SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing H281DRAFT_04270 FitnessBrowser__Burk376:H281DRAFT_04270 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ia4B Crystal structure of novel amino acid binding protein from shigella flexneri
68% identity, 91% coverage: 27:297/297 of query aligns to 8:278/278 of 2ia4B

query
sites
2ia4B
T
 
T
L
 
L
K
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
A
D
 
K
T
 
N
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
V
L
 
V
G
 
G
H
 
H
R
|
R
E
 
E
S
 
S
S
 
S
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
D
 
N
K
 
Q
Q
 
Q
N
 
K
V
 
V
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
Q
E
 
D
F
 
Y
A
 
S
L
 
N
K
 
A
V
 
I
V
 
V
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
K
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
N
 
N
M
 
K
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
Q
V
 
V
K
 
K
L
 
L
T
 
I
P
 
P
V
 
I
T
 
T
S
|
S
Q
 
Q
N
 
N
R
|
R
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
F
D
 
D
M
 
F
E
 
E
C
 
C
G
 
G
S
|
S
T
|
T
T
|
T
N
 
N
N
 
N
A
 
V
E
 
E
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
A
A
 
A
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
T
I
 
I
F
 
F
V
 
V
I
 
V
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
M
 
L
T
 
T
K
 
K
K
 
K
D
 
G
S
 
G
G
 
D
I
 
I
K
 
K
D
 
D
W
 
F
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
N
K
 
K
M
 
L
N
 
N
Q
 
E
D
 
E
K
 
Q
S
 
K
M
 
M
G
 
N
M
 
M
N
 
R
I
 
I
I
 
I
S
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
D
H
|
H
G
 
G
E
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
R
T
 
T
L
 
L
S
 
E
T
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
A
 
V
A
 
A
F
 
F
M
 
M
M
|
M
D
|
D
D
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
A
K
 
K
S
 
A
N
 
K
T
 
K
P
 
P
N
 
D
D
 
N
F
 
W
V
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
K
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
M
 
M
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
F
 
F
K
 
K
K
 
K
V
 
L
V
 
M
D
 
D
D
 
D
A
 
T
I
 
I
A
 
A
K
 
Q
V
 
V
E
 
Q
T
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
A
D
 
E
Q
 
K
I
 
W
Y
 
F
K
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F
E
 
K
T
 
N
P
 
P
I
 
I
P
 
P
P
 
P
K
 
K
G
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
N
 
N
F
 
F
P
 
E
E
 
L
S
 
S
D
 
D
D
 
E
I
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
L
F
 
F
K
 
K
S
 
E
P
 
P
N
 
N
D
 
D
K
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
N

2vhaA Debp (see paper)
69% identity, 91% coverage: 27:296/297 of query aligns to 7:276/276 of 2vhaA

query
sites
2vhaA
T
 
T
L
 
L
K
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
A
D
 
K
T
 
N
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
V
L
 
V
G
 
G
H
 
H
R
|
R
E
 
E
S
 
S
S
 
S
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
D
 
N
K
 
Q
Q
 
Q
N
 
K
V
 
V
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
Q
E
 
D
F
 
Y
A
 
S
L
 
N
K
 
A
V
 
I
V
 
V
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
K
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
N
 
N
M
 
K
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
Q
V
 
V
K
 
K
L
 
L
T
 
I
P
 
P
V
 
I
T
 
T
S
|
S
Q
 
Q
N
 
N
R
|
R
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
F
D
 
D
M
 
F
E
 
E
C
 
C
G
 
G
S
|
S
T
|
T
T
|
T
N
 
N
N
 
N
A
 
V
E
 
E
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
A
A
 
A
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
T
I
 
I
F
 
F
V
 
V
I
 
V
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
M
 
L
T
 
T
K
 
K
K
 
K
D
 
G
S
 
G
G
 
D
I
 
I
K
 
K
D
 
D
W
 
F
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
N
K
 
K
M
 
L
N
 
N
Q
 
E
D
 
E
K
 
Q
S
 
K
M
 
M
G
 
N
M
 
M
N
 
R
I
 
I
I
 
I
S
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
D
H
|
H
G
 
G
E
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
R
T
 
T
L
 
L
S
 
E
T
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
A
 
V
A
 
A
F
 
F
M
 
M
M
|
M
D
|
D
D
 
D
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
A
K
 
K
S
 
A
N
 
K
T
 
K
P
 
P
N
 
D
D
 
N
F
 
W
V
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
K
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
M
 
M
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
F
 
F
K
 
K
K
 
K
V
 
L
V
 
M
D
 
D
D
 
D
A
 
T
I
 
I
A
 
A
K
 
Q
V
 
V
E
 
Q
T
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
A
D
 
E
Q
 
K
I
 
W
Y
 
F
K
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F
E
 
K
T
 
N
P
 
P
I
 
I
P
 
P
P
 
P
K
 
K
G
 
N
L
 
L
N
 
N
L
 
M
N
 
N
F
 
F
P
 
E
E
 
L
S
 
S
D
 
D
D
 
E
I
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
L
F
 
F
K
 
K
S
 
E
P
 
P
N
 
N
D
 
D
K
 
K
A
 
A
I
 
L

8ovoA X-ray structure of the sf-iglusnfr-s72a in complex with l-aspartate
67% identity, 82% coverage: 27:269/297 of query aligns to 5:247/503 of 8ovoA

query
sites
8ovoA
T
 
T
L
 
L
K
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
A
D
 
K
T
 
N
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
V
L
 
V
G
 
G
H
 
H
R
|
R
E
 
E
S
 
S
S
 
S
I
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
D
 
D
D
 
N
K
 
Q
Q
 
Q
N
 
K
V
 
V
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
Q
 
Q
E
 
D
F
 
Y
A
 
S
L
 
N
K
 
A
V
 
I
V
 
V
D
 
E
A
 
A
V
 
V
K
 
K
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
N
 
N
M
 
K
P
 
P
N
 
D
L
 
L
K
 
Q
V
 
V
K
 
K
L
 
L
T
 
I
P
 
P
V
 
I
T
 
T
S
 
A
Q
 
Q
N
 
N
R
|
R
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
F
D
 
D
M
 
F
E
 
E
C
 
C
G
 
G
S
|
S
T
 
T
T
|
T
N
 
N
N
 
N
A
 
V
E
 
E
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
A
A
 
A
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
T
I
 
I
F
 
F
V
 
V
I
 
V
G
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
L
M
 
L
T
 
T
K
 
K
K
 
K
D
 
G
S
 
G
G
 
D
I
 
I
K
 
K
D
 
D
W
 
F
A
 
A
D
 
N
L
 
L
K
 
K
G
 
D
K
 
K
T
 
A
V
 
V
V
 
V
T
 
V
T
 
T
A
 
S
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
N
K
 
K
M
 
L
N
 
N
Q
 
E
D
 
E
K
 
Q
S
 
K
M
 
M
G
 
N
M
 
M
N
 
R
I
 
I
I
 
I
S
 
S
A
 
A
K
 
K
D
 
D
H
|
H
G
 
G
E
 
D
S
 
S
F
 
F
L
 
R
T
 
T
L
 
L
S
 
E
T
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
A
 
V
A
 
A
F
 
F
M
 
M
M
 
M
D
|
D
D
 
D
A
 
V
L
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
A
K
 
K
S
 
A
N
 
K
T
 
K
P
 
P
N
 
D
D
 
N
F
 
W
V
 
E
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
K
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
H
 
Q
E
 
E
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
C
 
C
M
 
M
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
P
E
 
Q
F
 
F
K
 
K
K
 
K
V
 
L
V
 
M
D
 
D
D
 
D
A
 
T
I
 
I
A
 
A
K
 
Q
V
 
V
E
 
Q
T
 
T
S
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
A
D
 
E
Q
 
K
I
 
W
Y
 
F
K
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F
E
 
K
T
 
N
P
 
P
I
 
I

5eyfB Crystal structure of solute-binding protein from enterococcus faecium with bound glutamate
31% identity, 80% coverage: 28:265/297 of query aligns to 6:234/243 of 5eyfB

query
sites
5eyfB
L
 
L
K
 
E
K
 
R
I
 
S
K
 
K
D
 
S
T
 
T
G
 
N
V
 
E
I
 
I
S
 
I
L
 
W
G
 
G
H
 
V
R
 
K
E
 
Y
S
 
D
S
 
T
I
 
R
P
 
L
F
 
F
S
 
G
Y
 
M
Y
 
M
D
 
D
D
 
I
K
 
E
Q
 
S
N
 
R
V
 
T
I
 
V
G
 
-
Y
 
-
S
 
-
Q
 
Q
E
 
G
F
 
F
A
 
D
L
 
V
K
 
D
V
 
I
V
 
A
D
 
K
A
 
A
V
 
I
K
 
T
Q
 
K
K
 
K
L
 
I
N
 
L
M
 
G
P
 
D
N
 
N
L
 
G
K
 
K
V
 
T
K
 
E
L
 
F
T
 
V
P
 
E
V
 
V
T
 
T
S
|
S
Q
 
K
N
 
T
R
|
R
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Q
 
K
N
 
N
G
 
G
T
 
N
V
 
I
D
 
D
M
 
A
E
 
I
C
 
I
G
 
A
S
x
T
T
x
M
T
|
T
N
 
I
N
 
T
A
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
V
I
 
Y
F
 
F
V
 
D
I
 
A
G
 
G
T
 
Q
R
 
A
L
 
L
M
 
L
T
 
V
K
 
K
K
 
K
D
 
G
S
 
S
G
 
Q
I
 
I
K
 
K
D
 
S
W
 
V
A
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
N
G
 
A
K
 
S
-
 
T
T
 
T
V
 
V
V
 
L
T
 
A
T
 
V
A
 
K
G
 
G
T
x
S
T
|
T
S
 
S
E
 
A
R
 
A
L
 
N
L
 
I
R
 
R
K
 
Q
M
 
H
N
 
A
Q
 
P
D
 
D
K
 
A
S
 
K
M
 
-
G
 
-
M
 
-
N
 
-
I
 
I
I
 
L
S
 
E
A
 
L
K
 
E
D
 
N
H
x
Y
G
 
A
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
T
T
 
A
L
 
L
S
 
Q
T
 
S
G
 
G
R
 
Q
A
 
G
A
 
D
A
 
A
F
 
M
M
 
T
M
 
T
D
|
D
D
 
N
A
 
A
L
 
I
L
 
L
A
 
L
G
 
G
E
 
-
R
 
-
A
 
I
K
 
A
S
 
D
N
 
E
T
 
N
P
 
P
N
 
-
D
 
E
F
 
Y
V
 
E
I
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
G
P
 
T
Q
 
F
S
 
T
H
 
N
E
 
E
A
 
P
Y
 
Y
G
 
G
C
 
I
M
 
A
L
 
I
R
 
N
K
 
K
N
 
G
D
 
Q
P
 
E
E
 
N
F
 
F
K
 
L
K
 
K
V
 
A
V
 
V
D
 
N
D
 
Q
A
 
A
I
 
L
A
 
E
K
 
E
V
 
M
E
 
H
T
 
A
S
 
D
G
 
G
E
 
T
A
 
Y
D
 
D
Q
 
K
I
 
I
Y
 
Y
K
 
Q
K
 
K
W
 
W
F
 
F

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
31% identity, 78% coverage: 35:265/297 of query aligns to 4:225/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
G
 
G
V
 
T
I
 
L
S
 
R
L
 
V
G
 
G
H
 
T
R
x
E
E
 
A
S
 
T
S
x
F
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
G
Y
 
F
Y
 
K
D
 
D
D
 
E
K
 
N
Q
 
G
N
 
K
V
 
L
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
I
E
 
D
F
 
L
A
 
A
L
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
-
D
 
K
A
 
A
V
 
I
K
 
A
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
N
 
G
M
 
-
P
 
-
N
 
-
L
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
L
 
F
T
 
K
P
 
P
V
 
M
T
 
D
S
x
F
Q
 
D
N
 
G
R
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
D
 
D
M
 
V
E
 
V
C
 
I
G
x
A
S
x
G
T
x
M
T
|
T
N
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
P
I
 
Y
F
 
F
V
 
E
I
 
A
G
 
G
T
 
Q
R
 
A
L
 
I
M
 
V
T
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
D
 
N
S
 
D
G
 
S
I
 
I
K
 
K
D
 
S
W
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
V
 
V
V
 
G
T
 
V
T
x
Q
A
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
Q
L
 
H
L
 
V
R
 
K
K
 
K
M
 
V
N
 
A
Q
 
K
D
 
D
K
 
-
S
 
-
M
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
K
I
 
V
I
 
K
S
 
K
A
 
F
K
 
D
D
 
N
H
 
F
G
 
S
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
Q
T
 
E
L
 
L
S
 
K
T
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
V
A
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
V
M
 
T
D
|
D
D
 
N
A
 
A
L
 
V
L
 
-
A
 
A
G
 
L
E
 
A
R
 
Y
A
 
V
K
 
K
S
 
Q
N
 
N
T
 
P
P
 
N
N
 
A
D
 
G
F
 
V
V
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
E
P
 
T
Q
 
F
S
 
S
H
 
G
E
 
E
A
 
P
Y
 
Y
G
 
G
C
 
I
M
 
A
L
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
G
D
 
N
P
 
S
E
 
E
F
 
L
K
 
L
K
 
E
V
 
K
V
 
I
D
 
N
D
 
K
A
 
A
I
 
L
A
 
E
K
 
E
V
 
M
E
 
K
T
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
A
 
Y
D
 
D
Q
 
K
I
 
I
Y
 
Y
K
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
31% identity, 78% coverage: 35:265/297 of query aligns to 4:223/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
G
 
G
V
 
T
I
 
L
S
 
R
L
 
V
G
 
G
H
 
T
R
x
E
E
 
A
S
 
T
S
x
F
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
G
Y
 
F
Y
 
K
D
 
D
D
 
E
K
 
N
Q
 
G
N
 
K
V
 
L
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
I
E
 
D
F
 
L
A
 
A
L
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
-
D
 
K
A
 
A
V
 
I
K
 
A
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
N
 
G
M
 
-
P
 
-
N
 
-
L
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
L
 
F
T
 
K
P
 
P
V
 
M
T
 
D
S
x
F
Q
 
D
N
 
G
R
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
I
D
 
D
M
 
V
E
 
V
C
 
I
G
 
A
S
x
G
T
x
M
T
|
T
N
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
P
I
 
Y
F
 
F
V
 
E
I
 
A
G
 
G
T
 
Q
R
 
A
L
 
I
M
 
V
T
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
D
 
N
S
 
D
G
 
S
I
 
I
K
 
K
D
 
S
W
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
K
V
 
V
V
 
G
T
 
V
T
 
Q
A
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
Q
L
 
H
L
 
V
R
 
K
K
 
K
M
 
V
N
 
-
Q
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
A
M
 
A
G
 
G
M
 
V
N
 
K
I
 
V
I
 
K
S
 
K
A
 
F
K
 
D
D
 
N
H
 
F
G
 
S
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
Q
T
 
E
L
 
L
S
 
K
T
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
V
A
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
V
M
 
T
D
|
D
D
 
N
A
 
A
L
 
V
L
 
-
A
 
A
G
 
L
E
 
A
R
 
Y
A
 
V
K
 
K
S
 
Q
N
 
N
T
 
P
P
 
N
N
 
A
D
 
G
F
 
V
V
 
K
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
E
P
 
T
Q
 
F
S
 
S
H
 
G
E
 
E
A
 
P
Y
 
Y
G
 
G
C
 
I
M
 
A
L
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
G
D
 
N
P
 
S
E
 
E
F
 
L
K
 
L
K
 
E
V
 
K
V
 
I
D
 
N
D
 
K
A
 
A
I
 
L
A
 
E
K
 
E
V
 
M
E
 
K
T
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
A
 
Y
D
 
D
Q
 
K
I
 
I
Y
 
Y
K
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
28% identity, 80% coverage: 28:265/297 of query aligns to 3:227/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
L
 
I
K
 
D
K
 
E
I
 
I
K
 
K
D
 
S
T
 
R
G
 
G
V
 
Y
I
 
L
S
 
L
L
 
V
G
 
G
H
 
L
R
 
S
E
 
A
S
 
D
S
x
F
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
F
Y
 
V
D
 
D
D
 
E
K
 
N
Q
 
G
N
 
N
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
-
E
 
-
F
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
V
D
 
D
A
 
L
V
 
A
K
 
K
Q
 
E
K
 
I
L
 
A
N
 
R
M
 
R
P
 
L
N
 
G
L
 
V
K
 
E
V
 
L
K
 
K
L
 
I
T
 
V
P
 
D
V
 
M
T
 
T
S
x
F
Q
 
D
N
 
G
R
 
L
I
 
I
P
 
P
L
 
S
V
 
L
Q
 
L
N
 
T
G
 
K
T
 
K
V
 
I
D
 
D
M
 
V
E
 
I
C
 
I
G
x
S
S
x
G
T
x
M
T
|
T
N
 
I
N
 
T
A
 
E
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
V
V
 
V
A
 
A
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
P
I
 
Y
F
 
F
V
 
D
I
 
A
G
 
G
T
 
Q
R
 
V
L
 
I
M
 
V
T
 
V
K
 
R
K
 
K
D
 
D
S
 
S
G
 
D
I
 
F
-
 
R
-
 
P
K
 
K
D
 
T
W
 
Y
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
V
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
V
V
 
A
T
 
V
T
x
Q
A
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
G
E
 
D
R
 
I
L
 
E
L
 
V
R
 
S
K
 
K
M
 
Y
N
 
D
Q
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
M
 
-
G
 
G
M
 
I
N
 
K
I
 
V
I
 
V
S
 
R
A
 
F
K
 
D
D
 
K
H
 
F
G
 
T
E
 
D
S
 
A
F
 
F
L
 
L
T
 
E
L
 
L
S
 
K
T
 
R
G
 
G
R
 
R
A
 
A
A
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
V
M
 
L
D
|
D
D
 
S
A
 
A
L
 
T
L
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
A
R
 
R
A
 
A
K
 
F
S
 
V
N
 
A
T
 
K
P
 
N
N
 
P
D
 
D
F
 
L
V
 
V
I
 
I
V
 
S
G
 
S
A
 
G
P
 
V
Q
 
L
S
 
S
H
 
S
E
 
E
A
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
C
 
I
M
 
A
L
 
V
R
 
R
K
 
K
N
 
E
D
 
D
P
 
T
E
 
D
F
 
L
K
 
L
K
 
E
V
 
F
V
 
I
D
 
N
D
 
S
A
 
V
I
 
L
A
 
R
K
 
E
V
 
L
E
 
K
T
 
K
S
 
S
G
 
G
E
 
K
A
 
Y
D
 
D
Q
 
V
I
 
L
Y
 
I
K
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
30% identity, 81% coverage: 27:266/297 of query aligns to 2:229/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
T
 
T
L
 
L
K
 
D
K
 
E
I
 
I
K
 
M
D
 
K
T
 
R
G
 
G
V
 
T
I
 
L
S
 
R
L
 
V
G
 
G
H
 
T
R
x
D
E
 
A
S
 
D
S
x
Y
I
 
K
P
 
P
F
 
F
S
 
S
Y
 
F
Y
 
K
D
 
D
D
 
K
K
 
N
Q
 
G
N
 
Q
V
 
Y
I
 
T
G
 
G
Y
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
F
 
F
A
 
D
L
 
I
K
 
D
V
 
L
V
 
A
D
 
K
A
 
A
V
 
L
K
 
A
Q
 
K
K
 
E
L
 
L
N
 
G
M
 
-
P
 
-
N
 
-
L
 
V
K
 
K
V
 
V
K
 
E
L
 
F
T
 
V
P
 
P
V
 
T
T
 
T
S
x
W
Q
 
D
N
 
G
R
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
T
G
 
G
T
 
K
V
 
F
D
 
D
M
 
I
E
 
V
C
 
M
G
x
S
S
x
G
T
x
M
T
|
T
N
 
I
N
 
T
A
 
P
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
K
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
P
I
 
Y
F
 
M
V
 
T
I
 
A
G
 
G
T
 
Q
R
 
T
L
 
I
M
 
L
T
 
V
K
 
K
K
 
K
D
 
D
S
 
N
G
 
A
-
 
D
-
 
K
I
 
I
K
 
K
D
 
S
W
 
F
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
N
G
 
K
K
 
P
-
 
D
-
 
V
T
 
K
V
 
V
V
 
A
T
 
V
T
x
Q
A
 
L
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
Q
L
 
A
L
 
A
R
 
K
K
 
E
M
 
F
N
 
L
Q
 
P
D
 
K
K
 
-
S
 
-
M
 
-
G
 
-
M
 
A
N
 
K
I
 
I
I
 
R
S
 
T
A
 
F
K
 
E
D
 
N
H
 
N
G
 
A
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
Q
T
 
E
L
 
V
S
 
V
T
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
A
A
 
D
A
 
A
F
 
-
M
 
M
M
 
V
D
 
T
D
|
D
A
 
S
L
 
P
L
 
V
A
 
A
G
 
A
E
 
Y
R
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
L
N
 
A
T
 
V
P
 
-
N
 
-
D
 
-
F
 
-
V
 
V
I
 
V
V
 
V
G
 
D
A
 
E
P
 
P
Q
 
F
S
 
T
H
 
H
E
 
E
A
 
P
Y
 
L
G
 
G
C
 
F
M
 
A
L
 
I
R
 
R
K
 
K
N
 
G
D
 
D
P
 
P
E
 
E
F
 
L
K
 
L
K
 
N
V
 
W
V
 
V
D
 
N
D
 
N
A
 
W
I
 
L
A
 
K
K
 
Q
V
 
M
E
 
K
T
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
A
 
Y
D
 
D
Q
 
K
I
 
L
Y
 
Y
K
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
E
 
K

2yjpA Crystal structure of the solute receptors for l-cysteine of neisseria gonorrhoeae (see paper)
28% identity, 80% coverage: 25:263/297 of query aligns to 1:229/247 of 2yjpA

query
sites
2yjpA
A
 
A
G
 
A
T
 
T
L
 
V
K
 
A
K
 
A
I
 
I
K
 
K
D
 
E
T
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
R
L
 
I
G
 
G
H
 
V
R
x
F
E
 
G
S
 
D
S
x
K
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
G
Y
 
Y
Y
 
V
D
 
D
D
 
A
K
 
N
Q
 
G
N
 
K
V
 
N
I
 
Q
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
E
 
E
F
 
I
A
 
A
L
 
-
K
 
-
V
 
-
V
 
K
D
 
D
A
 
L
V
 
A
K
 
K
Q
 
D
K
 
L
L
 
L
N
 
G
M
 
S
P
 
P
N
 
D
L
 
-
K
 
K
V
 
V
K
 
E
L
 
F
T
 
V
P
 
L
V
 
T
T
x
E
S
 
A
Q
 
A
N
 
N
R
|
R
I
 
V
P
 
E
L
 
Y
V
 
V
Q
 
R
N
 
S
G
 
G
T
 
K
V
 
V
D
 
D
M
 
L
E
 
I
C
 
L
G
 
A
S
x
N
T
x
F
T
|
T
N
 
Q
N
 
T
A
 
P
E
 
E
R
|
R
Q
 
A
Q
 
E
Q
 
A
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
A
N
 
D
T
 
P
I
 
Y
F
 
M
V
 
K
I
 
V
G
 
A
T
 
L
R
 
G
L
 
V
M
 
V
T
 
S
K
 
P
K
 
K
D
 
N
S
 
K
G
 
P
I
 
I
K
 
T
D
 
D
W
 
M
A
 
A
D
 
Q
L
 
L
K
 
K
G
 
D
K
 
Q
T
 
T
V
 
L
V
 
L
T
 
V
T
 
N
A
 
K
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
A
E
 
D
R
 
A
L
 
F
L
 
F
R
 
T
K
 
K
M
 
S
N
x
H
Q
 
P
D
x
E
K
 
-
S
 
-
M
 
-
G
 
-
M
 
V
N
 
K
I
 
L
I
 
L
S
 
K
A
 
F
K
x
D
D
 
Q
H
 
N
G
 
T
E
 
E
S
 
T
F
 
F
L
 
D
T
 
A
L
 
L
S
 
K
T
 
D
G
 
G
R
 
R
A
 
G
A
 
V
A
 
A
F
 
L
M
 
A
M
x
H
D
|
D
D
 
N
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
W
G
 
A
E
 
-
R
 
W
A
 
A
K
 
K
S
 
E
N
 
N
T
 
-
P
 
P
N
 
N
D
 
F
F
 
E
V
 
V
I
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
N
P
 
L
Q
 
G
S
 
P
H
 
A
E
 
E
A
 
F
Y
 
I
G
 
A
C
 
P
M
 
A
L
 
V
R
 
Q
K
 
K
N
 
G
D
 
N
P
 
A
E
 
D
F
 
L
K
 
L
K
 
N
V
 
W
V
 
V
D
 
N
D
 
G
A
 
E
I
 
I
A
 
A
K
 
A
V
 
M
E
 
K
T
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
R
A
 
L
D
 
K
Q
 
A
I
 
A
Y
 
Y
K
 
E
K
 
K

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
26% identity, 78% coverage: 35:266/297 of query aligns to 1:223/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
G
 
G
V
 
V
I
 
I
S
 
V
L
 
M
G
 
G
H
 
T
R
x
S
E
 
A
S
x
D
S
x
F
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
F
Y
 
H
D
 
K
-
 
V
-
 
E
-
 
G
D
 
G
K
 
K
Q
 
D
N
 
E
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
F
 
F
A
 
D
L
 
I
K
 
D
V
 
I
V
 
A
D
 
N
A
 
A
V
 
I
K
 
A
Q
 
K
K
 
K
L
 
L
N
 
G
M
 
-
P
 
-
N
 
-
L
 
V
K
 
K
V
 
L
K
 
E
L
 
I
T
 
K
P
 
D
V
 
M
T
 
D
S
x
F
Q
 
K
N
 
G
R
 
L
I
 
I
P
 
P
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
A
G
 
G
T
 
R
V
 
V
D
 
D
M
 
M
E
 
V
C
 
I
G
x
A
S
x
G
T
x
M
T
|
T
N
 
P
N
 
T
A
 
A
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
K
Q
 
S
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
L
I
 
Y
F
 
Y
V
 
D
I
 
S
G
 
R
T
 
Q
R
 
V
L
 
V
M
 
V
T
 
V
K
 
K
K
 
N
D
 
D
S
 
S
G
 
P
I
 
I
K
 
S
D
 
K
W
 
F
A
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
V
K
 
K
T
 
T
V
 
I
V
 
A
T
 
V
T
x
Q
A
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
S
E
 
E
R
 
E
L
 
A
L
 
A
R
 
K
K
 
K
M
 
I
N
 
P
Q
 
N
D
 
V
K
 
K
S
 
L
M
 
K
G
 
Q
M
 
L
N
 
N
I
 
R
I
 
V
S
 
S
A
 
-
K
 
-
D
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
D
S
 
E
F
 
F
L
 
M
T
 
D
L
 
L
S
 
Q
T
 
N
G
 
G
R
 
R
A
 
C
A
 
D
A
 
A
F
 
I
M
 
V
M
 
V
D
x
E
D
 
D
A
 
T
L
 
V
L
 
A
A
 
K
G
 
A
E
 
Y
R
 
L
A
 
K
K
 
E
S
 
Y
N
 
K
T
 
D
P
 
M
N
 
K
D
 
I
F
 
L
V
 
Y
I
 
M
V
 
D
G
 
E
A
 
I
P
 
N
Q
 
N
S
 
V
H
 
E
E
 
N
A
 
G
Y
 
S
G
 
A
C
 
V
M
 
A
L
 
V
R
 
A
K
 
K
N
 
G
D
 
N
P
 
K
E
 
S
F
 
L
K
 
L
K
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
N
D
 
E
A
 
V
I
 
I
A
 
K
K
 
E
V
 
L
E
 
K
T
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
Y
D
 
D
Q
 
K
I
 
L
Y
 
V
K
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F
E
 
K

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
24% identity, 78% coverage: 35:265/297 of query aligns to 4:226/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
G
 
G
V
 
E
I
 
L
S
 
R
L
 
V
G
 
G
H
 
L
R
x
E
E
 
P
S
 
G
S
x
Y
I
 
L
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
M
Y
 
K
D
 
D
D
 
K
K
 
K
Q
 
G
N
 
N
V
 
V
I
 
I
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
E
 
D
F
 
L
A
 
A
L
 
R
K
 
E
V
 
M
V
 
A
D
 
K
A
 
A
V
 
M
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
L
 
-
N
 
-
M
 
-
P
 
-
N
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
L
K
 
K
L
 
L
T
 
V
P
 
P
V
 
T
T
 
S
S
x
W
Q
 
D
N
 
G
R
 
L
I
 
I
P
 
P
L
 
G
V
 
L
Q
 
V
N
 
T
G
 
E
T
 
K
V
 
F
D
 
D
M
 
I
E
 
I
C
 
I
G
 
S
S
x
G
T
 
M
T
|
T
N
 
I
N
 
S
A
 
Q
E
 
E
R
|
R
Q
 
N
Q
 
L
Q
 
R
V
 
V
A
 
N
F
 
F
S
 
V
N
 
E
T
 
P
I
 
Y
F
 
I
V
 
V
I
 
V
G
 
G
T
 
Q
R
 
S
L
 
L
M
 
L
T
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
-
 
L
D
 
E
S
 
K
G
 
G
I
 
V
K
 
K
D
 
S
W
 
Y
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
D
G
 
K
K
 
P
-
 
E
-
 
L
T
 
T
V
 
L
V
 
V
T
 
T
T
x
K
A
 
F
G
 
G
T
x
V
T
x
S
S
 
A
E
 
E
R
 
Y
L
 
A
L
 
A
R
 
K
K
 
R
M
 
L
N
 
F
Q
 
K
D
 
N
K
 
A
S
 
K
M
 
L
G
 
K
M
 
-
N
 
-
I
 
-
I
 
-
S
 
T
A
 
Y
K
 
D
D
 
T
H
x
E
G
 
A
E
 
E
S
 
A
F
 
V
L
 
Q
T
 
E
L
 
V
S
 
L
T
 
N
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
D
A
 
M
F
 
F
M
 
I
M
 
F
D
|
D
D
 
L
A
 
P
L
 
F
L
 
N
A
 
V
G
 
A
E
 
F
R
 
M
A
 
A
K
 
Q
S
 
K
N
 
G
T
 
Q
P
 
-
N
 
G
D
 
Y
F
 
L
V
 
V
I
 
H
V
 
L
G
 
D
A
 
T
P
 
S
Q
 
L
S
 
T
H
 
Y
E
 
E
A
 
P
Y
 
L
G
 
G
C
 
W
M
 
A
L
 
I
R
 
K
K
 
K
N
 
G
D
 
D
P
 
P
E
 
D
F
 
F
K
 
L
K
 
N
V
 
W
V
 
L
D
 
N
D
 
H
A
 
F
I
 
L
A
 
A
K
 
Q
V
 
I
E
 
K
T
 
H
S
 
D
G
 
G
E
 
S
A
 
Y
D
 
D
Q
 
E
I
 
L
Y
 
Y
K
 
E
K
 
R
W
 
W
F
 
F

2v25A Structure of the campylobacter jejuni antigen peb1a, an aspartate and glutamate receptor with bound aspartate (see paper)
26% identity, 80% coverage: 26:264/297 of query aligns to 1:229/231 of 2v25A

query
sites
2v25A
G
 
G
T
 
K
L
 
L
K
 
E
K
 
S
I
 
I
K
 
K
D
 
S
T
 
K
G
 
G
V
 
Q
I
 
L
S
 
I
L
 
V
G
 
G
H
 
V
R
x
K
E
 
N
S
 
D
S
 
V
I
 
P
P
 
H
F
 
Y
S
 
A
Y
 
L
Y
 
L
D
 
D
D
 
-
K
 
-
Q
 
-
N
 
Q
V
 
A
I
 
T
G
 
G
Y
 
E
S
 
I
Q
 
K
E
 
G
F
 
F
A
 
E
L
 
V
K
 
D
V
 
V
V
 
A
D
 
K
A
 
L
V
 
L
K
 
A
Q
 
K
K
 
S
L
 
I
N
 
L
M
 
G
P
 
D
N
 
D
L
 
K
K
 
K
V
 
I
K
 
K
L
 
L
T
 
V
P
 
A
V
 
V
T
 
N
S
 
A
Q
 
K
N
 
T
R
|
R
I
 
G
P
 
P
L
 
L
V
 
L
Q
 
D
N
 
N
G
 
G
T
 
S
V
 
V
D
 
D
M
 
A
E
 
V
C
 
I
G
 
A
S
x
T
T
 
F
T
|
T
N
 
I
N
 
T
A
 
P
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
R
Q
 
I
V
 
Y
A
 
N
F
 
F
S
 
S
N
 
E
T
 
P
I
 
Y
F
 
Y
V
 
Q
I
 
D
G
 
A
T
 
I
R
 
G
L
 
L
M
 
L
T
 
V
K
 
L
K
 
K
D
 
E
S
 
K
G
 
K
I
 
Y
K
 
K
D
 
S
W
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
K
 
A
T
 
N
V
 
I
V
 
G
T
 
V
T
 
A
A
 
Q
G
 
A
T
x
A
T
|
T
S
 
T
E
 
K
R
 
K
L
 
A
L
 
I
R
 
G
K
 
E
M
 
A
N
 
A
Q
 
K
D
 
K
K
 
I
S
 
G
M
 
I
G
 
D
M
 
V
N
 
K
I
 
F
I
 
S
S
 
E
A
 
F
K
 
P
D
 
D
H
x
Y
G
 
P
E
 
S
S
 
I
F
 
K
L
 
A
T
 
A
L
 
L
S
 
D
T
 
A
G
 
K
R
 
R
A
 
V
A
 
D
A
 
A
F
 
F
M
 
S
M
 
V
D
|
D
D
 
K
A
 
S
L
x
I
L
 
L
A
 
L
G
 
G
-
 
Y
-
 
V
E
 
D
R
 
D
A
 
K
K
 
S
S
 
E
N
 
I
T
 
L
P
 
P
N
 
D
D
 
S
F
 
F
V
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
A
 
E
P
 
P
Q
 
Q
S
 
S
H
 
-
E
 
-
A
 
-
Y
 
Y
G
 
G
C
 
I
M
 
V
L
 
T
R
 
K
K
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
P
E
 
A
F
 
F
K
 
A
K
 
K
V
 
Y
V
 
V
D
 
D
D
 
D
A
 
F
I
 
V
A
 
K
K
 
-
V
 
-
E
 
E
T
 
H
S
 
K
G
 
N
E
 
E
A
 
I
D
 
D
Q
 
A
I
 
L
Y
 
A
K
 
K
K
 
K
W
 
W

4z9nB Abc transporter / periplasmic binding protein from brucella ovis with glutathione bound
27% identity, 75% coverage: 21:244/297 of query aligns to 1:224/324 of 4z9nB

query
sites
4z9nB
H
 
H
A
 
H
Q
 
H
D
 
H
A
 
A
G
 
D
T
 
T
L
 
L
K
 
S
K
 
D
I
 
V
K
 
K
D
 
A
T
 
K
G
 
G
V
 
F
I
 
L
S
 
Q
L
 
C
G
 
G
H
 
V
R
x
N
E
x
T
S
 
G
S
 
L
I
 
L
P
 
G
F
 
F
S
 
A
Y
 
S
Y
 
P
D
 
N
D
 
D
K
 
K
Q
 
G
N
 
E
V
 
W
I
 
S
G
 
G
Y
 
F
S
 
D
Q
 
V
E
 
D
F
 
Y
A
 
C
L
 
R
K
 
A
V
 
V
V
 
A
D
 
S
A
 
A
V
 
I
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
L
 
F
N
 
G
M
 
D
P
 
P
N
 
T
L
 
-
K
 
K
V
 
V
K
 
K
L
 
F
T
 
T
P
 
P
V
 
L
T
x
N
S
x
A
Q
 
K
N
 
E
R
|
R
I
 
F
P
 
T
L
 
A
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
G
T
 
E
V
 
V
D
 
D
M
 
V
E
 
L
C
 
I
G
x
R
S
x
N
T
|
T
T
|
T
N
 
W
N
 
T
A
 
I
E
 
S
R
|
R
Q
 
D
Q
 
T
Q
 
S
V
 
L
A
 
G
-
 
L
-
 
D
F
 
F
S
 
A
N
 
G
T
 
I
I
 
N
F
 
Y
V
 
Y
I
 
D
G
 
G
T
 
Q
R
 
G
L
 
F
M
 
M
-
 
I
-
 
N
T
 
S
K
 
K
K
 
K
D
 
L
S
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
N
D
 
S
W
 
A
A
 
L
D
 
Q
L
 
L
K
 
S
G
 
G
K
 
A
T
 
S
V
 
I
V
 
C
T
 
V
T
x
Q
A
 
A
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
T
E
 
E
R
 
L
L
 
N
L
 
M
R
 
A
K
 
D
M
 
Y
N
 
F
Q
 
R
D
 
A
K
 
N
S
 
K
M
 
M
G
 
E
M
 
Y
N
 
N
I
 
P
I
 
V
S
 
V
A
 
F
K
 
E
D
 
K
H
x
I
G
 
E
E
 
E
S
 
A
F
 
N
L
 
A
T
 
A
L
 
Y
S
 
D
T
 
S
G
 
G
R
 
R
A
 
C
A
 
D
A
 
A
F
 
Y
M
 
T
M
x
T
D
|
D
D
 
Q
A
 
S
L
 
S
L
 
L
A
 
Y
G
 
G
E
 
V
R
 
R
A
 
L
K
 
A
S
 
L
N
 
A
T
 
N
P
 
P
N
 
D
D
 
D
F
 
H
V
 
V
I
 
I
V
 
L
G
 
P
A
 
E
P
 
I
Q
 
I
S
 
S
H
 
K
E
 
E
A
 
P
Y
 
F
G
 
G
C
 
L
M
 
T
L
 
V
R
 
R
K
 
Q
N
 
G
D
 
D
P
 
A
E
 
R
F
 
W
K
 
A
K
 
D
V
 
V
V
 
V

2pvuA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
29% identity, 77% coverage: 37:265/297 of query aligns to 7:224/235 of 2pvuA

query
sites
2pvuA
I
 
V
S
 
V
L
 
V
G
 
G
H
 
T
R
 
D
E
 
A
S
 
A
S
x
F
I
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
Y
Y
 
M
D
 
Q
D
 
-
K
 
K
Q
 
G
N
 
K
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
F
 
F
A
 
D
L
 
V
K
 
D
V
 
L
V
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
L
 
M
N
 
K
M
 
A
P
 
A
N
 
G
L
 
L
K
 
D
V
 
Y
K
 
E
L
 
L
T
 
K
P
 
N
V
 
I
T
 
G
S
x
W
Q
 
D
N
 
P
R
 
L
I
 
F
P
 
A
L
 
S
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
K
T
 
E
V
 
V
D
 
D
M
 
M
E
 
G
C
 
I
G
 
S
S
x
G
T
x
I
T
|
T
N
 
I
N
 
T
A
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
V
 
Y
A
 
D
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
P
I
 
Y
F
 
F
V
 
E
I
 
A
G
 
T
T
 
Q
R
 
V
L
 
I
M
 
L
T
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
S
 
S
G
 
P
I
 
V
K
 
K
D
 
N
W
 
A
A
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
I
-
 
G
-
 
V
-
x
Q
-
 
N
V
 
A
T
|
T
T
|
T
A
 
G
G
 
Q
T
 
E
T
 
A
S
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
L
L
 
F
R
 
G
K
 
K
M
 
G
N
 
P
Q
 
H
D
 
I
K
 
K
S
 
K
M
 
F
G
 
E
M
 
T
N
 
T
I
 
V
I
 
V
S
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
A
F
 
I
L
 
M
T
 
E
L
 
L
S
 
L
T
 
N
G
 
G
R
 
G
A
 
V
A
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
I
M
 
T
D
|
D
D
 
N
A
 
A
L
 
-
L
 
V
A
 
A
G
 
N
E
 
E
R
 
Y
A
 
V
K
 
K
S
 
N
N
 
N
T
 
P
P
 
N
N
 
K
D
 
K
F
 
L
V
 
Q
I
 
V
V
 
I
G
 
E
A
 
D
P
 
P
Q
 
K
-
 
N
-
 
F
S
 
A
H
 
S
E
 
E
A
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
C
 
M
M
 
I
L
 
F
R
 
P
K
 
K
N
 
N
D
 
S
P
 
-
E
 
E
F
 
L
K
 
K
K
 
A
V
 
K
V
 
V
D
 
D
D
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
K
K
 
N
V
 
V
E
 
I
T
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
K
A
 
Y
D
 
T
Q
 
E
I
 
I
Y
 
Y
K
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
29% identity, 77% coverage: 37:265/297 of query aligns to 3:220/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
I
 
V
S
 
V
L
 
V
G
 
G
H
 
T
R
 
D
E
 
A
S
 
A
S
x
F
I
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
Y
Y
 
M
D
 
Q
D
 
-
K
 
K
Q
 
G
N
 
K
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
F
 
F
A
 
D
L
 
V
K
 
D
V
 
L
V
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
L
 
M
N
 
K
M
 
A
P
 
A
N
 
G
L
 
L
K
 
D
V
 
Y
K
 
E
L
 
L
T
 
K
P
 
N
V
 
I
T
 
G
S
x
W
Q
 
D
N
 
P
R
 
L
I
 
F
P
 
A
L
 
S
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
K
T
 
E
V
 
V
D
 
D
M
 
M
E
 
G
C
 
I
G
x
S
S
x
G
T
x
I
T
|
T
N
 
I
N
 
T
A
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
V
 
Y
A
 
D
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
P
I
 
Y
F
 
F
V
 
E
I
 
A
G
 
T
T
 
Q
R
 
V
L
 
I
M
 
L
T
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
S
 
S
G
 
P
I
 
V
K
 
K
D
 
N
W
 
A
A
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
I
-
 
G
-
 
V
-
x
Q
-
 
N
V
 
A
T
|
T
T
|
T
A
 
G
G
 
Q
T
 
E
T
 
A
S
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
L
L
 
F
R
 
G
K
 
K
M
 
G
N
 
P
Q
 
H
D
 
I
K
 
K
S
 
K
M
 
F
G
 
E
M
 
T
N
 
T
I
 
V
I
 
V
S
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
A
F
 
I
L
 
M
T
 
E
L
 
L
S
 
L
T
 
N
G
 
G
R
 
G
A
 
V
A
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
I
M
 
T
D
|
D
D
 
N
A
 
A
L
 
-
L
 
V
A
 
A
G
 
N
E
 
E
R
 
Y
A
 
V
K
 
K
S
 
N
N
 
N
T
 
P
P
 
N
N
 
K
D
 
K
F
 
L
V
 
Q
I
 
V
V
 
I
G
 
E
A
 
D
P
 
P
Q
 
K
-
 
N
-
 
F
S
 
A
H
 
S
E
 
E
A
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
C
 
M
M
 
I
L
 
F
R
 
P
K
 
K
N
 
N
D
 
S
P
 
-
E
 
E
F
 
L
K
 
K
K
 
A
V
 
K
V
 
V
D
 
D
D
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
K
K
 
N
V
 
V
E
 
I
T
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
K
A
 
Y
D
 
T
Q
 
E
I
 
I
Y
 
Y
K
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F

2q2aA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
29% identity, 77% coverage: 37:265/297 of query aligns to 13:230/241 of 2q2aA

query
sites
2q2aA
I
 
V
S
 
V
L
 
V
G
 
G
H
 
T
R
x
D
E
 
A
S
 
A
S
x
F
I
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
E
Y
 
Y
Y
 
M
D
 
Q
D
 
-
K
 
K
Q
 
G
N
 
K
V
 
I
I
 
V
G
 
G
Y
 
-
S
 
-
Q
 
-
E
 
-
F
 
F
A
 
D
L
 
V
K
 
D
V
 
L
V
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
L
 
M
N
 
K
M
 
A
P
 
A
N
 
G
L
 
L
K
 
D
V
 
Y
K
 
E
L
 
L
T
 
K
P
 
N
V
 
I
T
 
G
S
x
W
Q
 
D
N
 
P
R
 
L
I
 
F
P
 
A
L
 
S
V
 
L
Q
 
Q
N
 
S
G
 
K
T
 
E
V
 
V
D
 
D
M
 
M
E
 
G
C
 
I
G
x
S
S
x
G
T
x
I
T
|
T
N
 
I
N
 
T
A
 
D
E
 
E
R
|
R
Q
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
V
 
Y
A
 
D
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
P
I
 
Y
F
 
F
V
 
E
I
 
A
G
 
T
T
 
Q
R
 
V
L
 
I
M
 
L
T
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
S
 
S
G
 
P
I
 
V
K
 
K
D
 
N
W
 
A
A
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
V
 
I
-
 
G
-
 
V
-
x
Q
-
 
N
V
 
A
T
|
T
T
|
T
A
 
G
G
 
Q
T
 
E
T
 
A
S
 
A
E
 
E
R
 
K
L
 
L
L
 
F
R
 
G
K
 
K
M
 
G
N
 
P
Q
 
H
D
 
I
K
 
K
S
 
K
M
 
F
G
 
E
M
 
T
N
 
T
I
 
V
I
 
V
S
 
-
A
 
-
K
 
-
D
 
-
H
 
-
G
 
-
E
 
-
S
 
A
F
 
I
L
 
M
T
 
E
L
 
L
S
 
L
T
 
N
G
 
G
R
 
G
A
 
V
A
 
D
A
 
A
F
 
V
M
 
I
M
 
T
D
|
D
D
 
N
A
 
A
L
 
-
L
 
V
A
 
A
G
 
N
E
 
E
R
 
Y
A
 
V
K
 
K
S
 
N
N
 
N
T
 
P
P
 
N
N
 
K
D
 
K
F
 
L
V
 
Q
I
 
V
V
 
I
G
 
E
A
 
D
P
 
P
Q
 
K
-
 
N
-
 
F
S
 
A
H
 
S
E
 
E
A
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
C
 
M
M
 
I
L
 
F
R
 
P
K
 
K
N
 
N
D
 
S
P
 
-
E
 
E
F
 
L
K
 
K
K
 
A
V
 
K
V
 
V
D
 
D
D
 
E
A
 
A
I
 
L
A
 
K
K
 
N
V
 
V
E
 
I
T
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
K
A
 
Y
D
 
T
Q
 
E
I
 
I
Y
 
Y
K
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F

1xt8B Crystal structure of cysteine-binding protein from campylobacter jejuni at 2.0 a resolution (see paper)
26% identity, 88% coverage: 27:286/297 of query aligns to 6:244/251 of 1xt8B

query
sites
1xt8B
T
 
S
L
 
L
K
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
K
D
 
Q
T
 
N
G
 
G
V
 
V
I
 
V
S
 
R
L
 
I
G
 
G
H
 
V
R
x
F
E
 
G
S
 
D
S
x
K
I
 
P
P
 
P
F
 
F
S
 
G
Y
 
Y
Y
 
V
D
 
D
D
 
E
K
 
K
Q
 
G
N
 
N
V
 
N
I
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
S
 
D
Q
 
I
E
 
A
F
 
L
A
 
A
L
 
K
K
 
R
V
 
I
V
 
A
D
 
K
A
 
E
V
 
L
K
 
F
Q
 
G
K
 
D
L
 
E
N
 
N
M
 
-
P
 
-
N
 
-
L
 
-
K
 
K
V
 
V
K
 
Q
L
 
F
T
 
V
P
 
L
V
 
V
T
 
E
S
 
A
Q
 
A
N
 
N
R
|
R
I
 
V
P
 
E
L
 
F
V
 
L
Q
 
K
N
 
S
G
 
N
T
 
K
V
 
V
D
 
D
M
 
I
E
 
I
C
 
L
G
 
A
S
x
N
T
 
F
T
|
T
N
 
Q
N
 
T
A
 
P
E
 
Q
R
|
R
Q
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
V
 
V
A
 
D
F
 
F
S
 
C
N
 
S
T
 
P
I
 
Y
F
 
M
V
 
K
I
 
V
G
 
A
T
 
L
R
 
G
L
 
V
M
 
A
T
 
V
K
 
P
K
 
K
D
 
D
S
 
S
G
 
N
I
 
I
K
 
T
D
 
S
W
 
V
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
D
K
 
K
T
 
T
V
 
L
V
 
L
T
 
L
T
 
N
A
 
K
G
 
G
T
|
T
T
|
T
S
 
A
E
 
D
R
 
A
L
 
Y
L
 
F
R
 
T
K
 
Q
M
 
-
N
 
-
Q
 
-
D
 
-
K
 
N
S
 
Y
M
 
P
G
 
N
M
 
I
N
 
K
I
 
T
I
 
L
S
 
K
A
 
Y
K
 
D
D
 
Q
H
 
N
G
 
T
E
 
E
S
 
T
F
 
F
L
 
A
T
 
A
L
 
L
S
 
M
T
 
D
G
 
K
R
 
R
A
 
G
A
 
D
A
 
A
F
 
L
M
 
S
M
x
H
D
|
D
D
 
N
A
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
F
G
 
A
E
 
-
R
 
-
A
 
W
K
 
V
S
 
K
N
 
D
T
 
H
P
 
P
N
 
D
D
 
F
F
 
K
V
 
M
I
 
G
V
 
I
G
 
K
A
 
E
P
 
L
Q
 
G
S
 
N
H
 
K
E
 
D
A
 
V
Y
 
I
G
 
A
C
 
P
M
 
A
L
 
V
R
 
K
K
 
K
N
 
G
D
 
D
P
 
K
E
 
E
F
 
L
K
 
K
K
 
E
V
 
F
V
 
I
D
 
D
D
 
N
A
 
L
I
 
I
A
 
I
K
 
K
V
 
L
E
 
-
T
 
-
S
 
-
G
 
G
E
 
Q
A
 
E
D
 
Q
Q
 
F
I
 
F
Y
 
H
K
 
K
K
 
A
W
 
Y
F
 
D
E
 
E
T
 
T
P
 
-
I
 
-
P
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
L
N
 
K
L
 
A
N
 
H
F
 
F
P
 
-
E
 
-
S
 
G
D
 
D
D
 
D
I
 
V
K
 
K
A
 
A

P02911 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein; LAO-binding protein from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
25% identity, 89% coverage: 3:266/297 of query aligns to 1:254/260 of P02911

query
sites
P02911
V
 
M
K
 
K
K
 
K
A
 
T
A
 
V
L
 
L
L
 
A
L
 
L
A
 
S
T
 
L
L
 
L
G
 
-
L
 
-
F
 
I
T
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
A
H
 
T
A
 
A
Q
 
A
D
 
S
A
 
Y
G
 
A
T
 
A
L
 
L
K
 
P
K
 
Q
I
 
-
K
 
-
D
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
T
I
 
V
S
 
R
L
 
I
G
 
G
H
 
T
R
x
D
E
 
T
S
 
T
S
x
Y
I
 
A
P
 
P
F
 
F
S
 
S
Y
 
S
Y
 
K
D
 
D
D
 
A
K
 
K
Q
 
G
N
 
E
V
 
F
I
 
I
G
 
G
Y
 
F
S
x
D
Q
 
I
E
 
D
F
 
L
A
 
G
L
 
N
K
 
E
V
 
M
V
x
C
D
 
-
A
 
-
V
 
-
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
L
 
-
N
 
-
M
 
-
P
 
K
N
 
R
L
 
M
K
 
Q
V
 
V
K
 
K
L
x
C
T
 
T
P
 
W
V
 
V
T
 
A
S
 
S
Q
 
D
-
x
F
-
 
D
N
 
A
R
 
L
I
 
I
P
 
P
L
 
S
V
 
L
Q
 
K
N
 
A
G
 
K
T
 
K
V
 
I
D
 
D
M
 
A
E
 
I
C
 
I
G
x
S
S
|
S
T
 
L
T
x
S
N
 
I
N
 
T
A
 
D
E
 
K
R
|
R
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
E
V
 
I
A
 
A
F
 
F
S
 
S
N
 
D
T
 
K
I
 
L
F
 
Y
V
 
A
I
 
A
G
 
D
T
 
S
R
 
R
L
 
L
M
 
I
T
 
A
K
 
A
K
 
K
D
 
G
S
 
S
G
 
P
I
 
I
K
 
Q
-
 
P
D
 
T
W
 
L
A
 
E
D
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
H
V
 
V
V
 
G
T
 
V
T
x
L
A
 
Q
G
 
G
T
 
S
T
|
T
S
 
Q
E
 
E
R
 
A
L
 
Y
L
 
A
R
 
N
K
 
-
M
 
-
N
 
D
Q
 
N
D
 
W
K
 
R
S
 
T
M
 
K
G
 
G
M
 
V
N
 
D
I
 
V
I
 
V
S
 
A
A
 
Y
K
 
A
D
 
N
H
 
Q
G
 
D
E
 
L
S
 
I
F
 
Y
L
 
S
T
 
D
L
 
L
S
 
T
T
 
A
G
 
G
R
 
R
A
 
L
A
 
D
A
 
A
F
 
A
M
 
L
M
 
Q
D
|
D
D
 
E
A
 
V
L
 
A
L
 
A
A
 
S
G
 
E
E
 
G
R
 
F
A
 
L
K
 
K
S
 
Q
N
 
P
T
 
A
P
 
G
N
 
K
D
 
E
F
 
Y
V
 
A
I
 
F
V
 
A
G
 
G
A
 
P
P
 
S
Q
 
V
S
 
K
H
 
D
E
 
K
A
 
K
Y
 
Y
-
 
F
-
 
G
-
 
D
-
 
G
-
 
T
G
 
G
C
 
V
M
 
G
L
 
L
R
 
R
K
 
K
N
 
D
D
 
D
P
 
T
E
 
E
F
 
L
K
 
K
K
 
A
V
 
A
V
 
F
D
 
D
D
 
K
A
 
A
I
 
L
A
 
T
K
 
E
V
 
L
E
 
R
T
 
Q
S
 
D
G
 
G
E
 
T
A
 
Y
D
 
D
Q
 
K
I
 
M
Y
 
A
K
 
K
K
 
K
W
 
Y
F
 
F
E
 
D