G
K
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
G
 
G
N
 
I
Q
 
P
D
 
E
L
 
A
Q
 
R
G
 
K
F
 
M
V
 
V
R
 
E
D
 
A
G
 
G
T
 
Q
I
 
M
Q
 
T
A
 
A
I
 
T
A
 
V
V
 
A
Q
|
Q
S
 
N
S
 
P
Y
 
A
Q
 
D
M
 
I
G
 
G
Y
 
A
K
 
T
G
 
G
I
 
L
Q
 
K
T
 
L
L
 
M
V
 
V
N
 
D
V
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
S
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
I
-
 
P
I
 
L
E
 
D
R
 
K
K
 
A
P
 
P
V
 
E
S
 
F
K
 
K
Q
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
S

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
28% identity, 85% coverage: 27:295/315 of query aligns to 3:283/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
E
|
E
I
 
Y
A
 
A
V
 
V
I
 
V
V
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
L
N
 
S
S
 
N
N
 
P
Y
 
F
W
 
W
Q
 
V
N
 
D
V
 
M
Q
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
T
 
E
A
 
D
A
 
E
M
 
-
A
 
A
D
 
K
A
 
T
K
 
L
G
 
G
Y
 
V
T
 
S
M
 
V
T
x
D
F
 
I
Q
 
F
G
 
A
P
 
S
A
 
P
A
 
S
E
 
E
S
 
G
A
 
D
I
 
F
A
 
Q
D
 
S
E
 
Q
V
 
L
N
 
Q
M
 
L
V
 
F
E
 
E
N
 
D
A
 
L
V
 
S
N
 
N
R
 
K
H
 
N
V
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
A
L
 
F
A
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
P
 
S
D
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
M
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
W
 
W
E
 
K
A
 
K
H
 
G
I
 
I
P
 
Y
V
 
L
V
 
V
L
 
N
I
 
L
D
 
D
S
 
E
T
 
K
V
 
I
S
 
D
-
 
M
D
 
D
A
 
N
G
 
L
K
 
K
Q
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
Y
 
N
Y
 
V
Q
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
V
S
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
E
 
A
L
 
K
C
 
G
A
 
A
K
 
S
A
 
F
M
 
I
I
 
I
D
 
D
R
 
K
V
 
L
G
 
G
-
 
A
Q
 
E
T
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
I
M
 
I
S
 
E
Y
 
G
V
 
K
P
 
A
G
 
G
A
 
N
G
 
A
S
 
S
E
 
G
V
 
E
G
 
A
R
 
R
V
 
R
G
 
N
G
 
G
F
 
A
R
 
T
K
 
E
Y
 
A
I
 
F
A
 
K
A
 
K
H
 
A
S
 
S
K
 
Q
L
 
I
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
A
P
 
S
F
 
Q
Y
 
P
S
 
A
Q
 
D
S
 
W
Q
 
D
M
 
R
A
 
I
N
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
D
Q
 
V
T
 
A
T
 
T
D
 
N
V
 
V
L
 
L
S
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
I
K
 
K
G
 
A
I
 
I
F
 
Y
G
 
C
A
 
A
N
 
N
E
 
D
P
 
T
T
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
M
 
V
G
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
Q
 
A
Q
 
N
S
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
T
G
 
G
K
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
I
Q
 
P
D
 
E
L
 
A
Q
 
R
G
 
K
F
 
M
V
 
V
R
 
E
D
 
A
G
 
G
T
 
Q
I
 
M
Q
 
T
A
 
A
I
 
T
A
 
V
V
 
A
Q
 
Q
S
 
N
S
 
P
Y
 
A
Q
 
D
M
 
I
G
 
G
Y
 
A
K
 
T
G
 
G
I
 
L
Q
 
K
T
 
L
L
 
M
V
 
V
N
 
D
V
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
S
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
I
-
 
P
I
 
L
E
 
D
R
 
K
K
 
A
P
 
P
V
 
E
S
 
F
K
 
K
Q
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
S

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
30% identity, 89% coverage: 28:307/315 of query aligns to 9:286/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
I
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
I
V
 
P
K
|
K
T
 
V
A
 
A
N
 
V
S
 
P
N
 
-
Y
x
F
W
 
F
Q
 
D
N
 
D
V
 
C
Q
 
N
K
 
K
G
 
G
A
 
A
T
 
K
A
 
T
A
 
A
M
 
-
A
 
A
D
 
D
A
 
K
K
 
A
G
 
G
Y
 
V
T
 
K
M
 
Y
T
 
Q
F
 
W
Q
 
V
G
 
V
P
 
P
A
 
Q
A
 
N
E
 
T
S
 
Q
A
 
G
I
 
-
A
 
S
D
 
T
E
 
Q
V
 
V
N
 
Q
M
 
I
V
 
I
E
 
E
N
 
D
A
 
L
V
 
I
N
 
S
R
 
R
H
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
G
I
 
I
V
 
A
L
 
I
A
 
S
P
 
V
S
 
N
D
 
E
P
 
P
D
 
K
A
 
S
L
 
V
V
 
E
P
 
S
A
 
V
M
 
M
K
 
K
K
 
R
A
 
A
W
 
E
E
 
Q
A
 
S
H
 
G
I
 
I
P
 
K
V
 
V
V
 
L
L
 
T
I
 
Y
D
|
D
S
 
S
T
 
D
V
 
S
S
 
P
D
 
K
A
 
S
G
 
G
K
 
R
Q
 
S
Y
 
M
Y
 
Y
Q
 
-
S
 
-
F
 
-
L
 
I
S
 
G
T
 
T
D
 
N
N
 
N
V
 
E
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
E
 
A
L
 
T
C
 
M
A
 
A
K
 
E
A
 
T
M
 
M
I
 
G
D
 
K
R
 
A
V
 
L
G
 
N
Q
 
G
T
 
Q
G
 
G
K
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
I
M
 
I
S
 
T
Y
 
G
V
 
Q
P
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
V
S
x
N
E
 
L
V
 
N
G
 
E
R
|
R
V
 
I
G
 
A
G
 
G
F
 
I
R
 
K
K
 
K
Y
 
G
I
 
L
A
 
A
A
 
K
H
 
Y
S
 
P
K
 
G
L
 
I
Q
 
K
L
 
V
V
 
V
G
 
E
P
 
T
F
 
Q
Y
 
G
S
 
T
Q
 
D
S
 
D
Q
 
D
M
 
L
A
 
A
N
 
R
A
 
G
L
 
V
N
 
S
Q
 
V
T
 
V
T
 
E
D
 
T
V
 
T
L
 
L
S
 
R
A
 
A
N
 
H
P
 
P
D
 
N
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
F
 
F
G
 
G
A
 
V
N
x
S
E
x
Q
P
 
V
T
 
G
A
 
G
V
 
P
G
 
A
M
 
V
G
 
A
R
 
K
A
 
V
L
 
L
Q
 
N
Q
 
T
S
 
R
G
 
E
K
 
F
G
 
G
-
 
A
-
 
M
-
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
L
I
 
E
A
 
V
I
 
L
G
 
A
F
 
F
D
|
D
G
 
D
N
 
L
Q
 
P
D
 
D
L
 
T
Q
 
L
G
 
K
F
 
G
V
 
L
R
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
Y
I
 
I
Q
 
Q
A
 
G
I
 
I
A
 
M
V
 
V
Q
|
Q
S
 
R
S
 
P
Y
 
V
Q
 
T
M
 
M
G
 
G
Y
 
S
K
 
L
G
 
A
I
 
V
Q
 
D
T
 
H
L
 
L
V
 
V
N
 
A
V
 
Q
I
 
I
-
 
Q
-
 
G
-
 
Q
E
 
E
R
 
G
K
 
Q
P
 
P
V
 
-
S
 
-
K
 
K
Q
 
D
V
 
I
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
T
M
 
V
V
 
V
E
 
T
K
 
K
Q
 
D
N
 
N
L
 
M
D
 
T
S
 
S

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
24% identity, 88% coverage: 28:305/315 of query aligns to 3:273/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
A
 
G
V
 
L
I
 
V
V
 
I
K
 
S
T
 
T
A
 
L
N
 
N
S
x
N
N
 
P
Y
x
F
W
x
F
Q
 
V
N
 
T
V
 
L
Q
 
K
K
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
E
A
 
E
A
 
K
M
 
-
A
 
A
D
 
K
A
 
E
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
K
M
 
I
T
 
I
F
 
V
Q
 
E
G
 
D
P
 
S
A
 
Q
A
 
N
E
 
D
S
 
S
A
 
S
I
 
-
A
 
-
D
 
K
E
 
E
V
 
L
N
 
S
M
 
N
V
 
V
E
 
E
N
 
D
A
 
L
V
 
I
N
 
Q
R
 
Q
H
 
K
V
 
V
A
 
D
G
 
V
I
 
L
V
 
L
L
 
I
A
 
N
P
 
P
S
 
V
D
 
D
P
 
S
D
 
D
A
 
A
L
 
V
V
 
V
P
 
T
A
 
A
M
 
I
K
 
K
K
 
E
A
 
A
W
 
N
E
 
S
A
 
K
H
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
L
 
T
I
 
I
D
|
D
S
x
R
T
 
S
V
 
A
S
 
N
D
 
G
A
 
G
G
 
D
K
 
V
Q
 
V
Y
 
C
Y
 
H
Q
 
-
S
 
-
F
 
-
L
 
I
S
 
A
T
 
S
D
 
D
N
 
N
V
 
V
K
 
K
A
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
M
C
 
A
A
 
A
K
 
E
A
 
F
M
 
I
I
 
A
D
 
K
R
 
A
V
 
L
G
 
K
Q
 
G
T
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
V
A
 
V
V
 
E
M
 
L
S
 
E
Y
 
G
V
 
I
P
 
P
G
 
G
A
 
A
G
 
S
S
x
A
E
 
A
V
 
R
G
 
D
R
|
R
V
 
G
G
 
K
G
 
G
F
 
F
R
 
D
K
 
E
Y
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
K
H
 
Y
S
 
P
K
 
D
L
 
I
Q
 
K
L
 
I
V
 
V
G
 
A
P
 
K
F
 
Q
Y
 
A
S
 
A
Q
 
D
S
x
F
Q
 
D
M
 
R
A
 
S
N
 
K
A
 
G
L
 
L
N
 
S
Q
 
V
T
 
M
T
 
E
D
 
N
V
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
N
 
Q
P
 
P
D
 
K
L
 
I
K
 
D
G
 
A
I
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
Q
N
|
N
E
 
D
P
 
E
T
 
M
A
 
A
V
 
L
G
 
G
M
 
A
G
 
I
R
 
K
A
 
A
L
 
I
Q
 
E
Q
 
A
S
 
A
G
 
N
K
 
R
G
 
Q
G
 
G
K
 
-
V
 
I
I
 
I
A
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
N
 
T
Q
 
E
D
 
D
L
 
A
Q
 
L
G
 
K
F
 
A
V
 
I
R
 
K
D
 
E
G
 
G
T
 
K
I
 
M
Q
 
A
A
 
A
I
 
T
A
 
I
V
 
A
Q
|
Q
S
 
Q
S
 
P
Y
 
A
Q
 
L
M
 
M
G
 
G
Y
 
S
K
 
L
G
 
G
I
 
V
Q
 
E
T
 
M
L
 
A
V
 
D
N
 
K
V
 
Y
I
 
L
E
 
K
R
 
G
K
 
E
P
 
K
V
 
I
S
 
P
K
 
N
Q
 
F
V
 
I
D
 
P
T
 
A
G
 
E
V
 
L
M
 
K
M
 
L
V
 
I
E
 
T
K
 
K
Q
 
E
N
 
N
L
 
V

3ksmA Crystal structure of abc-type sugar transport system, periplasmic component from hahella chejuensis
27% identity, 88% coverage: 27:302/315 of query aligns to 2:276/276 of 3ksmA

query
sites
3ksmA
E
 
K
I
 
L
A
 
L
V
 
L
I
 
V
V
 
L
K
|
K
T
 
G
A
 
D
N
 
S
S
 
N
N
 
A
Y
|
Y
W
 
W
Q
 
R
N
 
Q
V
 
V
Q
 
Y
K
 
L
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
A
 
K
A
 
A
M
 
-
A
 
A
D
 
D
A
 
E
K
 
A
G
 
G
Y
 
V
T
 
T
M
 
L
T
 
L
F
 
H
Q
 
R
G
 
S
P
 
T
A
 
K
A
 
D
E
 
D
S
 
G
A
 
D
I
 
I
A
 
A
D
 
G
E
 
Q
V
 
I
N
 
Q
M
 
I
V
 
L
E
 
S
N
 
Y
A
 
H
V
 
L
N
 
S
R
 
Q
H
 
A
V
 
P
A
 
P
-
 
D
G
 
A
I
 
L
V
 
I
L
 
L
A
 
A
P
 
P
S
 
N
D
 
S
P
 
A
D
 
E
A
 
D
L
 
L
V
 
T
P
 
P
A
 
S
M
 
V
K
 
A
K
 
Q
A
 
Y
W
 
R
E
 
A
A
 
R
H
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
V
I
 
V
D
|
D
S
 
S
T
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
D
A
 
L
G
 
A
K
 
G
Q
 
D
Y
 
A
Y
 
H
Q
 
Q
S
 
G
F
 
L
L
 
V
S
 
A
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
Y
K
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
Q
L
 
L
C
 
A
A
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
L
I
 
L
D
 
A
R
 
T
V
 
L
G
 
D
Q
 
L
T
 
S
G
 
K
K
 
E
-
 
R
-
 
N
V
 
I
A
 
A
V
 
L
M
 
L
S
 
R
Y
x
L
V
 
R
P
 
A
G
 
G
A
x
N
G
 
A
S
|
S
E
 
T
V
 
D
G
 
Q
R
|
R
V
 
E
G
 
Q
G
 
G
F
 
F
R
 
L
K
 
D
Y
 
V
I
 
L
A
 
R
A
 
K
H
 
H
S
 
D
K
 
K
L
 
I
Q
 
R
L
 
I
V
 
I
G
 
A
P
 
A
F
 
P
Y
 
Y
S
 
A
Q
 
G
S
 
D
Q
 
D
M
 
R
A
 
G
N
 
A
A
 
A
L
 
R
N
 
S
Q
 
E
T
 
M
T
 
L
D
 
R
V
 
L
L
 
L
S
 
K
A
 
E
N
 
T
P
 
P
D
 
T
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
L
F
 
F
G
 
T
A
 
P
N
|
N
E
 
E
P
 
S
T
 
T
A
 
T
V
 
I
G
 
G
M
 
A
G
 
L
R
 
V
A
 
A
L
 
I
Q
 
R
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
K
 
M
G
 
S
G
 
K
K
 
Q
V
 
F
I
 
G
A
 
F
I
 
I
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
Q
N
 
T
Q
 
E
D
 
E
L
 
L
Q
 
E
G
 
A
F
 
A
V
 
M
R
 
Y
D
 
A
G
 
G
T
 
E
I
 
I
Q
 
S
A
 
N
I
 
L
A
 
V
V
 
V
Q
|
Q
S
 
N
S
 
P
Y
 
E
Q
 
Y
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
K
 
L
G
 
A
I
 
V
Q
 
Q
T
 
R
L
 
A
V
 
L
N
 
D
V
 
L
I
 
V
E
 
R
R
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
I
S
 
P
K
 
A
Q
 
F
V
 
T
D
 
D
T
 
T
G
 
G
V
 
V
M
 
R
M
 
L
V
 
L
E
 
Q
K
 
E

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
27% identity, 85% coverage: 27:295/315 of query aligns to 3:283/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
E
 
E
I
 
Y
A
 
A
V
 
V
I
 
V
V
 
L
K
|
K
T
 
T
A
 
L
N
 
S
S
x
N
N
 
P
Y
x
F
W
|
W
Q
 
V
N
 
D
V
 
M
Q
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
T
 
E
A
 
D
A
 
E
M
 
-
A
 
A
D
 
K
A
 
T
K
 
L
G
 
G
Y
 
V
T
 
S
M
 
V
T
 
D
F
 
I
Q
 
F
G
 
A
P
 
S
A
 
P
A
 
S
E
 
E
S
 
G
A
 
D
I
 
F
A
 
Q
D
 
S
E
 
Q
V
 
L
N
 
Q
M
 
L
V
 
F
E
 
E
N
 
D
A
 
L
V
 
S
N
 
N
R
 
K
H
 
K
V
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
A
L
 
F
A
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
P
 
S
D
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
M
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
W
 
W
E
 
Q
A
 
K
H
 
G
I
 
L
P
 
Y
V
 
L
V
 
V
L
 
N
I
 
L
D
|
D
S
x
E
T
 
K
V
 
I
S
 
D
-
 
M
D
 
D
A
 
N
G
 
L
K
 
K
Q
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
Y
 
N
Y
 
V
Q
 
E
S
 
G
F
 
F
L
 
V
S
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
E
 
A
L
 
K
C
 
G
A
 
A
K
 
D
A
 
F
M
 
I
I
 
I
D
 
N
R
 
K
V
 
L
G
 
G
-
 
A
Q
 
E
T
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
I
M
 
I
S
 
E
Y
 
G
V
 
K
P
 
A
G
 
G
A
 
N
G
 
A
S
|
S
E
 
G
V
 
E
G
 
A
R
|
R
V
 
R
G
 
N
G
 
G
F
 
A
R
 
T
K
 
E
Y
 
A
I
 
F
A
 
K
A
 
K
H
 
A
S
 
N
K
 
Q
L
 
I
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
A
P
 
S
F
 
Q
Y
 
P
S
 
A
Q
 
D
S
 
W
Q
 
D
M
 
R
A
 
I
N
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
D
Q
 
V
T
 
A
T
 
T
D
 
N
V
 
V
L
 
L
S
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
L
K
 
K
G
 
A
I
 
F
F
 
Y
G
 
C
A
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
T
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
M
 
V
G
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
Q
 
A
Q
 
N
S
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
I
G
 
G
K
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
G
 
G
N
 
I
Q
 
P
D
 
E
L
 
A
Q
 
R
G
 
K
F
 
M
V
 
V
R
 
E
D
 
A
G
 
G
T
 
Q
I
 
M
Q
 
T
A
 
A
I
 
T
A
 
V
V
 
A
Q
|
Q
S
 
N
S
 
P
Y
 
A
Q
 
D
M
 
I
G
 
G
Y
 
A
K
 
T
G
 
G
I
 
L
Q
 
K
T
 
L
L
 
M
V
 
V
N
 
D
V
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
I
-
 
P
I
 
L
E
 
E
R
 
K
K
 
T
P
 
P
V
 
E
S
 
F
K
 
K
Q
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
S

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
27% identity, 85% coverage: 27:295/315 of query aligns to 3:283/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
E
 
E
I
 
Y
A
 
A
V
 
V
I
 
V
V
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
L
N
 
S
S
x
N
N
 
P
Y
x
F
W
 
W
Q
 
V
N
 
D
V
 
M
Q
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
I
T
 
E
A
 
D
A
 
E
M
 
-
A
 
A
D
 
K
A
 
T
K
 
L
G
 
G
Y
 
V
T
 
S
M
 
V
T
 
D
F
 
I
Q
 
F
G
 
A
P
 
S
A
 
P
A
 
S
E
 
E
S
 
G
A
 
D
I
 
F
A
 
Q
D
 
S
E
 
Q
V
 
L
N
 
Q
M
 
L
V
 
F
E
 
E
N
 
D
A
 
L
V
 
S
N
 
N
R
 
K
H
 
K
V
 
Y
A
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
A
L
 
F
A
 
A
P
 
P
S
 
L
D
 
S
P
 
S
D
 
V
A
 
N
L
 
L
V
 
V
P
 
M
A
 
P
M
 
V
K
 
A
K
 
R
A
 
A
W
 
W
E
 
Q
A
 
K
H
 
G
I
 
L
P
 
Y
V
 
L
V
 
V
L
 
N
I
 
L
D
|
D
S
 
E
T
 
K
V
 
I
S
 
D
-
 
M
D
 
D
A
 
N
G
 
L
K
 
K
Q
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
G
Y
 
N
Y
 
V
Q
 
E
S
 
G
F
 
F
L
 
V
S
 
T
T
 
T
D
 
D
N
 
N
V
 
V
K
 
A
A
 
V
G
 
G
E
 
A
L
 
K
C
 
G
A
 
A
K
 
D
A
 
F
M
 
I
I
 
I
D
 
N
R
 
K
V
 
L
G
 
G
-
 
A
Q
 
E
T
 
G
G
 
G
K
 
E
V
 
V
A
 
A
V
 
I
M
 
I
S
 
E
Y
 
G
V
 
K
P
 
A
G
 
G
A
 
N
G
 
A
S
 
S
E
 
G
V
 
E
G
 
A
R
|
R
V
 
R
G
 
N
G
 
G
F
 
A
R
 
T
K
 
E
Y
 
A
I
 
F
A
 
K
A
 
K
H
 
A
S
 
N
K
 
Q
L
 
I
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
A
P
 
S
F
 
Q
Y
 
P
S
 
A
Q
 
D
S
x
W
Q
 
D
M
 
R
A
 
I
N
 
K
A
 
A
L
 
L
N
 
D
Q
 
V
T
 
A
T
 
T
D
 
N
V
 
V
L
 
L
S
 
Q
A
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
N
L
 
L
K
 
K
G
 
A
I
 
F
F
 
Y
G
 
C
A
 
A
N
|
N
E
 
D
P
 
T
T
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
M
 
V
G
 
A
R
 
Q
A
 
A
L
 
V
Q
 
A
Q
 
N
S
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
I
G
 
G
K
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
T
D
|
D
G
 
G
N
 
I
Q
 
P
D
 
E
L
 
A
Q
 
R
G
 
K
F
 
M
V
 
V
R
 
E
D
 
A
G
 
G
T
 
Q
I
 
M
Q
 
T
A
 
A
I
 
T
A
 
V
V
 
A
Q
|
Q
S
 
N
S
 
P
Y
 
A
Q
 
D
M
 
I
G
 
G
Y
 
A
K
 
T
G
 
G
I
 
L
Q
 
K
T
 
L
L
 
M
V
 
V
N
 
D
V
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
T
-
 
G
-
 
K
-
 
V
-
 
I
-
 
P
I
 
L
E
 
E
R
 
K
K
 
T
P
 
P
V
 
E
S
 
F
K
 
K
Q
 
L
V
 
V
D
 
D
T
 
S

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
28% identity, 73% coverage: 76:306/315 of query aligns to 50:269/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
M
 
M
V
 
I
E
 
D
N
 
T
A
 
A
V
 
I
N
 
G
R
 
R
H
 
G
V
 
A
A
 
K
G
 
A
I
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
D
P
 
N
S
 
A
D
 
G
P
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
S
V
 
V
P
 
A
A
 
A
M
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
W
 
K
E
 
D
A
 
A
H
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
S
V
 
F
L
 
L
I
 
I
D
|
D
S
x
R
T
 
E
V
 
I
S
 
N
D
 
A
A
 
T
G
 
G
K
 
V
Q
 
A
Y
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
S
 
-
F
 
-
L
 
I
S
 
V
T
 
S
D
 
N
N
 
N
V
 
Y
K
 
Q
A
 
G
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
C
 
G
A
 
A
K
 
Q
A
 
E
M
 
F
I
 
V
D
 
K
R
 
L
V
 
M
G
 
G
Q
 
E
T
 
K
G
 
G
K
 
-
V
 
-
A
 
-
V
 
-
M
 
-
S
 
N
Y
 
Y
V
 
V
P
 
E
G
 
L
A
 
V
G
 
G
S
 
K
E
 
E
V
 
S
G
x
D
-
 
T
-
x
N
-
 
A
-
 
G
-
 
I
R
|
R
V
 
S
G
 
Q
G
 
G
F
 
Y
R
 
H
K
x
D
Y
 
V
I
 
I
A
x
D
A
x
D
H
 
Y
S
 
P
K
 
E
L
 
M
Q
 
K
L
 
S
V
 
V
G
 
A
P
 
K
F
 
Q
Y
 
S
S
 
A
Q
 
N
S
x
W
Q
 
S
M
 
Q
A
 
T
N
 
E
A
 
A
L
 
Y
N
 
S
Q
 
K
T
 
M
T
 
E
D
 
T
V
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
I
K
 
K
G
 
G
I
 
V
F
 
I
G
 
S
A
 
G
N
|
N
E
 
D
P
 
T
T
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
M
 
A
G
 
I
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
A
S
 
A
G
 
G
K
 
R
G
 
-
G
 
K
K
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
N
 
S
Q
 
N
D
 
D
L
 
V
Q
 
R
G
 
D
F
 
S
V
 
I
R
 
K
D
 
S
G
 
G
T
 
G
I
 
I
Q
 
K
A
 
A
I
 
T
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
S
 
P
S
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
M
 
Q
G
 
A
Y
 
Q
K
 
L
G
 
A
I
 
V
Q
 
E
T
 
Q
L
 
A
V
 
D
N
 
A
V
 
Y
I
 
I
E
 
K
R
 
N
K
 
K
P
 
T
V
 
T
S
 
P
K
 
K
Q
 
E
V
 
-
D
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
-
M
 
-
V
 
-
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
N
 
L
L
 
M
D
 
D

Sites not aligning to the query:

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
28% identity, 73% coverage: 76:306/315 of query aligns to 50:269/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
M
 
M
V
 
I
E
 
D
N
 
T
A
 
A
V
 
I
N
 
G
R
 
R
H
 
G
V
 
A
A
 
K
G
 
A
I
 
I
V
 
I
L
 
L
A
 
D
P
 
N
S
 
A
D
 
G
P
 
A
D
 
D
A
 
A
L
 
S
V
 
V
P
 
A
A
 
A
M
 
V
K
 
K
K
 
K
A
 
A
W
 
K
E
 
D
A
 
A
H
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
S
V
 
F
L
 
L
I
 
I
D
|
D
S
x
R
T
 
E
V
 
I
S
 
N
D
 
A
A
 
T
G
 
G
K
 
V
Q
 
A
Y
 
V
Y
 
A
Q
 
Q
S
 
-
F
 
-
L
 
I
S
 
V
T
 
S
D
 
N
N
 
N
V
 
Y
K
 
Q
A
 
G
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
C
 
G
A
 
A
K
 
Q
A
 
E
M
 
F
I
 
V
D
 
K
R
 
L
V
 
M
G
 
G
Q
 
E
T
 
K
G
 
G
K
 
-
V
 
-
A
 
-
V
 
-
M
 
-
S
 
N
Y
 
Y
V
 
V
P
 
E
G
 
L
A
 
V
G
 
G
S
 
K
E
 
E
V
 
S
G
x
D
-
 
T
-
 
N
-
 
A
-
 
G
-
 
I
R
|
R
V
 
S
G
 
Q
G
 
G
F
 
Y
R
 
H
K
x
D
Y
 
V
I
 
I
A
x
D
A
x
D
H
 
Y
S
 
P
K
 
E
L
 
M
Q
 
K
L
 
S
V
 
V
G
 
A
P
 
K
F
 
Q
Y
 
S
S
 
A
Q
 
N
S
x
W
Q
 
S
M
 
Q
A
 
T
N
 
E
A
 
A
L
 
Y
N
 
S
Q
 
K
T
 
M
T
 
E
D
 
T
V
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
N
 
N
P
 
P
D
 
D
L
 
I
K
 
K
G
 
G
I
 
V
F
 
I
G
 
S
A
 
G
N
|
N
E
 
D
P
 
T
T
 
M
A
 
A
V
 
M
G
 
G
M
 
A
G
 
I
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
Q
 
A
S
 
A
G
 
G
K
 
R
G
 
-
G
 
K
K
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
V
I
 
V
G
 
G
F
 
F
D
|
D
G
 
G
N
 
S
Q
 
N
D
 
D
L
 
V
Q
 
R
G
 
D
F
 
S
V
 
I
R
 
K
D
 
S
G
 
G
T
 
G
I
 
I
Q
 
K
A
 
A
I
 
T
A
 
V
V
 
L
Q
|
Q
S
 
P
S
 
A
Y
 
Y
Q
 
A
M
 
Q
G
 
A
Y
 
Q
K
 
L
G
 
A
I
 
V
Q
 
E
T
 
Q
L
 
A
V
 
D
N
 
A
V
 
Y
I
 
I
E
 
K
R
 
N
K
 
K
P
 
T
V
 
T
S
 
P
K
 
K
Q
 
E
V
 
-
D
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
-
M
 
-
V
 
-
E
 
E
K
 
K
Q
 
Q
N
 
L
L
 
M
D
 
D

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>H281DRAFT_03378 FitnessBrowser__Burk376:H281DRAFT_03378
MKKVSVLAAAAAMCAMFSAYAQAAGGEIAVIVKTANSNYWQNVQKGATAAMADAKGYTMT
FQGPAAESAIADEVNMVENAVNRHVAGIVLAPSDPDALVPAMKKAWEAHIPVVLIDSTVS
DAGKQYYQSFLSTDNVKAGELCAKAMIDRVGQTGKVAVMSYVPGAGSEVGRVGGFRKYIA
AHSKLQLVGPFYSQSQMANALNQTTDVLSANPDLKGIFGANEPTAVGMGRALQQSGKGGK
VIAIGFDGNQDLQGFVRDGTIQAIAVQSSYQMGYKGIQTLVNVIERKPVSKQVDTGVMMV
EKQNLDSSEAKNVLY

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory